Food fermentation is a method widely used in the past to extend the storage life of food. Numerous studies on fermented food have revealed that they not only have biopreservative properties but also health benefits. Lactic acid bacteria are the major group of microorganisms involved in food fermentation and the properties that influence food are primarily due to the compounds released from microorganisms such as organic acids and bacteriocins. Their health benefits are exerted through several mechanisms including inhibiting the growth of pathogenic bacteria and modifying the host immune response. A number of strains that have been investigated show different properties even between the same species thus emphasizing the importance of strain identification. To determine if some traditional fermented Swedish foods contain lactic acid bacteria, bacteria from four fermented Swedish foods (two surströmming and two sausages) were isolated using MRS broth. Bacterial isolates were examined for their colony and cell morphology and Gram staining and were found to be predominantly Gram-positive cocci or rods. 16S rRNA PCR amplifications of selected isolates was performed using universal prokaryotic primers and sequenced. The sequencing results showed that the bacterial isolates from Oskars surströmming Filéer and Gognacs medvurst were Lactobacillus sakei and the isolate from Mannerströms surströmming was Enterococcus sp. This study showed that the traditional Swedish fermented food evaluated did contain lactic acid bacteria.

Konsumtionen och produktionen av slaktkyckling ökar både i Sverige och övriga världen. Majoriteten av produktionssystemen är likvärdiga och dessa består av storskaliga system med snabbväxande raser. Förekomsten av produktionssjukdomar varierar världen över och detsamma gäller för medicinering och antibiotikaanvändning. I Sverige finns fyra olika typer av kycklingproduktioner: konventionell, ekologisk enligt EU:s förordning för ekologisk produktion, KRAV-certifierad och konventionell certifierad enligt Svensk Sigills. Sverige anses som ett land som en av de bästa gällande djurskyddslagar- och regler. Dock förekommer brister även i Sverige och den svenska kycklingproduktionen kan behöva förändringar för att öka djurvälfärden. Syftet med denna studie var därför att ta reda på hur djurvälfärden kan förbättras i svensk kycklingproduktion och se över vilka förändringar som behövs. Metoderna som användes i studien var kvalitativa intervjuer och litteratursökningar. Fem personer intervjuades och dessa var forskare och veterinärer på Svensk Fågel, Svensk Sigill och vid olika institutioner på SLU. Litteratursökningen genomfördes under två veckor och gav 12 stycken artiklar. Resultatet från intervjuerna visade att intervjupersonerna hade likvärdiga resonemang för djurvälfärd i många av intervjufrågorna. Några av de viktigaste problemområden som rör djurvälfärd är snabbväxande kycklinghybrider, förekomst av ben- och fotskador, dödlighet i kycklingflockar, transport till slakt och användning av antiparasitära medel. Vad som även kom upp under intervjuerna var konsumenters syn på djurvälfärd. Man menade att konsumenter förespråkar och föredrar en god djurvälfärd, dock att de inte är beredda att betala priset för en bättre djurvälfärd. Slutsatserna som kan dras är att ett flertal områden inom djurvälfärd i kycklingproduktion behöver förbättras och den främsta är att fler långsamväxande hybrider bör börja produceras i Sverige.

PFAS är en grupp poly- och perfluorerade ämnen som framställs industriellt och förekommer i ett flertal produkter såsom impregnerade papper och textilier, brandskum och rengöringsmedel, detta på grund av dess smuts, vatten- och fettavstötande egenskaper. Ämnena klassas som PBT ämnen, persistenta, bioackumulerande och toxiska, vilket gör dem till ett hälsoproblem för människor och djur. Denna studie undersökte förekomsten av PFCA, PFSA och PAPS i micropopcorn, samt om migration från förpackning till majskorn innan tillagning förekom och om PFAS i popcornen kunde utgöra en hälsorisk för människor. Proverna bereddes genom att tillaga ett prov i mikrovågsugn, ett i kastrull innehållande majskärnor samt fettet från micropopcornpåsen och ett där majskärnorna tvättades rena från fett från påsen och därefter tillagades med rapsolja i kastrull. Proven extraherades bland annat med en SPE Wax + HLB, separerades i en Acuity UPLC och identifierades med hjälp av en Xevo TQ-S-quadrupole masspektrometer med atmosfäriskt elektrospraygränssnitt i negativt läge samt analyserades i mjukvaran Masslynx. Resultaten för PFSA/PFCA visade högst frekvens av ämnen med längre kolkedjor, utbytet för kvantifierbara ämnen i denna analys låg mellan 22,6 % - 140,5 % . Analysen av diPAPS och triPAPS gav inga haltdata på grund av lågt utbyte på 2,3 % – 4,3 % orsakat av bruseffekter samt metodens sämre förmåga att extrahera dessa ämnen från popcorn. Ur hälsosynpunkt utgör inte micropopcorn i sig självt någon risk då stora mängder behövs konsumeras för att uppnå de få gränsvärden som finns för de detekterade ämnena. Konsumtion av micropopcorn kan dock anses som en bidragande källa till förhöjda halter av PFAS i mänskligt blod.

Syftet med studien är att undersöka hur förskollärare arbetar med människokroppen i förskolans äldrebarnsgrupper, 3 till 5 års ålder och vilka läroplansmål de kopplar till detta arbete. Metoden som användes var semistrukturerade intervjuer med ett förutbestämt frågeschema. Jag intervjuade sex förskollärare. Resultatet blev att arbetet kring människokroppen var nästintill enbart utformat utifrån barnens egna frågor och funderingar. Jag fick även reda på genom intervjuerna att arbetet kring människokroppen finns där men ett medvetet tankesätt kring det saknas. Både forskning och Läroplanen för förskolan (2016) stödjer att naturvetenskap, mer specifikt människokroppen, bör finnas som ett arbetsområde i förskolan.

Ämnen kopplade till sexualitet och relationer är populära att diskutera i samhället, och i och med kampanjen ”Metoo” så synliggjordes också vikten av kunskap om jämställdhet och respekt. Mycket ansvar ligger på skolan att utbilda demokratiska medborgare med sunda värderingar som kan ta kloka beslut. Sex och samlevnad är ett ämnesövergripande ämne, och i biolog och i naturkunskap har ämnet en viktig plats i kursplanen. Studier visar att sex- och samlevnadsundervisningen varierar på svenska skolor. De visar också att sex och samlevnad är ett känsligt ämne att prata om både för lärare och elever, och även att lärare inte alltid får verktyg från lärarutbildningen i hur de ska bedriva undervisningen. Därmed uppfylls inte målet om att Sverige ska ha en likvärdig skola. Denna studie syftade till att ta reda på vad lärare fokuserar på i sin sex- och samlevnadsundervisning samt vilka didaktiska val de gör. Vidare undersöktes hur lärarna bedömer elevernas kunskaper i ämnet, och slutligen har eventuella problem i sex- och samlevnadsundervisningen undersökts och hur de i så fall hanteras. Studien visade att sex- och samlevnadsundervisningen inte var likvärdig mellan och inom skolorna samt att lärarnas kunskaper om hur undervisningen ska bedrivas är bristfällig då de inte alltid följer de styrdokument som finns. Flera lärare var också omedvetna om att deras sätt att undervisa utgick från traditionella perspektiv på genus och sexualitet. Ingen av lärarna hade fått några verktyg i hur sex och samlevnad kan bedrivas på sin lärarutbildning, och ett annat problem som framkom var att det inte fanns någon närvarande rektor som ansvarade för att sex- och samlevnads-undervisningen höll hög kvalitet. Slutsatserna man kan dra är att ämnet sex och samlevnad behöver prioriteras mer av såväl lärare som rektorer och av samhället i stort. Det är viktigt att beakta att lärarna med säkerhet utformar undervisningen efter bästa förmåga, men en del kunskap saknas troligtvis och ämnet behöver därför behandlas mer på lärarutbildningen och på fortbildningar för att lärare ska bli mer medvetna om de normativa värderingar som genomsyrar deras undervisning. Lärarna behöver också prioritera bedömning i ämnet, och det behöver utformas mer material som hjälper lärare att tolka de styrdokument som finns. Vidare forskning, såsom liknande studier med fler deltagande lärare och över större geografiskt område är av stort intresse eftersom man då får ett större perspektiv över problematiken och därmed kan arbeta förebyggande.

To cope with a changing environment, animals have traditionally been considered to behave adaptively to each situation faced. Yet, individual behavioural responses can both differ widely within populations, and show between-individual consistency (i.e. describing variation in animal personality). In this thesis, I focus on individual differences in animal personality and cognition (i.e. how animals perceive, process, store and act on environmental stimuli), and explore the possibility that they are interlinked. I use domestic- and red junglefowl (Gallus gallus ssp.), a species that is cognitively, behaviourally and socially complex, to explore these aspects of behaviour, through a series of studies. Animal personality and coping styles are frequently used terms to describe within- and between-individual differences in behaviour, which are consistent over time and across various situations. The terms are often used as synonyms, even though they differ in some respects. In paper I, I show that animal personality and coping styles can be measured in red junglefowl, and that behavioural flexibility might be an important aspect for both. Further, I show that the terms should not be used as synonyms since they describe different aspects of behavioural variation. In paper II, I observe large individual variation in both personality traits and learning speed in both chicks and adult red junglefowl. Interestingly, learning performance does not correlate across tasks, contrasting what has been found in humans and rodents. Thus, individuals that learn rapidly in one task are not necessarily fast learners in another task. I observe a relationship between personality and cognition that is task- and age-dependent, in which exploration relates to learning speed, but in opposite directions for chicks compared to adult females. In paper III, I show that red junglefowl chicks that are more behaviourally flexible have a stronger preference for new generalised stimuli, than less behaviourally flexible chicks. Behavioural flexibility was associated with fearfulness, indicating variation in reactive-proactive coping styles. In paper IV, I show that early cognitive stimulation to some extent can affect adult personality, thus showing a causal relationship between personality and cognition. Not all personality traits were affected, which might depend on the type of cognitive stimulation chicks were exposed to. Important cognitive processes like perception and decision-making, can contain biases. One such bias is called judgment bias, which describes how individuals interpret ambiguous stimuli on a scale from positive to negative (optimism to pessimism). In paper V, I show that alteration of emotional state can influence such biases. Here, unpredictable stress influence judgment bias negatively, when individuals are housed in simpler, but not in complex environments, suggesting that there is an effect of additive stress that lead to reduced optimism. Complexity instead seems to buffer against negative effects of stress, since individuals in complex environments remained optimistic after stress exposure. Furthermore, increased dopamine activity was associated with optimism in chicks. In paper VI, I find that aspects of personality associate with how chicks judge ambiguity. Highly active individuals are more likely to approach cues than less active individuals, and when approaching, individuals that are slow to approach ambiguous cues are more vigilant when assayed in personality assays. Vigilant individuals might be more worried and reactive, which suggest that emotional traits can influence responses in a judgment bias task. Taken together, I show consistent behavioural differences among individuals describing personality and coping styles, and variation in cognition. I show that these traits are related, and that there is an interplay between them, in which cognition can influence personality, and vice versa. I further show that judgment may be affected by the individual’s current affective state and personality. Thus, I show a complex relationship between personality and cognition that in combination with environmental effects can help explain behavioural variation.

Det tycks finnas ett starkt samband mellan en organisms kroppsmassa, aktivitetsnivå och metabolism (metabolic rate, MR) där en högre kroppsmassa och aktivitetsnivå korrelerar med ett högre MR. Hur är det då med en organisms personlighet och dess MR; spelar typen av personlighet hos organismen någon roll för dess MR? För att testa hypotesen att en mer aktiv personlighet, så som boldness, skulle uppvisa ett högre värde på MR i jämförelse mot en mer inaktiv personlighet, så som shyness, jämfördes personlighet, standard metabolic rate (SMR), maximal metabolic rate (MMR) och aerobic scope (MMR-SMR) hos den invasiva fiskarten svartmunnad smörbult (Neogobius melanostomus) insamlade från bräckvattenflodmynningen Guldborgsund i västra Östersjön. Totalt fångades ca 400 smörbultar, varav 19 individer genomgick hela studien. Personlighet bedömdes genom två olika försök, scototaxis och boldness, där individerna sedan delades in i personlighetsgrupperna bold och shy. SMR, MMR och aerobic scope analyserades fram genom respirometri. Ett t-test visade att det förekom en signifikant skillnad i SMR mellan de två personlighetstyperna (bold och shy), vilket man även funnit i tidigare studier (Toscano & Monacos, 2015). Ytterligare t-test visade att det dock inte fanns någon signifikant skillnad mellan vare sig MMR, aerobic scope eller vikten hos fiskarna av de två personligheterna. Sammanfattningsvis drogs slutsatsen att den signifikanta skillnaden i SMR mellan bold och shy individer, troligtvis grundade sig i att individer med högre andel boldness hade en högre energiförbrukning som kompensation för fenotypiska fördelar (som exempelvis i form av högre och lättare spridning) i jämförelse med individer med mindre boldness-karaktär. Fler studier på smörbult skulle dock behöva utföras, där man undersöker om det eventuellt finns samband mellan boldness och en högre spridning, för att kunna säkerställa ett sådant samband som vidare kan hjälpa oss i arbetet att minska spridningen av svartmunnad smörbult som invasiv art. / Previous studies have shown that there is a strong correlation between the body mass of an organism, activity level and metabolism (metabolic rate, MR) where a higher body mass and activity level correlate with a higher MR. How is it then with an organism's personality and its MR; does the type of personality of the organism play a part in its MR? To test the prediction that a more active personality, such as boldness, would show a higher value of MR in comparison to a more inactive personality, such as shyness, personality, standard metabolic rate (SMR), maximum metabolic rate (MMR) and aerobic scope (MMR-SMR) were compared for the invasive fish species round goby (Neogobius melanostomus) sampled from Guldborgsund in the Western Baltic. In total, about 400 round goby were captured, of which 19 individuals underwent the entire study. Personality was assessed by two different experiments, scototaxis and boldness, where the individuals then were divided into the personality groups bold and shy. SMR, MMR and aerobic scope were analyzed by respirometry. There was a significant difference in SMR between the two types of personality (bold and shy), which also has been found in previous studies (Toscano & Monacos, 2015). There were no significant differences between either MMR, aerobic scope or weight between bold and shy fish. In conclusion, the significant difference in SMR between bold and shy fishes, was probably based on the fact that individuals with a higher proportion of boldness had a higher energy consumption to compensate for the phenotypic benefits (such as higher and easier dispersibility) compared to individuals with less boldness. However, further studies on round goby would have to be performed to investigate whether there is a connection between boldness and a higher dispersibility.

Even today, many genes are without any known homolog. These "orphans" are found in all species, from Viruses to Prokaryotes and Eukaryotes. For a portion of these genes, we might simply not have enough data to find homologs yet. Some of them are imported from taxonomically distant organisms via lateral transfer; others have homologs, but mutated beyond the point of recognition. However, a sizeable fraction of orphan genes is unambiguously created via "de novo" mechanisms. The study of such novel genes can contribute to our understanding of the emergence of functional novelty and the adaptation of species to new ecological niches. In this work, we first survey the field of orphan studies, and illustrate some of the common issues. Next, we analyze some of the intrinsic properties of orphans proteins, including secondary structure elements and Intrinsic Structural Disorder; specifically, we observe that in young proteins the relationship between these properties and the G+C content of their coding sequence is stronger than in older proteins. We then tackle some of the methodological problems often found in orphan studies. We find that using evolutionarily close species, and sensitive, state-of-the art homology recognition methods is instrumental to the identification of a set of orphans enriched in de novo created ones. Finally, we compare how intrinsic disorder is distributed in bacteria versus eukaryota. Eukaryotic proteins are longer and more disordered; the difference is to be attributed primarily to eukaryotic-specific domains and linker regions. In these sections of the proteins, a higher frequency of the disorder-promoting amino acid Serine can be observed in Eukaryotes. / <p>At the time of the doctoral defense, the following papers were unpublished and had a status as follows: Paper 3: Submitted. Paper 4: Manuscript.</p>

No description available.

Öron- och svanskuperade hundar är fortfarande en inte helt ovanlig syn i det svenska samhället, trots att det har varit förbjudet att utföra ingreppen i 70 respektive 30 år. Med denna magisteruppsats vill jag analysera vilken betydelse operativa ingrepp på öron och svans har på hundens kommunikation och välfärd. Uppsatsen är en kvalitativ litteraturstudie baserad på vetenskapliga artiklar, vetenskapliga böcker, djurskyddslagstiftning, betänkanden, rättsfall, myndigheters hemsidor samt icke-vetenskapliga webbplatser. För att hundar ska kunna kommunicera med artfränder och även med människa använder sig hunden av flera olika signalstrukturer, där ibland öron och svans. Den viktigaste signalstrukturen av dessa är svansen som används för att förmedla hundens sinnesstämning. Öronen har inte en lika framträdande roll i kommunikationen, vilket troligtvis är en bieffekt av människans selektiva avel. Hundar som har orörliga hängande öron eller konstant upprättstående öron har svårare att förmedla sina intentioner. De vanligaste metoderna vid kupering är kirurgi och på svans kan även en metod med gummiring användas för att strypa blodtillförseln vilket leder till nekros och att svansen faller av. Kupering kan inte motiveras som skadeförebyggande åtgärd då hundar som utsätts för kupering får utstå smärta och lidande både under ingreppet och under läkningsprocessen. Illegala operativa ingrepp på hundars öron och svans förekommer i Sverige. / Ear cropped and tail docked dogs is not an unusual sight in the society in Sweden even if the operations have been illegal for almost 70 respectively 30 years. In this master thesis I aim at analyzing how ear and tail cropping affect the dog’s communication and welfare. Dogs use signaling indicators like ears and tails for intraspecific and interspecific communicate. The indicators are used separately or together to signal different moods and the most important structure is the tail. Both humans and other dogs observe the tail of the meeting dog to interpret its mood. The ears do not have as prominent role in the communication, probably because of the impact humans have had during domestication and selective breeding. Dogs with immobile long hanging ears or constantly upright ears have difficulty to mediate their intentions. The most common methods for cropping is surgical operations and for docking it is surgical operation or a hard rubber ring that cuts of the blood circulation. Cropping and docking does not pose any risk prevention advantages. Today cropping and docking on dogs are done primarily by tradition, breed standards, aesthetic reasons and in some cases for the convenience of the owner. Dogs that are being cropped or docked feel pain and suffer during the procedures but also during healing and in some cases for the rest of their lives. In Sweden illegally performed operations on ears and tail are performed on dogs.