Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-02-01Bitstream added on 2014-06-13T20:29:48Z : No. of bitstreams: 1 melo_wcma_me_araiq_parcial.pdf: 107710 bytes, checksum: c52f9c2b807466a26cb2fe88b6e8d62b (MD5) Bitstreams deleted on 2015-07-02T12:36:15Z: melo_wcma_me_araiq_parcial.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2015-07-02T12:37:34Z : No. of bitstreams: 1 000609297_20200101.pdf: 94452 bytes, checksum: 540b78f8f69f7a786fe874e868e8a09a (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O uso de bactéria como agente catalítico para a lixiviação de sulfetos minerais é largamente reconhecido hoje como uma metodologia interessante, sob o ponto de vista econômico e ambiental, para a recuperação de metais de minérios de baixo teor e minérios de sulfetos secundários. A principal bactéria envolvida neste processo é a Acidithiobacillus ferrooxidans, um microrganismo quimiolitotrófico e acidofílico que obtem energia através da oxidação do íon Fe2+, além das formas reduzidas de enxofre e sulfetos metálicos. Dentre os principais sulfetos metálicos encontrados nas reservas minerais de cobre, a calcopirita (CuFeS2) é a que mais se destaca por ser o mineral mais abundante e ao mesmo tempo mais refratário ao ataque químico e bacteriano. Dentro desse contexto há um grande interesse no desenvolvimento de alternativas para otimizar a solubilização desse sulfeto. Neste trabalho, foram investigados o efeito dos ácidos orgânicos e dos íons cloreto e na biolixiviação da calcopirita visando aumentar a solubilização de cobre desse sulfeto. Com relação ao estudo com os ácidos orgânicos (cítrico e oxálico) foi observado que a linhagem bacteriana A. ferrooxidans-LR foi inibida na presença do ácido oxálico em concentrações acima de 0,10 % m/v. Na presença de ácido cítrico não foi observado nenhuma inibição nas diversas concentrações utilizadas. Em função desses resultados o ácido cítrico foi o único a ser utilizado nos ensaios posteriores. O teste de solubilização das jarositas demonstrou que uma vez formada, ela não pode ser dissolvida pela adição de ácido cítrico. No entanto, este ácido mostrou-se eficiente para conter a formação destes precipitados. Os ensaios de biolixiviação na presença de ácido cítrico foram acompanhados por 60 dias através de medidas de pH, Eh, [Fe2+], [Fe3+] e [Cu]... / Acidithiobacillus ferrooxidans is a chemolithoautotrophic and acidophilic bacterium which obtain their energy through oxidation of the iron Fe+2 or sulfur reduced compounds including metal sulfides. This is the main species involved in the metals bioleaching process, an useful methodology to recovery metals from low-grade ores and secondary mineral sulfides. Chalcopyrite (CuFeS2) is one of the most abundant mineral of copper but at same time the most refractory, both to chemical and biological dissolution. So, it would be interesting to develop alternative technologies to improve copper solubilization from this sulfide. In the present study, it was investigated the effect of chlorine ions and organic acids in the chalcopyrite dissolution by bioleaching experiments in shake flask, following parameters such as pH, Eh, [Fe2+], [Fe3+] and [Cu]. Solid residues collected during and at end of assays were analyzed by X rays diffraction technique. The presence of Cl- ions (150 mmol L-1) and bacterium cells increased the degree of the chalcopyrite dissolution, comparing to abiotic controls and without Cl- ions. Two kinds of cell adaptation were also investigated regarding their capacity of copper extraction. Chlorine adapted cells showed better results than those adapted only to grow in chalcopyrite. Indeed, successive Cl- ions addition during experiment time course, at 10 e 20 mmol L-1, enhanced copper extraction in about 70% in comparison to that of 150 mmol L-1 in just one addition. The main new solid phase obtained during bioleaching experiments in inoculated flasks was covelllite, but jarosites were not produced in these conditions, which can be considered a promising result. The successive chlorine ion addition in bioleaching of chalcopyrite showed to be a potential procedure to improve copper extraction. Basically, the studies of organic acids (citric and oxalic)... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-12-03Bitstream added on 2014-06-13T19:49:45Z : No. of bitstreams: 1 garcia_a_me_araiq.pdf: 1326845 bytes, checksum: c851f7e719ab97b784e7423d4226e61b (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / YacG é uma pequena proteína (65 resíduos de aminoácidos) ligada ao zinco codificada pelo gene yacG de Escherichia coli. Seu papel fisiológico não está bem caracterizado, porém acredita-se que ela exerça ação inibitória sobre a atividade catalítica da DNA girase, enzima responsável por alterações no estado topológico do DNA bacteriano. Com base nas informações da estrutura primária desta proteína, uma série constituída de oito seqüências peptídicas foram projetadas e sintetizadas pela metodologia da fase sólida, objetivando-se avaliar e melhor entender o efeito da coordenação do íon zinco no seu mecanismo de ação. As sequências foram projetadas de maneira a resultar em uma substituição parcial ou integral dos resíduos de cisteína da sequência nativa da YacG, por resíduos de serina, além da variação da carga efetiva da molécula, por amidação ou acetilação das extremidades C e N terminais, respectivamente. Os peptídeos obtidos e purificados foram ensaiados quanto à estequiometria de coordenação empregando titulação com íon cobalto, bem como na capacidade inibitória frente à DNA girase, empregando eletroforese em gel de agarose. YacGAG4, inibiu a atividade de superenovelamento do DNA, catalisada pela girase, somente na ausência de íons zinco em concentrações inferiores a 120 μmol.L-1. Os demais peptídeos não apresentaram capacidade inibitória, tanto na presença quanto na ausência de zinco. Ensaios de susceptibilidade bacteriana, empregando algumas espécies de bactérias da família Enterobacteriaceae, confirmaram os resultados in vitro,com exceção das sequências YacGAG1-AC e YacGAG2-AC que mostraram inibição no crescimento bacteriano, sem porém resultarem em atividade in vitro. Com base nos resultados obtidos, é possível concluir que o domínio estrutural relacionado à coordenação do zinco, bem como a presença... / YacG is a small protein (65 amino acid residues) bounded to zinc and encoded by the Escherichia coli yacG gene. Its physiological role is not well characterized, but it is believed that YacG is an inhibitor of the catalytic activity of DNA gyrase, an enzyme responsible for changes in the topological state of bacterial DNA. Based on information from the primary structure of this protein, a series of eight peptide sequences were designed and synthesized by solid phase methodology, aiming to evaluate and better understand the effect of zinc coordination of in their mechanism of action. The sequences were designed so as to result in a partial or full replacement of the cysteine residues of the native YacG sequence by serine residues and to change the effective charge of the molecule by amidation or acetylation of C and N terminal ends, respectively. The obtained peptides were purified and tested by titration with cobalt ion (coordination stoichiometry), as well as by inhibitory effect against the DNA gyrase, using agarose gel electrophoresis. YacGAG4 inhibited DNA supercoiling activity catalyzed by gyrase only in the zinc ions absence at concentrations below of 120 μmol.L-1. The other peptides showed no inhibitory effect in both the presence and absence of zinc. Bacterial susceptibility tests, using some species of bacteria of the Enterobacteriaceae, confirmed in vitro results, with the exception of the sequences YacGAG1-AC and YacGAG2-AC that showed inhibition of bacterial growth, but no in vitro activity. Based on these results, we conclude that the structural matters related to the coordination of zinc as well as the presence of this ion, showed no significant importance in the activity of DNA gyrase inhibition. In this case, the inhibition of activity recently proposed, should be linked to any other region of the protein molecule, structurally organized when the zinc ion is bound... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-03Bitstream added on 2014-06-13T20:10:34Z : No. of bitstreams: 1 mendes_ls_me_araiq.pdf: 2613992 bytes, checksum: bfe10a8fa085224d5917e1ea8fcc4e1a (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Materiais mesoporosos têm sido largamente estudados devido ás suas características e potenciais aplicações. A sílica mesoporosa apresenta elevada área de superfície específica (~1000 m2.g-1) e tamanho de poros usualmente em torno de 2-30 nm, atraindo atenção para aplicações em catálise, adsorção e troca iônica. O peptídeo de crescimento osteogênico (OGP) é um tetradecapeptídeo endógeno, cuja forma ativa gera ligações covalentes com as proteinases, mostrando ser um bom agente anabólico e estimulador hematopoiético. Neste contexto, o objetivo deste trabalho foi à preparação de materiais inorgânicos mesoporosos, a partir de sílica e de um surfactante não-iônico como agente direcionador de estrutura, incorporados com OGP, para atuarem como biomateriais na regeneração óssea. O peptídeo foi sintetizado pelo método em fase sólida (SPFS; estratégia Fmoc); foi purificado e caracterizado por Cromatografia Líquida de Alta Eficiência (HPLC), Espectrometria de Massas e Análise de Aminoácidos. Os materiais sólidos foram caracterizados por Espectroscopia na região do Infravermelho (FT-IR), Difração de Raios X (XRD), Espalhamento de Raios X à Baixo Ângulo (SAXS), Adsorção-dessorção de Nitrogênio a 77K (BET), Microscopia Eletrônica de Transmissão (TEM) e Microscopia Eletrônica de Varredura (SEM). A bioatividade in vitro desses materiais em Simulated Body Fluid (SBF) foi verificada por FTIR, SEM e XRD, e a adsorção e liberação do peptídeo marcado com 5,6-carboxifluoresceína da matriz mesoporosa foi monitorada por Espectroscopia de Fluorescência. Ficou evidente que a composição do material refletiu em diferentes características físicas, onde a área de superfície específica foi de 880, 484, 220 m2.g-1, para a LMSiO, LMSiCaP I e II, respectivamente, que por sua vez influenciou na porcentagem de... / Mesoporous materials have been widely studied due to their characteristics and potencial applications. The mesoporous silica has a high specific surface area (1000 m2.g-1) and pore size is usually around 2-30nm, and it has attracted much attention for applications in catalysis, adsorption and ion exchange. The Osteogenic Growth Peptide (OGP) is an endogenous tetradecapeptídeo, which generates the active form covalent bonds with proteases, showing to be a good anabolic agent and hematopoietic stimulator. In this sense, this work presents the preparation of inorganic mesoporous materials from silica and a nonionic surfactant as a structure director agent incorporated with OGP to act as biomaterials in bone regeneration. The peptide was synthesized by solid-phase method (SPFS; Fmoc strategy), purified and characterized by High Performance Liquid Chromatography (HPLC), Mass Spectrometry and Aminoacid Analysis. The solids were characterized by Infrared Spectroscopy (FT-IR), X-ray Diffraction (XRD), Small Angle X-ray Scattering (SAXS), Adsorption-desorption of Nitrogen at 77K (BET), Transmission Electron Microscopy (TEM) and Scanning Electron Microscopy (SEM). The in vitro bioactivity of these materials in Simulated Body Fluid (SBF) was studied by Infrared Spectroscopy (FT-IR), Scanning Electron Microscopy (SEM) and X-ray Diffraction (XRD), and loading and release of the peptide labeled with 5,6-carboxyfluorescein of mesoporous matrix was monitored by Fluorescence Spectroscopy. It was evident that the composition of the material reflects different physical characteristics, where the specific are was 880, 484, 220 m2.g-1 for LMSiO, LMSiCaP I e II, respectively, which in turn influenced the percentage of incorporation of the peptide (99% in LMSiO, 55% in LMSiCaO I e no adsorption in LMSiCaP II). The results... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-02-18Bitstream added on 2014-06-13T19:08:54Z : No. of bitstreams: 1 cespedes_gf_me_araiq.pdf: 806873 bytes, checksum: d4f792502dbe67b9a6199790a01daa7e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Cepas bacterianas resistentes aos antibióticos convencionais representam um problema de saúde global com forte impacto social e econômico. Desta maneira, há uma urgente necessidade de desenvolver antibióticos com novos mecanismos de ação. O grupo da Profª Drª Mariana S. Castro isolou e determinou a seqüência do peptídeo GWLDVAKKIGKAAFNVAKNFI-NH2, secretado na pele da rã Hypsiboas albopunctatus e qual mostrou atividade antimicrobiana. O objetivo do presente trabalho foi avaliar 3 análogos para obter informações a respeito da relação estrutura-atividade biológica. Os peptídeos foram sintetizados por SPFS utilizando a estratégia química Fmoc. As propriedades conformacionais dos peptídeos foram investigadas por CD em água, em TFE (agente indutor de estrutura secundária) e em micelas zwitteriônicas (LPC). As atividades antimicrobianas foram analisadas pela medida da concentração inibitória mínima em bactérias (uma Gram-positiva e duas Gram- negativa) e em fungos. O aminoácido triptofano foi usado como sonda para analisar a profundidade da inserção em miméticos de membrana. Os resultados mostraram que a SPFS foi útil, obtendo um material com alto índice de pureza. Os estudos de CD demonstraram que os peptídeos em água apresentam uma estrutura ao acaso, adquirindo um alto teor de a-hélice na presença de TFE e LPC. As interações peptídeo/miméticos de membranas indicaram que todos interagiram fortemente com as micelas, mas não com vesículas, com exceção do peptídeo “wild type”, que mostrou forte interação com ambos os modelos. Os resultados biológicos demonstraram que todos os peptídeos tem atividade (antibacteriana e antifúngica), porém, o “wild type” mostrou valores mais baixos de CIM. Além disso, nossos resultados sugerem que os peptídeos Hy- D-V 16, Hy-D-V 5,16 e Hy-K9 podem vir a ser potenciais modelos para o desenvolvimento de novas... / Antibiotic resistant bacterial strains represent a global health problem with a strong social and economic impact. Thus, there is an urgent need for the development of antibiotics with novel mechanisms of action. Castro´s group isolated and determined the sequence of the peptide GWLDVAKKIGKAAFNVAKNFI-NH2 of skin secretion from the frog Hypsiboas albopunctatus which showed antimicrobial activity. The aim of the present work was evaluated 3 analogues to supply information about the relationship structurebiological activity. The peptides were synthesized by SPPS using the Fmoc chemical approach. The conformational properties of the peptides were investigated by CD techniques in water, TFE (secondary structure-inducing agent) and in zwitterionic micelles (LPC). The antimicrobial activity was assayed by measuring growth inhibition of bacteria (one Gram-positive and two Gram-negative) and fungus. The tryptophan amino acid was used as probe to analyze the deeply of insertion in membrane mimetic. The result showed that the SPFS proved to be useful, and material with high purity was obtained. The CD studies demonstrated that peptides in water have random coil structure, acquiring high amount of a-helix in the presence of TFE and LPC. The interactions peptide/mimetic of membranes indicated that all strongly interacted with micelles, but not with vesicles, with the exception of “wild type” peptide, that showed strong interaction with the both models. The biological results demonstrated that all peptides have activity (antibacterial and antifungal), nevertheless, the “wild type” showed lower MIC values. In addition, our findings suggest that peptides Hy-D-V 16, Hy-D-V 5,16 and Hy-K9 as potential templates for the development of new drugs, therefore these analogous have the higher relationshipantimicrobial/hemolytic activity. These findings highlight the importance of single a-amino acid... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-07-24Bitstream added on 2014-06-13T18:09:16Z : No. of bitstreams: 1 vicente_ef_me_araiq.pdf: 1240368 bytes, checksum: 4c158f3620376ae0b43bb4349588c93c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Nas últimas décadas, um grande número de peptídeos antimicrobianos tem sido isolado de várias espécies de seres vivos, fazendo parte da sua imunidade inata. Estes peptídeos possuem algumas características em comum: 1) apresentam carga positiva (grande ocorrência de aminoácidos básicos); 2) possuem um porcentual considerável de aminoácidos hidrofóbicos e 3) apresentam grande tendência de adotarem estruturas secundárias anfipáticas. Devido à sua propriedade de permeabilizar e destruir membranas bacterianas, levando-as à morte, estes peptídeos são um foco de interesse no desenvolvimento de novos antibióticos. Um modo de estudo destas moléculas é por meio da adição de marcadores na seqüência peptídica, permitindo relacionar as propriedades conformacionais com a atividade biológica envolvida. Desta forma, este trabalho teve como objetivo sintetizar e avaliar 3 análogos de um novo peptídeo antimicrobiano extraído da pele da rã Hypsiboas albopunctatus de seqüência GWLDVAKKIGKAAFNVAKNF( I/L), denominado de hilina C (hyC), a fim de obter informações a respeito do seu mecanismo de ação e estruturação frente a miméticos de membrana. Os análogos possuem o composto paramagnético ácido 2,2,6,6-tetrametilpiperidina-N-oxil-4- amino-4-carboxílico (TOAC) substituindo os aminoácidos alanina na posição 13 e triptofano na posição 2, ou adicionado na extremidade N-terminal do peptídeo. Os peptídeos foram sintetizados por Síntese Peptídica em Fase Sólida (SPFS) utilizando a estratégia química Fmoc. As propriedades conformacionais dos peptídeos e as suas dinâmicas foram investigadas por dicroísmo circular (CD) e ressonância paramagnética eletrônica (RPE) em água, trifluoretanol (agente indutor de estrutura secundária), micelas zwitteriônicas (lisofosfatidilcolina - LPC) e em dois tipos de lipossomas de composições lipídicas diferentes:... / In recent decades, a large number of antimicrobial peptides have been isolated from several species of microorganisms as part of their innate immunity. These peptides have some particular features: 1) positive charges (high occurrence of basic amino acids), 2) a considerable percentage of hydrophobic amino acids and 3) greater tendency to adopt amphipatic secondary structures. Due to the property of permeabilizing and destroying bacterial membranes, causing cell death, these peptides are interesting regarding the development of new antibiotics. To study these molecules, markers were added in the peptide sequence, allowing conformational properties to relate with the biological activity involved. Thus, this work aimed to synthesize and evaluate 3 analogues of a new antimicrobial peptide extracted from the skin secretion of the frog Hypsiboas albopunctatus, whose sequence is GWLDVAKKIGKAAFNVAKNFI/L, called Hilina C (hyC) in order to obtain information of the mechanism of action and structure of this peptide, using membrane mimetics. The analogues have the compound paramagnetic amino acid 2,2,6,6-tetramethylpiperidine-1-oxyl-4-amino-4-carboxylic acid (TOAC) replacing the alanine at position 13 and triptofan in position 2, or added to the end of the Nterminal peptide. The peptides were synthesized by Solid Phase Peptide Synthesis (SPPS) using the Fmoc chemistry strategy. The conformational properties of peptides and their dynamics were investigated by electronic paramagnetic resonance (EPR) and circular dichroism (CD) in water, trifluorethanol (TFE) (secondary structure inducer agent), zwitterionics micelles (lysophosphatidylcholine - LPC) and two types of liposomes in different lipid compositions: PE:PA:PC and SM:PA:PC. The biological activities were examined by determining the minimal inhibitory concentration (MIC) in bacteria (two Gram-positive and two Gram-negative) and the minimal... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-07Bitstream added on 2014-06-13T20:29:49Z : No. of bitstreams: 1 braganholi_df_me_araiq_parcial.pdf: 104237 bytes, checksum: e3996c0a9549c5f5ea02263aa29adb8f (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:24:42Z: braganholi_df_me_araiq_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:27:39Z : No. of bitstreams: 2 braganholi_df_me_araiq_parcial.pdf.txt: 24116 bytes, checksum: 4311db628427328ebb1b15b5edcab15d (MD5) 000694394.pdf: 608461 bytes, checksum: dceff09293ceb64124b8735297fa48e3 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:33:16Z: 000694394.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:43:30Z : No. of bitstreams: 2 braganholi_df_me_araiq_parcial.pdf.txt: 24116 bytes, checksum: 4311db628427328ebb1b15b5edcab15d (MD5) 000694394.pdf: 608461 bytes, checksum: dceff09293ceb64124b8735297fa48e3 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-03T16:48:56Z: 000694394.pdf,Bitstream added on 2014-10-03T16:49:47Z : No. of bitstreams: 1 000694394.pdf: 608461 bytes, checksum: dceff09293ceb64124b8735297fa48e3 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-10-27T11:47:10Z: 000694394.pdf,Bitstream added on 2014-10-27T11:48:05Z : No. of bitstreams: 1 000694394.pdf: 608461 bytes, checksum: dceff09293ceb64124b8735297fa48e3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Morte súbita cardíaca (MSC) é um dos maiores problemas de saúde pública no mundo, afetando cerca de 335 mil pessoas por ano nos EUA e aproximadamente 712 pessoas por dia no Brasil, predominantemente na faixa etária mais produtiva. Principalmente em jovens, as causas são desordens cardíacas com anormalidades estruturais e arritmogênicas de origens genéticas; além disso, alguns medicamentos podem influenciar na susceptibilidade a MSC ou a doenças cardiovasculares. Como a morte pode ocorrer num período máximo de uma hora após o início dos sintomas e não ser decorrente de trauma ou violência, o diagnóstico da causa de morte pode ser dificultado. A análise genética nestes casos é muito útil para ajudar a identificá-la e informar aos parentes próximos sobre um possível fator genético de risco pré-existente. Este trabalho propôs padronizar as reações de PCR e SNaPshot em multiplex para analisar 11 SNPs (single nucleotide polymorphisms) relacionados à MSC (NEWTON-CHEH et al. 2009) em grupos de familiares brasileiros com histórico de insuficiência cardíaca para uma futura utilização na Genética Forense e Médica, entretanto, o multiplex contendo 8 SNPs mostrou ser mais eficiente . Para tanto, amostras foram coletadas de indivíduos com histórico familiar de: coronariopatia, cardiomiopatia hipertrófica ou familiar próximo que sofreu ataque cardíaco e, indivíduos sem este histórico utilizados como controles. As análises não apresentaram diferenças significativas entre o grupo de indivíduos com histórico e controle, mas, os dados são compatíveis com as freqüências conhecidas dos SNPs. Também identificou-se um provável fator hereditário para o SNP rs4725982 em uma das famílias / Sudden cardiac death (SCD) is a major public health problems worldwide, affeting about 335,000 people per year in the U.S. and approximately 712 people per day in Brazil, predominantly in the most productive age group. Especially in young people, the causes are structural abnormalities of cardiac disorders and genetic origins of arrhythmogenic, in addition, some medications may influence susceptibility to SCD or cardiovascular disease. As death can occur whitin a maximum of one hour after onset of symptoms and not be due to trauma or violence, the diagnosis of the cause of the death can be difficult. Genetic analysis in these cases is very useful to help identify them and inform close relatives about a possible genetic risk factor pre-existing. This work proposed to standardize the PCR and SNaPshot multiplex to analyze 11 SNPs (single nucleotide polymorphisms) related to the SCD (NEWTON-CHEH et al. 2009) in Brazilian familial groups with a history of heart failure for future use in Forensic Genetics and Medical. For this, samples were collected from individuals with a family history of heart disease, hypertrophic cardiomyophathy or close relative who suffered a heart attack, and individuals without this history used as controls. The analysis showed no siginificant differences between the group of the individuals with a history and control, but the data are compatible with the frequencies of known SNPs. It also identified a probable hereditary factor for the SNP rs4725982 in one of the studied families

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-11-16Bitstream added on 2014-06-13T19:28:59Z : No. of bitstreams: 1 ucci_ap_me_araiq.pdf: 1107212 bytes, checksum: d5908c197d6d3cb915d0549cd1755e02 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) é uma bactéria Gram-negativa responsável pelo o cancro cítrico. A doença causada por este fitopatógeno constitui numa das mais graves doenças da citricultura brasileira, cujas medidas de controle capazes de eliminar completamente a doença são ineficientes até o momento. O sequenciamento e anotação do genoma de Xcc juntamente com estudos relacionados à genômica funcional nesta bactéria realizados em nosso laboratório mostraram a existência, na bactéria, de alguns genes (copA e copB) que codificam proteínas envolvidas com o mecanismo de resistência a cobre (CopA e CopB). Os genes que codificam ambas proteínas estão organizados em um operon, cuja transcrição é induzida por cobre e é específica ao metal. Componentes a base de cobre são comumente usados na agricultura como agentes microbicidas a fim de reduzir a severidade desta e também de outras doenças nas plantas. Contudo, a eficácia do cobre está sendo reduzida pelo aparecimento de linhagens de bactérias resistentes a este metal, portanto, estudos visando a compreensão dos mecanismos moleculares envolvidos na resistência a cobre em Xcc são de grande importância. Uma pequena ORF (XAC3629) que codifica uma proteína hipotética de 152 aminoácidos e que se localiza upstream aos genes copAB foi identificada. Neste trabalho foi estudado o papel da ORF na regulação do operon copAB. Linhagens mutantes contendo a ORF XAC3629 interrompida por um transposon (XAC3629 / Xanthomonas citri subsp. citri (Xcc) is a Gram-negative bacterium that causes citrus canker, one of the most serious diseases in Brazilian crops, and the ways to eliminate it are not efficient. After sequencing and annotation of the Xcc genome our laboratory started to perform functional genomic studies in Xcc. Previous studies identified two genes (copA and copB) that encode proteins involved in the copper resistance mechanism (CopA and CopB). The genes are organized in an operon whose transcription is induced and specific to copper. Copper compounds are commonly used in agriculture in order to control plant diseases, however the copper effectiveness is being reduced due to the emergence of copper resistant bacteria strains. Therefore, studies related to copper resistance mechanism in Xcc are very relevant. A short ORF (XAC3629) which encodes an 152 amino acids hypothetical protein was identified upstream the operon copAB. In this work the role of the ORF in the operon regulation was studied. Mutant strains containing the ORF XAC3629 interrupetd by a transposon (XAC3629

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2011-12-08Bitstream added on 2014-06-13T18:50:18Z : No. of bitstreams: 1 arnosti_lv_me_araiq_parcial.pdf: 215593 bytes, checksum: 9aa2e576ef79aac6ab3e5f640a4d7dba (MD5) Bitstreams deleted on 2014-11-14T12:16:59Z: arnosti_lv_me_araiq_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-11-14T12:17:45Z : No. of bitstreams: 1 000694045.pdf: 771714 bytes, checksum: 54f50f27e86e669f9973e97bc2ab3d70 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A família Trypanosomatidae compreende um grande número de protozoários parasitas, incluindo importantes agentes etiológicos de doenças humanas. Entre os causadores de doenças, destaca-se o Trypanosoma brucei (responsável pela Doença do Sono) e o Trypanosoma cruzi (agente causador da Doença de Chagas). Ambos possuem como mecanismo de processamento dos seus mRNAs o “trans-splicing”, que envolve a excisão de íntrons e a união dos éxons de dois transcritos independentes, o splice-leader, e o pré-mRNA aceptor. As reações de cis e trans-splicing in vitro com extrato nuclear de células HeLa já foram padronizadas e utilizada como modelo em diversos experimentos. Entretanto, em tripanosomas, as únicas referências sobre a reação de transsplicing in vitro são de Vianna et. al., (2001) e Skaked et. al., (2010), com extratos de parasitas preparados de modos diferentes. A reação com células permeáveis do Trypanosoma cruzi foi usada como modelo para análise de drogas tripanocidas na reação de trans-splicing (Barbosa et. al., 2007); porém, não é um sistema livre de células conforme mencionado acima. Diante disso, este trabalho propõe reproduzir a reação de “trans-splicing” in vitro com extratos nucleares livre de parasitas utilizando as formas epimastigotas de T. cruzi e/ou as formas prociclicas de T. brucei e uma sequência parcial de alfa tubulina de T. cruzi como pré-mRNA aceptor. A padronização desta reação in vitro possibilitará avanços no entendimento da maquinaria do trans-spliceossomo, tornando-se também um modelo interessante para avaliação de mecanismo de ação de drogas tripanocidas / Trypanosomatidae family comprises a large number of protozoan parasites, including important etiological agents of neglected human diseases. Among the diseases’ agents, Trypanosoma brucei (responsible for sleeping sickness) and Trypanosoma cruzi (causative agent of Chagas' disease) are the most important parasites. Both have trans-splicing as a mechanism for the processing of its mRNA, which involves the excision of introns and union of exons form two independent transcripts, the spliceleader (SLRNA), and the acceptor pre-mRNA. The reaction of cis-and transsplicing in vitro with nuclear extract of HeLa cells has already been standardized and used as a model in several experiments. However, in trypanosomes, the only references on the reaction of trans-splicing in vitro are from Vianna et. al., (2001) and Skaked et. al., (2010), using parasitefree extracts prepared on different methods. For trypanocidal drugs analyze, trans-splicing reaction using T. cruzi permeable cells was used as a model (Barbosa et. al., 2007), but this is not the same as free-cell nuclear extract as mentioned above. Thus, this work shows trans-splicing in vitro reaction using nuclear extracts either from T. cruzi epimastigote forms and/or T. brucei procyclic forms reacting with the T. cruzi alpHa-tubulin cloned sequence as pre-mRNA acceptor. The standardization of this in vitro reaction will be able to promote advances to understanding the transspliceosomo machinery, as well as occurred in mammalian cis- and/or trans-splicing, becoming also an interesting model for evaluating trypanocidal drugs interference

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:05Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013-08-16Bitstream added on 2014-06-13T18:50:17Z : No. of bitstreams: 1 benites_ta_me_araiq_parcial.pdf: 365660 bytes, checksum: 563ff4de53643caf527ab2319e2ffd76 (MD5) Bitstreams deleted on 2014-11-14T12:17:01Z: benites_ta_me_araiq_parcial.pdf,Bitstream added on 2014-11-14T12:17:46Z : No. of bitstreams: 1 000721769.pdf: 1532537 bytes, checksum: 1f1f903eabe42a2227cf65971f622a31 (MD5) / O estudo das propriedades dielétricas das monocamadas automontadas de alcanotióis sobre o ouro (SAMs) é importante no campo da biotecnologia, já que essas camadas proporcionam uma estrutura fundamental na construção dos eletrodos quimicamente modificados, com sua principal aplicação na confecção dos biossensores. A análise das propriedades de bloqueio pelas SAMs é frequentemente feita por meio de técnicas eletroquímicas e de resposta em frequência, pois são extremamente eficazes no entendimento das características físico-químicas interfaciais de modificação desses filmes, além de apresentarem praticidade e velocidade de realização. Uma forma bastante apropriada de analisar a capacidade dielétrica das SAMs é quantificando a velocidade de transferência eletrônica frente a uma espécie eletroativa. Nesse trabalho foram caracterizadas monocamadas de diferentes espessuras em um meio com espécie eletroativa em concentrações variadas, a partir do cálculo da constante de transferência heterogênea de elétrons, feitas pelas metodologias propostas por diferentes autores e por uma metodologia inédita que será detalhada no corpo do trabalho / The study of the dielectric properties of self-assembled monolayers of alkanethiols on gold (SAMs) is of paramount importance to biotechnology, as these layers provide a fundamental structure in the construction of chemically modified electrodes, with its main application in fabrication of biosensors. The analysis of the blocking properties of SAMs is often done by electroanalytical techniques and frequency response, as they are extremely effective in understanding the physico-chemical interfacial modification of these films, and offer convenience and speed of execution. A very appropriate manner of evaluating the blocking ability of SAMs is quantifying dielectric constant and the heterogeneous electron transfer rate across from one electroactive species in solution. In this study monolayers of different thicknesses were characterized in a medium with electroactive species in different concentrations to calculate of the heterogeneous electron transfer constant by classical methods which were compared with a new methodology detailed in the present work

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:06Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-08-21Bitstream added on 2014-06-13T19:29:01Z : No. of bitstreams: 1 rodrigues_la_me_araiq.pdf: 583011 bytes, checksum: 78e62ce04f8c696564ffdab0083ba559 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho teve como proposta a caracterização de pectina, proteínas e açúcares de frutas tropicais e exóticas produzidas no Brasil, além do desenvolvimento de método de extração de pectina e estudo de sua viabilidade como ingrediente. A pectina, os açúcares e as proteínas, são biomoléculas de grande relevância no processo de fabricação de alimentos como doces, geléias, polpas, sucos, sorvetes, entre outros. Os frutos podem sofrer a ação de enzimas durante seu amadurecimento e processamento e por isso, o conhecimento e controle dessas proteínas são de fundamental importância para garantir a estabilidade do produto final. Outro ponto de interesse é a quantificação e qualificação dos açúcares presentes, pois suas concentrações em conjunto com os ácidos orgânicos estabelecem a qualidade sensorial harmônica da fruta. O conhecimento dessas concentrações e proporções pode ser determinante na avaliação do padrão de qualidade de uma matéria-prima e no preparo de uma formulação. Assim determinou-se o teor de pectina das frutas in natura, que variou de 10,50% na polpa de mangostão até a ausência de pectina na de massala. Desenvolveu-se, através de planejamento experimental, uma técnica de extração de pectina, em pH 1,6 a 90°C por 50 minutos. Ela levou a um rendimento de 30% e teor de 9% pectina no extrato. Esta técnica foi testada para aquelas frutas que apresentaram bom potencial para extração e se mostrou bastante eficiente para canistel, cajá-manga, goiaba, polpa de abacate, azeitona-do- Ceilão, casca de manga, polpa de fruta-pão e casca de maracujá. Os géis obtidos apresentaram viscosidade variando de 1880cp a 562cp e na maioria dos casos superior à viscosidade dos géis obtidos pela técnica padrão. As frutas apresentaram concentração de açúcares totais variando de 7,69g.ml-1, na bunchosia, a 0,13g.ml-1, na casca de cacau... / This paper has proposed the characterization of pectin, protein and sugar of tropical and exotic fruits produced in Brazil, besides the development of methodology of extraction of pectin and the study of its viability as an ingredient. Pectin, sugars and proteins are biomolecules of great importance in the manufacture of foods such as jams, jellies, fruit pulps, juices, ice creams, among others. The fruits may suffer the action of enzymes during the ripening and processing so the study and control of these proteins is of main importance for the stability of the final product. Another point of interest is the quantification and qualification of the sugars, because their concentrations together with the organic acids provide the harmonic sensory quality of fruit. Knowledge of these concentrations and proportions may be decisive in assessing the quality of a raw material and the preparation of a formulation. Once, it was determined the content of pectin in the fruit in natura, which ranged from 10.50% for the pulp of mangosteen to the absence of pectin in the massala one. It was developed, using experimental design, a technique of extraction of pectin at pH 1.6 and 90°C for 50 minutes. It showed a yield of 30% and content of pectin in the extract of 9%. This technique was tested for those fruits that had good potential for extraction and was very efficient for egg fruit, ambarella, guava, avocado pulp, Ceylon olive, mango peel, bread fruit pulp and passion fruit peel. The gels had viscosity ranging from 1,880cp to 562cp and in most cases higher than the viscosity of the gels obtained by the standard technique. The fruits showed total sugars content varying from 7,69g.ml-1, for bunchosia, to 0,13g.ml-1, for cocoa hulls. On the other side, the content of reducing sugars varied from 3,63g.ml-1, for atemoya pulp, for 0,18g.ml-1, of avocado. Those who had higher reducing sugar content compared... (Complete abstract click electronic access below)