Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, 2006. / Submitted by Érika Rayanne Carvalho (carvalho.erika@ymail.com) on 2009-10-03T23:21:41Z No. of bitstreams: 1 2006_Carlos Frederico Martins.pdf: 1121178 bytes, checksum: b2ff281db7605650ff17aff1cbe0f4d0 (MD5) / Approved for entry into archive by Luanna Maia(luanna@bce.unb.br) on 2010-01-04T14:24:21Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_Carlos Frederico Martins.pdf: 1121178 bytes, checksum: b2ff281db7605650ff17aff1cbe0f4d0 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-01-04T14:24:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_Carlos Frederico Martins.pdf: 1121178 bytes, checksum: b2ff281db7605650ff17aff1cbe0f4d0 (MD5) Previous issue date: 2006 / A liofilização é um método que visa à preservação celular através da retirada da água dos sistemas biológicos por sublimação do gelo. Recentemente, a liofilização tem sido aplicada para preservar espermatozóides de mamíferos, representando uma ferramenta alternativa para conservação do material genético. Nesta tese foi testado o efeito da liofilização com diferentes meios protetores sobre a estrutura e a função dos espermatozóides bovinos. Para isto foram testados os seguintes meios: (T 1) - TCM hank’s com 10% de SFB; (T 2) - TCM hank’s com 10% de SFB e trehalose 0,2 M; (T 3) – Solução de EGTA, composta de 50mM/L de EGTA [ethylene glycol-bis (-aminoethyl ether)-N,N,N’,N’-tetraacetic acid] e 10mM/L de tris-HCl. Os efeitos da liofilização espermática foram estudados utilizando-se a microscopia óptica, para avaliar motilidade, retenção de cauda e de acrossoma com o uso da coloração de giemsa; a microscopia eletrônica, para avaliar ultra-estruturas importantes, tais como: membrana plasmática, acrossoma, mitocôndrias e microtúbulos; microscopia de fluorescência para avaliar a condição nuclear, através das técnicas de acridine orange test (AOT) e terminal deoxynucleotidyl transferase-mediated dUDP nick-end labeling (TUNEL); e finalmente a injeção intracitoplasmática de espermatozóide (ICSI), para verificar o potencial de fecundação e de desenvolvimento embrionário dos espermatozóides liofilizados. Os resultados do primeiro trabalho indicaram que a viabilidade nuclear pode ser preservada de acordo com o meio protetor utilizado. Ainda demonstrou que a técnica de TUNEL é mais sensível que AOT para identificar danos nucleares, sendo a mais indicada para esta finalidade. No segundo trabalho, os dados revelaram que a liofilização ainda é um método agressivo aos espermatozóides, danificando a membrana plasmática e tornando-os imóveis. Porém, algumas estruturas, como acrossomo e mitocôndrias foram preservadas em todos os tratamentos. O núcleo foi melhor preservado nos meios com trehalose e EGTA. Estes tratamentos com a menor porcentagem de fragmentação nuclear também apresentaram as melhores taxas de cabeças descondensadas, formação de pró-núcleos e desenvolvimento embrionário, confirmando a avaliação de TUNEL. Estes resultados indicaram que o espermatozóide liofilizado participa do processo de fecundação quando utilizado pela ICSI. Entretanto, estudos adicionais são necessários, sendo que a melhoria desta tecnologia dependente dos meios protetores e de avanços na técnica de ICSI nos bovinos. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Lyophilization is a procedure developed for cell preservation, as a result of restriction of active water from biological systems by ice sublimation. Recently, freezedrying process has been used to preserve mammalian spermatozoa, becoming an alternative tool for genetic material preservation. In the present thesis the effect of lyophilization with different protecting medium on the bovine sperm cells structure and function was evaluated. The following medium were tested: (T 1) - TCM Hank’s with 10% FCS; (T 2) - TCM Hank’s with 10% de SFB and trehalose 0,2 M; (T 3)–EGTA solution, composed of 50mM/L de EGTA [ethylene glycol-bis (-aminoethyl ether)- N,N,N’,N’- tetraacetic acid] and 10mM/L of Tris-HCl. Effects of sperm lyophilization were evaluated using optical microscopy analysis to assess motility, maintenance of the tail, and acrosome integrity by trypan-bleu/giensa stain; electron microscopy analysis was used to evaluated ultrastructure of important components such as plasma membrane, acrosome and microtubules; fluorescence microscopy was used to analyzed nuclear integrity by Acridine Orange Test (AOT) and terminal deoxynucleotidyl transferasemediated dUDP nick-end labeling (TUNEL); and finally, intracytoplasmic sperm injection (ICSI) to verify the fecundity and embryo development potential of lyophilized spermatozoa. The results of the first experiment indicated that nuclear viability preservation depends on the protector media utilized. In addition, it showed that TUNEL technique is more sensitive than AOT to detect nuclear damage, being the most indicated for nucleus evaluation. In the second experiment, data demonstrated that lyophilization is an aggressive procedure for the sperm cells, causing damage in the plasma membrane and lost of motility. However, other cell components such as acrosome and mitochondria were similarly preserved in all treatments. Nuclei were better conserved in medium containing EGTA and trehalose. Those treatments, which had lower of fragmented DNA, also presented higher rates of decondensed sperm head, pronucleus formation and embryo development, confirming TUNEL evaluation. Theses results suggested that freeze-drying spermatozoa participate in the process of fertilization when used for ICSI. However, additional studies are needed, being the improvements in this technology reliant on the adequate protector media and in the higher efficiency of ICSI technique.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2013. / Submitted by Larissa Stefane Vieira Rodrigues (larissarodrigues@bce.unb.br) on 2014-11-05T11:13:14Z No. of bitstreams: 1 2013_PaulaLorenaGrangeiraSouto.pdf: 1190405 bytes, checksum: 29802022a038de84ea7e1b6c4dc4ba06 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2014-11-05T16:22:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2013_PaulaLorenaGrangeiraSouto.pdf: 1190405 bytes, checksum: 29802022a038de84ea7e1b6c4dc4ba06 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-11-05T16:22:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2013_PaulaLorenaGrangeiraSouto.pdf: 1190405 bytes, checksum: 29802022a038de84ea7e1b6c4dc4ba06 (MD5) / O bovino Pantaneiro é uma raça localmente adaptada que se desenvolveu no bioma Pantanal brasileiro ao longo de quase 500 anos sob pressão de seleção natural. Estudos acerca de animais localmente adaptados são essenciais para nortear as ações dos programas de conservação de recursos genéticos animais. Assim, o objetivo deste trabalho foi correlacionar o perfil eletroforético bidimensional das proteínas do plasma seminal com a congelabilidade do sêmen de touros Pantaneiros. Utilizou-se ejaculados de dezoito touros Pantaneiros, divididos em dois grupos: de melhor e de pior congelabilidade. As amostras de sêmen pré- criopreservação foram avaliadas quanto à motilidade, vigor e morfologia espermática e as amostras de sêmen pós-criopreservação, avaliadas quanto à cinética pelo CASA, morfologia, integridade de membrana e acrossoma. As amostras de plasma seminal foram obtidas por centrifugação do sêmen e as proteínas seminais separadas por meio de eletroforese bidimensional em géis de poliacrilamida (SDS-PAGE), corados com Coomassie coloidal G- 250 e analisados por meio do aplicativo PDQuest™. Foram detectados 277 spots nos mapas bidimensionais do plasma seminal de reprodutores Pantaneiros. Nove spots apresentaram associações consistentes e significativas com os parâmetros seminais pós-criopreservação. Destes spots, cinco apresentaram diferença (P<0,05) entre os grupos de melhor e pior congelabilidade do sêmen. A análise multivariada apontou cinco spots correlacionados positivamente com os parâmetros de boa congelabilidade do sêmen. Houve diferenças no perfil proteico do plasma seminal entre os reprodutores de melhor e de pior congelabilidade do sêmen e a análise dos géis revelou uma heterogeneidade nos perfis individuais. Devido à associação dos spots 8305, 9217, 2603, 3514 e 2227 a proteínas encontradas em amostras de sêmen de alta congelabilidade e também relacionadas a eventos benéficos sobre as funções espermáticas, sugere-se que a presença dos mesmos está ligada à melhor congelabilidade do sêmen de touros Pantaneiros. ________________________________________________________________________________ ABSTRACT / The Pantaneiro cattle is a locally adapted breed that has been developed in the brazilian Pantanal biome over almost 500 years under the pressure of natural selection. Studies on locally adapted breeds are essential to guide the actions of the programs for conservation of animal genetic resources. The aim of this study was to correlate the two-dimensional electrophoretic profile of seminal plasma proteins with semen freezability from Pantaneiro bulls. We used ejaculates from eighteen Pantaneiro bulls divided into two groups: best and worst freezability. The sperm parameters motility, viability and morphology were evaluated before cryopreservation and also were evaluated after cryopreservation and further were evaluated CASA kinetics, integrity membrane and acrosome. Seminal plasma samples were obtained by semen centrifugation and seminal proteins were separated by two-dimensional polyacrylamide gel electrophoresis (SDS-PAGE). The gels were stained with colloidal Coomassie G-250 and analyzed using the PDQuest™. Were detected 277 spots in two-dimensional maps of the seminal plasma of Pantaneiro bulls. Nine spots showed consistent and significant associations with semen parameters after cryopreservation. Five these spots showed differences (P<0.05) between freezability groups. The multivariate analysis showed five spots positively correlated with the semen parameters for good freezability. There were differences in the seminal plasma protein profile between bulls of best and worst semen freezability. The analysis of the gels also revealed heterogeneity in individual profiles. Due the association of spots 8305, 9217, 2603, 3514 and 2227 with proteins found in animals with high freezability of semen and it relating to beneficial events on sperm functions, it is suggested that their presence is linked to better semen freezability of Pantaneiro bulls.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2009. / Submitted by Larissa Ferreira dos Angelos (ferreirangelos@gmail.com) on 2010-05-05T17:45:23Z No. of bitstreams: 1 2009_JosedeOliveiraCarvalhoNeto.pdf: 892538 bytes, checksum: d6830e182d5bd383c67b689fda62bdc3 (MD5) / Approved for entry into archive by Lucila Saraiva(lucilasaraiva1@gmail.com) on 2010-05-19T06:07:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_JosedeOliveiraCarvalhoNeto.pdf: 892538 bytes, checksum: d6830e182d5bd383c67b689fda62bdc3 (MD5) / Made available in DSpace on 2010-05-19T06:07:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_JosedeOliveiraCarvalhoNeto.pdf: 892538 bytes, checksum: d6830e182d5bd383c67b689fda62bdc3 (MD5) Previous issue date: 2009-05 / Estudos utilizando sêmen sexado por citometria de fluxo têm demostrado uma menor fertilidade deste quando comparado ao não sexado. Sendo assim, o objetivo deste estudo foi avaliar a qualidade estrutural e funcional da célula espermática após sexagem por citometria de fluxo. Amostras de sêmen congelado de quatro touros foram utilizadas. Um ejaculado de cada touro foi coletado e fracionado em três partes, sendo: não sexado (NS), contendo espermatozóide sexado X (SX) e Y (SY). Uma palheta de sêmen foi descongelada sendo uma amostra retirada para avaliação da cinética espermática por sistema computadorizado (CASA computer-assisted semen analysis), aglutinação de cabeça, alterações morfológicas, integridade das membranas plasmáticas e acrossomal, capacitação espermática e integridade da cromatina. O restante foi depositado em gradiente de Percoll de 90:45% (NS90) ou 60:45% (NS60, SX e SY). Após centrifugação em gradiente de Percoll, o pellet resultante foi homogeneizado, sendo utilizado para avaliação espermática ou PIV. Cada procedimento foi repetido três vezes em manipulações diferentes. Para PIV, 2271 ovócitos maturados in vitro foram utilizados, sendo avaliada taxa de fecundação por coloração lacmóide 18 horas pi, clivagem avaliada em D2 (48 hpi) e a taxa de produção de blastocisto avaliada em D6, D7, D8 e D9 de cultivo. Os dados foram analizados usando procedimento GLIMMIX do programa SAS(R) (p < 0,05). Nas características espermáticas avaliadas antes ou após a passagem pelo gradiente de Percoll, nenhuma diferença foi observada entre os grupos SX e SY para todas as variáveis estudadas. As avaliações realizadas antes e após a passagem pelo gradiente de Percoll mostraram que o sêmen não sexado apresentou maior motilidade, maior porcentagem de células com membrana íntegra e células vivas com acrossoma intacto do que o sêmen sexado. Foi observado um efeito do gradiente de Percoll nas amostras de sêmen não sexado, sendo que aquelas submetidas ao gradiente de 90:45% apresentaram maior motilidade, maior porcentagem de células com membrana intacta e menor taxa de recuperação do que as submetidas ao gradiente de 60:45%. Para taxa de fecundação não foi encontrada diferença entre os grupos. O grupo NS90 apresentou maior taxa de clivagem do que o grupo SY, enquanto que os grupos NS60 e SX foram semelhantes aos demais. A taxa de produção de blastocisto dos dias 6, 7, 8 e 9 de cultivo foi maior no grupo NS90 do que no NS60, SX e SY. Com relação à cinética de desenvolvimento embrionário, não foi observado diferença entre os grupos no estágio do embrião nos dias 6, 7, 8 e 9 pi. Os resultados indicam que o processo de sexagem afeta as características espermáticas, mas não causa diminuição da fertilidade in vitro. No entanto, a diferença nas taxas de blastocisto entre os grupos NS60 e NS90 indica que há um efeito do protocolo de seleção espermática na produção de embriões. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Several studies using sex-sorted sperm by flow cytometry have shown that sexed sperm has lower fertility than the non-sexed. Therefore, the objective of the present study was to evaluate structural and functional characteristics of sperm sexed by flow cytometry. In addition, in vitro embryo production and development was assessed when sexed and non-sexed sperm were used for in vitro fertilization. Frozen sexed and non-sexed semen from four sires were used. One ejaculate from each bull was obtained and separated into three portions, being non-sexed (NS), sexed for X (SX) and sexed for Y (SY). Frozen-thawed semen from each sample was analyzed for motility by computer-assisted semen analysis (CASA), sperm head agglutination, sperm morphology, plasma membrane integrity, acrosome integrity, capacitation and chromatin integrity. Then, the samples were placed in 90:45% (NS90) or 60:45% (NS60, SX e SY) Percoll gradient. After Percoll centrifugation, the pellet was used for sperm analysis or IVF. All sperm quality tests and IVF experiments were repeated three times in independent replicates. For IVF a total of 2271 in vitro matured oocytes were used. To assess fertilization rate presumptive zygotes were fixed and stained with lacmoid at 18 hpi. Cleavage was evaluated at D2 (48 hpi) and blastocyst at D6, D7, D8 and D9 of culture. Data were analyzed using proc GLIMMIX of SAS(R) (p < 0.05). No differences were observed between SX and SY groups for any of the sperm variables evaluated either before or after Percoll centrifugation. The evaluations performed before and after Percoll treatment showed that non-sexed sperm had higher motility, higher percentage of cells with intact membrane and higher percentage of live cells with intact acrosome than sexed sperm. An effect of Percoll gradient was observed in the non-sexed samples, with those submitted to 90:45% gradient presenting higher motility, higher percentage of cells with intact membrane and lower recovery rate than those submitted to a 60:45% gradient. No differences among groups were observed for fertilization rate. NS90 group showed higher cleavage rate than the SY group, while groups NS60 and SX had similar rates to the others. Blastocyst rates at D6, D7, D8 and D9 of culture was greater for group NS90, and similar among NS60, SX and SY groups. Regarding embryo development kinetics, all groups showed similar developmental stages on D6, D7, D8 and D9. The results suggest that although the sex-sorting procedure by flow cytometry affected sperm characteristics, it did not cause a decrease on in vitro fertility. In addition, differences in blastocyst rates between groups NS60 and NS90 indicated an effect of sperm selection protocol on embryo production.

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2018. / Submitted by Robson Amaral (robsonamaral@bce.unb.br) on 2018-05-09T17:14:39Z No. of bitstreams: 1 2017_ArnaldoBassoRebelato.pdf: 35734137 bytes, checksum: 2380133c3198a10ab6343b850b94c52c (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2018-06-06T20:49:37Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_ArnaldoBassoRebelato.pdf: 35734137 bytes, checksum: 2380133c3198a10ab6343b850b94c52c (MD5) / Made available in DSpace on 2018-06-06T20:49:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_ArnaldoBassoRebelato.pdf: 35734137 bytes, checksum: 2380133c3198a10ab6343b850b94c52c (MD5) Previous issue date: 2018-06-06 / A intensa seleção direcional, e o uso intensivo de métodos de reprodução assistida, observado nas últimas décadas na raça Nelore, sugerem perda da diversidade genética e baixo número efetivo da população. Processos que auxiliem na estimativa de níveis de consanguinidade dos rebanho e identificação de pacotes de genes favoráveis e desfavoráveis à produção que foram fixados nessa raça, poderão contribuir para traçar diretrizes a serem seguidas pelos programas de melhoramento em andamento. Os objetivos deste trabalho foram identificar os parâmetros mais adequados para estimar corridas em homozigose, do inglês Runs of Homozygosity (ROHs), em uma população de bovinos da raça Nelore; estimar níveis de autozigosidade individual a partir do cálculo do índice FROH ; e identificar Assinaturas de Seleção a partir da análise da distribuição de ROHs comuns. Foi utilizado o comprimento mínimo de 200 SNPs com 2 heterozigotos permitidos para a identificação de ROHs visando à obtenção de Assinaturas de Seleção na raça Nelore. As características das 120.707 ROHs observadas sugerem presença de eventos de consanguinidade recentes, devido à alta incidência de trechos longos, presentes em grande parte dos animais estudados (84,55%) e eventos antigos, devido à alta proporção de trechos curtos (96,23% de todas as ROHs identificadas abaixo de 10Mb). As estimativas de FROH indicaram altos níveis de autozigosidade no rebanho, em eventos de consanguinidade recente (até 3 gerações), subindo gradativamente até eventos antigos (acima de 50 gerações), sugerindo elevado nível de parentesco direto na população e efeitos de seleção direcional na raça ou na espécie. A análise da frequência de ROHs comuns por SNPs levou a identificação de Assinaturas de Seleção nos cromossomos BTA4, 7 e 12, além de indícios de Assinatura de Seleção também no cromossomo BTA24. O estudo de sobreposição de QTL identificou QTLs nas regiões conservadas, relacionados a Características Reprodutivas; Crescimento; Produção de Carne, Carcaça e Conformação; Habilidade Materna; Eficiência Alimentar; Termorregulação e Resistência a Endo e Ectoparasitas. Os resultados encontrados mostraram-se em conformidade com o esperado, devido às características da população estudada. / The intense directional selection and the intensive use of assisted reproduction methods observed in last decades in the Nelore breed suggest a loss of genetic diversity and a low effective number. Processes that assist in estimating leveis of inbreeding of the herd and in Identification of favorable and unfavorable groups of genes, that have been fixed in this breed can contribute to the development of ways to be followed by breeding programs in progress. The objective of this study was to identify most appropriate parameters to estimate Runs of Homozygosity - ROHs in a Nelore cattle population; individual autozigosity leveis, from the FROH index calculation and identify Signatures Selection, in this population, from the analysis of the distribution of common ROHs. Was used minimum length of 200 SNPs with 2 allowed heterozygotes for identification of ROHs with the purpose the identification of Signatures Selection on Nelore Breed. The characteristics of the 120,707 ROHs observed suggest the presence of recent inbreeding events due to the high incidence of long stretches, present in most of the animais studied (84.55%) and old events, due to the high proportion of short stretches (96.23 % of all ROHs identified below 10Mb). FROH estimates indicated high leveis of autozigosity in the herd, in recent inbreeding events (up to 3 generations), growing gradually to ancient events (over 50 generations), suggesting a high levei of direct parentage in the population and effects of directional selection in the breed or species. Analysis of the frequency of common ROHs by SNPs, allowed to the identification of Signatures Selection on BTA4, 7 and 12, and signs of Signatures Selection on the BTA24 chromosome. The study of overlapping of QTL identified QTLs in the conserved regions, related to Reproductive Characteristics; Growth; Meat, Carcass and Conformation Production; Maternal Ability; Food Efficiency; Thermoregulation and Resistance to Endo and Ectoparasites. The results found were similar to those described previously and in accordance with the expected, due to the characteristics of the studied population

Tese (doutorado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, 2014. / Submitted by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2015-10-29T16:48:27Z No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2015-11-03T16:38:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-03T16:38:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_RonyereOlegáriodeAraújo.pdf: 4270132 bytes, checksum: b8eb31c01bc20ef717b29e72f0b56d8e (MD5) / Desenvolvimento de um painel de marcadores snp de baixa densidade e análise de desequilíbrio de ligação de polimorfismos em genes candidatos em bovinos da raça Girolando. Ronyere Olegário de Araújo e Alexandre Rodrigues Caetano – Pesquisador PhD, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília/DF. A crescente evolução de tecnologias tornaram possível analisar o genoma de várias espécies, compreender suas funções dentro dos sistemas biológicos e, sobretudo, começar a entender os mecanismos que controlam as interações entre os genótipos e os efeitos ambientais que estão envolvidos com a expressão de características de interesse econômico. O objetivo deste trabalho foi desenvolver e validar um painel personalizado a partir de um ensaio de 384 marcadores SNP localizados em genes candidatos que afetam características de produção, doenças genéticas, e para controle de parentesco, em animais da raça Girolando. Um total de 576 animais foram testados com o painel de 384 SNPs. Os SNPs selecionados foram usados para construir um painel baseado na tecnologia GoldenGate®. Os dados brutos da genotipagem foram analisados com o Módulo de Genotipagem do programa GenomeStudio, V2010.1, utilizando parâmetros padrão para clusterização dos dados de cada SNP. Como critério de filtragem dos SNPs e das amostras foram adotados os parâmetros: Separação de Clusters, Frequência de Genotipagem e a Taxa de Genotipagem. Após aplicação destes critérios, o arquivo final ficou composto de 249 SNPs e 419 animais. Após aplicação dos critérios de filtragem, foi possível observar uma diminuição da proporção de SNPs polimórficos (53,4%). Deste painel, 72 e 47 SNPs, estavam localizados nos cromossomos BTA06 e BTA14, respectivamente, e foram utilizados para os estudos de desequilíbrio de ligação - DL (parâmetros D’ e r2) e construção de blocos de haplótipos. As estimativas dos valores de DL entre os SNPs variaram de moderada à baixa magnitude, entre si e entre os BTAs. Para o parâmetro D’, a menor estimativa foi obtida para o BTA15 (0,0954) e a maior para o BTA24 (0,5311). Por outro lado, o parâmetro r2 apresentou menor estimativa no BTA17 (0,0011) e a maior no BTA22 (0,0834). Observou-se na população estudada a existência de 32 haplótipos em seis regiões do BTA06, com frequências observadas variando de 0,011 a 0,970. O número de SNPs capturados (TagSNPs) no BTA6 variou de 2 a 4 entre as regiões estruturadas e a distância entre eles variou de 75 a 70.177 pb. Para o BTA14, a estimativa de DL revelou a existência de 13 haplótipos em 4 regiões deste cromossomo, com frequências observadas variando de 0,023 à 0,589. Em geral, o número de SNPs capturados entre as regiões estruturadas no BTA14 foi igual a 2 e a distância entre eles variou de 225 a 17.284 pb, o que reduz em 50% os esforços no processo de genotipagem para cada uma das regiões gênicas estruturadas. Os resultados deste trabalho permitiram a caracterização de estruturas de blocos de haplótipos, em regiões genômicas relacionados com características de interesse zootécnico em animais da raça Girolando e poderão ser utilizados em estudos de associação entre essas regiões com características produtivas. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Development of a low density SNP marker panel and analysis of linkage disequilibrium of polymorphisms in candidate genes in Girolando cattle. Ronyere Olegário de Araújo and Alexandre Rodrigues Caetano – Research PhD, Embrapa Recursos Genéticos e Biotecnologia, Brasília/DF. Recent technological advances made it possible to analyze the genomes of several species, understand their function within biological systems, and above all allow for initial understanding of mechanisms that control interactions between genotypes and environmental effects that are involved in the expression of traits of economic interest. The objective of this study was to develop and validate a custom panel with 384 SNP markers located in candidate genes affecting production traits, genetic diseases, and that could be usef for paternity control in Girolando cattle. A total of 576 animals were tested with 384 SNP panel using GoldenGate® technology on a BeadExpress platform. Raw genotyping data were analyzed with the Genotyping Module in the GenomeStudio platform v2010.1 using standard parameters for clustering the data from each SNP. Data quality control and filtering was performed usingthe following parameters: Clusters separation, Genotyping Frequency and Genotyping Rate. After application of those criteria the final dataset was composed of 249 SNPs and 419 animals. After applying QC criteria, we observed a decrease in the proportion of polymorphic SNPs (53.4%). The panel contained 72 and 47 SNPs from chromosomes BTA06 and BTA14, respectively. Linkage disequilibrium studies - LD (parameter D' and r2) and construction of haplotype blocks were performed. Estimates of LD values between SNPs ranged from moderate to low magnitude among themselves and between BTAs. For the parameter D', the lowest estimate was obtained for the BTA15 (0.0954) and the highest estimated in BTA24 (0.5311). Conversely, r2 showed the lowest estimates in BTA17 (0.0011) and higher in BTA22 (0.0834). A total of 32 haplotypes in six regions of BTA06 with frequencies ranging from 0.011 to 0.970 were observed. The number of SNPs captured (TagSNPs) in BTA6 ranged from 2 to 4 between the structured regions and the distance between them ranged from 75 to 70177 pb. For BTA14, estimated LD revealed 13 haplotypes in four regions of the chromosome with observed frequencies ranging from 0.023 to 0.589. In general, the number of SNPs captured between the structured regions in BTA14 was equal to 2 (the own TagSNP and the adjacent SNP) and the distance between them ranged from 225 to 17284 pb, which could result in reductions of 50% in genotyping efforts for each gene structured regions. These results allowed the characterization of haplotype block structures in genomic regions related to traits of interest in Girolando cattle and will be useful for performing association studies between the characterized regions with production traits.

Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2016-06-17T16:54:07Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1269695 bytes, checksum: f49b118e7b1dac5dc18d7437830e5087 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-17T16:54:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1269695 bytes, checksum: f49b118e7b1dac5dc18d7437830e5087 (MD5) Previous issue date: 2016-02-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Este estudo foi dividido em 3 experimentos objetivando-se: 1) investigar os efeitos da supernutrição materna sobre o desenvolvimento gonadal e expressão gênica hipofisário- gonadal em fetos bovinos no terço final da gestação. Vinte e sete vacas secas multíparas foram alimentados ad libitum (E) ou em nível de mantença (M) de mesma dieta. Doze vacas de H (n = 6) e M (n = 6) gestantes de fetos do sexo feminino foram submetidos à eutanásia aos 199 e 268 dias de gestação (DG; n = 3 para H ou M em cada DG). Quinze vacas de H (n = 6) e M (n = 9) gestantes de fetos masculinos foram sacrificados aos 139, 199 e 241 DG (n = 2 para H e n = 3 para M em cada DG). 2) Avaliar os efeitos de diferentes planos nutricionais no desenvolvimento do parênquima mamário (PAR), na expressão de marcadores lipogênicos (CD36, ACCA, FASN, ADIPOR1), nas concentrações de hormônios no sangue e expressão hepática dos genes GHR, IGF1, IGFBP2 e IGFBP3 em novilhas pre-púberes. Dezoito novilhas foram alimentadas 1 de 3 planos nutricionais (n = 6 / tratamento) para sustentar um ganho médio diário (GMD), como segue: alto ganho (AG-1 kg/d), baixo ganho (BG- 0,5 kg/d) ou mantença (MA). 3) Elucidar se os padrões de expressão dos genes ESR1, GDF9, FSHR, LHR, BMPR2, TGFB1, TGFB2, BMP15, BMP6, BMP7, CYP19A1, HSD3B1, IGFR, IGF1 e IGF2 poderiam estar envolvido na modulação do início da puberdade em novilhas da raça Brahman. No primeiro experimento, os números de folículos primordiais e totais foram menores nos ovários dos fetos oriundos de vacas alimentadas E do que das vacas M. Estes resultados foram opostos para folículos pré-antrais e antrais. As proporções volumétricas e os diâmetros dos cordões seminíferos foram menores nos testículos dos fetos oriundos das vacas alimentadas E em comparação as vacas M. A expressão pituitária do gene FSH foi maior nos fetos fêmeas de vacas alimentadas E do que das vacas M, independentemente do DG, ao passo que a expressão do gene LHB não diferiu. As expressão ovarianas fetais dos genes P450 aromatase, StAR, BMPR2, TGFB1, GDF9, FSHR, Bax e CASP3 foram maiores dos fetos oriundos das vacas alimentadas E do que 5 das vacas M, independentemente do DG. As expressões testiculares fetais dos genes StAR, HSD17B3, IGF1, IGF2 e IGF1R foram maiores dos fetos oriundos das vacas alimentadas M do que das vacas E. De modo geral, a ingestão materna ad libitum parece afetar o crescimento folicular ovariano fetal e números de folículos, o qual pode influenciar o tamanho da reserva ovariana em sua prole. Nos fetos machos, a ingestão materna ad libitum parece perturbar o desenvolvimento testicular e pode ter implicações na produção de esperma. No segundo experimento, os pesos dos PAR mamário e relação PAR/GM foram menores nas novilhas de AG do que novilhas de MA e BG, visto que a gordura extraparenquimal mamária foi maior nas novilhas de AG do que em outros grupos. Novilhas alimentadas para AG apresentaram maior fração de lipídica e menor fração proteica no PAR. No entanto, o número de adipócitos intraparenquimais foi semelhante entre os grupos. Novilhas alimentadas para AG tiveram maior concentração sérica de IGF1 do que outros, e a concentração sérica de insulina foi menor nas novilhas de AG em comparação as novilhas de MA e BG. Os genes GHR, IGF1 e IGFBP3 foram up-regulados enquanto o gene IGFBP2 foi down-regulado no fígado das novilhas de HG relação aos outros grupos. Os genes CD36, ACCA, FASN e ADIPOR1 foram-se up- regulados pelo nível de ingestão de nutrientes. No geral, estes resultados demonstram que a elevada ingestão de nutrientes favoreceu ao acúmulo de gordura corporal e na glândula mamária. Estes resultados poderiam servir como preditores do comprometimento do desenvolvimento mamário. Finalmente, os dados qRT-PCR obtidos no terceiro experimento revelaram maior expressão dos genes FSHR, BMP7, CYP19A1, IGF1 e IGF1R em novilhas pre-púberes em comparação as novilhas pós- púberes. Além disso, a expressão do gene IGF1 foi positivamente correlacionada com a expressão do gene BMP7 (P = 0.07; r = 0.84) e a expressão do HSD3B1 foi negativamente correlacionada com a expressão do gene CY19A1 (P = 0.3; r = -0.90). Estes resultados sugerem que a expressão diferencial dos genes ovarianos pode estar associado com as alterações na dinâmica folicular e diferentes tipos de populações celulares, os quais surgiram como consequência da puberdade e a fase lútea. A hipótese que emerge é que dois reguladores-chave da atividade do ovário pré-puberdade, BMP7 e IGF1 modulam a expressão de FSHR, LHR, IGFR1 e CYP19A1. BMP7 parece regular LHR e up-regular FSHR e CYP19A1, que medeiam a dinâmica folicular ovariana dessas 6 novilhas. Portanto, BMP7 e IGF1 parecem desempenhar papéis reguladores sinérgicos e foram previstos interagir entre si. / This study was divided in three experiments that aimed to: 1) investigate effects of maternal overnutrition on gonadal development and pituitary-gonadal gene expression in cattle fetuses at mid and late gestation. Twenty-seven multiparous dry cows were fed either high (ad libitum, H) or moderate (M) intake of the same diet. Twelve cows from H (n=6) and M (n=6) intake carrying females fetuses were euthanized at 199 and 268 days of gestation (DG; n=3 for H or M on each DG). Fifteen cows from H (n=6) and M intake (n=9) carrying male fetuses were euthanized at 139, 199 and 241 DG (n=2 for H and n=3 for M on each DG). 2) To evaluate effects of different planes of nutrition on mammary parenchyma (PAR) development, expression of lipogenic marks (CD36, ACCA, FASN, ADIPOR1), concentrations of blood hormones and liver GHR, IGF1, IGFPB-2 and -3 mRNA expression in prepubertal heifers. Eighteen heifers were fed 1 of 3 nutrient intake levels (n = 6/treatment) designed to sustain an average daily gain (ADG), as follows: high gain (HG-1 kg/d), low gain (LG- 0.5 kg/d) or maintenance (MA). 3) To elucidated if the expression pattern of ESR1, GDF9, FSHR, LHR, BMPR2, TGFB1, TGFB2, BMP15, BMP6, BMP7, CYP19A1, HSD3B1, IGF1, IGFR1 and IGF2 genes could be involved in modulate the timing of puberty in Brahman heifers. In the first experiment, primordial and total follicle numbers were lower in fetal ovaries from H than in M intake cows. These results were reverse for preantral and antral follicles. Volumetric proportion and diameter of seminiferous cord were lower in fetal testis of H than M intake cows. The expression level of FSHB was greater in pituitary gland of female fetus from H compared to M intake cows, irrespective of DG, whereas LHB gene expression did not differ. In males, FSHB and LHB gene expression levels were similar between maternal intake groups. Fetal ovarian expression of P450 aromatase, StAR, BMPR2, TGFBR1, GDF9, FSHR, Bax and CASP3 genes were higher in H than in M intake cows, irrespective of DG. Fetal testicular expression of StAR, HSD17B3, IGF1, IGF2 and IGF1R genes were higher in M than in H intake cows. Overall, maternal H intake seems to affect fetal ovarian follicular growth and number of follicles, which may 8 affect size of ovarian reserve in their offspring. In male fetus, maternal H intake seems to disturb testicular development and may have implications on sperm production. In the second experiment, mammary PAR weight and MA to MG ratio was lower in HG than MA and LG heifers, whereas mammary extraparenchymal fat was greater in HG heifers than other groups. Heifers fed the HG had a greatest fraction of lipids in their PAR, and smallest fraction of protein in their PAR. However, the number of intraparenchymal adipocytes was similar between the groups. Heifers fed the HG had greater serum IGF1 than others, and serum insulin was lower in MA than HG and LG heifers. The liver GHR, IGF1 and IGFBP3 mRNA was higher whereas IGFBP2 mRNA was lower in HG heifers compared to others. The expression of CD36, ACCA, FASN and ADIPOR1 were up regulated by nutrient intake level. Overall, these results demonstrated that enhancing nutrient intake favored to fat accumulation on body and mammary gland, also resulted adipocyte hypertrophy in the PAR of HG heifers, which could be a predictor of impaired mammary development. Finally, qRT-PCR data from the third experiment revealed the expression of FSHR, BMP7, CYP19A1, IGF1 and IGFR1 mRNA was greater in PRE heifers, when contrasted to POST heifers. In addition, the expression of IGF1 mRNA was positively correlated with BMP7 mRNA (P = 0.07, r = 0.84) and the expression of HSD3B1 mRNA was negatively correlated with expression of CY19A1 mRNA (P = 0.03, r = -0.90). Taken together, these results suggest that the differential expression of ovarian genes could be associated with changes in follicular dynamics and different cell populations that have emerged as consequence of puberty and the luteal phase. The emerging hypothesis is that two key regulators of ovarian activity pre-puberty, BMP7 and IGF1 modulate the expression of FSHR, LHR, IGFR1 and CYP19A1. BMP7 seems to down-regulate LHR and up-regulate FSHR and CYP19A1, which mediates the follicular dynamics in heifer ovaries. Thus, BMP7 and IGF1 seem to play synergic regulatory roles and were predicted to interact.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 1754.pdf: 1794601 bytes, checksum: 8220baeae04cb592863e172e96970c80 (MD5) Previous issue date: 2008-03-14 / Financiadora de Estudos e Projetos / Brazilian livestock production presents great impact for the national agriculture, possessing the largest bovine commercial herd of the world. However, the productivity is low and gastrintestinal diseases caused by Haemonchus spp are one of the major constraints to the production. It is known that those parasites are responsible for many immunological responses in the host. Cytokine polarization Th1/Th2 has been studied to understand the infections caused by nematodes. However, the studies that try to understand immune response of cattle with Haemonchus spp are still scarce. The goal of this work was to verify differences in the mRNA abundance of genes involved in immune response of calves of Nelore breed (Bos indicus) submitted to the first infection with Haemonchus spp, relating these differences to patterns of cellular infiltrate. Genes were evaluated by real time PCR and relative quantification was made by the software Relative Expression Software Tool. Results showed up-regulation of the interleukins IL-4 (p&#8804;0.05) and IL- 13 (p&#8804;0.05) in the lymph node of challenged animals. No significant differences (p > 0.05) were found in mRNA abundance for the genes analyzed in abomasum. There were no significant differences for mast cells and eosinophil counts in abomasal tissue among analyzed groups. From the results, it can be concluded that for the short infection time, there was increased polarization of Th2 in lymph node, but it was not seen in abomasal tissue. / RESUMO A pecuária brasileira apresenta grande impacto para o setor agrícola nacional, possuindo o maior rebanho bovino comercial do mundo. Em contrapartida, a produtividade é baixa e as doenças causadas por endoparasitoses do gênero Haemonchus são um dos principais limitantes na produção. Sabe-se que esses parasitos são responsáveis por uma série de respostas imunológicas no hospedeiro. A polarização de citocinas Th1/Th2 tem sido amplamente estudada visando entender melhor as infecções causadas por parasitos gastrintestinais. Entretanto, ainda são escassos os estudos que procuram entender a resposta imunológica de bovinos endoparasitados com Haemonchus spp. Os objetivos deste trabalho foram verificar diferenças na abundância de RNA mensageiro de genes relacionados à resposta imune de bezerros da raça Nelore (Bos indicus) submetidos à primeira infecção com Haemonchus spp, relacionando-as às respostas locais de infiltrados celulares. Os genes foram quantificados por PCR em tempo real e a quantificação relativa foi feita pelo programa computacional Relative Expression Software Tool. Os resultados mostraram um aumento significativo das interleucinas IL-4 (p&#8804;0,05) e IL- 13 (p&#8804;0,05) nos linfonodos do grupo de animais desafiados. Não foram encontradas diferenças significativas (p > 0,05) de abundância de mRNA para os genes analisados no tecido abomasal. Não houve diferenças significativas (p > 0,05) para contagens de mastócitos e eosinófilos no tecido abomasal entre os grupos analisados. Assim, pode-se concluir que, para o curto período de infecção, houve um aumento da polarização Th2 em linfonodo, mas não em abomaso.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6190.pdf: 937316 bytes, checksum: ab23c07a84b6ef5293322fb74683c2b5 (MD5) Previous issue date: 2014-01-24 / Financiadora de Estudos e Projetos / The Beef cattle production is a very important economic activity for Brazil, which is a global producer and exporter of bovine-derived products and currently contains the world s largest beef cattle herd. However, the majority Brazilian cattle are adapted to a tropical climate and have low meat and carcass quality. The crossbreeding between Charolais and Zebu animals resulted in development of Canchim breed. This breed shows better resistance to high temperatures and parasites, as well as better meat and carcass quality. New genotyping and computational technologies can enable the use of single nucleotide polymorphism (SNP) in breeding programs. The high demand for meat quality and the aggressive competition among other beef exporting countries justifies studies focused on improving carcass traits, such as ribeye area (REA), which can provide more efficiency production of meat cuts for consumption. The objective in this study was to validate SNPs selected in a previous genomewide association study (GWAS) for REA performed by Random Forest methodology in 400 animals genotyped with the BovineHD BeadChip ( Illumina®) which yielded a set of 197 SNPs. First, we analyzed the linkage disequilibrium (LD), and then we annotated the associated regions. After verifying this set of SNPs, we selected four SNPs located on BTA4, BTA10, BTA22 and BTA27 for validation purposes. These SNPs were genotyped by RFLPPCR in approximately 712 bovine. We analyzed the genetic effect of these SNPs the using GLM procedure in SAS (P &#8804; 0,05), which identified SNPs in BTA4 and BTA27 as contributing some genetic effect on REA. Furthermore, we found significant additive effect (P&#8804; 0,05) for the SNP on BTA 27, and a significant dominance effect for the SNP in BTA 4 using the ASReml software. The GWAS for REA identified one region between 34989224pb and 36989224pb using haplotype association analysis with the PLINK software that indicated two regions (P&#8804; 0,05) in the SFRP1 and ANK1 genes associated with REA. / A bovinocultura de corte brasileira se destaca na economia nacional, sendo o Brasil atualmente um dos principais produtores e exportadores de produtos cárneos de origem bovina, apresentando o maior rebanho comercial do mundo. No entanto, a maioria dos rebanhos bovinos são caracterizados por animais com maior adaptabilidade a ambientes tropicais e baixa qualidade de carcaça e carne. Cruzamentos entre raças taurinas e zebuínas originaram a raça Canchim, sendo esta vantajosa em relação à produtividade, conformação da carcaça e resistência ao calor e a parasitas. Com as novas tecnologias de genotipagem e computacionais se renovou o interesse em viabilizar o uso da informação de marcadores genéticos do tipo SNP em programas de seleção e melhoramento. O mercado interno mais exigente e maior competição entre países exportadores justificam estudos em características de carcaça, como área de olho de lombo (AOL), que pode proporcionar maior rendimento em cortes de alto valor agregado. Diante deste contexto, o objetivo desse trabalho foi validar SNPs selecionados por estudo prévio de associação genômica ampla (GWAS) para área de olho de lombo, realizada por Random Forest em uma população composta por 400 animais Canchim e genotipados em BovineHD BeadChip (Illumina®) e que resultou em um conjunto de 197 SNPs. Inicialmente estudou-se o desequilíbrio de ligação no genoma bovino da raça Canchim e realizou-se anotação das regiões associadas. A mineração desse conjunto resultou em 4 SNPs, os quais foram selecionados para as análises de validação e localizam-se nos cromossomos BTA4, BTA10, BTA22 e BTA27. Os marcadores selecionados foram genotipados pela técnica RFLP-PCR em uma população de 712 bovinos da raça Canchim. Analisou-se o efeito desses marcadores sobre o valor genético aditivo (VGA) de AOL por meio de análise de variância que indicou a influência dos SNPs localizados nos BTA4 e BTA27. Além disso, tais SNPs significativos nas análises de validação foram analisados quantos aos efeitos aditivos e de dominância pelo teste Wald F, tendo sido observado efeito 6 de dominância significativo no SNP do BTA4 e efeito aditivo significativo no SNP do BTA 27. A análise de associação haplotípica com área de olho de lombo realizada na região 34989224pb a 36989224pb no BTA27 por meio de análise de regressão logística indicaram duas regiões nos genes SFRP1 e ANK1 associadas com a característica.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Faculdade de Agronomia e Medicina Veterinária, Programa de Pós-Graduação em Ciências Animais, 2011. / Submitted by Alaíde Gonçalves dos Santos (alaide@unb.br) on 2012-05-24T14:51:10Z No. of bitstreams: 1 2011_PauloRicardoMartinsLima.pdf: 477209 bytes, checksum: 535c2fe8f3afc3d83e9b9e1f4fca595b (MD5) / Approved for entry into archive by Marília Freitas(marilia@bce.unb.br) on 2012-05-25T11:34:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_PauloRicardoMartinsLima.pdf: 477209 bytes, checksum: 535c2fe8f3afc3d83e9b9e1f4fca595b (MD5) / Made available in DSpace on 2012-05-25T11:34:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_PauloRicardoMartinsLima.pdf: 477209 bytes, checksum: 535c2fe8f3afc3d83e9b9e1f4fca595b (MD5) / O objetivo deste trabalho foi estimar as herdabihdades e correlações genéticas e fenotípicas entre as características visuais, os pesos corporais e circunferência escrotal de zebuínos participantes de Provas de Ganho em Peso a Pasto da Associação Brasileira de Criadores de Zebu - ABCZ. As informações utilizadas no trabalho foram obtidas entre os anos de 2004 e 2010 de 21.032 bovinos machos da raça Nelore. Ao final da prova, foram efetuadas as seguintes avaliações: peso ajustado aos 550 dias, ganho de peso, idades nas pesagens aferidas, circunferência escrotal e notas de escore visual EPMURAS (Estrutura; Precocidade. Musculatura, Umbigo. Raça, Aprumos e Características Sexuais). Para estimação das médias, herdabihdades, correlações genéticas e fenotípicas foram utilizados os programas SAS e MTDFREML. As herdabilidades obtidas foram de 0,26 a 0,50 para características de desenvolvimento e 0.19 a 0,36 para escores visuais. As correlações genéticas e fenotípicas entre os escores visuais foram de 0,80 a 0.98 e 0,65 a 074 respectivamente. Entre os escores e as características de desenvolvimento que variaram de 0.41 a 0.29 a 0.47 para as correlações genéticas e fenotípicas. respectivamente. Estes resultados indicaram que a seleção utilizando-se da ferramenta de escores visuais pode levar à obtenção de tipos morfológicos economicamente mais eficientes, evitando biótipos extremos, como indivíduos compactos ou tardios. _______________________________________________________________________________ ABSTRACT / The objective of this study was to estimate the heritability as well as genetic and phenotypic correlations between the visual characteristics, body weights and scrotal circumference in zebus participants in the Weight Gam Test at Pasture carried out by Brazilian Association of Zebu Breeders - ABCZ. The information used in the study were obtained between the years 2004 and 2010 on 21.032 Nellore bulls. At the end of the test, the following assessments were carried out: weight adjusted to 550 days, weight gain on test, age, scrotal circumference and visual scores EPMURAS (Structure, Precocity, Muscle, Navel. Breed. Legs and Sexual characteristics). For data analysis and estimation of heritabilities. genetic and phenotypic correlations SAS and MTDFREML programs were used. Heritabilities gotten were from 0.26 to 0.50 for growth characteristics and from 0.19 to 0.36 for visual scores. Genetic and phenotypic correlations between the visual scores were from 0.80 to 0.9S and 0.65 to 0.74, respectively. Between the scores and growth characteristics that correlations ranged from 0.41 to 1 and 0.29 to 0.47. respectively. These results indicated that selection usmg the visual score tool can lead to more economically efficient morphological types, avoiding extreme biotopes, such as individuals compact or late maturing.

Made available in DSpace on 2016-06-02T20:20:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6268.pdf: 2312191 bytes, checksum: f16c107fdc91ed439efa845247c55dc4 (MD5) Previous issue date: 2014-06-30 / Financiadora de Estudos e Projetos / This thesis has been divided into three chapters for better understanding of the experiments. The first chapter refers to a brief Literature Review, with the main concepts and justifications for this work. The second chapter discusses the strategy of positional and functional candidate genes for traits of feed efficiency in Nelore cattle, and the third chapter presents a genome-wide association study for feed efficiency traits in the same population. Feed efficiency is an important production trait in beef cattle production systems. The aim of this study was to identify genes/QTLs associated with feed efficiency traits in Nelore cattle genotypes using the Illumina BeadChip BovineHD (770K) of 593 Nelore steers. The traits analyzed were: average daily weight gain (ADG), dry matter intake (DMI), feed conversion (FC), feed efficiency (FE), residual feed intake (RFI), efficiency of maintenance (EM), efficiency gain (EG), partial efficiency of growth (PEG) and relative growth rate (RGR). The first strategy discussed in this work, using candidate genes, investigated the association of Neurogenic differentiaton 1 (NEUROD1), Kv channel interacting protein 4 (KCNIP4), and Vascular endothelial growth factor C (VEGFC) genes, with production traits in the same population. Our results are in according to literature that indicate NEUROD1, KCNIP4 and VEGFC as candidate genes for feed efficiency; and this study is the first to suggest the NEUROD1 gene as a candidate for gene backfat thickness, body weigth and metabolic weight in Nelore cattle. In the genome-wide association study some QTL regions identified in this study minimally overlapped with QTL regions previously reported for feed efficiency in Bos Taurus cattle, and harbor genes with biological functions related to metabolic processes, lipid and protein metabolism, energy generation and growth. A comparison with published results indicates that different QTL and genes may be involved in the control of feed efficiency in this population of Nelore cattle. The validation of the results obtained in this work in independent populations may contribute to elucidation of the mechanisms will involved in the variation of feed consumption and specific improvement in Nelore programs. / Esta tese foi dividida em três capítulos para melhor compreensão dos experimentos realizados. O primeiro capítulo refere-se a uma breve Revisão de Literatura, com os principais conceitos e justificativas para a realização deste trabalho. O segundo capítulo aborda a estratégia de genes candidatos posicionais e funcionais para características de eficiência alimentar na raça Nelore e o terceiro capítulo apresenta um estudo de associação genômica ampla para características de eficiência alimentar na mesma população. A eficiência alimentar é uma característica produtiva importante em sistemas de produção de bovinos de corte. O objetivo deste estudo foi identificar genes/QTLs associados com características de eficiência alimentar em bovinos da raça Nelore utilizando genótipos do Illumina BovineHD BeadChip (770K). As características analisadas foram: ganho de peso médio diário (GMD), consumo de matéria seca (CMS), conversão alimentar (CA), eficiência alimentar (EA), consumo alimentar residual (CAR), eficiência da mantença (EM), eficiência de ganho (EG), eficiência parcial de crescimento (EPC) e taxa de crescimento relativo (TCR). A primeira estratégia abordada neste trabalho, a de genes candidatos, investigou a associação dos genes Neurogenic differentiaton 1 (NEUROD1), Kv channel interacting protein 4 (KCNIP4), e Vascular endothelial growth factor C (VEGFC), com características produtivas nesta mesma população. Nossos resultados corroboram com resultados da literatura que indicam os genes KCNIP4 e VEGFC como genes candidatos para eficiência alimentar; e este estudo é o primeiro a sugerir o gene NEUROD1 como gene candidato para espessura de gordura subcutânea, peso médio e peso metabólico em bovinos da raça Nelore. No estudo de associação genômica, algumas regiões de QTL identificadas foram sobrepostas minimamente com regiões de QTL relatadas anteriormente para eficiência alimentar em bovinos Bos taurus, e abrigam genes com funções biológicas relacionadas com processos metabólicos, metabolismo lipídico e proteíco, geração de energia e crescimento. A comparação com os resultados publicados indicam que diferentes QTL e genes podem estar envolvidos no controle da eficiência alimentar nesta população de bovinos da raça Nelore. A validação dos resultados obtidos neste trabalho em populações independentes pode contribuir para elucidação dos mecanimos envolvidos na variação do consumo alimentar e para programas de melhoramento específicos para a raça Nelore.