A Serra da Mantiqueira, considerada área prioritária de conservação, é uma região rica em açudes, córregos e riachos e têm suas nascentes na Serra, com água de boa qualidade. Estes corpos d’água estão localizados em altitude elevadas e, por isso, estão expostos a grandes alterações físicas e químicas como as diferenças de temperatura e outros eventos climáticos, ao longo do ano, que podem resultar em mudanças na comunidade zooplanctônica. Foram realizadas coletas em oito ambientes em fevereiro e junho de 2010 e em cinco ambientes em fevereiro e julho de 2014. As variáveis físicas e químicas da água foram medidas com um multisensor Horiba U-22 e, as concentraçõesde nutrientes e de material em suspensão foram determinadas em laboratório. Foram coletadas amostras da comunidade zooplanctônica para as análises qualitativas e quantitativas, também foram coletadas amostras de sedimento para análise dos ovos de resistência e testes de eclosão. Para a diversidade filogenética (PD) uma árvore filogética com as espécies de Cladocera (filogenia do pool regional de espécies) foi construída através do comando BLADJ do software Phylocom versão 4.2. A PD foi estimada utilizando-se três índices: Phylogenetic Diversity (PD), Mean Pairwise Distance (MPD) e Mean Nearest Taxon Distance (MNTD). Os corpos d’água estudados são rasos e oligotróficos, com temperatura da água variando de 22 a 27 °C; pH oscilando entre 5 e 7,9; as águas estavam bem oxigenadas (5,3 a 7,2 mg.L-¹) e houve registro de baixa condutividade (21,5 a 52,5 μS cm-¹). Foram identificadas 100 espécies da comunidade zooplanctônica 40 Cladocera, 53 Rotifera e 8 Copepoda. Para as análises filogenéticas foram utilizadas 34 espécies de Cladocera identificadas nas coletas de 2010 e foi observado que a riqueza de espécies acompanhou a diversidade filogenética. A comunidade de todos os corpos d’água amostrados não teve estruturação filogenética e, portanto, aponta que a competição foi o fator estruturante mais provável. A maior riqueza foi registrada para a família Chydoridae (23) enquanto que a família Bosminidae tinha apenas duas espécies, porém a espécie B. freyi ocorreu em todos os ambientes e em altas densidades, com ocorrência de machos em quatro ambientes em 2010. O maior número de eclosões de ovos de resistência presentes nos sedimentos foi de representantes de Cladocera seguido pelos Rotifera. A espécie B. freyi chegou a representar 65% das eclosões. O banco de ovos observado nesses ambientes demonstra a capacidade de manutenção da diversidade de espécies ao longo do tempo. A grande riqueza de espécies da comunidade zooplanctônica e sua importância na cadeia trófica revela a necessidade de se conservar tais ambientes. / The Serra da Mantiqueira is considered a priority conservation area and is a region rich in ponds and streams, which their headwaters are in the Sierra, with good water quality. Besides of, these water bodies are located at high altitude and are exposed to great physical and chemical changes, such as, temperature differences and other weather events throughout the year, which can result in changes in zooplankton. Samples were collected in eight water bodies in February and June 2010 and five in February and July 2014. The physical and chemical parameters were measured by a Horiba U-22 multi-sensor. Nutrients and suspended material concentrations were determined in the laboratory. Zooplankton samples for qualitative and quantitative analyzes, and also, sediment samples for analyzes of resting eggs and hatching tests, were collected. For the phylogenetic diversity (PD), a phylogenetic tree with Cladocera species (phylogeny of the regional species pool) was built by the BLADJ command of Phylocom software, version 4.2. The PD was estimated using three indices: Phylogenetic Diversity (PD), Mean Pairwise Distance (MPD) and Mean Nearest Taxon Distance (MNTD). The studied water bodies were shallow, oligotrophic, with water temperature ranging from 22 up to 27 °C; pH ranging between 5 and 7.9. The water was well oxygenated (5.3 to 7.2 mg.L-¹) and low conductivity (21.5 to 52.5 μS.cm-¹). A hundred species of zooplankton community (40 Cladocerans, 53 rotifers and 8 copepods) were identified. For phylogenetic analyzes were used 34 species of Cladocera identified in the 2010 sampling and it was observed that the species richness followed the phylogenetic diversity. The community of all sampled water bodies had no phylogenetic structure and, therefore, the competition was the most probable structural factor. The greatest richness was recorded for Chydoridae Family (23) while the Bosminidae show only two species. However B. freyi occurred in high densities in all environments, besides of the males occurred in four environments, in 2010. The highest number of hatchings from the resistance eggs, present in the sediment, occurred to cladocerans followed by rotifers. The B. freyi species represented 65% of the hatchings. The bank eggs observed in these environments shows the species ability to maintain its diversity over time. The high species richness of this zooplankton community and its importance in the food chain become indispensable the conservation this environment.

O gênero Byrsonima é caracterizado pela alta plasticidade fenotípica e composição florística na América do Sul. B. verbascifolia e B. intermedia, popularmente conhecidas como Murici-cascudo e Murici-pequeno, respectivamente, são espécies conhecidas pela presença rica de taninos, saponinas, catequinas, flavonoides, triterpenos e glicolipídios, que são metabólitos secundários importantes para o desenvolvimento e sobrevivência das plantas e agindo como compostos alelopáticos. A alelopatia é conhecida como interação bioquímica entre vegetais no meio ambiente causando interação planta/planta por meio da competição podendo ser testada por meio de bioensaios utilizando diversos parâmetros. Lactuca sativa L. é uma espécie amplamente utilizada como bioteste, por apresentar grande sensibilidade mesmo quando exposta a baixas concentrações de amostras ambientais e tóxicas. Esta dissertação é apresentada em forma de capítulos de maneira que, o capítulo 1 apresenta uma breve revisão sobre a caracterização botânica de Byrsonima spp., metabólitos secundários de Byrsonima spp., alelopatia e quimioecologia, bioensaios com Lactuca sativa L. para estudos de fitotoxicidade e formas de extração. O capítulo 2 apresenta-se em forma de artigo I e artigo II. No artigo I objetivou-se estudar as propriedades fitotóxicas e citogenotóxicas das folhas e frutos de B. verbascifolia e B. intermedia em L. sativa L. utilizando o método sanduiche. Verificou-se que frutos de B. intermedia são responsáveis pela maior inibição da germinação de alface em relação às folhas dessa espécie. O alongamento de raiz de alface exposta aos órgãos de B. verbascifolia demonstrou efeitos estimulatórios e os órgãos de B. intermedia apresentaram efeitos inibitórios no crescimento das raízes. O índice mitótico evidenciou efeito alelopático de Byrsonima spp. pela redução da divisão celular no meristema radicular de alface, sendo o estímulo no alongamento de raízes provocado por B. verbascifolia compreendido como consequência de expansão celular e não de atividade mitótica. Foi observado efeito aneugênico das espécies de Byrsonima spp. sendo a maior frequência de C-metáfase e stickness em frutos de B. verbascifolia e folhas de B. intermedia. O artigo II apresenta um trabalho cujo objetivo foi averiguar a fitotoxicidade de diferentes extratos foliares de B. verbascifolia e B. intermedia em bioensaio com Lactuca sativa L. Os resultados evidenciaram que os extratos de folhas de B. verbascifolia e B. intermedia, sobretudo o extrato etanólico, possuem potencial fitotóxico e citotóxico. Esses efeitos diferem em função da forma de extração (aquoso frio, quente e etanólico), provavelmente devido à composição dos metabólitos secundários. / The Byrsonima genus is characterized by high phenotypic plasticity and composition in South America. B. verbascifolia and B. intermedia, popularly known as Murici-cascudo and Murici-pequeno, respectively, are known species by the rich presence of tannins, saponins, catechins, flavonoids, triterpenes and glycolipids, secondary metabolites that are important for the development and survival of plants, and act as allelopathic compounds. Allelopathy is known as plant biochemical interaction between the environment causing interaction plant/plant through competition can be tested by bioassay using various parameters. Lactuca sativa L. is a species widely used as a bioassay for presenting high sensitivity even when exposed to low concentrations of toxic and environmental samples. This work is presented in the form of chapters so that, Chapter 1 provides a brief review of the botanical characterization Byrsonima spp., secondary metabolites of Byrsonima spp., allelopathy and quimioecology, bioassays with Lactuca sativa L. for phytotoxicity studies and forms of extraction. Chapter 2 presents in the form of paper I and paper II. Paper I aimed to study the phytotoxic properties and cytogenotoxic of leaves and fruits of B. verbascifolia and B. intermedia in L. sativa L. using the sandwich method. It was found that fruits of B. intermedia are responsible for the inhibition of germination of lettuce leaves with regard to this species. The lettuce root elongation organs exposed to B. verbascifolia showed stimulatory effects and organs of B. intermedia showed inhibitory effects on the growth of roots. The mitotic index showed allelopathic effect of Byrsonima spp. the reduction of cell division in root meristem of lettuce, and stimulating the roots stretching caused by B. verbascifolia understood as a consequence of cell expansion and not of mitotic activity. It was observed effect aneugenic of Byrsonima spp. being the highest frequency of C-metaphase and stickness in fruits of B. verbascifolia and leaves of B. intermedia. Paper II presents a work whose purpose was to determine the phytotoxicity of different plant extracts of B. verbascifolia and B. intermedia in bioassay Lactuca sativa L. The results showed that the extracts of leaves of B. verbascifolia and B. intermedia, especially ethanol extract, have phytotoxic and cytotoxic potential. These effects are different depending on the extraction form (aqueous cold, hot and ethanol), probably due to the composition of secondary metabolites. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Pseudomonas aeruginosa é um importante patógeno humano oportunista capaz de causar severas infecções em pacientes imunodeprimidos e em pacientes que apresentam fibrose cística. Para desencadear uma resposta efetiva contra a infecção pela P. aeruginosa é necessário uma primeira linha de reconhecimento desta bactéria pelo sistema imunológico inato. Apesar do desencadeamento da resposta imune inata ser benéfica no controle da infecção pela P. aeruginosa, esta resposta deve ser controlada. Estudos recentes têm começado a esclarecer como os miRNAs desempenham papéis fundamentais na regulação de processos como infecção, resposta imune e inflamação participando da modulação da resposta imune. Dada a relevância da bactéria P. aeruginosa nos processos infecciosos em humanos e estimulados pela necessidade de desvendar os mecanismos de regulação da reposta imune contra esta bactéria, o objetivo deste trabalho foi avaliar o papel do mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p expressos em camundongos infectados pelas cepas ATCC 27853 e PA14 da bactéria P. aeruginosa. Para avaliar o nível de expressão dos mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p e das citocinas IL-1β, IL-6 e IL-12 in vitro, o RNA total foi extraído de células Raw 264.7, macrófagos derivados da medula óssea (BMDM) e de células dendríticas derivadas da medula óssea (BMDC) para análise de PCR em tempo real. Após a infecção das células Raw 264.7, BMDMs e BMDCs foi possível observar que a expressão dos miRNAs e das citocinas ocorreu de forma dependente em cada tipo celular infectado. Para as análises in vivo camundongos C57BL/6 foram infectados via intratraqueal com as cepas ATCC 27853 e PA14 de P. aeruginosa para análises de UFCs, RT-qPCR, histopatologia e estereologia. Apenas a cepa PA14 foi recuperada no pulmão e baço dos animais, onde não foi observado variação na expressão do mmu-miR-155-5p nem aumento significativo de uma série de citocinas efetoras. As análises histopatológicas demostraram intenso processo inflamatório difuso apresentando número maior de células inflamatórias, diminuição no número de alvéolos e do volume da estrela quando comparados aos animais não infectados e animais infectados pela cepa avirulenta. No pulmão dos animais infectados com a cepa ATCC 27853, observou-se aumento de expressão de mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p, das citocinas inflamatórias. A identificação das redes de regulação dos miRNAs em estudo mostrou importantes alvos diretos e indiretos associados à resposta imune inata que podem estar comprometidas durante a expressão diferencial de mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p em favorecimento ou em detrimento da resolução da infecção pela P. aeruginosa. Os resultados obtidos até o momento permitem sugerir que a infecção pela P. aeruginosa exerce uma modulação na expressão de miRNAs e consequentemente na resposta imune contra esta bactéria e que a virulência de diferentes cepas de P. aeruginosa influenciam na expressão dos miRNAs mmu-miR-155-5p e mmu-miR-146b-5p, de citocinas pró-inflamatórias e na patologia. Mais estudos são necessários para desvendar os mecanismos pelos quais cepas virulentas da P. aeruginosa conseguem subverter a resposta imune e garantir a sua replicação no hospedeiro. / Pseudomonas aeruginosa is an important opportunistic human pathogen capable of causing severe infections in immunocompromised patients and in patients with cystic fibrosis. To trigger an effective response against infection by P. aeruginosa is required a first line of recognition of this bacterium by the innate immune system. Although the innate immune response is beneficial in the control of P. aeruginosa infection, this response should be controlled. Recent studies have begun to clarify how miRNAs play key roles in regulating processes such as infection, immune response and inflammation by participating in the immune response modulation. Due to the importance of the P. aeruginosa bacterium in infectious processes in humans and stimulated by the need to uncover the mechanisms of regulation of the immune response against this bacterium, the objective of this study was to evaluate the role of mmu-miR-155-5p and mmu-miR-146b -5p expressed in mice infected with strains ATCC 27853 and PA14 of the bacterium P. aeruginosa. To assess the level of expression of mmu-miR-155-5p and mmu-miR-146b-5p and the cytokines IL-1β, IL-6 and IL-12 in vitro, the total RNA was extracted from Raw 264.7 cells, bone marrow derived macrophages (BMDM) and bone marrow-derived dendritic cells (BMDC) for real-time PCR analysis. After infection of the Raw 264.7, BMDMs and BMDCs cells, it was possible to observe that the expression of miRNAs and cytokines occurred in a dependent manner in each infected cell type. For the in vivo analyzes C57BL / 6 mice were infected intratracheally with the strains ATCC 27853 and PA14 of P. aeruginosa for analysis of CFU, RT-qPCR, histopathology and stereology. Only the PA14 strain was recovered in the lungs and spleens of the animals, where no variation in the expression of mmu-miR-155-5p or a significant increase in a series of effector cytokines was observed. Histopathological analyzes demonstrated an intense diffuse inflammatory process, presenting a larger number of inflammatory cells, a decrease in the number of alveoli and the volume of the star when compared to uninfected animals and animals infected by the avirulent strain. In the lung of animals infected with ATCC 27853 strain, increased expression of mmu-miR-155-5p and mmu-miR-146b-5p, of inflammatory cytokines was observed. The identification of regulatory networks of the miRNAs under study showed important direct and indirect targets associated with the innate immune response that may be compromised during the differential expression of mmu-miR-155-5p and mmu-miR-146b-5p in favor or detriment of P. aeruginosa infection. The results obtained to date suggest that the infection by P. aeruginosa exerts a modulation in the expression of miRNAs and consequently in the immune response against this bacterium and that the virulence of different strains of P. aeruginosa influence the expression of miRNAs mmu-miR- 155-5p and mmu-miR-146b-5p, of proinflammatory cytokines and in pathology. Further studies are needed to uncover the mechanisms by which virulent P. aeruginosa strains can subvert the immune response and ensure replication in its host. / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais - FAPEMIG

A presença de endotoxina bacteriana na corrente circulatória é associada ao início e manutenção da sepse, condição complexa e heterogênea que promove a liberação de mediadores inflamatórios, os quais conduzem a alterações no sistema nervoso central e subsequente resposta imunológica inflamatória desequilibrada, com desencadeamento da síndrome da disfunção de múltiplos órgãos (SDMO). Os receptores TRPV1, por sua vez, participam da modulação de diversos sistemas e podem influenciar processos fisiológicos comprometidos por inflamação, representando potencial alvo terapêutico. O objetivo do estudo foi avaliar a participação dos receptores TRPV1 na lesão pulmonar aguda/síndrome do desconforto respiratório agudo (LPA/SDRA) e no comportamento doentio induzidos por endotoxina por meio do bloqueio de tais receptores com capsazepina (CPZ) em camundongos. No tocante à LPA/SDRA, os camundongos tiveram lesão induzida por LPS 5,0mg/kg com simultânea aplicação de CPZ e foram submetidos à análise após 24 horas. Foi observada a redução das resistências do sistema e tecidual, além da diminuição do colapso alveolar com o bloqueio dos receptores TRPV1, evidenciando a modulação da LPA/SDRA por esses receptores. Em relação ao comportamento doentio, camundongos receberam administração de CPZ 30 minutos antes da aplicação de LPS 200μg/kg, e após 2 horas foram submetidos aos testes comportamentais, coleta de sangue e tecidos. Observou-se que a administração do bloqueador atenuou os efeitos tipo-ansiosos e depressivos, o aumento de temperatura corporal e a expressão de c-fos em algumas áreas encefálicas induzidos pelo LPS. Entretanto, a CPZ não promoveu alterações na mobilidade, ingestão alimentar, ganho de peso, níveis plasmáticos de citocinas e expressão proteica dos receptores no hipocampo e hipotálamo. Tais resultados sugerem a participação dos receptores TRPV1 na modulação do comportamento doentio, na regulação da temperatura corporal e na mecânica respiratória após desafio imunológico. / Bacterial endotoxin presence in the bloodstream is associated with the onset and maintenance of sepsis, complex and heterogeneous condition that promotes the release of inflammatory mediators, which lead to changes in the central nervous system and subsequent unbalanced inflammatory immune response, with consequent multiple organ failure. The TRPV1 receptor, in turn, participate in the modulation of different systems and can influence physiological processes impaired by inflammation, and so represent a potential therapeutic target. The aim of the study was to evaluate the involvement of TRPV1 receptors in acute lung injury/ acute respiratory distress syndrome (ALI/ARDS) and in the sickness behavior induced by endotoxin, with the blockade by capsazepine (CPZ) in mice. Regarding the ALI/ARDS, animals had the disease induced by LPS 5.0mg/kg with simultaneous application of CPZ and were analyzed after 24 hours. Reduced resistance of the system and tissue was observed, in addition to decreased alveolar collapse by the blockade of TRPV1 receptors, showing a modulation by these receptors in the ALI/ARDS. Regarding sickness behavior, animals received CPZ administration 30 minutes before application of LPS 200 μg/kg, and after 2 hours were submitted to the behavioral tests and blood and tissues collection. The administration of blocker attenuated the anxious and depressive-like effects, the increased body temperature and the c-fos expression in some brain areas induced by LPS. However, CPZ did not promote changes in mobility, food intake, weight gain, plasma levels of cytokines and protein expression in the hippocampus and hypothalamus. These results suggest the involvement of TRPV1 receptors in the modulation of sickness behavior, in regulating body temperature and respiratory mechanics after immune challenge. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES

Submitted by Andrea Pereira (andrea.pereira@unipampa.edu.br) on 2018-02-26T14:35:50Z No. of bitstreams: 2 Dis Vera Hollweg 2015.pdf: 3653844 bytes, checksum: 3b548d65d4477500d49507df34d4fb3e (MD5) ProducaoEducacional-VeraMarcielleMirandaHollweg.pdf: 529558 bytes, checksum: c83ecd943e77148cf8d32c5d4969d203 (MD5) / Rejected by Vera Leite (vera.leite@unipampa.edu.br), reason: Colocar em uma só área CNPQ on 2018-03-01T14:39:38Z (GMT) / Submitted by Andrea Pereira (andrea.pereira@unipampa.edu.br) on 2018-03-13T15:19:16Z No. of bitstreams: 2 Dis Vera Hollweg 2015.pdf: 3653844 bytes, checksum: 3b548d65d4477500d49507df34d4fb3e (MD5) ProducaoEducacional-VeraMarcielleMirandaHollweg.pdf: 529558 bytes, checksum: c83ecd943e77148cf8d32c5d4969d203 (MD5) / Approved for entry into archive by Dayse Pestana (dayse.pestana@unipampa.edu.br) on 2018-03-15T12:43:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dis Vera Hollweg 2015.pdf: 3653844 bytes, checksum: 3b548d65d4477500d49507df34d4fb3e (MD5) ProducaoEducacional-VeraMarcielleMirandaHollweg.pdf: 529558 bytes, checksum: c83ecd943e77148cf8d32c5d4969d203 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-03-15T12:43:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dis Vera Hollweg 2015.pdf: 3653844 bytes, checksum: 3b548d65d4477500d49507df34d4fb3e (MD5) ProducaoEducacional-VeraMarcielleMirandaHollweg.pdf: 529558 bytes, checksum: c83ecd943e77148cf8d32c5d4969d203 (MD5) Previous issue date: 2015-07-30 / O trabalho teve como objetivo investigar o potencial educativo do Facebook, utilizando-o como ferramenta para favorecer o ensino em biologia, complementando às aulas presenciais, possibilitando a construção do conhecimento de forma colaborativa e coletiva, através da troca de informações. Para isto, realizou-se a criação de um grupo, denominado Biologia, na rede social Facebook; no qual os alunos foram convidados a participar como membros. Durante o período de aplicação do projeto foram trabalhadas atividades diferenciadas dentro do referido grupo, no qual os alunos puderam participar através de publicações e/ou comentários sobre os conteúdos que vinham sendo estudados na disciplina de biologia. O uso da plataforma buscou a interação entre os discentes, a troca de informações professor-aluno, o compartilhamento de materiais e discussões sobre os assuntos relacionados à disciplina. Ao final da aplicação da proposta, foram observadas as participações dos discentes nas atividades, além de discutir-se sobre as redes colaborativas estabelecidas no grupo Biologia. Concluindo-se que o Facebook contribuiu de forma positiva para a participação dos discentes no processo de construção do conhecimento coletivo, além de contribuir para um aumento do número de interações entre os colegas. Por fim, salienta-se a importância de tentar-se inovar a prática de ensino, a partir da exploração de novas ferramentas, que podem favorecer os processos de aprendizagem e construção do conhecimento. / The study aimed to investigate the educational potential of Facebook, using it as a tool to support education in biology, complementing the on-site classes, enabling the construction of knowledge collaboratively and collectively, through the exchange of information. For this, there was the creation of a group called Biology on Facebook social network; in which students were invited to participate as members. During the project implementation period, differentiated activities were worked within the group, in which students were able to participate through publications and / or comments on the contents that were being studied in biology discipline. The use of the platform sought the interaction between the students, the teacher-student exchange information, materials sharing and discussions on matters related to the discipline. At the end of the implementation of the proposal, the participation of students in the activities were observed, as well as to discuss on the collaborative networks established in Biology group. Concluding that Facebook has contributed positively to the participation of students in the construction of collective knowledge process, and contribute to an increase in the number of interactions among colleagues. Finally, it highlights the importance of trying to innovate the teaching practice, from the exploration of new tools that can foster learning processes and knowledge building.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Resultados e conclusoes.pdf: 472056 bytes, checksum: c1292d32ce76370a06e53954042acc70 (MD5) Previous issue date: 2005-06-22 / Fundação Carlos Chagas Filho de Amparo a Pesquisa do Estado do Rio de Janeiro / A numerical method is presented to solve single species population dynamics problems, with focus on the spread if invading organisms. This problem is mathematically modeled by a non-linear advection-diffusion-reaction transport equation, which is numerically solved by a finite element methodology. Some examples are conducted, showing the stability and accuracy of the proposed methodology. The role of the weak and strong Alee effects is analyzed on the spread of a single species invading organism in a one-dimensional domain. In this case the population dynamics describes propagation of traveling population fronts that represent either single-species invasion or single-species retreat. Some scenarios are investigated so as to evaluate the interaction of traveling population fronts under different parameter values, allowing to derive numerically whether they can reverse or block the species invasion. / Uma solução numérica é presentada para resolver problemas da dinâmica populacional de uma única espécie, com ênfase na dispersão de um organismo invasor. Este problema é matematicamente modelado por uma equação de transporte não linear de advecção-difusão-reação e resolvido numericamente usando o método de elementos finitos. Os exemplos apresentados demonstram a estabilidade e precisão da metodologia proposta. A influência do efeito Allee forte e fraco é analisada na dispersão de uma espécie de organismo invasor em um domínio uni-dimensional. Neste caso a dinâmica populacional descreve a propagação de frentes populacionais que representam a invasão ou o recuo da espécie. Alguns cenários são investigados para avaliar a interação da frente de ondas populacionais para diferentes valores de parâmetros indicando numéricamente quando é possível reverter ou bloquear a invasão de espécies.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 thesis_Baptista_LPR.pdf: 17392105 bytes, checksum: cc35fa1188cd3dff14124658b1799f05 (MD5) Previous issue date: 2011-06-29 / A Leishmaniose é uma doença infecciosa causada por protozoários do gênero Leishmania. Segundo a Organização Mundial da Saúde (OMS), cerca de 12 milhões de pessoas estão atualmente infectadas com Leishmaniose. Destes, aproximadamente 90% dos casos ocorrem em países em desenvolvimento, caracterizando-a claramente como uma doença negligenciada. Casos de resistência aos principais medicamentos foram relatados em diferentes países, reafirmando a necessidade de pesquisa e desenvolvimento de novas drogas para o tratamento desta doença. A ribose-5-fosfato isomerase (Rpi), uma importante enzima da via da pentose fosfato, catalisa a interconversão de D-ribose-5-fosfato (R5P) e D-ribulose-5-fosfato (Ru5P). É conhecido que existem dois tipos de Rpi: o tipo B (RpiB) é mais comumente encontrado em procariotos (presente no genoma de Leishmania major) enquanto o tipo A (RpiA) é principalmente encontrado em eucariotos (ausenteno genoma de Leishmania major). Considerando que RpiB não é encontrada em eucariotos superiores, esta enzima pode se tornar um importante alvo para o desenvolvimento de novas drogas antileishmania. Neste trabalho, as estruturas tridimensionais (3D) da Rpi do parasita L. major (LmRpiB) e a RpiA do hospedeiro (Homo sapiens, HsRpiA) foram modeladas usando uma metodologia híbrida combinando modelagem comparativa e ab initio. De posse das estruturas tridimensionais das duas enzimas, foram realizados os seguintes estudos: (i) caracterização e comparação das propriedades físico-químicas dos sítios catalíticos; (ii) validação dos modelos através de estudos de atracamento molecular para predição do modo de ligação de substratos; (iii) estudos de triagem virtual de compostos para determinação de possíveis candidatos a fármacos seletivos. Os resíduos do sítio ativo em ambas as enzimas foram caracterizados quanto ao seu estado de protonação. Os resultados obtidos sugerem que a LmRpiB segue o mecanismos de reação descrito atualmente na literatura. Entretanto, para a enzima HsRpiA foi encontrada uma diferença significativa no estado de protonação do resíduo catalítico Glu182. Foram verificadas diferenças importantes nos volumes de distintos sítios ativos em cada enzima relacionadas a diferenças na acessibilidade ao solvente de resíduos carregados positivamente. Os estudos de atracamento mostraram que em LmRpiB a correta orientação dos substratos _e altamente sensível a variações na posição destes resíduos. Finalmente, ambas estruturas, utilizando os resultados da caracterização dos sítios ativos, foram utilizadas em experimentos de triagem virtual empregando um conjunto de 1202 compostos do banco de ligantes ZINC. Os melhores compostos candidatos a inibidores de LmRpiB foram analisados levando-se em conta a sua seletividade frente a enzima HsRpiA.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Isabella_Final.pdf: 20727738 bytes, checksum: dd3b20329660c2fe2868a6796b23e869 (MD5) Previous issue date: 2011-07-15 / The protein kinases are responsible for regulating various biological mechanisms. The active protein kinase can phosphorylate several substrates and proteins in the body, having an important role in regulating biological functions. The lack of phosphorylation in the process of this family of proteins is associated with various diseases such as cancer, diabetes and rheumatoid arthritis. The human genome contains approximately 478 different kinase genes. Among these, the protein kinases IKK-2 and MAPKp38 are considered potential targets for developing anti-inflammatory drugs. In this work, we used the techniques of comparative modeling and molecular docking for a better understanding of the molecular characteristics and properties which can confer potency and selectivity to the inhibitors described in the literature for these two enzymes. The three-dimensional models built for the IKK's (1 and 2) made possible the understanding of special features available in these enzymes. The study of molecular docking with inhibitors allowed to infer important information about the characteristics of the binding modes that give potency and selectivity to the compounds tested. Regarding MAPKp38, cross-docking studies showed that the conformational change of the A-loop of this enzyme has a profound influence on the results of molecular docking of the inhibitors tested. The success rates of sets of structures of the enzyme were estimated, in order to indicate the combinations of structures that could achieve greater accuracy in real ensemble docking experiments. / As proteínas cinases são responsáveis pela regulação de diversos mecanismos biológicos. A proteína cinase ativa é capaz de fosforilar os substratos e diversas proteínas do organismo, tendo um importante papel na regulação das funções biológicas. O descontrole no processo de fosforilação dessa família de proteínas está associado com diversas doenças, como câncer, diabetes e atrite reumatoide. O genoma humano contém aproximadamente 478 diferentes genes de cinases. Dentre estas, as proteínas cinases IKK-2 e MAPKp38 são consideradas como potenciais alvos para o desenvolvimento de fármacos anti-inflamatórios. Neste trabalho, foram utilizadas as técnicas de modelagem comparativa e atracamento molecular para obter um melhor entendimento das características e propriedades moleculares que podem conferir potência e seletividade aos inibidores descritos na literatura para estas duas enzimas. Os modelos tridimensionais construídos para as IKK s (1 e 2) tornaram possível o entendimento de características especiais existentes nessas enzimas. O estudo de atracamento molecular de inibidores possibilitou inferir informações importantes com relação às características dos modos de ligação que conferem potência e seletividade aos compostos testados. Com relação à MAPKp38, os estudos de crossdocking demonstraram que a variação conformacional do A-loop desta enzima exerce grande influência nos resultados de atracamento molecular em inibidores potentes. Conjuntos de estruturas da enzima tiveram as taxas de sucesso estimadas, com o objetivo de indicar as combinações de estruturas que poderiam obter a maior acurácia em experimentos reais de ensemble docking.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao_Nayra.pdf: 2967499 bytes, checksum: a3fbc3f85195a8b2ca04057e9efda7af (MD5) Previous issue date: 2013-06-14 / The study of the diversity and microbial taxonomy is very important to better understand of the micro-organisms ecology. The microbial taxonomy has undergone important changes with the advent of genomic. Until recently the taxonomy exclusively depended of the DNA-DNA hybridization for define species and to describe new species. From the analysis of the genomic signatures (Average Amino Acid Identity (AAI) e Karlin signature) is possible to determine the similarity between microbial genomes. However, the calculations of those signatures requires time. The automation those calculations using a software was the objective of this dissertation. For develop the software was chosen, for its multiplatform characteristics, the Java language, which allows the use of the software in operational systems Windows, Linux and iOS. For develop was used Eclipse VE and batch files for integrate with Blast 2.2.25+ used for comparison of the identity between genomes. The new software performs calculations AAI and Karlin signature for multiple genomes and metagenomes in real time. It s allowed studies about the genus Mycoplasma and the species Phrochlorococcus marinus. This species comprises 10 species according to the analysis of Karlin and AAI and indicates the need for taxonomy review. The Mycoplasma genus is polyphyletic and possibly comprises different genera. This study advances the taxonomic knowledge about relevant groups in marine habitats, besides create a useful tool for analyses of genome and metagenome. / O estudo da diversidade e taxonomia microbiana é de suma importância para o melhor entendimento da ecologia de microrganismos. A taxonomia microbiana tem passado por importantes transformações com o advento da genômica. Até recentemente a taxonomia dependia exclusivamente da hibridização de DNA-DNA para determinação de espécies e descrição de espécies novas. A partir da análise de assinaturas genômicas (Identidade Média de Aminoácidos (AAI) e Assinatura de Karlin) é possível agora determinar a similaridade entre genomas microbianos. Porém, o cálculo destas assinaturas também consome tempo. A automatização destes cálculos por meio de um software foi o objetivo desta dissertação de mestrado. Para a construção do software foi escolhida a linguagem Java por sua característica multiplataforma, que permite utilização em sistemas operacionais Windows, Linux e iOS. Para o desenvolvimento foi utilizado o software Eclipse VE e arquivos batch para integração com o Blast versão 2.2.25+ utilizado para comparação de identidade entre genomas. O novo software realiza os cálculos de AAI e assinatura de Karlin para múltiplos genomas e metagenomas em tempo real. O novo software permitiu o estudo da taxonomia do gênero Mycoplasma e da espécie Phrochlorococcus marinus. De acordo com as análises da assinatura e AAI esta espécie compreenderia 10 outras espécies, o que indica a necessidade de revisão taxonômica. Já o gênero Mycoplasma é polifilético e compreende possivelmente diferentes gêneros. O presente estudo avança o conhecimento taxonômico de grupos relevantes no meio marinho, além de criar uma ferramenta útil para análise de genomas e metagenomas.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2015-08-26T19:32:21Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Vs Final_Fabiane Oliveira.pdf: 690381 bytes, checksum: 6652f54882e22e7f39b6d42a6a5b5adf (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-08-26T19:32:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Vs Final_Fabiane Oliveira.pdf: 690381 bytes, checksum: 6652f54882e22e7f39b6d42a6a5b5adf (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2009-03-17 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Second growth, even when substantially different from the original forests in terms of floristics, plays important ecological functions, restoring some of the most important benefits to the system. This study aimed to determine the effects of differences in vegetation cover on the nutritional quality of litter and soil and recycling of nutrients. so samples were taken from soil, newly fallen litter and the litter-layer accumulated on the ground, in the PDBFF in BR 174, about 80 km north of Manaus. Three plots were sampled for each of the types of vegetation considered: ongoing pasture active, post-pasture second growth, post-harvest second growth, post-seringa second growth and primary forest. It was found that although the soil under pastures has higher concentrations of active organic matter and nutrients (K, Ca and Mg), the very low input of nutrients, especially nitrogen and basic cations provided by the litterfall into the system is leading it to the nutrient exhaustion in a short term period. In general and for the variable under study, the second growth vegetations in this study, all with more than 17 years of regeneration, are in such an advanced stage of secondary succession that masked any influences that either type of system or management might have had in the past. By the level of their recovery and function it was shown that those second growth surrounding the forest fragments are providing an important environmental service not only to recover biomass plant, restructuring the forest landscape and important ecological functions, but also in the recovery of the recycling of nutrients in soil including fixing carbon. / As florestas secundárias, mesmo substancialmente diferentes das florestas originais em termos de composição de espécies, desempenham importantes funções ecológicas, restaurando alguns dos mais importantes benefícios ao funcionamento do sistema como um todo. Este estudo pretendeu analisar os efeitos das diferenças na cobertura vegetal, sob a qualidade nutricional da liteira e do solo para a ciclagem dos nutrientes. Para isso foram realizadas coletas da camada superficial do solo, liteira recém-caída e liteira acumulada sobre o solo em vários sistemas, com diferentes tipos de cobertura vegetal. Foram amostradas três parcelas para cada um dos tipos de cobertura vegetal considerados: Pastagem ativa, capoeira pós-pastagem, capoeira pós-corte, capoeira pós-seringa e floresta primária todas localizadas nas áreas de estudo do PDBFF a 80 km ao Norte da cidade de Manaus. Constatou-se que embora os solos das pastagens ativas apresentassem concentrações elevadas de matéria orgânica e nutrientes como o K, Ca e Mg, o baixíssimo aporte de nutrientes, em especial N e cátions básicos providos pela liteira recém-caída tenderiam a levar o sistema à exaustão em curto prazo. Em geral as capoeiras estudadas se encontram em avançado estádio de sucessão secundária e após mais de 17 anos de regeneração, e para as variáveis estudadas, o tempo foi suficiente para ofuscar influências do tipo de sistema ou manejo a que estas áreas tenham sido submetidas no passado. Foi evidenciado que as capoeiras são funcionalmente importantes, não apenas por recuperarem a biomassa vegetal destas áreas outrora degradadas, e restaurarem em parte a fitofisionomia da paisagem, mas também para a recomposição da ciclagem de nutrientes, incluindo a fixação do Carbono.