Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:50Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TESE_PORTUGUES_PEDRO_UFF.pdf: 2590907 bytes, checksum: 3b3623c02d38f036f56c8496b6542010 (MD5) Previous issue date: 2011-10-13 / Embora a compreensão dos fenômenos em nível molecular avance rapidamente, pouco se sabe ainda sobre os mecanismos que regulam a estabilidade e resiliência de ecossistemas tais quais, corais, florestas, lagos e oceanos. Modelos de dinâmica populacional são um possível meio para aperfeiçoar o entendimento dos mecanismos subjacentes a esses fenômenos. Estes modelos podem apresentar múltiplos estados de equilíbrio em virtude de características intrínsecas às espécies, bem como em decorrência de perturbações exógenas, como captura, remoção, aporte alóctone de nutrientes, dentre outros. A possibilidade de reversão entre esses estados de equilíbrio é geralmente ditada pela ocorrência da histerese em função da magnitude das perturbações exógenas. Neste trabalho analisam-se a estabilidade, resiliência e histerese em um conjunto de modelos populacionais sob o enfoque de manejo de ecossistemas.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:57:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_caio_godinho_2014.pdf: 2200918 bytes, checksum: aa8817dd5a147c8a2d55413e1a796132 (MD5) Previous issue date: 2014-03-18 / Mycoplasma hyopneumoniae 7448 e uma bactéria patogênica e parasita obrigatória do trato respiratório de suínos. A compreensão de seus mecanismos de regulação gênica é ainda incompleta e incapaz de explicar a dinâmica observada na expressão de seus genes. Diversos elementos podem exercer funções regulatórias da expressão gênica em bactérias, dentre eles os ncRNAs. Este trabalho reporta a identificação e classificaçãao de 48 regiões no genoma de M. hyopneumoniae 7448 suscetíveis a abrigarem novos genes de ncRNA. Para isso foram utilizadas técnicas de modelagem estocástica e diversas outras ferramentas computacionais. Duas importantes ferramentas foram desenvolvidas no decorrer desta dissertação, sendo uma para a inferência de conservação evolutiva em regiões intergênicas e a outra { denominada FraPS { uma melhoria na delimitação genômica dos candidatos a ncRNA. Os resultados corroboram com a hipótese da existência de ncRNAs como elementos reguladores da expressão gênica na bactéria estudada, exercendo papeis fundamentais na sobrevivência e patogenicidade da mesma. Genes de adesinas, lipoproteínas, e do complexo de transporte ABC foram encontrados entre os possíveis genes-alvo a regulação via ncRNA, resultado que auxilia o planejamento de experimentos moleculares para o estudo da regulação por ncRNAs em micoplasmas.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 399015.pdf: 142110 bytes, checksum: c5ffb33c81a7c9cbade03c8428376c8e (MD5) Previous issue date: 2007-12-05 / Uma conex?o est?vel entre a superf?cie de tit?nio e os tecidos a sua volta ? um dos mais importantes pr?-requisitos para o sucesso a longo prazo dos implantes. Para isso, uma forte e efetiva ades?o das c?lulas na superf?cie do biomaterial ? requerida. O objetivo desse estudo foi o de avaliar a ades?o de fibroblastos estimulados por Fator de Crescimento de Fibroblastos b?sico (bFGF) em discos de tit?nio. Para esse estudo foram produzidos 30 discos de tit?nio com superf?cie lisa. Esses discos foram colocados em placas de cultura e sobre eles foi inserido meio com fibroblastos NIH3T3, estimulados por bFGF, no grupo teste e sem este fator de crescimento no controle. As amostras foram obtidas em 3 horas, 24 horas e 48 horas. Foram feitas 10 imagens com Microsc?pio Eletr?nico de Varredura em cada disco, totalizando 300 micrografias. Como resultado foi encontrado que existe uma diferen?a significativa no crescimento de fibroblastos nos tr?s tempos deste experimento, do grupo onde o bFGF foi administrado.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 399228.pdf: 1067053 bytes, checksum: 25702bbc452a7012a85f0e772b8f3567 (MD5) Previous issue date: 2008-01-18 / O presente estudo tem como objetivo estudar a associa??o entre o polimorfismo I/D do gene ECA com a susceptibilidade e mortalidade relacionada ? SARA, em uma popula??o de pacientes cr?ticos no sul do Brasil. Todos os pacientes cr?ticos admitidos na UTI Geral do Hospital S?o Lucas da PUCRS entre janeiro de 2004 e junho de 2006 foram candidatos ? pesquisa, dos quais foram arrolados 400 indiv?duos. O paciente foi considerado como tendo s?ndrome da ang?stia respirat?ria aguda (SARA) ao preencher os crit?rios do Consenso Americano- Europeu em qualquer momento da interna??o na UTI. De cada paciente foram retirados 5mL de sangue para obten??o de DNA e genotipagem do polimorfismo I/D do gene ECA. A incid?ncia de SARA foi de 11,8%. Os pacientes com SARA foram mais jovens do que os sem SARA (p=0,0001). O escore APACHE II da admiss?o foi semelhante nos grupos de pacientes com (19,3?6,85) e sem SARA (19,4?8,14), e o grau de disfun??o org?nica determinado pelo escore SOFA foi maior entre os pacientes sem SARA no primeiro dia (p=0,007) e depois, durante a primeira semana, entre os pacientes com SARA (dia 2 at? dia 7, p=0,009; p=0,003; p=0,003; p=0,001; p=0,004; p=0,04, respectivamente). Este estudo n?o encontrou nenhuma associa??o entre o polimorfismo I/D do gene ECA e a susceptibilidade ? SARA ou ? mortalidade. A mortalidade na UTI e na interna??o hospitalar foi de 42,5% e de 48,9%, respectivamente.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 399966.pdf: 2182806 bytes, checksum: b7ae0dc782e83e28c95813d364f5ef3b (MD5) Previous issue date: 2008-03-27 / O fator estimulador de col?nias de granul?citos (G-CSF) ? uma citocina hematopoi?tica que age sobre a linhagem de neutr?filos promovendo prolifera??o e diferencia??o de seus precursores e ativa??o dos neutr?filos maduros. O G-CSF ? uma prote?na com 18,8 kDa, constitu?da por 174 amino?cidos possuindo duas pontes dissulfeto intra-moleculares e uma ciste?na livre no res?duo 17. Este biof?rmaco tem sido empregado com sucesso em pacientes com c?ncer que recebem altas doses de quimioterapia. Al?m disso, tamb?m tem sido usado como tratamento ou profilaticamente a fim de refor?ar o sistema imune em pacientes com HIV, pneumonia, pacientes diab?ticos com infec??es nos p?s, leucemia e neutropenia febril. Em fun??o desta ampla aplica??o cl?nica, hG-CSF recombinante tem sido produzido por engenharia gen?tica em Escherichia coli e foi aprovado para uso em neutropenia provocada por quimioterapia pelo FDA em 1991. Filgrastima (nome gen?rico do G-CSF) teve sua patente expirada em 2006, tornando-se alvo das ind?strias farmac?uticas. Atualmente, o Brasil ? totalmente dependente da importa??o deste biof?rmaco. Logo, o objetivo deste estudo ? desenvolver uma metodologia para a posterior produ??o de uma Filgrastima nacional. Neste trabalho, o gene para hG-CSF foi constru?do por PCR, clonado no vetor de express?o pET23a(+), usando as enzimas de restri??o NdeI e BamHI. Os testes de superexpress?o foram realizados em diferentes cepas de E. coli, mostrando a melhor condi??o de express?o na fra??o insol?vel na cepa BL21(DE3). Na tentativa de solubilizar os corpos de inclus?o e purificar a prote?na, in?meros protocolos foram testados. Por fim, foi descrito um eficiente protocolo de isolamento e solubiliza??o dos corpos de inclus?o por um processo de m?ltiplos passos de lavagem e um m?todo de purifica??o usando somente uma coluna cromatogr?fica de troca cati?nica. A identidade da prote?na foi confirmada por seq?enciamento N-terminal e Western blotting. A caracteriza??o do rhG-CSF homog?neo, atrav?s de SEC-HPLC e RP-HPLC, mostrou resultados similares aos do padr?o internacional. O teste de atividade biol?gica, in vivo, demonstrou que o rhG-CSF produzido tem potencial equivalente ao padr?o internacional utilizado. A prote?na foi produzida por um processo simples e econ?mico, sendo de extrema import?ncia em um processo industrial, podendo trazer benef?cios para a sa?de da popula??o.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 399964_1.pdf: 18391919 bytes, checksum: af1c2f20c95ef9a171c3d3fc299fe1e4 (MD5) Previous issue date: 2008-02-28 / A tuberculose (TB) continua sendo a principal causa de mortalidade devido a um ?nico pat?geno bacteriano, Mycobacterium tuberculosis. A reemerg?ncia da tuberculose como uma amea?a potencial ? sa?de p?blica, a alta suscetibilidade de pessoas infectadas com o v?rus da imunodefici?ncia humana ? doen?a, a prolifera??o de cepas resistentes a m?ltiplas drogas (MDR-TB) e, mais recentemente, de cepas extensivamente resistentes ?s drogas (XDR-TB) criaram a necessidade do desenvolvimento de novos agentes antimicobacterianos. Existe uma necessidade cont?nua de inova??o em propor novas estruturas para o desenvolvimento de agentes quimioter?picos para o controle da TB. Os ?cidos mic?licos, caracter?sticos de micobact?rias, s?o ?cidos graxos ?-alquil, ?-hidr?xi de alto peso molecular que aparecem, principalmente, como ?steres ligados ao envelope micobacteriano. A isoniazida (INH) ? o agente quimioter?pico mais prescrito para a TB ativa e para a profilaxia e necessita de ativa??o pela atividade de catalase-peroxidase da KatG. O produto do gene estrutural M.tuberculosis inhA (InhA) demonstrou ser o alvo prim?rio da INH. A InhA foi identificada como uma enoil-ACP redutase dependente de NADH, possuindo especificidade por enoil tio?steres de cadeia longa. InhA ? um membro do sistema de bioss?ntese de ?cidos graxos micobacterianos do tipo II que elonga ?cidos graxos acilados, precursores dos ?cidos mic?licos. O foco principal de nossa contribui??o s?o dados descrevendo o modo de a??o de um complexo inorg?nico, pentaciano (isoniazida) ferrato II que n?o necessita de ativa??o pela KatG. Ademais ? um inibidor do tipo liga??o lenta da enoil redutase WT e resistente ? INH de M.tuberculosis. Este complexo inorg?nico representa uma nova classe de compostos l?deres para o desenvolvimento de agentes antituberculose objetivando a inibi??o de um alvo validado.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 400016.pdf: 696310 bytes, checksum: 7f8908ad96586598d5473332eb4bd96b (MD5) Previous issue date: 2008-03-26 / Interferons s?o prote?nas expressas por diferentes c?lulas humanas e sintetizadas como resposta a muitos agentes qu?micos e biol?gicos. Eles est?o envolvidos em repostas antiviral, antiproliferativa e imunomodulat?ria, atuando na manuten??o da homeostase e na prote??o do organismo contra pat?genos. Devido a essa atividade biol?gica, os interferons s?o atualmente aprovados no mundo inteiro para o tratamento de v?rias desordens virais, malignas e imunol?gicas. Interferon β1, por exemplo, ? uma das poucas subst?ncias que provou ser efetiva na supress?o das manifesta??es da esclerose m?ltipla que ? uma doen?a cr?nica do sistema nervoso central. Ele ? produzido comercialmente em microorganismos como Escherichia coli, utilizando a tecnologia do DNA recombinante e ? chamado de biof?rmaco. As patentes de muitos biof?rmacos originais est?o expirando e uma nova gera??o de mol?culas, chamadas biossimilares, est? em desenvolvimento. O interferon β1 foi aprovado para uso no tratamento da esclerose m?ltipla surtoremiss?o pelo Departamento de Controle de Drogas e Alimentos dos EUA em 1993 e perdeu sua prote??o de patente em 2007, tornando-se um alvo para a produ??o do biossimilar pelas ind?strias farmac?uticas. O desenvolvimento do biossimilar interferon β1 ? uma alternativa para o alto custo do biof?rmaco original. Desenvolvemos um protocolo para produzir grandes quantidades do interferon β1, no qual aproximadamente 3 mg da prote?na recombinante homog?nea podem ser obtidos a partir de 1 g de c?lulas de E. coli Rosetta(DE3). As an?lises por seq?enciamento N-terminal de amino?cidos e espectrometria de massas proveram evid?ncias para a identidade e pureza da prote?na recombinante. A an?lise por cromatografia l?quida de fase reversa demonstrou que o conte?do de deamidados e sulf?xidos foi similar ao padr?o comercial, e nenhuma forma heterog?nea da prote?na rhIFN-β1ser17 foi detectada. A an?lise por cromatografia l?quida de exclus?o molecular demonstrou a aus?ncia de agregados de alta massa molecular e de d?meros. O protocolo desenvolvido poder? ser utilizado para a produ??o do biossimilar pelas ind?strias farmac?uticas e deste modo, diminuir os custos do Minist?rio da Sa?de e dos consumidores com este biof?rmaco.

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 400977.pdf: 4539357 bytes, checksum: a454d83262e33e9f70ab585e6cbbdd44 (MD5) Previous issue date: 2008-03-28 / A re-emerg?ncia da tuberculose ? um problema de sa?de p?blica mundial. A Organiza??o Mundial da Sa?de (OMS) estima que, em 2006, cerca de 2 bilh?es de pessoas, ou um ter?o da popula??o mundial, foram infectadas com o bacilo Mycobacterium tuberculosis (MTB), e em 2007 relata que 1,6 milh?es de pessoas morreram de tuberculose (TB) no ano de 2005. O surgimento das formas de TB resistente a m?ltiplas drogas (MDR-TB) e extensivamente resistente a drogas (XDR-TB), as quais n?o respondem ao tratamento convencional, colaboram para este crescimento. A Isoniazida (INH, hidrazida do ?cido isonicot?nico) ? uma das drogas sint?ticas mais antigas, e seu mecanismo de a??o ? complexo. Muta??es em pelo menos cinco genes diferentes (katG, inhA, ahpC, kasA, e ndh) foram correlacionadas com a resist?ncia a INH. O complexo inorg?nico Isoniazida-pentacianoferrato (IPF) ? o resultado do desenho racional de drogas na tentativa de achar uma alternativa capaz de inibir a InhA. O IPF ? capaz de inibir os tipos selvagem e o mutante I21V da InhA, resistente ? INH, e esta inativa??o n?o requer ativa??o por KatG. Neste trabalho, realizamos duas simula??es por din?mica molecular do complexo IPF-InhA, utilizando todos os ?tomos em solu??o aquosa, com o objetivo de investigar os eventos moleculares relacionados ao modo de intera??o droga-alvo e suas afinidades. Observamos que o IPF interage fortemente com a InhA e estas intera??es causam instabilidades na macromol?cula devido a perturba??o no s?tio de liga??o do substrato. Estas instabilidades se refletem no longo tempo necess?rio para a converg?ncia da trajet?ria. Observamos tamb?m que os res?duos Gly14, Ile15, Ile16, Ser20, Gly40, Phe41, Ile47, Ser94 e Thr196 s?o os respons?veis por intermediar a associa??o IPF-InhA. Conclu?mos ent?o que o IPF compete diretamente com o NADH pelo seu s?tio de liga??o e indiretamente com o substrato atrav?s da desestabiliza??o do seu s?tio de liga??o

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 401338.pdf: 18195711 bytes, checksum: 8003c4d1e35f169f386872ae3d70499f (MD5) Previous issue date: 2008-03-19 / Considerando que alguns fatores de transcri??o da fam?lia ETS regulam, crescimento, apoptose, angiog?nese e genes relacionados a met?stase em c?lulas tumorais, n?s propomos modelos tridimensionais de dom?nios ETS (ETV- 2, SPI-C and NERF) aplicando t?cnicas de modelagem molecular por homologia e utilizando estruturas de cristais de Ets humana-DNA como template. Estes modelos ser?o ?teis para estabelecer semelhan?as estruturais entre duas ou mais mol?culas relacionadas. A obten??o destes detalhes estruturais das intera??es entre prote?na e DNA fornecer? pistas sobre suas consforma??es dos complexos bin?rios Ets-DNA, que podem a vir tornar alvos moleculares para o desenvolvimento de f?rmacos seletivos para o tratamento de c?ncer no futuro

Made available in DSpace on 2015-04-14T14:50:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 401340.pdf: 549118 bytes, checksum: 0b891fb7ecb8b42c15bbd983f6da4c5e (MD5) Previous issue date: 2008-03-31 / Introdu??o: Atualmente, devido ? polui??o e emiss?o de gases t?xicos, h? uma degrada??o gradual da camada de oz?nio que filtra uma grande parcela das emiss?es UV. A radia??o UV altera significativamente as estruturas da pele, incluindo as termina??es nervosas. Em decorr?ncia do crescente aumento de doen?as de pele relacionadas ? exposi??o UV, faz-se necess?ria a avalia??o da efetividade de novos princ?pios ativos com finalidade de prote??o contra as radia??es. Estudos anteriores n?o foram capazes de quantificar o dano induzido pela radia??o UV nas termina??es nervosas. Objetivos: identificar as termina??es nervosas na pele humana, quantificar os efeitos das radia??es UV sobre as termina??es nervosas e verificar o efeito de princ?pios ativos neuroprotetores ? exposi??o UV. Materiais e M?todos: bi?psias de pele, de 35 adultos saud?veis, sob cirurgia pl?stica, foram obtidas e imediatamente tratadas com tr?s emuls?es: Creme1, Creme2 (placebo) e FPS 15. As amostras tratadas com as emuls?es ou controle (sem creme) foram submetidos ? exposi??o UVA e UVB por 60 min. Sec??es de 15 m foram produzidas no criostato a partir de tecidos congelados e as estruturas nervosas foram identificadas por imunofluoresc?ncia utilizando um anticorpo monoclonal anti-CD56 (NCAM) humano. O dano nas termina??es foi identificado a partir da sele??o autom?tica de pixels (verde FITC) das imagens capturadas. Resultados: foram identificadas v?rias estruturas nervosas na pele, incluindo termina??es livres, inerva??es do fol?culo piloso e gl?ndulas seb?ceas. As radia??es UVA e UVB reduziram, significativamente (40-60%), a densidade das termina??es nervosas na pele nas amostras controle, tratadas com placebo ou FPS 15 (p<0.001). N?o foram observadas diferen?as morfol?gicas das termina??es nervosas expostas a radia??o UV. As amostras tratadas com o Creme1 bloquearam completamente os efeitos da radia??o UV sobre as termina??es nervosas (p > 0.05). Discuss?o: A quantifica??o dos danos celulares induzidos pela radia??o UV possibilita a identifica??o de compostos ativos com propriedades neuroprotetoras. Os mecanismos de dano celular bem como as atividades neuroprotetoras merecem ser identificadas nos pr?ximos estudos.