Introdução: Infecções por Enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos (ERC), em especial produtoras de Klebsiella pneumoniae carbapenamase tipo KPC hoje são endêmicas em diversas regiões do mundo, seu tratamento é ainda um grande desafio em particular de isolados resistentes à polimixina. Objetivos: Descrever as características clínicas, microbiológicas e moleculares das infecções por ERC. Método: Estudo de coorte prospectiva, realizado no Hospital Universitário de Londrina, Paraná, Brasil, entre março de 2011 a dezembro de 2012. Foram acompanhados pacientes >= 18 anos, que apresentaram infecção por ERC. Dados demográficos e clínicos como idade, sexo, diagnóstico à admissão e presença de co-morbidades de acordo com critérios de Charlson, internação em Unidade de Terapia intensiva e scores APACHE e SOFA desses pacientes, colonização prévia por ERC, cirurgia prévia à infecção, diálise, uso prévio de antimicrobianos e sítio de infecção foram coletados. Foram avaliados os antimicrobianos utilizados para tratamento das infecções por mais de 48 horas nos seguintes pontos: monoterapia ou terapia associada, tempo de início (menor e maior que 12 horas). A identificação do agente foi realizada por método automatizado (Vitek II - bioMerieuxR) e a concentração inibitória mínima dos antibióticos por técnica de microdiluição em caldo, pesquisa de gene blaKPC pela técnica de Polimerase Chain Reaction e sinergismo entre drogas utilizadas em tratamento combinado por meio do método Time Kill. A clonalidade, por Pulsed Field gel eletroforese e analisada por dendograma pelo Bionumerics. Foram realizadas análise bivariada e regressão logística multivariada com técnica de Forward Stepwise para detectar fatores de risco para resistência a polimixina e mortalidade. O nível de significância adotado foi de 5%, utilizando os programas Epi Info 7.0 e SPSS. Resultados: No período de estudo, 127 pacientes apresentaram infecções por ERC, idade média de 55,7 (± 18) anos e 88 (69.3%) do sexo masculino. Infecções de trato respiratório (52-42%) e trato urinário (51 - 40,2%) foram as mais freqüentes, 27 (21,3%) resistentes à polimixina, 113 (89%) das enterobactérias eram K. pneumoniae e 96 (75,6%) tinham gene blaKPC.. Cinquenta e cinco (43,3%) eram polimicrobianas, a maioria (28,3%) co-infecção por Acinetobacter baumannii. A taxa de mortalidade hospitalar foi 61,4%, sendo 34,6% relacionada à infecção e não houve diferença significativa entre os grupos sensíveis (34%) e resistentes à polimixina (37%), p=0.46. Os fatores de risco independentes para óbito foram choque (OR 27.40; IC95% 1.68-446.82; p= 0.02) e diálise (OR 13.26; IC95% 1.17-149.98; p= 0.03); para resistência à polimixina: uso prévio de carbapenem ( OR 2.95; IC95% 1.12-7.78; p= 0.02) e para óbito nessa população: diálise (OR 7,58; IC95% 1,30-43,92; p= 0.02). Terapia combinada, tempo de início de antibiótico sensível e sinergismo in vitro não tiveram impacto significativo na mortalidade. Conclusão: O uso prévio de carbapenêmico foi o único fator associado com a resistência à polimixina nesse estudo. Os fatores associados ao óbito entre os pacientes com infecções por enterobactérias resistentes à polimixina foram fatores de gravidade, como diálise e choque. Nenhuma opção terapêutica, em especial a associação de drogas e nem o tempo de início do tratamento, interferiu na mortalidade deste grupo de pacientes / Introduction: Infections due to Carbapenem resistant Enterobacteriaceae (CRE), particularly Klebsiella pneumoniae producing carbapenemase type KPC, have been endemic in several regions around the world. Their treatment remains a major challenge, particularly for isolates resistant to polymyxin. Objectives: To describe the clinical, microbiological and molecular characteristics of infections by CRE. Methods: Prospective cohort conducted at the University Hospital of Londrina, Paraná, Brazil, from March 2011 to December 2012. All hospitalized patients >= 18 years old who developed infection by CRE were followed until death or discharge. We collected and analyzed the following clinical data: age, sex, diagnosis at admission, presence of comorbidities according to the Charlson criteria, admission in Intensive Care Unit, APACHE and SOFA scores, previous colonization by CRE, previous surgery, dialysis, prior antibiotic use and infection site; furthermore, we also evaluated the time between the blood culture collect and the first antimicrobial dose administration (start time - smaller or longer than 12 hours) as well as whether the treatment was monotherapy or combine therapy for more than 48 hours. The microbiological identification was performed by automated method (Vitek II - bioMerieuxR) and the minimum inhibitory concentration of antibiotics by broth microdilution technique, research blaKPC gene by the technique of Polymerase Chain Reaction and synergism between the drugs used in the combination therapy by Time Kill method. The clonality was carried out by pulsed-field gel electrophoresis and analyzed by dendrogram by BioNumerics. Bivariate analyses and multivariate logistic regression with forward stepwise technique were performed to detect risk factors for resistance to polymyxin and mortality. The level of significance was 5%, using Epi Info 7.0 and SPSS programs. Results: During the study period, 127 patients developed infections by CRE, mean age 55.7 (± 18) years and 88 (69.3%) were male. Respiratory tract infections 52 (42%) and urinary tract 51 (40.2%) were the most frequent. Twenty seven (21.3%) agents were resistant to polymyxin; 113 (89%) were K. pneumoniae and 96 (75.6%) had blaKPC gene. Fifty-five (43.3%) were polymicrobial, the majority (28.3%) co-infection by Acinetobacter baumannii. The hospital mortality rate was 61.4% and 34.6% of the death were related to infection. There was no difference in mortality rate between sensitive (34%) versus resistant (37%)(p = 0.46) to polymyxin. The independent risk factors for death were shock (OR 27.40; 95% CI 1.68-446.82; p = 0.02) and dialysis (OR 13:26; 95% CI 1.17-149.98; p = 0.03); and for resistance to polymyxin were previous use of carbapenem (OR 2.95; 95% CI 1.12-7.78; p = 0.02). The risk factor for death in our study was dialysis (OR 7.58; 95% CI 1.30 to 43.92; p = 0.02). Combine therapy, start time and sensitive and antibiotic synergy in vitro had no significant impact on mortality. Conclusion: In our study, previous carbapenem use was the only factor associated with resistance to polymyxin. Furthermore, dialysis and shock were the only factors associated with death among patients with infections caused by CRE resistant to polymyxin. No therapeutic option, especially the combination of drugs and the start time decreased the higher mortality rates in this group of patients

A resistência aos carbapenêmicos em amostras de Pseudomonas aeruginosa e Acinetobacter spp aumentou na última década. Vários surtos causados por esses agentes já foram descritos no Brasil. O presente estudo comparou métodos fenotípicos de triagem de carbapenemase em P. aeruginosa e Acinetobacter spp. isolados de hemoculturas de pacientes internados no HC-FMUSP. Foram estudados 108 isolados de P. aeruginosa identificados por sistema automatizado Vitek® e 50 isolados Acinetobacter spp. identificados pelo método miniaturizado API20NE. A determinação inibitória mínima dos carbapenêmicos foi realizada pela técnica de microdiluição em caldo e a tipagem molecular pela técnica de eletroforese em campo pulsado (PFGE). Os genes codificadores de carbapenemase foram identificados por meio da técnica de reação em cadeia da polimerase (PCR) e foi avaliada a hidrólise de imipenem de todos os isolados positivos para esses genes. Sensibilidade, especificidade, valor preditivo negativo e positivo dos testes fenotípicos foram calculados usando como padrão-ouro a detecção dos genes codificadores das carbapenemases por PCR. Nos isolados de Acinetobacter spp, foram pesquisados os genes das oxacilinases, dos quais quarenta e nove (98%) apresentaram pela técnica de PCR genes codificadores da enzima Oxa-51-like, sendo que um isolado não apresentou essa enzima e após sequenciamento do gene codificador da porção 16S do RNA ribossomal, foi considerado da espécie A. calcoaceticus. Em trinta e oito (76%) dos isolados foi detectado o gene blaOXA-143, em nove (18%) foi detectado o gene blaOXA-23, sendo que sete desses isolados pertenciam ao mesmo clone. Apenas cinco (10%) isolados de Acinetobacter spp apresentaram o gene blaIMP-1. Para os isolados de P. aeruginosa o gene blaSPM-1 foi o mais frequente sendo identificado em vinte e um (19,4%) dos isolados e quatro (3,7%) foi identificado com o gene blaVIM-2. Nove dos vinte e um isolados positivo para gene blaSPM-1, apresentaram a mesma clonalidade. O gene codificador blaGES-5 foi encontrado em quatro (3,7%) dos isolados de P. aeruginosa. Dos vinte quatro isolados P. aeruginosa que apresentaram gene codificador da M?L, apenas um isolado não hidrolisou IMI entre os Acinetobacter spp e apenas dois dos cincos isolados positivos para o gene codificador de M?L, hidrolisaram o IMI e apresentaram inibição com o EDTA. Dos vários testes fenotípicos realizados, os melhores resultados foram observados com Etest® M?L para ambos microrganismos com sensibilidade de 100%, mas esse teste foi pouco específico. Para os isolados de Acinetobacter spp o melhor resultado foi observado com o teste de aproximação de disco de IMI com disco de ABM, que apresentou sensibilidade de 100% e especificidade de 71% e para P. aeruginosa foi a aproximação de disco de CAZ com um disco de EDTA, que apresentou sensibilidade de 48% e especificidade de 93%. O presente estudo verificou que não existe um único teste fenotípico que consiga identificar carbapenemases nesses isolados e que a performace dos testes varia de acordo com as carbapenemases encontradas / Carbapenem resistance in Pseudomonas aeruginosa and Acinetobacter spp increased in the last decade. Several outbreaks caused by these agents resistant to carbapenems have been reported in Brazil. This study compared several phenotypic methods for screening of carbapenemase in P. aeruginosa and Acinetobacter spp isolated from blood cultures of hospitalized patients in HCFMUSP. One hundred and eight isolates were studied of P. aeruginosa identified by the automated system Vitek® and fifty isolates Acinetobacter spp identified by the API20NE method miniaturized. The determination of cabapenem minimum inhibitory was performed by the microdilution broth. Molecular typing was performed using the technique of pulsed field gel electrophoresis (PFGE). Genes encoding carbapenemase were identified by the technique of polymerase chain reaction (PCR) and was evaluated by hydrolysis of imipenem of all the positives isolates. Sensitivity, specificity, positive and negative predictive value of phenotypic tests were calculated using as the gold standard the detection of genes encoding carbapenemases by PCR. Oxacilinases genes were evaluated in isolates of Acinetobacter spp, of which forty-nine (98%) exhibited by PCR enzyme- encoding gene OXA-51-like, and the one isolate that did not show this enzyme, after gene sequencing encoding portion 16S ribosomal RNA was considered the species A. calcoaceticus. In thirty-eight (76%) isolates the gene OXA-143- like was detected and seven belonged to the same clone. Only five (10%) isolates of Acinetobacter spp showed the gene blaIMP-1. For the isolates of P. aeruginosa, gene blaSPM-1 was the most frequent being present in twenty-one (19,4%) isolates and four (3,7%) was identified with the gene blaVIM-2. Nine of the twenty-one isolates positive for gene blaSPM-1, showed the same clonality. The gene encoding blaGES-5 was found in four (3,7%) isolates of P. aeruginosa. Among the twenty-four isolates P. aeruginosa harboring M?L, not only one isolated hydrolyzed IMI, between Acinetobacter spp two of five isolates harboring M?L hydrolyzed IMI that was inhibited by EDTA. Of the various phenotypic tests conducted, the best results were observed for Etest® for both micro-organisms with sensitivity 100%, but this test was not specific. For the isolates of Acinetobacter spp best result was observed in the nearest IMI disk a disk of ABM, which had a sensitivity of 100% and specificity of 71% and for P. aeruginosa was approaching CAZ disk with a disk EDTA which had a sensitivity of 48% and specificity of 93%. This study verified that there is no single phenotypic test which can identify those isolates carbapenemases and that the performance of the tests various according to carbapenemases found

A.baumannii é um importante patógeno em infecções nosocomiais principalmente por sua capacidade de se tornar resistente aos antimicrobianos. Surtos de A.baumannii resistente aos carbapenêmicos (ABRC) têm sido descritos em todo mundo. Devido à emergência de resistência aos antimicrobianos e ausência de novas opções de tratamento, as polimixinas reemergiram como opção de terapia contra infecções causadas por A.baumannii. O uso de polimixina é associado a maior mortalidade e menor eficácia comparada a outros antimicrobianos. Alguns estudos in vitro têm avaliado a combinação de polimixina com outros antimicrobianos a fim de aumentar a eficácia dos tratamentos. O objetivo deste estudo foi avaliar o sinergismo entre a polimixina B com outros antimicrobianos em isolados de ABRC, pelo método de Curvas Tempo-Morte bacteriana (Time- Kill Curves). Os isolados foram provenientes de banco de amostras e foram avaliadas as combinações de polimixina B com carbapenêmicos (imipenem e meropenem), tigeciclina, rifampicina, amicacina e ceftazidima. As combinações foram testadas nos tempo 0, 30’, 1,4,12 e 24 h. Sinergismo entre polimixina B foi demonstrado contra todos antimicrobianos para ambos isolados, exceto para ceftazidima e imipenem no isolado 1. Nosso estudo mostrou que tigeciclina, amicacina e rifampicina são agentes mais ativos combinados com polimixina B, sendo assim estes agentes podem apresentar efeito benéfico em combinação com a polimixina no tratamento de ABRC. / A.baumannii is an important pathogen in nosocomial infections primarily for its ability to become resistant to antimicrobials. Outbreaks carbapenem- resistant A.baumannii (CRAB) has been described worldwide. Due to the emergence of antimicrobial resistance and the absence of new treatment options, the polymyxins reemerged as an option therapy against infections caused by A.baumannii. The use of polymyxin is associated with higher mortality and lower effectiveness compared to other antimicrobials. In vitro studies have evaluated the combination of polymyxin with other antimicrobial agents to enhance the effectiveness of the treatments. This study was to evaluate the synergy between polymyxin B with other antimicrobials in isolates from ABRC, by Time-Kill Curves. The isolates were from stool samples and were evaluated combinations of polymyxin B with carbapenems (imipenem and meropenem), tigecycline, rifampin, amikacin and ceftazidime. The combinations were tested at time 0, 30 ', 1,4,12 and 24 h. Synergism between polymyxin B was demonstrated against all antimicrobials for both isolates, except for ceftazidime and imipenem in isolated 2. Our study showed that tigecycline, amikacin and rifampicin more active agents are combined with polymyxin B, and thus these agents may have a beneficial effect in combination with a polymyxin in treating CRAB.

Introdução: O complexo Acinetobacter baumannii-calcoaceticus (ACB) inclui as espécies: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii e A. nosocomialis. As infecções causadas pelas diferentes espécies do ACB, principalmente A. baumannii tornam-se cada vez mais graves com a emergência de cepas resistentes a quase todos os antimicrobianos incluindo os carbapenêmicos, principalmente devido à produção de oxacilinases. O objetivo desse estudo foi identificar as diferentes espécies do complexo Acinetobacter baumanniicalcoaceticus (ACB) e determinar a prevalência de oxacilinases em isolados resistentes aos carbapenêmicos obtidos de quatro estados brasileiros. Materiais e métodos: No período de abril a outubro de 2013, avaliamos 92 isolados identificados previamente como ACB complexo, resistente aos carbapenêmicos de quatros estados brasileiros: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul e São Paulo. Os isolados foram submetidos a identificação utilizando o equipamento MALDI-TOF MS (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) e após, comparados com o sequenciamento do gene gyrB. Uma amostra de conveniência de 11 isolados não-A. baumannii também foram submetidas à identificação no sistema MALDI-TOF e ao sequenciamento. A avaliação da suscetibilidade foi determinada pelo método de disco difusão para os antimicrobianos: amicacina, ampicillina-sulbactam, cefepime, ceftazidima, gentamicina, piperacilina-tazobactam e para polimixina por microdiluição em caldo. Foi realizado ensaio de PCR multiplex para avaliação de genes de resistência: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA-58-like e OXA-143. Resultados: Oitenta e nove (97%) isolados clínicos foram identificados como A. baumannii pelo sistema MALDI-TOF e confirmados pelo sequenciamento do gene gyrB. O sistema MALDI-TOF identificou corretamente 8/11 (72,7%) das espécies não-A. baumannii. Em relação a polimixina B, a maioria do isolados (96,7%) foram sensíveis (CIM ≤ 2 μg/mL) sendo que apenas 3 (3,3%) isolados apresentaram CIM ≥ 4 μg/mL para esse antimicrobiano. Quanto a presença das oxacilinases, 80 (87%) dos isolados apresentaram OXA-23-like e esses foram procedentes dos 4 estados avaliados. No entanto, foram identificados 12 (13%) isolados produtores de OXA-24-like sendo todos procedentes do Rio Grande do Sul, Paraná e São Paulo. Conclusão: Neste estudo foi possível constatar que o sistema MALDI-TOF identifica corretamente a espécie de A. baumannii mas apresentou limitações para identificação das espécies de A. nosocomialis e A. pittii. Observamos elevadas taxas de resistência aos antimicrobianos e a disseminação de OXA-23 em todos os estados avaliados. Além disso, Identificamos pela primeira vez a presença da enzima OXA-24-like em isolados de A. baumannii no sul do Brasil. / Introduction: The Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) includes species: A. baumannii, A. calcoaceticus, A. pittii and A. nosocomialis. Infections caused by different species of the ACB, especially A. baumannii became increasingly severe, with the emergence of strains resistant to almost all antibiotics including carbapenems, primarily due to the production of oxacilinases. The aim of this study was to identify the different species of Acinetobacter calcoaceticus-baumannii complex (ACB) and to determine the prevalence of oxacilinases in isolates resistant to carbapenems obtained from four Brazilian states. Material and Method: Between April to October 2013, we analized 92 strains previously identified as ACB complex, resistant to carbapenems from four Brazilian states: Paraná, Rio de Janeiro, Rio Grande do Sul and São Paulo. The isolates were subjected to identification using MALDITOF MS System (Bruker Daltonics®, Bremen, Germany) and to sequencing of the gyrB gene. A convenience sample comprising 11 isolates of non-A. baumannii were also submitted to identification in MALDI-TOF system, and sequencing. The evaluation of the susceptibility was determined by disk diffusion method for the following antimicrobials: amikacin, ampicillin-sulbactam, cefepime, ceftazidime, gentamycin, piperacillin-tazobactam; for polymyxin we used the broth microdilution method. A multiplex PCR assay was performed to evaluate the resistance genes: OXA-23-like, OXA-24-like, OXA-51-like, OXA- 58-like and OXA-143. Results: Eighty-nine (97%) clinical isolates were identified as A. baumannii by MALDI-TOF system, and confirmed by sequencing of the gyrB gene. The MALDI-TOF system correctly identified only 8/11 (72.7%) of non-A. baumannii isolates. In relation to polymyxin B, the majority of isolates (96.7%) were susceptible (MIC ≤ 2 μg/mL) and only 3 (3.3%) of the isolates showed MIC ≥ 4 μg/mL for this antimicrobial. Regarding the presence of oxacilinases, 80 (87%) isolates presented OXA-23-like and these were obtained from the 4 states evaluated. Furthermore, 12 (13%) isolates producing OXA-24-like were identified, all from Rio Grande do Sul, Paraná and São Paulo. Conclusion: In the present study, we were able to determine that the MALDI TOF System correctly identifies the species of A. baumannii and has limitations for identification of A. nosocomialis and A. pittii. We notice high rates of antimicrobial resistance and the spread of OXA-23 in all states evaluated. Moreover, for the first time we identified the presence of the enzyme OXA-24- like in isolates of A. baumannii in southern Brazil.

Orientador: Carlos Magno Castelo Branco Fortaleza / Resumo: Atualmente, estamos diante de uma notável presença de isolados de enterobactérias resistentes aos carbapenêmicos em um hospital público do município de Bauru-SP desde outubro de 2012. No entanto, não estão disponíveis estudos relacionando a epidemiologia e os fatores associados à aquisição de tais isolados. Este estudo teve como objetivo identificar fatores de risco para aquisição de Enterobactérias Resistentes aos Carbapenêmicos (CRE) em pacientes internados no Hospital Estadual Bauru, os fatores associados ao desenvolvimento de quadro infeccioso em uma coorte de pacientes colonizados por CRE e os fatores preditores de óbito. Foram incluídos pacientes do local de estudo que apresentaram colonização do trato digestório por CRE, de outubro de 2012 a dezembro de 2016, dos quais foram levantados dados clínicos e demográficos. Os isolados foram identificados por métodos fenotípicos e foram testadas as suscetibilidades por concentração inibitória mínima (MIC). Realizamos um estudo de caso-controle que incluiu 427 casos e igual número de controles. Os fatores de risco observados foram queimadura (HR 3,91; IC95% 2,36-6,46; p=<0,001), índice de Charlson (HR 1,12; IC95% 1,05-1,20; p=<0,001), uso prévio de esteróides (HR 2,79; IC95% 1,94-4,02; p=<0,001) e antimicrobianos como as penicilinas/inibidores de beta-lactamases (HR 2,01; IC95% 1,43-2,82; p=<0,001), cefalosporinas de 3ª. e 4ª. gerações (HR 2,45; IC95% 1,75-3,44; p=<0,001), quinolonas (HR 1,70; IC95% 1,75-2,45; p=0,003) e anaero... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Currently, we are facing a remarkable presence of isolates of carbapenem-resistant enterobacteriacea in Bauru city public hospital, São Paulo state, Brazil, since october 2012. However no studies are available relating the epidemiology and the factors associated with acquisition of such isolates. The purpose this study was to identify risk factors for acquisition of Carbapenem Resistant Enterobacteriaceae in patients hospitalized at the Bauru State Hospital, factors associated with the development of infectious disease in a cohort of patients colonized by CLP and factors predicting death. We included patients from the study site who presented colonization of the digestive tract by CRE, from October 2012 to December 2016, from which clinical and demographic data were collected. Isolates were identified by phenotypic methods and susceptibilities were tested by minimum inhibitory concentration (MIC). We performed a case-control study that included 427 cases and an equal number of controls. The risk factors observed were burn (HR 3.91, 95% CI 2.36-6.46, p = 0.001), Charlson index (HR 1.12, 95% CI 1.05-1.20, p = <0.001), previous use of steroids (HR 2.79, 95% CI 1.94-4.02, p = <0.001) and antimicrobials such as penicillins / beta-lactamase inhibitors (HR 2.01, 95% CI, 43-2.82, p = <0.001), cephalosporins of 3rd. and 4ª. (HR 2.45, IC 95% 1.75-3.44, p = 0.001), quinolones (HR 1.70, IC 95% 1.75-2.45, p = 0.003) and anaerobicides (HR 1, 63, 95% CI 1.04-2.56, p = 0.03). The cohort stud... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Objetivos: Padronizar uma técnica molecular, Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para detectar os genes blaSPM-1 , blaVIM-2 e blaIMP-1 que conferem a Pseudomonas aeruginosa resistência a carbapenêmicos (imipenem e meropenem) através da produção das metalo-β-lactamases (MBL) SPM-1, VIM-2 e IMP-1. Comparar os resultados obtidos com a técnica de PCR com os obtidos através de uma técnica fenotípica para detecção desse mecanismo enzimático de resistência. Descrever a prevalência dos genes de MBL. Metodologia: Utilizando 48 amostras clínicas de P. aeruginosa resistentes a ceftazidima e/ou imipenem sendo 37 caracterizadas como produtoras de MBL através de uma técnica fenotípica (aproximação de disco) e 11 como não produtoras pela mesma técnica. Esses isolados foram testados com três primers específicos para os seguintes genes: blaSPM-1 , blaVIM-2 e blaIMP-1 Resultados e Discussão: Dos 37 isolados produtores de metalo-β-lactamase, 29 tiveram resultado positivo na PCR sendo 27 positivos para o gene blaSPM-1 e 2 positivos para o gene blaIMP-1 . Em nenhum isolado foi detectado o gene blaVIM-2 .Oito isolados caracterizados como produtores de MBL não tiveram nenhum produto amplificado com os três pares de primers. Os 11 isolados caracterizados como não produtores de MBL não tiveram produto amplificado. Assim, a sensibilidade da técnica molecular foi de 78,40% e a especificidade 100,0% considerando a técnica fenotípica de aproximação de disco como padrão ouro Conclusões: Foi possível a padronização da técnica de PCR para a detecção dos genes blaSPM-1 , blaVIM-2 e blaIMP-1 bem como foi possível a comparação entre a técnica de PCR e a técnica fenotípica, sendo que a metodologia molecular apresentou 100% de especificidade e 78,40% de sensibilidade. O gene de MBL mais prevalente foi blaSPM-1 encontrado em 27/29 amostras de P. aeruginosa resistentes ao imipenem. O gene blaIMP-1 foi detectado em apenas 2/29 amostras de P. aeruginosa resistentes ao imipenem. O gene blaVIM-2 e não foi detectado nas amostras de P.aeruginosa analisadas neste estudo.

Introdução: O Acinetobacter spp. é um cocobacilo gram-negativo de grande importância nas infecções hospitalares, especialmente em pacientes internados em unidades de terapia intensiva (UTI); podendo levar a um aumento na morbidade e mortalidade desses pacientes. Há evidências sustentando associação entre infecção por Acinetobacter baumannii e aumento das taxas de mortalidade bruta e atribuível. Contudo, o papel desse agente como causa direta de mortalidade ainda não está suficientemente caracterizado. Dentre os fatores relacionados com o aumento da mortalidade estão: gravidade do paciente, infecção relacionada à A. baumannii multirresistente, tratamento com antimicrobiano inadequado, tempo de hospitalização com alta permanência, choque séptico e imunossupressão. Objetivos: Estimar a mortalidade bruta e atribuível às infecções hospitalares causadas pelo Acinetobacter baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos (CRAB) por meio de revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais. Métodos: Foi desenvolvida uma revisão sistemática e metanálise de estudos observacionais publicados nas bases de dados: MEDLINE/Pubmed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters e LILACS/BVS, para estimar a mortalidade bruta e atribuível à infecção hospitalar causada pela bactéria A. baumannii resistente a antimicrobianos carbapenêmicos em pacientes adultos e pediátricos internados em unidades de tratamento intensivo e nãointensivo. Os estudos incluídos caracterizaram fatores preditores de mortalidade associada à infecção por CRAB, comparando com pacientes infectados por A. baumannii sensível a carbapenêmicos (CSAB). Primeiramente, foi estimado um modelo de efeitos aleatórios para a medida agregada de mortalidade atribuível não ajustado a fim de avaliar a contribuição direta das infecções na morte. Na sequência, foram avaliados descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais, para a análise dos fatores de risco relacionados a mortalidade atribuível em pacientes infectados por CRAB, por meio de instrumento elaborado conforme recomendações internacionais - ORION, TREND, STROBE e CONSORT. Resultados: Com base nos 29 estudos incluídos na metanálise, observou-se um risco atribuível aumentado na mortalidade bruta em pacientes com infecção por CRAB comparativamente aos pacientes com infecção por CSAB (RA = 0,19 (IC95% = 0,14-0,24) com elevada heterogeneidade (I2 = 66,4%, p-valor < 0,001). Como fontes de heterogeneidade investigou-se o tempo de internação, sítio de infecção, gravidade da doença e uso de terapia inapropriada. Entre os estudos que avaliaram exclusivamente pacientes com bacteremia, o risco de mortalidade atribuível foi maior (RA = 0,27; IC95% = 0,19-0,34). Utilizando-se metarregressão foi observada relação linear positiva entre o risco atribuível de mortalidade e a diferença da média padronizada do escore de APACHE II. Para a investigação da presença de risco de viés e confundimento avaliou-se descritivamente os principais aspectos metodológicos necessários aos estudos observacionais que identificam os fatores de risco associados com a mortalidade atribuível em pacientes com infecções por CRAB. Observou-se nesta revisão que os estudos estão sujeitos a confundimento, incluindo a forma inadequada do ajuste para fatores de confusão de variáveis importantes (ex.: seleção de grupo controle, exposição prévia aos antimicrobianos, mensuração do tempo em risco e a gravidade), além da grande heterogeneidade entre os estudos, devido aos desenhos, unidades de análise e abordagens na medida de exposição e desfecho, tornando difícil a comparação e a sumarização das informações. Conclusões: Os dados dessa revisão sistemática fornecem evidências que a mortalidade atribuível relacionada à presença de infecção por CRAB é maior que em pacientes com infecção por CSAB. Contudo, a investigação da mortalidade atribuível apresenta muitas limitações e ainda não é conclusiva em razão da adequação do desenho do estudo aos seus objetivos; definições de medidas de exposição e desfecho; métricas utilizadas na aferição dos resultados; seleção de grupo controle e fatores de confusão. A consciência de todos esses elementos para a interpretação epidemiológica é vital na análise da mortalidade bruta e atribuível. / Introduction: Acinetobacter spp. is a gram-negative coccobacillus of great importance in hospital infections, especially in patients in intensive care units (ICUs); may lead to an increase in morbidity and mortality of these patients. There is evidence supporting association between infection by Acinetobacter baumannii and the increase in crude and attributable mortality rates. However, the role of this agent as a direct cause of death is not sufficiently characterized yet. Among the factors related to the increase of mortality are: severity of the patient, infection related to A. baumannii multidrug-resistant, inappropriate antimicrobial treatment, hospital stay with high permanence, septic shock and immunosuppression. Objectives: To estimate the crude and attributable mortality to hospital-acquired infections caused by carbapenem-resistant Acinetobacter baumannii through systematic review and meta-analysis of observational studies. Methods: A systematic review and metaanalysis of observational studies published in the databases has been developed: MEDLINE/PubMed, CENTRAL/Cochrane Library, EMBASE/Elsevier, SCOPUS/Elsevier, Web of Science/Thomson Reuters and LILACS/BVS to estimate the crude and attributable mortality to hospital infection caused by the bacterium carbapenem-resistant A. baumannii (CRAB) in adult and pediatric patients in intensive and non-intensive care units. The studies included characterized predictors of mortality associated to infection with CRAB, compared to patients infected with carbapenem-susceptible A. baumannii (CSAB). First, a random effects model was estimated for the aggregate measure of non-adjusted attributable mortality in order to assess the direct contribution of infections in death. Following were descriptively assessed the main methodological aspects necessary to observational studies for the evaluation of risk factors related to attributable mortality in patients infected with carbapenem-resistant A. baumannii through instrument designed according to international recommendations - ORION, TREND, STROBE and CONSORT. Results: Through the 29 studies included in the meta-analysis, there was an increased attributable risk in the crude mortality in patients with infections by CRAB compared to patients with infections by CSAB (RA = 0.19 (95% CI = 0.14 to 0.24) with high heterogeneity (I2 = 66.4%, p <0.001). As sources of heterogeneity, it was investigated the length of stay, the site of infection, disease severity and use of inappropriate therapy. Among the studies that evaluated only patients with bacteremia, the risk of attributable mortality was higher (RA = 0.27; 95% CI = 0.19 to 0.34). Using meta-regression was observed a positive linear relationship between the attributable mortality risk and the standardized mean difference of APACHE II score. For investigating the presence of bias and confounding risk was evaluated descriptively the main methodological aspects necessary to observational studies evaluating the risk factors associated with attributable mortality in patients with infections caused by carbapenem-resistant A. baumannii. It was observed in this review that these studies are subject to pitfalls, including the inappropriate mode for adjustment for confounding factors of important variables (eg.: control group selection, previous exposure to antimicrobials, measurement of time in risk and gravity); besides the great heterogeneity between studies due the drawings, units of analysis and approaches to the extent of exposure and outcome, making it difficult comparison and summarization of information. Conclusions: The data of this systematic review provide evidence that attributable mortality related to the presence of infection by CRAB is higher than in patients with infection by CSAB. However, the investigation of attributable mortality has many limitations and is not conclusive yet because of the design adequacy of the study to their goals, definitions of exposure and outcome measures, metrics used in measuring results, control group selection and confounding factors. The awareness of all these elements is vital in analyzing the crude and attributable mortality.

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-03-26. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:25:45Z : No. of bitstreams: 1 Publico-10833.pdf: 1360435 bytes, checksum: a345766b88aa33fb633cad88c29a3a08 (MD5) / Conselho Nacional para o Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Introducao: A hiper-producao de AmpC associada a impermeabilidade de membrana externa em Enterobacter spp. pode contribuir no fenotipo de resistencia a cefalosporinas de quarta geracao e aos carbapenemicos. O objetivo do estudo foi caracterizar os mecanismos de resistencia a cefepima e a ertapenem em 11 amostras de E. cloacae subespecie cloacae isoladas de hemoculturas no Hospital sao Paulo. Materiais e Metodos: O perfil de sensibilidade foi avaliado por disco difusao e pela tecnica de diluicao em agar, de acordo com o CLSI. A analise das proteinas de membrana externa (OMPs) foi realizada pela tecnica de SDS-PAGE. A similaridade genetica foi avaliada pela tecnica de PFGE e o coeficiente similaridade entre os padroes de PFGE obtidos foi calculado pelo programa Bionumerics. Os isolados foram tambem testados contra cefepima, ertapenem, imipenem e meropenem na presenca e na ausencia dos inibidores de bomba de efluxo PAƒÀN (25 ƒÊg/ml) e reserpina (20 ƒÊg/ml), pela tecnica de diluicao em agar. Foram realizados testes de hidrolise, disco-aproximacao para a deteccao fenotipica de ESƒÀL e testes de inducao para a deteccao de AmpC induzida. A presenca de genes codificadores de ESƒÀL, carbapenemases e AmpC plasmidiais foram avaliados pela tecnica de PCR e confirmadas por sequenciamento, bem como a presenca de integrons. Os niveis de expressao de ampC, ompC e ompF foram medidos pela PCR em tempo real. Resultados: Todos os isolados de E. cloacae subespecie cloacae foram resistentes as cefalosporinas, aztreonam, associacoes com inibidores de ƒÀ-lactamases, tetraciclina, ciprofloxacina e amicacina por disco difusao. A tecnica de diluicao em agar demonstrou altas CIMs para cefotaxima (CIM50, > 256 ƒÊg/mL), ceftazidima (CIM50, 256 ƒÊg/mL) e cefepima (CIM50, 256 ƒÊg/mL). Todos os isolados foram sensiveis a imipenem (CIM50, 0.25 ƒÊg/mL) e meropenem (CIM50, 0.25 ƒÊg/mL). Entretanto, 7 isolados apresentaram CIMs de 4 ƒÊg/ml para ertapenem, 3 isolados foram resistentes (CIMs de 8 ƒÊg/ml) e um isolado foi sensivel (CIM de 2 ƒÊg/ml). Quatro padroes de PFGE foram encontrados entre os isolados de E. cloacae subespecie cloacae multirresistentes. Pelo programa Bionumerics, 3 clusters foram observados com coeficiente de similaridade acima de 80%. Todas as amostras foram positivas para ESƒÀL no teste de hidrolise e no disco aproximacao. Os resultados da PCR apresentaram amplificacao para blaTEM e blaCTX-M. Hiperexpressao do gene ampC foi detectado em todos os isolados pela qRT-PCR. Somente uma amostra apresentou uma pequena diminuicao da expressao de OmpC. Atraves do gel de SDS-PAGE foi observado um perda de uma proteina de 43 kDa quando comparado ao controle sensivel. Nenhuma reducao significativa nas CIMs para ƒÀ-lactamicos foi observado na presenca dos inibidores de bomba de efluxo. Conclusoes: Os resultados mostraram que a hiper-producao de AmpC associada a producao de ESBL sao os responsaveis pelos altos niveis de resistencia a cefepima e a perda de uma proteina de 43 kDa associada a hiper-producao de AmpC provavelmente foram os responsaveis pela diminuicao da sensibilidade a ertapenem verificada entre os isolados de E. cloacae subespecie cloacae. / Background: The overproduction of AmpC in Enterobacter spp. can contribute to resistance phenotype to fourth-generation cephalosporins and to carbapenens. The mechanisms of resistance to cefepime and ertapenem were studied among 11 E. cloacae subespecie cloacae clinical isolates from blood cultures isolated at Sao Paulo Hospital. Methods: Susceptibility testing by disk diffusion and agar dilution techniques was performed according to CLSI. Analysis of outer membrane protein (OMP) was performed by SDS-PAGE. The genetic relatedness was evaluated by PFGE and the dendogram was obtained by Bionumerics program. The isolates were also tested against cefepime, ertapenem, imipenem and meropenem with and without of PAƒÀN (25 ƒÊg/ml) and reserpine (20 ƒÊg/ml), an efflux pump inhibitors by agar dilution. Genes for ESƒÀLs, carbapenemases and plamidial AmpCs were screened by PCR and confirmed by sequencing. The expression level of ampC, ompC and ompF genes was measured by real time PCR (qRT-PCR). Results: All isolates were resistant to cephalosporins, aztreonam, ƒÀ-lactamases association inhibitors, tetraciclin, ciprofloxacin and amikacin, by disk diffusion. All isolates showed high resistant phenotype to cefotaxime (MIC50, > 256 ƒÊg/mL), ceftazidime (MIC50, 256 ƒÊg/mL), and cefepime (MIC50, 256 ƒÊg/mL) but they were susceptible to imipenem (MIC50, 0.25 ƒÊg/mL) and meropenem (MIC50, 0.25 ƒÊg/mL). Seven isolates showed ertapenem MICs of 4 ƒÊg/ml, while other three isolates showed MICs of 8 ƒÊg/ml and one isolate showed MIC of 2 ƒÊg/ml. Four clusters were founded by the Bionumerics program. The PCR results showed amplification for blaTEM and blaCTX-M. Hyperexpression of ampC was detected in all isolates by qRT-PCR. Only one sample showed a decreased in the OmpC expression. The loss of an OMP of 43 kDa was observed for all isolates in the SDS-PAGE technicque compared to the susceptible control. No significant reduction for â-lactam’s MICs was observed in the presence of PAâN. Conclusions: The results showed that the hyperproduction of AmpC coupled with ESBL production were responsible for the high resistant rates to cefepime. The hyperproduction of AmpC coupled with the loss of an OMP of 43 kDa is likely to be responsible for the reduced susceptibility to ertapenem in the E. cloacae subespecie cloacae isolates, which seems not to be associated with efflux systems. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

A.baumannii é um importante patógeno em infecções nosocomiais principalmente por sua capacidade de se tornar resistente aos antimicrobianos. Surtos de A.baumannii resistente aos carbapenêmicos (ABRC) têm sido descritos em todo mundo. Devido à emergência de resistência aos antimicrobianos e ausência de novas opções de tratamento, as polimixinas reemergiram como opção de terapia contra infecções causadas por A.baumannii. O uso de polimixina é associado a maior mortalidade e menor eficácia comparada a outros antimicrobianos. Alguns estudos in vitro têm avaliado a combinação de polimixina com outros antimicrobianos a fim de aumentar a eficácia dos tratamentos. O objetivo deste estudo foi avaliar o sinergismo entre a polimixina B com outros antimicrobianos em isolados de ABRC, pelo método de Curvas Tempo-Morte bacteriana (Time- Kill Curves). Os isolados foram provenientes de banco de amostras e foram avaliadas as combinações de polimixina B com carbapenêmicos (imipenem e meropenem), tigeciclina, rifampicina, amicacina e ceftazidima. As combinações foram testadas nos tempo 0, 30’, 1,4,12 e 24 h. Sinergismo entre polimixina B foi demonstrado contra todos antimicrobianos para ambos isolados, exceto para ceftazidima e imipenem no isolado 1. Nosso estudo mostrou que tigeciclina, amicacina e rifampicina são agentes mais ativos combinados com polimixina B, sendo assim estes agentes podem apresentar efeito benéfico em combinação com a polimixina no tratamento de ABRC. / A.baumannii is an important pathogen in nosocomial infections primarily for its ability to become resistant to antimicrobials. Outbreaks carbapenem- resistant A.baumannii (CRAB) has been described worldwide. Due to the emergence of antimicrobial resistance and the absence of new treatment options, the polymyxins reemerged as an option therapy against infections caused by A.baumannii. The use of polymyxin is associated with higher mortality and lower effectiveness compared to other antimicrobials. In vitro studies have evaluated the combination of polymyxin with other antimicrobial agents to enhance the effectiveness of the treatments. This study was to evaluate the synergy between polymyxin B with other antimicrobials in isolates from ABRC, by Time-Kill Curves. The isolates were from stool samples and were evaluated combinations of polymyxin B with carbapenems (imipenem and meropenem), tigecycline, rifampin, amikacin and ceftazidime. The combinations were tested at time 0, 30 ', 1,4,12 and 24 h. Synergism between polymyxin B was demonstrated against all antimicrobials for both isolates, except for ceftazidime and imipenem in isolated 2. Our study showed that tigecycline, amikacin and rifampicin more active agents are combined with polymyxin B, and thus these agents may have a beneficial effect in combination with a polymyxin in treating CRAB.

Diante do aumento global da resistência microbiana, cada vez mais as combinações de antimicrobianos são utilizadas na tentativa de obter uma atividade sinérgica eficaz que possa ser utilizada na prática clínica. O objetivo deste trabalho foi comparar a atividade de polimixina B isoladamente e em combinação com tigeciclina e carbapenêmicos (ertapenem e meropenem), frente a isolados de Enterobacter sp. resistentes aos carbapenêmicos. Foram selecionados quatro isolados de Enterobacter sp. resistentes aos carbapenêmicos, sendo três isolados produtores de carbapenemases (KPC, NDM, OXA-48-like) e um não produtor de carbapenemases (NPC). A avaliação da atividade sinérgica antimicrobiana foi realizada por ensaio de time-kill com as seguintes concentrações de cada antimicrobiano: tigeciclina 1mg/L, meropenem 1mg/L e ertapenem 0,5mg/L, que correspondem aos pontos de corte de sensibilidade do CLSI (2016). Para polimixina B, foram utilizadas diferentes concentrações de acordo com o perfil de susceptibilidade do isolado: para os isolados sensíveis, utilizou-se 0,5x; 1x e 2x a CIM do isolado; para o isolado resistente, foram utilizados 0,5x; 1x e 2x o ponto de corte de sensibilidade do CLSI (2 mg/L). Foi considerada sinérgica a combinação com redução ≥ 2 logs do inoculo inicial em comparação ao antimicrobiano sozinho mais ativo. As combinações de polimixina B em diferentes concentrações (0,5; 1 e 2mg/L) com meropenem apresentaram atividade sinérgica para a cepa produtora de NDM (CIM polimixina B 1 mg/L; CIM meropenem 8 mg/L) As combinações de polimixina B com tigeciclina foram sinérgicas apenas na concentração de polimixina B de 0,125 mg/L para cepa produtora de OXA-48-like (CIM polimixina B 0,25 mg/L; CIM tigeciclina 2 mg/L) e na concentração de 1 mg/L para a cepa produtora de NDM. Para a cepa NPC (CIM polimixina B 0,5 mg/L; CIM tigeciclina 4 mg/L; CIM meropenem 4 mg/L), apenas a tripla combinação com polimixina B (1 mg/L), tigeciclina e meropenem apresentou atividade sinérgica. A combinação de dois carbapenêmicos não apresentou atividade sinérgica para nenhum isolado, porém, quando acrescentado tigeciclina ao esquema, observou-se sinergismo no isolado produtor de OXA-48-like, o que leva ao questionamento da efetividade da terapia “carbapenem suicida”. Para o isolado produtor de KPC e com padrão de resistência a polimixina B, nenhuma das combinações testadas apresentou sinergismo. Esta situação é bastante preocupante devido à alta prevalência de infecções por bactérias produtoras de KPC nos hospitais brasileiros, juntamente com as crescentes taxas de resistência as polimixinas. / Due to the increase in microbial resistance, combinations of antimicrobials are increasingly being used to improve the therapeutic response. The objective of this study was to compare the activity of polymyxin B alone and in combination with tigecycline and carbapenem (ertapenem and meropenem) against to carbapenem-resistant Enterobacter sp isolates. Four isolates were selected, three were carbapenemase-producing (KPC, NDM, OXA-48-like) and a non-carbapenemase-producing (NCP). The evaluation of synergistic antimicrobial activity was performed by time-kill assay with the following concentrations of each antimicrobial: tigecycline 1mg/L, meropenem 1mg/L and ertapenem 0.5mg/L, which correspond to the breakpoints of CLSI (2016). For polymyxin B, different concentrations were used according to the susceptibility profile of the isolate: for susceptible isolates, it was used 0.5x; 1x and 2x the MIC of the isolate, for the resistant isolates it was used 0.5x; 1x and 2x the breakpoint of CLSI (2 mg/L). The combination with reduction ≥ 2 logs of the initial inoculum compared to the most active antimicrobial alone was considered synergies. Combinations of polymyxin B at different concentrations (0.5; 1 and 2 mg/L) with meropenem showed synergistic activity for the NDM-producing isolate (MIC polymyxin B 1 mg/L, MIC meropenem 8 mg/L) Combinations of polymyxin B with tigecycline were synergistic only at the concentration of polymyxin B of 0.125 mg/L for the OXA-48-like-producing isolate (MIC polymyxin B 0.25 mg/L, MIC tigecycline 2 mg/L) and at the concentration of 1 mg/L for the NDM-producing isolate. For the NCP isolate (MIC polymyxin B 0.5 mg/L; MIC tigecycline 4 mg/L; MIC meropenem 4 mg/L), only the triple combination of polymyxin B (1 mg/L) plus tigecycline and meropenem presented synergistic activity. The combination of two carbapenems was not synergic for the four isolates; however, when tigecycline was added to the regimen, synergies for the OXA-48-like-producing isolate were observed. Therefore, the so called, "carbapenem suicide" therapy was not effective in vitro against our isolates. For the KPC-producing isolate that it is polymyxin B resistant, none of the combinations tested showed synergies. This situation is very worrisome due to high prevalence of infections by KPC-producing in the Brazilian hospitals, associate with the increasing rates of polymyxins resistance.