Submitted by Alessandra Portugal (alessandradf@ioc.fiocruz.br) on 2013-09-24T19:51:20Z No. of bitstreams: 1 Caroline Xavier de Carvalho.pdf: 1397999 bytes, checksum: 57b7d91be020cd16df021ebfb76326ef (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-24T19:51:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Caroline Xavier de Carvalho.pdf: 1397999 bytes, checksum: 57b7d91be020cd16df021ebfb76326ef (MD5) Previous issue date: 2012 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A dengue, que é considerada pela Organização Mundial da Saúde (OMS) como um dos maiores problemas de saúde pública das áreas tropicais urbanas, é causada por quatro sorotipos virais (DENV-1,-2,-3,e -4) e pode se manifestar de formas assintomáticas, brandas até formas muito graves, que podem levar ao óbito. Hipóteses para a gravidade da dengue baseadas em infecções secundárias não explicam inteiramente o fenômeno. Mais recentemente uma hipótese alternativa tem sugerido a contribuição de outros fatores para o desfecho das infecções graves, dentre eles a constituição genética dos pacientes. No presente trabalho, foi realizado um estudo caso-controle, com 88 pacientes com dengue muito grave (com ocorrência de choque) e 335 controles residentes na vizinhança dos casos. Foram selecionados polimorfismos em genes candidatos, como TNF, MIF, IL-10, CLEC5A, DC-SIGN, MRC-1, CCR5 e NOD2 a fim de encontrar uma possível associação destes com o desenvolvimento de dengue grave. Foram encontradas associações estatisticamente significativas para os SNPs rs1285933 no gene do receptor CLEC5A (OR=2,25; p=0,03) e rs4804803 no gene do receptor DC-SIGN (OR=0,12; p=0,04). Posteriormente, nós testamos a produção de TNF em pacientes (brandos e graves incluindo os com choque) que tiveram o sangue coletado na fase crítica da doença (5-7 dias da infecção) e que foram genotipados para os SNPs rs1285933/CLEC5A e rs4804803/DC-SIGN. Foram observados níveis mais elevados de TNF no soro de pacientes carreadores dos genótipos TT/ CT para o SNP rs1285933/CLEC5A comparados aos carreadores do genótipo CC ou pacientes recuperados (mais de 15 dias após os sintomas) que foram usados como controles. Não foram observadas diferenças significativas nos níveis de TNF entre os diferentes genótipos para o SNP rs4804803/DC-SIGN. De forma geral, polimorfismos em genes da resposta imune podem modificar os níveis ou a funcionalidade desses mediadores contribuindo para as diferentes formas de infecção observadas. / The Dengue is reported by the World Health Organization (WHO) as a major public health problem in tropical urban areas, this infection is caused by four serotypes (DENV-1,-2,-3,e -4) and its clinical manifestations are vast: ranging from asymptomatic and mild to severe cases, can lead the patient to death. Hypothesis for the severity based on secondary infections do not fully explain the phenomenon. More recently, an alternative hypothesis has suggested the contribution of other factors, as the genetic background of the patients, in the outcome of infection. Here, we performed a case control study enrolled 88 patients with severe dengue (with the occurrence of shock) and 335 controls neighbors of the cases. We selected polymorphisms in candidate genes, such as TNF, MIF, IL-10, CLEC5A, DC-SIGN, MRC-1, CCR5 e NOD2, in order to find associations between these SNPs and severe dengue. Significant association was found for SNPs rs1285933 in the CLEC5A gene (OR=2.25; p=0.03) and rs4804803 in the DC-SIGN gene (OR=0.12; p=0.04). TNF production was then assessed in a second sample of patients who had their blood collected between days 5 -7 of infection (critical phase) and their DNA genotyped for SNPs rs1285933/CLEC5A and rs4804803/DCSIGN. Results demonstrated an increased TNF production in serum of individuals, only among severe cases, presenting the CT/TT genotypes when compared to the CC genotype for SNP rs1285933 or recovered patients (blood samples collected after 15th day of infection) used here, as controls. No significant difference was observed in TNF levels among the different genotypes for the SNP rs4804803/ DCSIGN. Overall, polymorphisms in genes involved in immune response can modify the functionality or the levels of these mediators contributing to different outcomes of the infection.

Submitted by Nuzia Santos (nuzia@cpqrr.fiocruz.br) on 2013-08-14T17:17:44Z No. of bitstreams: 1 dissertação Fernanda Alvarenga Cardoso 1.pdf: 1458584 bytes, checksum: a3070865cab7509b6900f5f36ab2b623 (MD5) / Made available in DSpace on 2013-08-14T17:17:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertação Fernanda Alvarenga Cardoso 1.pdf: 1458584 bytes, checksum: a3070865cab7509b6900f5f36ab2b623 (MD5) Previous issue date: 2013 / Nas últimas décadas, a reação em cadeia da polimerase (PCR) vem sendo utilizada para o diagnóstico da leishmaniose visceral (LV) com diferentes objetivos: o diagnóstico da infecção, da doença e o controle de cura. Para utilização em larga escala, a etapa de eletroforese para detecção dos produtos amplificados na PCR, torna a técnica complexa e onerosa. A PCR-ELISA representa uma alternativa de detecção do produto amplificado por PCR através de um ensaio imunoenzimático (ELISA). Esta técnica é capaz de conferir maior sensibilidade e rapidez para a análise de grandes números de amostras clínicas com o uso de equipamentos utilizados para processamento de ELISA e, portanto, permite realizar PCR para fins de diagnóstico em laboratórios de média complexidade. Assim, este estudo objetivou desenvolver e validar o método de detecção colorimétrica dos produtos de amplificação gerados pela reação de PCR para o diagnóstico da LV em amostras de sangue periférico.O método de PCR-ELISA foi desenvolvido para detecção de fragmento de DNA do cinetoplasto (kDNA), complexo Donovani-específico. Utilizando-se cepas referências de Leishmania em cultivo e de painel de amostras de sangue periférico humano de 11 indivíduos não infectados, moradores de área endêmica e 14 casos de LV, caracterizadas clínica e parasitologicamente, determinou-se o limite de detecção da reação, medidas de precisão (repetibilidade e reprodutibilidade) e limite entre positivo e negativo (cut-off). A avaliação do desempenho do ensaio foi realizada com amostras de sangue periférico de 105 pacientes portadores de LV, 25 pacientes portadores da co-infecção Leishmania/HIV e de 73 indivíduos moradores de área endêmica para a LV. Foi desenvolvido ainda um ensaio de PCR-ELISA para detecção do DNA amplificado do gene humano ACTB, para uso como controle do processo de extração de DNA e amplificação por PCR das amostras clínicas. O ensaio PCR-ELISA kDNA desenvolvido apresentou limite de detecção de 1 parasito/mL de sangue e 0,07fg/µL de DNA de L. (L.) infantum, sensibilidade de 100% (IC 95%: 97,1 a 100%) e especificidade de 95% (IC 95%: 83,5 a 98,6%). Todos os indivíduos assintomáticos de área endêmica, com positividade por outras técnicas diagnósticas, foram também positivos pela PCR-ELISA. Todas as amostras foram testadas satisfatoriamente para o ensaio de PCR-ELISA ACTB. O ensaio de PCR-ELISA kDNA, desenvolvido e validado neste estudo, apresenta simplicidade metodológica e operacional, permite interpretação objetiva da amplificação por PCR do DNA de Leishmania do complexo Donovani e desempenho adequado no diagnóstico da LV em laboratórios de referência. / In recent decades, the polymerase chain reaction (PCR) has been used for the diagnosis of visceral leishmaniasis (VL) with different goals: diagnosis of infection, disease control and cure. For large-scale use, the step of electrophoresis to detect amplified products of PCR makes this technique more complex and costly. The PCR-ELISA is an alternative for the detection of the amplified PCR product through an immunoenzymatic assay (ELISA). This technique offers higher sensitivity and speed for the analysis of large numbers of clinical specimens, using equipment widely used for processing sets of ELISA and therefore allows performing PCR for diagnostic purposes in laboratory of medium complexity. Thus, this study aimed to develop and validate the colorimetric detection method (ELISA) for amplification products generated by PCR targeting the diagnosis of VL.The method of PCR-ELISA was developed to detect a fragment of DNA of kinetoplast (kDNA) specific from Leishmania donovani complex. Using reference strains of Leishmania in cultivation and a panel of human peripheral blood samples of 11 non-infected individuals, residents of endemic area and 14 cases of VL with clinical and parasitological characterization, we determined the detection limit of the reaction, precision measurements (repeatability and reproducibility) and limit between positive and negative (cut-off). The performance of the assay was evaluated with peripheral blood samples of 105 patients with VL, 25 patients showing the co-infection Leishmania/HIV and 73 individuals living in endemic areas for VL. A PCR-ELISA assay for detection of DNA from the human ACTB gene was also developed for use as control for the process of DNA extraction and amplification by PCR of clinical samples. The PCR-ELISA kDNA assay developed showed a detection limit of 1 parasite/ml blood and 0.07 fg/µL of DNA from L. (L.) infantum. The assay showed a sensitivity of 100% (IC 95%: 97.1 to 100%) and specificity of 95% (IC 95%: 83.5 to 98.6%). All asymptomatic individuals from an endemic area, who were diagnosed for LV by other techniques, were also positive by PCR-ELISA kDNA. All samples were tested satisfactorily by PCR-ELISA ACTB assay. The PCR-ELISA kDNA assay was developed and validated in this study. It presents methodological and operational simplicity; enables objective interpretation of PCR amplification of DNA from Leishmania donovani complex and have sufficient performance for diagnosis of VL in reference laboratories.

Made available in DSpace on 2016-04-04T12:40:39Z (GMT). No. of bitstreams: 2 brunna_marques_ioc_mest_2013.pdf: 2715065 bytes, checksum: aaa9be9dc694a52d7bf82b8c0cd65be7 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / O diagnóstico da infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) é feito pela detecção de marcadores sorológicos e moleculares, porém o custo destas metodologias é bastante elevado e a coleta de sangue para a realização destes ensaios além de requerer pessoal treinado, é difícil em áreas remotas ou com poucos recursos. O objetivo deste estudo foi otimizar protocolos e padronizar métodos de diagnóstico molecular para infecção pelo HCV em amostras de sangue coletado em papel de filtro (SPF) para facilitar o acesso ao diagnóstico em áreas remotas ou com recursos limitados. Para isto, 99 indivíduos forneceram amostras pareadas de soro e SPF, dentre os quais 59 eram anti-HCV reagente e 40 eram não reagentes em suas amostras de soro. As amostras anti-HCV reagentes foram submetidas à técnica de quantificação comercial. Para o desenvolvimento da RT-PCR quantitativa (RT-qPCR) in house, uma curva padrão interna foi construída utilizando um plasmídeo contendo o inserto do HCV e iniciadores e sonda foram desenhados para a região 5´NC do HCV. Para otimização da técnica, a concentração de cDNA, transcriptase reversa e números de ciclos de reação foram avaliados. Para a extração de RNA de HCV em amostras de SPF, sete métodos foram avaliados. A sensibilidade, especificidade, correlação, reprodutibilidade e presença de inibidores da RT-PCR quantitativa também foram determinados. O conjunto de QIAamp DNA Mini Kit foi o método mais eficiente para extração do RNA do HCV em SPF. A RT-qPCR in house desenvolvida foi capaz de quantificar o HCV no soro de 44 amostras onde a mediana de carga viral foi inferior aquela observada na técnica comercial (log10 4,94 e log10 6 cópias de HCV/mL, respectivamente). A faixa de detecção do método in house foi de 10 a 109 cópias de HCV por reação Para a detecção de HCV em SPF foi necessário o aumento da transcriptase reversa e de cDNA, permitindo que 35 amostras fossem detectadas com um limite mínimo de detecção igual a 58,5 cópias/mL e a mediana de carga viral foi semelhante à observada nas respectivas amostras de soro avaliadas pela técnica comercial (log10 5,38 e log10 5,89 cópias de HCV/mL, respectivamente). Obteve-se boa reprodutibilidade da RT-qPCR in house através da análise da curva padrão e de amostras de soro e SPF. Não foi observada a presença de inibidores de reação utilizando o GAPDH como controle interno. Quando comparado com a metodologia comercial, a RT-qPCR apresentou sensibilidade de 74,58% (IC95% 61,5-85,0) em soro e 59,3% (IC95% 45,7-71,9) em SPF, e a especificidade foi igual a 100% para ambos espécimes. Quando a RT-qPCR foi avaliada entre os dois espécimes clínicos, a sensibilidade da técnica em SPF foi igual a 65,9% (IC95% 50,0-79,5) e a especificidade foi igual a 100%. Quarenta e cinco amostras de soro e quinze amostras de SPF foram amplificadas na RT-PCR qualitativa, onde 43 amostras de soro e 11 amostras de SPF foram sequenciadas. Entre as amostras de soro, 29 foram classificadas como subgenótipo 1b, 13 como subgenótipo 1a, 1 como genótipo 3. Entre as amostras de SPF, 9 foram classificadas como subgenótipo 1b e 2 como subgenótipo 1a. Foi observada alta homologia nucleotídica entre as sequencias de HCV das amostras pareadas de soro e SPF onde todas foram classificadas como genótipo 1. Conclui-se que o sangue em papel de filtro pode ser utilizado para detecção, quantificação e análise filogenética do HCV, sendo uma ferramenta promissora para estudos de epidemiologia da hepatite C / The d iagnosis of hepatitis C virus (HCV) infection is made by detection of molecular and serologic al markers, but the cost of these methodologies is quite high and blood sample collection requires trained personnel what it is difficult in remote areas or prese nting few resources. The aim of this study was to optimize protocols and standardize molecular diagnostic methods for HCV infection in dried blood samples (DBS) to facilitate access to diagnosis in remote areas or with limited resources. For this, 99 indiv iduals provided paired serum and DBS samples , where 59 of them were anti - HCV rea ctive and 40 were non - reactive in their serum samples. A nti - HCV positive samples were subjected to commercial quantification technique. For the development of quantitative RT - P CR (RT - qPCR) in house, an internal standard curve was constructed using a plasmid containing the insert and HCV primers and probe designed for the 5' non coding ( NC ) region of HCV. For optimization of these technique s , the concentration of cDNA, reverse tr anscriptase and numbers of cycles of reaction were evaluated. For the extraction of HCV RNA in DBS samples, seven methods were evaluated. The sensitivity, specificity, correlation, reproducibility and presence of inhibitors in quantitative RT - PCR were also determined. Q IAamp DNA Mini Kit was the most efficient method for HCV RNA extraction among DBS samples . The in house RT - qPCR was able to quantify HCV among 44 serum samples where the median viral load was lower than that observed in commercial technique ( 4.94 log 10 and 6 log 10 copies of HCV / mL, respectively). The range of HCV detection using in house RT - qPCR was 10 - 10 9 copies of HCV per reaction. For HCV detection in DBS , it was necessary to increase reverse transcriptase and cDNA concentration giving 35 HCV RNA reactive samples with a limit of detection equal to 58.5 copies of HCV / m L and the median viral load was similar to that observed in their sera evaluated by commercial technique (5.38 log 10 and 5.89 log 10 copies of HCV / mL, respectively). In hous e RT - qPCR presented good reproducibility using standard curve and paired DBS and sera samples . It was not observed the presence of inhibitors of the reaction using GAPDH as internal control. In house RT - qPCR showed a sensitivity of 74.58% (95% CI 61.5 to 8 5.0) in serum and 59.3% (95% CI 45.7 to 71.9) in DBS, and the specificity was 100% for both specimens compared to the commercial methodology . When the RT - qPCR was evaluated in two clinical specimens, the sensitivity of the technique in DBS was equal to 65. 9% (95% CI 50.0 to 79.5) and specificity was 100%. Forty - five serum samples and 15 DBS samples were amplified in qualitative RT - PCR, where 43 serum samples and 11 DBS samples were sequenced. Among the serum samples, 29 were classified as HCV subgenotype 1b , 1 3 as subgenotype 1a, genotype 1 and 3. Among DBS samples, 9 were 9 classified as HCV subgenotype 1b and 2 as HCV subgenotype 1a. HCV nucleotide sequences presented high homology between paired DBS and sera samples and all of them were classified as geno type 1. It is conclude that dried blood spot may be used for detection, quantification and phylogenetic analysis of HCV and it is a promising tool for studying the epidemiology of hepatitis C

A punção venosa periférica é a inserção de dispositivos por veia periférica para acesso à corrente sanguínea, como na coleta de sangue para exames; embora seja um procedimento comum no tratamento intra-hospitalar, é complexo e exige competência profissional. A realização desse procedimento de forma inadequada pode colocar em risco a saúde do paciente, podendo provocar diversas complicações ao seu tratamento. A pesquisa teve como objetivo desenvolver e validar a primeira versão de um simulador de realidade virtual (RV) imersiva para o procedimento de punção venosa periférica para coleta de sangue a vácuo no paciente adulto. Revisão integrativa da literatura permitiu verificar as estratégias de ensino de punção venosa periférica na enfermagem. Procedeu-se, em seguida, um estudo com delineamento metodológico para desenvolver e validar a primeira versão do simulador. O uso de recursos tecnológicos como estratégias de ensino em enfermagem está em expansão, porém a simulação com RV, principalmente no ensino de punção venosa periférica, ainda é um vasto campo a ser explorado. Foi desenvolvida a primeira versão de um simulador de RV para a coleta de sangue à vácuo no adulto - o VIDA-Enfermagem v1.0, o qual foi avaliado por profissionais e graduandos de enfermagem. Foram considerados válidos 79,6% dos itens avaliados pelos profissionais e 66,7% dos itens avaliados pelos graduandos. As sugestões propostas pelos sujeitos da pesquisa para melhorias do sistema, em sua maioria, são passíveis de aceitação no decorrer do incremento das versões seguintes. Mesmo havendo necessidade de revisão de diversos itens, na avaliação dos participantes, o simulador foi considerado uma ferramenta promissora e inovadora para o ensino do procedimento de punção venosa periférica para coleta de sangue a vácuo em paciente adulto, para graduandos de enfermagem que estão se iniciando no estudo da temática e da técnica, como estratégia a ser combinada com os recursos já utilizados atualmente no ensino do procedimento. É relevante que se invista em estratégias inovadoras e motivadoras para aplicação no ensino de enfermagem, principalmente com o uso da realidade virtual imersiva / Peripheral venipuncture is the insertion of a peripheral venous device to access bloodstream, such as in blood collection for tests; although it is a common procedure in in-hospital treatment, it is complex and requires professional competence. Failure to perform this procedure may put the patient\'s health at risk, and may cause several complications to his/her treatment. This study aimed to develop and validate the first version of an immersive virtual reality (VR) simulator for the peripheral venipuncture procedure for vacuum blood collection in adult patient. Teaching strategies of peripheral venipuncture in nursing were verified through an integrative literature review. Then, a study with a methodological design was performed to develop and validate the first version of the simulator. The use of technological resources such as teaching strategies in nursing is expanding; however, the simulation with VR, mainly in the teaching of peripheral venipuncture, is still a vast field to be explored. The first version of a VR simulator for vacuum blood collection in adult patient was developed - VIDA-Enfermagem v1.0, which was evaluated by professionals and undergraduate nursing students. 79.6% of the items evaluated by the professionals and 66.7% of the items evaluated by the undergraduate students were considered valid. The suggestions proposed by the research subjects for system improvements, for the most part, may be included in the following versions. Although it was necessary to review several items, in the evaluation of the participants, the simulator was considered a promising and innovative tool for the teaching of the peripheral venipuncture procedure for vacuum blood collection in adult patients, for nursing undergraduate students who are beginning the study of the subject and technique, as a strategy to be combined with the resources already used in the teaching of the procedure. It is relevant to invest in innovative and motivating strategies for application in nursing teaching, especially with the use of immersive virtual reality

Made available in DSpace on 2016-05-19T13:20:09Z (GMT). No. of bitstreams: 2 doris_schor_ipec_dout_2013.pdf: 2453286 bytes, checksum: 49f58fa88cc32f6cad2e62edd9ecdcf8 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Nacional de Infectologia Evandro Chagas. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / INTRODUÇÃO: O vírus linfotrópico para células T humanas (HTLV-1) é o principal agente causador da Paraparesia Espástica Tropical / Mielopatia associada ao HTLV-1 (PET/MAH) e da Leucemia da célula T do Adulto (LTA). A maioria dos indivíduos infectados permanece assintomática, somente 2 a 5% irão desenvolver uma das duas doenças. Fatores da interação HTLV-1/ hospedeiro estão envolvidos no risco de desenvolver doença. A lesão neurológica na PET/MAH parece ser consequência de uma reação inflamatória, desencadeada pelo reconhecimento de células infectadas por linfócitos T citotóxicos, com consequente liberação de citocinas e lesão medular. OBJETIVO: Identificar marcadores genéticos, que possam ajudar no prognóstico e tratamento dos pacientes portadores do HTLV-1. MÉTODOS: Nas amostras de 117 portadores do HTLV-1 assintomáticos e 171 pacientes com acometimento neurológico em acompanhamento na cidade do Rio de Janeiro, foram realizadas as tipificações dos genes do HLA Classe I e II, dos polimorfismos dos genes das citocinas -308TNF-\03B1,-174IL-6, +874IFN-\03B3, códon 10 e 25TGF-\03B21 e -1082 - 819-592IL-10, e a quantificação da carga proviral. Os dados foram organizados em um banco de dados no programa SPSS. As frequências alélicas e genotípicas foram obtidas por contagem direta. O equilíbrio de Hardy-Weinberg foi avaliado para os polimorfismos das citocinas no sitio http://bioinfo.iconcologia.net/ubbweb/SNPStats_web, em relação ao HLA foram utilizadas as ferramentas disponíveis no sítio \201CLos Alamos HIV database tools\201D. As comparações entre os grupos foram realizadas através de tabelas de contingência 2x2 (quiquadrado, exato de Fisher e odds ratios), valores de p\22640,05 foram considerados significantes RESULTADOS E CONCLUSÕES: O alelo A*02 não influencia a condição clínica nem os níveis da carga proviral. Os alelos A*29 e B*44 foram mais frequentes entre os indivíduos assintomáticos e a sua presença influenciou os níveis da carga proviral sugerindo proteção ao desenvolvimento de doença neurológica. O alelo A*68 foi mais frequente entre os pacientes com doença neurológica, porém sua presença não influenciou nos níveis da carga proviral. O alelo C*04 foi mais frequente entre os portadores assintomáticos e não influenciou os níveis de carga proviral, já o alelo DRB1*03 predominou entre os pacientes com doença neurológica e a sua presença entre os indivíduos assintomáticos acarretou níveis mais elevados de carga proviral, sugerindo ser um possível fator de risco para o desenvolvimento de doença neurológica. Na análise do polimorfismo genético das citocinas, o polimorfismo de IL-10, com perfil fenotípico de baixo produtor da citocina foi mais frequente no grupo dos assintomáticos, enquanto que o fenótipo de produtor intermediário predominou entre os sintomáticos. O perfil fenotípico da população estudada foi caracterizado como: baixo produtor da citocina -308TNF-\03B1, intermediário a alto produtor para códon 10 e códon 25 TGF-\03B2, baixo a intermediário produtor para -1082,-819,- 592 IL-10, alto produtor para -174 IL-6 e baixo a intermediário produtor para +874IFN-\03B3 / INTRODUCTION: The human T cell lymphotropic vírus (HTLV-1) is the main causing agent of Tropical Spastic Paraparesis/HTLV -1 Associated Myelopathy (HAM/TSP) as well as of Adult T Cell Leukemia (ATL). Most of the infected individuals remain asymptomatic, only 2 to 5 % end up developing either one of these diseases. Factors related to the HTLV-1/host interaction may be involved in the risk of developing the diseases. The neurological lesion in HA M/TSP may be the consequence of an inflammatory reaction, triggered by the rec ognition of infected cells by cytotoxic T lymphocytes, followed by the release of cyt okines and central nervous system lesion. OBJECTIVE: This work aims to identif y genetic markers, which may help in the prognosis and treatment of HT LV-1 patients. Methods: Th e polymorphism of the HLA Class I and II genes, as well as the TNF- α , IL6, IFN- γ , TGF- β and IL-10 cytokine genes, and the proviral load were analysed in 117 asymptomatic HTLV-1 carriers and 171 HTLV-1 symptomatic carriers from Rio de Janeiro city. Data were organized into a database using SPSS. The Hardy- Weinberg equilibrium was evaluated for cytokine polimorphisms using the site http ://bioinfo.iconcologi a.net/ubbweb/SNPStats _web. The tools available in the site “Los Alamos HIV dat abase tools” were used to analyze the HLA polimorphism s. Comparisons between groups were made using 2x2 contingency tables (Fisher Exact test/ χ 2 and odds ratios), p values p ≤ 0,05 were considered significan t. RESULTS and CONCLUSIONS: The A*02 allele does not influence the clinical condition or the leve ls of proviral load. The alleles A*29 and B*44 were more frequent among asymptom atic individuals and their presence influenced the levels of prov iral load, suggesting protec tion for the development of neurological disease. The A*68 allele was more frequent among patients with neurological disease, but did not influence the levels of proviral lo ad. The C*04 allele presented a higher frequency in the asymptomatic carriers , and did not influence the proviral load levels. The DRB1*03 allele was more frequent among the symptomatic carriers. However the asymptomatic indi viduals that possess the DRB1*03 allele, have higher levels of proviral load, sugges ting a possible risk factor for neurological disease. In the analysis of the genetic polymorphism of the cytokines, the IL-10 polymorphism, with a phenotypic profile of low cy tokine production was more frequent in the asymptomatic group, while the interm ediate producer phenotype predominated among the symptom atic. The phenotypic profile of the study population was characterized as low cytokine producer 308TNF- α -, intermediate to high producer for codon 10 and codon 25 TGF- β , low to intermediate producer to -1082, - 819, -592 IL-10, high producer for -174 IL-6 and low to intermediate producer to +874 IFN- γ .

O diagnóstico rotineiro da dengue é realizado com amostra de sangue dos casos suspeitos. A coleta tradicional de sangue (por punção venosa) é um procedimento que dificulta a realização de exames e pesquisas por ser um procedimento invasivo que nem sempre é prático para crianças e bebês, requer pessoal especializado e necessita de um local para armazenamento da amostra sob refrigeração ou congelamento. O propósito deste estudo foi coletar amostras por punção digital com uma nova tecnologia (FTA Card) e compará-la com amostras coletadas por punção venosa, avaliando-as através de uma técnica molecular de PCR em tempo real. Sendo o PCR em Tempo Real a técnica molecular atualmente disponível de maior rapidez, sensibilidade e especificidade, padronizamos uma metodologia de passo único de PCR em Tempo Real com SYBR green baseando-se na região 3 não codificante do vírus e utilizando primers degenerados, capazes de detectar os quatro sorotipos de uma só vez. A avaliação das técnicas de coleta e amplificação foram feitas com amostras suspeitas de dengue, obtidas em Goiânia durante surto ocorrido no ano de 2008. O limite de detecção da reação padronizada no presente estudo foi de aproximadamente 100 cópias/ml e uma especificidade de 100%. Para tipagem das amostras positivas a técnica empregada foi o PCR multipex. Dentre as 89 amostras coletadas 60 (67%) foram positivas para àquelas coletadas por punção venosa e 14 (16%) para àquelas coletadas por punção digital. Dentre as 89 amostras para o PCR em Tempo Real, apenas 29 (32%), foram tipadas pelo método de PCR multiplex, sendo 3 casos do vírus da dengue 1 (10%), 16 casos do vírus da dengue 2 (55%), e 10 casos do vírus da dengue 3 (35%). Descritores: Dengue/diagnóstico, coleta de amostras sanguíneas, reação em cadeia da polimerase, corantes fluorescentes / The collection by venipuncture is a procedure that is difficult to carry out in diagnosis and research because it is an invasive procedure that is not always practical for children and babies , requires specialized staff, needs a place to store the sample under refrigeration or forzen, This study aimed to collect samples by fingerstick puncture with a new technology named FTA card and compare it with samples collected by venipuncture, using a realtime PCR to evaluate if FTA card collection would have a similar performance to standard blood sampling. Towards that, we obtained viral load values in order to estimate the differences not only qualitatively (e.g. pos or neg) but also in numbers.. We used an one-step SYBR Green I Real-Time PCR based on the region 3 \'noncoding virus using degenerate primers which was able to detected all four serotypes of dengue virus. Among the 89 samples collected 60 (67%) were positive for those collected by venipuncture and 14 (16%) to those collected by fingerstick, Only 29 (32%) were possible to be typed by PCR multiplex. Three cases were dengue virus 1 (10%), 16 cases were dengue virus 2 (55%) and 10 cases were dengue virus 3 (35%). The limit of detection obtained was approximately 100 copies / ml and aspecificity of 100% was observed. Keywords: Dengue / diagnosis, collection of blood samples, polymerase chain reaction, fluorescent dyes

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-12-03T17:48:36Z No. of bitstreams: 1 frederico_m_r_silva_ioc_bcm_0032_2005.pdf: 983631 bytes, checksum: c53725cd06ca616bc0df79ce5088aa9f (MD5) / Made available in DSpace on 2012-12-03T17:48:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 frederico_m_r_silva_ioc_bcm_0032_2005.pdf: 983631 bytes, checksum: c53725cd06ca616bc0df79ce5088aa9f (MD5) Previous issue date: 2005 / Universidade Estácio de Sá. Campus Arcos da Lapa. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / No Brasil, apenas uma cepa disseminada, o clone epidêmico brasileiro (BEC) de MRSA, foi amplamente caracterizada, apresentando o cassete estafilocócico de resistência à meticilina (SCCmec) IIIA de 67 Kb e multirresistência antibiótica. Entretanto, novos clones de MRSA não-multirresistentes com alta virulência têm sido descritos em infecções comunitárias e hospitalares em vários países. Estes clones abrigam SCCmec curtos, com cerca de 24 Kb, portanto mais eficiente na transferência, replicação e tradução. Este estudo objetiva descrever o background genético dos clones de S. aureus envolvidos em infecções no Rio de Janeiro/RJ. Foram coletadas 139 amostras de S. aureus (54 MRSA), isoladas de pacientes de sete hospitais e de um laboratório de patologia clínica. As amostras foram submetidas a análises moleculares por diversos métodos. Com a análise por Multilocus Restriction Fragment Typing (MLRFT), caracterização do tipo de SCCmec e a presença de genes para leucocidina Panton-Valentine (PVL), juntamente com o perfil de resistência antimicrobiana, definiu-se 37 cepas representativas que foram posteriormente submetidos ao sequenciamento por Multilocus Sequence Typing (MLST) e caracterizados por Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). A combinação de todas as abordagens permitiu o agrupamento dos isolados em 22 grupos clonais. O genótipo prevalente correspondeu à cepa nosocomial MRSA/BEC e foi caracterizada pelo RTF-BAAACAC / Sequence Type (ST) 239/SCCmec IIIA / Pulsotipo A / PVL negativo / multirresistência antibiótica. Outros 5 grupos clonais apresentaram cepas de MSSA e MRSA não-MDR com SCCmecs curtos. Quinze RFTs apresentaram somente cepas de MSSA com grande diversidade genotípica entre si, sendo 27,4% dessas PVL-positivas. Algumas cepas MRSA não-MDR PVL-positivas foram agrupadas em dois genótipos: RFT-AAAAAAA (ST-1) e RFT–BBBBBAB (ST-30), com SCCmec IVa e IV, respectivamente. Essas são características de clones comunitários disseminados pelo mundo, porém foram encontradas em MRSA hospitalares. De forma interessante, amostras pertencentes ao ST-30 foram identificadas como de origem hospitalar. Entretanto, um isolado foi derivado de infecção comunitária, demonstrando compartilhamento de cepas entre comunidade e hospital. A presença de SCCmecs curtos em cepas MRSA não-MDR direciona à possível emergência de novos clones resistentes. Os perfis heterogêneos de MRSA encontrados no Brasil reforçam a dinâmica da estrutura genética populacional deste patógeno e a importância de procedimentos de tipagem molecular para definir as relações entre isolados nosocomiais e comunitários. / In Brazil, a solely strain has been found disseminated, the Brazilian Epidemic Clone (BEC) of MRSA, was detected, characterized by the presence of a 67Kb staphylococcal chromosomal cassette of methicillin resistance (SCCmec) IIIA and antibiotic multiresistance. However, new non-multiresistant highly virulent MRSA strains have been described in community and nosocomial infections in several countries. These clones harbor a smaller SCCmec of around 24Kb and therefore more efficient in transferring, replication and translation. This study aim to describe the genetic background of S. aureus clones associated to infections in Rio de Janeiro/RJ. One hundred and thirty nine S. aureus samples were collected (54 MRSA isolates) from patients from seven hospitals and from a clinical pathology laboratory. These samples were submitted to molecular analyses by several methods. Multilocus Restriction Fragment Typing (MLRFT), SCCmec typing and the presence of the Panton-Valentine Leucocidin (PVL) genes, in association with the antimicrobial resistance profile, defined 37 representative isolates that were further submitted to DNA sequencing by Multilocus Sequence Typing (MLST) and also characterized by Pulsed Field Gel Electrophoresis (PFGE). The combination of all approaches allowed the clustering of the isolates into 22 clonal groups. The most prevalent genotype corresponded to MRSA/BEC nosocomial strain and was characterized as RFT-BAAACAC, Sequence Type (ST) 239, SCCmec IIIA, Pulsotype A, PVL-negative and antibiotic multiresistance. The other 5 clonal groups presented MSSA and non-MDR MRSA strains with smaller SCCmecs. Fifteen RFTs presented only MSSA strains with large genotypic diversity being 27,4% of the MSSA samples PVL-positives. Some PVL-positive non-MDR MRSA strains were clustered into two genotypes: RFT-AAAAAAA (ST-1) and RFT–BBBBBAB (ST-30), with SCCmec IVa and IV, respectively. These are characteristics of community isolates worldwide disseminated, however they are found in nosocomial MRSA strains. Notably, in this study, samples characterized as ST-30 was identified, in its majority, from hospital origin. However, an isolate was derived from community infection, depicting sharing among community and hospital settings. The presence of shorter SCCmecs in non-MDR MRSA strains leads to the posible emergence of new resistant clones. The heterogeneous MRSA profiles found in Brazil reinforce the dynamics of the genetic population structure of this pathogen and the importance of molecular typing procedures to define the relationship among nosocomial and community strains.

O diagnóstico rotineiro da dengue é realizado com amostra de sangue dos casos suspeitos. A coleta tradicional de sangue (por punção venosa) é um procedimento que dificulta a realização de exames e pesquisas por ser um procedimento invasivo que nem sempre é prático para crianças e bebês, requer pessoal especializado e necessita de um local para armazenamento da amostra sob refrigeração ou congelamento. O propósito deste estudo foi coletar amostras por punção digital com uma nova tecnologia (FTA Card) e compará-la com amostras coletadas por punção venosa, avaliando-as através de uma técnica molecular de PCR em tempo real. Sendo o PCR em Tempo Real a técnica molecular atualmente disponível de maior rapidez, sensibilidade e especificidade, padronizamos uma metodologia de passo único de PCR em Tempo Real com SYBR green baseando-se na região 3 não codificante do vírus e utilizando primers degenerados, capazes de detectar os quatro sorotipos de uma só vez. A avaliação das técnicas de coleta e amplificação foram feitas com amostras suspeitas de dengue, obtidas em Goiânia durante surto ocorrido no ano de 2008. O limite de detecção da reação padronizada no presente estudo foi de aproximadamente 100 cópias/ml e uma especificidade de 100%. Para tipagem das amostras positivas a técnica empregada foi o PCR multipex. Dentre as 89 amostras coletadas 60 (67%) foram positivas para àquelas coletadas por punção venosa e 14 (16%) para àquelas coletadas por punção digital. Dentre as 89 amostras para o PCR em Tempo Real, apenas 29 (32%), foram tipadas pelo método de PCR multiplex, sendo 3 casos do vírus da dengue 1 (10%), 16 casos do vírus da dengue 2 (55%), e 10 casos do vírus da dengue 3 (35%). Descritores: Dengue/diagnóstico, coleta de amostras sanguíneas, reação em cadeia da polimerase, corantes fluorescentes / The collection by venipuncture is a procedure that is difficult to carry out in diagnosis and research because it is an invasive procedure that is not always practical for children and babies , requires specialized staff, needs a place to store the sample under refrigeration or forzen, This study aimed to collect samples by fingerstick puncture with a new technology named FTA card and compare it with samples collected by venipuncture, using a realtime PCR to evaluate if FTA card collection would have a similar performance to standard blood sampling. Towards that, we obtained viral load values in order to estimate the differences not only qualitatively (e.g. pos or neg) but also in numbers.. We used an one-step SYBR Green I Real-Time PCR based on the region 3 \'noncoding virus using degenerate primers which was able to detected all four serotypes of dengue virus. Among the 89 samples collected 60 (67%) were positive for those collected by venipuncture and 14 (16%) to those collected by fingerstick, Only 29 (32%) were possible to be typed by PCR multiplex. Three cases were dengue virus 1 (10%), 16 cases were dengue virus 2 (55%) and 10 cases were dengue virus 3 (35%). The limit of detection obtained was approximately 100 copies / ml and aspecificity of 100% was observed. Keywords: Dengue / diagnosis, collection of blood samples, polymerase chain reaction, fluorescent dyes

Made available in DSpace on 2011-05-04T12:42:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009 / As crianças, sobretudo aquelas socialmente vulneráveis, são mais susceptíveis aos efeitos tóxicos da exposição ambiental aos agentes químicos. No processo de desenvolvimento, o sistema nervoso imaturo apresenta grande oportunidade de ação de contaminantes ambientais como o mercúrio (Hg), chumbo (Pb) e o manganês (Mn). Os objetivos desta investigação foram quantificar o grau de exposição ao Mn em crianças residentes nas proximidades de uma planta metalúrgica de ligas ferro-manganês e avaliar a associação entre os níveis deste metal no sangue e no cabelo e efeitos na função cognitiva. Para tal fim, foi realizada uma revisão da literatura científica sobre exposição de crianças ao Mn e efeitos neuropsicológicos, a qual originou o primeiro artigo. A avaliação da exposição ao Mn foi realizada na Vila Cotegipe, no município de Simões Filho, Bahia. Na primeira etapa do trabalho foram obtidas das crianças de 1 a 10 anos amostras de cabelo para determinação do Mn, sangue para hemograma e amostras para parasitológico de fezes. Foram também coletadas amostras ambientais como: água bruta e tratada, material particulado na fração respirável (PM2.5) e poeira domiciliar. Para fins de comparação, crianças de uma comunidade distante 7,5 km da metalúrgica, e a favor dos ventos, foram incluídas como grupo controle Na segunda etapa da avaliação, foram incluídas somente as crianças de 6 a 11 anos e 11 meses matriculadas na escola municipal local. Novas amostras de cabelo e sangue foram coletadas para análise de Mn, chumbo (Pb) e ferro sérico, sendo solicitada a mãe ou responsável a doação da amostra de cabelo. Nessa etapa foi realizada a avaliação cognitiva, através dos instrumentos WISC-III (Wechesler Intelligence Scale for Children), matriz progressiva de Raven para medir a cognição materna e inventário HOME adaptado para estimar o ambiente familiar. Os resultados das amostras ambientais mostraram que os teores de Mn na água estavam dentro dos padrões aceitáveis a concentração de Mn no ar (PM2.5) estava em média três vezes superior a concentração referência da EPA (RfC 0,05 μg/m3) e os níveis de Mn na poeira domiciliar estavam aproximadamente 20 vezes mais elevados do que os níveis deste na poeira em residências do grupo controle. Das 165 crianças elegíveis os pais de 147 delas concordaram com a participação no estudo e 109 (66,1%) aceitaram doar amostras biológicas. Os níveis de Mn no sangue estavam na maioria (97%) dentro dos valores normais (4-x14 μg/L); porém, tanto em 2007 como em 2008, os níveis de Mn no cabelo tiveram mediana de 9,70 μg/g (1,10-95,50) μg/g e 6,51 μg/g (0,10-76,78 μg/g), respectivamente, superando em muitas vezes a mediana encontrada na população controle 1,09 μg/g (0,30-5,58 μg/g). Os níveis de Mn no cabelo materno encontravam-se igualmente elevados 4,04 μg/g (0,10-77,75 μg/g). Foi observada uma associação significativa entre os níveis de Mn no cabelo da criança e decréscimo no QI na Escala Total, subescala Verbal e fatorial Compreensão, após ajuste pela escolaridade materna e índice nutricional. Foi possível demonstrar pela primeira vez que o Mn também interfere na cognição de adultos, pois as mães ou responsáveis apresentavam um significativo decréscimo de acordo com a concentração de Mn no cabelo, ajustado pela idade, renda familiar e grau de escolaridade. Nossos resultados comprovam que as crianças desta comunidade estão sujeitas a uma exposição excessiva ao Mn oriundas das emissões da metalúrgica, com possíveis conseqüências negativas no desenvolvimento intelectual. Devido aos efeitos observados nas mães, se pode pensar que essas crianças sejam duplamente afetadas pela exposição ao Mn, tanto de forma direta, resultante do efeito do Mn nos seus sistemas nervoso e outra indireta, devido ao seu efeito no intelecto materno, conduzindo a uma menor estimulação neuropiscológica da criança. / Children, especially those socially vulnerable, are more susceptible to toxic effects resulting from environmental exposure to chemical agents. The developing nervous system has great opportunities to the action of environmental contaminants like mercury (Hg), lead (Pb) and manganese (Mn). The objectives of this research were to evaluate the Mn exposure levels in children living in the vicinity of a ferro-manganese alloy plant and investigate the association between Mn levels in blood and hair with the effects on the cognitive function. Initially, we carried out an intensive literature review on the association between children's exposure to Mn and neuropsychological effects, which led to the first article. The field work started with the populational pool and registration of all families within the limits of the Cotegipe Village, Simões Filho town, Bahia, Brazil. After obtaining the informed consent, we collected socio-demographic data among the volunteers. To assess Mn exposure level, we performed the first sampling campaign with children aged 1 to 10 years: hair samples for Mn determination, blood sample for haemogram and stool for intestinal parasites analyses. At this phase we collected environmental samples: water pre a post treatment, particulate matter from respirable fraction (PM2.5) and house dust. In the second exposure assessment campaign we included only children aged 6 to 11 years and 11 months, enrolled in the local public school, who provided hair and blood samples for Mn, lead and serum iron determination. Mothers or caregivers were asked to provide hair sample. This happened concomitantly with the cognitive evaluation, which was assessed using WISC-III (Wechesler Intelligence Scale for Children), Raven's Progressive Matrices for measuring maternal cognition and the adapted HOME to estimate the family environment stimulation. The results of the environmental assessment showed that water Mn levels were within the acceptable standards, Mn concentrations in the air (PM2.5) were on average three times higher than the USEPA reference concentration (RfC 0.05 μg/m3) and Mn levels in house dust were approximately 20 times higher than levels of the house dust in residences distant 7.5 km (control). Of the 165 children enrolled, the parents of 147 agreed to participate in the study and 109 children (66.1%) consented to donate biological samples. Blood Mn levels were in the majority (97%) within the normal range (4-14 μg/L), however in the two campaigns conducted in 2007 and 2008, hair Mn level medians were 9.70 μg/g (1.10-95.50 μg/g) and 6.51 μg/g (0.1-76.78 μg/g), respectively. These levels were much higher than the median level observed in the control group 1.09 μg/g (0.30-5.58 μg/g). Maternal Mn hair levels were also elevated 4.04 μg/g (0.1-77.75 μg/g). We observed a significant association between Mn hair levels and a decreament in Full-Scale, Verbal and factorial Comprehension IQ scores, after adjusting for maternal education and nutritional index. It was possible to demonstrate for the first time that Mn interferes with maternal cognition as well. Cognitive function of mothers and caregivers presented a significant decrease with increasing Mn concentrations in hair, adjusted for age, family income and years of schooling. Our results show that children of this community are subjected to excessive Mn exposure from emissions arising from the industrial plant, with a consequent measurable negative effect on the intellectual development. Based on these findings we could hypothesize that these children are doubly affected, directly due to the Mn effect on their own brains and indirectly as a result of the effect on their mothers‘ cognition, which would tend to provide a poorer neuropsychological stimulation of their children.