Submitted by PMBqBM null (pmbqbm@ufba.br) on 2017-05-10T14:58:19Z No. of bitstreams: 1 Dissertação Jessica Lais Almeida dos Santos _ PMBqBM-UFBA.pdf: 11654727 bytes, checksum: 40a04bbf070f4574fe0b83ce9f4ac22b (MD5) / Approved for entry into archive by Delba Rosa (delba@ufba.br) on 2017-07-03T15:33:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação Jessica Lais Almeida dos Santos _ PMBqBM-UFBA.pdf: 11654727 bytes, checksum: 40a04bbf070f4574fe0b83ce9f4ac22b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-03T15:33:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação Jessica Lais Almeida dos Santos _ PMBqBM-UFBA.pdf: 11654727 bytes, checksum: 40a04bbf070f4574fe0b83ce9f4ac22b (MD5) / FAPESB / O HTLV-1 (Human T-Cell Lymphotropic Virus) foi o primeiro retrovírus humano a ser descrito. As principais complicações clínicas associadas ao HTLV-1 são: doenças malignas como a ATLL; síndromes inflamatórias, como a TSP/HAM; e complicações infecciosas, como a dermatite infecciosa. Estima-se que aproximadamente 15 a 20 milhões de pessoas estejam infectadas pelo HTLV em todo o mundo. Algumas áreas são, conhecidamente, endêmicas para esta infecção, sendo elas: sudoeste do Japão, África sub-Saara, regiões do Caribe, áreas localizadas no Irã e Melanésia. No Brasil, existem cerca de dois milhões de portadores do vírus. Na Bahia, estimativas indicam que a prevalência global da infecção pelo HTLV-1 na população geral de Salvador é de 1,8%. No entanto, ainda existe uma escassez de informações sobre a história evolutiva do HTLV-1 no Estado da Bahia, e a maioria dos dados sobre a epidemiologia molecular do HTLV-1 dizem respeito à isolados virais originados da cidade de Salvador, ou região metropolitana (RMS) e mais outras duas mesorregiões do estado, regiões Sul (S) e Vale do São Francisco (VSF). Em outras quatro mesorregiões nenhum outro isolado viral já foi identificado e caracterizado. Portanto, o principal objetivo deste trabalho foi investigar a origem e a disseminação do HTLV-1 na Bahia. Este estudo, de corte transversal, foi desenvolvido a partir de uma amostra de conveniência, composta por 50 amostras de indivíduos, de ambos os sexos, infectados pelo HTLV-1 que nasceram e residem no estado da Bahia, separadas por mesorregiões. Outras sequências LTR do vírus já disponíveis no GenBank foram utilizadas para, perfazer o maior número possível de mesorregiões a serem investigadas. Deste modo, 78 sequências LTR do HTLV-1 foram analisadas neste estudo. Inicialmente, o DNA genômico foi extraído utilizando kit de extração e submetido à nested-PCR para a região LTR. Os produtos da PCR foram purificados e sequenciados. Das 50 amostras selecionadas para a busca pelo HTLV-1, apenas foi possível gerar 11 sequências LTR do HTLV-1, e portanto, foi possível identificar a infecção em outras duas mesorregiões: nordeste (N) e centro-sul (CS). Os cálculos de diversidade genética foram feitos utilizando o modelo de distância Tamura Nei, com suporte estatístico. Três diferentes inferências filogenéticas foram realizadas: uma análise de subtipagem das novas sequências LTR do HTLV-1, uma análise filogenética apenas com sequências de isolados virais do Subtipo a, e uma última inferência filogenética, apenas com sequências de isolados virais do Subtipo a Subgrupo Transcontinental (A). Para essas inferências utilizamos de programas de bioinformática que possibilitaram alinhamento, edição e análise das sequências geradas, bem como inferir árvores filogenéticas e predizer a taxa evolutiva destes isolados. Foi possível identificar que a mesorregião que apresenta maior diversidade genética, entre suas sequências, foi a (CS), seguida da região N, enquanto as regiões S e RMS apesentaram resultados semelhantes. A análise filogenética, para subtipagem, das novas 11 sequências LTR do HTLV-1, geradas neste trabalho, demonstrou que todas elas pertencem ao subgrupo Transcontinental (A), do subtipo Cosmopolita (a). As sequências LTR do HTLV-1 originadas da mesorregião VSF apresentaram diferentes características filogenéticas, e as sequências originadas de casos de infecção RMS tiveram uma distribuição difusa no subgrupo Transcontinental, formando grupamentos com sequências originadas de diferentes regiões do país. No entanto, 32 (74,4%) sequências, se posicionaram em clados mais ancestrais do subgrupo. Fenômeno semelhante foi observado com a distribuição das sequências originadas de casos de infecção do Sul do estado. Também, a partir desta análise, é possível observar que houve a formação de cluster único com as sequências do N e CS (Boostrap entre 50% e 74%). Todas as sequências originadas do CS mostraram proximidade filogenética com sequências do Sul do estado. O valor encontrado para a taxa evolutiva foi de 1.0 x 10-4 substituição/sítio/ano (95% IC: 4.2752E-6, 2.7948E-4). Por isso, as principais conclusões são: identificação de 11 novos isolados virais, originados de casos de infecção pelo HTLV-1 em diferentes mesorregiões do Estado da Bahia; com a caracterização filogenética, percebemos que todos pertencem ao subtipo a, subgrupo A; sendo possível identificação da presença do Subtipo a/Subgrupo A nas mesorregiões N e CS; as sequências LTR do HTLV-1, originadas de casos de infecção na mesorregião RMS, revelam características de ancestralidade destas sequências em comparação com as de outras mesorregiões, sugerindo a introdução do HTLV-1 a partir dessa mesorregião; As sequências LTR do HTLV-1, originadas de casos de infecção na mesorregião S, apresentaram características semelhantes as sequências da RMS, o que pode sugerir origem dessas sequências na RMS, ou até introduções semelhantes nestas duas mesorregiões;- proximidade filogenética das sequências LTR do HTLV-1, originadas de casos de infecção das mesorregiões N, CS e S, sugere rotas migratórias populacionais entre elas.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento, Florianópolis, 2013. / Made available in DSpace on 2014-08-06T17:32:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 322298.pdf: 5633585 bytes, checksum: 44c191bbf3514f519196e0afb76d38a8 (MD5) Previous issue date: 2013 / A população brasileira é produto da miscigenação entre trêsprincipais grupos étnicos: Ameríndios (que já habitavam estas terras àépoca do descobrimento), Europeus (principalmente portugueses) eAfricanos (trazidos de forma forçada como mão de obra escrava).Estimar as diferentes proporções de ancestralidade em populaçõesmiscigenadas é de extrema importância para estudos genéticos quebuscam encontrar alelos de sucetibilidade a doenças, uma vez que a nãocorreção da estratificação populacional pode ocasionar desvios levandoa associações espúrias. Para o controle da estratificação populacional, autilização de marcadores informativos de ancestralidade tem sidoamplamente utilizada por apresentar um alto diferencial de frequênciaentre populações de regiões geograficamente distintas. O objetivo desteestudo foi genotipar quatro marcadores informativos de ancestralidadeadequados para amostras da população brasileira visando estender estaabordagem para entender a estruturação populacional em estudos decaso-controle, utilizando como modelo a doença psoríase. Adicional aoprincipal objetivo, um banco de dados biológico (BDB) foi diagramadoe implementado, para auxiliar na organização e armazenamento deinformações a respeito das amostras aqui utilizadas. As frequências dosquatro marcadores (AT3, Sb19.3, APO e PV92) foram estimadas emamostras de pacientes (PSR) diagnosticados com psoríase (n=100) econtroles saudáveis (PSC) sem histórico de doença (n=100, PSC)coletadas na cidade de Florianópolis - SC. Os perfis genéticos foramobtidos através de PCR convencional e eletroforese em gel de agarose.As análises estatísticas empregaram programas tais como GENEPOP,GDA e ADMIX 3. O BDB proposto foi desenvolvido e estruturado emsistema de gestão de bases de dados relacionais MySQL, e a interfacegráfica foi desenvolvida em linguagem PHP e HTML. Por meio deanálises moleculares e estatísticas, os resultados obtidos evidenciaramque os dois grupos de indivíduos aqui estudados (PSR e PSC)apresentaram semelhanças quanto a sua ancestralidade genética, nãosendo observado grandes diferenças populacionais. As estimativas demistura revelaram que as duas populações analisadas são tri-híbridas,com alta preponderância do componente europeu, seguido de africano eameríndio respectivamente. Apesar dos poucos marcadores utilizadosfoi possível discriminar a contribuição genética dos grupos ancestraisindicando que mesmo um número reduzido de marcadores pode sersuficiente, desde que apropriadamente selecionados, para responder umapergunta específica. O BDB construído e diagramado neste trabalhorecebeu o nome de LAPOGEdb (LAPOGE Database -www.lapoge.sites.ufsc) e, mostrou-se uma ferramenta eficaz para oarmazenamento estruturado de informações que variam entre dadosepidemiológicos e genéticos referentes a amostras utilizadas ao longo de19 anos de funcionamento do Laboratório de Polimorfismos Genéticosda Universidade Federal de Santa Catarina (LAPOGE-UFSC). <br> / Abstract : The Brazilian population is the product of interbreeding betweenthe three main ethnic groups: Amerindians (who inhabited these landsduring the discovery), Europeans (mainly Portuguese) and Africans(brought forcefully as slave labor). Estimating the different proportionsof ancestry in admixed populations is of utmost importance for geneticstudies that seek to find disease susceptibility alleles, since no correctionof population stratification, can cause deviations leading to spuriousassociations. To control the population stratification, the use of ancestryinformative markers have been widely used for its feature of presentinga high frequency differential between geographically distinctpopulations. The aim of this study was to genotype four ancestryinformative markers suitable for samples of the brazilian population inorder to extend this approach to understand the population structure incase-control studies, using as a model the psoriasis disease. Additionalto the main objective, a biological database (BD) was diagrammed andimplemented through programming languages, to assist in organizingand storing information about the samples used here. The frequencies ofthe four markers (AT3, Sb19.3, APO and PV92) were estimated insamples of patients (PSR) diagnosed with psoriasis (n = 100) andhealthy controls (PSC) with no history of disease (n = 100, PSC)collected in the city of Florianópolis - SC. The genetic profiles wereobtained by standard PCR and visualization with agarose gel andelectrophoresis. The statistical analysis employed programs such asGENEPOP, GDA and ADMIX 3. The proposed BD was developed andstructured in MySQL relational database management system, while thegeneral user interface (GUI) was developed in PHP and HTML. Theresults obtained from the molecular analysis and statistics, showed thatthe two groups studied here (PSR and PSC) had some similarities intheir genetic ancestry, not observing large population differences.Estimates of mixture revealed that the two populations are tri-hybrid,with high preponderance of European component, followed by Africanand Amerindian respectively. Despite the few markers used it was ableto discriminate the genetic contribution of ancestral groups indicating,that even a small number of markers may be sufficient, whenappropriately selected, to answer a specific question. The BD builtedanddiagrammed in this work was named LAPOGEdb (LAPOGE Database -www.lapoge.sites.ufsc) and proved to be an effective tool for storingstructured information, ranging from genetic and epidemiological data,related to the samples used throughout 19 years of operation of theLaboratory of Genetic Polymorphisms of the Federal University ofSanta Catarina (UFSC-LAPOGE).

Made available in DSpace on 2015-12-06T23:46:08Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2013 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os objetivos deste estudo sao: 1) Estudar e comparar a diversidade filogenetica de cepas de Fusarium spp isoladas de casos de ceratites infecciosas no Sul da Florida u Estados Unidos da America (EUA) por meio de identificacao por genotipagem e metodos microbiologicos de analise fenotipica; 2) Analisar as especies de Fusarium isoladas de ceratites no Sul da Florida u EUA identificadas por genotipagem, seus perfis de susceptibilidade in vitro a antifungicos, bem como os dados clinicos dos pacientes; 3) Estudar e comparar a diversidade filogenetica de cepas de Fusarium spp isoladas de casos de ceratites infecciosas no Brasil, identificadas por genotipagem e metodos microbiologicos de analise fenotipica, os resultados dos testes de susceptibilidade in vitro a antifungicos e os dados clinicos dos pacientes; 4) Comparacao dos dados de identificacao de cepas de Fusarium spp de portadores de ceratites infecciosas nos EUA e no Brasil, avaliando tambem a susceptibilidade a antifungicos e os dados clinicos dos pacientes estudados. Para a identificacao das cepas provenientes de casos de ceratite por Fusarium spp nos EUA e no Brasil, utilizou-se a analise de sequencia de DNA da regiao Internal Transcribed Spacer (ITS), assim como a classificacao morfologica pela microbiologia tradicional, com o estudo macro e microscopico das cepas. Testes por microdiluicao em caldo foram efetuados para obter-se os perfis de susceptibilidade in vitro das cepas estudadas aos antifungicos natamicina, anfotericina B e voriconazol. Os prontuarios dos respectivos pacientes foram analisados e suas caracteristicas clinicas comparadas aos dados de genotipagem e testes de susceptibilidade a antifungicos. Nos EUA 58 isolados de ceratites foram classificados por genotipagem em: Fusarium solani (75%), F. oxysporum (16%), F. incarnatum-equiseti (5%), F. dimerum (2%) e um Fusarium spp (2%) que nao foi classificado dentro de nenhum complexo de especies. Isolados de F. solani tiveram valores de MIC90 de voriconazol significativamente mais elevados do que os F. nao-solani (16 e 4ug/ml, respectivamente). Os pacientes com isolados de F. solani tambem exibiram um tempo para cura mais longo (65 vs 40 dias), uma pior acuidade visual final media (20/118 vs 20/36), e um maior necessidade de ceratoplastia terapeutica (7 vs 0 cirurgias), quando comparados aos que tiveram infeccoes causadas por F. nao-solani. O uso de lentes de contato foi o fator de risco mais frequente entre os pacientes deste estudo (66%). No Brasil os 41 isolados de ceratites foram classificados genotipicamente em: F. solani (88%), F. oxysporum (5%), F. dimerum (2%) e dois Fusarium spp (5%) que nao foram classificados dentro de nenhum complexo de especies. O atraso para o inicio do tratamento foi de 19 dias em media, e o tempo para a cura foi em media 107 dias. A acuidade visual final dos pacientes variou de 20/20 a percepcao de luz e foi em media 20/800 (LogMAR 1,6). A historia de trauma foi o fator de risco mais frequente, estando presente em 20 pacientes (50%). Ceratoplastia terapeutica foi necessaria em 22 pacientes (54%). A anfotericina B teve os menores valores de MIC90 (2ug/ml) tanto no Brasil como nos EUA. Voriconazol teve os maiores valores (16ug/ml) em ambos paises. Os isolados foram um pouco mais resistentes a natamicina no Brasil (8 vs 4 ug/ml nos EUA), e neste pais tambem houve uma associacao entre cepas com maior MIC para natamicina e maior necessidade de ceratoplastia terapeutica. Pela comparacao dos resultados de identificacao, susceptibilidade a antifungicos e dados clinicos, obtidos de casos de ceratites por Fusarium spp nos EUA e no Brasil, e possivel concluir-se que: as acuidades visuais inicial e final foram piores no Brasil; um maior numero de homens e trauma estavam presentes no estudo brasileiro ao inves de mulheres e uso de lentes de contato (LC) nos EUA; um maior numero de ceratoplastias terapeuticas foram necessarias no Brasil; e um maior tempo para o diagnostico e para a cura foram encontrados no Brasil / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Submitted by Maria Anália Conceição (marianaliaconceicao@gmail.com) on 2016-07-26T19:10:00Z No. of bitstreams: 1 Publico-06.pdf: 1095297 bytes, checksum: 4b8b87835ffd2946238eecd1b33b8462 (MD5) / Approved for entry into archive by Maria Anália Conceição (marianaliaconceicao@gmail.com) on 2016-07-26T19:11:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Publico-06.pdf: 1095297 bytes, checksum: 4b8b87835ffd2946238eecd1b33b8462 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-26T19:11:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Publico-06.pdf: 1095297 bytes, checksum: 4b8b87835ffd2946238eecd1b33b8462 (MD5) Previous issue date: 2009 / INTRODUÇÃO: O câncer pediátrico representa entre 0,5 - 3% dos tumores. As infecções por VRE, nesta população, representam um risco potencial, relacionado a altas taxas de morbi-mortalidade especialmente na aquisição de VRE-EFM, devido ao seu maior poder de virulência e resistência. Embora a relação colonização versus infecção seja relativamente baixa, a probabilidade do paciente oncológico desenvolver infecção pela cepa colonizante é considerável. OBJETIVOS: Devido à alta incidência de VRE isolados em pacientes do IOP, entre Janeiro a Agosto/08, foram adotadas ações emergenciais, com a finalidade de rastrear os isolados de VRE e conter a sua disseminação na instituição. O presente estudo teve como objetivo analisar epidemiologicamente os isolados de VRE no IOP no período de Janeiro/08 a Março/09. MATERIAL E MÉTODOS: No estudo retrospectivo foi realizado levantamento de dados, seguidos de análises fenotípicas e genotípicas de amostras de enterococos durante os oito primeiros meses de 2008, com a finalidade de verificar a incidência de pacientes colonizados e/ou infectados por VRE. Os dados do estudo prospectivo foram avaliados de acordo com quatro sucessivas etapas de culturas de vigilância de swab anal realizadas em todos os pacientes internados no IOP em um determinado dia, entre Outubro/08 a Março/09. Foram utilizados meios de cultura de triagem e realizada caracterização fenotípica e molecular dos VRE, assim como PFGE dos VRE-EFM. RESULTADOS: Verificou-se grande incidência de VRE (colonizados e infectados) no IOP (70,8%). Todos os casos foram de E. faecium, sendo 23,5% provenientes de ICS relacionada a CVC. O maior índice de isolados de VRE-EFM foi verificado em julho (n=8), sendo três casos de infecção. No estudo prospectivo, as sucessivas coletas de culturas de vigilância somadas às medidas de controle adotadas no IOP mostraram uma redução significativa no índice de VRE-EFM, caindo de 36% (Outubro/08) para 0% (Março/09). De acordo com o PFGE, houve a prevalência de dois clones A e B, totalizando 27 dos 35 isolados de VRE-EFM analisados, localizados, principalmente, no sétimo andar (12 casos). Acredita-se que este andar foi o principal responsável pela disseminação deste patógeno no IOP. CONCLUSÃO: O modelo prospectivo utilizado neste estudo, somado as estratégias de controle coordenadas pela CCIH do IOP, apresentou impacto positivo no controle da disseminação de VRE, uma vez que verificou-se uma drástica redução no número de casos. Sendo assim, o presente estudo pode servir como modelo epidemiológico para as CCIH de outras instituições no controle da disseminação de VRE no ambiente hospitalar. / BACKGROUND: The pediatric cancer represent between 0.5 - 3% of the tumors. VRE infections in this population, is a potential risk related to high rates of morbidity and mortality especially in the acquisition of VRE-EFM, due to their greater virulence and resistance. Although the relationship between colonization versus infection is relatively low, the likelihood of oncology patients develop infection with the colonizing strain is considerable. OBJECTIVES: Due to high incidence of VRE isolated from patients in IOP between January and August/08 were adopted emergency measures, in order to trace the VRE isolates and contain its spread in the institution. The objective of the present work was to study epidemiologically isolates of VRE in IOP during the January/08 to March/09. MATERIAL AND METHODS: A retrospective study was conducted on the data, followed by phenotypic and genotypic analysis of enterococcal samples during the first eight months of 2008, in order to determine the incidence of colonized patients and/or infected with VRE. Data from the prospective study were evaluated according to four successive surveillance cultures of anal swabs taken from all units of the IOP between Octuber/08 and March/09. We used screening media and performed phenotypic and molecular characterization of VRE, and PFGE of VRE-EFM. RESULTS: A high incidence of VRE (colonized and infected) in IOP (70.8%) was observed. All cases were related to the species E. faecium, with 23.5% from BSI associated to the CVC. The highest rate of isolates of VRE-EFM was observed in July (n=8), and three cases related to infection. In the prospective study, successive samples of surveillance cultures added to the new control measures adopted in IOP showed a significant reduction in the rate of VRE-EFM, decreasing from 36% (Octuber/08) to 0% (March/09). According to PFGE results, there was the prevalence of two clones A and B, totalling 27 of 35 isolates of VRE-EFM analysed, mainly located on the seventh floor (12 cases). We believed that this floor was the main responsible for the dissemination of this pathogen in IOP. CONCLUSION: The prospectively study used in this study, associated with control strategies coordinated by the HICC of IOP showed a positive impact on controlling the spread of VRE, since there was observed a significant reduction in the number of cases. Therefore, this study can serve as an epidemiological model for HICC of other institutions in controlling the spread of VRE in the hospital.

Made available in DSpace on 2014-12-05T18:41:20Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) mariana_boite_ioc_dout_2014.pdf: 6966313 bytes, checksum: b0fff886f9cae412d6b89bbb9cedb343 (MD5) Previous issue date: 2014-11-18 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / As leishmanioses englobam um largo espectro de doenças causadas pelo parasita do gênero Leishmania. É notável o número de espécies descritas, e, apesar de tratar-se de um gênero com alta variabilidade genética, a validade de algumas dessas espécies vêm sendo questionada. A associação entre Leishmania spp. e as diferentes formas clínicas sugere a participação do parasita na manifestação e no prognóstico da doença. Métodos moleculares estão sendo cada vez mais empregados para diagnóstico, estudos taxonômicos, filogenéticos e epidemiológicos envolvendo este parasita. Os métodos utilizados são, entretanto, diversos, comprometendo a reunião de dados e a comparação inter-laboratorial. Sendo assim, o desenvolvimento de um marcador único e robusto, que permita a troca de informações, enriquecerá o conhecimento sobre a diversidade fenotípica e molecular das leishmânias, atendendo tanto a demanda por uma revisão taxonômica do gênero, como para a elaboração de um sistema integrado de identificação e tipagem deste organismo, ponto essencial em estudos epidemiológicos. O principal objetivo deste trabalho foi desenvolver marcadores multilocus para Leishmania (Viannia) e avaliar sua aplicabilidade em estudos epidemiológicos Os objetivos específicos incluíram: i) o desenvolvimento de um painel multi locus sequence analisys (MLSA) para cepas de Leishmania (Viannia) que circulam no Brasil que permita, concomitantemente, a identificação de isolados e a realização de estudos filogenéticos; ii) o estudo da estrutura da população de cepas de Leishmania (Viannia) quanto à clonalidade e ocorrência de eventos de recombinação pela determinação de perfis de microssatélites; iii) avaliação da aplicabilidade do painel MLSA como ferramenta epidemiológica para as leishmanioses; iv) a descrição de eventos moleculares em leishmânia que podem interferir nos resultados obtidos a partir de marcadores moleculares empregados. Após construção do painel MLSA e determinação de perfis de microssatélites (MLMT) foi possível comparar os dois marcadores. Os resultados a partir de MLMT definiram duas populações principais, uma com cepas de L. (V.) guyanensis da região Amazônia e outra apresentando as cepas de L. (V.) braziliensis, oriundas da costa Atlântica brasileira. Um terceiro grupo, muito heterogêneo, pôde ser definido com cepas de L. (V.) braziliensis da região norte e com as cepas das espécies L. (V.) shawi, L. (V.) naiffi, e L. (V.) lainsoni. Sinais de recombinação foram detectados no grupo formado por cepas identificadas como L. (V.) guyanensis e também naquele composto por cepas de L. (V.) braziliensis da região costeira. A recombinação pode ser uma das justificativas tanto para a grande diversidade encontrada como para a ausência de estruturação clara da população. O MLSA separou as espécies de acordo com a classificação prévia, exceto para L. (V.) shawi e também apontou para ocorrência de recombinação pelo padrão reticulado das redes construídas Ao aplicar o MLSA em uma situação de surto em Santa Catarina, se detectou associação entre características epidemiológicas dos pacientes e os grupos MLSA, com separação de casos importados e autóctones, sinalizando para o potencial como marcador epidemiológico. A partir dos dados MLSA também foi possível realizar um estudo sobre a ocorrência de variação intra-cepa detectada em sequências de DNA de isolados clonados de Leishmania. Foi possível concluir que o painel MLSA construído e validado apresenta-se como boa alternativa para tipagem, estudos taxonômicos e epidemiológicos em L. (Viannia). Como tal pode representar tanto um substituto molecular para o multilocus enzyme electroforesis (MLEE), método-ouro para tipagem de Leishmania, quanto um marcador padrão a ser utilizado em revisão taxonômica do gênero. Mesmo com o advento do sequenciamento completo de genomas, a contribuição do MLSA ainda é relevante, e este se apresenta como potencial marcador epidemiológico, apesar da inclusão de novos genes ser necessária. O estudo com MLMT evidenciou que o mesmo é ferramenta de escolha para estudos de genética de populações em L. (Viannia), mas não para identificação e avaliação taxonômica do subgênero. Demonstrou-se ainda que a plasticidade genômica das leishmânias gera diversidade em tipos de sequencia de DNA e, portanto deve ser sempre considerada em estudos baseados em marcadores moleculares / Leishmaniasis represent a broad spectrum of diseases caused by parasite of the genus Leishmania . The number of species described is remarkably high and the status of some has been questioned, although there is indeed a notable genetic variability within this genus. The associati on of Leishmania spp. and the different clinical forms suggests the involvement of the parasite in the prognosis and clinical outcome of the disease. Molecular methods have been often applied for diagnosis, studies of taxonomy, phylogeny and epidemiology. However, the approaches used are distinct, hampering comparisons between laboratories and data assembly. The development of a standard marker which allows exchange of information would contribute to the knowledge over the phenotypic and molecular diversity of Leishmania . It would also enable a taxonomic review as well as the establishment of a standardized and integrated typing system - essential in epidemiological studies. The main objective of this study was to develop multi locus markers for Leishmania ( Viannia ) and to evaluate its applicability in epidemiological studies. The specific objectives were: i) to develop a multi locus sequence analyses (MLSA) panel with Leishmania ( Viannia ) strains from Brazil that allows the species identification and phylogenetic inferences to be performed; ii) to execute a population structure study through microsatellites profiles (MLMT); iii) to evaluate the MLSA panel as an epidemiological tool; iv) t o describe molecular events that may interfere in the results obtained by the molecular markers employed. After MLSA and MLMT, the results could be compared. MLMT defined two main populations, one comprising L. ( V. ) guyanensis and other L. ( V. ) braziliensi s strains from the Atlantic coast; recombination signs were detected for both. A third group, quite heterogeneous, included L. ( V. ) braziliensis strains from northern Brazil and the other species L. ( V .) shawi, L. ( V. ) naiffi, and L. ( V. ) lainson . Recombin ation may justify all the diversity observed and the lack of clear structuration. MLSA was able to differentiate species in agreement with previous classification, except for L. ( V. ) shawi . The reticulate pattern in the networks also pointed to recombinati on occurrence. After applying MLSA over strains isolated from an outbreak in Santa Catarina state, association between MLSA groups and epidemiological characteristics from the patients was detected, in a way that autochthonous and imported cases could be d ifferentiated. MLSA data also allowed the description of intra - strain variation among DNA sequences from cloned Leishmania cultures. The results lead to the following conclusions: the MLSA panel developed and validated represents a good option for typing, taxonomy and epidemiology studies for L . ( Viannia ). It can be chosen as the molecular substitute for multilocus enzyme electroforesis (MLEE), the gold standard for Leishmania typing, and as the standard marker for a taxonomic review as well. Even consideri ng the whole genome sequence approach, the contribution of MLSA is considered relevant, although more loci should be included. MLMT was revealed as the best approach for population genetics in L . ( Viannia ), but not for taxonomic inferences for this subgenu s. It was also demonstrated that genomic plasticity in Leishmania raises intra - strain DNA sequence diversity, and therefore this aspect should be addressed in studies based on molecular markers

Made available in DSpace on 2014-11-18T16:06:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) 69898.pdf: 2105551 bytes, checksum: 65da981b8abb9d10633ef76ca3b773c0 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-01-05T15:54:58Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carolina_tavares_ioc_mest_2014.pdf: 2105551 bytes, checksum: 65da981b8abb9d10633ef76ca3b773c0 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2014-11-18 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A produção de carbapenemases do tipo KPC tem se tornado um importante mecanismo de resistência aos carbapenemas na família Enterobacteriaceae. Embora seja descrita predominantemente em Klebsiella pneumoniae, a enzima KPC também tem sido encontrada em diferentes espécies de Enterobacteriaceae. Contudo, pouco se sabe sobre a epidemiologia da disseminação do gene blaKPC-2 nestas outras espécies. No Brasil, a enzima KPC foi relatada inicialmente em K. pneumoniae no Recife, em 2006, mas atualmente já se encontra disseminada pelo país, onde sua incidência tem aumentado significativamente. Portanto, o objetivo desse trabalho foi realizar a caracterização molecular de amostras brasileiras produtoras de KPC pertencentes a diferentes espécies de Enterobacteriaceae (excluindo K. pneumoniae), isoladas de diferentes estados brasileiros no período de 2009 a 2011. O perfil de resistência foi avaliado por difusão em ágar e E-test. A variante alélica de blaKPC, assim como a participação do transposon Tn4401 e a análise da presença de outros genes de beta-lactamases (TEM, SHV e CTX-M) foram realizadas por PCR e sequenciamento. Análise plasmidial e hibridação foram realizadas para determinar o ambiente genético do gene blaKPC. Para a tipagem molecular foi realizado PFGE e MLST (somente para Escherichia coli) Foram encaminhadas ao Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar da Fundação Oswaldo Cruz, 83 amostras produtoras de KPC-2 (correspondendo as espécies: Enterobacter aerogenes, Enterobacter cloacae, Escherichia coli, Pantoea agglomerans, Providencia stuartii, Citrobacter freundii, Klebsiella oxytoca, Morganella morganii e Serratia marcescens) provenientes de 9 estados das regiões sudeste, nordeste e centro-oeste do país. Em amostras KPC positivas, foram encontrados altos percentuais de resistência à maioria dos antimicrobianos testados, inclusive tigeciclina (36,1% não sensíveis) e polimixina B (16,5%). As espécies mais resistentes foram E. aerogenes, E. cloacae, C. freundii e K. oxytoca. A associação de KPC com outras beta-lactamases foi encontrada em 53% das amostras (45,8% produtoras de TEM, 6% produtoras de SHV e 22,9% produtoras de CTX-M). O gene blaKPC-2 foi encontrado associado a uma estrutura parcial do transposon Tn4401 com diferentes isoformas. Todas as amostras apresentaram o gene blaKPC-2 inserido em plasmídios de vários tamanhos e grupos de incompatibilidade Observamos grande diversidade genética entre todas as espécies estudadas, mas encontramos, para algumas espécies, a presença de alguns grupos clonais prevalentes em determinados estados. A maioria das amostras de E. aerogenes pertenciam ao grupo clonal A e foram isoladas no DF e GO persistindo por 11 meses, sugerindo a possibilidade de um surto. Dessa forma, este estudo demonstrou a disseminação do gene blaKPC-2 em 9 Enterobacteriaceae de diferentes regiões do Brasil, incluindo espécies nas quais o gene não havia sido previamente descrito, como P. agglomerans e P. Stuartii. Evidenciou ainda as diversas ferramentas moleculares que o gene blaKPC-2 se beneficia para disseminar entre espécies de Enterobacteriaceae / The production of Klebsiella pneumonia e carbapenemase ( KPC ) - type enzymes has become an important mechanism of carbapenem resistance in the Family Enterobacteriaceae. Although it is predominantly d escribed in Klebsiella pneumoniae , the KPC enzyme h as also been found in different species of Enterobacteriaceae . Moreover , little is known about the epidemiology of the dissemination of bla KPC gene in other Enterobacteriaceae species . In Brazil, KPC was i nitially described in K. pneumoniae in Recife, state of Pernambuco, in 2006, but currently this enzyme is already d isseminated throughout the country, where its incidence has increased significantly. Thus, this study aimed to perform the molecular characte rization of KPC - producing brazilian isolates belonging to different species of Enterobacteriaceae (non - K. pneumoniae ) originated from different Brazilian states between 2009 and 2011. The resistance profile was evaluated by disc - diffusion method and E - test . The allelic variant of the bla KPC gene, as well as the participation of Tn 4401 and the presence of other beta - lactamase genes (TEM, SHV and CTX - M) were analyzed by PCR and genome sequencing. Plasmid analysis and hibridization were used to determine the g enetic environment of the bla KPC gene. Molecular typing was done by PFGE and MLST (only for Escherichia coli ). Eighty three unique clinical isolates of Enterobacteriaceae KPC - 2 - producers were referred to the Laboratório de Pesquisa em Infecção Hospitalar f rom Fundação Oswaldo Cruz , corresponding to 9 different species ( Enterobacter aerogenes , Enterobacter cloacae , Escherichia coli , Pantoea agglomerans , Providencia stuartii , Citrobacter freundii , Klebsiella oxytoca , Morganella morganii and Serratia marcescen s ) isolated from 9 states located in northeast, southeast and central regions of Brazil . High resistance rates towards most of the antimicrobial agents tested, including tigecycline (36.1% nonsusceptible) and polymyxin B (16.5%) were detected. E. aerogenes , E. cloacae , C. freundii and K. oxytoca were the most resistant species. The association of the bla KPC - 2 gene with other beta - lactamase genes was found in 53% of the isolates (45.8% producing TEM, 6% producing SHV and 22.9% producing CTX - M). The bla KPC - 2 gene was found associated with a partial Tn 4401 structure with different isoforms. All of the isolates had the bla KPC - 2 gene inserted within plasmids of different sizes and incompatibility groups. We found great clonal diversity among all of the studied sp ecies, but we found the presence of a few prevalent clonal groups in some regions. The majority of E. aerogenes isolates belonged to clonal group A, isolated from the central regions of Brazil (GO and DF), persisting for 11 months, suggesting the possibili ty of an outbreak. Therefore, this study demonstrated the dissemination of the bla KPC - 2 gene among different Enterobacteriaceae in Brazil, includingspecies in which this gene was not previously reported, such as P. agglomerans and P. stuartii . The study al so showed the different molecular tools in which the bla KPC - 2 gene benefits to disseminate between Enterobacteriaceae.

Made available in DSpace on 2016-04-07T13:25:46Z (GMT). No. of bitstreams: 2 maria_guia_ioc_dout_2015.pdf: 33668716 bytes, checksum: 116b84e24b72cbb6e3a9a67cb4657da1 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / Febre Q é uma zoonose cosmopolita causada por Coxiella burnetii, uma bactéria intracelular obrigatória gram-negativa da ordem Legionellales. A doença, que ocorre como pequenos surtos ou casos isolados, tem amplo espectro clínico, desde doença febril limitada, pneumonia, hepatite à endocardite e meningoencefalite. Pequenos roedores silvestres são importantes reservatórios, mas a infecção humana está principalmente relacionada a ovelhas, cabras e gado bovino, embora gatos, cães e coelhos estejam implicados em surtos urbanos. Na população humana a transmissão ocorre por aerossóis provenientes de líquido amniótico, placenta e lã, além da urina, fezes, leite e outras secreções animais contendo o agente. No Brasil, a primeira descrição de febre Q ocorreu em 1953. Embora casos esporádicos confirmados por teste sorológico e estudos sorológicos tenham apontado para a presença de C. burnetii no Brasil, somente em 2008 o agente foi identificado por análise molecular em paciente no município de Itaboraí/RJ. Com a consequente caracterização da infecção também nos animais domésticos de propriedade do paciente, durante o período de 2010-2011, o presente estudo foi proposto com o objetivo de: (i) realizar a vigilância de febre Q em pacientes com suspeita de dengue internados no Hospital Municipal Desembargador Leal Júnior, em Itaboraí, durante o período de 24 meses; (ii) verificar a presença de infecção nos familiares dos casos de febre Q; (iii) analisar os animais de propriedade dos casos de febre Q; (iv) investigar a presença de C. burnetii em animais silvestres capturados nas áreas de onde procederam os casos de febre Q e (v) pesquisar C. burnetii nos artrópodes coletados nos animais Neste estudo foram utilizados o teste de imunofluorescência indireta e a análise molecular (PCR) visando os elementos IS1111 transposase no genoma de C. burnetii. Dos 272 pacientes atendidos no período de 2013 a 2014, 26 (10%) apresentaram anticorpos anti-C. burnetii e nove (3,3%) foram PCR positivos. Um dos pacientes apresentou também infecção por dengue. A análise das sequências genômicas obtidas demonstrou a elevada similaridade entre si (99-100%) e com as sequências de C. burnetii depositadas no GenBank. Dos 35 animais domésticos estudados, seis foram sororreativos: 1/13 cães, 3/13 gatos, 2/9 ovelhas. A análise molecular foi positiva em swab anal de um filhote de gato e em amostra de tecido do úbere da ovelha sororreativa com história de aborto. Todos os 59 animais silvestres dos gêneros Didelphis, Philander, Micoureus, Akodon, Oligoryzomys e Nectomys foram negativos na análise molecular. Dos 283 artrópodes analisados, DNA de C. burnetii foi amplificado em oito dos 266 exemplares de Rhipicephalus sanguineus e em um exemplar de oito Amblyomma sculptum e nenhum dos sete Dermacentor nitens e duas pulgas Ctenocephalides canis identificados. Os resultados comprovam a presença de C burnetii em Itaboraí, confirmam a necessidade da inclusão da febre Q no diagnóstico diferencial da dengue e alertam para a necessidade da sensibilização dos profissionais de saúde sobre a ocorrência desta zoonose no Brasil / Q fever is a worldwide zoonosis disease caused by Coxiella burnetii, a gram-negative obligate intracellular bacterium of the legionellales order. The disease, which occurs as individual cases or small outbreaks have broad-spectrum clinical manifestation from limited febrile disease, pneumonia, endocarditis, hepatitis and meningoencephalitis. Small wild rodents are important reservoirs, but human infection is mainly related to sheep, goats and cattle, although cats, dogs and rabbits are involved in urban outbreaks. In human population, transmission occurs by aerosol from amniotic fluid, placenta and wool, as well as urine, feces, milk and other animal secretions, containing the agent. In Brazil, the first Q fever description occurred in 1953. Although sporadic cases confirmed by serological testing and sero-epidemiological studies have pointed to the presence of C. burnetii in Brazil, only in 2008 it was possible identify the agent in a patient's municipality of Itaboraí/RJ by molecular assay. With the consequent characterization of the infection also in domestic animals owned by the patient during the period 2010-2011, this study was proposed with the aim of: (i) conduct surveillance of Q fever in hospitalized patients with suspected dengue in Itaboraí at the Hospital Municipal Desembargador Leal Junior, during the period of 24 months; (ii) to verify the presence of Q fever infection in family cases ; (iii) analyzing, animals the property Q fever cases; (iv) investigate the presence of C. burnetii in wild animals captured in areas from which proceeded cases of Q fever and (v) search C burnetii in arthropods collected from animals. This study used the indirect immunofluorescence assay and molecular analysis (PCR) targeting the IS1111 transposase elements in the genome of C. burnetii. Of the 272 patients assisted from 2013 to 2014, 26 (10%) had anti-C. burnetii antibodies, and nine (3.3%) were PCR positive. One of these patients had also dengue infection. The analysis of the genomic sequences obtained showed high similarity to each other (99-100%) and the sequences of C. burnetii in GenBank. Of the 35 domestic animals studied, six were seroreactive: 1/13 dogs, cats 3/13, 2/9 sheep. Molecular analysis was positive in anal swab of a young kitten and tissue sample from the udder of sororreativa sheep with abortion history. All 59 wild animals Didelphis, Philander, Micoureus, Akodon, Oligoryzomys and Nectomys were negative by molecular analysis. Of the 283 arthropods analyzed, C. burnetii DNA was amplified in eight of 266 Rhipicephalus sanguineus and a specimen of 8 Amblyomma sculptum and none of 7 Dermacentor nitens and 2 fleas Ctenocephalides canis identified. The results show the presence of C. burnetii in Itaboraí, confirm the need for inclusion of Q fever in dengue differential diagnosis and point to the need of awareness among health professionals about the occurrence of this zoonosis in Brazil.

Made available in DSpace on 2016-05-16T13:01:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 marcia_lopes_ioc_dout_2015.pdf: 2822157 bytes, checksum: 7ef4250346238fec2cbc79a65607b81c (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2015 / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil / A hanseníase é uma doença infecciosa crônica, com alto poder incapacitante. O tratamento se baseia na combinação de três drogas: dapsona, rifampicina e clofazimina, porém, a ocorrência de reações adversas (ADRs) induzidas principalmente pela dapsona (~70%) é frequentemente observada. Dentre as ADRs destacam-se: a metemoglobinemia, anemia hemolítica, a hepatite e a síndrome da dapsona. A metabolização da dapsona é baseada em reações enzimáticas de acetilação e hidroxilação, catalisadas, pelas enzimas N-acetiltransferase2 (NAT2) e hidroxilases do citocromo P450 (CYPs). Dentre os vários fatores associados à ocorrência de ADRs, o fator genético é primordial. Polimorfismos presentes em genes que codificam para enzimas metabolizadoras de drogas podem representar alto risco para este desfecho. Paralelamente, outro aspecto importante é a alta variabilidade genética ligada à etnia. O Brasil é um país composto por uma população altamente miscigenada com alta diversidade genética. Sendo a hanseníase uma doença endêmica tratada com um esquema padronizado para toda a população, a avaliação destes perfis genéticos é de fundamental relevância para a prevenção de ADRs. Este estudo teve como principal objetivo descrever a variabilidade dos genes NAT2, CYP2E1, CYP3A4 e CYP3A5 em coortes de pacientes de hanseníase provenientes das cinco diferentes macrorregiões do Brasil e realizar um estudo de associação, do tipo caso-controle, entre as variáveis genéticas presentes nesses genes com a ocorrência de reações adversas em pacientes com hanseníase em tratamento com esquemas contendo dapsona Um total de 964 indivíduos foram incluidos no estudo descritivo de NAT2 enquanto para o estudo de associação variou dependendo da região. Vinte e três SNPs de NAT2, foram identificados nas populações estudadas, dos quais sete: 191 G>A; 282 C>T; 341T>C; 481 C>T; 590 G>A; 803 A>G e 857 G>A, são os mais frequentes na população mundial. Os resultados mostraram uma predominância de alelos NAT2 associados com acetilação lenta porém variando de acordo com a região estudada. De forma semelhante, após genotipagem dos genes da família CYP450, foi observado que as frequências alélicas e genotípicas também variaram ao longo de todo território brasileiro. Os resultados mostraram que pacientes hansenianos com perfil de acetilação lenta e de hidroxilação rápida (CYP2E1), avaliados separadamente demonstraram uma associação com a ocorrência de ADRs, porém com Razões de Chance menores (2,4 e 1,9) que na análise combinada (4,08 para CYP2E1). Os perfis de hidroxilação rápida caracterizada pela presença dos alelos CYP3A5*3,CYP3A5*6 e CYP3A4*1B analisados separadamente não apresentaram associação com a ocorrência de ADRs, porém na análise combinada com o perfil de acetilação lenta, observou-se uma forte associação com este desfecho representada pelas ORs (6,4 para CYP3A5*3; 4,83 para CYP3A5*6 e 2,84 para CYP3A4*1B) sugerindo que a combinação entre os perfís fenotípicos de acetilação lenta com hidroxilação rápida representam o algorítimo ideal para uma proposta de teste preditivo a ser utilizado como suporte no tratamento da hanseníase com esquema contendo DDS / Leprosy is a chronic infectious disease with high disabling potential. The treatment is based on the combination of three drugs: dapsone, rifampicin and clofazimine, however, the occurrence of adverse drug reactions (ADRs) mainly induced by dapsone (~70%) is frequently observed with a predominance of methemoglobinemia, hemolytic anemia, hepatitis and dapsone syndrome. The dapsone metabolization is mediated by acetylation and hydroxylation enzymatic reactions catalyzed by the N-acetyltransferase 2 (NAT2) and cytochrome P450 (CYPs). Among the various factors associated with the occurrence of ADRs, the genetic factor is essential. Polymorphisms in genes encoding drug metabolizing enzymes may represent a high risk for this outcome. In paralell, another important aspect is the high genetic variability related to ethnicity. Brazil is composed of a high mixed population with high levels of genetic diversity. Being leprosy is an endemic disease which treatment is a standard regimen for the entire population, the evaluation of these genetic profiles became relevant for prevention of ADRs. The main goals of this study was to describe the genetic variability of NAT2, CYP2E1, CYP3A4 and CYP3A5 in cohorts of leprosy patients from five Brazilian geographical regions and to perform an association study (case-control) between the genetic variants present in these genes and occurrence of ADRs in leprosy patients treated with dapsone-containing schemes. A total of 964 individuals were enrolled to the descriptive study for NAT2 while for the association study the sample size varied according to the region.Twenty-three SNPs in NAT2, were identified in the study populatuion, seven of which 191 G> A; 282 C> T; 341T> C; 481 C> T; 590 G> A; 803 A> G and 857 G>A are the most frequent in the world population. The results showed a predominance of the NAT2 alleles associated with slow acetylation however, varying according to the studied region . Similarly, after genotyping of CYP450 gene family, an allele and genotype frequency variation was also observed over Brazil. The results showed that leprosy patients with slow acetylation and rapid hydroxylation profile (CYP2E1), evaluated separately showed an association with the occurrence of ADRs, but with lower Odds ratios (2.4 and 1.9) then that observed in combined analysis (4.08 CYP2E1). The fast hydroxylation profile characterized by the presence of CYP3A5*3, CYP3A5*6 and CYP3A4*1B, analyzed separately did not showed association with the occurrence of ADRs, however, the combined analysis with NAT2 slow acetylation profile showed a strong acetylation with this outcome represented by the ORs ( 6.4 for CYP3A5*3; 4.83 for CYP3A5*6 and 2.84 for CYP3A4*1B) suggesting that the combination of slow acetylation with fast hydroxylation phenotypes represent the ideal algorithm for a predictive test to be used as a support for leprosy treatment with DDS-containing regimen.

OLIVINDO, C. S. Detecção de microorganismos utilizando a técnica de pcr em sequências palindrômicas extragênicas repetidas (REP-PCR) no monitoramento da qualidade do leite de cabra em sala de ordenha. 2007. 63 f. Dissertação (Mestrado em Zootecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2007. / Submitted by Daniel Eduardo Alencar da Silva (dealencar.silva@gmail.com) on 2014-12-01T20:55:18Z No. of bitstreams: 1 2007_dis_csolivindo.pdf: 1226844 bytes, checksum: e9136531eeb4caff7322857cb9148fec (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2016-01-20T23:42:22Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2007_dis_csolivindo.pdf: 1226844 bytes, checksum: e9136531eeb4caff7322857cb9148fec (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-20T23:42:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2007_dis_csolivindo.pdf: 1226844 bytes, checksum: e9136531eeb4caff7322857cb9148fec (MD5) Previous issue date: 2008 / The present study was carried out, with the objective of applying the PCR technique in repetitive extragenic palindromic (REP-PCR) sequences in the monitoring of the quality of goat milk, through the detection of Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa and Streptococcus spp., in samples of milking handlers, goats teats, milk, milk machine and water, for the future establishment and implantation of the system of Hazard Analysis Critical Control Points (HACCP). Several fingerprints was verified of all the isolates collected of the different studied sources (milking handlers, goats teats, milk, milk machine and water). It was observed very similar behaviors of the bands indicating that the isolates can be related as epidemic clones. The water without treatment, used for the wash milking handlers, it was characterized as a critical point of control (PCC), because stands out as starter contamination in the Streptococcus spp., Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa samples. Another PCC would be the hands of the milking handlers, because in the Staphylococcus aureus samples, it is also appears as initial point of contamination. The technique demonstrated to be efficient for the similarity analysis among individuals of the same species, in case, of the Staphylococcus aureus, Streptococcus spp., Escherichia coli and Pseudomonas aeruginosa, being, therefore, an useful tool for investigation of fails on management and consequently, in the search of more efficient control to avoid or to minimize the spread of pathogenic microorganisms that cause serious illnesses in humans and animals, and can be transmitted through products as the milk and your products. / O presente estudo foi realizado, com o objetivo de aplicar a técnica de PCR em seqüências palindrômicas extragênicas repetidas (REP-PCR) no monitoramento da qualidade do leite de cabra, através da detecção de Staphylococcus aureus, Escherichia coli, Pseudomonas aeruginosa e Streptococcus spp., em amostras de mãos de ordenhadores, tetos das cabras, leite, ordenhadeira e água, para o futuro estabelecimento e implantação do sistema de Análise de Perigos e Pontos Críticos de Controle (APPCC). Verificou-se vários fingerprints de todos os isolados coletados das diferentes fontes estudadas (mãos de ordenhadores, tetos das cabras, leite, ordenhadeira e água). Observou-se comportamentos muito similares das bandas indicando que os isolados podem ser relatados como clones epidemiológicos. A água sem tratamento, utilizada para a lavagem das mãos dos ordenhadores, caracterizou-se como um ponto crítico de controle (PCC), pois se destaca como iniciador de contaminação nas amostras Streptococcus spp., Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa,. Outro PCC seria as mãos do ordenhador, pois nas amostras de Staphylococcus aureus, aparece também como indicador de contaminação. A técnica demonstrou ser eficiente para a análise da similaridade entre indivíduos da mesma espécie, no caso, do Staphylococcus aureus, Streptococcus spp., Escherichia coli e Pseudomonas aeruginosa, sendo, portanto, uma ferramenta útil para investigação de falhas no manejo e consequentemente, na busca de um controle mais eficiente para evitar ou minimizar a disseminação de microrganismos patogênicos causadores de sérias enfermidades em humanos e animais, que muitas vezes podem ser transmitidas através de produtos como o leite e seus derivados.

Uma parcela significativa dos casos de câncer de mama e ovário é consequência de variantes patogênicas germinativas em genes de alta e moderada penetrância, e o diagnóstico molecular é fundamental para definir o manejo adequado dos pacientes e suas famílias. Variantes patogênicas nos genes BRCA1 e BRCA2 (BRCA) são a causa mais comum da síndrome de predisposição hereditária ao câncer de mama e ovário (HBOC), embora outros genes também possam estar envolvidos neste fenótipo. No Brasil, o acesso ao teste genético ainda é muito limitado, e o espectro mutacional de genes relacionados à HBOC é pouco conhecido. Assim, o objetivo deste trabalho foi caracterizar o perfil clínico, as alterações moleculares e somáticas em indivíduos com síndromes de predisposição hereditária ao câncer de mama e/ou ovário no Brasil. Inicialmente, avaliamos a utilidade clínica de um painel de baixo custo para genotipagem de variantes patogênicas hispânicas recorrentes em BRCA (HISPANEL), visando superar uma das principais limitações de acesso ao teste: o custo. Embora seja eficaz em outras populações da América Latina, o painel avaliado apresentou uma baixa capacidade de detecção na nossa população. Apesar de não ser efetivo em seu formato atual, o HISPANEL poderia ser customizado com as variantes patogênicas mais frequentes no Brasil. Assim, buscando identificar estas alterações e caracterizar o perfil mutacional de BRCA no Brasil, realizamos uma compilação de 649 mutações reportadas em 11 estados brasileiros. No entanto, os resultados deste trabalho mostraram que são poucas as mutações recorrentes e/ou fundadoras presentes na nossa população. Em um próximo passo, mostramos que a mutação fundadora portuguesa BRCA2 c.156_157insAlu está presente em 0,65% dos 1.380 probandos testados (com critérios HBOC) não sendo, portanto, tão frequente no Brasil quanto em Portugal. No entanto, ela é a terceira mutação mais frequente de BRCA2 na nossa população, e tem sido negligenciada no diagnóstico molecular de HBOC. Assim, estes dados ressaltam a importância de sua inclusão nos testes de rotina para este gene. Em um grupo de famílias HBOC do Rio Grande do Sul, caracterizamos o perfil e a prevalência de mutações em BRCA, e avaliamos a sensibilidade dos 12 critérios de testagem empregados atualmente. Ao todo, 19,1% de todos os 418 probandos com critérios HBOC apresentavam mutações em BRCA, enquanto 5,7% dos casos possuíam ao menos uma variante de significado incerto (VUS). Além disso, este trabalho demonstrou a importância do detalhamento da história familiar e revelou um subgrupo de critérios com maior chance de identificar uma mutação patogênica em BRCA. Em um contexto de recursos limitados, estes critérios podem ser utilizados como uma ferramenta para priorizar a testagem de indivíduos com maior risco. Através da análise dos dados de painéis multigênicos testados por sequenciamento de nova geração, avaliamos a contribuição de outros genes no fenótipo HBOC, além de BRCA. Entre os 358 probandos com critérios HBOC testados, 18,2% apresentavam uma variante patogênica em genes de alto e moderado risco, incluindo BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 e MUTYH. Embora essa abordagem apresente algumas desvantagens, como o alto número de VUS (identificadas em 35,5% dos probandos), a utilização de painéis multigênicos permite a identificação de mutações em genes não-BRCA, beneficiando assim um número maior de pacientes. O papel destes e outros genes, envolvidos no fenótipo HBOC através de sua atuação no reparo de quebras bifilamentares no DNA por recombinação homóloga, foi detalhado em um artigo de revisão. Finalmente, realizamos um estudo inédito com o objetivo de caracterizar o perfil de alterações somáticas de tumores de mama diagnosticados em pacientes com síndrome de Li-Fraumeni, isto é, portadores de mutações germinativas em TP53. Este trabalho mostrou que estes tumores apresentam poucas mutações recorrentes, e uma carga mutacional alta, em comparação com tumores de mama esporádicos. Além disso, os tumores de mama relacionados à mutações germinativas em TP53 possuem uma contribuição significativa da assinatura 3 (típica de tumores relacionados à perda de função em BRCA1 e BRCA2), além de assinaturas mutacionais nunca descritas em tumores de mama esporádicos. Juntos, esses resultados sugerem que tumores de mama de pacientes com mutações germinativas em TP53 podem ser deficientes na via de recombinação homóloga. / An important fraction of all breast and ovarian cancers can be attributed to germline mutations in high and moderate penetrance cancer genes, and the identification of such mutations is essential to define the management and genetic counseling of these patients and their families. Germline mutations in BRCA1 and BRCA2 (BRCA) are the most common cause of hereditary breast and ovarian cancer syndrome (HBOC), but mutations in other genes can also be associated with this phenotype. In Brazil, there is very limited access to genetic testing, and the mutational profile of HBOC-related genes is largely unknown. Thus, in this work we aimed to characterize the clinical profile, the germline and somatic mutations in individuals at-risk for hereditary breast and/or ovarian cancer predisposition in Brazil. We evaluate the clinical utility of a low-cost panel designed to genotype BRCA1 and BRCA2 recurrent Hispanic mutations (HISPANEL). Although this is a sensitive tool in other Latin-American populations, the HISPANEL had a low mutation detection-rate among our cohort, precluding its use as a screening tool in its current composition. This panel, however, could be customized to include recurrent Brazilian mutations which would likely increase its sensitivity. Thus, we next sought to identify recurrent and/or founder mutations, and characterized the mutational landscape of BRCA variants in Brazil. We compiled data from 649 BRCA mutations reported in patients from 11 Brazilian States, and these results showed a highly heterogeneous profile, and only few recurrent mutations. Next, we screened 1,380 HBOC probands for the Portuguese founder mutation BRCA2 c.156_157insAlu, and found a mutational prevalence of 0.65%, far less than observed in Portugal. Despite its overall low frequency, this is the third most frequent BRCA2 mutation in Brazil, and it has been neglected in the molecular testing of HBOC, since a specific protocol is required for its detection. This data highlights the importance of including specific testing for this mutation in routine HBOC testing in Brazil. The characterization of the BRCA molecular profile of probands from Southern Brazil showed a prevalence of pathogenic mutations variants of 14 uncertain significance (VUS) of 19.1% and 5.7% of 418 tested HBOC probands, respectively. We also characterize the clinical profile of this cohort, and the evaluation of international testing criteria revealed a set of high-sensitivity criteria, which enables the prioritization of high-risk individuals as a first step towards offering testing in a scenario of limited resources. Aiming to access the contribution of germline mutations in cancer predisposing genes to the HBOC phenotype, we evaluated multigene panel sequencing results from 358 probands. Among them, 18.2% carried a pathogenic germline mutation in high and moderate risk genes, including BRCA1, BRCA2, PALB2, TP53, ATM, CHEK2 and MUTYH. Although this approach has some caveats, such as the high number of VUS (reported in 35.5% of all probands), the use of multigene panels allows the identification of mutations in several non-BRCA genes, and may benefit a large number of patients. Finally, considering the paucity of information about breast cancers arising in carriers of TP53 germline mutations (i.e. Li-Fraumeni syndrome patients), we sought to define the repertoire of somatic genetic alterations and the mutational signatures underpinning these tumors. The analyses revealed that these breast tumors harbored only few recurrent mutations, and present an increased burden of somatic mutations and copy number alterations. Interestingly, most tumors had a significant contribution of Signature 3, and many had a high large-scale transitions score. Breast cancers from germline TP53 mutation carriers might have an impairment in the homologous recombination repair pathway.