A fragmentação e a invasão de florestas tropicais e a crescente concentração de assentamentos humanos aumentaram exponencialmente as chances de exposição a vírus emergentes e emergentes. Dado o grande potencial de espalhamento de patógenos em população humanas, a identificação e caracterização de agentes patogênicos circulantes podem melhorar a atenção primária e as capacidades de diagnóstico para um agente emergente futuro. As abordagens moleculares e metagenômicas que utilizam as tecnologias de sequenciação da próxima geração levaram a descoberta e caracterização de muitos vírus emergentes na última década. Além disso, as abordagens in silico também podem ajudar a identificar vírus emergentes usando apenas dados de sequenciamento publicamente disponíveis. Além disso, estimar a ascendência filogenética e até mesmo analisar as mudanças no uso de codons são ferramentas adicionais que podem melhorar a nossa compreensão de vírus emergentes ou reemergentes. Este projeto visou aplicar essas ferramentas em ambos os vírus que poderiam estar circulando no Brasil: Parvovírus B19 e vírus da Febre Amarela. Também exploramos as aplicações de modelos ocultos de Markov e índice de adaptação de codons usando dados publicamente disponíveis. Esperamos que este trabalho forneça uma prova de conceito para futuros projetos metagenômicos e demonstre a utilidade das várias técnicas moleculares e bioinformáticas no estudo de vírus emergentes. / Fragmentation and encroachment of tropical rainforests and the growing concentration of human settlements have exponentially increased chances of exposure to re-emerging and emerging viruses. Given the large potential for pathogens to spillover and spread in a population, identifying and characterizing circulating human pathogens could improve the readiness and diagnostic capabilities for a future emergence. Molecular and metagenomic approaches using next-generation sequencing technologies have led to the discovery and characterization of many emerging viruses over the last decade. In complement, in silico approaches can also help identify emerging viruses using only publicly available sequencing data. Moreover, estimating the phylogenetic ancestry and even analyzing changes in codon usage are additional tools that can improve our understanding of an emerging or re-emerging virus. This project aimed to apply these tools to two viruses that could be circulating in Brazil: Parvovirus B19 and Yellow Fever virus. We also explored the applications of Hidden Markov models and codon adaptation index using publicly available data. We expect this work to provide a proof-of-concept for future metagenomic projects, and demonstrate the utility for several molecular and bioinformatics techniques in the study of emerging viruses.

Introdução e Objetivo: No Brasil, procedimentos valvares representam no mínimo 30% das cirurgias cardíacas realizadas no país. Em nosso meio ainda predominam as lesões valvares decorrentes da febre reumática e doenças degenerativas. Nos pacientes reumáticos, a valva mitral é a mais acometida, predominando a estenose devido à fusão comissural e lesões no plano subvalvar; porém espessamento e retração de cúspides também são comuns, determinando dupla lesão ou insuficiência desta valva. Em processos degenerativos, as cordas tendíneas podem se apresentar alongadas. Na tentativa de utilização futura do laser como método auxiliar na correção cirúrgica dessas valvopatias, iniciamos estudo experimental com o objetivo de comparar histologicamente o tecido valvar mitral de suínos (cordas tendíneas e cúspides) submetido com e sem o laser de alta potência (LAP). Métodos: Foram estudadas cordas tendíneas e cúspides mitrais de suínos jovens e saudáveis, divididos em 6 grupos: G1-Aplicação do laser em cordas tendíneas com o tempo de 15 s; G2- Aplicação do laser em cordas tendíneas com o tempo de 20 s; G3- Aplicação do laser em cordas tendíneas com o tempo de 30 s; G4- Grupo controle relacionado a G1, G2 e G3; G5- Grupo cúspide submetido a corte com lâmina de bisturi; G6- Grupo cúspide submetido a corte com laser. As cordas tendíneas dos grupos G1, G2 e G3 receberam tratamento com laser de diodo (=980 nm, P=3,0 W) e o grupo G6 com laser de diodo em outros parâmetros (=980 nm, P=9,0 W, T=12s). Termografia e tomografia por coerência óptica foram utilizadas durante o experimento. Parte da amostra foi preservada em formaldeído e glutaraldeído para análise microscópica e a outra parte foi preservada em solução fisiológica 0,9% para análise mecânica. Resultados: Houve um decréscimo significante no comprimento das cordas tendíneas após aplicação do laser quando comparado ao comprimento inicial (p=0,005 em G1 e G2 e p=0,004 em G3). À microscopia óptica, G1, G2 e G3 apresentaram áreas hialinas ocupando quase a totalidade da espessura da corda, quando coradas pela Hematoxilina-Eosina (HE), áreas vermelho-escura na região central da corda quando coradas pelo Tricrômico de Masson e áreas com birrefringência diminuída quando coradas pelo Picrosírius vermelho. Na avaliação mecânica, os grupos lasers apresentaram diminuição da rigidez do material, assim como na força máxima durante a ruptura, entretanto o deslocamento foi maior em relação ao grupo controle (p=0,005). No G5, evidenciamos ausência de qualquer alteração histológica. No G6 foram identificadas áreas de menor birrefringência do colágeno quando corado pelo Picrosírius vermelho, áreas estas que apresentavam aspecto basofilico hialino no HE e coloração vermelho-escura ao Tricrômico de Masson. Conclusão: As cordas tendíneas de valvas mitrais de suínos submetidas ao laser de alta potência apresentaram redução do seu comprimento final, diminuição na birrefringência e alteração na distribuição dos feixes de colágeno. Além disso, apresentaram queda da rigidez, maior fragilidade de rotura e maior deslocamento ao teste de tração mecânica quando comparada ao grupo controle. Com relação às cúspides, os danos térmicos encontrados no grupo corte com laser de alta potência foram maiores do que em relação ao bisturi de lâmina, quando evidenciados pela microscopia óptica / Introduction and Objective: In Brazil, valvar procedures represent at least 30% of cardiac surgeries performed in the country. It still predominate valvar lesions resulting from rheumatic fever and degenerative diseases. In rheumatic patients, the mitral valve is the most affected, predominantly stenosis due to commissural fusion and lesions in the subvalvar plane, however, thickening and retraction of the leaflets are also common, causing double lesion or mitral insufficiency. In degenerative process, the chordae tendineae may present elongated. In an attempt to further use of the laser as an auxiliary method in the surgical correction of valvar heart disease, we started experimental study with the purpose of comparing the histological swine tissue mitral valve (chordae tendineae and cusps) with and without high-power laser (HPL) application. Methods: Normal porcine mitral valve chordae and cups were studied and divided randomly into the following 6 groups: G1- Laser in the chordae tendineae with time of 15s; G2- Laser in the chordae tendineae with time of 20s; G3- Laser in the chordae tendineae with time of 30s; G4- Control Group; G5- Cusp group cut with a scalpel blade; G6- Cusp group cut with laser. Chordae tendineae from G1, G2 e G3 received diode laser (=980 nm, P=3,0 W) and G6 diode laser with other parameters (=980 nm, P=9,0 W, T=12s). Termography and optical coherence tomography were included during the procedure. Part of the sample was preserved in formaldehyde and glutaraldehyde for microscopic analysis and another part was stored in 0.9% saline for mechanical analysis. Results: There was a significant decrease in chordae length after laser application when compared to the initial length (p=0,005 to G1 and G2; p=0,004 to G3). In laser groups, histological analysis revealed a typical hyaline areas occupying almost the entire thickness of the chordae, when stained with Hematoxylin-Eosin (HE); dark red central areas when stained with Masson Trichrome and a birefringence decrease when stained with Picrocirius red. In mechanical analysis, we found lower stiffness, maximum rupture force decrease and larger displacement compared with the Control Group (p=0,005). In G5, was evidenced absence of any histological abnormality and a homogeneous blue appearance, typical of the cusp. However in G6, a basophilic hyaline aspect was found focally when stained with HE, dark red areas when stained with Masson Trichrome and a birefringence decrease when stained with Picrocirius Red. Conclusion: Chordae tendineae of normal porcine submitted to a high-power laser presented with reduced length, birefringence decrease and the collagen bundles organized into different orientations. Besides, presented lower stiffness, maximum rupture force decrease and larger displacement compared with the control group. Regarding cups, thermal changes were bigger in the cusp group cut with laser compared cusp group cut with scalpel blade, observed by optical microscopy

Submitted by admin tede (tede@pucgoias.edu.br) on 2017-04-27T14:37:47Z No. of bitstreams: 1 ROSEMARY DE CARVALHO ROCHA KOGA.pdf: 1840064 bytes, checksum: 5be7272271d61789b6dc93e32af0b7a3 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-27T14:37:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 ROSEMARY DE CARVALHO ROCHA KOGA.pdf: 1840064 bytes, checksum: 5be7272271d61789b6dc93e32af0b7a3 (MD5) Previous issue date: 2017-03-15 / Introduction: Chikungunya fever (FCHIK) is a disease of abrupt onset, transmitted by arthropod mosquitoes intermediate hosts of the Chikungunya virus (CHIKV). The illness has a significant impact on the quality of life of the affected person. Since a disease causes intense and prolonged symptoms of polyarthralgia and myalgia, it requires health care, during a recovery, more than other arboviruses. The objective of this study was to study clinicians and clinicians suggestive of FCHIK, residing in the States of Amapá and Goiás, aiming to correlate the results of laboratory tests with the presented symptomatology. Materials and methods: The study was carried out at the Center for Immunological Studies and Research of the Pontifical Catholic University of Goiás, Goiânia, and in Emergency Care Units in the cities of Macapá, Oiapoque and Santana-AP. The study population consisted of 80 individuals with suspected FCHIK and for investigators of inflammatory markers, the control group consisted of 20 blood samples from healthy donors from Goiana Central de Serologia e Imunohematologia. Viral RNA extraction was performed, followed by RNA detection by Real-Time Polymerase Chain Reaction. In addition to ELISA for detection of IgM and IgG against Chikungunya virus. Participants symptoms were correlated with serology and Creactive protein (CRP), which was evaluated in healthy subjects and in people with FCHIK. Results: No data presented for detection of viral RNA by RT-qPCR for CHIKV, but three samples were positive in this technique for zika virus and one for dengue subtype 1 (DENV1). In an enzyme-linked immunosorbent assay, 26 samples were positive for IgG and 3 for IgM. Regarding the stage of the disease, 10 were in the acute phase, 04 in the subacute phase and 12 in the chronic phase. Correlated the results of the serology with a symptomatology it was observed that the acute phase, all have fever, 90% headache, 70% arthralgia and 60% edema. (100%), myalgia and edema (75%). (100%), arthralgia (92%) and myalgia (75%). When comparing participants with negative serology, n = 54, the most prevalent symptoms were rash, headache, fever, and arthralgia. The CRP levels in individuals infected with more than four symptoms were higher when compared with healthy individuals. Conclusion: The study focused on people with a clinical picture characteristic of FCHIK. The most common symptom in the three phases presented for arthralgia, followed by edema and myalgia, a fever was frequent only in the acute phase. All participants were negative in the evaluation of viral RNA by RT-qPCR for CHIKV, for the virus has a short duration in the body, and this methodology is limited to the time of symptom onset and sample collection, DENV and ZIKV. IG G. Those with negative serology for CHIKV, despite taking into account the joints, symptoms common to other arboviruses. CRP levels have been shown to be high relative to healthy subjects. / Introdução: A Febre Chikungunya (FCHIK) é uma doença de início abrupto, transmitida por mosquitos artrópodes hospedeiros intermediários do vírus Chikungunya (CHIKV). A enfermidade representa um significativo impacto na qualidade de vida da pessoa afetada. Uma vez que a doença causa sintomas intensos e prolongados de poliartralgia e mialgia, requerendo atenção de saúde, durante a recuperação, mais do que outras arboviroses. Objetivou-se estudar aspectos clínicos e sorológicos de indivíduos apresentando quadro clínico sugestivo de FCHIK, residentes nos Estados de Amapá e Goiás, visando correlacionar os resultados de testes laboratoriais com a sintomatologia apresentada. Materiais e métodos: O estudo foi realizado no Núcleo de Estudos e Pesquisa Imunológica da Pontifícia Universidade Católica de Goiás, em Goiânia, e em Unidades de Pronto Atendimento de Saúde das cidades de Macapá, Oiapoque e Santana-AP. A população de estudo foi constituída de 80 indivíduos com suspeita de FCHIK e para comparar os marcadores inflamatórios, o grupo controle foi constituído de 20 amostras de sangue de doadores saudáveis da Central Goiana de Sorologia e Imunohematologia. Foi realizada a extração do RNA viral, seguido de detecção do RNA por meio de Reação em Cadeia de Polimerase em Tempo Real. Além de ELISA para detecção de IgM e IgG específicos para o CHIKV. Os sintomas dos participantes foram correlacionados com o resultado da sorologia e da proteína C reativa (PCR), que foi avaliada em indivíduos saudáveis e em pessoas com FCHIK. Resultados: Nenhuma amostra apresentou limiar de detecção do RNA viral por RT-qPCR para CHIKV, porém três amostras foram positivas nessa técnica para vírus zika (ZIKV) e uma para dengue subtipo 1 (DENV1). Em ensaio imunoenzimático, 26 amostras foram positivas para IgG e 3 dessas para IgM. Em relação ao estágio da doença, 10 encontravam-se em fase aguda, 04 em fase subaguda e 12 em fase crônica. Correlacionados os resultados da sorologia com a sintomatologia observou-se que os de fase aguda, todos tiveram febre, 90% cefaleia, 70% artralgia e 60% edema. Enquanto que, os de fase subaguda tiveram: artralgia e cefaleia (100%), mialgia e edema (75%). Os de fase crônica tiveram edema (100%), artralgia (92%) e mialgia (75%). Quando comparados os participantes com sorologia negativa, n=54, os sintomas mais apresentados foram exantema, cefaleia, febre e artralgia. Os níveis de PCR nos indivíduos infectados e que apresentavam mais de quatro sintomas foram maiores quando comparados com indivíduos saudáveis. Conclusão: O estudo focou em pessoas com quadro clínico característico para FCHIK. O sintoma mais comum nas três fases apresentadas foi a artralgia, seguido de edema e mialgia, a febre foi frequente somente na fase aguda. Todos os participantes foram negativos na avaliação do RNA viral por RT-qPCR para CHIKV, pois o vírus tem uma curta duração no organismo, e esta metodologia é limitada ao tempo de início dos sintomas e coleta de amostra, ainda assim foi encontrado RNA viral do DENV e ZIKV. Alguns participantes foram positivos para sorologia IgG. Aqueles com sorologia negativa para CHIKV, apesar de terem dor nas articulações, tinham sintomas comuns a outras arboviroses. Os níveis de PCR demonstraram-se elevados em relação aos indivíduos saudáveis.

Made available in DSpace on 2015-03-04T18:50:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 TeseRubem.pdf: 3958802 bytes, checksum: 559985052b43efb925ede65de47826ff (MD5) Previous issue date: 2011-08-26 / This thesis aims at presenting a systematic study of resolution of two-dimensional problems of electromagnetic wave scattering, by conducting and homogeneous or non-homogeneous dielectric media, involving singular sources, large wavenumbers and absorbing boundary conditions, governed by the scalar Helmholtz equation. The resolution of this class of problems through the Finite Element Method, raises several orders of difficulty. The first one comes from the presence of singular sources, having been overcome by adopting a technique of singularity removal. Another one is related to the undefined character of the Helmholtz operator for large wavenumbers, which results in the so-called pollution error of the approximated solution. This error is minimized through a new formulation of Petrov-Galerkin, using quasi optimal weighting functions, called Quasi Optimal Petrov-Galerkin (QOPG) method. The QOPG method, originally developed for homogeneous media, is extended to treating problems with non-homogeneous media as well. Finally, the effects of Bayliss-Turkel absorbing boundary conditions on the quality of the numerical solutions is also evaluated. / Esta tese tem por objetivo apresentar um estudo sistemático da resolução,em duas dimensões espaciais, de problemas de espalhamento de ondas eletromagnéticas por meios condutores e meios dielétricos homogêneos e heterogêneos, envolvendo fontes singulares, números de onda elevados e condições de contorno absorventes, modelados pela equação de Helmholtz. A resolução dessa classe de problemas pelo Método dos Elementos Finitos apresenta dificuldades de várias ordens. A primeira decorre da presença de fontes singulares, tendo sido superada pela adoção de uma técnica de remoção de singularidades. Uma outra decorre do caráter indefinido do operador de Helmholtz para números de onda elevados, o que resulta em um erro de aproximação denominado erro de poluição. A minimização desse erro foi obtida utilizando-se a nova formulação de Petrov-Galerkin, com funções peso quase ótimas, denominada método Quasi Optimal Petrov-Galerkin (QOPG). O método QOPG, originalmente desenvolvido para meios homogêneos, foi adaptado para tratar problemas em meios heterogêneos. Finalmente, consideram-se os efeitos das condições de contorno absorventes de Bayliss-Turkel sobre a qualidade das soluções obtidas.

A febre reumática é uma das sequelas da infecção causada por Streptococcus pyogenes, afetando notadamente crianças e jovens, com altas taxas de morbidade e mortalidade em várias regiões do mundo, incluindo Brasil. Perfis imunoquímicos desenvolvidos por antígenos celulares e extracelulares desta bactéria e isotipos de anticorpos presentes em pacientes com febre reumática foram averiguados, em virtude da escassez de informação a este respeito na literatura. Na primeira fase do trabalho, as condições para o preparo de antígenos, bem como de técnicas, em especial a técnica super-micro de neutralização de anticorpos (Ac) anti-estreptolisina O (ASLO) foram padronizadas. Na segunda etapa, foram identificadas as bandas de antígenos celulares e extracelulares reconhecidas por 56 soros de pacientes com febre reumática (Grupo A), 91 soros de indivídos sem diagnóstico de sequelas não-supurativas da infecção, mas com títulos baixos, médios e altos de Ac ASLO (Grupo B), e 41 soros de crianças sem infecção (Grupo C). Em pacientes com febre reumática, Acs IgG e IgA foram detectados, mas Acs IgM não foram encontrados. Anticorpos IgG de pacientes do grupo A reconheceram um total de 30 bandas do antígeno celular, sendo específicas 18 (14, 17, 19,22,23,28,29,32,36, 73, 83, 102, 104, 108, 11 0, 116, 118 e 125 kDa). O resto das 12 bandas foram consideradas não específicas por serem reconhecidas por soros do grupo C. Um total de 19 bandas do antígeno extracelular foi reconhecido por Acs IgG do grupo A, sendo apenas 3 bandas (40, 46, 125 kDa) específicas. No grupo C, Acs IgA não foram detectados. Um total de 14 bandas (23, 30, 38, 42, 43, 46, 48, 54, 57, 60, 67, 73, 78 e 116 kDa) do antígeno celular foram identificadas por Acs IgA do grupo A. No antígeno extracelular, 8 bandas (38, 48, 54, 60, 67,\" 73, 78 e 95 kDa) foram reconhecidas por Acs IgA do mesmo grupo. Critério adotado de combinar dados imunoquímicos ou seja, bandas iguais ou maiores que 102 kDa e/ou bandas iguais ou menores que 29 kDa do antígeno celular de S. pyogenes, acrescido da presença de Acs IgA, possibilitaram a discriminação de pacientes com febre reumática e de não infectados, fornecendo máxima sensibilidade, especificidade, eficiência, bem como de valores preditivos de resultados positivo e negativo. Ademais, os achados de Acs IgG contra banda de 28 kDa que está relacionada a antígeno do tecido cardíaco, um dos 6 perfís imunoquímicos fornecidos por antígeno celular e Acs IgG do presente estudo, e a presença de Acs IgA parecem constituir sinais precoces associados à patogênese da febre reumática. Desta forma no grupo B, 9 pacientes revelaram a banda de 23 kDa do antígeno celular, destes 7 apresentaram perfis compatíveis com os do grupo A, sendo que apenas 1 deles não apresentou Acs IgA. Os dados sugerem que estes pacientes tendem a evoluir para a forma sintomática da febre reumática, requerendo acompanhamento clínico e laboratorial cuidadoso. / The rheumatic fever is one of the sequelae from the Streptococcus pyogenes infection, affecting manly children and young persons, with high rates of morbidity and mortality in many regions of the world. Immunological profiles developed by cellular and extracellular antigens from this bacterium and antibody isotypes found in the patients with rheumatic fever were investigated, due to the scarcity of information about this aspect in the literature. In the first step of this work, conditions to prepare antigens, as well as of techniques, in particular the super-micro technique for the neutralization of antistreptolysin O (ASLO) antibodies (Abs), were standardized. In the second step, bands of cellular and extracellular antigens recognized by 56 serum sera from patients with rheumatic fever (Grupo A), 91 sera from individuals with no diagnosis of supurative sequelae from the infection, but with low, moderate and high ASLO titers (Group B), and 41 sera from children with no infection (Group C) were identified. In patients with rheumatic fever, IgG and IgA antibodies were found, but IgM antibodies were absent. IgG antibodies from rheumatic fever patients recognized 30 bands of the cellular antigens, of these 18 were specific (14,17,19,22,23,28,29,32,36,73,83,102, 104, 108, 110, 116, 118 e 125 kDa). The remaing 12 bands were considered nonspecific because they were recognized by sera from the group C. A total of 19 bands of the extracellular antigen were recognized by IgG Abs from the group A and 3 of these (40, 46 and 125 kDa) were specific. In the group C, no IgA Abs were detected. A total of 14 specific bands (23, 30, 38, 42, 43, 46, 48, 54, 57, 60, 67, 73, 78 and 116 kDa) of the cellular antigen were identified by IgA Abs from the group A. The extracellular antigen had 8 bands (38, 48, 54, 60, 67, 73, 78 and 95 kDa) recognized by IgA Abs from the same group. A criterion adopted of combining immunchemical data, i.e. bands equal or higher than 102 kDa and/or bands equal or lower than 29 kDa of the cellular antigen of S. pyogenes plus the IgA Ab finding, allowed to discriminate rheumatic fever from noninfected individuals, providing maximum sensitivity, specificity, efficiency as well as predictives of positive and negative results. Moreover, the findings of IgG Abs to 23 kDa of the cellular antigen which is associated to the heart tissue antigen, one of those 6 immunochemical profiles provided by cellular antigen and IgG Abs from this study, and the presence of IgA Abs seem to constitute early immunologic signals related to the pathogenesis of the rhematic fever. Thus in the group B, 9 patients revealed a 23 kDa band of cellular antigen, 7 of these showed immunochemical profiIes consistent with those from the group A, and lacking IgA Abs in onIy one of them. The data suggest these patients are prone to deveIop rheumatic fever, requiring a close clinical and laboratory follow-up.

Neste trabalho foi feito uma investigação sorológica em moradores na região amazônica e moradores rurais do sudeste brasileiro, através do teste de inibição da hemaglutinação (HI) para a cepa vacinal da Febre Amarela mais 17 sorotipos diferentes de arbovírus, sendo quatro do gênero Alphavirus (ALP), nove do gênero Flavivirus (FLA) e cinco do gênero Orthobunyavirus (ORT), para verificar qual desses vírus estão circulando nessas regiões. Os resultados do HI foram divididos em quatro áreas: na cidade Machadinho dOeste (Rondônia) (N=285) tivemos para ALP=50 (17,54%), FLA=270 (94,74%), ORT=58 (20,35%) e negativos (NEG)=12 (4,20%). Nas pessoas que moram ao longo do Rio Machado (Rondônia) (N=343) tivemos ALP=99 (28,86%), FLA=229 (66,76%), ORT=41 (11,95%) e NEG=93 (27,10%). Na cidade Teodoro Sampaio (São Paulo) (N=78) tivemos FLA=55 (70,51%) e NEG=23 (29,5%). Na cidade Jacupiranga (São Paulo) (N=149) tivemos ALP=7 (4,7%), FLA=50 (33,56%), ORT=20 (13,42%) e NEG=84 (56,4%). Concluímos que os resultados obtidos sugerem a circulação desses vírus nas regiões estudadas. / In this work we performed a serological investigation in residents of Amazon region and country people who lives in Southeastern of Brazil, by hemagglutination inhibition (HI) for Yellow fever vaccine and 17 different serotype of arboviruses: four from the genus Alphavirus (ALP), nine from the genus Flavivirus (FLA), and five from the genus Orthobunyavirus (ORT), to try to ascertain which of these arboviruses are circulating in these areas. The results of HI were divided into four areas: In Machadinho dOeste city (Rondônia) (N=285) we had to ALP=50 (17,54%), FLA=270 (94,74%), ORT=58 (20,35%) and negatives (NEG)=12 (4,20%). In people who live along the Machado River (Rondônia) (N=343) we had to ALP=99 (28,86%), FLA=229 (66,76%), ORT=41 (11,95%) and NEG=93 (27,10%). In Teodoro Sampaio City (São Paulo) (N=78) we had to FLA=55 (70,51%) and NEG=23 (29,5%). In Jacupiranga City (São Paulo) (N=149) we had to ALP=7 (4,70%), FLA=50 (33,56%), ORT=20 (13,42%) and NEG=84 (56,4%). In conclusion, the obtained data suggest the circulation of these viruses in these regions.

Made available in DSpace on 2016-01-26T12:51:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 mariacarolinaferrerisarkismadrid_dissert.pdf: 2834086 bytes, checksum: 6c83e7649397cb555812544b997d81d3 (MD5) Previous issue date: 2007-12-04 / Yellow fever is an infectious disease caused by the yellow fever virus (YFV), a Flavivirus transmitted to humans by Aedes aegypti mosquitoes. Despite the existence of the yellow fever vaccine, the disease is endemic in South America and Africa, causing public health problems such as dispersed outbreaks, epidemics with variable impact and the risk of re-emergency of the urban cycle due to the occurrence of sylvatic disease. Aim. The knowledge of the components of YFV replication complex is still incipient but it is known that there are interactions among viral RNA, viral proteins and host proteins and, due to evidences of the existence of protein-protein interactions related to the NS5 protein of other Flavivirus, the target of our study was YFV NS5 protein. Once protein-protein interactions present basic importance for the activation, the regulation and the control of diverse biologic functions related to these interactions, the identification and the characterization of them are essential for a better comprehension of the pathogenesis and for the rational design of drugs for YFV. Material and Method. The YFV NS5 gene was divided in its two domains, which were independently cloned in a GAL4 DNA-BD plasmid, generating the methyltransferase (MT) and RNA polymerase (RNApol) baits. A two-hybrid system screening in Saccharomyces cerevisiae AH109 strain was performed utilizing RNApol bait and cDNA library of Hela cells, which was cloned in a GAL4 AD plasmid. MT bait showed to be toxic for the yeast. Results. All 204 obtained transformants were tested for activation of reporter genes HIS3, ADE2 and lacZ from AH109 and only 35 samples indicated positivity to, at least, two of the reporter genes assessed. Thirty three distinct cellular protein partners of the RNApol NS5 were identified after the sequencing of the clones and the comparison of its sequences with GenBank. Proteins Snf5, p54NRB, HMG20B, U1A, eIF3S6IP, GIPC PDZ and MIF were chosen for next experiments. A plasmid linkage with these proteins was performed to exclude the possibility of false-positive clones and to confirm the protein-protein interactions identified in the initial screening. RNApol regions responsible for the Snf5 and eIF3S6IP interactions were mapped and a region of approximately 80 aminoacids was identified as the minimum domain requested for the interactions, called fragment A. Conclusion. The prominence of this YFV fragment as a determinant of protein interactions became more evident when its sequence was compared to the sequences of other Flavivirus, signalizing a homology from aminoacid 20 to 80, demonstrating that this fragment is a conserved region. Moreover, the production of a similarity model of RNA polymerase domain of YFV NS5 protein, using the known DENV NS5 protein structure, showed that the region of interaction is exposed and potentially capable of forming interactions. / A febre amarela é uma doença infecciosa causada pelo vírus da febre amarela (yellow fever virus YFV), um Flavivirus transmitido ao homem pela picada do mosquito Aedes aegypti. Mesmo com a existência de uma vacina anti-amarílica, a enfermidade conserva-se endêmica na América do Sul e na África, gerando problemas de saúde pública que incluem surtos isolados, epidemias de impactos variáveis e, principalmente, o risco da possível re-emergência da sua forma urbana a partir da ocorrência de surtos silvestres. Objetivo. Embora sejam mínimas as informações sobre os componentes do complexo de replicação do YFV, sabe-se que nele estão envolvidas interações entre o RNA viral, proteínas virais e proteínas do hospedeiro e, devido às evidências de interações proteína-proteína relacionadas à proteína NS5 de outros Flavivirus, o alvo principal do nosso trabalho foi NS5 do YFV. Como interações protéicas são de fundamental importância para ativação, regulação e controle de diversas funções biológicas a elas relacionadas fica evidente a relevância da identificação e caracterização das interações participantes desse processo para uma melhor compreensão da patogênese e para o desenho racional de drogas contra a febre amarela. Material e Método. O gene NS5 de YFV foi dividido em seus dois domínios, os quais foram clonados independentemente no plasmídeo com DNA-BD de GAL4, gerando as iscas metiltransferase e RNA polimerase. Em seguida, foi realizado um screening em sistema duplo-híbrido com a isca RNApol contra biblioteca de cDNA de células Hela clonada em vetor com AD de GAL4, uma vez que MT mostrou-se tóxica para a levedura hospedeira do experimento Saccharomyces cerevisiae, linhagem AH109. Resultados. Os 204 transformantes obtidos foram testados quanto à capacidade de ativação dos genes repórteres HIS3, ADE2 e lacZ de AH109 quando, então, apenas 35 amostras mostraram-se positivas para pelo menos dois dos repórteres testados. Após o seqüenciamento nucleotídico desses clones e comparação das seqüências com o GenBank, os resultados indicaram seqüências nucleotídicas codificadoras para 33 proteínas celulares diferentes como parceiras interativas de RNApol NS5, dentre as quais foram eleitas as proteínas Snf5, p54NRB, HMG20B, U1A, eIF3S6IP, GIPC PDZ e MIF para o prosseguimento dos experimentos. Para excluir a possibilidade de pertencerem a uma classe de clones falso-positivos e confirmar as interações proteína-proteína identificadas na triagem inicial, foi efetuado o plasmid linkage. Após tal confirmação, foram mapeadas as regiões em RNApol responsáveis pelas interações com Snf5 e eIF3S6IP, tendo sido descoberta uma mesma região de aproximadamente 80 resíduos aminoácidos como o domínio mínimo requerido para tais interações, a qual foi denominada fragmento A. Conclusões. A relevância do fragmento A de YFV como determinante das interações protéicas tornou-se mais evidente quando sua seqüência foi comparada à de outros Flavivirus, mostrando a presença de uma homologia principalmente entre os aminoácidos 20 a 80, demonstrando que esse fragmento se comporta como uma região conservada entre os Flavivirus considerados. Além disso, a geração de um modelo de similaridade do domínio RNA polimerase da proteína NS5 de YFV, a partir de NS5 de DENV, demonstrou que a região de interação está exposta ao solvente, sendo, portanto, potencialmente capaz de formar interações.

A Febre Maculosa Brasileira (FMB) é uma doença aguda, transmitida por carrapatos, com curso variável, que pode ocorrer com formas leves e atípicas, até formas graves, com alta taxa de letalidade. A dificuldade no diagnóstico oportuno por deficiência no envolvimento dos profissionais de saúde e ausência de esclarecimentos da população, em áreas de transmissão, é uma das causas desta alta letalidade. Este estudo foi desenvolvido em uma Unidade Básica de Saúde (UBS) situada em área de relevância epidemiológica para FMB, com incidências recorrentes de casos e óbitos no município de São Bernardo do Campo na Região Metropolitana de São Paulo. O objetivo principal do estudo foi implantar e analisar uma proposta de intervenção educativa participativa em saúde e ambiente envolvendo a equipe de agentes comunitários de saúde com a temática de vigilância da FMB em uma área de transmissão visando a produção de novos saberes para o enfrentamento da doença na região. O método de pesquisa qualitativa utilizado seguiu a linha da pesquisa participante, a pesquisa-ação, com uso de instrumentos como entrevistas, rodas de conversa, oficinas de planejamento, mapas falantes, painéis, fotos, filmagens e observação participante. O processo saúde doença da FMB na região serviu de tema norteador além de outros como educação em saúde e ambiente, e o planejamento educativo. O processo de aprendizagem vivenciado pelos profissionais de saúde foi avaliado positivamente, demonstrando que houve sensibilização, diálogo, reflexão e decisão conjunta nos vários momentos proporcionados pelas oficinas pedagógicas. As atividades realizadas promoveram oportunidades para os agentes conduzirem e organizarem suas próprias tarefas e os momentos de planejamento das ações foram relevantes, e inovadores; além de outras demonstrações de envolvimento como a recomendação de ampliação para outros temas e para outras localidades, evidenciando satisfação e acolhimento da proposta, embora também aponte para a preocupação com a temática na região e a necessidade em ampliar as discussões. A pesquisa participante mostrou-se extremamente adequada para a interação do grupo estimulando o interesse por buscar soluções aos problemas levantados gerando nos profissionais um sentimento de empoderamento. Estes resultados indicam que estas metodologias podem ser incorporadas aos programas de vigilância de outras doenças com o objetivo de melhorar o envolvimento dos agentes comunitários de saúde nos planos de ações educativas nas localidades onde atuam. / Brazilian Spotted Fever (BSF) is an acute disease, transmitted by ticks, with a variable course, which can occur with mild and atypical forms, to severe forms, with a high lethality rate. The difficulty in the opportune diagnosis due to the deficiency in involvement of health professionals and the lack of clarification of the population in transmission areas is one of the causes of this high lethality. This study was developed in a Basic Health Unit located in an area of epidemiological relevance for FMB, with recurrent incidence of cases and deaths in the municipality of São Bernardo do Campo in the Metropolitan Region of São Paulo. The main objective of the study was to establish and analyze a proposal for participatory educational intervention in health and environment involving the team of community health professionals with the theme of FMB surveillance in a transmission area aiming at the production of new knowledge for coping with the disease in the region. The qualitative research method used was participatory research or action research, with use of planning workshops, wheels of conversation, interviews, talking maps, panels, photos, filming and participant observation. The disease health process of the BSF in the region served as a guiding theme besides others such as education in health and environment, and educational planning. The learning process experienced by health professionals was evaluated positively, demonstrating that there was awareness, dialogue, reflection and joint decision in the various moments provided by the pedagogical workshops. The activities carried out provided opportunities for the agents to conduct and organize their own tasks and the moments of action planning were relevant and innovative; as well as other demonstrations of involvement such as the recommendation for extension to other themes and other locations, showing satisfaction and acceptance of the proposal, although it also points to the concern with the theme in the region and the need to broaden the discussions. The participant research method proved to be extremely suitable for the group\'s interaction, stimulating interest in seeking solutions to the problems raised, generating a feeling of empowerment for these professionals. These results indicate that these methodologies can be incorporated into surveillance programs for other diseases with the aim of improving the involvement of community health professionals in educational plans in the places where they operate.

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No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_FebreTifoideExperiencia.pdf: 1402656 bytes, checksum: 7a17b4a720b4331aeaeaa8105af844d0 (MD5) Previous issue date: 2005 / A febre tifóide é doença infecciosa de distribuição mundial e, estando estreitamente relacionada com baixos níveis sócio-econômicos, ocorre com maior freqüência nos países em desenvolvimento. Neste trabalho é apresentada a experiência do Instituto Evandro Chagas (IEe) com essa doença desde 1987 até 2004, período no qual se construiu uma casuística de 443 casos, todos diagnosticados por meio do isolamento da Salmonella Typhi no sangue e/ou nas fezes, sendo alguns deles complementados com a reação soro lógica de Widal. Os casos foram procedentes de Belém e do interior do Estado, ora encaminhados ao IEC pelas respectivas unidades do Sistema Único de Saúde para esclarecimento diagnóstico de síndrome febril, a maioria de curso prolongado, aqui designados como "demanda espontânea", ora detectados por ocasião da investigação de surtos ocorridos em localidades do interior. Discutiram-se aspectos relacionados à apresentação clínica, com ênfase às manifestações atípicas; à distribuição por gênero e faixa etária; à sazonalidade; e à distribuição por área de procedência, identificando-se os municípios de maior prevalência, e a distribuição por bairros, em relação aos casos procedentes de Belém. Foram discutidos, também, aspectos relacionados ao diagnóstico laboratorial com ênfase à aplicação dos métodos de cultivo (coprocultura e hemocultura) comparando o rendimento delas em relação ao tempo de doença e a relação dessas provas com a reação de Widal, comparando o valor desta como método auxiliar ou complementar no diagnóstico da doença. As análises estatísticas foram realizadas por meio do programa Bio Estat versão 3.0, aplicando-se o teste do qui-quadrado e teste "G" e a significância estatística foi aceita ao nível de 95%. Os resultados nos permitiram tirar as seguintes conclusões: 1) em situações de normalidade epidemiológica a febre tifóide acomete mais a faixa etária do adulto jovem, enquanto que, nas situações epidêmicas, a faixa etária mais atingida é a infantil; 2) existem homogeneidade entre as amostras provenientes dos casos de surtos e da demanda espontânea quanto à distribuição dos gêneros, sendo que o masculino está mais exposta à febre tifóide; 3) no interior do Estado a doença se mostrou mais freqüente nas regiões onde se concentra maior número de populações ribeirinhas e, em relação à capital, ela mostra a maior prevalência no bairro do Jurunas; 4) a enfermidade tem um perfil sazonal, que mostra a maior ocorrência na segunda metade do ano, favorecida provavelmente por fatores geo-climáticos e culturais; 5) a febre tifóide constitui sério problema de saúde pública no Estado do Pará, confirmando sua estreita relação com os elevados níveis de pobreza; 6) a fórmula leucocitária revelou padrão normal ou leucocitose em maior percentual em relação à leucopenia; 7) na abordagem laboratorial não se deve prescindir dos ensaios que visam ao isolamento em detrimento do teste sorológico, e a coprocultura e a hemocultura devem ser solicitadas em todos os casos sem se levar em conta o tempo de evolução do quadro clínico; 8) em nossa região, nas áreas onde não há disponibilidade das provas de cultivo a reação de Widal pode ser uma alternativa de valor diagnóstico; 9) é enfermidade de curso clínico prolongado e com manifestações clínicas atípicas (pneumonias e hepatite colestática) cujos sinais/sintomas, quando presentes, devem suscitar a suspeita por parte do investigador; 10) nas regiões de elevada endemicidade, a febre tifóide pode causar um impacto negativo na economia tanto pelos custos gerados com exames laboratoriais, tratamento, hospitalizações e eventuais intervenções cirúrgicas, como por afastar o trabalhador do seu posto de trabalho por um período de tempo prolongado. / Typhoid fever is an infection disease of world occurrence, but as it is strictly related with low socioeconomic levels it occurs most frequently in developing countries. In this work we present the experience of Instituto Evandro Chagas (IEC) with that disease since 1987 up to 2004, period in which a number of 443 cases was accumulated, all diagnosed by Salmonella Typhi’s isolation from blood or feces, being some of them complemented with Widal serologic reaction. The case were proceeding from Belém and the municipal districts of Pará state conduced to IEC by the respective Units from Health System for etiologic diagnosis of fever syndrome, most of them of persistent course, here designated as “spontaneous” demand, at that time detected during outbreak investigations occurred in the municipal districts. We discussed aspects related to the clinical presentation, with emphasis to the atypical manifestations, the distribution according to sex and age group, the seasoning, the distribution by origin area, identifying the municipal districts of larger prevalence, and the distribution by districts, in relation to the cases coming from Belém. We also discussed aspects related to the laboratorial diagnosis emphasizing the application of the cultivation methods (coproculture and hemoculture) comparing their performance concerning the time of disease and the relationship of those tests with Widal reaction, by measuring the value of these as auxiliary or complementary method in the diagnosis of the disease. Clinical, epidemiological and laboratorial analyses were made, using Bio Estat version 3.0 program by applying qui-square and G test and the statistic significance was accepted at 95% level. The results allowed us to have the following conclusions: 1) in situations of epidemic normality the typhoid fever affects more the young adult group, while, in the epidemic situations, the affected age group is the infantile; 2) there is homogeneity among the samples from cases of outbreaks and the spontaneous demand according to the gender distribution, but males are more exposed to typhoid fever; 3) in municipal districts of the State the disease was shown to be more frequent in the areas where it concentrates larger number of populations who live near rivers and, in relation to the capital, it showed larger prevalence in jurunas district; 4) the illness has a seasonal profile, which shows the largest occurrence in the second half of the year, probably favored by geo-climatic and cultural factors; 5) the typhoid fever constitutes serious problem of public health en the State do Pará, confirming its narrow relationship with the high poverty levels; 6) the leukocytic formula revealed normal pattern or leucocytosis compared to leucopenia; 7) in the laboratorial approach it should not dispense the assays that seek to the isolation in detriment of the serological test, and the coproculture and the hemoculture should be requested in all the cases without considering the time of evolution of the clinical situation; 8) in our area, where there is not availability of cultivation tests, Widal reaction can be an alternative of value diagnosis; 9) it is illness of persistent clinical course and with atypical clinical manifestations (pneumonias and cholestatic hepatitis) whose sings/symptoms, when presented, should raise the suspicion by the investigator; 10) in the areas high endemicity, the typhoid fever can cause a negative impact in the economy not only for the costs generated with laboratorial exams, treatment, hospitalizations and eventual surgical interventions, but also because it can let the worker to be away from work for a prolonged period of time.

Submitted by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2013-09-05T15:11:39Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EcologiaCulicideosVetores.pdf: 962059 bytes, checksum: 52968576ebdd418f0682d041739f7a7c (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Rosa Silva(arosa@ufpa.br) on 2013-09-16T13:25:52Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EcologiaCulicideosVetores.pdf: 962059 bytes, checksum: 52968576ebdd418f0682d041739f7a7c (MD5) / Made available in DSpace on 2013-09-16T13:25:52Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23898 bytes, checksum: e363e809996cf46ada20da1accfcd9c7 (MD5) Dissertacao_EcologiaCulicideosVetores.pdf: 962059 bytes, checksum: 52968576ebdd418f0682d041739f7a7c (MD5) Previous issue date: 2007 / Os vetores de febre amarela encontram-se distribuídos, nas Américas, nos gêneros, Haemagogus e Sabethes. Os culicídeos hematófagos têm seu ritmo de atividade hematofágica influenciado por fatores endógenos e fatores exógenos, tais como a resposta aos elementos micro-climáticos. O micro-clima e a estratificação dos hospedeiros são os principais determinantes para a ocupação do nicho ecológico de muitas espécies de culicídeos nas florestas tropicais. O estudo foi desenvolvido na torre de medição micrometeorológica na Floresta Nacional de Caxiuanã, Melgaço, Pará, objetivando analisar a distribuição vertical dos vetores de febre amarela silvestre em relação ao microclima da Floresta densa de terra firme, de julho de 2005 a abril de 2006, no solo em plataformas da torre a 8m, 16m e 30m durante 12 horas diurnas e 12 horas noturnas, utilizando atrativo humano. Em cada uma das alturas encontrava-se disponível termo-higrômetro para a medição da temperatura e umidade relativa do ar e no topo da mesma estava um pluviômetro para a medição da precipitação pluviométrica. Obteve-se 25.498 culicídeos, sendo 1028 pertencentes à Haemagogus e 502 à Sabethes, nas coletas diurnas. As espécies do gênero Sabethes e Haemagogus janthinomys mostraram-se acrodendrófilas, com preferência à realização do repasto a 16m e 30m, enquanto que H. leucocelaenus foi coletado em maior quantidade ao nível do solo. Os meses mais chuvosos apresentaram maior quantidade de vetores de febre amarela silvestre, porém essa influência não foi estatisticamente significativa. Por outro lado houve relação significativa entre temperatura, umidade relativa do ar e número de vetores de febre amarela silvestre. / The species vectors of yellow fever are distributed, in the Americas, in the genera Haemagogus and Sabethes. The culicidae have their blood-sucking activities influenced both by endogenous and exogenous factors, such as the responses to microclimatic factors. The micoclimate and the stratification of the mosquito hosts are the main determinants for the occupation of ecological niches by culicids in the tropical forests. This study was developed in the micrometeorological tower of the Caxiuanã National Forest, in the municipality of Melgaço, State of Pará, Brazil. The aims were to analyse the vertical distribution of the species vectors of yellow fever in relation to microclimate in the dense upland forest, from July 2005 to April 2006, at ground level and in platforms at 8m, 16m and 30 meters. Collections were made for 12-hour periods, both at night and during the day, with the use of human attractors. Temperature and humidity records were made at all heights where the collections were made and the precipitation was measured at the top of the tower. A total of 25,498 specimens of culicids were collected, among which 1028 were from the genus Haemagogus and 502 from Sabethes, captured during daytime. The species of Sabethes and Haemagogus janthinomys were found mostly at the canopy level, especially at the heights of 16 and 30 meters, while Haemagogus leucocelaenus was more frequent in the ground. The rainiest months were associated to the greatest number of specimens of the different species but this was not statistically significant. However, there was a significant relationship between temperature, relative humidity and the number of yellow fever vectors collected.