O método de diagnóstico coproparasitológico de concentração em formolacetato de etila foi empregado para a quantificação de ovos de helmintos. O método quantitativo proposto foi padronizado utilizando-se o Sistema Comercial Coprotest® e amostras fecais contendo diferentes cargas de ovos de Ascaris lumbricoides. O \"Coprotest quantitativo\" foi aplicado em estudo populacional numa área de baixa endemicidade para parasitas diagnosticáveis através das fezes, e os resultados analisados comparativamente ao método de Kato-Katz. A metodologia proposta foi ainda comparada a outros métodos quantitativos, utilizando-se amostras fecais, preparadas em laboratório, com cargas decrescentes de ovos de A. lumbricoides, Trichuris trichiura e Schistosoma mansoni. Discutem-se as vantagens de se empregar um método capaz de detectar o maior número de espécies, tanto de helmintos quanto de protozoários, . e que permita, concomitantemente, estimar a intensidade das infecções por geohelmintos e S. mansoni nas populações. O \"Coprotest quantitativo\" mostrou ser de aplicação viável em trabalhos de campo, fornecendo resultados comparáveis aos outros métodos quantitativos já descritos na literatura. / Abstracts not available

O desempenho de seis métodos de extração de DNA de oocistos de Cryptosporidium spp. em fezes foram avaliados pela nested PCR do gene SSU rRNA. Os métodos consistem na combinação com pequenas variações de duas técnicas para a liberação de esporozoítos (indução de excistamento/E ou choque térmico/C) e três técnicas de purificação de DNA (fenol-clorofórmio/F, GuSCN-sílica/S ou kit QIAmp DNA Stool Mini/K). Para a avaliação da sensibilidade analítica, os testes foram realizados a partir de diluições seriadas de oocistos purificados, na ausência e na presença de 100 μl de fezes bovinas. A sensibilidade diagnóstica foi avaliada pela comparação com o método microscópico de centrífugo-flutuação em sacarose (padrão-ouro) em 15 amostras fecais de diferentes hospedeiros naturalmente infectados. Na ausência de fezes, foram avaliados apenas os métodos EF, ES, CF e CS, sendo que EF apresentou sensibilidade analítica superior, possibilitando a detecção de até 1 oocisto. Na presença de fezes, os métodos EF, EK e CK apresentaram desempenhos equivalentes, com sensibilidade de 104 oocistos. As maiores sensibilidades diagnósticas foram obtidas pelos métodos EK e CK, que possibilitaram a detecção de 13 (86,7%) das 15 amostras. Devido à alta sensibilidade analítica de EF em amostras purificadas, avaliou-se sua sensibilidade diagnóstica em amostras de oocistos purificados pelo método de centrífugo-flutuacão em sacarose, obtendo-se 100% de detecção. A presença de inibidores nas amostras fecais reduziu fortemente a sensibilidade das reações de PCR a partir de DNA extraído pelos métodos avaliados, sendo recomendável o emprego de técnicas de purificação de oocistos previamente à extração de DNA. Os resultados apontam para uma melhor eficiência dos métodos de indução de excistamento e kit QIAmp DNA Stool Mini. / The performance of six methods for DNA extraction from Cryptosporidium spp. oocysts in feces were evaluated by nested PCR of SSU rRNA gene. The methods are the combination with small variations of two techniques for the release of sporozoites (induction of excystation/E or thermal shock/C) and three techniques for DNA purification (phenol-chloroform/F, GuSCN-silica/S or QIAmp DNA Stool Mini kit/K). For the evaluation of analytical sensitivity, tests were made from serial dilutions of purified oocysts, in absence and in presence of 100 μl of cattle feces. The diagnostic sensitivity was assessed by comparison with the microscopic method of centrifugalflotation in sucrose (gold standard) in 15 fecal samples from different naturally infected hosts. In the absence of feces, only methods EF, ES, FC, and CS were tested. EF had the highest analytical sensitivity, enabling the detection of up to 1 oocyst. In the presence of feces, methods EF, EK, and CK showed similar performance, with sensitivity of 104 oocysts. The highest sensitivities were obtained by methods EK and CK, which enabled the detection of 13 (86.7%) of 15 samples. Due to the high analytical sensitivity of EF in purified samples, its diagnostic sensitivity was evaluated in samples of purified oocysts by the method of centrifugal-flotation in sucrose, resulting in 100% detection. The presence of inhibitors in fecal samples greatly reduced the sensitivity of the PCR reactions from DNA extraction methods evaluated, and the use of techniques for purification of oocysts prior to DNA extraction is recommended. The results show a better performance of the methods of induction of excystation and QIAmp DNA Stool Mini kit.

O gênero Mazama é composto por cinco espécies no Brasil. São animais de visualização dificultada por causa de comportamentos evasivos, o que torna as capturas e os estudos comportamentais quase impossíveis. Assim, o uso de metodologias não invasivas para estudos ecológicos e genéticos destas espécies se torna necessário. A análise do DNA fecal está dentro das técnicas mais promissoras para esse fim. Este estudo objetivou genotipar amostras fecais, de uma população de veado-mateiro (Mazama americana) para a obtenção de informações genéticas e ecológicas. Para tanto, foram coletadas, com auxílio de um cão farejador, georreferenciadas e estocadas em etanol absoluto, 52 amostras fecais de cervídeos. A coleta realizou-se em um fragmento (21o20S 47o17W) de 600 ha de floresta estacional semidecidual. Dessas amostras coletadas, 31% (n=16) foram classificadas como frescas e 69% (n=36) como não frescas. O DNA foi extraído em torno de 30 dias após a coleta, usando o kit comercial QIAamp® DNA Stool Mini Kit, seguindo o protocolo do fabricante. Das 52 amostras, 45 foram identificadas por PCR/RFLP como pertencentes a M. americana e as demais apresentaram problemas de amplificação e digestão, permanecendo sem identificação. Amplificaram-se por PCR cinco locos microssatélites, e o sucesso de amplificação, visualizado em gel de agarose, variou com o tamanho dos locos e com a classe das amostras. O sucesso de amplificação foi de 65% das amostras da categoria fresca e 35% das amostras da categoria não fresca. Encontrou-se uma correlação negativa (R= -0,82) entre o tamanho dos fragmentos dos locos de microssatélites e o sucesso de amplificação. Foi possível identificar o sexo do animal em 43,7% das amostras fecais, pela amplificação do gene da amelogenina. Os locos microssatélites amplificados foram analisados em sequenciador automático. Os eletroferogramas gerados pelo seqüenciador impossibilitaram a genotipagem da maioria dos locos e amostras, tornando inviável qualquer análise genética e ecológica com confiabilidade. Fica evidente a dificuldade de se trabalhar com a metodologia do DNA fecal para a identificação individual e sexagem de amostras obtidas de Cervídeos florestais em vida livre. Algumas melhorias metodológicas (coleta de amostras fecais frescas, seleção de iniciadores para locos menores e quantificação do DNA extraído por PCR em tempo real) são sugeridas para o aumento nos índices de sucesso na genotipgem em estudos futuros. / Mazama genus is composed by five species in Brazil. All of them are difficult to observe due to their evasive behaviors, what makes the captures and behavioral studies almost impossible. Thus, the use of non invasive methodologies is necessary to study the ecology and genetics of these species. The fecal DNA analysis is one of the most promising techniques for this purpose. This study aimed to genotype a Mazama americana population faecal samples for obtaining genetics and ecological information. For this, 52 deer faecal samples were collected in a 600ha seasonal semideciduos forest fragment (21o20S 47o17W), with the help of a detection dog, stored in ethanol and georeferenced. Of these samples 31% (n=16) was classified as fresh and 69% (n=36) as not fresh. About thirty days after the collection the DNA was extracted using the QIAamp® DNA Stool Mini Kit following the manufacturers instructions. From the 52 samples collected and extracted, 45 were identified by PCR/RFLP as M. americana and the others showed amplification and digestion problems, remaining without identification. Five microsatellite loci were amplified by PCR and the amplification success, visualized in agarose gel, varied with the loco size and age class. The amplifications success occurred in 65% of the fresh samples and in 35% of the non-fresh samples and a negative correlation (R= -0.82) was found between amplification success and loci sizes. It was possible to identify the animal sex in 43% of the samples by the amelogenin gene. The microsatellite loci amplifications were analyzed in an automatic sequencer. The majority of the samples and loci were impossible to genotype because of the quality of the elestroferograms, what made impossible any reliable genetic and ecological analysis. It is evident the difficulty to work with the faecal DNA methodology using field collected forests deer samples for individual and sexual identifications. Some methodological improvements (collect fresh samples, select primers for shorter loci and quantify the extracted DNA by real time PCR) are suggested to increase the genotyping success indexes in future studies

A giardíase é uma doença entérica de alta prevalência particularmente nos países em desenvolvimento. Diferentes espécies foram descritas em função de seus hospedeiros. A G. duodenalis é a espécie que parasito não só o homem, mas também animais domésticos e silvestres. Recentemente, com a aplicação de técnicas moleculares, foi possível identificar sete diferentes agrupamentos sendo que cada um deles tem predileção por determinadas espécies de hospedeiro. Essa discriminação não é possível por meio da microscopia. A identificação do(s) agrupamento(s) presente(s) na população de determinada região pode ser de grande importância na elaboração de políticas de saúde pública já que revela o perfil de transmissão desse protozoário. Este estudo teve por objetivos verificar o grau de positividade de enteroparasitos, a contribuição de cada um deles nesse índice e o genótipo dos cistos de G. duodenalis presentes em amostras de fezes de indivíduos atendidos no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo. Foram analisadas 6717 amostras com positividade para algum enteroparasito de 12,5%, sendo S.stercoralis e G. duodenais respectivamente o helminto e protozoário patogênico mais frequentes. A maioria dos casos de G. duodenalis genotipada era dos agrupamentos AII e B. / Giardiasis is a very prevalent enteric disease occurring mainly in developing countries. Different species have been described concerning their hosts. G. duodenalis parasites not only men but also domestic and wild animals. Recently molecular techniques have been used to identify seven different assemblages which parasites specific hosts. The microscopic analysis do not allows that discrimination. It can be useful to know the assemblage profile of specific population in order to provide some important information to built public health politicies once it reveals the transmition of the protozoan The aim of this study was to verify the enteroparasites infection degree, the individual contribution of each one in this picture and to genotyping G. duodenalis cysts from human faecal samples of individuals from University Hospital from Universty of São Paulo. So, 6717 faecal samples were analysed and 12,5% were positive for some enteroparasite and S.stercoralis and G. duodenais were the helminth e pathogenic protozoan more frequently found. Most of the cases of G. duodenalis were from the assemblages AII and B.

Submitted by PPG Zoologia (zoologia-pg@pucrs.br) on 2018-05-18T17:22:44Z No. of bitstreams: 1 dissertacao_mestrado_final_paulochaves.pdf: 4426171 bytes, checksum: 8be6ef944f497d1a9518754ebfbc27c1 (MD5) / Approved for entry into archive by Sheila Dias (sheila.dias@pucrs.br) on 2018-05-28T12:19:27Z (GMT) No. of bitstreams: 1 dissertacao_mestrado_final_paulochaves.pdf: 4426171 bytes, checksum: 8be6ef944f497d1a9518754ebfbc27c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-05-28T12:35:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_mestrado_final_paulochaves.pdf: 4426171 bytes, checksum: 8be6ef944f497d1a9518754ebfbc27c1 (MD5) Previous issue date: 2008-03-20 / Sequ?ncias de DNA usadas na identifica??o de material biol?gico t?m alcan?ado consider?vel popularidade nos ?ltimos anos, especialmente no contexto dos c?digos de barras de DNA. Aferir a esp?cie de origem em amostras de pelos, penas, peles e particularmente fezes ? um passo fundamental para quem estuda a ecologia e evolu??o de diversos animais com este tipo de amostra. Este ? o caso em carn?voros, cujos h?bitos furtivos e baixas densidades populacionais de algumas esp?cies evidenciam a import?ncia de estudos baseados em amostras n?o-invasivas. Entretanto a atual escassez de ensaios padronizados de identifica??o de carn?voros freq?entemente dificulta a aplica??o dessas amostras em larga escala e compara??es de resultados entre diferentes localidades. No presente estudo n?s avaliamos dois segmentos curtos (<250 pb) de DNA mitochondrial (mtDNA) localizados nos genes ATP sintase 6 e citocromo oxidase I com potencial de servirem como marcadores-padr?o para identifica??o de carn?voros. Entre um e 11 indiv?duos de 66 esp?cies de carn?voros foram seq?enciados para um ou ambos os segmentos do mtDNA e analisados usando tr?s diferentes m?todos (?rvore de dist?ncia, dist?ncia gen?tica e an?lise de caracteres). Em geral, indiv?duos conspec?ficos apresentaram menor dist?ncia gen?tica entre si do que em rela??o a outras esp?cies, formando agrupamentos monofil?ticos. Exce??es foram algumas esp?cies que divergiram recentemente, algumas das quais ainda puderam ser identificadas pelo m?todo de caracteres, hapl?tipos esp?cie-espec?ficos, ou reduzindo a abrang?ncia geogr?fica das compara??es (restringindo a an?lise a uma regi?o zoogeogr?fica). An?lises in silico, usando um segmento curto do citocromo b freq?entemente empregado em carn?voros, tamb?m foram realizadas para comparar o desempenho deste segmento em rela??o aos outros dois propostos. N?s ent?o testamos o desempenho destes segmentos na identifica??o de fezes de carn?voros por meio de tr?s estudos de caso: (i) fezes de felinos de zool?gico, objetivando-se verificar o potencial de contamina??o das seq?encias com DNA da presa (coelho); (ii) fezes coletadas no Cerrado brasileiro contendo restos de presas (p?los, ossos, penas), supostamente proveniente de lobo-guar?, objetivando-se investigar a efici?ncia de identifica??o do predador e ocorr?ncia de interfer?ncia do DNA da presa na identifica??o; e (iii) fezes coletadas em uma reserva na Mata Atl?ntica, tamb?m com o objetivo de avaliar a efici?ncia de identifica??o. Apesar de diferen?as em alguns aspectos de sua performance, nossos resultados indicam que os dois segmentos propostos t?m um bom potencial de servir como marcadores moleculares eficientes para identifica??o acurada de amostras de carn?voros ao n?vel de esp?cie. / DNA sequences for species-level identification of biological materials have achieved considerable popularity in the last few years, especially in the context of the DNA barcoding initiative. Species assignment of biological samples such as hairs, feathers, pelts and particularly faeces is a crucial step for those interested in studying ecology and evolution of many species with these samples. This is especially the case for carnivores, whose elusive habits and low densities highlight the importance of studies based on noninvasive samples. However, the current lack of standardized assays for carnivore identification often poses challenges to the large-scale application of this approach, as well as the cross-comparison of results among sites. Here we evaluate the potential of two short (<250 pb) mitochondrial DNA (mtDNA) segments located within the genes ATP synthase 6 and cytochrome oxidase I as standardized markers for carnivore identification. Between one and eleven individuals of 66 carnivore species were sequenced for one or both of these mtDNA segments and analyzed using three different approaches (tree-based, distance-based and character-based), in conjunction with sequences retrieved from public databases. In most cases, conspecific individuals had lower genetic distances from each other relative to other species, resulting in diagnosable monophyletic clusters. Notable exceptions were the more recently diverged species, some of which could still be identified using diagnostic character attributes, species-specific haplotypes, or by reducing the geographic scope of the comparison (restricting the analysis to a single zoogeographic region). Additional in silico analyses using a short cytochrome b segment frequently employed in carnivore identification were also performed aiming to compare performance to that of our two focal markers. We then tested the performance of these segments in the identification of carnivore faeces via three case studies: (i) felid faeces collected in a controlled zoo experiment, aimed at assessing whether DNA from rabbit prey would contaminate the resulting sequences; (ii) field-collected faeces from the Brazilian Cerrado presumed to be from maned wolves and containing prey remains (hairs, bones, feathers), aimed at investigating the efficiency of predator identification and occurrence of prey DNA interference; and (iii) field-collected scats from an Atlantic Forest study site, also addressing the issue of PCR success rate and identification efficiency. In spite of some relevant differences in some aspects of their performance, our results indicate that both of our focal segments have a good potential to serve as efficient molecular markers for accurate species-level identification of carnivore samples.

A giardíase é uma doença entérica de alta prevalência particularmente nos países em desenvolvimento. Diferentes espécies foram descritas em função de seus hospedeiros. A G. duodenalis é a espécie que parasito não só o homem, mas também animais domésticos e silvestres. Recentemente, com a aplicação de técnicas moleculares, foi possível identificar sete diferentes agrupamentos sendo que cada um deles tem predileção por determinadas espécies de hospedeiro. Essa discriminação não é possível por meio da microscopia. A identificação do(s) agrupamento(s) presente(s) na população de determinada região pode ser de grande importância na elaboração de políticas de saúde pública já que revela o perfil de transmissão desse protozoário. Este estudo teve por objetivos verificar o grau de positividade de enteroparasitos, a contribuição de cada um deles nesse índice e o genótipo dos cistos de G. duodenalis presentes em amostras de fezes de indivíduos atendidos no Hospital Universitário da Universidade de São Paulo. Foram analisadas 6717 amostras com positividade para algum enteroparasito de 12,5%, sendo S.stercoralis e G. duodenais respectivamente o helminto e protozoário patogênico mais frequentes. A maioria dos casos de G. duodenalis genotipada era dos agrupamentos AII e B. / Giardiasis is a very prevalent enteric disease occurring mainly in developing countries. Different species have been described concerning their hosts. G. duodenalis parasites not only men but also domestic and wild animals. Recently molecular techniques have been used to identify seven different assemblages which parasites specific hosts. The microscopic analysis do not allows that discrimination. It can be useful to know the assemblage profile of specific population in order to provide some important information to built public health politicies once it reveals the transmition of the protozoan The aim of this study was to verify the enteroparasites infection degree, the individual contribution of each one in this picture and to genotyping G. duodenalis cysts from human faecal samples of individuals from University Hospital from Universty of São Paulo. So, 6717 faecal samples were analysed and 12,5% were positive for some enteroparasite and S.stercoralis and G. duodenais were the helminth e pathogenic protozoan more frequently found. Most of the cases of G. duodenalis were from the assemblages AII and B.

Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-23T13:30:15Z No. of bitstreams: 1 carlos_a_p_nascimento_ioc_bcm_0045_2011.pdf: 1006058 bytes, checksum: e670c764b773d1d5bd9fa107d877a76b (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-23T13:30:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carlos_a_p_nascimento_ioc_bcm_0045_2011.pdf: 1006058 bytes, checksum: e670c764b773d1d5bd9fa107d877a76b (MD5) Previous issue date: 2011 / CNPq FAPERJ / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O Torque teno virus (TTV) é um vírus de DNA do gênero Alphatorquevirus da família Anelloviridae. O TTV é altamente prevalente em populações de todo o mundo. Isolados foram classificados em cinco grupos filogenéticos (1-5) com grande distância genética entre eles. A presença do TTV já foi detectada nas fezes, porém, não se sabe se todos os cinco genogrupos do TTV são excretados nas fezes, e qual a distribuição do TTV entre os genogrupos. A fim de avaliar a presença, a diversidade genômica e a carga viral do TTV em fezes, 135 amostras de pacientes com gastroenterite foram analisadas. O DNA do TTV foi extraído de suspensão fecal e três diferentes métodos de reação em cadeia da polimerase (PCR), dois qualitativos e um quantitativo, foram avaliados. Nas amostras de fezes estudadas, 123 (91,1%) foram positivas em pelo menos um dos três métodos. O DNA do TTV pertencente aos genogrupos de 1 a 5 foi detectado em 37 (27,4%), 27 (20,0%), 57 (42,2%), 29 (21,5%) e 33 (24,4%) amostras, respectivamente. Co-infecções com dois, três, quatro e cinco genogrupos do TTV foram encontradas em 23 (17,0%), 15 (11,1%), 7 (5,2%) e 7 (5,2%) amostras fecais, respectivamente. Assim, 52 (38,5%) amostras continham mais de um genogrupo de TTV. A carga viral variou de 2,6 a 6,5 log de genoma equivalentes por grama de fezes. No entanto, variações de carga viral foram observadas em função do genogrupo detectado e do número de genogrupos presentes simultaneamente. Os resultados encontrados são os primeiros a mostrar a alta prevalência e a diversidade de TTV nas fezes humanas. / Torque teno virus (TTV) is a DNA virus of the genus Alphatorquevirus of Anelloviridae family. The TTV is highly prevalent in populations from around the world. Isolates have been classified into at least five main phylogenetic groups (1-5) showing a large genetic distance between them. The presence of TTV has been detected in feces. However, are presently unknown whether all five TTV genogroups are excreted in feces and the genogroup distribution. To evaluate the presence and the genomic distribution of TTV DNA in feces, 135 samples of patients with gastroenteritis were analyzed. The DNA was extracted of fecal suspension and three different PCR methods, two qualitative and one quantitative, were used. One hundred and twenty three (91.1%) samples were positive with at least one method. The TTV DNA belonging to the genogroups 1 to 5 was detected in 37 (27.4%), 27 (20.0%), 57 (42.2%), 29 (21.5%) and 33 (24.4%) fecal samples, respectively. Coinfections with two, three, four and five TTV genogroups were found in 23 (17.0%), 15 (11.1%), 7 (5.2%) and 7 (5.2%) fecal samples, respectively. Thus, 52 (38.5%) samples contained more than one TTV genogroup. Viral loads ranged from 2.6 to 6.5 log genome equivalents per gram of feces. However, variations of viral load were noted depending on genogroup and number of coinfecting TTV genogroups. These results are the first to show high prevalence and the diversity of TTV isolates in human feces.

Made available in DSpace on 2016-12-23T13:56:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertacao de Steveen Rios Ribeiro.pdf: 4201771 bytes, checksum: 56acf4462c81abd472caf4c84eb8dd80 (MD5) Previous issue date: 2011-03-18 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Introduction. The diagnosis of intestinal parasites can be accomplished by different techniques of parasitological stool examinations (EPF), each with advantages and disadvantages according to the parasite to be identified. Aims. The aim of the present study was to compare traditional techniques of EPF (Spontaneous Sedimentation in Tube, Kato-Katz and Baermann-Moraes) with more sophisticated techniques (stool culture, detection of coproantigen and PCR) and two commercially available kits in Brazil (Paratest® and TF-Test ®). Material and Methods. Faecal samples from 160 individuals, a total of 356 samples, were analyzed by traditional techniques of EPF (Spontaneous Sedimentation in Tube, Kato-Katz and Baermann-Moraes), culture of fresh faeces and sediment of feces, detection of coproantigen, PCR for detection and differentiation of the complex Entamoeba histolytica/Entamoeba dispar and two commercially available kits in Brazil (Paratest® and TF-Test®). Results. The technique of Spontaneous Sedimentation in Tube had better sensitivity (80.43% of occurrences) for the diagnosis of eggs and larvae of helminths in feces. The Kato-Katz was better for identification of eggs of S. mansoni (100% of cases). The method of Baermann-Moraes found larvae of Strongyloides stercoralis detected similarly to spontaneous sedimentation. For the diagnosis of G. lamblia, C. parvum and E. histolytica, kits for detection of coproantigen showed better sensitivity. The stool culture showed excellent results for identification of Blastocystis hominis. The PCR was able to identify and differentiate the amoebas of the complex E. histolytica/ E. dispar. Both commercial kits showed lower sensitivity than the spontaneous sedimentation for the diagnosis of helminths, but Paratest® was the technique that has shown better sensitivity for protozoa (66.66% of cases). Conclusion. For the diagnosis of helminths, the Spontaneous Sedimentation Method in Tube showed better results, except for detection of eggs of S. mansoni, best detected by Kato-Katz. For the diagnosis of G. lamblia, E. histolytica and Cryptosporidium parvum, kits for detection of coproantigen were better. However, the kit for the diagnosis of E. histolytica does not detect the species E. dispar, best identified by the ABSTRACT PCR. The commercial kits (Paratest® and TF-Test ®), while facilitating the collection and preservation of the sample, have lower sensitivity than the Spontaneous Sedimentation method in Tube / O diagnóstico de parasitoses intestinais pode ser realizado por diferentes técnicas de Exame Parasitológico de Fezes (EPF), cada uma com vantagens e desvantagens de acordo com o parasito a ser identificado. Objetivos. Comparar técnicas tradicionais de EPF (Sedimentação Espontânea em Tubo, Kato-Katz e Baermann-Moraes) com técnicas mais sofisticadas (cultura de fezes, detecção de coproantígenos e PCR) e dois kits comerciais disponíveis no Brasil (Paratest® e TF-Test®). Material e Métodos. Amostras de fezes de 160 indivíduos, totalizando 356 amostras, foram analisadas por técnicas tradicionais de EPF (Sedimentação Espontânea em Tubo, Kato-Katz e Baermann-Moraes), cultura de fezes frescas e de sedimento de fezes, técnicas para detecção de coproantígenos nas fezes, PCR para detecção e diferenciação de Entamoeba do complexo histolytica/dispar e dois kits comerciais disponíveis no Brasil (Paratest® e TF-Test®). Resultados. A técnica de Sedimentação Espontânea em Tubo demonstrou melhor sensibilidade (80,43% das o corrências) para o diagnóstico de ovos e larvas de helmintos nas fezes. O Kato-Katz foi melhor para identificação de ovos do S. mansoni (100% das ocorrências). Já o método de Baermann-Moraes detectou larvas de Strongyloides stercoralis de modo semelhante à sedimentação espontânea. Para o diagnóstico de G. lamblia, C. parvum e E. histolytica, os kits de coproantígenos demonstraram melhor sensibilidade. A cultura de fezes mostrou excelentes resultados para identificação de Blastocystis hominis. O PCR conseguiu identificar e diferenciar as amebas do complexo E. histolytica/E. dispar. Os dois kits comerciais apresentaram sensibilidade mais baixa do que a Sedimentação Espontânea em Tubo para o diagnóstico de helmintos, mas o Paratest® foi a técnica que demonstrou melhor sensibilidade para protozoários (66,66% das ocorrências). Conclusão. Para o diagnóstico de helmintos o método de Sedimentação Espontânea em Tubo foi o que mostrou melhor resultado, exceto para detecção de ovos de S. mansoni, melhor detectados pelo Kato-Katz. Os kits de detecção de coproantígenos foram melhores para diagnóstico de G. lamblia, Cryptosporidium parvum e E. histolytica. Entretanto, o kit para diagnóstico de E. histolytica não detecta a espécie E. dispar, melhor identificada pelo PCR. Os kits comerciais (Paratest® RESUMO e TF-Test®), apesar de facilitarem a coleta e conservação da amostra, têm menor sensibilidade do que a Sedimentação Espontânea em Tubo

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:46:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 246842 bytes, checksum: f7b7371c8cb299837b636e055567a1b8 (MD5) Previous issue date: 2005-03-02 / This trial was carried out to evaluate the effect of periods of urine and feces collection on urinary excretion of creatinine, urea and purine derivatives, absorbed purine, microbial nitrogen compounds production (Nmic), apparent digestibility of dry matter (DM), organic matter (OM), crude protein (CP), ether extract (EE), neutral detergent fiber (NDF) and nonfiber carbohydrates (CNF) and total digestible nutrients contents (TDN) of Nelore bovines four categories (heifers, steers, bulls and lactating cows) fed 25 or 50% concentrate, total dry matter basis. The plasma N-urea concentrations (NUP) were evaluated and the Nmic obtained in urine spot samples was compared with that of total collection. The experiment was divided in two experimental periods of 28 days each, when the feces and urine total collection were performed at 22nd and 28th day of each experimental period. Feces were colleted directly from the floor after excretion and the urine was obtained using catheters in females and funnels in males. A 25% concentrate-based diet was fed to the animals in the first period and a 50% concentrate-based diet in the second one, all of them with 12% CP. Sixteen Nelore bovines, under feedlot, housed in individual pens, were assigned to a completely randomized design, in a split plot scheme, where the treatments were represented by the plots (2 x 4 factorial scheme), with two levels of concentrate (25 or 50%) and four Nelore categories, and the split plots were represented by the urine collections. The comparisons for digestibility evaluation were made by regression analyses, that were performed considering 4 days of feces collection of each period. The equations were obtained by comparing the nutrients digestibility referent to one (24h), two (48h) or three days (72h) compared to four days (96h of collection). Comparison with six days of total feces collection, using equations (second experimental period [50% concentrate]) was considered reference (144h total feces collection). No interaction (P>0.05) among concentrate levels, Nelore categories and collection days for the urinary volume, the creatinine excretion and Nmic production was observed. Urinary volume was not affected (P>0.05) by the concentrate levels and collection days, but significant effect (P<0.05) was observed for cows. Creatinine excretion was not affected (P>0.05) by treatments and collection days, considering average of 27.1 mg/kg0.75. Absorbed purines and microbial nitrogen compounds production were also not influenced (P>005) by the treatments and collection days. Nmic production estimated by the urinary spot collection differed (P>0.05) neither from that obtained by total collection total, nor among the concentrate levels and Nelore categories. No significant difference (P>0.05) was observed for any evaluated digestibility and TDN contents during the total feces collection period. The results suggest that the coefficients of variation decresed as the period of collection days increased. Considering the results of creatinine excretion and of microbial protein production, it was concluded that a 24-h period is enough for researchs with Nelore, independently of the category, and that urinary spot sample collection can be used to estimate microbial protein production in all Nelore bovines (heifers, steers, bulls and lactating cows). Total feces collection from 1 to 6 days to evaluate nutrients apparent digestibility are precise, but better results could be obtained by increasing the collection period. / O presente trabalho foi conduzido com o objetivo de avaliar o efeito da duração do período de coletas de urina e de fezes sobre a excreção urinária de creatinina, de uréia e de derivados de purinas, as purinas absorvidas, a produção de compostos nitrogenados microbianos (Nmic), as digestibilidades aparentes da matéria seca (MS), matéria orgânica (MO), proteína bruta (PB), extrato etéreo (EE), fibra em detergente neutro (FDN) e de carboidratos não-fibrosos (CNF) e os teores de nutrientes digestíveis totais (NDT) em Nelores de quatro categorias (novilhas, machos castrados, machos inteiros e vacas em lactação) alimentados com 25 ou 50% de concentrado na base da matéria seca total das dietas. Avaliou-se ainda as concentrações de N-uréia plasmática (NUP) e comparou-se também a produção de Nmic obtida em amostras spot de urina com aquela da coleta total. O experimento foi conduzido em dois períodos experimentais com duração de 28 dias cada, sendo as coletas totais de urina e de fezes efetuadas do 22o ao 28o dias de cada período experimental. As fezes foram retiradas do piso imediatamente após excreção e a urina obtida com sondas em fêmeas e funis nos machos. Utilizou-se dieta com 25% de concentrado no primeiro período e com 50% no segundo experimental. Todas as dietas continham aproximadamente 12% de PB. Utilizaram-se 16 animais da raça Nelore, mantidos em confinamento, alojados em baias individuais, distribuídos em delineamento inteiramente casualizado, em esquema de parcelas subdivididas, tendo nas parcelas os tratamentos em esquema fatorial 2 x 4, sendo dois níveis de concentrado (25 ou 50%) e quatro categorias de Nelores e nas subparcelas os seis dias de coletas de urina. Já para a avaliação das digestibilidades, as comparações foram feitas através de análises de regressão, que foram efetuadas considerando quatro dias de coletas de fezes em cada período, sendo as equações obtidas sempre comparando as digestibilidades dos nutrientes referentes a um dia (24 h), 2 dias (48 h) ou 3 dias (72 h) em relação aos 4 dias (96 h de coleta). Foram feitas também comparações através de equações, utilizando os seis dias de coleta total de fezes, referentes ao segundo período experimental (50% de concentrado), sendo nesse caso utilizado como referência os seis dias de coleta total (144 h de coleta total de fezes). Não houve interação (P>0,05) entre níveis de concentrado, categorias de Nelore e dias de coleta para o volume urinário, a excreção de creatinina e a produção de Nmic. O volume urinário não foi influenciado (P>0,05) pelos níveis de concentrado e dias de coleta, contudo foi significativamente maior (P<0,05) para as vacas. A excreção de creatinina não foi afetada (P>0,05) pelos tratamentos e dias de coletas, observando-se média de 27,1 mg/kg0,75. As purinas absorvidas e a produção de compostos nitrogenados microbianos também não foram influenciadas (P>0,05) pelos tratamentos e dias de coleta. A produção de Nmic estimada através de amostra spot de urina não diferiu (P>0,05) daquela obtida pela coleta total, nem entre os níveis de concentrados e categorias de Nelore. Não houve diferença significativa (P>0,05) para nenhuma das digestibilidades avaliadas e também para os teores de NDT entre os dias de coleta total de fezes, contudo, observou-se que os coeficientes de variação diminuíram à medida que se aumentou o número de dias de coleta. Concluiu-se considerando as respostas obtidas para excreção de creatinina e a produção de proteína microbiana, que um período de coletas de urina de 24 horas é suficiente para trabalhos com Nelores, independente de serem novilhas, machos castrados ou inteiros e vacas em lactação e que a coleta de amostra spot de urina também pode ser utilizada para estimar a produção de proteína microbiana em novilhas, machos inteiros ou castrados e vacas lactantes da raça Nelore. Concluiu-se também que para avaliar a digestibilidade aparente dos nutrientes, coletas totais de fezes feitas durante um a seis dias são exatas. Contudo, a precisão é melhorada com o aumento dos dias de coleta.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 550423 bytes, checksum: 038e82245fcf06c56e234826a321a4a6 (MD5) Previous issue date: 2006-09-11 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Ninety seven bacteria from the rumen and eighty seven ones from the feces were isolated from three dairy cows, feeding ration (24% protein) and corn ensilage. The resistance of the isolates to antibiotics were evaluated by using the agar dilution procedure for the following antimicrobials: nalidixic acid (NAL), ampicillin (AMP), chloramphenicol (CHL), erythromycin (ERY), streptomycin (STR), penicillin (PEN) and tetracycline (TET). The genetic diversity of 29 isolates from the rumen and 28 isolates from the feces were evaluated by Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD). Approximately fifty seven percent isolates were obtained from animal one, thirteen percent from animal two, and twenty nine percent from animal three. The percent isolates obtained from feces were 62.1; 10.3; 27.6 for animal one, two and three, respectively. Considering all rumen isolates, the percent isolates resistant to the antimicrobial under test were: NAL 100 %; AMP 59.8 %; CHL 3.1 %; ERY 21.6 %; SRT 10.3 %; PEN 97.9 %; and TET 78.3 %. The overall resistance of the isolates from the feces were: NAL 100 %; AMP 54.0 %; ERY 20.7 %; STR 2.3 %; PEN 96.5 %; and TET 32.2 %. No isolates from the rumen or feces were simultaneously resistant to all antibiotics. The rumen isolates presenting the highest number of resistance marks were simultaneously resistant to six antibiotics, whereas the feces isolates were simultaneously resistant to five antibiotics. Among the rumen isolates showing six or five marks, neither one was resistant to chloramphenicol. Most isolates showing four marks were simultaneously resistant to the nalidixic acid, ampicillin, penicillin and tetracycline, whereas most isolates showing three marks were resistant to the nalidixic acid, ampicillin and penicillin. Those data suggest the profile resistant of the isolates from the rumen to be related to the resistance pattern of the isolates from the feces, relative to nalidixic acid, ampicillin, erythromycin, penicillin and tetracycline. The values of the genetic distance for rumen isolates ranged from 58% to 100%, therefore indicating high genetic diversity among those isolates. The values of the genetic distance among the feces isolates ranged from 16% to 96%, so indicating a high genetic diversity among isolates, as being those values lower, compared to rumen isolates. / Neste trabalho, foram isoladas 97 bactérias do rúmen e 87 bactérias das fezes de três bovinos, alimentados com ração (24% proteína) e silagem de milho. A resistência dos isolados bacterianos aos antibióticos foi avaliada, por meio do método de diluição em agar, utilizando-se os seguintes antimicrobianos: ácido nalidíxico (NAL), ampicilina (AMP), cloranfenicol (CHL), eritromicina (ERY), estreptomicina (STR), penicilina (PEN) e tetraciclina (TET). A diversidade genética de 29 isolados do rúmen e 28 isolados das fezes foi avaliada, por meio da técnica de polimorfismo de DNA amplificado ao acaso (RAPD). Dentre as bactérias isoladas do rúmen, aproximadamente cinqüenta e sete por cento foram obtidas do animal 1, treze por cento obtidas do animal 2 e vinte e nove por cento foram obtidas do animal 3.Os percentuais de isolados, obtidos das fezes, foram 62,1, 10,3 e 27,6 para os animais 1, 2 e 3, respectivamente. Considerando todos os isolados do rúmen, os percentuais de isolados resistentes aos antibióticos foram: NAL 100 %, AMP 59,8 %, CHL 3,1 %, ERY 21,6 %, STR 10,3 %, PEN 97,9 % e TET 78,3 %. Para todos os isolados das fezes, os percentuais de isolados resistentes foram: NAL 100 %, AMP 54,0 %, ERY 20,7 %, STR 2,3 %, PEN 96,5 % e TET 32,2 %. Nenhum isolado do rúmen ou das fezes foi, simultaneamente, resistente aos sete antibióticos. Os isolados do rúmen, que apresentaram maior número de marcas de resistência, foram simultaneamente resistentes a seis antibióticos, enquanto os obtidos das fezes foram simultaneamente resistentes a cinco antibióticos. Entre os isolados do rúmen, que apresentaram resistência a cinco ou seis antibióticos, nenhum foi resistente ao cloranfenicol. A maioria dos isolados, que apresentaram quatro marcas, foram simultaneamente resistentes ao ácido nalidíxico, à ampicilina, à penicilina e à tetraciclina, enquanto a maioria dos isolados que apresentaram três marcas de resistência foram resistentes ao ácido nalidíxico, à ampicilina e à penicilina. Os dados obtidos indicam uma provável relação entre o perfil de resistência das bactérias do rúmen e perfil de resistência das bactérias das fezes, quanto aos antibióticos: ácido nalidíxico, ampicilina, eritromicina, penicilina e tetraciclina. Os valores de distância genética para os isolados do rúmen variaram de 58% a 100 %, indicando grande diversidade genética entre esses isolados. Os valores de distância genética entre os isolados das fezes variaram de 16 % a 96 %, indicando grande diversidade genética entre os isolados, sendo estes valores menores em comparação com os isolados do rúmen.