Submitted by Reginaldo Soares de Freitas (reginaldo.freitas@ufv.br) on 2017-06-20T17:30:34Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1425926 bytes, checksum: ee624a74ef4a36d197d9316ae8fe4072 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-20T17:30:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1425926 bytes, checksum: ee624a74ef4a36d197d9316ae8fe4072 (MD5) Previous issue date: 2016-08-25 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Oídio do eucalipto é uma importante doença que ocorre principalmente em casas de vegetação e minijardins clonais protegidos de eucalipto (Eucalyptus spp.) no Brasil. O fungo infecta folhas jovens e brotações. Sobre o tecido afetado, observam-se colônias superficiais isoladas ou agrupadas do fungo de coloração branca, que podem atingir toda superfície foliar e induzir malformação dos órgãos afetados e resultar em redução do crescimento e da produção de brotos para estaquia. Devido ao aumento da incidência e importância dessa doença nos últimos anos e também à falta de pesquisas relacionadas a esse patossistema, esse estudo objetivou: i) determinar a etiologia do oídio do eucalipto por meio do sequenciamento da região ITS e 28S do rDNA e de análises morfológicas de isolados de oídio coletados em diferentes regiões geográficas do Brasil; e ii) analisar o transcriptoma do patógeno durante a infecção em Eucalyptus urophylla gerado pelo sequenciamento do transcriptoma (RNA-Seq) e montagem de novo. Baseado nos resultados de análises filogenéticas e caracterização morfológica, todos os 42 isolados coletados foram identificados como Podosphaera pannosa, também conhecido como agente etiológico do oídio das roseiras. Inoculações cruzadas com isolados de P. pannosa de roseira e eucalipto demonstraram que P. pannosa pode infectar ambas as espécies. O sequenciamento do transcriptoma de P. pannosa pela plataforma Illumina resultou em 12.107 transcritos. Entre os 10 transcritos mais abundantes, encontram-se os genes codificadores de enzimas envolvidas no estabelecimento e crescimento do fungo. A predição do secretoma do fungo resultou em 217 proteínas, das quais 14 foram consideradas como candidatas a efetores. Além disso, 242 pares de primers foram desenhados a partir das sequências do transcriptoma com potencial para amplificar regiões microssatélites (Simple Sequence Repeats - SSR) de P. pannosa. Os resultados gerados neste trabalho demonstram que apenas a espécie P. pannosa causa doença no eucalipto. Além disso, fornece informações úteis para novos avanços nos estudos sobre a doença por oferecer uma base para a melhor compreensão sobre o patossistema P. pannosa- eucalipto. / Eucalypt powdery mildew is an important disease that occurs mainly in greenhouses and protected clonal hedges of eucalypt (Eucalyptus spp.) in Brazil. The fungal pathogen infects new leaves and shoots. White superficial colonies isolated or grouped that grow over the affected plant tissue are observed, which can subsequently spread to all leaf surface, causing leaf malformation and reduction on growth and production of shoots for mini-cutting. Because this disease has increased in incidence and importance in recent years, and research on this pathosystem is largely lacking, the objectives of this study were to i) determine the etiology of the disease through ITS and 28S rDNA sequencing and morphological analyses of powdery mildew pathogens isolates collected in different regions in Brazil; and ii) analyze the transcriptome of the powdery mildew pathogen during infection on Eucalyptus urophylla generated by RNA sequencing (RNA-Seq) and de novo assembly. Based on the results of phylogenetic analyses and morphological characteristics, all 42 pathogen isolates collected were identified as Podosphaera pannosa, also known to cause rose powdery mildew. Cross inoculations with pathogen isolates from rose (Rosa spp.) and eucalypt demonstrated that P. pannosa can infect both host species. The transcriptome sequencing by Illumina platform resulted in 12,107 transcripts. Among the 10 most abundant transcripts included genes encoding enzymes involved in fungal establishment and growth. The secretome prediction resulted in 217 proteins, of which 14 were considered as candidate effectors. In addition, 242 primer pairs were designed from the transcriptome sequences with potential to amplify P. pannosa microsatellites (Simple Sequence Repeats – SSR) regions. The results demonstrate that P. pannosa is the only causal agent found for eucalypt powdery mildew. In addition, this study provides technological advances in the study of this disease that will provide a basis for a better understanding of the P. pannosa- eucalypt pathosystem.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-06-22T11:26:41Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 764280 bytes, checksum: d05cab1466cd8efeeae95e1353106805 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-22T11:26:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 764280 bytes, checksum: d05cab1466cd8efeeae95e1353106805 (MD5) Previous issue date: 2016-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A mancha-de-pteridis, causada por Calonectria pteridis, é, atualmente, uma das principais doenças foliares em plantações de eucalipto no Brasil. Em regiões de clima quente e úmido, a doença pode ser um fator limitante para o plantio de genótipos suscetíveis. O método mais eficaz de controle da doença no campo é o plantio de material resistente, o que requer o conhecimento da variabilidade genética e fisiológica na população do patógeno para a seleção de plantas. Neste trabalho avaliaram-se a diversidade genética e a agressividade de C. pteridis obtidos de vários clones de eucalipto em diferentes regiões do Brasil. Estudaram-se 90 isolados provenientes principalmente dos estados do Pará e Maranhão. Para o estudo da diversidade genética, dentre os 16 primers ISSR testados, empregaram-se cinco que foram polimórficos e reprodutíveis. Análises de diversidade genética permitiram identificar 33 genótipos entre os 90 isolados estudados, porém geneticamente próximos, indicando uma baixa diversidade entre eles. Para o estudo da agressividade inocularam-se em dois clones híbridos de Eucalyptus grandis x E. urophylla, sob condições controladas, 16 isolados selecionados com base na origem geográfica e na diversidade genética. A avaliação da severidade foi feita através do percentual de desfolha e por atribuição de notas de acordo com uma escala diagramática, sendo analisada a correlação entre elas. Não houve correlação entre a variabilidade genética e fisiológica, pois os indivíduos diferiram em agressividade. Houve uma alta correlação entre as duas formas de avaliação para apenas um dos clones utilizados. Os isolados GFP004, LPF059 e LPF294 foram os mais agressivos e devem ser empregados nas inoculações para selecionar plantas resistentes à mancha-de-pteridis. / Calonectria leaf blight caused by Calonectria pteridis, is, currently, one of the major foliar diseases of eucalyptus plantations in Brazil. In humid and warm regions, it may be a limiting factor for growing suscetible genotypes. The most effective method of disease control in the field is by planting resistant plant material, which requires knowledge of the genetic and physiological variability in the pathogen population for screening for plants. In this work we evaluated the genetic diversity and the aggressiveness of C. pteridis obtained by several eucalyptus clones in different regions of Brazil. We studied 90 isolates collected mainly from the states of Pará and Maranhão. To study the genetic diversity, among 16 ISSR primers tested, five who were polymorphic and reproducible were used. Genetic diversity analysis have identified 33 genotypes among the 90 isolates studied, but genetically related, indicating a low diversity among them. To study the aggressiveness, we inoculated into two hybrid clones of Eucalyptus grandis x E. urophylla, under controlled conditions, 16 isolates selected based on the geographic origin and genetic diversity. The severity assessment was performed using the percentage of defoliation and attribution of notes through a diagrammatic scale, and subsequently analyzed the correlation between them. There was no correlation between the genetic and physiological variability, because individuals differ in aggressiveness. There was a high correlation between the two forms of evaluation to only one of the clones used. The GFP004, LPF059 and LPF294 isolates were the most aggressive and should be used in inoculations to select plants resistant to Calonectria leaf blight.

Submitted by Nathália Faria da Silva (nathaliafsilva.ufv@gmail.com) on 2017-07-28T14:47:31Z No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 788170 bytes, checksum: 6e3e4a0c7c8cfb5efe46312e4a84e26b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-28T14:47:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.PDF: 788170 bytes, checksum: 6e3e4a0c7c8cfb5efe46312e4a84e26b (MD5) Previous issue date: 2001-03-09 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho teve por objetivo estudar o efeito da mancha angular (Phaeoisariopsis griseola) e da ferrugem (Uromyces appendiculatus) sobre o crescimento e produção do feijoeiro (Phaseolus vulgaris).A tese foi organizada em cinco capítulos. Os dois primeiros capítulos foram escritos utilizando-se dados coletados a partir de 3 experimentos de campo, em que foram efetuadas diferentes análises. Os demais capítulos referem-se a resultados obtidos em experimentos independentes. Capítulo 1. No presente capítulo foram estudados os efeitos da mancha angular e da ferrugem, isoladas e conjuntas, sobre o crescimento (área abaixo da curva de progresso da área foliar, duração da área foliar sadia e absorção da área foliar sadia) e produção do feijoeiro. Em todos os experimentos não houve diferença estatística entre os tratamentos no tocante às variáveis área abaixo da curva de progresso da área foliar (AULAPC), duração da área foliar sadia (HAD) e absorção da área foliar sadia (HAA), entretanto todos os tratamentos inoculados diferiram do controle em severidade de doença e produção. Em geral, não obteve-se relação entre produção e doença, ao passo que a produção relacionou-se linearmente com as variáveis HAD e HAA. Concluiu-se que a mancha angular causa desfolha, enquanto que a ferrugem não afeta a área foliar. A ferrugem causou maior redução na produção se comparado à mancha angular, porém o decréscimo na fotossíntese causado pela mancha angular foi duas vezes maior. Capítulo 2. Neste capítulo foram investigados os efeitos da mancha angular e da ferrugem, isoladas e conjuntas, sobre a troca gasosa (taxa fotossintética líquida, condutância estomática e transpiração) do feijoeiro. A inoculação das plantas com P. griseola (tratamento P), U. appendiculatus (tratamento U) e com ambos patógenos (tratamento P+U) causou significante redução na taxa fotossintética líquida e na produção. Os tratamentos P e P+U resultaram em redução significativa da condutância estomática. A partir da análise dos dados foi observado que os efeitos das doenças sobre a produção podem ser explicados por decréscimos na condutância estomática e na taxa fotossintética líquida. Capítulo 3. No referido capítulo foram analisadas as relações entre mancha angular, área foliar sadia, área foliar efetiva e produção do feijoeiro. Não foi observada relação entre severidade visual ou virtual e produção, entretanto relação linear positiva foi obtida entre as variáveis duração da área foliar sadia (HAD), absorção da área foliar sadia (HAA), duração da área foliar efetiva (ELAD), absorção da área foliar efetiva (ELAA) e produção. Foi observado constância nos valores de inclinação (coeficiente angular), obtidos a partir da regressão linear entre produção e índice de área foliar sadio (HLAI), independentemente da data de plantio e estádio de crescimento do feijoeiro (de R6 a R8). HLAI é proposta como variável explanatória para um sistema transportável de manejo da doença, possibilitando recomendações precisas em nível de produtor. Capítulo 4. Neste capítulo foram avaliadas estraté gias de manejo da mancha angular do feijoeiro baseadas em aplicação de molibdênio e controle químico. Foi observado que a aplicação de molibdênio causou decréscimo na intensidade da doença, bem como promoveu incrementos na área foliar, na taxa fotossintética líquida e na produção do feijoeiro. O controle químico da mancha angular deve ser realizado durante a fase de florescimento, através de uma ou duas aplicações fungicidas. Capítulo 5. No presente capítulo foi testado a aplicabilidade do equipamento LAI-2000 (Li-Cor) para estimar o índice de área foliar (LAI) do feijoeiro. Foi concluído que o equipamento pode ser empregado sem restrições na cultura do feijoeiro. / The main purpose of the thesis was to understand the effects of angular leaf spot (Phaeoisariopsis griseola) and rust (Uromyces appendiculatus) on the variables related to plant growth and yield of common bean (Phaseolus vulgaris). This thesis was organized in to five chapters. In the first two chapters data from three field experiments were analyzed using different approaches. The last three chapters referred to independent experiments. Chapter 1. The effects of angular leaf spot and rust, separately or combined, on host growth (expressed as area under leaf area progress curve - AULAPC, healthy leaf area duration - HAD, and healthy leaf area absorption - HAA) and yield of individual bean plants were investigated. All inoculated treatments had significantly more severe disease and less yield than the control treatment. In general, yield was not related to disease severity or area under disease progress curve. In contrast, the highest yields were always related to the highest values of HAD, and HAA. The relationship between yield and HAD, and HAA was linear. It was concluded that angular leaf spot reduced the leaf area because of defoliation while rust did not affect the leaf area. Rust reduced yield more than four times that of angular leaf spot, although the decrease in photosynthesis to angular leaf spot was twice that of rust. Chapter 2. The effect of angular leaf spot and rust, separately or combined, on leaf gas exchange (net photosynthetc rate, stomatal conductance, and transpiration) of common bean was reported. The inoculation of plants with P. griseola (P), U. appendiculatus (U), and a combination of the two pathogens (P+U) caused a significant reduction in the net photosynthetic rate and yield. Treatments P and P+U resulted in a significant reduction of stomatal conductance. The interactive effects of the pathogens on yield could be explained in part by the decreases in stomatal conductance and in the net photosynthetic rate of diseased bean leaves. Chapter 3. The relationships among angular leaf spot, healthy leaf area, effective leaf area, and pod yield of common bean were evaluated. Visual and virtual severity, and area under disease progress curve (AUDPC) showed no correlation with pod yield. However, healthy leaf area duration (HAD), healthy leaf area absorption (HAA), effective leaf area duration (ELAD), and effective leaf area absorption (ELAA) were significantly correlated with pod yield. The relationships between yield and HAD, HAA, ELAD, and ELAA were linear in each of the three trials. The slope of the yield-healthy leaf area index (HLAI) relationship proved to be stable, regardless of planting date and bean growth stage (from R6 to R8). HLAI is proposed as a key explanatory variable for a transportable system of disease management; it may be useful in producing precise recommendations at the farm level. Chapter 4. The strategies to manage angular leaf spot on common bean based in molybdenum application and chemical control were studied. It was observed that the molybdenum treatments showed smaller severity of angular leaf spot, and higher leaf area, net photosynthetic rate and yield, than the treatments that had no Mo. To control angular leaf spot, it was important to spray fungicide once or twice during the flowering period, which takes place ca. 25 to 45 days after planting. Chapter 5. The applicability of the equipment LAI-2000 (Li-Cor) to estimate leaf area index (LAI) was tested. It was concluded that the equipment could be used to estimate LAI on common bean.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-23T12:31:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3843250 bytes, checksum: 7071f5f3215fa13a160769f4410bbbb2 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-23T12:31:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3843250 bytes, checksum: 7071f5f3215fa13a160769f4410bbbb2 (MD5) Previous issue date: 2017-02-24 / O gênero Begomovirus (família Geminiviridae) é constituído por vírus que apresentam um ou dois componentes genômicos de DNA circular de fita simples (ssDNA), infectam plantas dicotiledôneas e são transmitidos naturalmente pela mosca-branca Bemisia tabaci (Homoptera: Aleyrodidae). Os begomovírus constituem um importante grupo de patógenos de plantas responsáveis por perdas severas em diversas culturas de importância econômica, principalmente em regiões tropicais e subtropicais. Com base em relacionamento filogenético e organização do genoma, os begomovírus podem ser divididos em dois grupos: Velho Mundo (VM) e Novo Mundo (NM). Os begomovírus do NM possuem em sua maioria dois componentes genômicos, denominados DNA-A e DNA-B. Recentemente, a associação de alguns begomovírus do NM com DNAs satélites foi demonstrada. Begomovírus evoluem a taxas comparáveis às de vírus que possuem genoma de RNA. Embora se saiba que a mutação e a recombinação são os principais mecanismos geradores de variabilidade para esses vírus, ainda falta uma maior compreensão das forças evolucionárias que atuam sob as populações virais. Os objetivos deste estudo foram: (i) obter mais informações sobre os mecanismos evolucionários que influenciam a variabilidade genética dos begomovírus no NM; (ii) avaliar, por meio de filogenia, o efeito de recombinação na evolução dos begomovírus do NM; (iii) mensurar, por meio de análise filogeográfica, o efeito da migração na evolução dos begomovírus do NM. Sequências-referência de todos os DNA-A e DNA-B de begomovírus do NM foram obtidas do GenBank para montagem dos conjuntos de dados. Análises de recombinação evidenciaram um relacionamento entre begomovírus e alfassatélites do NM, sugerindo que a recombinação é um importante mecanismo evolucionário afetando a evolução do DNA-A, e em particular do gene Rep (presente em ambos os agentes). A retirada de blocos recombinantes mostrou-se desnecessária para a construção de filogenias, uma vez que não alterou o sinal filogenético. Foi encontrado um forte agrupamento entre as espécies baseado nos seus locais de origem, sugerindo que a introdução/migração de genomas oriundos de diferentes áreas contribui grandemente para o aumento dos eventos de recombinação e pseudo-recombinação, o que aumentaria a probabilidade do viisurgimento de novas variantes virais mais bem adaptadas que seus parentais. Resultados da filogeografia também indicam que DNA-A e DNA-B possuem histórias evolutivas distintas, já que as análises sugerem ancestrais diferentes. Em conjunto, os resultados indicam um importante papel da recombinação na diversificação dos begomovírus do NM. / The genus Begomovirus (family Geminiviridae) includes viruses with mono- and bipartite genomes of circular, single-stranded DNA (ssDNA), which infect dicot plants and are transmitted by the whitefly Bemisia tabaci. Begomoviruses constitute an important group of plant pathogens responsible for severe losses in several crops of economic importance, mainly in tropical and subtropical regions. Based on phylogenetic relationships and genomic organization, begomoviruses can be divided into New World (NW) and Old World (OW) groups. NW begomoviruses have mostly bipartite genomes, with the two components named DNA-A and DNA-B. Recently, the association of a small number of NW begomoviruses with alphasatellites was demonstrated. Begomoviruses evolve at high rates, compared to viruses with RNA genomes. Although it is well established that mutation and recombination are the main sources of genetic variability for these viruses, a better understanding of the evolutionary forces that act upon begomovirus populations is still lacking. The objectives of this study were: (i) to obtain more detailed information on the evolutionary mechanisms that influence the genetic variability of NW begomoviruses; (ii) to assess, phylogenetically, the effect of recombination on the evolution of NW begomoviruses; (iii) to measure, by phylogeographic analysis, the effect of migration on the diversification of NW begomoviruses. Datasets including all DNA-A and DNA-B reference sequences of NW begomoviruses were obtained from GenBank. Recombination analysis revealed a relationship between NW begomoviruses and alphasatellites, suggesting that recombination is an important evolutionary mechanism affecting DNA-A evolution, particularly of the Rep gene ( present in both agents). Removal of recombinant blocks from the datasets was shown to be unnecessary, as it did not affect the phylogenetic signal when reconstructing phylogenies. Clusters among species were observed based on their locals of origin, suggesting that the introduction/migration of genomes from different areas greatly contributes to recombination and reassortment, which would increase the probability of the emergence of new variants better adapted than their parental viruses. Phylogeography results suggest that the DNA-A and DNA-B have distinct evolutionary histories, since they have ixdifferent common ancestors. Together, the results indicate an important role of recombination in the diversification of NW begomoviruses.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-23T16:16:35Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 287542 bytes, checksum: 321a29f50becd56f97a594fe0299df37 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-23T16:16:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 287542 bytes, checksum: 321a29f50becd56f97a594fe0299df37 (MD5) Previous issue date: 2014-07-29 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A murcha de Ceratocystis, causada pelo fungo Ceratocystis fimbriata, é uma das mais importantes doenças da cultura da manga. Considerando-se os efeitos benéficos proporcionados pelo potássio (K) em culturas rentáveis e a falta de informações sobre o efeito deste macronutriente sobre no desenvolvimento da murcha de Ceratocystis, o presente estudo teve como objetivo avaliar a forma como as plantas de manga respondem fisiologicamente à infecção causada por C. fimbriata. Plantas foram cultivadas em vasos plásticos contendo 58 ou 240 mg de K dm -3 no substrato . Os sintomas da doença mostraram-se mais pronunciados nas plantas inoculadas e supridas com a menor dose de K, atingindo valores superiores para os índices de lesão URLL (comprimento relativo acima do ponto de inoculação) 79%, RLL (comprimento relativo da lesão) 48% e RFC (colonização radial pelo fungo) 40%, em comparação àquelas que receberam a dose mais elevada (240 mg de K dm -3 ). Como consequência, declínios substanciais na condutância estomática (g s ) em consonância com reduções na taxa de concentração interna e externa de CO 2 (C i /C a ) e ausência de alterações detectáveis nos parâmetros de fluorescência da clorofila a, sugerem que reduções na taxa fotossintética (A) destas plantas deram-se, pelo menos inicialmente, devido a limitações estomáticas. Altas concentrações de potássio, cálcio e manganês foram encontradas nos tecidos do caule das plantas inoculadas e supridas com a maior concentração de K, comportamento provavelmente relacionado ao desenvolvimento local de mecanismos de defesa. Os resultados do presente estudo sugerem que o suprimento de K favorece a resistência das plantas, pois as plantas que receberam a maior dose de K apresentaram menor severidade, levando consequentemente a um melhor desempenho fotossintético. / The mango wilt, caused by the fungus Ceratocystis fimbriata, is one of the most important diseases affecting mango production. Considering the beneficial effects provided by the potassium (K) supply in other profitable crops and the lack of information on the effect of macronutrients in the development of the mango wilt, the present study aimed to evaluate how plants respond physiologically to the infection caused by C. fimbriata. Plants were grown in plastic pots containing 58 or 240 mg K dm -3 in the substrate. Disease symptoms were more pronounced in plants inoculated and supplied with the lower K rate, reaching higher values for the disease indices URLL (upward relative lesion length) 79%, RLL (relative lesion length) 48% and RFC (radial fungal colonization) 40% when compared to those supplied with the higher rate (240 mg de K dm -3 ). Consequently, substantial declines in stomatal conductance (g s ), in line with reductions in internal-to-ambient CO 2 concentration ratio (C i /C a ) and absence of detectable changes in the chlorophyll a fluorescence parameters, suggest that the reduction on the net carbon assimilation rate (A) of those plants are, at least initially, due to stomatal limitations. High concentrations of potassium, calcium and manganese were found in the stem tissues of plants inoculated and supplied with the highest concentration of K, most likely involved in the local development of defense mechanisms which possibly hold a higher resistance against pathogen’s spread. The results of this study suggest that the supply of K favors the resistance of plants, because the plants that received the higher dose of K showed less severity, leading to better photosynthetic performance. / Dissertação liberada do sigilo em 17/01/2018 pelo Orientador Prof. Fabrício de Ávila Rodrigues. Autorização anexada ao Termo.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-24T12:14:18Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 779866 bytes, checksum: 232c3693dbb394fcf079f5d50f5c175a (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T12:14:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 779866 bytes, checksum: 232c3693dbb394fcf079f5d50f5c175a (MD5) Previous issue date: 2017-02-23 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Minas Gerais / A micropropagação de mudas de bananeira vem se tornando cada vez mais comum devido ao ganho em escala e tempo na produção, além de se evitar a disseminação de patógenos, que ocorre frequentemente na propagação natural da cultura. Além disso, as mudas micropropagadas podem ser tratadas com microrganismos benéficos, que conferem proteção e vigor extras, agregando valor ao produto. O fungo Pochonia chlamydosporia já é conhecido por sua capacidade de controlar nematoides fitoparasitas e por promover o crescimento vegetal. Sendo assim, este trabalho foram avaliados os benefícios que esse fungo endofítico pode agregar ao ser introduzido em mudas micropropagadas de bananeira durante o período de aclimatação, antes de serem expostas ao contato com o nematoide das galhas radiculares, Meloidogyne javanica. Doses do produto Rizotec®, à base do isolado Pc-10 do fungo P. chlamydosporia, a fim de gerarem concentrações de 2.000, 3.000, 4.000 e 5.000 clamidósporos.g -1 de substrato, foram comparadas quanto à capacidade de conferir proteção e promover crescimento às mudas de banana. As diferentes concentrações do fungo resultaram em redução do número de galhas e de ovos de M. javanica por grama de raiz. O número de galhas e de ovos de M. javanica.g -1 de raízes, na concentração de 5.000 clamidósporos.g -1 de substrato, foram reduzidos em até 47,6% e 67%, respectivamente, em relação ao tratamento controle. Para as variáveis de desenvolvimento da planta, a altura da parte aérea, massa da parte aérea seca, diâmetro do pseudocaule e massa fresca das raízes de bananeira houve maior incremento na concentração de 5.000 clamidósporos.g -1 de substrato quando comparado ao controle. O fungo foi detectado colonizando as raízes das plantas e o substrato ao final do experimento, mostrando sua capacidade de se instalar, multiplicar e sobreviver no ambiente da muda micropropagada, e foi eficiente na redução dos danos causados pelo nematoide e na promoção do crescimento das plântulas de bananeira. / Micropropagation of banana seedlings has become increasingly common due to the gain in scale and time in the production, as well as avoiding the spread of pathogens, which occurs frequently in the natural propagation of the crop. In addition, micropropagated seedlings may be treated with beneficial microorganisms, which provide extra protection and vigor, adding value to the product. The fungus Pochonia chlamydosporia is already known for its ability to control plant-parasitic nematodes and to promote plant growth. Thus, this work evaluated the benefits that this endophytic fungus can add if introduced in micropropagated seedlings during the acclimatization period, before they are exposed to contact with the root gall nematode, Meloidogyne javanica. Doses of the Rizotec® product, based on the P. chlamydosporia fungus Pc-10 isolate, to generate 2000, 3000, 4000 and 5000 chlamydospore.g -1 concentrations in the substrate were compared for their ability to confer protection and promote the growth of banana seedlings. The different concentrations of the fungus resulted in a reduction in the number of galls and eggs of M. javanica per gram of root. The number of root galls showed a greater reduction in the concentration of 5,000 chlamydospores.g -1 than in the other treatments, with a reduction of up to 47.6% when compared to the control treatment. The number of eggs of M. javanica.g -1 of roots obtained a reduction of 67% at the concentration of 5,000 chlamydospores.g -1 of substrate, in relation to the control treatment. The dry shoot mass increased by up to 23% to 5,000 chlamydospores.g - soil. The diameter of the pseudostem also increased with the fungus application, showing an increase of 14%. The fresh root mass of the plants was also higher in the treatments with the fungus, with a 11.4% increase in the concentration of 5,000 chlamydospores.g -1 , in relation to the control treatment. The fungus was detected colonizing the roots of the plants and the substrate at the end of the experiment, showing its ability to install, multiply and survive in the micropropagated seedling environment, and was efficient in reducing the nematode damage and in promoting banana seedling growth.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-24T13:20:44Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1041271 bytes, checksum: e6cb275e1e3701318178f9c961a02320 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-24T13:20:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1041271 bytes, checksum: e6cb275e1e3701318178f9c961a02320 (MD5) Previous issue date: 2017-07-31 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A ferrugem do cafeeiro, causada pelo fungo Hemileia vastatrix Berkeley & Broome, é considerada a principal doença da cultura. O fungo está amplamente distribuído nas regiões produtoras de café, causando severos danos econômicos. Novas raças fisiológicas de H. vastatrix tem surgido, com frequência em todo mundo, infectando algumas cultivares de café lançadas comercialmente como resistentes à ferrugem. Dessa forma, a obtenção de cafeeiros resistentes tem sido um desafio devido ao alto potencial adaptativo do fungo e tem se tornado cada vez mais difícil a caracterização dos patótipos por meio da coleção de cafeeiros diferenciadores de raça. Além disso, as informações acerca da interação de cafeeiros com as raças existentes são escassas, embora o processo infeccioso de H. vastatrix seja bem estudado. Estudos genômicos estão ajudando no entendimento dos mecanismos moleculares envolvidos no processo de interação entre planta e patógeno e no desenvolvimento de técnicas moleculares para a identificação de isolados. Nosso objetivo foi caracterizar as raças de H. vastatrix encontradas nas principais regiões produtoras de café do Brasil, e estudar as proteínas candidatas a efetoras preditas para H. vastatrix que possam contribuir para patogenicidade nas diferentes raças do fungo. Foram utilizados 56 isolados monopustular coletados de diferentes espécies de café, Coffea canephora, C. arabica e Híbrido de Timor (C. canephora x C. arabica) e multiplicados em cafeeiro suscetível C. arabica variedade Caturra. Cada isolado foi inoculado em cafeeiros que compõe a série diferenciadora de raças, com três repetições. O DNA dos 56 isolados monopustulares foram extraídos para os estudos genômico. Foram utilizadas 47 combinações de primer para amplificar genes de candidatos a efetores. Sete genes foram amplificados, sequenciados e tiveram sua expressão validada em cafeeiros resistente e suscetível. As sequências obtidas foram alinhadas para os 46 isolados, usando o programa DNA Baser. Estudo de domínio conservado foram realizados no programa Pfam e a categorização das proteínas no Blast2GO. O alinhamento das sequências de nucleotídeos, proteínas e agrupamento dos isolados foi feito no programa Clustalw e as diferença de nucleotídeo foi analisada no Weblogo. Os dados obtidos foram usados para o estudo de diversidade. Por meio da inoculação na série diferenciada, foram identificadas sete raças, sendo cinco já descritas no Brasil e duas pela primeira vez (raça XXIX e XXX). Não foi possível caracterizar 15 combinações dos genes de virulência, sendo assim consideradas novas raças. A análise da coleção de isolados permitiu inferir a presença de pelo menos seis novos genes na série diferenciadora, o que possibilitou diferenciar dois isolados descritos como raças III. Na análise genômica, os 47 genes candidatos a efetores estudados se mostraram conservados em todos os isolados e estão ligados a 15 processos biológicos do desenvolvimento do fungo. Foram identificados 14 domínios nas proteínas provenientes desses genes. Para os sete genes sequenciados nos diferentes isolados, observou-se diferença na sequência dos nucleotídeos e presença de indivíduos heterozigoto e homozigoto. Com análise de diversidade foi possível discriminar os indivíduos, sendo o isolado Hv-09 o mais divergente. As informações geradas nesta pesquisa poderão ampliar o entendimento da interação entre H. vastatrix e o cafeeiro. O conhecimento dos genes que estão envolvidos no processo infeccioso auxiliará o entendimento dos mecanismos moleculares que levam à suplantação da resistência por novas raças do fungo. / Coffee rust, caused by the fungus Hemileia vastatrix Berkeley & Broome, is considered the main disease of the crop. The fungus is widely distributed in the coffee producing regions, causing severe economic damage. New physiological races of H. vastatrix have arisen, often all over the world, infecting some commercially released coffee cultivars as resistant to rust. Thus, obtaining resistant coffee trees has been a challenge due to the high adaptive potential of the fungus and it has become increasingly difficult to characterize the pathotypes through the collection of coffee races. In addition, information on the interaction of coffee trees with the existing races is scarce, although the infectious process of H. vastatrix is well studied. Genomic studies are helping to understand the molecular mechanisms involved in the process of interaction between plant and pathogen and in the development of molecular techniques for the identification of isolates. Our objective was to characterize the H. vastatrix race found in the main coffee producing regions of Brazil and to study the effector candidate proteins predicted for H. vastatrix that may contribute to pathogenicity in the different fungus races. Fifty six monopustular isolates collected from different coffee species, Coffea canephora, C. arabica and Hybrid of Timor (C. canephora x C. arabica) were used and multiplied in susceptible coffee C. arabica variety Caturra. Each isolate was inoculated in coffee plants that make up the differentiating series of races, with three replicates. The DNA of the 56 monopustular isolates were extracted for genomic studies. We used 47 primer combinations to amplify effector candidate genes. Seven genes were amplified, sequenced and had their validated expression in resistant and susceptible coffee trees. The sequences obtained were aligned for the 46 isolates using the DNA Baser program. A conserved domain study was performed on the Pfam program and the protein categorization in Blast2GO. The alignment of the nucleotide sequences, proteins and clustering of the isolates was done in the Clustalw program and the nucleotide differences were analyzed in Weblogo. The data obtained were used for the study of diversity. Through inoculation in the differentiated series, seven races were identified, five of which were already described in Brazil and two for the first time (races XXIX and XXX). It was not possible to characterize 15 combinations of the virulence genes, thus being considered new races. The analysis of the collection of isolates allowed to infer the presence of at least six new genes in the differentiator series, which made it possible to differentiate two isolates described as breeds III. In genomic analysis, the 47 candidate effector genes studied have been conserved in all isolates and are linked to 15 biological processes of fungus development. 14 domains were identified in proteins from these genes. For the seven genes sequenced in the different isolates, we observed a difference in nucleotide sequence and presence of heterozygous and homozygous individuals. With diversity analysis it was possible to discriminate individuals, being the Hv-09 isolate the most divergent. The information generated in this research may broaden the understanding of the interaction between H. vastatrix and the coffee tree. The knowledge of the genes that are involved in the infectious process will help the understanding of the molecular mechanisms that lead to the supplanting of resistance by new races of the fungus.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2018-01-25T11:25:48Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1309742 bytes, checksum: 67507ca85e3eb2be0a8c188ce489a217 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-01-25T11:25:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1309742 bytes, checksum: 67507ca85e3eb2be0a8c188ce489a217 (MD5) Previous issue date: 2017-02-17 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Stevia rebaudiana Bertoni (Asteraceae) popularmente conhecida como erva-doce do Paraguai é uma planta perene nativa da Serra de Amambai e ocorre espontaneamente no Paraguai e em regiões adjacentes do Brasil e Argentina. É uma fonte importante de adoçante natural em cujas folhas encontram-se glicosídeos (esteviosídeos e rebaudiosídeos) que podem ser 300 vezes mais doces que a sacarose da cana-de açúcar. As suspeitas de que o consumo dos adoçantes sintéticos tenha efeitos nocivos para a saúde têm ocasionado um aumento na demanda dos edulcorantes naturais, e neste caso a S. rebaudiana tem chamado atenção, pois além de ser um produto natural ainda apresenta propriedades farmacêuticas. Com o rápido aumento do cultivo e comercialização da cultura ocorre o inevitável surgimento de problemas fitossanitários relacionados a doenças fúngicas. Até o momento pouco se sabe sobre os patógenos associados a S. rebaudiana, não apenas no Brasil, mas no mundo todo. Com objetivo de esclarecer e complementar as informações relacionadas aos fungos fitopatogênicos de S. rebaudiana, foi realizado um levantamento dos fungos associados a esta planta no Brasil e no Paraguai visando produzir uma descrição mais completa da sua micobiota. Durante o levantamento foram obtidas amostras da região sul e sudeste do Brasil e do Paraguai. Foram encontrados, descritos (através de morfometria e análises moleculares) e ilustrados doze fungos, dentre os quais dois são aqui reconhecidos como novos taxa, são eles: cinco hifomicetos/formas assexuadas de ascomicetos (Alternaria burnsii, Alternaria novae-guineensis, Cercospora sp., Corynespora cassiicola e Fusarium sp.), cinco celomicetos/formas assexuadas de ascomicetos (Colletotrichum truncatum, Elsinoë sp. nov., Macrophomina phaseolina, Phoma omnivirens e Septoria sp. nov.), uma ferrugem (Aecidium minimum) e um basidiomiceto (Athelia rolfsii). / Stevia rebaudiana Bertoni (Asteraceae) commonly known as Paraguay sweet herb is a perennial plant native from the Amambay region and occuring spontaneously in Paraguay and adjacent regions of Brazil and Argentina. It is an important source of natural sweetener with leaves contain glycosides (steviosides and rebaudiosides) that can be 300 times sweeter than sugarcane. The suspected negative health effects of the consumption of synthetic sweeteners have caused an increase in the demand for natural sweeteners. Stevia rebaudiana has attracted much attention an option, because besides being a natural product it has other benefitial pharmaceutical properties. The rapid increase in cultivation and commercialization has been accompanied - inevitably - by the emergence of phytosanitary problems, including fungal diseases. Until now, little is known about the pathogens associated with S. rebaudiana, not only in Brazil, but also worldwide. In order to clarify and complement the information related to phytopathogenic fungi of S. rebaudiana, a survey of fungi associated with this species in Brazil and Paraguay was carried out in order to produce a more complete description of its mycobiota. During the survey, samples were obtained from the southern and southeastern regions of Brazil and from Paraguay. Twelve fungi were collected, described (through morphometry and molecular analysis) and illustrated, are: five ascomycete/hyphomycete asexual morphs (Alternaria burnsii, Alternaria-novae-guineensis, Cercospora sp., Corynespora cassiicola and Fusarium sp.), five ascomycete/coelomycete asexual morphs (Colletotrichum truncatum, Elsinoë sp. nov., Macrophomina phaseolina, Phoma omnivirens and Septoria sp. nov.), a rust fungus (Aecidium minimum) and a basidiomycete (Athelia rolfsii).

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2016-04-19T10:26:46Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 347393 bytes, checksum: fc58ddd1620fea443ab644f380046b6f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-04-19T10:26:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 347393 bytes, checksum: fc58ddd1620fea443ab644f380046b6f (MD5) Previous issue date: 2015-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A ferrugem asiática da soja, causada pelo fungo Phakopsora pachyrhizi, desde que foi relatada pela primeira vez no Brasil, tem sido alvo de estudos quanto ao emprego de fungicidas para seu controle. Entretanto, devido ao uso indiscriminado destes produtos, em especial provenientes do grupo DMI (“Demethylation inhibitor”) e QoI (“Quinone outside inhibitor”), também conhecidos respectivamente como triazóis e estrubirulinas, relatos de resistência estão cada vez mais comuns atualmente. Com intuito de estudar novas estratégias para o controle químico da ferrugem, experimentos foram conduzidos a nível de laboratório, casa-de-vegetação e campo para avaliar o efeito da associação de fungicidas pertencentes ao grupos dos DMIs e QoIs com fungicidas de múlti-sítios. Os experimentos realizados a nível de laboratório e casa-de-vegetação estudaram o efeito sistêmico e translaminar de diferentes fungicidas comerciais à base de triazóis (Epoxiconazol, Ciproconazol, Protioconazol, Flutriafol e Tebuconazol) e estrubirulinas (Piraclostrobina e Trifloxistrobina), sendo que para o experimento em casa-vegetação foi adicionado diferentes fungicidas multi-sítios (Mancozebe e Chlorothalonil), Com base nos resultados obtidos em laboratório e em casa-de-vegetação, foram realizados experimentos a nível de campo para avaliar o efeito de fungicidas à base dos triazóis; Epoxiconazol e Ciproconazol, e das estrubirulinas Piraclostrobina e Azoxistrobina, em associação com Mancozebe, Metiram e Chlorothalonil. A ferrugem asiática foi avaliada por médio da severidade com auxílio de escala diagramática e os dados obtidos foram integrados para calcular a área abaixo da curva de progresso da doença (AACPD). Além da avaliação de doença, foi determinado rendimento de grãos (kg/ha) de cada parcela. O bioensaio realizado no laboratório e estufa mostraram que os tratamentos fungicidas utilizados obtiveram uma eficiência mínima de controle da ferrugem asiática da soja de 92 %, comparado com a testemunha. Ensaios de campo, demonstraram que todas as combinações fungicidas empregadas foram eficazes para controlar a ferrugem asiática e consequentemente favorecer um maior ganho de produtividade em comparação com a testemunha. Ao analisar a eficácia de controle da ferrugem asiática nos terços inferior, médio e superior, mostrou que a aplicação de Expoxiconazole com piraclostrobina e Ciproconazol com azoxistrobina reduz ASR (inferior, médio e superior) a queda de folha (%), e aumento no rendimento (kg/ha). Observou-se que a incidência do ASR diferiu entre as partes de dossel. A gravidade aumentou de inferior para a parte superior Ficou evidenciado nesse trabalho, que a aplicação das misturas entre DMI, QoI e multi- sítios promoveu de forma eficaz a redução da doença, propiciou ganho de produtividade e evitou a desfolha das plantas. O emprego de misturas que combinam fungicidas com alto risco de resistência (DMI e QoI) com fungicidas de baixo risco (multi-sítios) podem ser uma nova estratégia para o manejo da ferrugem a curto e a longo prazo. Além disso, em função do efeito residual e protetor de fungicidas multi-sítios promover maior longevidade de moléculas e redução do número de aplicação de fungicidas sistêmicos do grupo dos DMI e QoI. / Asian soybean rust (ASR), caused by the fungus Phakopsora pachyrhizi, since it was first reported in Brazil, has been the subject of studies regarding the use of fungicides to its control. However, due to the indiscriminate use of this products, especially from the DMIs ("demethylation inhibitors") and QoIs ("Quinone outside inhibitor") groups, also known respectively as triazoles and strobilurins, resistance reports are increasingly common nowadays. In order to study new strategies for chemical control of ASR, experiments were conducted in laboratory, greenhouse and field to evaluate the effect of fungicides belonging to the DMIs and QoIs groups associated with multi-site fungicides. Experiments were carried out at laboratory and greenhouse in order to study the systemic and translaminar effect of triazoles (Epoxiconazole, Cyproconazole, Prothioconazole, Flutriafol and Tebuconazole) and Strobilurins (Pyraclostrobin and Trifloxystrobin), and for the experiment in greenhouse were mixed these lasts with multi-site fungicides like (Mancozeb and Chlorothalonil). Based on the results obtained in the laboratory and greenhouse, field trial experiments were conducted to evaluate the effect of fungicides compounded with triazole like Epoxiconazole and Cyproconazole, and strobilurins like Pyraclostrobin and Azoxystrobin with Mancozeb, Metiram and Chlorothalonil. ASR was assessed by the severity using a diagrammatic scale and the data were integrated to calculate the area under the disease progress curve (AUDPC). Besides the evaluation of disease, it was determined grain yield (kg/ha) for each plot. The bioassay conducted in the laboratory and greenhouse showed that the fungicide treatments obtained a minimum efficacy of 92 % against ASR, compared to the control. The field trials showed that all combinations of fungicides used were effective to control ASR and promoted greater yield gain compared to the control. Analyzing the effectiveness to control ASR in the lower, medium and upper part of the canopy, showed that application of Expoxiconazole with Pyraclostrobin, and Cyproconazole with Azoxystrobin reduced ASR (lower, medium and upper) and leaf fall (%), and increased yield gain (kg/ha). It was observed that the incidence of the ASR differed between the canopy parts. The severity increased from lower to the upper part. It was evidenced in this work, that the application of DMI, QoI and multi-site fungicides in association promoted effectively the disease reduction, increased yield and avoided the leaf fall. The use of commercial formulation fungicides with high risk of resistance (DMI and QoI) combined to low risk ones (multi-site) could be a new strategy for the management of the ASR at short and long term. Furthermore, due to the residual effect and protective of multi-site fungicides like Mancozeb, Chlorothalonil and Metiram, can promote higher longevity of DMI and QoI molecules and reduce the number of application of systemic fungicides. / Sem lattes

Os fungos toxigênicos Aspergillus flavus e Fusarium verticillioides podem colonizar plantas de milho em todas as etapas do cultivo, através da contaminação fúngica presente no solo, levando a queda de produtividade e qualidade do grão. Em adição, estes fungos podem produzir micotoxinas que põem em grande risco a saúde de humanos e animais que consomem os grãos contaminados. O controle biológico é um método de controle fúngico alternativo ao uso de fungicidas químicos e o uso de bactérias provenientes do sistema radicular de plantas de milho é extremamente promissor em função da capacidade competitiva e de sobrevivência destes micro-organismos. O objetivo deste trabalho foi selecionar bactérias do sistema radicular de plantas de milho com potencial para o biocontrole de Aspergillus flavus e Fusarium verticillioides no agroecossistema de cultivo do milho. Foram isolados 1283 colônias bacterianas do sistema radicular de plantas de milho e destas 24 apresentaram atividade antifúngica e 3 foram selecionados para o restante do trabalho. Os três isolados selecionados foram identificados como Bacillus safensis RF69, B. amyloliquefaciens RP103 e B. subtilis RP242. Os isolados foram capazes de reduzir a taxa de crescimento micelial in vitro dos dois fungos, assim como foram capazes de reduzir a produção, germinação e sobrevivência de conídios. Foi detectada a produção de iturina A pelos isolados B. amyloliquefaciens RP103 e B. subtilis RP242, caracterizando este metabolito como um dos responsáveis pela atividade antifúngica. Os isolados B. amyloliquefaciens RP103 e B. subtilis RP242 demonstraram a manutenção da dominância frente a A. flavus e F. verticillioides in vitro em diferentes condições ambientais, caracterizando alta eficácia no controle fúngico em situações de stress hídrico e de térmico. A bacterização de sementes com os três isolados foi efetiva na proteção radicular frente aos dois fungos, assim como levou ao aumento do comprimento e peso das plântulas, da taxa de emergência de plântulas e na germinação de sementes. Os isolados foram capazes de reduzir drasticamente as contagens fúngicas em solo não-rizosférico e no grão de milho, reduzindo também a concentração de aflatoxina B1 e fumonisina B1 nos grãos. Os isolados demonstraram-se extremamente promissores para serem utilizados em um bioformulado objetivando o controle micotoxigênico em plantas de milho em diferentes etapas da produção de grãos. / Toxigenic fungi Aspergillus flavus and Fusarium verticillioides may colonize maize grains on the field and during storage, leading to yield and quality losses, mainly by the production of aflatoxin B1 and fumonisin B1, carcinogenic and potentially carcinogenic mycotoxins, respectively. Biological control is a promising alternative control method and the usage of soil bacteria as biocontrol agents has great potential due to survival and competitive characteristics of those microorganisms. The objective of this study was to select bacteria from maize root system with potential to biocontrol Aspergillus flavus and Fusarium verticillioides on the agroecosystem of maize. We isolated 1283 bacterial colonies from maize root system, 24 of them presented antifungal activity and three were selected for the rest of the study. Selected isolates were identified as Bacillus safensis RP69, B. amyloliquefaciens RP103 and B. subtilis RP242. The isolates were capable to reduce in vitro mycelial growth rate of both fungi and reduce conidial production, germination and survival. Iturin A production was detected by B. amyloliquefaciens RP103 and B. subtilis RP242, characterizing this metabolite as one of the responsible for the antifungal activity. Isolates B. amyloliquefaciens RP103 and B. subtilis RP242 maintained in vitro dominance towards A. flavus and F. verticillioides in different environmental conditions, characterizing high efficacy on fungal control even in water and temperature stress situations. Seed bacterization was effective on root protection towards both fungi, as well as increased seedling length and weight, emergency rate and seed germination percentage. The isolates were able to reduce fungal counts on non-rhizospheric soil and on grain, and were able to decrease aflatoxin B1 and fumonisin B1 final concentrations on maize grain. The selected isolates shown extremely promising to be used as biocontrol agents on a bioformulated product aiming mycotoxigenic control on maize plants during different steps of grain production.