CYSNE, A. Q. Epidemiologia comparativa da resinose (Lasiodiplodia theobromae) do cajueiro em pomares comerciais o semi-árido nordestino. 2009. 69 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2009. / Submitted by José Jairo Viana de Sousa (jairo@ufc.br) on 2014-06-26T18:49:02Z No. of bitstreams: 1 2009_dis_aqcysne.pdf: 376485 bytes, checksum: a941202c02abf7b9dceb110af08a0862 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-07-02T17:13:39Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2009_dis_aqcysne.pdf: 376485 bytes, checksum: a941202c02abf7b9dceb110af08a0862 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-02T17:13:39Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2009_dis_aqcysne.pdf: 376485 bytes, checksum: a941202c02abf7b9dceb110af08a0862 (MD5) Previous issue date: 2009 / Presently, a cashew disease known as gummosis, caused by the fungus Lasiodiplodia theobromae, deserves special attention due to its infection to branches and trunks of woody plants imposing significantly reduction in nut yield. As the importance of disease increases, it becomes of fundamental importance the development of epidemiological studies to understand the ecological aspects involved on disease establishment and progress. This work aimed to study gummosis dynamics in time and space in three different clones of cashew. Patterns of dispersion in space and disease progress on time, as well as the components involved on these models such as disease progress curve, maximum disease intensity, area under the disease progress curve and the point of initial disease were studied analyzed in order to compare epidemics in the three clones with different disease reactions. The study was conducted in a commercial cashew farm in Pio IX district in Piaui state, Brazil. Gummosis incidence and severity data of collected from 2002 to 2007 were used for both time and space analyses for BRS 226, Embrapa 51 and Faga 11 clones. Disregarding differences in disease occurrence and severity among clones, a random pattern of dispersion was observed at the beginning of the epidemic followed by the development of new foci and expansion of original foci. Later, a clustered pattern was observed. Clones showed different fitness to epidemic models accordingly with their degree of susceptibility. Comparison of epidemics based on their components have shown significant differences among clones, providing evidence for the potential use of host resistance as a means of gummosis control. / Atualmente, a doença conhecida como resinose, causada pelo fungo Lasiodiplodia theobromae, vem merecendo destaque no semi-árido brasileiro devido ao ataque em galhos e ramos lenhosos da planta, provocando significativas perdas na produção de castanha. O desenvolvimento de estudos epidemiológicos é de fundamental importância no entendimento dos aspectos ecológicos envolvidos na ocorrência e progresso da doença. Este trabalho objetivou realizar estudos sobre a dinâmica espaço-temporal do patógeno em três diferentes clones de cajueiro. Foram estimadas a dispersão desta doença através de seu padrão espacial e temporal na área em estudo, estudando-se os componentes das análises como os modelos de curva de progresso da doença, intensidade máxima da doença, início de aparecimento dos sintomas e área abaixo da curva de progresso da doença, de forma a comparar epidemiologicamente o desenvolvimento desta doença em clones com diferentes reações. As áreas de estudo estão localizadas em uma propriedade situada no município de Pio IX, PI. Os dados de incidência e severidade foram coletados entre os anos de 2002 e 2007, e utilizados nas análises espaciais e temporais para os clones BRS 226, Embrapa 51 e Faga 11. Mesmo apresentando diferenças quanto à incidência e severidade, foi observado que a doença assume um modelo aleatório de dispersão no início da epidemia, e que o aumento da incidência se dá pelo surgimento de novos focos unitários e crescimento dos focos antes existentes. Posteriormente, registrou-se uma agregação de plantas doentes. Os clones apresentaram ajustes a diferentes modelos epidemiológicos de acordo com o grau de susceptibilidade. As comparações entre as epidemias baseadas nos seus componentes apresentaram diferenças significativas entre os clones de cajueiro, sugerindo o uso potencial da resistência genética do hospedeiro como método de controle da resinose do cajueiro.

FARIAS, F. C. Detecção da diversidade e associação de Lasiodiplodia theobromae com o cajueiro utilizando marcadores microssatélites. 2008. 42 f. Dissertação (Mestrado em Agronomia/Fitotecnia) - Centro de Ciências Agrárias, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2008. / Submitted by Francisco Lacerda (lacerda@ufc.br) on 2014-07-02T19:50:47Z No. of bitstreams: 1 2008_dis_fcfarias.pdf: 910648 bytes, checksum: 11c32ed2ac28af3a0d3eb679e579bd04 (MD5) / Approved for entry into archive by José Jairo Viana de Sousa(jairo@ufc.br) on 2014-07-02T20:07:46Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2008_dis_fcfarias.pdf: 910648 bytes, checksum: 11c32ed2ac28af3a0d3eb679e579bd04 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-07-02T20:07:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2008_dis_fcfarias.pdf: 910648 bytes, checksum: 11c32ed2ac28af3a0d3eb679e579bd04 (MD5) Previous issue date: 2008 / The cashew crop is one of the most important agribusiness activity in northeastern Brazil, mainly due to its social and economic impact in that region. Nevertheless, severe outbreaks of gummosis and black branch dieback, both caused by the fungus Lasiodiplodia theobromae have imposed great losses under semi-arid conditions. Presently, these diseases are the most important ones over semi-arid conditions in Northeast Region. However, the limited amount of basic knowledge about population biology, genetic structure and pathogen, host and environment interaction are likely to hinder the efforts to manage this pathogen. This study was developed in order to establish a L. theobromae population associated with cashew plant from different ecological regions in the northeastern Brazil, to determine the survival endophytic ability of this fungus in cashew tissues and to characterize this population by using microsatellite markers. Initially, samples of cashew stems were gathered from three natural ecosystems in Brazil in order to isolate L. theobromae. A population of 41 isolates associated with cashew was obtained. Bioassays aiming to determine the surviving ability of this fungus in non infected tissues close to gummosis lesions were conducted using sampled stems. A subpopulation of 15 isolates of L. theobromae was used for DNA extraction followed by polimerase chain reaction (PCR) using 15 oligonucleotides primers designed to amplify microsatellites regions. PCR products were observed on agarose gel in ethidium bromide electrophoresis and analyzed by the unweighted pair-group method with arithmetic mean (UPGMA) by the Nei and Li similarity coefficient. L. theobromae was successfully isolated from cashew tissues as far as 90 cm from the border of the gummosis lesion in both up and down directions. This result confirms the endophytic behavior of this fungus in cashew plant. A great genetic variability of L. theobromae population was observed as determined by 16 similarities groups varying from 91% to 5%. None isolate achieved 100% similarity. The greatest similarity was found between pathogenic and endophytic isolates. / A cultura do cajueiro representa uma das mais importantes atividades agroindustriais do Nordeste do Brasil, sobretudo pelo seu caráter social e econômico para esta região. Entretanto, a ocorrência epifítica de doenças como a resinose e a podridão-preta-da-haste, ambas causadas pelo fungo Lasiodiplodia theobromae, têm produzido severas perdas principalmente nas regiões semi-áridas. Essas já assumem a posição de principais doenças em algumas regiões do semi-árido nordestino. Entretanto, os conhecimentos básicos sobre a biologia populacional, constituição genética e interação do patógeno com as plantas hospedeiras, por exemplo, são reduzidos e superficiais, não permitindo significativos avanços no manejo dessas enfermidades. Este estudo teve como objetivos estabelecer uma população de isolados L. theobromae associados ao cajueiro em diferentes micro-regiões do nordeste brasileiro, determinar a capacidade deste fungo sobreviver endofiticamente em tecidos de cajueiro e caracterizar geneticamente essa população usando marcadores microssatélites. Inicialmente, foram coletadas amostras de caules de cajueiro em três ecossistemas naturais brasileiros visando isolar o patógeno. Foi estabelecida uma população de 41 isolados de L. theobromae associados ao cajueiro. Bioensaios visando a determinação da sobrevivência do fungo em tecidos não infectados, mas próximos às lesões foram desenvolvidos a partir de amostras de caules com resinose. Uma sub-população de 15 isolados de L. theobromae foi usada na extração de DNA e posterior submissão a reações de polimerase (PCR) em cadeia usando 15 primers flanqueadores de regiões contendo seqüências simples repetidas (microssatélites). Os produtos amplificados do PCR foram observados em gel de eletroforese corados com brometo de etídio e analisados pelo método de agrupamento não balanceado baseado na média aritmética (UPGMA), estimando-se as similaridades genéticas pelo coeficiente de Nei e Li. L. theobromae foi isolado de tecidos do caule do cajueiro até 90 cm de distância da extremidade da lesão característica de resinose nos dois sentidos (ascendente e descendente) em relação à lesão, confirmando o comportamento endofítico desse fungo em cajueiro. Uma grande variabilidade genética da população avaliada, representada por 16 grupos de similaridade variando de 91% a 5%, foi observada. Nenhum isolado foi igual (100% similaridade). As maiores similaridades (91%) foram observadas entre isolados comprovadamente patogênicos e supostamente endofíticos.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:36:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_7201_Joao Paulo Pereira Paes.pdf: 1520930 bytes, checksum: b32e84fe98128fe5233ffa045154b45e (MD5) Previous issue date: 2015-02-27 / O morango é uma planta herbácea, rasteira e perene da família Rosaceae, sendo produzida e apreciada nas mais variadas regiões do mundo. Contudo, o sistema produtivo desta olerícola comumente é acometido por artrópodes praga. No Brasil, além dos organismos praga já conhecidos, uma nova praga tem prejudicado nos cultivos, trata-se da mariposa Duponchelia fovealis Zeller (Lepidoptera:Crambidae), identificada nos estados do Paraná, Espírito santo e Minas Gerais. Em face do potencial de dano, por se tratar de uma praga nova no país e pela carência de produtos registrados para o controle das infestações. O estudo de métodos de controle dos níveis populacionais pelo emprego de agentes de controle biológico, pode se tornar uma importante ferramenta de regulação deste inseto praga. Deste modo, o presente trabalho teve por objetivo selecionar espécies e ou linhagens de Trichogramma, bem como, avaliar as características biológicas deste parasitoide no hospedeiro D. fovealis, quando exposto a ovos de diferentes fases de desenvolvimento embrionário, a diferentes densidades de ovos e diferentes condições térmicas. As espécies/linhagens que se mostraram mais eficazes foram T. pretiosum e T. galloi, que apresentaram porcentagem de parasitismo em torno de 50%. Com relação ao desenvolvimento embrionário, este afetou significativamente o parasitismo de ambas as espécies de parasitoide, porém não verificou influência da idade dos ovos nos demais parâmetros biológicos. Para densidade de ovos, verificou influência deste parâmetro para número de ovos parasitados que, aumentou proporcionalmente a densidade de ovos e na porcentagem de parasitismo que, foi inversamente proporcional ao aumento da densidade. No que, refere-se ao efeito da temperatura, estas afetam significativamente o tempo de desenvolvimento dos parasitoides, sendo que, observou-se redução do ciclo ovo-adulto de ambas as espécies de Trichogramma, quanto aos demais parâmetros, observou boas características em todas as temperaturas estudadas. Portanto, verificou-se que o parasitoide demonstrou potencial para uma possível utilização em programas de manejo de D. fovealis. / The strawberry is a herbaceous climbing plant and perennial Rosaceae family, being produced and appreciated in various regions of the world. However, the production system of this vegetable crop is commonly affected by arthropod pests. In Brazil, in addition to pest organisms known, a new pest has damaged the crops, it is the moth Duponchelia fovealis Zeller (Lepidoptera: Crambidae), identified in the states of Paraná, Minas Gerais and Espírito Santo. In view of the potential damage, because it is a new pest in the country and lack of products registered for the control of infestations. The study of control methods in population levels by the use of biological control agents, can become an important regulatory tool of this insect pest. Thus, this study aimed to select species and strains of Trichogramma or as well as, evaluating the biological characteristics of this parasitoid in the host D. fovealis when exposed to eggs from different stages of embryonic development, different egg densities and different thermal conditions. The species / strains that were more effective were T. pretiosum and T. galloi presenting percentage parasitism around 50%. With regard to embryonic development, this significantly affected the parasitism of both parasitoid species, but not verified influence of age of eggs in other biological parameters. For density of eggs, no influence of this parameter to the number of parasitized eggs, increased proportionally the density of eggs and parasitism that was inversely proportional to the increase in density. As refers to the effect of temperature, these significantly affect the development time of the parasitoid, and, there was a reduction of egg-adult cycle of both species of Trichogramma, as the other parameters, good features observed in all temperatures studied. Therefore, it was found that the parasitoid has demonstrated potential for possible use in the management program D. fovealis

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília,Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2011. / Submitted by Tania Milca Carvalho Malheiros (tania@bce.unb.br) on 2012-04-17T15:03:14Z No. of bitstreams: 1 2011_MaíraTeixeiraAndrade.pdf: 1655820 bytes, checksum: e4d8969918624ab52c7635ee266f4fd6 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2012-04-17T15:34:20Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2011_MaíraTeixeiraAndrade.pdf: 1655820 bytes, checksum: e4d8969918624ab52c7635ee266f4fd6 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-04-17T15:34:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2011_MaíraTeixeiraAndrade.pdf: 1655820 bytes, checksum: e4d8969918624ab52c7635ee266f4fd6 (MD5) / A Embrapa Hortaliças mantém uma coleção de isolados de Alternaria de diversas regiões do Brasil oriundo de plantas cultivadas da família Alliaceae como: Allium cepa (cebola), A. sativum (alho), A. fistulosum (cebolinha) e A. ampeloprasum var. porrum (alho-poró). O presente trabalho foi realizado com o intuito de investigar a variabilidade morfológica e molecular desses isolados. Para tanto foi feita uma caracterização molecular via sequenciamento da região ITS do DNA ribossomal e do gene Alt a1 (codificador de uma proteína alergênica encontrado em espécies de Alternaria). Análises morfológicas e morfométricas foram também conduzidas para um subgrupo de isolados. Em relação à análise com a região ITS foram formados dois grupos distintos. Um composto pelo grupo de espécies alternata e outro contendo as espécies tipo porri. Já na árvore filogenética do gene Alt a1, todos os isolados e espécies foram alocados em um mesmo grande grupo e dentro dele formaram-se subgrupos. Alguns isolados foram selecionados para caracterização orfológica, no entanto somente 10 esporularam in vitro. As estruturas dos isolados foram observadas e medidas. Do total, nove se enquadraram no grupo da espécie A. alternata e somente um foi alocado em A. crassa. Os resultados morfométricos se assemelharam aos moleculares e conclui-se que o gene Alt a1 foi menos informativo. A análise realizada com a região ITS separou logo os isolados em dois grupos distintos. ______________________________________________________________________________ ABSTRACT / Embrapa Hortaliças ( Embrapa Vegetable Crops) maintain a collection of Alternaria isolates collected from plant species of the Alliaceae family as well as: Allium cepa (onion), A. sativum (garlic), A. fistulosum (chive) e A. ampeloprasum var. porrum (leek). The present work was carried out aiming to investigate the morphological and molecular variability of those isolates. For this was made the molecular characterization of the isolates by sequencing the ITS region of ribosomal DNA and of gene Alt a1 that codes for an allergenic protein produced by Alternaria especies. After this, it was made morphologic and morphometric studies with some isolates. In the ITS tree it was observed two distinct groups. One group was represented by isolates of the species groups alternata and the other one represented by isolates of the species group porri. In the phylogeny tree of Alt a1, all isolates were grouped in one big single group. Within this big group it was formed subgroups. Some isolates were selected for the morphological characterization. However only 10 isolates produced spores in culture. The structure of the isolates were measured and observed under optical microscope. Nine out of ten isolates were classified in the A. alternata group and only one was classified as A.crassa. The results of morphometrical characterization were similar to those of the molecular classification. The Alt a1 gene was less informative. Analysis with the ITS region separeted the isolates in two groups, while the analysis with Alt a1 separeted the isolates in only one group.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, Programa de Pós-Graduação em Fitopatologia, 2017. / Submitted by Albânia Cézar de Melo (albania@bce.unb.br) on 2017-04-26T16:42:35Z No. of bitstreams: 1 2017_PatríciaHonoratodeCarvalho.pdf: 1672404 bytes, checksum: 4f267c88716f8eabf9826a2412373904 (MD5) / Approved for entry into archive by Guimaraes Jacqueline(jacqueline.guimaraes@bce.unb.br) on 2017-04-27T13:04:43Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_PatríciaHonoratodeCarvalho.pdf: 1672404 bytes, checksum: 4f267c88716f8eabf9826a2412373904 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-04-27T13:04:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_PatríciaHonoratodeCarvalho.pdf: 1672404 bytes, checksum: 4f267c88716f8eabf9826a2412373904 (MD5) / O tomate é a segunda hortaliça mais cultivada em todo o mundo e no Brasil apresenta elevada importância econômica. Vários patógenos afetam essa cultura, entre elas os nematoides, principalmente do gênero Meloidogyne, responsáveis por perdas em produtividade do fruto. Dessa forma, se faz importante técnicas que reduzam as perdas ocasionadas por nematoides. Nesse trabalho, objetivou-se testar a ação individual de produtos biológicos e indutor de resistência em associação com a manipueira, subproduto da mandioca, para o manejo de Meloidogyne javanica e Meloidogyne incognita. Os experimentos foram conduzidos em casa de vegetação na Universidade de Brasília, Brasília, DF. Os experimentos seguiram delineamento inteiramente casualizado, com 10 tratamentos e 5 repetições em ambos, sendo os tratamentos: 1. Testemunha sem inóculo; 2. Testemunha + Manipueira 50%; 3. Testemunha com inóculo; 4. Rizotec (Pochonia chlamydosporia); 5. Rizotec + Manipueira 50%; 6. Onix (Bacillus methylotrophicus) + Quality (Trichoderma asperellum); 7. Onix + Quality + Manipueira 50%; 8. Bion (Acibenzolar-S-metil); 9. Bion + Manipueira 50%; 10. Nematicida Rugby (Cadusafós). Os experimentos foram conduzidos de maio a setembro de 2016. Mudas de tomate cv. Santa Cruz Kada gigante foram transplantadas para sacos plásticos após 30 dias da semeadura. Os produtos biológicos e o nematicida foram aplicados uma semana após o transplantio e o indutor de resistência uma semana antes da inoculação. Cinco mil ovos e eventuais juvenis de segundo estádio (J2) de M. javanica e M. incognita foram inoculados isoladamente 15 dias após o transplantio. Setenta dias após inoculação foram avaliadas as variáveis de massa radicular, análise da infecção de raízes por escala de notas, total de ovos/raiz de tomateiro e fator de reprodução. A análise química da manipueira apresentou os macronutrientes N, P, Ca, K, S e Mg e os micronutrientes Zn, Mn, Cu, Fe, Co, Mo e B; pH de 5,40 e teor de cianeto estimado em 30 ppm. A análise conjunta dos ensaios demonstrou que o tratamento que causou maior redução populacional do nematoide foi Rizotec + Manipueira 50%. O tratamento nematicida (Rugby) foi efetivo como controle positivo. Os demais tratamentos tiveram performance inferior em relação a testemunha com inóculo. / Tomato is the second most cultivated vegetable in the world and in Brazil presents high economic importance. Several pathogens affect this crop, among them the nematodes, mainly of the genus Meloidogyne, responsible for losses in fruit productivity. Thus, techniques that reduce the losses caused by nematodes are important. The objective of this work was to test the individual action of biological products and inducer of resistance in association with the manipueira, by-product of manioc, for the management of Meloidogyne javanica and Meloidogyne incognita. The experiments were conducted in greenhouse at the University of Brasília, Brasília, DF. The experiments followed a completely randomized design, with 10 treatments and 5 replicates in both treatments: 1. Control without inoculum; 2. Control + Manipueira 50%; 3. Control with inoculum; 4. Rizotec (Pochonia chlamydosporia); 5. Rizotec + Manipueira 50%; 6. Onix (Bacillus methylotrophicus) + Quality (Trichoderma asperellum); 7. Onix + Quality + Manipueira 50%; 8. Bion (Acibenzolar-S-methyl); 9. Bion + Manipueira 50%; 10. Nematicide Rugby (Cadusafos). The experiments were conducted from May to September 2016. Tomato seedlings cv. Santa Cruz Kada giant were transplanted to plastic bags after 30 days of sowing. Biological products and nematicide were applied one week after transplanting and resistance inducer one week prior to inoculation. Five thousand eggs and occasional juveniles of second stage (J2) of M. javanica and M. incognita were inoculated alone 15 days after transplanting. Seventy days after inoculation, the variables of root mass, roots infection analysis by note scale, total egg / tomato root, and reproduction factor were evaluated The chemical analysis of the manipueira showed the macronutrients N, P, Ca, K, S and Mg and the micronutrients Zn, Mn, Cu, Fe, Co, Mo and B; pH of 5,40 and cyanide content estimated at 30 ppm. The joint analysis of the trials showed that the treatment that caused the greatest reduction of the nematode population was Rizotec + Manipueira 50%. The nematicidal treatment (Rugby) was effective as a positive control. The other treatments had inferior performance in relation to the control with inoculum.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Fitopatologia, 2017. / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-05-05T21:06:02Z No. of bitstreams: 1 2017_BrunaPinheirodeLima.pdf: 1430114 bytes, checksum: eb86b453e02a640888b9bb486b0b8c7b (MD5) / Rejected by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br), reason: Boa noite, Por favor, adicione o campo título alternativo. Atenciosamente. on 2017-05-26T22:12:38Z (GMT) / Submitted by Raquel Almeida (raquel.df13@gmail.com) on 2017-05-29T15:45:46Z No. of bitstreams: 1 2017_BrunaPinheirodeLima.pdf: 1430114 bytes, checksum: eb86b453e02a640888b9bb486b0b8c7b (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana (raquelviana@bce.unb.br) on 2017-06-12T20:04:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2017_BrunaPinheirodeLima.pdf: 1430114 bytes, checksum: eb86b453e02a640888b9bb486b0b8c7b (MD5) / Made available in DSpace on 2017-06-12T20:04:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017_BrunaPinheirodeLima.pdf: 1430114 bytes, checksum: eb86b453e02a640888b9bb486b0b8c7b (MD5) Previous issue date: 2017-06-12 / O feijoeiro, Phaseolus vulgaris L., (família Fabaceae) é amplamente cultivado e compõe a dieta dos povos nas Américas Central e do Sul e África. No Brasil, grande produtor (3,2 milhões de toneladas), o tipo preferido varia de acordo com a região do país, mas predomina o grupo varietal ‘Carioca’. A produção é fortemente afetada por viroses e o Bean golden mosaic virus – BGMV (gênero Begomovirus e família Geminiviridae) é o vírus mais comumente relatado causando grandes perdas. Um conjunto de amostras de feijoeiro foi coletado no Estado de Goiás e os ácidos nucleicos purificados foram sequenciados pela plataforma Illumina MiSeq. Foram encontrados contigs referentes a vírus classificados em quatro gêneros, incluindo um cytorhabdovírus, (família Rhabdoviridae) que apresenta partículas envelopadas, genoma de ssRNA (-) e hospedeiros vegetais, normalmente transmitidos por afídeos e cigarrinhas. Este vírus foi provisoriamente denominado Bean associated cytorhabdovirus (BaC). Neste estudo, foi confirmada a infecção por BaC nas amostras originais e em 69,3% dos feijoeiros coletados em Brasília-DF, Cristalina-GO e Luziânia-GO, em infecção mista com vírus transmitidos por mosca branca (Bemisia tabaci), o BGMV e o Cowpea mild mottle virus (gênero Carlavirus e família Betaflexiviridae). Amostras de feijoeiro provenientes de Luziânia-GO foram utilizadas para caracterização molecular de um isolado denominado BaC_Luz, bem como fonte de inóculo para os ensaios biológicos. As extremidades 3’ e 5’do BaC foram identificadas por RACE (Rapid Amplification cDNAs Ends). O genoma completo do BaC_Luz foi recuperado por amplificação da sequência em seis fragmentos e possui 13.449 nt. Foram identificados os cinco genes essenciais comuns aos vírus da família Rhabdoviridae, (N: nucleoproteína, P: fosfoproteína, M: proteína matriz, G: glicoproteína e L: polimerase) flanqueados por duas regiões não transcritas a leader (l) e a trailer (t), além de um gene situado entre P e M (3) que codifica uma provável proteína de movimento. Análises filogenéticas conduzidas com a sequência de aminoácidos da nucleoproteína mostraram que o BaC se agrupou em um clado junto com os membros do gênero Cytorhabdovirus e comparações par a par apresentaram maior identidade com os vírus que infectam monocotiledôneas e são transmitidos por cigarrinhas, o Northern cereal mosaic virus e Barley yellow striate mosaic virus, porém em um ramo diferente do clado. A transmissão do BaC_Luz foi, primeiramente, realizada mecanicamente ao feijoeiro ‘Jalo’ e resultou em 25% de plantas positivas. O BaC_Luz foi utilizado como fonte de inóculo em ensaio de transmissão por adultos de mosca branca provenientes do mesmo campo a feijoeiros ‘Jalo’, ‘Pérola’ e ‘BRS FC 401 RMD’ por um período de acesso de inoculação (PAI) de 14 dias resultando em 100% de eficiência. Em condições controladas, o mesmo isolado, após período de acesso de aquisição (PAA) de 7 dias do vírus por adultos avirulíferos e posterior PAI de 7 dias, resultou em 25, 50 e 75% de transmissão a soja (Glycine max) ‘BR16’, caupi (Vigna unguiculata) e feijoeiro ‘BRS FC 401 RMD’, respectivamente. Este estudo apresenta dados inéditos, pois relata a identificação do primeiro rhabdovírus infectando feijoeiro e também, pela primeira vez apresenta evidências que um membro da família Rhabdoviridae pode ser transmitido por Bemisia tabaci. / The common bean (Phaseolus vulgaris L.) (Fabaceae family) is widely cultivated and is an important food in the the diet in different countries in Central and South America and Africa. In Brazil, a large producer (3.2 million tons), the Carioca type of bean is preferred. The bean yield may be affected by the incidence of viruses and Bean golden mosaic virus - BGMV (genus Begomovirus and family Geminiviridae) is the most commonly reported as responsible for large losses in bean production. Samples of common beans were collected in State of Goiás, sequenced by the Illumina MiSeq platform and contigs of viruses belonging to four genera were identified, including a cytorhabdovirus, (Rhabdoviridae family). Cytorhabdoviruses have enveloped particles, ssRNA (-) genome, infect plant hosts and are usually transmitted by aphids and leafhoppers. The new cytorhabdovirus was denominated Bean associated cytorhabdovirus (BaC). In this work, the infection by BaC was confirmed in the original samples and in 69,3% of samples from Brasília, Cristalina and Luziânia in mixed infections with other whitefly transmitted viruses, BGMV and Cowpea mild mottle virus (genus Carlavirus and family Betaflexiviridae). Samples from Luziânia (isolate BaC_Luz) were used for molecular characterization and as inoculum source in biological assays The 3' and 5' ends of BaC were identified by RACE (Rapid Amplification cDNAs Ends). The complete BaC_Luz genome and was recovered by PCR amplification of six fragments and is 13.449 nt long. The genome presents the five essential genes common to rhabdoviruses, (N: nucleoprotein, P: phosphoprotein, M: matrix protein, G: glycoprotein and L: polymerase) flanked by two non-transcribed leader (1) and trailer (T) regions, in addition to a gene located between P and M (3) encoding a likely moviment protein. Phylogenetic analyzes conducted with the amino acid sequence of the nucleoprotein showed that BaC clustered together with members of the genus Cytorhabdovirus, and pariwise comparisons showed greater identity with Northern cereal mosaic virus and Barley yellow striate mosaic virus that infect monocotyledons and are transmitted by leafhoppers, but are clustered in different branch of the clade. BaC is mechanically transmitted to bean 'Jalo' at a rate of 25% and by whitefly. BaC_Luz was used as an inoculum source in a whitefly transmission test from field infected plant to 'Jalo', 'Pérola' and 'BRS FC 401 RMD' beans with an inoculation access period (IAP) of 14 days resulting in 100% of transmission efficiency. Under controlled conditions, after a seven-day acquisition access period (AAP) in infected plants by aviruliferous adults and subsequent seven-day IAP, resulted in 25, 50 and 75% transmission to soybean (Glycine max) 'BR16 ', cowpea (Vigna unguiculata) and common bean' BRS FC 401 RMD ', respectively. This study presents novel data reporting the identification of the first rhabdovirus infecting beans also for the first time a virus member of the family Rhabdoviridae being transmitted by Bemisia tabaci.

Orientador: Nilton Luiz de Souza / Resumo: Macrophomina phaseolina (Tassi) Goidanich é agente causal de tombamento, podridões de raízes, vagens, sementes e de caules, sendo amplamente disperso e parasita de mais de 500 espécies de plantas. O objetivo desse trabalho foi verificar a sobrevivência do fungo no solo incorporado com brócolos, seguido de solarização. Os tratamentos foram: solo incorporado previamente com brócolos (B) seguido de solarização utilizando filmes de polietileno (S) de 50 (B+S50), 100 (B+S100) e 150 (B+S150) μm de espessura; sem brócolos + solarizados (S50, S100 e S150); brócolos + não solarizado (B+NS) e sem brócolos e não solarizado (NS). O material orgânico utilizado foi brócolos (Brassica oleracea var. botrytis L.) triturado fresco, que foi incorporado no solo antes da solarização, na proporção de 4 Kg/m2. A área experimental foi localizada a 22º51'S de latitude e a 48º26'W de longitude, no estado de São Paulo, Brasil. Bolsas de náilon (duas repetições) contendo o fungo foram enterrados a 10 cm de profundidade no solo, sendo cada bolsa colocada no centro de cada parcela. A sobrevivência do fungo foi avaliada semanalmente em meio RB modificado durante 35 dias de solarização. A temperatura do solo foi monitorada por Datalogger DL2E e a porcentagem de CO2 e O2 pelo equipamento analisador de gases (Testo 325-1). O experimento foi repetido uma vez, em período diferente. Em ambos experimentos, nas parcelas incorporadas com resíduos de brócolos e solarizado, o fungo foi controlado com menos de 21 dias de solarização. Condições de aerobiose (% de CO2 e de O2) durante os primeiros 21 dias de tratamento foram 13,4 ; 2,8 e 13,7 ; 2,3 %, respectivamente para a primeira e segunda época. Os outros tratamentos foram ineficientes para morte do fungo. / Abstract: Macrophomina phaseolina (Tassi) Goidanich, is causal agent of damping-off, rottenness of roots, beans, seeds and stems and is widely spread and parasitic of over than 500 species of plants. The proposal of this work was to verify the fungus survival in soil amended with organic residues after soil solarization. The treatments were: soil amendment with broccoli (B) followed of soil solarization using polyethylene film (S) of 50 (B+S50), 100 (B+S100) and 150 μm-thick (B+S150); without broccoli plus solarization (S50, S100 and S150); broccoli plus non-mulched (B+NS) and check, without broccoli and nonmulched (NS). The organic matter utilized was grinded fresh broccoli (Brassica oleracea var. botrytis L.), incorporated into the soil before solarization at 4Kg/m2. The experimental field was located at 22º51'S of latitude and at 48º26'W of longitude, in São Paulo state, Brazil. Nylon bags (two reps) containing the fungus were buried 10-cm-deep into the soil at the centre of each plot. The fungus survival was evaluated weakly on RB modified medium until 35 days of solarization. The soil temperature was monitored by a (Dattalogger DL2E) and the percentages of CO2 and O2 by a gas analyser equipment (Testo 325-1). The experiment was repeated once in a different season. In both experiments, the mulched plots amended with broccoli residues have controlled the fungus less than 21 days after mulched treatment. Aerobic conditions (ratio of CO2 and O2 ) during these 21 days of treatments were 13.4 ; 2.8 and 13.7 ; 2.3%, respectively for the first and second season. The other treatments were inefficient to kill the fungus. / Mestre

A citricultura é de extrema importância para a economia do Estado de São Paulo. O cancro cítrico, causado pela bactéria Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), é um grave problema nesse setor, causando inúmeros prejuízos à produção de frutos e seus derivados. Nosso objetivo principal foi o estudo das interações proteína-proteína que ocorrem em Xac. Com este intuito, utilizamos como principal ferramenta, o sistema duplo-híbrido em leveduras, baseado nos domínios ativador e de ligação da proteína Gal4. Estivemos particularmente interessados em proteínas pertencentes aos Sistemas de dois-componentes, devido à sua importância em mecanismos de sinalização celular. A complexidade desses sistemas tornou a análise genômica comparativa de grande valor para estudos das vias de sinalização que podem levar a bactéria a colonizar o hospedeiro. Xac possui 37 histidina cinases (HKs) e 60 reguladores de resposta (RRs) além de 21 proteínas híbridas contendo ambos os domínios. Nossos resultados mostraram interações específicas entre várias proteínas desse sistema dentre as quais destacamos algumas HKs e seus RRs cognatos: XAC0135 e XAC0136, XAC0620 e XAC0621, XAC0683 e XAC0684, XAC0759 e XAC0760, além de interações entre XAC1669 e XAC1670 e XAC1669 e XAC1282, estas últimas possivelmente envolvidas em quimiotaxia. Outro foco de nosso trabalho foi a identificação de interações entre proteínas com similaridade aos componentes do Sistema de Secreção do Tipo IV (T4SS), envolvido em processos de conjugação e secreção em bactérias. Xac possui dois loci vir que codificam proteínas com similaridade aos componentes do T4SS, um localizado no plasmídeo e outro localizado no cromossomo. Identificamos novas interações entre proteínas hipotéticas adjacentes a esse locus no plasmídeo: XACb0018 e XACb0019 e interações entre VirB8 e VirB9 e VirB9 e XAC2610, estas últimas codificadas por genes presentes no cromossomo. Apesar da importância de alguns T4SSs na secreção de proteínas patogênicas em bactérias, verificamos que o nocaute da proteína VirD4, codificada pelo gene XAC2623 apresentou fenótipo de virulência alterado em apenas um, dos cinco clones infiltrados em folhas de laranja pêra. O nocaute da proteína VirB4 do T4SS plasmidial não apresentou alteração na virulência de Xac, quando infiltrado em folhas de laranja e limão cravo, corroborando a hipótese de o T4SS codificado pelo plasmídeo não estar envolvido em virulência, mas sim em processos conjugativos. Outro sistema secretório importante em bactérias é o Sistema de Secreção do Tipo III (T3SS). Em Xac, o T3SS é o responsável pela secreção de fatores patogênicos, entre eles a proteína HpaA e a proteína de avirulência PthA. Com esse intuito, estudamos possíveis alvos dessas proteínas em Citrus sinensis. Identificamos interações de PthA com a alfa-importina, corroborando dados da literatura que mostram que PthA é importada para o núcleo. Além disso, identificamos três proteínas que interagiram com HpaA, dentre elas, destacamos uma proteína dedo de zinco com domínio “RING C3HC4” característico de E3 ubiquitina-ligases. Isto sugere que HpaA interfere na degradação de proteínas do hospedeiro através do complexo ubiquitina/proteossomo, um processo que pode contribuir para a sobrevivência de Xac nos tecidos de plantas infectadas. / Citriculture is an important sector of the economy of the State of São Paulo. Citrus canker, caused by Xanthomonas axonopodis pv. citri (Xac), is a devastating disease responsible for large losses to Agroindustry every year. In this work, we used the yeast two-hybrid system to study protein-protein interactions that occur in Xac. We were particularly interested in proteins of two-component systems, due to their importance in cell signaling. The complexity of these systems makes genomic analysis an important tool in the study of signalling pathways that allow bacteria to infect the host. Xac has 37 histidine kinases (HK) and 60 response regulators (RR), besides 21 hybrid proteins with both domains. We detected specific interactions between several proteins that belong to this system, notably the following HKs and their cognate RRs: XAC0135 and XAC0136, XAC0620 and XAC0621, XAC0683 and XAC0684, XAC0759 and XAC0760, besides XAC1669 and XAC1670 and XAC1669 and XAC1282, the later possibly involved in bacterial chemotaxis. We were also interested in studying interactions between proteins that make up the Type IV Secretion System (T4SS), involved in bacterial conjugation and protein secretion. Xac has two loci vir, which code for proteins with sequence similarity to T4SS components, one in the plasmid and the other in the chromosome. We identified new interactions between hypothetical proteins adjacent to this locus in the plasmid (XACb0018 and XACb0019) and between VirB8 and VirB9 and VirB9 and XAC2610, coded within the chromosomal locus. Despite the importance of T4SS in the pathogenesis of bacteria, a chromosomal VirD4 knockout strain presented alterated virulence in only one out of five mutants tested in the leaves of Citrus sinensis. Plasmidial VirB4 knockout strains did not present any alteration in Xac virulence when tested in Citrus sinensis or Citrus limonia, consistent with the hypothesis that the T4SS coded by the plasmid is not involved virulence, but in bacterial conjugation. Another secretory system involved in bacterial pathogenesis is the Type III Secretion System (T3SS), responsible for secretion of pathogenic factors like HpaA protein and the avirulence protein PthA. We investigated possible targets for these proteins using a Citrus sinensis cDNA library. We identified interactions between PthA and importin alpha, corroborating previous data that suggest PthA translocation to the host cell nucleus. We also identified three proteins which interacted with HpaA. One of them is a zinc finger protein containing the “RING C3HC4” domain characteristic of E3 ubiquitin-ligases. This suggests that HpaA interferes in the ubiquitin/proteasome-dependent degradation of host target proteins, a process that may contribute towards Xac survival in host tissues.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:21Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-03-04Bitstream added on 2014-06-13T18:31:23Z : No. of bitstreams: 1 martins_md_me_sjrp.pdf: 49124372 bytes, checksum: 4c70a3b1bd3cabdb95fdc2ce05440ee4 (MD5) / As cianobactérias são dotadas de grande variabilidade morfológica e plasticidade ecológica e estão adaptadas aos mais diversos ambientes e regiões geográficas. O conhecimento taxonômico do grupo no Brasil ainda é restrito e concentrado principalmente no estado de São Paulo. Lagoas e banhados costeiros constituem hábitats de interesse científico, pois podem abrigar espécies não encontradas em outras condições ambientais e fornecer informações importantes do ponto de vista taxonômico, ecológico e evolutivo. A planície costeira do Rio Grande do Sul apresenta uma forte dominância de ecossistemas de áreas úmidas, destacandose entre eles, lagoas e lagunas de água doce e banhados. O objetivo deste estudo consiste no levantamento e estudo taxonômico das cianobactérias ocorrentes em ambientes aquáticos na área da lagoa do Casamento e ecossistemas associados, assim como na área dos butiazais (formação vegetal dominada pela palmeira butiá, Butia capitata (Martius) Beccari) nos arredores da cidade de Tapes. Os resultados obtidos baseiam-se na análise de 90 amostras de plâncton e espremidos de macrófitas que foram coletadas em maio, junho, outubro, novembro e dezembro de 2003, em 28 pontos das áreas (incluindo diferentes habitats como lagoas, banhados e sangradouro). Foram identificados 92 táxons específicos de cianobactérias, pertencentes a 39 gêneros. Synechococcophycidae foi representada por 34 espécies (37%), Oscillatoriophycidae por 33 espécies (36%) e Nostocophycidae por 25 espécies (27%). Entre as espécies identificadas, 24 (26%) são novas ocorrências para o Rio Grande do Sul. Três táxons foram identificados em nível genérico e provavelmente constituirão novos táxons para a ciência. Phormidium foi o gênero que apresentou o maior número de espécies identificadas (8), seguido de Aphanocapsa, Chroococcus e Oscillatoria (7 cada um)... / Cyanobacteria have wide morphological diversity and ecological plasticity and are adapted to different environments and geographic regions. The taxonomic knowledge of the group in Brazil is still limited and it is mainly concentrated in the São Paulo State. Additionally, coastal lagoons and wetlands are habitats of scientific interest because they may harbor species not found in other environmental conditions and provide important information in terms of taxonomic, ecological and evolutionary. The coastal plain of the Rio Grande do Sul State has a strong dominance of wetland ecosystems, especially lakes and freshwater lagoons and marshes. The aim of this paper is the taxonomic study of the cyanobacteria in aquatic environments in the areas of Casamento lagoon and of the butiazais (vegetation mainly composed by the palm tree Butia capitata (Martius) Beccari) around Tapes City, as well as associated ecosystems. Results are based on the analysis of 90 samples obtained during the project “Assessment of the biodiversity of the Casamento lagoon and butiazais areas, coastal plain of Rio Grande do Sul State”. Samples of plankton and squeezing submerged parts of aquatic macrophytes were collected in May, June, October, November and December 2003, in 28 sites (including different habitats such as ponds, wetlands and spillway). Ninety two specific taxa, belonging to 39 genera, were identified. Synechococcophycidae was represented by 34 species (37%), Oscillatoriophycidae by 33 species (36%) and Nostocophycidae, by 25 species (25%). Among the identified species, 24 (26%) are firstly recorded for Rio Grande do Sul State. Three taxa were identified only at generic level and are probably new to science. Phormidium was the genus which presented the highest number of identified species (8), followed by Aphanocapsa, Chroococcus and Oscillatoria (with 7 species each). Geitlerinema... (Complete abstract click electronic access below)

In the years of 2003 and 2004, at Federal University of Santa Maria, Rio Grande do Sul, Brazil, experiments for evaluation of control of antracnose and late season diseases on soybean had carried. First experiment, had been evaluated 49 cultivate soybean (Glycine max Merril.) for genetic resistance to Colletotrichum dematium var. truncata, in the stadium V1/V2. Of these cultivars, six had been selected by the reaction to the inoculation for the pathogen (two resistant, two intermediate and two susceptible), and submitted the inoculation for four isolated of C. dematium var. truncata in the stadium V5/V6, being evaluated the reaction in accordance to the age of the plant. These reactions had been determined from a scale of severity of symptoms, that varied of 0 to 9, and that it was used to determine the indices of virulence of the isolates and resistance of cultivars. The results of inoculation in stadium V1/V2 had shown to differences in the reaction of the 49 cultivars inoculated, with three cultivars susceptibles, eighteen resistant and twenty-eight intermediate. For the inoculations in stadium V5/V6, the results had shown a resistance increase, in comparison with same the cultivar inoculated in V1/V2, demonstrating the effect of "resistance of adult plant". In the second experiment, a group of different experiments had been evaluated, objectifying the chemical control in differents cultivating soybean and different places (Itaára, Júlio de Castilhos and Não-Me-Toque, RS, Brazil), using different active principles. The results had shown the responses of the different cultivars to the chemical control, having been observed variation in the capacity of these cultivars in answering to the control programs. It did not observe superiority of any fungicidal group, nor trend in the variation of control efficiency in the different places, but between localities. The different control programs, in the same place, make possible differences in the maintenance of the responsible leaves components for the yelds. The best positionings of control had shown to be in the phenologic stadiums R4 and R5.1. / Nos anos de 2003 e 2004, na Universidade Federal de Santa Maria, foram instalados experimentos para a avaliação de controle de antracnose e de doenças de final de ciclo na cultura da soja. No primeiro experimento, foram avaliadas 49 cultivares de soja (Glycine max Merril.) quanto a sua resistência genética ao fungo Colletotrichum dematium var. truncata, no estádio juvenil (V1/V2). Destas cultivares, seis foram selecionadas quanto a sua reação à inoculação pelo patógeno (duas com reação resistente, duas com reação intermediária e duas com reação suscetível), e submetidas a inoculação por quatro isolados de C. dematium var. truncata nos estádios V5/V6, sendo avaliada a reação de acordo com a idade da planta. Estas reações foram determinadas a partir de uma escala de severidade de sintomas, que variou de 0 a 9, e que foi utilizada para determinar os índices de virulência dos isolados e de resistência das cultivares. Os resultados de inoculação nos estádios V1/V2 mostraram diferenças quanto a reação das 49 cultivares inoculadas, com três cultivares suscetíveis, dezoito resistentes e vinte e oito intermediárias. Para as inoculações no estádio V5/V6, os resultados mostraram um aumento de resistência, em comparação com as mesmas cultivares inoculadas em V1/V2, demonstrando o efeito de resistência de planta adulta . No segundo experimento, foram avaliados um grupo de ensaios, objetivando o controle químico em diferentes cultivares comerciais de soja e em diferentes locais (Itaára, Júlio de Castilhos e Não-Me-Toque, RS), utilizando-se diferentes princípios ativos. Os resultados mostraram a responsividade das diferentes cultivares ao controle químico, tendo sido observada variação na capacidade destas cultivares em responder aos programas de controle. Não se observou superioridade de qualquer grupo fungicida, nem tendência na variação de eficiência de controle nos diferentes locais, mas sim entre localidades. Os diferentes programas de controle, no mesmo local, possibilitaram diferenças quanto a manutenção dos componentes foliares responsáveis pelo rendimento. Os melhores posicionamentos de controle mostraram ser nos estádios fenológicos R4 e R5.1.