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Seca de ponteiros causada por Erwinia psidii: diversidade genética do patógeno e resistência em Eucalyptus spp. / Dieback caused by Erwinia psidii: Genetic diversity of the pathogen and resistance on Eucalyptus spp.

Hermenegildo, Pollyane da Silva 24 July 2015 (has links)
Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2015-11-23T14:02:28Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1255542 bytes, checksum: 80a1a0887eec0d47d3397629b89ddfb2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-11-23T14:02:28Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1255542 bytes, checksum: 80a1a0887eec0d47d3397629b89ddfb2 (MD5) Previous issue date: 2015-07-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / A seca dos ponteiros causada por Erwinia psidii é um dos fatores limitantes para a produção de goiaba no Brasil. Recentemente, essa bactéria foi relatada como o agente causal da seca de ponteiros e murcha de Eucalyptus spp. no Brasil, Uruguai e Argentina. Como se trata de uma enfermidade recentemente descoberta, há ainda poucos estudos sobre o patossistema E. psidii - eucalipto, especialmente quanto à variabilidade genética do patógeno e resistência de Eucalyptus à doença. Assim, neste trabalho, compararam-se, por meio de marcadores de DNA, Rep - PCR, a variabilidade genética entre 21 isolados oriundos de eucalipto e cinco de goiabeira e avaliou-se a resistência de Eucalyptus spp. à doença. Baseado em 33 loci amplificados com os três marcadores (REP, ERIC e BOX), observou-se variabilidade genética relativamente baixa, apesar de terem se agrupado de acordo com o hospedeiro de origem (eucalipto e goiaba) e a região geográfica. Dentre as espécies avaliadas quanto à resistência (E. pellita, E. urophylla, E. camaldulensis, E. saligna e E. grandis), E. pellita e um acesso de E. urophylla apresentaram maior frequência de genótipos resistentes e constituem boas fontes de resistência à doença. / Dieback caused by Erwinia psidii is a limiting factor for the production of guava in Brazil. Recently, this bacterium was reported as the causal agent of dieback and wilt in Eucalypus spp. in Argentina, Brazil and Uruguay. As this is a new disease there are few studies regarding the E. psidii-eucalyptus pathosystem, especially about the genetic variability of the pathogen and resistance of Eucalyptus to this disease. In this work, the genetic variability among 21 isolates from eucalyptus and five from guava was compared using DNA markers Rep-PCR and the resistance of Eucalyptus spp. to the disease evaluated. Based on 33 loci amplified by three markers (REP, ERIC and BOX), we observed a relatively low variability for the isolates, however, in the cluster analysis, we observed a split of the isolates according to the source host (eucalyptus and guava) and geographic region. Among species of E. pellita, E. urophylla, E. camaldulensis, E. saligna and E. grandis tested, the first two had a higher frequency of resistant genotypes and are good disease resistance sources, although all presented intra variability specific.
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Inoculum dynamics of Ralstonia spp.: potential sources, persistence in a local population and selection of phages to reduce bacteria survival / Dinâmica de inóculo de Ralstonia spp.: fontes potenciais, persistência em uma população local e seleção de fagos para reduzir a sobrevivência da bactéria

Yamada, Jaqueline Kiyomi 27 September 2018 (has links)
Submitted by MARCOS LEANDRO TEIXEIRA DE OLIVEIRA (marcosteixeira@ufv.br) on 2018-11-01T13:24:40Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1410315 bytes, checksum: 018838e11a8a7e3cca3d440cf4f025db (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-01T13:24:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1410315 bytes, checksum: 018838e11a8a7e3cca3d440cf4f025db (MD5) Previous issue date: 2018-09-27 / Ralstonia spp. são conhecidas por causar murcha bacteriana em várias plantas de interesse econômico. O patógeno possui alta variabilidade genética, ampla variedade de hospedeiros e pode sobreviver no solo mesmo na ausência de hospedeiros. A compreensão das potenciais fontes de inóculo, que contribuem para a variabilidade genética no centro de origem do patógeno é interessante para o manejo da doença. O papel dos rios, plantas daninhas e da população nativa de Ralstonia spp. em áreas de vegetação natural no desenvolvimento de epidemias de murcha bacteriana é pouco compreendido. A variabilidade genética entre cepas de Ralstonia spp. em uma região onde a doença é endêmica pode elucidar a contribuição dos meios de dispersão e fatores associados à sobrevivência. No presente estudo, a detecção de Ralstonia spp. em rios de diferentes biomas do Brasil revelou o potencial destes recursos naturais para dispersar o patógeno. As plantas invasoras mostraram ser importantes reservatórios de ambas as espécies de Ralstonia que ocorrem no Brasil e colaboram para sua sobrevivência. Métodos de detecção não foram sensíveis para confirmar a presença de Ralstonia spp. em amostras de solo de áreas sem ocorrência de murcha bacteriana. Quando se analisaram 204 isolados de R. solanacearum e 60 isolados de R. pseudosolanacearum obtidos do município de Coimbra, Minas Gerais, constatou-se haver baixa variabilidade genotípica e clonalidade. Nenhuma estruturação foi observada para as regiões do município, mas a composição genotípica variou entre os anos amostrados. Para o controle alternativo da murcha bacteriana, cinco fagos pertencentes à família Siphoviridae, ordem Caudovirales, foram isolados em amostras de solo. A análise molecular e a gama de hospedeiros com diferentes isolados de Ralstonia spp., representando o Brasil, revelaram diferenças entre os vírus. Adicionalmente, houve diferenças quanto à gama de hospedeiros quando os cinco fagos foram expostos a 24 isolados de Ralstonia spp. Os fagos não foram capazes de prevenir a infecção e controlar o número de células de Ralstonia spp. no solo. Outros métodos de aplicação são necessários para avaliar a eficiência dos fagos no controle da murcha bacteriana. / Ralstonia spp. are known to cause bacterial wilt in several plants of economic interest. The pathogen has high genetic variability, wide host range and can survive in the soil even in the absence of hosts. Understanding potential inoculum sources that contribute to genetic variability in the center of origin is interesting to the management of the disease. The importance of rivers, weeds and native population of Ralstonia spp. in areas of natural vegetation in the development of epidemics of bacterial wilt is poorly understood. Genetic variability among strains of Ralstonia spp. in a local region where the disease is endemic can elucidate the contribution of the means of dispersal and factors of survival. In the present study, the detection of Ralstonia spp. was attempted in water of rivers of different biomes of Brazil and revealed the potential of these natural resources to disperse the pathogen. Weeds were important reservoirs of both species of Ralstonia that occur in Brazil, and collaborate to their survival. Methods of detection were not sensitive to confirm the presence of Ralstonia spp. in soil samples from areas without the occurrence of bacterial wilt. The genetic variability of 204 strains of R. solanacearum and 60 strains of R. pseudosolanacearum from the municipality of Coimbra, Minas Gerais, was low and there was evidence of clonality in the population. The population was not genetically structured according to the geographic region in the municipality, however the genotypic composition varied in time. To assess an alternative measure to control bacterial wilt, five phages were isolated. All phages belong to the Siphoviridae family, Caudovirales order. Molecular analysis and host range with different R. solanacearum strains revealed differences among the viruses. There were differences in the host range when the five phages were exposed to 24 Ralstonia spp. strains. The phages were not able to prevent tomato infection and control the number of cells of Ralstonia spp. in the soil. Other methods of application are necessary to evaluate the efficiency of the phages to control of bacterial wilt.
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Colonização de Acidovorax avenae subsp. citrulli em meloeiro e sobrevivência em restos de cultura e no solo

OLIVEIRA, Aldenir de 29 February 2008 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-16T14:20:21Z No. of bitstreams: 1 Aldenir de Oliveira.pdf: 717930 bytes, checksum: eb22d1cac453b579b74b66da5fd0bc67 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-16T14:20:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Aldenir de Oliveira.pdf: 717930 bytes, checksum: eb22d1cac453b579b74b66da5fd0bc67 (MD5) Previous issue date: 2008-02-29 / This dissertation aimed to study: colonization of Acidovorax avenae subsp. citrulli in melons after inoculation of the first pair of true leaves, seeds and hermaphrodite flowers; bacterial survival in fruit and leaf residues incorporated to the soil at 0, 5, 10 and 15 cm depth and in soils without the host plant, under the influence of different soil type, temperature (10, 15, 20, 25, 30 and 35ºC) and humidity (50 and 100% of field capacity). In all studies a mutant resistant to 100 ppm of rifampicin (Aac1Rif) was utilized. Bacterial colonization was detected until 30 days after inoculation in the 10th pair of true leaves, with populations of 3.1 log UFC g-1 of leaf. In the same period, the shoot segment between the 10th and 11th leaf pair showed population of 3.52 log UFC g-1 of shoot. After seed inoculation the pathogen colonized the hypocotyl, roots, cotyledonary leaves, true leaves and shoots, until reach undetectable levels at 27 days after inoculation. Flower colonization by the bacteria was not verified. Aac1Rif was found in fruit and leaf residues at 0, 5 and 10 cm during 21 days and at 15 cm during 14 days. Highest population relative extinction rates (TERP)were presented by fruits on soil surface [0.1464 log (UFC) day -1] and on leaves at 10cm [0.084 log (UFC) day -1]. Aac1Rif survived on seven soil types only during three days and the soil C showed the highest TERP [0.9062 log (UFC) day-1]. Higher concentrations of Na+ and silt as well as higher populations of actinomycetes and Trichoderma correlated to faster extinction of Aac1Rif populations in soil. Generally for all soils the lowers TERP were found at 10 or 15ºC and the higher, at 30 or 35ºC. There was no significant (P=0.05) interaction between soil and humidity, however the T test showed significant difference (P=0.05) between the TERP at 100% [0.6685 log (UFC) day -1] and 50% [0.504591 log (UFC) day -1] of field capacity. Independent of temperature and humidity, Aac1Rif also survived in soil only during three days. / Esta dissertação teve como objetivos estudar: colonização de A. avenae subsp. citrulli em meloeiro a partir da inoculação no primeiro par de folhas verdadeiras, sementes e flores hermafroditas; sobrevivência da bactéria em restos de folhas e frutos incorporados ao solo a diferentes profundidades (0, 5, 10 e 15 cm) e em solos na ausência da planta hospedeira, sob a influência de diferentes tipos de solo (sete solos), temperaturas (10, 15, 20, 25, 30 e 35ºC) e umidades (50 e 100% da capacidade de campo). Para os estudos foi utilizado um mutante resistente a 100 ppm de rifampicina (Aac1Rif). Quando a bactéria foi inoculada nas folhas, a colonização foi detectada até os 30 dias, no 10º par de folhas verdadeiras, com população de 3,1 log UFC g-1 de folha. Nesse mesmo período, observou-se a colonização no segmento de ramo compreendido entre o 10º e 11º par de folhas com população de 3,52 log UFC g-1 de ramo. A partir de sementes, a bactéria colonizou o hipocótilo, raízes, folhas cotiledonares, folhas verdadeiras e ramos, até atingir níveis não detectáveis aos 27 dias após a inoculação. Não foi verificada colonização das flores pela bactéria. Aac1Rif foi encontrada em restosde frutos e folhas de meloeiro a 0, 5 e 10 cm durante 21 dias e a 15 cm por 14 dias. As maiores taxas de extinção relativa da população (TERP) ocorreram nos frutos na superfície do solo [0,1464 log (UFC) dia-1] e nas folhas a 10 cm [0,084 log (UFC) dia-1]. Aac1Rif sobreviveu nos sete tipos de solo apenas durante três dias e o solo C apresentou a maior TERP [0,9062 log (UFC) dia-1]. Maiores concentrações de Na+ e silte bem como maiores populações de actinomicetos e Trichoderma estiveram correlacionadas a mais rápida extinção da população de Aac1Rif no solo. Para a maioria dos solos, as menores TERP foram atingidas a 10 ou 15ºC e as maiores, a 30 ou 35ºC. Não houve interação significativa (P=0,05) entre solos e umidade, contudo o teste de T evidenciou diferença significativa (P=0,1) entre as TERP a 100% [0,6685 log (UFC) dia-1] e 50% [0,504591 log (UFC) dia-1] da capacidade de campo. Independente da temperatura e umidade, Aac1Rif também sobreviveu nos solos apenas por três dias.
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Sensibilidade de isolados de Alternaria brassicicola (Schwn.) Wilt. de cultivos convencionais e orgânicos de brássicas a fungicidas

NICOLINI, Cicero 03 March 2008 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-17T14:46:49Z No. of bitstreams: 1 Cicero Nicolini.pdf: 204101 bytes, checksum: 7157eb0dfbcf608b64b0ae9bbbaf5c05 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T14:46:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cicero Nicolini.pdf: 204101 bytes, checksum: 7157eb0dfbcf608b64b0ae9bbbaf5c05 (MD5) Previous issue date: 2008-03-03 / The Alternaria black spot is one of the most common and destructive diseases of brassica species. This disease can be caused by several species of Alternaria, although A. brassicicola is predominant species in both conventional and organic crops in Brazil. Since commercial cultivars of brassica with acceptable levels of disease resistance are not available, the disease control in conventional production system is based on the fungicide applications, while in the organic production system the disease control on relays on cultural methods. The objective of this study is to assess the sensitivity of 112 isolates of A. brassicicola to fungicide groups: benzimidazoles (carbendazim), dicarboximides (iprodione), triazoles (tebuconazole) and strobilurines (azoxystrobin). The isolates were evaluated in vitro to obtain the concentration capable of inhibiting 50% of the mycelial growth (CL50) and separated in four classes depending on the sensibility to the tested fungicides. All the isolated of A. brassicicola were sensitive the iprodione, with CL50 values below to 0.1 mg i.a./L. Most of the isolates originating from conventional (92.9%) and organic (96.4%) were middling resistant the azoxystrobin, while an isolated (CFM-576) was highly resistant. In relation to tebuconazole, only isolated sensitive (42.9%) and lightly resistant (57.1%) were observed. There was nosignificant difference between the isolates of A. brassicicola originated either from conventional or organic systems and brassica types regarding the levels of sensitivity to the fungicides. / A alternariose é uma das doenças foliares mais comuns e destrutivas das brássicas, podendo ser causada por várias espécies de Alternaria, embora A. brassicicola seja a espécie predominante em plantios convencionais e orgânicos no Brasil. Como inexistem cultivares comerciais de brássicas com níveis aceitáveis de resistência à doença, no sistema de produção convencional o controle da doença se baseia na aplicação de fungicidas, enquanto no sistema orgânico em métodos culturais. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a sensibilidade de 112 isolados de A. brassicicola oriundos de cultivos convencionais e orgânicos de brássicas a fungicidas dos grupos dicarboximidas (iprodione), triazóis (tebuconazole) e estrobilurinas (azoxystrobin). Os isolados foram avaliados in vitro visando obter a concentração capaz de inibir 50% do crescimento micelial (CL50) e separados em quatro classes dependendo da sua sensibilidade aos fungicidas testados. Todos os isolados de A. brassicicola foram sensíveis a iprodione, com valores de CL50 inferiores a 0,1 mg i.a./L. A maioria dos isolados oriundos de cultivos convencionais (92,9%) e orgânicos (96,4%) se comportou como medianamente resistente a azoxystrobin, enquanto um isolado (CFM-576) foi altamente resistente. Em relação a tebuconazole, foram constatados somente isolados sensíveis (42,9%) e ligeiramente resistentes (57,1%). Não foi encontrada diferença significativa quanto à sensibilidade aos fungicidas testados entre os isolados de A. brassicicola oriundos de cultivos convencionais e orgânicos, bem como, coletados de diferentes tipos de brássicas.
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Caracterização de isolados de Fusarium oxysporum f. sp. lactucae das regiões sul e sudeste do Brasil e identificação de acessos resistentes de alface / Characterization of Brazilian isolates of Fusarium oxysporum f. sp. lactucae and evaluation of lettuce accessions for resistance

CABRAL, Cléia Santos 17 February 2012 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-17T15:25:38Z No. of bitstreams: 1 Cleia Santos Cabral.pdf: 1106804 bytes, checksum: 14447df94770ff469bfc234136893b59 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T15:25:38Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cleia Santos Cabral.pdf: 1106804 bytes, checksum: 14447df94770ff469bfc234136893b59 (MD5) Previous issue date: 2012-02-17 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Fusarium wilt, caused by Fusarium oxysporum f. sp. lactucae (FOLac), is an important disease of lettuce in the world. This disease was reported in Brazil, recently. From 2008 to 2011 the laboratories of Plant Pathology of Embrapa Hortaliças (Embrapa Vegetable Crops), Sakata Seeds Sudamerica and Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (INCAPER) collected some FOLac isolates in states from the Southern and the Southeastern regions of Brazil. The isolates were identified as F. oxysporum by the morphological characteristics of conidia and conidiophores. Isolates were inoculated on lettuce plants, cultivars Elisa, Vera, and Red Salad Bowl, conditions in a greenhouse. Isolates were also inoculated on plants of others Asteraceae species (Cichorium endivia, Cichorium intybus, Sonchus oleraceus, Emilia sonchifolia, Bidens pilosa e Tagetes erecta) and others botanical families as (Solanum lycopersicum, Capsicum annuum, Nicotiana tabacum, Gossypium hirsutum, Phaseolus vulgaris e Ocimum basilicum). Lettuce cultivars Elisa and Vera were suscetible to all isolates while the cultivar Red Salad Bowl was resistant. All isolates were reisolated from diseased plants fulfilling the Koch‟s postulates. Others plant species were not susceptible to any isolate, proving that isolates belong to the species F. oxysporum f. sp. lactucae. The isolates were also inoculated in a differential set of cultivars comprising: „Patriot‟ (Susceptible to all races), „Costa Rica No. 4‟ (resistant to race 1) and „Banchu Red Fire‟ (resistant to race 2). Cultivars „Patriot‟ and „Banchu Red Fire‟ were susceptible while „Costa Rica No. 4‟ was resistant, confirming that all the isolates were race 1. Molecular analysis using a primer specific to race 1 isolates was performed using F. oxysporum f. sp. lycopersici (FOL) raça 3 and a non-pathogenic isolate as negative controls. DNAs of FOLac isolates were amplified by PCR and those of the negative controls were not, confirming the specificity of the primers and the presence of only the race 1 of FOLac in Brazil. In addition, it was used the Translation elongation factor 1-α region (tef-1α) for phylogenetic analysis between FOLac isolates races 1 and 2 and isolates of F. oxysporum. Comparison of the sequences obtained with the tef-1α confirmed the polyphyletic origin of the forma specialis lactucae and also showed a greater genetic variability among Brazilian isolates of FOLac race 1compared with isolates of the same race available in GenBank. After the isolates characterization, it was made a screening of 102 accessions for resistance to the isolate Fus-173 and it was selected 47 as highly resistant. After this, the selected genotypes were evaluated for the stability of resistance in three additional assays, using different FOLac race 1 isolates. In all three assays it was used a highly susceptible cultivar (Regina) as susceptible control. In the first assay, carried out in October 2011, it were used the isolates Fus-202 and Fus-205. In the second assay, carried out in November 2011, it were used the isolates Fus-219 and Fus-222. In the third assay, carried out in December 2011, it were used the isolates (Fus-207, Fus-209 e Fus-220). Inoculation was performed on 25 days old seedlings on greenhouse conditions. Seedlings were inoculated by cutting their roots and emerging them in spore suspension of pathogen. Evaluation was carries out 30 days after inoculation, using a grade scale varying from 0 (heath plants) to 4 (dead plants). Data were transformed in Disease Index (DI) submitted to a variance analysis and the media were compared by the Tukey‟s test (5%). Thirty two accessions were identified as having broad spectrum of resistance to different pathogen isolates in the four inoculation seasons. / A murcha de fusário, causada pelo fungo Fusarium oxysporum f. sp. lactucae (FOLac) é uma das doenças mais importantes da alface. Esta doença foi relatada recentemente no Brasil. Nos anos de 2008 a 2011 foram coletados isolados de FOLac nos Laboratórios de Fitopatologia da Embrapa Hortaliças, Sakata Seed Sudamerica Ltda e do Instituto Capixaba de Pesquisa, Assistência Técnica e Extensão Rural (Incaper). Estes eram provenientes de todos os estados das Regiões Sul e Sudeste do Brasil. A identificação foi feita observando-se as características morfológicas de conídios e conidióforos. Os isolados foram inoculados em plantas das cultivares Elisa, Vera e Red Salad Bowl, em condições de casa de vegetação. Os mesmos também foram inoculados em plantas de outras espécies de Asteraceae (Cichorium endivia, Cichorium intybus, Sonchus oleraceus, Emilia sonchifolia, Bidens pilosa e Tagetes erecta) e de outras famílias (Solanum lycopersicum, Capsicum annuum, Nicotiana tabacum, Gossypium hirsutum, Phaseolus vulgaris e Ocimum basilicum). Os isolados foram identificados como Fusarium oxysporum. As cultivares Elisa e Vera foram suscetíveis a todos os isolados e a Red Salad Bowl foi resistente. Efetuou-se o re-isolamento do patógeno, completando-se assim os Postulados de Koch. Nenhuma outra espécie de planta foi suscetível ao patógeno, confirmando a identificação como F. oxysporum f. sp. lactucae. Em seguida, os isolados foram avaliados quanto a sua virulência numa série de cultivares diferenciadoras de raças: Patriot (suscetível), Costa Rica No. 4 (resistente à raça 1) e Banchu Red Fire (resistente à raça 2). As cultivares Patriot e Banchu Red Fire comportaram-se como suscetíveis a todos os isolados, enquanto a cultivar Costa Rica No. 4 comportou-se como resistente. Concluiu-se que os isolados avaliados são da raça 1 de FOLac. Adicionalmente, foi feito um teste com primers específicos para a raça 1 de FOLac, utilizando como controles um isolado de F. oxysporum f. sp. lycopersici (FOL) raça 3 e um isolado não patogênico de F. oxysporum. O fragmento de DNA foi amplificado por PCR para os isolados de FOLac e não foi amplificado para o isolado de FOL e nem para o isolado não patogênico de F. oxysporum. Este resultado confirma a especificidade desse par de primers e a presença apenas da raça 1 de FOLac no Brasil. Além disso, foi utilizada a região do fator de elongação da tradução (tef-1α) para análise filogenética entre os isolados FOLac raças 1 e 2 e isolados de F. oxysporum. Comparação das seqüências obtidas com o tef-1α confirmou a origem polifilética da forma specialis lactucae e também observou-se uma maior variabilidade genética entre os isolados brasileiros de FOLac raça 1 comparados com isolados da mesma raça disponíveis no GenbanK. Posteriormente, 102 acessos (cultivares comerciais ou linhagens) foram avaliados, visando identificar fontes de resistência a FOLac e analisar a estabilidade da resistência de acessos promissores a diferentes isolados do patógeno. Inicialmente foi feita uma seleção preliminar, utilizando um isolado do patógeno (Fus-173). Em seguida, quarenta e sete acessos altamente resistentes mais uma testemunha suscetível (Regina), identificados na seleção preliminar, foram reavaliados para estabilidade da resistência ao FOLac raça 1, utilizando os isolados (Fus-202 e Fus-205) no mês de Outubro de 2011; isolados (Fus-219 e Fus-222) no mês de Novembro de 2011 e isolados (Fus-207, Fus-209 e Fus-220) no mês de Dezembro de 2011. A inoculação foi realizada em condições de casa de vegetação, pelo método de corte das raízes e imersão na suspensão de conídios do patógeno. A avaliação foi realizada após 30 dias, com auxílio de escala de notas variando de 0 (planta sadia) a 4 (planta morta). Os dados obtidos foram transformados em índice de doença (ID) e submetidos a uma análise de variância e comparação de médias pelo teste de Tukey (5%). Foram identificados trinta e dois acessos apresentando amplo espectro de resistência aos diferentes isolados do patógeno nas quatro épocas de inoculação.
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Cancro bacteriano (Xanthomonas campestris pv. viticola) da videira (Vitis spp): métodos de preservação e crescimento de isolados;escala diagramática e reação de variedades de videira à doença

NASCIMENTO, Ana Rosa Peixoto 11 February 2005 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T11:44:06Z No. of bitstreams: 1 Ana Rosa Peixoto Nascimento.pdf: 846418 bytes, checksum: 7dd326913edffe1dc94410cf6178eac6 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T11:44:06Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Ana Rosa Peixoto Nascimento.pdf: 846418 bytes, checksum: 7dd326913edffe1dc94410cf6178eac6 (MD5) Previous issue date: 2005-02-11 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Submédio São Francisco is the main producting and exporting region of table grapes in Brazil, where the cultivated area with this fruit crop has been significantly expanded in the last years. However, the intensification of grape production, the use of susceptible cultivars, and the favorable environmental conditions of that region allowed the occurrence of disease and pest problems, with emphasis for the bacterial canker (Xanthomonas campestris pv. viticola - Xcv). Reported for the first time in Brazil, in plantations of the Submédio São Francisco in 1998, the canker is the most important bacterial disease of grapevine in that region. The present work aimed to study: methods of preservation and pathogen growth at different temperatures, pHs and NaCl concentrations; elaboration and validation of a diagramatic key for bacterial canker; and the reaction of grapevine varieties to the pathogen, based on the disease epidemiological components. The preservation methods: dried paper strips (DPS), periodic transfer (PT), sterile distiled water (SDW) and dried leaves (DL) were utilised for storing two Xcv strains during 12 months. The variables viability and pathogenicity were evaluatedmonthly and estimated by bacterial growth and area under disease incidence curve (AUDIC). Both the DPS and SDW methods maintained 100% of cell viability and showed higher AUDIC values during 11 months. PT did not permit growth at 30 days while DL allowed the pathogen isolation for 5 months. The influence of temperature (0, 5, 10, 15, 20, 25, 27, 28, 29, 30, 35, 40 and 45°C), pH (5.0; 5.5; 6.0; 6.5; 7.0; 7.5; 8.0; 8.5 and 9.0) and NaCl concentration (1, 2, 3, 4, 5, 6 and 7%) on the growth of two Xcv strains was studied in NYD medium and evaluated in spectrophotometer. The minimum and maximum temperatures for Xcv growth were respectively 5 and 39°C, while the optimum growth was observed from 27 to 29°C. Xcv does not growth at 0 or 40°C. The optimum pH for Xcv growth ranged from 7.0 to 7.5. The pathogen growth declined from 3.0 % NaCl and was null at 6.0 %. Aiming to standardize methods to quantify bacterial canker severity a diagrammatic key was elaborated including the levels 2, 4, 8, 17, 34, 63 and 91% of diseased leaf area. To validate the diagrammatic key, 50 leaves with different levels of severity, previously measured by the softwareAutoCAD®, were evaluated by 10 raters with and without the use of the key. Two evaluations were performed with the key at 7-day intervals when different sequences of the same leaves were visually estimated by the same raters. The accuracy and precision of each rater were determined by simple linear regression between actual and estimated severity. Without the key, most of the raters overestimated disease severity. With the key raters obtained better levels of accuracy and precision; however, all tended to underestimate severity, with absolute errors concentrated around 10%. Raters showed good repeatability and high reproducibility of estimative by using the key compared to not using it. The reaction of 20 grapevine varieties, 13 scions and seven rootstocks, was evaluated in relation to disease resistance under greenhouse conditions. Plants were inoculated with a suspension of the strain Xcv1 (A570 = 108 CFU mL-1), incubated in a greenhouse and observed daily for epidemiological components of bacterial canker: incubation period (PI), incidence of leaves with symptoms (INC), incidence of leaves with canker (IFC), disease severity (SEV), progress rate of disease incidence (TPID), area under the disease severity progress curve (AACPSD). All varietieswere susceptible to the pathogen, although there were significant differences among them (P=0.05) for most of the analyzed variables. ‘Brasil’ showed the highest disease levels for all variables tested, while ‘Isabel’ and ‘Paulsen 1103’ presented the highest values of PI and the lowest values of INC, IFC, SEV, TPID and AACPSD, suggesting the potential of those varieties in programs of genetic breeding and integrated management of grapevine bacterial canker. The studied variables might be utilized in research including reaction of varieties to this disease. Considering all the epidemiological components, the analysis of the Euclidean distance by UPGMA allowed the separation of scion and rootstock varieties into three similarity groups each. / O Submédio São Francisco é o principal centro produtor e exportador de uvas de mesa do Brasil, onde a área plantada com esta cultura tem se expandido significativamente, nos últimos anos. No entanto, a intensificação do cultivo da videira, o plantio de variedades suscetíveis, além das condições climáticas prevalentes na região propiciam o surgimento de problemas fitossanitários, entre os quais se destaca o cancro bacteriano (Xanthomonas campestris pv. viticola - Xcv). Detectado pela primeira vez no Brasil, em parreirais do Submédio São Francisco, em 1998, o cancro é a doença bacteriana mais importante da videira na região. No presente trabalho foram estudados: métodos de preservação e o crescimento do patógeno em diferentes temperaturas, pHs e concentrações de NaCl; elaboração e validação de uma escala diagramática para cancro bacteriano; e reação de variedades de videira ao patógeno, baseada nos componentes epidemiológicos da doença. Os métodos dessecação em papel de filtro (DPF), repicagens periódicas (RP), água destilada esterilizada (ADE) e folhas herborizadas (FH) foramutilizados para preservar dois isolados de Xcv (Xcv1 e Unb1216) durante 12 meses. As variáveis viabilidade e patogenicidade foram avaliadas mensalmente e estimadas pela obtenção de crescimento bacteriano e área abaixo da curva de incidência da doença (AACID). Tanto o método DPF como ADE propiciaram viabilidade constante de 100 % durante 11 meses e os maiores valores de AACID. No método RP não se observou crescimento dos isolados aos 30 dias, enquanto que, em FH, Xcv foi isolada até cinco meses. Os efeitos da temperatura (0, 5, 10, 15, 20, 25, 27, 28, 29, 30, 35, 40 e 45°C), pH (5,0; 5,5; 6,0; 6,5; 7,0; 7,5; 8,0; 8,5 e 9,0) e concentração de NaCl (1, 2, 3, 4, 5, 6 e 7%) sobre o crescimento de dois isolados de Xcv em meio de cultura NYD foram estudados sendo que o crescimento foi avaliado em fotocolorímetro. As temperaturas mínima e máxima para o crescimento de Xcv foram respectivamente 5 e 39°C, enquanto que um crescimento ótimo foi observado no intervalo de 27 a 29°C. Xcv não cresce a 0 e 40°C. A faixa de pH ótima para o crescimento desta bactéria é de7,0 a 7,5. O crescimento de Xcv foi reduzido a partir de 3,0 % de NaCl, sendo o nível de 6,0 % letal para essa bactéria. Para padronizar métodos de quantificação da severidade do cancro bacteriano, foi elaborada uma escala diagramática com níveis de 2, 4, 8, 17, 34, 63 e 91% de área foliar lesionada. Navalidação da escala diagramática, 50 folhas com diferentes níveis de severidade da doença, mensurados previamente com o programa AutoCAD®, foram avaliadas por 10 pessoas sem e com a utilização da escala. Foram realizadas duas avaliações com utilização da escala com intervalo de sete dias, onde seqüências diferentes das mesmas folhas foram estimadas visualmente pelos mesmos avaliadores. A acurácia e a precisão de cada avaliador foram determinadas por regressão linear simples, entre a severidade real e a estimada. Sem a escala, a maioria dos avaliadores superestimou a severidade da doença. Com a escala, os avaliadores obtiveram melhores níveis de acurácia e precisão, embora tendessem a subestimar a severidade com erros absolutos concentrando-se na faixa de 10%. Os avaliadores apresentaram boa repetibilidade e elevada reprodutibilidade das estimativas com utilização da escala, o mesmo não sendo verificado sem a utilização desta. A reação de 20 variedades de videira, sendo 13 de copa e sete de porta-enxerto, foi avaliada quanto à resistência à doença, em casa de vegetação. As plantas foram inoculadas com a suspensão do isolado Xcv1 (A570 = 0,4 correspondente a108 UFC mL-1), incubadas em casa de vegetação e observadas diariamente quanto aos componentes epidemiológicos do cancro bacteriano: período de incubação (PI), incidência de folhas com sintomas (INC), incidência de folhas com cancro (IFC), severidade da doença (SEV), taxa de progresso da incidência da doença (TPID), área abaixo da curva de progresso da severidade da doença (AACPSD). Todas as variedades foram suscetíveis ao patógeno, embora diferindo significativamente entre si (P=0,05) para a maioria das variáveis analisadas. Em geral, ‘Brasil’ apresentou os maiores níveis de doença para todas as variáveis testadas, enquanto ‘Isabel’ e ‘Paulsen 1103’ destacaram-se ao propiciarem os maiores valores de PI e os menores valores de INC, IFC, SEV, TPID e AACPSD, indicando o potencial dessas para utilização em programas de melhoramento genético e de manejo integrado do cancro bacteriano da videira. As variáveis estudadas podem ser utilizadas em pesquisas envolvendo reação de variedades ao cancro bacteriano da videira. Quando considerado o conjunto doscomponenetes epidemiológicos, a análise da distância Euclidiana por UPGMA permitiu a separação das variedades de copa e porta-enxerto em três grupos de similaridade cada.
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Alternativas para o manejo integrado de fitonematóides em cana-de- açúcar em tabuleiros costeiros de Pernambuco

CHAVES, Andréa 12 January 2007 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T11:58:37Z No. of bitstreams: 1 Andrea Chaves.pdf: 1539586 bytes, checksum: af90f959541cd7c5d31ad1b4d02c65f1 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T11:58:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andrea Chaves.pdf: 1539586 bytes, checksum: af90f959541cd7c5d31ad1b4d02c65f1 (MD5) Previous issue date: 2007-01-12 / In Northeastern Brazil the land use of sandy costal table with sugarcane (Saccharum sp.)cropping associated with high temperatures and long dry seasons have increased plant parasitism nematode, particularly Meloidogyne spp. and Pratylenchus zeae, severity in fields. Despite many control measures have been applied, none has been efficient enough to keep nematode level under economic threshold. Therefore three experiments were conducted searching for more efficient, economic and ecological sound control alternatives. In the first experiment, it was evaluated the effect of neen (Azadirachta indica) oil, filter pressed mud and aldicarb on endoparasitic nematodes density and on technological and productive variables of sugarcane in a naturally infested field. There was no significant difference among treatments within technological variables. Stalk diameter and productivity were lower (P= 0.05) in the control and the nematicide treatment. Plants with filter cake (60 t/ha) and filter cake (60 t/ha) + Neen oil (1%) presented the highest (P=¤0.05) productive means, showing no significant difference in plant height and stalk number. Meloidogyne spp. densities in both soil and root were not affected by treatments, in contrast to P. zeae, which presented the lowest (P=H0.05) density in plots with aldicarb or neen oil (2%), indicating efficiency these products under field conditions. In the second experiment, it was evaluated acibenzolar-S-methyl (ASM), silicated fertilizer, and neen extract efficiency on the integrated management of Meloidogyne spp. and P. zeae in a sugarcane field. The association filter cake (50 t/ha) + aldicarb (20 kg/ha) + neen extract (1%) sprinkled on seed stalks significantly increased plant height. ASM (100g/100 L) sprinkled on seed stalks and aldicarb (20 kg/ha) + ASM (100g/100 L) sprinkled on shoots increased (P=o0.05) stalk diameter. The highest (P= 0.05) increases in productivity occurred in plots with filter pressed mud and silicated fertilizer. There was no significant difference in endoparasites densities in soil, incontrast to the roots, in which Meloidogyne spp. densities were significantly lower in plots with silicated fertilizer alone or in association with the other treatments. ASM did not affect root-knot nematode densities and neen extract was efficient only in association with aldicarb or aldicarb + filter cake. Pratylenchus zeae was not affected by any treatment. In the third experiment it was investigated under greenhouse the effects of three mineral organic complexes (Coda Radimax, Coda Humus PK and Coda Vit) on induction of resistance to M. incognita in three sugarcane varieties (RB 92579, RB 863129, RB 867515). All varieties were good host to M. incognita. Comparing to the untreated control, Coda Radimax significantly decreased final number of eggs per root system in all sugarcane varieties. Coda Humus-PK and Coda Vit were efficient in reducing eggs density in RB 867515 but not in RB 863129. All tested compounds did not affect stalk diameter, number and dry weight of shoots. No significant anatomical changes were observed in the M. incognita inoculated tissues examined using bright field microscopy, compared to corresponding tissues in healthy plants. / No nordeste do Brasil o uso de solos arenosos de tabuleiros costeiros com cana-de-açúcar (Saccharum sp.) e as altas temperaturas associadas a longos períodos de estação seca têm favorecido o parasitismo de fitonematoides, particularmente Meloidogyne spp. e Pratylenchus zeae, aumentando a severidade nos campos de cultivo. Embora muitas medidas de controle venham sendo aplicadas, nenhuma tem sido eficiente o suficiente para manter o nível populacional dos fitonematóides abaixo dos níveis de dano. Dessa forma três experimentos foram conduzidos buscando alternativas mais eficientes, econômicas e de menor impacto ambiental. No primeiro experimento, foi avaliado o efeito do óleo de nim, torta de filtro e aldicarb sobre a densidade populacional de nematóides endoparasitos e variáveis produtivas e tecnológicas da cana-de-açúcar em campo naturalmente infestado. Não ocorreram diferenças significativas nas variáveis tecnológicas. O diâmetro dos colmos e a produtividade foram menores (P=Ì0,05) nas testemunhas e no tratamento nematicida isoladamente. As maiores (P= 0,05) médias produtivas foram encontradas nas parcelas com torta de filtro e torta de filtro (60 t/ha) + óleo de nim (1%), não havendo diferença entre altura e número de colmos. A densidade populacional de Meloidogyne spp. no solo e na raiz não sofreu efeito dos tratamentos, diferentemente de P. zeae que apresentou as menores densidades em raízes com nematicida e com o óleo de nim (2%), mostrando eficiência no controle de P. zeae em condições de campo. No segundo experimento, avaliou-se em condições de campo a eficiência dos Acibenzolar-S-Metil (ASM), fertilizante silicatado e extrato de nim no manejo integrado de Meloidogyne spp. e P.zeae. Torta de filtro (50 t/ha) + aldicarb (20 kg/ha) + extrato de nim (1%) pulverizado sobre os rebolos aumentaram (P=[ 0,05) a altura das plantas. ASM (100g/100 L) pulverizado sobre os rebolos e aldicarb (20 kg/ha) + ASM (100g/100 L) promoveram aumentos (P=U0,05) no diâmetro dos colmos. Os maiores (P=U0,05) incrementos produtivos ocorreram nas parcelas com torta de filtro e fertilizante silicatado. Não ocorreu diferença significativa nos níveis dos endoparasitos no solo, diferentemente do que ocorreu nas raízes, quando as densidades de Meloidogyne spp. foram menores (P= 0,05) nas parcelas com fertilizante silicatado isoladamente e em conjunto com os demais tratamentos. ASM não apresentou efeito sobre a densidade deste fitonematóide e o extrato de nim foi eficiente quando usado em conjunto com aldicarb ou aldicarb + torta de filtro. Pratylenchus zeae não foi afetada pelos tratamentos. No terceiro experimento foi investigado, em casa de vegetação, os efeitos de três complexos organo-minerais (Coda Radimax, Coda Humus PK e Coda Vit) na indução de resistência a M. incognita em três variedades (RB 92579, RB 863129, RB 867515) de cana-de-açúcar. Todas as variedades estudadas foram boas hospedeiras de M. incognita. Em relação à testemunha, Coda Radimax reduziu significativamente o número final de ovos porsistema radicular em todas as variedades. Coda Humus-PK e Coda Vit se mostraram eficientes em diminuir (P=I0,05) a densidade de ovos em RB 867515, mas não em RB 863129. Todos os compostos testados não afetaram o diâmetro do colmo, peso da biomassa seca da parte aérea e número de perfilho. Não ocorreram modificações anatômicas significativas nos tecidos das plantas inoculados com M. incognita em relação aos tecidos sadios.
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Cultura da alface : produção de mudas utilizando Bacillus spp., escala diagramática para cercosporiose e levantamento da doença em Pernambuco

GOMES, Andréa Maria André 14 March 2003 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T12:25:29Z No. of bitstreams: 1 Andrea Maria Andre Gomes.pdf: 1093534 bytes, checksum: b089cef12b68df384d0aec41d274408e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T12:25:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Andrea Maria Andre Gomes.pdf: 1093534 bytes, checksum: b089cef12b68df384d0aec41d274408e (MD5) Previous issue date: 2003-03-14 / Lettuce (Lactuca sativa L.) is one of the most consumed vegetables in the world. In spite of the importance of this crop in Pernambuco Brazil, there are no studies on the use of plant growth-promoting rhizobacteria for production of organic transplants, as well as a diagrammatic scale for evaluating the severity of Cercospora leaf spot (Cercospora longissima) in epidemiological surveys. Epiphytic and endophytic bacterial strains applied through simultaneous bacterization on seedlings and plants were tested in greenhouse using cv. Verônica. In field the strains C25 (Bacillus thuringiensis subvar. kenyae) and C116 (Bacillus pumilus) were tested separately and in mixture using cvs. Verdinha and Verônica. Seedlings treated with C116 showed significant increase in relation to controls for root fresh weight, shoot fresh weight and total fresh weight as well as those treated with C25 for root fresh weight and total fresh weight. The strain C25 also significantly increased the level of foliar N. Aiming tostandardize methods to quantify the severity of Cercospora leaf spot of lettuce, a diagrammatic scale was developed with 1, 3, 6, 11, 20, 34, 51 and 68% diseased leaf areas. The diagrammatic scale was validated by 10 raters using 50 leaves with different levels of severity, previously measured by the software AutoCAD® R14 for Windows. There were performed two evaluations with a 7-day interval in which different sequences of the same leaves were visually estimated by the same raters. The accuracy and precision of each rater was determined through simple linear regression between actual and estimated severity. The scale proportioned good levels of accuracy and precision, and despite severity tended to be underestimated, the absolute errors were around 10%. Generally the raters showed good repeatability of estimative. Surveys ofCercospora leaf spot severity were performed in commercial plantations, including conventional and organic systems, in Mata and Agreste of Pernambuco, in two planting seasons. Disease prevalence in conventional systems ranged from 92 to 100% and in organic systems from 88 to 100%. In conventional plantings the severity significantly varied from 0.84 to 16.86 in January-April and 0.00 to 2.44 in June-September. In this system significant differences were observed among the counties Chã Grande (4.99) and Vitória de Santo Antão (9.14), only in January-April. Still in the conventional farming, there were no significant differences of disease severity among groups, cultivars of lettuce and number of fungicide applications within each season. In the organic system disease severity varied significantly from 0.07 to 22.53 in January-April and from 0.00 to 15.18 in June-September. In this system there were no significant differences fordisease severity averages in Bom Jardim, Chã Grande, Glória de Goitá and Gravatá, within each season. In January-April, but not in June-September, the average of Cercospora leaf spot severity significantly differed among groups and cultivars of lettuce. The group Lisa cv. Verdinha (0,68), showed significantly less severity than the groups Crespa cv. Verônica (10.61) and Americana cv. Lucy Brown (7.71). The Pearson test did not find significant correlations for severity between the studied seasons in both conventional and organic systems. The Kruskall-Wallis test did not detected significant differences for severity among the conventional and organic systems in each period. However there was significant difference for severity between the two seasons in each system. / A alface (Lactuca sativa L.) é uma das hortaliças mais consumidas no mundo. Apesar da importância desta cultura em Pernambuco, inexistem estudos sobre o uso de bactérias promotoras de crescimento de plantas para a produção de mudas orgânicas bem como de uma escala diagramática para a avaliação da severidade da cercosporiose (Cercospora longissima) em levantamentos epidemiológicos. Isolados bacterianos epifíticos e endofíticos, aplicados por bacterização simultânea nas sementes e substrato, foram testados em estufa utilizando a cultivar Verônica. Em campo, foram testados os isolados C25 (Bacillus thuringiensis subvar. kenyae) e C116 (Bacillus pumilus), separadamente e em mistura, nas cultivares Verdinha e Verônica. As mudas apresentaram aumento significativo para matéria fresca da raiz, da parte aérea e totalutilizando o isolado C116 e para matéria fresca da raiz e total utilizando-se o C25. O isolado C25 elevou significativamente o teor foliar de N. Para padronizar métodos de quantificação da severidade da cercosporiose, foi desenvolvida uma escala diagramática com os níveis 1, 3, 6, 11, 20, 34, 51 e 68% de área foliar lesionada. A escala diagramática foi validada por 10 avaliadores que utilizaram 50 folhas com sintomas da doença em diferentes níveis de severidade, mensuradas pelo programa AutoCAD® R14 for Windows. Realizou-se duas avaliações com intervalo de sete dias, onde seqüências diferentes das mesmas folhas foram estimadas visualmente pelos mesmos avaliadores. A acurácia e a precisão de cada avaliador foram determinadas por regressão linear simples, entre a severidade real e a estimada. A escala proporcionou bons níveis de acurácia e precisão e, apesar de evidenciar tendência a subestimativa, os erros absolutosconcentraram-se na faixa de 10%. Em geral, os avaliadores demonstraram boarepetibilidade nas estimativas. Foram efetuados levantamentos da severidade da doença em áreas de cultivo convencional e orgânico da Zona da Mata e Agreste de Pernambuco, em dois períodos de plantio. Foi registrada prevalência da doença em cultivo convencional variando de 92 a 100% e em orgânico, de 88 a 100%. No cultivo convencional, a severidade variou significativamente entre 0,84 a 16,86 no período janeiro-abril e 0,00 a 2,44 no período junho-setembro. Nesse cultivo, foram constatadas diferenças significativas entre os municípios Chã Grande (4,99) e Vitória de Santo Antão (9,14), apenas no período de janeiro-abril. Ainda no cultivo convencional, não foram constatadas diferenças significativas da severidade da cercosporiose entre grupos e cultivares de alface e, entre número de aplicações de fungicidas, dentro de cada período. No cultivo orgânico, verificou-se diferença significativa na severidade da doença em janeiro-abril variando de 0,07 a 22,53 e em junho-setembro variando de 0,00 a 15,18. Nesse cultivo não foram constadas diferenças significativas para médias de severidade nos plantios de Bom Jardim, Chã Grande, Glória de Goitá e Gravatá, dentro de cada período. No período janeiro-abril, mas não em junho-setembro, as médias de severidade da cercosporiose diferiram significativamente entre grupos e cultivares de alface. O grupo Lisa, cv. Verdinha (0,68), diferiu, significativamente dos grupos Crespa cv. Verônica (10,61) e Americana cv. Lucy Brown (7,71). Não foram constatadas correlações significativas para a severidade entre os períodos estudados, tanto no cultivo convencional quanto no orgânico. Pelo teste de Kruskall-Wallis, não houve diferença significativa para a severidade entre os cultivos convencional e orgânico, nos dois períodos. Por outro lado, houve diferença significativa para a severidade entre os dois períodos nos dois tipos de cultivo.
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Tratamento de bacelos, sobrevivência de Xanthomonas campestris pv. viticola em tesouras de raleio, desinfestação desta ferramenta e de água utilizada na produção de mudas de videira

NAUE, Carine Rosa 22 February 2013 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T13:25:13Z No. of bitstreams: 1 Carine Rosa Naue.pdf: 1778234 bytes, checksum: 87c8b0b79d12b0deec69551209abe1ed (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T13:25:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carine Rosa Naue.pdf: 1778234 bytes, checksum: 87c8b0b79d12b0deec69551209abe1ed (MD5) Previous issue date: 2013-02-22 / The introduction and spread of grapevine bacterial canker caused by Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) occurs, among other ways, through plantlets, grapevine cuttings and farming tools. This study aimed to: evaluate the effectiveness of treatments of cuttings to eradicate Xcv using thermotherapy, bactericides and sanitizers; prove the survival of Xcv into thinning shears; and select efficient sanitizers for disinfection of these tools and water used in the production of plantlets. In the first study, the Xcv isolates were tested for pathogenicity and "in vitro" sensitivity to bactericides and sanitizers (streptomycin+oxytetracycline, oxytetracycline+copper sulfate, kasugamycin and oxytetracycline; dodecyldimethyl ammonium chloride, sodium hypochlorite and benzalkonium chloride) at different concentrations. The eradication of Xcv on cuttings was tested in experiments with thermotherapy (50˚C for 30 and 40 min; 53˚C for 5 and 10 min); bactericides oxytetracycline+copper sulphate (150+2000, 165+2200, 180+2400 and 195+2600 mg L-1 of H2O) and oxytetracycline (600, 700, 800 and 900 mg L-1) and sanitizers dodecyldimethyl ammonium chloride (600, 1200, 1800, 2400, 3000 μl L-1) sodium hypochlorite (5000, 10000, 20000, 30000, 40000 μl L-1) and benzalkonium chloride (125, 167, 250, 334, 500 μl L-1). The bactericidal oxytetracycline and sanitizers dodecyldimethyl ammonium chloride and sodium hypochlorite provided the largest zones of inhibition, in vitro. However, it was not possible to recommend an efficient treatment of temperature/time, and concentrations of bactericides or sanitizers, among those tested, capable of eradicating Xcv of infected grapevine cuttings. In the second study, survival was evaluated 0-42 h after dipping the scissors in pathogen suspension. In vitro susceptibility test and initial selection in scissors were performed with the sanitizers dodecyldimethyl ammonium chloride (1200 μl L-1), sodium hypochlorite (20000 μl L-1), benzalkonium chloride (250 μl L-1), sodium dichloroisocyanurate (16.25 mg L-1), calcium hypochlorite (130 mg L-1), calcium oxychloride (97.5 mg L-1) and chlorine dioxide (25 μl L-1). To validate the efficiency of sanitizers for disinfection of scissors the first two products were tested at the same concentrations, and 50 cuts were sequentially made in vine leaves. The controls only with Xcv allow verifying the dissemination ability of Xcv from an inoculum source. The viability of the same sanitizers was studied 0-8 h after solution preparation. Disinfection of water contaminated with Xcv was tested with two bactericidal and three sanitizers. Xcv survived 24 h in thinning shears. Sodium hypochlorite (20000 μl L-1) and dodecyldimethyl ammonium chloride (1200 μl L-1) provided the greatest inhibition halos and disinfested scissors contaminated with Xcv. Solutions of these sanitizers remained viable for 8 h. Xcv was spread by contaminated thinning shears, on average, until the 24th cut. Disinfestation of the water contaminated with Xcv utilized in the plantlets production was obtained by dodecyldimethyl ammonium chloride (600 μl L-1), sodium hypochlorite (5000 μl L-1) and benzalkonium chloride (250 μl L-1). / A introdução e a disseminação do cancro bacteriano da videira causado por Xanthomonas campestris pv. viticola (Xcv) ocorre, dentre outras formas, por meio de mudas, bacelos e ferramentas de cultivo. Este trabalho teve como objetivos: avaliar a eficiência dos tratamentos de bacelos de videira para erradicação de Xcv utilizando termoterapia, bactericidas e sanitizantes; comprovar a sobrevivência de Xcv em tesouras de raleio; e selecionar sanitizantes eficientes para a desinfestação destas ferramentas e da água utilizada na produção de mudas. No primeiro trabalho, os isolados de Xcv foram testados quando à patogenicidade e realizado o teste de sensibilidade “in vitro” a bactericidas e sanitizantes (oxitetraciclina+estreptomicina, oxitetraciclina+sulfato de cobre, casugamicina e oxitetraciclina; cloreto de dodecildimetil amônio, hipoclorito de sódio e cloreto de benzalcônio) em diferentes concentrações. A erradicação de Xcv em bacelos de videira foi testada em experimentos com termoterapia (50oC por 30 e 40 min; 53oC por 5 e 10 min); bactericidas [oxitetraciclina+sulfato de cobre (150+2000, 165+2200, 180+2400 e 195+2600 mg L-1 de H2O) e oxitetraciclina (600, 700, 800 e 900 mg L-1)]; e sanitizantes [cloreto de dodecildimetil amônio (600, 1200, 1800, 2400, 3000 μL L-1); hipoclorito de sódio (5000, 10000, 20000, 30000, 40000 μL L-1) e cloreto de benzalcônio (125, 167, 250, 334, 500 μL L-1)]. O bactericida oxitetraciclina e os sanitizantes cloreto de dodecildimetil amônio e hipoclorito de sódio proporcionaram os maiores halos de inibição, in vitro. No entanto, não foi possível recomendar um tratamento termoterápico, bactericida ou sanitizante, dentre os testados, capaz de erradicar Xcv de bacelos de videira infectados. No segundo trabalho, a sobrevivência foi avaliada de 0 a 42 h após imersão das tesouras em suspensão do patógeno. Teste de sensibilidade de Xcv in vitro e seleção inicial em tesouras foram realizados com os sanitizantes cloreto de dodecildimetil amônio (1200 μl L-1), hipoclorito de sódio (20000 μl L-1), cloreto de benzalcônio (250 μl L-1), dicloroisocianurato de sódio (16,25 mg L-1), hipoclorito de cálcio (130 mg L-1), oxicloreto de cálcio (97,5 mg L-1) e dióxido de cloro (25 μl L-1). Para validação da eficiência dos sanitizantes na desinfestação de tesouras, os dois primeiros produtos foram testados nas mesmas concentrações, sendo realizados 50 cortes sequenciais, em folhas de videira. A testemunha com Xcv permitiu verificar a capacidade de disseminação de Xcv a partir da fonte de inóculo. A viabilidade dos sanitizantes foi estudada de 0 a 8 h após o preparo das soluções. Para desinfestação de água contaminada com Xcv foram testados 2 bactericidas e três sanitizantes. Xcv sobreviveu 24 h em tesouras de raleio. Hipoclorito de sódio (20000 μl L-1) e cloreto de dodecildimetil amônio (1200 μl L-1) proporcionaram os maiores halos de inibição e desinfestaram tesouras contaminadas com Xcv. As soluções destes sanitizantes mantiveram-se viáveis por 8 h. Xcv foi disseminada por tesouras de raleio contaminadas, em média, até o 24o corte. A desinfestação da água contaminada com Xcv utilizada na produção de mudas foi obtida pelo uso de cloreto de dodecildimetil amônio (600 μl L-1), hipoclorito de sódio (5000 μl L-1) e cloreto de benzalcônio (250 μl L-1).
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Análise molecular da adaptabilidade hospedeira de Cowpea aphid-borne mosaic virus e caracterização de um novo tymovírus infectando Cassia hoffmannseggii

NICOLINI, Cícero 01 September 2011 (has links)
Submitted by (lucia.rodrigues@ufrpe.br) on 2017-02-21T13:55:26Z No. of bitstreams: 1 Cicero Nicolini.pdf: 1169299 bytes, checksum: e932282294084c1947939ed928971bcb (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-21T13:55:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cicero Nicolini.pdf: 1169299 bytes, checksum: e932282294084c1947939ed928971bcb (MD5) Previous issue date: 2011-09-01 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Brazil is the world’s largest passion fruit producer. The sanitary problems, mainly diseases caused by viruses are among the limiting factors for increasing productivity and longevity of the plantations. In Brazil, passion fruit woodiness, caused by Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV) is the major viral disease of this crop. CABMV is also causing agent of the potyvirus mosaic, a viral disease that produces serious damages in cowpea. This crop in Brazil is important mainly in the Northeastern region and represents a relevant source of protein and starch for the population. Some years ago, in the state of Pernambuco it was found a potyvirus naturally infecting “lava-pratos”, leguminous plant native to Atlantic Forest commonly found on the margins of passionflower and cowpea crops. In the city of Paudalho it was found a group of “lava-pratos” plants presenting very intense symptoms with yellow spot on the leaves. From those plants, preparations examined in a transmission electron microscope showed the presence of elongated flexuous particles and cylindrical inclusions typical of potyvirus as well as isometric particles in high concentration and vesicles on the periphery of the chloroplasts which suggested the occurrence of a tymovirus. Serological analyses and coat protein sequencing to identify the potyvirus as well as studies on host adaptation in passionflower and cowpea, using isolates from these crops were undertaken. The virus with isometric particles was chemically purified to produce polyclonal antiserum and subjected to serological studies, host range and genome sequencing for characterization. It was concluded that the potyvirus found in “lava-pratos” is CABMV and phylogenetically observed the host adaptation of this virus to the families Fabaceae and Passifloraceae. For some strains geographical distance was not the strongest factor for genetic grouping and the Brazilian isolates form a large group distinct to other countries. According to the criteria of taxonomy, using amino acid sequence of coat protein and conserved region "tymobox", it was determined the presence of a tymovirus in “lava-pratos”, for which was proposed to be a new species named Cassia yellow mosaic-associated virus (CAYMaV). / O Brasil é o maior produtor mundial de maracujá. Os problemas fitossanitários especialmente as doenças ocasionadas por vírus estão entre os fatores limitantes ao aumento de produtividade e longevidade dos plantios. A principal virose do maracujazeiro no Brasil é o endurecimento dos frutos causado por Cowpea aphid-borne mosaic virus (CABMV). O CABMV também é o agente do mosaico de potyvírus em feijão-caupi, virose que provoca sérios danos nessa cultura. No Brasil, o feijão-caupi é produzido principalmente na Região Nordeste e representa fonte importante de proteína e amido para a população. Há alguns anos atrás, um potyvírus foi encontrado em Pernambuco infectando naturalmente o lava-pratos, uma leguminosa nativa da Mata Atlântica comumente encontrada nas bordas de cultivos de maracujá e feijão-caupi. No município de Paudalho foi observado um grupo de plantas de lava-pratos apresentando sintomas muito intensos com manchas amarelas nas folhas. Dessas plantas, ao ser analisadas preparações em microscópio eletrônico de transmissão, além da presença de partículas alongadas flexuosas e de inclusões cilíndricas típicas de potyvírus foram detectadas partículas isométricas em alta concentração e vesículas nas bordas dos cloroplastos, o que sugeria ser de um tymovírus. Foram realizadas análises sorológicas e seqüenciamento da capa protéica para identificação do potyvírus, assim como estudar a adaptação hospedeira a maracujazeiro e feijão-caupi, utilizando-se isolados obtidos dessas culturas. O vírus com partículas isométricas foi purificado quimicamente para produção de antissoro policlonal e submetido a estudos sorológicos, gama de hospedeiros e seqüenciamento de parte do genoma para caracterização. Concluiu-se que o potyvírus encontrado em lava-pratos é o CABMV e filogeneticamente se observou que ocorre adaptação hospedeira deste vírus em plantas das famílias Fabaceae e Passifloraceae. Para alguns isolados, a distância geográfica não foi o fator mais forte para agrupamento genético e os isolados brasileiros formam um grande grupo distinto aos de outros países. De acordo com os critérios de taxonomia, usando-se seqüência de aminoácidos da capa protéica e região conservada “tymobox”, foi determinada a presença em lava-pratos de um tymovírus, para o qual foi proposto ser uma nova espécie nomeada Cassia yellow mosaic-associated virus (CAYMaV).

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