Weak Affinity Chromatography (WAC) is a technology that was developed to analyse weak (KD > 10-5 M) although selective interactions between biomolecules. The focus of this thesis was to develop this method for various applications in the drug development process.   Fragment Based Drug Discovery is a new approach in finding new small molecular drugs. Here, relatively small libraries (a few hundreds to a few thousands of compounds) of fragments (150 – 300 Da) are screened against the target. Fragment hits are then developed into lead molecules by linking, growing or merging fragments binding to different locations of the protein’s active site. However, due to the weakly binding nature of fragments, methods that are able to detect very weak binding events are needed. In this thesis, WAC is presented as a new robust and highly reproducible technology for fragment screening. The technology is demonstrated against a number of different protein targets – proteases, kinases, chaperones and protein-protein interaction (PPI) targets. Comparison of data from fragment screening of 111 fragments by WAC and other more established technologies for fragment screening, such as surface plasmon resonance (SPR) and nuclear magnetic resonance (NMR), validates WAC as a screening technology. It also points at the importance of performing fragment screening by multiple methods as they complement each other.   Other applications of WAC in drug development are also presented. The method can be used for chiral separations of racemic mixtures during fragment screening, which enables affinity measurements of individual enantiomers binding to the target of interest. Further, analysis of crude reaction mixtures is shown. By these procedures, the affinity of the product can be assessed directly after synthesis without any time-consuming purification steps. In addition, a high performance liquid chromatography (HPLC) system for highly efficient drug partition studies was developed by stable immobilization of lipid bilayer disks – lipodisks – on a high performance silica support material. These lipodisks are recognized model membranes for drug partition studies. A WAC system with incorporated membrane proteins into immobilized lipodisks has also been produced and evaluated with the ultimate objective to study affinity interactions between ligands and membrane proteins. / Ett läkemedel utövar sin funktion genom att påverka aktiviteten hos ett protein i kroppen då det binder till dess aktiva säte. Förändringen i aktivitet leder till fysiologiska förändringar i kroppen beroende på vilken funktion proteinet har. Med läkemedelsmolekyl avses här en liten organisk molekyl. Fragment-baserad läkemedelsutveckling är en ny metod for att ta fram nya läkemedel. Metoden fungerar genom att man bygger läkemedelsmolekyler utifrån mindre fragment som binder till målproteinet. Fragmenten hittar man genom att screena hela bibliotek av olika fragment mot samma målprotein för att urskilja de som binder till proteinets aktiva säte. Fördelen med den här metoden är bl. a. att med mindre molekyler som utgångspunkt kan en större del av antalet möjliga kombinationer av atomer representeras med ett mindre antal fragment än för större molekyler. Normalt utgörs ett fragmentbibliotek enbart av några hundra till några tusen substanser. Eftersom fragmenten är små har de få interaktionspunker och binder relativt svagt. De svaga bindningarna är svåra att se och mycket känsliga metoder behövs.   Svagaffinitetskromatografi är en vätskekromatografisk metod som utvecklades för att studera svaga men mycket selektiva bindningar mellan biomolekyler. Den här avhandlingen syftar till att utveckla metoden för olika användningsområden inom läkemedelsutveckling, främst som en ny metod för fragment-screening. Här mäter man interaktionen mellan ett protein och ett fragment. Proteinet kopplas till ett material som sedan packas i en kolonn i formen av en cylinder. När provet pumpas igenom kolonnen kommer de analyter med affinitet till proteinets aktiva säte att fördröjas på kolonnen i relation till hur starkt de interagerar med målproteinet.   I den här avhandlingen presenteras fragment-screening med svagaffinitetskromatografi gentemot ett antal olika typer av målproteiner. Resultatet överensstämmer väl med andra metoder för fragment-screening. Analys av reaktionsblandningar med svagaffinitetskromatografi demonstreras också. Därmed kan bindningen mellan en produkt i en reaktionsblandning och ett målprotein mätas direkt utan föregående uppreningssteg av reaktionsblandningen. Lipodiskar är små diskformade modellmembran som kan användas för att bl. a. mäta hur effektivt läkemedlet tas upp i kroppen vid behandling. Ett system med immobiliserade lipodiskar i en kolonn utvecklades med det framtida målet att kunna arbeta med membranproteiner med svagaffinitetskromatografi.   Detta arbete utgör en del i att utveckla svagaffinitetskromatografi som en lättillgänglig och relativt billig metod för användning inom industrin och akademin för läkemedelsutveckling.

Rédigés de manière non linéaire, "Monsieur Teste" (1946) de Paul Valéry et "Palomar" (1983) d’Italo Calvino posent les limites de l’intellection pure et les possibilités du texte littéraire à rendre compte d’une conscience, celle des sujets – Teste et Palomar – , comme les témoins réfléchis des phénomènes de l’univers. Bien qu’issus d’époques et de mouvements littéraires différents (poésie moderne française de l’entre-deux guerre chez Valéry, le néoréalisme italien chez Calvino) les deux auteurs parviennent néanmoins à une écriture comparable, qui valorise l’éclatement formel des catégories romanesques conventionnelles (intrigue, espace, temps, personnage) vers un nouveau réalisme, plus libre et moins contraignant. Que ce soit par le récit composites "Monsieur Teste" où Valéry met en scène Teste, un homme taciturne et solitaire vivant de l’intérieur, ou encore "Palomar" dont le protagoniste décide, un beau jour, d’arpenter du regard la moindre parcelle de l’univers, un élément demeure constant : le fragment, comme manière d’appréhender et de comprendre le monde et, par ricochet, de se saisir soir-même. L’analyse des incidences littéraires du fragment nous permettra d’interroger et de mettre en lumière, en les comparant, l’écriture fragmentaire de "Monsieur Teste" et "Palomar" comme la création d’une structure textuelle, mais aussi comme une forme donnant vie à un contenu : la pensée prenant conscience de ses actes. / Written in non-linear fashion, Paul Valery’s "Monsieur Teste" (1946) and Italo Calvino’s "Palomar" (1983) establish limits for pure intellection and modern literatures possibility to account for subjective consciousness – that is, for Teste and Palomar – as thinking witness to phenomena of the universe. Althought stemming from different literary movement (for Valery, modern poetry of the inter-war period and, for Calvino, Italian Neorealism), both writers produce a similar form of writing that valorises the formal explosion of conventional categories (plot, spacetime, character) and points toward a new realism, freer and less restrictive. Whether it is in the composite narrative of "Monsieur Teste" representing Teste, a taciturn and solitary man with an inner life, or that of "Palomar" who suddenly decides to visually inventory the smallest parcels of the universe, one element remains constant : the fragment as a way of seizing and understanding the world and, indirectly, one self. Analyzing the fragment’s literary effects will allow us to reflect on and demonstrate by way of comparison, how the fragmentary writes of "Monsieur Teste" and "Palomar" create a textual structure as well of a form giving life to a content : thought becoming aware of its actions.

Mémoire numérisé par la Division de la gestion de documents et des archives de l'Université de Montréal

Cette thèse se présente comme une fouille archéologique consistant à décortiquer l’objet dans notre société actuelle à partir d’une réalisation plastique. En effet cette thèse s’articule autour d’une pratique artistique. C’est cette pratique qui a ainsi déterminé les champs de recherche à suivre. Le protocole de cette installation consiste, dans un premier temps, à demander à des femmes-artistes de me prêter un objet issu de leur quotidien et pour lequel elles ont nourri un besoin ou un attachement particulier, de sorte que cet objet devienne un miroir capable de refléter leur personnalité. Dans un deuxième temps, je filme un témoignage que me livrent ces mêmes personnes au sujet de l’objet choisi, et dans lequel elles justifient leur choix en précisant la nature du lien qui les unit à celui-ci. Ensuite, ces objets sont moulés par mes soins. En ce sens, cette démarche de ne présenter que leurs moulages et non ces objets tels qu’ils sont, contribue à rendre l’intimité que représentent ces objets, et à faire de ces symboles de la vie quotidienne de chacune des protagonistes, et donc, d’acteurs ou plutôt actrices de notre société moderne, de simples matériaux voués à un oubli certain, sauf à les envisager à l’aune d’une certaine archéologie du présent. C’est ainsi que je prends le parti des objets. Un parti pris théorique et pratique. Dans le sens où je me place du côté des objets pour observer le monde, un parti pris qui traduit une opinion argumentée de l’objet dans tous ses états : l’objet dans l’art, l’objet anthropologique, l’objet comme trace de nous-mêmes et pour finir l’objet archéologique. / This thesis presents itself as an archaeological excavation consisting of the dissection of the object in our present society from a plastic realization. Indeed this thesis is articulated around an artistic practice. It is this practice that has determined the fields of research to be followed. The protocol of this installation consists, initially, in asking women artists to lend me an object from their daily lives and for which they have nourished a particular need or attachment, so that this object becomes a mirror capable To reflect their personality. In a second step, I film a testimony given to me by these same people about the chosen object, and in which they justify their choice by specifying the nature of the bond that unites them to it. Then, these objects are molded by me. In this sense, this process of presenting only their moldings and not those objects as they are, helps to make the intimacy represented by these objects, and to make these symbols of the daily life of each of the protagonists, and thus , Actors or rather actors of our modern society, materials devoted to a certain forgetfulness, except to consider them by the yardstick of an archeology of the present.This is how I take the side of objects. A theoretical and practical bias. In the sense that I place myself on the side of objects to observe the world, a bias that translates an argued opinion of the object in all its states: the object in art, the anthropological object, the object as Trace of ourselves and to finish the archaeological object.

Le fragment du corps moulé, le corps qui s’effondre, réduit à une dépouille, la figure qui tend à s’effacer, se regardent comme les bribes d’une mémoire où coexiste un double mouvement : le contact et la séparation, la présence et l’écart. L’empreinte du corps en creux, signale que rien ne sera plus jamais comme avant. Le moulage dit ce qui est. Il dit le « mort » par son empreinte vivante : ce que j’ai moulé, photographié cet « incomparable air de vie » a disparu. Irrémédiablement. Pièces à conviction qui calment la perte, les fragments, le travail parfois sériel conspirent contre l’oubli, attestent d’un passage et d’une présence dont je refuse qu’ils passent, s’effacent. La séparation définitive est insupportable. C’est dans la présence de la figure déposée, devenu fragment de mémoire et dans son absence que se dialectise alors l’inacceptable et devient possible son acceptation. L’impossibilité de ralentir le cycle du temps impose toujours le sentiment d’une urgence. Mon travail est résistance. Il pose un regard mélancolique sur les choses qui changent, passent, nous échappent. Rien ne s’arrête, rien n’est défini de façon satisfaisante. C’est une réalité qui se fait à travers celle qui se défait. Une avancée se noue sur ce qui s’use ou se troue. Faire contrepoids à cette ombre omniprésente. Choisir dans les différentes ouvertures possibles, à travers le cortège des images, des figures, des choses obsédantes et trouver, provisoire, fragile et lacunaire, une réponse. / The fragment of a moulded body, the body which collapses, is reduced to a corpse,the figure which tends to disappear, can be seen like pieces of a memory in which a double movement co-exists : the contact and the separation, the presence and the gap. The print of the body in hollow shows that nothing will never be like before anymore. The moulding says what exists. It says « the dead » by its living print : what I have moulded, photographed, this « incomparable air of life » disappeared. Irredeemably. Exhibits which calm the loss, the fragments, the work in series conspire against oblivion, prove the passage and a presence I refuse them to disappear. The definitive separation is unbearable. It is in the presence of the figure that I exhibit, which has become « fragment of memory » and in its absence that dialectises then in the unacceptable and its acceptance has become possible. The impossibility to slow down the cycle of time always imposes the feeling of urgency. My work is resistance. It poses a melancholic look on the things that change, pass away and that aren’t under control. Nothing stops, nothing is defined in a satisfactory way. It is a reality which is made through the one that unties. An advance ties on what is worn up or what bores a hole. Counterbalancing.this omnipresent shadow. Choosing in the different possible openings throughout a cortege of images, figures, obsessive things and finding a provisional, fragile, incomplete answer.

Les Antilles françaises constituent un contexte qui est à appréhender sous les différents traits qui les caractérisent : une approche géologique et géographique, historique et économique, géopolitique ou encore, ethnique et linguistique, culturelle et magico-religieuse. Une prégnance émane de ce lieu et se fait ressentir dans les arts plastiques : le fragment et le manque.Les démarches de six artistes, concernés par cette étude, s’inscrivent dans ce contexte insulaire. Ils transposent dans leurs œuvres, selon différentes modalités, les problématiques qui préoccupent l’Archipel des Antilles. Trois artistes de la Guadeloupe : Michel Rovelas, Christian Bracy, François Piquet, et trois artistes de la Martinique : Ernest Breleur, Christian Bertin, Chantal Charron, sont étudiés, et leurs travaux analysés selon leurs données plastiques, iconiques, procédurales et sémantiques. Ces plasticiens qui prennent des libertés vis-à-vis des codes traditionnels de la représentation, abandonnent le principe d’imitation de la réalité. Ils privilégient une esthétique du fragment dont le déclencheur est la blès (blesse), l’insondable blessure historique. Le corps archipélique, à l’insulaire structure, en est l’objet et le sujet d’expression. Il est la figure métaphorique du monde créole.Ces « renifleur[s] d’existence »1 effectuent un travail de mémoire et d’identité dont les fondations résident dans une accumulation de faits tragiques et troublants : la traite, l’esclavage, la période coloniale, la départementalisation. Il s’agit d’une mémoire lacunaire que l’art tend à sonder. / The French West Indies constructs a context which has to be apprehended from different characteristics: a geological and geographical approach, as well as a historical, economic, geopolitical, ethnic, linguistic, cultural and magico-religious approach. A resonance emanates from this place which is felt in the plastic arts: fragment and incompleteness.The approaches of six artists involved in this study subscribe to this insular context. They transpose into their works, according to different modalities, the problems that concern the French West Indies archipelago. Three artists from Guadeloupe: Michel Rovelas, Christian Bracy, François Piquet, and three artists from Martinique: Ernest Breleur, Christian Bertin, Chantal Charron, are studied, and their work analyzed according to their plastic arts, iconic, procedural and semantic information.These plastic artists, who take liberties with respect to the traditional codes of representation, abandon the principle of imitation of reality. They favor an aesthetic of “the fragment” whose generator is “la blès” (wound), the unfathomable historical wound. The archipelagic body, with an insular structure is the object and the subject of expression. It is the metaphorical figure of the Creole world.These “searchers of existence”1 perform a work of memory and identity whose foundations lie in an accumulation of tragic and disturbing facts: slave trade, slavery, the colonial period and departmentalization. It is therefore an incomplete memory that art tends to grasp.

Notre thèse cherche à définir la relation entre la littérature et l’identité humaine, en quoi l’écriture permet de connaître et de former l’identité. Le point de départ de notre réflexion est l’interprétation de la relation entre l’homme et le monde par rapport à la conscience de sa propre visibilité. L’être humain ressent sa visibilité dans le monde comme une menace et comme quelque chose d’artificiel. L’être s’efforce de se créer selon sa propre imagination ou de devenir quelqu’un d’autre par l’intermédiaire de l’écriture, du déguisement et du masque,mais aussi en utilisant la langue comme un outil qui permet la connaissance de sa vraie nature. Stendhal fait figure de pionnier car il est fondateur de l’égotisme littéraire. Ceci à cause de son intérêt exclusif pour sa propre personne qui se manifeste par l’auto-connaissance et l’auto-construction. Ces approches de l’écriture et de la langue ont inspiré de nombreux écrivains et courants littéraires dont Jakub Deml qui en est l’héritier tchèque. L’auto-connaissance et l’auto-construction font partie intégrante de son oeuvre. Par la modification de sa propre identité, par l’intégration d’autrui dans son moi, Deml veut créer l’effet de „l’ubiquité éternelle“ pour influencer la réalité. L’exploration de soi est devenue l’intérêt principal de Henri Michaux. L’approche pratique de l’écriture comme moyen d’auto-connaissance ou de dissimulation, devient pour lui un instrument de survie. L’autocréation liée à l’utilisation pratique de la langue comme instrument servant à la vie permet de saisir la dépendance de l’identité humaine aux circonstances ce qui a pour effet que l’être humain perçoit son identité comme fragmentaire. / This work analyzes the relation of a text to one’s identity, to its understanding and to its formationthrough the written language. The relation man–world founded on the awareness of one’s visibility serves forthis analysis, which draws on a hypothesis that one’s visibility within the world is perceived as both a threatand as inauthentic. Human beings make effort to form themselves according to their own principles or tobecome someone else with literary text, to take on disguises and masks, but also to use language as a toolenabling them to uncover their authenticity. Such approach was represented by Stendhal’s work, the foundingstone of literary egotism. The reason is that he focuses exclusively on himself, which is manifested by a doublegesture: self-analysis and self-construction. These gestures, performed by the means of language, have aindirect successor in the work of Jakub Deml. In his texts self-analysis and self-construction can be recognized.By modifying his identity, mainly through the inclusion of other people within it, he attempts to create animpression of omnipresence for influencing reality. Henri Michaux establishes the exploration of his own self as the exclusive focus of his life. For him, it is crucial that the practical approach to a linguistic creation, an approach that consists in using language as a tool for either gaining self-knowledge or for hiding one’s self, be developed into one of the tools for survival. This link between self-creation, and the emphasis, put on apractical approach can capture human identity as something derived from situational circumstances. As a result, human beings perceive their own identity as fragmentary. / Práce si klade za cíl postihnout vztah literárního textu k lidské identitě, k jejímu poznání ijejímu formování pomocí psaného jazyka. Výchozí myšlenka se zakládá na výkladu vztahučlověka a světa s ohledem k vědomí vlastní viditelnosti. Dále vychází z hypotézy, že lidskábytost pociťuje svou viditelnost ve světě jako ohrožení na jedné straně a nepřirozenost nastraně druhé. Snahou této bytosti je se formovat podle vlastních představ či se stávat pomocítextu někým jiným, brát na sebe převleky a maskovat se, ale také používat jazyk jako nástrojdobrání se vlastní přirozenosti. Na počátku takového přístupu spočívá Stendhalovo dílo, kteréje považováno za zakladatele literárního egotismu. Důvodem je výhradní zájem jejího autorao svou osobu, který se projevuje ve dvojím gestu: sebepoznávacím i sebekonstrukčním. Obatyto přístupy k jazyku mají své pokračovatele v mnoha literaturách, jednou z nich je literaturačeská, v níž se objevuje dílo Jakuba Demla. I v něm lze snadno vyznačit gesto sebe-poznání isebe-konstrukce. Deml se modifikací vlastní identity, především začleňováním druhých lidído ní, pokouší vytvořit dojem „věčné všudypřítomnosti“. Její navození má být základem vlivuna skutečnost. Henri Michaux stejně tak učiní průzkum sebe sama za výhradní zájem svéhoživota. I pro něj je důležité, že se praktický přístup k jazykovému výtvoru, který je přítomnýv užití řeči jako prostředku sebepoznání či sebeskrytí, rozvine v jeden z nástrojů přežití.Spojení sebetvorby a akcentování praktického použití jazykového výtvoru jako nástrojesloužícího životu pak zachytí i odvození lidské identity od situačních okolností a okamžiků,což způsobí, že lidská bytost bude prožívat svou identitu jako fragmentární a nespojitou

Accurate DNA replication is vital for maintaining genomic stability. Consequently, the machinery required to drive this process is designed to ensure the meticulous maintenance of information. However, random misincorporation of errors reduce the fidelity of the DNA and lead to pre-mature aging and age-related disorders such as cancer and neurodegenerative diseases. Some of the incorporated errors are the result of the error prone DNA polymerase alpha (Pol a), which initiates synthesis on both the leading and lagging strand. Lagging strand synthesis acquires an increased number of polymerase a tracks because of the number of Okazaki fragments synthesized per round of the cell cycle (~50 million in mammalian cells). The accumulation of these errors invariably reduces the fidelity of the genome. Previous work has shown that these pol a tracks can be removed by two redundant pathways referred to as the short and long flap pathway. The long flap pathway utilizes a complex network of proteins to remove more of the misincorporated nucleotides than the short flap pathway which mediates the removal of shorter flaps. Lysine acetylation has been reported to modulate the function of the nucleases implicated in flap processing. The cleavage activity of the long flap pathway nuclease, Dna2, is stimulated by lysine acetylation while conversely lysine acetylation of the short flap pathway nuclease, FEN1, inhibits its activity. The major protein players implicated during Okazaki fragment processing (OFP) are known, however, the choice of the processing pathway and its regulation by lysine acetylation of its main players is yet unknown. This dissertation identifies three main findings: 1) <i>Saccharomyces cerevisiae</i> helicase, petite integration frequency (Pif1) is lysine acetylated by Esa1 and deacetylated by Rpd3 regulating its viability and biochemical properties including helicase, binding and ATPase activity ii) the single stranded DNA binding protein, human replication protein A (RPA) is modified by p300 and this modification stimulates its primary binding function and iii) lysine acetylated human RPA directs OFP towards the long flap pathway even for a subset of short flaps.

This master's thesis analyzes annotation server algorithms for searching and updating annotation fragments. The annotation server is a part of the project Decipher. Analyzed algorithms are improved and replaced by newly designed algorithms in this project. A part of this project also designs a new algorithm for measuring how much is an annotation affected after updating the document.

The thesis presents research on relationships in the context of the unfinalized lyric project Potopa (The Flood) of František Halas. Main points of analysis are questions of fragment, catastrophe and of (lyric) speaker or witness in the sense of specific speech formed by the traumatic event. A reading of the poems belonging to The Flood (as well as the question of the borders of the text and questions of the whole and possible shape of the piece in general) is founded mainly in the context of Christianity, thematic and compositional connections and with regard to the historical event. I'm not so concerned with the national accents of the works of Halas at that time (his engagement in the Czech resistance was interrupted after the arrest of Vladislav Vančura and others by Gestapo - for Halas it's also the time of the most intensive work on Potopa). The aim is rather to see The Flood as a poem witnessing the horror and the catastrophe of the second world war in general. After the opening analysis of characteristic traits of The Flood follows comparisons with selected works of czech literature, primarily with Znamení moci (The Sign of Power) of Jan Zahradníček, Básně z koncentračního tábora (Poems from the concentration camp) of Josef Čapek and Čas (Apokalypsa mixte) (Time) of Jiří Kolář. In concrete...