Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 440888.pdf: 1750102 bytes, checksum: 2d4b0ddd911b604f135c53931233d8f2 (MD5) Previous issue date: 2011-12-20 / The first chapter of this thesis is the first study about the olive ridley turtle s (Lepidochelys olivacea) genetic diversity and population structure in Brazil. The olive ridley is the most abundant species of marine turtle and is listed as vulnerable by the IUCN. Olive ridleys had a strong history of harvest in the Atlantic Ocean, with some populations being severely depleted; in Brazil the egg exploitation was intense until before 1982. However, a single study with a very low sample size so far investigated the species? mtDNA diversity in the region. Herein we characterize the genetic diversity and population structure of the olive ridley nesting populations in the Brazilian coast based on 92 samples sequenced for the mtDNA control region and 67 samples genotyped for fifteen microsatellite loci. Although three mtDNA haplotypes were found, two previously unknown but very rare, the Brazilian nesting population presented one of the lowest mtDNA diversity known for the species. Contrary, our newly described microsatellite data showed moderate to high genetic diversity for olive ridleys from Brazilian nesting sites, similar to the few other nesting populations studied so far, suggesting that the high level of egg harvest in Brazil did not result in a recent genetic bottleneck. mtDNA data indicated a population expansion following a population decline in the past while microsatellite data suggested a scenario of demographic stability, supporting the scenario of colonization of Atlantic Ocean via a founder effect. Since results from both markers present no evidence of significant genetic differences between the studied olive ridleys nesting areas in the Brazilian coast, conservation strategies should consider the Brazilian olive ridleys as a single interbreeding population. The second chapter is a global phylogeographic study of the olive ridley. It was proposed that the ridley turtles diverged after the closure of the Isthmus of Panama during the Pliocene, and then L. olivacea has spread from the Pacific Ocean into the Indo-Pacific, Indian and only recently to the Atlantic Ocean. Genetic analyses have been consistent with this scenario although some authors have proposed the Indo-Pacific region as the center of origin for the ridley turtles instead. To address this and other questions on the population structure patterns and demographic changes through time, we used mtDNA sequence and the STRs for 300 samples of ridley turtles across their range. The olive ridley nesting sites are well structured for the mtDNA, while for STRs the population divergences are lower for regional rookeries but highly significant among oceans, suggesting male-mediated gene flow within oceans. Beyond a kemp s clade, we corroborated the existence of four geographic mtDNA clades for the olive ridleys: the K clade only found in Indian Ocean, and the East Pacific, Indo- Pacific and Atlantic clades. The K clade originated around 1.6 Mya, the East Pacific clade about 0.61 Mya, and the split between the Indo-Pacific and Atlantic lineages around 0.36 Mya. These results are mostly consistent with the recent colonization of East Pacific and the Atlantic and suggest a model of recurrent extinction/colonization for most ridley nesting sites that may be explained by the climatic changes, especially during the Pleistocene. Diversification times within all five clades are very similar, ranging between 221 Kya and 342 Kya, suggesting the most recent demographic events for most oceanic regions may have been concurrent. Significant statistics for the STR data and similarly shaped star trees in each of the four major olive ridley clades suggested a population expansion, a scenario partially corroborated by the Bayesian Skyline Plot analysis which is indicating a population expansion for L. olivacea after the last glacial maximum. / O cap?tulo inicial desta tese ? o primeiro estudo sobre a diversidade gen?tica e estrutura populacional de Lepidochelys olivacea (tartaruga oliva) no Brasil. O litoral de Sergipe e do norte da Bahia correspondem as principais ?reas de desova da tartaruga oliva no Brasil. Desde 1992, o n?mero de desovas de tartaruga oliva vem crescendo nestas ?reas, indicando um aumento populacional; por?m, a esp?cie continua amea?ada, principalmente devido ?s atividades de pesca e ao desenvolvimento costeiro desordenado. Neste estudo foram utilizadas sequ?ncias do DNA mitocondrial (mtDNA), al?m de 15 loci de microssat?lites (STRs) para avaliar a diversidade gen?tica e a estrutura populacional da tartaruga oliva em s?tios de desova no Brasil. Al?m disso, utilizaram-se sequ?ncias previamente publicadas do mtDNA do Suriname para compara??es populacionais. Identificou-se baixa diversidade gen?tica no mtDNA da tartaruga oliva, com registro de apenas tr?s hapl?tipos (F, F1 e F2), sendo o mais comum deles (F) encontrado em quase 95% dos indiv?duos amostrados. Por outro lado, os loci de STRs mostraram maior diversidade gen?tica. Os resultados tamb?m evidenciaram a falta de diferencia??o gen?tica entre as praias de desova na costa do Brasil, tanto para o mtDNA quanto para os STRs, sugerindo assim, a exist?ncia de uma ?nica popula??o de desova da tartaruga oliva no Brasil. As an?lises de diferencia??o populacional entre Brasil e Suriname indicaram baixa distin??o gen?tica entre estas duas ?reas, por?m caracter?sticas biol?gicas sugerem que as duas popula??es atualmente estejam isoladas. O segundo cap?tulo estuda a filogeografia global de L. olivacea, utilizando um segmento do mtDNA e 15 loci de STRs em 330 e 291 indiv?duos amostrados, respectivamente. Foram encontradas quatro clados mitocondriais correspondentes aos oceanos ?ndico, Indo-Pac?fico, Pac?fico leste e Atl?ntico. As idades de separa??o foram 1,6, 0,6 e 0, 32 milh?o de anos atr?s para o clado exclusivo do oceano ?ndico, do Pac?fico leste e do Indo-Pac?fico e Atl?ntico, respectivamente, ou ainda, mais recente que isto. Nossos resultados corroboram um modelo de extin??o/coloniza??o recorrentes para a maioria dos s?tios de desova da esp?cie. A estrutura??o gen?tica entre os oceanos foi altamente significativa, bem como entre a maior parte dos diferentes s?tios de desova intra-oce?nicos. Da mesma forma, a an?lise dos STRs demonstrou que a diferencia??o entre os oceanos ? alta, no entanto, dentro dos oceanos esta diferencia??o ? consideravelmente menor e n?o significativa entre a maior parte das ?reas de desova, indicando os machos como importantes ve?culos para o fluxo g?nico. Nossos resultados indicam que as linhagens atuais se diversificaram h? aproximadamente 200 mil anos atr?s com uma expans?o populacional para a esp?cie h? aproximadamente 15 mil anos, sendo que, este cen?rio ? parcialmente corroborado quando analisamos as linhagens separadamente. Os resultados com STRs indicaram crescimento populacional quando as an?lises foram realizadas agrupando as popula??es dentro dos oceanos. Os resultados obtidos neste estudo indicam que as popula??es de desova de L. olivacea dos oceanos ?ndico, Indo-Pac?fico, Pac?fico leste e Atl?ntico s?o distintas e devem ser manejadas separadamente.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 451413.pdf: 1438370 bytes, checksum: 1320e7640f2832d4355692836e95b936 (MD5) Previous issue date: 2013-03-26 / Hybridization in animal species has been observed with increasing frequency in nature, probably due to advances in molecular techniques, which have allowed accessing a wealth of information on the biology of living beings. The Neotropical felids Leopardus geoffroyi e L. tigrinus have essentially allopatric distributions, with a narrow contact zone that includes Rio Grande do Sul state, Brazil. Following initial suspicions raised by field studies, hybridization between these species was confirmed by the analysis of mitochondrial DNA and nuclear microsatellites (Trigo 2008). The main objective of this study was to clarify aspects related to hybridization and introgression between these species, including its symmetry and directionality, and also to test the application of multiple loci linked to the X chromosome to differentiate ancestral haplotype sharing from that resulting from the hybridization process. We selected 43 L. geoffroyi individuals and 38 L. tigrinus from regions that are near as well as outside the contact zone, in addition to six L. colocolo used as outgroups for comparison. Through the use of haplotype networks, it was possible to identify 38 hybrids, and based on shared haplotype blocks, we inferred that this number could reach more than 53 individuals. We observed bidirectional and quite asymmetric introgression between these species, corroborating the hypothesis that this is a current and complex hybridization process. In addition, an important result was the demonstration that the X chromosome segment analyzed here harbors sufficient information content to identify ancestral haplotypic blocks from each of the implicated species, opening up new avenues for in-depth genomic analyses targeting this hybridization process. / A hibrida??o entre esp?cies animais vem sendo observada cada vez mais frequentemente na natureza, devido provavelmente ao avan?o das t?cnicas moleculares, que t?m nos permitido acessar in?meras informa??es previamente desconhecidas com rela??o ? biologia dos seres vivos. Os fel?deos Neotropicais Leopardus geoffroyi e L. tigrinus possuem sua distribui??o essencialmente alop?trica, com uma estreita zona de contato que inclui o Estado do Rio Grande do Sul, Brasil. Ap?s suspeita levantada em estudos de campo, a hibrida??o entre estas esp?cies foi confirmada com an?lises do DNA mitocondrial e microssat?lites nucleares (Trigo 2008). O principal objetivo do presente trabalho ? aprofundar a investiga??o dos processos de hibrida??o e introgress?o entre estas duas esp?cies, incluindo aspectos como sua simetria e direcionalidade, bem como testar a viabilidade de utiliza??o de m?ltiplos locos localizados no cromossomo X para diferenciar o compartilhamento de hapl?tipos por ancestralidade daquele resultante do processo de hibrida??o. Foram selecionados 43 indiv?duos da esp?cie L. geoffroyi e 38 da esp?cie L. tigrinus, de regi?es pr?ximas (incluindo prov?veis puros e h?bridos) e tamb?m de regi?es afastadas da zona de contato, al?m de seis L. colocolo utilizados como grupo externo para fins de compara??o. Atrav?s da constru??o e an?lise de redes de hapl?tipos, foi poss?vel identificar 38 h?bridos, enquanto atrav?s da avalia??o de blocos haplot?picos compartilhados, inferiu-se que este n?mero pode chegar a mais de 53 indiv?duos. Foi observada introgress?o bidirecional e bastante assim?trica entre as esp?cies, corroborando a hip?tese de que se trata de um processo atual e complexo em sua din?mica. Al?m disso, um resultado importante deste estudo foi a demonstra??o de que o segmento analisado do cromossomo X apresenta poder informativo suficiente para identificar blocos haplot?picos ancestrais de cada uma das esp?cies envolvidas, o que abre caminho para an?lises gen?micas mais aprofundadas deste processo de hibrida??o.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 454365.pdf: 3007905 bytes, checksum: b56832ba15c565900ea3873756783426 (MD5) Previous issue date: 2013-08-21 / Commercial whaling mainly during the 20th century reduced most populations of humpback whale (Megaptera novaeangliae). Seven breeding stocks (A-G) are recognized by the International Whaling Commission (IWC) in the Southern Hemisphere. Humpback whales from Breeding stock A (BSA) are distributed along the Brazilian coast (mainly between 5? and 23? S), in the Southwestern Atlantic, while the humpbacks from breeding stock G (BSG) occur from Peru (6? S) to Costa Rica (12? N) coast, in the eastern Pacific Ocean. Despite previous studies have provided important information about both South America breeding grounds, the degree of connectivity and differentiation between these populations needs to be better investigated. Therefore, the manuscript 2 of this thesis represents the first analysis of the genetic differentiation and level of gene flow between these populations, using mitochondrial DNA sequences and 16 microsatellite loci. Our results showed a significant differentiation between Breeding Stocks A and G, at both molecular markers (mtDNA and microsatellites), in specially through the Bayesian clustering analysis that identified two populations even without sampling location information. However, the assignment tests have indicated an exchange of individuals between these populations, but with a gene flow low enough to allowing the demographic independence of these two stocks. Our data segregated by gender showed a significant differentiation between females from Brazil and Colombia, and between males from Brazil and Antarctic Peninsula, suggesting higher fidelity of females to the breeding areas and of males to the feeding areas. Nevertheless, recent studies have shown females undertaking long movements between breeding grounds. Thus, a sampling effort mainly on arrival and departure of the whales migrating for these areas is needed for a better understanding of the migratory pattern of the humpbacks of these populations. Although the Brazilian humpback whale population has shown signs of recovery after suffering a reduction estimated to 2% of its historical size in the late 1950s, no genetic study has provided estimates of effective and census size, contemporary and historical, for this population. For a better understanding of the whaling impact on this population, its demographic history was investigated using different molecular markers and methods (manuscripts 1 and 3). In the first manuscript ten microsatellite loci were used to estimate for the first time its contemporary population size. In the manuscript 3 was used for the first time the high throughput sequencing technology to sequence multiple nuclear loci at 24 Brazilian humpback samples. Despite the approximate Bayesian computation analysis has supported a scenario of constant Ne over size changes scenarios during the whaling period; our estimates of contemporary size at different time frames have detected a fluctuation of the population size during this period (~ 2 to 4 generations ago). Moreover, multiple sequence loci data have indicated a most recent bottleneck caused by anthropogenic population depletion over past 200 years. Our estimate of historical abundance (~ 148,000 individuals) indicates that BSA humpback population was much larger than that estimated (24,700 individuals) by whaling catch records. Finally, an extended Bayesian skyline plot of the nuclear loci indicated that the population was declining ever since a size peak around 30,000 years ago, which may be associated with the climate changes caused by glacial/interglacial cycles. These results suggest that Southwestern Atlantic humpback population was higher before the onset of the whaling period, which may explain the discrepancy found between previous genetic and catch record population size estimates at this period. / A ca?a comercial baleeira durante o s?culo XX reduziu significativamente a maioria das popula??es de baleias jubarte (Megaptera novaeangliae). Sete estoques reprodutivos (A-G) s?o reconhecidos pela Comiss?o Internacional Baleeira (CIB) no Hemisf?rio Sul. As baleias jubarte do estoque reprodutivo A s?o distribu?das ao longo da costa brasileira (principalmente entre 5? e 23? S), no Oceano Atl?ntico Sul Ocidental, enquanto as jubartes do estoque G ocorrem da costa do Peru (6? S) at? a Costa Rica (12? N), no Oceano Pac?fico Oriental. Apesar de estudos anteriores terem fornecido importantes informa??es sobre ambos estoques reprodutivos Sul Americanos, o grau de conectividade e de diferencia??o entre essas popula??es precisa ser melhor investigado. Deste modo, o manuscrito 2 desta tese representa a primeira an?lise de diferencia??o gen?tica e n?vel de fluxo g?nico entre essas popula??es, usando sequ?ncias de DNA mitocondrial e 16 locos de microssat?lites. Nossos resultados revelaram uma significante diferencia??o entre os estoques A e G em ambos marcadores moleculares (DNAmt e microssat?lites), especialmente atrav?s da an?lise bayesiana que identificou duas popula??es mesmo sem informa??o dos locais de amostragem. No entanto, os testes de assignment indicaram um interc?mbio de indiv?duos entre essas popula??es, mas com um fluxo g?nico baixo o suficiente permitindo a independ?ncia demogr?fica desses dois estoques. Nossos dados separados por sexo apresentaram uma diferencia??o gen?tica significativa entre as f?meas do Brasil e da Col?mbia, e entre os machos do Brasil e da Pen?nsula Ant?rtica, sugerindo maior fidelidade das f?meas ?s ?reas de reprodu??o e dos machos ?s ?reas de alimenta??o. Apesar disso, estudos recentes t?m demonstrado f?meas realizando longos movimentos entre ?reas de reprodu??o. Portanto, um esfor?o de amostragem principalmente na chegada e na sa?da das baleias migrando para essas ?reas de reprodu??o ? necess?rio para melhor compreender o padr?o migrat?rio das jubartes dessas popula??es. Embora a popula??o de baleias jubarte do Brasil tem demonstrado sinais de recupera??o ap?s sofrer uma redu??o estimada a 2% de seu tamanho hist?rico at? meados de 1950, nenhum estudo gen?tico tem fornecido estimativas de tamanho efetivo e de censo, atual e hist?rico, para essa popula??o. Para uma melhor compreens?o do impacto da ca?a nessa popula??o, sua hist?ria demogr?fica foi investigada utilizando diferentes marcadores moleculares e diferentes m?todos (manuscritos 1 e 3). No primeiro manuscrito dez locos de microssat?lites foram usados para estimar pela primeira vez o tamanho atual dessa popula??o. No manuscrito 3 foi usado pela primeira vez a tecnologia de sequenciamento em larga escala para sequenciar m?ltiplos locos nucleares em 24 amostras de jubartes brasileiras. Apesar da an?lise de computa??o Bayesiana aproximada suportar um cen?rio de popula??o constante sobre os cen?rios de mudan?a do tamanho da popula??o durante a ca?a comercial, nossas estimativas de tamanho atual em diferentes per?odos de tempo demonstraram uma flutua??o do tamanho da popula??o durante esse per?odo (~ 2 a 4 gera??es atr?s). Al?m disso, os dados de m?ltiplos locos indicaram um decl?nio de popula??o mais recente causado pela explora??o antropog?nica nos ?ltimos 200 anos. Nossa estimativa de abund?ncia hist?rica (~ 148.000 indiv?duos) indica que a popula??o de jubartes do estoque A foi muito maior do que aquele estimado (~ 24.700 indiv?duos) pelos registros da ca?a. Finalmente, os dados dos locos nucleares tamb?m indicaram que a popula??o estava declinando desde seu tamanho m?ximo atingido a cerca de 30 mil anos atr?s, possivelmente relacionada com as mudan?as clim?ticas causadas pelos ciclos de glacia??o/interglacia??o. Esses resultados sugerem que a popula??o do Oceano Atl?ntico Sul Ocidental era maior antes do in?cio da ca?a, o que deve explicar a discrep?ncia encontrada entre as estimativas de tamanho da popula??o, gen?ticas e baseadas em dados da ca?a.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:46Z (GMT). No. of bitstreams: 1 457273.pdf: 12530353 bytes, checksum: d0fcb9d7b4ba6c715cb7c60244fd80bb (MD5) Previous issue date: 2014-03-12 / Variation in animal coloration is a theme that has intrigued evolutionary biologists for a long time. Among the commonly observed pigmentation polymorphisms, melanism (darkening of the surface coloration) has been reported quite frequently in multiple groups of organisms. Several biological factors may be influenced by melanism, including thermoregulation, susceptibility or response to disease, camouflage, aposematism, sexual selection and reproductive success. Melanism is common in the Felidae, having been documented in 13 of its 38 species, in some cases reaching high frequencies in natural populations. Classical hypothesis have suggested that such coat color variants can present adaptive advantages under certain ecological conditions, but these ideas have never been rigorously tested for any wild cat species. In jaguars (Panthera onca), jaguarundis (Puma yagouaroundi) and leopards (Panthera pardus) melanism is caused by different mutations in the MC1R and ASIP genes, which present dominant, semi-dominant and recessive inheritance patterns, respectively. In this study we have focused on melanism in these three cat species, and considered two competing hypotheses: (I) melanism is a neutral polymorphism that is randomly distributed throughout the range of each of these species, bearing no association with particular habitats or environmental variables; and (II) melanism has a non-random distribution, and presents significantly different frequencies among distinct landscape conformations. We constructed databases of records obtained from scientific collections, camera trap studies, individual captures and fecal DNA samples that collectively covered most of the ranges of the focal species. We obtained 794 records of jaguars, 463 jaguarundis and 623 leopards, including individually ascertained information on coat color. We performed modeling and statistical analyses using the software packages Maxent (maximum entropy algorithm), ArcGis 9.3 and SPSS 17, based on environmental variables obtained from the Worldclim, Climond, SRTM and GlobCover databases. The results allowed for the first time the construction of maps depicting the geographic distribution of melanism in wild cat species, as well as estimates of its frequency in the three target species. The frequency of melanism was ca. 9% in jaguars, 80% in jaguarundis, and 10% in leopards, and all three species showed a non-random distribution pattern of this coloration variant. In jaguars, melanism was totally absent from ecoregions containing open and periodically flooded landscapes, such as the Pantanal (Brazil) and Llanos (Colombia/Venezuela), which was striking given the large number of samples surveyed in these regions; in contrast, forested areas displayed a melanism frequency that was similar to that expectation based on the species as a whole. In jaguarundis, the dark phenotype (which is evolutionarily derived) proved to be much more common in nature than the ancestral reddish form, with the former being distributed across all areas in which the species occurs, and the latter being highly associated with open and dry landscapes. In leopards, melanism was present in five of the nine currently recognized subspecies, and was strongly associated with tropical and subtropical moist forests, especially in Southeast Asia. Analyses of environmental parameters that seem to be most influential on the melanism occurrence in these three species suggest a relevant role for factors such as altitude, temperature, solar radiation and moisture in different landscape conformations. These observations support the hypothesis that melanism in felids is not a neutral polymorphism, and undergoes the influence of natural selection related to environmental variables and landscape conformations, leading to a non-random geographic distribution of this coloration phenotype. / A varia??o na colora??o animal ? um tema que intriga pesquisadores da ?rea de biologia evolutiva h? bastante tempo. Dentre as varia??es observadas, o melanismo ? um polimorfismo de colora??o comum em diversos grupos de organismos, definido pela predomin?ncia de uma cor escura na superf?cie do corpo. Diversos fatores biol?gicos, como termorregula??o, suscetibilidade ou resposta a doen?as, camuflagem, aposematismo, sele??o sexual e sucesso reprodutivo podem ser influenciados pelo melanismo, o que torna o seu estudo bastante relevante, inclusive como um sistema modelo para investiga??es evolutivas de polimorfismos fenot?picos em geral. Sua ocorr?ncia ? comum na fam?lia Felidae, tendo sido documentada em 13 das 38 esp?cies do grupo e, em alguns casos, podendo atingir altas frequ?ncias em certas popula??es. Hip?teses cl?ssicas sugerem que essas variantes de pelagem podem apresentar vantagens adaptativas em certas circunst?ncias ecol?gicas, o que at? o momento n?o foi testado de forma rigorosa para qualquer das esp?cies do grupo. O presente estudo teve como foco o melanismo em tr?s esp?cies de fel?deos: on?as-pintadas (Panthera onca), jaguarundis (Puma yagouaroundi) e leopardos (Panthera pardus), nas quais esta variante ? causada por diferentes muta??es nos genes MC1R e ASIP, de heran?a dominante, semi-dominante e recessiva, respectivamente. No presente estudo, para cada uma destas esp?cies, foram consideradas duas hip?teses concorrentes: (I) o melanismo constitui um polimorfismo neutro, presente em toda a ?rea de distribui??o e de forma aleat?ria entre ambientes distintos, com aus?ncia de associa??o com vari?veis ambientais; e (II) o melanismo est? distribu?do espacialmente de forma estruturada e n?o-rand?mica, e associada a par?metros ambientais e condicionantes biogeogr?ficos espec?ficos. A partir de registros provenientes de cole??es cient?ficas, armadilhas fotogr?ficas, capturas e DNA fecal cobrindo a maior parte da distribui??o geogr?fica das esp?cies focais, foram obtidas 794 amostras de on?as-pintadas, 463 de jaguarundis e 623 de leopardos, com aferi??o da colora??o em n?vel individual. As modelagens e an?lises estat?sticas foram realizadas com os programas Maxent (algoritmo de m?xima entropia), ArcGis 9.3 e SPSS 17, utilizando vari?veis ambientais obtidas a partir das bases de dados WorldClim, Climond, SRTM e GlobCover. Os resultados apresentam pela primeira vez um mapa de distribui??o geogr?fica do melanismo em felinos, bem como estimativas da frequ?ncia dessa caracter?stica nestas tr?s esp?cies. A frequ?ncia observada de melanismo foi de 9% em on?as-pintadas, 80% em jaguarundis e 10% em leopardos, sendo que em todas as esp?cies o padr?o de distribui??o geogr?fica foi significativamente n?o-aleat?rio. Nas on?as-pintadas, em ecoregi?es de paisagens abertas periodicamente inundadas como o Pantanal (Brasil) e os Llanos (Col?mbia/Venezuela), o melanismo foi totalmente ausente, apesar do grande n?mero de amostras provenientes destas regi?es, ao contr?rio de ?reas florestais, onde a frequ?ncia do melanismo se manteve semelhante ao esperado para a esp?cie como um todo. Em jaguarundis, o padr?o fenot?pico escuro (que ? evolutivamente derivado) mostrou-se muito mais comum na natureza do que a colora??o ancestral (avermelhada), estando o primeiro distribu?do em todas as ?reas de ocorr?ncia da esp?cie, e a segunda associada fortemente a paisagens mais secas e abertas. Em leopardos, o melanismo est? presente em cinco das nove subesp?cies atualmente reconhecidas, e fortemente associado a florestas tropicais e subtropicais ?midas, especialmente na regi?o do sudeste asi?tico. An?lises dos par?metros ambientais que parecem influenciar de forma mais relevante a ocorr?ncia do melanismo nestas tr?s esp?cies sugerem um papel importante de fatores como altitude, temperatura, radia??o solar e umidade em diferentes conforma??es de paisagem. Essas observa??es apoiam a hip?tese de que o melanismo em felinos n?o constitui um polimorfismo neutro, sofrendo a a??o de sele??o natural relacionada a vari?veis ambientais e conforma??es de paisagem, o que induz uma distribui??o geogr?fica n?o-aleat?ria deste fen?tipo de colora??o.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:48Z (GMT). No. of bitstreams: 1 459622.pdf: 7068084 bytes, checksum: 30b184abdf871f7ee7438f18072e7ddb (MD5) Previous issue date: 2014-03-06 / Mitochondrial genomes (mitogenomes) are usually obtained through DNA sequencing produced by a set of conserved PCR primers that are designed to generate overlapping segments, thus completing the whole mitochondrial DNA. This may be a good strategy for some organisms. However, the translocation of cytoplasmic mitochondrial DNA (cymtDNA) into the nuclear genome (numt) is known to be a frequent phenomenon in many taxa, including the felid genus Panthera. Some strategies have been developed to avoid the unwanted amplification of numt, such as mitochondrial isolation followed by PCR or long-PCR. Recently, next-generation sequencing (NGS) approaches have begun to be extensively used in this field. Among these, RNA sequencing (RNAseq) seems to be extremely useful to generate mitogenomes and to avoid numts, as it allows the efficient capture at high coverage of mtDNA transcripts, avoiding pseudogenized nuclear copies. When we initiated this study, mitochondrial genomes of all species of the Panthera genus except the jaguar (P. onca) were available in public databases such as GenBank. Given the importance of this molecular marker for jaguar population studies and for phylogenetic analyses within the Panthera genus, the goals of this project were to (i) characterize the Panthera onca mitogenome, eliminating the possibility of erroneous amplification of numt; and (ii) to conduct the first mitogenomic analysis of the Panthera genus. We have characterized the mitochondrial genome of the jaguar employing RNA-seq data. The transcripts covered about 95% of the mitogenome, with the remaining gaps being complemented by PCR-based DNA sequencing, using specific primers designed for this purpose. All mitogenomic phylogenetic analyses (Maximum Likelihood, Maximum Parsimony, Neighbor-Joining and Bayesian Inference) supported a congruent topology (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). This topology is unprecedented for the genus, but our results indicate that it correctly reflects the evolutionary history of mitochondrial DNA in this group. This study demonstrated that, with RNA-seq approach, almost the entire mitochondrial genome from an individual can be quickly characterized. Furthermore, this approach holds great promise especially in the case of groups plagued by the presence of large and recent numts, as is the case of Panthera species. / Genomas mitocondriais (mitogenomas) geralmente s?o obtidos atrav?s do sequenciamento de DNA realizado com uma s?rie de primers conservados desenhados de maneira a se sobreporem, completando assim todo o DNA mitocondrial. Esta estrat?gia ? bastante eficaz para alguns organismos. Entretanto, a transloca??o de segmentos do DNA mitocondrial citoplasm?tico (cymtDNA) para o genoma nuclear (numt) ? um fen?meno conhecido para muitos t?xons, incluindo os felinos pertencentes ao g?nero Panthera. Algumas estrat?gias foram desenvolvidas para evitar a amplifica??o indesejada do numt, como por exemplo o isolamento de DNA mitocondrial seguido de PCR ou de PCR longo. Recentemente, as t?cnicas de sequenciamento de alto desempenho v?m sendo amplamente utilizadas. Dentre estas, o sequenciamento de RNA (RNA-seq) parece ser extremamente ?til para gerar mitogenomas e evitar numts, uma vez que captura com alta cobertura apenas DNA mitocondrial transcrito, evitando as c?pias nucleares pseudogenizadas. Quando este estudo foi iniciado, genomas mitocondriais de todas as esp?cies do g?nero Panthera exceto P. onca estavam dispon?veis em bases de dados como o GenBank. Tendo em vista a import?ncia deste marcador molecular para estudos populacionais de on?a-pintada (Panthera onca) e para estudos filogen?ticos entre as esp?cies do g?nero Panthera, os objetivos deste trabalho foram (i) caracterizar o mitogenoma de Panthera onca de forma a eliminar a possibilidade de amplifica??o err?nea de numt e (ii) realizar a primeira an?lise mitogen?mica do g?nero Panthera. O genoma mitocondrial da on?a-pintada foi caracterizado utilizando dados de RNA-seq. Os transcritos cobriram cerca de 95% do mitogenoma, sendo os demais segmentos cobertos por sequenciamento de DNA baseado em PCR, atrav?s da utiliza??o de primers espec?ficos desenhados para esta finalidade. Todos os quatro tipos principais de an?lises filogen?ticas do mitogenoma (Maximum Likelihood, M?xima Parcim?nia, Neighbor- Joining e Infer?ncia Bayesiana) suportaram uma topologia congruente (((N. nebulosa ((P. tigris (P. onca (P. uncia, (P. leo, P. pardus))))). Esta topologia ? in?dita para o g?nero, por?m os resultados indicam ser esta a verdadeira hist?ria evolutiva do DNA mitocondrial dentro deste grupo. Neste trabalho, demonstrou-se que atrav?s de RNA-seq ? poss?vel obter-se praticamente todo o genoma mitocondrial de um indiv?duo. Al?m disso, esta abordagem parece ser bastante promissora especialmente em casos onde grandes e recentes numts ocorrem, como ? o caso das esp?cies pertencentes ao g?nero Panthera.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:09:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 391616-2.pdf: 307807 bytes, checksum: d730e3c284c219d504ea1a29f94f6ffc (MD5) Previous issue date: 2003-06-17 / No Oceano Atl?ntico Sul Ocidental as baleias jubarte migram a cada inverno para o banco dos Abrolhos (16?40 to 19?30 S; 37?25 to 38?57 W) para acasalamento e cria de filhotes. Entretanto, esta popula??o permanece geneticamente n?o caracterizada e suas ?reas de alimenta??o s?o ainda desconhecidas, uma vez que n?o h? pareamento fotogr?fico de indiv?duos entre Abrolhos e os s?tios de alimenta??o na Ant?rtida. A fim de examinar estas quest?es, sequenciamos um segmento de 450 pares de bases do DNA mitocondrial da regi?o controladora de baleias jubarte de Abrolhos (n=176) e das proximidades da Pen?nsula Ant?rtica (n=77). Um total de de 61, 17 e 13 hapl?tipos foram determinados respectivamente no Brasil e nas ?reas I e II da Ant?rtida. A variabilidade gen?tica da ?rea de reprodu??o brasileira foi alta, similar ? de outros s?tios reprodutivos do Hemisf?rio Sul. A propor??o de hapl?tipos compartilhados e a dist?ncia gen?tica demonstraram uma maior semelhan?a entre as duas regi?es ant?rticas que entre o Brasil e qualquer uma destas ?reas. Estes resultados indicam que as popula??es de baleias jubarte das ?reas I e II da Ant?rtida parecem n?o possuir uma clara diferencia??o e que os limites entre as ?reas I e II correntemente definidos pela Comiss?o Internacional da Baleia devem ser deslocados para leste. Sugerimos que a ?rea de alimenta??o da popula??o de baleias jubarte brasileiras n?o estaria na Pen?nsula Ant?rtica ou pr?ximo a ela, mas pode estar localizada na por??o leste da ?rea II, no mar de Weddell ou pr?ximo ?s ilhas Ge?rgias do Sul.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:30:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 381452.pdf: 2032428 bytes, checksum: 03c32727b22736414d713a7c6c63acdf (MD5) Previous issue date: 2006-07-05 / As fissuras labiopalatinas (FLP) s?o as malforma??es craniofaciais mais comuns em seres humanos. Sua etiologia ? complexa, envolvendo tanto fatores gen?ticos quanto ambientais. As fissuras labiopalatinas em pacientes n?o-sindr?micos (FLP-NS) parecem ter uma etiologia distinta das FLP associadas a alguma s?ndrome. Desde o final da d?cada de 1980, s?o realizadas pesquisas com o objetivo de testar genes que atuem na etiologia das FLP-NS, entre eles o TGFA (fator transformador de crescimento epitelial alfa). O objetivo deste trabalho foi testar o polimorfismo TGFA/Taq I em pacientes portadores de FLP-NS, comparando os resultados obtidos com uma amostra controle de indiv?duos sem fissuras para averiguar a aus?ncia ou a presen?a da muta??o g?nica nesse l?cus. Al?m disso, foi feita a compara??o entre as t?cnicas de extra??o de DNA obtidas atrav?s de sangue perif?rico e swab bucal. A extra??o de DNA a partir de swab bucal se mostrou eficaz na determina??o genot?pica do l?cus TGFA e prop?cia para a coleta em popula??es com FLP. Muta??es no gene TGFA n?o est?o associadas ? FLP-NS na amostra da popula??o do Rio Grande do Sul estudada n?o sendo, ent?o, poss?vel concluir qual seria o papel do TGFA na express?o da FLP-NS.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:35:32Z (GMT). No. of bitstreams: 1 438475.pdf: 1199552 bytes, checksum: 11115a2a9f4a42a185a775b4a566fe5b (MD5) Previous issue date: 2012-03-02 / ADULT (acro-dermato-ungueal-tooth) is a human genetic syndrome that manifests clinically by skin and embryonic appendages anomalies. This syndrome pathogenesis was first identified in 2001, but nowadays it is related to more than one mutation in p63 gene. Although described almost 20 years ago (1993) in Germany, this syndrome still have few reports and this is the first brazilian family. We report here the clinical aspects of five members of a family which clinical features corresponded to phenotypic ADULT manifestations. The clinical aspects included athelia/hypotelia, photosensitivity, dystophic nails, tooth anomalies and lacrimal duct obstruction. The adermatoglyphia, manifestation found in all affected members of this family, was not described before. The histologic examination demonstrated flattening of dermal papillae and electron microsopy showed disrupted collagen fibers. The genetic sequencing of blood ssample found a mutation in p63 gene, already known as R298Q. / A ADULT (acro-dermato-ungueal-lacrimal-tooth) ? uma s?ndrome gen?tica humana que se manifesta clinicamente por altera??es cut?neas e do desenvolvimento dos ap?ndices embrion?rios. Sua etiologia foi identificada inicialmente em 2001, mas atualmente sabe-se que est? relacionada a mais de uma muta??o no gene p63. Apesar de descrita pela primeira vez h? quase duas d?cadas (1993) na Alemanha, a s?ndrome ainda ? pouco reportada e esta ? a primeira fam?lia brasileira descrita. Neste trabalho descrevemos os aspectos cl?nicos de cinco indiv?duos de uma mesma fam?lia, os quais apresentavam manifesta??es fenot?picas compat?veis com a s?ndrome ADULT. Os achados cl?nicos incluem atelia/hipotelia, fotossensibilidade, distrofia ungueal, anormalidades dent?rias e obstru??o do ducto lacrimal. A adermatoglifia, manifesta??o cl?nica demonstrada em todos os acometidos desta fam?lia, n?o fora descrita anteriormente nos portadores da s?ndrome. A avalia??o histol?gica por microscopia ?ptica evidenciou retifica??o das papilas d?rmicas e a an?lise por microscopia eletr?nica mostrou altera??o nas fibras col?genas da derme. O sequenciamento gen?tico atrav?s de amostras de sangue perif?rico identificou uma muta??o no gene p63, previamente conhecida como R298Q.

Made available in DSpace on 2015-04-14T13:39:00Z (GMT). No. of bitstreams: 1 453088.pdf: 5047304 bytes, checksum: a7fb62580d442a276380c208ff4a56d2 (MD5) Previous issue date: 2013-11-27 / Essay about the creational process of the book Marcas no Corpo, from my authorship. We think in pictures. All languages are formed as images in our mind, which makes the narrative writing a junction of verbal and visual languages . With that, I believe in a semi-verbal semiosis, from a reading with the body, amending this same body and thoughts, and, reinforced by the hybridity that I propose in the book, ie, the expansion of synesthesia by blurring of boundaries, enhances reading by the consciousness of the body. I also believe that this semi-verbal semiosis is conscious to the author, and thus the multiple semiosis usage, now increasingly common, make possible a hypertextuality of high interactivity and motion, where the limits author-reader dilute, making room for an complete performative experience. With the book, I sought interactive aspects between text-image, and especially between book-reader; and all these interactive processes arise from scripture itself. Is to the manuscript I turn to determinate the plasticity of a page. Are the drawings, graphic signals and inter-texts of the manuscript that dictate the fi nal form of the book, so that more of the original content of the primary image is maintained. / Ensaio sobre o processo criacional do livro Marcas no Corpo, de minha autoria. Pensamos em imagens. Todas as linguagens formam-se como imagens em nossa mente, o que torna a narrativa escrita uma jun??o das linguagens verbal e visual. Com isso, acredito em uma semiose semi-verbal, proveniente de uma leitura do corpo, que altera este mesmo corpo e os pensamentos, e que, refor?ada pelo hibridismo que proponho no livro, ou seja, a amplia??o da sinestesia pela dilui??o das fronteiras, potencializa a leitura pela consciencia do corpo. Acredito ainda que esta semiose semi-verbal ? consciente para o autor, e assim as m?ltiplas semioses, hoje cada vez mais comuns, possibilitam uma hipertextualidade de alta interatividade e movimento, onde os limites autor-leitor diluem-se, abrindo espa?o para uma experi?ncia perform?tica completa. Com o livro, busquei aspectos interativos entre texto-imagem e, principalmente, entre obra-leitor, sendo que todos estes processos interativos nascem da pr?pria escritura. ? ao manuscrito que recorro para determinar a plasticidade de uma p?gina. S?o os desenhos, sinais gr?ficos e intertextos dos manuscritos que ditam a forma final da obra, a fim de que mais do conte?do original, da imagem primordial, seja mantido.

Submitted by Setor de Tratamento da Informa??o - BC/PUCRS (tede2@pucrs.br) on 2016-08-12T17:00:33Z No. of bitstreams: 1 DIS_LUCIA_DARSIE_FRAGA_COMPLETO.pdf: 1527956 bytes, checksum: 2fd9e6f5ff94d5f52dbc2151d7e42f2a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-12T17:00:33Z (GMT). No. of bitstreams: 1 DIS_LUCIA_DARSIE_FRAGA_COMPLETO.pdf: 1527956 bytes, checksum: 2fd9e6f5ff94d5f52dbc2151d7e42f2a (MD5) Previous issue date: 2016-03-21 / The bottlenose dolphin (Tursiops truncatus) has worldwide distribution in different habitats, high behavioral plasticity, and large genetic and morphological variation. In Brazil, T. truncatus occurs from north to south, yet studies of population structure of the species in the country are still restricted to certain locations. There is also a proposal based on the morphology of the existence of another species, T. gephyreus, in the southern part of the distribution, in partial sympatry with T. truncatus. The goal of this study is to assess the levels of genetic variability and population structure of the species along the Brazilian coast and also compare the results with previous morphological identification. A total of 110 samples were analyzed in six areas of occurrence on the coast of Brazil, as well as specimens from French Guiana and Arquip?lago de S?o Pedro e S?o Paulo (ASPSP). After analyzing the mtDNA control region and seven microsatellite loci, we found significant population structure of the species in the two markers. The results indicate the existence of three geographically distinct genetic groups: ASPSP (comprising samples from ASPSP and the French Guiana), Northeast (from states of Par?, Cear?, Rio Grande do Norte and Bahia) and Campos and Santos Basins (from BC/BS, the states of Rio de Janeiro, S?o Paulo and Santa Catarina). Haplotype diversity and allelic richness of these groups were high as well as their genetic structure. Samples from the RS state comprise some individuals with high likelihood to be part of the BC/BS group and others to the Northeast group. However, several individuals comprise a much differentiated genetic group in microsatellites and with mtDNA haplotypes from a unique clade, most of them identified as T. gephyreus. Combining these results with previous studies, we conclude that the bottlenose dolphin from the southwest Atlantic Ocean consists of at least four management units: i) ASPSP; ii) Northeast; iii) BC/BS (that seems to extends at least to RS); and iv) Bah?a San Antonio, Argentina. Finally, from SC state to Uruguay it seems to exists a distinct genetic entity that is not the canonical T. truncatus, but sympatric to it, and that is associated with the T. gephyreus morphology, but the picture is not clear enough to propose a formal taxonomic decision. / O golfinho-nariz-de-garrafa (Tursiops truncatus) tem distribui??o mundial em diferentes habitats, alta plasticidade comportamental e grande varia??o gen?tica e morfol?gica. No Brasil, T. truncatus ocorre de norte a sul, contudo os estudos de estrutura??o populacional da esp?cie no pa?s ainda s?o restritos a algumas localidades. Existe tamb?m a proposta baseada na morfologia da exist?ncia de outra esp?cie, T. gephyreus, ao sul da distribui??o, em simpatria parcial com T. truncatus. O objetivo deste estudo ? avaliar os n?veis de variabilidade gen?tica e estrutura populacional da esp?cie ao longo da costa brasileira al?m da compara??o parcial com a identifica??o morfol?gica. Para isso foram analisadas 110 amostras em seis ?reas de ocorr?ncia na costa do Brasil, al?m de esp?cimes da Guiana Francesa e do Arquip?lago de S?o Pedro e S?o Paulo (ASPSP). Ap?s a an?lise da regi?o controladora do DNAmt e de sete loci de microssat?lites, n?s encontramos estrutura??o populacional significativa da esp?cie nos dois marcadores. Esses resultados apontaram a exist?ncia de tr?s grupos gen?ticos geograficamente distintos: ASPSP (ASPSP mais Guiana Francesa), Nordeste (estados do Par?, Cear?, Rio Grande do Norte e Bahia) e Bacias de Campos e de Santos (BC/BS, estados do Rio de Janeiro, S?o Paulo e Santa Catarina). A diversidade haplot?pica e a riqueza al?lica destes grupos foram altas assim como o grau de estrutura??o gen?tica entre eles. J? no RS existem alguns indiv?duos com alta probabilidade de pertencerem ao grupo BC/BS, e outros ao grupo Nordeste, al?m de v?rios indiv?duos que compreendem um grupo gen?tico muito diferenciado nos microssat?lites e com hapl?tipos do DNAmt em um clado exclusivo, a maior parte deles identificados como T. gephyreus. Combinando estes resultados com outros estudos parciais, conclu?mos que o golfinho-nariz-de-garrafa do sudoeste do Oceano Atl?ntico ? composto por, pelo menos, quatro unidades de manejo distintas geograficamente: i) ASPSP; ii) Nordeste; iii) BC/BS (que parece se estender at? pelo menos o RS); e iv) Bah?a San Antonio, Argentina. Por fim, possivelmente a partir de SC at? o Uruguai, parece existir tamb?m uma entidade gen?tica distinta, que n?o ? o T. truncatus can?nico, mas aparentemente simp?trica com este, e que est? claramente associada ? morfologia descrita como T. gephyreus, embora alguns aspectos desse quadro ainda n?o estejam claros o suficiente para que se tome uma decis?o taxon?mica formal.