Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / El Caballo Chileno es la raza equina más antigua de América del Sur, permaneciendo como una población cerrada desde 1893. Por ello resulta de interés, determinar la variabilidad genética y la contribución genética de los fundadores en esta raza, para desarrollar una estrategia de conservación futura. Para esto se analizaron dos criaderos de importancia para la raza, con 5.820 y 1.008 individuos cada uno, con una profundidad en el pedigrí de 10 generaciones equivalentes, utilizando análisis de pedigrí y la teoría de las contribuciones genéticas. El intervalo generacional fue levemente superior al de otras razas de la especie (13,6 años), siendo él de las hembras más largo dado que, a diferencia de los machos, estas eran mantenidas en los criaderos durante toda su vida reproductiva. Respecto al coeficiente de parentesco, se observó en el Criadero 1 un incremento de aproximadamente 5,6% (por generación) en las primeras 7 generaciones, para luego presentar una abrupta caída estabilizándose entorno al 25%; debido a que el Criadero 2, fue formado con animales emparentados entre si, el coeficiente de parentesco desde un inicio es de un 20%, el cual no presenta un aumento significativo en el transcurso de las generaciones, situación explicada por la constante incorporación de reproductores de otros criaderos. El incremento del Coeficiente de Consanguinidad (ΔF) anual fue 0,086%, 0,018% y el Número Efectivo (Ne) fue 48 y 185 individuos para los criaderos 1 y 2, respectivamente. Las Contribuciones Genéticas de los fundadores fueron altamente asimétricas, con un pequeño número de individuos que contribuyen con el 50% del pool génico. Es posible concluir que ha existido una importante disminución en la variabilidad genética de la raza. Lo cual está principalmente explicado por el uso de un reducido número de reproductores después de la formación de la población base. Con el fin de realizar un adecuado manejo de la diversidad genética de la raza, es de interés realizar futuras investigaciones orientadas a determinar la variabilidad genética dentro de la raza en su conjunto y establecer el impacto que tendría el cambio de las políticas de cruzamiento, tendientes a disminuir la pérdida de variabilidad de esta raza única en el mundo

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Calreticulina es una proteína con múltiples funciones presente en todas las células de organismos superiores, salvo eritrocitos. En protozoos parásitos, hemos demostrado que calreticulina de Trypanosoma cruzi (TcCRT) inhibe el sistema del complemento humano y la angiogénesis y promueve la infectividad parasitaria. Esta proteína se expresa en la superficie del parásito y en organelos citoplásmicos. Su gen posee una localización cromosómica variable, sugiriendo que TcCRT estaría codificada por múltiples copias génicas organizadas en “tandem” con posibles implicancias funcionales. Obtuvimos ADN cromosomal de cultivos in vitro de epimastigotes. Mediante Electroforesis en Gel de Campo Pulsado (PFGE), seguido por hibridación con sonda radiactiva (correspondiente al dominio C-terminal de TcCRT) localizamos el gen TcCRT en las cepas Y, MF y Tulahuén y los clones DM28c y Cl Brener. Para evaluar el número de copias del gen TcCRT se realizó una cinética de digestiones parciales con la enzima BamH1 para generar fragmentos de ADN que contengan desde una a múltiples copias del gen. Los productos de digestión fueron separados por PFGE y el gen fue detectado con la sonda anterior. Nuestros resultados corroboran que TcCRT se encuentra en varios cromosomas de diferente tamaño, probablemente correspondan a pares homólogos donde TcCRT está presente en una sola copia. Estos datos concuerdan con la secuencia publicada del genoma de T. cruzi, Cl Brener, y sugieren que las múltiples funciones de TcCRT estarían controladas a nivel postranscripcional.

Memoria para optar al Título Profesional de Médico Veterinario / Se utilizaron los registros de 484 corderos de la raza Suffolk Down, nacidos en la temporada 2008 en la VII Región de Chile, para realizar una selección fenotípica de carnerillos. Se registró el peso de los corderos al nacimiento (PN), al destete (PD) y ajustado a los 90 días de edad (P90); se calcularon las ganancias diarias de peso entre el peso al nacimiento y el peso al destete (GDP1) y entre el peso al nacimiento y el peso ajustado a los 90 días (GDP2). Los registros fueron corregidos por los efectos de edad de la madre, tipo de parto (único o múltiple), sexo del cordero y edad del cordero al pesaje, ya que el destete ocurrió entre los 93 y 107 días de edad, con un promedio de 98 días. Para realizar la selección, se establecieron cuatro esquemas de selección, cada uno representando un criterio de selección, con el objetivo de simular diferentes necesidades de los productores. El Esquema-1 fue el menos exigente; el Esquema-2 priorizó el peso vivo de los individuos; el Esquema-3 enfatizó las ganancias diarias de peso; y el Esquema-4 fue el más exigente en todos los rasgos considerados en el estudio. Luego, de ser sometidos a la metodología MAST, el número de individuos seleccionados fue de 38, 6, 10 y 2, respectivamente para los cuatro escenarios. Se utilizó el diferencial de selección y la respuesta a la selección como indicadores de la eficacia del método en la selección. Ya que ambos indicadores resultaron positivos en todos los escenarios, se concluye que el MAST es una metodología útil para la selección fenotípica multivariada

A pungência em Capsicum annuum L. é a principal característica que distingue pimenta de pimentão, a primeira pungente e a segunda não pungente. Tipos não pungentes também são relatados em outras espécies de Capsicum, incluindo domesticadas e selvagens. O presente trabalho objetivou basicamente determinar a herança da pungência em Capsicum annuum Jacq., espécie que tem como zona de maior diversidade a bacia amazônica e é adaptada às condições tropicais. A avaliação da pungência baseou-se no método de injeção-extração para rápida determinação do total de capsaicinóides em frutos inteiros desenvolvidos recentemente por RYMAL et alii (1984). Segundo as observações e resultado obtidos concluiu-se que: - A metodologia usada foi eficaz para distinguir frutos de diferentes conteúdos de capsaicina, apesar de suas limitações; - Existe considerável variabilidade quanto ao conteúdo de capsaicina entre 17 introduções amostradas da coleção de germoplasma de Capsicum incluindo as espécies: C. annuum, C. baccatum e C. chinense; - A síntese de capsaicina é afetada pela temperatura, pequenos decréscimos na temperatura causaram o incremento do nível de pungência; - O limiar de sensibilidade humana à pungência é variável. O número de provadores, quantidade de materiais avaliados e diluições necessárias são fatores limitantes de painéis gustativos organizados com extratos de frutos diluídos; - A herança da pungência em Capsicum chinense Jacq. mostra dominância parcial e é predominantemente de natureza aditiva. As estimativas de herdabilidade, sentido restrito, indicam que o conteúdo de capsaicina pode ser explorado por simples processos simples de seleção / The pungency in Capsicum annuum L. is the major trait that distinguish hot peppers from sweet ones. Not pungent types are also recorded among other Capsicum species, including domesticated and wild. The present study basically aimed to determine the inheritance of pungency in Capsicum chinense Jacq., which has its greatest diversity zone in the amazon basin and is adapted to the tropical conditions. The evaluation of pungency was based in the injection-extraction method for the rapid determination of total capsaicinoids in single whole pepper fruits, recently developed by RYMAL et alii (1984). According to the observations and experimental results it was concluded that: - The method was effective to distinguish fruits of differents content od capsaicin, despite of its limitations; - There is considerable variability in the content of capsaicin among 17 accessions sampled from the collection of germoplasm of Capsicum, including the species: C. annuum, C. baccatum and C. chinense; - The synthesis of capsaicin is affected by temperature, small decrease in temperature caused increase ofthe pungency level; The human threshould of sensibility to pungency is variable, the number of panelists, amount of evaluated materials and necessary dilutions are limiting factors of taste panels organized with dilute thin extracts of fruits; - The inheritance of pungency in Capsicum chinense Jacq. shows partial dominance and is predominantly of additive nature, the|estimates of heritability, narrow sense, indicate that the content of capsaicin can be exploited by simple selection procedures

O polimorfismo de inserção/deleção (I/D) do gene da enzima de conversão da angiotensina I foi estudado em coorte de sobreviventes de 333 portadores de insuficiência cardíaca, de idades entre 13 e 68 (43,3 ± 10,5) anos, 262 (78,7%) dos quais eram homens e 71 (21,3%) mulheres. O grupo controle foi constituído de 807 doadores voluntários de sangue com idades entre 18 e 60 (31,5 ± 9,3) anos, 557 (69%) dos quais eram homens e 250 (31%) mulheres. A insuficiência cardíaca foi atribuída à cardiomiopatia dilatada idiopática em 125 (37,6%) pacientes. Nos demais pacientes as etiologias foram: a cardiomiopatia insquêmica em 63 (18,9%), a cadriomiopatia da doença de Chagas em 58 (17,4%), a cardiomiopatia hipertensiva em 41 (12,3%), a cardiomiopatia alcoólica 24 (7,2%), a cardiomiopatia valvar em 11 (3,3%) e a cardiomiopatia periparto em 11 (3,3%). A determinação dos genótipos associados ao polimorfismo I/D foi realizada pela reação em cadeia da polimerase. Foram estudadas a distribuição dos genótipos entre os indivíduos do grupo controle e os pacientes e as prováveis associações do polimorfismo I/D com diferentes variáveis clínicas e com a evolução. Essas análises foram realizadas de acordo com o padrão de herança genética atribuído ao alelo D (co-dominante, recessivo ou dominante). Na análise estatística foram utilizados o teste do qui-quadrado, o teste t-Student, a análise de variância (ANOVA), o método de Kaplan-Meier, o teste log-rank e a regressão de Cox. A freqüência do genótipo DD foi menor no grupo de pacientes, considerando-se o caráter recessivo atribuído ao alelo D (p=0,034). Os portadores do genótipo DD apresentaram maior média de valores do diâmetro sistólico do ventrículo esquerdo determinado pelo ecocardiograma, quando foi atribuído caráter recessivo ao alelo D (p=0,031). O intervalo decorrido do nascimento até o aparecimento dos sintomas foi menor nos portadores do genótipo DD com cardiomiopatia alcoólica, ao ser atribuído caráter recessivo ao alelo D (p=0,033). O intervalo entre o nascimento e o aparecimento dos sintomas foi menor nos portadores do genótipo DD com cardiomiopatia hipertensiva, quando foi atribuído caráter co-dominante (p=0,048) ou recessivo (p=0,024) ao alelo D. Os portadores do genótipo DD apresentaram maior mortalidade após os 50 anos, ao ser atribuído caráter co-dominante (p=0,007) ou recessivo (p=0,002) ao alelo D. As variáveis independentes relacionadas com a maior mortalidade após os 50 anos de idade, ao ser atribuído caráter recessivo ao alelo D, foram: a idade (p<0,001), o genótipo DD (p=0,003), o diabetes melito (p=0,003) e a doença de Chagas (p=0,005). Atribuindo-se caráter co-dominante ao alelo D, as variáveis independentes relacionadas com maior mortalidade foram: a idade (p<0,001), a doença de Chagas (p=0,004), o diabetes melito (p=0,005) e o genótipo DD (p=0,015). Os resultados obtidos permitem sugerir que o genótipo DD está associado com maior morbidade e mortalidade em determinados grupos de pacientes com insuficiência cardíaca. / Insertion/deletion (I/D) polymorphism of the angiotensin I- converting enzyme gene was studied in a cohort of survivors of 333 patients with heart failure of different etiologies and in a control group of 807 volunteer blood donors. The age of the patients ranged from 13 to 68 (43,3 ± 10,5) years, 262 (78.7%) were men and 71 (21.3%) women. The age of the control group ranged from 18 to 60 (31,5 ± 9,3) years, 557 (69%) were men and 250 (31%) women. Idiopathic dilated cardiomyopathy was diagnosed in 125 (37.6%), ischemic cardiomyopathy in 63 (18.9%), Chagas\' disease cardiomyopathy in 58 (17.4%), hypertensive cardiomyopathy in 41 (12.3%), alcoholic cardiomyopathy in 24 (7.2%), valvular cardiomyopathy in 11 (3.3%) and peripartum cadiomyopathy in 11 (3.3%). The genotypes associated with the I/D polymorphism were determined by polymerase chain reaction. The distribution of the genotypes was determined in the control and patient groups as well the possible associations of the I/D polymorphism with clinical variables and the evolution. The chi-square test, the t-Student test, the analysis of variance (ANOVA), the Kaplan-Meire method, the log-rank test and Cox regression were used in the statistical analysis. The DD genotype was less frequent in patients, assuming a recessive effect of the D allele (p=0,0034). The left ventricular en-systolic diameter by echocardiography was higher in patients with the DD genotype, .... And the DD genotype, assuming a recessive effect of the D allele (p=0,033). The time elapsed until the onset of symptoms was shorter in patients with hypertensive cardiomyopathy and the DD genotype, assuming a codominant (p=0,048) or recessive (p=0.024) effect of the D allele. Patients older than 50 years with the DD genotype showed increased mortality, assuming a codominant (p=0,007) or recessive (p=0,002) effect of the D allele. The independent variables associated with increased mortality in patients older than 50 years were: age (p<0,001), the DD genotype (p=0,003), diabetes mellitus (p=0,003) and Chagas\' disease (p=0,005), assuming a recessive effect of the D allele. Assuming a codominant effect of the D allele, the independent variables associated with increased mortality in patients older than 50 years were: age (p<0,001), Chagas\' disease (p=0,004), diabetes mellitus (p=0,005) and the Dd genotype (p=0,015). These results suggest that the DD genotype may be associated with higher morbidity and mortality in some groups of patients with heart failure.

Orientador: Geraldo Moretto. / Co-orientador: Edson Schroeder. / Dissertação (mestrado) - Universidade Regional de Blumenau, Centro de Ciências Exatas e Naturais, Programa de Pós-Graduação em Ensino de Ciências Naturais e Matemática.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-08-26T13:37:12Z No. of bitstreams: 2 TESE CICERO ENCADERNAÇÃO pdf.pdf: 2894657 bytes, checksum: 31bc44d37b5229158305d1316f947afe (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2016-08-30T17:53:32Z (GMT) No. of bitstreams: 2 TESE CICERO ENCADERNAÇÃO pdf.pdf: 2894657 bytes, checksum: 31bc44d37b5229158305d1316f947afe (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Inácio de Oliveira Lima Neto (inacio.neto@inpa.gov.br) on 2016-08-31T12:50:03Z (GMT) No. of bitstreams: 2 TESE CICERO ENCADERNAÇÃO pdf.pdf: 2894657 bytes, checksum: 31bc44d37b5229158305d1316f947afe (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-08-31T12:53:50Z (GMT). No. of bitstreams: 2 TESE CICERO ENCADERNAÇÃO pdf.pdf: 2894657 bytes, checksum: 31bc44d37b5229158305d1316f947afe (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2016-05-12 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Scorpions are invertebrates from the order Scorpiones (Arachnida). Although it is a diverse group and important from a medical perspective, there are very few studies on scorpions in Amazonas, the state with the largest scorpionfauna of Brazil. This lack of data is associated mainly to the low number of specialists in the region. Thus, and taking into account that knowledge is an important step in decision making, this research has three different proposals: first (chapter I), to cover the current situation of scorpionism (accidents with scorpions) in the state; second (chapter II), to present the geographical distribution of scorpion species in Amazonas; and third (chapter III), to sequence the 16S gene, for as many scorpion species as possible so that this data can be used in taxonomical and phylogenetic studies. For the first objective, the Sistema Nacional de Agravos e Notificações – SINAN was accessed to obtain data on envenomations that occurred in the state of Amazonas between 2008 and 2014. Information from the arachnid collections of Instituto Nacional de Pesquisa da Amazônia - INPA, Universidade Federal do Amazonas - UFAM and Fundação de Medicina Tropical do Amazonas - FMT/AM, field collecting and literature data were used as data for the second chapter. Specimens from the above mentioned collections and from the field collecting were used to obtain the genetic sequences for the chapter III proposal. Results demonstrate that, although the average annual rate of scorpionism in Amazonas is of 8.14 cases per 100 thousand habitants, which is below the national average (17.7), some of its regions presented alarming rates. Among these, the municipality of Apuí is highlighted with 273 cases per 100 thousand habitants. This study demonstrated that the species Tityus metuendus, T. matthieseni, T. bastosi and T. silvestris are the main ones involved in accidents in the municipalities of Manaus, Apuí, Tabatinga and Rio Preto da Eva, respectively. The geographical distribution results of chapter II reinforce the status of Amazonas as the Brazilian state with the largest scorpionfauna of the country, however the species distribution is still not completely known. Furthermore, the distributional data confirmed the endemism of the Rio Negro and Manaus regions, placing the former, for the first time, as the region with the highest number of endemic species of the state (17 spp.). The findings from the molecular study (chapter III) demonstrate that the nucleotide intra-specific divergence was smaller than the inter-specific divergence, confirming data from the literature. Based on the trees from the Maximum Parsimony and Neighbor-Joining analyses it is possible to assume that the Tityus grouping is in accordance to what is presented by traditional taxonomy. The findings regarding the species Brotheas amazonicus, Broteochactas polisi and Chactopsis amazonicus, all from the family Chactidae, can help clarify or even resolve the issue regarding the placement of the genus Chactopsis in this family. All proposals presented for the current study were met and the results obtained will certainly be used as base for other researches or even in decision making regarding scorpionism in Amazonas. / Os escorpiões são invertebrados que pertencem à ordem Scorpiones, classe Arachnida. Embora seja um grupo diverso e importante do ponto de vista médico, são poucos estudados no Estado do Amazonas, estado detentor da maior escorpionfauna brasileira. A carência de dados é associada, principalmente, ao baixo número de especialistas na região. Diante disso, e considerando que o conhecimento é um passo importante para a tomada de decisões, é que a presente pesquisa apresentou três propostas diferentes. A primeira (capítulo I) abordou a situação do escorpionismo (acidentes por escorpiões) no estado. A segunda (capítulo II) revelou o atual contexto da distribuição geográfica das espécies que ocorrem no Amazonas. A terceira (capítulo III) utilizou-se a ferramenta molecular, por meio do DNA mitocondrial (16S), para gerar sequências gênicas possíveis de serem usadas em estudos taxonômicos e filogenia molecular. Para atingir o primeiro objetivo foram usados os dados disponíveis no Sistema Nacional de Agravos e Notificações – SINAN acerca das picadas que ocorreram no Amazonas entre os anos de 2008 e 2014. Informações das coleções aracnológicas do INPA, UFAM e FMT/AM, coletas de campo e dados de publicações foram utilizados na produção do segundo capítulo. Espécimes das coleções aracnológicas citadas, juntamente com exemplares coletados em campo, foram usados para gerar as sequências gênicas apresentadas como proposta do capítulo III. Os resultados mostraram que, embora a taxa anual média de escorpionismo no Amazonas de 8.14 casos por 100 mil habitantes esteja abaixo da brasileira, que gira em torno de 17.7 casos por 100 mil habitantes, algumas de suas regiões apresentaram índices alarmantes. Neste contexto, destaque para o município de Apuí, que revelou números assustadores, 273 casos por 100 mil habitantes. O estudo mostrou que as espécies Tityus metuendus, T. matthieseni, T. bastosi e T. silvestris são as principais envolvidas em acidentes nos municípios de Manaus, Apuí, Tabatinga e Rio Preto da Eva, respectivamente. Os resultados do capítulo II, relacionados à distribuição geográfica, consolidam o Estado do Amazonas como o detentor da maior escorpionfauna do Brasil. Entretanto, mostra que a distribuição das espécies no Estado não está bem compreendida. Além disso, confirmaram os dados de endemismo das regiões do Rio Negro e Manaus, colocando de forma inédita, a primeira região como àquela que apresenta o maior número de espécies endêmicas do Estado, dezessete no total. Por fim, a pesquisa apresenta os resultados referentes à parte genética. Os achados mostraram que as divergências nucleotídicas intra-específica foram menores que entre espécies não relacionadas, confirmando dados da literatura. A partir das árvores geradas pelos algoritmos de Máxima Parcimônia e Neighbor-Joining foi possível inferir que o agrupamento dos Tityus estão de acordo com o que é apresentado pela taxonomia morfológica convencional. Em relação às espécies Brotheas amazonicus, Broteochactas polisi e Chactopsis amazonicus, todos representantes da família Chactidae, os resultados podem aclarar ou ainda resolver uma grande discussão em torno da permanência do gênero Chactopsis dentro da família citada. Os resultados deste estudo certamente serão utilizados na fundamentação de outras pesquisas ou ainda na tomada de decisões acerca do escorpionismo no Estado do Amazonas.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2016-09-14T19:43:24Z No. of bitstreams: 2 dissertação versão para a biblioteca.pdf: 4074295 bytes, checksum: abf9a36b18c09033c4015a9d40796eb3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-14T19:43:24Z (GMT). No. of bitstreams: 2 dissertação versão para a biblioteca.pdf: 4074295 bytes, checksum: abf9a36b18c09033c4015a9d40796eb3 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2015-03-13 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / In terms of diversity of amphibians, the Neotropics is unmatched, occurring approximately 2,065 species, more than any other region on the planet. Only for South America are recognized 95% of this diversity (1,959). The Brazil is the richest amphibians country in diversity in the planet with 946 species described and frogs the most diverse group with 350 species to Amazon. Several biogeographic theories try to explain this great diversity, using of molecular markers, morphology, species diversity, ethology, modeling, among others. The genus Pristimantis contains more than 470 species, divided into 11 groups. The species in this study, Pristimantis fenestratus belongs to Pristimantis conspicillatus group with over 33 species. This study aimed to investigate the existence of cryptic species within P. fenestratus in eastern Amazonia and observe the effect of rivers Trombetas, Jatapu, Tapajós and Xingu in the distribution of genetic diversity within P. fenestratus. Were sequenced 114 individuals of P. fenestratus for the mitochondrial 16S rDNA, 62 sequences gene Cytochrome Oxidase subunit I (COI) of mtDNA and 84 sequences from nuclear gene tyrosinase. One hundred and thirty-two males were measured for Principal Component Analysis (PCA) and discriminant function analysis (DFA). The population structure analysis for all concatenated genes, revealed strong structure in the main interfluve formed by the major tributaries of the Amazon River. The Maximum Likelihood trees, to the concatenated mitochondrial genes and the nuclear gene, showed a consistent topology with the groups found by BAPS, separating the groups in clades with high bootstrap support. The genetic distance p unadjusted pairwise groups ranged between 2-11% for the 16S gene, whereas in the groups ranged from 1-2%. The ACP showed no separation in morphometric space between locations. AFD presented only 52% accurate to classify individuals according to their genetic grouping of BAPS, features that support a complex of species within P. fenestratus. The analysis of the divergence time showed a basal division between two groups for both the 16S gene (rDNA) and tyrosinase (nDNA), during the middle Miocene. Based on these results, we suggest a new species for the genus Pristimantis, supported by molecular evidence (16S) and morphological characters that distinguishes it from P. fenestratus the type locality and other species of P. conspicillatus group. These results show that Pristimantis fenestratus has a strong structuring between the Amazon interfluvia with high genetic divergence between them. His conservative morphology does not enable us to find morphometric differences between the locations analyzed, although results (morphological and molecular) provides evidence that the species may be masking a complex of species and taxonomic revision is needed to resolve this taxonomic problem. / Em termos de diversidade de anfíbios, a região Neotropical é inigualável, ocorrendo aproximadamente 2.065 espécies, mais do que em qualquer outra região no planeta. Só para a América do Sul são reconhecidos 95% dessa diversidade (1.959). O Brasil é o país mais rico em espécies de anfíbios do planeta com 946 descritas e os anuros, o grupo mais diverso, com 350 espécies para a Amazônia. Várias teorias biogeográficas tentam explicar essa grande diversidade, utilizando-se de marcadores moleculares, morfologia, diversidade de espécies, etologia, modelagem, dentre outras. O gênero Pristimantis contem mais de 470 espécies, divididas em 11 grupos. A espécie deste estudo, Pristimantis fenestratus, pertence ao grupo Pristimantis conspicillatus, com mais de 33 espécies. Este trabalho teve por objetivos investigar a existência de espécies crípticas dentro de P. fenestratus na Amazônia Oriental e observar o efeito dos rios Trombetas, Jatapu, Tapajós e Xingu na distribuição da diversidade genética dentro de P. fenestratus. Para isso foram sequenciados 114 indivíduos de P. fenestratus para o gene mitocondrial 16S DNAmt, 62 sequências do gene Citocromo Oxidase sub-unidade I (COI) do DNAmt e 84 sequências do gene nuclear tirosinase. Cento e trinta e dois machos foram medidos para Análise de Componentes Principais (ACP) e Análise de Função Discriminante (AFD). A análise de estruturação populacional para todos os genes concatenados, revelou forte estruturação nos principais interflúvios formados pelos grandes tributários do Rio Amazonas. As árvores de Máxima Verossimilhança, para os genes mitocondriais concatenados e o gene nuclear, apresentou uma topologia concordante com os grupos encontrados pela análise Bayesiana de agrupamentos biológicos, separando os agrupamentos em clados com alto suporte de Bootstrap. A distância genética p par a par não corrigida entre os grupos variou de 2-11% para o gene 16S, enquanto que dentro dos grupos variou de 1-2%. A ACP não mostrou uma separação no espaço morfométrico entre as localidades. A AFD apresentou somente 52% de acurácia para classificar os indivíduos de acordo com seu agrupamento genético pelo BAPS, características que corroboram um complexo de espécies crípticas dentro de P. fenestratus. A análise do tempo de divergência mostrou uma divisão basal entre dois grupos, tanto para o gene 16S (DNAmt) e tirosinase (nDNA), durante o médio Mioceno. Com base nestes resultados, sugerimos uma nova espécie para o gênero Pristimantis, apoiada por evidências moleculares (gene 16S) e caracteres morfológicos que a distingue de P. fenestratus da localidade tipo e de outras espécies do grupo P. conspicillatus. Estes resultados mostram que Pristimantis fenestratus apresenta uma forte estruturação entre os interflúvios amazônicos com alta divergência genética entre eles. Sua morfologia conservadora não nos permitiu encontrar diferenças morfométricas entre as localidades analisadas, no entanto estes resultados (morfológicos e moleculares) disponibilizam evidências de que a espécie pode estar mascarando um complexo de espécies e uma revisão taxonômica é necessária para resolver esse problema.

Submitted by Gizele Lima (gizele.lima@inpa.gov.br) on 2017-07-21T13:12:36Z No. of bitstreams: 2 Sousa_SB_Dissertação_Final.pdf: 888520 bytes, checksum: e2e951b9292922110b9830cc26bba1d0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-07-21T13:12:36Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Sousa_SB_Dissertação_Final.pdf: 888520 bytes, checksum: e2e951b9292922110b9830cc26bba1d0 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-07-16 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas - FAPEAM / Manioc (Manihot esculenta Crantz) is the fifth most important food produced in the world. Its center of domestication is in southwestern Amazonia. After the initial domestication, divergent selection pressures yielded two groups of varieties: sweet and bitter. The variation generated in farmers’ fields serves as a source of enrichment for germoplasm banks of the species. Efficient use requires morphologic and genetic characterization. Generally, molecular markers directly reflect genetic variation in germplasm at the DNA level, without interference from the environment, and offer valuable information to assess genetic diversity. The Embrapa manioc germplasm bank contains 470 accessions that were analyzed with 10 microsatellite loci to assess genetic diversity and structuring within the bank. Through the bayesian analysis it was possible to find four clusters of the genetic structure of the 470 accessions, and the grouping in K = 2 corresponded roughly to the bitter and sweet manioc groups. However, for geographic structuring none of the K = 2, 3, 5, 7 identified interpretable geographical groups. Data from the genotyped SSR were implemented by the Powercore software, which indicated a core collection with 56 accessions that was able to capture the maximum of allelic variation (113). The Shannon index was 1.74 in the core collection and 1.53 in the germplasm bank. The analysis of molecular variance showed that almost 100% of the genetic diversity is within the two groups CN and BAG. / A cultura da mandioca (Manihot esculenta Crantz) é a quinta produtora de alimentos mais importante no mundo. Seu centro de domesticação está no sudoeste da Amazônia. Em mandiocas cultivadas depois da domesticação inicial, pressões seletivas divergentes deram origem a dois grupos de variedades: amargas e mansas. A variação gerada nas roças dos mandiocultores serve como fonte de enriquecimento para os bancos de germoplasma da espécie. Para que seja eficientemente utilizado necessita de caracterização morfológica e genética. Os marcadores moleculares podem refletir diretamente a variabilidade genética de germoplasma em nível de DNA, sem a interferência do meio ambiente, e tornaram-se dados valiosos para avaliar a diversidade genética. Foram utilizados 470 acessos que compõem o banco de germoplasma da Embrapa. Dez loci de microssatélites foram utilizados para avaliar a diversidade genética e verificar a estruturação dentro do banco. Através da análise bayesiana foi possível encontrar 4 agrupamentos da estruturação genética dos 470 acessos, sendo que o agrupamento em K = 2 correspondeu aproximadamente com os grupos de mandioca amarga e mansa. No entanto, para estruturação geográfica nenhum dos K = 2, 3, 5 e 7 identificaram grupos geográficos interpretáveis. Os dados dos SSR genotipados foram implementados pelo software Powercore, o qual indicou uma coleção nuclear com 56 acessos que foi capaz de capturar o máximo de variação alélica (113). O índice de Shannon foi de 1,74 na coleção nuclear e 1,53 no banco de germoplasma. A análise de variância molecular mostrou que quase 100% da diversidade genética está dentro dos dois grupos CN e BAG.

Made available in DSpace on 2019-03-29T23:23:07Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-21 / A remarkable progress has been recently achieved in the area of data clustering, in part due to the development of clustering ensemble methods. In a nutshell, this approach aims at combining multiple partitions produced over the same dataset into a single consensus partition. Although promising, this approach is still restrictive in the sense that obtaining a single solution (partition) as result limits the knowledge that could be grasped from the data, which could contain several meaningful alternative solutions. On the other hand, there exist several validation criteria to assess the data partitions, each considering a distinct viewpoint. This permits to model the data clustering task as a typical multiobjective optimization problem. This strategy, which has also gained much attention in the last years, is known as multiobjective clustering. In this context, this study presents a novel hybrid approach, based on multiobjective genetic programming, aiming at the automatic design of novel hierarchical fusion operators for clustering ensembles. By this means, an initial set of partitions obtained via the application of different clustering techniques could be continuously refined through a population of hierarchies of fusion operators, which select and combine the original partitions, using different quality criteria as objective functions. To validate the new approach in terms of efficiency and effectiveness, we have implemented a prototype and conducted a comparative study including other clustering algorithms (three of which are of clustering ensembles and two are multiobjective in nature) over 10 different datasets. The experiments indicate that, in general, the idea of having a fusion hierarchy together with the correct selection of the data partitions can provide significant gains in terms of effectiveness and robustness. Keywords: Data Clustering. Clustering Ensembles. Hierarchical Fusion. Multiobjective Evolutionary Algorithms, Genetic Programming. / Um notável avanço vem sendo recentemente obtido na área de agrupamento de dados mediante o desenvolvimento de métodos de fusão de partições. Essa abordagem, conhecida como clustering ensembles, consiste em combinar os resultados de múltiplos agrupamentos de uma mesma base de dados em uma única partição-consenso. Embora promissora, essa abordagem ainda é restritiva, já que uma única resposta para um problema limita a aquisição do conhecimento que poderia ser obtido considerando outras possíveis soluções (partições). Por outro lado, devido à existência de vários critérios de avaliação da qualidade de agrupamentos, pode-se modelar essa tarefa como um problema típico de otimização multiobjetivo. Nesse contexto, o presente estudo apresenta uma nova abordagem, baseada em programação genética multiobjetivo, que projeta automaticamente novos operadores hierárquicos de fusão de partições. Desse modo, um conjunto inicial de partições, obtido via a aplicação de diferentes técnicas de agrupamento, pode ser continuamente refinado através de uma população de hierarquias de fusores, que selecionam e combinam as partições originais, utilizando diferentes critérios de qualidade como funções-objetivo. Para validar a nova abordagem, em termos de eficiência e eficácia, foi implementado um protótipo e conduzido um estudo comparativo, envolvendo outros algoritmos de agrupamento (dentre os quais três são de clustering ensembles e dois são multiobjetivo), sobre 10 diferentes bases de dados. Os experimentos demonstram que, em geral, a ideia de se ter uma hierarquia de fusores aliada à correta seleção das partições pode proporcionar ganhos significativos em termos de eficácia e robustez. Palavras-chave: Agrupamento de Dados. Clustering Ensembles. Fusão Hierárquica de Partições. Algoritmos Evolutivos Multiobjetivos. Programação Genética.