A Neoplasia Endócrina Múltipla tipo 1 (NEM1, OMIM 131100) é uma doença essencialmente caracterizada por sua complexidade clínica. A NEM1 afeta tanto tecidos endócrinos quanto tecidos não-endócrinos; apresenta tanto tumores malignos quanto tumores benignos; e apresenta extensa variabilidade clínica inter e intra-familiar quanto aos tipos de tumores e quanto à ordem de desenvolvimento e detecção clínica desses tumores. Em sua forma familiar, a NEM1 é transmitida por um padrão de herança autossômico dominante com elevada penetrância e é identificada pela presença de um parente de primeiro grau apresentando ao menos um tumor NEM1-relacionado. A realização do diagnóstico de NEM1 pode ser: a) clínico, pelo reconhecimento em único paciente de tumores em pelo menos duas das três glândulas endócrinas-alvo principais (paratireóides, hipófise e pâncreas endócrino) e/ou b) genético, pela identificação de mutação germinativa no gene responsável pela doença (MEN1). A grande maioria dos casos NEM1 (90%) apresentam mutações inativadoras no gene MEN1. Não há correlações descritas até o momento entre o genótipo e o fenótipo. Não há também regiões preferenciais (hot-spots) para as mutações no gene MEN1. Além disto, há perda de heterozigose nos tumores NEM1, corroborando com a hipótese que o MEN1 seja um gene supressor de tumor. No presente trabalho, objetivamos a) identificar mutações germinativas no gene MEN1 em pacientes índices com NEM1 típica; b) rastrear parentes dos pacientes que se apresentavam sob-risco para NEM1; c) adicionalmente, estimamos preliminarmente alguns dos possíveis impactos deste do rastreamento gênico familiar no seguimento clínico desses pacientes no Hospital das Clínicas, SP. Para identificação das mutações nos casos-índices com NEM1, foi realizado seqüenciamento automático de todas as regiões codificadoras (éxons 2-10) e fronteiras éxon/íntron do gene MEN1. Para o rastreamento gênico dos familiares, foi realizado seqüenciamento direcionado ao éxon mutado no casosíndices. Quatorze (14) famílias brasileiras com NEM1 e 141 familiares sob risco foram estudados clinica e geneticamente. Doze (12) diferentes mutações MEN1 causadoras de doença foram aqui identificadas, sendo que sete (7) dentre estas mutações não haviam sido previamente descritas: 308delC, 375del21, 1243del1, I147F, L413R, L414P e W471C. As famílias com as mutações recorrentes, 360del4 e L413R, não eram relacionadas. Pela análise evolutiva, viu-se que as quatro mutações novas de ponto aqui relatadas estavam localizadas em resíduos altamente conservados, enquanto que as três novas mutações do tipo deleção ocorriam em regiões repetitivas ricas em GCs. Estas mutações são preditas codificarem proteínas truncadas, o que leva a inativação da ação anti-tumorigênica da proteína menin, e portanto, à doença NEM1. Cento e quarenta e um (141) parentes de pacientes sob-risco de apresentarem NEM1 participaram desse rastreamento. Ao todo, 53 indivíduos foram documentados serem portadores de mutação germinativa no MEN1. Os casos geneticamente diagnosticados foram convidados a aderirem ao rastreamento clínico para NEM1. De modo preliminar, estimamos também os eventuais impactos do rastreamento gênico familiar na conduta clínica da NEM1. Assim, os casos afetados foram subdivididos em 3 grupos e analisados separadamente: casos-índices (grupo I), familiares diagnosticados clinicamente (grupo II) e genicamente (grupo III). A idade média ao diagnóstico no grupo III (27±14,0 anos) foi significativamente menor que a dos grupos II (39.5±15.7; p = 0.03) e III (42.4±15.0; p = 0.01). A maioria dos pacientes dos grupos I e II apresentou 2 ou 3 tumores, enquanto que 81,8% dos casos do grupo III apresentavam 1 ou nenhum tumor relacionado à NEM1. Além disto, 45,4% dos casos no grupo III eram assintomáticos, não sendo observados nenhuma metástase ou óbito. Contrariamente, nos grupos I e II havia ocorrência de metástases provindas de tumores NEM1-relacionados e quatro mortes ligadas a tumores NEM1-relacionados foram relatadas. Os 102 familiares que não herdaram mutação MEN1 foram excluídos do rastreamento clínico. Um caso de fenocópia NEM1 foi também localizado. Em conclusão, relatamos no presente trabalho, a) a identificação de sete (7) novas mutações causadoras de doença no gene MEN1, todas elas localizadas ou em regiões evolutivamente conservadas ou em áreas repetitivas em GCs. b) foi aqui relatado o primeiro rastreamento genético sistemático de famílias com NEM1 na América do Sul, no qual 141 parentes de pacientes com NEM1 foram genotipados. Ao todo, 53 pacientes foram caracterizados como portadores de mutações germinativas no gene MEN1. c) estimamos preliminarmente os eventuais impactos do rastreamento gênico familiar na conduta clínica da NEM1. Os dados desse trabalho suportam a necessidade de se implementação de um sistemático programa de rastreamento na NEM1 em nosso País. / Multiple endocrine neoplasia type 1 (MEN1; OMIM 131100) is a high-penetrance tumor syndrome mainly characterized by the triad: parathyroid (95-100%), pituitary (30%) and enteropancreatic tumors (50%). MEN1 is clinically diagnosed by the occurrence of MEN1-related tumors in at least two of these endocrine glands in a same patient. The familial form of the disease has an autosomal dominant pattern of inheritance and it is identified when a first-degree relative presents at least one MEN1-related tumor. High prevalence of inactivating mutations in the MEN1 has been reported leading to MEN1 syndrome. No mutation hot-spots or genotypephenotype correlations have been observed. In addition, loss of heterozygosity has been found, indicating that MEN1-tumorigenesis is in accordance with Knudson´s classical hypothesis for tumor suppressor genes. This study aimed to characterize clinical features and identify MEN1 germline mutations in Brazilian families with MEN1. Fourteen Brazilian families with MEN1 and 141 at-risk relatives were clinically and genetically studied. Twelve (12) different MEN1 disease-causing mutations were identified, seven of them were previously unreported: 308delC, 375del21, 1243del1, I147F, L413R, L414P and W471C. Families with the recurrent mutations 360del4 and L413R were shown to be unrelated. The four novel missense mutations were found to be located at highly conserved residues by evolutionary analysis, whereas the three novel deletion/frameshift mutations occurred at GC-rich repetitive regions. Familial genetic screening was performed by direct sequencing. Taken together, 53 subjects were found to carry MEN1 germline mutation. To gain preliminary insights on the possible impacts of such familial genetic screening on clinical management of these MEN1 cases, they were separated in three groups: MEN1 index-cases (group I), MEN1 clinically diagnosed at-risk relatives (group II) and genetically diagnosed at-risk family members (group III). The age at the diagnosis in group III (27.0±14.0 y-old) was significantly lower than in groups I (39.5±15.7; p = 0.03) and II (42.4±15.0; p = 0.01). Patients in groups I-II mostly presented two or three MEN1 tumors, while 81.8% of cases in group III presented one or no one MEN1-related tumor. Further, in group III 45.4% of cases were asymptomatic and no metastasis or death were verified. Conversely, in groups I and II, metastases from MEN1-related tumors were frequent and four deaths due to MEN1-related tumors were reported. Moreover, one hundred and two (102) no mutation carriers were excluded of MEN1 surveillance, including one MEN1 phenocopy. In conclusion, it is reported the first systematic genetic screening of MEN1 families in South America and seven novel MEN1 disease-causing mutations were identified. Also, this study underscores the need for implementing a systematic MEN1 screening program in Brazil. At our Institution, we have begun to establish such program.

Orientador: Ricardo Barini / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas. Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-16T03:43:19Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Machado_IsabelaNelly_D.pdf: 3476920 bytes, checksum: d5a5716fb5a528c323d17a22ef6c28d0 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Introdução: Para uma parcela significativa de fetos com defeitos congênitos o diagnóstico sindrômico permanece indefinido, dificultando a abordagem perinatal, o estabelecimento de prognóstico e o aconselhamento genético. A incapacidade de detecção de pequenas instabilidades genômicas, atualmente apontadas como provável fator causal nestas condições dismórficas, é a principal limitação do estudo cromossômico microscópico pelo bandamento G (cariótipo convencional). A hibridização genômica comparativa (comparative genomic hybridization-CGH) é capaz de identificar perdas e ganhos de material genômico com alta resolução, sem envolver o cultivo celular e o conhecimento prévio da região genômica envolvida. Objetivo: Avaliar a aplicabilidade da técnica de array CGH em sangue fetal para o diagnóstico de perdas e ganhos genômicos em um grupo de fetos dismórficos. Sujeitos/Método: Foi realizado um estudo prospectivo descritivo a partir de amostras sanguíneas de fetos dismórficos e com cromossomos numericamente normais ao bandamento G, admitidos no Setor de Medicina Fetal do Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher (CAISM) da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp). Foi realizada a caracterização da amostra estudada e uma análise descritiva dos achados moleculares através da técnica de array CGH. Resultados: Foram incluídos no estudo 50 fetos, dos quais 49 preencheram os critérios de qualidade da técnica. A taxa de detecção de alterações cromossômicas pela técnica de array CGH não detectadas pelo cariótipo convencional foi de 93,7% (45 fetos), e 27% foram consideradas significativas dos pontos de vista citogenético e clínico. Entre os fetos com alterações do número de cópias, 87% apresentaram pelo menos um clone para o qual já estão descritas variações do número de cópias (CNV) em indivíduos fenotipicamente normais. Adicionalmente, a técnica mostrou-se eficaz para o esclarecimento diagnóstico da origem, exata localização e dimensionamento do material adicional encontrado em um feto com anomalia cromossômica estrutural. Conclusões: A caracterização do perfil genômico por array CGH de fetos com defeitos congênitos permitiu complementar o diagnóstico citogenético convencional, aumentando a definição diagnóstica e a identificação de regiões cromossômicas associadas a algumas anomalias congênitas / Abstract: Introduction: A great number of fetuses with congenital defects remain without definitive diagnosis, making difficult the perinatal management, the prognosis establishment and the genetic counseling. The incapacity of detection of short sequence copy number changes, pointed as a probable etiology factor for some congenital defects, is the main limitation of routine G-banding. The Comparative Genomic Hybridization (CGH) overcome this limitation, and also does not require cellular culture or prior knowledge of the involved genomic region. Objective: To evaluate the applicability of the CGH method on fetal material for genomic gains and losses in a group of malformed fetuses. Methods: On a prospective descriptive study, fetal blood samples were collected from malformed fetuses with numerically normal chromosomes at G-banded karyotype, at the Fetal Medicine Unit of the Centro de Atenção Integral à Saúde da Mulher (CAISM) of the Universidade Estadual de Campinas (UNICAMP). Sample characterization and a descriptive analysis of the CGH-based technique results were accomplished. Results: Fifty fetuses were included in this study and 49 were considered optimal according to adopted quality control criteria. The detection rate of fetuses with copy number imbalances not detected by the G-banded karyotype was 93.7% (45 fetuses), with 27% of cytogenetic and clinical significance. Among fetuses with copy number imbalances, 87% presented at least one abnormal clone encompassing CNVs described for phenotipically normal individuals. Additionally, the array CGH showed to be effective for the identification of the additional genetic material origin, with its precise location and size, presented in one fetus with structural chromosomal anomaly. Conclusions: The genomic profile characterization of malformed fetuses through array CGH allowed complementing the conventional cytogenetic diagnosis, obtaining a higher precise diagnosis and the identification of chromosomal regions associated with some congenital anomalies / Doutorado / Tocoginecologia / Doutor em Tocoginecologia

Pesquisa que analisa questões técnicas, éticas e jurídicas relacionadas com o uso informatizado de dados genéticos na persecução criminal que suscitam a elaboração de regulamentações técnicas legais para o desejável equilíbrio entre garantias e direitos individuais e os de interesse coletivo relacionados com segurança pública. A automatização de dados de caráter pessoal tem trazido preocupações aos governantes de diversos países, levando-os a adotar medidas legais sobre o tema. Os avanços da genética e da informática possibilitaram a criação de bancos de dados de DNA voltados à identificação criminal que, por serem eficazes no combate à criminalidade, tornaram-se aspiração para muitos Estados, como é o caso brasileiro. Sem que se olvidem ou que se exaltem as potenciais benesses sociais, na criação de bancos de dados de DNA devem ser valorados outros aspectos que também permeiam a questão e que podem ferir suscetibilidades, direitos e garantias individuais. Dentre estes se destacam os de vieses técnicos e éticos concernentes à possibilidade de uso indevido de informações genômicas contidas na molécula de DNA, além dos aspectos jurídicos relacionados com garantias e direitos individuais e coletivos. A presente investigação estuda elementos técnicos relacionados com a análise de polimorfismos do DNA que autorizam seu uso como método de identificação humana, amplamente empregado na atualidade pela Medicina Legal e pela Criminalística para determinação de parentesco biológico e elucidação de crimes. São analisadas características estruturais e funcionais de bancos de dados genéticos e as principais questões técnicas, éticas e legais relacionadas com a coleta de materiais biológicos, com os cuidados de preservação e garantia de autenticidade, com a qualidade dos serviços laboratoriais usados para obtenção de perfis genéticos e com o valor probante da prova pericial formada. É avaliada a importância dos bancos de dados criminais de DNA para a investigação policial e para a persecução judicial, sopesando-se os interesses da segurança pública e os de preservação da privacidade dos sujeitos afetados. São também comparativamente examinados os principais dos bancos de dados de identificação genética criminal já em funcionamento no mundo e suas características atinentes aos sujeitos e tipos de delitos que neles são incluídos; o tempo de permanência dos dados; seu gerenciamento e o armazenamento de vestígios e de amostras-referência. São ainda apontados os parâmetros técnicos e legais mínimos a serem considerados para a criação e o estabelecimento de um banco de dados desse gênero. É estudada pormenorizadamente a proposta feita pela SENASP/MJ para a implantação de um banco nacional de perfis de DNA criminal no Brasil, aos moldes do consagrado CODIS norte-americano. Os resultados desta pesquisa sugerem que, ao se considerar que os direitos e garantias individuais não têm caráter absoluto frente a interesses públicos legítimos, a criação de um banco de dados criminais de DNA no Brasil é viável através da edição de uma lei estabelecedora dos limites das medidas restritivas das prerrogativas individuais e que regule minuciosamente seu funcionamento. / Research that analyses juridical, ethical and technical questions related to the digital use of genetic data at criminal prosecutions that engender the elaboration of legal and technical regulation to the desirable balance among individual rights and guarantees and those of collective interests related to public security. Personal data automation has brought concerns to several countries governments, leading them to adopt legal measures about the theme. Enhancements at genetics and information technology areas had made possible the creation of DNA databases related to criminal identification that, due to their efficacy at criminal combat, have become an aspiration to many States, such as Brazil. Without neither forgetting nor magnifying its potential social benefits, at DNAs database creation other aspects, that are also involved and that could hurt individual susceptibilities, rights and guarantees, should be valued. Among these, it should be emphasized those of technical and ethical concerns related to the improper use of DNAs genomic information, besides juridical aspects related to individual and collective rights and guarantees. The present investigation studies technical elements related to DNA polymorphisms analysis that allow its use as an Human Identification Method, largely employed nowadays at Criminalistics and Forensic Medicine to determine biological kinships and crime scene elucidations. We analyze genetic databases functional and structural characteristics, and the main legal, ethical and technical questions related to biological samples collection, to their preservation and authenticity guarantee, to the involved laboratories quality, and to the probative value of the formed forensic proof. Its also evaluated DNA criminal databases importance to police investigation and judicial prosecution, considering both the public security interest and the privacy preservation of the affected individuals. The main genetic identification databases already working around the world are also comparatively analyzed, as well as their characteristics, such as: what kinds of individuals and faults are included at database; for how long this data stays at the bank; how it is managed and how the storage of evidences and reference samples is done. We also point the minimum legal and technical parameters that should be considered to the creation and establishment of such a database. Its studied in details the SENASP/MJ proposal to implement a national bank of criminal DNA profiles in Brazil, similar to the American CODIS. The results of our study suggest that, considering that individual rights and guarantees dont have absolute character front legitimate public interests, the creation of a criminal DNA database in Brazil is practicable through the edition of some law that would establish the limits to individual prerogatives and also minutely regulate its operation.

Submitted by Edineia Teixeira (edineia.teixeira@unioeste.br) on 2018-04-24T14:44:00Z No. of bitstreams: 2 Marcos_Cochak2017.pdf: 1598683 bytes, checksum: e921541055d1b3f686918cb26de4db2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-04-24T14:44:00Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Marcos_Cochak2017.pdf: 1598683 bytes, checksum: e921541055d1b3f686918cb26de4db2d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-07-28 / population, responsible for spontaneous abortions, problems related to infertility, and a large number of congenital anomalies that cause psychosocial and economic impact in families and also in the health system. They are present in about 1% of the liveborn, 2% of the conceptions known in women over the age of 35 years and almost all the abortions occurred in the first trimester of gestation. These anomalies involve changes in the set or structure of the chromosomes and are referred to as syndromes, such as Down syndrome or trisomy 21 is the best known, corresponding to the fourth most frequent cause of congenital anomalies. Chromosomal changes may be inherited or de novo originated, having biological influence or associated with environmental factors such as exposure to physical and chemical agents such as industrial wastes and agrochemicals. Diagnosis is made through karyotype analysis, and their knowledge is the basis for subsequent clinical treatment, prognosis, and risk-of-recurrence data for genetic counseling. Thus, the objective of this research was to analyze, through a retrospective study, human chromosomal disorders from regions of Brazil in the period of ten years (2005 to 2015), and correlates them with the use and occupation of soil through MaxEnt (maximum entropy) a predictive model for evaluation of association of occurrence of cases of chromosomal alterations as a function of soil use and occupation. In order to do so, a documentary study was carried out in the karyotype database of samples sent to the cytogenetic study of a national clinical laboratory. Of the 43,672 karyotype results, 83% (n= 36,435) were normal, 52% (n= 18,946) female and 48% (n= 17,489) male. Karyotypes with chromosomal abnormalities were found in 17% (n= 7,237), where 52% (n= 3763) female and 48% (n= 34740) male, were the most frequent aneuploidies (77% 5.558), structural changes totaled 16% (n = 1,163) and concomitant numerical and structural changes 7% (n= 516). 79.2% of the alterations involved autosomal chromosomes and 20.3% sex chromosomes, and 0.48% involved both autosomal and sexual. Among the altered cases, 9% (n= 668) were detected in mosaic. Characterizing chromosomal diseases by regions of Brazil, the highest proportion was in the South region, with 6 cases changed/100,000 inhabitants, followed by the Midwest and North regions, with 4 cases/100,000 inhabitants. The Northeast and Southeast regions presented the lowest proportions (3 cases changed/100,000 inhabitants and 2 altered cases/100,000 inhabitants respectively). When characterizing chromosomal diseases by regions of Brazil, it was possible to observe that in absolute numbers the highest frequencies occurred in the North and Northeast regions. Structural autosomal alterations were more frequent in the Southeast region, and numerical and structural concomitants were more frequent in the Northern region. Changes in mosaics were more frequent in the South, Northeast and Center-West regions, and those of single lineage were significantly more frequent in the Southeast region. Regarding land use and occupation, urbanized areas had a higher probability of occurrence of chromosomal diseases (50 to 90%), followed by areas using permanent crops (40 to 50%). This research demonstrates the prevalence of chromosomal diseases and their geographic distributions in Brazil being of great value, since studies of this genre are scarce in Brazil and, can serve as a tool to identify the incidence and recurrence risk of chromosomal diseases, enabling genetic counseling and information for the elaboration of public policies that improve the patients quality of life. / As alterações cromossômicas são doenças genéticas representativas na população, responsáveis por abortamentos espontâneos, problemas relacionados à infertilidade e grande número de anomalias congênitas, que causam impacto psicossocial e econômico nas famílias e no sistema de saúde. Estão presentes em cerca de 1% dos nativivos, 2% das concepções conhecidas em mulheres com idade acima de 35 anos e quase a totalidade dos abortos ocorridos no primeiro trimestre de gestação. Estas anomalias envolvem alterações no conjunto ou estrutura dos cromossomos e são denominadas como síndromes, dentre elas a de Down, ou trissomia do 21, é a mais conhecida, correspondendo à quarta causa mais frequente de anomalias congênitas. As alterações cromossômicas podem ser herdadas ou originadas de novo, tendo influência biológica ou associadas a fatores ambientais, como a exposição a agentes físicos e químicos, como os resíduos industriais e agrotóxicos. O diagnóstico é feito através da análise do cariótipo, e o seu conhecimento é a base para o tratamento clínico subsequente, prognóstico e dados sobre o risco de recorrência para o aconselhamento genético. Assim, o objetivo desta pesquisa foi analisar através de estudo retrospectivo as cromossomopatias humanas oriundas de regiões brasileiras no período de dez anos (2005 a 2015), e correlacioná-las com o uso e ocupação de solo através do programa MaxEnt (máxima entropia), um modelo preditivo para avaliação de associação de ocorrência de casos em função do uso e ocupação do solo. Para tanto, foi realizado um estudo documental, no banco de dados dos resultados de cariótipos, de amostras enviadas para o estudo citogenético de um laboratório clínico de abrangência nacional. Dos 43.672 resultados de cariótipo, 83% (n=36.435) foi normal, sendo 52% (n=18.946) do sexo feminino e 48% (n=17.489) masculino. Cariótipos com alterações cromossômicas foram encontradas em 17% (n=7.237), onde 52% (n=3763) do sexo feminino e 48% (n=3474) do sexo masculino, sendo as aneuploidias as mais frequentes (77%; n=5.558). As alterações estruturais somaram 16% (n=1.163) e alterações numéricas e estruturais concomitantes, 7% (n=516). Das alterações, 79.2% envolvia cromossomos autossômicos, 20,3% cromossomos sexuais e 0,48% envolvia ambos autossômicos e sexuais. Dentre os casos alterados, 9% (n=663) foi detectado em mosaico. Caracterizando as cromossomopatias por regiões do Brasil, a maior proporção de alterações por habitantes foi na região Sul, com 6/100.000, seguida pelas regiões Centro-Oeste e Norte, com 4/100.000. As regiões Nordeste e Sudeste apresentaram as menores proporções, 3/100.000 e 2/100.000, respectivamente. Ao caracterizar as frequências por regiões do Brasil, foi possível observar que em número absoluto, as maiores ocorreram nas regiões Norte e Nordeste. As alterações autossômicas estruturais na região Sudeste, e numéricas e estruturais concomitantes na região Norte. Alterações em mosaicos foram mais frequentes nas regiões Sul, Nordeste e Centro-Oeste e as de linhagem única foram mais significativamente na região Sudeste. Em relação ao uso e ocupação de solo, as áreas urbanizadas apresentaram uma maior probabilidade de ocorrência de cromossomopatias (50 a 90%), e seguida por áreas de lavouras permanentes (40 a 50%). Esta pesquisa demonstra as prevalências das alterações cromossômicas e suas distribuições geográficas no Brasil sendo de grande valia, pois estudos deste gênero são escassos no País e, poderão servir de ferramenta para identificar o risco de incidência e recorrência de doenças cromossômicas, possibilitando o aconselhamento genético e informações para a elaboração de políticas públicas que melhorem a qualidade de vida dos pacientes.

Orientador: Denise Pontes Cavalcanti / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-18T22:10:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Buck_CeciliaOliveiraBarbosa_D.pdf: 3074480 bytes, checksum: d8ed23fbbc34d4773afce0c5bb451361 (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: Osteocondrodisplasias (OCD) ou displasias esqueléticas são um grupo heterogêneo de doenças genéticas que afetam o crescimento. e o desenvolvimento do esqueleto e possuem alta morbimortalidade associada. Apesar dos avanços recentes no diagnóstico pré-natal e no conhecimento das bases moleculares das OCD, o seu diagnóstico ainda se baseia em anamnese, exame físico e radiografias de esqueleto. A prevalência habitualmente referida de 2,0/10.000, baseada em poucos estudos com populações pequenas, é subestimada. O objetivo deste estudo foi avaliar a epidemiologia das OCD na América do Sul (AS) utilizando uma grande população de mais de 1,5 milhões de nascimentos. Os casos de OCD foram selecionados dos arquivos do ECLAMC (um programa colaborativo de base hospitalar, caso-controle, para vigilância de defeitos congênitos) por dois códigos específicos (75640-OCD e 75650-Osteogenesis Imperfecta). Todos os casos nascidos entre 2000-2007 foram revisados e os diagnósticos finais foram escalonados em quatro níveis de evidência diagnóstica (NED), sendo o NED1 (padrão-ouro) casos com boas radiografias ou estudo molecular confirmando o diagnóstico. No período do estudo, 132 hospitais em 9 paises sul-americanos observaram 1.544.496 nascimentos. Todos os 51.827 controles nascidos no mesmo período foram utilizados para comparação. Excluídos 44 casos, a prevalência geral foi de 3,2/10.000 (IC95% 2,9-3,5) (492 casos em 1.544.496 nascimentos) e 33,6 (25,3-42,3) nos natimortos. Casos letais foram 50% (natimortos e óbito neonatal precoce). O diagnóstico foi referido como pré-natal na maioria dos casos (359-73%). Os grupos de OCD mais frequentes, segundo a classificação internacional, foram: G-1 (FGFR3) - 31%; G-25 (OI) - 23,5%; G-9 (CCP) - 4,5%; G-2 (Colágeno 2) - 4%; G-18 (Bent bones) - 4%. As prevalências das OCD mais comuns foram: OI - 0,74 (0,61-0,89); D. Tanatofórica - 0,47 (0,36-0,59); Acondroplasia - 0,44 (0,33-0,56); D. Campomélica - 0,10 (0,05-0,16). A taxa de mutação/gameta/geração para Acondroplasia foi 1,74 (1,25-2,25) x 10-5. Idade paterna, paridade e consanguinidade foram maiores nos casos que nos controles (31,2 anos X 28,9 anos; 2,6 X 2,3; 5,4% X 1,0%; P < 0,001). Idade materna elevada nos casos em relação aos controles (26,4 anos X 25,4 anos, P < 0,001) não foi confirmada por regressão logística considerando idades paterna e materna e paridade como fatores de risco para OCD (OR=1,63 para idade paterna > 39 anos; 0,79 para idade materna > 34 anos e 1,3 para paridade > 1). Peso e idade gestacional foram menores nos casos que nos controles (2498,1 g X 3198,6 g, P < 0,001), permanecendo a diferença para o peso após estratificação apenas para gestações de 31-35, 36-40 e 41-44 semanas (P<0,001, P<0,001 e P<0,05, respectivamente). A prevalência geral de 3,2/10.000 encontrada parece mais verossímil, sustentada por uma população numerosa e heterogênea, com grande diversidade étnica em sua composição, onde interrupções da gestação não são permitidas. Este estudo também observou uma alta taxa de diagnóstico pré-natal das OCD na AS e confirmou: a elevada morbi-mortalidade associada às OCD, a idade paterna elevada (especialmente nos casos de herança dominante) e altas taxas de consangüinidade nos casos de OCD (especialmente os de herança recessiva) e na população controle da AS / Abstract: Osteochondrodysplasias (OCD) are a heterogeneous group of genetic diseases that affect skeletal growth and development with a high infant morbid-mortality. Despite the great advances in prenatal diagnosis and knowledge of OCD molecular bases in the last twenty years, OCD diagnosis still relies upon anamnesis, clinical examination and skeletal X-rays. The currently accepted birth prevalence rate of OCD (2.0/10,000), based on few studies with small populations, is underestimated. This study aimed to assess OCD epidemiology in South America (SA) based on a large population of more than 1.5 million births. The OCD cases were ascertained from ECLAMC (a case-control, collaborative hospital-based program for birth defects surveillance) database through two specific codes (75640 for "generic" OCD and 75650 for Osteogenesis Imperfecta). All cases born from 2000 to 2007 were revised and final diagnoses ranked in four diagnostic evidence levels (DEL), being the DEL1 (gold-standard) those cases with good X-rays or DNA test supporting a certain diagnosis. During the 8-year period, 132 hospitals from nine South-American countries examined 1,544,496 births. For comparative analysis, all 51,827 controls born in the same period were used. After excluding 44 cases, overall OCD birth prevalence was 3.2 per 10,000 (95% CI 2.9-3.5) (492 cases per 1,544,496 births) and 33.6 (25.3-42.3) among stillbirths. Lethal cases (stillbirths plus early neonatal death) were 50%. Prenatal ultrasound diagnosis was referred in most cases (359 - 73%). The most frequent OCD groups, according to the international classification, were: G-1 (FGFR3) - 31%; G-25 (OI) - 23,5%; G-9 (SRP) - 4,5%; G-2 (Collagen 2) - 4% and G-18 (Bent bones) - 4%. The prevalence of the main OCD types were: OI - 0.74 (0.61-0.89); Thanatophoric D. - 0.47 (0.36-0.59); Achondroplasia - 0.44 (0.33-0.56); Campomelic D. - 0.10 (0.05-0.16). The mutation rate/gamete/generation for Achondroplasia was 1.74 (1.25-2.25) x 10-5. Paternal age, parity and consanguinity rate were significantly increased in cases compared to controls (31.2 years X 28.9 years; 2.6 X 2.3; 5.4% X 1.0%; P < 0.001). Increased maternal age in cases against controls' (26.4 years X 25.4 years, P < 0.001) was not confirmed by logistic regression including paternal age (OR=1.63 for paternal age > 39 years), parity (OR=1.3 for parity > 1) and maternal age (OR=0.79 for maternal age > 34 years) as risk factors for OCD. Birth weight and gestational age were lower in cases than in controls (2498.1 g X 3198.6 g, P < 0.001), and the difference for birth weight remained significant for gestational ages 31-35, 36-40 and 41-44 weeks after stratification (P < 0.001, P < 0.001 and P < 0.05, respectively). The OCD overall birth prevalence rate of 3.2 per 10,000 found seems more verisimilar, supported by a large and heterogeneous population with great ethnic diversity and without pregnancy terminations. This study also indicates a high rate of prenatal OCD diagnosis in SA and confirms: the high OCD-associated infant morbid-mortality, the increased paternal age (especially for cases with autosomal dominant inheritance) and the high parental consanguinity rates in both OCD cases (especially those with autosomal recessive inheritance) and in SA control population / Doutorado / Genetica Medica / Doutor em Ciências Médicas

Orientadores: Vera Lúcia Gil da Silva Lopes, Iscia Teresinha Lopes Cendes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-21T11:59:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Monteiro_FabiolaPaoliMendes_M.pdf: 4745618 bytes, checksum: 220053db4f2a750f68c332b998074576 (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A deleção 22q11. 2 é a mais frequente deleção intersticial na espécie humana, ocorrendo em aproximadamente 1/4000 nascidos vivos. Esta pode manifestar-se através de amplo espectro fenotípico, já sendo descritas mais de 180 manifestações clínicas asociadas. Frequências da deleção variando de 0% a 75% têm sido encontradas em diferentes estudos dependendo da manifestação primária escolhida, bem como do desenho do estudo e critérios de inclusão utilizados. Muitos estudos foram realizados com o propósito de definir quais pacientes deveriam ser triados para a deleção 22q11.2 em populações com distintas manifestações da mesma, visando uma abordagem com maior custo-efetividade, porém ainda hoje um consenso não foi atingido e a questão ainda é debatida. Até o presente momento, não existem estudos direcionados a definir, de maneira objetiva, qual ou quais destes dismorfismos sugestivos têm maior relevância durante a avaliação dismorfológica de indivíduos com diferentes manifestações do espectro da deleção. Com o objetivo de contribuir na definição de critérios clínicos e dismorfológicos que possam otimizar a indicação da realização de exame confirmatório, foram investigados 194 pacientes divididos em quatro grupos clínicos - Suspeita de deleção com alterações palatais {Grupo 1), suspeita de deleção sem alterações palatais (Grupo 11), malformações cardíacas associadas ao espectro da deleção 22ql1.2 {Grupo III) e indivíduos com dignóstico de esquizofrenia {Grupo IV). Todos foram testados para a deleção 22q11.2 por meio da técnica de Multiplex Ligant-Probe Amplification (MLPA). Para cada grupo, um checklist específico, incluindo dismorfismos e outras características clínicas, foi desenvolvido e aplicado. Pacientes do Grupo IV foram examinados independentemente por dois geneticistas clínicos, a fim de definir a presença de dismorfismos relacionados às síndromes de deleção 22ql1.2 (22q11.2DS) e a concordância na indicação de testes confirmatórios. A deleção 22q11.2 foi detectada em 45 pacientes {23,2%), assim distribuídos: 35/101 {34;7%) do Grupo I, 4/18 (22,2%) do Grupo 11, 6/52 {11,5%) do Grupo III e em nenhum indivíduo do Grupo IV. A taxa de concordância entre os dois observadores para indicação de exame confirmatório para o Grupo IV foi de 91,3%. Os dados clínicos foram analisados por distribuição de frequência e estatisticamente em cada um dos grupos e subgrupos. Cada grupo clínico foi discutido de forma independente e seus resultados comparados àqueles previamente descritos por outros pesquisadores. Sinais clínicos entre indivíduos com deleção e sem deleção foram comparados, sendo signifcantes para a suspeição das 22q11.2DS: face alongada (p<0,001), pálpebras "hooded" (p=0,015), nariz típico (p=0,041), conformação tubular do nariz (p=0,046) e hipoplasia alar (p=0,012). Os resultados demonstram objetivamente que algumas características dismórficas têm maior probabilidade de estarem associadas à presença da deleção 22q11.2. Baseados nos resultados obtidos e na revisão da literatura, é proposta uma abordagem sistemática para triagem de pacientes com manifestações distintas do espectro da deleção 22q11.2, visando uma melhor relação de custo-efetividade / Abstract: The 22q11.2 deletion is the most frequent intersticial deletion in the human species, occurring in approximately 1/4000 live births. It is associated with a wide phenotypic spectrum, with over 180 clinical manifestations already described. Distinct approaches have detected frequencies of the deletion ranging from 0% to 75%, depending on the primary manifestation of the studied population and selection criteria. Many studies have been conducted to define which patients would be eligible for screening for the 22q11.2 deletion, though so far the issue is still up for debate. To the best of our knowledge, no study has been directed towards objectively defining which suggestive dysmorphisms are relevant while evaluating individuals with distinct manife.stations of the 22q11.2 deletion syndromes (22q11.2DS) . In order to contribute to the delineation of possible clinical and dysmorphologic guidelines and to optimize decision to proceed with confirmatory testing, 194 individuals were evaluated. Group I- clinical suspicion of 22q11.2DS with palatal anomalies, Group II -clinical suspicion without palatal anomalies, Group Ill -cardiac malformations associated with the 22q11.2DS and Group IV- schizophrenic patients. All of them were evaluated and tested for the 22q11.2 deletion using Multiplex ligation-dependent probe amplification (M LPA). Group-specific checklists were developed to collect dysmorphologic and clinical data. Also, patients from Group IV were examinated independently by two clinical geneticists, in order to define the presence of suggestive 22ql1.2DS dysmorphisms and concordance rate in indication to proceed with laboratorial investigation. The 22q11.2 deletion was detected in 45 patients (23.2%), distributed as such: Group I 35/101 (34.7%), Group 114/18 (22.2%), Group Ill 6/52 (11.5%) and none from Group IV. Concordance of clinical features and indication of confirmatory test in Group IV by two examiners was 91.3%. Clinical data was analyzed by frequency and statistical tests. Each group was independently discussed and the results compared to those previously described by other researchers. Several independent dysmorphisms were compared between individuals with and without the 22q11.2 deletion, and a long face (p<0.001), hooded eyelids (p=0.015), a tubular conformation (p=0.046) or other forms of typical nose (p=0.041), and alar hypoplasia (p=0.012) were statiscally more likely to be found in patients that tested positive for the deletion. Conclusions: The results objectively demonstrate that some dysmorphic features have a higher probability of being correlated to the presence of the 22q11.2DS. Based on these results and the review of the literature, a systematic approach for screening patients with distinct manifestations of the 22ql1.2DS in a more cost-effective way is proposed / Mestrado / Genetica Medica / Mestra em Ciências Médicas

Orientador: Vera Lucia Gil da Silva Lopes / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:55:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Monlleo_IsabellaLopes_M.pdf: 586069 bytes, checksum: 706db2a35c57b9e799229264653c4708 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: As anomalias craniofaciais estão entre os defeitos congênitos humanos mais freqüentes e demandam assistência multiprofissional, integral e especializada, cujo custo é elevado. O médico geneticista destaca-se na equipe por ter habilidades para a caracterização etiológica e nosológica dessas condições, fundamentais para o aconselhamento genético e a correta obtenção de dados epidemiológicos. Todavia, o acesso ao tratamento ainda é precário em muitas nações, motivo pelo qual a Organização Mundial de Saúde vem estimulando pesquisas sobre oferta de serviços e qualidade da assistência prestada. Além disso, é reconhecido que a ampla variação da qualidade e dos custos da assistência estão relacionados às características estruturais e funcionais dos serviços. A primeira iniciativa para atenção a portadores de Anomalias Craniofaciais no Sistema Único de Saúde do Brasil ocorreu em 1993. Com a criação da Rede de Referência no Tratamento de Deformidades Craniofaciais, o atendimento foi ampliado, contando atualmente com 29 centros credenciados. Até o momento, esses centros não foram caracterizados. Os objetivos deste trabalho foram avaliar a organização dessa Rede, descrever a estrutura e funcionamento dos centros que a integram e verificar a oferta e o acesso à genética clínica nesses locais. Para coleta dos dados, foi utilizado um questionário semi-estruturado, remetido por correio. Os resultados demonstram agregação de centros no Sudeste, em universidades e na área de fissuras labiopalatais, com atendimento de rotina em cerca de 90% deles. A denominação da rede de assistência não parece corresponder à sua atual abrangência. As equipes estão constituídas de acordo com critérios americanos em 14 e, com europeus, em cinco centros participantes do estudo. Há geneticistas clínicos em 13 centros. Dentre esses, 61,8% contam com apenas um especialista dessa área. Apesar da baixa inserção do geneticista, em 22 centros, pais e pacientes solicitam informações sobre etiologia e prevenção que são fornecidas em 80,0% dos centros; todavia em 55% deles essa atividade é realizada por médicos não geneticistas e outros integrantes da equipe. Em conclusão, os dados sugerem a necessidade de revisão da definição, objetivos, abrangência e critérios de credenciamento dos centros de atendimento e caracterizam a precariedade da oferta e do acesso à genética clínica na Rede de Referência no Tratamento de Deformidades Craniofaciais / Abstract: Craniofacial anomalies are one of the most common birth defects in man, which have considerable medical costs in view of the long, specialized and complex treatment. The presence of the Clinical Geneticist on the team is important for clinical and etiologic characterization of these anomalies, genetic counseling and epidemiologic register. As the access for treatment is not easy in many countries, the World Health Organization launched a project for research availability and quality of the specialized services. Previous research demonstrates that variation of costs and quality of the services were related with theirs structural and functional characteristics, as well. The first initiative for public craniofacial anomalies health care in Brazil was in 1993. An important improvement occurred with the creation of the Net for Craniofacial Deformities Treatment, which is composed by 29 centers. Until now, these centers had not been studied before. The aims of this study were to evaluate the Net for Craniofacial Deformities Treatment, to describe the structural and functional characteristics of these centers and the access for genetic evaluation and genetic counseling for individuals and families in them. Data were collected by a questionnaire mailed for all these centers. The results showed an increased of centers in Southeast and in universities. Cleft lip and palate is the main clinical condition treated. Routine attendance occurred in 90% of the centers. Teams¿ composition is similar to American criteria in 14 of the centers and to European, in 5. The denomination of this assistance net does not seem in accordance to its actual activities. Clinical geneticist was present in 13 centers and 61,8% had one professional. In spite of few Clinical Geneticists in the composition of the teams, in 22 centers of attendance patients and parents asked for etiology and prevention, which have been done in 80% of them. These informations are transmitted by a non-specialized physicians and others members of the team in 55% of the centers. These data suggested that it would be necessary the revision of definition, goals, activities and standards for inclusion of the craniofacial centers. They also demonstrated that the availability and the access for clinical geneticist is not enough in the Net for Craniofacial Deformities Treatment of Brazil / Mestrado / Genetica Medica / Mestre em Ciências Médicas

A doença de Chagas é causada pelo protozoário Trypanosoma cruzi e atinge cerca de 12 milhões de pessoas no continente americano, a forma clássica de transmissão ocorre por intermédio do inseto vetor da subfamília Triatominae, popularmente chamado de barbeiro.Em um trabalho anterior, foi realizada uma análise de segregação complexa que indicou a presença de um gene principal, com um componente multifatorial influenciando a predisposição à infecção por Trypanosoma cruzi. A população é composta por 4697 indivíduos pertencentes a 886 famílias vindas do Nordeste do Brasil e tiveram os dados e amostras de sangue e saliva coletados entre 1969 e 1970.No presente estudo foi utilizada uma amostra de 69 indivíduos, sendo 18 positivos para a infecção por Trypanosoma cruzi e 51 negativos, distribuídos em 14 famílias. Os indivíduos tiveram seu DNA extraído e genotipado utilizando microarranjos de DNA de 260 K SNPs (GeneChip Mapping Affymetrix). Testes de associação mostraram significância entre a infecção por T. cruzi e o SNP rs17469997 do cromossomo 10, com P=0,015 após a correção de Bonferroni. Para validar estes inéditos resultados, análises de ligação multi-ponto foi feita com o programa GeneHunter (KRUGLYAK et al., 1996) e ligação dois-pontos com o programa SuperLink (FISHELSON e GEIGER, 2002), mas ambas não apresentaram resultados significativos, devido ao pequeno número de famílias informativas. / Chagas disease is caused by the protozoan Trypanosssoma cruzi and is usually transmitted by Triatominae bugs and affects about 12 million people in the American continent. In a previous study, segregation analysis showed evidence of a major gene with a small multifactorial component influencing the predisposition to the Trypanosoma cruzi infection in a population composed by 4697 individuals of 886 families from Northeastern Brazil in 1969-1970 at São Paulo, Brazil. In the present work, 69 individuals (18 positives to T. cruzi infection and 51 negative) belonging to 14 families were selected. They had the DNA extracted and genotyped using 250K SNPs DNA microarrays (GeneChip Mapping Affymetrix). 18 SNPs showed evidence of association between infection to T. cruzi with P<10-5, although after Bonferroni\'s correction only the SNP rs17469997 (minor allele frequency = 0.1667, adjusted-Bonferroni P = 0.015) on chromosome 10 was significant. The other 17 SNPs that showed association with T. cruzi infection with P<10-5 can still be informative in linkage analyses. On an effort to validate these findings, a multi point linkage analyses was performed with GeneHunter (KRUGLYAK et al., 1996) program and a two point linkage analyses were performed with SuperLink (FISHELSON e GEIGER, 2002) program, both analyses showed no significant results.

Introdução: A cardiomiopatia hipertrófica (CH) é uma doença cardíaca estrutural primária, caracterizada por hipertrofia do ventrículo esquerdo, sem dilatação, geralmente assimétrica e predominantemente septal. Na população geral a prevalência estimada da CH é de 0,2% (1:500), correspondendo a 0,5% de todas as cardiopatias. Atualmente estão descritas mais de 1400 mutações associadas à CH em 20 genes relacionados com os miofilamentos do sarcômero, o disco-Z e o transporte de cálcio, sendo que os três mais associados são os genes MYH7, MYBPC3 e TNNT2, responsáveis por 50% do casos com diagnóstico molecular positivo no Brasil. Dessa forma, o advento de novas tecnologias de sequenciamento de DNA de alta performance promete revolucionar o diagnóstico molecular, tornando mais rápida e barata a identificação de alterações genéticas, impactando positivamente na custo-efetividade do manejo diagnóstico e terapêutico de pacientes e famílias com o diagnóstico de CH. Materiais e Métodos: Noventa e uma amostras de uma casuística de pacientes não relacionados, portadores de CH com diagnóstico molecular prévio para os 3 genes mais associados (19 positivas e 72 negativas) foram utilizadas juntamente com uma amostra referência do HapMap (NA12878) na validação de um pipeline proposto para a identificação de alterações genéticas em um painel com 74 genes associados à cardiomiopatias hereditárias, utilizando a plataforma Ion Torrent PGM. A etapa de chamada de variantes foi testada em dois limiares diferentes de cobertura de sequenciamento (30x e 10x) e três limiares de frequência de alelo variante (35%, 25% e 20%). A amostra NA12878 foi utilizada na aferição de valores de reprodutibilidade intra e inter-ensaio. As amostras da casuística de CH com diagnóstico molecular prévio negativo foram utilizadas na análise de ganho diagnóstico. Eram consideradas alterações potencialmente patogênicas aquelas que apresentassem associação prévia com CH ou classificação deletéria em dois de três algoritmos de predição de impacto funcional (PROVEAN, SIFT, PolyPhen2) e MAF<0,01, se disponível. Resultados: A plataforma de sequenciamento utilizada apresentou desempenho aceitável, gerando em média 165,9 ±13,1 Mb, com um valor médio de 146,9 ± 11,54 Mb acima de PhredQ>=20, por amostra. O valor médio de cobertura de sequenciamento por amostra foi de 250 ± 23,94x, com 95,2% das regiões alvo cobertas pelo menos 10x. A sensibilidade máxima observada para SNVs foi de 96,7% enquanto que para InDels foi 28,5%. Os valores de reprodutibilidade inter e intra-ensaio de 89,5% e 87,3%, respectivamente. Das 72 amostras negativas, 35 puderam ser reclassificadas como positivas, sendo que os dois genes com mais ocorrências de alterações genéticas foram FLNC e TRIM63, ambos já relacionados com CH. Vinte e duas amostras foram reclassificadas como inconclusivas e 15 permaneceram negativas. O ganho diagnóstico foi de 21,5%. Conclusões: A plataforma Ion Torrent PGM apresenta potencial no sequenciamento de genes relacionados à cardiomiopatias hereditárias e o pipeline validado mostrou valores analíticos praticáveis em uma rotina diagnóstica. A utilização do painel genético ampliado se mostrou viável na detecção de alterações genéticas, propiciando uma boa margem de ganho diagnóstico em comparação com o sequenciamento apenas dos três genes mais associados à CH / Introduction: Hypertrophic cardiomyopathy (HCM) is a primary cardiac disease, mainly characterized by unexplained left ventricle hypertrophy, in the absence of dilatation, usually asymmetric and predominantly septal. The estimated prevalence is 1:500 individuals in the general population, corresponding for 0.5% of all cardiac diseases. Up to now, more than 1400 mutations are associated with HCM in 20 genes related with sarcomeric myofibrils, Z-disc and calcium homeostasis, wherein the 3 most associated genes are MYH7, MYBPC3 and TNNT2, accounting for 50% of cases with positive molecular diagnostics in Brazil. Thus, the advent of new high throughput DNA sequencing technologies promise to revolutionize the use of molecular diagnostics, turning the identification of genetic mutations in a fast and cheap practice, increasing the cost-effectiveness of diagnostic and treatment of patients and families with HCM. Materials and Methods: Ninety one samples from an HCM casuistic of unrelated individuals with previous molecular diagnostics for the three most HCM-associated genes (19 positives and 72 negatives) were processed along with a reference HapMap sample (NA12878) in the validation process of a pipeline proposed for the detection of genetic alterations in a genetic panel composed of 74 genes associated with inherited cardiomyopathies, using Ion Torrent PGM platform. The variant call step was tested for two cutoffs of sequencing coverage (30x and 10x) and three cutoffs of variant allele frequency (35%, 25% and 20%). The sample NA12878 was used in the assessment of intra and inter-assay reproducibility. Negative samples from the HCM casuistic were used in the assessment of diagnostic yield. Variants were considered potentially pathogenic if previously described as associated with HCM or if presenting a deleterious score in at least two of three impact prediction algorithms tested (PROVEAN, SIFT and PolyPhen-2) and MAF < 0.01, if available. Results: The chosen next-generation sequencing platform presented an acceptable performance, with a mean throughput of 165,9 ±13,1 Mb, with a mean value of 146,9 ± 11,54 Mb above PhredQ >= 20. Mean sequencing coverage was 250 ± 23,94x, wherein 95.2% of target bases were covered at least 10x. Maximum achieved sensitivity for SNVs was 96.7% while for InDels was 28.5%. Both values of inter and intra-assay reproducibility were 89.5% and 87.3%, respectively. Of all 72 negative samples, 35 were reclassified as positive with the two most frequently mutated genes being FLNC and TRIM63, both already associated with HCM. Twenty two samples were reclassified as inconclusive and 15 remained negatives. Diagnostic yield was 21.5%. Conclusions: Ion Torrent PGM platform presented a feasible potential for the sequencing of inherited cardiomyopathies-associated genes and the designed pipeline presented reliable analytical values for diagnostic use. The expanded panel proved to be a good strategy for the detection of genetic alteration providing a good value of diagnostic yield in comparison with the sequencing of the three most HCM-associated genes alone

INTRODUÇÃO: Na última década surgiu uma nova técnica, o sequenciamento de nova geração, que, contrário ao método tradicional de Sanger, permite o sequenciamento em paralelo e em larga escala de múltiplos genes, ou até mesmo todos os genes humanos, a menor custo e com uma análise mais acelerada. Essa técnica possibilitou a descoberta de novos genes responsáveis por diversas doenças mendelianas, sendo rapidamente incorporada no contexto clínico. OBJETIVOS: comparar os resultados das técnicas de Sanger e sequenciamento de nova geração em amostras controle; introduzir a técnica de sequenciamento de nova geração no contexto clínico nas casuísticas de doenças ósseas genéticas e RASopatias; avaliar a sensibilidade diagnóstica desta técnica em amostras sem dados clínicos fornecidos. MÉTODOS: o sequenciamento de nova geração (sob a forma de um painel de genes customizado ou do exoma) foi realizado em amostras com mutações identificadas previamente por Sanger e em dois grupos de doenças mendelianas, 144 pacientes com doenças ósseas e 79 com RASopatias, além de 90 amostras sem dados clínicos conhecidos (45 casos e 45 controles). A técnica de Sanger foi aplicada em 29 amostras de doenças ósseas e em 81 amostras para confirmação de variantes identificadas pelo sequenciamento de nova geração. RESULTADOS: A sensibilidade da técnica de sequenciamento de nova geração foi estimada em 95,92% e a especificidade em 98,77%. Na casuística de doenças ósseas, a sensibilidade diagnóstica das amostras sequenciadas por Sanger foi de 69% (20/29), por painel customizado, 60% (75/125) e por exoma, 63% (12/19). Na casuística de RASopatias, a sensibilidade diagnóstica através do exoma foi de 46% (36/79). Como resultado deste trabalho, dois genes novos associados a RASopatias (LZTR1 e SOS2) e um associado a uma displasia esquelética (PCYT1A) foram identificados. Na análise das amostras sem conhecimento prévio da hipótese clínica foi obtida uma sensibilidade diagnóstica de 46,67% (21/45), mas que chegou a 73,08% (14/26) para as hipóteses de erros inatos do metabolismo. CONCLUSÕES: Foi demonstrado que a sensibilidade e a especificidade da técnica do sequenciamento de nova geração são altas e correspondentes a valores encontrados por outros grupos na literatura. Essa técnica foi considerada apropriada não apenas no contexto de pesquisa, demonstrado aqui pela descoberta de três novos genes associados a doenças mendelianas, como também para análises clínicas. Neste estudo a técnica foi aplicada com sucesso no contexto clínico, seja pelo painel customizado, seja pelo exoma, com uma positividade semelhante à encontrada pela técnica de Sanger. Mesmo na análise de amostras sem história clínica prévia foi possível identificar variantes patogênicas em quase metade dos casos, e numa porcentagem ainda maior quando a doença era um erro inato do metabolismo. Essa sensibilidade é comparável à obtida pela espectroscopia de massas em Tandem aplicada à triagem de múltiplas condições simultaneamente, o que sugere que a técnica do sequenciamento de nova geração poderá ser incorporada ao programa de triagem neonatal no futuro, ampliando o emprego de testes genéticos em complementaridade aos testes bioquímicos tradicionais / INTRODUCTION: In the last decade a new technique, the next generation sequencing, has emerged, which, contrary to the traditional Sanger method, performs parallel and high-throughput sequencing of multiple genes, or even all human genes, at a lower cost and with a faster analysis. This technique allowed the discovery of new genes responsible for several Mendelian diseases and has been quickly incorporated into the clinical context. OBJECTIVES: to compare the results of Sanger technique and next generation sequencing in control samples; to apply the next generation sequencing technique in the clinical practice to the cases of genetic skeletal disorders and RASopathies; to evaluate the diagnostic yield of this technique in samples without clinical data provided. METHODS: Next generation sequencing (in the form of a customized gene panel or exome) was performed in samples with mutations previously identified by Sanger sequencing and in two groups of Mendelian diseases, 144 patients with skeletal disorders and 79 patients with RASopathies, besides 90 samples with unknown clinical data (45 cases and 45 controls). The Sanger technique was applied in 29 samples of skeletal disorders and in 81 samples for confirmation of variants identified by next generation sequencing. RESULTS: The sensitivity of the next generation sequencing technique was estimated at 95.92% and the specificity at 98.77%. In the case of skeletal disorders, the diagnostic yield of the samples sequenced by Sanger was 69% (20/29), by customized panel, 60% (75/125), and by exome, 63% (12/19). In the individuals with RASopathies, the diagnostic yield through exome sequencing was 46% (36/79). As a result of this study, two new genes associated with RASopathies (LZTR1 and SOS2) and one associated with a skeletal dysplasia (PCYT1A) were identified. In the analysis of the samples without previous knowledge of the clinical hypothesis, a total diagnostic yield of 46.67% (21/45) was obtained, but it was up to 73.08% (14/26) in the group with hypothesis of inborn errors of metabolism. CONCLUSIONS: It was demonstrated that the sensitivity and specificity of the next generation sequencing technique are high and are similar to values found by other groups in the literature. The technique was considered appropriate not only for research, as demonstrated here by the identification of three new genes associated to Mendelian diseases, but also for clinical analysis. In this study the technique was successfully applied in the clinical context, both by customized panel and by exome, with positivity similar to that obtained by the Sanger technique. Even in the analysis of samples with no previous clinical history, it was possible to identify pathogenic variants in almost half of the cases, and an even greater percentage was obtained when the disease was an inborn error of metabolism. This sensitivity is comparable to that obtained by Tandem mass spectroscopy applied to multi-condition screening, suggesting that the next generation sequencing technique may be incorporated in the future into the neonatal screening program, increasing the use of genetic testing in complementarity to the biochemical tests