Orientador: João Antonio da Costa Andrade / Resumo: Populações braquíticas têm sido constantemente estudadas no melhoramento de milho, o interesse por cultivares de porte baixo tem aumentado, principalmente por tolerarem plantios adensados, permitindo maior número de plantas por hectare. A prolificidade é um dos principais componentes na produção do milho que além da estabilidade de produção permite maior eficiência na utilização de nutrientes na planta. O objetivo deste trabalho foi verificar a variabilidade genética, para diferentes caracteres, presente nas populações Isanão VF-1 e Isanão VD-1 após sete ciclos de seleção massal para prolificidade. Foram avaliadas 121 progênies de meios irmãos da população Isanão VF-1 e 65 progênies da população Isanão VD-1, ambas populações de milho braquítico, na segunda safra do ano agrícola 2017 (E1) e primeira safra 2017/2018 (E2). Os caracteres avaliados para as duas épocas de semeadura foram enfezamento, tombamento, prolificidade e rendimento de espigas, e apenas para a E2 foram avaliados florescimento feminino, altura de plantas, altura de espigas e rendimento de grãos. Foram estimados parâmetros genéticos e os ganhos esperados com seleção com intensidade de seleção de 20%, para cada época e conjuntamente. Para a população Isanão VF-1 foram estimadas herdabilidades que variaram entre 37,70% e 74,82%, e ganhos de -5,11%, -10,48% para enfezamento, 19,57% e 7,13% para prolificidade, 20,75% e 15,74% para rendimento de espigas na E1 e E2 respectivamente. Para a população Isanão VD-1 as her... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Maize brachytic populations have been constantly studied in maize breeding, the interest for low-growing cultivars has increased, mainly because they tolerate high density of plants. Prolificacy is one of the main components of yield in maize that besides the yield stability allows higher efficiency in the use of nutrients in the plant. The objective of this work was to verify the genetic variability for different carachteres in the Isanão VF-1 and Isanão VD-1 brachytic populations after seven cycles of mass selection for prolificacy. A total of 121 open cross corn progenies from the Isanão VF-1 population and 65 open cross corn progenies from the Isanão VD-1 population, both brachytic maize populations, were evaluated in first crop 2017 (E1) and second crop 2017/2018 (E2). The evaluated traits for the two seasons were corn stunt complex, fall index, prolificacy and ear yield, and only for E2 were evaluated feminine flowering, plant height, ear height and grain yield. Genetic parameters and expected gains with selection, with 20% of intensity, were calculated for each season and jointly. For the Isanão VF-1 population, heritabilities were estimated from 37.70% to 74.82%, and expected gains of -5.11%, -10.48% for corn stunt complex, 19.57% and 7.13% for prolificacy, 20.75% and 15.74% for ear yield at E1 and E2 respectively. For the Isanão VD-1 population the heritabilities varied between 8.01% and 75.36%, and estimated gains were -3.198% and -9.565% for corn stunt complex, 12.... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2015-07-22T20:50:33Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-01-28. Added 1 bitstream(s) on 2015-08-11T03:26:00Z : No. of bitstreams: 1 Publico-119.pdf: 1451822 bytes, checksum: feaf2803cde522b94132a62f8fde6def (MD5) / Introdução: A identificação de 42 formas recombinantes circulantes (CRF) de HIV-1, juntamente com suas inúmeras formas recombinantes únicas, evidencia ainda mais o papel da recombinação gênica para esta epidemia. No Brasil, os subtipos B, F e C co-circulam, sendo que cinco CRF entre eles foram recém descobertas. A PCR em tempo real é uma ferramenta rápida, confiável e capaz de detectar diferentes subtipos de HIV-1 e suas formas recombinantes. Objetivo: O objetivo deste trabalho foi desenvolver sistemas de PCR em tempo real capazes de detectar vírus dos subtipos B e F, bem como recombinantes B/F gerados por ensaios de competição in vitro, e, assim, obter uma ferramenta para triagem das CRF brasileiras, 28 e 29, também recombinantes B/F. No futuro, estes sistemas serão testados para discriminação de subtipos de amostras clínicas. Metodologia: Células MT-4 foram infectadas separadamente pelos isolados virais BZ167 (subtipo B) e BR020 (subtipo F), e o sobrenadante foi coletado para otimização dos sistemas de PCR em tempo real (TaqMan®) desenvolvidos para detectar o subtipo de diferentes regiões genômicas, incluindo o gene pol (protease, transcriptase reversa, integrase) e o gene env (gp120 e gp41). Os primers desenhados deveriam amplificar igualmente o subtipo B e F; por outro lado, foram necessárias sondas subtipo-específicas capazes de detectar o subtipo presente no sobrenadante da cultura. As células MT-4 também foram co-infectadas por ambos os isolados, B e F, em iguais condições, para averiguação da possível geração de recombinantes. Para futura validação do uso destes sistemas em amostras clínicas, 157 amostras provenientes do Município de Santos, submetidas à genotipagem, foram seqüenciadas e subtipadas para as cinco regiões genômicas estudadas, utilizando o pacote Philip 3.5, sendo Neighbor-Joining o algoritmo de escolha. Resultados: Os sistemas desenvolvidos apresentaram-se capazes de detectar especificamente os isolados virais. A eficiência estimada para cada sistema, sendo um cálculo para a sonda do subtipo B e outro para F foram de, respectivamente: 80,97 e 85,16% para a região da protease; 89,80 e 75,09% para a região da transcriptase reversa; 80,90 e 83,83% para a região da integrase; 93,49 e 98,93% para a região da gp120; e 88,45 e 80,19% para a região da gp41. Nos ensaios de co-cultivo, a detecção de cada subtipo na primeira e na quinta passagem aconteceu de forma diferente, com variações na média dos valores de Cycle threshold (Ct) de intensidades diferentes. De uma forma geral, a concentração inicial do subtipo B pareceu diminuir, chegando a ficar indetectável em algumas regiões, enquanto do subtipo F pareceu aumentar ao longo das passagens para todas as regiões amplificadas (protease, transcriptase reversa, gp120 e gp41). A exceção foi a região da integrase, para qual foi detectado sinal somente para o subtipo B, sendo este sinal crescente ao longo do tempo. Do seqüenciamento e subtipagem das 157 amostras provenientes da cidade de Santos, foram obtidas seqüências de todas as regiões estudadas para 71 amostras. Destas, 43 foram subtipadas como B em todas as regiões, e somente três como F. De acordo com o padrão de distribuição de subtipos para as regiões, foram encontradas 12 seqüências com o padrão da CRF_28 e 9 no padrão da CRF_29. Nenhum subtipo C foi encontrado em nenhuma das regiões em estudo. Conclusão: O uso da técnica de PCR em tempo real para identificação de subtipos de fragmentos em cultura celular e para avaliação da dinâmica replicativa da recombinação em culturas co-infectadas reforça seu potencial uso em futuros testes in vivo para identificação de estruturas recombinantes. Esta metodologia mostrou ser eficiente, de mais fácil manipulação e mais econômica que o seqüenciamento de DNA. Os ensaios de co-cultivo amplificados pelos sistemas desenvolvidos sugeriram uma distribuição divergente nos subtipos resultantes para as diferentes regiões, sendo um grande indicativo de recombinação. O seqüenciamento das amostras clínicas evidenciou a importância das CRF em estudo, devido sua notável presença na amostragem utilizada, sendo um reflexo da epidemia de um local de grande circulação de mais de um subtipo. / Background: The discovery of 42 HIV-1 circulating recombinant forms (CRF) together with the innumerous unique HIV recombinants forms, makes clear the role of genetic recombination for the epidemic. In Brazil, clades B, F, and C co-circulate, with 5 recently described CRFs. Real Time PCR is a rapid and reliable tool capable of detecting different HIV-1 subtypes and recombinant profiles. Objective: The aim of this study was to develop real time PCR systems in order to detect the Brazilian CRF_28 and CRF_29, which are B/F recombinants, as well as detect B/F recombinants generated by in vitro competition assays. In future, these systems should be able to discriminate subtypes in clinical surveys. Methodology: MT-4 cells were separately infected with the viral strains BZ167 (subtype B) and BR020 (subtype F), and supernatant was collected in order to optimizing the real time PCR systems (TaqMan®) developed to detect the subtype profile of different genomic regions, including pol gene (protease, reverse transcriptase, integrase) and env gene (gp120 and gp41). The designed primers should be able to equally amplify the subtype B and F, which should be discriminated by subtype-specific probes. For future validation of these PCR systems, 157 clinical samples from the city of Santos were sequenced and phylogeneticaly analyzed in order to perform the clade assignment with Neighbor-Joining algorithm (Phylip software package v3.5). Results: The designed systems were able to differentiate the utilized viral strains. The estimated efficiencies for each system, for each probe, subtypes B and F separately, were respectively: 80,97 and 85,16% for protease region; 89,80 and 75,09% for reverse transcriptase region; 80,90% and 83,83% for integrase region; 93,49 and 98,93% for gp120 region; and 88,45 and 80,19% for gp41 region. For the co-infected cell culture, the detection of each subtype was performed in the first and fifth passages. Generally, the initial concentration of subtype B appeared to have decreased, some of them becoming undetectable, whereas subtype F seemed to increase with the passages, for protease, reverse transcriptase, gp120 and gp41 regions. The integrase region was an exception, since only the subtype B was detected, with increasing Cycle threshold (Ct) values over time. Sequencing results revealed that 65 out of 157 samples had the subtype profile defined for all regions. 43 out of 71 were defined as B, whereas 3 were F in all regions. 12 samples presented the CRF_28 profile, and 9 samples presented the CRF_29 profile. There were no subtype C samples in any genomic regions analyzed. Conclusion: The use of real time PCR technique for identification of fragments’ subtypes in cell culture and for evaluation of replicative dynamics of recombination in co-infected cultures warrants its potential use in future in vivo surveys. This methodology proved to be efficient, fast, less cumbersome and less expensive than DNA sequencing. The newly designed systems performed for supernatant of competition assays had suggested a divergent distribution of subtypes for the different regions, which reflects the possibility of genetic recombination. Results from clinical samples revealed a high prevalence of CRF_28/29 in this geographic region, thus reflecting the resulting consequence of different co-circulating strains and pointing to the need for a careful surveillance. / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1405747 bytes, checksum: c75e615e150ddd0e86f3240d84082166 (MD5) Previous issue date: 2009-07-17 / The aim was to determine the genetic parameters of progeny tests in Eucalyptus grandis Hill Maiden with 3 years old under competicional effect, as well as to study the genotype x environment interaction and its impact on strategies for direct and indirect selection and analyze different selection strategies like selection among and within, mass, stratified mass selection and combined selection in three different locations of the Company Jari Celulose S/A. The experimental design was a randomized block with 93 half-sib progenies, 10 replications, linear plots of five plants and spacing of 3m x 2m. The evaluated characteristics were height (ALT), in meters, diameter at breast height (DBH) in cm and the volume (VOL) in m3. It were estimated selection gains with a percentage of 20% between half-sib and 40% within, the same being maintained for all selection strategies analyzed. It was detected high plants mortality in the experiments, which interfered with the accuracy of the experiments. The progeny tests showed genetic variability, with greater variability within plots. It was also detected competicional effect observed by the negative intraclass correlation among plants within plots. Its existence interfered in the estimates of phenotypic variance within plots and environmental variance. In the interaction study were found significant effects for genotypes and also for the genotype x environment interaction, showing variability among progenies and differential behavior along these different environments. Regarding to the analised places, local 2 and 3 showed no significant interaction. The site has major direct gain and maximized the gain for the other two locals was the local 2. To analyze the selection gain with different strategies such as selection among and within, mass selection, stratified mass selection and combined selection, the analysis were done only with DAP, because of its high correlation with other variables. The combined selection strategy showed superior results to the selection processes among and within, mass and stratified with percentages estimates ranging from 6.67% to 18.67%. / O objetivo deste trabalho foi a determinação dos parâmetros genéticos de testes de progênies de Eucalyptus grandis Hill Maiden com 3 anos de idade sob efeito competicional, assim como estudar a interação genótipo x ambiente e seus reflexos nas estratégias de seleção direta e indireta e analisar diferentes estratégias de seleção como seleção entre e dentro, massal, massal estratificada e seleção combinada, em três diferentes locais da empresa Jari Celulose S/A. O delineamento experimental utilizado foi de blocos casualizados, com 93 progênies de meios irmãos, 10 repetiçõe, parcelas lineares de 5 plantas e espaçamento de 3m x 2 m. As características avaliadas foram a altura (ALT), em metros, diâmetro à altura do peito (DAP), em cm e o volume (VOL), em m3. Foram estimados os ganhos de seleção com uma percentagem de 20% entre e 40% dentro, sendo as mesmas mantidas para todas as estratégias de seleção analisadas. Foi detectado elevada mortalidade das plantas nos experimentos, que interferiu na precisão dos experimentos. Os testes de progênies apresentaram variabilidade genética, sendo maior variabilidade dentro de parcelas, também foi detectado o efeito competicional, observada pela correlação intraclasse negativa entre plantas dentro de parcelas. Sua existência interferiu nas estimativas de variância fenotípicas dentro de parcelas e variância ambiental. No estudo da interação foram detectados efeitos significativos para genótipos e também para a interação genótipo x ambiente, evidenciando variabilidade entre as progênies avaliadas e comportamento diferencial destas ao longo dos diferentes ambientes. Em relação aos locais analisados, os locais 2 e 3 apresentaram interação não significativa. O local que possui maior ganho direto e maximizou o ganho para os demais locais foi o local 2. Para analisar o ganho de seleção com as diferentes estratégias como seleção entre e dentro, seleção massal, massal estratificada e seleção combinada, as análises foram realizadas somente com a variável DAP, devido sua alta correlação com as demais variáveis. A estratégia de seleção combinada apresentou resultados superiores aos processos de seleção entre e dentro, massal e massal estratificada, com estimativas em percentuais variando de 6,67% a 18,67%.

Orientador: João Antonio da Costa Andrade / Banca: Paulo Bahiense Ferraz Filho / Banca: Cristina Lacerda Soares Petrarolha Silva / Resumo: Técnicas como a redução do espaçamento entre linhas, permitindo um melhor arranjo das plantas no campo, juntamente com o aumento da densidade de semeadura, podem ser empregadas para aumentar a interceptação da radiação solar, visando o aumento do rendimento para cultivares de milho. O objetivo deste trabalho foi quantificar a variação genética do Composto Flintisa Anão de milho, verificando se o mesmo apresenta potencial para melhoramento em condições de espaçamento reduzido e alta densidade populacional, em duas épocas de semeadura (normal e safrinha). Foram avaliadas, 150 progênies na safrinha/2004 e 118 na época normal (safra 2004/05), no espaçamento de 0,45 m entre linhas e densidade de 80.000 plantas ha-1, para os caracteres florescimento feminino, altura de plantas, altura de espigas, tombamento, prolificidade, grãos ardidos, rendimento. Variância genética aditiva, herdabilidade, correlação entre os caracteres, resposta correlacionada de um caráter mediante a seleção em outro e ganho esperado com seleção foram estimados para cada época e conjuntamente, considerando as progênies comuns nos dois ambientes. As herdabilidades estimadas foram 84,91 e 61,27% para altura de plantas, 80,90 e 66,86% para altura de espigas, 39,59 e 48,60% para tombamento, 60,12 e 45,01% para prolificidade e 78,07 e 63,32% para rendimento, respectivamente para época normal e safrinha. Os ganhos esperados com seleção de intensidade 20% foram 23,78 e 19,2% para rendimento, 12,36 e 10,5% para prolificidade e 19,10 e 12,9% para altura de espigas, respectivamente para época normal e safrinha. Considerando a análise conjunta, as herdabilidades e ganhos foram intermediários entre as duas épocas. As magnitudes dos parâmetros genéticos permitiram verificar que existe suficiente variabilidade genética no Composto Flintisa Anão, indicando a possibilidade de ganhos substanciais...(Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Techniques as spacing row reduction, allowing a better plant arrangement in the field, together with the increase of the sowing density, can be used to increase the interception of the solar radiation, seeking the increase of the grain yield for some maize cultivars. The objective of this work was to quantify the genetic variation of the Dwarf Flintisa Composite of maize, to verify its potential for improvement in reduced spacing between rows and high density of plants in two seasons (summer planting and no crop season). There were evaluated 150 progenies in no crop season (March to July/2004) and 118 progenies in summer planting (November/2004 to March/2005), in 0.45 m spacing rows and density of 80000 plants ha-1, for the traits feminine flowering, plant height, ear height, fall index, prolificacy, burning grains and grain yield. Addictive genetic variance, heritability correlation between traits, correlated answer of a trait by selection in other and expected gain selection, were estimated for each season and jointly. The heritability estimates were 84,91 e 61,27% for plant height, 80,90 e 66,86% for year height, 60.12 e 45.01% for prolificacy e 78.07 e 63.32% for grain yield, respectively to summer planting and no crop season. The expected gain with selection of 20% intensity were 23.78 and 19.2% for grain yield, 12.36 and 10.5% for prolificacy and 19.10 and 12.9% for ear height, respectively for summer crop and no crop season. In the joint analyses the heritabilities and expected gains were intermediate between two crop season. The genetics parameters magnitude showed that enough genetic variability in Dwarf Flintisa Composite indicating the possibility of substantial gain with selection in conditions of high density and reducing spacing between rows in summer crop and no crop season, and too to obtain a unique adapted population for both...(Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:29:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2005-07-29Bitstream added on 2014-06-13T18:39:44Z : No. of bitstreams: 1 garcia_fq_me_ilha.pdf: 402195 bytes, checksum: 891e0de8ce83ee54cd2757950f8ec5f3 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Técnicas como a redução do espaçamento entre linhas, permitindo um melhor arranjo das plantas no campo, juntamente com o aumento da densidade de semeadura, podem ser empregadas para aumentar a interceptação da radiação solar, visando o aumento do rendimento para cultivares de milho. O objetivo deste trabalho foi quantificar a variação genética do Composto Flintisa Anão de milho, verificando se o mesmo apresenta potencial para melhoramento em condições de espaçamento reduzido e alta densidade populacional, em duas épocas de semeadura (normal e safrinha). Foram avaliadas, 150 progênies na safrinha/2004 e 118 na época normal (safra 2004/05), no espaçamento de 0,45 m entre linhas e densidade de 80.000 plantas ha-1, para os caracteres florescimento feminino, altura de plantas, altura de espigas, tombamento, prolificidade, grãos ardidos, rendimento. Variância genética aditiva, herdabilidade, correlação entre os caracteres, resposta correlacionada de um caráter mediante a seleção em outro e ganho esperado com seleção foram estimados para cada época e conjuntamente, considerando as progênies comuns nos dois ambientes. As herdabilidades estimadas foram 84,91 e 61,27% para altura de plantas, 80,90 e 66,86% para altura de espigas, 39,59 e 48,60% para tombamento, 60,12 e 45,01% para prolificidade e 78,07 e 63,32% para rendimento, respectivamente para época normal e safrinha. Os ganhos esperados com seleção de intensidade 20% foram 23,78 e 19,2% para rendimento, 12,36 e 10,5% para prolificidade e 19,10 e 12,9% para altura de espigas, respectivamente para época normal e safrinha. Considerando a análise conjunta, as herdabilidades e ganhos foram intermediários entre as duas épocas. As magnitudes dos parâmetros genéticos permitiram verificar que existe suficiente variabilidade genética no Composto Flintisa Anão, indicando a possibilidade de ganhos substanciais... / Techniques as spacing row reduction, allowing a better plant arrangement in the field, together with the increase of the sowing density, can be used to increase the interception of the solar radiation, seeking the increase of the grain yield for some maize cultivars. The objective of this work was to quantify the genetic variation of the Dwarf Flintisa Composite of maize, to verify its potential for improvement in reduced spacing between rows and high density of plants in two seasons (summer planting and no crop season). There were evaluated 150 progenies in no crop season (March to July/2004) and 118 progenies in summer planting (November/2004 to March/2005), in 0.45 m spacing rows and density of 80000 plants ha-1, for the traits feminine flowering, plant height, ear height, fall index, prolificacy, burning grains and grain yield. Addictive genetic variance, heritability correlation between traits, correlated answer of a trait by selection in other and expected gain selection, were estimated for each season and jointly. The heritability estimates were 84,91 e 61,27% for plant height, 80,90 e 66,86% for year height, 60.12 e 45.01% for prolificacy e 78.07 e 63.32% for grain yield, respectively to summer planting and no crop season. The expected gain with selection of 20% intensity were 23.78 and 19.2% for grain yield, 12.36 and 10.5% for prolificacy and 19.10 and 12.9% for ear height, respectively for summer crop and no crop season. In the joint analyses the heritabilities and expected gains were intermediate between two crop season. The genetics parameters magnitude showed that enough genetic variability in Dwarf Flintisa Composite indicating the possibility of substantial gain with selection in conditions of high density and reducing spacing between rows in summer crop and no crop season, and too to obtain a unique adapted population for both...(Complete abstract click electronic access below)

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2015-10-14T22:00:35Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Poliana Regina Carloni Di Prado - 2013.pdf: 1121268 bytes, checksum: de6b8400cf11e9a39e0a3bb61045e84e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-10-16T10:53:58Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Poliana Regina Carloni Di Prado - 2013.pdf: 1121268 bytes, checksum: de6b8400cf11e9a39e0a3bb61045e84e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-10-16T10:53:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Poliana Regina Carloni Di Prado - 2013.pdf: 1121268 bytes, checksum: de6b8400cf11e9a39e0a3bb61045e84e (MD5) Previous issue date: 2013-03-13 / The consumption of pepper genus Capsicum is in increasing demand worldwide. However few works have been conducted aiming their utilization in plant breeding research as well as in preserving their genetic patrimonium. The objectives of this work were to estimate the genetic parameters of a pimenta de bode (Capsicum chinense Jacq) population from the Southwest of Goiás as well as to assess gains from selection carried out in that population based on six selection criteria. Twenty seven genotypes and three commercial controls were used and the experiment arranged in a completely randomized bloc design with three replicates and four plants per plot spaced by 1.2 X 0.8 m. The estimated parameters were: genetic variance σ²g, environmental variance σ²e, phenotypic variance σ²g; genetic variance coefficient CVg%, the ratio between the genetic coefficient of variance and the environmental ratio CVg/CVe, and the heritability in broad sense term h2. The criteria used from gains selection were: selection I – shortening the flowering period; II - increase harvested fruit weight in the first harvest; III – increase fruit production; IV – increase 10 fruit weight; V – reduce 10 fruit weight; VI –shorten ripening period The CVg% was above 10% for the majority of the traits tested as well as the CVg/CVe , above 1, indicating the predominance of the genetic traits in relation to the environmental factors; being these traits considered ideal for use in genetic breeding programs. Heritability in broad sense (h2) varied from 54.27 to 99.66%. The selection criteria used presenting gains from selection were I, III, IV and VI, with 10.30, 69.59, 181 and 1.31 % respectively of gains obtained for the selected trait. / O consumo de pimentas, do gênero Capsicum, possui uma crescente demanda em nível mundial. Por outro lado, poucos trabalhos têm sido realizados com a finalidade de preservar o patrimônio genético dessas espécies e também utilização deste em programas de melhoramento genético. Os objetivos deste trabalho foram estimar os parâmetros genéticos de uma população de pimenta de bode (Capsicum chinense Jacq) do sudoeste goiano e os ganhos de seleção realizados nessa população baseados em seis critérios de seleção. Foram utilzados 27 genótipos e 3 testemunhas comerciais, o experimento foi conduzido em blocos casualizados, com três repetições, quatro plantas por parcela e espaçamento de 1.2x0.8m. Os parâmetros estimados foram variâncias genética σ²g, ambiental σ²e, fenotípica σ²f, o coeficiente de variação genético CVg%, a razão entre o coeficiente de variação genético e o ambiental CVg/CVe e a herdabilidade em sentido amplo h2. Os critérios utilizados foram; seleção I: reduzir os dias para florescimento, II: aumentar o peso na primeira colheita, III: aumentar a produção de frutos, IV: aumentar o peso de 10 frutos, V: reduzir o peso de 10 frutos e VI: reduzir os dias para maturação. O CVg% foi acima de 10% para a maioria das características, o CVg/CVe foi acima de 1 para a maioria das características indicando que os fatores genéticos são predominantes em relação aos ambientais. A h2 variou de 54.27 à 99.66%. Os critérios de seleção utilizados que apresentaram ganhos de seleção foram I, III, IV, VI com 10.30, 69.59, 181, 1.31% respectivamente de ganho realizado para característica selecionada.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:18Z (GMT). No. of bitstreams: 1 luciana souza.pdf: 2156793 bytes, checksum: 19352acd3ad9939f0fec6a10c1663bcd (MD5) Previous issue date: 2010-09-29 / The grass pasture degradation is one of most serious problems to animal production in Amazonia. Weeds occur on pastures and cause some problems, livestock poisoning is a serious problem. Specially in the north states of Brazil when toxic plants cause large deaths on cattle and the large amount of this deaths is caused by Arrabidaea bilabiata in river Amazonas floodplains. Otherwise weeds are potential source of secondary metabolites and another compound with biotechnological potential. Some weeds of Arrabidaea are studied for your medicinal, antifungal and toxic activities. A. bilabiata extracts were assayed for in vitro activity against Escherichia coli, Klebsiella pneumonae, Pseudomonas aeruginosa, Staphylococcus aureus, Bacillus sp. and Candida albicans. All microbial strains were found to be resistant to the extracts with the exception of C. albicans, suggesting a possible antifungal activity. The main goal of this work was to evaluate the genetic variation between A. bilabiata from Autazes, Itacoatiara and Parintins (AM) and evaluate in vitro antifungal activity of A. bilabiata aquous and alcoholic extracts on BDA. The four combinations of AFLP markers used yielded 309 bands in 65 analyzed plants, with most (98.5%) being polymorphic, indicating a large level of genetic diversity. The minimum and maximum number of bands per primer was respectively, 59 and 85 bands and the minimum and maximum similarity coefficient was 14,28% and 88,50%. The lower similarity coefficient was chosen between Autazes and Itacoatiara and Parintins plants (14,28% to 17,08%). The greatest genetic variability in Autazes, Itacoatiara and Parintins A. bilabiata plants occurred between those places. The UPGMA dendrogram indicate two isolated groups the first one with Autazes plants and the second one with Itacoatiara and Parintins plants together. The results of this study indicate that AFLP markers were efficient in measuring the genetic variability amongst A. bilabiata plants and suggest the existence of low reproductive propagation tax and low seed dispersion efficiency. More studies about reproductive biology and seeds dispersion of this specie is valuable to help explain how this specie evolved and create diversification. More studies which large populations can improve more information about which factors contribute to genetic variation in A. bilabiata. The aquous extract of A. bilabiata don t show antifungal effect against C. cassicola; in S. rolfsii it reduces in 50% this fungus species growth on 40% concentration. In C. casiicola the aquous extract reduce in 20% and 40% concentration, 62% and 70% esporulation, respectively. The alcoholic extracts don t show antifungal effect against evaluated fungus. The C. casiicola esporulation reduction suggests the aquous extracts potential in biologic control. For S. rolfsii we don t indicate A. bilabiata extract because it has stimulated effects on this fungus sclerodium production. / A degradação das pastagens é um dos maiores problemas da pecuária, principalmente na Amazônia devido à baixa tecnologia adotada em pequenas propriedades. Em pastagens degradadas ou não, é comum a ocorrência de plantas daninhas, algumas das quais podem ser tóxicas e danosas aos animais. Na região Norte as plantas tóxicas são responsáveis pela maioria das mortes de bovinos adultos, e grande parte destas mortes é causada por Arrabidaea bilabiata nas várzeas do rio Amazonas e seus afluentes. Os estudos atualmente conduzidos sobre A. bilabiata avaliam principalmente as doses letais e os sintomas de intoxicação em diferentes espécies animais como coelhos, búfalos e bovinos, necessitando estudos mais acurados sobre possíveis diferenças genéticas entre populações geograficamente isoladas, auxiliando no combate às intoxicações e descoberta de possíveis compostos químicos com potencial biotecnológico. O objetivo geral deste trabalho foi estudar a variabilidade genética entre plantas de A. bilabiata dos municípios de Autazes, Itacoatiara e Parintins e avaliar o potencial de extratos aquosos e alcoólicos e de A. bilabiata no controle de fungos fitopatogênicos in vitro. Nos 65 indivíduos analisados por marcadores AFLP, encontrou-se um coeficiente médio de similaridade de 51,39%, com amplitude de 14,28% a 88,50%. As bandas amplificadas pelas quatro combinações de primers variaram de 59 a 85 com uma média de 76 bandas polimórficas, foram amplificadas um total de 309 bandas com uma porcentagem de 98,5% de polimorfismo. As maiores similaridades estão entre indivíduos das mesmas áreas de coleta e variaram de 78,52% a 88,50%. Os menores coeficientes de similaridade encontrados estão entre os indivíduos dos municípios de Autazes e os indivíduos dos municípios de Itacoatiara e Parintins e variaram de 14,28% a 17,08%. Os resultados encontrados neste trabalho podem sugerir que as plantas de A. bilabiata possam ter tido uma origem comum há muito tempo atrás, e que com o passar do tempo foram sofrendo seleção, deriva, isolamento geográfico e mutações que as estruturaram em subpopulações. Estudos genéticos em regiões mais amplas, com populações com maior número de indivíduos e com auxílio do estudo da fenologia da espécie e da biologia repodutiva podem auxiliar na compreeensão dos fatores que influenciaram a variação genética existente nos indivíduos analisados. Os marcadores AFLP foram eficientes para caracterizar a variabilidade genética nos 65 indivíduos de A. bilabiata analisados. A maior variabilidade em A. bilabiata para os locais de coleta estudados está entre os locais de coleta. Houve formação de dois grupos isolados, o primeiro grupo formado pelos indivíduos de Autazes e o segundo com os indivíduos de Itacoatiara e Parintins. A existência de maior variabilidade entre as populações e não dentro delas sugere a existência de baixa taxa de propagação reprodutiva e talvez baixa eficiência na dispersão de sementes e polén. O extrato aquoso de A. bilabiata não demonstrou propriedades fungitóxicas no crescimento micelial de C. cassicola mesmo nas concentrações mais elevadas. Para S. rolfsii houve redução do tamanho da colônia da ordem de 50% na concentração de 40% de extrato aquoso de A. bilabiata em relação à testemunha. O extrato aquoso promoveu redução da esporulação de C. casiicola nas concentrações 20 e 40% em 62% e 70 % respectivamente, em relação ao controle. O extrato alcóolico não obteve efeito no crescimento dos fungos testados. A redução de esporulação de C. cassiicola mostra o potencial do extrato aquoso de A. bilabiata como alternativa de controle biológico, por inibir a formação de esporos do fungo, reduzindo desta forma a quantidade de inóculo do patógeno no campo. Com relação ao fungo S. rolfsii, a atividade estimulante na produção de escleródios observada in vitro, não indica o uso do extrato de A. bilabiata em campo, pois os escleródios são estruturas de resistência e sobrevivência do patógeno extremamente eficientes, dificultando o controle da doença. A coleta das plantas de A. bilabiata para a realização dos extratos aquosos e etanólico em diferentes locais impossibilitou atribuir unicamente à menor solubilidade do(s) composto(s) presente(s) no extrato de A. bilabiata a inexistência de atividade antifúngica do extrato etanólico nas concentrações testadas neste trabalho, é necessária a realização de experimentos posteriores para esclarecer este aspecto.

Algodão geneticamente modificado que expressa a toxina Cry1Ac de Bacillus thuringiensis Berliner tem sido plantado no Brasil desde 2006. Entre as pragas-alvo da tecnologia, Alabama argillacea (Hüeb.) é uma espécie monófoga e apresenta alto potencial de risco de evolução da resistência. Para a implantação de um programa de manejo da resistência de A. argillacea à toxina Cry1Ac no Brasil, os principais objetivos do trabalho foram: a) estabelecer a linhas-básicas de suscetibilidade à toxina Cry1Ac em populações de A. argillacea e definir concentrações diagnósticas para o monitoramento da resistência e b) isolar e caracterizar locos microssatélites para avaliar a variabilidade e estruturação genética de populações de A. argillacea no Brasil. As linhas-básicas de suscetibilidade foram estimadas por meio de bioensaio de imersão de discos de folhas em soluções contendo a toxina Cry1Ac para populações de A. argillacea coletadas nos estados da Bahia, Goiás, Mato Grosso e Mato Grosso do Sul, durante as safras agrícolas de 2008 e 2009. Foram isolados e caracterizados dez locos microssatélites. Para avaliar a variabilidade genética foram estimadas as heterozigosidades observadas e esperadas. Para o estudo da estruturação genética foram estimadas as estatísticas F e feita a análise de agrupamento (distância de Nei) e análise Bayesiana. Baseado na estimativa da CL50 foram encontradas variações naturais de até seis vezes na suscetibilidade à toxina Cry1Ac entre as populações testadas. A partir da análise conjunta dos dados de concentração-mortalidade das populações testadas, foram definidas as concentrações diagnósticas de 10 e 32 µg de Cry1Ac/ml de água para futuros programas de monitoramento da resistência. O número médio de alelos por loco foi de 7,1 (variando de dois a 23 alelos). As heterozigosidades observada e esperada médias foram de 0,532 e 0,329. O índice de fixação intrapopulacional médio (f FIS) foi de 0,268, com variação entre os locos de -0,008 a 0,736. O índice de fixação da espécie (FIS) estimado através da análise de variância foi de 0,244 (IC 95% de 0,093 a 0,418). O valor de FST estimado foi de 0,036 (IC 95% de 0,007 a 0,080). Esse valor de FST não diferiu significativamente de zero, indicando a ausência de estruturação genética. Contudo foi detectado certo grau de endogamia intrapopulacional. A estruturação espacial da variabilidade genética não foi detectada, pois as populações avaliadas apresentaram uma coesão que é mantida pela alta taxa de migração (6,7 migrantes por geração). Entretanto, foi identificada indícios de estruturação genética determinada pelo tempo, uma vez que tanto o agrupamento baseado em distâncias genéticas quanto à análise Bayesiana identificaram grupos que são formados por populações coletadas em safras agrícolas diferentes. As causas ligadas a essa mudança na variabilidade genética não puderam ser identificadas, entretanto pode se inferir que possivelmente causas naturais ou práticas de manejo estejam determinando eventos de gargalo genético. Devido ao intenso fluxo gênico entre populações de A. argillacea no Brasil, estratégias de manejo da resistência devem ser implantadas no âmbito nacional. / Genetically modified cotton expressing Cry1Ac toxin of Bacillus thuringiensis Berliner has been planted in Brazil since 2006. Among target pests of this technology, Alabama argillacea (Hüeb.) is a monophagous species and offers a high potential risk of resistance evolution. In order to implement a resistance management program of A. argillacea to Cry1Ac toxin in Brazil, the objectives of this research were: a) to establish baseline susceptibility to Cry1Ac toxin in A. argillacea populations and define diagnostic concentrations for resistance monitoring and b) to isolate and characterize microsatellite loci to evaluate the variability and genetic structure of A. argillacea populations in Brazil. The baseline susceptibility data were estimated with leaf-disc bioassays by dipping into different concentration of Cry1Ac solution. Populations of A. argillacea were collected in Bahia, Goiás, Mato Grosso and Mato Grosso do Sul States, during 2008 and 2009 cotton-growing seasons. Ten microsatellite loci were isolated and characterized. The genetic variability was evaluated estimating observed and expected heterozygosities. For the studied of genetic structure, the F statistics was estimated, and Cluster analysis (Nei´s distance) and Bayesian analysis were performed. Based on estimation of LC50, natural variation up to 6-fold was detected in the susceptibility to Cry1Ac among tested populations. Based on analysis of concentration-mortality data by combining all populations, diagnostic concentrations of 10 and 32 µg of Cry1Ac/ml of water were defined for monitoring resistance. The mean number of alleles per loci was 7.1 (varying from 2 to 23 alleles). The observed and expected heterozigosities was 0,523 e 0, 395. The mean intrapopulation fixation index (f FIS) 0,268, varying from -0.008 to 0.736 between loci. The species fixation index (FIS) estimated by analysis of variance was 0.244(95% CI of 0.093 to 0.418). The estimated value of FST was 0.036 (95% CI of 0.007 to 0.080). The FST value was not significantly different from zero, indicating absence of genetic structure However, some degree of intrapopulational inbreeding was detected. Spatial structure of genetic variability was not detected because tested populations showed cohesion kept by high migration rate (6.7 migrants per generation). However, evidence of genetic structure across time was detected by Cluster analysis of genetic distance as well as by Bayesian analysis with group formation by population collection seasons. Factors affecting changes in genetic variability were not identified; however, natural factors or management practices may be determining some genetic bottleneck events. Due to intense gene flow among A. argillacea populations in Brazil, resistance management strategies must be implemented in a national basis.

Este trabalho diz respeito à diversidade genética de Myrciaria floribunda (West ex Willdenow) Berg (cambuí), uma espécie arbórea de sub-bosque, em paisagem fragmentada da Serra da Mantiqueira, MG. A diversidade genética foi estudada a partir dos dados de análises eletroforéticas de isoenzimas. Foram coletadas folhas de indivíduos jovens em duas populações dentro de um fragmento controle (5810,27 ha) e em dois fragmentos menores (18 e 10 ha), sendo quarenta plantas por fragmento. Através da análise de sete locos isoenzimáticos foi avaliada o número médio de alelos por loco (Â), número médio de alelos por loco polimórfico (Âp), porcentagem de locos polimórficos ( $ P ), heterozigosidade média esperada ( $ He ), heterozigosidade observada ( $ Ho ) e freqüências alélicas, utilizando-se alelos de baixa freqüência. A heterozigosidade observada para os quatro fragmentos foi elevada (entre 0,288 a 0,386). A variação genética intrapopulacional, avaliada pela riqueza alélica foi menor nos fragmentos menores que nas populações contida no fragmento controle. Alguns alelos encontrados em menor freqüência no fragmento controle tiveram suas freqüências reduzidas nos fragmentos menores, sendo que um alelo foi perdido nos fragmentos menores, provavelmente devido à redução do tamanho populacional durante a fragmentação, ou à deriva genética após a fragmentação ou a amostragem realizada. O índice de diversidade gênica de Nei (heterozigosidade esperada) não foi muito diferente entre as quatro populações, apesar de mostrar uma tendência à diminuição nos fragmentos menores. Os indivíduos jovens analisados apresentaram valores de f ˆ = 0,0864, sugerindo que estas populações tem vindo de cruzamentos panmíticos, provavelmente anteriores ao processo de fragmentação. Estas quatro populações apresentaram pequena diferenciação genética entre elas ( p q ˆ = 0,0555), o número estimado de migrantes foi relativamente alto (Nm= 4,25). Este trabalho desta forma não foi capaz de detectar o efeito da fragmentação na endogamia desta espécie. / This research is about effects of forest fragmentation on the genetic diversity of Myrciaria floribunda (West ex Willdenow) Berg (cambuí), a tropical tree species from the Atlantic Forest (Mantiqueira hills), State of Minas Gerais. This work is about genetic diversity studies of de Myrciaria floribunda (cambuí), a late successional species from fragmented landscapes of the Mantiqueira hills. Genetic diversity was assessed using electrophoresis of isozymes. Leaves from juveniles trees were collected from four populations, two within a control fragment (5810,27 ha) and from two other small fragments (18 e 10 ha). Forty plants were sampled per populations. Seven loci were studied regarding the average number of alleles per locus (Â), the average number of alleles per polymorphic loci (Âp), percentage of polymorphic loci ( $ P ), expected ( $ He ) and observed heretozigosity ( $ Ho ), and allelic frequency, using alleles of low frequency. The observed heterozigosity was high for all fragments (from 0,288 to 0,386). Within population genetic diversity, measured by allelic richness was lower in small fragments compared with the large fragment. Low frequency alleles found in the large fragment showed an even lower frequencies in the two small fragments. One allele was lost in the small fragments, probably due to a reduction in population size because of the fragmentation process, and probably due to genetic drift or sampling strategy. Nei’s diversity index (expected heterozigosity) did not differ among populations, although lower in the small fragments. The result for f ˆ = 0,0864 indicated that the current populations probably were originated from panmmitic populations, established before the fragmentation process. Little genetic differentiation was detected among populations ( p q ˆ = 0,0555), however the number of migrants was considerably high (Nm= 4,25). Therefore this work was not able to detect the effects of endogamy due to the forest fragmentation on the studied species.

Atualmente a cultura da cana de açúcar tem ganhado destaque no cenário mundial devido a seu potencial uso na produção de bioenergia o qual poderia ser beneficiado desenvolvendo-se cultivares com aumento da produtividade de biomassa por unidade de área, o que é por sua vez, determinada pela arquitetura da planta. A brotação lateral é um dos principais fatores que regulam a arquitetura dos vegetais. Recentemente, esta fase do desenvolvimento tem sido estudada intensivamente em plantas consideradas modelo, elucidando em parte as vias genéticas, ambientais e hormonais que regulam este processo. Dentro desta vias, microRNAs, uma classe de pequenos RNAs não codantes que modula pós-transcricionalmente a expressão de genes endógenos, parecem ser importantes reguladores. Em cana de açúcar, a brotação lateral é importante para a arquitetura dos ramos laterais, germinação de gemas e perfilhamento. Entretanto, devido a sua complexidade genética e ausência de mutantes defectivos na brotação lateral, estudos nesta área ao nível molecular são limitados. Neste contexto, este trabalho teve por objetivos estudar em cana de açúcar a via microRNA156/fatores de transcrição do tipo SQUAMOSA promoter-binding-protein (SPL), a qual é associada à regulação do perfilhamento, bem como caracterizar molecularmente o processo de emergência de gemas axilares. Ferramentas computacionais usando o banco publico de ESTs TIGR gene índex permitiram identificar e classificar no genoma de cana de açúcar, diferentes genes associados ao processo de brotação lateral e resposta hormonal. Entres estes, seis genes SPL regulados pelo miR156 foram identificados, sendo um deles (SsSPL1) homólogo a SPLs envolvidas diretamente na regulação do perfilhamento. A expressão da SsSPL1 foi monitorada em diferentes tecidos e órgãos, juntamente com o miR156. Os dados sugerem que a SsPL1, é regulada negativamente pelo miR156, sendo esta via também conservada em cana de açúcar. Foram geradas plantas transgênicas da cultivar RB85486 com o gene endógeno SsmiR156a/b o qual codifica um precursor conservado do miR156 e parece estar associado com a evolução da arquitetura em monocotiledôneas. O acúmulo do miR156 foi avaliado em plantas transformadas via RT-qPCR encontrando variabilidade na sua expressão. Bibliotecas de pequenos RNAs foram geradas em gemas dormentes e em desenvolvimento, permitindo identificar membros de 26 famílias de miRNAs. A expressão de quatro deles, de seus genes-alvo e de outros genes selecionados foi monitorada em gemas dormentes e com 2 e 5 dias após o plantio. Interessantemente, o miR159 foi o mais expresso em gemas axilares de cana e parece ser um fator chave na emergência da gema, já que, segundo os resultados obtidos, esse miRNA parece modular a expressão do seu gene alvo SsGAMyB, o qual é um fator de transcrição implicado na ativação de genes de resposta a giberelina. Durante esta fase inicial do desenvolvimento também foi observado alterações na expressão de genes associados com processos de transdução de sinal associados aos fitohormônios auxina e etileno. Os resultados obtidos indicam que a emergência de gemas laterais é um processo dinâmico em que fitohormônios, fatores de transcrição e microRNAs participam conjuntamente para promover o crescimento e 12 desenvolvimento da nova plântula de cana de açúcar. / Sugarcane is an economically important biofuel crop that recently has become a target for improvement of sustainable biomaterial production due to its high biomass productivity and built-in containment features. Therefore, studies aiming to improve the production of biomass per area are among the most important issues in sugarcane production. Plant biomass is defined, at least in part, by its shoot architecture. Although shoot architecture (branching/tillering) is to some extend influenced by environmental factors, it is determined mainly by the plants genetic program. This includes developmental programs that are regulated by a complex network of genetic pathways that integrate endogenous and environmental cues. Several transcription factors as well as microRNAs are likely part of this network. In this study, we started to investigate the roles of the genetic pathway regulated by the microRNA156 and its targets, the transcription factors SQUAMOSA promoter-binding-protein (SPLs) in sugarcane branching/tillering. We identified six members of the SPL family that were further classified into four subfamilies. In both dicots and monocots, these SPLs are key regulators of the plant shoot architecture. We monitored the expression patterns of SsmiR156 e SsSPL1 in distinct sugarcane tissues/organs. Our observations suggest that miR156 regulates posttranscriptionally SsSPL1 mainly in leaf tissues. We generated transgenic sugarcane plants overexpressing the monocot-specific sugarcane miR156 precursor SsMIR156b/c via biolistic method. This precursor is thought to be important for the evolution of grass shoot architecture. Although we observed higher accumulation of mature SsmiR156b/c in leaf tissues of some transgenic plants as compared with tissues from non-transgenic plants, we could not detect any significant changes in their vegetative architecture. Using deep sequencing approaches, we have generated two small RNA libraries from dormant and outgrown sugarcane lateral buds. Preliminary analyses indicate that a select group of small RNAs are expressed in lateral buds, including over 200 repeat-associated small interfering RNAs (rasiRNAs) and 25 conserved microRNAs (miRNAs). Amongst the miRNAs, miR159 was the most sequenced in the two libraries. We evaluated miR159 accumulation pattern in addition to other selected miRNAs via qRT-PCR in dormant and developing buds. The majority of the evaluated miRNAs accumulate differentially during bud development, though with distinct expression patterns. Interestingly, miR159 accumulates at high levels in dormant buds, but scarcely in developing buds. Conversely, the experimentally confirmed miR159 target, a sugarcane GAMyB-like gene (SsGAMyB), is lowly expressed in dormant buds while its transcripts accumulate at higher levels in developing buds. GAMyB-like genes encode R2R3 MYB domain transcription factors that have been implicated in gibberellin (GA) and abscisic acid (ABA) signaling in germinating seeds. Our data suggest miR159 regulates GAMyB-like genes during sugarcane bud outgrowth. Similarly, SsSPL1 is regulated posttranscriptionally by the miR529, though this gene has sites for both miR529 and miR156. Auxin and ethylene-associated regulatory pathways are affected during sugarcane bud development. Taken together,our data indicate that sugarcane bud outgrowth from rhizomes is a complex developmental process involving hormones, transcription factors as well as microRNAs and other regulatory RNAs.