O delineamento III foi proposto para estimar as variâncias aditivas e de dominância e o grau médio de dominância de caracteres quantitativos. Com o advento dos marcadores moleculares, Cockerham & Zeng (1996) desenvolveram uma metodologia genético-estatística associando o delineamento III com marcadores moleculares. Esta metodologia foi proposta visando estimar, com o uso de quatro contrastes ortogonais, os efeitos aditivos, dominantes e epistáticos dos QTLs ligados a marcadores moleculares. O objetivo desta pesquisa foi usar ambas as metodologias para análise genética da produção de grãos, componentes da produção e número de ramificações do pendão em uma população referência F2 de milho. Duzentos e cinqüenta progênies F2:3 foram retrocruzadas com ambas linhagens genitoras, dando origem a 500 progênies de retrocruzamento. Estas progênies foram alocadas em cinco látices 10x10 e avaliadas em seis ambientes em três estações experimentais próximas a Piracicaba, SP, com duas repetições por ambientes. Estimativas de variância aditiva e de dominância, assim como o grau médio de dominância dos caracteres avaliados, apresentaram magnitudes similares às reportadas em populações de milho temperado para todos os caracteres. Estimativas do grau médio de dominância foram inferiores a um para o diâmetro da espiga, número de fileiras, peso de 500 grãos e número de ramificações do pendão, mostrando que os efeitos aditivos foram mais importantes que os efeitos de dominância para estes caracteres. Para prolificidade, comprimento da espiga e número de grãos por fileira, o grau médio de dominância não diferiu de dominância completa, sugerindo que os efeitos de dominância foram importantes para estes caracteres. Para produção de grãos, o resultado do grau médio de dominância sugeriu sobredominância. Porém, como é conhecido, o desequilíbrio de ligação causa viéses nas estimativas de grau médio de dominância e, conseqüentemente, estas estimativas podem ser menores, sendo que, provavelmente tenha ocorrido pseudo-sobredominância para produção de grãos. A análise do delineamento III com marcadores moleculares mostrou que os QTLs estão distribuídos em todos os cromossomos para todos caracteres. As somas em módulo dos efeitos dos QTLs mostraram que para produção de grãos, prolificidade, comprimento da espiga, e número de grãos por fileira, os efeitos de dominância foram superiores aos efeitos aditivos, e estes superiores aos efeitos epistáticos; para diâmetro da espiga, peso de 500 grãos, número de fileiras, e número ramificações do pendão, os efeitos aditivos foram maiores que os efeitos de dominância, e estes superiores aos efeitos epistáticos, exceto para número de fileiras em que os efeitos epistáticos foram maiores que os efeitos de dominância. Os efeitos epistáticos foram detectados para todos caracteres e contribuíram mais para os componentes da produção que para a produção de grãos per se. A análise clássica do delineamento III e a associada a marcadores moleculares forneceram resultados de grande utilidade, mas o delineamento III com marcadores permitiu a estimação dos efeitos genéticos de regiões específicas do genoma e sugeriu que os efeitos epistáticos foram muito importantes na expressão e na herança dos caracteres analisados. / The Design III was proposed to estimate additive and dominance variances, and the average levels of dominance of quantitative traits. With the advent of the molecular markers, Cockerham & Zeng (1996) developed a genetic-statistical procedure using the Design III with molecular markers. This procedure was designed to estimate additive, dominance and epistatic effects of the QTLs linked to molecular markers from four orthogonal contrasts. The objectives of this research were to use both methodologies for the genetic analysis of grain yield, yield components, and number of tassel branches in an F2 reference maize population. Two-hundred and fifty F2:3 progenies were backcrossed to the two parental inbred lines, which gave rise to 500 backcrossed progenies. These progenies were allocated in five 10x10 lattices design, and evaluated in six environments in three experimental stations near Piracicaba, SP, with two replications per environment. Estimates of additive and dominance variances, as well as the average levels of dominance for the traits evaluated, had magnitudes similar to those already reported for temperate maize populations for all traits. Estimates of the average level of dominance were lower than one for ear diameter, kernel row number, weight of 500 kernels, and tassel branches number, showing that the additive effects were more important than the dominance effects for these traits. For prolificacy, ear length, and kernels per row number, the average levels of dominance did not differ from complete dominance, suggesting that the dominance effects were important for these traits. For grain yield, the result suggested overdominance as the average level of dominance. However, as is well-known, linkage disequilibrium causes biases in the estimates of the average levels of dominance and, therefore, these estimates could be lower, and probably for grain yield a pseudo-overdominance was detected. The analysis of the Design III with molecular markers showed that QTLs were distributed in all chromosomes for all traits. The sum in module of the QTLs effects showed that for grain yield, prolificacy, ear length, and kernels per row number, dominance effect was greater than additive effect, and the latter greater than epistatic effect; whereas for ear diameter, weight of 500 kernels, kernel row number, and tassel branches number, additive effect was greater than dominance effect, and the latter greater than epistatic effect, except for kernel row number where epistatic effect was greater than dominance effect. Epistatic effects were detected for all traits, and had higher contribution for the yield components than for yield per se. Both traditional and QTL analysis of the Design III presented very useful results, but the Design III with molecular markers allowed the estimation of the genetic effects from specific genomic regions, and suggested that the epistatic effects play a very important role for the expression and inheritance of the traits assessed.

Nos recherches abordent, par une approche multidisciplinaire, l’écologie spatiale et la dynamique d’invasion du ravageur de l’épicéa Ips typographus (Coleoptera :Scolytinae) en Belgique. Bien que cette espèce ne puisse pas être considérée au sens strict comme invasive en Belgique où elle est implantée depuis le milieu du 19ème siècle, de très vraisemblables introductions de souches exotiques en provenance de Russie et des Pays baltes, en font un modèle exceptionnel pour l’étude de ces processus.<p><p>Une analyse en milieu urbain, suivant des transects centre-périphérie, a d’une part suggéré l’introduction probable de ces souches exotiques et d’autre part permis d’étudier ce ravageur forestier dans un milieu qui lui est a priori défavorable. Il en résulte que, malgré un effet de la structure urbaine sur l’abondance du scolyte, sa présence a été observée partout, y compris dans les zones densément bâties du centre de Bruxelles. Cela suggère, en terme de dispersion, que cette espèce est capable d’atteindre des arbres isolés, et en terme d’infestation, que tout épicéa constitue un hôte potentiel tant en milieu forestier qu’en milieu ouvert ou urbain.<p><p>Une étape préliminaire dans l’estimation des risques liés aux invasions biologiques est d’effectuer une analyse de filière, afin d’analyser les différentes voies d’introduction et les risques liés aux pays d’origine des marchandises importées. Sur base de l’analyse de l’ensemble des sources de données statistiques disponibles, nous avons déterminé l’ampleur du commerce de grumes d’épicéa entre l’est de l’Europe et la Belgique, les modes de transport utilisés, les origines et destinations des grumes, ainsi que la variabilité de la localisation et du nombre des différents points d’entrée de ces marchandises sur le territoire belge d’une année à l’autre, depuis le début des importations en 1996. Notre analyse illustre les difficultés inhérentes à ce genre d’étude, particulièrement au niveau de la disponibilité des données à une échelle appropriée.<p> <p>Par une approche de modélisation, nous avons envisagé différents scénarios de dispersion de souches introduites d’Ips typographus afin d’estimer l’expansion de celles-ci en Belgique.<p>Notre modèle a permis de mettre en évidence l’importance de la bonne connaissance de certains paramètres biologiques caractétistiques de l’espèce étudiée (phénologie, capacité de dispersion, taux de croissance). Par ailleurs, les volumes d’importation et la localisation des points d’entrée des marchandises semblent jouer un rôle secondaire.<p><p>Enfin, nous avons utilisé des marqueurs génétiques afin d’essayer de prouver l’introduction de souches russes et baltes du scolyte de l’épicéa en Belgique. Des échantillons ont été collectés dans neuf pays européens ainsi que sur l’ensemble du territoire wallon. La structure génétique observée n’a pas permis de mettre en évidence une différenciation entre les populations de l’est et de l’ouest de l’Europe. La présence d’haplotypes communs à l’est et à l’ouest rejoint l’hypothèse d’une homogénéisation des populations en relation avec le large pouvoir de dispersion du typographe. Cependant, un grand nombre de mutations a été observé entre 2 haplotypes. Des introductions d’origines lointaines telles que la Sibérie ne sont donc pas improbables.<p><p>Les résultats détaillés de chacune de ces études sont développés dans les différents articles constituant cette thèse. La discussion générale met ceux-ci en relation et aborde les perspectives découlant de nos recherches. / Doctorat en sciences, Spécialisation géographie / info:eu-repo/semantics/nonPublished

Drought is one of the most important stress factors affecting plants. Increasing drought resistance via plant breeding is currently the main approach for improvement of plant productivity and reduction of water usage. Plant breeders and scientists search for reliable and easy methods of the determination of drought sensitivity in different genotypes. A precise knowledge about processes underlying plant stress response and defence against limited water availability is necessary for this. The aim of this study was a detailed analysis of photosynthetic processes and changes in leaf proteome (again aimed especially at proteins involved in photosynthesis) during drought stress. This analysis was a part of a complex project focused on the possible causes of genetic variability and drought resistance in agronomically important crops. Another goal was to analyse whether the measurement of selected photosynthetic parameters can be used for the determination of drought sensitivity per se and/or for the prediction of the response of hybrids based on known behaviour of their parents. Young plants of maize inbred lines and their hybrids were used as a model for this analysis, which was made under conditions of moderate and more severe drought. Two inbred lines which were (together with their F1 hybrids) used...

Understanding the functional impact of physical interactions between proteins and DNA on gene expression is important for developing approaches to correct disease-associated gene dysregulation. I conducted a systematic, functional genetic analysis of protein-DNA interactions in the promoter region of the yeast ribonucleotide reductase subunit gene RNR3. I measured the transcriptional impact of systematically perturbing the major transcriptional regulator, Crt1, and three X-box sites on the DNA known to physically bind Crt1. This analysis revealed interactions between two of the three X-boxes in the presence of Crt1, and unexpectedly, a significant functional role of the X-boxes in the absence of Crt1. Further analysis revealed Crt1- independent regulators of RNR3 that were impacted by X-box perturbation. Taken together, these results support the notion that higher-order X-box-mediated interactions are important for RNR3 transcription, and that the X-boxes have unexpected roles in the regulation of RNR3 transcription that extend beyond their interaction with Crt1.

Cette recherche de thèse vise à reconstruire des éléments de genèse de la composition électroacoustique de Pierre Boulez dans les années cinquante à travers l’étude d’esquisses et de manuscrits conservés au Paul Sacher Stiftung. Notre thèse s’est fondée sur deux approches complémentaires : la reconstitution du contexte musical, esthétique et historique et l’étude des esquisses. Dans la Partie I, nous avons tout d’abord examiné les Fonds Pierre Schaeffer afin de retracer le déroulement du premier stage de musique concrète au GRMC. La réorganisation des esquisses et la reconstitution du processus de montage sonore nous ont permis de souligner que la composition des deux études de musique concrète (1951-52) était une étape indispensable pour le développement de la pensée sérielle de Boulez dans le sérialisme intégral. Dans la Partie II, nous avons mis en relation la composition de Symphonie mécanique (1955) et Poésie pour pouvoir (1958) avec le concept de « sons organisés » dans Déserts (1954) d’Edgard Varèse en traçant la transition de la musique concrète à la musique mixte. Boulez y a développé la notion de « blocs sonores » originairement exploitée dans l’écriture instrumentale et orchestrale. Notre étude a éclairé que Boulez avait procédé par tâtonnements de façon cohérente et développée afin de réaliser l’intégration des mondes instrumentaux et électroacoustiques. En ce sens, il est raisonnable que Poésie pour pouvoir soit considérée comme l’origine de la « musique mixte » chez Pierre Boulez. Par ailleurs, cette tentative de confrontation était inévitable pour Boulez afin de réaliser la transmutation musicale de l’exorcisme corporel du poème de Henri Michaux. / This research aims to reconstruct the compositional process of Pierre Boulez’s electroacoustic compositions of the fifties through the study of sketches and manuscripts preserved at the Paul Sacher Stiftung. Our thesis was based on two complementary approaches: the reconstruction of the musical, aesthetic and historical context and study of the sketches. In Part I, we first examined the Pierre Schaeffer archives in order to explore the program of the first musique concrète workshop at the GRMC. The eorganization of the sketches and the reconstruction of the process of sound synthesis allowed us to emphasize that Boulez’s composition of the two musique concrète studies (1951-52) was an indispensable stage for the development of his concept of serialism. In Part II, we related the composition of Symphonie mécanique (1955) and Poésie pour pouvoir (1958) to Edgard Varèse's concept of "Organized sound" in Déserts (1954) by tracing the transition of musique concrète to electroacoustic music. Boulez developed in his electroacoustic pieces the notion of "sound blocks" originally used in instrumental and orchestral pieces. Our study reveals that Boulez proceeded by trial and error in a coherent and developed way in order to realize the integration of the instrumental and electroacoustic sounds. In this sense, it is reasonable for Poésie pour pouvoir to be considered as the origin of mixed music in Pierre Boulez’s oeuvre. This confrontation of the instrumental and electroacoustic sounds was essential for Boulez’s realization of a musical translation of Henri Michaux's poem.

Understanding the functional impact of physical interactions between proteins and DNA on gene expression is important for developing approaches to correct disease-associated gene dysregulation. I conducted a systematic, functional genetic analysis of protein-DNA interactions in the promoter region of the yeast ribonucleotide reductase subunit gene RNR3. I measured the transcriptional impact of systematically perturbing the major transcriptional regulator, Crt1, and three X-box sites on the DNA known to physically bind Crt1. This analysis revealed interactions between two of the three X-boxes in the presence of Crt1, and unexpectedly, a significant functional role of the X-boxes in the absence of Crt1. Further analysis revealed Crt1- independent regulators of RNR3 that were impacted by X-box perturbation. Taken together, these results support the notion that higher-order X-box-mediated interactions are important for RNR3 transcription, and that the X-boxes have unexpected roles in the regulation of RNR3 transcription that extend beyond their interaction with Crt1.

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In der Dissertation wird untersucht, ob die bereits eingetretenen Änderungen des Klimas und weiterer Standortsfaktoren im Erzgebirge und vorgelagertem Hügelland zu Verlagerungen der Verbreitungsschwerpunkte von Pflanzenarten in ihrer Höhenverbreitung geführt haben. Eine weitere Untersuchungsfrage ist die Begünstigung oder Gefährdung bestimmter Arten infolge der Standortsänderungen. Betrachtet werden 27 Pflanzenarten, sowohl Baum- und Straucharten als auch krautige Pflanzen. Zur Klärung der Fragen werden die Zeiträume 1946 – 1980 und 1981 – 2015 verglichen. Die Auswertung erfolgt auf der Basis von Messtischblatt-Viertelquadranten für die Standortsfaktoren mittlere Meereshöhe, Jahresmitteltemperatur, durchschnittlicher Jahresniederschlag sowie vorherrschender Bodentyp. In der Diskussion werden zusätzlich die Veränderungen in der Land-, Forst- und Jagdwirtschaft sowie die Wirkungen der Immissionsbelastungen und Bodenschutzkalkungen betrachtet. Schwerpunkte umfangreicher statistischer Auswertungen sind die Analyse der Verbreitung in den Untersuchungszeiträumen und die Ermittlung der Wahrscheinlichkeit von Artvorkommen. Eine gesonderte Fragestellung ist die genetische Untersuchung von Prunus padus. Dazu wurden Vorkommen im Tief-, Hügel- und Bergland ausgewählt. Der bisherige Anstieg der Jahresmitteltemperaturen hat nicht grundsätzlich zu einer Verschiebung der Verbreitungsschwerpunkte in höhere Gebirgslagen geführt. Die Pflanzenarten können hinsichtlich ihrer Verbreitung sowie im Vergleich der Untersuchungsperioden in Gruppen geordnet werden. Bei einigen Pflanzenarten, die in höhere Lagen des Untersuchungsgebietes vordringen, fällt eine enge Bindung der Vorkommenswahrscheinlichkeit an den Faktor Jahresmitteltemperatur auf. Andererseits werden bislang submontan bis montan verbreitete Arten nicht generell in die Hochlagen zurückgedrängt. Die Wirkungen der Klimaänderung können deshalb nicht losgelöst von anderen Faktoren beurteilt werden.

In der Dissertation wird untersucht, ob die bereits eingetretenen Änderungen des Klimas und weiterer Standortsfaktoren im Erzgebirge und vorgelagertem Hügelland zu Verlagerungen der Verbreitungsschwerpunkte von Pflanzenarten in ihrer Höhenverbreitung geführt haben. Eine weitere Untersuchungsfrage ist die Begünstigung oder Gefährdung bestimmter Arten infolge der Standortsänderungen. Betrachtet werden 27 Pflanzenarten, sowohl Baum- und Straucharten als auch krautige Pflanzen. Zur Klärung der Fragen werden die Zeiträume 1946 – 1980 und 1981 – 2015 verglichen. Die Auswertung erfolgt auf der Basis von Messtischblatt-Viertelquadranten für die Standortsfaktoren mittlere Meereshöhe, Jahresmitteltemperatur, durchschnittlicher Jahresniederschlag sowie vorherrschender Bodentyp. In der Diskussion werden zusätzlich die Veränderungen in der Land-, Forst- und Jagdwirtschaft sowie die Wirkungen der Immissionsbelastungen und Bodenschutzkalkungen betrachtet. Schwerpunkte umfangreicher statistischer Auswertungen sind die Analyse der Verbreitung in den Untersuchungszeiträumen und die Ermittlung der Wahrscheinlichkeit von Artvorkommen. Eine gesonderte Fragestellung ist die genetische Untersuchung von Prunus padus. Dazu wurden Vorkommen im Tief-, Hügel- und Bergland ausgewählt. Der bisherige Anstieg der Jahresmitteltemperaturen hat nicht grundsätzlich zu einer Verschiebung der Verbreitungsschwerpunkte in höhere Gebirgslagen geführt. Die Pflanzenarten können hinsichtlich ihrer Verbreitung sowie im Vergleich der Untersuchungsperioden in Gruppen geordnet werden. Bei einigen Pflanzenarten, die in höhere Lagen des Untersuchungsgebietes vordringen, fällt eine enge Bindung der Vorkommenswahrscheinlichkeit an den Faktor Jahresmitteltemperatur auf. Andererseits werden bislang submontan bis montan verbreitete Arten nicht generell in die Hochlagen zurückgedrängt. Die Wirkungen der Klimaänderung können deshalb nicht losgelöst von anderen Faktoren beurteilt werden.