O fungo entomopatogênico e acaricida Metarhizium anisopliae é patógeno de uma vasta gama de insetos, sendo extensivamente utilizado em experimentos, bem como, no controle efetivo de alguns insetos-praga. Seu potencial uso para o controle de carrapatos como Boophilus microplus é também considerável. O processo de infecção de M. anisopliae é o melhor caracterizado entre os fungos entomopatogênicos, e combina pressão mecânica, por diferenciação do apressório, síntese e secreção de enzimas hidrolíticas altamente reguladas como proteases e, provavelmente, quitinases e lipases. As quitinases em fungos também são importantes em processos que requerem digestão celular, como germinação, crescimento e ramificação das hifas e autólise, visto que a quitina é o maior constituinte da parede celular desses organismos, sendo um sistema altamente regulado. Objetivamos neste trabalho, obter mais informações sobre o sistema quitinolitico do fungo M. anisopliae var. anisopliae linhagem E6 durante o processo de infecção do hospedeiro ou na morfogênese e crescimento. Com o objetivo de analisarmos o gene chi2 de M. anisopliae E6, clonamos e caracterizamos sua seqüência genômica, incluindo a região flanqueadora 5’. O gene chi2 é interrompido por dois pequenos íntrons típicos, de 210 pb e 75 pb, respectivamente. A ORF do gene chi2 apresenta 1.545 pb e codifica uma proteína predita de 419 aminoácidos (denominada CHI2), com massa molecular estimada de 44 kDa. Um peptídeo sinal característico com sítio de clivagem no aminoácido V19 está presente. A forma madura dessa proteína tem uma massa molecular estimada de 42 kDa e um pI teórico de 4,8. Análise por Southern de DNA genômico indica cópia única de chi2 no genoma de M. anisopliae. A seqüência de consenso SXGG, correspondendo ao sítio de ligação à quitina, foi identificada e a seqüência NGFDFDIE, que compõem o domínio catalítico de quitinases, está presente em CHI2. A construção de uma árvore filogenética determinou que a quitinase CHI2 pertence a um grupo diferente daquele da CHIT42 a qual provavelmente não está envolvida na patogenicidade. Uma análise in sílico da seqüência 5’ franqueadora do gene chi2 para determinação de possíveis elementos regulatórios foi efetuada. A regulação da transcrição dos genes chit1 e chi2 em M. ansisoplaie frente a diferentes fontes de carbono e em diferentes tempos de cultivo foi analisada. Os genes chit1 e chi2 apresentaram uma expressão tardia no fungo, a partir de 30 horas. O gene chi2 foi expresso majoritariamente em cultivos com quitina e sua expressão foi reprimida por glicose. O gene chit1 foi induzido em presença de fontes de carbono facilmente assimiláveis, como glicose e NAcGlc. Ambos os genes, chit1 e chi2, apresentaram alta expressão quando a fonte de carbono já estava exaurida e o fungo estava em autólise, sugerindo o requerimento dessas enzimas nessa fase. O cDNA do chit1 foi inserido em um vetor de expressão, em ambas orientações senso e antisenso, sob regulação do promotor do gene tef1α de M. anisopliae e o terminador do gene trpC de A. nidulans. Os transformantes com o gene chit1 na orientação senso mostraram superexpressão de atividade de quitinase e o transformante com o gene na orientação antisenso apresentou uma redução na atividade de quitinase. Também construímos quatro deleções na região flanqueadora 5’ do gene chit1 fusionadas com a proteína repórter SGFP, para localizar seqüências reguladoras no promotor e, destas construções, três foram transformadas em M. anisopliae.

O conhecimento sobre a história evolutiva de uma espécie é essencial para obter insights sobre processos que contribuíram para os padrões atuais de distribuição e diversidade dessa espécie. Entender a evolução de uma espécie envolve a compreensão de sua história demográfica, estruturação populacional e também os mecanismos envolvidos na adaptação local. Neste contexto, os avanços em genômica e tecnologia de sequenciamento de DNA estão revolucionando o entendimento da história evolutiva das espécies, pois possibilitam o desenvolvimento de plataformas de genotipagem de alto rendimento, facilitando o uso de análises multilocus para identificar as regiões genômicas responsáveis pela adaptação local e trazendo uma visão detalhada sobre a história demográfica e a estrutura de populações. Além disso, estes dados permitem a identificação de loci responsáveis ou associados com adaptações locais e compreender as estratégias de adaptação que possibilitam algumas plantas sobreviverem em diferentes condições ambientais. Eugenia uniflora L. é uma espécie pertencente à família Myrtaceae e que apresenta uma ampla distribuição ao longo dos domínios da Floresta Atlântica (DFA). Popularmente conhecida como pitanga ou cereja-brasileira, E. uniflora é bastante versátil e cresce em vários habitats diferentes, ocorrendo como um arbusto ou árvore pequena em ambientes arenosos de restinga na planície costeira, próximo ao oceano e também no sul do Brasil apresenta-se como árvore, em ambientes de mata ciliar. Essas características, aliadas ao fato de que esta espécie seja uma das espécies-chave presentes em diferentes regiões fitogeográficas que integram a DFA, fazem com que ela seja um excelente modelo para estudos de variação adaptativa. Dessa forma, a presente dissertação teve como objetivo o estudo da variação genética adaptativa em populações naturais de E. uniflora. Para isso, foram selecionados 30 genes candidatos envolvidos em diferentes vias de sinalização com as respostas ao estresse abiótico, através da análise do transcriptoma da folha de E. uniflora. As sequências desses genes foram amplificadas por PCR em 96 indivíduos provenientes de populações de ambientes contrastantes. Os fragmentos amplificados foram submetidos ao sequenciamento usando plataforma de Sequenciamento de Nova Geração para a identificação e genotipagem de marcadores SNPs (Single Nucleotide Polimorphism). Após a análise do sequenciamento, um total de 381 SNPs, distribuídos em 16 genes foram identificados e genotipados em 84 indivíduos. A análise de FST outlier revelou dois loci sob seleção positiva, um no gene que codifica uma dehidrina e outro no gene que codifica uma Lea14-A, genes estes previamente reportados estarem envolvidos com estresse de resposta à seca em plantas. / The knowledge about the evolutionary history of a species is essential to gain insight into processes that contributed to the current patterns of distribution and diversity of this species. It involves the understanding of demographic history, population structure and also the mechanisms involved in local adaptation. In this context, advances in genomics and DNA sequencing technology are revolutionizing the understanding of the evolutionary history of the species, as they allow the development of high-throughput genotyping platforms, facilitating the use of multilocus analysis to identify genomic regions responsible for local adaptation. It also gives detailed insight into the demographic history and population structure. Furthermore, these data allow the identification of loci responsible for or associated with local adaptations and comprises adaptation strategies that enable some plants to survive in different environmental conditions. Eugenia uniflora L. is a species belonging to Myrtaceae family, wide distributed over the Atlantic Forest Domain (AFD). Popularly known as Pitanga or Brazilian-cherry, it is quite versatile and grows in distinct habitats, occurring as a shrub or small tree in sandy environments (Restinga) on the coastal plain near the ocean and as a tree in southern Brazil (riparian forest). These characteristics, combined with the fact that this species is one of the key species present in different phytogeographic regions of the AFD, make this species an excellent model for studies of adaptation. Thus, the present work aims to study the adaptive genetic variation in natural populations of E. uniflora. For this, we selected 30 candidate genes involved in different signaling pathways with the responses to abiotic stress by transcriptome analysis of E. uniflora. The sequences of these genes were amplified by PCR in 96 individuals from populations of different environments. The amplified fragments were subjected to sequencing using Next Generation Sequencing platform for the identification and genotyping of SNP markers (Single Nucleotide Polymorphism). After sequencing analysis, a total of 381 SNPs spread on 16 genes were identified and genotyped in 84 individuals. The FST outlier analysis revealed two loci under positive selection, one present in a gene encoding a dehydrin and another in a gene encoding a Lea14-A. These two genes were previously reported to be involved in drought stress response in plants.

Nós realizamos este estudo a fim de contribuir para o entendimento da evolução de espécies do gênero Drosophila e o quanto fenômenos epigenéticos estão relacionados a isto. Analisando 14 espécies do subgênero Sophophora, as quais apresentam diferentes histórias evolutivas e exploram ambientes divergentes, investigamos a possibilidade de recorrência do fenômeno de metilação sexo-específica do rDNA como descrito previamente para a espécie D. willistoni. Utilizando as técnicas de seqüenciamento e PCR bissulfito, nós demonstramos que o gene 28S apresenta-se metilado nas espécies do subgrupo willistoni de Drosophila, bem como na espécie D. melanogaster, corroborando a hipótese de que, em insetos, as regiões internas dos genes são metiladas. Entretanto, não detectamos padrões de metilação sexo-específicos para o DNA ribossomal das espécies D. melanogaster e D. paulistorum. Através da técnica de MSRE combinada com Southern blot, verificamos que a metilação diferencial entre sexos do rDNA ocorre exclusivamente nas espécies do subgrupo willistoni, com exceção de D. paulistorum. Nossos resultados indicam que o fenômeno de metilação do DNA pode variar bastante, mesmo entre espécies proximamente relacionadas, como D. willistoni e D. paulistorum, por exemplo. Nós também sugerimos que fatores ambientais, operando diferencialmente nos territórios ocupados pelas diferentes espécies e o menor tempo evolutivo de surgimento dos fenômenos epigenéticos, podem contribuir para a formação do panorama aqui detectado. / The present study aimed to contribute to the comprehension of the role of epigenetic phenomena for the evolution of species of the Genus Drosophila.. We analyzed 14 species of the Sub Genus Sophophora, with different evolutionary histories and exploring very divergent environments, investigating the putative occurrence of the phenomenon of sex-specific methylation patterns of the rDNA, as described previously in Drosophila willistoni. Through the use of PCR bissulfite and sequencing, we demonstrated that the 28S gene is methylated in members of the willistoni subgroup of Drosophila, as in D. melanogaster, corroborating the hypothesis that the internal regions of the genes are methylated in insects. No sex-specific patterns of methylation, however, were detected in the ribosomal DNA of the species D. melanogaster and D. paulistorum. Using the methods of MSRE and Southern blot, we detected differential methylation of the rDNA between sexes exclusively in the species of the willistoni subgroup, excepting D. paulistorum. Our results indicate that the phenomenon of DNA methylation can varied considerably even so between species closely related, as D. willistoni and D. paulistorum, for example. We also suggested that different environmental factors operating in the territories occupied by the different species studied and the shorter evolutionary time of the raising of the epigenetic phenomena can contribute to the formation of the scenario detected.

O objetivo desse estudo foi avaliar diferentes modelos estatísticos com diferentes pressuposições para definir o melhor modelo que descreva a presença de interação genótipo x ambiente no ganho de peso pós-desmama ajustado (GPD345) de bovinos Hereford, mediante o estudo de normas de reação ao ambiente, obtidas por regressão aleatória, usando uma abordagem bayesiana. Quatro modelos hierárquicos de normas de reação (MHNR) e um modelo animal padrão (MA) foram empregados por meio do programa INTERGEN. O MHNRk utiliza as soluções de grupos contemporâneos estimadas previamente pelo modelo animal padrão (MA) e as considera como nível ambiental e o de uma única análise, MHNRS, que estima simultaneamente esses dois conjuntos de incógnitas considerando nas duas metodologias a variância residual homogênea (hm) e heterogênea (ht). Pelo critério de informação da "deviance", o MHRNshm foi que apresentou melhor ajuste aos dados, seguido pelo MHNRsht, MHNRKhm, MHNRkht e o pior ajuste foi obtido pelo MA, já pelo Fator de Bayes os MHNR homoscedásticos foram os que melhor ajustaram-se aos dados. Pela ordenada preditiva condicional o MA, foi melhor em relação aos MHNR. As herdabilidades nos MHNR foram crescentes nos gradientes ambientais em GPD345 de -60; 0 e +60 kg. As correlações genéticas entre o nível e inclinação das normas de reação foram de alta magnitude caracterizando efeito de escala em interação GxE. Os modelos hierárquicos de normas de reação são eficientes para descrever as alterações nos componentes de variância em função do ambiente ao qual o genótipo está exposto bem como para descrever a presença de interação genótipo x ambiente na característica GPD345 em bovinos Hereford. / The objective of that study was to evaluate different statistical models with different presuppositions to define the best model than it describes the presence of genotype by environment interaction in the characteristic weight post weaning gain (GPD345) of Hereford cattle, by the study of reaction norms to the environment, obtained by aleatory regression, using an bayesian approach. Four hierarchical models of reaction norms (MHNR) and one animal model (MA) they were used through the program INTERGEN. MHNRk uses the solutions of contemporary groups previously esteemed by the standard animal model (MA) and it considers them as environmental level and the one of an only analysis, MHNRS, that esteems those two groups simultaneously of incognito considering in the two methodologies the homogeneous residual variance (hm) and heterogeneous (ht). For the criterion of information of the "deviance", MHRNshm was that it presented better adjustment to the data, followed for MHNRsht, MHNRKhm, MHNRkht and the worst adjustment was obtained by MA, already for the Factor of Bayes the MHNR homoscedastic the ones that best was adjusted to the data were. For the conditional predictive ordinate MA, was better in relation to MHNR. The heritability in MHNR were growing in the environmental gradients in GPD345 -60 Kg; 0 Kg and +60 Kg. The genetic correlations between the level and inclination of the reaction norms were of high magnitude characterizing scale effect in interaction GxE. The hierarchical models of reaction norms are efficient to describe the alterations in the variance components in function of the environment to which the genotipe is exposed and to describe the presence of genotype by environment interaction in the characteristic GPD345 in Hereford catlle.

Orientador : Luis Eduardo Soares Netto / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-02T21:34:53Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Demasi_AnaPaulaDias_D.pdf: 6119509 bytes, checksum: c2567938716903e44d3454768d871456 (MD5) Previous issue date: 2002 / Resumo: Tiorredoxina peroxidase citoplasmática I (cTPxI) é uma enzima antioxidante de Saccharomyces cerevisiae pertencente à família das peroxirredoxinas, conservada desde bactérias até humanos, capaz de reduzir hidroperóxidos às custas de um substrato contendo tio!. Nossos estudos a respeito de sua função em leveduras demonstraram que CTPX1 é altamente expresso em células expostas a diferentes concentrações de peróxido de hidrogênio. Resultados posteriores revelaram que cTPxI é essencial para a defesa antioxidante de células com deficiências respiratórias, demonstrado pela elevada sensibilidade ao H2O2 de células mutantes em CTPX1 (l1ctpxI) com disfunções mitocondriais. Além disso, mostramos que a remoção de DNA mitocondrial ou a deleção do gene COXI0, necessário para a montagem de cito cromo c oxidase, induzem a formação de HzOz. Independentemente de como e onde a função mitocondrial é perturbada, a produção endógena de EROs parece ser necessária para o aumento da sensibilidade ao estresse oxidativo de células Dctpxl Este fenômeno foi demonstrado por testes de viabilidade e por determinações dos níveis de grupos sulfidrila protéica e não protéica. Em acordo, a expressão de CTPX1 é bastante elevada nas condições em que a proteína correspondente é essencial para a defesa antioxidante. Finalmente, obtivemos evidências de que cTPxI especificamente protege células com deficiência respiratória contra EROs, uma vez que deleções de genes que codificam outras peroxidases não promoveram alterações de sensibilidade de células com mitocôndrias funcionalmente defeituosas ao H2O2. Portanto, cTPxI parece ser especialmente importante na proteção de células expostas simultaneamente a fontes de EROs endógenas e exógenas. Deficiências respiratórias são freqüentemente associadas ao processo de envelhecimento, doenças neurodegenerativas e câncer em células humanas. De acordo com nossos resultados, peroxirredoxinas, especialmente aquelas que apresentam elevada similaridade a cTPxI de levedura, poderiam exercer papel decisivo no destino, sobrevivência ou morte, de células afetadas por estas desordens / Abstract: Cytosolic thioredoxin peroxidase I (cTPxI) is a Saccharomyces cerevisiae antioxidant enzyme that belongs to peroxiredoxins family, conserved from bacteria to humans, able to reduce hydroperoxides in the presence of a thiol substrate. Our study concerning its role in yeast cells demonstrated that CTPXI is highly expressed in cells exposed to different H2O2 concentrations. Further results revealed that cTPx I is essential for the antioxidant defense of respiratory deficient cells, demonstrated by high sensitivity to H2O2 of ctpxI mutant cells with dysfunctional mitochondria. In addition, we have shown that lack of mitochondrial DNA or COX10 deletion, gene required for cytochrome c oxidase assembly, lead to H2O2 increased generation. Regardless where or how mitochondrial function is perturbed, endogenous ROS production seems to be necessary to increase sensitivity of ctpxI cells to oxidative stress. This phenomenon was demonstrated by viability tests and by sulfhydryl content determinations. Accordingly, C1PX1 expression was high in conditions where the corresponding protein was essential to antioxidant defense. Finally, we have obtained evidences suggesting that cTPxI specifically protects respiratory deficient cells against ROS, since deletion of genes encoding other peroxidases did not alter the sensitivity of cells with mitochondrial dysfunction to HzOz. Therefore, cTPxI seems to be remarkably important in the protection of cells exposed simultaneously to ROS generated by endogenous and exogenous sources. Respiratory deficiencies are frequently associated with cancer, neurodegenerative diseases and aging in human cells. Our results suggest that peroxiredoxins, specially those with high similarity to yeast cTPxI, could exert decisive role in the destiny, survival or death, of cells affected by these disorders / Doutorado / Bioquimica / Doutor em Biologia Funcional e Molecular

Orientadores: Elcio Perpetuo Guimarães, Catalina Ramis-S / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T18:31:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Badan_AnaClaudiadeCarvalho_D.pdf: 597144 bytes, checksum: 1b60f4d96ffe6707c8d0080b51c847fd (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Orientadores: Jose Andres Yunes, Marcelo Menossi Teixeira / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-03T21:16:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rodrigues_PatriciaCristina_M.pdf: 495249 bytes, checksum: 3807489e52f878aa95cbb67fa6677a53 (MD5) Previous issue date: 2004 / Mestrado

Orientador: Fernando Ferreira Costa / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-03T21:37:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Higa_TatianaTakahashi_D.pdf: 7037768 bytes, checksum: 33246873053ff36625590ad0122d9364 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: o termo Persistência Hereditária de Hemoglobina Fetal (PHHF) é usado para descrever um grupo heterogêneo de doenças hereditárias, caracterizadas por níveis aumentados de HbF na vida adulta, sem outros distúrbios hematológicos significativos.Do ponto de vista das alterações moleculares podem ser caracterizadaspor deleções gênicas ou por mutações de ponto...Observação: O resumo, na integra, podera ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: We report an in vitro expression study ofthe Ay-globin gene promoter containing the Ay-195 C-7G mutation that causes the Brazilian Type ofHereditary Persistence of Fetal Hemoglobin (HPFH). To demonstrate that this mutation results in increased promoter strength, we evaluated the mutant promoter linked to the Hypersensitive Site-2 (HS2) ofthe Locus Control Region (LCR) with the luciferase reporter gene system and examined protein interactions by eletrophoretic mobility shift assay....Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Doutor em Clínica Médica

Orientador : Reginaldo Palazzo Jr / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Engenharia Eletrica e de Computação / Made available in DSpace on 2018-08-03T22:33:04Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Rocha_AndreaSantosLeiteda_M.pdf: 3658632 bytes, checksum: 1d4fe7c8c888bc70780adf35f2c02241 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: Esta dissertação trata da aplicação de métodos polinomiais e topológicos que além de permitir uma classificação rigorosa das moléculas de DNA que formam Nós e Catenanes indicando a estrutura das moléculas relacionadas, são capazes de distingüir entre um número muito grande de Nós e Catenanes qual deverá surgir como produto da recombinação. A motivação principal para esta pesquisa foi o fato de que através da aplicação desses métodos polinomiais e topológicos foram construídos alguns modelos matemáticos capazes de prever os produtos da recombinação. Neste trabalho, tais modelos são construídos da seguinte maneira: No caso de recombinação que possui sítios com repetições diretas, emprega-se a técnica polinomial baseada nas experiências com a enzima resolvase Tn3 para determinar os produtos deste tipo de recombinação; No caso de recombinação que possui sítios com repetições inversas, aplica-se a té<;nica polinomial baseada nas experiências com a enzima integras e para determinar os produtos deste tipo de recombinação / Abstract: This work deals with the application of polynomial and topological methods that in addition to allowing a rigorous classification of DNA molecules forming knots and catenanes, indicate the structure of the related molecules. The power of topological methods lies in the ability to distinguish alternative models by predicting which ones, among an often astronomic number of knots and catenanes, should arise as products of the recombination. The main motivation for this research was the fact that through the application of this polynomial and topological methods some mathematical models are built; these models are capable to predict the products of the recombination. 1n the case of recombination that has sites with direct repetitions, we use the polYl1omial method, which is based on laboratory experiments using resolvase Tn3 enzyme to determine the products of this type of recombination. 1n the case of recombination that has sites with inverted repetitions, we use the polynomial method, which is based on laboratory experiments using integrase enzyme to determine the products of this type of recombination / Mestrado / Mestre em Engenharia Elétrica

Orientador : Ivanhoe Rodrigues Baracho / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-07-19T13:35:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Carvalho_MarcosDavidFigueiredode_D.pdf: 4504200 bytes, checksum: 6c63e3979578763a4a20365d7aba11cd (MD5) Previous issue date: 1994 / Doutorado / Genetica / Doutor em Ciências Biológicas