Muitas são as características quantitativas que são, significativamente, influenciadas por fatores genéticos, em geral, existem vários genes que colaboram para a variação de uma ou mais características quantitativas. As informações ausentes a respeito dos genótipos nos marcadores moleculares é um problema comum em estudo de mapeamento genético e, por conseguinte, no mapeamento dos locus que controlam estas características fenotípicas (QTL). Os dados que não foram observados ocorrem, principalmente, devido a erros de genotipagem e de marcadores não informativos. Para solucionar este problema foi utilizado o método do modelo oculto de Markov para inferir estes dados. Os métodos de acurácias evidenciaram o sucesso da aplicação desta técnica de imputa- ção. Uma vez imputado, na inferência bayesiana estes dados não serão mais tratados como uma variável aleatória resultando assim, numa redução no espaço paramétrico do modelo. Outra grande dificuldade no mapeamento de QTL se deve ao fato de que não se conhece ao certo a quantidade destes que influenciam uma dada característica, fazendo com que surjam diversos problemas, um deles é a dimensão do espaço paramétrico e, consequentemente, a obtenção da amostra a posteriori. Assim, com o objetivo de contornar este problema foi proposta a utilização do método Monte Carlo via cadeia de Markov com Saltos Reversíveis, uma vez que este permite flutuar, entre cada iteração, modelos com diferentes quantidades de parâmetros. A utilização da abordagem bayesiana permitiu detectar cinco QTL para a característica estudada. Todas as análises foram implementadas no programa estatístico R. / There are many quantitative characteristics which are significantly influenced by genetic factors, in general, there are several genes that contribute to the variation of one or more quantitative trait. The missing information about the genotypes in molecular markers is a common problem in studying genetic mapping and therefore the mapping of loci that control these phenotypic traits (QTL). The data were not observed occur mainly due to errors in genotyping and uninformative markers. To solve this problem the method of occult Markov model to infer this information was used. Techniques accuracies demonstrated the successful application of this technique of imputation. Once allocated, in the Bayesian inference this data will no longer be treated as a random variable thus resulting in a reduction in the parameter space of the model. Another great difficulty in mapping QTL is due to the fact that no one knows exactly the amount of these which influence a given characteristic, so that several problems arise, one of them is dimension of the parameter space and, consequently, obtaining the sample a posterior. Thus, in order to solve this problem using the method via Monte Carlo Markov chain Reversible Jump was proposed, since this allows fluctuate between each iteration, models with different numbers of parameters. The use of the Bayesian approach allowed five QTL detected for the studied trait. All analyzes were implemented in the statistical software R.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:42Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2006-02-20Bitstream added on 2014-06-13T19:15:05Z : No. of bitstreams: 1 jaremtchuk_ar_me_botfmvz.pdf: 100783 bytes, checksum: 6d3683f6d5cb14bda645bee4707e1a62 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / O presente experimento teve como objetivo avaliar as características agronômicas, composição químico-bromatológica e extração de potássio de cinco genótipos de milho para silagem. O delineamento foi realizado em parcelas subdivididas no delineamento em blocos ao acaso, com 3 híbridos (DKB 390, AGX 8517, A-2560) e 2 variedades (AL-Bianco, Piratininga), em 2 alturas de corte (20 e 40 cm acima do solo) e 4 repetições. Após a colheita foram realizadas as determinações de parâmetros bromatológicos e potássio (K), bem como simulação para estimativa de produção de leite/ha (EPL) e da ingestão de MS (EIMS). Houve aumento no teor de MS com a elevação da altura de corte (P<0,05), sendo observados valores de 31,7 e 33,9%, para 20 cm e 40 cm respectivamente. A produção de MS/ha para os genótipos cortados a 20 cm variou entre 10,24 e 12,08 t e para 40 cm entre 8,92 e 10,51 t. A elevação na altura de corte reduziu em média 19,1% a extração de potássio. O aumento na altura de corte levou à redução na EPL/ha e ao aumento na EIMS. Os genótipos de milho estudados devem ser cortados a 20 cm de altura do solo por proporcionar maior produtividade animal por área em relação aos genótipos cortados a 40 cm do solo.

Submitted by Katiane Souza (katyane.souza@gmail.com) on 2016-06-05T14:30:20Z No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2173132 bytes, checksum: 26847d26f9234311c1ecbcd39be1a04e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-05T14:30:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arquivototal.pdf: 2173132 bytes, checksum: 26847d26f9234311c1ecbcd39be1a04e (MD5) Previous issue date: 2015-05-29 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The Cercospora leaf spot is an serious fungal disease of plants of the genus Capscum, it is caused by fungi of genus Cercospora, which produce a toxin, the cercosporin, that has a red coloration which is very toxic to the plant tissues. Therefore, this work purpose was realize a characterization of this disease in ornamental chili plants, as well as, try the efficiency of cercosporin toxin in the genotype of chili ornamental plants. Therefore, it has proceeded an organs collet of infected organs by ornamental chili plants grown in a greenhouse, located in the Science Center Agrarian of Federal University of Paraíba – UFPB/CCA, Campus II, Areia – PB. The samples were taken to the Biotechnology Laboratory of UFPB/CCA for a morphological characterization of the fungus. The disease characterization was did observing plants with symptoms of the disease. To test the efficiency of the cercosporin, it was realized an induction of the production of cercosporin in fungi colonies grown in different in various culture media having as the base coconut milk (LCO), coconut water (ACO), V8 juice (A- V8), leaf extract of pepper (A – P), and water agar (A-A). After that, the toxin was identified throw de change of coloration to green of the fungal solution in contact with the alkaline way, KOH 5N. After this moment of identification, it was realized a quantification and an extraction of cercosporin with the aid of extractor solution Tris-HCl that has pH 6,8. The toxin quantification was made using the Bradford method, proceeding its inoculation in leaves of seven genotypes of chili plants using the concentration that best expressed the symptoms. When the results was analyzed, it has observed that fungous structure was the same kind of the description of the cercospora capsici fungi, which is the responsible for the Cercospora leaf spot has said the Koch postulate. Direct isolation method has given the possibility the achievement of fungus in all plants parts, and, the indirect method have given possibility it with the branches. The water agar base way has promote a bigger mycelial growth, and the leaf extract base way improve a bigger colony proportion. The ACO way has promote the toxin expansion in all Petri dish and has have a bigger quantity of cercosporin for mycelial disc. All the way, except the A-A, has induced a cercosporin produce. The coconut milk base way and the leaf extract with and without gelling present the biggest cercosporina production. The isolated grown in the A-A way has produced quantities of cercosporin equal the isolated grown in the LCO and P-A ways with gelling. The toxin concentrations 40% and 50% showed better the cercosporin symptoms. The UFPB 131, UFPB 132, and UFPB 358 has showed tolerance to the cercosporin toxin. / A cercosporiose é uma grave doença fúngica de plantas do gênero Capsicum, causada por fungos do gênero Cercospora, que se caracterizam por produzir uma toxina, a cercosporina, de coloração vermelha de alta toxidez aos tecidos vegetais. Com isso, o objetivo do trabalho foi realizar a caracterização da doença em plantas de pimenteiras ornamentais, bem como, testar a eficiência da toxina cercosporina na seleção de genótipos de pimenteiras ornamentais. Para isso, procedeu-se a coleta de órgãos infectados de plantas de pimenteiras ornamentais cultivadas em casa de vegetação, no Centro de Ciências Agrárias da Universidade Federal da Paraíba - UFPB/CCA, Campus II, Areia – PB. As amostras foram encaminhadas para o Laboratório de Biotecnologia da UFPB/CCA, para a caracterização morfológica do fungo. A caracterização da doença foi realizada observando plantas com sintomas da doença. Para testar a eficiência da cercosporina, realizou-se a indução da produção de cercosporina em colônias fúngicas cultivadas em diferentes meios de cultura à base de leite de coco (LCO), água de coco (ACO), suco V8 (A-V8), extrato de folhas de pimenteiras (A-P) e água-ágar (A-A). Em seguida, identificou-se a toxina através da mudança de coloração para verde da solução fúngica em contato com o meio alcalino KOH 5N. Após a identificação foi realizada a quantificação e a extração da cercosporina, com auxilio da solução extratora Tris-HCl com pH 6,8. A quantificação da toxina foi feita pelo método de Bradford, procedendo a sua inoculação em folhas de sete genótipos de pimenteiras utilizando a concentração que melhor expressou os sintomas. Analisando os dados, observou-se que estruturas fúngicas presentes em lesões de pimenteiras foram semelhantes às descritas para o fungo Cercospora capsici, e confirmando como causador de cercosporiose pelo postulado de Koch. O método de isolamento direto possibilitou a obtenção do fungo em todas as partes vegetais e o método indireto utilizando os ramos. O meio à base de ágar-água promoveu o maior crescimento micelial e o meio à base de extrato de folhas de pimenteira o maior tamanho da colônia. O meio ACO promoveu a expansão da toxina em toda a placa de Petri e obteve a maior quantidade de cercosporina por disco micelial. Todos os meios, com exceção do meio A-A, induziram a produção de cercosporina. Os meios à base de leite de coco e extrato de folha de pimenteira com e sem geleificante apresentaram as maiores produções de toxina. Os isolados cultivados no meio A-A produziram quantidades de cercosporina iguais aos dos isolados cultivados nos meios LCO e P-A com geleificantes. As concentrações da toxina 40 e 50% foram as que melhor expressaram os sintomas de cercosporiose. Os genótipos UFPB 131, UFPB 132 e UFPB 358 apresentaram tolerância à toxina cercosporina.

Made available in DSpace on 2016-12-06T17:42:08Z (GMT). No. of bitstreams: 1 PGPV15DA026.pdf: 3639882 bytes, checksum: 1206d344d1bc8cd0853a09b84490eff6 (MD5) Previous issue date: 2015-08-07 / In potato crops the presence of insects and diseases requires the use of phytosanitary products of synthetic origin, which increases both the economic costs and the social. In this context the search for not waste control measures and regional germplasm are promising alternatives to potato crops. This work was carried out to evaluate the effect of homeopathic preparations and local germplasm in the potato crop protection as well as on the production and storage of tubers. Under organic farming system. They were conducted over two crop cycles, two different field experiments. One to evaluate the effect of homeopathic preparations and one for evaluating the performance of germplasm potatoes. Both experiments were conducted in two different locations in Lages and Quilombo, SC. during 2012/13 and 2003/14 seasons. To test the effect of homeopathic preparations used were three commercial varieties of potato (BRS-Ana, BRS-Eliza and Cota) who underwent five treatments: 1) Silicea 12 CH; 2) 60 CH Silicea; 3) Hypericum 12 CH; 4) Hypericum 60 CH; 5) control without application. The application in a double-blind system starting at twenty days after planting, completed in full bloom, totaling eight applications. It was found in these experiments that the BRS-Ana variety has the potential production under organic production system, the product Silicea 12CH and 60CH Hypericum is promising to control disease in potatoes. The local resistance of potato genotypes to diseases and insects. The results in different environments and evaluation dates, show significant differences between genotypes / varieties, for different insect pests evaluated. The results for insect pests and fresh weight loss show significant differences between genotypes and varieties for different environments / Nos cultivos de batata a presença de insetos e doenças requer o emprego de produtos fitossanitário de origem sintética, o que eleva tanto os custos econômicos como os sociais. Neste contexto a busca por medidas de controle não residuais e por germoplasma regional são alternativas promissoras para os cultivos de batata. Este trabalho foi conduzido com o objetivo de avaliar o efeito de preparados homeopáticos e de germoplasma local na proteção de plantas de batatas, bem como sobre a produção e conservação de tubérculos. Sob o sistema de cultivo orgânico. Foram conduzidos, durante dois ciclos de cultivo, dois diferentes experimentos de campo. Um para avaliar o efeito de preparados homeopático e outro para avaliar o desempenho de germoplasma de batatas. Ambos os experimentos foram conduzidos em dois diferentes locais, no município de Lages e Quilombo, SC. durante as safras 2012/13 e 2003/14. Para testar o efeito de preparados homeopáticos foram utilizadas três variedades comerciais de batata (BRS-Ana, BRS-Eliza e Cota) que foram submetidas a cinco tratamentos: 1) Silicea 12 CH; 2) Silicea 60 CH; 3) Hypericum 12 CH; 4) Hypericum 60 CH; 5) testemunha sem aplicação. A aplicação seguindo sistema duplo-cego, iniciando aos vinte dias após o plantio, finalizadas na plena floração, totalizando oito aplicações. Verificou-se nestes experimentos que A variedade BRS-Ana apresentou potencial produtivo sob sistema orgânico de produção, o preparado Silicea 12CH e Hypericum 60CH é promissor para manejo fitossanitário da batateira. A resistência de genótipos locais de batata a doenças e a insetos. Os resultados em diferentes ambientes e datas de avaliação, revelam diferenças significativas entre genótipos/variedades, para os diferentes insetos-pragas avaliados. Os resultados para insetos-pragas e perda de massa fresca evidenciam diferenças significativas entre os genótipos e variedades para os diferentes ambientes

Avaliou-se o efeito de diferentes cultivares, híbridos e gêneros afins de Citrus sobre o comportamento e biologia da lagarta minadora-dos-citros (LMC) Phyllocnistis citrella e o efeito do inseto sobre alguns destes materiais com a finalidade de encontrar, dentre os materiais testados, genótipos resistentes que afetem o comportamento de alimentação e de oviposição, e/ou a biologia da LMC, assim como genótipos que sejam menos danificados por P. citrella. Para a criação de manutenção de P. citrella, em laboratório, utilizaram-se gaiolas e como planta hospedeira, mudas de limão Cravo (Citrus limonia L. Osbeck). Inicialmente, foi feito o screening com 23 genótipos de citros por meio da exposição de mudas destas plantas a adultos da praga. Como padrão suscetível utilizou-se o limão Rugoso (C. jambhiri). Com base no número de ovos e de pupas encontrados em cada planta, cinco genótipos mostraram-se mais promissores: tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex. Tanaka), os híbridos C x R4 (C. sunki x Poncirus trifoliata), C x R315 (C. sunki x P. trifoliata ), M x P222 (C. sinensis x Tangor Murcott) e o gênero afim Trifoliata Limeira (P. trifoliata ). A seguir, avaliou-se a preferência para oviposição, o desenvolvimento e a reprodução dos insetos criados nestes seis genótipos. No teste de preferência para oviposição com chance de escolha o híbrido C x R315 e o gênero afim Trifoliata Limeira foram os genótipos menos preferidos pela LMC, enquanto no teste sem chance de escolha, o efeito dos genótipos foi menos evidente, constatando-se diferença apenas entre os genótipos Trifoliata Limeira, o menos ovipositado e o limão Rugoso, o mais ovipositado. Os diferentes genótipos de citros não influenciaram a duração e a viabilidade das fases de ovo, larva e pupa de P. citrella. Observou-se, contudo, influência dos genótipos no tamanho e peso de pupas, destacando-se o híbrido C x R4 como o menos adequado. Fêmeas provenientes de lagartas criadas nos híbridos C x R4 e C x R315 foram as menos fecundas. No teste de tolerância, concluiu-se que dano foliar foi o parâmetro que melhor discriminou os genótipos em relação ao ataque de P. citrella, assim como, pesos fresco e seco não foram parâmetros adequados para estudos de tolerância. Os genótipos Trifoliata Limeira e o seu híbrido C x R4 se comportaram como tolerantes à LMC, enquanto a tangerina Sunki e o limão Rugoso foram suscetíveis. / The objective this study was to evaluate the effect of different cultivars, hybrids and genera related to Citrus on behavior and biology of the citrus leafminer (CLM), Phyllocnistis citrella. The effect of the host plant on feeding (nutritional) and oviposition behavior, and/or the biology of CLM was assessed to find resistant or tolerant genotypes.The insects were maintained in laboratory in cages. Lemon (Citrus limonia L. Osbeck) Cravo seedlings were used as host plant. Initially, 23 genotypes of citrus were screened by exposing the seedlings of these plants to adults of this pest. The susceptible lemon (C. jambhiri) Rugoso was used as control. Based on the number of eggs and pupae obtained on each plant, five genotypes were selected as the most promising: tangerina Sunki (Citrus sunki Hort. ex. Tanaka), the hybrids C x R4 (C. sunki x Poncirus trifoliata), C x R315 (C. sunki x P. trifoliata), M x P222 (C. sinensis x Tangor Murcott) and P. trifoliata (Trifoliata Limeira). So, the oviposition preference, and the development and reproduction of the insect were evaluated on these six genotypes. In the free-choice oviposition preference test the hybrid C x R315 and Trifoliata Limeira were the least preferred by CLM. In the no-choice test, the effect of genotypes was less evident occurring less oviposition in Trifoliata Limeira than in lemon Rugoso. The different genotypes of citrus did not influence the duration and viability of egg, larval and pupal stages of P. citrella. It was therefore observed that genotypes influenced size and pupal weight, being the hybrid C x R4 the least adequate. Females from larvae reared on hibrids C x R4 and C x R315 oviposited the least numbers of eggs. In the tolerance test, it was concluded that leaf damage was the better parameter for discriminating the genotypes in relation to attack by P. citrella. The fresh and dry weight were not adequate parameters for tolerance study. The genotypes Trifoliata Limeira and its hybrid C x R4 were tolerants to CLM while tangerina Sunki and the lemon Rugoso were susceptible.

O objetivo deste trabalho foi desenhar primers, amplificar fragmentos de três loci que codificam antígenos de superfície de protozoários do gênero Sarcocystis spp. isolados do intestino de marsupiais do gênero Didelphis spp., sequenciar os fragmentos gênicos de todos isolados e compará-los entre si e com fragmentos de sequências homólogas disponíveis no GenBank. Trinta e duas amostras de Sarcocystis spp. de gambás do Estado do Rio Grande do Sul, Brasil, tiveram o DNA extraído e amplificado utilizando marcadores moleculares em genes codificadores de antígeno de superfície (SAG-2, SAG-3, e SAG-4). Entre essas amostras, 28 tiveram pelo menos um dos fragmentos gênicos sequenciados. Foi possível sequenciar os 3 fragmentos gênicos de 20 amostras. As análises das sequências dos genes renderam os seguintes resultados: SAG-2: 275 nucleotídeos e sete alelos para 26 amostras; SAG-3: 353 nucleotídeos e seis alelos para 21 amostras; SAG-4: 278 nucleotídeos e onze alelos para 25 amostras. Para cada marcador, análises filogenéticas foram realizadas empregando métodos de distância. As reconstruções filogenéticas permitiram verificar as relações de ancestralidade entre os diferentes alelos, que foram nomeados de acordo com o critério de evolução inferido na topologia das árvores. Para os três loci, diferentes alelos foram agrupados em três grupos ou genótipos, que foram nomeados com caracteres em números romanos I, II, III e IV. Diferenças intra-genótipo (sub-genótipos) foram representados por letras minúsculas (Ia, Ib, Ic, etc.). Cada alelo foi nomeado com numeração arábica (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). Nas analises filogenéticas concatenadas baseada em dados de aminoácidos foi possível dividir as amostras dentro de três grupos. A filogenia baseada nas sequências de aminoácidos indica que três grupos de organismos devem existir dentro do complexo de indivíduos da população estudada (Sarcocystis-RS, Falcatula-like e Neurona-like). Embora o grupo designado como Sarcocystis-RS tenha um único alelo para o locus gênico SAG-3 (configuração do tipo III), táxons deste grupo compartilham alelos com indivíduos do grupo Falcatula-like. Assim, seria plausível assumir que exista uma troca gênica entre as duas populações. No que diz respeito ao grupo Neurona-like, nenhum dos indivíduos deste grupo compartilham alelos com indivíduos de outros grupos. No entanto, esta observação precisa ser confirmada, pois as análises foram baseadas em poucas sequências Neurona-like (duas sequências). Este relato revela uma notável diversidade genética entre os isolados de Sarcocystis spp de gambás do Brasil. / The present work aimed to design primers and amplify fragments of three loci that code for surface antigens of the protozoan genus Sarcocystis spp. isolated from intestine of marsupials of the genus Didelphis spp and to sequence the gene fragments of all isolates and compare them with each other and with fragments of homologous sequences available in GenBank. Thirty two samples of Sarcocystis spp. from opossums from the State of Rio Grande do Sul, had the nuclear DNA extracted and amplified using the molecular markers targeted to genes encoding surface antigens (SAG-2, SAG-3, and SAG-4). Among these samples, 28 had at least one of the gene fragments sequenced. It was possible to sequence the three gene fragments from 20 samples. The analysis of gene sequences yielded the following results: SAG-2: 275 nucleotides and seven alleles for 26 samples; SAG-3: 353 nucleotides and six alleles for 21 samples; SAG-4: 278 nucleotides and eleven alleles for 25 samples. For each marker phylogenetic analysis was performed employing distance methods. The phylogenetic reconstructions allowed us to verify the ancestry relationships between different alleles, which were named according to the criteria of evolution inferred from the tree topology. For the three loci, different alleles were grouped into three groups or genotypes, which were named with characters in Roman numerals I, II, III and IV. Intra-genotype differences (sub-genotypes) were represented by lowercase letters (Ia, Ib, Ic, etc.). Each allele was named with Arabic numerals (Ia1, Ia2, Ia3, etc.). With concatenated phylogenetic analysis based on amino acid dataset it was possible to divide the samples into three groups. The amino acid based phylogeny indicates that three groups of organisms must exist within the complex of individuals in the population studied (Sarcocystis-RS, Falcatula-like, and Neurona-like). Although the group designated as Sarcocystis-RS has a unique allele for the genetic locus SAG-3 (configuration type III), the taxa of this group share alleles with individuals in the Falcatula-like. Thus, it is plausible to assume that gene exchange occurs between these two populations. Regarding the Neurona-like group, none of the individuals in this group share alleles with individuals of the other groups. However, this observation remains to be confirmed, because this analysis was based on very few Neurona-like sequences (two sequences). This report reveals a striking genetic diversity among Sarcocystis spp isolated from opossums from Brazil.

Os astrovírus são agentes virais associados com enteropatias e infecções extra-intestinais em aves, ocasionando prejuízos no desenvolvimento produtivo e saúde animal. Porém, são escassos os estudos no Brasil que visem a detecção e caracterização deste vírus com maior amplitude. Nesse contexto, detectaram-se e caracterizaram-se cepas de astrovírus a partir de 60 amostras fecais de aves procedentes de diferentes criações comerciais brasileiras (postura, corte e matrizes), mediante o emprego de uma reação PanAstrovírus como triagem inicial, que consistiu numa reação de RT-hemi-nested-PCR, visando a amplificação e posterior sequenciamento de um segmento parcial do gene RdRp (RNA polimerase dependente de RNA) do gene ORF1b, uma região gênica conservada entre todos os astrovírus. Subsequentemente, nas amostras positivas na triagem, realizou-se a amplificação, clonagem e sequenciamento do gene ORF2 codificante do capsídeo viral, analisado mediante análise filogenética. Os dados obtidos demonstraram uma frequência de infecção por astrovírus em 48,3% (29/60) das amostras analisadas. As espécies virais detectadas foram as seguintes: Avastrovírus 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) em 72,4% (21/29), Chicken Astrovírus (CAstV) em 6,8% (2/29) e Avastrovírus 1 (Turkey Astrovírus tipo 1, TAstV-1) em 20,8% (6/29) das amostras positivas. O sequenciamento total do gene ORF2 foi possível em oito amostras (8/21) positivas a ANV, em uma amostra (1/6) positiva a TAstV-1 e uma amostra (1/2) positiva para CAstV. A análise deste gene revelou, nas sequências ANV, a presença de três genótipos bem diferenciados, segundo critérios do Astroviridae Study Group, sendo que um deles, agrupou-se dentro do genótipo 5. Além disso, quando analisado com sequências procedentes de outras regiões, as sequências deste estudo formaram seis clusters, dois deles, relacionados com sequências procedentes de Austrália e Reino Unido. O análise do ORF2 em CAstV, revelou também um agrupamento com cepas procedentes do Reino Unido. Já o análise da ORF2 de TAstV-1, revelou divergência genética com cepas isoladas em Estados Unidos, que foram as únicas sequências disponíveis no GenBank. O presente estudo traz a luz vários dados epidemiológicos concernentes aos astrovírus aviário de origem brasileira o que permitirá a realização de outros estudos relacionados a epidemiologia deste vírus, seus possíveis riscos potenciais em saúde pública e a adoção de medidas de controle direcionadas a este agente / The astroviruses are viral agents associated with enteropathy and extraintestinal infections in poultry, causing injuries to the productive development and animal health. However, are scarce the studies in the Brazil that aimed to detection and characterization of this virus with greater scale. In this context, were detected and characterized astrovirus strains from 60 fecal samples of poultry from differents Brazilian commercial flocks (laying hens, broilers and breeders) by using of the Pan-Astrovirus reaction as initial screening, consisting of RT-Hemi-nested PCR reaction, aiming the amplification and subsequent sequencing of a partial segment of the RdRp gene (RNA polymerase RNA dependent) of the ORF1b gene, a genic conserved region among all of the astroviruses. Thereafter, in the positive samples in the screening, amplification, cloning and sequencing of the ORF2 gene, codificant of the viral capsid, was performed, and analyzed by phylogenetic analysis. The data obtained demonstrated a astroviruses frequency infection in 48,3% (29/60) of the analyzed samples. The viral species detected were the following: Avastroviruses 2 (Avian Nephritis Virus, ANV) in 72,4 % (21/29), Chicken Astrovirus (CAstV) in 6,8% (2/29) and Avastrovirus 1 (Turkey Astrovirus type 1, TAstV-1) in 20,8% (6/29) of the positive samples. The total sequencing of the ORF2 gene was possible in eight positive samples (8/21) to ANV, in one positive sample (1/6) to TAstV-1 and a one positive sample (1/2) to CAstV. The analyze of this gene showed, in the ANV sequences, the presence of three distinct genotypes, according to the Astroviridae Study Group criteria, being one of them, was grouped within of the genotype 5. Furthermore, when analyzed with sequences from other regions, the sequences of this study, formed six clusters, two of them, related with sequences from Australia and United Kingdom. The ORF2 analyze in CAstV showed likewise a grouping with strains from United Kingdom. And the analyze of TAstV-1 ORF2, showed genetic divergence with strains isolated in United States of America, that were the only sequences available in the GenBank. The present study brings to light several data concerning to the Brazilian avian astroviruses, allowing to realization of the others studies related to the epidemiology of this virus, theirs potential public health risks and the adoption of the control measures targeted to this agent

O Toxoplasma gondii apresenta uma estrutura populacional clonal. A análise genotípica do locus SAG2 foi realizada para determinar a ocorrência de diferentes linhagens de T. gondii (tipos I, II e III) em gatos domésticos. Amostras de soro de 237 gatos de 15 municípios no estado de São Paulo foram testadas para pesquisa de anticorpos anti-T. gondii através do teste de aglutinação modificado (MAT). Anticorpos (MAT &ge; 25) foram encontrados em 84 (35,4%) dos 237 gatos. Com os tecidos (cérebro, coração, língua e musculatura esquelética) de 71 gatos positivos foram realizados bioensaios em camundongos (cinco camundongos por grupo) sendo obtidos 47 isolados. A análise de polimorfismo de comprimento dos fragmentos de DNA gerados por enzimas de restrição (RFLP) sobre produtos do locus SAG2 amplificados pela PCR revelou que 34 isolados (72,4%) eram do tipo I, 12 (25,5%) eram do tipo III e um (2,1%) apresentava infecção mista (tipo I e tipo III). Não houve isolado do tipo II. A maioria dos isolados do tipo I (23/34) causou o óbito de todos os camundongos infectados e a maioria dos isolados do tipo III (7/12) não levou ao óbito nenhum camundongo infectado. Foram encontrados cistos no cérebro dos camundongos infectados em todos os 47 isolados. A determinação genotípica também foi feita diretamente das amostras primárias dos gatos (homogeneizados de tecidos) usando a nested-PCR-RFLP. A caracterização do locus SAG2 foi bem sucedida em 80,4% (37/46) das amostras testadas. Os genótipos obtidos das amostras primárias foram idênticos aos dos isolados correspondentes. O genótipo misto foi confirmado pelo seqüenciamento direto de DNA dos produtos da PCR obtidos do isolado e da amostra primária do gato. Amostras dos cinco camundongos infectados com este isolado foram seqüenciadas. Três camundongos se infectaram com o genótipo tipo III, um com o genótipo tipo I e o outro com o genótipo misto, demonstrando que infecções mistas podem originar diferentes padrões de infecção em um hospedeiro. / Toxoplasma gondii has a clonal population structure. Genotypic analysis of the SAG2 locus was performed to determine the occurrence of the different lineages of T. gondii (types I, II and III) in domestic cats. Antibodies to T. gondii were determined in serum samples of 237 cats from 15 counties in São Paulo state, Brazil, by the modified agglutination test (MAT). Antibodies (MAT &ge; 25) were found in 84 (35.4%) of 237 cats. Tissues (brain, heart, tongue and skeletal muscle) of 71 of the positive cats were bioassayed in mice (five mice per group). Forty-seven isolates were obtained. Restriction fragment length polymorphism (RFLP) in PCR-amplified SAG2 products revealed that 34 isolates (72.4%) were type I, 12 (25.5%) were type III and one (2.1%) was mixed with type I and type III. There was no type II isolate. Most of the type I isolates (23/34) killed all infected mice and most of the type III isolates (7/12) killed no infected mice. Tissue cysts were found in mice infected with all 47 isolates. The genotype determination was also made directly from primary samples from cats (tissue homogenates) using nested-PCR-RFLP analysis. Characterization of the SAG2 locus was successful in 80.4% (37/46) of the samples tested. Genotypes obtained from primary samples were the same as those from the corresponding isolates. The mixed genotype was confirmed by direct DNA sequencing of PCR products from the isolate and from the cat primary sample and samples from the five mice infected with this isolate were sequenced. Three had type III genotype, one had type I, and one had type I + type III, demonstrating that mixed infections can originate different patterns of infection in a host.

O objetivo deste estudo foi avaliar a plataforma OpenArray para testes genéticos em doadores de sangue e determinar as frequências genotípicas e alélicas de alterações pontuais (SNPs) associadas à trombose venosa (G1691A e G20210A), à hiperhomocisteinemia (C677T, A1298C), e à hemocromatose hereditária (C282Y, H63D e S65C) na população de doadores de sangue de São Paulo, Brasil. Foram analisadas 400 amostras de sangue total coletadas de outubro a novembro de 2011. A detecção dos SNPs foi realizada utilizando a tecnologia de microarray em superfície sólida OpenArray. As amostras também foram analisadas utilizando a técnica de PCR em Tempo Real sistema FRET para comparação dos resultados e determinação da acurácia do sistema OpenArray. Observamos que houve 100% de concordância de resultados entre ambas as técnicas para todas as amostras, em todas as variantes pesquisadas, com exceção da mutação C282Y no gene HFE, a qual apresentou 99,75% de concordância. O resultado da amostra em questão foi posteriormente confirmado por sequenciamento direto (Sanger), que confirmou o resultado fornecido pelo método OpenArray. As frequências calculadas para cada SNP foram: FV G1691A 98,8% (G/G), 1,2% (G/A); FII G2021A 99,5% (G/G), 0,5% (G/A); MTHFR C677T 45,5% (C/C), 44,8% (C/T), 9,8% (T/T); MTHFR A1298C 60,3% (A/A), 33,6% (A/C), 6,1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78,1%(C/C), 20,3% (C/G), 1,6% (G/G); e HFE S65C 98,1% (A/A), 1,9% (A/T). Esses resultados descrevem as frequências de SNPs associados a doenças e são importantes para aprimorar o conhecimento atual do perfil genético da população de doadores de sangue brasileiros, embora um estudo maior seja necessário para determinar com a maior acurácia a frequência das mutações pesquisadas. Além disso, observamos que a plataforma OpenArray, demonstrou alta taxa de concordância com o método de PCR em Tempo Real sistema FRET. / The aim of this study was to evaluate the OpenArray platform for genetic testing of blood donors and to assess the genotype frequencies of nucleotide-polymorphisms (SNPs) associated with venous thrombosis (G1691A and G20210A), hyperhomocysteinemia (C677T, A1298C), and hereditary hemochromatosis (C282Y, H63D and S65C) in blood donors from Sao Paulo, Brazil. We examined 400 blood donor samples collected from October to November 2011. The SNPs were detected using OpenArray technology. The blood samples were also examined using a real-time PCR-FRET system to compare the results and determine the accuracy of the OpenArray method. We observed 100% agreement in all assays tested, except HFE C282Y, which showed 99.75% agreement. The HFE C282Y assay was further confirmed through direct sequencing, and the results showed that OpenArray analysis was accurate. The calculated frequencies of each SNP were FV G1691A 98.8% (G/G), 1.2% (G/A); FII G2021A 99.5% (G/G), 0.5% (G/A); MTHFR C677T 45.5% (C/C), 44.8% (C/T), 9.8% (T/T); MTHFR A1298C 60.3% (A/A), 33.6% (A/C), 6.1% (C/C); HFE C282Y 96%(G/G), 4%(G/A), HFE H63D 78.1%(C/C), 20.3% (C/G), 1.6% (G/G); and HFE S65C 98.1% (A/A), 1.9% (A/T).Taken together, these results describe the frequencies of SNPs associated with diseases and are important to enhance our current knowledge of the genetic profiles of Brazilian blood donors, although a larger study is needed for a more accurate determination of the frequency of the alleles. Furthermore, the OpenArray platform showed a high concordance rate with standard FRET RT-PCR

O objetivo deste trabalho foi avaliar a infecção pelo vírus da hepatite C (HCV) em indivíduos de Londrina e regiões circunvizinhas. Amostras de doadores de sangue e de indivíduos infectados pelo vírus da imunodeficiência humana (HIV) foram analisadas pela metodologia de enzimaimunoensaio de micropartículas (MEIA), obtendo-se a freqüência de positividade para anticorpos anti-HCV de 0,8% e de 20,2%, respectivamente. Um conjunto de 185 amostras soropositivas para anti-HCV pelo MEIA foi submetido a outros testes laboratoriais, para avaliação da correlação entre os diferentes métodos empregados. Apenas 79% destas amostras apresentaram resultado reagente em um segundo teste imunoenzimático (ELISA) empregado, sendo que a maior proporção de resultados discordantes ocorreu entre doadores de sangue. O mesmo ocorreu na pesquisa do RNA viral, onde 111 (67%) das 166 amostras analisadas apresentaram resultado positivo, sendo que a positividade foi maior entre indivíduos HIV soropositivos e pacientes com hepatite crônica do que entre os doadores de sangue. Quinze amostras foram submetidas ao immunoblot (IB), tendo-se obtido resultados positivos neste teste apenas nas amostras reagentes nos dois métodos imunoenzimáticos utilizados. Também pudemos verificar um grande número de amostras com resultado indeterminado no IB, inclusive entre amostras que eram negativas no segundo teste sorológico. Embora a amostragem fosse pequena, com apenas 61 amostras analisadas, a genotipagem do HCV revelou que os genótipos circulantes em nossa região são o tipo 1 (77,1%), seguido do tipo 3 (21,3%) e o tipo 2 (1,6%). Finalmente, avaliamos alguns fatores de risco associados à infecção pelo HCV, sendo que o principal fator de risco encontrado em indivíduos co-infectados pelo HIV/HCV foi o uso de drogas injetáveis, e em indivíduos sem infecção pelo HIV foi a transfusão sangüínea. O presente estudo contribuiu para a avaliação do perfil da infecção pelo HCV em indivíduos da nossa população, permitindo inclusive verificar a distribuição dos genótipos do HCV nesta região. / The objective of this work was to evaluate hepatitis C virus (HCV) infection in individuals of Londrina, Paraná State, Brazil, and adjacent areas. Samples of blood donors and individuals infected with Human Immunodeficiency virus (HIV) were analyzed by microparticle enzyme immunoassay (MEIA). Anti-HCV antibody frequency was 0.8% in blood donors, and 20.2% in HIV patients. A group of 185 anti-HCV positive samples by MEIA was submitted to other laboratorial tests, in order to access the correlation among different methods used. Only 79% of samples were reactive by a second antibody-screening test (enzime-linked immunosorbent assay - ELISA), and a great proportion of discordant results was verified among blood donors. The same happened at HCV-RNA detection by polymerase chain reaction (PCR), where 111/166 (67%) of samples showed positive results, which was greater among HIV positive individuals and patients with chronic hepatitis than among blood donors. Only 15 samples were submitted to immunoblot (IB): positive results were obtained only at samples which were also reactive by the two antibody-screening tests used. We could also verify a great number of anti-HCV indeterminate results by IB, which also happened among samples tested negative by the second serologic assay. Although the small number of samples used in genotype determination of HCV, only 61, our data revealed that the circulating genotypes in our region are type 1 (77.1%), followed by type 3 (21.3%) and type 2 (1.6%). Finally, we evaluated some risk factors associated to HCV infection, and we found that intravenous drug use was the most common risk factor among patients HIV/HCV co-infected, while blood transfusion was the most important risk factor in the group without HIV infection. The present study contributed to the evaluation of HCV infection in our population, so that the distribution of HCV genotypes in the region could be accessed.