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Polimorfismos da região 3' não traduzida do gene HLA-G em mulheres com câncer de mama de Santa Catarina

Hausmann, Leili Daiane January 2016 (has links)
Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e do Desenvolvimento, Florianópolis, 2016. / Made available in DSpace on 2016-09-20T05:07:21Z (GMT). No. of bitstreams: 1 340359.pdf: 2177063 bytes, checksum: a8a3960dbad36853b3ba8763364e504b (MD5) Previous issue date: 2016 / O câncer de mama desenvolve-se no tecido mamário, é o segundo tipo de câncer mais frequente no mundo e o mais frequente entre as mulheres. O câncer de mama é considerado uma doença multifatorial que, resulta de interações entre fatores genéticos, imunológicos, ambientais, comportamentais, hormonais e reprodutivos. Com relação ao sistema imune, a expressão de HLA-G está relacionada ao escape da imunovigilância em diversos tumores e sua expressão pode ser influenciada por polimorfismos, principalmente na 3?UTR. O HLA-G possui na 3?UTR dez sítios polimórficos mais estudados: o polimorfismo 14 pb In/Del e nove SNP (+3001 T/C, +3003 T/C, +3010 C/G, +3027 A/C, +3035 C/T, +3142 G/C, +3187 A/G, +3196 G/C e +3227 A/G). A partir disso, o objetivo do estudo foi estudar polimorfismos da 3?UTR do gene HLA-G em 193 mulheres com câncer de mama e em 193 mulheres sem evidência de câncer de mama, visando compreender a ação deste gene no desenvolvimento da doença. Para isso, foi realizado um levantamento de dados epidemiológicos e estes foram testados como fatores de risco. Os dados clínicos Grau de Elston-Ellis e TNM foram obtidos através de prontuários médicos. O DNA foi extraído de sangue total e a genotipagem feita por PCR e visualizada em PAGE 7%, no qual o polimorfismo 14 pb In/Del foi identificado, e por sequenciamento para os outros nove SNP. Após as análises as associações encontradas foram: genótipos AA +3187 como risco para o desenvolvimento do câncer de mama (OR = 1,605) e AG + 3187 como fator de proteção (OR=0,610); associação de proteção para a combinação haplotípica UTR-1 + UTR-3 (OR = 0,320). Com relação ao dado clínico Grau de Elston-Ellis houve associação de risco quando comparados os grupos III e I para os genótipos heterozigotos dos polimorfismos +3010 G/C e +3142 G/C (OR= 4,063 e OR= 3,813, respectivamente). Com relação aos dados epidemiológicos, menopausa (<50 anos) foi relacionada como fator de proteção (OR = 0,467) e a menopausa tardia foi relacionada como fator de risco (OR = 2,142). A utilização de anticoncepcional por 5 anos ou mais foi relacionada como fator de risco (OR = 1,560) e a não utilização foi relacionada como fator de proteção (OR = 0,641). Em conclusão, os polimorfismos da 3?UTR do HLA-G são associados à doença bem como aos dados epidemiológicos analisados neste trabalho.<br> / Abstract : Breast cancer is abnormal cell growth in mammary tissue, is the second most frequent type of cancer worldwide, moreover the most frequent type that affects women. It is considered to be a multifactorial disease that results from the interaction of genetic, immunological, environmental, behavioral, hormonal and reproductive factors. Regarding immunological factors, differential expression of the HLA-G has already been reported as capable to influence cancer ability to evade immune surveillance. HLA-G expression is influenced by the presence of polymorphisms, especially those in the 3'UTR. Ten polymorphic sites are currently well studied, the polymorphism 14 pb In/Del and other nine SNP, i.e. +3001 T/C, +3003 T/C, +3010 C/G, +3027 A/C, +3035 C/T, +3142 G/C, +3187 A/G, +3196 G/C e +3227 A/G. Thus the aim of this study was to analyze the presence of these ten polymorphisms in the 3?UTR of the gene HLA-G in a population of 193 women with and 193 without breast cancer, in order to better understand the effect of this gene on this illness. For that, epidemiological data regarding exposure to possible risk factors were collected, also clinical variables, as Elston-Ellis and TNM scores, were gathered from medical records. The DNA was extracted from whole blood and genotyping was made by PCR and visualized on PAGE 7 %, in which the 14 bp In/Del polymorphism was identified and by sequencing of the nine other SNP. After analysis, the genotype AA +3187 was associated as a risk factor (OR = 1,605), and AG + 3187 (OR=0,610), as well as the haplotype UTR-1 + UTR-3 (OR = 0,320) as protective factors for developing breast cancer. Besides that, we found a risk association between the scores III and I in the Elston-Ellis scale and the heterozygotic genotypes +3010 G/C e +3142 G/C (OR= 4,063 e OR= 3,813, respectively). Regarding the epidemiological data, menopause (<50 years) was a protective factor (OR = 0,467) while late menopause was a risk factor (OR = 2,142). Usage of hormonal contraceptives for 5 or more years was identified as a risk factor (OR = 1,560; p = 0,059), as well as the non-usage as a protective factor (OR = 0,641; p = 0,059). Concluding, the polymorphisms in the 3?UTR of the gene HLA-G were associated to the illness along with the epidemiological data.
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Efeito quimiopreventivo e modulador de HLA-G (Human Leukocyte Antigen - G) de Morelloflavona

Silva, Tarsia Giabardo Alves [UNESP] 29 November 2012 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-06-17T19:34:46Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-11-29. Added 1 bitstream(s) on 2015-06-18T12:47:07Z : No. of bitstreams: 1 000832261.pdf: 4195140 bytes, checksum: 6e2b831f192d8949fd6dfe375c6ff96a (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As atividades biológicas e farmacológicas dos biflavonoides são diversas incluindo suas propriedades imunossupressivas, anticancerígenas, antioxidantes, antiangiogênicas, antibacterianas, antivirais e antifúngicas. No presente estudo, avaliou-se a potencial capacidade do biflavonoide morelloflavona, isolada de Garcinia xanthochymus, em modular a expressão de HLA-G (Human Leukocyte Antigen- G), bem como seu potencial efeito quimiopreventivo. Inicialmente, foi avaliado o índice de morte celular causado pela morelloflavona por meio do ensaio de Anexina V - Iodeto de proídio em PBMC (Células mononucleares do sangue periférico), o qual apresentou índices de morte celular significantes. Através da citometria de fluxo observou-se um aumento da expressão de HLA-G vinculado à membrana celular em linhagens de melanoma (FON) (p < 0,001). Pôde-se observar a indução de HLA-G solúvel em linhagens de melanoma transfectada (M8-HLA-G1) (p < 0,001), sem alteração para os demais tipos celulares estudados, pelo ensaio imunoenzimático- ELISA. A expressão de RNAm de HLA-G também foi induzida pela morelloflavona, observada pela RT- PCR, em células de melanoma M8 que não expressam HLA-G constitutivamente. Ainda, foi avaliada a atividade quimiopreventiva da morelloflavona. Observou-se a duplicação da atividade da enzima quinona redutase na linhagem de hepatocarcinoma celular (Hepa1c1c7) por meio do ensaio quinona redutase. Pelo ensaio do cometa foi possível verificar a capacidade genotóxica e antigenotóxica. Em relação à antigenotoxicidade, a morelloflavona causou dano de DNA no pré-tratamento. No pós-tratamento foi observado que a morelloflavona pode ter a capacidade de reverter danos de DNA causados pelo peróxido de hidrogênio. Sendo assim, os dados demonstrados revelam que a morelloflavona induz a expressão de HLA-G e possui efeito quimiopreventivo. / The biological and pharmacological activities of biflavonoids are diverse, including their immunosuppressive, anticancer, antioxidant, antiangiogenic, antibacterial, antiviral and antifungal properties. In the present study we assessed the potential ability of morelloflavone, a biflavonoid isolated from Garcinia xanthochymus in modulating the expression of HLA-G (Human Leukocyte Antigen-G), as well as their potential chemopreventive effect. First, we measured the rate of cell death by morelloflavone using Annexin V - Propidium iodide assay in PBMC (peripheral blood mononuclear cells), which showed significant levels of cell death. By flow cytometry was observed the increased expression of HLA-G membrane bound in melanoma cells line (FON) (p < 0.001). Also, was observed the induction of HLA-G soluble in transfected melanoma cells line (M8-HLA-G1) (p < 0.001), with no change to other cell types studied by Enzyme-linked immunosorbent assay - ELISA. The expression of HLA-G mRNA was also induced by morelloflavone, observed by RT-PCR, in melanoma cells (M8) that do not express HLA-G constitutively. Still, we evaluated the chemopreventive activity of morelloflavone. We observed a doubling of quinone reductase enzyme activity in hepatocellular carcinoma cells line (Hepa1c1c7) by quinone reductase assay. By comet assay we were able to verify the genotoxic and antigenotoxic capacity. Regarding antigenotoxicity, morelloflavone caused DNA damage pre treatment. In the posttreatment was observed that morelloflavone may be capable of reversing DNA damage caused by hydrogen peroxide. Thus, the data show that morelloflavone induces the expression of HLA-G and has chemopreventive effect. / FAPESP: 09/52716-4 / CNPq: 140022/2010-4 / CAPES: 0103-110
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Avaliação imunogenética de pacientes com anemia falciforme

Cordero, Elvira Alicia Aparicio January 2009 (has links)
Anemia falciforme (AF) é considerada a doença monogênica mais prevalente no Brasil, e resulta de uma mutação pontual no gene da beta-globina que leva à produção de uma molécula de hemoglobina anormal (HbS). A HbS polimeriza quando submetida a baixas tensões de oxigênio, precipitando e causando a deformação dos eritrócitos pois torna rígida sua membrana plasmática que apresentará uma série de alterações e danos. Além disso, a falcemização dos eritrócitos ocasiona anemia severa, lesão de isquemia/reperfusão, superprodução de espécies reativas de oxigênio, inflamação e vaso-oclusão (VO). A VO manifesta-se clinicamente como crises de dor, ou crises vaso-oclusivas (CVOs) que pode levar ao bloqueio de vasos e capilares e ao comprometimento de órgãos. Estes pacientes possuem alta susceptibilidade a infecções, principalmente na infância. Os mecanismos envolvidos no desenvolvimento da VO, no entanto, não estão totalmente elucidados. Estudos acerca deste tema têm sugerido que a VO seria o resultado da interação entre eritrócitos falcêmicos, leucócitos, plaquetas, células endoteliais e substâncias presentes no plasma dos indivíduos afetados. Tais observações como que AF seria o resultado de uma resposta inflamatória exacerbada que estes indivíduos desenvolvem, levaram à formulação da hipótese de que a anemia falciforme se comporta como uma condição inflamatória crônica e sugerindo que uma modulação do sistema imune poderá ser útil para a regulação da sintomatologia clínica. Salientando a carência de dados na literatura referentes à correlação de polimorfismos descritos para genes do sistema imune e a patofisiologia da AF, nosso estudo tem como objetivo principal: Analisar a correlação para polimorfismos descritos para genes do sistema imune e correlacionar-lho com a patofisiologia da AF. Sabemos que o HLA-G é uma molécula HLA não-clássica, que mostrou ser expressa em sítios de inflamação e nas doenças inflamatórias. Na região promotora além de ser altamente polimórfica, encontramos a região UTR 3' que parece desempenhar um papel importante na regulação da expressão do HLA-G. Então, dentre dos polimorfismos avaliados específicamente temos os dos genes HLA-G (14pb) e MiRNA (+3142). Nossos resultados indicam que os polimorfismos do HLA-G de 14pb e +3142 em 93 pacientes com AF, 21 pacientes apresentaram uma infecção pelo VHC e 16 pacientes com AF (22,2%) eram homozigotos para o genótipo +3142C e nenhum deles era positivo para HCV. Nenhum dos resultados obtidos indicou qualquer tipo de imunodeficiência mas pelo contrário, sugerem a existência de uma tendência inflamatória crônica na clínica da AF. Assim fica evidente a importância do polimorfismo +3142 sobre a susceptibilidade a infecções entre os pacientes com SCD.
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Região promotora e codificadora no gene HLA-E estrutura, variabilidade e haplótipos /

Ramalho, Jaqueline January 2017 (has links)
Orientador: Erick da Cruz Castelli / Resumo: Os genes do Complexo Principal de Histocompatibilidade (MHC) codificam moléculas envolvidas com a regulação do sistema imune, participando do reconhecimento do que é próprio ou estranho ao indivíduo. O gene HLA-E, parte do MHC, é caracterizado por apresentar baixa, porém, ampla expressão pelos tecidos do corpo. O HLA-E é extremamente conservado e um dos menos polimórficos entre os genes HLA de classe I. A principal função da molécula HLA-E está relacionada ao mecanismo de imunovigilância, através da interação com receptores de células Natural Killer e linfócitos T. Pontos de variação nas regiões regulatórias e codificadora de HLA-E podem alterar sua função através da modificação da expressão gênica ou estrutura da molécula codificada, influenciando a interação com peptídeos e receptores. O presente trabalho propôs a avaliação da variabilidade do segmento estendido do gene HLA-E, incluindo promotor e íntrons, e estrutura de haplótipos por meio de sequenciamento de nova geração ou sequenciamento massivo paralelo. A metodologia foi aplicada para avaliação da variabilidade de 420 amostras do Estado de São Paulo. Considerando um segmento de mais de 7kb, o gene HLA-E mostrou-se conservado, apresentando poucas sequências diferentes e frequentes. Ao todo, 63 pontos de variação foram encontrados e caracterizados em 75 haplótipos estendidos. Foram encontrados 37 haplótipos de região promotora, porém apenas 10 apresentam frequência superior a 1%. Para a região codificadora, foram encont... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The Major Histocompatibility Complex (MHC) genes encode molecules involved mainly in recognition of self and non self antigens. The HLA-E gene is characterized by low but wide expression among tissues. Thus far, HLA-E is considered a conserved gene and one of the least polymorphic class I HLA genes. The main HLA-E function is related to immune surveillance by the interaction with natural killer cell receptors and T lymphocytes. Variable sites within the HLA-E regulatory and coding segments may influence gene function by modifying its expression pattern or encoded molecule, thus, influencing its interaction with receptors and the peptide. Here we propose an approach to evaluate de complete HLA-E variability, including promoter and introns segments, and the evaluation of the HLA-E haplotype structure by using massively parallel sequencing, or next-generation sequencing. The methodology was applied to survey the variability of a very admixed population such as Brazilians counting 420 samples of São Paulo State. Considering a segment of about 7kb, the HLA-E gene is indeed conserved with few different and frequent sequences. In general, 63 variable sites were detected, arranged 75 extended haplotypes. We found 37 promoter haplotypes, but only 10 presented a frequency greater that 1%. For the coding region, 27 haplotypes were detected, with 15 representing new HLA-E alleles. Nevertheless, the HLA-E conding alleles did encode mainly two different full-length molecules, known as alle... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre
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Análise de polimorfismos de gene HLA-F em amostras de euro-brasileiros da cidade de Curitiba/PR

Manvailer, Luis Felipe Santos January 2012 (has links)
Orientadora : Profª Drª Valéria M. M. Sperandio Roxo / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Genética. Defesa: Curitiba, 27/02/2012 / Inclui referências : f. 31-34;44-51 / Área de concentração : Genética / Resumo: HLA-F é um gene pertencente ao complexo principal de histocompatibilidade (MHC) não clássico. Este gene codifica moléculas MHC de classe Ib com distribuição restrita e menos variações nucleotídicas que genes MHC de classe Ia. Dos 22 alelos registrados no banco de dados IMGT apenas quatro codificam proteínas que diferem em suas estruturas primárias. A fim de estimar o genótipo e as frequências alélicas, este estudo teve como foco as regiões previamente descritas do gene HLA-F que são codificadoras de proteínas. A genotipagem foi feita através de sequenciamento (SBT). A amostra foi composta por 199 doadores de medula óssea sem relações de parentesco entre si e que fazem parte do Registro Nacional de Doadores de Medula Óssea (REDOME), euro-brasileiros, provenientes da região Sul do Brasil. Cerca de 1673 pares de base foram analisados. O alelo mais frequente foi o HLA-F*01:01 (87.19%), seguido por HLA-F*01:03 (12.31%), HLA-F*01:02 (0.25%) e HLA-F*01:04 (0.25%). Significantes desequilíbrios de ligação foram verificados entre alelos do gene HLA-F e alelos de genes HLA de classe I e II. Este é o primeiro estudo sobre polimorfismos do gene HLA-F em uma amostra da população euro-brasileira contribuindo para a caracterização genética da região Sul do Brasil. Palavras-chave: Euro-brasileiros, HLA-F, desequilíbrio de ligação, polimorfismos, população. / Abstract: HLA-F is a non-classical major histocompatibility complex (MHC) gene. It codes class Ib MHC molecules with restricted distribution and less nucleotide variations than MHC class Ia genes. Of the 22 alleles registered on the IMGT database only four alleles encode for proteins that differ in their primary structure. To estimate genotype and allele frequencies, this study targeted on known protein coding regions of the HLA-F gene. Genotyping was performed by Sequence-Based Typing (SBT). The sample was composed by 199-unrelated bone marrow donors from the Brazilian Bone Marrow Donor Registry (REDOME), Euro-Brazilians, from Southern Brazil. About 1673 bp were analyzed. The most frequent allele was HLA-F*01:01 (87.19%), followed by HLA-F*01:03 (12.31%), HLA-F*01:02 (0.25%) and HLA-F*01:04 (0.25%). Significant linkage disequilibrium (LD) was verified between HLA-F and HLA classes I and II alleles. This is the first study regarding HLA-F polymorphisms in a Euro-Brazilian population contributing to the Southern Brazilian genetic characterization. Keywords: Euro-Brazilians, HLA-F, linkage disequilibrium, polymorphisms, population.
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Polimorfismos do gene HLA-DRB1 associados à resposta imune humoral contra o antígeno-1 de membrana apical das variantes de Plasmodium vivax (VK210, VK247 e P. vivax-like)

Herter, Daniela Reis da Costa [UNESP] 10 December 2009 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:20Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-10Bitstream added on 2014-06-13T20:56:15Z : No. of bitstreams: 1 herter_drc_me_sjrp.pdf: 754038 bytes, checksum: 1546a0d9c3ae0583356f9052fe2fb9e8 (MD5) / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico (CNPq) / O presente estudo avaliou a relação entre a resposta de anticorpos contra AMA-1 das variantes de P. vivax (VK210, VK247 e P. vivax-like) e os polimorfismos do gene HLA-DRB1 em populações endêmicas da Amazônia brasileira, para melhor entendimento dos mecanismos que modulam a resposta imune contra a malária. A resposta sorológica foi analisada em indivíduos maláricos e não-maláricos por testes de ELISA para AMA-1. Um subgrupo de amostras foi utilizado para genotipagem do gene HLA-DRB1 por PCR-SSP. Foram detectados 13 alelos diferentes do gene HLA- DRB1, sendo o alelo HLA-DRB1*04 o prevalente na população estudada. Foi detectada uma alta freqüência de respondedores para o antígeno AMA-1, com níveis crescentes de acordo com exposição prévia a malária. Nenhuma associação significativa foi observada entre as variantes da CSP do P.vivax e a resposta a AMA- 1, bem como aos polimorfismos do HLA-DRB1. O HLA-DRB1 apresenta uma distribuição heterogênea na população estudada, evidenciando uma contribuição característica de descendência ameríndia. A resposta de anticorpos contra o antígeno AMA-1 parece não influenciar na epidemiologia das variantes da CSP de P. vivax. Os polimorfismos do gene HLA-DRB1 não influenciam no desenvolvimento de reposta de anticorpos contra o AMA-1 na malária vivax na Amazônia brasileira / To better understand the mechanisms of the immune response modulation against malaria, this study evaluated the relationship among the antibody response to AMA-1 and variants of the circumsporozoite protein (CSP) of the P. vivax (VK210, VK247 and P. vivax-like) and the polymorphisms of HLA-DRB1 gene in populations endemic from the Brazilian Amazon. The antibody response was analyzed in malarial and non-malarial individuals by AMA-1ELISA test. A subset of samples was genotyping of HLA-DRB1 by PCR-SSP. We detected 13 different alleles of HLA-DRB gene, where the HLA-DRB1*04 was the commonest allele. A high frequency of responders to the antigen AMA-1 was detected, with increasing levels according to previous malaria experience. No significant association was observed among the response to P. vivax AMA-1 and, the variants of the CSP and the polymorphisms of HLA-DRB gene. The HLA-DRB1 has a heterogeneous distribution in the population studied, showing an effective contribution of Amerindian groups. The antibody response against the antigen AMA-1 does not influence the epidemiology of variants of the CSP of P. vivax. The polymorphisms of HLA-DRB1 gene do not influence the development of antibody response against AMA-1 in vivax malaria around the Brazilian Amazon region
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Análise epidemiológica e de gene relacionado ao sistema imune (HLA-C - Classe I) e neoplasias intraepitelial cervical II e III

Xavier, Marina Bárbara de Sousa 08 October 2012 (has links)
Resumo
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Estudo da variabilidade da região codificadora e 3'não traduzida do gene HLA-F no Brasil

Lima, Thalitta Hetamaro Ayala [UNESP] 02 October 2015 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2016-06-07T17:12:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2015-10-02. Added 1 bitstream(s) on 2016-06-07T17:17:05Z : No. of bitstreams: 1 000864406_20161231.pdf: 364955 bytes, checksum: 241bbae1fa3954cdb8c6889f02b77148 (MD5) Bitstreams deleted on 2017-01-02T15:03:59Z: 000864406_20161231.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2017-01-02T15:05:12Z : No. of bitstreams: 1 000864406.pdf: 1440504 bytes, checksum: bcb86a989b42a092299f6a4f6fb01464 (MD5) / HLA-F é um gene de classe I não clássico do Complexo Principal de Histocompatibilidade humano. Este locus difere-se dos genes clássicos pelo baixo polimorfismo e diferente padrão de expressão. A exata função do gene HLA-F ainda permanece desconhecida. Acredita-se que o HLA-F possua uma função tolerogênica e imunomodulatória. Atualmente, há pouca informação acerca da variabilidade do gene HLA-F e os estudos disponíveis avaliaram apenas pequenos segmentos do gene e/ou buscaram por variantes já conhecidas. Neste estudo apresentamos uma estratégia para a avaliação completa da variabilidade do gene HLA-F, incluindo suas regiões regulatórias, usando sequenciamento de segunda geração (ou nova geração). Esta estratégia foi aplicada para descrever a variabilidade de uma amostra de 196 indivíduos oriundos do estado de São Paulo. Os resultados indicam que o gene HLA-F é muito conservado, considerando-se as diferentes moléculas codificadas, sendo que todas as sequências encontradas codificam apenas 4 moléculas HLA-F distintas. Uma dessas moléculas, associada ao grupo de alelos F*01:01, representa 82,45% das proteínas codificadas pelas sequências de HLA-F encontradas no Brasil. No entanto, a variabilidade nucleotídica e haplotípica encontrada no presente estudo mostrou-se muito superior a já descrita na literatura, embora a maioria das sequências detectadas apresenta mutações sinônimas ou intrônicas. A região 3' não traduzida do gene HLA-F mostrou-se pouco variável, com haplótipos bem definidos associados aos alelos de região codificadora. Esta baixa variabilidade proteica está provavelmente associada ao papel crítico do HLA-F na fisiologia do sistema imunitário / HLA-F is a non-classical HLA class I gene and is distinguished from its classical counterparts by low allelic polymorphism and distinctive expression patterns. The exact function of HLA-F remains unknown. It is believed that HLA-F has tolerogenic and immune modulatory features. Currently, there is little information regarding the HLA-F allelic variation among humans and the available studies have evaluated only a fraction of the HLA-F gene segment and/or have searched for known alleles only. Here we present a strategy to evaluate the complete HLA-F variability including its regulatory segments (promoter and 3'UTR) by using massive parallel sequencing (or second generation sequencing) procedures. HLA-F variability was surveyed on 196 individuals from the Southeast of Brazil. The results indicate that the HLA-F gene is indeed conserved at the protein level, in which the three coding haplotypes detected encode for only four different HLA-F molecules, and one of these molecules represent 82.45% of all. However, HLA-F worldwide haplotype variability is much higher than our current knowledge. The 3'UTR presented few variable sites and well-defined haplotypes that are usually associates with the same coding alleles. This protein conservation is probably a consequence of the HLA-F's key role in the immune system physiology
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Estudo da variabilidade da região codificadora e 3'não traduzida do gene HLA-F no Brasil /

Lima, Thalitta Hetamaro Ayala. January 2015 (has links)
Orientador: Erick da Cruz Castelli / Banca: Celso Teixeira Mendes-Júnior / Banca: Ramon Kaneno / Resumo: HLA-F é um gene de classe I não clássico do Complexo Principal de Histocompatibilidade humano. Este locus difere-se dos genes clássicos pelo baixo polimorfismo e diferente padrão de expressão. A exata função do gene HLA-F ainda permanece desconhecida. Acredita-se que o HLA-F possua uma função tolerogênica e imunomodulatória. Atualmente, há pouca informação acerca da variabilidade do gene HLA-F e os estudos disponíveis avaliaram apenas pequenos segmentos do gene e/ou buscaram por variantes já conhecidas. Neste estudo apresentamos uma estratégia para a avaliação completa da variabilidade do gene HLA-F, incluindo suas regiões regulatórias, usando sequenciamento de segunda geração (ou nova geração). Esta estratégia foi aplicada para descrever a variabilidade de uma amostra de 196 indivíduos oriundos do estado de São Paulo. Os resultados indicam que o gene HLA-F é muito conservado, considerando-se as diferentes moléculas codificadas, sendo que todas as sequências encontradas codificam apenas 4 moléculas HLA-F distintas. Uma dessas moléculas, associada ao grupo de alelos F*01:01, representa 82,45% das proteínas codificadas pelas sequências de HLA-F encontradas no Brasil. No entanto, a variabilidade nucleotídica e haplotípica encontrada no presente estudo mostrou-se muito superior a já descrita na literatura, embora a maioria das sequências detectadas apresenta mutações sinônimas ou intrônicas. A região 3' não traduzida do gene HLA-F mostrou-se pouco variável, com haplótipos bem definidos associados aos alelos de região codificadora. Esta baixa variabilidade proteica está provavelmente associada ao papel crítico do HLA-F na fisiologia do sistema imunitário / Abstract: HLA-F is a non-classical HLA class I gene and is distinguished from its classical counterparts by low allelic polymorphism and distinctive expression patterns. The exact function of HLA-F remains unknown. It is believed that HLA-F has tolerogenic and immune modulatory features. Currently, there is little information regarding the HLA-F allelic variation among humans and the available studies have evaluated only a fraction of the HLA-F gene segment and/or have searched for known alleles only. Here we present a strategy to evaluate the complete HLA-F variability including its regulatory segments (promoter and 3'UTR) by using massive parallel sequencing (or second generation sequencing) procedures. HLA-F variability was surveyed on 196 individuals from the Southeast of Brazil. The results indicate that the HLA-F gene is indeed conserved at the protein level, in which the three coding haplotypes detected encode for only four different HLA-F molecules, and one of these molecules represent 82.45% of all. However, HLA-F worldwide haplotype variability is much higher than our current knowledge. The 3'UTR presented few variable sites and well-defined haplotypes that are usually associates with the same coding alleles. This protein conservation is probably a consequence of the HLA-F's key role in the immune system physiology / Mestre
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Análise imunogenética e de expressão do HLA-G em câncer de próstata e hiperplasia prostática benigna

Zambra, Francis Maria Báo January 2016 (has links)
O câncer de próstata (CaP) e a hiperplasia prostática benigna (HPB) são condições tumorais prostáticas não relacionadas, de alta prevalência e que afetam homens com idade avançada. Suas etiologias não são bem compreendidas, havendo poucos fatores de risco reconhecidos, o que torna difícil a identificação dos indivíduos suscetíveis a estas doenças. A condição imunológica é um fator determinante no desenvolvimento e progressão tumoral. O antígeno leucocitário humano G (HLA-G) é uma molécula imunomodulatória relacionada a mecanismos de tolerância imunológica. Inúmeras evidências vêm apoiando o papel do HLA-G como um mecanismo de escape das células tumorais da imunidade antitumoral, sugerindo que a expressão desta molécula em pacientes com câncer possa ser prejudicial. Em condições patológicas e fisiológicas da próstata, pouco se conhece sobre o papel do HLA-G. No presente trabalho, investigamos a influência do HLA-G em câncer de próstata e hiperplasia prostática benigna. Participaram do estudo homens do sul do Brasil com CaP, HPB e indivíduos saudáveis predominantemente euro-descendentes. Inicialmente, oito polimorfismos da região 3’ não traduzida (UTR) do gene HLA-G foram analisados em 468 indivíduos, incluindo o polimorfismo de inserção/deleção de 14 pares de bases (rs371194629), e os polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) na posição +3003T/C (rs1707), +3010C/G (rs1710), +3027A/C (rs17179101), +3035C/T (rs17179108), +3142G/C (rs1063320), +3187A/G (rs9380142) e +3196C/G (rs1610696) do gene. Também foi caracterizado o perfil de expressão da proteína HLA-G em 53 tecidos cancerosos/hiperplásicos (CaP/HPB) e em porções avaliadas como normais de próstatas provenientes de pacientes com CaP e HPB. Por fim, o perfil imunológico sistêmico foi investigado em cada condição estudada através da caracterização do perfil de citocinas séricas Th1/Th2/Th17 nos três grupos (n=89). Para tanto, foram dosadas as citocinas interleucina (IL)-2, IL-4, IL-6, IL-10, fator de necrose tumoral alfa (TNF-α), interferon gama (IFN-γ) e IL-17A. Nesse estudo, encontramos evidência de uma influência significativa de polimorfismos da 3’UTR do gene HLA-G na suscetibilidade ao CaP e nossos dados apoiam o uso da variante +3003 como um tag SNP para o risco de câncer de próstata. Além disso, foi possível diferenciar tecidos de próstata com câncer de tecidos com hiperplasia e tecidos normais pelo nível de expressão da proteína HLA-G. Uma expressão elevada foi observada predominantemente nos tecidos com CaP, não sendo comum níveis elevados de expressão de HLA-G em tecidos normais e com HPB. Tais resultados fornecem evidência de considerável influência da expressão proteica de HLA-G no desenvolvimento de CaP. Como um potencial mecanismo de escape das células cancerosas da próstata da imunidade antitumoral, o HLA-G representa um potencial alvo terapêutico para CaP. Quanto ao perfil imunológico sistêmico nas condições avaliadas, observamos nível elevado de IL-10 e TNF-α diferenciando homens com CaP dos saudáveis, enquanto níveis elevados de IFN-γ e IL-17A diferenciaram pacientes com HPB dos com CaP. Concluindo, nossos dados apontam um perfil relacionado à tolerância imunológica em câncer de próstata, influenciado pelo HLA-G e capaz de favorecer o desenvolvimento deste câncer. Já em HPB, que apesar de ser uma condição tumoral, é benigna, indícios de maior responsividade do sistema imune foram encontrados. / Prostate cancer (PCa) and benign prostatic hyperplasia (BPH) are unrelated prostatic tumoral conditions, highly prevalent and affecting aged men. Their etiologies are not well understood, with few risk factors recognized, which make the identification of susceptible individuals to the disease difficult. The immunological condition is determinant in tumor development and progression. The human leukocyte antigen G (HLA-G) is an immunomodulatory molecule related to mechanisms of immunological tolerance. Several pieces of evidence have supported the role of HLA-G as an escape mechanism of tumor cells from antitumor immunity, suggesting that the expression of this molecule in cancer patients can be harmful. In pathological and phisiological prostate conditions, little is known about the role of HLA-G. In the present work, we investigated the influence of HLA-G in prostate cancer and benign prostatic hyperplasia. Men from South Brazil with PCa, BPH and healthy individuals predominantly euro-descendant were included in the study. Firstly, eight HLA-G 3′ untranslated region (UTR) polymorphisms were analyzed in 468 individuals, including the 14 bp insertion/deletion polymorphism (rs371194629) and the single nucleotide polymorphisms (SNP) at gene position +3003T/C (rs1707), +3010C/G (rs1710), +3027A/C (rs17179101), +3035C/T (rs17179108), +3142G/C (rs1063320), +3187A/G (rs9380142) and +3196C/G (rs1610696). The profile of HLA-G protein expression was characterized in 53 cancerous/hyperplastic (PCa/BPH) and in areas evaluated as normal prostate tissues provenient from patients with PCa and BPH. Finally, the systemic immunological profile was investigated in each studied condition through the characterization of the Th1/Th2/Th17 serum cytokine profile in the three groups (n=89). For that, the concentration of interleukin (IL)-2, IL-4, IL-6, IL-10, tumor necrosis factor alpha (TNF-α), interferon gamma (IFN-γ), and IL-17A cytokines was measured. In this study, we found evidence of a significant influence of HLA-G 3′UTR polymorphisms in PCa susceptibility and our data support the use of the +3003 variant as a tag SNP for PCa risk. In addition, it was possible diferentiate prostate tissues with cancer from with hyperplasia and normal tissues through the level of HLA-G protein expression. An elevated expression was observed predominantly in PCa tissues, but elevated level of HLA-G expression was not common in normal and BPH prostate tissues. These results provide evidence of a considerable influence of HLA-G protein expression in PCa development. As a possible escape mechanism of prostate tumor cells from antitumor immunity, HLA-G represents a potential therapy target in PCa. About the systemic immunological profile in the evaluated conditions, high IL-10 and TNF-α level differentiated PCa patients from healthy men, while high IFN-γ and IL-17A level differentiated BPH from PCa patients. In conclusion, our data point out to a profile related to immunological tolerance in PCa, influenced by HLA-G and able to favour the cancer development. In BPH, a benign tumor condition, the data point out to a higher responsiveness of the immune system.

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