L'objectif de cette thèse est d'envisager la piraterie ancienne dans la longue durée, à la lumière des recherches menées par N. Purcell et P. Horden sur la Méditerranée antique. Elle s'appuie en premier lieu sur une étude des mots grecs et latins liés à la piraterie et de ses représentations dans les sources écrites anciennes. Ce travail est complété par une relecture de l'historiographie moderne qu'il est aussi nécessaire d'analyser dans son contexte historique afin d'écarter toutes les images afférant à notre notion. Alors qu'elle a été jusqu'à présent abordée dans un cadre événementiel, on entend mettre l'accent sur les structures du raid antique, en s'inscrivant dans le long terme. Ainsi, les pirates n'apparaissent plus seulement comme la face négative du commerce maritime, mais comme des agents d'échanges et de production de richesse. L'étude approfondie de deux régions de la Méditerranée (Cilicie, mer des Baléares) permet enfin de mettre en évidence les structures micro-locales et les dynamiques économiques, sociales, territoriales, géopolitiques qui ont permis et entretenu l'activité de prédation. Au terme de cette étude, nous proposons d'analyser la piraterie dans toute sa diversité grâce à une typologie nouvelle : le pirate imaginé, le pirate commerçant et le pirate opportuniste.

Le changement climatique pourrait avoir des conséquences importantes pour les ressources en eaux et les infrastructures hydrauliques. Le dimensionnement et le fonctionnement des réservoirs devraient ainsi être modifiés en prenant en compte des scénarios de changement climatique. Un modèle de dimensionnement coût-bénéfice d'un réservoir à l'échelle du bassin versant est appliqué en Grèce afin d'évaluer le coût de l'incertitude sur le climat futur et les dommages du changement climatique. Dans cette étude de cas, le coût de l'erreur est faible, et l'adaptation n'est pas efficace. Une méthodologie sur toute la région méditerranéenne, avec une modélisation générique à l'échelle des bassins versant est ensuite développée. Les réseaux de réservoirs et les liens réservoirs-demandes sont reconstruits et le fonctionnement coordonné des réseaux de réservoirs est déterminé, en utilisant uniquement des données disponibles à l'échelle globale. La méthodologie de reconstruction des liens est appliquée à l'irrigation et validée qualitativement sur l'Algérie. Le changement de fiabilité, avec adaptation des règles opérationnelles, sous changement climatique, semble être plus influencé par les changements de ruissellement que par les changements de demande. Les changements obtenus pour le Nil, l'Europe et le Moyen Orient ne sont pas très marqués, alors que les pays d'Afrique du Nord sous influence méditerranéenne comme la Tunisie ou l'Algérie voient une diminution importante de la fiabilité des apports d'eau pour l'irrigation

Que l’on se situe dans les Caraïbes, en mer Baltique ou en mer Méditerranée, bassins à la fois stratégiques, fragiles et inégaux, il reste crucial pour les Etats riverains d’y établir une surveillance des activités légales et illégales. Nous avons sélectionné ces bassins maritimes comme terrain d’analyse de notre recherche qui repose sur l’étude des grands projets européens dédiés à la surveillance maritime. Ce travail vise d’abord à proposer un état de l’art : il cherche à établir une synthèse des services proposés par les grands industriels travaillant sur les marchés civils et militaires et à évaluer dans quelle mesure il serait possible d’améliorer et de compléter les technologies existantes. Il a aussi pour objectif d’évaluer les informations recueillies via une image satellitale par l’établissement d’un historique des outils d’observation utilisés pour la surveillance maritime avec leurs caractéristiques, leurs avantages et inconvénients. / The Caribbean Sea, the Baltic Sea and the Mediterranean Sea are some of the most strategic maritime basins. In such sensitive, unequal and sometimes unstable regions, it is necessary for the coastal states to develop and/or enhance their maritime surveillance. We chose these regions as the center for our analysis. The research is based on the latest European maritime projects. First of all this study aims at creating a state of the art. The objective is to make a synthesis of the services provided by industries in both military and civil fields. We would like to estimate how it would be possible to improve and to complement the existing technologies. Secondly the aim is to estimate the value of the information and data extracted from a satellite image. We will answer this question by creating an historical account of observation tools used for maritime surveillance with their characteristics, advantages and drawbacks.

La présente thèse se construit sur deux problématiques principales : la première porte sur l'amélioration des techniques d'étude liées à la restitution des navires antiques, conséquence d'un renouvellement des outils de travail, notamment par l'usage intensif de l'informatique, la seconde est liée à la production d'informations supplémentaires sur les qualités nautiques et la capacité commerciale des navires restitués, à travers l'apport des analyses physiques tirées des modèles virtuels. Ce programme est ici appliqué à quatre épaves : une épave grecque archaïque du VIème s. av. J.-C., Jules-Verne 7, deux épaves romaines du Ier s. ap. J.-C., Napoli A et Napoli C et enfin une épave plus tardive, du Vème s. ap. J.-C., Dramont E. Pour chaque épave restituée, l'étude se décompose en deux parties distinctes mais étroitement interdépendantes : une ou plusieurs hypothèses de restitution sont tout d'abord définies sur la base rigoureuse des vestiges conservés et de différents éléments de comparaison (iconographiques, ethnologiques, sources littéraires). Par la suite, c'est une analyse simple de certaines caractéristiques physiques de la restitution qui est entreprise en s'intéressant à ses divers enfoncements, à la répartition des poids et des volumes ou encore à sa stabilité transversale. L'intérêt particulier porté aux caractéristiques des carènes restituées permet ensuite, d'ébaucher dans les grandes lignes le programme ainsi que l'espace de navigation des navires originaux. Il s'agit grace à cette approche spécifique de s'intéresser au navire antique en tant que système fonctionnel, mais aussi et surtout en tant qu'outil principal et vecteur du commerce maritime. / This thesis is built around two main subjects: the first pertains to the question of improving the technics of study related to the reconstitution of ancient ships following a renewal of in tools utilized for the task. The second subject is linked to the production of additional information on the nautical qualities and the sailing capabilities of the hypothetical reconstituted ships based on the analysis of virtual models. We applied this program to four wrecks: a Greek wreck from the archaic period dated to the VIth c. B.C., Jules-Verne 7, two Roman wrecks from the Ist c. A.D., Napoli A and Napoli C, and finally to a late roman period wreck from the Vth c. A.D., Dramont E. For each wreck, the study is divided into two separate sections that are closely related and interdependent. First, we sought to define one or more valid hypotheses based rigorously on the remains preserved and on various elements of comparison (iconographic and ethnographic parallels, literary sources). Thereafter, we planned a simple analysis of some physical characteristics of the reconstituted ship focusing on its various draughts, displacements and transversal stability according to different distributions of weights and volumes. This focus on the characteristics of the hypotheses of reconstitution allows us, to some extent, to outline in broad terms the utilization programs and the navigational areas of the original ships. We intend in this way to focus on the ship as a functional system, but also and especially as the main vector of ancient maritime trade in the Mediterranean.

Cette thèse étudie les liens entre développement et changement climatique dans les pays méditerranéens afin de mieux comprendre les processus et les interactions spécifiquement en jeux dans cette région, en particuliers dans les pays du Maghreb et du Mashrek. Dans le chapitre 1, nous étudions l’état des connaissances scientifiques sur le changement climatique au niveau global et au niveau méditerranéen. Cela nous permet d’aborder le problème des projections climatiques et d’analyser les résultats pour le bassin méditerranéen. Sur cette base, dans le chapitre 2, en rapprochant les projections de changement climatique et le contexte local du développement, nous mettons en évidence une vulnérabilité relativement plus élevée des pays méditerranéens en développement. Nous analysons dans le chapitre 3, les méthodes et outils permettant d’appréhender le coût du changement climatique et en déduisons des enseignements pour les pays méditerranéens. Afin d’aller plus loin dans la caractérisation et la compréhension des mécanismes en jeux au niveau méditerranéen, nous proposons, dans le chapitre 4, des approches économétriques en longue période sur données de panel de l’impact des variables climatiques sur d’une part le niveau de PIB par tête et d’autre part les rendements céréaliers. Les résultats mettent en évidence que même les économies des pays riches du bassin méditerranéen sont sensibles aux tendances climatiques, au moins sur la période 1950-2000, bien qu’ils le soient beaucoup moins que les pays en développement de la rive Sud et Est. Par ailleurs, nous confirmons que l’agriculture est un canal de diffusion majeur des effets du changement climatique dans l’économie, en particulier dans les pays en développement. La question de l’eau apparait centrale dans le traitement de l’adaptation au changement climatique. Ainsi, dans le chapitre 5, nous analysons l’état de la ressource en eau, les modes de gouvernance actuels et les options d’adaptation qui s’offrent aux pays arides. Nous présentons un exercice de simulation des demandes futures par secteur dans les pays d’Afrique du Nord, ce qui nous permet d’obtenir des ordres de grandeur sur les bénéfices à attendre des différentes options de politique qui pourront être suivies par les pouvoirs publics. Nous montrons que la gestion de la demande en eau est un des leviers déterminants de l’adaptation au changement climatique dans les pays méditerranéens et que sa mise en œuvre repose avant tout sur des réformes de gouvernance. / This thesis studies the links between development and climate change in Mediterranean countries to better understand the processes and interactions in specific games in the region, particularly in the Maghreb and the Mashreq. In Chapter 1, we review the state of scientific knowledge on climate change at global level and at Mediterranean level. This allows us to address the problem of climate projections and analyze the results for the Mediterranean. On this basis, in Chapter 2, by comparing the projections of climate change and the local context of development, we highlight a relatively higher vulnerability of the developing Mediterranean countries. We discuss in Chapter 3, methods and tools to estimate the economic cost of climate change and deduce lessons for the Mediterranean countries. To go further in the characterization and understanding of the mechanisms at play in the Mediterranean, we propose, in Chapter 4, econometric approaches using long term panel data. We test the impact of climate variables on, first, the level of GDP per capita and, second, on cereal yields. The results show that even rich Mediterranean countries are sensitive to climate change - at least over the period 1950-2000 - although much less than Southern and Eastern developing countries of the Mediterranean basin. Furthermore, we confirm that agriculture is a major channel of climate change impact in the economy, particularly in developing countries. The issue of water appears in a key parameter in adaptation to climate change. Thus, in Chapter 5, we analyze the state of water resources, the existing modes of governance and adaptation options available to Mediterranean arid countries. We present a simulation of future demands by sector in North Africa, enabling us to obtain orders of magnitude of the expected benefits of different policy options that can be followed by the government. We show that water demand management is one of the key tools to adapt to climate change in Mediterranean countries and that its implementation depends primarily on governance reforms.

Le motif du palmier, qui apparaît dès la fin du IVe millénaire av. J.-C. en Égypte et en Mésopotamie, connaît une très large diffusion dans la Méditerranée antique, durant les second et premier millénaires av. J.-C. Il s’inscrit dans la tradition artistique, culturelle et religieuse d’un grand nombre de régions : le Levant, l’île de Chypre, la Grèce, la Méditerranée occidentale. Bâtie sur ce champ d’étude, géographiquement et chronologiquement très large, cette thèse examine la répartition du motif résultant de contacts et d’échanges entre les différentes civilisations et met en lumière l’élaboration d’une iconographie spécifique, propre à chacune d’entre elles. Certains développements symboliques – tels l’aspect cultuel du palmier et le rapprochement ou l’assimilation de l’arbre avec l’être humain, et plus particulièrement avec la femme –, apparaissent récurrents et permettent d’examiner la question de la continuité, ou non, du motif dans les différents groupes d’images étudiées et la façon dont la vision de l’arbre se manifeste dans chacune des civilisations. / The pattern of the palm-tree, which appears as soon as the end of the IVth millennium BC in both Egypt and Mesopotamia, experiences a vast diffusion across the Ancient Mediterranean world during the IInd and Ist millennium BC. Its style situates it in the artistic, cultural, and religious tradition of a large number of regions: the Levant, Cyprus island, Ancient Greece, and the Western Mediterranean. This thesis, built on wide geographical and chronological fields of study, investigates the geographical distribution of the pattern arising from contacts and exchanges between various civilizations and highlights how a specific iconography, proper to each civilization, has been elaborated. Some symbolic developments, such as the religious aspect of the palm-tree and the connection or assimilation of the tree to humans, in particular to women, appear recurrent and allow one to address the question of the continuity of the pattern in various picture samples and the way the view of the tree manifests itself in each of these civilizations.

La sole commune présente au cours de son cycle de vie un changement ontogénétique d’habitat. Les larves sont marines et pélagiques, les juvéniles sont benthiques et vivent dans les nourriceries côtières (lagunes et estuaires) alors que les adultes sont benthiques et marins en zones plus profondes. Les otolithes sont des concrétions minéralisées de carbonate de calcium de l’oreille interne des téléostéens qui ne subissent ni dissolution ni résorption. Ils enregistrent les caractéristiques chimiques et isotopiques des milieux traversés.L’étude de la croissance, de la composition chimique et isotopique des otolithes des soles des nourriceries a confirmé l’existence de deux stocks de soles dans le golfe du Lion, un à l’Est et l’autre à l’Ouest. Les faibles valeurs de 13C et les fortes valeurs de Ba/Ca des otolithes des soles de l’Est du golfe ont été associées à une forte influence des apports rhodaniens sur la phase de vie larvaire lors des années où le débit du Rhône est normal. En période de crue, une forte influence du fleuve est visible sur les otolithes des soles des nourriceries de l’ensemble du golfe. La croissance des otolithes des juvéniles a été plus élevée lorsque la salinité a été proche de 20 et la température comprise entre 20 et 25°C (période estivale). Les signatures des otolithes de Mauguio et Berre ont présenté des 13C et Sr/Ca plus faibles que ceux de Thau (influences plus marines sur les proies et les masses d’eau). La spécificité des signatures chimiques et isotopiques des otolithes a permis d’élaborer des profils qui ont été retrouvés chez les populations de soles adultes du golfe, mais aussi vers Marseille et Bandol. Ces soles ont montré une influence du Rhône durant la phase de vie larvaire à 53%. Elles ont également montré une forte similarité avec les profils chimiques de type lagune de Thau (10-56%) et Rhône (19-30%) durant leur vie juvénile. Toutefois, une proportion non négligeable de soles originaires de nourriceries non caractérisées (26-50%) a été observée. / The life cycle of the common sole shows an ontogenetic shift of habitats. The larvae are marine and pelagic, the juveniles are benthic in coastal nurseries (lagoons and estuaries) whereas adults are benthic and live in marine deeper areas. Otoliths are paired calcified structures from the inner ear of teletost fish. They are metabolically inert (neither resorption nor dissolution) and they record, both the age (daily and annual increments) and the chemical and isotopic characteristics of the environment inhabited. Otoliths study provides information on the life history traits of individuals.The study of growth, chemical and isotopic otolith composition of soles from nurseries confirmed the existence of two sole stocks in the Gulf of Lions, one in the Eastern part and the other in the Western part. Low values in 13C and higher values in Ba/Ca ratio measured in Eastern sole otoliths during the larval life were associated to a high influence of the Rhône River discharge during a normal flow rate periods. Conversely, the one hundred return flood of the 2nd of December 2003 was very high and visible on otoliths from all nurseries in the Gulf of Lions. Juvenile otolith growth was higher in nurseries with low salinity (~20) and temperatures between 20 and 25°C than in more marine nurseries. 13C and Sr/Ca ratios of otoliths from Berre and Mauguio coastal lagoons were lower than those observed in Thau coastal lagoon (more marine influences on preys and water masses). These specificities of otolith compositions were used for the elaboration of reference profiles, which have been identified in adult populations of the Gulf of Lions, Marseilles and Bandol. Adult have shown an influence of the Rhône River during their larval life at 53%. They have shown a similarity with Thau chemical profile (10-56%) and Rhône profile (19-30%) during their juvenile life. However, 26-50% of fish from uncharacterised nurseries have been observed.

Cette thèse a pour objet d'étude la filière des plantes à parfum en Méditerranée occidentale et s'intéresse à sa capacité à valoriser les ressources naturelles. Depuis une dizaine d'années, les matières premières naturelles suscitent autant l'intérêt des fabricants de parfums et de cosmétiques que celui des consommateurs, dans un contexte proprice au développement durable. Elles font également l'objet de mises en valeur territoriales : paysages, techniques industrielles, pratiques locales. Autour de ces ressources naturelles s'agrègent des réseaux d'acteurs dont le rôle est d'assurer la compétitivité des systèmes productifs, face à la demande des utilisateurs et face aux nouvelles normes environnementales. Cet effet de réseau engendre des externalités économiques et culturelles ; nous formulons l'hypothèse que ces effets externes, générées par les systèmes productifs de la Méditerranée occidentale, peuvent être des vecteurs d'innovation. Afin de démontrer les synergies et les rapports de force qui se nouent entre les acteurs, et qui sont au cœur de la dynamique des territoires, la thèse propose une démarche comparative en s'appuyant sur les concepts de système productif, de milieu innovateur et d'économie culturelle. Elle emprunte aussi des éléments d'analyse patrimoniale et paysagère. L'étude concerne cinq pays de la Méditerranée occidentale à l'intérieur desquels nous avons sélectionné des territoires d'échantillon : la région française Provence-Alpes-Côte d'Azur, berceau de la parfumerie industrielle, la côte méditerranéenne de l'Espagne et l'axe Madrid-Murcie, l'axe Rabat-Fès et la Vallée du Dadès au Maroc, le Cap Bon en Tunisie, et la Calabre en Italie. / This thesis aims to study raw materials for perfume manufactury's cluster in western Mediterranean and focuses on its ability to enhance natural resources. Over the last decade, natural substances are attracting growing interest from both perfumes and cosmetics manufacturers and consumers, in a context that favoured sustainable development. They also enhance territorial matters such as landscapes, industrial technology, local practices. Furthermore, actors's network ensure the competitiveness of each productive system, as regards new environmental standards. This “network effect” generates economic and cultural externalities ; then, we hypothesize that these externalities generated by the productive systems of western Mediterranean may be vectors of innovation. In order to show the dynamics and the relationships which link the actors of the cluster, and symbolizing the core of territories's dynamics, the thesis focuses on a comparative approach in relying on the concepts of productive system, innovative “milieu” and cultural economy. It also borrows elements of heritage and landscape analysis. The study concerns five countries of western Mediterranean in which we selected representative samples : the french region Provence-Alpes-Côte d'Azur, cradle of industrial perfume, the Mediterranean coast of Spain and the Madrid-Murcia axis, the Rabat-Fez axis and the Dades Valley in Morocco, Cap Bon in Tunisia, and the italian region of Calabria. Then, this study provides refections on interregional cooperation in a Mediterranean approach.

La mer Méditerranée est un hotspot de biodiversité sous diverses influences où plusieurs perturbations agissent en synergie: réchauffement climatique, perte d'habitats et surpêche menacent la biodiversité marine et perturbent les équilibres écosystémiques. Afin d'assurer une gestion durable des écosystèmes marins côtiers, conformément aux prérogatives de l'Approche Ecosystémique des Pêches, il est nécessaire d'étudier les conséquences de ces perturbations sur les populations exploitées. Or, malgré la multiplicité des études relatives au changement global en Méditerranée, les conséquences écosystémiques de ces changements demeurent mal connues. Dans cette thèse, le Golfe de Gabès a été choisi comme modèle d'étude en raison des nombreuses perturbations qui y sont rencontrées et qui en font l'archétype de tendances plus généralisées en Mer Méditerranée. Cette thèse se propose d'abord de replacer l'écosystème du Golfe de Gabès dans son contexte biogéographique à travers l'étude de la phylobiogéographie des assemblages des poissons côtiers méditerranéens et la modélisation de la structure et du fonctionnement de l'écosystème du Golfe de Gabès. Par la suite, nous proposons de modéliser, en utilisant des modèles de niches écologiques, les modifications potentielles futures des assemblages biogéographiques d'espèces exploitées soumises aux changements climatiques et à la perte d'habitat, ainsi que les conséquences trophiques de ces modifications. En prenant en compte la taxonomie et l'histoire évolutive des espèces, nous avons mis en évidence le niveau de séparation entre les assemblages méditerranéens en proposant une nouvelle délimitation biogéographique du plateau continental. Par ailleurs, l'exploration des dissimilarités phylogénétiques à l'échelle des côtes tunisiennes a mis en évidence quatre zones biogéographiques majeures présentant une faible congruence avec le zonage adopté pour la gestion de la pêche en Tunisie. Les projections des futures aires de répartition des 60 principales espèces exploitées du Golfe de Gabès, grâce à l'implémentation du modèle climatique NEMOMED8, révèlent que pour la fin du siècle, 34 espèces pourraient contracter leurs aires de répartition parmi lesquelles 12 espèces pourraient s'éteindre à l'échelle du Golfe. Par ailleurs, en combinant des scénarios de régression d'herbier et de changement climatique, les projections montrent que les magnitudes des modifications d'aires de répartition induites par le changement climatique sont plus larges que celles résultant de la perte d'habitat. La mise en place d'un modèle trophique Ecopath nous a permis de décrire la structure et le fonctionnement de l'écosystème du Golfe de Gabès et de le comparer avec d'autres écosystèmes méditerranéens exploités. Ce modèle a intégré un large éventail d'espèces depuis le phytoplancton jusqu'aux top-prédateurs ainsi que les principales activités de pêche opérant dans la zone. Les résultats du modèle mettent en évidence que le chalutage benthique est l'activité ayant les conséquences écosystémiques les plus étendues avec un fort impact sur certaines espèces démersales exploitées. Enfin, pour étudier les conséquences trophiques des modifications des distributions spatiales des espèces exploitées, nous avons reconstruit les réseaux trophiques au sein des assemblages d'espèces en nous fondant sur la relation positive liant la taille du prédateur à celle de sa proie. Nous avons ainsi pu prédire les réseaux trophiques actuels et projeter les modifications potentielles de leurs structures. Nous avons constaté qu'une grande partie du Golfe pourrait connaître une augmentation de la connectance et un allongement des voies trophiques moyennes qui s'accompagnent d'une diminution du nombre de proies par prédateur et du nombre de prédateurs par proie. Cette thèse est une ouverture vers la compréhension du rôle de la biodiversité dans le maintien du fonctionnement des écosystèmes. / The Mediterranean Sea is a marine biodiversity hot spot highly affected by several sources of disturbances interacting synergistically: global warming, habitat loss and overfishing threaten marine biodiversity and disrupt the ecosystem balance. To ensure a sustainable management of coastal marine ecosystems according to the Ecosystem Approach to Fisheries, it is necessary to study the ecosystem responses to these disturbances. However, despite the variety of global change studies in Mediterranean areas, ecosystems responses to these changes remain poorly understood and particularly at the southern part of the Mediterranean Sea. In this PhD thesis, the Gulf of Gabes was chosen as study area since it is one of the most affected regions by global change which makes it a mesocosm model of more regional patterns that occur in the Mediterranean Sea. In this study, as a first step, we replaced the Gulf of Gabes in its biogeographic and ecosystem regional context. This was achievied through a phylogenetic-based delineation of biogeographical species pools of coastal Mediterranean fishes and using an ecosystem model to describe its structure and functioning in comparison with other Mediterranean ecosystem model properties. We therefore projected potential future geographic ranges and assemblages composition of biogeographical exploited species pool according to global warming and habitat loss scenarios. Then we assessed their effects on food web structure. Taking into account the taxonomy and inter-species evolutionary relationships, we generate a new bioregionalisation of the continental shelf based on the turnover of lineages. Our results showed that climate is the major driver of species distribution and assemblage's composition. In addition, the exploration of phylogenetic dissimilarity across the Tunisian coast highlighted four major biogeographic areas showing a low spatial congruence with zoning used for fisheries management in Tunisia.Projected range shifts of the 60 main exploited species of the Gulf of Gabes through the implementation of a new climate model (NEMOMED8) revealed that, by the end of the century, 34 species could contract their ranges including 12 species that could become locally extinct across the Gulf of Gabes. Furthermore, by combining Posidonia meadows loss scenarios and climate change projections, our results showed that the magnitudes of the changes range induced by climate change are larger than those resulting from the loss of habitat.The Ecopath mass-balance model allowed us to describe the structure and functioning of the ecosystem of the Gulf of Gabes in comparison with other Mediterranean ecosystems. These models encompass the entire trophic spectrum from phytoplankton to higher trophic levels as well as the main fishing activities in the area. The model results showed that, among the fishing activities studied, bottom trawling was identified as the activity having the widest-ranging impacts across the different functional groups and the largest impacts on some commercially-targeted demersal fish species. Finally, to study the effects of species range shift on food web structure, we used a new methodology to infer trophic interactions between species. Based on the robust relationship between the size of prey and predators, we predicted the current food webs and project potential changes in their structures. We found that a significant portion of the Gulf of Gabes would face an increase of connectance and an extension of trophic pathways in parallel with a decrease in the number of prey per predator and the number of predators per prey. This PhD thesis paves the way towards the understanding of the role of biodiversity in maintaining ecosystem functioning.

La baie de Marseille est impactée par des apports d'eau douce issus du Rhône et d'effluents. Leur impact sur la composition et sur la dynamique saisonnière de la matière organique dissoute (DOM) naturelle et anthropique (hydrocarbures et biocides) présente dans le Rhône, delta du Rhône ainsi qu'en baie de Marseille est encore peu documenté. Une partie de la DOM possède des propriétés de fluorescence (FDOM) et peut être caractérisée et quantifiée par spectrofluorimétrie. Le but de cette thèse est d'enrichir les connaissances sur la composition et la dynamique de la FDOM naturelle et anthropique dans les eaux continentales du bassin du Rhône et en Méditerranée côtière nord-occidentale. Des solutions de composés standards ont permis de définir les propriétés de fluorescence (λEx, λEm, temps de vie), les limites de détection d'hydrocarbures et de biocides d'intérêt et de montrer que la spectrofluorimétrie permet de caractériser et de quantifier la FDOM anthropique dans des milieux contaminés. Ces contaminants ont été recherchés dans l'environnement à l'aide de techniques chromatographiques et mis en évidence dans le milieu durant un suivi d'une année. Cependant, la spectrofluorimétrie a réussis de mettre en évidence la présence de contaminants uniquement dans le golf de Fos. Concernant la FDOM naturelle, elle a permis de montrer que la DOM d'origine terrigène prédominait dans les eaux continentales, alors que la DOM produite par l'activité biologique était plus abondante en mer et que le Rhône jouait un rôle majeur en augmentant la quantité de DOM réfractaire et labile par des apports directs et en stimulant la production primaire par des apports de sels nutritifs. / The Marseille bay is impacted by inputs of freshwater from the Rhône River and effluents. Their impact on composition and seasonal variability of anthropogenic (hydrocarbons and biocides) and natural dissolved organic matter (DOM), present in the Rhône river, the Rhône delta and in the Marseille Bay is still poorly documented. A part of the DOM has fluorescence properties (FDOM) and can be characterised and quantified by spectrofluorimetry. The goal of this thesis was to supply knowledge about composition and dynamic of anthropogenic and natural FDOM in inland waters of the Rhône basin and in the North-western coastal Mediterranean Sea. Standard solutions allowed to define fluorescence properties (λEx, λEm, lifetime), detection limits of hydrocarbons and targeted biocides and to show that spectrofluorimetry allow to characterise and to quantify anthropogenic FDOM in contaminated environment. These contaminants were searched in the environment with chromatography analyses and bring out in the environment during a one year monitoring. However, the spectrofluorimetry not succed to bring out contaminants only in the Fos gulf. Concerning natural FDOM, it allowed to show that terrigenous DOM predominated in continental waters, whereas the DOM produced by the biological activity was more abundant in seawater and that the Rhône River played a major role by increasing both refractory and labile DOM through direct inputs and by enhancing the primary production by nutrient inputs.