Atualmente, o isolamento e a caracterização de actinomicetos tem recebido atenção especial, pois, juntamente com os fungos, eles são os principais responsáveis pela degradação de substâncias de difícil decomposição durante o processo de compostagem. Portanto este trabalho tem por objetivo identificar os actinomicetos isolados durante o processo de compostagem através de métodos de microbiologia clássica e pela amplificação do 16S DNAr. Para a realização deste trabalho foram realizadas seis coletas na Central de Triagem e Compostagem de Resíduos Sólidos de Sapiranga (CETRISA) e três numa composteira da UFRGS. Para o isolamento dos actinomicetos foi utilizada a diluição de 10-3 da amostra e a mesma foi semeada nos meios Jaunsen, 72C e Agar Amido Caseína e incubada nas temperaturas de 37oC, 50ºC e a temperatura ambiente por um período de 10 a 14 dias. A identificação foi realizada através de análise taxonômica dos microcultivos dos isolados e de provas bioquímicas. Foram isolados 153 actinomicetos, destes 73 foram isolados da CETRISA e 80 da composteira da UFRGS. Na primeira, houve o predomínio do gênero Nocardia e na segunda, do gênero Streptomyces. Após a identificação dos actinomicetos o trabalho teve prosseguimento com a amplificação da região 16S do DNAr e digestão dos produtos obtidos com endonucleases de restrição. Foram testadas oito endonucleases de restrição, porém somente a Msp1 e a HinfI produziram resultados favoráveis que puderam separar os isolados em nível de gênero.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2015-12-22T16:56:46Z No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-01-20T12:40:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-20T12:40:44Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_HelenaRaíraMagaldiRibeiro.pdf: 3739850 bytes, checksum: c9003205f1c12d8c0454cb4be35594c9 (MD5) / Membros do domínio Archaea encontram-se amplamente distribuídos na natureza, sendo frequentemente detectados em sedimentos, solos e ambientes aquáticos. Por outro lado, estudos recentes evidenciam a necessidade do cultivo laboratorial desses organismos, especialmente daqueles de ambientes não extremos, já que muitos aspectos de sua biologia permanecem ainda desconhecidos. Por esta razão, neste trabalho aprimoramos metodologias visando a obtenção de culturas de archaeas a partir de amostras de aquário de água doce residencial, utilizando a água deste aquário para a confecção dos meios de cultura. Visando favorecer o crescimento de archaeas oxidantes de amônia (AOAs), os meios de cultura foram adicionados de cloreto de amônio e suplementados com diversos antibióticos e antifúngicos, a fim de torná-los altamente seletivos para archaeas. Onze tipos coloniais foram selecionados e caracterizados quanto à morfologia celular por diferentes técnicas de microscopia, revelando a presença de células cocóides diminutas, com diâmetro médio de 1 µM, algumas vezes apresentando projeções celulares provavelmente envolvidas na adesão. Para as análises de filogenia molecular, DNA destas colônias foram utilizados em ensaios de PCR específicos para os genes de rRNA 16S dos Domínios Archaea e Bacteria e também o gene amoA, específico de AOAs, seguidos de sequenciamento de DNA. Os resultados revelaram que todas as colônias correspondiam a co-cultivos de archaeas pertencentes ao Filo Thaumarchaeota e bactérias dos gêneros Pandorea ou Cupriavidus. Foi também verificado o potencial nitrificante de algumas amostras, uma vez que foram detectadas sequências do gene amoA em alguns dos tipos coloniais selecionados. Paralelamente, foi construída uma biblioteca de genes de rRNA16S de Archaea, a partir do DNA total extraído de uma amostra de água e elementos do aquário. As análises filogenéticas desta biblioteca sugerem que o aquário consiste em um ambiente pouco diverso em termos da comunidade de Archaea presente. ____________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Members of Archaea are found on a vast range of environments, including soils, sediments, and aquatic habitats. Recent studies stress the need of cultivation of mesophilic Archaea, since several physiological and biochemical aspects of these organisms remain unknown due to cultivation-independent techniques intrinsic limitations. In this work, we refined methodologies in order to obtain archaeal cultures from a freshwater aquarium, using the water from the aquarium to prepare the culture media. In order to favor the growth of ammonia oxidizing archaea (AOAs), the media were supplemented with ammonium chloride, and a number of antibiotics and antifungals. Eleven colonies were selected and characterized microscopically, revealing the presence of small coccoid cells, with an average diameter of 1 µM, sometimes presenting cell appendages probably involved in cell adhesion. Molecular phylogeny analyses were performed by PCR experiments specifically directed to the 16S rRNA genes of Archaea and Bacteria, as well as to the amoA gene, found only on AOAs, followed by automated DNA sequencing. The results revealed that all colonies consisted of co-cultures of archaeal cells belonging to phylum Thaumarchaeote, with bacteria of the genera Pandoraea or Cupriavidus. Some colonies were also positive for the presence of amoA gene, suggesting a nitrification potential of these samples. A genomic 16S rRNA library was also constructed from a sample consisting of water and other elements of the aquarium. The phylogenetic analyses of this library suggest that probably, the aquarium corresponds to an environment with a small diversity, in terms of the archaeal community.

Orientador: Raquel Mantuanelli Scarel Caminaga / Banca: Márcia Pinto Alves Mayer / Banca: Joni Augusto Cirelli / Resumo: A Doença Periodontal (DP) é uma doença infecciosa de caráter multifatorial causada por microrganismos periodontopatogênicos e influenciada por fatores como: suscetibilidade genética do hospedeiro, reação do sistema imune, hábito de fumar e doenças sistêmicas. Estudos recentes realizados por nosso grupo verificaram indivíduos com predisposição genética à periodontite crônica, mesmo após ajustes para idade, gênero, cor da pele e hábito de fumar. Tal predisposição genética foi determinada pela presença de um haplótipo formado por polimorfismos no gene IL8. O objetivo do presente estudo é comparar a microbiota subgengival de sítios afetados ou não pela DP, antes e após 45 dias do tratamento periodontal não-cirúrgico em indivíduos geneticamente suscetíveis e não suscetíveis à periodontite crônica. Dessa forma, será possível saber se, entre indivíduos geneticamente suscetíveis e não suscetíveis à DP, ocorrem diferenças qualitativa e/ou quantitativa de microrganismos periodontopatogênicos. Também se pretende avaliar se indivíduos geneticamente suscetíveis e não suscetíveis à DP respondem diferentemente ao tratamento periodontal não-cirúrgico, por meio da análise de parâmetros clínicos e microbiológicos. Foram selecionados 65 indivíduos divididos quanto à presença ou não do referido haplótipo ATC/TTC no gene IL8, de forma que os indivíduos "suscetíveis" e "não suscetíveis" à DP foram subdivididos quanto à presença ou ausência de periodontite crônica. Os pacientes selecionados foram submetidos a novo exame clínico periodontal e coleta de placa subgengival antes e 45 dias após tratamento periodontal. Três microrganismos periodontopatogênicos Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Periodontal disease (PD) is a multifactorial disease caused by periodontopathogenic microorganisms and influenced by factors such as genetic susceptibility, reaction of the immune system, smoking and the occurrence of systemic diseases. Recent studies carried out by this group have observed individuals with a genetic predisposition to periodontitis even after adjusting for covariates such as age, gender, skin color and smoking. Such genetic predisposition was determined by the haplotype presence formed by IL8 gene polymorphisms. The purpose of this study is to compare the subgingival microbiota of sites with and without PD, before and after 45 days of non-surgical periodontal treatment in individuals who are genetically susceptible and non susceptible to PD. In this way, it will be possible to know if there are qualitative/quantitative differences of periodontopathogenic microorganisms between individuals who are genetically susceptible and non susceptible to PD, and if between these groups, there is differential influence on non-surgical periodontal treatment on the clinical and microbiological parameters. Sixty-five individuals were selected and divided regarding the presence or not of that ATC/TTC haplotype in the IL8 gene. The "susceptible" and the "non susceptible" individuals were subdivided about the presence or absence of PD. In each group there are patients with and without periodontitis. The selected patients were submitted to a new periodontal exam and had their gingival fluid collected before and after 45 days of periodontal treatment. The periodontopathogenic microorganism Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, and Treponema denticola have been quantified by absolute quantification by the use of Real Time PCR (qPCR). The microbiological data... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Orientadora : Drª Lúcia de Noronha / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciencias Biológicas (Microbiologia, Parasitologia e Patologia Básica). Defesa: Curitiba, 30/06/2017 / Inclui referências : f.89-104 / Resumo: O nefroblastoma, ou tumor de Wilms, é a neoplasia renal mais freqüente na infância correspondendo a 98% dos tumores renais nesta faixa etária. Apesar do prognóstico favorável uma parcela dos pacientes evolui para recidiva e óbito. Biomarcadores atuantes na progressão tumoral, proliferação, diferenciação, apoptose e recentemente descrita ação na resposta imune e inflamação, tais como ácido retinóico (AR), CRABP2, NF?B p100/52, NF?B p105/50, TRAP1 e TWEAK tem sido descritos. Este estudo tem por objetivo a avaliação da expressão imunoistoquímica de ácido retinóico (AR), CRABP2, NF?B p100/52, NF?B p105/50, TRAP1 e TWEAK em amostras parafinadas de nefroblastomas correlacionando-a com fatores prognósticos. Foram selecionados 77 espécimes de nefroblastoma provenientes de serviços de patologia. A imunoexpressão foi avaliada através de análise semiquantitativa e quantitativa. Para a análise semiquantitativa empregou-se o sistema escore de Allred e para a avaliação quantitativa, a análise morfométrica da área corada. Para a comparação de dois grupos foi utilizado o teste não-paramétrico de Mann-Whitney, enquanto para a comparação de três ou mais grupos utilizou-se o teste não-paramétrico de Kruskal-Wallis. A imunopositividade para AR, CRABP2, NF?B p100/52 e NF?B p105/50 foi encontrada tanto no núcleo quanto citoplasma. A imunoexpressão de TRAP1 e TWEAK esteve presente apenas no citoplasma das células cancerosas. Todos os tipos histológicos do nefroblastoma (blastema, epitélio e estroma) foram positivos para as seis proteínas estudadas. AR pela análise morfométrica e CRABP2 pela análise semiquantitativa apresentaram maior expressão imunoistoquímica nos pacientes com metástase (p= 0.0247 e p= 0.0128, respectivamente). Semelhante ao encontrado em relação à análise quantitativa de AR que apresentou maior imunopositividade em amostras tumorais submetidas a quimioterapia pré-cirúrgica (p= 0.0330). Observou-se a maior expressão de NF?B p105/50 em nefroblastomas em estádio I/II (p= 0.0415). NF?B p105/50 e TRAP1 através da análise semiquantitativa e TWEAK de acordo com análise quantitativa, apresentaram menor positividade em nefroblastomas tipo blastematoso (p= 0.046, p= 0.003 e p= 0.066, respectivamente). A anaplasia se associou a maior escore total de Allred de TRAP1 (p= 0.005). Não houve correlação estatística da imunoexpressão dos marcadores estudados, comprometimento nodal e evolução clínica. A análise semiquantitativa e quantitativa dos marcadores AR, CRABP2, NF?B p105/p50, TRAP1 e TWEAK apontam para potenciais biomarcadores para progressão tumoral e para a participação destas proteínas na tumorigênese do nefroblastoma. Palavras-chave: nefroblastoma; ácido retinóico; CRABP2; NF?B; TRAP1; TWEAK. / Abstract: Nephroblastoma, or Wilms' tumor, is the commonest renal cancer in children and accounts for about 98% of renal tumors in this age group. Despite of the favorable prognosis, a parcel of patients evolved to tumor relapse and death. Biomarkers acts in tumor progression, proliferation, differentiation, apoptosis and the most recent described immune and inflammation response action, as retinoic acid (RA), CRABP2, NF?B p100/52, NF?B p105/50, TRAP1 and TWEAK. The aim of this study was to evaluate the immunohistochemical expression of RA, CRABP2, NF?B p100/52, NF?B p105/50, TRAP1 and TWEAK in paraffin-embedded samples of nephroblastomas to determine whether expression correlates with prognostic factors. A total of 77 specimens from pathology services were selected. The immunoexpression was evaluated through semiquantitative and quantitative analysis. For the semiquantitative analysis, the Allred score system was used and for the quantitative evaluation, the morphometric analysis of the stained area was applied. For the comparison of two groups, the non-parametric test of Mann-Whitney was used, while for the comparison of three or more groups the Kruskal-Wallis nonparametric test was used. Immunopositivity to RA, CRABP2, NF?B p100/52 and NF?B p105/50 was found in the nucleus and cytoplasm. Immunoexpression of TRAP1 and TWEAK was present only in the cytoplasm of cancer cells. All histological types of nephroblastoma (blastema, epithelium and stroma) were positive for the six proteins studied. RA morphometric analysis and CRABP2 semiquantitative analysis presented higher immunohistochemical expression in patients with metastasis (p= 0.0247 and p= 0.0128, respectively). This is similar to the results of the quantitative analysis of RA, which showed greater immunopositivity in tumor samples of patients subjected to pre-surgical chemotherapy (p= 0.0330). The highest expression of NF?B p105/50 was observed in stage I/II nephroblastomas (p= 0.0415). NF?B p105/50 and TRAP1 semiquantitative analisys and TWEAK quantitative analisys presented lower positivity in nephroblastomas blastematal type (p= 0.046, p= 0.003 and p= 0.066, respectively). Anaplasia were associated with high TRAP1 total Allred score (P= 0.005). No significant correlation was found between the markers and variables studied, such as nodal involvement, and clinical evolution. The semiquantitative and quantitative analysis of RA, CRABP2, NF?B p100/p52, NF?B p105/p50, TRAP1 and TWEAK point to potential biomarkers for tumor progression and for the participation of these proteins in nephroblastoma tumorigenesis. Key words: nephroblastoma; retinoic acid; CRABP2; NF?B; TRAP1; TWEAK.

Resumo: O presente trabalho foi conduzido com o objetivo de estabelecimento de metodologia para avaliação dos efeitos dos herbicidas na microbiologia do solo. A área experimental escolhida sobre Latossolo Vermelho-Amarelo Alico em pousio há 4 anos, que foi mobilizado por uma aração e três gradagens, 47 dias antes da aplicação dos tratamentos, para a estabilização da população microbiana do solo e restabelecimento de nova composição florística expontânea, a qual foi submetida aos tratamentos com os herbicidas 2,4-D 1,5 1 e 15,0 1 ha- l (2,4-D), picloram 0,5 1 e 5,0 1 ha- l (PIC.), haloxyfop-methyl 0,125 1 e 1,25 1 ha-l (H.M.), capina (CAP.) e testemunha infestada, aplicados em delineamento experimental de blocos ao acaso, com oito tratamentos e quatro repetições. Avaliaram os efeitos dos tratamentos na atividade microbiana do solo pelos parâmetros respiração do solo, biomassa microbiana, população fúngica to~ tal do solo, população bacteriana total do solo, relação população bacteriana total/população fúngica total do solo e atividade da sacarase, amilase e celulase do solo. Os resultados obtidos permitiram concluir: (a) A análise isolada dos parâmetros da microbiologia do solo utilizados não permite avaliar a magnitude dos efeitos dos tratamentos; (b) A utilização de combinações de vários parâmetros favorece uma melhor compreensão e interpretação desses efeitos, e permite observar nas condições deste estudo, efeitos dos tratamentos no equilíbrio do solo; (c) Verificou-se para os parâmetros estudados desequilíbrio microbiano do solo crescente nas doses normais dos herbicidas comparados com a capina como segue: CAP < HM (PIC < 2,4-D; (d) Observou-se ainda a inversão entre os tratamentos haloxyfop-methyl e picloram nas dosagens superiores estabelecendo- se a seguinte ordem crescente de efeitos PIC < HM < 2, 4-D; (e) O conjunto de parâmetros utilizados permitiu a avaliação do efeito de herbicidas no solo, sugerindo a possibilidade de futuros estudos a serem desenvolvidos no sentido de padronização e escolha de parâmetros para avaliação dos efeitos de herbicidas na microbiologia do solo.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-05-04Bitstream added on 2014-06-13T20:35:53Z : No. of bitstreams: 1 mendes_td_me_rcla.pdf: 1260898 bytes, checksum: d8e4401b270896087dab92f3d4269253 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / As formigas da tribo Attini apresentam como hábito comum o cultivo de fungos Basidiomicetos, com os quais mantêm uma associação simbiótica permanente e obrigatória. Para proteger o ninho da infecção pelo parasita Escovopsis spp. as formigas adotaram diversos mecanismos, entre eles a associação com a actinobactéria simbionte, Pseudonocardia spp. O objetivo deste trabalho foi avaliar a atividade antimicrobiana de actinobactérias isoladas da cutícula de formigas Attini. Na primeira parte do trabalho foi avaliada a atividade antagonista de actinobactérias isoladas de Trachymyrmex spp. sobre o parasita Escovopsis sp. e outros microfungos isolados de jardim de fungo. Admite-se que a bactéria simbionte pertença ao gênero Pseudonocardia, porém, mostramos neste trabalho que outras actinobactérias não-Pseudonocardia também estão presentes na cutícula destas formigas. Foram isoladas 38 estirpes de actinobactérias e todos apresentaram atividade inibitória sobre pelo menos uma das estirpes de Escovopsis sp. Os resultados mostraram ainda que actinobactérias não-Pseudonocardia apresentaram maior nível de inibição sobre o parasita. Contrariando a hipótese de que Pseudonocardia spp. produzem antifúngicos que atuam especificamente sobre Escovopsis spp., duas estirpes identificadas como do gênero Pseudonocardia, também apresentaram atividade sobre os microfungos. Num segundo momento, extratos das actinobactérias foram avaliados quanto à atividade antibacteriana e anti-Candida. Dentre os que apresentaram melhores resultados, o extrato do cultivo da estirpe ARTD080903-03A foi selecionado para estudos de isolamento e identificação do composto ativo. Esta estirpe foi identificada, por seqüenciamento da região 16S do rDNA, como uma possível nova espécie do gênero Streptomyces. Do extrato do meio de cultivo desta estirpe, foi isolada a antimicina rara Urauchimicina... / Attini ants have a common habit of cultivating Basidiomycetes, with which they maintain a permanent and obligatory symbiotic association. To prevent nest infection by the parasite Escovopsis spp. ants have adopted several mechanisms, including the association with the symbiont actinobacteria Pseudonocardia spp. The aim of this study was to evaluate the antimicrobial activity of actinobacteria isolated from the cuticle of attini ants. Firstly, to evaluate the antagonistic activity of actinobacteria isolated from Trachymyrmex spp. on the parasite Escovopsis sp. and other microfungi isolated from fungus garden. It is assumed that the actinobacteria symbiont belongs to the genus Pseudonocardia, however, the results showed that a range of non-Pseudonocardia actinobacteria are also associated with the cuticle of these ants. All isolates showed inhibitory activity on at least one of the strains of Escovopsis sp. The results also revealed that non-Pseudonocardia had a higher level of inhibition on the parasite. Two strains of the genus Pseudonocardia, showed activity against the microfungi, contrary to the hypothesis that Pseudonocardia spp. produce antifungal metabolites that act specifically on Escovopsis sp. Secondly, extracts of the actinobacteria were screened for antibacterial and anti-Candida properties. Among those showing the best results ARTD080903-03A strain was selected for isolation and identification of active compound. This strain was identified by sequencing of 16S rDNA, as possible new specie from genus Streptomyces. From the extract of the culture medium of this strain a rare antimycin Urauchimycin A was isolated. The extract also has several compounds... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:28:03Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-03-02Bitstream added on 2014-06-13T19:57:17Z : No. of bitstreams: 1 finoti_ls_me_arafo.pdf: 807524 bytes, checksum: 5006bb12d9dfd8b018947dc9bf5f9a44 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-10-27T11:27:32Z: finoti_ls_me_arafo.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-10-27T11:28:04Z : No. of bitstreams: 1 000699432_20161215.pdf: 108734 bytes, checksum: bb249231be9783ec2b2e8a69bab2d4d9 (MD5) Bitstreams deleted on 2016-12-16T09:54:38Z: 000699432_20161215.pdf,. Added 1 bitstream(s) on 2016-12-16T09:55:19Z : No. of bitstreams: 1 000699432.pdf: 1829489 bytes, checksum: 1673fe1964d933a8139de0e818870022 (MD5) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / A Doença Periodontal (DP) é uma doença infecciosa de caráter multifatorial causada por microrganismos periodontopatogênicos e influenciada por fatores como: suscetibilidade genética do hospedeiro, reação do sistema imune, hábito de fumar e doenças sistêmicas. Estudos recentes realizados por nosso grupo verificaram indivíduos com predisposição genética à periodontite crônica, mesmo após ajustes para idade, gênero, cor da pele e hábito de fumar. Tal predisposição genética foi determinada pela presença de um haplótipo formado por polimorfismos no gene IL8. O objetivo do presente estudo é comparar a microbiota subgengival de sítios afetados ou não pela DP, antes e após 45 dias do tratamento periodontal não-cirúrgico em indivíduos geneticamente suscetíveis e não suscetíveis à periodontite crônica. Dessa forma, será possível saber se, entre indivíduos geneticamente suscetíveis e não suscetíveis à DP, ocorrem diferenças qualitativa e/ou quantitativa de microrganismos periodontopatogênicos. Também se pretende avaliar se indivíduos geneticamente suscetíveis e não suscetíveis à DP respondem diferentemente ao tratamento periodontal não-cirúrgico, por meio da análise de parâmetros clínicos e microbiológicos. Foram selecionados 65 indivíduos divididos quanto à presença ou não do referido haplótipo ATC/TTC no gene IL8, de forma que os indivíduos “suscetíveis” e “não suscetíveis” à DP foram subdivididos quanto à presença ou ausência de periodontite crônica. Os pacientes selecionados foram submetidos a novo exame clínico periodontal e coleta de placa subgengival antes e 45 dias após tratamento periodontal. Três microrganismos periodontopatogênicos Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia... / Periodontal disease (PD) is a multifactorial disease caused by periodontopathogenic microorganisms and influenced by factors such as genetic susceptibility, reaction of the immune system, smoking and the occurrence of systemic diseases. Recent studies carried out by this group have observed individuals with a genetic predisposition to periodontitis even after adjusting for covariates such as age, gender, skin color and smoking. Such genetic predisposition was determined by the haplotype presence formed by IL8 gene polymorphisms. The purpose of this study is to compare the subgingival microbiota of sites with and without PD, before and after 45 days of non-surgical periodontal treatment in individuals who are genetically susceptible and non susceptible to PD. In this way, it will be possible to know if there are qualitative/quantitative differences of periodontopathogenic microorganisms between individuals who are genetically susceptible and non susceptible to PD, and if between these groups, there is differential influence on non-surgical periodontal treatment on the clinical and microbiological parameters. Sixty-five individuals were selected and divided regarding the presence or not of that ATC/TTC haplotype in the IL8 gene. The susceptible and the non susceptible individuals were subdivided about the presence or absence of PD. In each group there are patients with and without periodontitis. The selected patients were submitted to a new periodontal exam and had their gingival fluid collected before and after 45 days of periodontal treatment. The periodontopathogenic microorganism Porphyromonas gingivalis, Tannerella forsythia, and Treponema denticola have been quantified by absolute quantification by the use of Real Time PCR (qPCR). The microbiological data... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:23:27Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-02-24Bitstream added on 2014-06-13T20:50:21Z : No. of bitstreams: 1 moraes_dc_me_sjrp.pdf: 1032470 bytes, checksum: d66ccd7f4f58518fa691cb97c39d482c (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / A utilização dos resíduos da agroindústria para a criação de novos produtos com valor agregado é uma ferramenta muito importante que vem merecendo destaque no país e no mundo. O Brasil é considerado um dos países que mais geram resíduos, desta forma a transformação destes compostos em novos produtos é imprescindível já que contribui para a preservação ambiental promovendo a adequada disposição dos mesmos no ambiente. Neste contexto as indústrias vinícolas têm destaque, já que o subproduto gerado por elas é de lenta decomposição e acarreta em poluição do meio ambiente. A casca e a semente da uva são responsáveis pela maior parte dos resíduos deste setor (cerca de 20 a 48%). Esta é composta por celulose (glicose), hemicelulose (xilose, arabinose) e lignina. A glicose proveniente da celulose é facilmente fermentada pela levedura Saccharomyces cerevisiae, porém a xilose da hemicelulose não é fermentada por esta levedura. O presente trabalho busca selecionar a partir da casca de uva microrganismos capazes de fermentar a xilose dos materiais lignocelulósicos em etanol contribuindo para o aumento da produção de bioetanol além de reduzir o impacto ambiental causado por estes subprodutos. Foram selecionadas três variedades de uva (Rubi, Thompson e Niagara). Alíquotas destes materiais serviram de substrato em meio liquido para o crescimento de bactérias e leveduras. Os microrganismos isolados foram testados quanto à capacidade de assimilar xilose como fonte de carbono e realizar fermentação para produção de etanol a partir deste açúcar. Duas linhagens de leveduras denominadas RL1 e RL5 (da uva Rubi) mostraram-se promissoras neste tipo de fermentação. Também foram realizados ensaios para otimizar as condições de fermentação, verificar a tolerância em níveis mais elevados... / The use of agro-industrial residues to create new value-added products is a very important tool that is worth mentioning in the country and the world. Brazil is considered one of the countries that generate more residues, thus the transformation of these compounds into new products is essential as it contributes to environmental conservation by promoting the proper disposal of these compounds into the environment. In this context, the wine industries have highlighted, since by-product generated by them has a slow docomposition and lead to environmental pollution. The grape skin and seed are responsible for most of the residues from this sector (about 20 to 48%). The grape skin is composed of cellulose (glucose), hemicellulose (xylose, arabinose) and lignin. The glucose derived from cellulose is easily fermented by the yeast Saccharomyces cerevisiae, but xylose of hemicellulose is not fermented by this strain. This study aimed to select microorganisms of grape skins capable of fermenting xylose from lignocellulosic materials into ethanol contributing to the increase in bioethanol production and reducing the environmental impact caused by these products. Three grape varieties (Ruby, Thompson and Niagara) were selected.). Aliquots of these materials served as substrate in a liquid medium for bacteria and yeast growth. The isolated microorganisms were tested for their ability to assimilate xylose as carbon source and to carry out fermentation to ethanol production from this sugar. Two strains of yeast called RL1 and RL5 (Ruby grape) have shown promise in this type of fermentation. Additional tests were also performed to optimize the fermentation conditions and to verify the tolerance on higher levels of sugar in the wort, aerobic fermentation, to evaluate the glucose fermentation by the selected yeasts... (Complete abstract click electronic access below)

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:24:16Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-10-30Bitstream added on 2014-06-13T20:12:22Z : No. of bitstreams: 1 biondo_ga_me_botfm.pdf: 10870076 bytes, checksum: c768a26cf85de27fd0f5359da74435ca (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Universidade Estadual Paulista (UNESP) / Paracoccidioides brasiliensis, é o agente da paracoccidioidomicose, a micose profunda endêmica na América Latina. Produção de eicosanóides, como prostaglandinas e leucotrienos, durante as infecções fúngicas tem mostrado desempenhar um papel crítico na sobrevivência e/ou crescimento fúngico, bem como na modulação da resposta imune do hospedeiro. As células hospedeiras são uma fonte desses mediadores, porém outra fonte em potencial pode ser o próprio fungo. O objetivo do nosso estudo foi avaliar se cepas do P. brasiliensis com diferentes graus de virulência (Pb18, Pb265, BT79, Pb192) produzem, prostaglandina E2 (PGE2) e leucotrieno B4 (LTB4). Além disso, verificamos se P. brasiliensis pode usar fontes exógenas de ácido araquidônico (AA), bem como as vias metabólicas dependentes das enzimas cicloxigenase (COX) e lipoxigenase (5-LO), para a produção de PGE2 e LTB4, respectivamente. Finalmente, uma possível associação entre esses eicosanóides e a viabilidade do fungo também foi avaliada. Demonstramos, usando ensaios de Elisa, que todas as cepas de P. brasiliensis, independente do seu grau de virulência, produzem altos níveis de PGE2 e LTB4 após 4h cultura que foram reduzidos após 8h. No entanto, em ambos os tempos da cultura, foram detectados níveis mais elevados de eicosanóides, quando as culturas foram complementadas com uma fonte exógena de AA. Diferentemente, o tratamento com indometacina, um inibidor da COX, ou MK886, um inibidor da 5-LO, induz a uma redução nos níveis de PGE2 e LTB4, respectivamente, bem como a viabilidade do fungo. Os dados fornecem evidências de que P. brasiliensis tem a capacidade de metabolizar, tanto AA endógeno como exógeno por vias dependentes da COX e 5-LO enzimas que participam da produção de PGE2 e LTB4, respectivamente, que são indispensáveis para a sua viabilidade. / Paracoccidioides brasiliensis, is the agent of paracoccidioidomycosis, the most prevalent deep mycosis in Latin America. Production of eicosanoids, such as prostaglandins and leukotrienes, during fungal infections is theorized to play a critical role on fungal survival and/or growth as well as on host immune response modulation. Host cells are one source of these mediators; however another potential source may be the fungal itself. The purpose of our study was to assess whether P. brasiliensis strains with different degree of virulence (Pb18, Pb265, PbBT79, Pb192) produce both, prostaglandin E2 (PGE2) and leukotriene B4 (LTB4). Moreover, we asked if P. brasiliensis can use exogenous sources of arachidonic acid (AA), as well as metabolic pathways dependent on cyclooxygenase ( COX) and lipooxygenase (5-LO ) enzymes, for PGE2 and LTB4 production , respectively. Finally, a possible association between these eicosanoides and fungus viability was assessed. We have demonstrated, using Elisa assays, that all P. brasiliensis strains, independently of their virulence degree, produce high PGE2 and LTB4 levels on 4h culture that were reduced after 8 h. However, in both culture times, higher eicosanoides levels were detected when culture medium was supplemented with exogenous AA. Differently, treatment with indomethacin, a COX inhibitor, or MK886, a 5-LO inhibitor, induces a reduction on PGE2 and LTB4 levels, respectively, as well as in fungus viability. The data provide evidence that P. brasiliensis has the capacity to metabolize either endogenous or exogenous AA by pathways dependent on COX and 5-LO enzymes for producing PGE2 and LTB4, respectively, that are critical for its viability.

Orientadora : Profª Drª Adriana Frolich Mercadante / Coorientador : Prof. Dr.Silvio Marques Zanata / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciencias Biológicas (Microbiologia, Parasitologia e Patologia Básica). Defesa: Curitiba, 21/03/2017 / Inclui referências : f. 93-97 / Resumo: A proteína prion celular, ou PrPC, é uma proteína ancorada externamente à membrana plasmática por uma molécula de glicofosfatidilinositol. Sua conversão de uma forma fisiológica para uma isoforma mal dobrada e infecciosa, denominada scrapie, é responsável pelo aparecimento das doenças priônicas, também conhecidas como Encefalopatias Espongiformes Transmissíveis. Para elucidar as funções fisiológicas de PrPC, são realizados estudos para se descobrir seus possíveis parceiros moleculares. Recentemente, resultados obtidos por nosso grupo identificaram dez possíveis ligantes para PrPC, dentre os quais destaca-se a vimentina, uma proteína de filamento intermediário. Em células com quantidade excessiva de proteína mal dobrada ou com inibição de proteassoma, há a formação de agressomos, estruturas pericentriolares com agregados de proteínas em seu centro e envoltos por uma gaiola de filamentos intermediários compostos principalmente por vimentina. Para esmiuçar a relação entre as proteínas PrPC e vimentina, verificar a formação de agressomos e suas possíveis consequências para as células, fizemos experimentos de Pull-Down, imunofluorescência, Western Blot, solubilidade em metanol e MTT em células HeLa e N2a. Foram testados tratamentos com DMSO, MG132 e Ciclosporina A (CsA), e transfecções com plasmídeos expressando GFP, GFP-PrPC, GFP-PrPcy, e mutantes de PrPC P104L e V179I. A interação entre as proteínas prion celular e vimentina pôde ser confirmada in vitro pela técnica de Pull-Down nas células HeLa. Inesperadamente, a viabilidade celular de HeLa e N2a não pareceu ser afetada por nenhum dos tratamentos testados. Nas imunofluorescências com ambas as células foi possível observar a formação de agressomos, principalmente nos tratamentos com MG132 e CsA, sendo o primeiro um inibidor de proteassoma e o segundo um inibidor da via das ciclofilinas. A formação desses agressomos parece estar ligada a uma redução na expressão de vimentina de ambas às células, e a um aumento da insolubilidade da proteína prion nas células N2a, mas não nas células HeLa. Palavras chave: Prion. Vimentina. Agressomos. Scrapie. / Abstract: The cellular prion protein, or PrPC, is a protein anchored to the external leaflet of the plasma membrana by a glycophosphatidylinositol molecule. Its conversion from a physiological isoform to a misfolded and infeccious one, named scrapie, is responsible for the prionic diseases, also known as Transmissible Spongiform Encephalopathies. To elucidate the physiological functions of PrPC, studies are conducted to discover its possible molecular partners. Recently, studies done by our group found ten possible ligants for PrPC, among of them is the vimentin, a intermediate filament protein. In cells showing high levels of misfolded proteins or with proteasome inhibition, there is the formation of aggresomes, pericentriolar structures with protein aggregates on its center wrapped by a cage of intermediate filaments composed mostly by vimentin. To deeply investigate the relation between PrPC and vimentin proteins, to verify the formation of aggresomes and its possible consequences to the cells, we did Pull-Down, immunofluorescence, Western Blot, methanol solubility and MTT experiments in HeLa and N2a cells. We tested treatments with DMSO, MG132 and Cyclosporine A (CsA), and transfections with plasmids expressing GFP, GFP-PrPC, GFP-PrPcy, and PrPC mutants P104L and V179I. The interaction between cellular prion protein and vimentin could be confirmed in vitro by the Pull-Down technique in HeLa cells. Unexpectedly, the HeLa and N2a cell viability was not affected by none of the tested treatments. Immunofluorescence with both cells showed the formation of aggresomes, mainly in MG132 and CsA treatments, the first being a proteasome inhibitor and the second a cyclophilins route inhibitor. The formation of these aggresomes seems to be linked to a reduction in vimentin expression in both cells, and to an increase in insolubility of prion protein in N2a cells, but not in HeLa cells. Keywords: Prion. Vimentin. Aggresomes. Scrapie.