Dieser Beitrag hat zum Ziel, zunächst literaturbasiert Lernprobleme im Kontext des SRLs (selbstreguliertes Lernen) zu ermitteln und darauf aufbauend in eine Taxonomie zu überführen, welche die Problemfelder dimensioniert. Die Taxonomie soll bei der Konzeption passender Lösungen für die Lernproblemfelder Orientierung geben, indem sie den Fokus auf die zu adressierenden Probleme lenkt, damit (technologiegestützte) Lernhilfen problemorientiert gestaltet werden. Dieser Aspekt fehlt in bestehenden Lern-Taxonomien, welche den Schwerpunkt eher auf die Lernziele und dahinter liegende kognitive Prozesse (Bloom, 1956) oder adaptive Variablen zur Lernerfolgssteigerung (Plass & Pawar, 2020) legen. [Aus: Einleitung]

The taxonomy of the Mediterranean Aristolochia pallida complex has been under debate since several decades with the following species currently recognized: A. pallida, A. lutea, A. nardiana, A. microstoma, A. merxmuelleri, A. croatica, and A. castellana. These taxa are distributed from Iberia to Turkey. To reconstruct phylogenetic and biogeographic patterns, we employed cpDNA sequence variation using both noncoding (intron and spacer) and protein-coding regions (i.e., trnK intron, matK gene, and trnK-psbA spacer). Our results show that the morphology-based traditional taxonomy was not corroborated by our phylogenetic analyses. Aristolochia pallida, A. lutea, A. nardiana, and A. microstoma were not monophyletic. Instead, strong geographic signals were detected. Two major clades, one exclusively occurring in Greece and a second one of pan-Mediterranean distribution, were found. Several subclades distributed in Greece, NW Turkey, Italy, as well as amphi-Adriatic subclades, and a subgroup of southern France and Spain, were revealed. The distribution areas of these groups are in close vicinity to hypothesized glacial refugia areas in the Mediterranean. According to molecular clock analyses the diversification of this complex started around 3–3.3 my, before the onset of glaciation cycles, and the further evolution of and within major lineages falls into the Pleistocene. Based on these data, we conclude that the Aristolochia pallida alliance survived in different Mediterranean refugia rarely with low, but often with a high potential for range extension, and a high degree of morphological diversity.

Diese Arbeit stellt eine umfassende Reihe von Fallstudien zur Taxonomie, Systematik und Evolution von zwei sehr unterschiedlichen Gruppen von Süßwasserschnecken aus China zusammen, der Familie Viviparidae und der Überfamilie Truncatelloidea. Auf der Grundlage eines integrativen Ansatzes, der Morphologie, Anatomie, molekulare Methoden, Ökologie und Biogeographie kombiniert, liefert die vorliegende Arbeit eine Reihe systematischer Revisionen und die bisher vollständigste Liste gültiger Arten der Viviparidae aus China. Innerhalb der Viviparidae werden in der vorliegenden Arbeit zwei neue Gattungen, neun neue rezente Arten, eine neue fossile Art, 11 neue Kombinationen und ein neues Synonym vorgeschlagen. Die phylogenetische Position der neuen Taxa innerhalb der Viviparidae wird diskutiert. In Bezug auf die Truncatelloidea liefert die vorliegende Arbeit die erste fossil kalibrierte Phylogenie auf der Grundlage von fünf Genen, die die meisten existierenden Familien der Truncatelloidea abdeckt. Eine neue Familie, eine neue Gattung und zwei neue Arten, die alle in China endemisch sind, werden hier beschrieben. Die seit mehr als einem Jahrhundert verschollene sessile Süßwasserschnecke Helicostoa ist wiederentdeckt und hier erstmals systematisch untersucht worden. Neben ihrer sessilen Lebensweise im Süßwasser stellt die neue Helicostoa-Art einen der bemerkenswertesten Fälle von Sexualdimorphismus bei Mollusken dar. Die fossil kalibrierte Phylogenie der Truncatelloidea deutet darauf hin, dass die einzigartige schnecken aus dem Fuxian-See eine neue Art innerhalb einer neuen Familie, der Squamapicidae fam. nov., sein sollte. Die datierte Phylogenie zeigt, dass diese neue Familie ihren Ursprung im Tethys-Ozean während der späten Kreidezeit hat. Insgesamt werden in dieser Arbeit nicht nur viele Taxa der Süßwasserschnecken aus China revidiert und beschrieben, sondern es wird auch ein robusterer systematischer Rahmen für diese beiden alten Schneckengruppen geschaffen. / This thesis compiles a comprehensive set of case studies on the taxonomy, systematics and evolution of two most diverse groups of freshwater gastropods from China, family Viviparidae and superfamily Truncatelloidea. Based on an integrative approach combining morphology, anatomy, molecular methods, ecology and biogeography, the present thesis provides a series of systematic revisions and the most complete list of valid species of Viviparidae from China so far. Within Viviparidae, two new genera, nine new extant species, one new fossil species, 11 new combiniations and one new synonym are proposed in the present thesis. The phylogenetic position of the new taxa within Viviparidae is discussed based on molecular phylogenetic trees. With regard to Truncatelloidea, the present thesis provides the first fossil calibrated phylogeny based on five genes, covering most extant families of Truncatelloidea. One new family, one new genus and two new species all endemic to China are proposed herein. The sessile freshwater gastropod Helicostoa lost for more than a century is rediscovered and systematically studied for the first time. Besides its sessile life style in freshwater, the new species of Helicostoa represents one of the most remarkable cases of sexual dimorphism within molluscs. The fossil calibrated phylogeny of Truncatelloidea suggests that the unique freshwater microgastropod species from Fuxian Lake of China should be a new species of a new genus within a new family, Squamapicidae. fam. nov.. The dated phylogeny reveals that this new family of freshwater gastropods originated in the Tethys Ocean during the Late Cretaceous. This thesis not only revises and describes many taxa of Viviparidae and Truncatelloidea from China, but also provides a more robust systematic frameworks for these two ancient snail groups. It also reveals several interesting cases of species radiations and evolutionary innovations, which contribute to a better understanding of their evolution.

Le danmaku désigne les commentaires synchronisés qui s’affichent et défilent directement en surimpression sur des vidéos au fil du visionnement. Bien que les danmakus proposent à l’audience une manière originale de partager leur sentiments, connaissances, compréhensions et prédictions sur l’histoire d’une série, etc., et d’interagir entre eux, la façon dont les commentaires s’affichent peut nuire à l’expérience de visionnement, lorsqu’une densité excessive de commentaires dissimule complètement les images de la vidéo ou distrait l’audience. Actuellement, les sites de vidéo chinois emploient principalement des méthodes par mots-clés s’appuyant sur des expressions régulières pour éliminer les commentaires non désirés. Ces approches risquent fortement de surgénéraliser en supprimant involontairement des commentaires intéressants contenant certains mots-clés ou, au contraire, de sous-généraliser en étant incapables de détecter ces mots lorsqu’ils sont camouflés sous forme d’homophones. Par ailleurs, les recherches existantes sur la classification automatique du danmaku se consacrent principalement à la reconnaissance de la polarité des sentiments exprimés dans les commentaires. Ainsi, nous avons cherché à regrouper les commentaires par classes fonctionnelles, à évaluer la robustesse d’une telle classification et la possibilité de l’automatiser dans la perspective de développer de meilleurs systèmes de filtrage des commentaires. Nous avons proposé une nouvelle taxonomie pour catégoriser les commentaires en nous appuyant sur la théorie des actes de parole et la théorie des gratifications dans l’usage des médias, que nous avons utilisées pour produire un corpus annoté. Un fragment de ce corpus a été co-annoté pour estimer un accord inter-annotateur sur la classification manuelle. Enfin, nous avons réalisé plusieurs expériences de classification automatique. Celles-ci comportent trois étapes : 1) des expériences de classification binaire où l’on examine si la machine est capable de faire la distinction entre la classe majoritaire et les classes minoritaires, 2) des expériences de classification multiclasses à granularité grosse cherchant à classifier les commentaires selon les catégories principales de notre taxonomie, et 3) des expériences de classification à granularité fine sur certaines sous-catégories. Nous avons expérimenté avec des méthodes d’apprentissage automatique supervisé et semi-supervisé avec différents traits. / Danmaku denotes synchronized comments which are displayed and scroll directly on top of videos as they unfold. Although danmaku offers an innovative way to share their sentiments, knowledge, predictions on the plot of a series, etc., as well as to interact with each other, the way comments display can have a negative impact on the watching experience, when the number of comments displayed in a given timespan is so high that they completely hide the pictures, or distract audience. Currently, Chinese video websites mainly ressort to keyword approaches based on regular expressions to filter undesired comments. These approaches are at high risk to overgeneralize, thus deleting interesting comments coincidentally containing some keywords, or, to the contrary, undergeneralize due to their incapacity to detect occurrences of these keywords disguised as homophones. On another note, existing research focus essentially on recognizing the polarity of sentiments expressed within comments. Hence, we have sought to regroup comments into functional classes, evaluate the robustness of such a classification and the feasibility of its automation, under an objective of developping better comments filtering systems. Building on the theory of speech acts and the theory of gratification in media usage, we have proposed a new taxonomy of danmaku comments, and applied it to produce an annotated corpus. A fragment of the corpus has been co-annotated to estimate an interannotator agreement for human classification. Finally, we performed several automatic classification experiments. These involved three steps: 1) binary classification experiments evaluating whether the machine can distinguish the most frequent class from all others, 2) coarse-grained multi-class classification experiments aiming at classifying comments within the main categories of our taxonomy, and 3) fine-grained multi-class classification experiments on specific subcategories. We experimented both with supervised and semi-supervised learning algorithms with diffrent features.

Une taxonomie révisée et une connaissance des limites d’espèces demeurent toujours importantes dans les points chauds en biodiversité comme les Antilles où de nombreuses espèces endémiques sont retrouvées. Des limites d’espèces divergentes impliquent un différent nombre d’espèces retrouvées dans un écosystème, ce qui peut exercer une influence sur les décisions prises face aux enjeux de conservation. Les genres Gesneria et Rhytidophyllum qui forment les principaux représentants de la famille des Gesneriaceae dans les Antilles comprennent plusieurs taxons aux limites d’espèces ambigües et quelques espèces qui ont des sous-espèces reconnues. C’est le cas de Gesneria viridiflora (Decne.) Kuntze qui comprend quatre sous-espèces géographiquement isolées et qui présentent des caractères végétatifs et reproducteurs similaires et variables. Une délimitation d’espèces approfondie de ce complexe d’espèce est effectuée ici à partir d’une approche de taxonomie intégrative considérant des données morphologiques, génétiques et bioclimatiques. Les données morphologiques quantitatives et qualitatives obtenues à partir de spécimens d’herbier sont utilisées pour délimiter des groupes morphologiques à l’aide d’une analyse en coordonnées principales. Ces groupes sont ensuite testés à l’aide de séquences d’ADN de quatre régions nucléaires en utilisant une méthode bayesienne basée sur la théorie de la coalescence. Finalement, les occurrences et les valeurs de variables de température et de précipitation qui y prévalent sont utilisées dans une analyse en composantes principales bioclimatique pour comparer les groupes délimités morphologiquement et génétiquement. Les résultats de l’analyse morphologique multivariée supportent la distinction entre les groupes formés par les sous-espèces actuellement reconnues de G. viridiflora. Les résultats, incluant des données génétiques, suggèrent une distinction jusqu’ici insoupçonnée des populations du Massif de la Hotte au sud-ouest d’Haïti qui sont génétiquement plus rapprochées des populations de Cuba que de celles d’Hispaniola. Bioclimatiquement, les groupes délimités par les analyses morphologiques et génétiques sont distincts. L’approche de taxonomie intégrative a permis de distinguer cinq espèces distinctes plutôt que les quatre sous-espèces acceptées jusqu’à aujourd’hui. Ces espèces sont : G. acrochordonanthe, G. quisqueyana, G. sintenisii, G. sylvicola et G. viridiflora. Une carte de distribution géographique, un tableau de la nouvelle taxonomie applicable et une clé d’identification des espèces sont présentés. La nouvelle taxonomie déterminée dans cette étude démontre un endémisme insoupçonné dans plusieurs régions du point chaud en biodiversité des Antilles et souligne l’importance d’investiguer les limites d’espèces dans les groupes diversifiés comprenant des taxons aux limites d’espèces incomprises. / An accurate taxonomy and knowledge of species limits is of great importance in endemic species-rich biodiversity hotspots like the Caribbean. Indeed, conflicting species limits can alter biodiversity estimates and influence the decisions taken on conservation issues. The genera Gesneria and Rhytidophyllum constitute the main representatives of the Caribbean Gesneriaceae and comprise a few species with unclear boundaries as well as species having several recognized subspecies. Gesneria viridiflora (Decne.) Kuntze is a good example of the latter and consists of four geographically isolated subspecies that possess similar but variable vegetative and reproductive characters. We conducted a thorough investigation of species delimitation in this species complex using an integrative taxonomic approach that includes morphology, genetics and bioclimatic data. Qualitative and quantitative morphological data obtained from herbarium specimens were used to circumscribe morphologically distinct groups using a principal coordinates analysis. These groups were then tested at the genetic level using a Bayesian Phylogenetics and Phylogeography (BPP) species delimitation approach based on four nuclear regions. Bioclimatic multivariate analyses of temperature and precipitation variables obtained from occurrence data were used to compare the groups delimited by morphological and genetic data. The results suggest the presence of five distinct species in this complex. Four of these broadly correspond to the actually defined subspecies: G. quisqueyana, G. sintenisii, G. sylvicola and G. viridiflora. An additional highly endemic species was recognized, G. acrochordonanthe, that consists of the populations found at the Massif de la Hotte in Southwestern Haiti. A distribution map, a table of the new taxonomy and an identification key to the species are provided. The new taxonomy proposed in this study shows an unsuspected species endemism in some regions of the Caribbean biodiversity hotspot and underlines the importance of investigating species boundaries in diversified groups containing taxa with poorly understood boundaries.

La mitochondrie est un organite intracellulaire permettant la production d’énergie nécessaire à la survie de la cellule. Sa singularité passe par le fait qu’elle possède son propre génome (ADN mitochondrial ou ADNmt) distinct du génome nucléaire (ADNnu). Aussi, contrairement à l’ADNnu qui est transmis par les deux parents, l’ADNmt est lui hérité seulement par la mère chez les animaux. Exceptionnellement, un seul système connu va à l’encontre de cette « loi » d’hérédité. Il s’agit du système de double hérédité uniparentale (Doubly Uniparental Inheritance ou DUI) retrouvé chez plusieurs espèces de bivalves. Les espèces concernées possèdent ainsi 2 lignées d’ADNmt distinctes : une d’origine paternelle (ADNmt M) transmise seulement de pères en fils, et une d’origine maternelle (ADNmt F) transmise par la mère à la fois aux filles et fils. L’hypothèse privilégiée pour expliquer le maintien du système DUI au cours de l’évolution l’engage dans la détermination sexuelle chez les bivalves mais la vérification de cette hypothèse repose entre-autre sur une étude plus élargie de différents systèmes DUI. Jusqu’à maintenant, le DUI a été trouvée chez 46 espèces de bivalves, mais sa distribution chez ce groupe est certainement plus vaste étant donné le nombre d’espèces vivantes estimé à >20000. L’objectif de ce projet est d’étudier (et d’élargir) la distribution taxonomique du système DUI au sein du groupe des mollusques afin d’obtenir les prérequis indispensables à une meilleure compréhension de sa fonction mais également pour en retracer l’origine. Les résultats suggèrent l’absence du système DUI chez cinq espèces de gastéropodes et confirment sa découverte chez deux nouvelles espèces et familles de bivalves [i.e. Scrobicularia plana (Semelidae) et Yoldia hyperborea (Yoldiidae)]. En s’appuyant sur les résultats phylogénétiques, nous favorisons l’hypothèse d’une origine unique pour ce système. Finalement, la nouvelle distribution taxonomique proposée ici confirme la présence du système DUI chez 103 espèces de bivalves appartenant à 12 familles. / Mitochondria are semi-independent organelles, mostly known for their role in energy production necessary for cell survival. Several characteristics make them unique: they have their own genome, the mitochondrial DNA (mtDNA), and contrary to the nuclear genome (nuDNA), they are inherited uniparentally by Strict Maternal Inheritance (SMI) in animal species. Exceptionally, one model of mitochondrial inheritance found in some Bivalvia goes against the rule of SMI. It is called the Doubly Uniparental Inheritance (DUI) system. The species concerned possess two distinct mitochondrial lineages: one transmitted by the male (M mtDNA) to his sons only, and the other by the female to both sons and daughters. The most likely hypothesis to explain the retention of the DUI system in evolution involves him in sexual determination in bivalves but a widened study on different DUI systems is needed to verify this hypothesis. Until now, the DUI system has been described in 46 bivalve species but its distribution in this group might be broader given the total number of living species estimated to >20000. This project aimed to study (and broaden) taxonomic distribution of DUI within mollusks as a necessary prerequisite to a better understanding of its function and its origin. The results suggest the absence of DUI in five gastropods species and confirm its discovery in two new bivalves species and families [i.e. Scrobicularia plana (Semelidae) and Yoldia hyperborea (Yoldiidae)]. Based on phylogenetic data, we favor the hypothesis of a single origin of DUI. Finally, the new taxonomy proposed here confirms the presence of the DUI system in 103 bivalves species belonging to 12 families.

Ce mémoire porte sur les relations phylogénétiques, géographiques et historiques du genre afro-malgache Delonix qui contient onze espèces et des genres monospécifiques et endémiques Colvillea et Lemuropisum. Les relations intergénériques et interspécifiques entre les espèces de ces trois genres ne sont pas résolues ce qui limite la vérification d’hypothèses taxonomiques, mais également biogéographiques concernant la dispersion de plantes depuis ou vers Madagascar. Une meilleure compréhension des relations évolutives et biogéographiques entre ces espèces menacées d’extinction permettrait une plus grande efficacité quant à leur conservation. L’objectif de ce mémoire est de reconstruire la phylogénie des espèces à l’aide de régions moléculaires des génomes chloroplastique et nucléaire, d’identifier les temps de divergences entre les espèces et de reconstruire l’aire géographique ancestrale pour chacun des groupes. Ce projet démontre que le genre Delonix n’est pas soutenu comme étant monophylétique et qu’une révision taxonomique s’impose. Les relations intergénériques demeurent floues quant à la position phylogénétique de Colvillea et nos résultats suggèrent de l’hybridation ou un assortiment incomplet de cette lignée. Les espèces sont apparues et se sont diversifiées au Miocène à partir d’un ancêtre commun du sud de Madagascar. La phylogénie montre deux clades associés aux aires géographiques de répartition des espèces opposant les espèces largement répandues à celles majoritairement restreintes au fourré aride. Différentes hypothèses afin d’expliquer la dispersion des Delonix africains au Miocène à partir de Madagascar sont discutées. Un point de mire sur les interactions biotiques et abiotiques, passées et présentes, dans le fourré aride de Madagascar est recommandé en terme de conservation. / This thesis discusses the phylogenetic, geographic, and historic relationships of the eleven species of the afro-madagascan genus Delonix, as well as the endemic, monospecific genera Colvillea and Lemuropisum. The intergeneric and interspecific relationships of these taxa are unresolved which limits the evaluation of taxonomic changes suggested by some studies and of conflicting biogeographical hypotheses regarding plant dispersal around Madagascar. These species are all endangered, therefore a better understanding of their evolutionary pattern would benefit conservation efforts in Madagascar. The objective of this thesis is to reconstruct a phylogeny using multiple loci from two distinct genomes, and to use it to reconstruct the ancestral geographic range of species and estimate the times of divergence of the lineages. Results indicate that genus Delonix is not supported as monophyletic and a taxonomic revision is necessary. The exact position for Colvillea is ambiguous and suggests hybridization or incomplete lineage sorting for this taxon. Species evolved mostly during the Miocene from southern Madagascan ancestors. The phylogeny shows two clades associated with the geographic distribution of species, opposing the widespread species to the rare and mostly southern, endemic, spiny thicket species. The different hypotheses that could explain the Miocene long distance dispersal of the two African Delonix species from Madagascar are discussed. We recommend that conservation efforts should focus on past and present biotic and abiotic interactions in the Madagascar spiny thicket, considering that this unique habitat is an evolutionary cradle for at least three genera.

Parmi les lignées des Caesalpinioideae (dans la famille des Leguminosae), l’un des groupes importants au sein duquel les relations phylogénétiques demeurent nébuleuses est le « groupe Caesalpinia », un clade de plus de 205 espèces, réparties présentement entre 14 à 21 genres. La complexité taxonomique du groupe Caesalpinia provient du fait qu’on n’arrive pas à résoudre les questions de délimitations génériques de Caesalpinia sensu lato (s.l.), un regroupement de 150 espèces qui sont provisoirement classées en huit genres. Afin d’arriver à une classification générique stable, des analyses phylogénétiques de cinq loci chloroplastiques et de la région nucléaire ITS ont été effectuées sur une matrice comportant un échantillonnage taxonomique du groupe sans précédent (~84% des espèces du groupe) et couvrant la quasi-totalité de la variation morphologique et géographique du groupe Caesalpinia. Ces analyses ont permis de déterminer que plusieurs genres du groupe Caesalpinia, tels que présentement définis, sont polyphylétiques ou paraphylétiques. Nous considérons que 26 clades bien résolus représentent des genres, et une nouvelle classification générique du groupe Caesalpinia est proposée : elle inclut une clé des genres, une description des 26 genres et des espèces acceptées au sein de ces groupes. Cette nouvelle classification maintient l’inclusion de douze genres (Balsamocarpon, Cordeauxia, Guilandina, Haematoxylum, Hoffmanseggia, Lophocarpinia, Mezoneuron, Pomaria, Pterolobium, Stenodrepanum, Stuhlmannia, Zuccagnia) et en abolit deux (Stahlia et Poincianella). Elle propose aussi de réinstaurer deux genres (Biancaea et Denisophytum), de reconnaître cinq nouveaux genres (Arquita, Gelrebia, Hererolandia, Hultholia et Paubrasilia), et d’amender la description de sept genres (Caesalpinia, Cenostigma, Coulteria, Erythrostemon, Libidibia, Moullava, Tara). Les résultats indiquent qu’il y aurait possiblement aussi une 27e lignée qui correspondrait au genre Ticanto, mais un échantillonage taxonomique plus important serait nécéssaire pour éclaircir ce problème. Les espèces du groupe Caesalpinia ont une répartition pantropicale qui correspond presque parfaitement aux aires du biome succulent, mais se retrouvent aussi dans les déserts, les prairies, les savanes et les forêts tropicales humides. À l’échelle planétaire, le biome succulent consiste en une série d’habitats arides ou semi-arides hautement fragmentés et caractérisés par l’absence de feu, et abrite souvent des espèces végétales grasses, comme les Cactacées dans les néo-tropiques et les Euphorbiacées en Afrique. L’histoire biogéographique du groupe Caesalpinia a été reconstruite afin de mieux comprendre l’évolution de la flore au sein de ce biome succulent. Ce portrait biogéographique a été obtenu grâce à des analyses de datations moléculaires et des changements de taux de diversification, à une reconstruction des aires ancestrales utilisant le modèle de dispersion-extinction-cladogenèse, et à la reconstruction de l’évolution des biomes et du port des plantes sur la phylogénie du groupe Caesalpinia. Ces analyses démontrent que les disjonctions trans-continentales entre espèces sœurs qui appartiennent au même biome sont plus fréquentes que le nombre total de changements de biomes à travers la phylogénie, suggérant qu’il y a une forte conservation de niches, et qu’il est plus facile de bouger que de changer et d’évoluer au sein d’un biome différent. Par ailleurs, contrairement à nos hypothèses initiales, aucun changement de taux de diversification n’est détecté dans la phylogénie, même lorsque les espèces évoluent dans des biomes différents ou qu’il y a changement de port de la plante, et qu’elle se transforme, par exemple, en liane ou herbacée. Nous suggérons que même lorsqu’ils habitent des biomes très différents, tels que les savanes ou les forêts tropicales humides, les membres du groupe Caesalpinia se retrouvent néanmoins dans des conditions écologiques locales qui rappellent celles du biome succulent. Finalement, bien que la diversité des espèces du biome succulent ne se compare pas à celle retrouvée dans les forêts tropicales humides, ce milieu se distingue par un haut taux d’espèces endémiques, réparties dans des aires disjointes. Cette diversité spécifique est probablement sous-estimée et mérite d’être évaluée attentivement, comme en témoigne la découverte de plusieurs nouvelles espèces d’arbres et arbustes de légumineuses dans la dernière décennie. Le dernier objectif de cette thèse consiste à examiner les limites au niveau spécifique du complexe C. trichocarpa, un arbuste des Andes ayant une population disjointe au Pérou qui représente potentiellement une nouvelle espèce. Des analyses morphologiques et moléculaires sur les populations présentes à travers les Andes permettent de conclure que les populations au Pérou représentent une nouvelle espèce, qui est génétiquement distincte et comporte des caractéristiques morphologiques subtiles permettant de la distinguer des populations retrouvées en Argentine et en Bolivie. Nous décrivons cette nouvelle espèce, Arquita grandiflora, dans le cadre d’une révision taxonomique du genre Arquita, un clade de cinq espèces retrouvées exclusivement dans les vallées andines. / Amongst the lineages of the Caesalpinioideae (in the family Leguminosae), one of the largest groups where phylogenetic relationships remains unclear is the Caesalpinia Group, a clade of ca. 200 species, currently considered to comprise between 14 and 21 genera. The taxonomic complexity of the Caesalpinia Group stems from persisting doubts on the generic delimitations within Caesalpinia sensu lato, a group of 150 species that are provisionally classified into eight genera. In order to establish a stable generic classification, phylogenetic analyses of five chloroplastic loci and the nuclear ribosomal ITS locus were carried out on a matrix containing an unprecedented taxonomic sampling of the Caesalpinia Group (~84% of species of this group included), with virtually all of the morphological variation and geographic distribution represented. These analyses allowed us to determine that several genera of the Caesalpinia Group, as currently defined, are polyphyletic or paraphyletic. We consider that there are 26 well-resolved clades that represent distinct genera, and a new generic classification system is proposed, which includes a key to genera, the description of the 26 genera and all species accepted within these groups. A total of twelve previously accepted genera are maintained in this classification (Balsamocarpon, Cordeauxia, Guilandina, Haematoxylum, Hoffmanseggia, Lophocarpinia, Mezoneuron, Pomaria, Pterolobium, Stenodrepanum, Stuhlmannia, and Zuccagnia), whereas two genea are abolished (Stahlia and Poincianella). In addition, two genera are re-instated (Biancaea and Denisophytum), five new genera are described, (Arquita, Gelrebia, Hererolandia, Hultholia and Paubrasilia), and the description of seven genera are emended (Caesalpinia, Cenostigma, Coulteria, Erythrostemon, Libidibia, Moullava, Tara). Our results also indicate that there could possible be a 27th lineage corresponding to the genus Ticanto, but an increased taxonomic sampling is needed to adequately address this issue. The Caesalpinia Group has a pantropical distribution that corresponds almost perfectly to the geographical distribution of the Succulent Biome, but are also found in deserts, grassland prairies, savannahs, and tropical rainforests. On a planetary scale, the Succulent Biome consists of a series of semi-arid to arid habitats that are highly fragmented, and which are characterised by the absence of fire, such as deserts and dry forests. This biome often harbours succulent plant taxa, such as the Cactaceae in the Neotropics and the Euphorbiaceae in Africa. The biogeographical history of the Caesalpinia Group was reconstructed in order to gain insight into the evolution of the flora within this Succulent biome. This biogeographical portrait of this group was reconstructed using molecular dating analysis, diversification rate shifts tests, the reconstruction of ancestral areas using the dispersal-extinction-cladogenesis model (DEC), as well as through ancestral character reconstruction of the biomes and habits. These analyses demonstrate that intercontinental disjunctions between sister species belonging to the same biome are more frequent than the total number of biome shifts across the phylogeny, suggesting that there is a strong conservation of niches, and that it is easier to move than to switch to and evolve in a different biome. Furthermore, contrary to our initial hypothesis, no changes in diversification rates were detected in our phylogenies, even when species switched biomes or evolved a different plant habit, e.g. becoming lianas or herbaceous perennials. We suggest that even when members of the Caesalpinia Group inhabit different biomes, such as savannahs or tropical rainforests, they are still tracking local ecological conditions that are typical of the Succulent biome. Finally, while total plant species diversity in the Succulent Biome does not compare to the diversity found in tropical rainforests, this biome distinguishes itself by a high number of endemic species, distributed in disjunct patches across the world. This species diversity is probably under-estimated and needs to be carefully re-evaluated, as shown in several recent descriptions of new tree and shrub species from the Succulent biome, all published in the last decade. The last objective of this thesis is to examine the species limits in Caesalpinia trichocarpa, a shrub from the Andes that has a disjunct population in Peru, which potentially represents a new species. Morphological and molecular analyses of populations occurring across the Andes, including Bolivia and Argentina, allow us to conclude that the populations in Peru represent a new species, which is genetically distinct and has subtle morphological characteristics that allow it to be distinguished from populations found in Argentina and Bolivia. We describe this news species, Arquita grandiflora, in a taxonomic revision of the genus Arquita, a clade of five species found exclusively in Andean valleys.

Ce travail de recherche se situe à un moment particulier de réforme du système éducatif algérien. Il prend sa source dans les difficultés suscitées par la mise en œuvre de cette réforme, du point de vue, pour l’enseignement des mathématiques, de l’approche par les compétences et de l’intégration des TICe. Il questionne le potentiel des ressources de Sésamath, une association française d’enseignants, pour soutenir le travail des professeurs confrontés à cette réforme.Ancrée dans l’approche documentaire du didactique, la thèse a suivi plus particulièrement trois professeurs d’un collège, à la fois dans leurs classes régulières et dans un atelier de mathématiques, laboratoire d’intégration des ressources de Sésamath.Elle considère particulièrement les systèmes de ressources des enseignants en analysant leur structure et leur évolution, dans la perspective d’une modélisation de ces systèmes. Elle exploite la notion de schème, et notamment d’invariants opératoires, pour décrire l’évolution des connaissances des professeurs.Elle montre comment l’intégration des ressources de Sésamath, dans un milieu arabophone, conduit à développer un travail collectif de sélection, d’adaptation, de traduction et de mise en œuvre de ses ressources. Elle montre comment l’intégration des activités de Sésamath basées sur la résolution de problèmes a soutenu les enseignants dans leur travail de mise en œuvre de la réforme. Elle met en évidence l’intérêt de ces interactions pour l’évolution des connaissances et le développement professionnel des enseignants impliqués.L’étude ouvre des pistes, aussi bien pour la formation des enseignants que pour la modélisation de leur système de ressources / This research is situated at a particular moment of reform of the Algerian educational system. It originates from the difficulties of implementing this reform from a point of view, for mathematics education, of the competency-based approach and the integration of ICT. It questions the potential of the resources of Sésamath, a French association of teachers, for supporting the work of teachers facing this reform.Anchored in the documentary approach to didactics, the PhD followed in particular three teachers from a college, both in their regular classes and in a mathematics workshop, the Sésamath resource integration laboratory.It particularly considers teacher resource systems by analyzing their structure and evolution, aiming to modelling these systems. It exploits the notion of scheme, and especially operational invariants, to describe the evolution of teachers' knowledge.It shows how the integration of Sésamath's resources, in an Arabic-speaking environment, leads to developing a collective work of selection, adaptation, translation and implementation of these resources. It shows how the integration of problem-based Sésamath activities has supported teachers in their work for implementing the reform. It highlights the value of these interactions for the evolution of knowledge and professional development of the teachers involved.The study opens ways, both for teacher training and for modelling their resource system

Die zu den Sirenia, oder Seekühen, zählende Gattung Halitherium ist mit Arten aus dem Obereozän bis Untermiozän bekannt. Obwohl Halitherium als monophyletisch angesehen wird, bestätigen alle bisherigen phylogenetischen Analysen die Paraphylie dieser Gruppe. Auch die auf Halitherium basierende nur fossil bekannte Unterfamilie Halitheriinae ist paraphyletisch und umfasst wiederum fast ausnahmslos paraphyletische Gattungen. Der Fokus liegt auf der Typusart H. schinzii. Deren Holotyp, ein Premolar, wird als undiagnostisch definiert und infolgedessen H. schinzii als nomen dubium eingestuft. Die Neubeschreibung sämtlicher dieser Art zugeordneter Skelettreste liefert neue morphologische Daten. So kann die Hypothese von zwei sympatrisch vorkommenden Morphospezies im Unteroligozän Zentraleuropas auf Basis mehrerer unterscheidender Merkmale gestützt werden. Für die Verwandtschaftsanalyse der „Halitherium“ traditionell zugeordneten Arten und die Ermittlung ihrer phylogenetischen Stellung innerhalb der Ordnung Sirenia finden strenge kladistische Prinzipien Berücksichtigung. Eine revidierte, ergänzte und erweiterte Merkmalsmatrix stellt dabei den bisher größten morphologischen Datensatz über Sirenia dar. Die phylogenetischen Analysen zeigen, dass die „Halitherium“ Arten keine monophyletische Gruppe bilden. Im Zuge dieser systematisch-taxonomischen Revision werden die „Halitheriinae“ eingezogen und vier neue Gattungen aufgestellt. Des Weiteren wird eine neue Klassifikation der Sirenia vorgeschlagen, in der eine konsequente Unterscheidung zwischen einer paraphyletischen Stammgruppe und einer monophyletischen Kronengruppe Anwendung findet. Diese Studie liefert neue Daten über die Diversität und Biogeographie von Sirenen. Die herausragendsten Ergebnisse sind zum einen die Revision einer der zweifelhaftesten Sirenia Gruppen, die „Halitheriinae“. Zum anderen wird für den Ursprung der Kronengruppensirenen ein eher unteroligozäner statt eozäner Zeitpunkt postuliert. / The genus Halitherium includes a number of fossil sirenian species, or sea cows, ranging from the late Eocene to early Miocene. Although Halitherium is assumed to be monophyletic, all previous phylogenetic analyses reveal this group to be paraphyletic. As such, the exclusively extinct subfamily Halitheriinae based on Halitherium is paraphyletic comprising mainly genera that are invariably paraphyletic as well. The focus lies on the type species H. schinzii and the morphological basis for its establishment. The holotype, a single premolar, is considered non-diagnostic, which resulted in the recognition of this taxon name as a nomen dubium. Abundant skeletal material originally assigned to “H. schinzii” is re-described providing new data on the morphology of this sirenian. In this process, the hypothesis of two sympatric morphospecies in the lower Oligocene of Central Europe is corroborated by a suite of distinguishing characters. For the analysis of the interrelationships of the species traditionally assigned to “Halitherium”, and the identification of their phylogenetic position within the order Sirenia, robust cladistic principles are applied. A revised, supplemented and extended data matrix represents the hitherto largest data set on Sirenia based on morphological characters. The phylogenetic analyses show that the “Halitherium” species do not form a monophyletic group. In the course of this systematic and taxonomic revision the “Halitheriinae” are refuted and four new genera are established. Furthermore, a new systematic framework is introduced for Sirenia primarily distinguishing between a paraphyletic stem group and a monophyletic crown group. This study provides new data on the past sirenian diversity and biogeography. The most important results are that one of the most disputed sirenian groups, the “Halitheriinae”, is revised, and that the divergence time of crown group sirenians is estimated as early Oligocene rather than Eocene.