Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:47Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 700292 bytes, checksum: f54866bb9d53611e8feef9c8d9a5b216 (MD5) Previous issue date: 2009-07-24 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The sulphate reducing bacteria (SRB) are considered the principal group of microorganisms involved in the formation of biofilms and biocorrosion of pipelines. The prevention and the control of the growth of that bacterial group have been accomplished mainly by the use of biocide or bacteriostatic agents, as well as for the use of metabolic inhibitors. In this work the effect of mixtures was evaluated containing the biosurfactant rhamnolipid, the inhibitor metabolic molybdate of sodium and the biocide tetrakis (hydroxymethyl) phosphonium sulfate (THPS) about the metabolic activity of Desulfotomaculum nigrificans as well as about your adhesion to coupons of stainless steel AISI 304. The effect of the mixtures about the metabolic activity was evaluated by the estimate of viable cells and for the determination of residual sulphate in the medium of culture. The evaluation of the adhesion to coupons of stainless steel was accomplished by the direct count to the epifluorescence microscope. The experimental planning was accomplished according to Central Design Compost Rotational (DCCR) and the Methodology of Surface of Answer (MSR) was used to analyze the experimental design. There was not significant difference among the effects caused by the three compounds in the cellular viability in 6 and 18 hours after the addition of the compounds to the culture of D. nigrificans. All the appraised compounds were capable to inhibit the growth of D. nigrificans in anaerobic medium Baars to 55 ºC. The data of concentration of residual sulphate confirmed the effect of inhibition of the compounds also tested about the metabolic activity of that bacterium. Among the appraised compounds, the biosurfactant rhamnolipid was what presented larger effect of inhibitation in the adhesion of D. nigrificans to coupons of stainless steel, when cultivated in medium Baars to 55 ºC. It was the only compounds with effect significant statistics appeared in the times of 24, 48 and 96 hours of treatment evaluated. The Methodology of Surface of Answer revealed that the largest inhibition of the adhesion happens when the biosurfactant is added in concentrations from 1,0 to 1,6 times the value of your concentration critical micelar. The results suggest the potential of application of the biosurfactant rhamnolipid in the control of the adhesion and, eventually, of the biocorrosion caused by D. nigrificans. / As bactérias redutoras de sulfato (BRS) são consideradas o principal grupo de microrganismos envolvidos na formação de biofilmes e biocorrosão de oleodutos. A prevenção e o controle do crescimento desse grupo bacteriano têm sido realizados principalmente pela utilização de agentes biocidas ou bacteriostáticos, bem como pelo uso de inibidores metabólicos. Neste trabalho foi avaliado o efeito de misturas contendo o biossurfactante ramnolipídeo, o inibidor metabólico molibdato de sódio e o biocida sulfato de tetrakis (hidroximetil)fosfônio (THPS) sobre a atividade metabólica de Desulfotomaculum nigrificans, bem como sobre a sua adesão a cupons de aço inoxidável AISI 304. O efeito das misturas sobre a atividade metabólica foi avaliado pela estimativa de células viáveis e pela determinação de sulfato residual no meio de cultura. A avaliação da adesão a cupons de aço inoxidável foi realizada pela contagem direta em microscópio de epifluorescência. O planejamento experimental foi realizado segundo o Delineamento Composto Central Rotacional (DCCR) e a Metodologia de Superfície de Resposta (MSR) foi utilizada para se analisar o delineamento experimental. Não houve diferença significativa entre os efeitos causados pelos três compostos na viabilidade celular em 6 e 18 horas após a adição dos compostos à cultura de D. nigrificans. Todos os compostos avaliados foram capazes de inibir o crescimento de D. nigrificans em meio Baars anaeróbio a 55 ºC. Os dados de concentração de sulfato residual confirmaram o efeito inibitório dos compostos testados também sobre a atividade metabólica dessa bactéria. Dentre os compostos avaliados, o biossurfactante ramnolipídeo foi o que apresentou maior efeito inibitório na adesão de D. nigrificans a cupons de aço inoxidável, quando cultivada em meio Baars a 55 ºC. Ele foi o único composto com efeito estatisticamente significativo nos tempos de 24, 48 e 96 horas de tratamento avaliados. A Metodologia de Superfície de Resposta revelou que a maior inibição da adesão ocorre quando o biossurfactante é adicionado em concentrações de 1,0 a 1,6 vezes o valor da sua concentração micelar crítica. Os resultados sugerem o potencial de aplicação do biossurfactante ramnolipídeo no controle da adesão e, eventualmente, da biocorrosão causada por D. nigrificans.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:51Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 528396 bytes, checksum: 2b516aa2ea3ea48bfb173971c8b65f4c (MD5) Previous issue date: 2010-08-18 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The low germination percentages of P. microcarpus basidiospores represents a major drawback for obtaining monokaryotic strains for quantitative genetic studies on the mycorrhizal associations, the use of spores in mutagenesis experiments aiming at the identification of genes important to the symbiosis, and the use of these propagules as inoculants in forest nurseries. The characterization of the mRNA present within the fungal basidiospores may provide information on the level of preparedness of the spores to germinate and sustain initial hyphal growth. The aim of this work was to characterize the mRNA present in the basidiospores of the ectomycorrhizal fungus P. microcarpus after basidiosporogenesis. Total RNA was extracted from the mature basidiospores and mycelium and mRNA was used for cDNA synthesis. An analysis of the presence of 14 gene transcripts involved in lipid metabolism, glycogen mobilization, trehalose mobilization, nitrogen assimilation, glycolysis, pentose phosphate pathway and glucan degradation using cDNA from the fungal basidiospores and dikaryotic mycelium was done. qPCR analysis was performed to compare the amount of transcripts of the genes d15fa, ntrh, and ag13 which code respectively, for Δ15 fatty acid desaturase, neutral α-trehalase, and α-1,3-glucosidase in the dikaryotic mycelium and basidiospores. The 14 transcripts studied were present both in the dikaryotic mycelium and in the basidiospores, indicating a preparedness of these propagules to initiate and sustain germination. qPCR analysis indicated a higher amount of transcripts of genes the d15fa, ntrh, and ag13 inside the basidiospores when compared to the dikaryotic mycelium. These results suggest a higher need for enzymes involved in the synthesis of unsaturated fatty acids, trehalose mobilization, and glucan degradation during basidiospore germination. A cDNA library was constructed from basidiospore mRNAs and 288 clones were sequenced. One hundred and nineteen sequences were obtained, resulting in a total of 12 ESTs (expressed sequence tags). The amino acid sequence deduced from the EST corresponding to clone 277 showed significant similarity to a protein involved in respiratory metabolism and may be important during the germination process. Other ESTs showed significant identity to unknown ESTs deposited in the NCBI database. These ESTs may code for proteins that are specific of the basidiospores of P. microcarpus. However, to confirm this hypothesis, other clones must be sequenced to better characterize the cDNA library. / As baixas percentagens de germinação dos basidiósporos do fungo ectomicorrízico Pisolithus microcarpus dificultam a obtenção de estirpes monocarióticas, material para estudos de genética quantitativa da associação micorrízica, inviabilizam a utilização de esporos em experimentos de mutagênese visando à identificação de genes importantes para a simbiose, além de dificultar a utilização desses propágulos como inoculantes em viveiros florestais. A caracterização do mRNA presente no interior desses basidiósporos poderá fornecer informações sobre o nível de preparação que têm para iniciar o processo de germinação e sustentar o crescimento inicial das hifas. O objetivo deste trabalho foi o de caracterizar os mRNA presentes nos basidiósporos do fungo ectomicorrízico P. microcarpus após a basidiosporogênese. O RNA total foi extraído de basidiósporos maduros e micélio, procedendo posteriormente a obtenção mRNA para a síntese de cDNA. Determinou-se a presença de transcritos de 14 genes envolvidos no metabolismo de lipídeos, na mobilização de glicogênio, na mobilização de trealose, na assimilação de nitrogênio, na via glicolítica, na via das pentoses fosfato e na degradação de glicanas. A análise por qPCR foi realizada visando comparar a quantidade de transcritos dos genes d15fa, ntrh e ag13 que codificam respectivamente as enzimas ácido graxo-Δ15 desaturase, α- trealase neutra e 1,3-α-glicosidase, nos basidiósporos e no micélio dicariótico. Os 14 x transcritos avaliados foram encontrados tanto no micélio dicariótico quanto nos basidiósporos, sugerindo a preparação desses propágulos para iniciar e sustentar o processo de germinação. A análise por qPCR indicou maior quantidade de transcritos dos genes d15fa, ntrh e ag13 no interior dos basidiósporos quando comparado ao micélio dicariótico. Esse resultado sugere a participação de enzimas responsáveis pela síntese de ácidos graxos insaturados, mobilização de trealose e degradação de glicanas durante o processo de germinação. Uma biblioteca de cDNA foi construída a partir dos fragmentos de cDNA dos basidiósporos, sendo caracterizada por meio do sequenciamento de 288 clones. Foram obtidas 119 sequências que, ao serem agrupadas, resultaram em 12 ESTs (expressed sequence tags). A sequência de aminoácidos deduzida da EST referente ao clone 277 apresentou similaridade significativa com proteína envolvida no metabolismo respiratório, podendo ser importante durante o processo de germinação. Outras ESTs apresentaram identidade significativa com ESTs depositadas no banco de dados do NCBI ainda não identificadas. Alternativamente, sugere-se que essas ESTs possam ser codificadoras de proteínas específicas dos basidiósporos de P. microcarpus, importantes para a etapa de germinação desses propágulos.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:55Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 6286736 bytes, checksum: e354da66e718cf4d321aafb79e0de30c (MD5) Previous issue date: 2011-09-02 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Bacteria belonging to the genus Bacillus have physiological plasticity regarding to the conditions of temperature, pH and salinity of the environments in where they are found, such as: water, soil, polluted environments, among others. Under the environmental aspect, these bacteria have the capacity to produce biosurfactants which put them as potential microorganisms for the application of Microbial Enhanced Oil Recovery (MEOR).Technologies economically viable and of growing acceptance, like MEOR, can receive additional informations from the molecular tools about the microbial behavior. In this context, the fluorescence in situ hybridization technique (FISH) is an important tool for detection of microorganisms present in different samples. This technique allows the detection of microorganisms without the need of cultivation. Oligonucleotide probes complementary to the rRNA can be designed with specificities that range from the species level to the domains level. The aims of this work was to apply the FISH technique to detect bacteria of the genus Bacillus and establish the best combination of parameters which combines specificity and good fluorescence signal intensity of the probes utilized. In this way, it was utilized a specific probe for the genus Bacillus (BAC07) and a universal probe for the Domain Bacteria (EUB338). The in silico analysis revealed that the target sequence of probe BAC07 is found predominantly in bacteria of the genus Bacillus, however the possibility of hybridization of probe BAC07 with another member of class Bacilli was not discarded. The parameters analyzed for the application of the FISH technique and evaluation of the specificity of probe BAC07 were: cell fixation method, formamide concentration added to the hybridization buffer and pretreatment of cells with lysozyme. The combination of parameters that ensured the best signal for the probe EUB338 was: cells fixed in paraformaldehyde solution 4%, hybridization buffer containing 35% formamide, without pretreatment with lysozyme; the best conditions for the probe BAC07 were: cells fixed in paraformaldehyde solution 4%, hybridization buffer containing 40% formamide, without pretreatment with lysozyme. A specific detection of bacteria of the genus Bacillus was achieved by probe BAC07. However, the fluorescence signal intensity was very weak when in comparison to the signal of probe EUB338, thereby, for the utilization of probe BAC07 for detection of Bacillus in environmental samples, an enhanced signal is required. / Bactérias pertencentes ao gênero Bacillus possuem grande plasticidade fisiológica no que se refere às condições de temperatura, pH e salinidade dos ambientes nos quais são encontradas, como: água, solo, ambientes poluídos, entre outros. Sob o aspecto ambiental, possuem a capacidade de produção de biossurfactantes que as colocam como micro-organismos potenciais para aplicação na Recuperação Avançada de Petróleo Melhorada por Micro-organismos (MEOR). Tecnologias economicamente viáveis e de crescente aceitação, como a MEOR, podem receber informações adicionais das ferramentas moleculares acerca do comportamento microbiano. Neste contexto, a técnica de hibridização fluorescente in situ (FISH) apresenta-se como uma importante ferramenta para detecção de microorganismos presentes em diferentes amostras. Trata-se de uma técnica que permite a detecção de micro-organismos sem a necessidade prévia de cultivo. Sondas de oligonucleotídeos complementares ao RNAr podem ser elaboradas com especificidade que varia desde o nível de espécie até o nível de Domínio. Este trabalho teve como objetivos aplicar a técnica de FISH para detectar bactérias do gênero Bacillus e estabelecer a melhor combinação de parâmetros que aliassem especificidade à emissão de um adequado sinal de fluorescência das sondas utilizadas. Desta forma, foram utilizadas uma sonda específica para o gênero Bacillus (BAC07) e uma sonda universal para o Domínio Bacteria (EUB338). A análise in silico revelou que a sequência-alvo da sonda BAC07 é encontrada predominantemente em bactérias do gênero Bacillus, porém não foi descartada a possibilidade de hibridização da sonda BAC07 com outros membros da classe Bacilli. Para aplicação da técnica de FISH e avaliação experimental da especificidade da sonda BAC07, os parâmetros avaliados foram: o método de fixação das células, a concentração de formamida adicionada ao tampão de xi hibridização e o pré-tratamento das células com lisozima. A combinação de parâmetros que garantiu o melhor sinal para a sonda EUB338 foi: células fixadas em solução de paraformaldeído 4%, tampão de hibridização com 35% de formamida, sem pré-tratamento com lisozima; as melhores condições para a sonda BAC07 foram: a fixação das células em solução de paraformaldeído 4%, tampão de hibridização com 40% de formamida e sem pré-tratamento com lisozima. Conseguiu-se uma detecção específica de bactérias do gênero Bacillus pela sonda BAC07. No entanto, o sinal de fluorescência foi muito fraco quando comparado ao sinal da sonda EUB338, de modo que, para utilização da sonda BAC07 para detecção específica de Bacillus em amostras ambientais, o estabelecimento de condições que promovam a intensificação do sinal é requerido.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:51:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 822133 bytes, checksum: e079e0bf0b7042a8b0741f41174d4120 (MD5) Previous issue date: 2006-05-10 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The physiological and technological parameters important to the development of Direct Vat Set culture of Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 cultivated in Minas Frescal cheese whey were studied. Greater fermentative activity on cheese whey was observed at 40ºC and therefore all bacterial growth experiments were performed at this temperature. Heat shock, 50ºC for 30 minutes, or acid stress, cheese whey with pH 3.5 for 30 minutes, did not affect growth of L. delbrueckii UFV H2b20 on cheese whey. The survival of heat or acid pre-treated cells was assessed after dehydration by lyophilization and spray-drying. Cell survival to either dehydration processes was not affected by acid pre-treatment, whereas heat shock had a deleterious effect on survival. The addition of protective substances (6% mannitol, 1,25% sorbitol, 1,25% monosodium glutamate and mixture of 6% sucrose and 4% trehalose) to cheese whey in which the cells were submitted to lyophilization did not improve cell survival to dehydratation and storage at -80ºC for two months. Cell survival was greater when lyophilization was performed on cheese whey alone. Acid pre-treated cells on cheese whey, pH 3.5 adjusted with HCl, without any further addition, retained higher viable counts after lyophilization and subsequent -80ºC storage. Cell activity recovery in 10% reconstituted skimmed milk was not affected by either heat shock or acid pre-treatment when cells were lyophilized in cheese whey with no additional substances. Spray-dried cultures submitted to acid stress demonstrate recovery comparable to active cells which were not subjected to any condition that could result in cell injury. Those cultures exhibit a high activity even after two months storage at - 20ºC. The hereby presented results demonstrate that the probiotic culture produced in stabilized Minas Frescal cheese whey, pre-treated at pH 3.5, and spray-dried have desirable viability and activity characteristics, and its use can be recommended for the elaboration of milk fermented products containing L. delbrueckii UFV H2b20 cells. / Os parâmetros fisiológicos e tecnológicos de importância para o desenvolvimento de sistema DVS para Lactobacillus delbrueckii UFVH2b20 em soro de queijo Minas Frescal estabilizado foram estudados. A maior atividade fermentativa das células do L. delbrueckii UFV H2b20 em soro de queijo ocorreu a 40ºC. Por essa razão, essa temperatura de incubação foi adotada para a condução dos experimentos. Foi observado que a aplicação de choque térmico, 50ºC por 30 minutos, ou choque ácido, pH 3,5 por 30 minutos, a 40ºC, às células de L. delbrueckii UFV H2b20 não afetaram seu crescimento. Foi avaliado ainda se a aplicação de tais pré-tratamentos afetava a sobrevivência aos processos de desidratação das células por liofilização e spray-drying. Foi observado que o choque ácido não afetou a sobrevivência de L. delbrueckii UFV H2b20 aos dois processos de desidratação avaliados. Por outro lado, o choque térmico teve efeito deletério sobre a sobrevivência das células submetidas aos mesmos processos de desidratação. Para as culturas liofilizadas, foi avaliado se a adição de diferentes soluções protetoras (manitol 6%, sorbitol 1,25%, glutamato monossódico 1,25% e mistura das soluções de sacarose 6% e trealose 4%) exercia efeito sobre a sobrevivência de L. delbrueckii UFV H2b20 à liofilização, bem como durante o período de estocagem das células desidratadas a -80ºC por 2 meses. A sobrevivência das células ao processo de liofilização foi maior quando não se adicionaram substâncias crioprotetoras ao soro de queijo. Maior viabilidade durante o armazenamento a -80ºC foi observada quando as células foram pré-tratadas em soro de queijo pH 3,5, ajustado com HCl e sem a adição de outras substâncias antes da liofilização. Observou-se que os choques térmico ou ácido não afetaram a recuperação imediata em leite desnatado reconstituído a 10% das culturas liofilizadas que não sofreram adição de substâncias protetoras. Nas culturas desidratadas por spray-drying, observou-se que as células de L. delbrueckii UFV H2b20, previamente submetidas ao choque ácido, lograram crescimento comparável ao obtido pelas células ativas que não foram submetidas a qualquer condição que possa causar injúria. Essas culturas permaneceram com elevado número de células, mesmo após 2 meses de estocagem a -20°C. Os resultados obtidos levam à conclusão de que a cultura starter probiótica produzida em soro de queijo Minas Frescal estabilizado, desidratada por spray-drying e previamente submetida ao choque ácido, demonstrou características de viabilidade e atividade mais promissoras, e seu uso pode ser recomendado para a elaboração de produtos lácteos fermentados contendo células do L. delbrueckii UFV H2b20.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:52:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 609136 bytes, checksum: bfac4beb809c8b3d58b49895dc0cc2d1 (MD5) Previous issue date: 2007-03-09 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The high affinity interaction streptavidin-biotin provides an excellent system for industrial enzyme separation or immobilization involving a fused streptavidin-enzyme and a biotinylated support. In order to produce proteins with affinity to biotin, we have modified the commercial K. lactis system, pKLAC1 (New England Biolabs), a LAC4 promoter-driven integration vector for protein expression, with the gene coding streptavidin. The codifying sequence for biotin binding domain of streptavidin (cStp) was amplified by PCR from pSTP4, purified and subcloned to the pCR2.1TOPO (Invitrogen). The fragment has revealed 100% identity with streptavidin gene according to Gene Bank and it was inserted into Xho I / Bgl II pKLAC1 in frame with mating-α-factor signal peptide. The pKLAC1/cStp cut by Ahd I enzyme was used to transform the strains K. lactis MW 98.8C and CB S2359. The transformants selected in Yeast Carbon Base (YCB) containing 5 mM acetamide and confirmed by PCR were mitotically stable. A high cell biomass (OD 600 = 18), obtained in shake-flask 50 mL YPD medium, was centrifuged and transferred to an induction medium, containing 2% of lactose. The cell free medium was qualitatively analyzed for streptavidin and proteins by SDS PAGE. The samples were collected in each 24 hours during 6 days of bath culture. The biotin binding activity of streptavidin in the culture supernatant was determined by HABA test. The medium YPL and YNB with 0,5% of yeast extract have exhibited the best yields for streptavidin extracellular protein production. / A forte interação da proteína estreptavidina pela molécula de biotina constitui um excelente sistema para a separação e/ou imobilização de proteínas e de enzimas de interesse industrial. Com a intenção de produzir proteínas com propriedades de adsorção biosseletiva, nós temos modificado a seqüência do plasmídeo pKLAC1 pela inserção do domínio de afinidade da estreptavidina pela biotina. Utilizando a técnica da Reação da Polimerase em cadeia (PCR), a seqüência de cerca de 355pb foi amplificada a partir do vetor pSTP4 que contém toda seqüência de nucleotídeos referente à proteína estreptavidina. O Fragmento amplificado apresentou 100% de identidade com a seqüência de nucleotídeos da proteína estreptavidina depositada no Gene Bank. O fragmento foi inserido no vetor pKLAC1 nos sítios Xho I e Bgl II em fase com a seqüência do peptídeo sinal do mating-α-factor. O plasmídeo pKLAC1/cStp foi linearizado com enzima Ahd I e foi utilizado para a transformação das linhagens de K. lactis MW 98.8C e CBS 2359. Os transformantes selecionados em meio YCB (Yeast Carbon Base) contendo 5 mM de acetamida como única fonte de nitrogênio e confirmados por PCR foram mitoticamente estáveis. A alta biomassa celular (DO600 = 18) obtida em erlenmeyer de 250 mL contendo 50 mL de meio YPD foi centrifugada e transferida para meio de indução contendo 2% (p/v) de lactose. O sobrenadante das culturas foi analisado qualitativamente para estreptavidina pela técnica de SDS PAGE. As proteínas totais foram determinadas pelo método de BRADFORD utilizando BSA (Albumina Bovina Sérica) como padrão. As amostras foram coletadas a cada 24 horas durante 6 horas de cultivo sob regime de batelada. A atividade da proteína estreptavidina presente no sobrenadante das culturas recombinantes foi determinada pelo teste do reagente HABA. Os meios YPL e YNB contendo 0,5% de extrato de levedura exibiram os melhores resultados quanto à produção extracelular de estreptavidina ativa e de proteínas totais.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2016-01-27T16:27:50Z No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-28T11:43:48Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-28T11:43:48Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Fábio Silvestre Ataides - 2014.pdf: 2285867 bytes, checksum: 7c53025bcd16ddc4bc411b6f0415905a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-08-26 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / The Candida species are associated with clinical manifestations that can characterize from superficial infections up to systemic involvement. Non-albicans species are considered emerging, and Candida parapsilosis is the main etiological agent in several casuistics. The secondary alcohol dehydrogenase (SADH) gene amplification and restriction fragment analysis by enzyme digestion BanI allows differentiation of C. parapsilosis in a species complex formed by C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis and C. metapsilosis that may present behaviors different virulence and response to antifungal agents. Thus, this study aims to identify the species of the C. parapsilosis complex, obtained from mycology collection of the Mycology Laboratory of the Institute of Tropical Pathology and Public Health, Federal University of Goiás, using molecular methods, as well as the characterization of factors virulence and in vitro susceptibility to different antifungal agents. For the distinction between the species, was performed a polymerase chain reaction followed by digestion with restriction enzyme BanI. After the identification of 87 isolates from blood (54) and nails (33), the determination of virulence factors such as proteases, esterase, phospholipase, hemolysins, adhesion, biofilm formation and switching phenomenon were performed. The profile of in vitro susceptibility to amphotericin B, fluconazole, itraconazole, voriconazole, posaconazole and caspofungin were performed using the Etest® method. The results showed that C. parapsilosis sensu stricto is the most common in our region (78), followed by C.orthopsilosis (5) C. metapsilosis (4). There was no difference between the behavior of virulence by the three species, but noted that there is divergence in the susceptibility to antifungal agents. Isolates of C. parapsilosis sensu stricto were less susceptible to amphotericin B, itraconazole and caspofungin compared with the susceptibility patterns of C. orthopsilosis and C. metapsilosis. A percentage of 10.2% of the isolates of C. parapsilosis sensu stricto no were susceptible to caspofungin. This paper reports the first identification of species of the C. parapsilosis complex in the state of Goiás, Brazil, and shows the importance of determining antifungal susceptibility to appropriate therapy. / As espécies do gênero Candida estão relacionadas com manifestações clínicas que podem caracterizar desde infecções superficiais até um acometimento sistêmico. Espécies não-albicans, são consideradas emergentes, sendo que Candida parapsilosis é o principal agente etiológico em várias casuísticas. A amplificação do gene Secondary Alcohol Dehydrogenase (SADH) e a análise dos fragmentos de restrição pela enzima de digestão BanI, permite a diferenciação de C. parapsilosis em um complexo de espécies formado pela C. parapsilosis sensu stricto, C. orthopsilosis e C. metapsilosis, que podem apresentar comportamentos diferentes de virulência e resposta aos antifúngicos. Deste modo, este trabalho se propõe a identificar as espécies pertencentes ao complexo C. parapsilosis, obtidas da micoteca do Laboratório de Micologia do Instituto de Patologia Tropical e Saúde Pública da Universidade Federal de Goiás, usando métodos moleculares, bem como a caracterização dos fatores de virulência, e perfil de suscetibilidade in vitro a diferentes agentes antifúngicos. Para a distinção entre as espécies foi realizado a reação em cadeia da polimerase (PCR) seguido de digestão pela enzima de restrição BanI. Após a identificação de 87 isolados obtidos de sangue (54) e de unhas (33), foi realizada a determinação dos fatores de virulência como proteinases, esterase, fosfolipase, hemolisinas, aderência, formação de biofilme e fenômeno switching. O perfil de suscetibilidade a anfotericina B, fluconazol, itraconazol, voriconazol, posaconazol e caspofungina foi realizado usando-se o método de Etest®. Os resultados mostraram que C. parapsilosis sensu stricto é a mais frequente na nossa região (78), seguido de C. orthopsilosis (5) e C. metapsilosis (4). Não se verificou diferença entre o comportamento de virulência pelas três espécies, mas foi observado que há divergência na suscetibilidade aos agentes antifúngicos. Isolados de C. parapsilosis sensu stricto foram menos suscetíveis a anfotericina B, itraconazol e caspofungina quando comparados com os padrões de suscetibilidade de C. orthopsilosis e C. metapsilosis. Um percentual de 10,2% dos isolados de C. parapsilosis sensu stricto apresentaram-se não suscetíveis a caspofungina. Este trabalho relata pela primeira vez a identificação de espécies do complexo C. parapsilosis no estado de Goiás, Brasil, e mostra a importância de determinação de suscetibilidade antifúngica para uma terapia adequada.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:52:02Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 207338 bytes, checksum: e8ae32d5d73829fe54385cc857a2a2cd (MD5) Previous issue date: 2006-02-22 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The effects of heat shock, acid treatment, exposure to bile salts and the presence of H2O2 on antimicrobial resistance in Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 were determined. Agar diffusion assays results indicated that this bacterium is resistant to vancomycin, sulphamethoxazole, colistin, some [Beta]-lactams, aminoglycosides, nitrofurans and quinolones. It is moderately susceptible to choramphenicol, tetracycline, cephalothin, ampicillin and erythromycin. L. delbrueckii UFV H2b20 can grow on high concentrations of H2O2 and complete inhibition will be observed only at 70 µg mL-1. Diferent effects on the Minimal Inhibitory Concentration (MIC) of the antimicrobials were observed when the bacterial cells were exposed to several stress conditions. Heat shock affected resistance to different aminoglycosides and [Beta]-lactams in various ways; it diminished resistance to nitrofurans and to tetracycline; however, it had no effect over resistance to choramphenicol and espiramycin. The same results were observed for acid pre-treatment at pH 3,5 for 30 min, except that it resulted in enhancement of espiramycin resistance. Cell exposure to 0,5% bile salts resulted in diminuished MICs for almost all tested antibiotics, except, apparently, furazolidone, sulphametoxol and nalidix acid, which maintained resistance to the highest concentrations tested. The presence of H2O2, 20 µg mL-1, had various effects on aminoglycosides, diminuished resistance to nitrofurans, [Beta]-lactams, tetracycline and espiramycin; however, it enhanced resistance to choramphenicol. These results demonstrate an ample diversity of responses to heat shock, acid shock, presence of H2O2, and also a general response when cells of L. delbrueckii UFV H2b20 are exposed to bile salts. / A resistência a antimicrobianos e o efeito de peróxido de hidrogênio sobre o crescimento em Lactobacillus delbrueckii UFV H2b20 foram estudados. Os efeitos de choque térmico, choque ácido, exposição a sais biliares e presença de peróxido de hidrogênio sobre a resistência a antimicrobianos nesta bactéria também foram investigados. A determinação do modelo de resistência, pelo método de difusão em meio sólido, indicou que L. delbrueckii UFV H2b20 apresenta resistência a vancomicina, a alguns [Beta]-lactâmicos, a sulfametoxol, a aminoglicosídeos, a nitrofuranos, a quinolonas e a colistina e susceptibilidade moderada a cloranfenicol, a tetraciclina, a cefalotina, a ampicilina e a eritromicina. L. delbrueckii UFV H2b20 é capaz de crescer em altas concentrações de peróxido de hidrogênio e inibição completa do crescimento só foi observada com 70 µg mL-1. Os efeitos de condições de estresse sobre a resistência a antimicrobianos foram determinados pela comparação da Concentração Inibitória Mínima (CIM), realizada pelo método de microdiluição em meio líquido, de células submetidas e de não submetidas às condições de estresse citadas. O choque térmico provocou efeitos diversos sobre a resistência a aminoglicosídeos e a [Beta]-lactâmicos, diminuiu a resistência a nitrofuranos e a tetraciclina e não alterou a resistência a cloranfenicol e a espiramicina. O choque ácido também provocou efeitos diferentes sobre a resistência a aminoglicosídeos e a [Beta]-lactâmicos, diminuiu a resistência a nitrofuranos e a tetraciclina, não alterou a CIM de cloranfenicol e aumentou a resistência a espiramicina. A exposição das células de L. delbrueckii UFV H2b20 a sais biliares provocou diminuição da CIM de quase todos os antimicrobianos testados, exceto furazolidona, sulfametoxol e ácido nalidíxico, que não tiveram a resistência alterada até a concentração máxima testada. A presença de peróxido de hidrôgenio provocou efeitos diferentes sobre a resistência a aminoglicosídeos, diminuiu a resistência a nitrofuranos, a [Beta]-lactâmicos, a tetraciclina e a espiramicina e aumentou a resistência a cloranfenicol. Os resultados demonstram ampla diversidade nas respostas ao choque térmico, ao choque ácido e ao peróxido de hidrogênio e similaridade na resposta à exposição das células de L. delbrueckii UFV H2b20 a sais biliares.

Submitted by Cláudia Bueno (claudiamoura18@gmail.com) on 2015-12-10T14:10:12Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Silva de Oliveira - 2014.pdf: 3199133 bytes, checksum: cb42a7815c2701477249ff4d0cb2a05b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2015-12-11T07:57:23Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Silva de Oliveira - 2014.pdf: 3199133 bytes, checksum: cb42a7815c2701477249ff4d0cb2a05b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-11T07:57:23Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Lucas Silva de Oliveira - 2014.pdf: 3199133 bytes, checksum: cb42a7815c2701477249ff4d0cb2a05b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-04-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Staphylococcus saprophyticus is characterized as uropathogenic bacteria that causes urinary tract infections especially in young women. Some virulence factors were elucidated, however, little is known about how this bacteria install itself at host human. The urease was the first virulence factor described in S. saprophyticus, being responsible by increasing of the bladder pH in infected patients. This is the first study about S. saprophyticus in proteomics and immunoproteomics perspective of the secreted proteins (exoproteome) of this bacterium. A total of 44 new secreted proteins were detected by mass spectrometry. Among the proteins found, five of them have a crucial role in the glycolytic pathway: Triosephosphate isomerase (TPI), enolase (ENO), Glyceraldehyde-3-phosphate dehydrogenase (GAPDH) and Glucose-6-phosphate isomerase (GPI), however, its role as moonlighting proteins have been observed in various microorganisms. Through of the immunoproteomics, it was possible to detect 18 protein species that reacted onto Western-blotting, and 5 of them could be identified by mass spectrometry. The most abundant protein specie identified as immunogenic in S. saprophyticus, it was transglycosilase IsaA (Immunodominant staphylococcal antigen A), being it well described in Staphylococcus aureus as virulence factor. Another abundant protein found as immunogenic was Ssa (Staphylococcal secretory antigen), which, it was identified under 3 isoforms. The enolase was the last protein identified at immunoproteome of S. saprophyticus. It was possible to conclude from these results that S. saprophyticus has a wide of extracellular proteins capable to promote bacteria adaption, and some of them are involved in oxidative/nitrosative stress (SOD and AhpC), besides possess proteins that have the capacity to incite the humoral immune response in BalbC mice. All this lead us to hypothesize that S. saprophyticus have defense and virulence mechanisms in order to protect itself against extracellular stresses and appropriate mechanisms to promote urinary tract infections. / Staphylococcus saprophyticus caracteriza-se por ser uma bactéria uropatogênica que causa infecção no trato genito-urinário especialmente de mulheres jovens. Alguns fatores de virulência já foram elucidados, no entanto, pouco se conhece do modo pelo qual esta bactéria acomete o hospedeiro humano. A uréase foi o primeiro fator de virulência descrito em S. saprophyticus, sendo responsável pela alcalinização do pH da bexiga de pacientes contaminados. Este estudo é o pioneiro tratando-se de S. saprophyticus na abordagem da proteômica e imunoproteômica do perfil de proteínas secretadas (exoproteoma) por esta bactéria. Um total de 44 proteínas secretadas inéditas foram detectadas por espectrometria de massas. Dentre as proteínas encontradas, cinco delas possuem papel fundamental na via glicolítica: triose-fosfato isomerase (TPI), enolase (ENO), gliceraldeído-3-fosfato-desidrogenase (GAPDH) e glicose-6-fosfato isomerase (GPI), no entanto, seu papel como proteína “moonlighting” já foi observado em diversos microrganismos. Através da imunoproteômica, foi possível detectar 18 espécies proteicas que reagiram no Wester-blotting, e 5 delas puderam ser identificadas por espectrometria de massas. A espécie proteica mais abundante identificada como imunogênica em S. saprophyticus, foi a transglicosilase IsaA (Immunodominant staphylococcal antigen A), sendo bem descrita em S. aureus como um fator de virulência. Outra proteína abundante identificada como imunogênica foi a Ssa (Staphylococcal secretory antigen), no qual, foi identificada em 3 isoformas. A enolase também foi identificada no imunoproteoma de S. saprophyticus. Foi possível concluir através destes resultados que S. saprophyticus possui uma gama de proteínas extracelulares capazes de promover a adaptação desta bactéria, algumas delas envolvidas na proteção contra o estresse oxidativo/nitrosativo (SOD e AhpC), além de possuir proteínas que tem a característica de incitar a resposta imune humoral de camundongos BalbC. Isso tudo nos leva a hipotetizar que S. saprophyticus possui mecanismos de defesa e virulência a fim de se proteger contra estresses exteriores e mecanismos para promover a patogênese no trato genito-urinário.

Made available in DSpace on 2014-08-20T13:32:57Z (GMT). No. of bitstreams: 1 dissertacao_amanda_avila_rodrigues.pdf: 890698 bytes, checksum: 1d955a8f7fba6dc5e374721390bc09da (MD5) Previous issue date: 2010-12-03 / Xanthan gum is one the most important commercial hydrocolloids. / A goma xantana é um dos mais importantes hidrocolóides comerciais.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2014-09-25T17:34:38Z No. of bitstreams: 2 Dissertação_Lucianna G. N. Lemes.pdf: 2661301 bytes, checksum: c0238e41dfbe2adbd10e5ddcff7a139e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2014-09-26T11:31:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação_Lucianna G. N. Lemes.pdf: 2661301 bytes, checksum: c0238e41dfbe2adbd10e5ddcff7a139e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-09-26T11:31:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação_Lucianna G. N. Lemes.pdf: 2661301 bytes, checksum: c0238e41dfbe2adbd10e5ddcff7a139e (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2013-12-20 / The calicivirus (norovirus and sapovirus) are important etiologic agents of acute gastroenteritis. Recent studies show that in immunocompromised patients such as those undergoing allogeneic hematopoietic stem cell transplantation (HSCT), norovirus infection can lead to worsening of symptoms and be confused with clinical symptoms of graft versus host disease (GVHD). However, calicivirus screening is not performed, routinely, as part of the patients’ follow-up laboratory exams. The main objective of this study was to evaluate the occurrence of norovirus (NoV) and sapovirus (SaV) in patients who underwent HSCT, and to conduct the molecular characterization of the samples positive for these viruses. Fecal samples were collected weekly, and serum samples were obtained every two weeks of ten patients who underwent HSCT, for a minimum period of five months and a maximum of one year. The secretor status was determined by an enzyme immunoassay and the detection of calicivirus was performed by RT-PCR using primers specific for a partial region of the gene encoding the NoV genogroup I and II (GI and GII) and SaV capsid protein. The genomic sequencing was performed for positive samples. The results showed that from ten patients participating in the study, eight had diarrhea. Among these, six (60%) had positive samples for NoV, and all of them had a secretor phenotype. The duration of NoV excretion in feces ranged from five to 143 days. Viral RNA was also detected in serum specimens, ranging from 29 to 36 days in the five patients infected with NoV. Three of the six patients had acute intestinal GVHD. Through genomic sequencing and phylogenetic analysis all NoV-positive samples were characterized as genotype GI.3, and because they had a high nucleotide identity, they were all characterized as a single haplotype. The data highlight the urgent need of the inclusion of calicivirus screening in the routine testing performed before transplantation and during follow-up of these patients. This is the first report of the occurrence of NoV in patients undergoing HSCT in Brazil. / Os calicivírus (norovírus e sapovírus) são importantes agentes etiológicos da gastroenterite aguda. Estudos recentes mostram que em pacientes imunocomprometidos, como os submetidos a transplante alogênico de células progenitoras hematopoiéticas (TACPH), a infecção por norovírus pode levar ao agravamento dos sintomas e ser confundida com quadro clínico da doença do enxerto contra o hospedeiro (DECH). Entretanto, a triagem para calicivírus não é realizada, rotineiramente, como parte dos exames laboratoriais de acompanhamento destes pacientes. O principal objetivo deste estudo foi avaliar a ocorrência de norovírus (NoV) e sapovírus (SaV) em pacientes que foram submetidos ao TACPH e proceder à caracterização molecular das amostras positivas para estes vírus. Foram obtidas amostras de fezes, coletadas semanalmente, e de soro, a cada quinze dias, de dez pacientes que realizaram o TACPH, por um período mínimo de cinco meses e máximo de um ano. O fenótipo secretor dos pacientes foi determinado utilizando um teste imunoenzimático e a pesquisa de calicivírus foi realizada pela RT-PCR, utilizando-se iniciadores específicos para uma região parcial do gene codificante para a proteína dos capsídeos dos NoV do genogrupo I e II (GI e GII) e dos SaV. Os amplicons das amostras positivas foram submetidos ao sequenciamento genômico e análise filogenética. Os resultados obtidos revelaram que de dez pacientes participantes do estudo, oito apresentaram diarreia e vômito. Dentre esses, seis (60%) apresentaram amostras positivas para NoV, sendo que todos foram identificados como secretores. O período de excreção de NoV nas fezes variou de cinco a 143 dias. Foi também detectado RNA viral nas amostras de soro, variando de 29 a 36 dias, em cinco pacientes infectados por NoV. Três, dos seis pacientes, apresentaram DECH aguda intestinal. Através do sequenciamento genômico e análise filogenética, todas as amostras positivas para NoV, de todos os pacientes, foram caracterizadas como genótipo GI.3 dos NoV, e como foi comprovada elevada identidade nucleotídica entre elas, foram caracterizadas como um único haplótipo. Os dados obtidos ressaltam a urgente necessidade da inclusão da pesquisa de calicivírus na rotina de exames realizados antes do transplante, bem como durante o acompanhamento destes pacientes. Este é o primeiro relato da ocorrência de NoV em pacientes submetidos ao TACPH no Brasil.