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Avaliação da participação dos mircro-organismos da classe Mollicutes na microbiota intestinal de mulheres eutróficas e obesas. / Evaluation of Mollicutes microorganisms participation in the gut microbiota of obese and normal weight women.Santos, Verena Macedo 13 October 2015 (has links)
A microbiota intestinal é um ecossistema complexo que desempenha um importante papel na gênese da obesidade. A ocorrência e participação dos Mollicutes na microbiota intestinal é praticamente desconhecida. Deste modo, o objetivo do presente estudo foi analisar a participação dos Mollicutes e dos Filos Firmicutes e Bacteroidetes na microbiota intestinal de mulheres obesas e eutróficas. A casuística foi de 20 mulheres obesas e 20 mulheres em eutrofia. Foram obtidas amostras de fezes, sangue e aplicado questionário semiestruturado sobre fatores relacionados com obesidade, microbiota intestinal e ambiente, além de Bioimpedância e questionário de frequência alimentar. Constatou-se uma associação positiva estatisticamente significante entre a presença de Mollicutes e mulheres obesas. Foi observada maior proporção de Firmicutes/Bacteroidetes na microbiota intestinal das mulheres obesas. Os resultados obtidos permitiram obter evidências importantes da participação dos micro-organismos da classe Mollicutes. As alterações da microbiota intestinal também contribuíram na definição de subconjuntos de indivíduos com diferentes perfis de risco metabólico e a da heterogeneidade associada a fenótipos humanos relacionados com a adiposidade. / The gut microbiota is a complex ecosystem that plays an important role in the pathogenesis of obesity. The occurrence and participation of Mollicutes in the gut microbiota is pratically unknown. The aim of this study was to analyze the participation of Mollicutes and Firmicutes and Bacteroidetes phylos in the gut microbiota of obese and normal weight women. For the study, it was collected samples of 20 women with obesity and 20 women of normal weight. It was collected stool samples, blood, semi-structured questionnaire on factors associated with obesity, gut microbiota and the environment, and anthropometric measurements using bioelectrical impedance and food frequency questionnaire. It was detected a statistically significant positive association between the presence of Mollicutes and obese women, and there was a higher proportion of Firmicutes/Bacteroidetes in the gut microbiota of obese women. The results provide important evidence about the participation of Mollicutes class in the gut microbiota of the population studied and interactions in intestinal microbiota can define subsets of individuals with different metabolic risk profiles and thus contribute to investigation of the heterogeneity associated phenotypes related to adiposity.
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Avaliação da participação dos mircro-organismos da classe Mollicutes na microbiota intestinal de mulheres eutróficas e obesas. / Evaluation of Mollicutes microorganisms participation in the gut microbiota of obese and normal weight women.Verena Macedo Santos 13 October 2015 (has links)
A microbiota intestinal é um ecossistema complexo que desempenha um importante papel na gênese da obesidade. A ocorrência e participação dos Mollicutes na microbiota intestinal é praticamente desconhecida. Deste modo, o objetivo do presente estudo foi analisar a participação dos Mollicutes e dos Filos Firmicutes e Bacteroidetes na microbiota intestinal de mulheres obesas e eutróficas. A casuística foi de 20 mulheres obesas e 20 mulheres em eutrofia. Foram obtidas amostras de fezes, sangue e aplicado questionário semiestruturado sobre fatores relacionados com obesidade, microbiota intestinal e ambiente, além de Bioimpedância e questionário de frequência alimentar. Constatou-se uma associação positiva estatisticamente significante entre a presença de Mollicutes e mulheres obesas. Foi observada maior proporção de Firmicutes/Bacteroidetes na microbiota intestinal das mulheres obesas. Os resultados obtidos permitiram obter evidências importantes da participação dos micro-organismos da classe Mollicutes. As alterações da microbiota intestinal também contribuíram na definição de subconjuntos de indivíduos com diferentes perfis de risco metabólico e a da heterogeneidade associada a fenótipos humanos relacionados com a adiposidade. / The gut microbiota is a complex ecosystem that plays an important role in the pathogenesis of obesity. The occurrence and participation of Mollicutes in the gut microbiota is pratically unknown. The aim of this study was to analyze the participation of Mollicutes and Firmicutes and Bacteroidetes phylos in the gut microbiota of obese and normal weight women. For the study, it was collected samples of 20 women with obesity and 20 women of normal weight. It was collected stool samples, blood, semi-structured questionnaire on factors associated with obesity, gut microbiota and the environment, and anthropometric measurements using bioelectrical impedance and food frequency questionnaire. It was detected a statistically significant positive association between the presence of Mollicutes and obese women, and there was a higher proportion of Firmicutes/Bacteroidetes in the gut microbiota of obese women. The results provide important evidence about the participation of Mollicutes class in the gut microbiota of the population studied and interactions in intestinal microbiota can define subsets of individuals with different metabolic risk profiles and thus contribute to investigation of the heterogeneity associated phenotypes related to adiposity.
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Ocorrência e identificação molecular de fitoplasmas em pessegueiro, nectarineira e mostarda-do-campo / Occurrence and molecular identification of phytoplasmas in peach, nectarine and mustard-fieldBanzato, Ticyana Carone 02 February 2018 (has links)
Fitoplasmas são organismos procarióticos desprovidos de parede celular, parasitas intracelulares obrigatórios de floema e patogênicos às plantas. Numerosas doenças associadas a este tipo de agentes patogênicos têm sido frequentemente relatadas em espécies cultivadas e plantas daninhas. No presente estudo, sintomas tipicamente induzidos por fitoplasmas, tais como clorose e avermelhamento foliar, redução no tamanho das folhas, diminuição dos órgãos florais, superbrotamento de ramos e declínio da planta, foram observados em pomares de fruteiras de caroço como pessegueiro e nectarineira. Além disto, em campos de couve-flor, plantas daninhas conhecidas como mostarda-do-campo também manifestaram sintomas que pareciam ter sido provocados por fitoplamas, expressados por superbrotamento de ramos finos e redução no tamanho de folhas e flores. Assim, o presente trabalho teve por objetivos detectar, identificar e classificar a nível molecular os possíveis fitoplasmas associados às plantas sintomáticas citadas anteriormente, utilizando as técnicas de PCR, análise de RFLP virtual e o método de classificação on-line denominado de iPhyclassifier. Para tanto, o DNA das amostras das fruteiras de caroço e da erva daninha foi extraído com o auxílio de um kit comercial ou através do protocolo 2X CTAB. A detecção dos fitoplasmas foi conduzida por duplo PCR com os primers universais R16mF2/mR1 e SN910601/SN011119 na primeira reação e com o par R16F2n/R2 na segunda reação. Para a mostarda, a identificação dos fitoplasmas também foi realizada através de duplo PCR com os primers e R16(III)F2/R16(III)R1 específicos para fitoplasmas do grupo 16SrIII. A aplicação de PCR com primers universais permitiu a detecção consistente desses agentes nos tecidos das plantas sintomáticas de pessegueiro, nectarineira e mostarda-do-campo pela amplificação de um fragmento genômico de 1250 pb, correspondente ao gene 16S rRNA. Para todos os hospedeiros analisados, os produtos amplificados por duplo PCR com os primers universais foram purificados, clonados em Escherichia coli e submetidos ao sequenciamento. A análise de RFLP virtual e iPhyclassifier permitiram classificar os fitoplasmas encontrados em mostarda nos grupos 16SrIII e 16SrVII. Os fitoplasmas detectados na mostarda-do-campo, foram definitivamente classificados como representantes dos subgrupos 16SrIII-B, 16SrIII-J e 16SrIII-U e 16SrVII-B. Em relação aos fitoplasmas encontrados no pessegueiro e nectarineira, foi possível classificar os fitoplasmas nos grupos 16SrI e 16SrIII, sendo definitivamente classificados como representantes dos subgrupos 16SrI-B em pessegueiro, e em nectarineira, classificados em 16SrI-B e 16SrIII-J. / Phytoplasmas are prokaryotic organisms devoid of cell wall, obligate intracellular phloem parasites and pathogenic to plants. Numerous diseases associated with this type of pathogen have been frequently reported in cultivated species of plants and weeds. In this present study, symptoms typically induced by phytoplasmas, such a yellowing an reddeling leaves, small leaves and flowers, \"witches\' broom\" appearance on terminal new bud growth, and death in plants, were observed in orchards of stone fruit trees such as peach and nectarines. In addition, in fields of cauliflower, weeds known as mustard-field also exhibited symptoms that appeared to have been caused by phytoplasmas, expressed by thin branches and reduced leaf and flower size. The objective of this present study was to detect, identify and classify at molecular level the phytoplasmas possibly associated with the symptomatic plants. PCR techniques, virtual RFLP analysis and the online method known as iPhyclassifier were used. Total DNA was extracted using a commercial kit or through the CTAB protocol. The detection of phytoplasmas was conducted by nested PCR with the universal primers R16mF2/mR1 and SN910601/SN011119 in the first reaction and R16F2n/R2 pair in the second reaction. For mustard-field, the identification of the phytoplasmas was also performed through nested PCR with the primers R16(III) F2/R16(III) R1, which are specific to detection of 16SrIII group phytoplasmas. The application of PCR with universal primers allowed the consistent detection of these agents in the tissues in symptomatic plants of peach, nectarine and mustard-field by the amplification of a 1250 bp genomic fragment, corresponding to the 16S rRNA gene. For all hosts analyzed, the products amplified by nested PCR with the universal primers were purified, cloned in Escherichia coli and sequenced. The analysis of virtual RFLP and iPhyclassifier allowed to classify the phytoplasmas found in mustard in the 16SrIII and 16SrVII groups. The phytoplasmas detected in mustard-field were definitively classified as representatives of the subgroups 16SrIII-B, 16SrIII-J and 16SrIII-U and 16SrVII-B. The phytoplasmas found in the peach and nectarine were classified within the 16SrI and 16SrIII groups, as representatives of the subgroups 16SrI-B for peach and 16SrI-B and 16SrIII-J for nectarine.
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Identificação molecular de distintos fitoplasmas pertencentes ao grupo 16Srl associados à filodia do gergelim (Sesamum indicum L.). / Molecular identification of distinct phytoplasmas belonging to 16SrI group associated with sesame (Sesamum indicum L.) phyllody.Ganem Junior, Evandro de Jesus 17 October 2012 (has links)
Sintomas típicos de infecção por fitoplasmas foram encontrados em plantas de gergelim cultivadas comercialmente. Estes sintomas se caracterizavam pela intensa proliferação de ramos, presença abundante de folhas levemente cloróticas e de tamanho menor que as normais, além de pétalas de coloração verde. A partir de plantas afetadas foi extraído o DNA total, o qual foi usado em reações de duplo PCR, visando detectar fitoplasmas nos tecidos vegetais. Fragmentos genômicos de 1,2 Kb da região do 16S rDNA foram amplificados demonstrando a constante associação entre fitoplasmas e plantas doentes. Através de duplo PCR usando primers específicos, foi identificado um fitoplasma pertencente ao grupo 16SrI em todas as amostras sintomáticas analisadas. Com base no sequenciamento desta região genômica e na digestão in sílico, as análises virtuais de RFLP revelaram que um dos fitoplasmas presentes nas amostras de gergelim era afiliado ao subgrupo 16SrI-B. No entanto, os padrões de restrição apresentados pelo outro fitoplasma mostraram que o mesmo era distinto dos demais representantes dos subgrupos que constituem o grupo 16SrI. Os valores calculados de coeficientes de similaridade e os mapas putativos de restrição confirmaram os resultados da análise de RFLP, indicando que este fitoplasma era representante de um novo subgrupo. A árvore filogenética, construída a partir das sequências nucleotídicas do 16S rDNA de diversos fitoplasmas evidenciou que este novo fitoplasma emergia de um ramo distinto, considerando as ramificações dentro do grupo 16SrI. A filodia do gergelim foi anteriormente relatada em vários países, sendo associada com fitoplasmas dos grupos 16SrI, 16SrII e 16SrVI. O presente trabalho revelou a ocorrência de dois fitoplasmas associados à filodia, sendo um deles pertencente ao subgrupo 16SrI-B e outro caracterizado como representante de um novo subgrupo, aqui denominado 16SrI-X. / Typical symptoms commonly induced by phytoplasmas were found in sesame plants grown in commercial fields. These symptoms were characterized by shoot proliferation, leaves of reduced size exhibiting light chlorosis, and green petals. Total DNA extracts were obtained from diseased plants and used as template in nested PCR, in order to detect phytoplasmas in the tissues of the hosts. Genomic fragments of 1.2 kb corresponding to the 16S rDNA region were amplified demonstrating the association of phytoplasmas and diseased plants. Using nested PCR with specific primers, a phytoplasma belonging to group 16SrI was identified in all symptomatic samples. Based on the sequencing of 16S rDNA and in silico digestion, the virtual RFLP analysis allowed identify the presence of a phytoplasma affiliated with the subgroup 16SrI-B. This analysis also revealed a second phytoplasma distinct of all representatives of the subgroups within the group 16SrI. Similarity coefficients values and analysis of putative restriction sites confirmed the results obtained from virtual RFLP analysis indicating that this phytoplasma was representative of a new subgroup. A phylogenetic tree generated by the 16S rDNA sequences belonging to diverse phytoplasmas evidenced that this new phytoplasma emerged from a distinct branch, within of the 16SrI group. The sesame phyllody was previously reported in various countries in association with phytoplasmas belonging to 16SrI, 16SrII, and 16SrVI groups. The present study revealed the association of the phyllody with a phytoplasma affiliated with 16SrI-B and a phytoplasma representative of a new subgroup here named 16SrI-X.
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Amarelo da ameixeira: caracterização molecular do fitoplasma e modelo de colonização do hospedeiro / Plum yellow: molecular characterization of the phytoplasma and colonization model of the hostFlores, Daniela 02 October 2013 (has links)
No Brasil, o cultivo de ameixeira tem atingido significativa importância econômica em termos de rentabilidade. Embora rentável, a cultura exige cuidados constantes em relação aos danos provocados por doenças. Entre elas, o \'amarelo\', causado por fitoplasmas, tem se mostrado como uma doença de relevância nos países produtores desta fruta. Em pomares comerciais localizados em Paranapanema-SP, foram observadas ameixeiras (Prunus salicina) exibindo sintomas típicos de \'amarelos\', caracterizados por superbrotamento de ramos, redução no comprimento de entrenós, além de amarelecimento, deformação e redução do limbo foliar. Com objetivo de identificar o fitoplasma e determinar o modelo de colonização do hospedeiro pelo patógeno foi desenvolvido o presente estudo. Para isto, em três pomares, foram amostradas plantas sintomáticas, assintomáticas e sadias, pertencentes às variedades Gulfblaze e Azteca. O DNA total foi extraído de folhas e ramos e usado em duplo PCR com os iniciadores R16mF2/mR1 e R16F2n/R2, visando a detecção do fitoplasma. Os resultados confirmaram a presença de fitoplasma pela amplificação de fragmentos de DNA de 1,2 kb do gene 16S rRNA. Os produtos de PCR gerados por dez isolados de fitoplasmas de cada variedade foram clonados e três clones de cada isolado foram sequenciados. Uma vez que nenhum polimorfismo foi encontrado, uma sequência consenso foi selecionada para cada isolado e um isolado foi escolhido como representativo para cada variedade. Estas sequências foram designadas por PlY-BR01 e PlY-BR02, com 1.246 pb, e depositadas no GenBank sob os números de acesso KF499086 e KF499087, respectivamente. A sequência do 16S rRNA do fitoplasma da ameixeira apresentou 100% de identidade com o fitoplasma representante do grupo 16SrI-B (AY265208). A análise de RFLP virtual e o cálculo do coeficiente de similaridade, permitiram classificar o fitoplasma da ameixeira no grupo 16SrI-B. A análise filogenética revelou que o mesmo está estritamente relacionado ao subgrupo 16SrI-B. No estudo da colonização das plantas pelo patógeno, amostras da copa e raiz foram coletadas mensalmente, durante um ano, de plantas infectadas das variedades Gulfblaze e Azteca. O DNA total foi extraído e submetido ao PCR em Tempo Real com os iniciadores UniRNAForward/UniRNAReverse, para quantificar o fitoplasma nos tecidos do hospedeiro. O fitoplasma foi detectado tanto em amostras de copa como de raiz, em todas as árvores infectadas de ambas as variedades. A concentração do mesmo nos tecidos vegetais variou de 5,77x105 a 1,93x109 e 6,18x105 a 3,92x109 N°cópias/100 ng de DNA total, na copa e na raiz, respectivamente. O experimento mostrou uma flutuação sazonal na concentração do fitoplasma, sendo as maiores concentrações encontradas no verão, embora o fitoplasma tenha permanecido na parte aérea do hospedeiro mesmo no período mais frio, que compreende a fase de dormência da planta. Com base nestes resultados, ficou evidente que as amostras retiradas da copa e coletadas durante o período mais quente do ano são as mais adequadas para os procedimentos de detecção do fitoplasma, visando confirmar a diagnose feita com base na sintomatologia. / In Brazil, the cultivation of plum trees has achieved significant economic importance in terms of profitability. Although profitable, the culture demands attention in relation to damages provoked by diseases. Among them, the \'yellow\', caused by phytoplasmas, is a relevant disease present in the plum producing countries. In commercial orchards located in Paranapanema-SP region, were observed plum trees (Prunus salicina) exhibiting typical symptoms of \'yellow\', characterized by intense shoot proliferation, shortened internodes, generalized yellowing, leaf malformation and small leaves. The present study was conducted in order to identify the phytoplasma associated with symptomatic plants and determine the pattern of host colonization by the pathogen. Therefore, were sampled symptomatic, asymptomatic and healthy plants of the varieties Gulfblaze and Azteca, grown in three commercial orchards. Total DNA was extracted from leaves and shoots and submitted to nested PCR primed with R16mF2/mR1 and R16F2n/R2, in order to detect phytoplasma. The results confirmed the presence of phytoplasma by amplification of DNA fragments of 1.2 kb from 16S rRNA gene. The PCR products generated by ten phytoplasma isolates of each variety were cloned and three clones of each isolate were sequenced. Since no polymorphism was found, a consensus sequence was selected for each isolate and an isolate was chosen as representative for each variety. These sequences were designated by PlYBR01 and PlY-BR02, with 1,246 bp, and deposited in GenBank under the accession numbers KF499086 and KF499087, respectively. The sequence of the 16S rRNA of the phytoplasma founded in plum trees showed 100% identity with the phytoplasma representative of 16SrI-B group (AY265208). The virtual RFLP analysis and the calculation of the similarity coefficient, allowed classify the phytoplasma present in plum trees as a member of 16SrI-B group. Phylogenetic analysis supported that this phytoplasma is closed related to the 16SrI-B subgroup. In the study about plant colonization, the samples from leaves, shoots and root were monthly collected, for one year, from the infected plants of the varieties Gulfblaze and Azteca. Total DNA was extracted and submitted to the Real Time PCR with primers UniRNAForward/UniRNAReverse, in order to quantify phytoplasma in host tissues. The phytoplasma was detected in both aerial parts and roots in all infected trees of the two varieties. The concentration of the pathogen in plant tissues ranged from 5.77 x105 to 1.93 x109 and 6.18 x105 to 3.92 x109 N°copies/100ng total DNA in aerial parts and roots, respectively. The experiment showed a seasonal fluctuation in the concentration of the phytoplasma in plants, with the highest concentrations found in summer, although the phytoplasma have remained in the shoots of the host even in the coldest period, comprising the dormant phase of the plant. Based on these results, it was evident that the samples collected from the aerial parts and during the hottest period of the year are the most appropriate for detection of phytoplasma to confirm the diagnosis based on symptomatology.
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Identificação molecular de fitoplasmas associados ao enfezamento do repolho e análise epidemiológica da doença / Molecular identification of phytoplasmas associated to cabbage stunt and epidemiological analysis of diseaseMello, Ana Paula de Oliveira Amaral 28 November 2007 (has links)
Uma doença, denominada de enfezamento, de etiologia desconhecida, tem sido observada nos campos de cultivo de repolho da região do cinturão verde de São Paulo. A doença tem causado sérios danos à cultura nos últimos anos. A sintomatologia apresentada pelas plantas afetadas tem sido caracterizada por clorose foliar, avermelhamento das nervuras e do limbo, enfezamento generalizado, proliferação de brotos e má formação da cabeça, de folhas e órgãos florais. A presença destes sintomas levou à suspeita da ocorrência de fitoplasma associado à doença. Com o objetivo de investigar o possível agente etiológico, plantas de repolho naturalmente infectadas foram coletadas em São Paulo e também nos Estados do Paraná e Rio Grande do Sul, onde a doença, recentemente, tem ocorrido com alta intensidade. Cigarrinhas que ocorrem em cultivos comerciais também foram amostradas em campos de Ibiúna/SP. Após a extração, o DNA total foi submetido ao teste de duplo PCR empregando-se os pares de primers universais P1/Tint e R16F2n/R2 e os pares específicos para identificação de fitoplasmas. Análises de PCR mostraram a amplificação consistente de fragmentos de DNA de 1,2 kb, evidenciando a associação constante de fitoplasma com tecidos das plantas sintomáticas e de insetos. O uso de primers específicos para identificação demonstrou a ocorrência de fitoplasmas afiliados ao grupos 16SrI e 16SrIII, tanto em repolho como nas cigarrinhas. Análises de RFLP, usando as enzimas de restrição AluI, Bsh 12361, HhaI HpaII, KpnI, MboI, MseI e RsaI confirmaram a ocorrência de fitoplasmas pertencentes aos referidos grupos no material vegetal e nos insetos. O padrão espacial de plantas sintomáticas no campo foi do tipo agregado e não houve evidência da disseminação planta a planta, indicando um papel mais importante do comportamento do vetor no arranjo espacial da doença do que de influências do patógeno ou do hospedeiro. / A disease called stunt, of unknown etiology, has occurred in cabbage crops located in the green belt region of the São Paulo State (Brazil). The disease has caused serious yield losses in the last years. The symptomatology exhibited by the affected plants has been characterized by foliar chlorosis, intense red coloration of leafs, general stunt, shoot proliferation and malformation of heads, leaves and floral parts. The presence of those symptoms suggested the occurrence of phytoplasma associated with the disease. In order to investigate the possible agent of the disease, naturally infected cabbage plants were collected from the States of São Paulo, and also from Paraná and Rio Grande do Sul, where the disease has occurred recently with level of intensity. Leafhoppers present in cabbage fields were sampled from Ibiúna, in São Paulo State. Total DNA was extracted and submitted to nested PCR with the universal primer pairs P1/Tint and R16 F2n/R2 and specific primers for phytoplasmas identification. PCR assays revealed the amplification of DNA fragments of 1.2kb, demonstrating consistently the presence of phytoplasma in the tissues from symptomatic plants and insects. Specific primers revealed the occurrence of phytoplasmas affiliated with the groups 16SrI and 16SrIII, both cabbage plants and leafhoppers. RFLP analyses using the restriction enzymes AluI, Bsh 12361, HhaI, HpaII, KpnI, MboI, MseI and RsaI confirmed the occurrence of phytoplasmas belonging to the same groups in plants and insects. Spatial pattern of symptomatic plants in the field was aggregated and there was no evidence of the spread plant-to-plant. This indicates a more important role of the vector behavior on spatial pattern than influences of the pathogen or host.
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Estudo da freqüência de micoplasma no trato urogenital, conjuntiva e orofaringe de macacos silvestres (Cebus). / Study of mycoplasma frequency in the urogenital tract, ororpharynx, and conjunctiva of wild monkeys.Lopes Neto, Renata 03 September 2007 (has links)
Pesquisou-se a freqüência de Mollicutes na orofaringe, conjuntiva e trato urogenital de 58 macacos. Na orofaringe detectou-se Mollicutes em 55,17 % e Ureaplasma spp em 43,10%. As espécies identificadas nesta região foram: M. arginini (43,10%), M salivarium (41,37%), e M. pneumoniae (18,96%). No trato genital detectou-se Mollicutes em 27,58% sendo identificado M. arginini em 8,62%, A. laidlawii em 1,72 % e Ureaplasma spp em 32,75%. Na conjuntiva detectou-se Mollicutes em 29,31 % e A. laidlawii em 1,72 %. Os cultivos apresentaram limitações pelo alto índice de contaminação e obtiveram-se apenas dois isolamentos da conjuntiva. As espécies detectadas constituem-se o achado inicial destas bactérias em macacos no Brasil. / The frequency of Mollicutes in oropharynx, conjunctiva, and urogenital tract were accessed in 58 monkeys. In oropharynx, Mollicutes and Ureaplasma spp were detected in 55.17% and 43.01% of the samples, respectively. The identified species in this site included: M. arginini (43.10%), M. salivarium (41.37%), and M. pneumoniae (18.96%). In the urogenital tract, Mollicutes were detected in 27.58% of the samples; including M. arginini (8.62%), A. laidlawii (1.72%) and Ureaplasma spp (32.75%). In the conjunctiva, Mollicutes were detected in 29.31% and A. laidlawii in 1.72% of the animals. Mollicutes culture showed technical limitations because of the high level of contamination and only two isolates were obtained; both from conjunctival sites. The Mollicute specie surveillance of this study provided initial and new insights about these bacteria in Brazilian monkeys.
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Amarelo da ameixeira: Modelo de colonização do hospedeiro por um fitoplasma associado à doença / Plum yellow: colonization model of the host by a phytoplasma associated with this diseaseGalvão, Sarah Rodrigues 18 January 2016 (has links)
A cultura da ameixeira vem despertando a atenção de produtores brasileiros, pois oferece alta rentabilidade, possibilita a prática da agricultura familiar, emprega mão de obra, recebe incentivos de programas oficiais e conta com um mercado altamente promissor. No entanto, a cultura ainda necessita de cultivares com melhor adaptação climática, qualidade de frutos e resistência às doenças. Atualmente, dentre as doenças, o \"amarelo das fruteiras de caroço\", associada a um fitoplasma, vem causando sérios problemas. Em 2013, em pomares comercias de ameixeira (Prunus salicina), instalados em Paranapanema (SP), foram observadas plantas portadoras de sintomas tipicamente induzidos por fitoplasmas, caracterizados por superbrotamento de ramos, redução no comprimento de entrenós, além de amarelecimento, deformação e redução do tamanho de folhas. Nestas plantas foi identificado um fitoplasma pertencente ao grupo 16SrI-B (Candidatus Phytoplasma asteris). Visando aumentar os conhecimentos sobre este patossistema, o objetivo desse trabalho foi estudar a dinâmica da colonização de plantas comerciais de ameixa infectadas pelo fitoplasma. Para isso, em dois pomares, amostras da parte aérea e raiz de plantas sintomáticas, pertencentes às variedades Gulfblaze e Azteca, foram coletadas mensalmente, durante um ano. O DNA total foi extraído e submetido ao PCR em tempo real para quantificar o fitoplasma nos tecidos do hospedeiro. Nessas reações foram utilizados os iniciadores universais UniRNAForward/UniRNAReverse. O fitoplasma foi detectado em todas as amostras, tanto aquelas da parte aérea quanto de raízes, em ambas as variedades estudadas. A concentração do patógeno nos tecidos do hospedeiro variou de 5,3 x 103 a 4,54 x 106 e 3,28 x 103 a 1,28 x 106 número de cópias/100ng de DNA total, na parte aérea e nas raízes, respectivamente. Os resultados mostraram uma flutuação sazonal na concentração do fitoplasma, onde as maiores concentrações foram encontradas nas épocas mais quentes do ano, principalmente no mês de dezembro, e uma redução na concentração do patógeno foi observada nas épocas mais frias, embora o fitoplasma tenha permanecido na parte aérea da planta durante a fase de dormência do hospedeiro. A variedade Gulfblaze apresentou maior concentração do patógeno comparada com a variedade Azteca. O fitoplasma associado ao amarelo da ameixeira também foi encontrado em maior concentração na copa da planta. Com base nos resultados, amostras retiradas da parte aérea e nas épocas mais quentes do ano são as mais indicadas para os procedimentos de detecção do patógeno, visando uma diagnose mais confiável. / Plum is a crop that has aroused the attention of Brazilian growers due to high profitability, family farming, incentive arrangement and promising market. However the plum culture still need of varieties with good climate adaptation, best quality fruit, and disease resistance. Currently, among the diseases, stone fruit yellows, associated with a phytoplasma have caused serious problems. In 2013, in commercial orchards of plum (Prunus salicina) located in Paranapanema (SP), plants were observed exhibiting symptoms typically induced by phytoplasmas, characterized by witches broom and shortened internodes. Besides, the leaves were yellowish, malformed, and reduced in size. In these plants was identified a phytoplasma belonging to the group 16SrI-B (Candidatus Phytoplasma asteris). The aim of the present work was to study the dynamics of colonization of commercial plants plum by the phytoplasma, in order to better understanding of the disease. Thus, in two orchards, samples from aerial parts and roots of symptomatic plants belonging to Gulfblaze and Azteca varieties were collected monthly, during a year. Total DNA was extracted and submitted to the Real Time PCR to quantify the phytoplasma in host tissues. In these reactions the universal primers UniRNAForward/UniRNAReverse were used. The phytoplasma was detected in all samples, both aerial parts and roots of the two varieties. The concentration of the pathogen in host tissues ranged from 5,3 x 103 to 4,54 x 106 and 3,28 x 103 to 1,28 x 106 number of copies/100 ng of total DNA in aerial parts and roots, respectively. The results showed a seasonal fluctuation in the concentration of phytoplasma. The highest concentrations were found in the warmer seasons of the year, especially in December, and a reduction in pathogen concentration was observed when the weather was milder, although the phytoplasma remained in aerial part of the plant during the dormant phase of the host. The Gulfblaze variety showed a higher concentration of the pathogen compared with the Azteca variety. In addition, the phytoplasma associated with the disease was found in highest concentration in the aerial part of plant. Based on the results, samples collected from the aerial part and in the warmer seasons of the year are the most recommended for pathogen detection procedures for safe diagnosis.
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Caracterização molecular de um fitoplasma associado ao superbrotamento do melão-de-São-Caetano (Momordica charantia L) com base nas sequências dos genes 16S rRNA e secY / Molecular characterization of a phytoplasma associated with Momordica charantia witches\'-broom based on the sequences of the genes 16S rRNA and secYMunhoz, Elizeu Merizio 30 January 2013 (has links)
O melão-de-São-Caetano (Momordica charantia L) é uma cucurbitácea que ocorre em todas as regiões geográficas brasileiras. A espécie apresenta duas \"variedades\" distintas, comumente conhecidas por \"variedade silvestre\" e \"variedade cultivada\", esta última caracterizada por plantas de maior tamanho. Plantas da \"variedade selvagem\" são hospedeiras de um fitoplasma do grupo 16SrIII-J, que causa superbrotamento de ramos, nanismo generalizado, clorose, redução no tamanho de folhas e frutos. No entanto, não há informação da \"variedade cultivada\" ser hospedeira de fitoplasmas. Assim, no presente estudo, plantas sintomáticas desta \"variedade\" foram analisadas quanto à presença de fitoplasmas em seus tecidos, visando associar este tipo de patógeno à doença. Neste mesmo trabalho, os isolados do fitoplasma encontrados nas plantas sintomáticas da \"variedade cultivada\" foram molecularmente analisados em relação ao gene secY, atualmente usado como um marcador que permite identificar variações genéticas sutis. Buscou-se, com isto, identificar possíveis variantes entre os isolados. Amplificações de fragmentos de DNA a partir dos genes 16S rRNA (1,2Kb) e secY (1,6Kb) demonstraram a associação de fitoplasma do grupo 16SrIII com as plantas sintomáticas de melão-de-São-Caetano da \"variedade cultivada\". Nestas plantas, corpúsculos pleomórficos, típicos de fitoplasmas, foram visualizados no floema dos tecidos doentes, confirmando os resultados dos testes moleculares. Análises de RFLP virtual, conduzidas com o fragmento genômico correspondente ao gene secY e diversas enzimas de restrição, permitiram identificar o referido fitoplasma como pertencente ao subgrupo 16SrIIIJ. A análise filogenética evidenciou que o fitoplasma padrão do subgrupo 16SrIII-J emergiu do mesmo ramo que o fitoplasma identificado no melão-de-São-Caetano, confirmando que ambos estão estritamente relacionados. O emprego do gene secY como marcador para diferenciação fina entre fitoplasmas não apontou variabilidade genética entre os isolados do fitoplasma detectado tanto nas plantas da \"variedade cultivada\" como naquelas pertencentes à \"variedade selvagem\". Como conclusão, a \"variedade cultivada\" de M. charantia é hospedeira do mesmo fitoplasma encontrado na \"variedade selvagem\", o qual é afiliado ao subgrupo 16SrIII-J; por sua vez, o gene seY não distinguiu geneticamente os isolados do fitoplasma pertencente ao subgrupo 16SrIII-J, presentes nas plantas de melão-de-São- Caetano. / Momordica charantia is a species of the family Cucurbitaceae that occurs in all Brazilian geographic regions. This species presents two distinct \"varieties\", commonly called \"wild variety\" and \"cultivated variety\", whose plants are bigger than those belonging to the \"wild variety\". Plants of the \"wild variety\" are hosts of a phytoplasma of the group 16SrIII-J, which is associated with shoot proliferation, stunting, chlorosis, and small leaves and fruits. However, there is no information about the occurrence of phytoplasmas in plants of the \"cultivated variety\". Thus, in the present study, symptomatic plants belonging to this \"variety\" were analysed in order to associate phytoplasmas with the disease. In addition, strains of the phytoplasma found in symptomatic plants of the \"cultivated variety\" were molecularly analyzed in relation to the gene secY, which is currently used as a marker for identification fine of genetic diversity, aiming provide elements for construction of new schemes for classification of phytoplasmas. The objective was to identify distinct strains among the strains present in plants of the wild and cultivated varieties. Amplifications of DNA fragments from the genes 16Sr rRNA (1.2Kb) and secY (1.6Kb) demonstrated the association of a phytoplasma of group 16SrIII with the symptomatic plants belonging to \"cultivated variety\". These plants revealed the presence of pleomorphic bodies, typical of phytoplasmas, which was visualized in the phloem vessel from diseased tissues, confirming the results obtained by molecular assays. Virtual RFLP analysis, performed with the genomic fragment corresponding to the gene secY and various restriction enzymes, allowed to identify this phytoplasma as a member of the subgroup 16SrIII-J. Phylogenetic analysis revealed that the phytoplasma used as reference for 16SrIII-J subgroup and the phytoplasma identified in plants of M. charantia emerged from the same branch, confirming that both phytoplasmas are closely related. The gene secY, used as marker for fine differentiation of phythoplasmas, did not show genetic variability among the strains of the phytoplasma detected both plants belonging to \"cultivated variety\" and \"wild variety\". In conclusion, plants of the \"cultivated variety\" are hosts of the same phytoplasma found in the \"wild variety, which is affiliated with the 16SrIII-J subgroup; in addition, the gene secY did not distinguish isolates of the phytoplasma belonging to 16SrIII-J subgroup, present in plants of M. charantia.
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Avaliação da presença de microrganismos da classe Mollicutes, Mycoplasma hyorhinis e Helicobacter pylori em biópsias de pacientes com e sem câncer gástrico. / Evaluation of the presence of microorganisms of the class Mollicutes, Mycoplasma hyorhinis and Helicobacter pylori in biopsies of patients with and without gastric cancer.Araujo, Camila do Nascimento 01 December 2017 (has links)
O câncer gástrico já foi descrito associado com Helicobacter pylori e Mycoplasma hyorhnis. Em vista disso, este trabalho avaliou a presença de Mollicutes, M. hyorhinis e H. pylori e suas correlações com câncer gástrico. Foram obtidas 120 amostras de biopsias gástricas embebidas em parafina em Vitória da Conquista - BA, armazenadas no período de 2006-2016. Destes 80 eram de pacientes com câncer gástrico. Para a extração de DNA foi utilizado um kit comercial com desparafinização prévia. A PCR convencional foi aplicada para detecção de Mollicutes, H. pylori e M. hyorhinis, que também foi detectado por qPCR e imuno-histoquímica. Os dados obtidos foram avaliados pelos testes estatísticos de Pearson (X2) e de Mann-Whitney (p 0,05). O grupo controle apresentou maior frequência de Mollicutes (12,3%) e M. hyorhinis (11,0%). H. pylori foi detectado no grupo caso (8,2%) e mas teve maior frequência no grupo controle (22,5%). Não houve coinfecção de Mollicutes, M. hyorhinis e H. pylori no grupo caso, mas o grupo controle apresentou maior prevalência de H. pylori, com associação estatisticamente significativa (p < 0,001). Estes resultados podem direcionar para um aprimoramento de controle e conhecimento de micoplasmas e sua relevância em fenótipos malignos. / Gastric cancer has already been described associated with Helicobacter pylori and Mycoplasma hyorhnis. In view of this, this study evaluated the presence of Mollicutes, M. hyorhinis e H. pylori and its correlations with gastric cancer. 120 samples of gastric biopsies embedded in paraffin were obtained in Vitória da Conquista - BA, stored in the 2006-2016. Of these, 80 were patients with gastric cancer. For DNA extraction a commercial kit with prior dewaxing was used. Conventional PCR was applied for detection of Mollicutes, H. pylori and M. hyorhinis, it which was also detected by qPCR and immunohistochemistry. The data were evaluated by the Pearson (X2) and Mann-Whitney statistical tests (p 0,05). The control group had a higher frequency of Mollicutes (12,3%) and M. hyorhinis (11,0%). H. pylori was detected in the case group (8,2%), but had a higher frequency in the control group (22,5%). There was no coinfection of Mollicutes, M. hyorhinis and H. pylori in the case group, but the control group had a higher prevalence of H. pylori, with a statistically significant association (p < 0,001). These results may lead to improved control and knowledge of mycoplasmas and their relevance to malignant phenotypes.
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