Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2016-07-05T12:45:54Z No. of bitstreams: 1 Edilson de Araujo Goncalves.pdf: 586732 bytes, checksum: a681dd9d8537af4fa4a8e2cd099b6bb3 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-05T12:45:54Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Edilson de Araujo Goncalves.pdf: 586732 bytes, checksum: a681dd9d8537af4fa4a8e2cd099b6bb3 (MD5) Previous issue date: 2007-06-13 / Adaptation of populations takes place with the occurrence and subsequent fixation of mutations that confer some selective advantage to the individuals that acquire it. For that reason, the study of the process of advantageous mutations fixation has a long history in the population genetics literature. Particularly, the previous investigations aimed to find out the main evolutionary forces affecting the strength of natural selection in the populations. In the current work, we investigate the dynamics of fixation of bene cial mutations in a subdivided population. The subpopulations (demes) can exchange migrants among their neighbors. The migration network is assumed to have either a random graph or a scale-free topology. We have seen that the migration rate drastically affect the dynamics of mutation fixation, despite of the fact that the probability of fixation is invariant on the migration rate, accordingly to Maruyama's conjecture.In addition, we have observed that a topological dependence of the adaptive evolution of the population exists when clonal interference becomes effective. / A adaptação de populações decorre do surgimento e posterior fixação de mutações benéficas que conferem alguma vantagem seletiva aos indivíduos que as adquirem. Por esta razão, o estudo do processo de fixação de mutações benéficas tem uma longa história na literatura de genética de populações. Particularmente, tais investigações objetivaram encontrar as principais forças evolucionárias que afetam a atuação da seleção natural nas populações. No presente trabalho, nós investigamos a dinâmica de fixação de mutações benéficas em uma população subdividida. As subpopulações, denominadas de demes, podem permutar migrantes entre seus vizinhos. Consideramos duas topologias para a rede de migração, uma tipo grafo aleatório e uma outra para rede livre de escala. Nós verificamos que a taxa de migração afeta drasticamente a dinâmica de fixação de mutações, apesar do fato da probabilidade de fixação ser independente da taxa de migração de acordo com a conjectura de Maruyama. Além disso, observamos uma influência da topologia da rede migratória na evolução adaptativa quando a interferência clonalse torna relevante.

A hemocromatose hereditária é caracterizada pelo aumento da absorção intestinal de ferro, acarretando progressivo acúmulo no organismo. Os objetivos foram: 1- determinar as frequências das mutações p.C282Y, p.H63D e p.S65C no gene HFE e avaliar os efeitos nas concentrações dos parâmetros do ferro em doadores de sangue; 2- pesquisar mutações nos genes: 2.1- HFE, 2.2- HJV e HAMP, 2.3- TFR2 e SLC40A1, em pacientes portadores de sobrecarga de ferro primária. Participaram 542 doadores de sangue provenientes do Hemocentro da Santa Casa de São Paulo. Foram incluídos 51 pacientes que apresentavam saturação de transferrina ≥ 50% (para mulheres) e ≥ 60% (para homens) e ausência de causas secundárias. Os genótipos para as mutações nos genes HFE foram avaliados pela PCR-RFLP. Foi realizado sequenciamento direto bidirecional para cada éxon dos genes, utilizando o sequenciador Genetic Analizer 3500XL®. Nos doadores de sangue, as frequências dos alelos HFE 282Y, HFE 63D e HFE 65C foram 2,1, 13,6 e 0,6%, respectivamente. Os homens que doaram pela primeira vez, portadores do genótipo HFE 282CY, apresentaram maiores valores de saturação de transferrina; e também os portadores dos genótipos HFE 63DD e 63HD apresentaram maiores concentrações de ferritina sérica, em relação aos de genótipo selvagem. Para os pacientes, 72,5% (37/51) apresentaram ao menos 1 alteração no gene HFE e 11 foram identificados como homozigotos para a mutação p.C282Y. Uma mutação não descrita na literatura (p.V256I) foi identificada no gene HFE e a modelagem molecular (análises de ligação e estrutural) detectou que a mutação não reduziu a afinidade entre as proteínas HFE e β2-microglobulina. No sequenciamento dos éxons dos genes HJV e HAMP foram identificadas as alterações já descritas: HJV p.E302K, HJV p.A310G, HJV p.G320V e HAMP p.R59G. Para o gene TFR2, foram identificados 3 polimorfismos já descritos (p.A75V, p.A617A e p.R752H). No gene SLC40A1 foram observados 6 polimorfismos (rs13008848, rs11568351, rs11568345, rs11568344, rs2304704 e rs11568346) e 1 alteração não descrita previamente na literatura (p.G204S). As conclusões foram: 1- em relação aos doadores de sangue, a presença dos alelos HFE 282Y e HFE 63D foi associada ao maior aporte de ferro nos homens que não doaram sangue anteriormente. 2.1- Para os pacientes com sobrecarga de ferro, a mutação p.C282Y em homozigose, ou em heterozigose composta com a p.H63D, foi a mais frequente alteração encontrada (33,3%). 2.2- O diagnóstico molecular de hemocromatose juvenil (HJ) no Brasil (HJV p.G320V em homozigose) foi relatado. As mutações funcionais HJV p.E302K e HAMP p.R59G foram identificadas, sendo possível que estas alterações possam estar contribuindo para consequências fenotípicas juntas as outras mutações em regiões intrônicas ou regulatórias dos genes. 2.3- Mutações funcionais nos genes TFR2 e SLC40A1 não foram identificadas. / Hereditary hemochromatosis (HH) is characterized by increased intestinal iron absorption, which leads to a progressive accumulation of iron in the body. The aims were: 1- to assess the frequency of HFE gene mutations (p.C282Y, p.H63D and p.S65C) and to identify their relationship to iron status in blood donors; 2- to search in primary iron overload patients: 2.1- HFE, 2.2- HJV and HAMP, 2.3- TFR2 and SLC40A1 gene mutations. Blood donors (n=542) were recruited from Hemocentro of Santa Casa Hospital, Sao Paulo, Brazil. The study included 51 patients with transferrin saturation ≥ 50% (women) and ≥ 60% (men) and absence of secondary causes. The genotypes for HFE mutations were evaluated by PCR-RFLP. Subsequent bidirectional sequencing for each gene was performed using the Genetic Analizer sequencer 3500XL®. The frequencies of HFE 282Y, HFE 63D and HFE 65C alleles were 2.1, 13.6 and 0.6% in blood donors, respectively. The first time male donors carrying heterozygous genotype for the p.C282Y mutation had higher transferrin saturation values; and men carrying HFE 63DD and 63HD genotypes had higher serum ferritin concentrations when compared to the wild genotype. Thirtyseven (72.5%) out of the 51 patients presented at least one HFE mutation and 11 were identified as homozygous for the mutation p.C282Y. One novel mutation (p.V256I) in the HFE gene was indentified and molecular modeling (free energy and structural analysis in silico) showed that p.V256I mutation did not reduce the affinity binding between HFE and β2-microglobulin. Sequencing in the HJV and HAMP genes revealed HJV p.E302K, HJV p.A310G, HJV p.G320V and HAMP p.R59G alterations. Sequencing in the TFR2 gene observed 3 polymorphisms (p.A75V, p.A617A e p.R752H); and sequencing in the SLC40A1 gene identified 6 polymorphisms (rs13008848, rs11568351, rs11568345, rs11568344, rs2304704 e rs11568346) and 1 p.G204S non-described mutation. The conclusions were: 1- for blood donors, the presence of HFE 282Y and HFE 63D alleles were associated with alterations on iron status only in first time male blood donors. 2.1- For patients with iron overload, the p.C282Y mutation in homozygous or in compound heterozygous with p.H63D, was the most frequent molecular change found (33.3%). 2.2- The molecular diagnosis of Juvenil Hemochromatosis (JH) in Brazil (homozygous genotype for the HJV p.G320V) was reported. The HJV p.E302K and HAMP p.R59G functional mutations were found and, it is conceivable that they may be contributing to phenotypic consequences together to other mutations in intronic or regulatory regions. 2.3- Functional mutation in the TFR2 and SLC40A1 genes were not identified.

Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:49Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese pre-textual Flamir.pdf: 180450 bytes, checksum: b22f4be1f70d6feedfc78b9872177ea1 (MD5) Previous issue date: 2007-05-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The infection for the HBV is one of the infections most frequent of the world, esteem in 350 million the number of chronic infections patients, being of Amazon Ocidental Brazilian person considered one of the regions of bigger prevalence of the HBV. The chronic hepatitis for the HBV are presented under two forms: Positive and negative AgHBe. The negative AgHBe forms are represented by two groups of patients: the inactive carriers of the AgHBs and the patients with chronic hepatitis B, 55 reacting AgHBs patients had been selected in the FMTAM have six months, natural of the Amazon Ocidental Brazilian person, after soroconversion of the AgHBe, with the purpose to determine HBV DNA for the PCR, to identify the genotypes of the VHB of reacting samples HBV DNA and to characterize the patients with chronic hepatitis B negative AgHBe, through the clinical and molecular analysis. The study he was of the descriptive type of case, with the separate patients in two groups: with hepatitis and without hepatitis in the histological examination. The prevalence of the hepatitis in the study was 63.64%, predominating the males sort, with a ratio of 1,9:1 in relation to the female, with average age of 42,5 years, being more frequently natural of the Southwestern Sub-region (32,73%). In the study it was observed that the time was a proportional variable to the evolution of the illness and in these patients the symptoms most frequent had been: dyspeptic symptom, asthenia and loss of the libido, with the majority of the patients presenting former and familiar history of previous contact with the HBV, being the esplenomegalia the signal most frequent (40%). The platelet counting enters the examinations, sérica albumin and activity of the protrombin had been significant for the diagnosis of the hepatitis. The alpha-fetoproteín more was raised in the patients with hepatitis and the hepatocelular carcinoma was detected in 3,63%. Three types of genotypes of the VHB had been diagnosed, A, D and F in amplified samples of gene S. The genotype A, sub-genotype Afro-asiátic (AA) was most prevalent in the patients with hepatitis (54,54%). Mutations in these patients in 36,36% had been observed, with predominance of the mutations Core promoter (31,81%), to biggest prevalence in this study of the A genotype (AA). In the present study in the patients with hepatitis we find signals of fibrogenesis activity to ultrasound hepatic, demonstrating raised sensitivity of the examination in evaluating fibrosis hepatic (90,2%). In relation to the ultrasound signals of patology associations to the hepatitis, one observed lithiasis (18,18%) and focal injuries (5,45%). In the patients with hepatitis bigger and lesser signals of portal hipertension had been observed to ultrasound, respectively 38.18% and 40%. The application of the index of NIEC in these patients disclosed high risk of varices hemorrhage during the period of one year (37,8%). This study it showed to one high prevalence of the A genotype (AA) in patients with chronic hepatitis B negative AgHBe in the Amazon Ocidental Brazilian, opposing other studies on the predominance of the genotype F, probable consequence of the migratory influences of other Brazilian regions, has some decades, what she could be contributing for the change of the genotipic profile of the HBV in the region / A infecção pelo VHB é uma das infecções mais freqüentes do mundo, estima-se em 350 milhões o número de pacientes cronicamente infectados, sendo a Amazônia Ocidental Brasileira considerada uma das regiões de maior endemicidade do VHB. As hepatopatias crônicas pelo VHB apresentam-se sob duas formas: AgHBe positivo e AgHBe negativo. As formas AgHBe negativas são representadas por dois grupos de pacientes: os portadores inativos do AgHBs e os pacientes com hepatite crônica B (HCB). Foram selecionados na FMTAM 55 pacientes AgHBs reagentes há mais de seis meses, naturais da Amazônia Ocidental Brasileira, após soroconversão do AgHBe, com a finalidade de determinar o VHB DNA pela PCR, identificar os genótipos do VHB das amostras VHB DNA reagentes e caracterizar os pacientes com HCB AgHBe negativo, através da análise clínica e molecular. O estudo foi do tipo descritivo de caso, com os pacientes separados em dois grupos: com hepatite e sem hepatite no exame histopatológico. A prevalência da hepatite no estudo foi 63,64%, predominando o gênero masculino, com uma proporção de 1,9:1 em relação às mulheres, com idade média de 42,5 anos, sendo mais freqüentemente naturais da Sub-região Sudoeste (32,73%). No estudo foi observado que o tempo foi uma variável proporcional à evolução da doença e nestes pacientes os sintomas mais freqüentes foram: dispepsia, astenia e perda da libido, com a maioria dos pacientes apresentando história pregressa e familiar de contato prévio com o VHB, sendo a esplenomegalia o sinal mais freqüente (40%). Entre os exames a contagem plaquetária, albumina sérica e atividade da protrombina foram significativas para o diagnóstico da hepatite. A alfa-fetoproteína foi mais elevada nos pacientes com hepatite e o carcinoma hepatocelular foi detectado em 3,63%. Foram diagnosticados três tipos de genótipos do VHB: A, D e F, em amostras amplificadas do gene S. O genótipo A sub-genótipo Afro-asiático (AA) foi o mais prevalente nos pacientes com hepatite (54,54%). Observaram-se mutações nestes pacientes em 36,36%, com predomínio das mutações core promoter (31,81%), decorrentes da maior prevalência neste estudo do genótipo A (AA). No presente estudo nos pacientes com hepatite encontramos sinais de atividade fibrogênica ao ultrassom hepático, demonstrando elevada sensibilidade do exame em avaliar a fibrose hepática (90,2%). Em relação aos sinais ultrassonográficos de patologias associadas à hepatite, observou-se colecistopatias (18,18%) e lesões focais (5,45%). Nos pacientes com hepatite foram observados ao ultrassom sinais maiores menores de hipertensão portal, respectivamente 38,18% e 40%. A aplicação do índice de NIEC nestes pacientes revelou elevado risco de hemorragia varicosa durante o período de um ano (37,8%). Este estudo mostrou uma elevada prevalência do genótipo A (AA) em pacientes com HCB AgHBe negativo na Amazônia Ocidental Brasileira, contrariando outros estudos sobre a predominância do genótipo F, reflexo provável das influências migratórias de outras regiões brasileiras, há várias décadas, o que poderia estar contribuindo para a mudança do perfil genotípico do VHB na região

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-03-23T21:02:36Z No. of bitstreams: 2 Tese - Marina Pedroso de Oliveira - 2017.pdf: 6913469 bytes, checksum: 0f52c792d453bdaabe154c7fca4f726b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-03-24T11:03:37Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Marina Pedroso de Oliveira - 2017.pdf: 6913469 bytes, checksum: 0f52c792d453bdaabe154c7fca4f726b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-03-24T11:03:37Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Marina Pedroso de Oliveira - 2017.pdf: 6913469 bytes, checksum: 0f52c792d453bdaabe154c7fca4f726b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-02-21 / Outro / Men who have sex with men (MSM) are more vulnerable to hepatitis B virus (HBV) infection when compared to the general population. In Brazil, the epidemiological profile of hepatitis B in MSM is still poorly understood. This study aimed to estimate the prevalence of HBV infection in MSM in Goiânia-Goiás and to analyze the associated factors, perform a molecular characterization of the viral isolates, as well as to investigate the vaccine situation against hepatitis B in this population. A cross-sectional study was conducted among MSM in the City of Goiânia, Central Brazil. From March to November 2014, a total of 522 participants were recruited using respondent-driven sampling (RDS). After signing the consent form, MSM were interviewed and a blood sample was collected. All samples were tested for HBV serological markers and HBV DNA. HBV isolates were sequenced for the determination of HBV genotypes and subgenotypes by phylogenetic analysis and for identification of mutations in viral genome. Data were analyzed using the RDSAT and SPSS programs. The overall prevalence of HBV infection (presence of anti-HBc marker) was 15.4% (95% CI: 8.7-25.8) and the rate of HBsAg carriers was 0.6% (95% CI: 0.2-1.6). Age over 25 years old, receptive anal intercourse, previous sex with women, and history of sexually transmitted infection (STI) were factors associated with HBV infection. Viral DNA was detected only in HBsAg-positive individuals, and occult HBV infection was not observed in the study population. HBV isolates were classified into genotype A (subgenotypes A1 and A2).Mutations in the S (T131N), basal core promoter (BCP) (A1762T/G1764A) and Pre-C/C (G1862T/G1888A and G1862T) regions of the HBV genome were identified. About 40% (95% CI: 32.3-48.8) of the participants had serological evidence of previous HBV vaccination (reactive for isolated anti-HBs), while 76.2% reported having previously received the vaccine. In addition, 44.3% (95% CI: 36.1-52.9) of MSM were susceptible to HBV infection. A greater frequency of positivity for anti-HBs alone was observed among MSM up to 25 years old, followed by declining vaccination with increasing age. By contrast, an increase in HBV infection with increasing age was found. HBV vaccination was associated with unprotected anal intercourse and history of STI (with a borderline p-value). In this study, we observed a poor agreement when comparing the self-reported and serologic evidence of HBV vaccination (k = 0.17). These results reveal a high overall prevalence of HBV infection in the study population associated with sexual risk behaviors, and in contrast, a low frequency of hepatitis B vaccination, evidencing a need for public health strategies to increase vaccine coverage in MSM, in addition to monitoring HBV carriers. / Homens que fazem sexo com homens (HSH) apresentam maior vulnerabilidade para infecção pelo vírus da hepatite B (HBV) quando comparados à população em geral. No Brasil, o perfil epidemiológico da hepatite B em HSH ainda é pouco conhecido. Este estudo teve como objetivos estimar a prevalência da infecção pelo HBV em HSH em Goiânia-Goiás e analisar os fatores associados, realizar a caracterização molecular dos isolados virais, bem como investigar a situação vacinal contra hepatite B e fatores associados. Estudo transversal conduzido em HSH na região metropolitana de Goiânia-GO. De março a novembro de 2014, um total de 522 participantes foi recrutado utilizando o método respondent-driven sampling (RDS). Após assinatura do termo de consentimento livre e esclarecido, os HSH foram entrevistados e amostras sanguíneas coletadas. Todas as amostras foram testadas por ensaio imunoenzimático (ELISA) para detecção dos marcadores sorológicos da hepatite B e submetidas à extração e amplificação do HBV DNA. Os isolados do HBV foram sequenciados para determinação dos genótipos e subgenótipos do vírus por análise filogenética e para identificação de mutações no genoma viral. Os dados foram analisados utilizando os programas RDSAT e SPSS. A prevalência global da infecção pelo HBV (anti-HBc) foi de 15,4% (IC 95%: 8,7-25,8) e do HBsAg de 0,6% (IC 95%: 0,2-1,6). Idade acima de 25 anos, sexo anal receptivo, relação sexual com mulheres e história de infecções sexualmente transmissíveis (IST) foram fatores associados à infecção pelo HBV. O DNA viral foi detectado apenas nos indivíduos HBsAg positivos, não sendo observada infecção oculta na população estudada. Os isolados do HBV foram classificados como pertencentes ao genótipo A (subgenótipos A1 e A2) do HBV. Mutações nas regiões S (T131N), promotora basal do core (BCP) (A1762T/G1764A) e Pré-C/C (G1862T/G1888A e G1862T) do genoma viral foram identificadas. Cerca de 40% (IC 95%: 32,3-48,8) dos participantes tinham evidência sorológica de vacinação contra hepatite B (anti-HBs isolado), enquanto que 76,2% relataram ter recebido a vacina previamente. Além disso, 44,3% (IC 95%: 36,1-52,9) dos HSH eram suscetíveis à infecção pelo HBV. Observou-se uma maior positividade para anti-HBs isolado entre os HSH com até 25 anos de idade, seguido de seu declínio com o aumento da idade e, por outro lado, verificou-se aumento da infecção pelo HBV. A vacinação contra a hepatite B foi associada ao sexo anal desprotegido e marginalmente à história de IST. Neste estudo, notou-se, ainda, uma baixa concordância entre evidência sorológica e auto relato de vacinação (k = 0,17). Estes resultados revelam uma prevalência global elevada da infecção pelo HBV na população estudada e sua associação com comportamentos sexuais de risco e, em contraste, uma frequência baixa de vacinação contra hepatite B, evidenciando a necessidade de políticas públicas contínuas de saúde voltadas para os HSH, incluindo estratégias para aumentar a cobertura vacinal, além do monitoramento dos indivíduos portadores do HBV.

Introdução: Dentre as neuropatias hereditárias, as neuropatias hereditárias motoras e sensitivas (HMSN), também conhecidas como Doença de Charcot-MarieTooth (CMT) são as mais comuns, podendo acometer 1:2500 pessoas. Elas podem ser classificadas com base nas características clínicas, eletrofisiológicas, padrão de herança e mutação em localização gênica/mutação. Atualmente, mais de 80 genes estão relacionados à CMT, dentre eles o GDAP1 que é responsável pelas formas CMT4A, AR-CMT2, CMTRIA e CMT2K. O gene codifica a proteína GDAP1 que é expressa pelos neurônios do sistema nervoso periférico e central e também pelas células de Schwann. Mutações no GDAP1 geralmente estão relacionados com CMT de herança recessiva, mas autossômica dominante também pode ocorrer. Geralmente, as neuropatias recessivas são de diagnóstico molecular mais difíceis, são mais graves e tem rápida progressão. É necessário que haja um maior número de casos de pacientes com CMT envolvendo mutações no GDAP1, juntamente com os dados clínicos, patológicos e de eletrofisiologia detalhados, para estabelecer uma relação de confiança entre o genótipo e o fenótipo das diferentes formas da doença. O objetivo do trabalho foi investigar mutações no gene GDAP1 em uma amostra da população brasileira com quadro clínico de CMT tanto axonal quanto desmielinizantes. Métodos: Screening mutacional do gene GDAP1 por sequenciamento direto em 100 pacientes com diagnóstico clínico sugestivo de CMT4, CMT2, CMTi e CMT esporádico, onde mutações nos genes MPZ, MFN2 e GJB1 foram previamente excluídos. Resultados: Foram encontradas alterações no GDAP1 em 6 pacientes índices não relacionados, sendo que 1 deles foi homozigoto para a alteração Q163*, 1 heterozigoto composto para as alterações N64S e R125*, dois pacientes não relacionados foram heterozigotos compostos para as alterações P119T e Q163*, 1 paciente em heterozigose para a alteração P119T e 1 paciente em heterozigose para alteração K207T. Dentre essas alterações, as variantes N64S, P119T, K207T ainda não foram descritas na literatura. Conclusão: Os resultados obtidos mostraram que mutações no gene GDAP1 estão presentes em pacientes da população brasileira com fenótipo de CMT2, AR-CMT2 e CMT esporádico. A frequência de ocorrência pode ser considerada alta (3,88%). Ademais, foram encontradas na população de estudo, duas mutações conhecidamente patogênicas (Gln163Ter e Arg125Ter) e três novas variantes (Asn64Ser, Pro119Thr, Lys207Thr) que ainda não haviam sido relacionadas ao fenótipo de CMT. / Introduction: Among the inherited neuropathies, the hereditary motor and sensory neuropathies (HMSN), also known as Charcot-Marie-Tooth disease, are the most common ones and may affect 1:2500 people. They can be classified based on their clinical features, electrophysiology, inheritance pattern and mutation on a gene location/mutation. Today, more than 80 genes have been related to the CMT disease and among them the GDAP1 gene, responsible for the CMT4A, AR-CMT2, CMTRIA and CMT2K forms. This gene codes the GDAP1 protein, which is expressed by neurons from the peripheral and central nervous system and also by Schwann cells. GDAP1 mutations are usually related to recessive inheritance, although autosomal dominant cases can also occur. Most of the times, recessive neuropathies tend to have a more difficult molecular diagnosis, besides being more severe and presenting fast progression. A larger number of patients with CMT related to GDAP1 mutations, along with detailed clinical, pathological and electrophysiological data, is necessary in order to establish a trustful relation between genotype and phenotype in the different forms of this disease. The objective of this research was to investigate mutations in the GDAP1 gene in a brazilian sample of patients with clinical picture of both axonal and demyelinating CMT. Methods: Mutational screening of the GDAP1 gene by direct sequencing of 100 patients presenting suggestive clinical diagnosis of CMT4, CMT2, CMTi and sporadic CMT, where mutations in the MPZ, MFN2 and GJB1 genes have been previously excluded. Results: Alterations in the GDAP1 were found in 6 unrelated index patients, including 1 homozygous for the Q163* alteration, 1 compound heterozygous for the N64S and R125* alterations, 2 compound heterozygous for the P119T and Q163* alterations, 1 heterozygous for the P119T alteration alone and 1 heterozygous for the K207T alteration. Among these alterations, the variants N64S, P119T, K207T haven\'t been described in the literature yet. Conclusion: The results obtained showed that mutations in GDAP1 gene are present in patients of brazilian population with phenotype of CMT2, AR-CMT2 and sporadic CMT. The occurrence frequency can be considered high (3,88%). Furthermore, were found in the studied population two mutations known as pathogenic (Gln163Ter and Arg125Ter) and three news variants (Asn64Ser, Pro119Thr, Lys207Thr), that had not been related to the CMT phenotype.

Os feocromocitomas são tumores neuroendócrinos constituídos de células cromafins secretoras de catecolaminas e neuropeptídeos diversos, cuja manifestação clínica mais comum é a hipertensão. Doze a 24% dos tumores aparentemente esporádicos, apresentam mutações germinativas em genes até então associados a síndromes herdadas, como, RET, VHL, SDHB e SDHD. A doença de von Hippel-Lindau é causada por mutações no gene VHL. As proteínas codificadas pelos genes SDHB e SDHD fazem parte do complexo mitocondrial II e da cadeia aeróbica de transporte de elétrons. O objetivo deste projeto de pesquisa foi o rastreamento de mutações nos genes VHL, SDHB e SDHD em pacientes portadores de feocromocitoma ou, também, paraganglioma esporádicos acompanhados no Serviço de Endocrinologia do Hospital das Clínicas da FMUSP. Todos os exons dos três genes estudados foram amplificados por PCR e analisados por dHPLC. Os amplicons que apresentaram cromatogramas suspeitos ao dHPLC foram submetidos ao seqüenciamento automático. Nenhuma mutação foi encontrada no gene VHL, apenas dois polimorfismos previamente descritos no exon 1, c. -77 C>T em dois pacientes e c - 195 G>A em 58,6% do total de alelos dos pacientes estudados. No gene SDHB foram encontrados dois polimorfismos previamente descritos (c. 201-36 G>T e c.487 T>C) em quatro pacientes, uma mutação silenciosa não descrita (c.540 G>A) e uma mutação previamente descrita em portadores de feocromocitoma (c. 293 G>A). Um mesmo paciente apresentou a mutação silenciosa c.540 G>A e o polimorfismo c.201-36 G>T. No gene SDHD foram encontrados dois polimorfismos descritos (c.204 C>T e c.315-32 T>C) em um paciente cada, uma variante alélica descrita na literatura na região 3\' não codificante cuja freqüência nunca foi estudada em outras populações (c.*612 C>T) e duas substituições nunca descritas na região 3\' não codificante (c.*799 T>C e c.*803 A>G). As variantes c.*612 C>T e c.*799 T>C foram detectadas em apenas um paciente cada e não foram encontradas em 200 alelos de controles normais estudados. A variante c.*803 A>G foi encontrada em nove de 76 alelos dos 38 pacientes (11,8%) e em cinco de 200 alelos de 100 controles não afetados (2,5%), sendo, portanto, um polimorfismo significativamente mais freqüente entre os portadores de feocromocitoma ou paraganglioma. Dentre os sete pacientes portadores do polimorfismo c.*803 A>G, três pacientes heterozigotos para este polimorfismo apresentaram um segundo polimorfismo no gene SDHD, sendo que um desses pacientes também apresentava uma mutação no gene SDHB. Dentre os demais quatro pacientes, dois apresentavam o polimorfismo c.*803 A>G em homozigose. Este polimorfismo ocorre no nucleotídeo localizado na posição -1 imediatamente 5\' ao Sítio de Clivagem do pré-mRNA para que ocorra a inserção da cauda Poli(A), fundamental para a estabilidade do mRNA. A substituição da base A pela base G muito provavelmente apresenta uma repercussão funcional, pois a base A na posição -1 é considerada como a mais eficiente na promoção da clivagem do pré-mRNA, enquanto a base G é considerada a menos eficiente (ordem de eficiência de clivagem A > U > C > G). Desta forma, a possibilidade desse polimorfismo conferir susceptibilidade ao desenvolvimento do feocromocitoma e do paraganglioma não está descartada, sendo provável que outros eventos genéticos sejam necessários para promover a tumorigênese. Em conclusão, esse estudo evidenciou uma baixa freqüência de mutações nas regiões codificantes dos genes VHL (mutações não detectadas), SDHB (5,2%) e SDHD (mutações não detectadas) nessa série de pacientes com feocromocitomas e paragangliomas esporádicos, porém, encontrou um polimorfismo na região 3\' não codificante do gene SDHD significativamente mais freqüente nos portadores desses tumores que em indivíduos controles não afetados, e que, por suas características, pode estar relacionado à etiopatogenia do feocromocitoma e do paraganglioma. / Pheochromocytomas are neuroendocrine tumors composed of chromaffin cells that produce and secrete catecholamines as well as a variety of neuropeptides, whose most common clinical manifestation is arterial hypertension. Twelve to 24% of the apparently sporadic pheochromocytomas, present germline mutations in genes previously associated to inherited familiar syndromes, such as, RET, VHL, SDHB e SDHD. The von Hippel-Lindau (VHL) disease occurs upon the VHL gene mutation - a tumor suppressor gene whose product encodes complexes with other proteins leading proteic substracts to the proteolysis. The proteins encoded by the SDHD and SDHB genes are parts of the complex mitochondrial II, as well as the aerobic chain of the electron transport. The aim of the present study was the screening of mutations in the VHL, SDHB and SDHD genes in patients harboring sporadic pheochromocytoma and/or paraganglioma, followed by the Endocrinology Service of Hospital das Clínicas of the University of São Paulo School of Medicine. All the three studied gene exons were amplified by polymerase chain reaction (PCR) and were analyzed by dHPLC, which was the method used for screen mutations. The samples with altered eluting progress were directly sequenced. No mutations were found in the VHL gene, only two polymorphisms previously described in the exon 1, c. -77 C>T in two patients and c - 195 G> in 58.6% out of the total alleles of the studied patients. Two polymorphisms previously described (c. 201-36 G>T and c.487 T>C) in the SDHB gene were found in four patients, as well as silent mutation not yet described (c.540 G>A) and a mutation previously described in patients with pheochromocytoma (c. 293 G>A). A particular patient presented the silent mutation c.540 G>A and the polymorphism c.201-36 G>T. In the SDHD gene two polymorpfisms previously described (c.204 C>T and c.315-32 T>C) were found, one in each patient, as well as an allelic variant previously described in the 3\' non-coding region whose frequency has never been studied in other populations (c.*612 C>T) and two substitutions never described in the 3\' non-coding region (c.*799 T>C and c.*803 A>G). The variants c.*612 C>T and c.*799 T>C were detected in only one patient each and have not been found in 200 alleles of normal control subjects studied. The variant c.*803 A>G was found in nine out of 76 alleles from 38 patients (11.8%) and in five out of 200 alleles from 100 non-affected subjects (2.5%), being, then, a polymorphism significantly more frequent among patients with pheochromocytoma or paraganglioma. Among those seven patients with the polymorphism c.*803 A>G, three patients heterozygotous for the polymorphism presented a second polymorphism in the SDHD gene and one of those patients also presented a mutation in the SDHB gene. Out of the other four patients, two presented the polymorphism c.*803 A>G in heterozygosis. This polymorphism occurs in the nucleotide localized in the position -1 immediately 5\' to the site where the pre-mRNA is cleaved for the insertion of the poly(A) tail, which is essencial to the mRNA stability. The substitution of the A to the G probably presents a functional repercussion, because the A in the position -1 is considered as the most efficient nucleotide in the pre-mRNA cleavage promotion, while the G is considered the least efficient one (scale of cleavage efficiency A > U > C > G). Therefore, the possibility of this polymorphism be associated with susceptibility to the development of pheochromocytoma and paraganglioma is not discarded, being possible that other genetic events are necessary to promote tumorigenesis. In conclusion, this study evidenced a low frequency of mutations in the coding regions of the genes VHL (mutations not detected), SDHB (5,2%) and SDHD (mutations not detected) in this series of patients with sporadic pheochromocytomas and paragangliomas, however, a polymorphism significantly more frequent in patients harboring those tumors was found in the 3\' non-coding region of the SDHD gene and, for its specific characteristics, it can very well be related to the etiopathogenesis of the pheochromocytoma and paraganglioma

Os microRNAs são pequenos RNAs importantes na modulação da expressão gênica. O carcinoma papilífero de tireoide (CPT) é responsável pela maior parte dos casos de câncer de tireoide. Mutações somáticas ativam as vias de MAPK e PI3K/AKT e exercem papel importante no desenvolvimento do CPT. Acredita-se que miRNAs regulem genes associados a essas vias. A expressão de miRNAs foi avaliada em amostras parafinadas de CPT caracterizadas quanto à presença da mutação BRAFV600E. A expressão de miRNAs variou devido à heterogeneidade dos tecidos emblocados e entre pacientes, dados importantes quando microRNAs são avaliados como biomarcadores. Microarranjos de DNA mostraram diferenças na expressão de miR-16, miR-19a, miR-21, miR146a, miR-146b, miR-221 e miR-222 entre amostras positivas e negativas para BRAFV600E, indicando um possível papel na modulação de vias influenciadas por esta mutação. Quando amostras adicionais foram analisadas, apenas miR-146b apresentou expressão diferencial entre os dois grupos, ressaltando a variabilidade entre pacientes quanto à expressão de miRNAs. / MicroRNAs are small non-coding RNAs that regulate protein-coding genes. Papillary thyroid cancer (PTC) accounts for most of the thyroid cancer cases. Somatic mutations activate MAPK and PI3K/AKT pathways and play a leading role in PTC. MiRNAs may contribute to the regulation of these pathways. We studied the expression of miRNAs in formalin-fixed, paraffin-embedded (FFPE) PTC samples submitted to mutation characterization. Our results show that miRNA expression varies due to embedded sample heterogeneity and that there is great variability in miRNA expression among patients, both important issues when miRNA expression is evaluated as a biomarker. DNA microarray experiments compared BRAFV600E positive and negative samples. MiR-16, miR-19a miR-21, miR146a, MiR-146b, miR-221 and miR-222 were deregulated, indicating a possible implication in BRAF-related pathways. When additional samples were evaluated, only miR-146b presented consistent variation in expression, highlighting variability among patients

A galactosemia clássica ou tipo I (GC) é um erro inato do metabolismo da galactose causada pela deficiência da enzima galactose-1-fosfato uridiltransferase (GALT). É transmitida como uma doença autossômica recessiva e é tipicamente caracterizada pela intolerância neonatal a galactose, com complicações que vão desde icterícia, para os casos mais leves, à insuficiência hepática nos mais graves, e às complicações tardias, como disfunções motoras e reprodutivas. A galctosemia também é heterogénea do ponto de vista molecular, com 266 mutações diferentes descritas no gene GALT, algumas específicas para certas populações, refletindo o que se espera de alguns eventos de efeito fundador. O objetivo deste trabalho foi avaliar o perfil de mutações no gene GALT, dos pacientes brasileiros com galactosemia clássica e fazer um estudo da correlação do genótipo com o fenótipo, uma vez que se sabe que parte da variação observada na evolução clínica está relacionada com o nível de atividade residual da enzima e do genótipo. Para tanto, foram incluídos no estudo 31 pacientes com o diagnóstico bioquímico de galactosemia de diversas regiões do Brasil, que tiveram seus dados clínicos obtidos a partir de revisão de prontuários médicos e preenchimento de ficha clínica. Foi realizado o sequenciamento genético direto bidirecional do gene GALT e também estudos adicionais, como genotipagem do gene GALK1 de um paciente, estudo de ancestralidade de sete pacientes, além de simulações de patogenicidade in silico das novas mutações identificadas. Os principais achados clínicos dos pacientes que participaram deste estudo foram hepatomegalia, icterícia, baixo ganho pondero-estatural, vômito recorrente, anemia e catarata. As principais mutações que causam GC descritas na literatura foram identificadas neste estudo, como por exemplo, a p.Q188R, p.S135L e p.K285N, bem como o alelo Duarte 2 e seis mutações novas, p.M1T, p.R33S, p.P73S, IVS3+1G>A, IVS4+4A>C e p.Q169P. Este resultado era esperado, dada a elevada miscigenação da população brasileira. Alguns indivíduos foram diagnosticados através do teste de triagem neonatal expandido, que não está disponível rotineiramente a todos os recém-nascidos, portanto, começaram o tratamento dietético antes de desenvolverem os sinais e sintomas da doença. Para estes indivíduos não foi possível fazer uma análise da relação genótipo-fenótipo. Para os demais indivíduos esta relação foi consistente com o que é descrito na literatura, com os indivíduos homozigotos para a mutação p.Q188R com uma evolução mais grave do que os indivíduos que tinham pelo menos uma mutação p.S135L. Para os indivíduos com as mutações novas, foi observado um amplo espectro de fenótipos, como de pacientes que foi a óbito por insuficiência hepática e sepse à um caso assintomático. Este estudo amplia o espectro de mutação no gene GALT descrito na literatura e reforça a importância tanto do diagnóstico precoce quanto da introdução do tratamento dietético; também acrescenta mais evidências para a discussão sobre a introdução da galactosemia no programa de triagem neonatal do Brasil, onde a incidência da doença é estimada em cerca de 1:20.000. / Classical galactosemia (CG) or type I galactosemia is an inborn error of galactose metabolism caused by the deficiency of the galactose-1-phosphate uridyltransferase enzyme (GALT). It is transmitted as an autosomal recessive disease and is typically characterized by neonatal galactose intolerance, with complications ranging from neonatal jaundice and liver failure to late complications, such as motor and reproductive dysfunctions. Galactosemia is also heterogeneous from a molecular standpoint, with 266 mutations described to date in the GALT gene, some of them specific to certain populations, reflecting what is expected as some events of founder effect. The objective of this study was to evaluate the profile of mutations in the GALT gene of Brazilian patients with classical galactosemia and perform a genotype-phenotype correlation study, since it is known that part of the observed variation in clinical outcome is related to the level of residual enzyme activity and genotype. Therefore, this study included 31 patients with biochemical diagnosis of galactosemia from different regions of Brazil, who had their clinical data obtained from review of medical records and from a standardized case report form. We conducted a direct bidirectional sequencing of the GALT gene and also additional studies, as GALK1 genotyping for a patient, ancestrality study of seven patients and in silico simulation of pathogenicity for the new mutations identified. The main clinical features of the patients in this study were hepatomegaly, jaundice, low weight and height gain, recurrent vomiting, anemia and cataract. The major CG causing mutations described in the literature have been identified in this study, for example, p.Q188R, p.S135L and p.K285N, as well as the Duarte 2 allele and six novel mutations: p.M1T; p.R33S; p.P73S; IVS3+1G>A; IVS4+4A>C and p.Q169P. This result was expected, given the high miscegenation of the Brazilian population. Some individuals were diagnosed through expanded newborn screening test, which is not available routinely to all newborns, and so began dietary treatment before they develop signs and symptoms of the disease. For these individuals, was not possible to analyze the genotype-phenotype correlation. For other individuals this relationship was consistent with what is described in the literature, with the homozygous for p.Q188R mutation presenting a more severe phenotype than individuals who had at least one p.S135L mutation. For individuals with new mutations, was observed a wide range of phenotypes, from patients who died due to liver failure and sepsis to an asymptomatic case. This study expands the spectrum of mutations in the GALT gene described in the literature and reinforces the importance of early diagnosis and the introduction of dietary treatment; also adds more evidence to the discussion on the introduction of galactosemia in the neonatal screening program of Brazil, where the incidence of the disease is estimated at about 1:20,000.

O sistema da procineticina desempenha um papel importante na migração dos neurônios secretores de GnRH e na neurogênese do bulbo olfatório. Camundongos com ablação dos genes que codificam a procineticina 2 (PROK2) e seu receptor (PROKR2) apresentaram fenótipos semelhantes ao da síndrome de Kallmann descrita em humanos. Mutações inativadoras nos genes PROK2 e PROKR2 foram identificadas em pacientes com hipogonadismo hipogonadotrófico isolado. Com base nestes achados, investigamos a presença de alterações estruturais nos genes PROK2 e PROKR2 em 107 pacientes brasileiros (63 com síndrome de Kallmann e 47 com hipogonadismo hipogonadotrófico isolado normósmico). Cem indivíduos brasileiros que relataram desenvolvimento puberal normal foram utilizados como grupo controle. As regiões codificadoras dos genes PROK2 e PROKR2 foram amplificadas utilizando-se oligonucleotídeos intrônicos específicos, seguida de purificação enzimática e sequenciamento automático. Duas mutações no gene PROK2 foram identificadas: a mutação p.G100fsX121 em homozigose presente em dois irmãos com síndrome de Kallmann; e a mutação p.I55fsX56 em heterozigose identiificada em um paciente com HHIn. Quatro mutações foram identificadas no gene PROKR2 (p.R80C, p.Y140X, p.L173R e p.R268C) em cinco pacientes com síndrome de Kallmann e um paciente com HHIn. Essas mutações não foram encontradas no grupo controle. As mutações do tipo missense, p.R80C, p.L173R e p.R268C foram identificadas em heterozigose. Mutações nos genes FGFR1, GnRHR, KiSS-1 e GPR54 foram excluídas nesses pacientes. O paciente portador da mutação p.R268C do PROKR2 apresentou deleção dos exons 1 e 2 do gene KAL1. Adicionalmente, as mutações p.R80C e p.R268C foram identificadas em heterozigose em parentes de primeiro grau assintomáticos dos casos índices. A nova mutação p.Y140X do PROKR2, única alteração em homozigose, foi identificada em um paciente com micropênis, criptorquidia bilateral, anosmia e palato ogival. Os pais deste paciente eram portadores da mutação p.Y140X em heterozigose e relataram desenvolvimento puberal normal e ausência de anormalidades olfatórias. Estudos in vitro da nova mutação p.R80C localizada na primeira alça intracelular demonstraram que o acúmulo de fofatidil-inositol (IP), assim como a ativação da via da MAPK foram significativamente afetadas em células transfectadas com o receptor mutado em relação ao receptor selvagem, indicando que a mutação p.R80C determina uma menor atividade do receptor. Avaliação da expressão por Western blot mostrou uma diminuição na expressão do receptor mutado R80C e uma maior expressão de receptores imaturos. Esses achados sugeriram o papel crítico da arginina localizada na posição 80 na atividade normal do receptor. Em conclusão, expandimos o repertório de mutações deletérias nos genes PROK2 e PROKR2 em pacientes com hipogonadismo hipogonadotrófico isolado. A haploinsuficiência do PROKR2 não foi suficiente para causar síndrome de Kallmann ou HHIn, entretanto mutações inativadoras em homozigose nos genes PROK2 e PROKR2 foram responsáveis pelo fenótipo reprodutivo e olfatório anormal, em concordância com os estudos prévios de ablação gênica em modelos animais. Arginina localizada na posição 80 do PROKR2 desempenha um papel crucial na adequada maturação do receptor / Physiological activation of the prokineticin pathway has a critical role in olfactory bulb morphogenesis and GnRH secretion. Knock-out mice for genes that encode prokineticin 2 (PROK2) and the prokineticin receptor 2 (PROKR2) exhibited a phenotype similar to the Kallmann syndrome (KS). Inactivating mutations in PROK2 and PROKR2 have been identified in patients with isolated hypogonadotropic hypogonadism. Based on these findings, we investigated the presence of inactivating mutations of the genes PROK2 and PROKR2 in Brazilian patients with isolated hypogonadotropic hypogonadism associated or not with olfactory abnormalities and performed in vitro studies of the new identified mutations. We studied 107 patients with HH (63 with Kallmann syndrome and 44 with normosmic HH) and 100 control individuals. The coding regions of PROK2 and PROKR2 were amplified by polymerase chain reaction followed by enzymatic purification and direct automatic sequencing. In PROK2, two known frameshift mutations were identified. Two brothers with Kallmann syndrome harbored the homozygous p.G100fsX121 mutation, whereas one male with normosmic HH harbored the heterozygous p.I55fsX56 mutation. In PROKR2, four distinct mutations (p.R80C, p.Y140X, p.L173R and p.R268C) were identified in five patients with Kallmann syndrome and in one patient with normosmic HH. These mutations were not found in the control group. The p.R80C and p.R268C missense mutations were identified in heterozygous state in the HH patients and in their asymptomatic first-degree relatives. The p.L173R was also identified in heterozygous state. In addition, no mutations of FGFR1, GnRHR, KiSS-1 or GPR54 were identified in these patients. The patient with the PROKR2 mutation p.R268C also has a deletion of the exon 1 and 2 in the gene KAL1. Notably, the new nonsense mutation (p.Y140X) was identified in homozygous state in an anosmic boy with micropenis, bilateral cryptorchidism and high-arched palate. His asymptomatic parents were heterozygous for this severe defect. In vitro studies of the new mutation, p.R80C, were performed in order to access the mechanism by which this mutation could affect the activity of the PROKR2. In vitro studies showed that the amount of fofatidil-inositol (PI) and the activation of MAPK were significantly lower in cells transfected with the R80C mutant receptor than in cells transfected with the wild receptor, indicating that this variant is a loss-of-function mutation. Binding studies and Western blot showed a reduction in the expression levels of the receptor in the plasma membrane and in whole cell, respectively. Additionally, Western blot analysis of R80C PROKR2 revealed an additional smaller molecular weight band that represents the presence of immature unglycosylated receptors. The arginine 80 in ICL1 is important for post-translational processing of PROKR2. In conclusion, we expanded the repertoire of PROK2 and PROKR2 mutations in patients with HH and showed that PROKR2 haploinsufficiency is not sufficient to cause Kallmann syndrome or normosmic HH, whereas homozygous loss-of-function mutations either in PROK2 or PROKR2 are sufficient to cause disease phenotype, in accordance with the Prokr2 and Prok2 knockout mouse models. In vitro studies suggested that the arginine located at position 80 of the receptor seems to play an important role in the receptor function

Mutações em genes da via de reparo de DNA por excisão de nucleotídeo estão associados a doenças genéticas raras, como Xeroderma pigmentosum, Síndrome de Cockayne e Tricotiodistrofia. Este trabalho teve como objetivo identificar mutações responsáveis por essas Síndromes em pacientes brasileiros. Inicialmente o projeto teve como foco o estudo da comunidade de Araras, no interior de Goiás, onde existe uma das maiores incidências de pacientes XP no mundo. Duas mutações foram identificadas no gene POLH, associadas a dois efeitos fundadores independentes na região. Os dezessete pacientes, entre 10 e 80 anos, caracterizados geneticamente apresentam uma grande heterogeneidade das manifestações clínicas, com fenótipos brandos à extremamente agressivos. Esse estudo se estendeu a mais dezessete pacientes de todo o Brasil, incluindo outros grupos de complementação de XP, CS e TTD. Na segunda parte deste trabalho avaliamos a resposta das linhagens XP-V ao tratamento com cisplatina. Foi possível observar que essas linhagens são mais sensíveis aos danos induzidos pela cisplatina, encontram problemas na fase G1/S de replicação e possuem um aumento da marcação high-level para histona gH2AX. / Mutations at DNA repair genes are associated with rare genetic diseases such as Xeroderma pigmentosum, Cockayne syndrome and Trichothiodystrophy. This study aimed to identify mutations responsible for these syndromes in Brazilian patients. Initially the project focused on the study of Araras community in the state of Goiás, where there is one of the densest known areas of XP patients. Two mutations were identified at POLH gene, associated with two independent founders effects in the region. The seventeen patients between 10 and 80, characterized genetically a wide range of heterogeneity of clinical symptoms with mild to extremely aggressive phenotypes. Brazilian patients from other places were studied, including seventeen other patients with XP, CS and TTD phenotypes. In the second part of this work, we evaluated the response of XP-V cell lines treated with cisplatin. It was observed that Pol eta deficient cells are more sensitive to damage induced by cisplatin, as well as encounter problems in the S phase replication after 24 hours of treatment, and have increased high-level fluorescence for gH2AX.