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Identificação e caracterização de mutações germinativas no gene VHL em famílias com a doença de von Hippel-Lindau / Identification and characterization of germline mutations in the VHL gene in families with von Hippel-Lindau disease

Israel Gomy 02 July 2008 (has links)
A doença de von Hippel-Lindau (VHL) é uma síndrome de câncer familial herdada de forma autossômica dominante que predispõe ao desenvolvimento de diversos tipos de neoplasias benignas e malignas. É causada por mutações germinativas e somáticas no gene VHL e tem uma incidência aproximada de um a cada 36.000 nascimentos. O gene VHL é um supressor tumoral e codifica a proteína VHL, a qual possui, entre outras funções, uma atividade ubiquitina-ligase, responsável pela poliubiquitinização e degradação proteassômica da subunidade alfa do fator induzido por hipóxia (HIF) na presença de oxigênio. As principais características da doença de VHL são: hemangioblastomas de sistema nervoso central (SNC), principalmente do cerebelo e medula espinhal; angiomas de retina e carcinoma renal de células claras. A probabilidade de desenvolver cada um desses tumores ao longo da vida é estimada em maior que 70%, podendo manifestar-se desde a infância até a fase adulta, principalmente entre a 2ª e 3ª décadas de vida. Classifica-se a doença de VHL conforme a ausência (tipo 1) ou presença de feocromocitoma (tipo 2). A doença do tipo 2 é causada, essencialmente, por mutações missense no gene VHL. As mutações podem ser grandes deleções (20%) ou pontuais (80%) do tipo missense, frameshift, nonsense ou em regiões de splicing. O teste genético é considerado padrão para o manejo clínico dos pacientes e dos familiares em risco, pois permite o diagnóstico e o tratamento precoce das neoplasias, melhorando assim a expectativa de vida. Técnicas de biologia molecular, como o seqüenciamento direto do DNA e o Southern blotting quantitativo, permitem a detecção de mutações germinativas em até 100% dos casos. Técnicas mais recentes, como o PCR quantitativo em tempo real e o MLPA, têm sido empregadas para uma detecção mais eficaz de grandes deleções no gene VHL. Os objetivos do presente estudo foram: (1) diagnosticar os pacientes com suspeita da doença de VHL; (2) identificar e caracterizar mutações germinativas pontuais no gene VHL nos pacientes e em seus parentes de 1º grau; (3) fornecer o aconselhamento genético pré e pós-teste. Dos 37 indivíduos com suspeita da doença de VHL, 14 pacientes de sete famílias diferentes preencheram os critérios diagnósticos. Um paciente apresentou hemangioblastoma cerebelar isolado e sete parentes de 1º grau estavam assintomáticos. Foram realizadas as técnicas de PCR, RFLP e seqüenciamento direto do DNA genômico e após clonagem. Foram identificadas quatro mutações pontuais na região codificadora do gene VHL em quatro famílias diferentes, sendo que duas delas haviam sido descritas na literatura [c.226_228delTTC (F76del), c.217C>T (Q73X)]. As outras duas mutações são descritas pela primeira vez neste estudo e afetam o sitio de splicing (IVS1-1 G>A, IVS2-1 G>C). É provável que as demais três famílias sejam portadoras de deleções germinativas no gene VHL. Em resumo, os resultados apresentados neste estudo ampliam o conhecimento da base molecular da doença de VHL e consiste na primeira pesquisa de pós-graduação produzida pelo ambulatório de aconselhamento genético do câncer do HCFMRP-USP. / Von Hippel-Lindau disease (VHL) is an autosomal dominant hereditary cancer syndrome that predisposes to the development of a variety of benign and malignant tumors. VHL is caused by germline and somatic mutations in the VHL gene and it has an incidence of approximately one in 36,000 livebirths. The VHL gene is a tumor suppressor that is translated into the VHL protein, which has many functions, mainly an ubiquitin-ligase activity, responsible for the polyubiquitylation and proteasomal degradation of the alpha subunit of the hipoxia-inducible factor (HIF) in the presence of oxygen. The main clinical features of VHL are: CNS hemangioblastomas, especially of the cerebellum and spinal cord; retinal angiomas and clear-cell renal carcinomas. The lifetime probability of developing one of these tumors is estimated at more than 70%, whichever may present since childhood until adulthood, more often during the 2nd and 3rd decades. VHL is classified into type 1 (without pheochromocytoma) and type 2 (with pheochromocytoma), the latter being mainly caused by missense mutations. VHL germline mutations may be rearrangements and large deletions (~20%) or point mutations (~80%), such as missense, frameshift, nonsense or in the splicing sites. VHL gene testing is considered standard for the clinical manegement of patients and relatives at risk, whereby it provides early diagnosis and treatment of tumors, improving their life expectancies. Molecular biology techniques such as sequencing and quantitative Southern blotting may detect virtually 100% of VHL germline mutations. More recent methods, such as quantitative real-time PCR and MLPA, have been shown to detect VHL gene gross deletions efficiently. The objectives of this study were: (1) to diagnose patients with VHL clinically; (2) to detect germline point mutations in the VHL gene in the patients and their close relatives at risk; (3) to provide pre and post-testing genetic counseling. Fourteen out of 37 patients from seven unrelated families fulfilled the VHL clinical diagnostic criteria, one patient presented a single cerebellar hemangioblastoma and seven at-risk relatives were still asymptomatic. The methods included: PCR, RFLP, genomic DNA direct sequencing and after cloning. Four germline point mutations in the coding region of the VHL gene were identified, two of whom had been described in literature [c.226_228delTTC (p.F76del), c.217C>T (p.Q73X)]. The other two mutations had not been described so far and affect the splicing sites (IVS1-1 G>A, IVS2-1 G>C). The other three families may carry gross germline deletions in the VHL gene. In conclusion, the outcome presented in this study provides with a greater knowledge of molecular basis of VHL disease and relies on the first post-graduation research carried out at the HCFMRP-USP cancer genetic counseling service.
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Análise molecular e implicações biológicas do vírus da Hepatite B, em pacientes naturais do estado do Amazonas

Oliveira, Cintia Mara Costa de 01 June 2007 (has links)
Made available in DSpace on 2015-04-20T12:31:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cintia Mara Costa de Oliveira.pdf: 1536626 bytes, checksum: a546517f7c00e6b13c3a43eac85bbc3f (MD5) Previous issue date: 2007-06-01 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The hepatitis B virus (HBV) is an agent of universal distribution which produces in humanity both the gaud and chronic infection. According to the World health organization (WHO) approximately 30% of world population, or about 2 billion of the people, are infected by the HBV. Of these, more than 350, million have become chronic patients. The molecular analysis of the genome HBV has allowed the identification of different genotypes as well as the main mutations which are present in its genome. The present study had as objective to make the sequence of S and C of HBV isolated from different samples born in the Amazon State and to analyze the frequency of mutations in these genes related with the disease evolution. Samples of 80 patients positive for the HBV were obdied. From these, 60 were born on Manaus and 20 on the urban zone of Labrea city, AM.. The amplification of the S gene and C gene by PCR showed that from 80 samples that were analyzed, 68 (85%) were DNA-HBV positive. The filogenetic analyze identified 3 genotypic groups A, D and F. The prevalent genotype was the A type 40/51 (78,4%), followed by F genotype, (7%) and D 2/51 (3,9%) as walles two undetermined sequences. The A genotype was the most frequent in the samples obtained of people who were born in Manaus, while the F genotype was prevalent in the samples of people from the interior of the Amazon State. Considering the mutations, a very low frequency of mutations related with the development of the disease both in the S and C gene was observed. / O vírus da hepatite B (VHB) é um patógeno de distribuição universal que produz no homem tanto a infecção aguda quanto a crônica. De acordo com a Organização Mundial da Saúde (OMS), aproximadamente 30% da população do planeta, ou cerca de dois bilhões de pessoas no mundo, estão infectadas pelo VHB. Destas, mais de 350 milhões tornaram-se portadoras crônicas. A análise molecular do genoma VHB têm permitido a identificação de diferentes genótipos bem como das principais mutações presentes em seu genoma. O presente estudo teve como principais objetivos seqüenciar os genes S e C do genoma do VHB isolados de diferentes amostras obtidas de indivíduos naturais do Estado do Amazonas e analisar a freqüência de mutações nesses genes relacionando-as a evolução da doença. Foram analisadas um total de 80 amostras de plasma de indivíduos positivos para o VHB. Destas, 60 foram procedentes de Manaus e 20 da zona urbana do município de Lábrea, AM. A amplificação dos genes S e C por PCR mostrou que das 80 amostras analisadas, 68 (85%) foram DNA-VHB positivas. A análise filogenética identificou os três grupos genotípicos A, D e F. O genótipo A foi predominante em 40/51 (78,4%), seguido dos genótipos F 7/51 (13,7%) e D 2/51 (3,9%) além de duas seqüências não determinadas. O genótipo A foi mais freqüente nas amostras obtidas de indivíduos naturais da cidade de Manaus enquanto que o genótipo F predominou nas amostras de indivíduos procedentes do interior do Estado do Amazonas. Quanto às mutações observou uma baixa freqüência de mutações relacionadas ao desenvolvimento da doença tanto no gene S quanto no C.
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CARACTERIZAÇÃO MOLECULAR DO GENE VHL ASSOCIADO À SÍNDROME VON HIPPEL LINDAU EM UMA FAMÍLIA AFRODESCENDENTE COM HEMANGIOBLASTOMA DE SISTEMA NERVOSO CENTRAL NO ESTADO DO MARANHÃO / MOLECULAR CHARACTERIZATION OF THE VHL GENE ASSOCIATED WITH SYNDROME VON HIPPEL-LINDAU IN A AFRODESCENDANT FAMILY WITH HEMANGIOBLASTOMA OF CENTRAL NERVOUS SYSTEM IN THE STATE OF MARANHÃO

Azevedo, Patrícia Ribeiro 24 June 2013 (has links)
Made available in DSpace on 2016-08-16T18:18:42Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese PATRICIA RIBEIRO AZEVEDO.pdf: 3836248 bytes, checksum: 69781a9e30881bb327b2148598b3fe8e (MD5) Previous issue date: 2013-06-24 / FUNDAÇÃO DE AMPARO À PESQUISA E AO DESENVOLVIMENTO CIENTIFICO E TECNOLÓGICO DO MARANHÃO / The von Hippel Lindau syndrome (VHL) is an autosomal dominant disorder with an incidence of 1:36.000 to 1:53.000 individuals, characterized by multiple tumors, affecting individuals of twenty and forty years, with life expectancy of 60 years. The objective of this study was to characterize the molecular changes in the VHL gene associated with von Hippel Lindau syndrome in a family of African descent with hemangioblastoma of the central nervous system in the state of Maranhão. For investigation of the family history, all family members were interviewed, and performed molecular analysis of seven patients with clinical diagnosis of VHL and 89 family members at risk. For DNA extraction was used peripheral blood. The technique used was the amplification of multiplex ligation probes dependent binding (MLPA). After PCR- MLPA, was performed sequencing and the software GeneMaker was used for screening of mutations. The research followed the ethical precepts. We investigated the family history of the eight individuals of African descent carriers hemangioblastomas of the central nervous system. In addition to this injury, these individuals had retinal hemangioblastoma, pancreatic cyst and bilateral kidney tumor. The average age of first presentation of the lesion was 29 years, not having occurred predominantly in relation to gender. In the screening protocol was not evidenced pheochromocytoma. No injuries were surveyed in the reproductive system because of the absence of symptoms. The molecular test detected the deletion c.1-? _340 +? in all symptomatic individuals and 14 family members. The MLPA, technique has proven to be fast and reliable for diagnosis of large deletions. A positive family history, the absence of pheochromocytoma and detection of genomic deletion of exon 1, allowed the clinical diagnosis and molecular VHL syndrome and classification as type 1. In this study it was possible to evaluate, in addition to the proband, other family members. This approach decreases the morbidity of the disease and provides a better quality of life for families. / A síndrome de von Hippel Lindau (VHL) é uma doença autossômica dominante, com incidência de 1:36.000 a 1:53.000 indivíduos, caracterizada por múltiplos tumores, acometendo os indivíduos entre vinte e quarenta anos, sendo a expectativa de vida de 60 anos O objetivo deste estudo foi caracterizar a base molecular do gene VHL associado à Síndrome von Hippel Lindau em uma família com hemangioblastoma de sistema nervoso central no Estado do Maranhão. Para investigação da história familiar, foram entrevistados todos os familiares, sendo realizada análise molecular de sete indivíduos com diagnóstico clínico de VHL e 89 familiares em risco. Para extração de DNA foi utilizado sangue periférico. A técnica utilizada foi a amplificação de múltiplas sondas dependente de ligação (MLPA). Após a PCR-MLPA foi realizado sequenciamento e utilizado o programa GeneMaker para a triagem de mutações. A pesquisa obedeceu aos preceitos éticos. Foi investigada a história familiar dos oito indivíduos afrodescendentes portadores de hemangioblastomas de sistema nervoso central. Além dessa lesão, um indivíduo apresentou hemangioblastoma de retina, um apresentou cisto no pâncreas e outro apresentou massa tumoral bilateral no rim. A média de idade da primeira apresentação da lesão foi de 29 anos, não tendo ocorrido predominância em relação ao sexo. No protocolo de rastreamento não foi evidenciado feocromocitoma. Não foram pesquisadas lesões no sistema reprodutor devido ausência de sintomatologia. No teste molecular foi detectada a deleção c.1-?_340+? em sete indivíduos sintomáticos e em 14 familiares. A técnica MLPA demonstrou ser rápida e segura para diagnóstico de grandes deleções. A história familiar positiva, ausência de feocromocitoma e a detecção da deleção genômica do exon 1, permitiu o diagnóstico clínico e molecular da síndrome VHL e a classificação como tipo 1. Neste estudo foi possível avaliar, além do probando, os outros familiares. Essa conduta poderá diminuir a morbimortalidade da doença e proporciona uma melhor qualidade de vida aos familiares.
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Estudo da atividade inibitória da troponina I através de mutações sítio-dirigidas / Study of the inhibitory activity of troponin I by site-directed mutagenesis

Ronaldo Bento Quaggio 06 October 1994 (has links)
A troponina I (TnI) é a sub-unidade inibitória do complexo troponina, responsável pela regulação da contração do músculo esquelético. Foi demonstrado que sua ação inibitória sobre a Mg2+ATPase da actomiosina, deve-se principalmente à região entre os resíduos 96 e 116 (região do peptídeo inibitório). Para estudar o mecanismo de inibição a nível molecular, produzimos três mutantes na região do peptídeo inibitório através de mutações sítio-dirigidas. Substituímos os resíduos lisina 105 por ácido glutâmico (K105E), fenilalanina 106 por tirosina (F106Y) e arginina 113 por ácido glutâmico (R113E). As troponinas I mutantes foram expressas em E.coli, purificadas e ensaiadas em sua atividade inibitória, interações com os outros componentes do complexo regulatório e sua capacidade regulatória. Os resultados obtidos indicam que a mutação na posição 105 alterou a interação da proteína com a tropomiosina, diminuindo sua atividade inibitória e afinidade pela actina-tropomiosina. A substituição na posição 113 alterou a interação da proteína com a actina e com a actina-tropomiosina, também diminuindo a atividade inibitória na presença de tropomiosina e inviabilizando a inibição na ausência de tropomiosina. Já a substituição na posição 106 não produziu alteração detectável. Concluímos que o resíduo 105 faz parte do sítio de ligação da troponina I ao complexo actina-tropomiosina e que o resíduo 113 participa diretamente do mecanismo de inibição. Desta forma, definimos duas interfaces de interação da troponina I com o filamento de actina-tropomiosina, necessárias a ligação da troponina I ao filamento e inibição da ATPase. / Troponin I (TnI) is the inhibitory subunit of the troponin complex, responsible for the regulation of skeletal muscle contraction. It has been demonstrated that TnI\'s inhibitory action on Mg2+ATPase of actomyosin is due principally to the region between residues 96 and 116 (the inhibitory region). To study the inhibitory mechanism at the molecular level, we produced three mutants of the inhibitory region by site-directed mutagenesis. We substituted lysine 105 for glutamic acid (K105E), phenylalanine 106 for tyrosine (F106Y) and arginine 113 for glutamic acid (R113E). The TnI mutants were expressed in E. coli, purified and analyzed for their inhibitory activity, interaction with other components of the regulatory complex and regulatory capacity. The results indicate that the mutation in K105E modified the interaction of TnI with tropomyosin, reduced its inhibitory activity and actin-tropomyosin affinity. The mutant R113E displayed modified interaction with actin and actin-tropomyosin, reduced inhibitory activity in the presence of tropomyosin and essentially no inhibitory activity in the absence of tropomyosin. The mutant F106Y behaved essentially like wild-type TnI. We conclude that residue 105 is part of the site by which troponin I binds to the actin-tropomyosin and that residue 113 participates directly in the inhibitory mechanism. In this way, we have defined two interfaces between troponin I and the actin-tropomyosin which are necessary for binding TnI to the filament and to inhibit the actomyosin ATPase.
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Triagem neonatal de deficiência de glicose-6-fosfato desidrogenase e prevalência das mutações G202A (G6PD A-) e C563T (G6PD Mediterrâneo) em Mato Grosso/Brasil / Neonatal Screening for glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency and prevalence of G202A (G6PD A-) and C563T (G6PD mediterranean) mutations in Mato Grosso / Brazil

Ferreira, Maria de Fatima de Carvalho 12 August 2014 (has links)
Objetivos: A deficiência de glicose-6-fosfato desidrogenase (G6PD) está associada a um maior risco de encefalopatia bilirrubínica e de crise hemolítica aguda grave desencadeada por drogas como a primaquina e a dapsona. Conhecer a prevalência dessa deficiência enzimática em área onde a malária e a hanseníase ainda estão presentes e conhecer a prevalência das principais mutações traz subsídios para planejamento de estratégias com vistas à redução de riscos associados a esta deficiência enzimática. Métodos: Estudo descritivo transversal conduzido em uma região do centro-oeste do Brasil. Exame de triagem para deficiência de G6PD foi realizado em 3573 recémnascidos. Exame confirmatório foi necessário em 188 crianças triadas como possíveis portadores de deficiência. Nas crianças em que foi confirmada a deficiência de G6PD foi feita pesquisa das mutações G202A (G6PD A-) e C563T (G6PD Mediterrâneo) por PCR. Resultados: A deficiência de G6PD foi confirmada em 63 crianças, sendo 60 meninos (95,2%) e três meninas (4,8%). O percentual de exames falso-positivos na fase de triagem foi de 66,5%, estando o percentual de falso-positivos associado à temperatura e tempo de transporte das amostras. Entre as crianças que confirmaram deficiência de G6PD, foi mais frequente a história de anemia em familiares e de icterícia neonatal. Houve associação entre hematócrito baixo e deficiência enzimática, mas não com hemoglobina, contagem de reticulócitos ou neutrófilos. A prevalência da deficiência de G6PD (IC95%) foi de 1,76% (1,37; 2,24) entre os recém-nascidos triados e de 3,34% entre os meninos (2,58; 4,25). A mutação C563T não foi identificada em nenhuma criança, mas a mutação G202A estava presente em 58 crianças - 92,06% (IC95%: 83,29 - 97,03): 56/60 meninos e em 2/3 meninas homozigotas. Foi identificado um menino com Kernicterus portador da mutação G202A em hemizigose. Conclusão: O elevado percentual de falso-positivos na etapa de triagem, o tempo necessário entre coleta e confirmação da presença de deficiência enzimática, associado ao alto custo da triagem universal, não apoiam a inclusão da triagem de deficiência de G6PD no programa de triagem neonatal brasileiro. Na região avaliada, a prevalência observada em meninos indica que a triagem de deficiência de G6PD deva ser realizada antes do uso de drogas como a primaquina e a dapsona somente em meninos. Foi elevada a prevalência da mutação G202A, de classe III, sendo esta mutação associada a uma menor morbidade. A identificação de um menino com Kernicterus com deficiência de G6PD indica que há necessidade de se planejar estratégias para minimizar o risco dessa morbidade associada à deficiência enzimática / Objective: Glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) deficiency is associated with an increased risk of bilirubin encephalopathy in neonates and acute hemolytic crisis triggered by drugs such as primaquine and dapsone. In an area where malaria and Hansen\'s disease are still present, knowing the prevalence of this enzyme defect and determining the prevalence of major mutations is important for planning strategies for reducing the risks associated with this enzyme deficiency. Methods: Sectional study was conducted in a Midwestern region of Brazil. Screening for G6PD deficiency was performed in 3,573 neonates. Confirmatory tests were necessary for 188 positively screened children. After confirmation, PCR investigation was utilized to identify the mutations. Results: G6PD deficiency was confirmed in 63 children: 60 boys (95.2%) and 3 girls (4.8%). The percentage of false-positive cases in the screening phase, 66.5% and was associated with the temperature and transportation time of the samples. Family history of anemia and jaundice was more frequent among the children with confirmed G6PD deficiency. An association between a low hematocrit and enzyme deficiency was observed. However, there was no association with hemoglobin reticulocyte or neutrophils counts. The prevalence of G6PD deficiency (CI95%) was 1.76% (1.37; 2.24) among all screened neonates and 3.34% (2.58; 4.25) among male children. The C563T mutation was not identified in any child. The G202A mutation was present in 58 children - 92.06% (CI95%: 83.29 - 97.03), 56/60 boys and 2/3 homozygous girls. One boy with a hemizygous G202A mutation was identified as having Kernicterus. Conclusion: The high percentage of false-positive results when first screening for G6PD deficiency; the long delay time between the test and result; along with the high cost of the this screening test, are all factors that do not support adding this test to the already established Brazilian neonatal screening programs. The prevalence observed among boys does indicate that screening for G6PD deficiency should be performed in this region before the use of drugs such as primaquine and dapsone only in boys. This study found a high prevalence of the G202A mutation, a Class III variant associated with lower morbidity. The identification of a G6PD deficient boy with Kernicterus reinforces the necessity for strategies to abolish the morbidity associated with this enzyme deficiency
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Santos, zona de fronteira: mutações do Largo Marquês de Monte Alegre / Santos, Frontier Zone: mutations of Largo Marquês de Monte Alegre.

Macedo Filho, José Maria de 09 April 2008 (has links)
A verificação dos processos de mutação do Largo Marquês de Monte Alegre, no bairro do Valongo em Santos e, sua conturbada relação com a faixa portuária e frente de água, são o objetivo desta pesquisa. Partindo da análise sistemática de seus elementos constitutivos: geográficos, arquitetônicos, infra-estruturais, urbanos e sociais, são delineados os fatores que determinaram sua construção, sua centralidade e, posteriormente, os fenômenos de degradação e esvaziamento funcional. Aplica-se o termo zona de fronteira ao lugar, por seu caráter emblemático e mutante, onde, através da compreensão e percepção de seu valor histórico, de memória e permanência do patrimônio urbano, é apontada a possibilidade e desejo de sua recuperação, retomando sua condição de centro e elemento indutor da reconversão de toda área histórica da cidade. / The verification of Largo Marquês de Monte Alegre mutation process, in the neighborhood of Valongo in Santos City, and the complex relationship between Santos port and its waterfront, is the main objective of this research. Starting from the systematic analysis of its constituent elements: geographic, infrastructure, urban and social, its possible to outline the mechanisms that once determinated its construction, its centrality and, later, the degradation process and functional emptiness. The term frontier zone can be applied to this place, due to its emblematic and mutant character, where, through the understanding and perception of its historical value, memory and remains of urban patrimony, it opens the possibility and desire for its recovery, bringing back its center condition and inductor element for the whole regeneration of Santos city historical area.
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Triagem neonatal de deficiência de glicose-6-fosfato desidrogenase e prevalência das mutações G202A (G6PD A-) e C563T (G6PD Mediterrâneo) em Mato Grosso/Brasil / Neonatal Screening for glucose-6-phosphate dehydrogenase deficiency and prevalence of G202A (G6PD A-) and C563T (G6PD mediterranean) mutations in Mato Grosso / Brazil

Maria de Fatima de Carvalho Ferreira 12 August 2014 (has links)
Objetivos: A deficiência de glicose-6-fosfato desidrogenase (G6PD) está associada a um maior risco de encefalopatia bilirrubínica e de crise hemolítica aguda grave desencadeada por drogas como a primaquina e a dapsona. Conhecer a prevalência dessa deficiência enzimática em área onde a malária e a hanseníase ainda estão presentes e conhecer a prevalência das principais mutações traz subsídios para planejamento de estratégias com vistas à redução de riscos associados a esta deficiência enzimática. Métodos: Estudo descritivo transversal conduzido em uma região do centro-oeste do Brasil. Exame de triagem para deficiência de G6PD foi realizado em 3573 recémnascidos. Exame confirmatório foi necessário em 188 crianças triadas como possíveis portadores de deficiência. Nas crianças em que foi confirmada a deficiência de G6PD foi feita pesquisa das mutações G202A (G6PD A-) e C563T (G6PD Mediterrâneo) por PCR. Resultados: A deficiência de G6PD foi confirmada em 63 crianças, sendo 60 meninos (95,2%) e três meninas (4,8%). O percentual de exames falso-positivos na fase de triagem foi de 66,5%, estando o percentual de falso-positivos associado à temperatura e tempo de transporte das amostras. Entre as crianças que confirmaram deficiência de G6PD, foi mais frequente a história de anemia em familiares e de icterícia neonatal. Houve associação entre hematócrito baixo e deficiência enzimática, mas não com hemoglobina, contagem de reticulócitos ou neutrófilos. A prevalência da deficiência de G6PD (IC95%) foi de 1,76% (1,37; 2,24) entre os recém-nascidos triados e de 3,34% entre os meninos (2,58; 4,25). A mutação C563T não foi identificada em nenhuma criança, mas a mutação G202A estava presente em 58 crianças - 92,06% (IC95%: 83,29 - 97,03): 56/60 meninos e em 2/3 meninas homozigotas. Foi identificado um menino com Kernicterus portador da mutação G202A em hemizigose. Conclusão: O elevado percentual de falso-positivos na etapa de triagem, o tempo necessário entre coleta e confirmação da presença de deficiência enzimática, associado ao alto custo da triagem universal, não apoiam a inclusão da triagem de deficiência de G6PD no programa de triagem neonatal brasileiro. Na região avaliada, a prevalência observada em meninos indica que a triagem de deficiência de G6PD deva ser realizada antes do uso de drogas como a primaquina e a dapsona somente em meninos. Foi elevada a prevalência da mutação G202A, de classe III, sendo esta mutação associada a uma menor morbidade. A identificação de um menino com Kernicterus com deficiência de G6PD indica que há necessidade de se planejar estratégias para minimizar o risco dessa morbidade associada à deficiência enzimática / Objective: Glucose-6-phosphate dehydrogenase (G6PD) deficiency is associated with an increased risk of bilirubin encephalopathy in neonates and acute hemolytic crisis triggered by drugs such as primaquine and dapsone. In an area where malaria and Hansen\'s disease are still present, knowing the prevalence of this enzyme defect and determining the prevalence of major mutations is important for planning strategies for reducing the risks associated with this enzyme deficiency. Methods: Sectional study was conducted in a Midwestern region of Brazil. Screening for G6PD deficiency was performed in 3,573 neonates. Confirmatory tests were necessary for 188 positively screened children. After confirmation, PCR investigation was utilized to identify the mutations. Results: G6PD deficiency was confirmed in 63 children: 60 boys (95.2%) and 3 girls (4.8%). The percentage of false-positive cases in the screening phase, 66.5% and was associated with the temperature and transportation time of the samples. Family history of anemia and jaundice was more frequent among the children with confirmed G6PD deficiency. An association between a low hematocrit and enzyme deficiency was observed. However, there was no association with hemoglobin reticulocyte or neutrophils counts. The prevalence of G6PD deficiency (CI95%) was 1.76% (1.37; 2.24) among all screened neonates and 3.34% (2.58; 4.25) among male children. The C563T mutation was not identified in any child. The G202A mutation was present in 58 children - 92.06% (CI95%: 83.29 - 97.03), 56/60 boys and 2/3 homozygous girls. One boy with a hemizygous G202A mutation was identified as having Kernicterus. Conclusion: The high percentage of false-positive results when first screening for G6PD deficiency; the long delay time between the test and result; along with the high cost of the this screening test, are all factors that do not support adding this test to the already established Brazilian neonatal screening programs. The prevalence observed among boys does indicate that screening for G6PD deficiency should be performed in this region before the use of drugs such as primaquine and dapsone only in boys. This study found a high prevalence of the G202A mutation, a Class III variant associated with lower morbidity. The identification of a G6PD deficient boy with Kernicterus reinforces the necessity for strategies to abolish the morbidity associated with this enzyme deficiency
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Escape transitório da viremia plasmática de HIV-1 e falência virológica em indivíduos sob terapêutica anti-retroviral: incidência e fatores associados / Intermittent HIV-1 viremia (blips) and virologic failure in patients under antiretroviral therapy: incidence and associated factors

Ibrahim, Karim Yaqub 20 September 2010 (has links)
INTRODUÇÃO: Pacientes em terapia anti-retroviral podem apresentar escapes transitórios de viremia plasmática (blip), porém os preditores desse evento e seu impacto sobre a incidência de falência virológica são ainda controversos na literatura. Neste estudo de coorte estimou-se a incidência de blip e de falência virológica e investigaram-se possíveis preditores de tais desfechos. Blip foi definido como carga viral superior a 50 cópias/mL com subseqüente supressão da viremia plasmática e falência virológica como duas medidas consecutivas de carga viral plasmática superiores a 50 cópias/mL. Adicionalmente, pesquisou-se, por ocasião desses eventos, a presença de mutações genotípicas de HIV capazes de conferir resistência aos anti-retrovirais e as concentrações plasmáticas de inibidores não nucleosídicos da transcriptase reversa e inibidores da protease, comparando-as com o relato dos participantes sobre adesão à medicação. MÉTODOS: 350 participantes infectados pelo HIV (250 homens e 100 mulheres) foram selecionados no Serviço de Extensão ao Atendimento de Pacientes com HIV/Aids Casa da Aids do Hospital das Clínicas da FMUSP, São Paulo, Brasil. Na admissão ao estudo e trimestralmente, ao longo de 78 semanas, foram coletadas informações sobre dados sóciodemográficos, forma presumida de aquisição do vírus, uso de e adesão a medicações anti-retrovirais, ocorrência de outras comorbidades, bem como uso de álcool e de drogas ilícitas. Investigaram-se fatores potencialmente associados à incidência dos desfechos de interesse, tais como ocorrência de outras doenças, exposição a imunizações e falha na adesão a práticas de sexo mais seguro. Amostras de sangue periférico foram coletadas a cada visita para determinação de carga viral plasmática por RT-PCR ultrassensível, e contagem de linfócitos T CD4+ por citometria de fluxo. Nos indivíduos que apresentaram os desfechos de interesse do estudo, procedeu-se ao seqüenciamento dos genes da transcriptase reversa e da protease de HIV e à dosagem plasmática dos anti-retrovirais por método de Cromatografia Líquida de Alta Performance. As incidências de blip e falência virológica foram estimadas e os fatores associados a ambos investigados em modelo de regressão logística múltipla. RESULTADOS: As incidências de blip e falência virológica foram 9,4 e 4,2/100 pessoas-ano, respectivamente. Três indivíduos apresentaram falência virológica precedidos por blip. À análise multivariada, a não adesão às praticas de sexo mais seguro no mês precedente se mostrou independentemente associada à ocorrência de blip (OR 24,64, IC 95% 4,40 137,88, p<0,001) e de falência virológica (OR 24,69, IC 95% 4,20 145,18, p<0,001). Adicionalmente, observou-se que a exposição prévia a maior número de esquemas anti-retrovirais foi preditora dos eventos blip (OR 1,82, IC 95% 1,41 2,36, p<0,001) e falência virológica (OR 1,67, IC 95% 1,19 2,35, p=0,003). A ocorrência de blip não se associou ao desenvolvimento posterior de falência virológica. Um maior número de mutações conferidoras de resistência medicamentosa foi identificado no momento de falência virológica, quando comparado ao momento de blip, com predomínio de mutações no gene da transcriptase reversa, refletindo o maior uso desses fármacos. Das 122 concentrações plasmáticas de anti-retrovirais analisadas em 120 amostras, 84 estavam em níveis terapêuticos adequados. Porém, tais resultados apresentaram apenas 69% de concordância com a adesão auto-referida à medicação. Este estudo mostra que apresentar blip em uma medida isolada pode ser um evento benigno; por outro lado, falência virológica pode ser conseqüente a acúmulo de mutações conferidoras de resistência a pelo menos um dos anti-retrovirais em uso, podendo comprometer a eficácia do esquema terapêutico utilizado. Ambos os desfechos mostraram-se mais incidentes na população multiexperimentada à terapêutica, que, portanto, merece atenção particular. Uma importante contribuição deste estudo foi a avaliação da dosagem plasmática dos antiretrovirais, método simples e de baixo custo, que, implantado na rotina laboratorial, pode contribuir para o monitoramento da adesão aos antiretrovirais e reduzir a demanda por testes genotípicos / BACKGROUND: HIV-1-infected patients under antiretroviral therapy may present intermittent viremia (blip); however, predictors of this outcome and its influence on the incidence of virologic failure remain controversial in the literature. The aim of this study is to estimate the incidence of blip and virologic failure in a cohort of patients under stable antiretroviral therapy and to investigate their associated factors. Blip was defined as a plasma HIVRNA load above 50 copies/mL followed by a subsequent value below 50 copies/mL. Virologic failure was defined as two consecutives measures of viral load above 50 copies/mL. Moreover, at time of occurrence of these outcomes, HIV genotyping assays were performed in search of drug resistance-associated mutations, and plasma concentrations of nonnucleoside reverse transcriptase and protease inhibitors assessed and compared with self-reported adhrence to therapy. METHODS: 350 subjects (250 male and 100 female) were enrolled at the HIV Clinic, School of Medicine, University of São Paulo, Brazil and followed for 78 weeks. At baseline and in 3-month interval follow-up visits we collected sociodemographic data and information on presumed mode of HIV acquisition, use of and adherence to antiretrovirals, comorbidities and use of alcohol and illicit drugs. Additionally, patients were questioned about potential predictors of the outcomes, including occurrence of other diseases, immunizations and risky sexual behavior. Blood samples were drawn for assessment of HIV plasma viral loads, using ultrasensitive RT-PCR, and T CD4+ cell counts by flow cytometry. Individuals who presented blip and/or virologic failure were submitted to HIV genotyping assays and assessment of antiretroviral plasma concentrations by high-performance liquid chromatography. Incidences of blip and virological failure were estimated and associated factors investigated, using a multiple logistic regression model. RESULTS: The incidence of blip and of virologic failure were 9.4/100 and 4.2/100 person-years, respectively. Three individuals presented virologic failure after blip episodes. On multivariate analysis, non-adherence to safer sex measures in the previous month was shown independently associated with the occurrence of blip (OR 24.64, 95%CI 4.40 137.88, p<0.001) and virologic failure (OR 24.69, 95%CI 4.20 145.18, p<0.001). In addition, history of multiple exposures to antiretroviral regimens was also a predictor of blip (OR 1.82, 95%CI 1.41 2.36, p<0.001) and virologic failure (OR 1.67, 95%CI 1.19 2.35, p<0.001). Blips were not predictive of virologic failure. A larger number of HIV mutations were identified at time of virologic failure, as compared to blip episodes, with mutations detected predominantly in the reverse transcriptase (RT) gene, probably due to larger exposure to RT inhibitors. Eighty-four out of 122 assessments of antiretroviral plasma concentrations analyzed in 120 samples resulted in the therapeutic range. However, these results were concordant with self-reported adherence to therapy in 69% of cases only. This study shows that a single blip episode may be considered benign, whereas virologic failure could result from accumulation of HIV drug resistance-associated mutations that may impair the efficacy of therapy. Both study outcomes occurred more frequently among patients with larger exposure to antiretrovirals, and therefore they should be monitored in this regard. An important contribution of this study concerns the assessment of antiretroviral plasma concentrations, a simple and low cost laboratory tool. Incorporated routinely in patient follow-up, it would help monitoring adherence to therapy and reduce the need for HIV genotyping assays
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Polimorfismos genéticos e desempenho físico em jogadores de futebol das categorias de base do São Paulo Futebol Clube

Dionísio, Thiago José 26 September 2014 (has links)
Made available in DSpace on 2016-06-02T19:22:11Z (GMT). No. of bitstreams: 1 6251.pdf: 2137348 bytes, checksum: c2a00dd9baf672490949a036d79336a8 (MD5) Previous issue date: 2014-09-26 / Universidade Federal de Minas Gerais / Literature reports that genetic polymorphisms may determine important modulations on athletes phenotypes, such as height, cardiovascular adaptations, use of energy substrates as well as electrolyte and hormonal balance. It is possible that individuals who express the alpha actinin 3 gene (ACTN3; ancestral homozygous RR or heterozygous RX) may offer advantages in movements that require strength and fast twitch compared with individuals with XX genotype. ACTN3 is a sarcomeric Z line component, which is important for the actin filaments anchorage and myofibrillar arrangement maintenance. Regarding AMP deaminase (AMPD1) polymorphism, it has been reported that athletes with the mutant allele (allele T) may present disadvantages in intense and repetitive physical activities, since the enzyme encoded by this gene is responsible for the ATP resynthesis after intense muscle contractions. Polymorphisms in the angiotensin converting enzyme gene (ACE; deletion allele D) and angiotensinogen (AGT; mutated allele T) may favor athletes in activities requiring strength, due to the fact of higher Angiotensin (Ang) II circulating levels. The present study investigated whether polymorphisms in ACTN3, AMPD1, ACE and AGT genes, alone or in combination, may influence the hemodynamic and cardiac parameters as well as soccer players performance during physical tests such as jump, speed and endurance. Saliva from 220 young professional soccer players (14-20 years) from São Paulo Futebol Clube (Brazil) was collected. Then, total DNA was extracted from saliva and polymerase chain reaction (PCR) was used for genotyping of athletes. To provide more reliability to the study, athletes were also separated according to their age. Before this separation, the athletes with the mutation in the ACTN3 gene jumped lower heights in Squat Jump test (SJ) (RR/RX = 33.64 ± 5.31 vs XX = 30.81 ± 4.51 cm, p = 0.007), as well as in the Under (U)-15 (RR/RX = 34.88 ± 5.39 vs XX = 30.59 ± 4.07 cm, p = 0.04) and U- 17 (RR/RX = 35.82 ± 4.35 vs XX = 30.24 ± 5.16 cm, p = 0.01) categories. In the Counter Movement Jump test (CMJ), RR/RX jumped 37.26 ± 5.72 cm and XX 34.12 ± 4.84 cm (p = 0.005). In the U-17 category, RR/RX jumped 38.56 ± 5.69 cm and XX 32.90 ± 6.06 cm (p = 0.02). In the Counter Movement Jump with arms (CMJb) test, with all athletes, RR/RX jumped 43.85 ± 6.38 cm and XX 40.61 ± 5.06 cm (p = 0.009). The speed test (30 m) showed in the U-17 category that RR/RX were faster than the XX athletes (RR/RX = 4.13 ± 0.13 vs XX = 4.27 ± 0 17 s, p = 0.04). Regarding AMPD1 gene, no significant difference was found in the jumps and endurance tests, but in the speed test (10 m), CC athletes were faster than those with CT/TT genotypes (CC = 1.53 ± 0.19 vs CT/TT = 1.62 ± 0.16 s, p = 0.04). Athletes with DD genotype (ACE) jumped significantly higher in CMJb test compared with ID/II (DD = 44.37 ± 6.22 vs ID/II = 42.35 ± 6.23 cm, p = 0.02). In the U-17 category, DD athletes jumped higher in SJ (DD = 38.04 ± 5.00 vs ID/II = 33.16 ± 4.11 cm, p = 0.01), CMJ (DD = 41.03 ± 5.64 vs ID/II = 35.76 ± 4.26 cm, p = 0.01) and CMJb (DD = 48.62 ± 5.98 vs ID/II = 42.42 ± 4.81 cm, p = 0.007). In the endurance test, athletes from U-16 category with genotypes ID/II, traveled greater distances compared with DD (ID/II = 1.467 ± 63.70 vs DD =1.244 ± 64.25 m, p = 0.04). The DD genotype also favored athletes in speed test (30 m), either for players from U-14 category (DD = 4.29 ± 0.19 vs ID/II = 4.40 ± 0.16 s, p = 0.02) or for the U- 17 category (DD = 4.07 ± 0.15 vs ID/II = 4.20 ± 0.13 s, p = 0.04). AGT gene polymorphism did not influence the performance in the tests, but athletes with the mutant genotype (TT) showed greater left ventricle (LV) hypertrophy (114.6 ± 105.2 g/m2 for TT, 92.16 ± 18.88 g/m2 for MT and 94.78 ± 21.08 g/m2 for MM, p = 0.04) without any change in cardiac and other hemodynamic parameters. Greater LV hypertrophy (DD = 96.95 ± 19.96, ID = 90.14 ± 21.58 and II = 91.67 ± 21.09 g/m2, p = 0.04) and higher ejection fraction (DD = 71.73 ± 7.71, ID = 69.48 ± 6.51 and II = 68.59 ± 5.72 %, p = 0.02) were also found in the athletes with the DD genotype. The analysis of genes combination on athletic performance, when characteristics of strength and muscle fast twitch in the ranking by score were taken into account, showed that athletes with the highest scores (5-8) jumped higher than those with lower scores (1-4) in SJ test (score 5 to 8 = 33.80 ± 5.16 vs score 1 to 4 = 31.60 ± 5.22 cm, p = 0.01) and CMJ test (score 5 to 8 = 43.90 ± 6.85 vs score 1 to 4 = 41.87 ± 5.98 cm, p = 0.04). The present results suggest that RR/RX (ACTN3), DD (ACE) and CC (AMPD1) genotypes may benefit soccer players in activities requiring strength and fast twitch. In addition, ID/II genotypes seem to provide more resistance to athletes in endurance activity. In the future, the organization, standardization and ethical responsibility will be required in the management of these genetic markers for use in athletes training process. / Há relatos na literatura de que os polimorfismos genéticos podem determinar importantes modulações nos fenótipos dos atletas, como por exemplo, estatura, adaptações cardiovasculares, utilização dos substratos energéticos bem como balanço eletrolítico e hormonal. É possível que indivíduos que expressem o gene alfa actinina 3 (ACTN3; genótipos RR para homozigotos ancestrais ou RX para heterozigotos) possam apresentar vantagens em movimentos que exijam força e rápida contração muscular quando comparados aos indivíduos com genótipo XX. Isto pelo fato de a ACTN3 ser um componente da linha Z sarcomérica, o qual é importante para o ancoramento dos miofilamentos de actina e manutenção do arranjo miofibrilar. Com relação ao polimorfismo no gene AMP deaminase (AMPD1), tem sido relatado que os atletas que apresentam o alelo mutado (alelo T) possam apresentar desvantagens em atividades físicas intensas e repetitivas, uma vez que a enzima codificada por este gene é responsável pela ressíntese de ATP muscular após intensas contrações. Os polimorfismos nos genes da enzima conversora de angiotensina (ECA; alelo de deleção D) e angiotensinogênio (AGT; alelo T mutado) podem favorecer os atletas em atividades que requeiram força, isto por conta dos maiores níveis circulantes de Angiotensina (Ang) II. Este estudo investigou se os polimorfismos nos genes ACTN3, AMPD1, ECA e AGT, combinados ou não, podem influenciar nos parâmetros hemodinâmicos, cardíacos e no desempenho de jogadores de futebol em testes físico-motores tais como saltos, velocidade e endurance. Foi coletada a saliva de 220 jogadores jovens (14 a 20 anos) das categorias de base profissional do São Paulo Futebol Clube, Brasil. Em seguida, o DNA total foi extraído a partir da saliva e ensaios de reação em cadeia da polimerase (PCR) foram utilizados para a genotipagem dos atletas. Para conferir mais fidedignidade ao estudo, os atletas foram também separados de acordo com a idade. Antes desta separação, os atletas com a mutação no gene ACTN3 saltaram menos no teste Squat Jump (SJ) (RR/RX = 33,64 ± 5,31 vs XX = 30,81 ± 4,51 cm, p = 0,007), assim como nas categorias Sub-15 (RR/RX = 34,88 ± 5,39 vs XX = 30,59 ± 4,07 cm, p = 0,04) e Sub-17 (RR/RX = 35,82 ± 4,35 vs XX = 30,24 ± 5,16 cm, p = 0,01). No teste Counter Movement Jump (CMJ) os RR/RX saltaram 37,26 ± 5,72 cm e os XX 34,12 ± 4,84 cm (p = 0,005). Na categoria Sub-17, detectou-se que os RR/RX saltaram 38,56 ± 5,69 cm e os XX 32,90 ± 6,06 cm (p = 0,02). No teste Counter Movement Jump com os braços (CMJb), com todos os atletas, os RR/RX saltaram 43,85 ± 6,38 cm e os XX 40,61 ± 5,06 cm (p = 0,009). O teste de velocidade de deslocamento (30 m) revelou, na categoria Sub-17, que os RR/RX foram mais velozes que os atletas XX (RR/RX = 4,13 ± 0,13 vs XX = 4,27 ± 0,17 s, p = 0,04). Com relação ao gene AMPD1, nenhuma diferença significativa foi encontrada nos testes de saltos e endurance, porém no teste de velocidade de deslocamento (10 m), os atletas CC foram mais velozes comparados àqueles com genótipos CT/TT (CC = 1,53 ± 0,19 vs CT/TT = 1,62 ± 0,16 s, p = 0,04). Atletas com o genótipo DD (ECA) saltaram significativamente mais alto no teste CMJb comparados aos ID/II (DD = 44,37 ± 6,22 vs ID/II 42,35 ± 6,23 cm, p = 0,02). Na categoria Sub-17, os atletas DD saltaram mais nos testes SJ (DD = 38,04 ± 5,00 vs ID/II = 33,16 ± 4,11 cm, p = 0,01), CMJ (DD = 41,03 ± 5,64 vs ID/II = 35,76 ± 4,26 cm, p = 0,01) e CMJb (DD = 48,62 ± 5,98 vs ID/II = 42,42 ± 4,81 cm, p = 0,007). No teste de endurance, atletas da categoria Sub-16 com os genótipos ID/II, percorreram maiores distâncias comparados aos DD (ID/II = 1.467 ± 63,70 vs DD = 1.244 ± 64,25 m, p = 0,04). O genótipo DD do gene da ECA também favoreceu os atletas no teste de velocidade (30 m), pois jogadores da categoria Sub-14 com o referido genótipo foram mais velozes comparados aos ID/II (DD = 4,29 ± 0,19 vs ID/II = 4,40 ± 0,16 s, p = 0,02). O mesmo pôde ser visto para a categoria Sub-17 (DD = 4,07 ± 0,15 vs ID/II = 4,20 ± 0,13 s, p = 0,04). O polimorfismo no gene AGT parece não influenciar o desempenho nos testes propostos, porém atletas com o genótipo mutado (TT) apresentaram maior hipertrofia do ventrículo esquerdo (VE; 114,6 ± 105,2 g/m2 para TT; 92,16 ± 18,88 g/m2 para MT e 94,78 ± 21,08 g/m2 para MM, p = 0,04), sem qualquer outra alteração nos outros parâmetros cardíacos e hemodinâmicos. Maior hipertrofia do VE (DD = 96,95 ± 19,96; ID = 90,14 ± 21,58 e II = 91,67 ± 21,09 g/m2, p = 0,04) e maior fração de ejeção (DD = 71,73 ± 7,71; ID = 69,48 ± 6,51 e II = 68,59 ± 5,72 %, p = 0,02) também foram encontradas nos atletas com o genótipo DD. A análise da combinação dos genes no desempenho dos atletas, quando se privilegiaram as características de força e explosão muscular no ranqueamento por escore, revelou que os atletas com os escores mais altos (5 a 8) saltaram mais comparados àqueles com escores mais baixos (1 a 4) no teste SJ (Escore 5 a 8 = 33,80 ± 5,16 vs Escore 1 a 4 = 31,60 ± 5,22 cm, p = 0,01) e no teste CMJ (Escore 5 a 8 = 43,90 ± 6,85 vs Escore 1 a 4 = 41,87 ± 5,98 cm, p = 0,04). Os resultados do presente estudo sugerem que os genótipos RR/RX (ACTN3), DD (ECA) e CC (AMPD1) podem beneficiar os jogadores de futebol em atividades que requeiram força e rápida contração muscular. Além disso, os genótipos ID/II parecem proporcionar mais resistência aos atletas em atividade de endurance. Para o futuro, serão necessárias organização, padronização e responsabilidade ética no manejo desses dados genéticos para a utilização no processo de formação de atletas.
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Estudo de interações eletrostáticas no processo de enovelamento e na estabilidade de proteínas utilizando modelos simplificados / Study of electrostatic interactions in protein folding process and in native state stability using simple models

Contessoto, Vinícius de Godoi [UNESP] 16 August 2016 (has links)
Submitted by Vinicius de Godoi Contessoto null (vinicius@sjrp.unesp.br) on 2016-09-09T18:11:23Z No. of bitstreams: 1 Tese-Vinícius_Contessoto-Final.pdf: 17297320 bytes, checksum: f601c338b5bf6436dc595bad581418f5 (MD5) / Approved for entry into archive by Juliano Benedito Ferreira (julianoferreira@reitoria.unesp.br) on 2016-09-13T13:26:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 contessoto_vg_dr_sjrp.pdf: 17297320 bytes, checksum: f601c338b5bf6436dc595bad581418f5 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-13T13:26:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 contessoto_vg_dr_sjrp.pdf: 17297320 bytes, checksum: f601c338b5bf6436dc595bad581418f5 (MD5) Previous issue date: 2016-08-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Entender a contribuição das interações eletrostáticas no processo de enovelamento e na estabilidade do estado nativo de proteínas é de grande relevância em biofísica molecular. Este trabalho possui duas frentes de estudos. Na primeira etapa é apresentado o estudo das interações eletrostáticas no processo de enovelamento utilizando modelos baseados em estruturas com cargas em dinâmica molecular com pH constante. O estudo foi realizado na parte N-terminal da proteína ribossomal L9 (NTL9), uma proteína com o mecanismo de enovelamento de 2 estados, reversível e realizado desde pH 1.0 até 12.0. Foi possível comparar os resultados das simulações com os resultados experimentais presentes na literatura e os dados obtidos indicam que o modelo proposto é capaz de capturar informações fundamentais sobre o processo de enovelamento referentes à estabilidade e dependência com pH. Na segunda etapa é apresentado o estudo sobre as interações eletrostáticas na estabilidade de enzimas com interesse na produção de bioetanol de segunda geração. O objetivo final deste trabalho é adequar as enzimas às condições do reator para a produção de bioetanol. Neste trabalho foi utilizada uma metodologia capaz de indicar possíveis mutações, pela otimização da interação carga–carga na superfície da proteína, que levam ao aumento de termostabilidade. Este trabalho conta com a colaboração do grupo experimental do Laboratório Nacional de Ciência e Tecnologia do Bioetanol (CTBE) que realizam os testes experimentais e as validações das mutações propostas. / The understanding of electrostatic interactions in protein folding process and in native state stability is important to molecular biophysics area. This work has two areas of interest. At first step it is presented the study about electrostatic interactions in the protein folding process using structure-based models in a constant pH molecular dynamics. It was used the N-terminal domain of ribosomal protein L9 (NTL9), which folding mechanism is a two-state pathway, fully reversible and foldable in a pH range from 1.0 to 12.0. The simulation results were compared with experimental results from literature and the obtained data indicates that the proposed model is capable of capturing essential features of folding mechanism about stability and pH dependence. At second step, it is presented the study about electrostatic interactions in stability of enzymes related with second generation bioethanol production. The final goal of this work is to adjust the enzymes to reactor conditions of bioethanol production. It was employed a method that can suggest rational mutation, based on optimization of charge-charge interactions, that leads to thermostability increase. This work can count on the collaboration of an experimental group of Brazilian Bioethanol Science and Technology Laboratory (CTBE) that performs the wet lab tests and validates the suggested mutations.

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