Os índices de seleção são combinações lineares de valores fenotípicos, resultando numa medida que concentra em único valor, os atributos positivos e negativos de cada genótipo para vários caracteres. Por necessitarem das estimativas das variâncias e covariâncias genotípicas e fenotípicas dos caracteres, esses índices são mais indicados para programas de seleção recorrente. Contudo, existem também outros tipos de índices não lineares, conhecidos como não paramétricos que, por não precisarem das estimativas dos parâmetros genéticos, podem ser utilizados na seleção de cultivares em fase final dos programas de melhoramento. Para essa situação, uma alternativa bastante promissora é o emprego do índice de seleção de cultivares proposto por Garcia (1998) que é uma medida de distância genética entre cada genótipo a um ideótipo. Esta técnica permite a aplicação de teste de comparação de médias e a identificação de genótipos com desempenhos abaixo dos critérios mínimos definidos pelo melhorista. Este trabalho teve como objetivos avaliar a viabilidade do índice proposto por Garcia (1998) na identificação de genótipos superiores de algodão, estimar os parâmetros de estabilidade do índice e verificar quanto da variação fenotípica do índice é de natureza genotípica. Foram utilizados quinze genótipos de algodoeiro do Ensaio Estadual de Algodoeiro Herbáceo (2000/01) avaliados em 27 locais sob o delineamento de blocos ao caso com quatro repetições. Os caracteres avaliados foram produtividade de algodão em caroço (kg/ha), altura de planta (cm), peso de um capulho (g), porcentagem de fibra (%), resistência da fibra (gf/tex), comprimento da fibra (mm), finura da fibra (IM), ramulose (notas) e bacteriose (notas) Os resultados obtidos evidenciaram que o índice proposto por Garcia (1998) identificou com eficiência as cultivares superiores com destaque para BRS AROEIRA, CNPA 97- 4565 e DELTA OPAL. As cultivares mais estáveis foram: CNPA CO 99-01, BRS IPÊ e BRS JATOBÁ, para o índice de seleção e BRS AROEIRA, BRS IPÊ e CNPA 99-01, para a produtividade. Os índices de seleção apresentaram médio e alto coeficiente de determinação genotípica, indicando que é possível antever o sucesso com a seleção utilizando as estimativas do índice proposto por Garcia (1998). Neste aspecto, recomenda-se complementar o emprego do índice de seleção com informações sobre a estabilidade e adaptabilidade das cultivares selecionadas sob condições favoráveis e desfavoráveis. / Selection indices are linear combinations of phenotypic values, which combine in one unique value the positive and negative attributes of each genotype for the characters evaluated. Because these indices need estimates of genetic and phenotypic variances and covariances, their use is best suited in recurrent selection programs. However, other types of non-linear indices also exist, and are known as non-parametric indices; these can be used in selection of cultivars at the final stage of breeding programs, since genetic parameter estimates are not a requirement. In this situation, the selection index developed by Garcia (1998) is a promising alternative. This index is an estimate of the genetic distance from each genotype to an "ideotype". This technique allows the comparison of means and the identification of genotypes with performances that meet the minimum requirements chosen by the breeder. The present work had the following objectives: to evaluate the viability of the Garcia index for the identification of superior genotypes, to estimate the stability parameters of the index and verify how much of the phenotypic variation is genotypic. Fifteen genotypes of the Upland cotton Variety Trials (Ensaio Estadual de Algodoeiro Herbáceo) - 2000/01 were evaluated in 27 locations in randomized complete block design with four replications. Characters assessed were: seed cotton yield (kg/ha), plant height (cm), boll mass (g), lint percentage (%), fiber strength (gf/tex), fiber length (mm), lint micronaire (IM), ramulosis (scores) and bacterial blight (scores). The data showed that the Garcia index identified superior cultivars successfully, as BRS AROEIRA, CNPA 97-4565 and DELTA OPAL. The most stable cultivars were: CNPA CO 99-01, BRS IPÊ and BRS JATOBÁ for selection index and BRS AROEIRA, BRS IPÊ e CNPA 99-01 for yield. The selection indices showed medium and high coefficient of genotypic determination indicating that is possible to expect selection success when the Garcia index is used. We suggest to complementing the use of the selection index with informations about stability and adaptability of the selected cultivars at favorable and unfavorable environments.

Caracteres relacionados à tolerância ao estresse hídrico e correlacionados à produção de grãos têm sido considerados em programas de melhoramento de milho em função dos insucessos obtidos na seleção direta para produção de grãos sob estresse hídrico. O objetivo deste trabalho foi mapear QTLs de caracteres relacionados à tolerância ao estresse hídrico, estimar seus efeitos genéticos, e estudar a interação QTL por ambientes em duas populações de milho tropical. Duzentas e cinqüenta e seis progênies F2:3 de cada uma das duas populações, denominadas posteriormente U e D, foram avaliadas no delineamento em látice simples 16 x 16 em nove ou sete ambientes. As parcelas foram uma fileira de 4,0 m de comprimento, espaçadas entre si por 0,8 m, e 0,2 m entre plantas (62.500 plantas ha-1). Os caracteres avaliados foram produção de grãos com 15% de umidade dos grãos (PG), prolificidade (PROL), florescimento feminino (FF), florescimento masculino (FM), intervalo entre florescimentos (IF), número de ramificações do pendão (NRP) e stay-green (SG). Para o mapeamento de QTLs foi utilizado o mapeamento por intervalo composto expandido para múltiplos ambientes. Em ambas populações foi detectada variância genética para todos os caracteres. Produção de grãos apresentou correlação genética significativa nas populações D e U com PROL (0,88 e 0,79), e FF (-0,44 e -0,76); PG também foi geneticamente correlacionado com FM (-0,74) na população U, e com SG (-0,50) na população D. Vinte e quatro, 19, 16, 14, 15, 12 e 20 QTLs foram mapeados na população D, e 17, 22, 34, 28, 17, 26 e 33 QTLs foram mapeados na população U para PG, PROL, IF, FF, FM, NRP e SG, respectivamente. Os QTLs foram distribuídos por todos os 10 cromossomos, mas um menor número de QTLs foi mapeado nos cromossomos 6, 7, 9 e 10 em ambas populações. QTLs para diferentes caracteres foram mapeados em posições coincidentes para várias regiões genômicas em ambas populações. Cerca de 90% dos QTLs mapeados apresentaram pequenos efeitos genéticos, cada um explicando menos de 5% da variância fenotípica dos caracteres. A variância fenotípica total explicada pelos QTLs variou de 32,17% (FF) a 64,55% (FM) na população D, e de 41,70% (PG) a 69,30% (IF) na população U. O grau médio de dominância variou de dominância parcial a sobredominância na população D, enquanto na população U a sobredominância foi o grau médio de dominância para a maioria dos caracteres. Para todos os caracteres a maioria dos QTLs interagiu significativamente com os ambientes em ambas populações. Os QTLs com efeitos mais pronunciados foram, em geral, mais estáveis entre ambientes. Esses QTLs estáveis foram previamente relatados em outras populações sugerindo que eles também poderiam ser mais estáveis entre germoplasmas. QTLs estáveis poderiam ser úteis em estratégias de seleção assistida por marcadores para desenvolver híbridos de milho com alta produtividade e com baixa redução na produção de grãos sob estresse hídrico. / Traits related to moisture stress tolerance and correlated to grain yield have been considered in maize breeding programs because direct selection for grain yield under moisture stress has been unsuccessful. The objectives of this paper were to map QTLs of traits related to moisture stress tolerance, to estimate their genetic effects, and to study the QTL by environment interaction in two tropical maize populations. Two hundred and fifty-six F2:3 progenies from each of the two populations, thereafter named U and D, were evaluated in 16 x 16 simple lattice designs at nine or seven environments. Plots were one row 4.0 m long, 0.8 m spaced apart, and 0.20 m between plants (62,500 plants ha-1). The traits were recorded on grain yield at 15% grain moisture (GY), prolificacy (PRO), days to silk extrusion (SD), days to anthesis (AD), anthesis-silking interval (ASI), number of tassel branches (TB), and stay-green (SG). The composite interval mapping extended to multiple environments was used to map QTLs. Significant genetic variances were detected for all traits in both populations. Grain yield showed significant genetic correlations in populations D and U with PRO (0.88 and 0.79), and SD (-0.44 and -0.76); GY was also genetically correlated with SD (-0.74) in population U, and with SG (-0.50) in population D. Twenty-four, 19, 16, 14, 15, 12, and 20 QTLs were mapped in population D, and 17, 22, 34, 28, 17, 26, and 33 QTLs were mapped in population U for GY, PRO, ASI, SD, AD, TB, and SG, respectively. The QTLs were distributed along the 10 chromosomes, but a lower number of QTLs was mapped in both populations in chromosomes 6, 7, 9, and 10. QTLs for different traits were mapped in the same positions for several genomic regions in both populations. About 90% of the QTLs mapped presented lower genetic effects, each explaining less than 5% of the phenotypic variance of the traits. The total phenotypic variance explained by the QTLs ranged from 32.17% (SD) to 64.55% (AD) in population D, and from 41.70% (GY) to 69.30% (ASI) in population U. The average level of dominance ranged from partial dominance to overdominance in population D, but in population U overdominance was the average level of dominance for most of the traits. For all traits most of the QTLs interacted significantly with environments in both populations. The QTLs with larger effects were, in general, more stable across environments. These stable QTLs were previously reported in other populations suggesting that they could also be more stable across germplasms. Stable QTLs could be useful in marker-assisted selection strategies to develop high yielding maize hybrids with low grain yield decrease under moisture stress.

Espécies de Meloidogyne constituem o principal grupo de fitonematoides causadores de doenças em plantas. São espécies polífagas, distribuídas mundialmente e que se reproduzem profusamente nas mais variadas culturas agrícolas. O fumo não figura exceção, sendo severamente afetado por tais vermes. Globalmente, o controle destas moléstias é realizado essencialmente pela incorporação, em cultivares comerciais, de um único gene de resistência encontrado em Nicotiana tomentosa (gene Rk) e sabidamente efetivo contra às raças 1 e 3 de M. incognita. Todavia, a frequente ocorrência de plantas sintomáticas em cultivos nacionais sugere a existência de outros genótipos de Meloidogyne como agentes etiológicos da doença atualmente. Neste ensejo, realizou-se, no presente estudo, um levantamento das espécies de Meloidogyne ocorrentes em 39 áreas de plantio de fumo na região Sul do Brasil, em cultivares portadoras do gene Rk. Para isto, populações oriundas de raízes infectadas foram estabelecidas e mantidas em plantas de tomate e indivíduos das mesmas foram identificados em nível de espécie por meio da análise de isoenzimas (&alpha;-esterases), da observação de configurações perineais e do sequenciamento da região 18S-ITS1-5.8S do RNA ribossomal. Isolados obtidos a partir destas populações foram estabelecidos a partir de uma única massa de ovos, mantidos em plantas de tomate, agrupados em espécies com base nestes resultados e analisados quanto à patogenicidade em hospedeiros diferenciais e frente a várias características morfométricas. Identificaram-se M. incognita em dezoito amostras (46,2%), M. enterolobii em dez (25,6%), M. javanica em treze (33,3%), M. arenaria em duas (5,1%) e M. inornata em uma (2,6%). Populações mistas também foram encontradas (25,6%). Duas populações (5,1%) morfológica e bioquimicamente atípicas (LGM 27 e LGM 38) foram encontradas, mas com espectro de patogenicidade e sequências de 18S-ITS1-5.8S idênticas a M. enterolobii e M. incognita, respectivamente. Variações intra-específicas foram observadas sob o âmbito patogênico e morfométrico, porém geralmente próximas às suas descrições originais. M. incognita raça 2 foi predominante (79%) e variantes de M. enterolobii foi fato comum (40%). Tendo em vista a elevada ocorrência de M. enterolobii neste levantamento e a escassez de informações acerca de fontes de resistência a esta espécie, buscou-se, também, caracterizar, com base em índice de galhas (IG), a reação (resistência/suscetibilidade) de 97 acessos perante M. enterolobii. Destes, 7 genótipos (J102007T10, J1612008T12, J1612008T34, I112008T97, I112008T98, I112008T99 e I112008T100) foram identificados e avaliados em um segundo experimento. Estes mostraram-se como fontes promissoras de resistência, haja vista que exibiram valores baixos de severidade (IG<1,0). Diante dos resultados, depreende-se a necessidade de incluir resistência a biótipos virulentos, máxime raça 2, de M. incognita, a M. javanica, a M. arenaria e a M. enterolobii em cultivares comerciais. Sob este aspecto, este estudo definiu fontes de resistência para M. enterolobii, constituindo informação inédita na literatura fitonematológica. / Meloidogyne species are undoubtedly the major group of plant parasitic nematodes. Meloidogyne species are polyphagous, worldwide distributed and reproduce profusely in various agronomical crops. Tobacco crop is not an exception, being severely affected by these worms. Worldwide, the control of these diseases is based mainly on the incorporation in commercial cultivars of a single resistance gene found in Nicotiana tomentosa (gene Rk) and known to be effective against races 1 and 3 of M. incognita. However, the frequent occurrence of symptomatic plants in tobacco crops suggests the existence of other genotypes of Meloidogyne as etiological agents of the disease today. Therefore, our study aimed to perform a survey of Meloidogyne species occurring in 39 tobacco growing areas in Southern Brazil, in cultivars carrying the Rk gene. For this, Meloidogyne populations obtained from infected roots were established, maintained on tomato plants and specimens were identified at specific level by isoenzyme analysis (&alpha;-esterase), by analysis of perineal patterns and by sequencing of the 18S- ITS1-5.8S ribosomal RNA region. Isolates obtained from these populations were established from a single egg mass, maintained in tomato plants, grouped into species based on these results and analyzed for host range (pathogenicity) and several morphometric characteristics. From the total of samples, eighteen (46.2%) contained M. incognita, ten (25.6%) M. enterolobii, thirteen (33.3%) M. javanica, one (2.6%) M. arenaria and one (2.6%) M. inornata. Mixed populations were also found in 25.6% of the samples. Two populations (LGM 27 e LGM 38) (5.1%) were morphologically and biochemically atypical, but with host ranges and ITS1-5.8S-18S sequences identical to M. enterolobii and M. incognita, respectively. Intraspecific variations were observed in relation to host range and morphometric characters, but usually close to their original descriptions. M. incognita race 2 was predominant (79%) and strains of M. enterolobii were common fact (40%). Due to the high incidence of M. enterolobii found in this survey and the absence of information about resistance sources to this species, we characterized, based on gall index (GI), the reactions (resistance/susceptibility) of 97 accession of Nicotiana spp. to M. enterolobii. Seven genotypes (J102007T10, J1612008T12, J1612008T34, I112008T97, I112008T98, and I112008T99 I112008T100) were identified and evaluated in a second experiment. These were considered promising sources of resistance, once they exhibited low severity values (IG <1.0). From of our results, it is obviously necessary to include resistance to virulent biotypes (mainly race 2) of M. incognita, M. javanica, M. enterolobii and M. arenaria in commercial cultivars. This study defined resistance sources for M. enterolobii thus providing novel information for the literature related to plant nematodes.

O gênero Eucalyptus é uma das principais espécies arbóreas comercialmente plantadas em todo o mundo. Apresenta inúmeras características favoráveis para a produção e comercialização de sua madeira, tais como o rápido crescimento, rotação de ciclo curto e produção de biomassa renovável, com potencial para geração de biocombustível. Apesar de sua grande importância econômica, pouco é conhecido sobre os processos moleculares que envolvem a formação da madeira e casca, principalmente no que diz respeito ao metabolismo primário. Ademais, não se têm muitas informações sobre mudanças moleculares que ocorrem durante a formação desses tecidos em resposta a variações sazonais. Sabe-se que a região cambial das árvores apresenta maior atividade metabólica durante o verão, quando comparada ao inverno. Deste modo, visando compreender mudanças dinâmicas ao nível transcricional, protéico e metabólico, principalmente em relação ao metabolismo primário, o presente trabalho teve por objetivo comparar os tecidos da região cambial e casca, coletados em diferentes períodos climáticos (verão e inverno). A expressão do padrão transcricional foi analisada por PCR em tempo real, seguido de normalização e análise estatística, usando os programas NormFinder e Rest, respectivamente. O perfil protéico foi obtido por eletroforese bidimensional (2D-PAGE), seguido de análise por espectrometria de massas associada a cromatografia líquida (LC-MS/MS) e posterior identificação das proteínas pelo programa Mascot Daemon. Já o perfil metabólico foi obtido por espectrometria de massas associada à cromatografia gasosa (GC/MS), com posterior análise dos picos identificados pelo programa MatLab. Em seguida, as análises estatísticas foram geradas pelo programa SIMCA P+ e \"R\". Para os transcritos, foi possível observar tanto para a região cambial quanto para a casca padrão diferencial na expressão dos genes analisados, principalmente aqueles atuantes na glicólise, durante os dois períodos sazonais. Quanto ao perfil protéico, foram identificadas um total de 77 e 75 proteínas estatisticamente significativas na região cambial e casca, respectivamente. Proteínas pertencentes ao metabolismo primário foram identificadas em ambos os tecidos. Metabólitos relacionados ao metabolismo de açúcares também foram encontrados. / Eucalyptus genus is the most widely planted hardwood crop in the world because of its superior growth, broad adaptability and multipurpose wood properties. In today\'s \"new carbon economy\", eucalypts are receiving attention as fast-growing, short-rotation, renewable biomass crop for energy production. In spite of its economical importance, little information is available about the molecular changes that occur in primary metabolism in the wood and bark forming tissues. Furthermore, there is less information about molecular changes that occur during wood and bark formation in response to seasonal variation. It\'s known that Eucalyptus cambial region presents higher metabolic activity in summer than in winter. Thus, in order to observe the dynamic changes in transcript, protein and metabolite levels, mainly related to primary metabolism, we compared cambial tissue and bark collected in two different seasons (summer high temp + high rainfall) and winter (lower temp and little rainfall). Transcript expression patterns were analyzed by Real-Time PCR, normalization chosen by NormFinder and statistical analysis carried out using REST. The protein profile was obtained by bidimensional electrophoresis (2D-PAGE) followed by liquid chromatography associated with mass spectrometry (LC-MS/MS) and analyzed by Mascot Daemon. Metabolite profile was obtained by GC-TOF/MS, peaks were analyzed in MatLab and statistical analyses were done using SIMCA and \"R\". The results obtained with transcripts indicate differential gene expression in the cambial region and bark during summer and winter. A total of 77 and 75 proteins in cambium and bark, respectively, presented statistically significant alterations and were identified and classified into functional categories. We identified many proteins from primary metabolism. Metabolites from carbohydrate metabolism were also identified.

Laranjeiras ‘Valência’ enxertadas em citrandarins e outros híbridos de trifoliata foram plantadas em 1988, em Itirapina (SP), num Latossolo Vermelho-amarelo-textura arenosa e conduzidas sem irrigação. Os citrandarins Sunki x English (1.628), Cleópatra x Rubidoux (1.660) e Cleópatra x English (710), induziram as maiores produções de frutos nas cinco e nas treze colheitas. Os citranges ‘Troyer’ e ‘Carrizo’ foram significativamente menos produtivos que o Sunki x English (1.628) nas cinco primeiras e no total das treze colheitas. Os citrandarins Clementina x Trifoliata (1.615), Cleópatra x Swingle, seleções (715) e (1.614), Cleópatra x Rubidoux (1.600) e Cleópatra x Christian (712) induziram plantas nanicas. Sunki x English (1.628), ‘Troyer’ e ‘Carrizo’ proporcionaram as maiores plantas e lideraram a produção de frutos e de sólidos solúveis no período 2001-2003. Nenhuma planta mostrou sintomas de suscetibilidade à tristeza ou ao declínio. As plantas enxertadas no trangpur Cravo x Carrizo (717), mostraram sintoma de incompatibilidade na região de enxertia. "Seedlings" dos citrandarins Cleópatra x Swingle (1.587), Cleópatra x Trifoliata (1.574) e Cleópatra x Rubidoux (1.600) foram mais resistentes à gomose de Phytophthora parasitica que os demais porta-enxertos. / ‘Valência’ sweet orange trees budded onto citrandarins and others trifoliate hybrids rootstocks were planted in 1988 on a sandy textured Oxisol in São Paulo state, Brazil, and managed without irrigation. Tristeza and blight diseases are endemic in the area. Trees on Sunki x English (1628), Cleopatra x Rubidoux (1660) and Cleopatra x English (710), produced the highest cumulative yields in the first five and in the thirteen crops. ‘Carrizo’ and ‘Troyer’ citranges gave the lowest productions in the first five yields but were similar to Sunki x English (1628) in 13-years cumulative yields. Clementine x Trifoliate (1615), Cleopatra x Swingle (715) and (1614) selections, Cleopatra x Rubidoux (1600) and Cleopatra x Christian (712) induced dwarfed trees. Sunki x English (1628) and ‘Troyer’ and ‘Carrizo’ citranges induced the largest trees and fruit and soluble solids production by tree in the 2001-2003 period. None tree showed symptoms of tristeza or declinio. Trees on Cravo x Carrizo (717) showed bud-union-ring symptom of incompatibility. Seedlings of Cleopatra x Swingle (1587), Cleopatra x Trifoliate (1574) and Cleopatra x Rubidoux (1600) were more resistent to Phytophthora parasitica infections than the others rootstocks.

Submitted by (ana.araujo@ufrpe.br) on 2017-02-06T17:20:00Z No. of bitstreams: 1 Clausio Antonio Ferreira de Melo.pdf: 1234735 bytes, checksum: b484875f7a75cae77cbddff1d89b47ed (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-06T17:20:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Clausio Antonio Ferreira de Melo.pdf: 1234735 bytes, checksum: b484875f7a75cae77cbddff1d89b47ed (MD5) Previous issue date: 2009-02-23 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Mitotic chromosomes of nine Solanum L. (Solanaceae A.Juss.) species were cytogenetically analyzed using the conventional technique, CMA/DAPI and florescent in situ hybridization. S. atropurpureum Schrank, Solanum dulcamara L., S. gilo L., S. melongena L. and S. nitidibaccatum Bitter., showed a diploid chromosome number 2n=24. While Solanum luteum Mill., S. nigrum L., and S. laciniatum Ait., showed 2n=48, 2n=72, 2n=92, respectively.The species karyotype were symmetric, with morphology metacentric or submetacentric and the interphasic nucleus were semi-reticulated type. The condensation pattern was always from the telomere to the centromere. S. luteum showed heteropcnotic chromosomes pair in metaphases. S. dulcamara, S. atropurpureum and S. luteum, two CMA3 +/DAPI- terminals blocks were observed in one chromosome pair. Solanum nitidibaccatum showed two subdivided satellites with the application of fluorochromes. We also observed in this species in several CMA3 +/DAPI- blocks in telomeres. In Solanum laciniatum and S. nigrum were observed four CMA3 +/DAPI- blocks in two chromosome pair. The application of DNAr 45S probes in the FISH technique was applied only in S .luteum, S. nigrum, and in S. laciniatum, and showed two hybridization sites of rDNA 45S in the fist one, and four sites in the others. We noticed that the localization of species-specific marker was successful, allowing the identification of the analyzed species. The estimation of the genetic diversity in Solanum species was also made using ISSR markers. A total of 27 primers were tested giving 299 polymorphic bands with a average of 97,4%. However the intra-specific average was lower 16,7%. We realized that the application of just one UBC 841 or 846 primer can be used to identify the genotypes of S. melongena safely. The dendrogam gendered by UPGMA method grouped the species analyzed in four groups. / Cromossomos mitóticos de nove espécies do gênero Solanum L. (Solanaceae A. Juss.) foram analisados, pelas técnicas de coloração convencional, CMA3/DAPI e FISH com sonda DNAr 45S. S. atropurpureum Schrank, Solanum dulcamara L., S. gilo L., S. melongena L. e S. nitidibaccatum Bitter., apresentaram 2n=24. Solanum luteum Mill., S. nigrum L., e S. laciniatum Ait., apresentaram 2n=48, 2n=72, 2n=92, respectivamente. O cariótipo das espécies foi bastante simétrico, com morfologia variando de metacêntrico a submetacêntrico e núcleo interfásico semi-reticulado. O padrão de condensação observado foi do tipo proximal. Em S. luteum foi observado um par cromossômico com heteropcnose negativa em células metafásicas. S. dulcamara, S. atropurpureum e S. luteum apresentaram dois blocos CMA3 +/DAPI- terminais em um par cromossômico. Em S. nitidibaccatum dois satélites evidenciados pela técnica de CMA3/DAPI apresentaram-se subdivididos, além dessa característica observaram-se blocos CMA3 +/DAPI- na maioria dos telômeros em S. nitidibaccatum. Em S. laciniatum e S. nigrum foram observados quatro blocos CMA3 +/DAPIem dois pares cromossômicos, um em cada homólogo. A técnica de hibridização in situ fluorescente (FISH) com sonda DNAr 45S revelou dois sítios de DNAr 45S em S. luteum e quatro sítios em S. nigrum e S. laciniatum. Constatou-se que a localização de marcadores espécie-específicos foi satisfatória, permitindo a identificação das espécies citadas. A análise da diversidade genética em espécies do gênero Solanum via marcadores ISSR também foi estimada, em que um total 27 oligonucleotídeos iniciadores foram testados fornecendo 299 bandas polimórficas, representando um polimorfismo total de 97,4%. Entretanto o polimorfismo intra-específico foi de apenas 16,7%. Observou-se que a aplicação de apenas um olii, UBC 841 ou 846 pode ser feita para a identificação dos genótipos de S. melongena com segurança. A análise da diversidade genética via ISSR foi satisfatória, resultando no agrupamento dos táxons em quatro clados principais.

Com o objetivo de avaliar as características produtivas e a severidade de doenças de linhagens avançadas de aveia branca, provenientes de cruzamentos controlados do programa de melhoramento de aveia da APTA, visando à seleção de materiais com qualidades agronômicas superiores para o Estado de São Paulo, foram realizados experimentos no Pólo Regional de Desenvolvimento Tecnológico dos Agronegócios do Sudoeste Paulista, em Capão Bonito, nas safras de inverno de 2004 a 2007. Foram avaliados vinte genótipos (IAC-7, CB990107, CB990318, CB990321, CB990324, CB990434, CB990436, CB9952115, CB9958126, CB9958128, CB9960132, CB9962152, CB9968160, CB9968162, CB9968165, CB9968167, CB9924172, CB9930177, CB9967184 e CB9967185) de aveia branca (Avena sativa L.) em relação ao estande, altura de plantas, produtividade e severidade de doenças. O delineamento experimental foi o de blocos ao acaso, com vinte tratamentos e três repetições. Cada parcela experimental foi constituída por quatro linhas de três metros de comprimento, espaçadas de 0,20m, sendo consideradas como área útil, para realização das avaliações, as duas linhas centrais. Houve diferenças significativas entre os genótipos em relação a todos os caracteres avaliados, exceto para helmintosporiose em 2004, 2006 e 2007. Os resultados permitiram obter as seguintes conclusões: (i) as linhagens CB9967184, CB9962152, CB990436, CB9960132, CB990321, CB990434, CB990324, CB9930177, CB9967185, CB990107 e CB9968165 possuem características produtivas promissoras, e (ii) as linhagens CB990318, CB9967185, CB9968167, CB9967184, CB9924172 e CB9960132 possuem nível promissor de resistência/tolerância à ferrugem da folha, helmintosporiose e virose do nanismo amarelo da cevada. Essas linhagens devem ser mais bem avaliadas para seu futuro lançamento como novas variedades de aveia branca para o cultivo no Estado de São Paulo. / With the purpose of evaluating the productive characters and the diseases severity of white oat genotypes, from controlled crosses of APTA oat breeding program, seeking the selection of materials with superior agronomic qualities to the State of São Paulo, field experiments were carried out at \'Technological Development Regional Center of Agribusiness\' of the Southwest region of São Paulo State, in Capão Bonito county, during the winter seasons from 2004 to 2007. Twenty white oat (Avena sativa L.) genotypes were evaluated (IAC-7, CB990107, CB990318, CB990321, CB990324, CB990434, CB990436, CB9952115, CB9958126, CB9958128, CB9960132, CB9962152, CB9968160, CB9968162, CB9968165, CB9968167, CB9924172, CB9930177, CB9967184 and CB9967185) in relation to stand, plant height, productivity and disease severity. The statistical experimental design was random blocks, with twenty treatments and three replications. Each experimental plot had four rows of three meters length (spacing of 20cm between plant rows), being considered as useful area, to make the evaluations, the two central rows. There were significant differences among genotypes for all characters evaluated, except for helminthosporium disease in 2004, 2006 and 2007. The results allowed to obtain the following conclusions: (i) the genotypes CB9967184, CB9962152, CB990436, CB9960132, CB990321, CB990434, CB990324, CB9930177, CB9967185 and CB990107 have promising productive characters, and (ii) the genotypes CB990318, CB9967185, CB9968167, CB9967184, CB9924172, CB9960132 and CB9968165 have promising level of resistance/tolerance to leaf rust and helminthosporium diseases and viral disease of barley yellow stunting. These genotypes should be better evaluated to their future release as new white oat varieties to be cultivated at State of São Paulo.

A cultura da batata (Solanum tuberosum L) está se tornando cada vez mais importante, tanto do ponto de vista dos produtores, dos pesquisadores e dos consumidores, por ser um dos alimentos protéicos mais consumidos em todo o mundo, entretanto, o Brasil depende de variedades importadas, originárias de clima temperado o que não condiz com as nossas condições, refletindo assim em valores inferiores de produtividade e de qualidade. Apesar da grande evolução que esta cultura apresentou em todos estes anos de cultivo se faz necessário a busca por materiais mais produtivos, adaptados e resistentes. Os programas de melhoramento convencionais são extremamente importantes para a seleção de novos progenitores, entretanto o tempo gasto para desenvolver e lançar uma variedade é bastante longo. Diante deste cenário, novas metodologias estão sendo cada vez mais utilizadas no processo de identificação de bancos de germoplasma e cultivares mais promissoras. O objetivo deste trabalho foi avaliar, por meio de marcadores microssatélites, 108 acessos de batata de cinco coleções contendo variedades comerciais, clones para programas de melhoramento e cultivo orgânico, visando a caracterização genética, a identificação de duplicatas e de possíveis parentais para uso nos programas de melhoramento. Para a caracterização molecular foram utilizados 10 iniciadores específicos (primers), gerando-se um total de 50 alelos (bandas) os quais foram analisados como dados binários, sendo que a partir destes dados foi obtida uma matriz de similaridade utilizando o coeficiente de similaridade de Jaccard. Com este coeficiente e com o método aglomerativo UPGMA, foram realizadas análises de agrupamento utilizando o software NTSYSpc e um método de reamostragens (bootstraps), gerando dendrogramas que permitiram a distinção genética entre os acessos. O conteúdo de informação de polimorfismo (PIC) e a heterogozidade esperada (He) foram significativos, sendo que os maiores valores foram 0,8594 e 0,8725, respectivamente, para o primer STM0019a. Em média, o número de alelos por loco foi cinco, variando de dois alelos para os primers STM 1053 e STM 1104 até 13 alelos por loco para o primer STM0019a. Para facilitar a visualização dos resultados, além de serem avaliados como um todo os 108 acessos foram divididos em grupos de acordo com as coleções (variedades comerciais, clones e cultivo orgânico), sendo que a maior variação pelo coeficiente de Jaccard foi de 0,39 a 0,93 para 57 acessos das coleções de cultivares orgânicos e comerciais. Ao se avaliar os 108 acessos juntos, o coeficiente de Jaccard variou de 0,42 a 0,93, mostrando a grande variabilidade genética entre os acessos das cinco coleções. Foram observadas seis possíveis duplicatas [ATLANTIC (Canadá) e ATLANTIC (Chile); 67-2 e 17-10 (clones CNPH1); COLORADO e ÁGATA (EPAMIG); 253 E 266 (clones CNPH2); MELODY e APTA 21-54 (cultivo orgânico); e 387-1 (E1) e VOYAGER], identificando-se também os acessos mais distantes geneticamente [clone 383-19 (EmbrapaCNPH1) e a cultivar comercial HPC-7B], permitindo desta forma a identificação de possíveis parentais para os programas de melhoramento. Os altos níveis de polimorfismo observados paraSolanum tuberosum sugerem que os marcadores microssatélites podem ser uma ferramenta útil para detectar as diferenças genéticas entre cultivares de batata. / The cultivation of potato (Solanum tuberosum L) is becoming increasingly important from the point of view of producers, researchers and consumers, for representing one of the food protein mostly consumed in the world. However, Brazil depends on imported varieties, originated from temperate climate which does not complies with our conditions, thus reflecting in lower productivity and quality. Despite the great progress that this crop presented in all these years of cultivation, it is necessary to search for more productive, adapted and resistant materials. The conventional breeding programs are important for the selection of new parents, but the time spent to develop and launch a new variety is quite long. In this scenario, new approaches are being increasingly used in the identification of germplasm banks and most promising cultivars. The objective of this study was to evaluate, using microsatellite markers, 108 accessions of five potato collections containing commercial varieties, clones for breeding programs and organic farming varieties, aiming at the genetic characterization, identification of duplicates and possible parents to be used in potato breeding programs. For the molecular characterization, 10 specific primers were used, generating a total of 50 alleles (bands) which were analyzed as binary data, and from this data a similarity matrix was obtained using the Jaccard coefficient of similarity. With this coefficient and the UPGMA method, cluster analysis were carried out using the NTSYSpc software and bootstraps analyses, generating dendrograms which allowed the genetic distinction between accessions. The polymorphism information content (PIC) and expected heterozygosity (He) were both significant, with the highest values (0.8594 and 0.8725, respectively) obtained for primer STM0019a. On average, the number of alleles per locus was five, ranging from two alleles for primers STM 1053 and STM 1104 to 13 alleles per locus for primer STM0019a. To facilitate the visualization of the results, in addition to being evaluated as a whole, the 108 accessions were divided into groups according to the collections (commercial varieties, clones and organic farming), where the highest variation for the Jaccard coefficient (0.39 - 0.93) was found for the 57 accessions of organic and commercial cultivars collections. When assessing the 108 accessions together, the Jaccard coefficient ranged from 0.42 to 0.93, showing a high genetic variability between accessions of the five collections. Six possible duplicates were found [\'ATLANTIC (Canada) and ATLANTIC (Chile); 67-2 and 17-10 (clones CNPH1); Color and AGATE (EPAMIG); 253 E 266 (clones CNPH2); MELODY and APTA 21-54 (organic farming); and 387-1 (E1) and VOYAGER], and also the more genetically distant accessions [clone 383-19 (EmbrapaCNPH1) and the commercial cultivar HPC- 7B] were identified, thereby enabling the identification of potential parents for breeding programs. High levels of polymorphism observed for Solanum tuberosum suggest that microsatellite markers can be a useful tool to detect the genetic differences between potato cultivars.

As doenças em plantas podem causar grandes perdas e representar um risco real para a segurança alimentar mundial. Para enfrentar esse desafio, a cooperação entre stakeholders do agronegócio é fundamental. Sendo assim, esta tese tem como proposta mensurar e analisar o papel da cooperação – colaboração científica – no manejo de doenças em plantas, especialmente no trigo e na batata. Para tanto, são apresentados três estudos que abordam tal temática. O primeiro estudo se propõe a caracterizar e estudar o funcionamento de algumas redes de pesquisa agrícola que monitoram patógenos, desenvolvem e distribuem cultivares resistentes a doenças e sequenciam o genoma do trigo e da batata. Nele, discute-se também como alguns patógenos podem ameaçar a estabilidade da produção de trigo e batata no mundo, especialmente o fungo Puccinia graminis f. sp. tritici, causador da ferrugem-do-colmo no trigo e o oomiceto Phytophthora infestans, causador da requeima na batata. Diferentes instituições como consórcios, centros de pesquisa e instituições estabelecidas são consideradas para ilustrar seu envolvimento em redes e para discutir suas atividades. O segundo artigo busca mensurar a colaboração científica nas publicações disponíveis na Web of Science por meio da análise de coautoria. O objetivo foi mapear os países que colaboram cientificamente na área de segurança alimentar. Foram considerados artigos publicados no período de 1996 a 2016 e os resultados analisados com o software VOSviewer. O terceiro artigo busca mapear os intercâmbios de germoplasma realizados pelos programas de melhoramento de batata no mundo para medir a colaboração entre países. Neste artigo, foram utilizadas informações somente sobre a batata. Cultivares de batata resistentes à requeima foram selecionadas com base em duas bases de dados, uma europeia – European Cultivated Potato Database (ECPD) - e outra brasileira - Catálogo de Cultivares da Batata da Embrapa 2015. A construção dos mapas, dos gráficos e os procedimentos de cálculo foram feitos no Microsoft Excel, no Tableau 10.1 e com o software RTBMaps. O Cosseno de Salton foi utilizado para normalização dos dados. Os resultados sugerem que pesquisa colaborativa conduzida pelas redes traz mais benefícios do que a pesquisa individual ao evitar a sobreposição de estudos, economizar tempo e recursos e também conectar pesquisadores geograficamente dispersos. A continuidade do desenvolvimento agrícola nos países em desenvolvimento, o menor custo de pesquisa coordenada e o investimento em melhoramento genético como ferramenta complementar ao controle químico também são argumentos que justificam os benefícios trazidos por essas redes. Entre as publicações, o termo “gene” foi o que predominou na análise da densidade de termos. Os autores das áreas de biotecnologia, genética, reprodução de plantas e desenvolvimento de biótipos resistentes são os que mais colaboram e também os que têm maior número de publicações, reafirmando a importância do melhoramento e da cooperação para a segurança alimentar. Nas trocas de germoplasma, o Peru e o México já foram alvos de inúmeras expedições internacionais – especialmente dos países europeus - para coleta de materiais. Ainda assim, a maioria dos países tem ligações consigo mesmos maiores do que com outros países, reforçando a ideia de que os programas de melhoramento nacionais colaboram mais entre si do que com de outros países. Alemanha e Holanda se destacam frente aos demais países com relação à quantidade de cultivares resistentes. Ambos apresentam também o maior número de colaborações mútuas, sinalizando a ocorrência de acordos bilaterais. Já Índia e China, apesar de serem os maiores produtores mundiais de batata, pouco pesquisam sobre o tubérculo. De maneira geral, este estudo contribui para a identificação de “quem colabora com quem” e corrobora a importância do “trabalho conjunto” na solução de desafios coletivos, como o manejo de doenças em plantas. Juntos, os três artigos demonstram que a cooperação tem papel relevante no melhoramento genético de plantas, por ser a essência das redes, ser destaque nas publicações da área do melhoramento genético e também por ter papel central no desenvolvimento de cultivares resistentes a doenças. Assim, suas implicações tornam possível entender a cooperação enquanto abordagem fundamental para a mitigação de doenças em plantas e dos riscos de insegurança alimentar mundial. / Plant diseases can cause heavy losses and pose a real risk to global food security. To meet this challenge, cooperation among agribusiness stakeholders is fundamental. Thus, this thesis aims to measure and analyze the role of cooperation - scientific collaboration - in the management of diseases in plants, specially wheat and potato. Therefore, three studies are presented on this theme. The first study aims to characterize and study the functioning of some agricultural research networks that monitor pathogens, develop and distribute disease resistant cultivars, and sequence wheat and potato genomes. In it, it is also discussed how some pathogens may threaten the stability of wheat and potato production in the world, especially the fungus Puccinia graminis f. sp. tritici, that causes stem rust in wheat, and the oomycete Phytophthora infestans, that causes late blight in potato. Different institutions, such as consortia, research centers and established institutions are considered to illustrate their involvement in networks and to discuss their activities. The second article seeks to measure scientific collaboration in publications available in Web of Science through co-authorship analysis. The objective was to map countries that collaborate scientifically in the area of food security. We considered articles published in the period from 1996 to 2016 and the results were analyzed using VOSviewer software. The third article seeks to map the germplasm exchanges conducted by potato breeding programs in the world to measure collaboration between countries. In this article, information was only used on the potato. Cultivars of potato resistant to late blight were selected based on two databases, a European - European Cultivated Potato Database (ECPD) - and another Brazilian - Embrapa 's Potato Cultivars Catalog 2015. The construction of maps, charts and procedures was made in the Microsoft Excel, in the Tableau 10.1 and with RTBMaps version 1.0 software. Salton's measure was used for data normalization. The results suggest that collaborative research conducted by networks can be more beneficial than individual research by avoiding overlapping studies, saving time and resources, and also connecting dispersed researchers. The continuity of agricultural development in developing countries, the lower cost of coordinated research and the investment in genetic improvement as a complementary tool to chemical control are also arguments that justify the benefits brought by these networks. Among the publications, the term "gene" was the one that predominated in the analysis of the density of terms. The authors of biotechnology, genetics, plant breeding and the development of resistant biotypes are those who collaborate most, as well as those with the largest number of publications, reaffirming the importance of breeding and cooperation for food security. In the germplasm exchange, Peru and Mexico have already been targets of numerous international expeditions - especially European countries - for the collection of materials. Still, most countries have connections with themselves higher than other countries, reinforcing the idea that national breeding programs work more closely with one another than with other countries. Germany and the Netherlands stand out against the other countries in relation to the number of resistant cultivars. Both also have the largest number of mutual collaboration, signaling the occurrence of bilateral agreements. India and China, despite being the world's largest potato producers, do not research on the crop. Overall, this study contributes to the identification of "who collaborates with whom" and confirms the importance of "working together" in solving collective challenges such as plant disease management. Together, the three articles show that cooperation plays a significant role in the genetic improvement of plants, being the essence of the networks, being prominent in publications in the area of genetic improvement and also for having a central role in the development of cultivars resistant to diseases. Thus, its implications make it possible to understand cooperation as a fundamental approach to the mitigation of plant diseases and the risks of global food insecurity.

O trabalho teve como objetivo otimizar a metodologia de transformação de plantas de Eucalyptus grandis; uma importante espécie florestal amplamente cultivada no Brasil. Foram estudadas a transformação por agrobiobalística de explantes com acúmulo de gemas axilares e do SAAT ('sonication-assisted Agrobacterium mediated transformation'). Ambas as técnicas causam microferimentos nos explantes aumentando a penetração da Agrobacterium nos tecidos vegetais. Na agrobiobalística o explante é submetido ao bombardeamento com micropartículas seguida por inoculação com a bactéria; enquanto que no SAAT o explante é submetido à sonicação por breves períodos de tempo na presença da bactéria. Os experimentos de transformação foram avaliados pela analise da expressão transitória do gene repórter uidA. Os parâmetros estudados na transformação por agrobiobalística foram: pressão de disparo ( pressão do gás hélio), distância de vôo das micropartículas, estabilidade da expressão do gene uidA e temperatura de co-cultivo. As freqüências mais elevadas da expressão da ß-glucuronidase foram observadas utilizando 1350 PSI de gás hélio, 9,5 cm de distância de vôo dos microprojéteis e temperatura de 26ºC durante o co-cultivo. Para otimizar a transformação de explantes com acúmulo de gemas axilares foi realizado um estudo histológico, o qual permitiu constatar que as áreas meristemáticas estão localizadas na superfície do explante. O meristema é formado pela rediferenciação de células da epiderme e das primeiras camadas do parênquima cortical caracterizando sua origem exógena. A localização histológica do produto da expressão do gene repórter uidA mostrou que esta expressão ocorre apenas em células já diferenciadas, não sendo encontrada durante os tratamentos com células meristemáticas. Para realizar os ensaios com SAAT foi selecionado previamente um clone com características favoráveis à transformação: alta taxa de regeneração, susceptibilidade a agentes seletivos e à transformação por Agrobacterium. A maior taxa de plantas que apresentaram atividade da ß-glucuronidase foram observadas utilizando-se 60 segundos de sonicação; tempos superiores a este causaram um comprometimento da regeneração do explante. A sonicação adicional, após a sonicação preliminar do explante, juntamente com a bactéria, melhora a eficiência do processo de transformação. Os resultados demonstram que o uso de SAAT é viável na transformação de eucalipto com Agrobacterium. / The research project aimed the establishment of a method for genetic transformation of Eucalyptus grandis; an important and widely planted forestry tree in Brazil. Two techniques of transformation were tested: agrobiolistic of explants with accumulation of meristematic cells and SAAT ('sonication-assisted Agrobacterium mediated transformation'). Both systems of transformation aim to produce micro wounds in the explants in order to increase the Agrobacterium penetration in the tissues. In the case of agrolistica the explant was previously submitted to micro projectile bombardment, followed by bacteria inoculation. On the other hand in the SAAT technique the explante is submitted to short periods (few seconds) of sonication together with the bacteria. Transformation was evaluated by measuring the expression of the reporter gene uidA which codes the ß-glucuronidase enzyme. Several parameters were tested for agrobiolistic such as, gas pressure (helium), flight distance of micro projectiles, gene expression of the uidA, co-cultivation temperature. The highest values of ß-glucuronidase were observed for 1350 PSI, 9.5 cm from target and 26O C for co-cultivation. A histological analyze was carried out to check it the meristematic tissues were being transformed. The results showed that the meristematic tissues were localized in the surface of the explante. The meristem is formed by the dedifferentiation of epidermal cells and the first layers of the cortical parenchyma indicating its exogenous origin. The histological location of the reporter gene uidA showed that the expression occurs only in cells already differentiated, and not in meristematic cells. For SAAT experiments a clone was previously selected for favorable characteristic of transformation: high rate of regeneration, susceptibility of selective agents and to Agrobacterium transformation. The highest rate of ß-glucuronidase activity were observed for 60 s of sonication; higher sonication time reduced the efficiency of regeneration. Additional sonication, following a preliminary sonication of explante , in the presence of the bacteria, improved the efficiency of transformation. The results provided evidence the SAAT is a viable technique for Eucalyptus transformation via Agrobacterium.