Made available in DSpace on 2016-06-02T20:21:22Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2684.pdf: 1745831 bytes, checksum: de44549cd06256556eeedbb0b3f3e643 (MD5) Previous issue date: 2008-12-19 / Universidade Federal de Minas Gerais / Habitat fragmentation is one of the main results of human alterations on nature. Understanding the biological consequences of this process is essential to reach the goal of conserving natural resources. The aim of this project was to assess levels of diversity and genetic structure of a population of the marsupial Micoureus paraguayanus, in forest remnants of a Semi-Decidual Estational Forest in the region of Pontal do Paranapanema, São Paulo. This variation was evaluated in ten microsatellite loci scored in 95 individuals sampled from six habitat fragments, including the Morro do Diabo State Forest. Genetic diversity in each subgroup was estimated by considering the average number of alleles (6,1 overall) and heterozygosity (0,488 when averaging all subpopulations). The latter was lower than values described in the literature for non-inbred populations on average. The number of alleles of three loci were also lower than what was observed for other population from the same species. So, on average, diversity was slightly lower than observed elsewhere. We detected a significant positive correlation (R = 0,087; P = 0,003) between genetic and geographic distances of populations of the fragments. The high number of migrants per generation (Nm) indicates historic gene flow between the analyzed populations. In spite of that, significant values of Fst and Rst were detected between some of the populations. A significant genetic differentiation was detected between Santa Teresa, Santa Maria and Ponte Branca. To analyze the genetic structure of this population we used the softwares Tess and Structure, which indicated tree clusters in the population of M paraguayanus sampled, which are associated with the three populations previously mentioned. These localities were the smallest and most disturbed fragments evaluated in this study and their differences probably indicate that the recent fragmentation process about 60 years could be responsible for promoting changes, by founder effect or bottleneck, in the genetic composition of the studied population. / A fragmentação de habitat é um dos principais resultados das alterações causadas pelos seres humanos na natureza. Entender as conseqüências biológicas desse processo é essencial para atingir o objetivo de conservar a natureza antropizada. O objetivo deste trabalho foi avaliar a diversidade e estrutura genética de uma população do marsupial Micoureus paraguayanus, em fragmentos remanescentes de Floresta Estacional Semi- Decidual, na região do Pontal do Paranapanema, São Paulo. Foram avaliados dez locos de microssatélites em 95 indivíduos, amostrados em seis fragmentos de hábitat, incluindo o Parque Estadual Morro do Diabo. A diversidade genética dos grupos de indivíduos da população estudada foi verificada através do número de alelos (média de 6,1) e heterozigozidade (média de 0,488). A heterozigosidade ficou abaixo dos valores descritos na literatura como característicos de populações não endogâmicas e também foram encontrados menos alelos em três dos locos estudados, quando comparados com outra população dessa mesma espécie. Sendo assim, a diversidade genética foi considerada baixa. Foi encontrada uma correlação positiva significativa entre as distâncias genética e geográficas dos grupos de indivíduos nos fragmentos (R = 0,087; P = 0,003). Também, o número de imigrantes por geração (Nm) evidenciou um fluxo gênico histórico entre as populações analisadas. No entanto, através da observação dos valores de Fst e Rst foi evidenciada uma diferenciação genética significante entre as populações de Santa Teresa, Santa Maria e Ponte Branca. Na analise da estrutura genética dessa população foram usados os programas Tess e Structure, que indicaram haver três agrupamentos nessa amostra populacional de M. paraguayanus. A estruturação em três grupos provavelmente deva-se a diferenciação entre os fragmentos de Santa Teresa, Santa Maria e Ponte Branca. Estes são os menores e mais alterados fragmentos avaliados e a sua diferenciação indica que o processo recente de fragmentação cerca de 60 anos já pode ter sido o responsável por mudanças na composição genética da população.

As técnicas de marcadores moleculares têm sido aplicadas em estudos populacionais das espécies bovinas, verificação de genealogia e teste de paternidade. Dentre os marcadores moleculares, os microssatélites (MS) são amplamente utilizados, porém, alguns problemas técnicos têm motivado o desenvolvimento de alternativas, como os marcadores do tipo polimorfismo de nucleotídeos único (SNP). Assim, surgiu a necessidade de identificar haplótipos SNP que estão em concordância com cada alelo MS e então os genótipos MS poderiam ser convertidos em genótipos SNP e vice-versa, por meio da imputação do genótipo. O objetivo deste trabalho foi aplicar um método para imputar alelos MS a partir de haplótipos SNP, para verificação de paternidade, utilizando animais da raça Nelore e também identificar um menor conjunto de SNP, com qualidade suficiente para otimizar e diminuir o custo da genotipagem. Foram realizadas genotipagens em SNP e MS para 99 trios de animais da raça Nelore provenientes da EMBRAPA Pecuária Sudeste e foi verificada a existência de alelos nulos pelo programa MICRO-CHECKER. Foram selecionados SNP que estivessem próximos de cada marcador MS e o programa BEAGLE foi usado para identificar a fase de ligação dos genótipos. Posteriormente, foi realizada a técnica de imputação dos MS a partir de haplótipos SNP e foi verificada a paternidade pelo programa CERVUS. A precisão da imputação dos alelos MS foi verificada através do cálculo da concordância entre os alelos MS imputados e relatados. O marcador SPS115 foi removido da análise por evidências de alelos nulos, devido ao excesso de homozigotos observados. O marcador mais informativo foi o TGLA122, cujo conteúdo de informação polimórfica (PIC) foi 0,8. Foram encontrados desvios do equilíbrio de HW (P<0,05) para os locos ETH225 e TGLA57. Um maior conjunto de SNP foi necessário para imputação de alelos MS para o marcador BM1824. As taxas de verificação de parentesco foram de 97,1% para os alelos MS genotipados e 96,3% para os MS imputados. Somente 4% dos 99 filhos não tiveram a paternidade atribuída, quando a simulação foi feita apenas para o pai conhecido e 1% quando pai e mãe eram conhecidos. Esta técnica obteve precisão maior que 96% para a imputação de dados MS e permitiu imputar dados genotípicos multialélicos a partir de bi-alélicos. Os resultados terão um impacto imediato para os pesquisadores e associações de criadores que visam a transição do MS para SNP baseada em verificação de parentesco. / Molecular markers techniques have been applied in bovine population studies, genealogy verification and paternity test. Among the molecular markers, microsatellites (MS) are widely used, however, some technical problems have motivated alternatives development, as markers type single nucleotide polymorphism (SNP). Thus, the need to identify SNP haplotypes which are in agreement with each MS allele and then MS genotypes could be converted into SNP genotypes and vice versa, through genotype imputation. The objective of this study was to apply a method to impute MS alleles from SNP haplotypes to verify paternity, using Nellore and also identify a smaller set of SNP, with enough quality to optimize and reduce genotype cost. SNP genotyping was performed at and for 99 MS trios Nellore from EMBRAPA Cattle Southeast and was checked for null alleles by MICROCHECKER. SNP were selected that were near each MS marker and the program BEAGLE was used to identify genotypes phase. Subsequently, were applied the MS imputation technique from SNP haplotype and paternity was verified by CERVUS. The accuracy of MS alleles imputation was verified by calculating the correlation between MS alleles imputed and reported. The SPS115 marker was removed from the analysis for null alleles evidence due to homozygote excess observed. The most informative marker was TGLA122 with 0.8 PIC. Deviations from equilibrium HW (P<0.05) were found for the loci ETH225 and TGLA57. A larger set of SNP was necessary to impute MS alleles for the marker BM1824. The verification rates of paternity were 97.1% for genotyped MS alleles and 96.3% for MS imputed. Using imputed MS alleles and when only the sire was considered only 4% of the 99 offspring were not assigned paternity and 1% when both parents were known. The technique achieved greater than 96% accuracy for MS imputation data. This research allow to impute multi-allelic genotypes from bi-allelic data. Our results will have an immediate impact for researchers and livestock associations aiming the transition from MS- to SNP-based parentage verification.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:39:58Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 632168 bytes, checksum: 79a989552558520ee54824bc025744a4 (MD5) Previous issue date: 2010-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The peach tree, a predominantly autogamous plant with an outcrossing rate of less than 5%, is one of the most researched fruit species worldwide. The presence of genetic variability is crucial for progress in plant breeding. Molecular markers are useful for detecting variations in the genome, and microsatellite markers have been shown to be highly efficient in genetic analysis of species such as the peach, which has low genetic diversity. This study aimed to evaluate the informativeness of 22 Simple Sequence Repeats (SSR) loci and assess the genetic similarity between peach cultivars. The study was conducted at the Laboratório de Biotecnologia e Melhoramento Vegetal of the Departamento de Fitotecnia, Universidade Federal de Viçosa, in Viçosa, MG. We calculated the allele frequency, the expected and observed heterozygosities and the average polymorphic information content (PIC). The genetic similarity between two cultivars was calculated by the weighted index, based on the number of common alleles that they share. With these data, a dissimilarity matrix was generated that was used to perform a cluster analysis using the UPGMA hierarchical clustering method. All statistical analyses were performed using the GENES program. Of the 22 SSR primers, eight were polymorphic, and the others were not amplified. A total of 53 alleles were amplified, and the mean number of alleles per locus was 6.625, which ranged between 4 and 9. The allele frequency ranged from 0.0072 to 0.4928 when we used primers UDP98 411 and UDP98 022. The expected heterozygosity ranged from 0.5143 to 0.8579, averaging 0.7105, with the observation at 1.0. The most informative loci were UDP96 005, UDP98 021 and UDP98 407, with PIC of 0.8142, and 0.8258 0.8416, while the least informative were UDP98 022 and UDP98 411 with PIC 0.3963. The average of this parameter for all loci was 0.6553. Data analysis of 53 alleles resulting from the amplification of eight SSR primers did not distinguish all analyzed cultivars. The greatest dissimilarity found was 87.74%. The average dissimilarity was 49.97%, with those between half-siblings at 44.87% and between siblings, 11.85%. There were no differences in the Joia 3 of Joia 4 and Aldrigui of Gaúcho cultivars or of Campinas 1 of Olympia. Peach varieties that had different phenotypic characteristics could not be separated based on information from the primers. / O pessegueiro, planta predominantemente autógama e com taxa de cruzamento inferior a 5%, é uma das espécies frutíferas mais pesquisadas em todo o mundo. A presença de variabilidade genética é fundamental para progressos no melhoramento de plantas. Os marcadores moleculares são ferramentas úteis para detectar variações no genoma, e marcadores microssatélites têm demonstrado ser altamente eficientes na análise genética de espécies como o pessegueiro, que tem baixa diversidade genética. Este estudo objetivou avaliar a informatividade de 22 locos Simple Sequence Repeats (SSR) e avaliar a similaridade genética entre cultivares de pessegueiro. O trabalho foi desenvolvido no Laboratório de Biotecnologia e Melhoramento Vegetal do Departamento de Fitotecnia da Universidade Federal de Viçosa, em Viçosa, MG. Foram calculadas a frequência alélica, a heterozigosidade esperada e observada e o conteúdo médio de informação polimórfica (PIC). A similaridade genética entre dois cultivares foi calculada pelo índice ponderado, a partir do número de alelos comuns que eles compartilham. Com esses dados, gerou uma matriz de dissimilaridade, que foi utilizada para realizar a análise de agrupamento utilizando o método hierárquico aglomerativo UPGMA. Todas as análises estatísticas foram feitas utilizando-se o programa GENES. Dos 22 primers SSR, oito foram polimórficos, e os demais não amplificaram. Um total de 53 alelos foram amplificados, sendo o número médio de alelos por loco 6,625, que oscilou entre 4 e 9. A frequência alélica variou de 0,0072 a 0,4928 quando foram utilizados os primers UDP98 411 e UDP98 022. A heterozigosidade esperada variou de 0,5143 a 0,8579, com média de 0,7105, sendo a observada de 1,0. Os locos mais informativos foram UDP96 005, UDP98 021 e UDP98 407, com PIC de 0,8142, 0,8258 e 0,8416, enquanto os menos informativos foram UDP98 022 e UDP98 411, com PIC 0,3963. A média desse parâmetro em todos os locos foi 0,6553. A análise dos dados dos 53 alelos resultantes da amplificação de oito primers SSR não distinguiu todos os cultivares analisados. A maior dissimilaridade encontrada foi de 87,74%. A dissimilaridade média foi de 49,97%, entre meios-irmãos foi de 44,87% e entre irmãos completos, 11,85%. Não foram diferenciados os cultivares Joia 3 de Joia 4 e Aldrigui de Gaúcho nem Campinas 1 de Olímpia. Cultivares de pessegueiro que apresentavam características fenotípicas diferentes não puderam ser separados com base nas informações dos primers.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 806136 bytes, checksum: 6eec761511b691ec5f75116a9561965a (MD5) Previous issue date: 2010-07-27 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Knowledge of genetic diversity (GD) and relationships among maize inbred lines may allow characterization of the germplasm sort the genotypes into distinct heterotic groups, and this information is important in the choice of parents to obtain hybrids with high heterosis and increased grain yield. Our objectives in this study were (1) investigate the genetic diversity among tropical maize inbred lines from the germplasm collection of Maize Program® UFV,(2)estimate the potential informativeness of the SSR loci studied in maize inbred lines and (3) investigate the presence of alleles present in groups of strains belonging to different companies for improvement. The genetic similarity between all pairs of strains (ii ') were calculated by the weighted index, and for calculating the dissimilarity measure (Dii') we used the arithmetic complement (Dii'= 1 - S ii'). In total, 471 SSR alleles were identified, with an average of 5.81 alleles per locus. The average polymorphism information content (PIC) was 0. 5733. The genetic dissimilarity between strains ranged from 0.19 to 0.67, with an average of 0.49. Cluster analysis by the Tocher and UPGMA method was efficient in grouping inbred lines, suggesting a total of eighteen groups. Most of the inbred lines were consistent with its origins, although with some discrepancies. The pattern of groupings of the inbred lines revealed that there is ample genetic base among the majotity of inbred lines. The plausible ample genetic base among the majotity of inbred lines. The plausible explanation is that these were derived from different heterotic groups. The variability detected in the groups formed by SSR loci may contribute to the efficient use of inbred lines for exploitation of heterosis and broadening the genetic base of the program. The variability detected in the small number of groups formed by SSR loci may contribute to the effective use of inbred lines for the exploitation of heterosis and broadening the genetic base of the program. / O conhecimento da diversidade genética (GD) e as relações entre linhagens de milho podem permitir caracterizar o germoplasma e classificar os genótipos em grupos heteróticos distintos, sendo essas informações importantes na escolha de genitores para a obtenção de híbridos com maior heterose e alta produtividade de grãos. Os objetivos deste estudo foram (1) investigar o nível de diversidade genética existente entre as linhagens de milho tropical do Banco de Germoplasma do Programa Milho, (2) estimar o potencial de informatividade dos locos SSRs nas linhagens de milho estudadas e (3) averiguar a presença de alelos exclusivos presentes em grupos de linhagens pertencentes a diferentes empresas de melhoramento. A similaridade genética entre todos os pares de linhagens (ii ) foi calculada pelo índice ponderado, e para o cálculo da medida de dissimilaridade (Dii ) utilizou-se o complemento aritmético (Dii = 1 S ii ). No total, 471 alelos SSR foram identificados, com uma média de 5,81 alelos por loco. O conteúdo informativo de polimorfismo (PIC) foi de 0,5733. A dissimilaridade genética entre as linhagens variou 0,19-0,67, com uma média de 0,49. A análise de agrupamento pelo método de Tocher e UPGMA foi eficiente no agrupamento das linhagens, sugerindo um total de dezoito grupos. A maioria das linhagens esteve condizente com suas origens, embora com algumas discrepâncias. O padrão de agrupamento das linhagens revelou haver uma base genética ampla entre a maioria das linhagens. Uma explicação plausível é que estas foram originadas de grupos heteróticos diferentes. A variabilidade detectada nos grupos formados por meio de locos SSR pode contribuir para a utilização eficaz das linhagens para a exploração da heterose e ampliação da base genética do programa.

Submitted by Yani Cristina Aranguren Díaz null (acaena1@gmail.com) on 2016-07-06T15:09:40Z No. of bitstreams: 1 Tese_Yani_Aranguren.pdf: 3856258 bytes, checksum: 1d74b9265bdfb98769a471cdd8bfe46d (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo a orientação abaixo: O arquivo submetido não contém o certificado de aprovação. A versão submetida por você é considerada a versão final da dissertação/tese, portanto não poderá ocorrer qualquer alteração em seu conteúdo após a aprovação. Corrija esta informação e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-07-07T20:22:53Z (GMT) / Submitted by Yani Cristina Aranguren Díaz null (acaena1@gmail.com) on 2016-07-07T20:38:22Z No. of bitstreams: 3 Tese_Yani_Aranguren.pdf: 3856258 bytes, checksum: 1d74b9265bdfb98769a471cdd8bfe46d (MD5) defesa057.jpg: 816752 bytes, checksum: 20ea84b37022f41e6951e61741700daa (MD5) Ata defesa055.jpg: 3802257 bytes, checksum: 6f9de980950f3042f050f8799fc63197 (MD5) / Rejected by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br), reason: Solicitamos que realize uma nova submissão seguindo as orientações abaixo: Apenas 1 arquivo deve ser submetido. O arquivo PDF não deve estar protegido e a dissertação/tese deve estar em um único arquivo, inclusive a folha de aprovação, os apêndices e anexos, se houver. Corrija estas informações e realize uma nova submissão contendo o arquivo correto. Agradecemos a compreensão. on 2016-07-11T19:03:19Z (GMT) / Submitted by Yani Cristina Aranguren Díaz null (acaena1@gmail.com) on 2016-07-12T01:33:08Z No. of bitstreams: 1 Tese_Yani_ArangurenD.pdf: 4149138 bytes, checksum: b98484c58a1e802317b4ddb19d9dfd9a (MD5) / Approved for entry into archive by Ana Paula Grisoto (grisotoana@reitoria.unesp.br) on 2016-07-12T14:35:16Z (GMT) No. of bitstreams: 1 arangurendíaz_yc_dr_jabo.pdf: 4149138 bytes, checksum: b98484c58a1e802317b4ddb19d9dfd9a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-12T14:35:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 arangurendíaz_yc_dr_jabo.pdf: 4149138 bytes, checksum: b98484c58a1e802317b4ddb19d9dfd9a (MD5) Previous issue date: 2016-06-17 / O gênero Genlisea forma parte da maior família de plantas carnívoras, as Lentibulariaceae. Das aproximadamente 30 espécies conhecidas do gênero, 17 encontram-se no Brasil e delas 10 são endêmicas. O gênero tem sido pouco estudado, sendo ainda escassos os estudos sobre aspectos genéticos e praticamente se desconhecem seu estado de conservação ou a fragilidade das populações naturais. Genlisea violacea A.St.-Hil. e G. aurea A.St.-Hil. são endêmicas e estão distribuídas nas formações de Cerrado e de Mata Atlântica, que são biomas muito frágeis. Neste trabalho foram estudadas a biologia reprodutiva e a polinização de G. violacea em duas populações naturais. Além disso, foram analisadas a estrutura genética e a dinâmica de populações de G. violacea e G. aurea. Para isso se desenvolveram microssatélites a partir de dados genômicos de G. aurea, transferíveis nas espécies congenéricas, incluindo G. violacea. Adicionalmente foi estudada a estrutura genética de algumas populações de G. violacea e G. aurea. Segundo as observações e análises realizadas, G. violacea é espécie alógama e autocompatível que oferece néctar aos visitantes, facilitando a autopolinização durante a antese e polinização cruzada durante todo o tempo de vida da flor, por meio de pelo menos duas espécies de abelhas. Mesmo assim, existem diferencias fenotípicas entre populações e incluso apresenta vario morfotipos dentro da mesma população. Ademais, foram desenvolvidos 12 marcadores microssatélites em G. aurea, que são transferíveis a espécies congenéricas. Nas populações das espécies estudadas observou-se variabilidade baixa e média, respectivamente para G. violacea e G. aurea, com maior variação dentro que entre populações, que refletem o sistema reprodutivo misto e uma polinização entomofílica. No caso de G. aurea, na estruturação genética se observou uma separação entre as populações da Bahia e do sul e centro oeste do país. As diversidades genéticas baixas destas duas espécies sugerem que devem ser vigiadas e protegidas para sua conservação. / The Genlisea genus is part of the larger family of carnivorous plants, Lentibulariaceae. They are approximately 30 known species of the genus, 17 in Brazil and 10 of them are endemic. The genus has been understudied, yet there are few studies on genetic aspects and practically its conservation status and the fragility of the natural populations are unknown. Genlisea violacea A.St.Hil. and G. aurea A.St.Hil. are endemic and are distributed in the formations of the Cerrado and Atlantic Forest, which are very fragile biomes. In this study we analyzed the reproductive biology and pollination of G. violacea in two natural populations. In addition, we also analyzed the genetic structure and dynamics of G. violacea and G. aurea populations. For this we developed microsatellite from genomic data of G. aurea, and did cross-amplification in congeneric species including G. violacea. According to the observations and analyses, G. violacea is self-compatible and allogamous that offers nectar to visitors, facilitating self-pollination during anthesis and cross-pollination throughout the flower lifetime through at least two species of bees. Also, there are differences between populations and phenotypic features included morphotypes within the same population. In addition, 12 microsatellite markers were developed in G. aurea, which are transferable to congeneric species. The populations of both species have low variability and average, respectively for G. violacea and G. aurea, with high variation within than among populations, reflecting the mixed reproductive system and pollination by insects. In G. aurea was observed in genetic structure a separation between the populations from Bahia and the South and Center-West of the country. The low diversity of these two species is indicative of the importance of monitoring and protecting the natural populations.

Rodovias podem fragmentar populações por dois mecanismos, mortalidade e evitamento. Como espécies que evitam rodovias são raramente atropeladas por veículos e, então, não são detectadas em monitoramentos de fauna atropelada, outras abordagens são necessárias para identificar se eles estão sendo afetados. Ctenomys minutus (tuco-tuco) é um roedor subterrâneo que habita campos arenosos nas margens de rodovias e são raramente registrados em monitoramentos de fauna atropelada. Buscamos identificar se as rodovias são uma barreira para o fluxo gênico de tuco-tuco baseado em nove loci de microssatélite. Coletamos amostras de tecido epitelial de indivíduos de quatro populações: duas com a presença (Weber e Amaral) e, como controle, duas com a ausência de rodovia (Maribo I e Maribo II). Mensuramos diversidade genética, diferenciação genética (estatística F) e acessamos estrutura genética (agrupamento bayesiano). Não observamos redução na variabilidade genética e encontramos um baixo nível de isolamento entre Weber e Amaral e um isolamento ainda menor entre Maribo I e Maribo II. O método bayesiano separou os indivíduos em dois grupos, onde Maribo I e Maribo II são um grupo consistente e Weber e Amaral possuem fracas diferenciações. Os resultados nos indicam que um efeito de barreira entre as populações separadas pela rodovia está em processo e que é necessário mais tempo para observarmos de forma mais clara o isolamento. São necessários mais estudos genéticos e comportamentais para certificar este padrão. Sob aspectos práticos, seria adequado monitorar as populações afetadas e, eventualmente, aplicar alguma medida de mitigação na estrada pra proporcionar conectividade. Por fim, a abordagem genética se mostrou muito interessante para avaliar este impacto. / Roads can fragment populations by two mechanisms, mortality and avoidance behavior. Since species that avoid roads are rarely killed by vehicles and thus cannot be detected in roadkill surveys, other approaches are necessary to identify whether they are affected. Ctenomys minutus (tuco-tuco) is a subterranean rodent who inhabits sand fields including at the margins of roads, however is rarely recorded on roadkill surveys. We aimed to identify if roads are a barrier to the gene flow of tuco-tuco based on nine microsatellite loci. We collected tissue samples from individuals of four populations: a pair with the presence (Weber and Amaral) and, as control, a pair with absence of a road (Maribo I and Maribo II). We measured the genetic diversity, the genetic differentiation (F-statistics), and assessed the genetic structure (Bayesian clustering). We observed no reduction in genetic variability and a low isolation level in pairwise comparison of Weber and Amaral, which was even lower between Maribo I and Maribo II. The Bayesian method separated individuals into 2 clusters, where Maribo I and Maribo II are one consistent cluster and Weber and Amaral present weak differentiations. The results indicate that a barrier effect between populations separated by roads is in process. More genetic and behavioral studies are needed to confirm this pattern. Under practical aspects, it would be appropriate to monitor the affected populations and possibly apply some mitigation measure on the road to provide connectivity. Finally, genetic approach proved very interesting to evaluate this impact.

Submitted by Liliane Ferreira (ljuvencia30@gmail.com) on 2018-11-28T12:01:20Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2018-11-28T13:49:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2018-11-28T13:49:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Marcos Vinícius Pereira Pinto - 2017.pdf: 1766318 bytes, checksum: 434666d4b4d8dea79ee04fb075107a9b (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2017-09-22 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / Genetic diversity is a fundamental component for the survival of any species over evolutionary time, because it is the repertoire of possible responses to environmental pressures, which are dynamic and constant. Knowledge of the magnitude and structuring patterns of this diversity allows to understand how environmental and microevolutionary factors have interacted over time and shaped the populations. Microsatellite markers have been the most used molecular tool in recent decades for mapping studies of diversity and genetic structure due to its high degree of polymorphism, genomic abundance and codominant nature. For native species these markers rarely are available, however, the regions flanking the microsatellites are usually conserved among evolutionarily close species, which allows the transfer of these markers. Pterodon emarginatus Vogel, popularly known as Sucupira branca, is a tree plant belonging to the legume family. This species is widely used for medicinal purposes because of the broad properties of its secondary compounds. In addition, it provides rigid wood of interest for construction and is also used as an ornamental species. Despite the substantial number of studies directed to the medicinal potential, little is known about the genetic diversity present in this species. Therefore, the objectives of the work were to transfer to P. emarginatus microsatellite markers developed for Dipteryx alata and to access the diversity and genetic structure in natural populations of P. emarginatus. For this, the cross-amplification of 25 primers were tested and 12 natural populations were genotyped for 6 loci. Of the 25 primers tested, 2 (8%) showed good amplification and polymorphism pattern. The set of markers used revealed a total of 45 alleles for the 12 populations evaluated, with a mean of 7.667 per locus. This value ranged from 4 (DaE12) to 22 (PVESTBR067). Populations showed intermediate levels of genetic diversity (He = 0.555) and greater variability within populations than among populations. Small but significant levels of inbreeding were detected due to both the mating system and the population subdivision (f = 0.07; Fst = 0.073). These results support that the species presents a mixed mating system, being preferentially allogama. The pattern of divergence among populations was moderately structured in space (Mantel = 0.440, p <0.002) indicating a profile of large continuous populations with significant levels of gene flow over distances up to approximately 400 km. / A diversidade genética é componente fundamental para a sobrevivência de qualquer espécie ao longo do tempo evolutivo, isto porque configura-se como o repertório de possíveis respostas ás pressões ambientais, que são dinâmicas e constantes. O conhecimento da magnitude e dos padrões de estruturação dessa diversidade permite entender como fatores ambientais e microevolutivos tem interagido ao longo do tempo e moldado as populações, possibilitando melhor uso e conservação. Marcadores microssatélites tem sido a ferramenta molecular mais utilizada nas últimas décadas para estudos de mapeamento de diversidade e estrutura genética, devido ao seu alto grau de polimorfismo, abundância genômica e natureza codominante. Para espécies nativas raramente esses marcadores estão disponíveis, no entanto, as regiões que flanqueiam os microssatélites costumam ser conservadas entre espécies evolutivamente próximas, o que possibilita a transferência desses marcadores. Pterodon emarginatus Vogel, popularmente conhecida como Sucupira Branca, é uma planta arbórea pertencente à família das leguminosas. Esta espécie é amplamente utilizada com propósitos medicinais devido ao vasto potencial terapêutico de seus compostos secundários. Além disso, fornece madeira rígida de interesse para construção civil e também é utilizada como espécie ornamental. Apesar da grande quantidade de estudos direcionados para o potencial medicinal, pouco se sabe sobre a diversidade genética presente nessa espécie. Diante disso, os objetivos do trabalho foram transferir para P. emarginatus marcadores microssatélites desenvolvidos para Dipteryx alata e acessar a diversidade e estrutura genética em populações naturais de P. emarginatus. Para isso, foi testada à amplificação cruzada de 25 iniciadores e 12 populações naturais foram genotipadas para 6 locos microssatelites. Dos 25 iniciadores testados, 2 (8%) apresentaram bom padrão de amplificação e polimorfismo. O conjunto de marcadores utilizados revelou um total de quarenta e cinco alelos, com uma média de 7,667 por loco. Esse valor variou de 4 (DaE12) a 22 (PVESTBR067). As populações apresentaram nível intermediário de diversidade genética (He=0,555) e maior variabilidade dentro de populações do que entre populações. Foram detectados pequenos, porém significativos, níveis de endogamia devido tanto ao sistema de acasalamento quanto a subdivisão populacional (f= 0,07; Fst= 0,073). Esses resultados suportam que a espécie apresenta sistema misto de acasalamento. O padrão de divergência entre as populacionais demonstrou-se moderadamente estruturado no espaço (Mantel= 0,440; p<0,002) indicando um perfil de grandes populações continuas, com níveis significativos de fluxo gênico em distancias até aproximadamente 400 km.

As variantes genéticas LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D1S200 (LEPR),D18S858 (MC4R) e D2S1788 (POMC)foram avaliadas em 100 indivíduos obesos (GE) e 110 não-obesos (GC) brancos. A genotipagem desses indivíduos foi realizada por PCR e RFLP. As freqüências dos alelos LEP -2548G e LEP 3\'HVR-Classe I no grupo GE foram maiores que no GC P<0,05). O haplótipo LEP G/I foi mais freqüente no grupo GE (P=0,018) e nos indivíduos com obesidade central (P=0,047). As freqüências dos alelos 41/42 da D18S858 e do alelo 17 da D1S200 foram maiores (P<0,05) no grupo GE. Os indivíduos com alelos LEP 3\'HVR-Classe I, 41/42 da D18S858 e 17 da D1S200 apresentaram valores mais altos de índice de massa corporal (IMC) e circunferência abdominal (P<0,05). Em conclusão, as variantes LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D18S858 e D1S200 estão associadas com a obesidade e com variações nos valores de IMC e circunferência abdominal em indivíduos brasileiros brancos. / The genetic variants LEP G-2548A, LEP 3\'HVR, D1S200 (LEPR), D18S858 (MC4R) D2S1788 (POMC) were studied in groups of 100 obese (GE) and 110 non-obese (GC) white individuals. Genotyping were carried out by PCR and RFLP techniques. Alleles frequencies from LEP -2548G and Class I alleles from LEP 3\'HVR were higher in GE group, when compared to GC group (P<0,05). The LEP G/I haplotype was more frequent in GE group (P=0,018) and in individuals with central obesity (P=0,047). Alleles 41/42 from D18S858 and allele 17 from D1S200 were more frequent (P<0,05) in GE group. Individuals carrying LEP 3\'HVR-Class I, alleles 41/42 from D18S858 and allele 17 from have shown elevated body mass index (BMI) and waist circumference values (P<0,05). In conclusion, the LEP G-2548A, LEP 3\' HVR, D1S200, and D18S858 genetic variants were found to be associated to obesity and variations in BMI and waist circumference in Brazilian white individuals.

Rodovias podem fragmentar populações por dois mecanismos, mortalidade e evitamento. Como espécies que evitam rodovias são raramente atropeladas por veículos e, então, não são detectadas em monitoramentos de fauna atropelada, outras abordagens são necessárias para identificar se eles estão sendo afetados. Ctenomys minutus (tuco-tuco) é um roedor subterrâneo que habita campos arenosos nas margens de rodovias e são raramente registrados em monitoramentos de fauna atropelada. Buscamos identificar se as rodovias são uma barreira para o fluxo gênico de tuco-tuco baseado em nove loci de microssatélite. Coletamos amostras de tecido epitelial de indivíduos de quatro populações: duas com a presença (Weber e Amaral) e, como controle, duas com a ausência de rodovia (Maribo I e Maribo II). Mensuramos diversidade genética, diferenciação genética (estatística F) e acessamos estrutura genética (agrupamento bayesiano). Não observamos redução na variabilidade genética e encontramos um baixo nível de isolamento entre Weber e Amaral e um isolamento ainda menor entre Maribo I e Maribo II. O método bayesiano separou os indivíduos em dois grupos, onde Maribo I e Maribo II são um grupo consistente e Weber e Amaral possuem fracas diferenciações. Os resultados nos indicam que um efeito de barreira entre as populações separadas pela rodovia está em processo e que é necessário mais tempo para observarmos de forma mais clara o isolamento. São necessários mais estudos genéticos e comportamentais para certificar este padrão. Sob aspectos práticos, seria adequado monitorar as populações afetadas e, eventualmente, aplicar alguma medida de mitigação na estrada pra proporcionar conectividade. Por fim, a abordagem genética se mostrou muito interessante para avaliar este impacto. / Roads can fragment populations by two mechanisms, mortality and avoidance behavior. Since species that avoid roads are rarely killed by vehicles and thus cannot be detected in roadkill surveys, other approaches are necessary to identify whether they are affected. Ctenomys minutus (tuco-tuco) is a subterranean rodent who inhabits sand fields including at the margins of roads, however is rarely recorded on roadkill surveys. We aimed to identify if roads are a barrier to the gene flow of tuco-tuco based on nine microsatellite loci. We collected tissue samples from individuals of four populations: a pair with the presence (Weber and Amaral) and, as control, a pair with absence of a road (Maribo I and Maribo II). We measured the genetic diversity, the genetic differentiation (F-statistics), and assessed the genetic structure (Bayesian clustering). We observed no reduction in genetic variability and a low isolation level in pairwise comparison of Weber and Amaral, which was even lower between Maribo I and Maribo II. The Bayesian method separated individuals into 2 clusters, where Maribo I and Maribo II are one consistent cluster and Weber and Amaral present weak differentiations. The results indicate that a barrier effect between populations separated by roads is in process. More genetic and behavioral studies are needed to confirm this pattern. Under practical aspects, it would be appropriate to monitor the affected populations and possibly apply some mitigation measure on the road to provide connectivity. Finally, genetic approach proved very interesting to evaluate this impact.

Submitted by Fabio Sobreira Campos da Costa (fabio.sobreira@ufpe.br) on 2016-07-19T13:40:55Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) tese final.pdf: 4052323 bytes, checksum: 74297c119131b87a26908be1d213027a (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-19T13:40:55Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 1232 bytes, checksum: 66e71c371cc565284e70f40736c94386 (MD5) tese final.pdf: 4052323 bytes, checksum: 74297c119131b87a26908be1d213027a (MD5) Previous issue date: 2015-12-01 / CAPEs / O uso de insetos visando responder aos quesitos levantados em investigações criminais ganhou espaço nas últimas décadas entre os pesquisadores e profissionais desta área, assim como a combinação de técnicas de genética forense para a obtenção de DNA humano a partir destes organismos, em especial dos dípteros necrófagos. Desse modo, neste estudo objetivou-se obter e testar um protocolo de identificação de DNA humano extraído a partir de larvas de dípteros coletadas em cadáveres no Instituto de Medicina Legal de Pernambuco Antonio Persivo Cunha (IMLAPC/PE). Inicialmente, espécimes imaturos foram coletados no IMLAPC/PE e criados em dieta a base de carne moída bovina para possibilitar a identificação da espécie mais abundante e frequente que se cria neste substrato. A espécie Chrysomya albiceps (Diptera: Calliphoridae) foi selecionada como modelo experimental. Grupos de larvas dessa espécie foram submetidos a uma dieta baseada em carne moída e sangue humano por 48 horas, dissecadas e submetidas a extração de DNA, utilizandose duas metodologias comumente adotadas pelos laboratórios de genética forense: Kit DNA IQ™ e Método Fenol-Clorofórmio. O DNA extraído foi quantificado através de Nanodrop® e Real-Time PCR 7500 com uso do Quantifiler® Duo DNA Quantification. Para amplificação do DNA foram usados os kits para STR (short tandem repeats): AmpFℓSTR® Identifiler® Plus PCR Kit, Argus X-12® Kit e PowerPlex® Fusion System kit. As amostras amplificadas foram analisadas por eletroforese capilar em ABI PRISM 3500, permitindo observar que, para os kits utilizados houve perfis íntegros e compatíveis com a amostra referência, a partir da extração com kit DNA IQ™ e/ou método Fenol- Clorofórmio. Além disso, foram testados quatro meios de armazenagem comumente utilizados em zoologia: etanol 70%, etanol 95%, formol 4% e via seca. Após 24 horas de armazenagem, as amostras foram submetidas aos processos de análise de DNA e o formol 4% apresentou os melhores perfis de DNA. O fato de haver perfis passíveis de comparação confirma a utilidade das larvas de dípteros usadas para este fim, as quais podem futuramente ser usadas para correlacionar perfis genéticos com uma cena criminal. O aprimoramento destas técnicas é necessário para que o uso das larvas de dípteros muscóides com emprego para a entomogenética tenha mais difusão entre os meios acadêmico e forense. / The use of insects for investigations has gained ground in recent decades among researchers and criminal professionals. Recently, the use of these animals has been combined with forensic genetics techniques for obtaining human DNA from these. Among the main focus groups for this technique are the carrion flies that have the host DNA extracted from intestinal contents. Because the visibility of this branch of forensic biology, this study aimed to obtain and test a protocol for identifying human DNA extracted from larvae of Diptera at the Instituto de Medicina Legal de Pernambuco Antonio Persivo Cunha (IMLAPC/PE). The species Chrysomya albiceps (Diptera: Calliphoridae) was selected as an experimental model. Groups of larvae of this species were subjected to diet ground meat and human blood for 48 hours, dissected and subjected to DNA extraction using two methods commonly used by forensic genetics laboratories: DNA IQ™ Kit and Method phenol-chloroform. The extracted DNA was quantified by Nanodrop® and Real-Time PCR 7500 with use of Quantifiler® Duo DNA Quantification. For DNA amplification kits for STR (short tandem repeats) were used: AmpFℓSTR® Identifiler® Plus PCR Kit, Argus X-12® Kit and PowerPlex® Fusion System kit. The amplified samples were analyzed by capillary electrophoresis in ABI PRISM 3500, allowing to observe for kits used there have upright profiles and compatible with the reference sample, from the IQ™ DNA extraction kit and/or phenol-chloroform method. In addition, four storage means commonly used in zoology were tested: 70% ethanol, 95% ethanol, 4% formaldehyde and dry. After 24 hours of storage, the samples were submitted to DNA analysis processes and the 4% formaldehyde DNA showed the best profile. The fact that there be comparable profiles confirms the usefulness of dipteran larvae used for this purpose, which can further be used to correlate genetic profiles and a criminal scene. The improvement of these techniques is required for the use of larvae dipterae with employment for the entomogenetics have more diffusion among academic and forensic means.