Orientador: Anete Pereira de Souza / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-18T10:32:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Cidade_FernandaWitt_D.pdf: 4497924 bytes, checksum: 742a35a26e2eea5a11249f8fc87abb2b (MD5) Previous issue date: 2011 / Resumo: No Brasil, a pecuária bovina é baseada principalmente na utilização de pastagens para alimentação animal, sendo a maioria destas cultivadas. O lançamento de novas cultivares de forrageira e os avanços no manejo das pastagens permitiram que o Brasil se tornasse, atualmente, um dos maiores produtores mundiais de bovinos e o maior exportador de carne bovina do mundo. Contudo, poucas opções de forrageiras estão disponíveis para o cultivo de pastagens no Brasil, principalmente para as regiões tropicais, sendo que a maioria dessas é constituída de poucas cultivares de gramíneas africanas do gênero Urochloa (Syn. Brachiaria). Há uma necessidade eminente de diversificação das pastagens e, o gênero Paspalum se destaca dentre as gramíneas nativas com potencial forrageiro a contribuir para a diversificação de espécies em pastagens tropicais. Paspalum inclui aproximadamente 400 espécies distribuídas, principalmente, em regiões tropicais e subtropicais das Américas. O Brasil é o maior centro de origem e diversidade deste gênero, com ocorrência de espécies de grande potencial forrageiro, havendo vários acessos disponíveis em bancos de germoplasma. Para que os programas de melhoramento possam utilizar de forma adequada os bancos de germoplasma existentes, é necessário um conhecimento da quantidade e da distribuição da diversidade genética dessas coleções. Nesse sentido, no presente trabalho, marcadores microssatélites foram isolados e caracterizados em duas espécies de Paspalum (P. atratum e P. notatum) para o estudo de diversidade genética de acessos de bancos de germoplasma de Paspalum. Um total de 21 microssatélites foi desenvolvido para P. atratum e 26 para P. notatum. A transferibilidade desses marcadores foi avaliada para 35 espécies de Paspalum, sendo que doze microssatélites foram utilizados na caracterização de 214 acessos de Paspalum de diferentes espécies. Os microssatélites foram úteis na identificação das espécies de Paspalum, auxiliando de forma efetiva na organização dos acessos mantidos nos bancos de germoplama, fornecendo também subsídios para programas de melhoramento genético do gênero. Adicionalmente, 57 acessos de P. notatum foram avaliados com o uso de 30 microssatélites, em conjunto com caracterísitcas fenotípicas e citogenéticas. A maioria desses locos apresentou grande potencialidade para uso na discriminação de cultivares e acessos. As avaliações conjuntas indicaram que os microssatélites foram eficientes e robustos na separação dos acessos de P. notatum em três variedades botânicas (var. notatum, var. saurae e var. latiflorum), os quais agruparam-se em sete grupos geneticamente distintos. Os microssatélites desenvolvidos, assim como os dados de diversidade genética gerados nesse trabalho, são um passo em direção a um melhor entendimento do gênero e uma ferramenta para que novos trabalhos possam ser realizados / Abstract: In Brazil, the production of cattle is based primarily on the use of pastures for animal feed, most of these cultivated. The release of new cultivars of forage and advances in pasture management has enabled Brazil to become currently one of the largest producers of cattle and the largest exporter of beef in the world. However, few options are available for fodder cultivation of pastures in Brazil, mainly in tropical regions, where most of these consists of a few varieties of African grasses of the genus Urochloa (Syn. Brachiaria). There is a clear need to diversify pastures and the genus Paspalum stands out among the native grasses with forage potential to contribute to the diversification of species in tropical pastures. Paspalum includes about 400 species distributed mainly in tropical and subtropical regions of the Americas. Brazil is the largest center of origin and diversity of this genus, with the occurrence of species of high forage yield potential, and several accessions available in germplasm banks. In order to make good use of the existing germplasm collections for breeding purposes it is necessary to know the quantity and distribution of genetic diversity of these collections. In that sense, in the present work, microsatellite markers were isolated and characterized in two species of Paspalum (P. notatum and P. atratum). These markers were used as a tool to study genetic diversity of germplasm banks of Paspalum. A total of 21 microsatellites was developed for P. atratum and 26 for P. notatum. The transferability of these markers was evaluated for 35 species of Paspalum, in which twelve microsatellites were used to characterize 214 accessions of different species of Paspalum. The microsatellites were useful in identifying the species of Paspalum, effectively assisting in the organization of accessions maintained in germplasm banks, as well as providing subsidies to breeding programs of the genus. Additionally, 57 accessions of P. notatum were evaluated using 30 microsatellites, together with phenotypic and cytogenetic characteristic. Most of these loci showed a great potential for cultivar and accessions discrimination. Joint evaluations indicated that the microsatellites were efficient and robust in the separation of the accessions evaluated in to seven genetically distinct groups, which corresponded to the three botanical varidades described for the species (var.notatum, var. sourae, and var. latiflorum). Microsatellites developed, as well as data of genetic diversity generated in this work are a step toward a better understanding of the genus and a tool for further work / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-06-30T18:13:54Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-01T15:26:28Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-01T15:30:07Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-01T15:30:07Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Crystianne Bentes Barbosa Ferreira.pdf: 301180 bytes, checksum: a49848cd7e2915eeac3200451e77f4fc (MD5) Previous issue date: 2009-04-30 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / The palm (Elaeis guineensis Jacd) is a palm of great potential for sustainable agricultural development in the Amazon region, bringing social benefits, economic and environmental. The availability of varieties with high productivity and better adapted to the conditions of cultivation has a fundamental role in sustainable development of culture in this sense, one can resort to the use of biotechnology to increase the efficiency improvement programs. Microsatellite markers are tools preferred by breeders, because they are multi-allelic, has codominantes expression and show Mendelian inheritance, facilitating genetic analysis. Knowledge of the distribution of genetic variability within and between populations of palm, through the use of molecular markers, provide information for the implementation of plans for use and conservation of genetic resources of this species. From the results of that work can get grants for improving the palm at Embrapa Amazônia Ocidental, to provide the seed culture for the establishment of plantations with high productivity of oil. Samples were collected from 24 progenies of palm held at the Center for Experimental de palm the River Urubu (CERU) - Embrapa Amazônia Ocidental, and 22 progenies from self and two crosses between full siblings. There is low genetic variability in the progenies, with an average of five alleles per loci and total diversity (HT) equal to 0.0774. Of the four loci studied the site mEgCIR0254 had set in all the progenies and progenies LM11592, LM11547, LM11732, LM12366, LM13533, LM12826, LM11591 and PO393612, were fixed in all loci. These data were expected, they are progenies from self or full brother. The observed heterozygosities (Ho) the whole plant were lower than expected heterozygosity (He) in all loci, suggesting strong excess of homozygotes, indicating existence of a process endogamic. As the palm is allogamy plant and the progeny are genetically relatives, and autofecundadas, it is expected that the effects of inbreeding interfere directly in the indices of heterozygosity, contributing to the uniformity of the progenies. The AMOVA detected 62.99% of total variation among the progenies and 37.01% within progenies. Contrary to what has been observed in plants allogamy either in natural populations or collections of germplasm, where the greatest variability has been found within populations / provenances than between them, this paper notes that most of the variation was retained among the progeny, that is to be expected, because 91.67% of these are from self. / O dendê (Elaeis guineensis Jacd) é uma palmeira de grande potencial para o desenvolvimento agrícola sustentável da região Amazônica, trazendo benefícios sociais, econômicos e ambientais. A disponibilidade de variedades com alta produtividade e melhores adaptadas às condições de cultivo tem papel fundamental na sustentabilidade do desenvolvimento dessa cultura. Para este fim o conhecimento da distribuição da diversidade genética entre e dentro das progênies de dendezeiro, por meio do uso de marcadores moleculares microssatélites fornecerá informações para a implementação de planos de uso e conservação dos recursos genéticos dessa espécie . O objetivo desse trabalho foi estimar parâmetros de diversidade genéticos entre e dentro progênies de dendezeiro utilizadas na produção de sementes comerciais da Embrapa Amazônia Ocidental (Manaus-AM) . . Foram analisadas 24 progênies de dendezeiro que estão mantidas no Campo Experimental de Dendê do Rio Urubu (CERU) - Embrapa Amazônia Ocidental, sendo 22 progênies provenientes de autofecundação e duas de cruzamentos entre irmãos completos utilizando quatro loci SSR. Os dados obtidos foram analisados no Programa Genes e, através das análises verificou-se que existe baixa variabilidade genética nas progênies, com média de cinco alelos por loci e diversidade total (HT) igual a 0,0774. Dos quatro loci estudados o loco mEgCIR0254 apresentou fixado em todas as progênies e as progênies LM11592, LM11547, LM11732, LM12366, LM13533, LM12826, LM11591 e PO393612 apresentaram-se fixadas em todos os loci, devido principalmente serem progênies oriundas de autofecundação ou de irmão completos. As heterozigosidades observadas (Ho) no conjunto de plantas foram inferiores a heterozigosidade esperada (He) em todos os loci, sugerindo forte excesso de homozigotos, indicando existência de um processo endogâmico. Como o dendezeiro é planta alógama e as progênies serem geneticamente aparentadas, e ainda autofecundadas, é de se esperar que os efeitos da endogamia interfiram diretamente nos índices de heterozigose, contribuindo para a homogeneidade das progênies. A AMOVA detectou 62,99% do total da variação entre as progênies e 37,01% dentro das progênies. Ao contrário do que tem sido observado em plantas alógamas, seja em populações naturais ou coleções de germoplasmas, onde a maior variabilidade tem sido encontrada dentro das populações/procedências do que entre as mesmas, neste trabalho observa-se que a maior parte da variação ficou retida entre as progênies, isso é de se esperar, pois 91,67% destas são oriundas de autofecundação.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-01T19:34:33Z No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-10T15:35:38Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-10T15:39:05Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-10T15:39:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação - Lliane dos Santos Oliveira.pdf: 1137558 bytes, checksum: 77f41c6e816fd4fd117874c6535aab88 (MD5) Previous issue date: 2012-03-01 / CAPES - Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / The Amazon has valuable reservoir of genetic resources related to species of palms, which we highlight the jauari (Astrocaryum jauari Martius), a non-domesticated specie, verified as high dispersion and is the most common palm in flooded areas of the Rio Negro, in Brazilian Amazon. Specie very explored till 90s for the extraction of palm, which formed the basis of industrial production of palm in Central Amazonia, however, not very studied compared species like peach palm, acaí and tucumã. The high occurrence of natural populations of this palm can be associated with alternatives seeking improvements in quality of life of local populations and community development, but for this is necessary the expansion of basic and applied studies for a better understanding of its diversity, occupation of ecosystem, evolution, adaptation and development of suitable methods for the management and use of this potential. The objective of this study was to characterize the genetic variability of populations of jauari in Amazon, using microsatellite markers. Thirty samples were collected from leaves of jauari of three populations (Santa Luzia do Buiuçuzinho, Matrinxã and Nossa Senhora das Graças) and analyzed using nine microsatellite loci (Aac03, Aac04, Aac05, Aac06, Aac07, Aac10, Aac12, and Aac13 Aac14) developed for tucumã (Astrocaryum aculeatum) and transferred successfully to jauari. It was detected 47 alleles with an average of 5.2 alleles per locus being lower in Aac03, Aac05, Aac10 Aac13 and (3 alleles) and higher in Aac04 (9 alleles), confirming the high information content of this kind of genetic marker for genetic studies of palms. The alleles were classified according to their frequency and distribution among populations. A total of thirteen alleles was classified as rare (frequency <0.05), nineteen alleles as intermediaries (often between 0.05 and 0.2), and fifteen common (> 0.2). Eight private alleles were detected, four of these were found in population Nossa Senhora das Graças; nine sporadic alleles (present in two populations) and 30 broadcast (present in all three populations). The observed heterozygosity (Ho) were higher than the expected heterozygosity (He) in 89% of loci. The average of observed heterozygosity was higher in Santa Luzia do Buiuçuzinho (Ho = 0.77) and lowest in Matrinxã (Ho = 0.70). Moderate genetic divergence was observed among populations (Fst = 0.12). The analysis of molecular variance (AMOVA) revealed that the populations studied jauari have greater genetic variability within populations (87.75%), and a lower variability among populations (12.25%). The dendrogram based on SSR markers revealed the formation of two groups, showing that the populations of Santa Luzia do Buiuçuzinho and Matrinxã are more genetically similar. The results showed that genetic distances are not correlated with geographic distance. However, it was found high intrapopulation genetic diversity that can be used in breeding programs. Keywords: Genetic / A Amazônia possui valioso reservatório de recursos genéticos relacionados à espécies de palmeiras, entre elas, podemos destacar o jauari (Astrocaryum jauari Martius), uma espécie não domesticada, verificada como de alta dispersão, sendo a palmeira mais frequente nos igapós do Rio Negro, na Amazônia brasileira. Espécie muito explorada até a década de 90 para extração de palmito, que constituiu a base da produção industrial de palmito na Amazônia Central, porém, pouco estudada quando comparada as espécies como pupunha, açaí e tucumã. A alta ocorrência de populações naturais dessa palmeira pode ser associada a alternativas visando buscar melhorias na qualidade de vida das populações locais e desenvolvimento comunitário, mas para isto torna-se necessária a ampliação dos estudos básicos e aplicados para um melhor conhecimento de sua diversidade, ocupação no ecossistema, evolução, adaptação e desenvolvimento de métodos adequados para o manejo e utilização de seu potencial. O objetivo deste trabalho foi caracterizar a variabilidade genética de populações de jauari na Amazônia, utilizando marcadores microssatélites. Foram coletadas trinta amostras de folhas de jauari de três populações (Santa Luzia do Buiuçuzinho, Matrinxã e Nossa senhora das Graças) e analisadas utilizando nove loci microssatélites (Aac03, Aac04, Aac05, Aac06, Aac07, Aac10, Aac12, Aac13 e Aac14) desenvolvidos para tucumã (Astrocaryum aculeatum) e transferidos com sucesso para jauari. Foram detectados 47 alelos com média de 5,2 alelos por loco, sendo menor em Aac03, Aac05, Aac10 e Aac13 (3 alelos) e maior em Aac04 (9 alelos), confirmando o alto conteúdo de informação genética deste tipo de marcador para estudos genéticos em palmeiras. Os alelos foram classificados de acordo com suas frequências e distribuição entre as populações. Um total de treze alelos foi classificado como raros (freqüência < 0,05), dezenove alelos como intermediários (frequência entre 0,05 e 0,2), e quinze comum (>0,2). Foram detectados oito alelos privados destes, quatro encontrados na população Nossa Senhora das Graças, nove alelos esporádicos (presentes em duas populações) e 30 difundidos (presente nas três populações). As heterozigosidades observadas (Ho) foram superiores a heterozigosidade esperada (He) em 89% dos loci. A heterozigosidade média observada foi maior em Santa Luzia do Buiuçuzinho (Ho=0,77) e menor em Matrinxã (Ho=0,70). Divergência genética moderada foi observada entre as populações (Fst=0,12). A análise da variância molecular (AMOVA) revelou que as populações estudadas de jauari apresentam maior variabilidade genética dentro das populações (87,75%), e uma variabilidade menor entre as populações (12,25%). O dendrograma construído com base nos marcadores SSR revelou a formação de dois grupos, mostrando que as populações de Santa Luzia do Buiuçuzinho e Matrinxã são as mais semelhantes geneticamente. Os resultados obtidos mostraram que as distâncias genéticas não estão correlacionadas com a distância geográfica. No entanto, foi encontrada alta diversidade genética intrapopulacional que poderá ser utilizada em programas de melhoramento.

Submitted by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:21:28Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kássia Marques Corrêa - 2014.pdf: 1360942 bytes, checksum: 2661f2b710c853ee68f2abbfbdbcad2a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-01-07T10:24:10Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kássia Marques Corrêa - 2014.pdf: 1360942 bytes, checksum: 2661f2b710c853ee68f2abbfbdbcad2a (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-01-07T10:24:10Z (GMT). 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This study aimed to evaluate the genetic variability of six subpopulations of Mauritia flexuosa located in conserved and disturbed state of Goiás paths, based on microsatellite markers. 175 individuals were evaluated from six subpopulations. Genomic DNA was extracted from leaf tissue and subsequently quantified and diluted for performing polymerase chain reactions, using ten microsatellite loci. It was used an ABI3500 automatic sequencer, which acts through a capillary electrophoresis system, from which the genotypes were obtained. The array of genotypes obtained was used to estimate genetic diversity parameters among and within subpopulções. The analyzes were performed using GDA software. The average number of alleles per locus in subpopulations was 6,2, ranging from 5,6 to 7,0. The values of expected (He) and observed (Ho) heterozygosity were equal to 0,645 and 0,659, respectively, showing Ho value close to that expected by Hardy-Weinberg equilibrium. The analysis of population genetic structure revealed that subpopulations of M. flexuosa are moderately structured with θ = 0,099. The estimated value for f was not significant, as expected for dioecious species. The total fixation index considering all subpopulations was F = 0,08 , very close to the value of θ. This suggests that the genetic structure observed in these subpopulations is related to an effect of drifting associated with some restriction to gene flow between subpopulations. The limitation of gene flow between M. flexuosa subpopulations can be associated with the environment in which they occur, because the palm swamps have disjunct distributions and areas of dry land around them can act as barriers to gene flow. Another factor that could be related to this restriction to gene flow is the dispersion of seeds by zoochory, which becomes 13 difficult in fragmented environments and impracticable if it is kept in place unfavorable for seed germination. It was concluded that the sampled subpopulations showed a low level of inbreeding, and a relatively high genetic diversity. There is significant genetic structure, probably due to a slight isolation between subpopulations associated with the effects of genetic drift within subpopulations. / Mauritia flexuosa é uma palmeira de grande porte, conhecida vulgarmente como buriti que possui ampla distribuição no Cerrado, principalmente em associações com nascentes de águas e áreas alagadas, em formações conhecidas como veredas. Conhecer a variabilidade genética de uma espécie permite elucidar a atuação dos processos evolutivos nas populações, o que contribui para a definição de estratégias eficientes de seu uso e conservação. Os marcadores microssatélites são bastante úteis para quantificar o nível de variabilidade existente entre e dentro das subpopulações. O presente trabalho teve como objetivo avaliar a variabilidade genética de seis subpopulações de Mauritia flexuosa localizadas em veredas conservadas e antropizadas do Estado de Goiás, com base em marcadores microssatélites. Foram avaliados 175 indivíduos provenientes de seis subpopulações, localizadas no estado de Goiás. O DNA genômico foi extraído a partir de tecido foliar, posteriormente foi quantificado e diluído para a realização de reações em cadeia de polimerase, utilizando dez locos microssatélites. Foi utilizado sequenciador automático ABI3500, que funciona por meio de um sistema de eletroforese capilar, pelo qual se obtiveram os genótipos. A matriz de genótipos obtida foi utilizada para estimar parâmetros de diversidade genética entre e dentro de subpopulções. Estas análises foram realizadas no software GDA. O número médio de alelos por loco nas subpopulações foi de 6,2, variando entre 5,6 e 7,0. Os valores da heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho) foram iguais a 0,645 e 0,659, respectivamente, estando o valor de Ho próximo ao esperado pelo Equilíbrio de Hardy-Weinberg. A análise de estrutura genética populacional revelou que as subpopulações de M. flexuosa estão moderadamente estruturadas, com θ = 0,099. O valor estimado para o f não foi significativo, como é esperado para espécies dioicas, como é o caso do buriti. A estimativa do índice de fixação total, considerando todas as subpopulações, revelou um valor de F = 0,08, ou seja, muito próximo ao valor de θ. Isto sugere que a estruturação genética observada nestas subpopulações de buriti deve estar mais relacionada a um efeito de deriva associada a certa restrição ao fluxo gênico 11 entre as subpopulações amostradas. A limitação ao fluxo gênico entre as subpopulações de buriti pode estar associada ao ambiente em que estão inseridas, pois as veredas possuem distribuição disjunta e as áreas de terra seca que as rodeiam podem funcionar como barreiras ao fluxo gênico. Outro fator que pode estar relacionado a esta restrição ao fluxo gênico é a dispersão de sementes por zoocoria, que se torna difícil em ambientes fragmentados, além de inviável caso esta seja depositada em lugar desfavorável a germinação. Assim conclui-se que para as subpopulações amostradas há um baixo nível de endogamia e uma diversidade genética relativamente alta. Há estrutura genética significativa, provavelmente em decorrência de um leve isolamento entre as subpopulações associado aos efeitos de deriva genética dentro das subpopulações.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2016-09-21T11:48:08Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly de Jesus Silva Maciel - 2016.pdf: 1521695 bytes, checksum: 28aafaf4cfd6bc606b92436f700782bd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2016-09-21T13:51:20Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly de Jesus Silva Maciel - 2016.pdf: 1521695 bytes, checksum: 28aafaf4cfd6bc606b92436f700782bd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2016-09-21T13:51:21Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Kelly de Jesus Silva Maciel - 2016.pdf: 1521695 bytes, checksum: 28aafaf4cfd6bc606b92436f700782bd (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-09-03 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de Goiás - FAPEG / The success of the Brazilian forestry is due largely to the excellent adaptability of the Eucalyptus genus to our climate and soil conditions. The recent expansion of eucalypts to the North and Midwest regions of Brazil presents challenges such as the need for clones adapted to drought, high temperatures and nutrient deficient soils of Cerrado. Three clonal trials were installed in different regions of Goiás State to evaluate the adaptability and growth of 113 elite clones of Eucalyptus spp. The objective of this study was to estimate the genetic diversity and divergence among 90 of the clones used in three clonal trials installed in different regions of Goiás State. The clones were genotyped with nine microsatellite loci organized into four "multiplex" systems for PCR. The amplified fragments were separated on the ABI–3100 platform (Applied Biosystems). The genotyping was performed using the GeneMapper software (Applied Biosystems). Genetic diversity parameters were estimated using the GDA and Fstat programs. The parameters number of alleles (A), expected heterozygosity (He), observed heterozygosity (Ho), intrapopulation fixation index (f) and allelic richness were estimated for each microsatellite locus. The results showed that all loci used in this study were highly polymorphic, with an average of 16.78 alleles per locus. The EMBRA28 and EMBRA3 loci showed the highest number of alleles (24 and 22). In general, for most markers, the observed heterozygosity had similar estimates when compared to the expected heterozigosity under Hardy-Weinberg Equilibrium. As a result, the fixation index (f) did not differ significantly from zero. Analyses of genetic structure of the clones was performed using the software Structure (version 2.3.4), with K values ranging from 1 to 10, with 10 interactions each. Results indicated presence of three distinct genetic groups (K = 3). However, there was no clear relationship between the populations obtained and the different species of Eucalyptus used in the study. This result can be explained by the clone sample is originated from breeding programs where crosses may have admixed populations, disrupting some genetic structures. Most importantly, the molecular analyses indicate extraordinary genetic diversity within the clonal trials installed in Goiás. This genetic diversity can be exploited for breeding new genetic material adapted to the Cerrado conditions. / O sucesso do setor florestal brasileiro deve-se em grande parte à excelente adaptabilidade do gênero Eucalyptus ao nosso clima e condições do solo. A recente expansão do eucalipto para as regiões norte e central do Brasil requer pesquisas para que os clones se adaptem à seca, elevadas temperaturas e escassez de nutrientes nos solos do Cerrado. O objetivo deste estudo foi estimar a diversidade e divergência genética entre 90 dos clones utilizados em uma rede de testes clonais no estado de Goiás. Os clones foram genotipados com nove locos microssatélites organizados em quatro sistemas “multiplex” para PCR. Os fragmentos amplificados foram separados na plataforma ABI-3100 (Applied Biosystems). A genotipagem foi realizada utilizando o programa GeneMapper (Applied Biosystems). Os parâmetros de diversidade genética foram estimados usando os programas GDA e Fstat. Os parâmetros número de alelos (A), heterozigosidade esperada (He), heterozigosidade observada (Ho), índice de fixação intrapopulacional (f) e riqueza alélica foram estimados para cada loco microssatélite. Os resultados mostraram que todos os locos utilizados neste estudo foram altamente polimórficos, com média de 16,78 alelos por loco. A genotipagem dos locos EMBRA28 e EMBRA3 mostrou o maior número de alelos (24 e 22). De maneira geral, para a maioria dos locos estudados, a heterozigosidade observada apresentou estimativas semelhantes à heterozigosidade esperada dentro das condições do Equilíbrio de Hardy-Weimberg. Como resultado, o índice de fixação (f) não diferiu significativamente de zero. A análise da estrutura genética dos clones foi realizada utilizando o programa Structure (versão 2.3.4), com valores de K variando de 1 a 10, com 10 iterações cada. Os resultados indicaram a presença de três grupos genéticos distintos (K = 3). Entretanto, não foi observada uma clara relação entre as populações obtidas e as diferentes espécies de Eucalyptus utilizadas no estudo. Esse resultado pode ser explicado pelo fato da amostra de clone ser originada de programas de melhoramento, onde os cruzamentos recombinam o material genético das populações, desfazendo algumas estruturas genéticas. De forma mais importante, as análises moleculares indicaram grande diversidade genética dentre os clones que estão sendo avaliados em Goiás. Esta diversidade genética pode ser explorada em um programa de melhoramento para obtenção de novos materiais genéticos adaptados às condições do Cerrado.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-03-12T16:44:52Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rejane Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1258382 bytes, checksum: cdef87095b435bfcbc107052f516ff89 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-03-13T19:02:47Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rejane Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1258382 bytes, checksum: cdef87095b435bfcbc107052f516ff89 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-13T19:02:47Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Rejane Araújo Guimarães - 2014.pdf: 1258382 bytes, checksum: cdef87095b435bfcbc107052f516ff89 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-02-28 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / The distribution patterns of genetic variability within and among subpopulations are important to know the performance of evolutionary processes, to adopt effective conservation strategies and to use genetic plant resources. The population genetic structure is focused on how the genetic variability is distributed within and between subpopulations. Microsatellite markers are especially useful for such analyzes because are highly informative. The Baru (Dipteryx alata Vogel), belongs to the Fabaceae family and is widely distributed in the Cerrado biome, also has a great potential for use in local cooking, as ornamental plant and in popular medicine, so being an important genetic resource plant. This study aimed to evaluate the genetic structure among subpopulations of D. alata which constitute a germplasm collection, maintained by the Escola de Agronomia, of the Universidade Federal de Goiás. The collection consists of 600 individuals from 150 progenies of 25 subpopulations from different regions of Cerrado biome. Nine pairs of primers were used, eight developed for the species D. alata and one developed and transferred from Phaseolus vulgaris for molecular analysis. The number of alleles ranged from 2 to 14 alleles, with an average of 5.5 allele per locus. The average of observed heterozygosity was equal to 0.340 and ranged from 0.102 (DaE06) to 0.711 (DaE41). The expected heterozygosity, under the condition of Hardy-Weinberg equilibrium was equal to 0.383, ranging from 0.162 (DaE06) and 0.809 (DaE41). The analysis of population genetic structure showed a level of medium relatedness between individuals of the same progeny (θs) of 0.169, which is equivalent to that kinship expected for a mixture of half-sibs and full sibs. From the value θs, it can be concluded that there is a high genetic differentiation between the progenies. When evaluated the subpopulations was found an estimated θp equal to 0.097, suggesting that there is a moderate genetic structure. The value of overall intrapopulation fixation index (f=0.122) indicated the presence of low inbreeding in subpopulations that composes the collection of germplasm. The estimated apparent outcrossing rate (ta) value was equal to 0.78. The overall F value was significant and equal to 0.27. The analysis of population genetic structure revealed the presence of genetic structure among subpopulations and among progenies within of the subpopulations. This reveals that the germplasm collection of D. alata presents genetic diversity within and among populations, indicating that the conservation strategies should consider both levels. / Os padrões de distribuição da variabilidade genética dentro e entre subpopulações são importantes a fim de conhecer a atuação dos processos evolutivos, para a adoção de estratégias eficazes de conservação e uso de recursos genéticos vegetais. A estrutura genética populacional está relacionada com a forma como a variabilidade genética está distribuída dentro e entre as subpopulações. Os marcadores microssatélites são especialmente úteis para tais análises por serem altamente informativos. O Baru (Dipteryx alata Vogel), pertence à família Fabaceae e apresenta ampla distribuição no bioma Cerrado e um grande potencial para o uso na culinária local, ornamental e medicinal, sendo um importante recurso genético vegetal. Este estudo teve como objetivo avaliar a estrutura genética entre subpopulações de D. alata que constituem uma coleção de germoplasma, mantida pela Escola de Agronomia da Universidade Federal de Goiás. A coleção consiste de 600 indivíduos de 150 progênies de 25 subpopulações provenientes de diferentes regiões do bioma Cerrado. Foram utilizados nove pares de primers, oito desenvolvidos para a espécie D. alata e um desenvolvido e transferido de Phaseolus vulgaris para a análise molecular. Foram observados entre 2 e 14 alelos, com média de 5,5 alelo por loco. O valor médio de heterozigosidade observada foi igual a 0,340 e variou de 0,102 (DaE06) a 0,711 (DaE41). A heterozigosidade esperada, sob a condição de equilíbrio de Hardy-Weinberg, foi igual a 0,383, variando entre 0,162 (DaE06) e 0,809 (DaE41). A analise de estrutura genética populacional apresentou um nível de parentesco médio entre indivíduos de uma mesma progênie (θs) de 0,169, o que equivale ao parentesco esperado para uma mistura de meio-irmãos e irmãos completos. A partir do valor de θs, pode-se concluir que há uma alta diferenciação genética entre as progênies. Quando avaliadas as subpopulações, foi encontrado um valor estimado de θp igual a 0,097, sugerindo que existe uma moderada estruturação genética. O valor do índice de fixação intrapopulacional global (f=0,122) indicou a presença de baixa endogamia nas subpopulações que compõem a coleção de germoplasma. A estimativa da taxa de fecundação cruzada aparente (ta) teve valor igual a 0,78. O valor global de F foi significativo e igual a 0,27. A análise de estrutura genética populacional revelou presença de estruturação genética entre subpopulações e entre progênies dentro de subpopulações. Isso revela que a coleção de germoplasma de baru apresenta diversidade genética entre e dentro de populações, indicando que as estratégias de conservação devem considerar os dois níveis.

Anadenanthera é um gênero botânico pertencente à família Mimosaceae e endêmico da América Latina e Caribe. Compreende duas espécies arbóreas tropicais: Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan. (angico, angico vermelho, angico branco, curupay) e Anadenanthera peregrina (L.) Speg. (angico, angico preto, angico de casca, angico do cerrado, yopo ou cohoba). As duas espécies são de ocorrência frequente na paisagem da região de Ribeirão Preto, apresentando-se em aglomerados quase monoespecíficos popularmente conhecidos como angicais. Visando contribuir para futuras medidas conservacionistas, o objetivo deste trabalho foi investigar a diversidade genética, o sistema de reprodução, a estrutura genética espacial e o fluxo gênico contemporâneo de A. colubrina e A. peregrina em angicais da Região de Ribeirão Preto SP usando como ferramenta de análise um conjunto de marcadores moleculares microssatélites (SSR). Para isso, foram construídas duas bibliotecas enriquecidas para microssatélites usando a espécie A. colubrina que resultaram em 20 marcadores SSR testados para a espécie e subsequentemente transferidos para A. peregrina. Desses 20 marcadores, 14 foram polimórficos em cada uma das espécies. Através dessa ferramenta molecular, foi possível realizar os estudos de diversidade genética, endogamia e distribuição genética espacial em A. colubrina e A. peregrina na região de Ribeirão Preto, que acusaram de uma maneira geral, muitas semelhanças entre as duas espécies, bem como entre os angicais de uma mesma espécie. A diferença mais marcante encontrada entre elas foi com relação a estrutura genética espacial, pois todos os angicais de A. colubrina apresentaram forte estruturação, enquanto que os de A. peregrina demonstraram ter uma dispersão aleatória dos indivíduos. O sistema reprodutivo e o fluxo de pólen nas duas espécies foi acessado usando sete marcadores moleculares microssatélites. Para essas análises foram genotipados indivíduos juvenis e adultos (totalizando 352 de A. colubrina e 355 de A. peregrina) presentes nos angicais Acol/PB, Aper/SP255 e Aper/Faz. Através das análises constatou-se que ambas as espécies tem sistema de acasalamento misto, embora A. colubrina tenha apresentado uma proporção maior de autofecundação (tm Acol = 0,619; tm Aper= 0,905). Também foram encontrados elevados índices de cruzamento entre parentes (tm-ts Acol = 0,159; tm-ts Aper = 0,216) e parentesco (coancestria), o que resultou num baixo tamanho efetivo populacional para ambas as espécies. As estimativas das taxas de cruzamentos multilocos individuais apresentaram grande variação nas duas espécies, mostrando a flexibilidade do sistema reprodutivo no gênero Anadenanthera. O número efetivo de doadores de pólen foi muito baixo para um mesmo fruto (1,10 em A. colubrina e 1,24 em A. peregrina) e mais alto entre frutos de uma mesma árvore (2,61 em A. colubrina e 3,35 em A. peregrina), usando a estimativa indireta de correlação de paternidade. Análises de paternidade revelaram distâncias de dispersão de pólen em duas escalas para ambas as espécies. Dessa forma, ocorreram muitos cruzamentos locais, entre árvores próximas no mesmo angical, mas também foram encontradas grandes distâncias de dispersão de pólen. A média da distância de dispersão em A. colubrina foi de 299,88 m e de 214,369 m em A. peregrina. Alto fluxo de pólen oriundo de árvores externas aos angicais de ambas as espécies foi detectado, indicando que os grupos não são isolados reprodutivamente. Por outro lado, o fluxo gênico crítico foi também muito elevado nas estimativas, provavelmente devido ao baixo poder de exclusão que os locos apresentaram dentro dos angicias de ambas as espécies. / Anadenanthera is a genus of Mimosaceae that is endemic to Latin America and the West Indies and comprises two tropical tree species: Anadenanthera colubrina (Vell.) Brenan. (popularly known as angico, angico vermelho, angico branco or curupay) and Anadenanthera peregrina (L.) Speg. (angico, angico preto, angico de casca, angico do cerrado, yopo or cohoba). Both species are commonly found in the Ribeirão Preto region, usually as nearly monospecific agglomerates known as angicais. To aid future conservationist measures, this work investigated the genetic diversity, gene flow, spatial genetic structure and contemporary mating system of A. colubrina and A. peregrina in the angicais of Ribeirão Preto Region SP by analyzing a sample of simple sequence repeat markers (SSR). Two microsatellites libraries were created from A. colubrina, providing 20 SSR markers that were tested for that species and later applied to A. peregrina. Fourteen out of the 20 markers were polymorphic between the species, allowing an examination of the genetic diversity, endogamy and spatial genetic structure in A. colubrina and A. peregrina in the Ribeirão Preto region, which revealed several similarities between the two species, as well as among the angicais of a single species. The most remarkable difference between the species was related to the spatial genetic structure, as all angicais of A. colubrina presented strong structuration, whereas those of A. peregrina exhibited an aleatory dispersion of individuals. The mating system and pollen flow in both species were analyzed through seven SSR. Adults and juveniles from the angicais Acol/PB, Aper/SP255 and Aper/Faz were genotyped for those analyses (352 specimens of A. colubrina and 355 of A. peregrina), revealing that both species undergo a mixed mating system, although A. colubrina presented a higher percentage of self-mating (tm Acol = 0.619; tm Aper= 0.905). High indices of mating among relatives (tm-ts Acol = 0.159; tm-ts Aper = 0.216) and coancestry were also found, resulting in a low effective population size for both species. A wide range in the estimate of the mutilocus breeding rate was found for both species, reflecting the plasticity of the mating system in the genus Anadenanthera. The effective number of pollen donors was very low for a single fruit (1.10 in A. colubrina and 1.24 in A. peregrina) and higher between fruits from the same tree (2.61 in A. colubrina and 3.35 in A. peregrina), using an indirect estimate of the paternity correlation. Paternity analyses revealed the distance of pollen dispersion on two different scales: many local outcrossings (between close trees from the same angical) in addition to long-distance pollen dispersion. The average dispersion distance was 299.88 m in A. colubrina and 214.369 m in A. peregrina. A high pollen flux from trees outside the angicais of both species was observed, indicating a lack of reproductive isolation. However, the gene flow was also very high, likely due to the low power of exclusion presented by loci from both species inside the angicais.

O objetivo do presente projeto foi caracterizar a diversidade genética de 63 acessos de urucum (Bixa orellana), mantidos no Banco de Germoplasma do Instituto Agronômico (IAC), a partir da utilização de marcadores microssatélites. Para tanto foram desenvolvidos locos microssatélites para a espécie por meio de uma biblioteca genômica enriquecida. A partir da biblioteca genômica desenvolvida foram obtidas e sequenciadas um total de 84 colônias. Deste total, foram encontrados microssatélites em 57 colônias, o que representa 67,9% de enriquecimento. Foram identificados 70 microssatélites, sendo que destes, foram desenhados e selecionados um total de 31 iniciadores. Dentre estes, 25 iniciadores apresentaram produtos de amplificação, sendo 15 (60%) monomórficos para o grupo de indivíduos estudados. A caracterização dos acessos presentes no germoplasma de urucum, com os 10 iniciadores polimórficos permitiu identificar 38 alelos polimórficos, variando de 2 a 6 alelos por loco, obtendo-se uma média de 3,8 alelos por loco. Os valores de heterozigosidade esperada (He) variaram de 0,464 a 0,765, com média de 0,572. Por outro lado, a heterosigozidade observada (Ho) variou de 0 a 0,744, com média de 0,362. A partir dos índices de fixação de Wright foi possível inferir a taxa aparente de cruzamento, que neste caso foi de 0,39. Os valores de PIC observados neste estudo variaram de 0,359 a 0,725, com média de 0,497. Os marcadores BorB4, BorG3, BorC12, BorG4, BorA2 e BorF5_2 demonstraram ser moderadamente informativos enquanto os iniciadores BorB10, BorB12, BorF1 e BorE7 foram considerados marcadores altamente informativos. A análise de agrupamento para os genótipos avaliados apresentou estruturação em dois grandes grupos, um com acessos da região Norte e outro com os acessos da região Sudeste. Os valores das distâncias de Rogers modificada estimados a partir dos marcadores SSR, variaram de 0 a 0,968, podendo ser identificadas apenas duas duplicatas. O coeficiente de correlação de Pearson (r) entre as distancias genéticas e geográficas obtido com o teste de Mantel foi baixo (r = 0,367), embora significativo (P<0,01). A partir da análise bayesiana realizada pelo software Structure, o conjunto de acessos foi dividido em dois grupos, que coincidiram com os grupos obtidos na análise de agrupamento, demonstrando a consistência dos dados obtidos. Foi possível identificar que o grupo de acessos do Grupo 2 (região Norte) apresenta índices de diversidade superiores ao Grupo 1 (região Sudeste). Os valores médios obtidos de FST (0,183) e GST\' (0,194) indicam a existência de estruturação na amostra total e corrobora os resultados obtidos pela análise de agrupamento, e também com os dados obtidos pela análise de estruturação com o software Structure. Os valores médios de FIT (0,483) e HT\' (0.632) demonstraram a elevada diversidade genética no conjunto de acessos estudado. O fato de que os valores de FIS e GIS sejam maiores do que os valores de FST e GST para praticamente todos os locos, indicam a existência de maior diversidade dentro de cada grupo de acessos do que entre os grupos. A manutenção do banco ativo de germoplasma de urucum possibilita a preservação do patrimônio genético e pode fornecer matéria prima para as atividades de melhoramento e fomento da cadeia produtiva da cultura. / The aim of this project was to characterize the genetic diversity of 63 accessions of annatto (Bixa orellana), maintained at the Germplasm Bank of the Agronomic Institute (IAC), using microsatellite markers. For that purpose, microsatellite loci have been developed for this species through an enriched DNA genomic library. From the genomic library developed a total of 84 colonies were obtained and sequenced. Microsatellites were found in 57 colonies, representing 67.9% of enrichment. Seventy microsatellites were identified and, from those, a total of 31 primers were selected. Among these, 25 primers showed amplification products and 15 (60%) were monomorphic for the group of accessions studied. The germplasm accessions characterization with the 10 polymorphic primers showed 38 polymorphic alleles, ranging from 2 to 6 alleles per locus, yielding an average of 3.8 alleles per locus. Values of expected heterozygosity (He) ranged from 0.464 to 0.765, averaging 0.572. Moreover, the observed heterozygosity (Ho) ranged from 0 to 0.744, averaging 0.362. From the Wright\'s fixation index, it was possible to infer the apparent outcrossing rate, which in this case was 0.39. The PIC values observed in this study ranged from 0.359 to 0.725, averaging 0.497. The markers BorB4, BorG3, BorC12, BorG4, and BorA2 BorF5_2 were shown to be moderately informative, and the primers BorB10, BorB12, BorF1 BorE7 were considered highly informative markers. The cluster analysis for the genotypes showed structuring into two major groups, one with the accessions from the North and another with the accessions from the Southeast. The values of the modified Rogers distances estimated from the SSR markers ranged from 0 to 0.968, and only two duplicates were identified. The Pearson correlation coefficient (r) between genetic and geographic distances obtained with the Mantel test was low (r = 0.367), although significant (P <0.01). From the Bayesian analysis performed by the software Structure, the accessions were divided into two groups, which coincided with the groups obtained from the cluster analysis, demonstrating the consistency of the results obtained. It was possible to identify that the accessions in Group 2 (Northern region) present diversity indexes higher than Group 1 (Southeast). The average values of FST (0.183) and GST\' (0.194) indicate the existence of genetic structure in the total sample and confirms the results obtained in the cluster analysis, and also with the data obtained in the structure analysis using the software Structure. The average values of FIT (0.483) and HT\' (0.632) demonstrated the high genetic diversity among the accessions studied. The fact that the FIS and GIS values are higher than the values of FST and GST for almost all loci indicates that diversity is higher within each group than between groups of accessions. Maintaining the annatto germplasm bank enables the preservation of genetic resources and can provide material for breeding activities and improvements in the crop production chain.

Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-17T13:43:36Z No. of bitstreams: 1 flaviarangeldesouza.pdf: 928380 bytes, checksum: cf3367ab259e0a080c36f809b17947c3 (MD5) / Rejected by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br), reason: on 2017-08-24T11:26:44Z (GMT) / Submitted by isabela.moljf@hotmail.com (isabela.moljf@hotmail.com) on 2017-08-24T15:17:40Z No. of bitstreams: 0 / Approved for entry into archive by Adriana Oliveira (adriana.oliveira@ufjf.edu.br) on 2017-08-30T14:31:44Z (GMT) No. of bitstreams: 0 / Made available in DSpace on 2017-08-30T14:31:44Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2017-02-21 / O capim-elefante (Cenchrus purpureus) é uma gramínea perene utilizada na alimentação bovina, principalmente na bovinocultura de leite. Atualmente, devido a sua alta produção de biomassa, o capim-elefante tem sido utilizado como insumo energético na produção de energia térmica (combustão direta, carvão vegetal e resíduos), energia mecânica (álcool combustível e bio-óleos) e energia elétrica (pela combustão, gaseificação e queima de gases). A forma de propagação do capimelefante é preferencialmente vegetativa, através de estacas, e a espécie é conhecida por produzir sementes de baixa germinação, o que dificulta a expansão em grandes áreas. Dessa forma, torna-se necessário avançar no conhecimento a respeito da biologia reprodutiva e gerar conhecimento para auxiliar a seleção de genótipos superiores nos programas de melhoramento do capim-elefante. O objetivo deste trabalho foi estimar a taxa de cruzamento do capim-elefante a fim de entender o comportamento reprodutivo na espécie. Para este estudo, 18 indivíduos pertencentes ao Programa de Melhoramento de Capim-Elefante da Embrapa Gado de Leite foram selecionados, e sementes foram coletadas. 20 mudas descendentes de uma mesma planta foram escolhidas, tendo uma população final de 378 indivíduos. Foi inicialmente extraído o DNA de todos os indivíduos, e as regiões de interesse foram amplificadas por PCR. Testes foram realizados com dezenove marcadores microssatélites, e seis obtiveram sucesso na amplificação e na presença de bandas polimórficas. Foi gerado um dendrograma com os parentais para identificar relações de parentesco entre os indivíduos amostrados, que mostrou uma baixa similaridade, sendo a maioria dos parentais com índices menores do que 0,75. Além disso, a AMOVA revelou que 86% da variabilidade da população está presente dentro das progênies, resultado que está de acordo com espécies predominantemente alógamas. A alogamia foi confirmada com resultados da estimativa da taxa de cruzamento: a taxa multilocus, de 0,957; a taxa unilocus, de 0,900; a taxa de autofecundação, de 0,043, além de apresentar coeficiente de endogamia de -0,200 e correlação de paternidade de 0,045, demonstrando que há maior presença de heterose e que são poucos os indivíduos que são irmãos completos. Os resultados apresentados são importantes para o entendimento do tipo de cruzamento presente na espécie e auxiliarão na definição de novas estratégias nos programas de melhoramento. / The Napier grass (Cenchrus purpureum) is a perennial grass used as forage crop mainly in dairy cattle. Nowadays, the Napier grass has been used as energy feedstock, due to high biomass yield, producing thermal energy (direct combustion, charcoal and residues), mechanical energy (biofuels and bio-oils) and electrical energy (through gas combustion, gasification and burn). C. purpureum is, preferably, a vegetative propagation species, that reproduces through stems. Its seeds have low quality, making difficult its expansion in extensive areas. Thus, it is necessary to extend the knowledge about the reproductive biology and selection of superior genotypes in Napier grass breeding programs. The aim of this study was to estimate the outcrossing rate of Napier grass in order to understand the reproductive behavior of this species. For that, 378 individuals were selected and divided in 18 parental and its progenies groups. DNA was extracted from all individuals and selected microsatellite regions were amplified by PCR. A total of 19 microsatellite markers were tested and six were successful in the amplification of polymorphic DNA bands. A dendrogram was generated with parental individuals to identify the relationship among them and a low similarity (<0.75) was found. AMOVA revealed 86% of variability within progenies which correlates with species predominantly alogamic. The allogamy was confirmed through analysis of outcrossing rate: the multilocus rate (0.957), unilocus rate, (0.900), selfing rate (0.043), inbreeding coefficient (-0.200), and correlation of paternity (0.045). These results indicate that heterosis is present and few individuals share the same parental origin. These findings are important to understand the outcrossing rate in this species and may help to define new strategies in breeding programs.

Orientadores: Anete Pereira de Souza, Antonio Augusto Franco Garcia / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Economia / Made available in DSpace on 2018-08-20T23:12:17Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_LiviaMourade_D.pdf: 2370923 bytes, checksum: b0c800b4425fab2c0c9fda9cbbb4798d (MD5) Previous issue date: 2012 / Resumo: A seringueira é uma espécie de cruzamento misto e com um longo ciclo de vida, o que dificulta a geração de linhagens endogâmicas e, por consequência, a construção e integração de mapas de ligação usando as metodologias convencionais. A exemplo do que tem sido feito em outras espécies vegetais que apresentam limitações para a obtenção de linhagens endogâmicas, os mapas genéticos existentes para seringueira foram construídos utilizando populações F1 (com diferentes tipos de segregação). A integração dos mapas obtidos para cada um dos genitores é possível com base em marcadores bi-parental, onde ambos os genitores são heterozigóticos podendo segregar nas proporções 1:1:1:1, 1:2:1 e 3:1 na progênie F1. Além disso, o uso de marcadores codominantes e multialélicos, como os microssatélites, acrescentam muito à construção do mapa, uma vez que permite a obtenção de estimativas de frequência de recombinação e da fase de ligação com um menor viés. Os microssatélites são marcadores moleculares consagrados, sendo eles a ferramenta de escolha no estudo de diversos organismos pela simplicidade de uso e de análise. Entretanto, para espécies que ainda não têm grande parte de seu genoma sequenciado, a obtenção de marcadores desse tipo passa pela necessidade de desenvolvimento via bibliotecas genômicas. Esse trabalho objetivou desenvolver, caracterizar e mapear microssatélites em Hevea brasiliensis para possibilitar estudos genético-moleculares da variação morfológica, identificação de regiões genômicas associadas a fenótipos de interesse, bem como análises genético-populacionais. Uma biblioteca genômica enriquecida em motivos repetitivos foi construída, a partir da qual foram desenvolvidos os microssatélites utilizados nesse trabalho. A utilização dos microssatélites de Hevea brasiliensis em amplificações heterólogas envolvendo seis espécies do gênero Hevea resultou em aproximadamente 98% de sucesso nas amplificações, sugerindo a existência de um complexo formado pelas diferentes espécies do gênero. Um mapa genético-molecular foi construído utilizando-se 284 marcadores microssatélites na análise de uma população segregante F1 com 270 indivíduos, a partir do cruzamento entre os genitores PB217 e PR255. Por meio da utilização do programa ONEMAP foi possível a construção de um mapa de ligação integrado que revelou 2840 cM de extensão, distribuídos em 23 grupos de ligação. O mapeamento de QTLs realizado utilizando metodologia de mapeamento por intervalo composto (CIM) detectou 24 QTLs para altura e circunferência das plantas entre as estações de verão e inverno. Este trabalho é pioneiro na construção de um mapa integrado para seringueira pelo fato dele ter sido construído unicamente com marcadores microssatélites, os quais são altamente informativos. Além disso, é também o primeiro estudo envolvendo análise de QTL para características relacionadas ao crescimento de plantas em seringueira, bem como é inédita a aplicação da metodologia CIM para população F1 segregante / Abstract: The rubber tree is an mixed crossing species with a long life cycle, which makes it difficult for the generation of inbred lines, and, therefore, the construction and integration of linkage maps by using conventional methodologies. Similar to what has been reported from other plant species that have limitations to obtain inbred lines, the genetic maps for rubber tree have been constructed by using F1 populations (with different types of segregation). The integration of maps obtained for each of the genitors is possible based on bi-parental markers, where both genitors are heterozygous, being able to segregate in ratios 1:1:1:1, 1:2:1 and 3:1 in the F1 progeny. Moreover, the use of co-dominant and multi-allele markers, such as microsatellites, adds a lot to the construction of maps, since it allows the obtainment of estimates of recombination frequency and linkage phase with less bias. The microsatellites are established molecular markers which are the tool of choice in the study of various organisms for their simplicity of use and analysis. Nevertheless, their application in species whose genomes have not yet been sequenced requires a prior development phase. The present study intended to develop, characterize and map microsatellites for the species Hevea brasiliensis so that initiatives concerning morphological variation, identification of genomic regions linked to phenotypes of interest, as well as population genetic analysis. A repetitive DNA-enriched library was constructed from which it was developed the microsatellites used in this work. The use of Hevea brasiliensis microsatellites for heterologous amplification in other six Hevea species was done with approximately 98% of success ratio, suggesting the existence of a complex formed by different species. A molecular genetic map was constructed using 284 microsatellite markers in the analysis of an F1 segregating population with 270 individuals from a cross between the parents PB217 and PR255. By using the program ONEMAP it was possible the construction of an integrated linkage map that revealed 2840 cm in length, divided into 23 linkage groups. The QTL mapping methodology was performed using composite interval mapping (CIM) and detected 24 QTLs for plant height and circumference between summer and winter. This work is a pioneer in building an integrated map for rubber because it was built only with microsatellite markers, which are highly informative. Furthermore, it is also the first one involving the analysis of QTL for characteristics related to the growth of rubber tree plants, as well as novel application of the CIM methodology for this type of population / Doutorado / Genetica Vegetal e Melhoramento / Doutor em Genetica e Biologia Molecular