<p>Kratki uzastopni ponovci predstavljaju klasu mikrosatelitskih segmenata DNK, rasprostranjenih &scaron;irom genoma čoveka. Građeni su od uzastopno ponavljajućih sekvenci dužine 2-6 parova nukleotida. Zahvaljujući različitom broju ponavljanja repetitivne jedinice, većina mikrosatelitskih markera pokazuje visok stepen polimorfizma dužine, koji je moguće ispitati primenom tehnike lančane reakcije polimeraze. Pored utvrđivanja spornih srodničkih odnosa, analiza X hromozom mikrosatelitskih markera može se uspe&scaron;no koristiti i u oblastima kriminalistike, humane identifikacije, populaciono-genetičkim i demografskim istraživanjima i dr. Cilj istraživanja je izrada populacione studije, iz koje će se izračunati broj i frekvencija alela, struktura i frekvencija haplotipova, utvrditi vrednosti relevantnih statističkih parametara, oceniti mogućnost primene analize X-STR markera u slučajevima iz oblasti medicinske kriminalistike, humane identifikacije i ve&scaron;tačenja spornih srodničkih odnosa u populaciji Vojvodine. Istraživanjem je obuhvaćeno 200 odraslih, međusobno nesrodnih osoba. Izolacija DNK materijala iz krvnih mrlja vr&scaron;ena je Chelex metodom, a amplifikacija dobijenih uzoraka DNK metodom PCR, uz kori&scaron;ćenje komercijalnog Mentype&reg; Argus X-12 PCR Amplification Kit &ndash; a. Razdvajanje i detekcija dobijenih fragmenata izvr&scaron;eno je kapilarnom elektroforezom GeneScan i Genotyper programom. Statististička obrada rezultata izvr&scaron;ena je pomoću Arlequin i GENEPOP programa. Za vizuelizaciju interpopulacionih genetičkih odnosa, upotrebljen je program POPTREE2 i koordinatna analiza (Principal Coordinate Analysis - PCoA). Dobijeni rezultati ukazuju da se analiza ispitivanih X-STR markera može uspe&scaron;no primeniti u slučajevima iz oblasti medicinske kriminalistike, humane identifikacije i ve&scaron;tačenja spornih srodničkih odnosa u populaciji Vojvodine, kao i da mogu poslužiti kao osnova za dalja istraživanja u&nbsp; populacionogenetičkim, antropolo&scaron;kim, demografskim i drugim oblastima.</p> / <p>Short tandem repeats (STR) represent a class of microsatellites, widely spread throughout the human genome, consisting of tandemly repeated sequences of 2-6 bp. Related to variation in the number of repeat unit displayed, most of microsatellites show a high degree of length polymorphism, investigated by the PCR techniques. The aim of this research is to create a population study, which will be used to calculate allele and haplotype frequencies, determine the value of relevant statistical parameters and assess the possibility of applying X-STR markers analysis in the fields of forensics, human identification and kinship testing. The study included 200 unrelated adults. DNA isolation was performed by Chelex method and DNA amplification by PCR, using commercial Mentype Argus X-12 PCR Amplification Kit. Separation and detection of fragments was obtained by capillary electrophoresis using Gene Scanand Genotyper program. Statistical analysis of the result was performed using Arlequin and GENEPOP program. For visualization of inter population genetic distances POPTREE2 program and coordinate analysis (PCoA) was used. The results show that the analysis of X-STR markers can be successfully applied in the field of forensics, human identification and kinship testing in the population of Vojvodina, as well as to serve as a basis for further research in population genetic, anthropological, demographic and other scientific areas.</p>

INTRODUÇÃO: A síndrome de Williams-Beuren (SWB) resulta de uma deleção de aproximadamente 1.5 Mb na região 7q11.23. A haploinsuficiência ocasiona alterações do desenvolvimento neurológico assim como malformações em múltiplos sistemas. OBJETIVOS: Testar utilidade de marcadores polimórficos para o diagnóstico da síndrome, determinar a proporção de pacientes com microdeleção, comparar características clínicas entre pacientes com e sem microdeleção e investigar origem parental. MÉTODOS: Selecionamos 32 pacientes com avaliação clínica para SWB atendidas no ICr. Critérios de inclusão: presença de dismorfismo craniofacial acompanhado ou não de alterações cardiovasculares, comportamento característico ou hiperacusia. Para a genotipagem do trio - afetado, mãe e pai, utilizamos os marcadores D7S1870, Eln 17/éxon18 e Hei. Análise em gel de poliacrilamida à 7% com imagens digitalizadas. RESULTADOS: Os marcadores D7S1870, Hei e Eln17/éxon18 foram 78% informativos e 22% não informativos. O marcador mais informativo foi o D7S1870 69%, seguido do Hei 55% e ELN 17/éxon18 em 43%. Houve microdeleção em 56% e ausência em 22%. A origem parental da deleção foi 9 materna e 8 paterna. As alterações craniofaciais e cardiovasculares não tiveram diferenças estatisticamente significantes entre portadores e não portadores da microdeleção. O comportamento amigável resultou numa diferença estatística muito significante (p=0,006) onde 88% tinham e 28% não tinham microdeleção. A hiperacusia teve diferença estatística significante (p=0,020) presente em 55% dos pacientes com microdeleção. CONCLUSÃO: Os dados obtidos demonstraram que os marcadores utilizados são úteis no diagnóstico da SWB e acessível para utilização em serviço público. / INTRODUCTION: Williams-Beuren syndrome (WBS) results of ~1.5 Mb commonly deleted region chromosome 7q11.23 in 90-95% of all clinically typical cases. The clinical manifestations can be variable and is a developmental disorder with multisystem manifestations caused by haploinsufficiency for contiguous genes in this region. OBJECTIVE: Polimorphic markers were tested to determine the proportion of patients with and without microdeletion, to compare the clinical features and to establish the parental origin of the deletion. METHODS: 32 probands with WBS ascertained according to well-established diagnostic criteria. Genotyping using polimorphic markers D7S1870, Eln 17/éxon18 and Hei was performed on DNA from the patients and their available parents. RESULTS: The three markers were informative in 78% and non informative in 22%. The best marker was D7S1870 with 69%, followed by Hei in 55% and ELN 17/éxon18 in 43%.The microdeletion was present in 56% and absent in 22%. Craniofacial and cardiovascular alterations did not have significant statistical differences between probands with or without microdeletion. Two following characteristics (friendly personality and hyperacusia) were more frequent in the deleted group and these differences were statistical significant (p=0,006 and 0,02 respectively). CONCLUSIONS: Polimorphic markers used here demonstrated its viability and utility for the confirmation diagnosis of SWB in a public service.

O entendimento da contribuição diferencial de processos neutros e adaptativos envolvidos na diferenciação genética entre populações, assim como sua relação com varáveis físicas e ambientais da área de distribuição das espécies, é fundamental para melhorar o conhecimento da história evolutiva, mas também para fazer um manejo e conservação mais adequados da diversidade genética das espécies. O surgimento da Planície Costeira do Atlântico Sul foi um processo relativamente recente, que conduziu a processos de colonização e expansão dos organismos para um ambiente costeiro. Os padrões de estrutura genética gerados em processos de colonização e expansão podem ser difíceis de interpretar devido ao fato de que podem apresentar sinais sobrepostos de efeito fundador em série, isolamento por distância e isolamento por ambiente quando envolvem gradientes ecológicos na área de estudo. No presente trabalho foram conduzidas caracterizações da diversidade e estrutura genética de dois taxa predominantemente costeiros co-distribuídos, Calibrachoa heterophylla e Petunia integrifolia ssp. depauperata, em toda a amplitude da distribuição. Também foram inferidas as dinâmicas de fluxo gênico entre populações e sua relação com variáveis topográficas e climáticas reconstruídas pelo meio de um levantamento exaustivo e modelamento para a área de estudo. Processos de diferenciação genética promovidos pelo regime diferencial de chuvas nos extremos da distribuição foram inferidos para as duas espécies. Também foram identificadas populações das duas espécies apresentando alto nível de mistura de identidade genética nas localidades ao redor da Lagoa dos Patos. Isso foi associado a alta instabilidade na história geomorfológica recente desta região e dinâmicas atuais do vento que favorecem a dispersão secundária de sementes a maiores distâncias. Adicionalmente foram identificados processos espécie-específicos que se relacionaram principalmente a fatores históricos de cada táxon. Em P. depauperata o efeito fundador relacionado a um processo único de colonização do ambiente costeiro determinou o nível superior de estrutura genética, enquanto que em C. heterophylla foi a história filogeográfica da espécie na qual a diferenciação intraespecífica é anterior à colonização da região costeira atual o fator preponderante. As diferenças de duração do ciclo de vida entre as espécies também influenciaram as dinâmicas contrastantes de fluxo gênico dos dois taxa, sugerindo que a colonização e adaptação local de C. heterophylla nas bordas da distribuição poderia ser condizente com um processo de monopolização. Em vista dos resultados obtidos neste trabalho, propõem-se o desenvolvimento de experimentos de transplante recíproco para confirmar o processo de adaptação local nas duas espécies e abordagens genômicas para identificar regiões do genoma responsáveis pelos processos de adaptação ao ambiente costeiro e de adaptação local nas margens da distribuição. / The understanding of differential contribution of neutral and adaptive processes to the genetic differentiation among populations, as well as its relationship to physical and environmental variables of species’ distribution area, is essential to improve the knowledge of species evolutionary history, but also to direct appropriate management and conservation policies for the genetic diversity. The emergence of the South Atlantic Coastal Plain was a relatively recent event that led to colonization and expansion processes to the coastal environment. Genetic structure patterns generated in colonization and expansion processes can be difficult to interpret because the overlapping signals, which can present the founder effect in series, isolation by distance, and isolation by environment in the presence of ecological gradients in the study area. In this work characterization diversity and genetic structure were conducted to two co-distributed and predominantly coastal taxa, Calibrachoa heterophylla and Petunia integrifolia ssp. depauperata alongside their complete geographical range. Moreover, we also inferred dynamic of gene flow among populations and investigated the relation between topographical and climatic variables reconstructed by means of an exhaustive survey and modeling for the study area and the gene flow. Shared genetic differentiation processes promoted by differential rainfall conditions at the distribution edges were inferred. In addition, we identified populations from both species with high level of mixed genetic membership in locations around the Patos Lagoon. This was associated with a high instability in recent geomorphological history of coastal region and current wind dynamics that favor the secondary seed dispersal over longer distances. Additionally, specific species processes were identified mainly related to historical factors of each taxon. In P. depauperata founder effects associated with unique colonization process to coastal environment determined the upper level of genetic structure, while in C. heterophylla the upper level of genetic structure was related to the phylogeographical history wherein the intra-specific differentiation preceded colonization to the current coastal region. The differences of the life span length of the species were also related to contrasting gene flow dynamics indicating that the colonization and local adaptation of C. heterophylla at the edges of the distribution could lead to monopolization process. In view of the results we propose the development of reciprocal transplant experiments to confirm the local adaptation process in both species and genomic approaches to identify regions of the genome responsible for the processes of adaptation to the coastal environment and local adaptation in distribution margins.

The growing demand for strawberries has imposed challenges, especially regarding the control of pests. Many farmers report problems with reduced chemical control efficiency, probably due to selection of resistant populations of insects and mites. An alternative is the use of biological control using pathogenic fungi as a tool in integrated pest management. Metarhizium spp. (Hypocreales: Clavicipitaceae) are generalist entomopathogenic fungi with worldwide distribution and can cause diseases in a large number of hosts. Many studies on the development of Metarhizium as a biological control agent were performed, but this bulk of knowledge is in remarkable contrast to the lack of research on the fundamental ecology of Metarhizium in agroecosystems. This thesis aimed to evaluate the establishment, persistence and dispersal of these entomopathogenic fungi in strawberry crop soil in Inconfidentes, Minas Gerais, Brazil; and to study the diversity and abundance of species of Metarhizium isolated from organic and conventional strawberry crop soils, and the field margins in Brazil and Denmark. The effectiveness of new species of Metarhizium recently found in Brazil, was evaluated against two spotted spider mite, Tetranychus urticae. Applied isolates of M. anisopliae (ESALQ1037) and M. robertsii (ESALQ1426) were able to persist for up to 12 months after the application within the soil, and disperse to other plots and colonize the rhizosphere of strawberry plants. In the plots where ESALQ1037 and ESALQ1426 were applied, 25% and 87.5% of the isolates recovered after 12 months consisted of the same isolates inoculated. A new taxonomically unassigned lineage, referred to as Metarhizium sp. Indet. 5 in this study, was found in strawberry crop margins. The dominant species of Metarhizium in Brazil and Denmark was Metarhizium robertsii and M. brunneum respectively. Further, Metarhizium pemphigi was first detected in Denmark in this study. Soil in organically grown strawberries harbored a more diverse population of Metarhizium spp. compared with conventionally grown strawberries. These studies showed for the first time the potential of new species of Metarhizium as spider mite biological control agents, the lowest median lethal time (LT50 = 4 ± 0.17 days) was observed in mites treated with the isolate ESALQ1638 of Metarhizium sp. indet. 1. The best isolates were ESALQPL63 of B. bassiana, ESALQ1608 and ESALQ1638 of Metarhizium sp. indet. 1 and ESALQ3069 and ESALQ3222 of M. pingshaense based on the survival curve, total mortality, percentage of sporulated cadavers and LT50. Knowledge of the diversity of Metarhizium spp. and persistence in strawberry soil generated in this study may be useful in developing conservation strategies and maximize the natural biological pest control. / A crescente demanda por morangos vem impondo desafios, especialmente quanto ao controle das pragas. Muitos agricultores relatam problemas com a redução da eficiência do controle químico, provavelmente devido à seleção de populações resistentes de insetos e ácaros. Uma alternativa é o uso de controle biológico com fungos entomopatogênicos como ferramenta dentro do manejo integrado de pragas. Metarhizium spp. (Hypocreales: Clavicipitaceae), são fungos entomopatogênicos generalistas com distribuição cosmopolita e que podem causar doenças em um grande número de hospedeiros. Muitos estudos sobre o desenvolvimento de Metarhizium como agente de controle biológico foram realizados, mas este leque de conhecimento está em contraste com a notável falta de investigação sobre a ecologia de Metarhizium nos agroecossistemas. Esta tese teve como objetivo avaliar o estabelecimento, persistência e dispersão destes fungos entomopatogênicos em solo de morangueiro em Inconfidentes, Minas Gerais, Brasil; bem como estudar a diversidade e abundância de espécies de Metarhizium isolados do solo de cultivos orgânico e convencional de morangueiro, e das margens das plantações no Brasil e Dinamarca. A eficácia de novas espécies de Metarhizium, encontradas recentemente no Brasil, foi avaliada contra o ácaro rajado, Tetranychus urticae. Os isolados inoculados de M. anisopliae (ESALQ1037) e M. robertsii (ESALQ1426) foram capazes de persistir por até 12 meses após a aplicação no solo, além de dispersar para outras parcelas e colonizar a rizosfera dos morangueiros. Nas parcelas onde ESALQ1037 e ESALQ1426 foram aplicados, 25% e 87,5% dos isolados recuperados após 12 meses consistiam dos mesmos isolados inoculados. Uma nova linhagem não taxonomicamente identificada, referida neste trabalho como Metarhizium sp. Indet. 5, foi encontrada nas margens de morangueiros cultivados. A espécie dominante de Metarhizium no Brasil e Dinamarca foi Metarhizium robertsii e M. brunneum, respectivamente. Além disso, Metarhizium pemphigi foi detectado pela primeira vez na Dinamarca neste estudo. Solos de cultivo orgânico de morangueiro em geral apresentaram uma diversidade maior de Metarhizium do que solos de cultivos convencionais. Estes estudos revelaram pela primeira vez o potencial de novas espécies de Metarhizium como agentes de controle biológico do ácaro rajado, sendo o menor tempo letal mediano (TL50= 4 ± 0.17 dias) observado em ácaros tratados com o isolado ESALQ1638 de Metarhizium sp. indet. 1. Os melhores isolados foram ESALQPL63 de B. bassiana, ESALQ1608 e ESALQ1638 de Metarhizium sp. indet. 1 e ESALQ3069 e ESALQ3222 de M. pingshaense baseado na curva de sobrevivência, mortalidade total, porcentagem de cadáveres esporulados e TL50. O conhecimento da diversidade de Metarhizium spp. e persistência em solos de morango, gerados neste estudo, poderão ser úteis no desenvolvimento de estratégias de conservação e maximizar o controle biológico natural de pragas.

O câncer de mama é a neoplasia com maior mortalidade entre as mulheres. O emprego de agentes alquilantes no tratamento desta neoplasia pode ocasionar o surgimento de instabilidades genômicas. Tais instabilidades podem estar associadas ao desenvolvimento de neoplasias secundárias como, por exemplo, leucemias. A presente tese avaliou a instabilidade de microssatélites em amostras de sangue, sedimento urinário e plasma de pacientes portadoras de carcinoma mamário ao diagnóstico, 3 e 6 meses após o início do tratamento quimioterápico. Também foi avaliada a concentração do DNA plasmático livre como possível marcador tumoral junto aos marcadores séricos CEA e CA15.3, empregados no acompanhamento do câncer de mama. Foram avaliadas as regiões de microssatélites: Tp53-ALU, Tp53.PCR15.1, BAT 40, BAT26, FMR2 e APC. Entre as 40 pacientes incluídas no presente estudo 88,57% apresentaram instabilidade de microssatélites na fração mononuclear do sangue periférico, 85,8% nas amostras de sedimento urinário e 62,5% no DNA plasmático livre. Não houve concordância significativa entre as instabilidades encontradas nos três tipos de amostra. A concentração de DNA plasmático livre das pacientes quando comparada às doadoras sadias apresentou correlação estatisticamente significativa (p>0,0001), e em paciente em regimes neoadjuvantes que responderam objetivamente à quimioterapia (p=0,02) e não houve correlação com os marcadores séricos CEA e CA15.3. / Breast cancer has the major mortality in women among all kind of cancer. The use of alkylating agents at the treatment of this disease is associated with genomic instability. This instability could be associated with the development of secondary cancer, for example, leukemia. The present thesis evaluated microsatellite instability in blood, pellet cells urinary and plasma in patients with breast cancer at diagnosis, 3 and 6 months after the beginning of chemotherapy. There were evaluated also Free Plasmatic DNA concentration as a possible tumoral marker with the serum markers CEA and CA15.3 used in breast cancer follow up. The microsatellites regions assayed were: Tp53-ALU,Tp53.PCR15.1, BAT 40, BAT26, FMR2 e APC. Among the 40 patients included at the present study 88,57% showed microsallite instability in peripheral mononuclear blood cells, 85,8% in urinary pellet cells samples and 62,5% in Free Plasmatic DNA. There werent statistical significant relationship for the instability found at the three kind of samples assayed. The Free Plasmatic DNA concentration of the patients when compared with healthy donors, showed a statistical significant relationship (p<0,0001). And among patients in neoadjuvant chemotherapy regime who reacted positively by treatment (p=0,02). And there werent statistical significant relationship between Free Plasmatic DNA and serum markers CEA and CA15.3.

Introdução: O câncer gástrico (CG) foi recentemente categorizado em subtipos moleculares, os quais incluem os tumores Epstein-Barr (EBV)-positivo e com instabilidade de microssatélites (MSI). Esta distinção pode nos fornecer informações prognósticas e identificar alvos terapêuticos, tais como o PD-L1. Objetivo: O objetivo desse estudo foi avaliar a presença de EBV, MSI e expressão de PD-L1 no CG e suas associações com características clinicopatológicas e prognósticas. Métodos: Foram avaliados retrospectivamente 287 pacientes com CG submetidos à gastrectomia D2 com intenção curativa entre 2009 e 2016, através da técnica de tissue microarray. As proteínas de reparo do DNA (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) e o PD-L1 foram avaliados por imuno-histoquímica. O EBV foi avaliado por hibridação in situ. Resultados: Identificou-se a presença de EBV e MSI em 10,5% e 27% dos CGs, respectivamente. A maioria dos CGs com MSI apresentou perda simultânea da expressão de MLH1 e PMS2 (60%). O CG EBV-positivo associou-se ao sexo masculino (p=0,032), localização proximal (p < 0,001), tipo indeterminado de Lauren (p < 0,001), histologia pouco diferenciada (p=0,043) e infiltrado inflamatório acentuado (p < 0,001). Os tumores com MSI foram associados à idade mais avançada (p=0,002), gastrectomia subtotal (p=0,004), pN0 (p=0,024) e ao estágio pTNM menos avançado (p=0,020). Observou-se a imunoexpressão de PD-L1 em 8,8% dos casos, com expressão predominante no CG EBV-positivo (p < 0,001). O CG com MSI apresentou melhor sobrevida livre de doença (p=0,006) e sobrevida global (p=0,049) comparado ao EBV-negativo/microssatélite estável (MSS). Na análise multivariada, o status MSI/MSS permaneceu como fator de risco independente associado à recidiva da doença. Conclusão: O CG EBV-positivo apresentou aumento da expressão de PD-L1, enquanto o CG com MSI relacionou-se à melhor sobrevida. Ambos os subgrupos representam entidades distintas de CG e sua identificação é viável por técnicas diagnósticas convencionais. A caracterização destes subtipos de CG possibilita a aplicação de terapias direcionadas e permite ampliar o poder prognóstico dos atuais sistemas de classificação e estadiamento / Introduction: Gastric cancer (GC) has recently been categorized in molecular subtypes, which include Epstein-Barr (EBV)-positive and microsatellite instable (MSI) tumors. This distinction provides prognostic information and identifies therapeutic targets, such as PD-L1. Objective: The aim of this study was to evaluate the presence of EBV, MSI and PD-L1 expression in GC and their associations with clinicopathological characteristics and prognosis. Methods: We retrospectively evaluated 287 patients with GC who underwent D2-gastrectomy with curative intent from 2009 to 2016 through tissue microarray technique. DNA mismatch repair proteins (MLH1, MSH2, MSH6, PMS2) and PD-L1 were assessed by immunohistochemistry. EBV was detected by in situ hybridization. Results: The presence of EBV and MSI was identified in 10.5% and 27% of GCs, respectively. Most MSI GCs showed simultaneous loss of MLH1 and PMS2 expression (60%). EBV positivity was related to male (p=0.032), proximal location (p < 0.001), undetermined Lauren type (p < 0.001), poorly differentiated histology (p=0.043) and intense inflammatory infiltrate (p < 0.001). MSI-tumors were associated with older age (p=0.002), subtotal gastrectomy (p=0.004), pN0 (p=0.024) and more initial pTNM stage (p=0.020). PD-L1 immunoexpression was observed in 8.8% of cases, with predominant expression in EBV-positive GC (p < 0.001). MSI correlated with better disease-free survival (p=0.006) and overall survival (p=0.049) compared to the EBV-negative/microsatellite stable (MSS). In the multivariate analysis, the MSI/MSS status remained as independent risk factor associated with disease recurrence. Conclusion: EBV-positive GCs had increased PD-L1 expression, while MSI GC had better survival outcome. Both subgroups are distinct GC entities and their recognition is feasible by conventional diagnostic techniques. The characterization of these GC subtypes enables the application of targeted therapies and allows to extend the prognostic power of current classification and staging systems

Entre as doenças de maior impacto nos vinhedos paulistas, encontram-se o míldio (Plasmopara viticola) e a ferrugem (Phakopsora euvitis). Os objetivos deste trabalho foram: i. caracterizar a estrutura genética populacional e identificar espécies crípticas de P. viticola; ii. avaliar o progresso temporal de míldio da videira, o efeito da doença na produção das plantas e verificar a contribuição da reprodução sexuada e assexuada de P. viticola na epidemia da doença e; iii. avaliar o progresso temporal de ferrugem da videira. Foram coletados 516 isolados de P. viticola em 11 municípios de São Paulo. Os isolados foram genotipados com 7 marcadores microssatélites. Para a identificação de espécies crípticas de P. viticola, uma subamostra de 130 isolados foi analisada pela técnica CAPS (Cleaved Amplified Polymorphic Sequence), e 94 isolados foram sequenciados para a região ITS1. O progresso temporal do míldio e da ferrugem da videira foram avaliados em 3 ciclos de produção (2014/15, 2015/16 e 2016/17) nos sistemas de condução em espaldeira (ESP), Y descoberto (YD) e Y sob cobertura plástica (YC). A área experimental, localizada em Piracicaba-SP, foi constituída por plantas da variedade Niágara Rosada. As variáveis analisadas foram fenologia, número de folhas por ramo, incidência e severidade das doenças. Para verificar o efeito do míldio na produção das plantas, avaliaram-se a massa média do cacho, a produção por planta, o teor de sólidos solúveis totais (SST) e a acidez titulável (AT) dos frutos. A área abaixo da curva (AAC) foi calculada para o número de folhas por ramo, a incidência e a severidade de míldio e de ferrugem. Os valores de massa do fruto, produção por planta, SST e AT, e os resultados da AAC para as variáveis analisadas, foram submetidos a análise de variância e as médias comparadas pelo teste de Tukey (P<0,05). Na safra 2015/16, 166 isolados de P. viticola foram coletados em três diferentes momentos da epidemia, os quais foram genotipados com os 7 microssatélites mencionados anteriormente. P. viticola clado aestivalis foi a única espécie críptica identificada no Estado de São Paulo. Dentre os 516 isolados analisados, 55 genótipos multilocos (MLG) foram identificados. Quatro MLGs dominantes representaram 65,7% dos genótipos observados. Para o míldio da videira, em 2 das 3 safras avaliadas observou-se desfolha precoce das plantas doentes. A severidade média máxima de míldio observada foi de 14,3% na ESP e 30,9% no YD. Para esses valores de severidade, a doença causou a redução na produção por planta (0,7 a 0,9 kg por planta) e na massa do cacho (67 a 78 g). Em nenhuma das safras houve efeito da doença no teor de SST e na AT. Maiores valores de AAC da severidade de míldio foram verificados no YD em comparação à espaldeira, sugerindo que o sistema em YD favorece o progresso da doença. No YC, a redução da incidência de míldio foi de até 93,7% em relação aos sistemas descobertos, indicando que o sistema em Y associado ao cultivo protegido foi uma ferramenta eficiente no controle da doença. O monitoramento de genótipos de P. viticola na safra 2015/16 revelou que a epidemia foi resultante, predominantemente, de infecções clonais múltiplas causadas por um único genótipo. Queda prematura de folhas em decorrência da epidemia de ferrugem foi observada para os sistemas em YC e YD com valores de severidade inferiores a 5,6%. Em função da desfolha, verificaram-se alterações na fenologia das plantas nos estádios fenológicos finais de desenvolvimento. O progresso da incidência de ferrugem foi mais rápido nos sistemas em YC e YD em relação a ESP. Diferentemente das epidemias de míldio da videira, o uso da cobertura plástica não foi suficiente para o controle satisfatório da ferrugem. / Downy mildew (Plasmopara viticola) and rust (Phakopsora euvitis) are important diseases on vineyards located in São Paulo State. The aims of this study were: i. characterize the population genetic structure and identify cryptic species of P. viticola; ii. evaluate the temporal progress of grapevine downy mildew, the disease effect on yield, and verify the contribution of sexual and asexual reproduction of P. viticola on disease epidemic and; iii. evaluate the temporal progress of grapevine rust. A total of 516 isolates of P. viticola were collected from 11 locations of São Paulo State. The isolates were genotyped with 7 microsatellite markers. To identify cryptic species of P. viticola, a subsample of 130 isolates were analized by Cleaved Amplified Polymorphic Sequence (CAPS), and 94 isolates were sequenced for ITS1 region. Temporal progress of downy mildew and rust were evaluated in 3 growing seasons (2014/15, 2015/16 and 2015/16) on vertical trellis (VT), Y-trellis without plastic cover (YWP), and Y-trellis with plastic cover (YPC). The experimental area, located in Piracicaba-SP, was composed by plants of the variety Niagara Rosada. The variables analyzed were phenology, number of leaves per shoot, disease incidence and disease severity. To verify the effect of downy mildew on yield were evaluated bunch weight, yield per plant, total soluble solids content (TSS) and titratable acidity (TA) of the fruits. Area under the curve (AUC) was calculated for number of leaves per shoot, downy mildew and rust incidence and downy mildew and rust severity. The values of bunch weight, yield per plant, TSS and TA, and AUC results for the analyzed variables, were submitted to variance analysis and the mean values were compared by Tukey test (P<0.05). In the growing season of 2015/16, 166 isolates of P. viticola were collected at three different moments of downy mildew epidemic. The isolates were genotyped with the 7 microsatellites previously mentioned. P. viticola clado aestivalis was the only cryptic species identified in São Paulo State. Among the 516 isolates analyzed, 55 multilocus genotypes (MLG) were identified. Four dominant MLGs represented 65.7% of the observed genotypes. For downy mildew, 2 of the 3 growing seasons evaluated were observed early defoliation of the diseased plants. The maximum average values of disease severity observed were 14.3% in ESP and 30.9% in YD. For these disease severity values, the disease reduced yield per plant (0.7 to 0.9 kg per plant) and bunch weight (67 to 78 g). No effect of downy mildew was verified on TSS and TA in none of the growing seasons. Higher AUC values for downy mildew severity were observed in YWP compared to the VT, suggesting that YWP favors the disease progress. On the YPC, incidence of downy mildew was reduced by up to 93.7% compared to the uncovered systems, indicating that Y-trellis associated with plastic cover was an efficient tool to control the disease. The monitoring of genotypes of P. viticola in the 2015/16 growing season revealed that disease epidemic was drived predominantly by multiple clonal infections caused by a single genotype. Early defoliation due to grape rust epidemic was observed on YWP and YPC with disease severity lower than 5.6%. Due to defoliation caused by rust modification on plant phenology were verified in the final stages of plant development. The progress of rust incidence was faster in YWP and YPC than in VT. Unlikely grape downy mildew epidemics, the use of plastic cover was not sufficient to effectivly control grape rust.

Submitted by Cássia Santos (cassia.bcufg@gmail.com) on 2017-01-03T13:41:19Z No. of bitstreams: 2 Tese - Lucileide Vilela Resende - 2013.pdf: 3679172 bytes, checksum: 19c64d2dca0756ea4259ae775b9de738 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-01-04T09:56:41Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Lucileide Vilela Resende - 2013.pdf: 3679172 bytes, checksum: 19c64d2dca0756ea4259ae775b9de738 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-04T09:56:41Z (GMT). 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We used seven cages containing six females and two males each, which resulted in a progeny of 672 individuals. The genotypes of the individuals were obtained in an automated DNA sequencer. Genotypes were used for genetic diversity, inbreeding, and genetic link analyzes of two generations, and to perform analyzes of variance components, descriptive statistics, Pearson correlations, heritability, t-test, and Utest of Mann-Whitney. In the parental generation we found high probability of combined paternity exclusion (PE = 0.999956), low probability of combined identity (PI = 1.47 x 10-13), and that null alleles frequency was near zero. The values of expected (He) and observed (Ho) heterozygosity, and polymorphism information content (PIC) were equal to 0.768, 0.766 and 0.734, respectively, indicating a high genetic diversity. When we assessed only the progenies, the genetic diversity was maintained (He = 0.760, Ho = 0.757 and PIC = 0.725). The inbreeding coefficient (f) was low and not significant. The genetic link analysis was efficient to assign paternity and maternity for 97% of the progeny. The weight of the offspring at birth and the variables analyzed in eggs are highly correlated. There is also a significant correlation between most measures analyzed. Estimates of heritability values were considered moderate to high. The average number of offspring was 15.93 per female, and 44.6 for males. Females were, on average, heavier than males. The QF was only correlated with the CC in females. We found significant difference between the weight of heavier males when compared to lighter males, but the comparison between QF and weight category was not significant. These results indicated that the 12 microsatellite markers used in the study were robust for the genetic relationships and genetic variability analysis in this species. We also found that the egg’s variables and progeny’s weight were highly correlated, and heritability estimates ranged from moderate to high in the variables analyzed. Females were heavier than males, QF was correlated only with CC in females, and there was no significant difference between heavier males and lighter males. All these information may be useful in future breeding programs for Coturnix japonica. / O objetivo deste estudo foi utilizar marcadores microssatélites para estimar diversidade genética e endogamia, realizar análises de vínculo genético, estimar a herdabilidade para as variáveis morfométricas: peso (PO), comprimento (CO) e largura do ovo (LO), peso (P), comprimento do corpo (CC), comprimento do bico (CB), altura do bico (AB), largura do bico (LB), comprimento da asa (CA), comprimento do tarso (CT) e comprimento do dedo (CD) e verificar a associação genética para estas variáveis nas progênies e verificar quais características: P, CC, CB, AB, LB, CA, CT e CD estão relacionadas com quantidade de filhos (QF) nos adultos em famílias oriundas de um plantel comercial de codornas. Para o desenvolvimento do trabalho foi instalado um experimento com sete gaiolas contendo seis fêmeas e dois machos, resultando em uma progênie de 672 indivíduos. O genótipo dos indivíduos foi obtido em sequenciador automático de DNA. Os genótipos foram utilizados para realização das análises de diversidade genética, endogamia e vínculo genético nas duas gerações e para realizar análises de componentes de variância, estatísticas descritivas, correlações de Pearson, herdabilidade, teste t e teste U de Mann-Whitney. Considerando a geração parental foi encontrada alta probabilidade de exclusão de paternidade combinada (PE = 0,999956), baixa probabilidade de identidade combinada (PI = 1,47x10-13) e frequência de alelos nulos próximas a zero. Os valores de heterozigosidade esperada (He) e observada (Ho) e conteúdo de informação polimórfica (PIC) foram iguais a 0,768, 0,766 e 0,734 respectivamente, indicando uma elevada diversidade genética. A diversidade genética foi mantida quando se avaliou apenas as progênies (He = 0,760, Ho = 0,757 e PIC = 0,725). O coeficiente de endogamia (f) foi baixo e não significativo. A análise de vínculo genético foi eficiente para atribuir a paternidade e maternidade para 97% das progênies. O peso das progênies ao nascimento e as variáveis analisadas nos ovos estão altamente correlacionadas e também existe correlação significativa entre a maioria das medidas. As estimativas de herdabilidade encontradas são consideradas de moderada a alta. A média de filhotes por fêmea foi 15,93 e de machos 44,6, com fêmeas, em média, mais pesadas que os machos. A QF só foi correlacionada com o CC das fêmeas. Houve diferença significativa entre o peso dos machos mais pesados em relação aos mais leves, mas a comparação da QF por categoria de peso não foi significativa. Esses resultados permitem concluir que este painel de 12 marcadores microssatélites é robusto para a realização de análises de vínculo genético e para estudos de variabilidade genética nesta espécie, com as variáveis analisadas nos ovos e peso das progênies altamente correlacionadas, estimativas de herdabilidades moderadas a altas para as variáveis analisadas. As fêmeas são mais pesadas que os machos, QF só está correlacionada com o CC das fêmeas, não apresentando diferença significativa entre o peso dos machos mais pesados em relação aos mais leves. Essas informações podem ser úteis em futuros programas de melhoramento genético para Coturnix japonica.

OBJETIVOS: Caracterizar o perfil de imunoexpressão de MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2 em adenocarcinomas gástricos, explorando seu desempenho na identificação de características clínicas e patológicas, bem como sua influência prognóstica isolada e em relação aos demais parâmetros. MÉTODOS: Cento e trinta e três casos de adenocarcinomas gástricos esporádicos localmente avançados (pT2a ou mais) operados no Hospital das Clínicas/FMUSP foram incluídos pela ausência de metástases a distância ao diagnóstico (M0) e caracterizados clínica (idade, sexo e sobrevida) e patologicamente (tamanho, local, tipo de Borrmann, tipo histológico, infiltração vascular, perineural e variáveis de estadiamento locorregional). Amostras de 1,0 mm foram dispostas em micromatrizes teciduais (TMA) para pesquisa imuno-histoquímica das enzimas MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2, com detecção por sistema de polímeros curtos conjugados a peroxidase. Casos com resultados negativos ou incertos nas amostras de TMA tiveram repetidas as reações em secções convencionais. A associação entre o estado de expressão dos marcadores com variáveis clínicopatológicas foi avaliada através do teste do qui-quadrado ou exato de Fisher. O impacto dos parâmetros clínico-patológicos e estado de expressão das enzimas na sobrevida foi explorado em modelos uni e multivariados de Cox, com construção de curvas de Kaplan-Meyer. Todas as análises estatísticas foram consideradas significativas ao nível de p<0,05. RESULTADOS: Quarenta e cinco casos (33,6%) exibiram perda de expressão de ao menos uma enzima, sendo frequente a perda de duas (9/45: 20%), três (14/45:31,2%) ou quatro enzimas (7/45:15,5%). Anormalidade mais frequente ocorreu com o MLH1 (26,7%), seguida de MSH6 (23%), PMS2 (21%) e MSH2 (20,8%). Quando avaliadas em conjunto, houve correlação entre o estado de expressão de todos os possíveis pares, com destaque para MLH1/PMS2 (rho=0,467, p<0,001) e MSH2/MSH6 (rho=0,666, p<0,001). Perda de MLH1 associou-se a tipos I/II de Borrmann (p<0,001), fenótipo intestinal de Lauren (p=0,005), tubular/túbulo-papilífero (p=0,009), expansivo de Ming (p=0,027) e infiltração em muscular própria (p=0,011). Com relação a perda de MSH2, tipos I/II de Borrmann (p<0,001), padrões tubular/túbulo-papilífero (p=0,008), intestinal (p=0,001), expansivo (p=0,001), infiltração da muscular própria (p=0,025), reação desmoplásica ausente a discreta (p=0,021) e ausência de infiltração perineural (p=0,016) foram mais frequentes. Perda de MSH6 associou-se aos tipos macroscópicos de Borrmann e histológicos de Lauren, OMS e Ming (p<0,001) e ausência de infiltração perineural (p=0,036). Idade mais avançada (p=0,046), tipos I/II de Borrmann (p=0,002), padrão intestinal de Lauren (p=0,021) e menos frequente infiltração perineural (p=0,035) foram identificados nos casos com perda de PMS2. A co-negatividade para os pares MLH1/PMS2 e MSH2/MSH6, além de reproduzir as associações mencionadas, identificou infiltrado linfoplasmocitário intra/peritumoral acentuado (p=0,011 e p=0,013), reação estromal desmoplásica ausente a leve para MSH2/MSH6 (p=0,037) e tamanho maior do tumor primário para MLH1/PMS2 (p=0,021). Pior sobrevida associou-se ao sexo masculino (LogRank: 5,11, p=0,024), tamanho do tumor (3,98, p=0,046), tipos III/IV de Borrmann (4,75, p=0,029), histologia mucinosa/anel-de-sinete da OMS (8,61, p=0,003) e difuso (11,62, p=0,003), infiltração perineural (12,62, p<0,001), metástase linfonodal (23,25, p<0,001) e estadio TNM (35,60, p<0,001) em análises univariadas. Melhor sobrevida associou-se a perda de MLH1, MSH6 e PMS2 isoladamente (5,46, p=0,019; 6,08, p=0,014; 7,46, p=0,006) e dos pares MLH1/PMS2 (7,89, p=0,005) e MSH2/MSH6 (5,29, p=0,021). Em modelos multivariados compostos pelos parâmetros clínicopatológicos, apenas o sexo masculino (HR=2,42, p=0,047), tipo histológico difuso (4,94, p=0,037) e estadios II, IIIA e IV (2,23, p=0,088; 3,12, p=0,022; 33,24, p=0,005), constituíram variáveis independentes de determinação prognóstica. Nas análises multivariadas incluindo o estado de expressão das enzimas, evidenciou-se que as perdas de PMS2 e do par MLH1/PMS2 associaram-se significativamente a maior sobrevida (3,84, p=0,029 e 9,82, p=0,028).CONCLUSÕES: O presente estudo demonstra o valor da imunohistoquímica na identificação de alterações na expressão de enzimas MMR, sendo a mais frequentemente negativa a MLH1. A frequente co-negatividade aponta para a importância da dimerização na funcionalidade do sistema de reparo. A perda isolada destes marcadores, e especialmente do par MLH1/PMS2, define perfil clínico-patológico característico, permitindo avanços no conhecimento previamente atribuído a fenótipo microssatélite instável conforme determinado em métodos moleculares. Em análises multivariadas, o estado de expressão de PMS2 isoladamente ou do par MLH1/PMS2 constitui fator independente de determinação prognóstica / OBJECTIVES: To characterize immunoexpression profile of MLH1, MSH2, MSH6 e PMS2 in gastric adenocarcinomas, exploring its performance to identify distinctive clinico-pathological features, as well as their prognostic implications in univariate and multivariate analyses. METHODS: A hundred and thirty three cases of locally advanced (pT2a or higher) sporadic gastric adenocarcinomas operated on Hospital das Clínicas/FMUSP were included due to absence of distant metastases at diagnosis (M0). Clinical (age, gender and survival) and pathological features (size, local, Borrmann´s type, histological type, vascular and perineural infiltration and locorregional staging parameters) were characterized. One millimeter samples were placed on tissue microarray blocks (TMA) and immunohistochemical detection of MLH1, MSH2, MSH6 and PMS2 performed on obtained sections, with revelation developed by peroxidase conjugated short-polymer based reagents. Negative or equivocal results obtained with TMA samples were repeated on conventional sections. Association between expression status for these markers and clinico-pathological features were evaluated by chisquare or Fisher´s exact test when appropriate. Impact of clinico-pathological features and expression status on disease specific survival were explored by Cox uni and multivariate models, with Kaplan-Meyer curves being fitted to illustrate these. All statistical results were considered significant at p<0,05. RESULTS: Forty five cases (33.6%) showed loss of at least one mismatchrepair enzyme, being frequent loss of two (9/45: 20%), three (14/45:31.2%) or even the four evaluated enzymes (7/45:15.5%). The most frequent abnormality addressed MLH1 (26.7%), followed by MSH6 (23%), PMS2 (21%) and MSH2 (20.8%). When analyses were performed in conjunction, correlation was identified for the expression status of all possible pairs, mainly the functional heterodimers MLH1/PMS2 (rho=0.467, p<0.001) and MSH2/MSH6 (rho=0.666, p<0.001). MLH1 loss was associated to Borrmann´s types I/I (p<0.001), Lauren´s intestinal phenotype (p=0.005), tubular/tubulo-papillary architecture (p=0.009), Ming´s expansile type (p=0.027) and infiltration limited by muscular propria (p=0.011). Among cases showing MSH2 loss, Borrmann´s I/I (p<0.001), tubular/tubulo-papillary (p=0.008), intestinal (p=0.001), expansile (p=0.001), muscular propria infiltration (p=0.025), absent to mild stromal desmoplasia (p=0.021) and absent perineural infiltration (p=0.016) were more frequent. MSH6 loss was associated to Borrmann´s gross type and Lauren, WHO and Ming´s histological types (p<0.001), as well as absent perineural infiltration (p=0.036). More advanced age (p=0.046), Borrmann´s types I/I (p=0.002), Lauren´s intestinal morphology (p=0.021) and less frequent perineural infiltration (p=0.035) were identified as associated to PMS2 loss. Conegativity for MLH1/PMS2 and MSH2/MSH6 pairs resumed all the above mentioned associations and additionally identified heavy lymphoplasmacytic infiltrate (p=0.011 e p=0.013), absent to mild stromal desmoplasia for MSH2/MSH6 (p=0.037) and increased primary tumor size for MLH1/PMS2 (p=0.021). In univariate analyses, decreased disease-specific survival was associated to male gender (LogRank: 5.11, p=0.024), tumor size (3.98, p=0.046), Borrmann´s types III/IV (4.75, p=0.029), mucinous/signet-ring cell morphology according to WHO (8.61, p=0.003) and Lauren´s diffuse morphology (11.62, p=0.003), perineural infiltration (12.62, p<0.001), lymph node metastases (23.25, p<0.001) and TNM staging (35.60, p<0.001). Better survival was seen in cases showing loss of MLH1, MSH6 and PMS2 when individually analyzed (5.46, p=0.019; 6.08, p=0.014; 7.46, p=0.006), as well as MLH1/PMS2 (7.89, p=0.005) and MSH2/MSH6 heterodimeric pairs (5.29, p=0.021). In multivariate models addressing clinico-pathological features, only male gender (HR=2.42, p=0.047), diffuse histological type (4.94, p=0.037) and stages II, IIIA and IV (2.23, p=0.088; 3.12, p=0.022; 33.24, p=0.005, respectively) were independent prognostic features. Multivariate analyses including status of MMR enzymes and the most significant clinicopathological features disclosed that PMS2 and MLH1/PMS2 losses were independent predictors of increased disease-specific survival (3.84, p=0.029 e 9.82, p=0.028). CONCLUSIONS: The present study demonstrates immunohistochemical detection of mismatch-repair enzymes as a tool to identify losses of these markers, being the most frequently negative MLH1. The frequently observed co-negativity points toward the importance of heterodimerization of these proteins in functional activity of mismatch-repair system. Losses of these markers, mainly MLH1/PMS2 pair, define a distinctive clinico-pathological profile and add knowledge to the previously reported associations with microsatellite instability as defined by molecular approach. In multivariate analyses, expression status of PMS2, as well as MLH1/PMS2 pair, revealed independent prognostic impact on diseasespecific survival

As malformações cardíacas congênitas (MCCs) são as malformações mais comuns ao nascimento, representando uma importante causa de morbidade e mortalidade em recém-nascidos. Nos últimos anos, estudos utilizando testes citogenômicos têm permitido elucidar e compreender melhor as causas das MCCs. O objetivo geral desse estudo foi investigar a presença de CNVs em amostras de tecido obtidas post-mortem de portadores de malformações cardíacas congênitas sindrômicas; e os objetivos específicos consistiram em avaliar a frequência das CNVs, destacando as mais relevantes, comparar a presença de CNVs nos diferentes tecidos e realizar a correlação genótipo-fenótipo. Para isso, foram estudados um total de 52 casos de natimortos e recém-nascidos provenientes do Serviço de Verificação de Óbitos - FMUSP. Amostras de DNA extraídas da pele, diafragma e do coração foram avaliadas utilizando o kit AmpFlSTR® MiniFiler(TM) PCR Amplification (Life Technologies(TM), USA) e a técnica de Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) com diferentes kits (MCR-Holland, Holanda). A técnica de FISH foi utilizada para a confirmação dos resultados obtidos em um dos casos estudados. Foram encontradas CNVs relevantes em 21 casos, incluindo trissomia do 18 (10 casos), trissomia do 21 (4 casos), trissomia do 13 (2 casos), trissomia do 16 (1 caso), monossomia do X em mosaico (1 caso), dup 4p16 (1 caso), dup 11q25 (1 caso) e del GATA4 éxon 6 (1 caso). A análise genômica se mostrou eficiente na investigação das bases genômicas e na caracterização das diferentes malformações em amostras post-mortem de portadores de MCC sindrômicas / Congenital heart defects (CHDs) are the most common birth defect and represent an important cause of morbidity and mortality in newborns. In recent years, studies using cytogenomic tests have enabled an improved understanding of the causes of CHD. The general objective of this study was to investigate the presence of CNVs in post-mortem tissue samples from patients with congenital syndromic cardiac malformations; and the specific objectives were to evaluate the frequency of CNVs, highlighting the most relevant ones, to compare the presence of CNVs in the different tissues and to perform the genotype-phenotype correlation. For this, a total of 52 stillbirth and newborn cases from the Death Verification Service (SVO), FMUSP were investigated. DNA samples from skin, diaphragm and heart tissues were evaluated using an AmpFlSTR® MiniFiler(TM) PCR Amplification Kit (Life Technologies(TM), California, USA) and Multiplex Ligation-dependent Probe Amplification (MLPA) with different kits (MCRHolland, Amsterdam, The Netherlands). FISH was used to confirm the results of one of the studied cases. The results showed relevant copy number variations (CNVs) in 21 cases, including trisomy 18 (10 cases), trisomy 21 (4 cases), trisomy 13 (2 cases), trisomy 16 (1 case), mosaic monosomy X (1 case), dup 4p16 (1 case), dup 11q25 (1 case) and del GATA4 exon 6 (1 case). Genomic analysis was found to efficiently identify the genomic basis of, and characterize, various malformations found in postmortem samples from syndromic CHD carriers