Leguminosas do gênero Stylosanthes são amplamente utilizadas na pecuária Brasileira e por sua alta qualidade nutricional são importantes para pastagens em consorcio com gramíneas. Um dos materiais mais cultivados é o denominado Campo Grande, lançado pela EMBRAPA Gado de Corte e formado pela mistura das espécies Stylosanthes capitata Vog. (80%) e Stylosanthes macrocephala M.B Ferreira et Sousa Costa (20%). De ambas as espécies que formam essa mistura, a espécie S. capitata vem sendo utilizada na pesquisa do Projeto Temático FAPESP Nº 08/58075-8 Experimentos FACE para analisar os efeitos do elevado CO e do aquecimento sobre a fotossíntese, expressão gênica, bioquímica, crescimento, dinâmica de nutrientes e produtividade de duas espécies forrageiras tropicais contrastantes que tem por objetivo determinar os efeitos do elevado nível de CO2 e do aquecimento nas espécies forrageiras S. capitata e Panicum maximum crescendo em consorcio. Antes do plantio, foi observado que o lote de sementes de S. capitata, enviadas gentilmente pela EMBRAPA Gado de Corte, apresentava sementes de diversa coloração desde amarelas, vermelhas até pretas. Em vista que a análise da expressão gênica das plantas submetidas aos tratamentos de CO2 e temperatura é um dos objetivos do projeto, surgiu a necessidade de fazer uma avaliação mais rigorosa das sementes a fim de determinar a pureza genética do lote de sementes de S. capitata, assim como determinar a presença de possíveis contaminações com S. macrocephala. Sendo assim, este trabalho teve como objetivo avaliar a pureza genética de plantas da espécie S. capitata em comparação a S. macrocephala, selecionando e utilizando marcadores moleculares ideais para essa análise. Para a etapa de seleção dos marcadores, foram plantadas separadamente as sementes de diferentes cores de cada uma das espécies S. capitata e S. macrocephala. Depois de germinadas, o DNA das folhas foi extraído e analisado com os três tipos de marcadores moleculares disponíveis, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), SSR (Simple Sequence Repeat) e ISSR (Inter-Simple Sequence Repeat polymorphic DNA). Os marcadores moleculares RAPD (OPB10), SSR (SC18-01B3, SC18-01E11, SC18-01TF11A) e ISSR (UBC1, UBC2, UBC834, UBC851, UBC862, UBC864, UBC885, UBC886) foram testados, dos quais os ISSR mostraram-se ideias, pois apresentaram claros perfis eletroforéticos diferenciando cada uma das espécies. Posteriormente à análise das sementes, foi realizada a análise de pureza genética de material vegetal de S. capitata plantado no campo para o referido projeto temático. Uma vez que S. macrocephala não foi objeto de pesquisa do projeto, sementes desta espécie foram plantadas separadamente em oito vasos, com vinte sementes cada. Após o crescimento das plantas, o DNA de folhas de ambas as espécies foi extraído e amplificado com os marcadores moleculares ISSR previamente selecionados. Através de análises estatísticas dos perfis de eletroforese, foi possível verificar que as sementes de diferentes cores pertencem à mesma espécie e que a diferente coloração estaria mais relacionada com o grau de amadurecimento das sementes do que com possíveis contaminações. No entanto, independentemente da cor, os lotes individuais de sementes de S. capitata e S. macrocephala apresentaram algum grau de contaminação. Assim, conclui-se que para a melhor caracterização da espécie em estudo e aumentar a confiabilidade das análises de expressão gênica diferencial é necessário avaliar a pureza genética de S. capitata usando marcadores moleculares. A análise da expressão gênica diferencial permitirá determinar os efeitos de elevada concentração de CO2 e da elevada temperatura a nível molecular nas plantas forrageiras em estudo. / Legumes of the genus Stylosanthes are widely used in Brazilian cattle and for their high nutritional quality are important in consortium with grasses. One of the most cultivated materials is called \"Campo Grande\" released by EMBRAPA Gado de Corte and formed by the mixture of species Stylosanthes capitata Vog. (80%) and Stylosantes macrocephala MB Ferreira et Sousa Costa (20%). Of both species forming this mixture, the species S. capitata has been used in research of the Thematic Project FAPESP No. 08/58075-8 \"FACE experiments to analyze the effects of elevated CO and warming on photosynthesis, gene expression, biochemistry, growth, nutrient dynamics and productivity of two contrasting tropical forage species\" that aims to determine the effects of high levels of CO2 and warming on forage species S. capitata and Panicum maximum growing in consortium. Before planting, it was observed that the lot of seeds of S. capitata, kindly sent by EMBRAPA, presented seeds of different coloration from yellow, red to black. Given that the analysis of gene expression in plants exposed to elevated CO2 and warming is one of the major objectives, we decided to make a more accurate assessment of the seeds in order to determine the genetic purity of the seeds of S. capitata, as well as determine the presence of possible contamination with S. macrocephala. Therefore, this study aimed to evaluate the genetic purity of the species S. capitata plants compared to S. macrocephala, selecting and using ideal molecular marker for this analysis. For the selection of markers, were separately planted in pots the seeds of different colors of each of the species S. capitata and S. macrocephala. Once germinated, DNA was extracted from leaves and analyzed with the three available types of molecular markers, RAPD (Random Amplified Polymorphic DNA), SSR (Simple Sequence Repeat) and ISSR (Inter-simple sequence Repeat Polymorphic DNA). The RAPD molecular markers (OPB10), SSR (SC18-01B3, SC18-01E11, SC18-01TF11A) and ISSR (UBC1, UBC2, UBC834, UBC851, UBC862, UBC864, UBC885, UBC886) were tested, of which the ISSR were the selected, because they showed clear electrophoretic profiles differentiating each species. After the seed analysis, the analysis of genetic purity of plant material of S. capitata planted in the field for the thematic project was held. Once S. macrocephala was not the object of the research project, seeds of this species were planted separately in eight pots, with twenty seeds each. After the growth of plants, DNA from leaves of both species was extracted and amplified with the preselected molecular ISSR. Through statistical analysis of electrophoretic profiles, we found that seeds of different colors belong to the same species and the different coloring would be more related to the degree of ripening of seeds than with possible contamination. However, regardless of color, individual seed lots of S. capitata and S. macrocephala showed contamination. Thus, it is concluded that for better characterization of this species and increase the reliability of the analysis of differential gene expression is necessary to assess the genetic purity of S. capitata using molecular markers. The analysis of differential gene expression will determine the effects of elevated CO2 concentration and high temperature at the molecular level in forage plants under study.

Apesar do grande desenvolvimento das biotecnologias da reprodução animal, como a produção in vitro de embriões (PIV), o diagnóstico genético pré-implantacional (PGD) ainda é aplicado com restrição na rotina da transferência de embriões em animais. Os recentes avanços da genômica têm permitido associar características fenotípicas com informações moleculares, possibilitando a realização da seleção assistida por marcadores moleculares. O objetivo do presente estudo foi de realizar o PGD de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP (BeadChip/6.909 SNP). A pequena quantidade de DNA genômico (gDNA) obtida na biópsia embrionária é a principal limitação para a análise de grande número de SNP. Dessa forma, a metodologia de amplificação total do genoma (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Alemanha) foi utilizada para aumentar a quantidade de gDNA da biópsia e permitir a análise de milhares de SNP simultaneamente. Foram utilizados 88 embriões bovinos PIV, submetidos à micromanipulação pela técnica de microaspiração, possibilitando a formação de 3 grupos com diferentes números de células biopsiadas: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) >100 - blastocisto eclodido (n=23). Todas as amostras foram submetidas ao mesmo protocolo de WGA e 4&micro;L de cada amostra foram utilizados para a genotipagem em plataforma iScan/Illumina. A qualidade dos genótipos foi avaliada pela análise do Call Rate (CR), 10o percentil do GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) e Alelle Drop Out (ADO). O teste de Kruskal-Wallis foi utilizado para investigar diferenças na distribuição das variáveis entre os grupos. O coeficiente de correlação de postos de Spearman revelou correlação significativa entre todas as variáveis. Os resultados apresentaram correlação positiva entre o CR e GC10 (0,99/P<0,001), enquanto as taxas de ADI e ADO apresentaram correlação negativa com o CR e CG10 (ADI/CR: - 0,87; ADI/GC10:-0,88; ADO/CR:-0,87; ADO/GC10:-0,86), com P<0,001 para todas as variáveis. O teste de Kruskal-Wallis apontou para diferença significativa em todas as variáveis analisadas (CR, GC10, ADI e ADO) entre os 3 grupos de biópsias (G1, G2 e G3). O CR médio foi de 59,26%, 78,47% e 95,97%, para G1, G2 e G3, respectivamente. Foi desenvolvido programa computacional (mendelFix) baseado na Lei da Segregação, para inferência dos genótipos não determinados baseado no genótipo do progenitores, aumentando o CR dos grupos 1, 2 e 3 para 79,69%, 88,20% e 97,28%, respectivamente. Os resultados do presente estudo permitem concluir que é possível realizar a genotipagem de embriões bovinos em plataforma de alta densidade de SNP com amostras submetidas ao protocolo WGA/MDA, mas o número de células obtidas na biópsia embrionária afeta a qualidade da genotipagem. A associação das biotecnologias descritas no presente trabalho permite a aplicação da seleção assistida por marcadores moleculares em embriões bovinos, contribuindo para acelerar ainda mais o processo de melhoramento genético animal. / Despite the great development of animal reproduction biotechnology, such as embryo in vitro production (IVP), preimplantation genetic diagnosis (PGD) is still applied with restraint in animals embryo transfer. Recent advances in genomics have associated phenotypic characteristics with molecular information, allowing the development of marker assisted selection. The aim of this study was to perform PGD in bovine embryos using high-throughput SNP platform (BeadChip/6,909 SNP). The small amount of genomic DNA (gDNA) obtained from embryo biopsy is the main limitation for the high-density SNP analysis. Thus, the Whole Genome Amplification (WGA) (Repli-g Mini Kit, Qiagen, Hilden, Germany) was used to increase the amount of gDNA from embryo biopsy and allow the analysis of thousands SNP simultaneously. Eighty-eight IVP bovine embryos were subjected to micromanipulation by microaspiration, allowing the formation of three groups with different numbers of biopsied cells: G1) 5-10 (n=28); G2) 10-20 (n=37); G3) > 100 - hatched blastocyst (n = 23). All samples were subjected to the same WGA protocol, and 4&micro;L of each sample were used for genotyping on iScan/Illumina platform. The genotyping quality was assessed using the Call Rate (CR), 10th percentile GCScore (GC10), Alelle Drop In (ADI) and Alelle Drop Out (ADO). Kruskal-Wallis test was applied to investigate differences in the distribution of variables among groups. Spearman`s rank correlation coefficient revealed a significant correlation between all variables. The results showed a positive correlation between CR and GC10 (0.99/P <0.001), while ADI and ADO rates were negatively correlated with CR and CG10 (ADI/CR: -0.87; ADI/GC10: - 0.88; ADO/CR: -0.87; ADO/GC10: -0.86), P<0.001 for all variables. Kruskal Wallis pointed to significant differences in all variables (CR, GC10, ADO and ADI) among the 3 groups of biopsies (G1, G2 and G3). The CR average was 59.26%, 78.47% and 95.97% for G1, G2 and G3, respectively. Was developed a script (mendellFix) based on the \"Law of Segregation\", for inference of not determined genotypes based on the parents genotypes, thus increasing the CR of group 1, 2 and 3 to 79.69%, 88.20% and 97 28%, respectively. The results of this study show that it is possible to perform the genotyping of bovine embryos in highthroughput SNP platform with samples subjected to WGA/MDA protocol, but the number of cells obtained by embryo biopsy affects the quality of genotyping. The association of biotechnologies described in this work allows the application of marker-assisted selection in bovine embryo, contributing to further accelerate the process of animal breeding.

O principal objetivo deste trabalho foi avaliar a presença de polimorfismos e de possíveis associações com características relacionadas com a resistência às parasitoses gastrintestinais e a prolificidade em ovinos da raça Santa Inês. Para avaliação da resistência às parasitoses gastrintestinais, amostras de fezes e de sangue de aproximadamente 700 animais, infectados naturalmente e oriundos de quatro propriedades diferentes, foram coletadas entre os meses de outubro e novembro de 2011, para avaliação das características condição corporal, grau de anemia avaliado pelo cartão FAMACHA, as características dos pelos dos animais, consistência das fezes, contagem de ovos por grama de fezes, hematócrito, contagem de células brancas, contagem de células vermelhas, hemoglobina e plaquetas. Para a avaliação da prolificidade, 340 ovelhas foram avaliadas quanto ao número total de cordeiros nascidos, divididos pelo número de partos de cada ovelha, assim como a correlação dessa característica com o peso médio ao nascimento de seus cordeiros e a eficiência produtiva da mãe ao parto. Foram selecionados 28 polimorfismos de base única (SNP) para o desenvolvimento deste estudo os quais foram genotipados por meio da plataforma Sequenom MassARRAY iPLEX. Foram analisadas as freqüências alélicas e genotípicas, o equilíbrio de Hardy-Weinberg, os efeitos de substituição alélica, de aditividade e de desvio de dominância. Os resultados obtidos demonstraram variabilidade considerável das características avaliadas na população e da maioria dos polimorfismos estudados. Foi verificado também efeito significativo (p&le;0,05) ou sugestivo (0,05&gt;p&le;0,10) de substituição alélica de pelo menos um SNP para cada uma das características avaliadas, indicando que esses polimorfismos podem auxiliar nos processos de seleção das características relacionadas com a resistência às parasitoses gastrintestinais e com a prolificidade. / The aim of this work was to evaluate the presence of polymorphisms and possible associations with characteristics associated with resistance to gastrointestinal parasites and prolificacy in Santa Ines sheep. To evaluate the resistance to gastrointestinal parasites, feces and blood samples of approximately 700 animals infected naturally and from four different properties, were collected between the months of October and November, 2011 to assess characteristics body condition, degree of anemia measured by FAMACHA card, the characteristics of the hair of sheep, feces consistency, egg counts per gram of feces, hematocrit, white blood cell count, red blood cell count, hemoglobin and platelets count. For the evaluation of prolificacy, 340 sheep were evaluated for the total number of lambs born, divided by the number of births from each dam, as well as the correlation of this feature with the average birth weight of their lambs and productive efficiency of dam. 28 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were selected for the development of this study and were genotyped by Sequenom MassARRAY iPLEX platform. Allele and genotype frequencies, the Hardy-Weinberg equilibrium, the effects of allelic substitution, additivity and dominance deviation were analyzed. The results showed considerable variability of the characteristics evaluated in the population in study and in most of the polymorphisms. Significant effect was observed (p &le; 0.05) or suggestive (0.05&gt; p &le; 0.10) for allelic substitution of at least one SNP for each of the evaluated traits, indicating that these polymorphisms may help in the selection processes of characteristics related to resistance to gastrointestinal parasites and prolificacy.

Publicación a texto completo no autorizada por el autor / Señala que la Taenia solium es un helminto aplanado responsable de la cisticercosis, la cual es producida por el consumo de huevos de T. solium, los que se desarrollan hasta metacéstodo en diferentes tejidos, principalmente en el sistema nervioso central, causando la neurocisticercosis; produciendo lesiones y diferencias en la respuesta inmunológica del hospedero frente al parásito. Las manifestaciones clínicas más frecuentes son epilepsia, signos neurológicos de focalización, hipertensión endocraneal y deterioro cognitivo. Para el diagnóstico se requiere de una adecuada interpretación de datos clínicos, de neuroimagen y pruebas serológicas; ya que en muchos casos se han producido reacciones cruzadas por la inespecificidad y baja sensibilidad de las pruebas de inmunodiagnóstico. Se han reportado proteínas antigénicas importantes como la cisteín proteasa homóloga a catepsina L de 27 y 53 kDa, importantes para la invasividad del metacéstodo al músculo y el sistema nervioso a través del torrente sanguíneo. El objetivo de éste trabajo fue caracterizar molecularmente una catepsina L recombinante de metacéstodo de Taenia solium, el gen de esta proteína ha sido identificado recientemente in silico a partir del genoma de un espécimen peruano de T. solium. Este gen ha sido clonado y expresado en E. coli BL21 (DE3). El gen de la catepsina L caracterizada presenta una secuencia exónica de 633 nucleótidos que codifican 211 aminoácidos, un peso molecular de 22,5 kDa; y además presenta aminoácidos conservados del sitio catalítico (Gln8, Cys14, His159 y Asn179). En las pruebas inmunológicas, la catepsina L recombinante no resultó ser útil para el inmunodiagnóstico de neurocisticercosis. En conclusión, la catepsina L recombinante del metacéstodo de T. solium expresada en E. coli BL21 (DE3) no puede ser utilizada en pruebas de inmunodiagnóstico rápido de neurocisticercosis. / Tesis

Os marcadores orgânicos moleculares (hidrocarbonetos alifáticos, esteróis e álcoois) em amostras de sedimentos superficiais e de testemunhos curtos coletados em diápiros e pockmarks localizados no talude sul do Brasil, foram utilizados para identificar as possíveis contribuições biogênicas (autóctones / alóctones). De modo geral, tanto nas amostras superficiais como ao longo dos testemunhos, o maior acúmulo de carbono orgânico total nos pockmarks foi observado, indicando o possível aprisionamento de sedimentos e de matéria orgânica no interior das concavidades. A presença de &#946;-sitosterol, campesterol, álcoois e n-alcanos pesados, indicaram contribuições terrígenas para a área de estudo, que pode ser advinda da descarga continental do Rio da Prata, uma vez que a predominância terrígena é proveniente das pradarias, típica vegetação do Uruguai e do sul do Rio Grande do Sul. O transporte de sedimentos terrígenos ocorre em direção ao norte, ao longo da plataforma continental sul brasileira, pela Corrente Costeira do Brasil. A presença de detritos de fitoplâncton e zooplâncton também ocorre devido à influência dos nutrientes do Rio da Prata. As possíveis liberações de gás/fluido, que sustentaram ecossistemas quimiossintéticos em diferentes intervalos de dois testemunhos em pockmark e diápiro foram constatadas através da presença relativamente maior de n-alcanos leves com número par de carbonos. / Organic molecular markers (aliphatic hydrocarbons, sterols and alcohols) in superficial and short cores sediment samples collected in diapirs and pockmarks located in the southern slope of Brazil were used in order to identify the possible biogenic contributions (autochthonous / allochthonous). In general, in surface samples and throughout the cores samples, the greatest accumulation of total organic carbon in the pockmarks was observed, indicating the possible entrapment of sediments and organic matter inside the concavities. The presence of &#946;-sitosterol, campesterol, alcohols and heavy n-alkanes indicated terrigenous contributions to the study area, which may be due to the continental discharge of Río de la Plata, since the terrigenous predominance is due to the prairies, a typical vegetation of Uruguay and the south of Rio Grande do Sul. The terrigenous sediments transport is carried through the North, along the Brazilian continental shelf, by the Coastal Stream of Brazil. The presence of phytoplankton and zooplankton debris is also due to the influence of the nutrients contribution from Río de la Plata. Possible gas / fluid releases, which sustained chemosynthetic ecosystems at different intervals of two pockmark and diaper cores, were verified by the relative predominance of even-numbered carbon n-alkanes.

Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2016-12-05T12:31:08Z No. of bitstreams: 1 Dissertacao_AnalisesPopulacionaisL.Purpureus.pdf: 2353749 bytes, checksum: 4e42a8beef4fdc3a4441691c75184517 (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: Corrigir as palavras-chaves, iniciar com letra maiusculas. Corrigir na citação após o (mestrado) inserir - e não ponto. Incluir ponto no final da citação. Renomear pdf para AnalisesPopulacionaisLutjanus Acrescentar a palavra Programa antes de Pós-Graduação no final da citação. on 2016-12-05T15:26:25Z (GMT) / Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-03T11:27:04Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnalisesPopulacionaisL.Purpureus.pdf: 2357106 bytes, checksum: 7f3ac8ad14a67fd29b0baca8fcc42b59 (MD5) / Rejected by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br), reason: Renomear pdf Verificar na citação a ausência da palavra Programa. on 2017-01-03T13:07:55Z (GMT) / Submitted by Cássio da Cruz Nogueira (cassionogueirakk@gmail.com) on 2017-01-04T12:14:34Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnalisesPopulacionaisLutjanus.pdf: 2357106 bytes, checksum: 7f3ac8ad14a67fd29b0baca8fcc42b59 (MD5) / Approved for entry into archive by Edisangela Bastos (edisangela@ufpa.br) on 2017-01-06T15:40:42Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Dissertacao_AnalisesPopulacionaisLutjanus.pdf: 2357106 bytes, checksum: 7f3ac8ad14a67fd29b0baca8fcc42b59 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-01-06T15:40:42Z (GMT). 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Dos principais objetivos do presente estudo, o primeiro trata do desenvolvimento e caracterização de iniciadores do tipo EPIC, para abordagens populacionais em L. purpureus, e outros teleósteos marinhos. A caracterização de regiões genômicas com polimorfismo suficiente para análises populacionais torna-se fundamental para estudos genéticos com múltiplas regiões não ligadas. Foram obtidos oito iniciadores, boa parte deles possuindo altos níveis de variação genética. Iniciadores EPIC possuem a vantagem de serem aplicáveis em um vasto nível taxonômico, assim estes iniciadores foram testados e amplificados em organismos de outros agrupamentos taxonômicos, portanto um indicativo de que podem ser usuais em abordagens intraespecíficas para vários grupos de peixes marinhos. O segundo objetivo principal foi avaliar questões sobre diversidade genética, demografia e conectividade genética histórica para L. purpureus, utilizando múltiplos loci (DNA mitocondrial e nuclear). Encontrou-se elevados índices de diversidade genética, provavelmente correlacionados a um elevado tamanho efetivo apresentado pela espécie. O pargo, aparentemente, demonstra elevados níveis de homogeneidade genética ao longo da região estudada, o que é coerente com traços biológicos da espécie tais como desova em mar aberto e desenvolvimento pelágico. Em relação a aspectos da demografia histórica, é apresentado um cenário de crescimento populacional, cujo início é datado de aproximadamente 170 mil anos, sendo esse período congruente com um período de máxima glacial para a região do Atlântico ocidental. / Marine organisms with wide distribution are excellent models for the understanding of historical genetic connectivity patterns. Lutjanus purpureus, or Caribbean snapper, as the species is popularly known, is a marine Teleost belonging to the Family Lutjanidae. The species distribution is from Cuba to the Northeast of Brazil, being often found on rocky and sandy bottoms. It has high economic importance, however there are few studies available on the genetic architecture of the species. Of major goals of this study, the first deals with the development and characterization of the EPIC primers, for population approaches in L. purpureus, and others marine teleosts. The characterization of genomic regions with sufficient polymorphism to population analysis is fundamental for genetic studies with multiple unlinked regions. Were obtained eight primers, and the majority has high levels of genetic variation. EPIC primers have the advantage of being applicable on a wide taxonomic level, thereby these primers were tested and amplified in other taxonomic groups of organisms, so that an indication can be useful in various approaches to intraspecific groups of marine fish. The second main objective was to evaluate issues of genetic diversity, demographics and historical genetic connectivity for L. purpureus using multiple loci (mitochondrial and nuclear DNA). It was found high levels of genetic diversity, probably related to a high effective size presented by species. The Caribbean snapper apparently shows high levels of genetic homogeneity along of the study area, which is consistent with biological traits of species such as spawning in offshore and larval pelagic development. In relation to aspects of historical demography, a population growth scenario is presented, whose beginning is dated about 170,000 years, this period being congruent with a period of glacial maximum to the region of the western Atlantic.

O pinhão manso é uma pequena árvore tropical que adquiriu importância econômica pelo conteúdo de óleo em suas sementes e pela possibilidade de sua utilização para produção de biocombustível. As sementes e o óleo do pinhão manso são tóxicos devido principalmente à presença de ésteres de forbol, o que dificulta a sua utilização direta para o consumo humano e também dos resíduos para a alimentação animal. A falta de programas de melhoramento e cultivares comerciais e problemas com pragas e doenças estão desestimulando o cultivo do pinhão manso pelo mundo. Por se tratar de uma espécie semi-domesticada, a utilização de marcadores moleculares como ITS, PCR-RFLP, microssatélites e TRAP poderia auxiliar nos estudos de diversidade genética, visando o desenvolvimento de variedades adaptadas às necessidades dos agricultores. O objetivo deste estudo foi caracterizar a variabilidade genética de acessos de pinhão manso depositados no Banco de Germoplasma da Universidade Federal de São Carlos, além de possibilitar estudos sobre as relações entre as populações, centros de diversidade e determinar o sistema reprodutivo da espécie. Os resultados são discutidos destacando que a maior parte da diversidade encontra-se entre as populações estudadas. Os resultados derivados dos quatro marcadores utilizados corroboram que o centro de diversidade da espécie possivelmente está na América, com destaque para o México, Brasil e Colômbia. Os resultados apontam também para a diferenciação genética dos acessos atóxicos dos mexicanos quando comparados com os demais acessos tóxicos de pinhão manso. Os marcadores microssatélites desenvolvidos indicam que o pinhão manso apresenta um sistema misto de reprodução, combinando autofecundações, apomixia e cruzamento entre indivíduos aparentados, o que pode explicar a menor diversidade genética encontrada dentro das populações. Devido ao sistema misto de reprodução e aos acasalamentos correlacionados, a coleta de sementes de polinização aberta para fins de melhoramento ou conservação deve ser conduzida em um número de árvores acima de 100, visando garantir uma amostra estruturada / Physic nut (Jatropha curcas L.) is a tropical tree that has acquired economic importance for the content of oil in its seeds and the possibility of its use for biofuel production. However, oil seeds and physic nut are toxic because of the presence of secondary metabolites such as phorbol esters which makes its use directly for human consumption and also its waste for animal feed difficult. The lack of commercial varieties and problems with pests and diseases are making physic nut cultivation in the world unattractive. The use of molecular markers such as ITS, PCR-RFLP, microsatellites and TRAP can help in studies of genetic diversity, aimed at developing varieties adapted to farmers needs. The aim of this study was to characterize the genetic variability of physic nut accessions deposited in the Germplasm Bank of the \'Universidade Federal de São Carlos\', in addition to allowing studies on the relationship among accessions, centers of diversity and reproductive system. Results are discussed highlighting that most diversity is concentrated among populations. The four markers used indicated that the center of diversity of this species is probably in America with emphasis on Mexico, Brazil and Colombia. The microsatellite markers indicate that physic nut has a mixed system of reproduction, combining self-pollinations, apomixis and crossing between related individuals which may explain the small genetic diversity found within populations. Due to the mixed system of reproduction and correlated mating, the collection of open-pollinated seeds for plant breeding or conservation should be conducted in a number of trees above 100 in order to ensure a structured sample

A influência da formação de ligações de hidrogênio (LHs) em sistemas moleculares é investigada analisando-se as propriedades de aglomerados próton-ligados e de moléculas em solventes próticos. As estruturas supermoleculares dos aglomerados são obtidas por otimização de geometria com diferentes métodos quânticos ab initio. Por sua vez, as estruturas supermoleculares dos solventes dependem de condições termodinâmicas e, portanto, são obtidas utilizando-se técnicas de simulação Monte Carlo, em que as interações intermoleculares são parametrizadas pelos potenciais de Lennard-Jones e de Coulomb. Os efeitos decorrentes da formação de LHs nos aglomerados moleculares são analisados a partir de suas prioridades: estabilidades, espectros vibracionais, constante rotacionais e dipolos elétricos. Estas propriedades são calculadas usando-se métodos perturbativos (MBPT/CC) e teoria do funcional da densidade(DFT). Para as moléculas solvatadas em meio líquido, os efeitos das LHs são analisadas na interação soluto-solvente duranto o processo de equilíbrio conformacional de fuufural em solventes próticos. A contribuição da interação do soluto com o meio também é investigada no espectro de absorção UV-vis do sistema furfural/água. Os resultados destes estudos mostram que a formação de LHs é importante para explicar o comportamento de algumas propriedades de sistemas moleculares próton-ligados, principalmente de aglomerados. No caso de sistemas em fase líquida, as LHs dependem, basicamente, do caráter prótico e da polaridade do solvente, propriedades que concorrem para a estabilização de possíveis formas conformacionais da molécula do soluto. / The influence of hydrogen bond formation in molecular systems is investigated analyzing the properties of both hydrogen-bonded clusters and molecules in protic solvents. The super-molecular structures of the cluster are obtained by optimizing the geometries with different ab initio quantum methods. On the other hand, the super-molecular structures of the solvents depend on thermodynamic conditions and, so, are obtained by using Monte Carlo simulation techniques, where the intermolecular interactions are accounted for the Lennard-Jones and Coulomb pair-potentials. The effects due to H-bond formation in the molecular clusters are analyzed from their properties: stabilities, vibrational spectra, rotational constants, and electric dipoles. These properties are calculated using perturbation methods (MBPT/CC) and density functional theory (DFT). For the molecules in liquid solvents, the H-bond effects are analyzed in the solute-solvent interaction during the conformational equilibrium process of furfural in protic solvents. The contribution of the interaction of the solute with the medium is also investigated in the UV-vis absorption spectrum of the furfural/water system. The results from these studies show that the H-bonding process is important to account for the behavior of some properties of H-bonded molecular systems, mainly of clusters. In the case of liquid-phase systems, the H-bonds depend basically on both the protic nature and polarity of the solvent, properties that come together to stabilize possible conformational forms of the solute molecules.

Neste trabalho realizamos um programa de seqüenciamento em larga escala de cDNAs obtidos de bibliotecas construídas a partir de mRNA de células de B. emersonii submetidas ao choque térmico e ao estresse por cádmio. Obtivemos 6350 seqüências expressas (ESTs) de alta qualidade, que representam 2326 seqüências únicas putativas (unigenes) do fungo. Destes unigenes putativos, 1282 genes foram classificados em pelo menos uma das categorias do Consórcio Gene Ontology (GO). A análise do transcriptoma parcial de B. emersonii determinado até o momento permitiu a identificação de 78 unigenes codificando chaperones moleculares de todas as famílias conhecidas. Para avaliarmos a expressão global dos genes em resposta a estresses ambientais, como o choque térmico e o cádmio, realizamos ensaios de microarranjos de DNA nestas condições de estresse. Observamos que em resposta ao choque térmico, B. emersonii induz a expressão de genes que codificam proteínas relacionadas com o enovelamento de proteínas e com a proteólise, o que seria esperado em condições de temperaturas elevadas, assim como genes que codificam proteínas com propriedades antioxidantes, além de proteínas envolvidas no metabolismo de nucleotídeos e no metabolismo de carboidratos. Em resposta ao estresse por cádmio, verificou-se a indução de genes que codificam principalmente proteínas com propriedades antioxidantes, proteínas envolvidas no metabolismo de aminoácidos, proteínas relacionadas com o transporte celular e proteínas envolvidas no enovelamento de proteínas e proteólise. Uma das conseqüências do estresse por cádmio é o aumento do estresse oxidativo e proteínas antioxidantes têm um papel fundamental na resposta a este tipo de estresse. Dentre os genes observados durante o seqüenciamento das ESTs de B. emersonii, observamos dez genes codificando proteínas distintas da família Hsp70. Nove genes hsp70 são expressos em pelo menos um dos estágios do desenvolvimento do fungo e sete apresentam uma indução significativa após o choque térmico. Estes dados sugerem que estes genes desempenham um papel importante durante o desenvolvimento e em resposta ao estresse térmico em B. emersonii. Outro dado interessante obtido neste trabalho foi o enriquecimento de ESTs que continham íntrons em sua seqüência nas bibliotecas de estresse. Portanto, o choque térmico e o estresse por cádmio em B. emersonii diminuem a eficiência de processamento dos íntrons permitindo sua caracterização. O cDNA da proteína Hsp17 foi o que apresentou o maior número de ESTs seqüenciadas nas bibliotecas de estresse. Experimentos de Northern blot indicaram que o gene hsp17 possui um nível de expressão muito baixo durante o ciclo de vida de B. emersonii, no entanto, como esperado sua expressão aumenta drasticamente quando as células de esporulação ou germinação são submetidas a choque térmico. Os níveis da proteína Hsp17 acompanham os níveis do seu mRNA, indicando que o controle da expressão do gene hsp17 deve ocorrer em nível de transcrição. / In this work we realized a large scale, sequencing program of cDNAs libraries obtained from mRNA of B. emersonii cells submitted to heat shock and cadmium stress. A total of 6350 high quality expressed sequence tags (ESTs) were obtained, representing 2326 unique putative genes (unigenes) of this fungus. From these putative unigenes, 1282 genes were classified at least in one of the three Gene Ontology Consortium (GO) categories. The analysis of the partial transcriptome of B. emersonii, determined until now, allowed the identification of 78 unigenes encoding molecular chaperones of all known protein families. To evaluate the global expression of the genes in response to environmental stresses, such as heat shock and cadmium, DNA microarray assays were performed. We observed that in response to heat shock B. emersonii induces the expreession of genes encoding proteins related to protein folding and proteolysis, as expected under high temperature conditions, as well as genes encoding proteins with antioxidant properties and proteins involved in nucleotide and carbohydrate metabolism. In response to cadmium stress, we mainly verified the induction of genes for proteins with antioxidant properties, proteins involved in amino acid metabolism, proteins related to cellular transport and proteins related to protein folding and proteolysis. One of the consequences of the exposure to cadmium is the increase of oxidative stress, and antioxidant proteins have a fundamental role in the response to this kind of injury. Amongst the genes observed during the B. emersonii EST sequencing program, ten genes encoding distinct proteins from the Hsp70 family were observed. Nine of them are expressed at least in one stage of the fungus development and seven genes presented a significant induction during heat shock treatment. These data suggest that the hsp70 genes perform an important role during development and in response to heat stress in B. emersonii. Another interesting result from this work was the enrichment of ESTs containing introns in the stress libraries. Thus, heat shock and cadmium stress decrease the efficiency of intron processing in B. emersonii, allowing for intron characterization. The cDNA for the Hsp17 protein presented the highest number of ESTs sequenced from the stress libraries. Northern blot experiments indicated that the hsp17 gene is expressed at very low levels throughout the life cycle of B. emersonii, however, as expected its expression increases drastically when sporulation or germination cells are submitted to heat shock. Hsp17 protein levels accompany its mRNA levels, indicating that the control of expression of the hsp17 gene occurs at a transcriptional level.

O principal objetivo deste trabalho foi avaliar a presença de polimorfismos e de possíveis associações com características relacionadas com a resistência às parasitoses gastrintestinais e a prolificidade em ovinos da raça Santa Inês. Para avaliação da resistência às parasitoses gastrintestinais, amostras de fezes e de sangue de aproximadamente 700 animais, infectados naturalmente e oriundos de quatro propriedades diferentes, foram coletadas entre os meses de outubro e novembro de 2011, para avaliação das características condição corporal, grau de anemia avaliado pelo cartão FAMACHA, as características dos pelos dos animais, consistência das fezes, contagem de ovos por grama de fezes, hematócrito, contagem de células brancas, contagem de células vermelhas, hemoglobina e plaquetas. Para a avaliação da prolificidade, 340 ovelhas foram avaliadas quanto ao número total de cordeiros nascidos, divididos pelo número de partos de cada ovelha, assim como a correlação dessa característica com o peso médio ao nascimento de seus cordeiros e a eficiência produtiva da mãe ao parto. Foram selecionados 28 polimorfismos de base única (SNP) para o desenvolvimento deste estudo os quais foram genotipados por meio da plataforma Sequenom MassARRAY iPLEX. Foram analisadas as freqüências alélicas e genotípicas, o equilíbrio de Hardy-Weinberg, os efeitos de substituição alélica, de aditividade e de desvio de dominância. Os resultados obtidos demonstraram variabilidade considerável das características avaliadas na população e da maioria dos polimorfismos estudados. Foi verificado também efeito significativo (p&le;0,05) ou sugestivo (0,05&gt;p&le;0,10) de substituição alélica de pelo menos um SNP para cada uma das características avaliadas, indicando que esses polimorfismos podem auxiliar nos processos de seleção das características relacionadas com a resistência às parasitoses gastrintestinais e com a prolificidade. / The aim of this work was to evaluate the presence of polymorphisms and possible associations with characteristics associated with resistance to gastrointestinal parasites and prolificacy in Santa Ines sheep. To evaluate the resistance to gastrointestinal parasites, feces and blood samples of approximately 700 animals infected naturally and from four different properties, were collected between the months of October and November, 2011 to assess characteristics body condition, degree of anemia measured by FAMACHA card, the characteristics of the hair of sheep, feces consistency, egg counts per gram of feces, hematocrit, white blood cell count, red blood cell count, hemoglobin and platelets count. For the evaluation of prolificacy, 340 sheep were evaluated for the total number of lambs born, divided by the number of births from each dam, as well as the correlation of this feature with the average birth weight of their lambs and productive efficiency of dam. 28 single nucleotide polymorphisms (SNPs) were selected for the development of this study and were genotyped by Sequenom MassARRAY iPLEX platform. Allele and genotype frequencies, the Hardy-Weinberg equilibrium, the effects of allelic substitution, additivity and dominance deviation were analyzed. The results showed considerable variability of the characteristics evaluated in the population in study and in most of the polymorphisms. Significant effect was observed (p &le; 0.05) or suggestive (0.05&gt; p &le; 0.10) for allelic substitution of at least one SNP for each of the evaluated traits, indicating that these polymorphisms may help in the selection processes of characteristics related to resistance to gastrointestinal parasites and prolificacy.