O período de puberdade, em equinos, define-se pela aparição de espermatozóides maduros no ejaculado de animais jovens, bem como a maturação das funções endócrinas. Os espermatozóides precisam passar por um processo de maturação no epidídimo. Para se obter marcadores moleculares que permitam estabelecer a fertilidade de um garanhão, é necessário um melhor conhecimento das proteínas presentes em espermatozóides imaturos e maduros, uma das quais é a PDI (proteína dissulfeto-isomerase). A PDI foi descrita também como importante marcador de fertilidade no plasma seminal e espermatozóides de diversas espécies. O objetivo deste trabalho foi identificar a presença da PDI no epidídimo equino durante a puberdade, e quantificá-la no fluido e espermatozóides epididimários. Visou verificar a presença da PDI no plasma seminal e espermatozóides ejaculados, em garanhões férteis e subférteis. Foram realizados dois experimentos: Experimento 1: utilizou-se 22 equinos Crioulos saudáveis, castrados e divididos em três grupos: G1: potros até 24 meses, G2: de 25-36 meses e G3: a partir de 36 meses. Imediatamente após a castração, foi efetuada a dissecação do epidídimo para a coleta de fluido epididimário, o qual foi separado dos espermatozoides por centrifugação a 800 g por 10minutos. O sobrenadante foi removido, e criopreservado a -196º C. Os espermatozóides foram ressuspendidos em PBS e armazenados a -196º C. Para a dosagem de proteína das amostras, utilizou-se o método de Kit BCA espectrofotômetro e a eletroforese em gel de poliacrilamida a 10% SDS- Page.Para imunodetecção das proteínas, efetuou-se a incubação do anticorpo primário específico por no mínimo, 6 horas a 4º C, e incubação com anticorpo secundário conjugado com peroxidase anti-igG de camundongo ou anti-IgG de rato. Para a visualização das bandas foi utilizado o Kit de ECL em filmes de raio-X, e as bandas quantificadas pela utilização do software livre ImageJ. A PDI foi identificada nos três grupos avaliados na análise proteômica do fluido , e espermatozoides epididimários, sendo sua quantidade inferior no G1 em relação aos grupos dois (2) e três (3). Em conclusão, a expressão da PDI nos espermatozóides e fluido epididimários de potros castrados cirurgicamente, aumenta conforme o animal atinge a maturidade sexual. Experimento 2- Utilizou-se 12 garanhões adultos que já haviam sido submetidos à pelo menos duas temporadas de monta na região da Campanha do Rio Grande do Sul, efetuando-se quatro (4) coletas de cada garanhão, fora da estação de monta, respeitando-se um intervalo de 48h entre coletas. Imediatamente após a coleta, analisou-se motilidade, vigor e concentração com auxílio de microscópio óptico e retirou-se uma alíquota de sêmen para avaliação das patologias espermáticas. A partir dos dados obtidos, os garanhões foram divididos em dois grupos: Grupo 1: motilidade não inferior a 70%, tendo-se uma média de 76,04±5,89% e histórico reprodutivo de temporadas anteriores com índice de prenhez mínimo por temporada de 80%. Grupo 2: motilidade igual ou inferior a 30%, com média de 11,83±11,21%, e histórico reprodutivo de temporadas anteriores de índices de prenhez inferiores a 35%. Efetuadas as análises, as mostras foram centrifugadas a 800 g por 10 minutos para separar o plasma seminal, de mesma forma que no Exp. 1. Os pellets passaram por ressuspensão em PBS gelado e posteriormente armazenados a -196º C. As amostras foram submetidas à dosagem das proteínas, para serem submetidas à eletroforese, utilizando-se géis de poliacrilamida a 10% SDS-Page.Para imunodetecção das proteínas, efetuou-se a incubação do anticorpo primário específico por no mínimo, 6 horas a 4º C, e incubação com anticorpo secundário conjugado com peroxidase anti-igG de camundongo ou anti-IgG de rato. Na visualização das bandas foi utilizado o Kit de ECL em filmes de raio-X, e as bandas foram quantificadas pela utilização do software livre Image J. Ao analisar a presença da PDI no plasma seminal dos garanhões, verificou-se sua expressão em ambos os grupos; porém não houve diferença de expressão da PDI entre eles(p˂0,05). Não houve também relação da PDI com motilidade, nem com a concentração espermática. Considerando os dados obtidos no presente experimento, não foi possível relacionar a PDI com qualidade espermática e assim considerá-la como um potencial marcador de fertilidade em equinos. São necessários mais estudos que possam envolver outros fatores moleculares inclusive as demais proteínas da família das PDIs. / Puberty, in the equine species, may be defined by the appearance of mature spermatozoa in young animals´ ejaculates, as well as endocrine function maturation. One of the proteins found in immature and mature spermatozoa is PDI (protein dissulfide-isomerase). PDI was also described as an important fertility marker both in seminal plasma and sperm of many species. is responsible for rearranging dissulfide bonds, necessary for sperm adhesion proteins to link to the oocyte. The aim of this work was to identify PDI in equine epididymis during puberty, and quantify it in epididymal sperm and fluid of fertile and subfertile sperm. Two experiments were performed. Experiment 1-twenty-two healthy Crioulo colts were surgically castrated, and divided in three groups: G1: until 24 months; G2: from 25-36 months and G3: more than 36 months. Immediately after castration, testicles were measured, weighed, and the epididymis was dissecated for epididymal fluid collection, which was centrifuged at 800 g for 10minutes to separate epididymal fluid from sperm. Supernatant was removed, and cryopreserved at -196º C. Sperm were re-suspended in PBS and stored at -196º C. Protein dosing of samples was performed with BCA Kit and electrophoresis at 10% SDS-Page. To detect proteins, primary antibody was incubated for at least 6 hours at 4º C, and then incubation with secondary antibody conjugated with anti-mouse IgG or anti-rat IgG. To see bands, ECL Kit in X-ray films was used, and the bands quantified with softwareImageJ. In the three groups PDI was identified, in epididymal fluid and epididymal sperm, but in smaller amount in G1 when compared with Groups 2 and 3. In conclusion, expression of PDI in epididymal fluid and sperm of surgically castrated colts, increases as the animal attains sexual maturity. Experiment 2- The aim of this work was to verify the presence of PDI in equine seminal plasma and sperm, quantify it and to compare its expression on seminal plasma from fertile and subfertile stallions. Twelve adult stallions with at least two breeding season were used. For the study, four collections of each animal were performed. Immediately after collection, analysis of motility, velocity, concentration and sperm morphology were performed. Stallions were divided in two groups, according to the semen analysis and previous breeding history: Group 1: motility greater than 70% and previous history of pregnancy rates higher than 80%; Group 2: sperm motility less or equal than 30% and breeding history of less than 35% of pregnacy per season. After the analysis, samples were centrifuged at 800 g/10minutes to remove seminal plasma. Samples were prepared as described in Exp. 1. The expression of PDI in seminal plasma was seen in both groups, but with no statistical difference between them. There was no correlation of PDI with sperm motility or concentration. According to these findings, it is not possible to consider PDI as a fertility marker in stallions. More research is needed, involving other mollecular factors, including other PDIs family proteins.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciencias Fisicas e Matematicas / Made available in DSpace on 2012-10-17T07:28:34Z (GMT). No. of bitstreams: 0Bitstream added on 2016-01-09T00:26:07Z : No. of bitstreams: 1 109966.pdf: 2204184 bytes, checksum: 21712f4f2c8eabccd377dde54704284a (MD5) / Técnicas de computação algébrica são utilizadas na resolução de integrais que aparecem no estudo de moléculas diatômicas. Soluções analíticas são obtidas para integrais de um e de dois centros híbridas e de Coulomb com orbitais atômicos do tipo de Slater (STO). Tratamento semelhante é usado no estudo das integrais de troca. Usando estes resultados, propriedades eletrônicas, como distância internuclear de equilíbrio e momento de dipolo, do estado fundamental da molécula LiH e do íon BeH+ são investigadas fazendo-se um cálculo variacional com uma base de orbitais moleculares. O comportamento das cargas efetivas dos orbitais atômicos é estudado em função da distância internuclear. A influência de um campo elétrico externo bastante intenso na ligação química é um fenômeno pouco discutido teoricamente. Neste trabalho, o comportamento das curvas de energia potencial da molécula LiH e do íon BeH+ em campo externo uniforme também é investigado. Os efeitos na dissociação molecular são analisados.

Orientador: Odair Correa Bueno / Banca: Vanderlei Geraldo Martins / Banca: Ana Eugenia de Carvalho Campos / Banca: Luis Garrigós Leite / Banca: Maria Santina de Castro Morini / Resumo: Os cultivares de uva no Brasil abrangem as regiões Sul, Sudeste, Centro-Oeste e Nordeste e apresentam poucos organismos que são considerados praga. Entretanto, cochonilhas quando presentes causam prejuízos econômicos, sendo que Eurhizococcus brasiliensis (Hemiptera: Margarodidae), a pérola-da-terra, é uma das principais. Devido ao hábito subterrâneo e a forma encapsulada, os danos ocasionados pela cochonilha tem como consequência o abandono ou declínio da cultura, especialmente nos vinhedos da região Sul do País. Algumas espécies de formigas do gênero Linepithema e Pheidole, podem estar associadas às infestações por pérola-da-terra como constatado no Estado do Rio Grande do Sul, porém não se tem informações a esse respeito no Estado de São Paulo. Da mesma maneira, não há informações em relação aos aspectos moleculares da pérola-da-terra e, assim, o objetivo do estudo foi avaliar a diversidade de formigas subterrânea em cultivares de videira, analisando a sua possível associação com a pérola-da-terra, investigando especificamente: i) a riqueza e a abundância das formigas no subsolo no Estado de São Paulo; ii) os parreirais infestados pela pérola-da-terra e a relação com os táxons de formigas mais frequentes; iii) a caracterização molecular da pérola-da-terra em diferentes regiões do Brasil, a partir de marcadores moleculares RAPD e 28S. Para tal, foram realizadas coletas nos Estados do Rio Grande do Sul, Santa Catarina, São Paulo e Pernambuco. Foram amostradas 20 espécies de formiga e não houve associação significativa entre a pérola-da-terra e a riqueza e/ou composição de espécies. Solenopsis invicta (Hymenoptera: Formicidae) foi a espécie mais frequente e abundante em todos os parreirais amostrados. A caracterização molecular da pérola-da-terra resultou na formação de dois clados a partir do... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The vineyards in Brazil occur in the South, Southeast, Central-West, and Northeast regions and have few organisms that are considered pests. However, mealybugs can cause economic losses, and Eurhizococcus brasiliensis (Hemiptera: Margarodidae), the ground pearl, is one of the main viticulture pests. Due to the ground pearl has an underground habitat and encapsulated form, the damage caused by the mealybug causes the abandonment or decline of culture, especially in the vineyards of the South region. Some species of ants (Pheidole spp. and Linepithema spp.) may be associated with infestations of ground pearl, as found in the state of Rio Grande do Sul, but there is no information in the state of São Paulo. There is no information about the molecular biology of ground pearl, and thus the aim of the study was to evaluate the diversity of subterranean ants in the vineyards to investigate their possible association with the ground pearl, specifically investigating: i) the richness and abundance of subterranean ants in the State of São Paulo, ii) the vineyards infested by ground pearl and related taxa of ants frequently, iii) the molecular characterization of ground pearl in different regions of Brazil, from RAPD and 28S molecular markers. For this, samples were collected in the States of Rio Grande do Sul, Santa Catarina, São Paulo and Pernambuco. We sampled 20 species of ants and there was no significant association between the ground pearl and the richness and/or species composition. Solenopsis invicta (Hymenoptera: Formicidae) was the most common species in all the vineyards. The molecular characterization of ground pearl resulted in two clades from the gene 28S and three groups, based on RAPD primers. According to the results we can infer the possibility of at least two groups of ground pearl in different regions sampled. However... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Memoria para optar al título de Químico Farmacéutico / Los fibroblastos cardiacos son células que componen alrededor del 70% del total de células del corazón. Estás células son responsables de la mantención de la matriz extracelular del corazón dando soporte mecánico a los cardiomiocitos. Cuando el corazón es dañado, se inicia un proceso de remodelamiento del tejido cardiaco que puede progresar a una insuficiencia cardiaca. Uno de los factores importantes del remodelamiento es la secreción de colágeno a cargo de los fibroblastos. En el proceso de secreción de proteínas, una vez sintetizadas éstas, deben ser plegadas al interior del retículo endoplásmico (ER). Cuando aumenta la demanda de proteínas que se deben plegar, el ER entra en un estrés que gatilla una respuesta que se llama Respuesta a Proteínas Mal Plegadas (UPR). Si esta respuesta no es capaz de devolver la homeostasis a la célula, se ejecuta un proceso de apoptosis. En este estudio se determinó que el fármaco Tapsigargina es capaz de disminuir la viabilidad de cultivos de fibroblastos cardiacos de manera concentración y tiempo –dependiente a una concentración de 10 nM, además induce proteínas que son parte de la vía UPR como BiP, eIF2α, PDI, ATF4 y CHOP ésta última está muy ligada a los procesos de muerte en las células. En la literatura se ha reportado que el ácido 4-fenilbutirico (4-PBA) se comporta como una chaperona química. Demostramos que al preincubar los cultivos con 4-PBA los efectos antes mostrados por Tapsigargina quedan anulados. También se estudió la implicancia de la UPR provocada por Tapsigargina sobre la secreción de colágeno soluble y también se vieron los efectos del 4-PBA sobre la secreción de colágeno soluble los cultivos, demostrándose la capacidad del 4-PBA de modular la secreción de colágeno.

Submitted by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-12-17T16:32:54Z No. of bitstreams: 2 michel_marques_farah.pdf: 437133 bytes, checksum: efc5c1b8937d6edbcc7aaf0f1481a293 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Rodrigo Martins Cruz (rodrigo.cruz@ufvjm.edu.br) on 2015-12-17T16:33:17Z (GMT) No. of bitstreams: 2 michel_marques_farah.pdf: 437133 bytes, checksum: efc5c1b8937d6edbcc7aaf0f1481a293 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2015-12-17T16:33:19Z (GMT). No. of bitstreams: 2 michel_marques_farah.pdf: 437133 bytes, checksum: efc5c1b8937d6edbcc7aaf0f1481a293 (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2010 / Coordena??o de Aperfei?oamento de Pessoal de N?vel Superior (CAPES) / A simula??o de dados apresenta diversas vantagens, como proporcionar a obten??o de respostas ? sele??o e diminuir o tempo necess?rio para a avalia??o das metodologias estudadas no melhoramento gen?tico animal. Por?m, os trabalhos que utilizam simula??o empregam v?rios termos como simula??o estoc?stica, simula??o determin?stica, simula??o de Monte Carlo, simula??o em n?vel de gene e simula??o em n?vel de indiv?duo e, muitas vezes, estes termos s?o utilizados de maneiras diferentes ou em outras condi??es, causando uma diverg?ncia nos termos utilizados. Assim, os objetivos deste trabalho foram agrupar, definir e diferenciar os termos t?cnicos utilizados nos trabalhos de simula??o em melhoramento gen?tico animal e comparar e definir as propriedades dos procedimentos de simula??o em n?vel de indiv?duo e em n?vel de gene. Foram desenvolvidos tr?s cen?rios de simula??o, em n?vel de indiv?duo, em n?vel de gene com e sem marcador utilizando o software LZ5. Foram simuladas tr?s popula??es de su?nos para cada cen?rio e com diferentes herdabilidades (0,12, 0,27 e 0,47). A popula??o-base foi constitu?da de 1500 animais, sendo 750 machos e 750 f?meas e para as duas simula??es em n?vel de gene foi considerado um genoma de 2800 cM e 18 cromossomos de tamanhos aleat?rios, as caracter?sticas foram governadas por 500 locos polig?nicos dial?licos, com freq??ncias al?licas iguais e taxa de recombina??o de 0,01. Para a simula??o em n?vel de gene com marcadores, ainda foram distribu?dos marcadores distanciados igualmente a 50 cM e distribu?dos aleatoriamente 5 QTLs por todo o genoma. Os valores amostrados apresentaram bem semelhantes para os tr?s tipos de simula??o, apresentando um aumento das vari?ncias aditiva e fenot?pica e da herdabilidade nas primeiras gera??es e depois decrescendo ao longo das gera??es. J? para a m?dia fenot?pica, houve um ganho gen?tico por gera??o, indicando que todos os m?todos utilizados s?o eficientes para a obten??o de dados simulados. Assim, a vantagem da simula??o em n?vel de gene ? que ? poss?vel simular marcadores moleculares e QTLs, enquanto a simula??o em n?vel de indiv?duo ? muito eficiente para obten??o de dados como o valor gen?tico do indiv?duo e da m?dia fenot?pica da popula??o em um per?odo de tempo muito menor, pois demanda menos recursos computacionais e de algoritmos estruturados para desenvolver quando comparado com a simula??o em n?vel de gene. Portanto, define-se simula??o em n?vel de indiv?duo como uma metodologia de simula??o que consiste em gerar valores gen?ticos (G) a partir de uma distribui??o normal com m?dia e vari?ncia previamente definidas; enquanto para a simula??o em n?vel de gene a metodologia consiste em gerar os valores dos efeitos de cada loco polig?nico e seus QTLs, a partir de uma distribui??o normal com m?dia e vari?ncia previamente definidas para cada componente, e pela soma destes, obt?m-se o G de cada indiv?duo da popula??o. Para a gera??o do efeito residual (E) as duas metodologias de simula??o s?o feitas da mesma forma, gerando-se um efeito aleat?rio amostrado, tamb?m, de uma distribui??o normal e assim obt?m-se os valores fenot?picos (P) de cada indiv?duo pela soma destes dois componentes (G+E). / Disserta??o (Mestrado) ? Programa de P?s-Gradua??o em Zootecnia, Universidade Federal dos Vales do Jequitinhonha e Mucuri, 2010. / ABSTRACT The simulation data has several advantages, such as providing the obtaining responses to selection and reduce the time required for evaluation methodologies studied in animal breeding. However, simulation studies employ various terms such as simulation stochastic, deterministic simulation, Monte Carlo simulation, simulation level of gene and simulation at the individual level and often these terms are used in different ways or in other conditions, causing a divergence in the terms used. Thus, the objectives were cluster, define and differentiate the technical terms used in the work of simulation in animal breeding and compare and define the properties procedures for simulation-level and individual-level gene. There had been developed three scenarios for simulation at the individual-level and level gene, with and without marker, using the software LZ5. There had been simulated three pig populations for each scenario, with different heritabilities (0.12, 0.27 and 0.47). The base population consisted of 1500 animals, 750 males and 750 females and for both simulations at the level of the gene was considered a genome of 2800 cM, and 18 chromosomes in random sizes, the characteristics were governed by 500 loci diallelic polygenic, with equal allele frequencies and recombination rate of 0.01. For the simulation Level with gene markers, were also distributed bookmarks equally spaced at 50 cM and five QTL distributed randomly across the genome. The sampled values were very similar for the three types of simulation, an increase of additive variance and phenotype and heritability in the first generations and then decreasing to over the generations. As for the average phenotype was a genetic per generation, indicating that all methods used are efficient for obtain simulated data. Thus, the advantage of gene-level simulation is that it can simulate molecular markers and QTLs, while the simulation at individual level is very efficient for obtaining data as the individual's genetic value and phenotypic average of the population over a period of much less time, since it requires less computational resources and algorithms structured to develop, when compared with the simulation-level gene. Therefore, it is defined as the individual level simulation a methodology simulation that generates breeding values (G) from a normal distribution with mean and variance as previously defined; and the gene level simulation is defined as a methodology that generates the values of effects of each locus and their polygenic QTLs from a normal distribution with mean and variance previously defined for each component, and the sum of these gives the G of each individual in the population. For the generation of residual effect (E) the two simulation methodologies are made in the same way, generating a random effects sampled also a normal distribution and so it was obtained the phenotypic values (P) of each individual by summing these two components (G+E).

Utilizando um laser de corante pulsado sintonizado em 5460.7 R excitamos seletivamente os níveis rovibrônicos v=25 j=34, v=25 J=28, v=27 J=108 e v=28 J=45 do estado eletrônico B 3110+da mo fécula de iodo. A partir destes níveis, utilizando um segundo laser de corante sintonizãvel na região de 4130-4400 R e sincronizado com o primeiro, estudamos as transições para os estados eletrônicos com energia acima de 41000 cm-1 que normalmente são inacessíveis por absorção de um único fóton a partir d.o estado fundamental. As séries de transições observadas podem ser identificadas como ab sorção para um único estado eletrônico de simetria 0g + e caráter iônico. / With a pulsed dye laser tuned in 5460.7 R we selectively excite the rovibronic leveis v=25 J=34, v=25 J=28, v=27 J=108 and v=28 J=45 of the 12 B 3110 + electronic state. With a second dye laser, tunable in the range 4130-4400 R and synchronized with the first, we search for transitions from the leveis populated in the B 3116 +state to leveis of the electronic states with energy above 41000 cm 1, that normally are inaccessible by single absorbtion from the ground state. The observed transitions can be assigned to a single ion-pair state with 0g + symmetry.

Introdução: os vírus são responsáveis por 50 a 90% das infecções respiratórias agudas (IRAs) em crianças pequenas, sendo a maioria das infecções atribuídas ao vírus respiratório sincicial (VRS), vírus influenza A e B, vírus parainfluenza 1, 2 e 3, rinovirus e adenovirus. Mais recentemente, com o advento de métodos moleculares, novos agentes foram identificados e relacionados com IRA, como o metapneumovirus humano (hMPV) e bocavirus humano (hBoV). O reconhecimento da importância da determinação do agente etiológico das IRAs em crianças está aumentando porque permite a implementação de medidas de controle de infecção adequadas e, eventualmente, uso de terapia anti-viral. Objetivos: o objetivo principal deste trabalho é verificar a presença do hMPV e hBoV em amostras respiratórias de crianças com sintomas de infecção respiratória aguda do trato respiratório inferior através de método molecular. Além disso, verificar sua associação com outros patógenos respiratórios, distribuição sazonal, associação com variáveis climáticas e comparar a metodologia de PCR em Tempo real com a imunofluorescência direta (IFD) para identificação destes outros patógenos respiratórios. Métodos: foram avaliadas 455 amostras de crianças com sintomas sugestivos de infecção respiratória aguda do trato respiratório inferior no período de maio de 2007 a junho de 2008. A presença de patógenos respiratórios foi analisada por PCR em Tempo Real e IFD. Resultados: hMPV e hBoV foram identificados na população analisada em uma prevalência de 14.5% e 13.2%, respectivamente. A prevalência global de patógenos respiratórios foi 89.9% quando analisados por PCR em Tempo Real e 78.7% por IFD. O coeficiente kappa de concordância entre as duas metodologias foi de 0.241, evidenciando baixa concordância e o índice de coinfecções identificado por PCR em Tempo Real foi significativamente superior ao encontrado por IFD. Poucas medidas de associação foram observadas entre as variáveis climáticas e os patógenos analisados, entretanto uma clara distribuição sazonal foi observada para a maioria dos patógenos analisados. Conclusões: os dois vírus pesquisados estão presentes no nosso meio, principalmente nos meses de inverno, frequentemente associados com outros patógenos respiratórios. Independentemente do patógeno respiratório analisado, a metodologia molecular mostrou-se mais eficaz para a identificação de amostras positivas. / Introduction: viruses are responsible for 50 to 90% of acute respiratory infections (ARIs) in children, the majority of infections attributed to respiratory syncytial virus (RSV), influenza virus A and B, parainfluenza viruses 1, 2 and 3, rhinovirus and adenovirus. More recently, with the advent of molecular methods, new agents have been identified and related to ARI, such as human metapneumovirus (hMPV) and human bocavirus (hBoV). The recognition of the importance of determining the etiologic agent of ARI in children is increasing because it allows the implementation of appropriate infection-control and, possibly, use of anti-viral therapy. Objectives: the main objective of this work is to verify the presence of hMPV and hBoV in respiratory samples from children with symptoms of acute respiratory infection of the lower respiratory tract by molecular method. Also, verify its association with other respiratory pathogens, seasonal distribution, association with climatic variables and compare the methodology of real-time PCR with direct immunofluorescence (DIF) for identification of these others respiratory pathogens. Methods: 455 samples were selected from children with symptoms suggestive of acute respiratory infection of the lower respiratory tract in the period May 2007 to June 2008. The presence of respiratory pathogens was analyzed by Real Time PCR and DIF. Results: hMPV and hBoV were identified in the population analyzed in a prevalence of 14.5% and 13.2%, respectively. The overall prevalence of respiratory pathogens was 89.9% when analyzed by Real Time PCR and 78.7% for DIF. The kappa coefficient of agreement between the two methods was 0.241, showing low correlation and the index of coinfection identified by Real-time PCR was significantly higher than that found by DIF. Few measures of association were observed between the climatic variables and the pathogens tested, but a clear seasonal distribution was observed for most of the pathogens analyzed. Conclusions: the two viruses studied are present in our environment, especially in the winter months, often associated with other respiratory pathogens. Regardless of the respiratory pathogen studied, the molecular approach was more effective for the identification of positive samples.

BUARQUE, Hugo Leonardo de Brito. Predição de propriedades de gasolinas a partir das suas composições. 2006. 206f. Tese (Doutorado em Física) - Curso de Pós-Graduação em Física, Universidade Federal do Ceará, Fortaleza, 2006. / Submitted by francisco lima (admir@ufc.br) on 2013-04-12T13:50:23Z No. of bitstreams: 1 2006_tese_hldbbuarque.pdf: 89844 bytes, checksum: 09dd0a3616e88ec1e47ab52519f63da5 (MD5) / Approved for entry into archive by Edvander Pires(edvanderpires@gmail.com) on 2014-02-25T20:59:40Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2006_tese_hldbbuarque.pdf: 89844 bytes, checksum: 09dd0a3616e88ec1e47ab52519f63da5 (MD5) / Made available in DSpace on 2014-02-25T20:59:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2006_tese_hldbbuarque.pdf: 89844 bytes, checksum: 09dd0a3616e88ec1e47ab52519f63da5 (MD5) Previous issue date: 2006 / Commercial gasolines are normally produced by blendin g hydrocarbon fractions obtained from the distillation of crude oil or from o ther petrochemical or refining processes, and carried through in order to comply with a variety of legal and ambient specifications at minimum cost. The quality for the use a nd commercialization of gasolines is evaluated through certain characteristics specified by governmental regulation. Such characteristics are usually determined by different methodologies and experimental techniques, since those depend on the ir constituents and their respective concentrations with a high complexity. Thus, blending of gasolines in petrochemical and refining industries is sometimes a very laborious procedure. The prediction of fuel properties from composition data is growing in importance in the last few years. Methods of group contribution have been usedin the last decades to predict properties of pure organic compounds and some mix ture parameters (e.g.,UNIFAC). However, most of the recent studies use artificial neural networks as a technique for prediction for fuel properties using the composition of classes of constituents or key-compounds as input data. The main a dvantage of a neural network is its capacity to extract general and unknown in formation for certain series of data (training), supplying useful and fast models for prediction. However, the use of neural networks trained to predict properties of fue ls produced from one given combination of petroleum fractions can not be suitable in the prediction of the characteristics of other gasolines produced from other orig ins due to the complexity and variability of gasoline composition. In this study, methods of multiple linear regression and artificial neural networks have been eval uated in the correlation and prediction of gasoline properties from information of composition obtained by gas chromatography, as well as a methodology for prediction of properties using a hybrid method composed of neural networks and group contribut ion. The developed model is evaluated and compared to other methods, revealing to be sufficiently promising for prediction of properties of pure components and com plex mixtures. / As gasolinas comerciais são normalmente produzidas a partir de combinações de frações oriundas da destilação do petróleo ou de outros processos petroquímicos e de refino e realizadas de modo a atender uma variedade de especificações legais e ambientais, com o mínimo de custo possível. A qualidade para o uso e comercialização de uma gasolina é avaliada através de cer tas características especificadas por leis e normas governamentais. Estas caracter ísticas são normalmente determinadas por diferentes metodologias e técnicas experimentais, haja vista que dependem dos seus constituintes e suas respecti vas concentrações com uma complexidade bastante elevada, tornando a formulação da gasolina originada em refinarias e petroquímicas, um procedime nto muitas vezes bastante laborioso. O intuito de se predizer propriedades de derivados de petróleo a partir de dados de composição é antigo e vem crescendo em importância nos últimos anos. Métodos de contribuição de grupos têm sido utilizados ao longo das últimas décadas para predizer propriedades de compostos orgânicos puros e alguns parâmetros de misturas (e.g., UNIFAC). Entretanto, a maior parte dos estudos mais recentes utiliza redes neurais artificiais como técnica para predição de propriedades de combustíveis usando a composição de grupos de compostos ou mesmo de compo stos-chave como informação de entrada. A principal vantagem de um a rede neural é sua capacidade de extrair informações gerais e desconhecidas pa ra certa série de dados (treinamento), fornecendo modelos de predição úteis e rápidos tanto para sistemas lineares como não-lineares. Porém, dada a complexidade e variabilidade dos constituintes das gasolinas, a utilização de redes neurais t reinadas para modelar as propriedades destes combustíveis produzidos a partir de uma dada combinação de frações petrolíferas pode não se adequar na predição da s características de gasolinas obtidas a partir de uma outra origem. Neste estudo, métodos de regressão linear múltipla e redes neurais artificiais foram avali ados na correlação e predição de propriedades de gasolinas a partir de informações de com posição obtidas por cromatografia gasosa, como também foi desenvolvida uma metodologia de predição de propriedades utilizando um método híbrido de redes neurais e contribuição de grupos. O modelo desenvolvido é avaliado e comparado aos demais, mostrando-se bastante promissor para predição de propriedades de componentes puros e misturas mais complexas.

Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:37Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 1133771 bytes, checksum: 640defa7d0749c719bdf5d760421654a (MD5) Previous issue date: 2007-07-16 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Sequences potentially involved with the coffee resistance were identified, by in silico analyses, using information generated by the Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). For that, three strategies were used. Initially, keywords related to the plants resistance mechanism to pathogens were searched in scientific literature and used as drivers for data mining. Using the available tools at the PBGC bioinformatics platform, ESTs (Expressed Sequence Tags) related to each one of these words were identified. The search for similarities between some published sequences and sequences from the PBGC, by using the BLAST program was another strategy. The Electronic Northern, a tool developed by the Laboratório de Genômica e Expressão (LGE), was also used. Those strategies allowed the identification of 14,060 sequences of the PBGC. These sequences were similar to proteins known to be related to de plant disease defense process, for instance chitinase, kinase protein, cytochrome P450, disease resistance protein, pathogenesis related protein, LRR and NBS proteins, hypersensibility induced protein among others. The biological processes with witch these sequences are involved included metabolism, transport, transcription regulation, protein folding, biosynthesis and others. The ontology-based global analysis for molecular function showed that the genes are involved with metabolism, external stimulus response, cellular differentiation, nucleic acid binding, nucleotide binding, defense response, apoptosis and others. Aiming to verify the involvement of these sequences with the coffee tree resistance to leaf rust, 40 primers were designed to amplify the mined sequences. The primers were synthesized using the computational program Primer3 and their stability was tested by the program PrimerSelect. Different PCR conditions were tested. Using optimized reaction and amplification conditions, those 40 primers were tested in 12 resistant and 12 susceptible genotypes to Hemileia vastatrix, fungus that causes coffee leaf rust. Twenty nine of those resulted in unique and sharp bands, and only one of these was polymorphic. The 40 primers permitted to find one molecular marker polymorphic between the resistant and susceptible genotypes. This marker amplifies a region of the DNA which corresponds to a Coffea Arabica ORF for disease resistance protein. / Seqüências potencialmente envolvidas na resistência do cafeeiro a doenças foram identificadas, por meio de análise in silico, a partir das informações geradas pelo Projeto Brasileiro do Genoma Café (PBGC). Para isso foram usadas três estratégias. Inicialmente, palavras-chave correspondentes a termos relacionados aos mecanismos de resistência de plantas a patógenos foram identificadas na literatura e utilizadas como iscas para a mineração dos dados. Com o auxílio de ferramentas disponíveis na plataforma de bioinformática do PBGC, foram identificadas ESTs (Expressed Sequence Tags) relacionadas a cada uma destas palavras. Outra estratégia utilizada foi a busca por similaridades entre algumas seqüências públicas envolvidas com a resistência do cafeeiro a doenças com as seqüências do PBGC, por meio do programa BLAST. Utilizou-se, também, o Electronic Northern, uma ferramenta desenvolvida pelo Laboratório de Genômica e Expressão (LGE). A mineração, usando as três estratégias, identificou 14.060 seqüências do PBGC. Essas seqüências apresentaram similaridade com proteínas conhecidamente relacionadas com o processo de defesa da planta contra doenças como, por exemplo, quitinase, proteína quinase, citocromo P450, proteína de resistência a doenças, proteína relacionada com patogênese, proteínas com domínio LRR e NBS, proteínas induzidas por hipersensibilidade, entre outras. Os processos biológicos com os quais essas seqüências estão envolvidas incluíram metabolismo, transporte, regulação da transcrição, enovelamento de proteínas, biossíntese entre outros. A análise global baseada em ontologia de função molecular das seqüências obtidas mostrou que os genes estão envolvidos com metabolismo, resposta a estímulos externos, diferenciação celular, ligação a ácidos nucléicos, ligação a nucleotídeos, resposta de defesa, apoptose entre outras. Visando verificar o envolvimento destas seqüências com a resistência do cafeeiro à ferrugem foram desenhados 40 primers para amplificar algumas das seqüências mineradas. Os primers foram desenhados com o programa computacional Primer3 e a estabilidade desses foi verificada por meio do programa PrimerSelect. Diferentes concentrações dos componentes da reação de PCR foram analisadas. Utilizando as condições de reação e amplificação otimizadas, os 40 primers foram testados em 12 genótipos resistentes e 12 susceptíveis a Hemileia vastatrix, fungo causador da ferrugem. Vinte e nove destes 40 primers resultaram em bandas únicas e bem definidas, sendo um polimórfico. Este trabalho permitiu obter, até o momento, um marcador molecular polimórfico entre os indivíduos resistentes e susceptíveis. Esse marcador, denominado CARF 005, amplifica uma região do DNA que corresponde a uma ORF parcial de Coffea arabica que codifica uma proteína de resistência a doenças.

Submitted by Marco Antônio de Ramos Chagas (mchagas@ufv.br) on 2017-02-13T15:49:16Z No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3558878 bytes, checksum: 2b30ec8d9f71e9e1bab44b69484c0c54 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T15:49:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 3558878 bytes, checksum: 2b30ec8d9f71e9e1bab44b69484c0c54 (MD5) Previous issue date: 2016-11-30 / Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / A seleção genômica (SG) tem se tormado uma ferramenta de grande potencial no melhoramento de plantas. Além dela, o estudo de associação genômica (EAGA) e a seleção assistida por marcadores moleculares (SAM) também são metodologias com aplicabilidade no melhoramento. A diferença básica entre essas metodologias é que enquanto a SAM utiliza mapas de ligação e o EAGA utiliza mapas de associação para identificar marcadores significativos, a SG utiliza todos os marcadores disponíveis sem a necessidade de nenhum tipo de mapa. Portanto os objetivos desta pesquisa foram: 1) avaliar modelos utilizando os SNPs significativos encontrados pelos SAM e EAGA como efeito fixo nos modelos comumente utilizados na SG, em que no modelo tradicional, todos os SNPs são estabelecidos como de efeito aleatório. Estes modelos foram comparados com o modelo padrão utilizado na SG (RRBLUP bayesiano); 2) comparar os métodos tradicionais de seleção genômica (todos os SNPs como efeito aleatório); 3) verificar como a herdabilidade e o número de QTLs que controlam a característica podem influenciar na predição do valor genético; 4) estabelecer uma equação de predição da correlação genética em função da correlação fenotípica; 5) estabelecer o número ideal de indivíduos para compor a população de treinamento e; 6) estabelecer a quantidade necessária de marcadores para obter máxima acurácia pelos métodos de seleção genômica. Foram simuladas populações F 2 com 1.000 indivíduos em diferentes cenários. As populações foram simuladas com 4.500 (objetivo 1) e 3.000 marcadores (demais objetivos). Foram simuladas características com diferentes herdabilidades (5, 20, 40, 60, 80 e 99%) e o número de QTLs (60, 120, 180 e 240) (objetivos 2, 3 e 4). Foram estimados para todos os cenários a capacidade preditiva fenotípica e genotípica, a acurácia fenotipica e genotípica, a herdabilidade genômica, a variância genética, o ganho com a seleção, o índice de coincidência e o tempo de processamento. Foi utilizado a cross validação 5-fold com 50 repetições. As principais conclusões desta pesquisa foram: 1) A utilização de um modelo de SG com as marcas significativas encontradas pelo EAGA como efeito fixo e as demais marcas como efeito aleatório é uma boa estratégia para selecionar indivíduos superiores com alta acurácia; 2) A introdução no modelo de SG de QTLs que já foram descritos previamente para a característica em estudo, como efeito fixo, permite a seleção de indivíduos superiores de forma mais acurada; 3) os modelos de seleção genômica para predição em populações F 2 devem ser compostos por 200 a 900 marcadores de maior efeito sobre a característica e mais de 600 indivíduos na população de treinamento. / Genomic selection (GS) has become a high potential tool in plant breeding. Moreover, genomic wide association study (GWAS) and marker-assisted selection (MAS) are also methodologies with great potential in plant breeding. The basic difference among them is while MAS requires linkage mapping and GWAS requires association mapping to identify significant markers, GWS performs all available markers without any mapping. Therefore, the objectives in this research were: 1) to evaluate models using significant SNPs found by GWAS and MAS as fixed effect in the widely GS models, which, in the traditional model all SNPs are treated as random effect. These models were compared with the standart GS model (Bayesian RRBLUP); 2) To compare the most GS traditional models (all SNPs as random effect); 3) to verify how the heritability and number of QTLs which control a specific trait can influence for predicting genetic value; 4) to establish a prediction equation to estimate the genetic correlation based on phenotypic correlation; 5) to establish the optimal number of individuals to compose the training population and; 6) to establish the number of markers needed to obtain the maximum accuracy by the genomic selection methods. F 2 population was simulated with 1,000 individuals in several scenarios. Populations were simulated with 4,500 (objective 1) and 3,000 markers (other objectives). Traits with different heritability (5%, 20%, 40%, 60%, 80% and 99%) and numbers of QTLs (60, 120, 180 and 240 – objectives 2, 3, and 4) were simulated. Phenotypic and genotypic predictive ability, phenotypic and genotypic accuracy, genomic heritability, genetic variance, selection gain, conincidence index, and processing time were estimated for all scenarios. 5-fold cross validation was repeated 50 times. The mainly conclusion in this research were: 1) SG model performed with the significant markers found by GWAS as fixed effect and the remaining SNPs as random effects is a useful strategy to select superior individuals with high accuracy; 2) GS model performed with the QTLs, previously reported for the traits in study, as fixed effect allows the selection of superior individuals more accurate; 3) Genomic selection models should be composed with number of markers ranged from 200 to 900 and number of individuals in the training population beyond 600.