Desde o início do uso de ferramentas computacionais na química, pesquisadores notaram a necessidade de um adequado tratamento da correlação eletrônica para a acurada descrição da estrutura eletrônica. Algum tempo depois, perceberam que, além da correlação, haviam ainda deficiências nos resultados obtidos, as quais estavam relacionadas com efeitos relativísticos, principalmente quando tentavam tratar moléculas com átomos pesados. Um terceiro aspecto a ser levado em consideração nestes estudos diz respeito ao uso de um conjunto acurado de funções de base. No caso específico de cálculos relativísticos, se possível, tais conjuntos ainda precisam garantir a eliminação do prolapso variacional, um problema que está relacionado com uma descrição deficiente da região mais próxima dos núcleos. Com esse propósito, o conjunto RPF-4Z foi desenvolvido recentemente. Sendo assim, este projeto foi voltado para a análise comparativa da qualidade do conjunto RPF-4Z. Desta forma, foram avaliadas propriedades fundamentais das moléculas como, por exemplo, geometrias, momentos de dipolo e constantes espectroscópicas. Simultaneamente, uma propriedade desafiadora, o gradiente de campo elétrico na posição de núcleos de xenônio, também foi considerada. Os resultados obtidos até agora reforçam a eficiência do conjunto RPF-4Z, que é capaz de fornecer valores comparáveis àqueles dados por conjuntos de base de mesma qualidade, mas com menor demanda por recursos computacionais. / Early in the application of computational framework in chemistry, researchers noticed the need for an adequate electronic correlation treatment in order to accurately describe electronic structures. Some years later they realized that, besides correlation, there were also deficiencies in the results, which were related to relativistic effects, especially when dealing with molecules containing heavy atoms. A third aspect to be taken into account is related to the use of an accurate basis set. Specifically for relativistic calculations, these basis sets must also ensure the elimination of variational prolapse if possible, which is a problem related to a poor description of the innermost region close to the nuclei. Thus, the RPF-4Z basis set was recently developed for this aim. This project is focused on a comparative analysis regarding the RPF-4Z basis set\'s quality. Thereby, fundamental properties of molecules were evaluated, such as geometries, dipole moments and spectroscopic constants. At the same time, a challenging property, the electric field gradient at the xenon nuclei, was considered as well. The results obtained so far reinforce the efficiency of the RPF-4Z basis set, which is capable of providing comparable values to those obtained by same quality basis sets but with a lower demand for computational resources.

Cells are the minimum unit of life. They are born, they eat, the may grow, they may move, and, eventually, they die. By contrast, from a physicist point of view, cells are systems out of equilibrium continuously transducing between matter, energy and information. This transduction is what grants the cell their active properties. In order to perform such tasks, cells have a set of macromolecules, a machinery, which are called, Molecular Motors or Molecular Machines. The operation of molecular motors is multiple. For instance, kinesins are molecular motors able to transport cargoes along the cell, or the Bacterial Flagellar Motor works as a nanometric ionic turbine transmitting its rotation to bacterial flagella propelling the cell. The energy input of such nanometric devices have two primary sources. On one hand the hydrolysis of nucleotide derivatives, such as ATP. On the other hand, molecular motors can also be found in biological membranes obtaining energy from the natural flux of ions crossing the membrane due to mechano-chemical energetic differences at each side. The recycling of ATP molecules takes place in another molecular machine, the F0F1 ATP synthase. F0F1 is made up of two subunits that can be separated themselves in two different molecular machines. This way, the F1 motor can couple a rotatory motor with the synthesis/hydrolysis of ATP. Understanding the working of molecular motors is not straightforward. The transduction processes result from a complex set of interactions of all the molecules conforming the motor plus all the interactions with the surrounding molecules. Thus, different approaches with different levels of abstraction are necessary. In the current thesis, molecular motors are studied through the identification of the energetic transduction cycles out of the trajectory of the motor. Trajectories allow to identify the different mechanical and chemical processes driving the motor and allow to propose a spatio-temporal potential for the motor that give information of the energetic performance of the motor such as power and efficiency. This analysis is performed on the F1 motor (in its hydrolysis regime). Such analysis allowed to identify the origin of two well differentiated mechanical and chemical processes that were quantified by means of the reaction kinetics theory and the overdamped dynamics associated with the nanometric biological scale. From this analysis resulted a prediction for the average velocity of the motor with the experimental control parameters. The resulting velocity matches experimental measures of the average velocity without fitting any parameter since all the parameters needed can be extracted from alternative experimental assays. The appealing results of the average velocity lead to a proposal of motor potential for the F1 motor consisting on two linear piece-wise potentials flashing between them. Each potential presenting the experimental characteristics observed when the catalytic site of the motor is empty or occupied. The potential also hold the substepping mechanism observed experimentally. Thus, the resulting potential can be tested, together with the overdamped dynamics of the potential and the thermal fluctuations characteristic of the biological cellular scale. This results in a Langevin equation leading the dynamics of the motor. Again, the stochastic dynamics proposed are able to reproduce the velocity of the motor returning a better approximation than the deterministic approach. As happened in the previous case, there is no fitting in the parameters to test the validity of the velocity expression. Actually, the model is able to predict the measured substep angle from optimisation arguments. The mismatch between the deterministic and the stochastic results was identified as a result of a loss of ATP hydrolysis events due to thermal fluctuations that has been also properly quantified through the Fokker-Planck formalism of the corresponding Langevin equation. The motor potential proposed was also used to study experimental assays of the F1 motor working against conservative forces. The effect of a conservative torque in the working of the motor contains contributions both mechanical and chemical. Altogether, this contributions were successfully addressed presenting again an analytical and stochastic prediction for the velocity of the motor that matches the experimental observations without the need of any parameter fitting. This analysis also entailed a study of the energetic performance of the motor which is unavailable experimentally. The results show a complete divergence between the stochastic and deterministic predictions. The divergence is specially dramatical near the stall force of the motor where the determenistic analysis predicts an efficiency maximum and the stochastic analysis returns a null efficiency. This points out that the stochastic effects are very relevant to the energetic performance of the motor and can not be missed in a proper energetic study of a molecular machine. Besides the study of the F1 motor, also a rotatory device working with an ionic flux was analised. The aim of the analysis was the devise of a minimal mechanistic turbine and the study of its main working features. Such a machine is composed by a mobile piston with periodic boundary conditions at both ends of a nanometric channel separating two particle reservoirs. Hence, the turbine is able to transduce energy between the flux of ions and an external force hindering the natural motion of the piston. Again, thermal fluctuations provide a stochastic dynamic that must be studied through a Langevin equation that can be tackled analytically. This study revealed that the velocity and the flux are not coupled. Specially, two different stall forces appear for the motor. One for the velocity and one for the flux. This results in an intermediate zone where there is a continuous leakage of ions that does not allow any energetic output. This effect is originated from thermal fluctuations. Thus, when the energetic performance is evaluated, a similar behaviour than the one obtained for the F1 motor is recuperated. This minimal model was extended with more complex turbines that take into account more thoroughly the biophysics of molecular machines. All of them result in the same energetic landscape where a minimum of efficiency is obtained near the stall of the motor. Additionally, a new formalism has been developed to simplify the resulting Langevin equations (Fokker-planck white noise limit) and a new algorithm has been devised able to integrate Langevin equations with non-continuous multiplicative noise / Los Motores Moleculares son macromoléculas biológicas que se encargan de hacer las transducciones energéticas necesarias dentro de las células. Este trabajo estudia la transformación de energía de motores moleculares rotatorios reales principalmente la F1-ATPasa, el Motor Flagelar de las Bacterias y el F0. Para estudiar la dinámica del motor se han utilizado ecuaciones de Langevin sobreamortiguadas que recogen la importancia de las fluctuaciones térmicas, así como las fuerzas externas aplicadas al motor (conservativas y disipativas) y el potencial interno del motor que contiene la información físico-química de su comportamiento. Este estudio se ha aplicado a la F1-ATPasa, que se puede estudiar tanto analíticamente, obviando las fluctuaciones térmicas como desde su naturaleza estocástica mediante potenciales intermitentes. En ambos casos, el modelo es capaz de describir la dinámica del motor y su dependencia con los diferentes parámetros controlables experimentalmente: Concentración de ATP, fuerza disipativa y fuerza conservativa. En el mismo sentido se ha diseñado una turbina nanoscópica que recoge los principios básicos de la interacción mecánica entre un flujo de iones y la rotación del motor. En ambos casos, tanto en la turbina como en el F1 se observa que el ruido térmico no afecta mucho a la velocidad del motor y en cambio produce cambios enormes en parámetros energéticos como la potencia o la eficiencia. Concretamente, el escenario clásico en que un máximo de eficiencia se obtiene para la fuerza de calado desaparece obteniendo nuevos regímenes óptimos de trabajo. Adicionalmente, se ha desarrollado un formalismo para simplificar las ecuaciones de Langevin obtenidas (límite de ruido blanco) y se ha diseñado un nuevo algoritmo para integrar ecuaciones de Langevin en las cuales el ruido multiplicativo es discontinuo en el espacio.

El limfoma de cèl•lules de mantell (MCL) i la leucèmia limfàtica crònica (CLL) són dues neoplàsies limfoides fins al moment incurables, per la qual cosa requereixen la recerca de nous fàrmacs. La identificació de noves dianes terapèutiques per al MCL i la CLL, i del mecanisme molecular d’actuació d’aquests fàrmacs en aquestes neoplàsies, té una gran rellevància translacional. El concepte de medicina personalitzada està basat en l’ús de teràpies dirigides a través d’un coneixement profund dels mecanismes moleculars d’acció d’aquests agents. Amb l’augment del coneixement sobre l’etiologia del càncer, s’han descobert noves dianes alterades específicament en les cèl•lules tumorals. Entre elles, la sobreexpressió de les HDACs, que provoca un estat epigenètic aberrant a la cèl•lula. Això ha motivat el desenvolupament del vorinostat, un inhibidor de les HDACs. Els resultats obtinguts demostren el vorinostat és efectiu i selectiu per a les cèl•lules tumorals de MCL. A nivell molecular, el vorinostat en el MCL indueix l’acetilació de les histones de la regió promotora dels gens de les proapoptòtiques de la família de Bcl-2 BH3-only BIM, BMF i NOXA, que són activats transcripcionalment. Totes tres proteïnes, Bmf, Bim i Noxa, cooperen en el procés d’apoptosi. A més, el vorinostat és sinèrgic amb l’agent que mimetitza les BH3-only, ABT-263. En els últims anys, s’ha identificat un gran nombre de cinases, que regulen moltes vies de supervivència i proliferació cel•lulars, que estan específicament activades i sobreexpressades en cèl•lules tumorals. En particular, recentment les cinases associades al receptor de cèl•lules B (BCR) han esdevingut un focus d’atenció important, ja que està activament implicat en la patogènesi de les neoplàsies limfoides. En aquesta tesi, hem analitzat l’efecte anti-tumoral de l’inhibidor multi-cinasa sorafenib en la CLL i el MCL. Els nostres resultats confirmen que el sorafenib indueix apoptosi selectiva en cèl•lules de CLL i de MCL, fins i tot en els casos de més mal pronòstic de la CLL. A nivell molecular, els nostres resultats han demostrat que el sorafenib indueix una desfosforilació ràpida, sostinguda i simultània de les cinases associades al BCR, Syk i de la família Src cinases. En la CLL i el MCL a temps d’incubació molt curts, el sorafenib provoca una disminució traduccional de l’anti-apoptòtica Mcl-1 alhora que de ciclina D1, sobreexpressada en el MCL. Tant Mcl-1 com ciclina D1 participen en l’apoptosi induïda per sorafenib, la disminució de Mcl-1 altera directament els senyals anti-apoptòtics, mentre que el sorafenib, a més de disminuir els nivells de ciclina D1, també allibera Bax del segrestament per part de ciclina D1, finalment activant mecanismes d’apoptosi caspasa-dependents i independents com AIF. El sorafenib també modula les interaccions del microambient amb la CLL i el MCL. En aquest sentit, s’ha demostrat que el sorafenib bloqueja la migració induïda per la quimiocina CXCL12 via inhibició de FAK, una cinasa substrat de Src que regula i promou la invasió. El complex Src-FAK afecta múltiples proteïnes, com ara les del citoesquelet d’actina. En consistència, el sorafenib bloqueja la reorganització del citoesquelet en cèl•lules de MCL estimulades amb CXCL12. Les cèl•lules estromals del microambient dels teixits, com ara el moll d’os i els teixits limfoides secundaris, interaccionen amb el tumor i en promouen el seu creixement i resistència a fàrmacs. En aquest context, s’ha demostrat que, en presència de l’estroma del microambient, les cèl•lules de MCL i CLL esdevenen resistents als agents quimioterapèutics habituals i el sorafenib és capaç de resensibilitzar-les. Tant la proliferació com l’activació del BCR en la CLL són majors en el gangli limfàtic que en sang. En aquest sentit, s’ha demostrat que el sorafenib és més efectiu en cèl•lules de CLL derivades de gangli limfàtic que les respectives derivades de moll d’os i de sang perifèrica. L’estimulació del BCR en la CLL també provoca la secreció de les citocines atraients de cèl•lules accessòries CCL3 i CCL4, que el sorafenib bloqueja amb eficiència. Globalment, els treballs que constitueixen aquesta tesi doctoral suposen una contribució important en el coneixement del mecanisme molecular d’acció del vorinostat i el sorafenib, fàrmacs nous que podrien ser efectius per al tractament d’aquestes dues entitats, el MCL i la CLL. / Mantle cell lymphoma (MCL) and chronic lymphocytic leukemia (CLL) are two incurable B-lymphoid malignancies, thus new therapeutic strategies are required. In the recent years, anti-tumor therapy has focused on pathways specifically altered in cancer cells. Among them, overexpression of histone deacetylases (HDACs) is a common feature. This led to the development of the HDAC inhibitor vorinostat. This thesis has shown that vorinostat could become a new therapeutic approach for MCL. The results show that vorinostat is effective and selective for MCL cells. The molecular mechanism of action of vorinostat involves acetylation of the histones in the gene promoter of the pro-apoptotic BH3-only from Bcl-2 family, BMF, BIM and NOXA, which induces its transcriptional activation. The respective proteins cooperate in the apoptosis induction. Moreover, vorinostat synergizes with the BH3-only mimetic ABT-263 in MCL. Plenty of kinases that have been recognized to regulate survival and proliferation pathways are overexpressed in tumor cells. In this work, we analyzed the anti-tumor effect of sorafenib, a multi-kinase inhibitor approved by the FDA, in CLL and MCL. Sorafenib induces selective apoptosis in CLL and MCL cells, being also effective in poor prognosis cases of CLL. At the molecular level, sorafenib dephosphorylates the B-cell receptor (BCR) associated kinases, specifically Syk and the Src family kinases. In CLL and MCL, sorafenib inhibits Mcl-1 and cyclin D1 translation. Mcl-1 downregulation is directly impairing anti-apoptotic signals. As for cyclin D1, sorafenib releases Bax from cyclin D1 sequestering. Both processes are involved in apoptosis induction, which occurs through caspase-dependent and independent mechanisms. In addition, sorafenib blocks CXCL12-induced migration and actin polymerization via FAK inhibition, a Src kinase substrate that regulates migration. Stromal cells from the microenvironment interact with and promote tumor growth and drug resistance. In this context, MCL and CLL cells become resistant to conventional chemotherapeutic drugs in the presence of stromal microenvironment, which is counteracted by sorafenib. Activation of the BCR and proliferation in CLL cells is higher in the lymph node microenvironments, a setting where sorafenib has been demonstrated to be more effective. BCR stimulation also leads to CCL3 and CLL4 chemoattractant cytokines secretion in CLL, that sorafenib blocks efficiently. Overall, this thesis is an important contribution to the understanding of the molecular mechanism of action of vorinostat and sorafenib, new drugs that might be effective for the treatment of these two entities, MCL and CLL.

Orientador: Maria Isabel Nogueira Cano / Resumo: O câncer de pulmão é o câncer que apresenta maior mortalidade no mundo: >1,6 milhões de óbitos por ano segundo a Organização Mundial de Saúde (OMS), sendo o câncer de pulmão de células não pequenas (NSCLC) o tipo mais frequente (~ 85%) de carcinoma pulmonar. O NSCLC apresenta dois subtipos histológicos principais: adenocarcinoma (LUAD) e carcinoma de células escamosas (LUSC). Pesquisas têm sido realizadas objetivando identificar biomarcadores moleculares úteis como alvo terapêuticos em NSCLC e os telômeros têm sido considerado alvos promissores para terapias antitumoral, devido ao seu papel crucial na integridade, estabilidade e manutenção genômica. Telômeros humanos consistem em DNA repetitivo rico em G associado a proteínas do complexo shelterin e mantido pela ação da telomerase. Estudos recentes mostraram que a expressão de TERT (subunidade catalítica da telomerase) e de alguns componentes do complexo shelterin estão alterados em câncer de pulmão. No entanto, a correlação entre alterações na função telomérica e o desenvolvimento e progressão de NSCLC não foi elucidada. Portanto, o objetivo do presente estudo foi verificar alterações na expressão de genes associados aos telômeros, incluindo os ncRNAs associados à regulação e manutenção dos telômeros em NSCLC, no intuito de identificar novos biomarcadores associados ao desenvolvimento e progressão do NSCLC. Para tanto, foram realizadas análises de expressão de 50 genes associados aos telômeros em amostras de tecido tumoral e... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: According to the World Health Organization, lung cancer has a high mortality rate associated with >1.6 million deaths per year, being Non-small cell lung cancer (NSCLC) the most frequent type (~ 85%) of lung carcinoma. Lung adenocarcinoma (LUAD) and lung squamous cell carcinoma (LUSC) are the two major histological subtypes of NSCLC. Research efforts have been made to identify molecular biomarkers useful as therapeutic targets in NSCLC and telomere have been considered very promising targets for anticancer therapies due to their crucial role in genome integrity maintenance and stability. Human telomeres consist of repetitive G-rich DNA associated with proteins of the shelterin complex, maintained by the action of telomerase. Recent studies showed that expression of TERT (telomerase reverse transcriptase component) and of some of the shelterin components are altered in lung cancer. However, the mechanisms of telomere deregulation associated with NSCLC development and progression have not been elucidated. Therefore, our aim was to study expression changes affecting telomere-associated genes and ncRNAs associated with telomere regulation and maintenance in NSCLC. Such alterations may represent novel biomarkers associated with NSCLC development and progression. For this purpose, expression analyzes of 50 telomere-associated genes were performed in samples of tumor tissue and normal lung tissue, adjacent to the tumor, from patients with NSCLC. The following techniques were used: 1... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

[pt] Sistemas de ressurgência costeira têm grande interesse científico, pois por sequestrarem nutrientes, controlam a biologia e a pesca em áreas oceânicas vastas. O ecossistema de Cabo Frio (RJ) representa a principal área de ressurgência costeira no Brasil e uma exceção no oceano global já que a maioria das zonas de ressurgência localiza-se em sistemas de correntes da borda Leste do Oceano Atlântico. Esta ressurgência sazonal e regida pelos padrões de vento da região causa intermitente, mas significativa resposta biológica na coluna de água de Cabo Frio, propiciando o aumento das comunidades de fito e zooplânctônicas. O enriquecimento das águas é responsável pela proliferação de microorganismos no sedimento. Este acoplamento dos processos físicos e biológicos controla a transferência de material planctônico para os sedimentos, visto que não há uma fonte relevante de material terrestre para a região. Para averiguação de alterações nos processos de transferência ao longo da parte do Holoceno, possivelmente ligados a mudanças climáticas, foram utilizados biomarcadores moleculares lipídicos em sedimentos coletados em outubro/2002 em 3 pontos entre a latitude 23 graus 11 S e longitude 41 graus 47 W, sendo utilizados para este estudo 2 pontos denominados CF02-01A e CF02-02A. Além dos marcadores moleculares quantificados no presente estudo foram também utilizados os marcadores isotópicos e a composição elementar obtidos por outros autores para auxiliar na interpretação dos resultados. Os marcadores utilizados foram os hidrocarbonetos alifáticos, os esteróis, os álcoois graxos e os ácidos graxos em CG-EM. O método empregado permitiu quantificar e identificar 31 compostos na fração de ácidos graxos e 67 na fração neutra. No testemunho CF02-01A foram obtidos as seguintes concentrações médias: 97,40 mais ou menos 99,15 ug g-1 COT para os n-alcanos; 93,39 mais ou menos 37,00 ug g-1 COT para os esteróis; 81,32 mais ou menos 40,65 ug g-1 COT para os álcoois graxos e 129,70 mais ou menos 132,41 ug g-1 COT para os ácidos graxos. Para o testemunho CF02-02A foram verificadas as seguintes concentrações médias: 128,7 mais ou menos 213,11 ug g-1 COT para os n-alcanos; 68,25 mais ou menos 30,02 ug g-1 COT para os esteróis; 119,20 mais ou menos 96.65ug g-1 COT para os álcoois graxos e 100,13 mais ou menos 176,88 ug g-1 COT para os ácidos graxos. Essas concentrações são inferiores às observadas nos sistemas de ressurgência africana ou da costa peruana. Os resultados obtidos demonstram que a matéria orgânica presente na região de Cabo Frio é fortemente influenciada por material autóctone altamente lábil derivado de diatomáceas e dinoflagelados, entretanto há também influência de matéria orgânica alóctone advinda, mais provavelmente, de transporte eólico. Observa-se um incremento na taxa de acumulação de marcadores autótones e alóctones no período entre cerca de 3600 BP e 2100 BP superposto a oscilações a intervalos de tempos da ordem de 300 anos. Tais variações devem estar associadas à variabilidade na circulação atmosférica regional ou semihemisférica, as quais podem controlar o fenômeno da ressurgência. É importante ressaltar que foi observada neste estudo a presença de elevada MCNR, que é utilizada como indicativo da presença de hopanos maturados na maioria das amostras isto demonstra a incidência de percolação de material oleoso a partir de reservatórios presentes na área. / [en] Upwelling coastal systems are of great interesting for Science, since they provide nutrientes and control the biology, the chemistry and fisheries in vast ocean areas. Cabo Frio ecosystem (RJ – located on the southwestern margin of the South Atlantic Ocean) is the main coastal upwelling zone in Brazil and it is an exception in global ocean, as major upwelling zones are located in ocean current systems of East margins. This seasonal upwelling is governed by winds pattern prevailing in the area and it causes intermittent but significant biological responses in the water column of Cabo Frio. Besides generating rather intense phytoplankton and zooplankton surges the enriched waters are responsible for proliferation of microorganisms in the sediments. As long as there are no relevant sources of land derived nutrients to the region, the coupling of physical and biological ocean processes control the transfer of organic material of planktonic origin to the sediments. In this work, lipid biomarkers analyzed in sediments sampled in two stations (CF02-01A and CF02-02A), located between 23 degree 11 S and 41 degree 47 W and collected in October/2002, were used to evaluate possible changes in the upwelling system during the late Holocene. Organic compounds were obtained through Soxhlet extraction technique, following saponification and the division in neutral and acid fractions. Neutral fraction was concentrated and then passed through a chromatographic column to separate n-alkanes from sterols and fatty alcohols and acids by CG-MS. In fatty acid fraction 31 compounds were identified and quantified while in neutral fraction 67 compounds were investigated. CF02-01A core was characterized by the average concentrations of 90,40 more or less 99,15 ug g-1 TOC for n-alkanes; 93,39 more or less 37,00 ug g-1 TOC for sterols; 81,32 more or less 40,65 ug g-1 TOC for fatty alcohols and 129,70 more or less 132,41 ug g-1 TOC for fatty acids. In CF-02A core the average concentrations obtained were: 128,7 more or less 213,11 ug g-1 TOC for n-alkanes; 68,25 more or less 30,02 ug g-1 TOC for sterols; 119,20 more or less 96,65 ug g-1 TOC for fatty alcohols and 100,13 more or less 176,88 ug g-1 TOC for fatty acids. These concentrations are smaller than the reported for upwelling systems in Africa and Peru. The results indicate that the organic matter in the Cabo Frio region is strongly influenced by highly labile autochthonous material derived from diatoms and dinoflagellates, although there is a significant influence of allochthonous organic matter possibly driven by eolic processes. An increase is observed in the accumulation rates of both autochthonous and allochthonous markers in the period between 3600 BP and 2100 BP, superimposed by oscillations with time intervals of about 300 years. Such trends are probably bound to variability of regional or semi-hemispheric circulation of the atmosphere, which are controlling the upwelling processes. It is important to highlight the presence of substantive UCM in many sample, which allied to the occurrence of maturated hopanes indicate presence of degraded oil residues. This is a strong evidence of oil seepage from reservoirs abundantly present in the region.

This study had as objective to estimate the genetic divergence among sugarcane genotypes by means of morphoagronomical characters and molecular markers, and to verify the relation between these procedures. An experiment was conducted in Rio Largo, AL, using a randomized block design with four repetitions. The multivariated analysis of Principal Components, the genetic divergence based on the Mahalanobis 2 ii' D Generalized Distance, and the Average Euclidean Distance Standardized were used for the analysis of the quantitative characters. Based on these distances, a grouping analysis was performed by the More Distant Neighbor method and the UPGMA method, besides Tocher for 2 ii' D . Jaccard coefficient and UPGMA grouping were used in the evaluation of the genetic divergence by molecular markers and morphologic characters. The inconsistency as to formation of different groups between the Standardized Average Euclidean Distance and 2 ii' D of Mahalanobis characterize these two estimates as measures of different dissimilarity. In the same way, the grouping techniques by the More Distant Neighbor method and by UPGMA show graphical dispersions that are not coincident, with differences in relation to the number of groups and in the grouping pattern, while the grouping by UPGMA and obtained by Tocher showed the same agreements. The 2 ii' D Distance of Mahalanobis corresponded to the Principal Components technique, by showing the same groups made by Tocher and UPGMA, obtained from 2 ii' D . However, these techniques did not indicate agreement with the Standardized Average Euclidean Distance. The correlation between the genetic divergence through morphologic characters and estimated by molecular markers was significant, however, from average magnitude (r = 0,47), indicating to be complementary measurements. There was not significant correlation for the divergence obtained through quantitative characteristics with the morphologic characters and molecular markers obtained by the different estimators, as well as between Standardized Average Euclidean Distance and the Mahalanobis 2 ii' D , which indicates clearly that there is no relation between these estimates. / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Este trabalho teve como objetivos a estimação da divergência genética entre genótipos de cana-de-açúcar, por meio de caracteres morfoagronômicos e marcadores moleculares, e verificar a relação entre esses procedimentos. Foi conduzido um experimento em Rio Largo, AL, utilizando o delineamento em blocos casualisados com quatro repetições. Para a análise dos caracteres quantitativos foi utilizada a análise multivariada de Componentes Principais, divergência genética a partir da Distância Generalizada 2 ii' D de Mahalanobis e Distância Euclidiana Média Padronizada. Com base nestas distâncias, realizaramse análise de agrupamento pelo método Hierárquico do Vizinho mais Distante e método UPGMA, além de Tocher para 2 ii' D . Na avaliação da divergência genética por meio de marcadores moleculares e caracteres morfológicos, utilizou-se o coeficiente de Jaccard e agrupamento UPGMA. As inconsistências quanto à formação de diferentes grupos entre a Distância Euclidiana Média Padronizada e a Distância 2 ii' D de Mahalanobis caracterizam estas duas estimativas como medidas de dissimilaridade distintas. Da mesma forma as técnicas de agrupamento pelo método do Vizinho mais Distante e por UPGMA evidenciam dispersões gráficas não coincidentes, com diferenças quanto ao número de grupos e ao padrão de agrupamento, ao passo que o agrupamento por UPGMA e obtido por Tocher apresentaram a mesma concordância. A Distância 2 ii' D de Mahalanobis correspondeu à técnica de Componentes Principais, por apresentarem os mesmos grupos formados por Tocher e UPGMA, obtidos a partir de 2 ii' D . No entanto, estas técnicas não indicaram concordância com a Distância Euclidiana Média Padronizada. A correlação entre a divergência genética através de caracteres morfológicos e a estimada por marcadores moleculares foi significativa, porém, de média magnitude (r = 0,47), indicando serem medidas complementares. Não houve correlação significativa para a divergência obtida por meio de características quantitativas com os caracteres morfológicos e marcadores moleculares, obtida pelos diferentes estimadores, assim como, entre a Distância Euclidiana Média Padronizada e a 2 ii' D de Mahalanobis, o que indica claramente não existir qualquer relação entre estas estimativas.

CARREIRO, Carlos Riedel Porto. Inovações tecnológicas na sexagem, manejo reprodutivo e crescimento do pirarucu, Arapaima gigas (SCHINZ, 1822), (Actinopterygii, Arapaimidae) cultivado no Centro de Pesquisas em Aquicultura Rodolpho von Ihering (CPA) do DNOCS, Pentecoste, Estado do Ceará. 2012. 136 f. : Tese (doutorado) - Universidade Federal do Ceará, Centro de Ciências Agrárias, Departamento de Engenharia de Pesca, Fortaleza-CE, 2012 / Submitted by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-26T12:16:50Z No. of bitstreams: 1 2012_tese_crpcarreiro.pdf: 18907754 bytes, checksum: 0908fc84040d7539c531f59a7e7ae49f (MD5) / Approved for entry into archive by Nádja Goes (nmoraissoares@gmail.com) on 2016-07-26T12:17:03Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2012_tese_crpcarreiro.pdf: 18907754 bytes, checksum: 0908fc84040d7539c531f59a7e7ae49f (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-26T12:17:03Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2012_tese_crpcarreiro.pdf: 18907754 bytes, checksum: 0908fc84040d7539c531f59a7e7ae49f (MD5) Previous issue date: 2012 / The present study deals with aspects of sexing, breeding, nursery and growth of pirarucu, Arapaima gigas, presented in four chapters. The first chapter revealed historical aspects of introduction and reintroduction of pirarucu. Now, the reintroduction of pirarucu in the past decade had another purpose, which was the development of studies in research management, growth and reproduction. In the second chapter we have developed different technologies for pirarucu sex identification: ultrasound, which generated different images for male and female gonads; laparoscopy that generated clear images of the gonads, and can distinguish gonadal stages. Was a tested variation in levels of estradiol and testosterone hormones in fingerling and juvenile, not being able to use this methodology to determine the sex because there is no correlation between the concentration of hormones and the length of pirarucus. RAPD reactions were used to determine polymorphisms with sex of Arapaima gigas, indicating the need for further studys. In third chapter we studied some of the many aspects that helped the reproduction management: The rainfall showed a positive correlation with the frequency of spawn pirarucu in Ceara state, Brazil; This chapter also describes the utilization of electronic transponders; No mortality was recorded during two years study, the introduction of electronic transponders also revealed a new dynamic of courtship behavior, with resultant formation of new pirarucu couples. Another aspect described in the third chapter was the pirarucu food training, step of importance in pirarucu fish farming. There were two systems of training food – The first one use gradual transition from live food to commercial food and seconds left fingerling in parental care. The system of weaning showed lower survival rates, however, righter growth and weight. The gradual transition showed higher survival and lower growth and weight. Anesthetics were tested (chloroform and menthol); Menthol has been used successfully in adults and juveniles with administration by spray gills. The chloroform was effective anesthetics immediately after inhalation, running directly to the stage of surgical anesthesia. The fourth chapter studies were performed growth and weight of pirarucu fry and juveniles to commercial size, initially using samples with an average weight of 1g, ending after 19 months of cultivation, with an average weight of 10,000 g. / A tese trata da sexagem, reprodução, alevinagem e crescimento do pirarucu, Arapaima gigas. No primeiro capítulo foram revelados aspectos históricos da introdução e reintrodução do pirarucu nos açudes do nordeste do Brasil objetivando o desenvolvimento de pesquisas de manejo, crescimento e reprodução voltadas à produção aquícola. No segundo capítulo foram desenvolvidas diferentes tecnologias para a identificação sexual do pirarucu: ultrassom, que gerou imagens distintas para gônadas masculinas e femininas; a laparoscopia que gerou imagens nítidas das gônadas, distinguindo-se inclusive estágios de ovócitos. Testou-se ainda as variações nos níveis de estradiol e testosterona em alevinos e juvenis de pirarucu, não sendo possível a utilização deste método para determinação do sexo, em virtude de não haver correlação entre a concentração dos hormônios e o comprimento dos pirarucus. Reações de RAPD foram utilizadas buscando determinar polimorfismos entre sexo de espécimes de pirarucu, indicando a necessidade de estudos mais profundos e testes com novos primers. No terceiro capítulo foram estudados alguns aspectos do manejo reprodutivo: As precipitações pluviais apresentaram correlação positiva com a frequência de desovas do pirarucu no Ceará, sendo março o mês de maior ocorrência. Ainda neste capítulo, descreve-se a implantação de transponders eletrônicos em pirarucus; A introdução dos transponders revelou uma nova dinâmica comportamental de cortejo, com formação de novos casais. Outro aspecto foi o treinamento alimentar. Foram observados dois sistemas de treinamento alimentar – o primeiro com utilização de transição gradual de alimento vivo para ração comercial seca e o segundo com alevinos deixados nos viveiros de reprodução com cuidado parental, estes sofreram maior mortalidade apresentando ainda comprimento e peso superiores aos exemplares submetidos ao regime de transição alimentar. O regime de transição alimentar mostrou índices de sobrevivência superiores ao cuidado parental apresentando, porém, crescimento e peso inferiores. Foi testado o uso anestésicos (Mentol e clorofórmio); O mentol foi utilizado com sucesso em juvenis e adultos. O clorofórmio apresentou efeito anestésico imediato após a inalação, levando o espécime diretamente ao estágio de anestesia cirúrgica. No quarto capítulo foram realizados estudos de crescimento e peso de alevinos e juvenis até o tamanho comercial, utilizando inicialmente exemplares com peso médio de 1g, finalizando, após 18 meses de cultivo, com peso médio de 10kg.

Investigou-se o desempenho reprodutivo de novilhas e vacas de corte submetidas a protocolos de sincronização de estros para a inseminação artificial e a associação entre marcadores moleculares e desempenho reprodutivo. Exp.1 avaliou-se a antecipação da aplicação da PGF2a em programa de IATF com implante de progesterona em 306 vacas Angus, com cria ao pé. A antecipação da aplicação da PGF2a afetou a taxa de concepção à IATF e prenhez final (P<0,05), respectivamente de 60,9% e 89,1% quando comparados a PGF2a na retirada do dispositivo, respectivamente de 49,3% e 76,7%. Exp.2 avaliaram-se os efeitos do GnRH e da manifestação de estro sobre o desempenho reprodutivo em 197 vacas Angus submetidas à IATF. A manifestação de estro antes da IATF influenciou a taxa de prenhez à IATF (TxPIATF) e prenhez final, respectivamente de 46,6%, 78,6% (C/estro) e 33,0%, 60,6% (S/estro) (P<0,05). O GnRH no momento da IATF resultou em menor taxa de prenhez à IATF, 32,3%, comparado a ausência de GnRH 48,0% (P<0,05), mas não afetou a prenhez final, respectivamente de 69,7% e 70,4%. Houve interação entre estro e GnRH. Vacas C/estro-C/GnRH tiveram 31,4% de prenhez à IATF contra vacas C/estro- S/GnRH com 61,5% (P<0,05). Nas vacas sem estro, o GnRH não apresentou efeito (P>0,05) na TxPIATF (32,6% e 33,3%). O escore de condição corporal (ECC) afetou a taxa de manifestação de estro e a TxPIATF, com superioridade (P<0,05) para vacas > de 3,0. Exp.3 compararam-se os efeitos de diferentes protocolos para a IATF com o acasalamento por touros (Controle) sobre o desempenho reprodutivo de 249 vacas Angus. Formou-se 5 grupos: Controle; Crestar 2º uso; OvSynch; Primer 1ºuso e Primer 2ºuso. A IATF dos animais foi realizada 27 dias e 38 dias após o inicio da estação do grupo controle. Sete dias após a IATF iniciou o repasse com touros. A estação de acasalamento (EA) foi de 91 dias para o grupo controle e 64 e 53 dias para os grupos IATF. A taxa de prenhez ao final da EA não se diferenciou entre os grupos 83,9%. As perdas reprodutivas entre o diagnóstico de gestação e o nascimento foram de 10,5%, sem diferenças entre grupos. O ECC de fêmeas que emprenharam no grupo controle foi diferente do ECC de fêmeas vazias, mas não se diferenciou nos animais da IATF. Exp.4 avaliaram-se protocolos de inseminação sobre o índice reprodutivo em 249 novilhas Britânicas e cruzas, acasaladas aos 14 e 27 meses. Novilhas de 14 e 27 meses foram submetidas aos tratamentos Crestar ou inseminação artificial (IA) por 7 dias, seguida por mais 5 dias após PGF2a (grupo PGF2a) Novilhas de 27 meses também foram submetidas ao OvSynch. Foram avaliados o peso vivo, ECC, escore de trato reprodutivo (ETR) ao início da estação reprodutiva. Os tratamentos OvSynch e Crestar tiveram 100% dos animais inseminados (IATF), enquanto os grupos IA com PGF2a aos 14 e 27 meses tiveram, respectivamente 21,9% e 43,5%. Não houve diferença nas taxas de concepção entre tratamentos e idades (P>0,05), com valores respectivos de 46,5%, 56,3%, 64,7% para Crestar, OvSynch, PGF2a e de 44,4% e 57,1%, para 14 e 27 meses. A taxa de prenhez à IA(TF) foi de 46,5%, 56,3%, 23,4% para Crestar, OvSynch, PGF2a, com superioridade (P<0,05) a favor do Crestar e OvSynch. A taxa de prenhez à IA(TF) foi de 18,6% e 41,3% (P<0,01) para idades 14 e 27 meses. A taxa de prenhez final, após o repasse com touros, foi superior a 90% em todos os grupos (P<0,05). O ETR influenciou a taxa de prenhez após a inseminação. Exp.5 e 6 buscou-se uma associação entre a resposta reprodutiva e marcadores moleculares ligados aos genes do receptor para IGF-1, LH , Leptina, receptores do FSH e LH. Foram utilizados dados de 249 novilhas (Exp4.) e 249 vacas (Exp.3). Nas novilhas a prenhez à inseminação e a prenhez final foram de 41,0% e 91,6%. Nas novilhas não foram encontradas associações entre marcadores e reprodução. No rebanho das vacas a taxa de natalidade no ano subseqüente foi de 75,5%, sem diferenças entre tratamentos, idade e escore ovariano. O ECC influenciou a taxa de natalidade, respectivamente de 55,6%, 75,8% e 82,4% (P<0,05) para os animais com ECC menor que 2,5; 2,5 a 2,9; maior ou igual a 3,0 ao do inicio EA. Vacas homozigóticas no marcador AFZ-1 apresentaram 84,4% de natalidade em comparação as heterozigóticas com 71,5% (P<0,05). A presença do alelo*161 nomarcador HEL5 resultou em 33,3% de natalidade, contra 76,5% em vacas sem esse alelo (P<0,05). Os experimentos evidenciaram que a antecipação da aplicação da PGF2a resultou em aumento da taxa de prenhez à IATF. O ECC mostrou-se como importante preditor do desempenho reprodutivo em vacas de corte. O uso do GnRH concomitante à IATF em vacas com manifestação de estro induzido com benzoato resultou em menor resposta reprodutiva à IATF. A IATF proporcionou aumento nas taxas de inseminação em novilhas, especialmente nas submetidas ao acasalamento 14 meses. O escore de trato reprodutivo ao início da estação de acasalamento influenciou a precocidade de concepção das novilhas. O atraso da realização da IATF após o início da EA não afetou a taxa de prenhez final de vacas de cria quando comparado ao acasalamento por touros. Marcadores moleculares apresentaram associação com o desempenho reprodutivo de bovinos. / Were investigated the reproductive performance of beef heifers and cows submitted to different estrus synchronization protocols for artificial insemination and the association between molecular markers and reproductive performance. Trial.1 The anticipation of the application of PGF2a in TAI program with implantation of progesterone in 306 nursing Angus cows was evaluated. Anticipating the application of PGF2a affected (P <0.05) conception rate to TAI and final pregnancy, respectively 60.9% and 89.1% when compared to PGF2a in the removal of the device, respectively 49.3% and 76.7%. Trial.2 The effects of GnRH and oestrus on reproductive performance in 197 Angus cows subjected to TAI It were evaluated. The expression of oestrus before TAI influenced the pregnancy rate to TAI (TxPTAI) and final pregnancy (P<0.05), respectively 46.6%, 78.6% (oestrus) and 33.0%, 60.6% (No/oestrus). GnRH at the time of TAI resulted in lower pregnancy rate to TAI (32.3%) compared to the absence of GnRH (48.0%) (P<0.05) but did not affect the final pregnancy, respectively 69, 7% and 70.4%. There was interaction between GnRH and oestrus. Cows with oestrus and GnRH had 31.4% pregnancy for TAI cows against with oestrus without GnRH with 61.5% (P <0.05). In cows without oestrus, GnRH had no effect (P> 0.05) TxPTAI (32.6% and 33.3%). The body condition score (BCS) affected the rate of oestrus and TxPTAI, with higher (P <0.05) for cows > than 3.0. Trial.3 The effects of different protocols for TAI with mating by bulls (control) on the reproductive performance of 249 Angus cows were compared. It was formed five groups: Control; Crestar 2nd use; OvSynch; Primer new and Primer 2nd use. The TAI was performed 27 days and 38 days after the start breeding season in the control group. Seven days after TAI was realized the clean-up bulls. The mating season (MS) was 91 days for the control group and 64 and 53 days for TAI groups. Pregnancy rate at the end of MS did not differ between groups (83.9%). Reproductive failure between diagnosis of pregnancy and birth were 10.5%, without differences between groups. The BCS to pregnant cows in the control group differed from open cows, but it was not different in cows submitted to TAI. Trial.4 Different protocols to insemination on reproduction in 249 British and crossbred heifers, bred at 14 and 27 months were evaluated. Heifers to 14 and 27 months were treated Crestar or artificial insemination (AI) for 7 days, followed by more than 5 days after PGF2a (PGF2a group) Heifers 27 months were also submitted to OvSynch. We evaluated body weight, BCS, reproductive tract score (RTS) to the beginning of the breeding season. Treatments OvSynch and Crestar had 100% of the animals inseminated (TAI), while groups with PGF2a IA at 14 and 27 months were respectively 21.9% and 43.5%. There was no difference in conception rates between treatment and age (P>0.05), with respective values of 46.5%, 56.3%, 64.7% for Crestar, OvSynch, PGF2a, and 44.4% and 57.1% for 14 and 27 months. Pregnancy rate to AI (TAI) was 46.5%, 56.3%, 23.4% for Crestar, OvSynch, PGF2a, with higher (P <0.05) in favor of Crestar and OvSynch. Pregnancy rate to AI (TAI) was 18.6% and 41.3% (P <0.01) for ages 14 and 27 months. The final pregnancy rate after clean-up bulls was superior to 90% in all groups (P<0.05). The RTS influenced the pregnancy rate after insemination. Trial.5 and 6 we looking for an association between the reproductive response and molecular markers linked to genes for IGF-1 receptor, LH , Leptin, FSH and LH receptors. We used data from 249 heifers (Trial4.) and 249 cows (Trial.3). Pregnancy in heifers at insemination and final pregnancy were 41.0% and 91.6%. No associations were found between markers and reproduction in heifers. In the cow`s herd the birth rate in subsequent years was 75.5%, with no differences between treatments, age and ovarian score. The BCS has influenced the birth rate, respectively 55.6%, 75.8% and 82.4% (P <0.05) for animals with BCS less than 2.5, 2.5 to 2.9; greater than or equal to 3.0 to the beginning of the MS. Cows in homozygous marker AFZ-1 showed 84.4% of the birth rate compared with 71.5% (P <0.05) in heterozygous cows. The presence of allele*161 to HEL5 marker resulted in 33.3% of birth rate vs. 76.5% in cows without this allele (P<0.05). The experiments showed that the anticipation of the implementation of PGF2a resulted in increased pregnancy rate to TAI. BCS has proven to be an important predictor of reproductive performance in beef cows. The use of GnRH in cows with the oestrus induced with benzoate showed worse reproductive response to TAI. The TAI has provided increased rates of insemination in heifers, especially in heifers submitted to matting by 14 months. The reproductive tract score at the beginning of the breeding season influenced the speed of conception in heifers. The delay of the realization of TAI after the onset of MS did not affect the final pregnancy rate of beef cows when compared to breeding only by bulls. Molecular markers were associated with the reproductive performance of cattle.

Este trabalho tem como objetivo o desenvolvimento e a aplicação de métodos de caracterização de filmes ópticos, associados à sua estrutura inomogênea ou anisotrópica. Os materiais estudados são guias ópticos planares e filmes compósitos com propriedades ópticas não-lineares. Esses materiais são relevantes para aplicações na área de optoeletrônica e óptica integrada. O trabalho é dividido em duas partes principais. A primeira parte é dedicada à caracterização de guias de onda planares produzidos por troca iônica, vidros dopados com íons de Ag e/ou K, através de um e/ou dois processos de troca. O perfil de índice de refração é estudado através da técnica de Modos Guiados, uma técnica óptica empregada tradicionalmente em guias desse tipo. Em complementação a essa medida óptica, são realizadas medidas do perfil de concentração do íon dopante, empregando as técnicas de RBS e EDS. É dedicado um interesse especial pela região próxima à superfície da amostra, a região crítica na análise por Modos Guiados. Os métodos de Abelès-Hacskaylo e de Brewster-Pfund são estendidos a esses guias inomogêneos, permitindo a medida direta do valor do índice de refração superficial. Essa informação e os dados obtidos por Modos Guiados permitem a determinação de um perfil de índice de refração mais acurado ao longo da profundidade do guia. A segunda parte é dedicada ao estudo de materiais compósitos: filmes finos constituídos por uma matriz (silicato, silicato + PVP, e PMMA) dopada com moléculas orgânicas que apresentam propriedades ópticas não-lineares de segunda ordem (PNA, DR-1 e HBO-BO6). Nessas amostras, é aplicado um campo elétrico de alta voltagem (efeito corona), gerando um alinhamento dos cromóforos dopantes. Essa mudança na simetria estrutural do material, de isotrópica para uniaxial, é observada através da assimetria correspondente no valor do índice de refração (birrefringência). O valor da birrefringência induzida é obtido através da medida da variação da refletância de luz pelo material, auxiliada por medidas prévias das constantes ópticas do material por Elipsometria.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:26:04Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-02-29Bitstream added on 2014-06-13T18:53:57Z : No. of bitstreams: 1 venancio_lpr_me_sjrp.pdf: 1068047 bytes, checksum: d85b41abf589322ab5174b5d9c2b731e (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Nsf - Nacional Science Foundation / O Brasil é o país com o maior rebanho de búfalo de rio, Bubalus bubalis, no continente americano e também o maior produtor deste animal fora do continente asiático. A produção de leite e derivados vem aumentando devido à potencialidade dessa espécie em produzir leite com baixos custos e elevado rendimento industrial. Apesar das características economicamente importantes inerentes ao búfalo, as pesquisas científicas são limitadas em muitos países onde o búfalo é economicamente importante e como conseqüência a pesquisa genômica encontrase defasada quando comparado com outras espécies de interesse econômico. Marcadores moleculares são essenciais para avaliar informações qualitativas e quantitativas da diversidade molecular com o objetivo de aperfeiçoar a utilização e conservação da variabilidade genética e o relacionamento entre vários rebanhos. Microssatélites diferem dos outros tipos de seqüências de DNA por seu extenso polimorfismo dentro e entre populações, sendo considerados excelentes tipos de marcadores moleculares. O presente estudo teve como objetivos construir bibliotecas genômicas parciais enriquecidas com microssatélites, isolar e caracterizar os microssatélites obtidos, além de determinar as condições de amplificação por PCR para alguns dos locos isolados da biblioteca. Foram desenvolvidas 6 bibliotecas genômicas parciais – (CA)15 , (CT)15 , (AGG)8 , (GATA)8 , (GAAA)8, (AAAAC)8. O processo de clonagem gerou um total de 1.824 clones recombinantes, sendo que 954 foram seqüenciados para identificação de microssatélites. Cento e treze microssatélites foram encontrados. Desses, foram identificados 96 com unidade de repetição dinucleotídica (84,95%), 10 repetições trinucleotídicas (8,85%), 6 repetições tetranucleotídicas (5,3%) e 1 repetição pentanucleotídica (0,89%). As seqüências de microssatélites... / Brazil is the largest river buffalo (Bubalus bubalis) breeding center outside the Asian continent, the origin of the domestic buffalo. All buffalo breeds have a strong milk/meat attributes. Their extensive use in agriculture world wide, and especially in developing countries, begs for genetic resources to evaluate and improve traits important to local and regional economies. Among the different types of DNA markers, microsatellites are useful for studying genetic variability within and between populations due its high heterozygosity. The goal of this study was to construct partial genomic libraries enriched with repeated sequences to isolate and characterize microsatellites for river buffalo. The cloning process generated a total of 1824 recombinant clones, from which 954 were sequenced for the microsatellites search. One hundred and thirteen new microsatellites were isolated, containing the following type of repeats: dinucleotide repeats (96 sequences - 84.95%), trinucleotide repeats (10 sequences - 8.85%), tetranucleotide repeats (6 sequences – 5.3%) and pentanucleotide repeats (1 sequence - 0.89%). The new microsatellites were structurally categorized into 3 categories: pure repeats (90 sequences - 79.64%), pure interrupted (21 sequences - 18.59%) and compound interrupted repeats (2 sequence – 1.77%). PCR primer pairs were designed for ten microsatellites, from which four had the PCR conditions optimized. The microsatellites isolated in this study will be used to evaluate the genetic variability of Brazilian populations of river buffalo and to the gene mapping program established for this specie.