Synthèse et utilisation de mimes de quadruplexes contraints pour l'évaluation de ligands II est maintenant bien connu que l'ADN simple brin peut s'associer sous différentes conformations telles que la double hélice, les triplexes, les i-motifs ou bien encore les G-quadruplexes. Ces dernières années les structures de type quadruplexes (G-quadruplexes et i-motif) ont suscité un certain intérêt notamment pour leur implications au niveau cellulaire (maintenance des télomères, activation de gènes…). C'est pourquoi de nombreuses équipes travaillent sur le développement de ligands affins pour ces structures qui pourraient agir en tant qu'anticancéreux. Cependant, le fait que les quadruplexes présentent un polymorphisme important(variabilité du nombre de brins dans la structure, des différents types de boucles et de l'orientation des brins) rend la compréhension des interactions entre un ligand et le quadruplexe plus difficile. Dans ce contexte, l'équipe développe un nouveau concept, « Template Assisted Synthesis of Quadruplexes » (TASQ) dont le but est d'obtenir un quadruplexe ne présentant qu'une topologie de façon contrôlée afin de permettre des études plus précises sur la façon dont un ligand pourrait interagir avec les quadruplexes. La première partie de ce manuscrit reporte l'évaluation par résonnance plasmonique de surface de complexes métalliques en tant que ligands de G-quadruplexe. Ces études reposent sur l'utilisation d'un premier mime de G-quadruplexe parallèle sur lequel deux séries de complexes sont testées : des métalloporphyrines et des ligands de type salphen. La seconde partie du manuscrit décrit la synthèse de mimes de G-quadruplexes antiparallèle. Elle repose sur l'utilisation du gabarit peptidique qui relié aux séquences spécifiques d'oligonucléotides de façon adéquat contraint la structure. Pour se faire, deux réactions chimiosélectives ont été utilisées : la cycloaddition 1,3 dipolaire de Huisgen et la ligation oxime. Les travaux reportés concernent trois types de structure mimant un i-motifs, des G-quadruplexes tétramoléculaires ou bimoléculaires. / Synthesis and use of constrained quadruplexe mimic for the ligand evaluation It has now been shown that single stranded DNA can fold into hairpin, triplex, i-motif and G-quadruplexe structures containing non canonical base pairing. In particular quadruplex structures (G-quadruplexes and i-motif) have generated interest because the formation is considered to have important consequences at the cellular level (telomere maintenance, oncogene activation…). Therefore, the design of small molecules (ligands) targeting quadruplexes is under development, in particular to obtain anticancerous molecules. Nevertheless G-quadruplexes exhibit a wide structural polymorphism (different kind of loop, strand orientation, number of strands) making investigation of ligand tricky. In this context, we have developed a new concept called 'Template Assisted Synthesis of Quadruplex' (TASQ) with aim to constrain the G-quadruplex in a single conformation which enables the study of the interactions of ligand more specifically for a single topology. In the first part of this manuscript, we describe studies by using surface plasmon resonance (SPR) of metal complexes as G-quadruplex ligands. The investigation was performed using a first parallel G-quadruplex as model to interact with two kinds of metal complexes: metalloporphyrins and salphen. The second part of the manuscript reports the work concerning the synthesis of antiparallel quadruplexes. The strategy is based on the use of a peptide scaffold in which the suitable oligonucleotide sequences are anchored with specific orientation. For this purpose two compatible chemistries are used (1,3 dipolar Huisgen cycloaddition and oxime ligation). Three kinds of antiparallel quadruplexe mimics have been investigated: i-motif, tetramolecular G-quadruplexes and loop-constrained G-quadruplexes.

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Les gènes Hox sont présents dans la majorité des espèces du règne animal et sont nécessaires à la différenciation coordonnée des cellules le long de différents axes longitudinaux au cours du développement embryonnaire. Ils sont impliqués dans le maintien de l'homéostasie de nombreux tissus à l'âge adulte. Des mutations affectant leur expression et/ou leur fonction sont ainsi retrouvées dans de nombreux cancers chez l'Homme.Les gènes Hox codent pour des facteurs de transcription reconnaissant des séquences nucléotidiques très similaires. L'interaction avec une classe évolutivement conservée de cofacteurs, les protéines Pbx et Meis, permet aux protéines Hox de reconnaître des sites de liaison plus spécifiques. Cette interaction a d'abord été décrite pour dépendre d'un petit motif commun aux protéines Hox, l'hexapeptide (HX). Cependant, des analyses récentes ont montré que ce motif pouvait en fait être dispensable in vivo, soulignant une capacité étonnante des protéines Hox à pouvoir potentiellement utiliser différents motifs pour interagir avec les mêmes cofacteurs. Mon travail de thèse s'inscrit dans la problématique du rôle des petits motifs dans les interactions Hox-cofacteur. Un premier projet a consisté à réaliser une analyse systématique du mode d'interaction de chaque représentant des groupes de paralogie des protéines Hox humaines avec leurs cofacteurs Pbx/Meis. Ce travail a révélé de nouveaux modes d'interaction pour plusieurs protéines Hox. Un deuxième projet a consisté à mettre en place un nouveau système de crible moléculaire pour identifier des partenaires de la protéine humaine HoxA9 sauvage ou mutée dans son motif HX dans différentes lignées cellulaires. L'ensemble de mon travail de thèse ouvre ainsi de nouvelles perspectives sur notre compréhension du mode moléculaire d'action des protéines Hox et de leurs cofacteurs, que cela soit en contexte développemental normal ou pathologique / Hox genes are present in the vast majority of the animal kingdom, and are required for the differentiation of several longitudinal axes during embryogenesis. There are also involved in the homeostasis of several tissues in the adult organism. Mutations affecting their expression and/or function are found in numerous human cancers.Hox genes encode for transcription factors that recognize short and highly similar DNA-binding sites. The direct interaction between Hox proteins and two evolutionary classes of cofactors, the Pbx and Meis proteins, allows them to recognize more specific DNA-binding sites. This interaction was first described to rely on a common short Hox protein motif called hexapeptide (HX). However, subsequent functional and molecular analyses showed that the HX motif could be dispensable for the interaction with Pbx and Meis partner in vivo. These results strongly suggest that Hox proteins could use different motifs to interact with the same set of cofactors. Such alternative motifs are unknown in mammalian Hox proteins.My thesis work is dedicated to the issue of the role of the HX motif and other short motifs in Hox-cofactor interactions. More particularly, I developed two main projects using human Hox proteins and cell lines derived from different tissues as a model system. My first project consisted in the systematic analysis of the interaction property of all Hox paralogs with the Pbx/Meis cofactors. This work revealed new Pbx/Meis-interaction interfaces in human Hox proteins. My second project consisted in establishing a new molecular screen to identify transcriptional partners of the wild type or HX-mutated human HoxA9 protein in different cell lines.Overall, my thesis work opens new perspectives into our understanding of the molecular mode of action of Hox proteins and their cofactors, in a normal or pathological developmental context

Le système de sécrétion de type II (T2SS) assure le transport de protéines sous une forme repliée du périplasme dans le milieu extracellulaire. Ce système est largement exploité par les bactéries à Gram négatif pathogènes des plantes, des animaux et de l'homme où il permet la sécrétion de facteurs de virulence (des toxines et des enzymes lytiques). La bactérie phytopathogène Dickeya dadantii utilise le T2SS appelé Out, pour sécréter une douzaine de pectinases qui dégradent les parois des cellules végétales. Les protéines sécrétées par le T2SS n'ont pas de motif de sécrétion apparent et leur sécrétion implique plusieurs interactions transitoires avec les composants du système. La nature moléculaire de ces interactions n'est pas connue. Afin de capter ces interactions transitoires lors du processus de sécrétion, j'ai utilisé le pontage dirigé in vivo. Cette technique repose sur l'incorporation d'un analogue photoréactif d'un acide aminé (le para-benzoyl Lphénylalanine, pBpa) à la place des résidus soupçonnés de faire partie d'un site d'interaction. Le pontage est ensuite activé par une courte exposition des cellules aux UV ce qui permet la formation des complexes protéiques. Tout d'abord, cette technique a été utilisée pour introduire le pBpa dans plusieurs régions exposées à la surface d'une exoprotéine, PelI. Cette stratégie a permis de mettre en évidence qu'un élément structural, la boucle 3 du domaine Fn3 de PelI, est impliquée dans l'interaction avec la sécrétine OutD, le composant du T2SS situé dans la membrane externe, et avec le domaine PDZ d'OutC, un composant de la membrane interne. Ces résultats suggèrent que la boucle 3 fait partie d'un motif de sécrétion. Deux autres régions ont été identifiées au sein de PelI : le linker entre les deux domaines de PelI qui est impliqué dans l'interaction avec OutD et une région exposée du domaine catalytique qui interagit avec la protéine OutC. La même approche a été utilisée pour introduire le pBpa dans les deux composants du T2SS, OutC et OutD. Ces expériences ont suggéré que le domaine PDZ d'OutC interagit avec une autre exoprotéine, PelB. Cette étude, de façon complémentaire à d'autres approches, nous a permis de démontrer certains détails moléculaires essentiels de la sécrétion par le T2SS / The type II secretion system (T2SS) transports folded proteins from the periplasm through the outer membrane into the milieu. In many pathogenic Gram-negative bacteria, the T2SS secretes various virulence factors in host tissue and is directly involved in pathogenesis. The phytopathogen Dickeya dadantii secretes a dozen of pectinases through a T2SS named Out. The secreted proteins are lacking an obvious common signal and secretion is thought to involve multiple transient interactions of folded exoproteins with several T2SS components. Molecular nature of these interactions remains unknown. To address this question we used an in vivo sitespecific photo-crosslinking approach to capture such transient interactions within the functional T2SS of D. dadantii. In this technique, the photo-crosslinker para-benzoyl-L-phenylalanine, pBpa, is introduced in vivo in place of a residue of interest and UV-irradiation of living cells provokes the formation of complexes between the protein of interest and its partners. First, in a systematic approach, pBpa was introduced at several surface-exposed sites of the secreted protein PelI. This strategy permitted us to identify that one structural element, loop 3 of Fn3 domain in PelI, interacts both with the secretin, the outer membrane T2SS component, and with the PDZ domain of OutC, an inner membrane T2SS component. These results suggest that this loop 3 is a part of the secretion motif. The same approach permitted us to identify two other regions of PelI interacting with the T2SS: a linker situated between the two domains of PelI, which interacts with OutD, and an exposed region of the catalytic domain of PelI interacting with OutC. In another approach, pBpa was introduced into the T2SS components, OutC and OutD. These experiments suggested that the PDZ domain of OutC interacts with the secreted protein PelB. This study, in complement with other approaches, allowed us to uncover some important molecular features of the protein secretion by the T2SS

Chez les eucaryotes, la maturation de l’extrémité 3’ des ARNs messagers a lieu lors de la transcription et regroupe deux étapes : le clivage endonucléolytique du transcrit au niveau d’un site spécifique et l’ajout d’une queue poly(A) sur le fragment en amont du site de clivage. Chez S. cerevisiae, le complexe de polyadénylation est formé par 20 protéines, regroupées principalement en deux sous-complexes : CF IA et CPF. Nous nous intéressons plus spécifiquement à Pcf11, sous-unité du complexe CF IA. Pcf11 est formé de sept sous-domaines, mais la fonction d’une grande partie de la protéine n’est pour l’instant pas connue. Par exemple, aucune fonction n’est associée à la région située entre le domaine d’interaction avec le CTD de l’ARN polymérase II (CID) et une répétion de 20 résidus glutamines. Récemment, la structure de ce domaine, appelé 2nd NTD a été décrite. Pour essayer de comprendre la fonction du 2nd NTD et des motifs liant le zinc encadrant le domaine d’interaction avec Clp1, nous avons mis en place une stratégie systématique de mutagénèse, soit par délétions, soit par mutations ponctuelles. Le 2nd NTD est formé de trois hélices α et interagit avec l’ARN. La délétion de ce domaine conduit à un phénotype de croissance lente chez la levure et un défaut de terminaison de transcription des snoRNAs. Malgré une similarité de structure et de fonction, le 2nd NTD présenterait une fonction indépendante. La fonction des motifs liant le zinc n’est pour l’instant pas connue. Cependant, la mutation de l’un de ces deux motifs conduit à un défaut de clivage et de polyadénylation in vitro. La mutation des deux motifs est létale chez la levure. / In eukaryotes, poly (A) tails are added to nuclear pre-mRNA 3'-ends in the two steps of cleavage and polyadenylation. This co-transcriptional processing requires the activity of a large protein complex comprising at least 20 different polypeptides in yeast organized primarily into the two factors CF IA and CPF. We are interested in the functional characterization of Pcf11, a CF IA subunit. The Pcf11 protein is organized into seven different domains, but here is still a large portion of the polypeptide that has not yet been characterized. For example the region from the end of the CTD interaction domain (CID) to an uninterrupted stretch of 20 glutamine residues has no known function. Recently, the structure of this region, called the 2nd NTD have been characterized. To gain insight into the function of the 2nd NTD and the two zinc fingers motif surrounding the Clp1 interaction domain, we have employed a systematic strategy of mutagenesis, either by deletion or via point mutations. The 2nd NTD is a folded domain composed of three α-helices. The deletion of this domain induced a severe defect of growth in yeast and impaired transcription termination of snoRNAs. Despite its similarity in structure and function with the CID, the 2nd NTD seems to act like an independent RNA binding domain. We don’t know yet the real function of the two zinc fingers motif at the C-terminal region of Pcf11, but the mutation of Cystein residues into serine of one of the two motifs impaired cleavage and polyadenylation. The mutation of the first motif is less harmful than the mutation of the second motif. The simultaneous mutation is lethal in yeast.

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Consistently throughout the book of Jonah, the author draws attention to matters of life and death. The present study argues that by approaching this recurring subject through a rhetorical-critical approach, it is evident that the author has intentionally constructed a motif of life and death, which they implement as the foundation for the theme of YHWH’s sovereignty that runs throughout the narrative. In this way, the motif is designed to build anticipation which comes to its climax as Jonah and YHWH converse directly in Jonah 4. This thesis argues that the presence of this motif is found in both the recurring key words and key situations connected with the concepts of life or death. Furthermore, the study identifies the purpose of Jonah as a declaration of YHWH’s sovereignty over matters of life and death, yet with a tendency toward mercy for the repentant. This is realized in and through the very motifs under examination.

International Telemetering Conference Proceedings / October 28-31, 1996 / Town and Country Hotel and Convention Center, San Diego, California / Deutsche Telekom has been operating different communication satellites for several years. The Satellite Control Center (SCC) of Deutsche Telekom is located near Usingen, about 50 km northwest of Frankfurt/Main. The system has been under operation since the launch of the first flight model DFS in June 1989. The entire computer system was based on Digital Equipment Corporation (DEC) VAX type computers. The maintenance costs of these old Complex Instruction Sets Computers (CISC) were increased significantly during the last years. Due to the high operational costs Deutsche Telekom decided to exchange the operational computer system. Present-day information technology world uses more and more powerful Reduced Instruction Set Computers (RISC). These new designs allow operational costs to be reduced appreciably. The VAX type computers will be replaced by DEC Alpha AXP Computers. This paper describes the transition process from CISC to RISC computers in an operational realtime environment.

International Telemetering Conference Proceedings / October 30-November 02, 1995 / Riviera Hotel, Las Vegas, Nevada / The MARS-II digital recorder is one of the new technologies that will eventually replace the labor intensive and hardware dependent methods associated with traditional analog-based telemetry ground systems. The Standardized MARS-II Analysis and Reduction Tool (SMART) is one of the first software systems developed to take advantage of this new digital recording capability. It processes pulse code modulated (PCM) encoded data and MIL-STD-1553B message traffic, outputting time-tagged PCM frames or 1553 messages to file. The goal of this software is to provide a portable application that utilizes state-ofhe-art, general purpose hardware for rapid telemetry data processing to meet the needs of operational users, telemetry engineers, and data analysts. To satisfy these goals, the software was developed using the C language with VMS and OSF operating systems as the initially targeted platforms. In addition, an X Window System/Motif graphical user interface supporting three tiers of user interaction (operator, telemetry engineer, and telemetry analyst) was layered onto the decommutator functions.

Thesis (MTh)--Stellenbosch University, 2011. / ENGLISH ABSTRACT: This research aims to trace the exodus motif in the book of Revelation in general and Rev. 12-20 in particular, and to examine the socio-rhetorical function of the use of the exodus motif. Our hypothesis is that Rev. 12-20 constitutes a coherent unit in terms of narratology and that the exodus motif plays a significant role in forming the structure and the message of the book of Revelation, specifically of Revelation 12-20. Significantly, the song of Moses and the Lamb in Rev. 15 plays a pivotal role in the development of the thread of the chapter 12-20 as a plot. In the chapter 2, an overview of the history of interpretation of Revelation is provided and also the limitation of current studies of the song of Moses is highlighted. In addition, a new approach to the song of Moses in Revelation is suggested. The main goal of the chapter 3 is to examine Rev. 12-20 according to four narrative elements and from which Rev 12-20 can be deduced as a discrete literary unit constituting a plot. It will be argued that Rev. 12-20, as a plot, is highly stylized in the chiastic structure which has the song of Moses and the Lamb at the centre. Chapter 4 investigates Exod. 1-15 as a coherent story and explains how the author of Revelation adopts the exodus motifs in forming both the theme and the structure of Revelation. Moreover, it will be argued that the exodus motif generated certain sociorhetorical meanings to the audiences or the readers who were assimilated into the Roman Empire. For understanding the socio-rhetorical meanings, we examine the socio-rhetorical context, namely Asia Minor as part of the Roman Empire, and deal with the socio-rhetorical role of the exodus motif in the book of Revelation. In the chapter 5, firstly, drawing on the theoretical assumptions from social psychology, we build up a framework in which we can deal with Rev. 12-20 in terms of identity issues. Then, the covenantal identity based on the covenant in the book of Exodus will be suggested as an alternative identity. Thus, the exodus motif in Rev. 12-20 challenges the assimilated identity of the audiences or the readers to be renewed in the covenantal identity, so that they may be holy apart from the culture and the structure of the Roman Empire. The song of Moses and the Lamb reinforces the covenantal identity. / AFRIKAANSE OPSOMMING: Hierdie navorsing ondersoek die gebruik van die eksodus-motief in Openbaring in die algemeen en in Op 12-12 in die besonder, terwyl dit ook die sosio-retoriese funksie van hierdie motief bestudeer. Die hipotese is dat Op 12-20 in terme van narratologiese analise ‘n koherente eenheid beslaan, en dat die eksodus-motief ‘n betekenisvolle rol speel in die struktuur en boodskap van Openabring, en Op 12-20 in besonder. Verder is dit betekenisvol dat die Lied van Moses en die Lam in Op 15 ‘n kernrol speel in die deurlopende lyn van Op 12-20 as plot. In hoofstuk 2 word ‘n oorsig oor die interpretasiegeskiedenis van Openbaring aangebied en beperkinge ten opsigte van huidige studies oor die Lied van Moses beklemtoon. In aanvulling daarby word ‘n nuwe benadering ten opsigte van die Lied van Moses in Openbaring voorgestel. Die hoofdoel van hoofstuk 3 is om Op 12-20 aan die hand van vier naratiewe elemente te ondersoek. As resultaat kan Op 12-20 as diskrete literêre eenheid sowel as die plot van Openbaring beskou word. As plot vertoon Op 12-20 ‘n noukeurige styl, met chiastiese strukture waarvan die Lied van Moses en die Lam die middelpunt vorm. Hoofstuk 4 ondersoek Eks 1-15 as koherente narratief en verduidelik hoe die outeur van Openbaring die eksodus-motief in die vorming van beide die tema en struktuur van die boek ingespan het. Die eksodus motief sou ook sekere sosio-retoriese betekenisse onder die gehore of lesers wat met die Romeinse Ryk geassimileer was, gegenereer het. Twv die beter verstaan van sulke sosio-retoriese betekenisse, word die sosio-historiese konteks naamlik Klein-Asië as deel van die Romeinse Ryk bestudeer. Vervolgens word die sosio-retoriese rol van die eksodus-motief in die boek van Openbaring behandel. In hoofstuk 5 word eerstens van teoretiese uitgangspunte binne die sosiale sielkunde gebruik te maak vir die konstruering van ‘n raamwerk om identiteitsake in Opn 12-20 te hanteer. Vervolgens word verbondsidentiteit soos dit voortvloei uit die verbond in Eksodus as alternatiewe identiteit voorgestel. Die eksodus motief in Op 12-20 daag die gehore of lesers van die boek uit om hul verbondsidentiteit te hernu, sodat hulle heilig en dus anders as die kultuur en strukture van die Romeinse Ryk kan wees. Die Lied van Moses en die Lam versterk Openbaring se gehore of lesers se verbondsidentiteit.