Made available in DSpace on 2016-04-12T12:46:43Z (GMT). No. of bitstreams: 2 carlos_silva_ioc_dout_2013.pdf: 4777903 bytes, checksum: cb3c3452a3e622064b7b274a124477ed (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2013 / As vias aéreas são consideradas a principal porta de entrada para Mycobacterium leprae, o agente etiológico da hanseníase. Portanto, estudos sobre a interação do M. leprae com as células epiteliais são de grande relevância para a compreensão dos eventos iniciais que ocorrem durante a interação de M. leprae com o ser humano. Nesse contexto investigamos a interação in vitro de M. leprae com as células epiteliais alveolares (linhagem A549) e nasais humanas (linhagem RPMI2650). Nossos resultados mostram que M. leprae é capaz de aderir, entrar e também de sobreviver nas células epiteliais nasais e alveolares. Entretanto, M. leprae possui uma maior capacidade de aderir e invadir as células A549. Ademais, a habilidade de M. leprae de entrar em células epiteliais nasais foi confirmada através do isolamento e infecção de células epiteliais nasais primárias humanas advindas de pacientes com polipose nasal. Também demonstramos que o processo de entrada do bacilo nas células epiteliais é um processo passivo dependente de microfilamentos de actina e também de tubulina. Visto que a adesão é um evento crucial no estabelecimento da infecção, torna-se relevante a identificação de proteínas de superfície expostas em M. leprae Para atingir este objetivo, M. leprae isolado do coxim plantar de camundongo nude foi pré-incubado com biotina e em seguida as proteínas biotiniladas foram purificadas com microesferas magnéticas recobertas com estreptavidina e finalmente os peptídeos digeridos foram submetidos a LC/MS-MS. Com esta metodologia, identificamos 279 proteínas na superfície de M. leprae. Dentre este conjunto de proteínas, identificamos 12 potenciais adesinas previamente descritas e ainda confirmamos a presença da proteína semelhante à histona (Hlp) e da hemaglutinina ligante de heparina (HBHA) na superfície de M. leprae. Estudos com a Hlp e a HBHA recombinante de M. leprae mostraram que ambas proteínas são capazes de interagir com as células epiteliais alveolares. No entanto, apenas a Hlp foi capaz de se ligar às células epiteliais nasais. A inoculação de M. leprae no septo nasal de camundongos resultou na infecção de macrófagos e também de células epiteliais pulmonares. Além disso, M. leprae induziu a expressão de IL-8 nas células A549 e nas células epiteliais primárias humanas. Ainda, M. leprae foi capaz de induzir a produção de MCP-1 nas células A549. A bactéria também foi capaz de aumentar os níveis da subunidade p65 de NF-kB no extrato nuclear das células alveolares. Concluindo, nossos dados reforçam a importância da interação do M. leprae com o epitélio respiratório durante eventos iniciais da infecção / Abstract: The airways are considered the major port of entry of Mycobacterium leprae, the causative agent of leprosy. Therefore, studies on the M. leprae interaction with epithelial cells are of great relevance to shed light on earlier events in M. leprae-host interaction. We examined the in vitro interaction between M. leprae and human alveolar and nasal epithelial cells. It was observed that M. leprae can enter both cell types and that epithelial cells can sustain bacterial survival. However, M. leprae had a higher capacity to bind and invade alveolar epithelial cells. Additionally, bacterial ability to interact with nasal epithelial cells was confirmed through the isolation and infection of nasal primary epithelial cells. Moreover, M. leprae entry in epithelial cells is a passive process and actin/tubulin-dependent. Since a critical aspect for understanding the mechanisms of infection is the identification and characterization of the adhesins involved in pathogen-host cell interactions, we studied the surface proteome of nude mouse-derived M. leprae to uncover potential adhesin candidates relevant in M. lepraeepithelial cell interaction Two hundred and seventy-nine cell surface-exposed proteins were identified based on selective biotinylation, streptavidin-affinity purification and shotgun mass spectrometry. Among these proteins, the histone-like protein (Hlp) and hemaglutinin binding heparin (HBHA), two major mycobacterial adhesins, were shown to be exposed on the M. leprae surface and to mediate bacterial attachment to epithelial cells. Delivery of M. leprae to the nasal septum of mice resulted in infection of macrophages and also epithelial cells in the lung tissue. Additionally, M. leprae induces IL-8 in A549 cells but not in RPMI cells. However, human primary nasal epithelial cells secrete IL-8 during M. leprae infection. Also, alveolar epithelial cells produce monocyte chemoattractant protein-1 (MCP-1) during M. leprae infection. Moreover, p65 NF-kB subunit levels in A549 nuclear extracts increase in response to M. leprae. Altogether, our data point to the potential of the epithelial airway mucosa as a primary site of M. leprae infection in humans

LIMA, Luana Nepomuceno Gondim Costa. Estudo Epidemiológico Molecular da Hanseníase em Fortaleza, Ceará. 2014. 95 f. Tese (Doutorado em Ciências Médicas) - Universidade Federal do Ceará. Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2014. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2015-03-30T11:15:20Z No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) / Approved for entry into archive by denise santos(denise.santos@ufc.br) on 2015-03-30T11:16:30Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-03-30T11:16:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2014_tese_lngclima.pdf: 1600519 bytes, checksum: f15522ff75af3894f38b1bf16d2576a2 (MD5) Previous issue date: 2014 / The study of detection of M. leprae DNA in nasal secretions from patients and healthy subjects in addition to the methodologies for genotyping of M. leprae has complemented the leprosy’s epidemiology. This study evaluated the positivity of M. leprae DNA in nasal secretion (NS) of leprosy patients and healthy individuals; and genetic variability among strains of M. leprae, studying the relationship with clinical and epidemiological factors. NS samples were collected from 185 patients (group C), 136 individuals without leprosy (Co) attending the National Reference Center for Sanitary Dermatology Dona Libânia in Fortaleza, Ceará and 121 students from the Faculty Christus in Fortaleza (GE group). Skin biopsies (SB) were collected from 38 individuals in group C. All samples NS were subjected to DNA extraction and amplification of RLEP region by nested PCR. To assess the genetic diversity of M. leprae among individuals, 48 strains of SN positive patients RLEP system were analyzed using the four loci of variable number tandem repeats (VNTRs): AC8b, AC9, and AC8a GT9. To study the variability of the strain in the same individual were compared BP and SN samples of 38 positive patients RLEP system using the fifteen loci VNTRs: AT17, GGT5, GTA9, AC8b, AC8a, AT15, AC9, 21-3, GAA21, TA18, 6-7, 27-5, TA10, 23-3, 12-5. 69.2% of the cases, 66.9% of Co and 28.1% of group GE were positive RLEP. The fact that the individual is male, belonging to socioeconomic class D/E and every year-old age increases the chance in 6,266, 3,083 and 1,046, respectively, be it positive PCR. In the analysis of geographical distribution of individuals positive RLEP, the Co was the group of intersection between C and GE groups and the group C, the smear-positive and positive RLEP were more clustered than smear-positive and negative RLEP. The AC8b, AC9, and AC8a GTA9 loci showed allelic diversity considered moderately discriminating. There was a formation of four groups with strains of identical genotypes. The most common genotypes were AC8b: 8, AC9: 7, AC8a: 8, GTA9: 10 and AC8b: 7, AC9: 8, AC8a: 9, GTA9: 9. Strains of unique genotypes were detected in patients aged greater and in patients in whom there was more time between symptoms and diagnosis. The existence of different strains circulating in the city under study and different subpopulations of bacilli between BP and SN samples of the same individual was observed. / O estudo da detecção de DNA do M. leprae em secreção nasal de indivíduos e as metodologias de genotipagem do M. leprae têm complementado a epidemiologia da hanseníase. Este estudo avaliou a positividade de DNA de M. leprae na secreção nasal (SN) de pacientes com hanseníase e de indivíduos sadios; e a variabilidade genética entre cepas de M. leprae, estudando a relação com fatores clínico-epidemiológicos. Foram coletadas amostras de SN de 185 pacientes (grupo C), de 136 indivíduos sem hanseníase (grupo Co) que frequentavam o Centro de Referência Nacional em Dermatologia Sanitária Dona Libânia em Fortaleza, Ceará e 121 alunos da Faculdade Christus em Fortaleza (grupo GE). Foram coletadas biópsias de pele (BP) de 38 indivíduos do grupo C. Todas as amostras de SN foram submetidas à amplificação da região RLEP por meio de PCR NESTED. Para avaliação da diversidade genética do M. leprae entre indivíduos, foram analisadas cepas de SN de 48 pacientes positivos do sistema RLEP, utilizando os quatro loci de repetições em tandem de número variável (VNTRs): AC8b, AC9, AC8a e GT9. Para o estudo da variabilidade da cepa no mesmo indivíduo foram comparadas amostras de BP e SN de 38 pacientes positivos do sistema RLEP, utilizando os quinze loci de VNTRs: AT17, GGT5, GTA9, AC8b, AC8a, AT15, AC9, 21-3, GAA21, TA18, 6-7, 27-5, TA10, 23-3, 12-5. Foram RLEP positivo 69,2% dos casos, 66,9% do grupo Co e 28,1% do grupo GE. O fato de o indivíduo ser homem, pertencer à classe socioeconômica D/E e a cada ano de idade que envelhece, aumenta a chance em 6,266, 3,083 e 1,046, respectivamente, dele ser PCR positivo. Na análise de distribuição geográfica dos indivíduos RLEP positivos, o grupo Co foi o grupo de interseção entre os grupos C e GE e em relação ao grupo C, os com baciloscopia positiva e RLEP positivo estiveram mais agrupados do que os com baciloscopia positiva e RLEP negativo. Os loci AC8b, AC9, AC8a e GTA9 apresentaram uma diversidade alélica considerada moderadamente discriminante. Houve a formação de quatro grupos com cepas de genótipos idênticos. Os genótipos mais frequentes foram o AC8b: 8, AC9: 7, AC8a: 8, GTA9: 10 e o AC8b: 7, AC9: 8, AC8a: 9, GTA9: 9. As cepas de genótipos únicos foram detectadas em pacientes com idade menor e em pacientes nos quais ocorreu maior tempo entre sintomas e diagnóstico. Foi constatada a existência de diferentes cepas circulando no Município em estudo e diferenças de subpopulações do bacilo entre as amostras de BP e SN de um mesmo indivíduo.

FIÉVEZ, Aline Mireille da Cunha. Avaliação da reação em cadeia da polimerase (PCR) e métodos convencionais no diagnóstico de micobacteriose extrapulmonar exceto renal. 2006. 100 f. Dissertação (Mestrado em Patologia) - Universidade Federal do Ceará, Faculdade de Medicina, Fortaleza, 2005. / Submitted by denise santos (denise.santos@ufc.br) on 2011-12-20T12:48:33Z No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) / Approved for entry into archive by Eliene Nascimento(elienegvn@hotmail.com) on 2012-02-01T13:34:25Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) / Made available in DSpace on 2012-02-01T13:34:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2005_dis_amcfievez.pdf: 695266 bytes, checksum: e437ff57b2a73b87f5c90be990554ed3 (MD5) Previous issue date: 2005 / In order to focus on the importance of laboratorial diagnosis of extrapulmonary mycobacteria, except renal, we employed the polymerase chain reaction (PCR). Clinical samples (body fluids) were tested by PCR for the presence of Mycobacterium tuberculosis complex (MTB) and nontuberculous mycobacteria (MNTB). We compared the results obtained through the PCR with the ones obtained through conventional microbiological methods. The 114 clinical samples were obtained from internal patients or from or in ambulatorial attendance with clinical suspicion of extrapulmonary tuberculosis, except renal. The samples were collected from 2001 to 2003, and ceded to this research by the Laboratório de Microbiologia do Laboratório Central do Hospital Universitário Walter Cantídio (HUWC-UFC), and by the Laboratório Central de Saúde Pública da Secretaria de Saúde do Estado do Ceará (LACEN-CE). The direct microscopy and culture were negative in all the samples. The molecular research, for the Mycobacterium genus was positive in 10 samples, and for the Mycobacterium tuberculosis complex was negative in all the samples. / Com o objetivo de enfatizar a importância do diagnóstico laboratorial de micobactérias em sítios extrapulmonares, exceto renal, utilizou-se neste trabalho a reação em cadeia da polimerase (PCR). Na PCR foram empregados iniciadores específicos para a detecção de micobactérias do complexo Mycobacterium tuberculosis (MTB) e não pertencentes ao complexo Mycobacterium tuberculosis (MNTB). Foram comparados os resultados obtidos na PCR com os métodos microbiológicos convencionais. Foram analisadas 114 amostras clínicas (líquidos corporais) provenientes de pacientes internados ou em atendimento ambulatorial, com suspeita clínica de tuberculose extrapulmonar, exceto renal. As amostras foram coletadas no período de 2001 a 2003 e cedidas pelo Laboratório de Microbiologia do Laboratório Central do Hospital Universitário Walter Cantídio (HUWC-UFC) e pelo Laboratório Central de Saúde Pública da Secretaria de Saúde do Estado do Ceará (LACEN-CE). A baciloscopia e a cultura foram negativas em todas as amostras. A pesquisa molecular para o gênero Mycobacterium foi positiva em dez amostras e, para o complexo Mycobacterium tuberculosis, foi negativa em todas as amostras.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências da Saúde, Programa de Pós-Graduação em Farmácia, Florianópolis, 2017. / Made available in DSpace on 2017-12-05T03:13:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 349065.pdf: 2734525 bytes, checksum: af2239d8312ad1a6b66e889ae584f8f7 (MD5) Previous issue date: 2017 / A Tuberculose (TB) é uma doença causada por bactérias pertencentes ao Complexo Mycobacterium tuberculosis. Segundo a Organização Mundial de Saúde, estimou-se que em 2015, 10,4 milhões de pessoas desenvolveram TB mundialmente e 1,4 milhões morreram em decorrência da doença. No Brasil, foram registrados em 2015, 1027 casos de TB resistente aos fármacos. A isoniazida é um dos fármacos mais efetivos no tratamento da TB. Os principais mecanismos de resistência à isoniazida estão relacionados a mutações nos genes que codificam o ativador do fármaco (gene katG) e o alvo deste (gene inhA). Mutações nos genes katG e inhA são responsáveis por aproximadamente 75% dos casos de M. tuberculosis resistentes à isoniazida, no entanto, em 25% dos casos, tais mutações não são encontradas. Acredita-se que a superexpressão de proteínas do tipo bombas de efluxo sejam responsáveis por este percentual. O aumento na atividade de efluxo resulta na redução das concentrações intrabacterianas do fármaco, o que pode propiciar a sobrevivência de uma subpopulação bacteriana exposta ao constante estresse causado pelas concentrações subinibitórias do fármaco. Durante esta exposição, mutantes com alterações gênicas que favoreçam a resistência podem ser selecionados, possibilitando o estabelecimento de uma população resistente que se torna clinicamente significante. Sendo assim, objetivou-se com o presente estudo, avaliar os níveis de expressão dos genes que codificam para bombas de efluxo mmr, jefA, efpA, bacA e drrA em isolados clínicos de M. tuberculosis com diferentes perfis de susceptibilidade à isoniazida. Os isolados foram categorizados em três grupos: 1. isolados susceptíveis à isoniazida; 2. isolados susceptíveis à isoniazida provenientes de pacientes com baciloscopia positiva ao quarto mês de tratamento e 3. isolados com monorresistência primária à isoniazida. Os resultados obtidos por meio da técnica de Reação em Cadeia da Polimerase Quantitativa em Tempo Real foram comparados entre os grupos e em relação à cepa de referência M. tuberculosis H37Rv. Para os genes jefA, efpA e drrA não foi observada diferença significativa nos níveis de expressão entre os grupos. Desta forma, não foi possível estabelecer uma relação entre os níveis de expressão desses genes e o fenótipo de resistência apresentado pelos isolados. Para os genes mmr e bacA foi encontrada relação significativa entre os níveis basais de expressão e o fenótipo de monorresistência à isoniazida. O gene mmr, o qual codifica para proteínas da família Small Multidrug Resistance, apresentou valores de expressão basal aumentados nos isolados com monorresistência primária à isoniazida quando comparados aos isolados susceptíveis, sugerindo que este gene possa estar relacionado com a resistência à isoniazida. Os níveis de expressão basal do gene bacA nos isolados susceptíveis foram superiores aos níveis encontrados nos isolados com monorresistência primária à isoniazida, sugerindo que níveis reduzidos de expressão do gene bacA possam estar relacionados com a resistência à isoniazida. Os níveis de expressão basal de bacA observados em 83,3% dos isolados clínicos, tanto monorresistentes quanto susceptíveis foram menores que os níveis observados na cepa de referência M. tuberculosis H37Rv. O gene bacA codifica para transportadores do tipo ABC e atua na captação de vitamina B12. / Abstract : Tuberculosis (TB) is a disease caused by bacteria belonging to the Mycobacterium tuberculosis Complex. According to the World Health Organization, in 2015, an estimated 10.4 million people developed TB worldwide and 1.4 million died from the disease. In Brazil, 1,027 cases of drug-resistant TB were recorded in 2015. Isoniazid is one of the most effective drugs in the treatment of TB. The major mechanisms of resistance to isoniazid are related to mutations in the genes that encode the drug activator (katG gene) and the drug target (inhA gene). Mutations in katG and inhA genes account for approximately 75% of isoniazid-resistant M. tuberculosis cases; however, in 25% of cases, such mutations are not found. It is believed that overexpression of efflux proteins accounts for this percentage. The increase in efflux activity results in the reduction of intrabacterial drug concentrations, which may lead the survival of a bacterial subpopulation exposed to constant stress of subinhibitory drug concentrations. During this exposition, mutants with alterations in genes that favor resistance can be selected, allowing the establishment of a resistant population that becomes clinically significant. Therefore, the aim of this study was to evaluate the expression levels of efflux pumps genes mmr, jefA, efpA, bacA and drrA in clinical isolates of M. tuberculosis with different isoniazid susceptibility profiles. The isolates were divided into three groups: 1. isoniazid-susceptible isolates, 2. isoniazid-susceptible isolates from patients with positive bacilloscopy after four months of treatment, and 3. isoniazid-resistant isolates. The results obtained using the Quantitative Real-Time Polymerase Chain Reaction technique were compared between the groups and in relation to the reference strain M. tuberculosis H37Rv. For the jefA, efpA and drrA genes, no significant difference in expression levels was observed between groups. Therefore, it was not possible to establish a relationship between the expression levels of these genes and the resistance phenotype of the isolates. For the mmr and bacA genes, a significant relationship was found between the expression levels and the isoniazid-monoresistant phenotype. The mmr gene, which encodes proteins from the Small Multidrug Resistance family, presented increased baseline expression values in isolates with primary isoniazid monoresistance, when compared to susceptible isolates, suggesting that this gene may be related to isoniazid resistance. Basal expression levels of the bacA gene in susceptible isolates were higher than levels found in isolates with primary isoniazid monoresistance, suggesting that reduced levels of the bacA gene may be related to isoniazid resistance. The basal expression levels of bacA observed in 83.3% of clinical isolates, both isoniazid-monoresistant and susceptible, were lower than the levels observed in the reference strain M. tuberculosis H37Rv. The bacA gene codes for ABC type transporters and acts on the uptake of vitamin B12.

Made available in DSpace on 2016-08-29T15:35:05Z (GMT). No. of bitstreams: 1 tese_6777_Tese SAV 04-10-13.pdf: 4494409 bytes, checksum: 06e58e07b25332ca734da704af738a2c (MD5) Previous issue date: 2013-08-30 / Introdução: Baseado na hipótese de que a variabilidade genética de Mycobacterium tuberculosis (MTB) pode influenciar a virulência e a gravidade da doença os perfis genéticos de isolados clínicos de MTB foram avaliados para detectar associação entre diversidade genética e gravidade da doença. Objetivos: Analisar características genéticas de isolados de MTB e verificar sua possível associação com a gravidade da TB pulmonar. Métodos: Estudo retrospectivo, caso controle, conduzido em Vitória-ES, utilizando isolados de MTB (2003 a 2006, n=214) de pacientes com TB pulmonar, cavitária (127) e não cavitária (87). Realizou-se genotipagem por meio de RFLP-IS6110, Spoligotyping, MIRU-VNTR 24 loci, e a análise de deleções e inserções, como RDRio, RD174 utilizando PCR multiplex, bem como a detecção do Ag85C103. Realizou-se análise estatística, para verificação dos padrões de distribuição das variáveis, seguida de análises bivariadas para verificação de associações entre elas, empregando-se os teste exato de Fisher ou Chi-quadrado, ambos com 95% de intervalo de confiança e nível de significância (&#61554;) < 0,05. Resultados: Após a regressão logística, as variáveis que contribuíram no modelo explicativo da doença foram baciloscopia (ORajust = 5,96; IC= 2,58-13,73) e produção de escarro (ORajust = 4,55; IC= 1,28-16,12). Não houve associação estatisticamente significativa com o restante das variáveis.A família LAM foi a mais frequente entre os dois grupos analisados, representando 65 (62%) dos isolados no grupo cavitário e 40 isolados (38%) do grupo não cavitário. Não houve diferença estatisticamente significativa entre os grupos em relação à deleção RDRio (p=0,65) e com relação à deleção RD174 (p=0,65). Dentre os 205 isolados analisados, 25 (12%) isolados do grupo não cavitário e 43 (21%) do grupo cavitário, estavam em cluster. não houve diferença estatisticamente significativa entre a quantidade de clusters e os grupos analisados (p= 0,4). Conclusões: Foi determinado o perfil genotípico dos isolados de pacientes com doença pulmonar, cavitária e não cavitária. Não houve associação entre a presença de cavidade e os genótipos encontrados. Não houve associação do genótipo com nenhum dos marcadores moleculares avaliados. Palavras Chaves: Mycobacterium tuberculosis, genotipagem molecular, RFLP- IS6110, MIRU-VNTR 24 loci , Spoligotyping.

Submitted by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-03-26T19:48:31Z No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Luiz Guilherme Schimidt Castellani.pdf: 1781231 bytes, checksum: 875aa69391e57600531cb990b00dd009 (MD5) / Approved for entry into archive by Elizabete Silva (elizabete.silva@ufes.br) on 2015-04-07T18:30:22Z (GMT) No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Luiz Guilherme Schimidt Castellani.pdf: 1781231 bytes, checksum: 875aa69391e57600531cb990b00dd009 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-04-07T18:30:22Z (GMT). No. of bitstreams: 2 license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Luiz Guilherme Schimidt Castellani.pdf: 1781231 bytes, checksum: 875aa69391e57600531cb990b00dd009 (MD5) Previous issue date: 2013-08 / A resistência a fármacos antituberculose tem constituído uma grande ameaça ao controle da tuberculose em âmbito mundial. A sua detecção precoce permite ao médico instituir um esquema de tratamento mais adequado ao paciente e consequentemente quebrar a cadeia de transmissão dos bacilos. Os testes de sensibilidade a antimicrobianos atuais, embora eficientes, são caros e/ou demorados e/ou trabalhosos. Com base nesta premissa, nos propusemos a desenvolver e padronizar um método fenotípico direto para determinação da sensibilidade do Mycobacterium tuberculosis a antimicrobianos de primeira linha do tratamento da tuberculose. Para o desenvolvimento deste novo teste, utilizaram-se os princípios do método das proporções e do exame de cultura pelo método de Ogawa–Kudoh. O estudo foi dividido em duas fases. A primeira, caracterizada pelo desenvolvimento e padronização do método proposto e a segunda, pela análise da concordância entre o método desenvolvido e o método do MGIT (padrão-ouro). Na primeira fase, foram realizados diversos ensaios para definir: os volumes de absorção e de liberação de líquidos de diferentes tipos de swab, o meio de cultura, as concentrações dos antimicrobianos e o tempo de leitura/interpretação das culturas. Além disso, foi verificado se a amostra deveria ou não ser diluída. Com base nos resultados destes ensaios, padronizou-se o método com: swab comercial, em meio de cultura Ogawa- Kudoh contendo separadamente 0,2 μg/mL de isoniazida, 40,0 μg/mL de rifampicina, 10,0 μg/mL de estreptomicina e 500,0 μg/mL de ácido para-nitrobenzóico. Padronizou-se ainda a inoculação da amostra de escarro de forma direta, ou seja, sem diluir e a leitura/interpretação do resultado do teste no período entre 21 e 28 dias. A análise comparativa entre este método e o teste de sensibilidade a antimicrobianos no sistema MGIT realizada na segunda fase do projeto indicou um índice kappa igual a 1,000, ou seja, uma concordância muito boa em relação ao padrão-ouro. Diante desses resultados promissores, acreditamos que o método desenvolvido apresente um grande potencial para ser utilizado em laboratórios com pouca infra-estrutura, por ser de baixo custo, fácil execução e relativamente rápido. / Drug resistance has become a worldwide threat to tuberculosis control. Its early detection allows the doctor to use more appropriate treatment regimens and thereafter to break the transmission chain of the bacilli. Current drug susceptibility tests, though efficient, are expensive and/or lengthy and/or laborious. Based on that premise, we proposed to develop and standardize a direct phenotypic method to determinate the susceptibility of Mycobacterium tuberculosis to first line drugs used on tuberculosis treatment. To develop this new method, it was used the principles of the proportion method and the Ogawa-Kudoh swab culture method. The study was divided in two phases. The first was characterized by the development and standardization of the proposed method and the second by analyzing the agreement between the developed method and the MGIT method (gold standard). In the first phase, several assays were realized to define: the absorption and liberation volumes of liquids from different kinds of swab, the culture medium, the drugs concentrations and the time to read/interpret the cultures. Besides, it was verified if the sample should or should not be diluted. Based on results, the method was standardized with: commercial swab, Ogawa-Kudoh culture medium containing separately 0,2 μg/mL of isoniazid, 40,0 μg/mL of rifampicin, 10,0 μg/mL of streptomycin e 500,0 μg/mL of para-nitrobenzoic acid. It was also standardized that the sample should not be diluted and the cultures should be read/interpreted between 21 and 28 days. The comparative analyzes between this method and the susceptibility test on MGIT system indicated a kappa index equal to 1,000, which means a perfect agreement to gold standard. Given these promising results, we believe that the developed method presents a great potential to be used in laboratories with little infrastructure, because of its low cost, it is easy to perform and relatively fast.

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Porém sua sensibilidade é baixa, principalmente nas formas paucibacilares da doença. Nesse sentido, novas metodologias que resultem no aumento da sensibilidade da baciloscopia tornam-se absolutamente necessárias. Neste estudo, nos propusemos a aprimorar e padronizar o sistema de filtração BacFil e avaliar sua performance e acurácia em amostras paucibacilares (lavado broncoalveolar). Para alcançar esses objetivos desenvolvemos o estudo em duas fases. Na primeira fase, foram realizados ensaios para definir: 1) utilização de membranas brancas para visualização de BAAR corados por Auramina-O; 2) aumento do volume de NALC, utilização de pérolas de vidro no processo de digestão das amostras e mudança no sistema do suporte do pré-filtro; 3) meios de fixação da membrana de filtração na lâmina de microscopia; 4) limite de detecção da técnica; 5) aumento do volume de NaOCl e a influência desse aumento na visualização de BAAR na membrana. Verificou-se que: a membrana de policarbonato branca tem a mesma eficiência da membrana de policarbonato preta na visualização de BAAR fluorescentes; o método modificado utilizando maior concentração de NALC, pérolas de vidro e sistema de pré-filtro baseado em orifícios obteve 98% de passagem das amostras pelo sistema; a melhor forma de fixação da membrana na lâmina foi obtida por intermédio da utilização de fita dupla face; o limite de detecção da técnica de filtração utilizando o sistema BacFil versão 6.0 foi de 2 a 9 BAAR por mililitro de suspensão bacteriana com D.O de 0,250 ± 0,01 a 625nm; o aumento da concentração de NaOCl para 10% ajuda na passagem de um maior volume de amostra pelo sistema, porém ocasiona a diminuição da quantidade BAAR na membrana de filtração após o período necessário para todo o processo. Na segunda fase foi avaliado acurácia da técnica padronizada em 101 amostras de lavado broncoalveolar (LBA) de pacientes com suspeita de TB provenientes do Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes. Observou-se que a sensibilidade da técnica de filtração (BacFil versão 6.0) foi de 76% e especificidade de 95%. A sensibilidade obtida foi significativamente maior do que a observada na baciloscopia após centrifugação que foi de 59% (p = 0,001). No entanto, constatou-se uma diminuição de especificidade na técnica de filtração (95%) em relação a técnica de 8 centrifugação (99%). Concluímos que as modificações realizadas nos sistema de filtração permitiu sanar os problemas técnicos apresentados nas versões anteriores e aumentar a sensibilidade da baciloscopia de amostras paucibacilares (lavado broncoalveolar) para o diagnóstico da TB pulmonar. / The smear microscopy is the main diagnostic method of tuberculosis (TB) due to its low cost, fastness and easy execution. However, its sensitivity is low especially in the paucibacillary forms of the disease. Therefore, new methods that enhance the sensitivity of smear microscopy are required. In this study, we proposed to improve and standardize the BacFil filtration system and to evaluate its performance and accuracy in bronchoalveolar lavage (BAL). To achieve these goals we developed a study in two stages. In the first stage we conducted assays to define: 1) use of polycarbonate white membranes to visualize fluorescent AFB stained by Auramine- O; 2) increase the volume of NALC, addition of glass beads in the digestion procedures and changes in the prefilter support; 3) ways to fixate the membrane on the microscopy slides; 4) the detection limit of the technique; 5) increased concentration of NaOCl and its influence to visualize AFB on the filtration’s membrane. It was verified that: the polycarbonate white membrane has the same efficiency of the polycarbonate black membrane to visualize fluorescent AFB; the modified digestion method using higher volume of NALC and glass beads plus prefilter support system based on holes allowed 98% of the samples to pass trough the filtration system; the best way to fixate the membrane on the slides was with double-side tape; the detection limit of the technique using the BacFil system version 6.0 was 2 to 9 AFB per milliliter of a bacterial suspension with O.D. = 0,250 ± 0,01; the use of NaOCl 10% (v/v) helps the passage of a higher volume of samples through the system, however it causes AFB loss on the filtration membrane after the time needed to finish all the process. In the second stage it was evaluated the accuracy of the standardized technique in 101 BAL of patients with suspected TB coming from Hospital Universitário Cassiano Antônio de Moraes. We observed a higher sensitivity of filtration technique using the BacFil version 6.0 system (76%) when compared to the concentrated smear microscopy (59%), and this difference is statistically significant (p = 0,001). However, it was detected a lower specificity of the filtration technique (95%) in comparison with centrifuged smear microscopy (99%). We concluded that the modifications made on the filtration system allowed us to solve the techinicals issues reported in previous versions, and to enhance the sensitivity of smear microscopy in paucibacillary samples (BAL) for the TB diagnosis.

Tese (doutorado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Farmacologia / Made available in DSpace on 2012-10-26T10:00:25Z (GMT). No. of bitstreams: 1 310349.pdf: 10727909 bytes, checksum: c93e4065cf21f11b20ff92c38ec6e1ff (MD5) / A tuberculose é uma doença causada pelo bacilo Mycobacterium tuberculosis que mata anualmente cerca de 2 milhões de pessoas no mundo. Dado um alto impacto na saúde pública causado pelo M. tuberculosis, a ausência de uma vacina preventiva eficaz e o surgimento de cepas resistentes ao tratamento convencional, existe uma clara necessidade de um melhor entendimento dos mecanismos de imunopatogênese da tuberculose e, sobretudo, a identificação de fatores determinantes do bacilo envolvidos nesse processo. Nesse contexto, as informações geradas pelo projeto genoma de seqüenciamento do M. tuberculosis apresentam um grande potencial a ser explorado, principalmente no que diz respeito a moléculas de superfície/secretadas que possam ser identificadas e avaliadas quanto ao seu envolvimento nos eventos iniciais de infecção e imunogenicidade. No presente estudo, nós identificamos uma nova lectina secretada de M. tuberculosis por uma abordagem bioinformática que é reconhecida durante a fase ativa da tuberculose em humanos tanto em termos de indução de IFN-. em células mononucleares do sangue periférico quanto na produção de anticorpos IgG anti-sMTL-13. Essa produção de anticorpos diminui logo após 1-2 meses de tratamento e permanece em níveis basais até os pacientes atingirem cura clínica, sugerindo que anticorpos anti-sMTL-13 poderiam ser utilizados como um biomarcador de sucesso terapêutico. Em adição, estudos de deleção gênica revelaram que o gene Rv1419 não é essencial para o crescimento in vitro do M. Tuberculosis em meio de cultura, mas que o mesmo parece afetar o crescimento intracelular do bacilo e modula a produção de TNF-a em macrófagos da linhagem RAW 264.7. Em conjunto, os nossos achados demonstram a existência de um novo antígeno de M. tuberculosis com potencial de uso em diagnóstico e de gerar informações relevantes sobre a biologia da interação do patógeno com o hospedeiro. / Tuberculosis remains a major public health problem throughout the world and one-third of the world population carries an asymptomatic infection, which results in eight million new cases of tuberculosis and two million deaths every year. In general, infection by Mycobacterium tuberculosis leads to a latent state in which the host is able to control the pathogen growth. While effective cellular immune responses are suggested as critical to control M. tuberculosis growth inside macrophages, it has been demonstrated that mycobacteria-associated factors play an important role in tuberculose immunopathogenesis. In this study, we have identified a secreted 13 kDa lectin from M. tuberculosis by homology search of a non-redundant lectin database. Bioinformatic analysis revealed that sMTL-13 belongs to the ricin-type b-trefoil family of proteins containing a Sec-type signal peptide present in M. tuberculosis complex species, but not in nontuberculous mycobacteria. Following heterologous expression of sMTL-13 and generation of an mAb (clone 276.B7/IgG1k), we confirmed that this lectin is present in culture filtrate proteins from M. tuberculosis H37Rv, but not in non-tuberculous mycobacteria-derived culture filtrate proteins. In addition, sMTL-13 leads to an increased IFN-g production by PBMC from active tuberculosis patients. Furthermore, sera from tuberculosis patients displayed high titers of IgG Ab against sMTL-13, a response found to be decreased following successful antituberculosis therapy. We also investigated the role of Rv1419 gene of M. tuberculosis during in vitro infection. Our work shows that bacterial replication kinetics of Rv1419 mutant and wild type bacterium were comparable in liquid culture under static conditions. Moreover, the Rv1419 mutant was not impaired in its ability to growth upon macrophage infection. However, its ability to stimulate key cytokine such as TNF-á was reduced, which is in line with CFU counts at earlier time points post-infection (24h) Together, our findings reveal a secreted 13 kDa ricin-like lectin from M. tuberculosis, which is immunologically recognized during active tuberculosis and could serve as a biomarker of disease treatment. We believe that sMTL-13 is an important component of the bacterial-host interplay.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biológicas. Programa de Pós-Graduação em Biotecnologia e Biociências / Made available in DSpace on 2013-03-04T19:12:16Z (GMT). No. of bitstreams: 1 305008.pdf: 1294464 bytes, checksum: 1c308bc869ef17da3ff0b5b2d4ed979c (MD5) / A tuberculose, causada principalmente pelo bacilo Mycobacterium tuberculosis (Mtb), é uma doença responsável por aproximadamente 1,4 milhão de mortes anuais no mundo. Dado seu grande impacto na saúde pública, aliado à ausência de um modelo vacinal eficaz e ao surgimento de cepas resistentes, existe uma clara necessidade na busca por novos imunógenos, bem como novas estratégias de prevenção, diagnóstico e tratamento da TB. Nosso grupo caracterizou um possível antígeno vacinal, a lectina de 13 kDa secretada pelo Mtb (sMTL-13), que apresentou alto potencial antigênico na indução de respostas imunes celulares (IFN-?/PBMC) e humorais (IgG/soro) em pacientes com tuberculose ativa. A natureza ubíqua das lectinas reflete o seu envolvimento em diversos mecanismos celulares, tornando significante o estudo da sua interação em processos biológicos. Visando obter informações acerca da imunogenicidade da sMTL-13, este trabalho demonstrou que, além de secretada, esta proteína possui capacidade de ficar ancorada na parece celular do Mtb, provavelmente pela sua sequência conhecida como peptídeo sinal, tendo uma possível função na interação inicial do bacilo com células apresentadoras de antígeno (APCs), pois a incubação do Mtb com a D-Galactose, carboidrato que possui afinidade pela sMTL-13, e não L-Galactose, foi capaz de impedir essa interação. Esta lectina também foi capaz de induzir produção de citocinas pró-inflamatórias por APCs e essas foram capazes de levar a uma proliferação celular de linfócitos T CD4+ antígenos-específicos, indicando que a sMTL-13 possui atividade imunogênica. Estes dados demonstram que há uma importante regulação na interação de proteínas ligantes de carboidratos com o APCs e que a sMTL-13 pode atuar como padrão molecular associado a patógenos (PAMP) do Mtb, porém há a necessidade de mais estudos envolvendo a interação dessa lectina com células do sistema imune.

Dissertação (mestrado) - Universidade Federal de Santa Catarina, Centro de Ciências Biolólogicas, Programa de Pós-Graduação em Bioquímica, Florianópolis, 2012 / Made available in DSpace on 2013-06-26T00:12:36Z (GMT). No. of bitstreams: 1 314078.pdf: 10245292 bytes, checksum: 7c929eea613abee45aaedc328628ac4e (MD5) / A S-nitrosilação de PtpA de Mycobacterium tuberculosis diminui sua atividade fosfatase. O objetivo deste trabalho é investigar o efeito da S-nitrosilação nos parâmetros cinéticos e na estabilidade térmica de PtpA. Por meio de ensaios de biotin switch observou-se que a substituição do resíduo Cys53 por um resíduo de alanina em mutantes resultou em proteínas incapazes de se ligar a biotina após tratamento com doador de NO. Observou-se também que a KM da PtpA nitrosilada foi semelhante à sua forma não modificada, mas a Vmax foi reduzida pela metade. Em contraste, a mutante C53A tratada com GSNO mostrou KM e Vmax semelhantes à forma não tratada. Na desnaturação térmica de PtpA S-nitrosilada, a TM diminuiu consideravelmente na proteína selvagem, C11A e C16A, porém as mutantes C53A, C11A/C53A e C16A/C53A não tiveram mudanças significativas. Esses resultados sugerem que a S-nitrosilação ocorre especificamente na C53 não catalítica, essa alteração não afeta a afinidade pelo substrato e a S-nitrosilação da Cys53 afeta a estabilidade térmica da proteína. Por outro lado, outras duas proteínas de M tuberculosis foram estudadas, PtkA e SapM. A tirosina cinase PtkA fosforila a PtpA em dois resíduos de tirosina situados no PDYY-loop e se autofosforila na Tyr262. Neste trabalho, a PtkA recombinante foi expressa em bactérias E. coli BL21(DE3) e purificada por IMAC. Ensaios de CD revelaram que a proteína apresenta 42% de ?-hélice e 7% de folha-?, o que sugere que a proteína recombinante está corretamente enovelada. Por pertencer a família de proteínas HAD, a PtkA requer Mg2+ para a hidrólise do ATP. Foi observado que a TM da proteína aumenta consideravelmente na presença do metal, de 31 °C para 43 °C. Assim pode-se dizer que a ligação do metal ao sítio ativo estabiliza a estrutura terciária da proteína. A PtkA também é S-nitrosilada, porém o efeito dessa modificação pós-traducional sobre a atividade e estrutura da proteína ainda é desconhecido. A sequência de DNA que codifica SapM também foi inserida no vetor de expressão pET-14b. Diversas condições de expressão foram testadas sendo que se obteve maior rendimento em bactérias E. coli BL21 (DE3) pLysS na temperatura e tempo de indução de 15 °C por 20 horas. Como a proteína permaneceu na fração insolúvel do lisado bacteriano, essa teve que ser solubilizada pela adição de ureia 8M e posteriormente purificada por IMAC. As condições para o correto re-enovelamento ainda devem ser otimizadas para dar sequência à caracterização de SapM.<br> / Abstract : The S-nitrosylation of Mycobacterium tuberculosis PtpA decreases its phosphatase activity. The aim of this work is to investigate the effect of S-nitrosylation in PtpA kinetic parameters and thermal stability. By biotin switch assays it was observed that the substitution of Cys53 residue by an alanine residue in mutants C53A, C53A/C11A, C53A/C16A and C53A/C11A/C16A resulted in proteins unable to bind biotin upon NO donor treatment. It was also observed that the KM of nitrosylated PtpA was similar to its unmodified form, but the Vmax was reduced to half. In contrast, C53A treated with GSNO showed KM and Vmax similar to the untreated form. Thermal denaturation of Snitrosylated PtpA was evaluated by CD spectroscopy. When GSNO was added to PtpA, the TM decreased in wild type, C11A and C16A, while significant differences in C53A, C11A/C53A and C16A/C53A mutants were not observed. These results suggest that S-nitrosylation occurs specifically in the non-catalytic Cys53, this modification does not affect substrate affinity, and S-nitrosylated Cys53 affects protein thermal stability. Moreover, two other M. tuberculosis proteins are studied, PtkA and SapM. Tyrosine kinase PtkA phosphorylates PtpA in two tyrosine residues located in PDYY-loop and autophosphorylates at Tyr262. In this work, recombinant PtkA was expressed in E. coli BL21 (DE3), and purified by IMAC. CD experiments reveal that the protein has 42% á- helix and 7% â-sheet, which suggest that the recombinant protein is properly coiled. Like other proteins belonging to HAD family, PtkA requires Mg2+ for ATP hydrolysis. It was observed that the TM of this protein greatly increases in the presence of metal, from 31 °C to 43 °C. Thus, it can be said that the metal binding to the active site of this enzyme stabilizes the tertiary structure of the protein. It was observed that PtkA is also S-nitrosylated, but the effect of this post-translational modification on the structure and activity of the protein is still unknown. The DNA sequence encoding SapM was also inserted into the expression vector pET-14b. Various expression conditions were tested. The higher yield was obtained in E. coli BL21 (DE3) pLysS during 20 hours of induction at 15 °C. As the protein remained in the insoluble fraction of the bacterial lysate, it had to be solubilized by addition of 8M urea, and further purified by IMAC. The conditions for proper refolding still have to be optimized in order to be able to continue SapM characterization