Le lien qui existe entre la diversité et la productivité des écosystèmes constitue un sujet central en écologie. De nombreuses études ont montré une relation positive entre la diversité et la productivité des forêts, ainsi que leur résistance à différents stress comme à la sécheresse. En revanche, peu de travaux ont permis de comprendre les mécanismes à l'origine des avantages observés dans les forêts à plusieurs espèces comparés aux forêts monospécifiques. En particulier, en raison de la difficulté d'accès aux racines, le rôle du compartiment souterrain dans les interactions entre espèces est particulièrement méconnu. L'objectif de ma thèse a été d'étudier l’influence des interactions entre espèces d’arbres sur le système racinaire du hêtre (Fagus sylvatica) sous différents niveaux de contrainte hydrique. Ces travaux ont montré que, au stade jeune plant, la compétition souterraine entre hêtre, chêne et pin était forte et que mélanger les espèces à ce stade pouvait influencer la croissance du hêtre. La disponibilité en eau a un fort impact sur la croissance des plantules de hêtre mais la présence d’autres espèces à proximité des jeunes plants de hêtre n’a pas amélioré leur réponse à la sécheresse. Au stade adulte, dans une plantation forestière, nous avons montré que la présence de l’érable n’influençait que légèrement la profondeur d’extraction de l’eau du hêtre ou la distribution verticale de ses racines. Nous concluons (i) à une absence de séparation des niches souterraines entre ces deux espèces, tant au niveau spatial que fonctionnel (vis à vis de l'acquisition de l’eau), et (ii) que les mécanismes d’interaction souterraine ne semblent pas expliquer l’origine de la productivité plus forte dans la zone de mélange que dans les zones de monocultures. Enfin, j'ai montré que les peuplements mélangés hébergent une communauté fongique plus riche par rapport aux peuplements purs. Cette plus forte richesse de la communauté fongique dans le mélange pourrait contribuer à une meilleure acquisition des ressources hydriques et minérales dans le mélange. Mon travail suggère que les interactions souterraines entre le hêtre et d’autres espèces forestières ne sont probablement pas le mécanisme principal expliquant les effets positifs des mélanges sur la productivité / The link between species diversity and ecosystem productivity is a central issue in ecology. Numerous studies have shown a positive relationship between forest diversity and productivity, as well as a greater resistance to various stresses such as droughts. On the other hand, few studies demonstrated the mechanisms behind the benefits observed in multi-species forests compared to monospecific ones. In particular, the role of belowground interactions among species in explaining the origin of positive effects of species diversity on ecosystem functioning is unknown. The aim of my PhD work was to study the influence of tree species interactions on the root development of beech (Fagus sylvatica) under different levels of water conditions. We showed that at the seedling stage, underground competition between beech, oak and pine was strong and that mixing these species could influence the growth of the beech. Water availability had a strong impact on the growth of beech seedlings, but the presence of seedlings of other species competing with beech did not particularly improve its response to drought. At the adult stage, in a forest plantation, we showed that maple trees competing with beech did not strongly modify the mean depth of soil water extraction of beech trees or the vertical distribution of beech roots. We conclude that (i) there was no separation of the underground ecological niches of these two species, both spatially and functionally (with respect to water acquisition), and (ii) that the mechanisms of belowground interaction between these two species do not seem to explain the origin of the higher productivity in the mixture than in the monoculture zone. Finally, the richest fungal communities were found in the mixed species zone: we hypothesize that greater fungal community richness in the mixture may improve water and nutrient acquisition and then contribute to higher productivity in the mixed species zone. My work suggests that underground interactions between beech and other forest species are probably not the main mechanism explaining beneficial effects of mixtures on productivity

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Die Nah-infrarot-Spektroskopie (NIRS) bestimmt kontinuierlich und nicht-invasiv anhand der Absorptionsänderung von nah-infrarotem Licht den Oxy- und Desoxyhämoglobingehalt sowie den Redoxstatus von Cytochrom a/a3 im Gewebe. Veränderungen von zerebralem Oxy- und Desoxyhämoglobingehalt und der daraus abgeleiteten Parameter reflektieren vor allem den venösen Sauerstoffstatus des Gehirns. Sie können ein früher und sensitiver Indikator für eine zerebrale Hypoxie sein. Der Redoxzustandes von Cytochrom a/a3 gibt als Korrelat des zerebralen Energiezustandes Hinweise auf ein kritisches Sauerstoffdefizit. Ziel der Untersuchung. In der experimentellen und klinischen Studie sollten mit einem kommerziell erhältlichen Gerät die Eignung der NIRS zur Überwachung des zerebralen Sauerstoffstatus während Anästhesie und Intensivtherapie bei Hund und Katze, die Messqualität, die auftretenden technischen Probleme und die darstellbaren Ereignisse geprüft werden. In der experimentellen Studie sollten die Veränderungen der zerebralen Oxygenierung und des Redoxzustandes von Cytochrom a/a3 nach verschiedenen zur Narkoseeinleitung beim Hund etablierten Protokollen sowie nach deren Antagonisierung ebenso untersucht werden wie der Zusammenhang der mittels NIRS erfassten Parameter mit denen des pulmonalen Gaswechsels und der Herz-Kreislauf-Funktion. Material und Methoden. In der klinischen Studie wurden Daten von 33 Hunden und 4 Katzen während Anästhesie oder Intensivüberwachung aufgezeichnet. Die experimentelle Studie wurde an 84 Foxhounds und 32 Beagle mit einem mittleren Alter von 12,96 Monaten (STD 13,42; 6,33–94,43 Monate) und einer mittleren Körpermasse von 24,76 kg (STD 6,6; 12,7–43 kg) durchgeführt, die zufällig auf vier Versuchsgruppen verteilt wurden. Die Sensorapplikation erfolgte in beiden Studien in Höhe der Ohrbasis auf geschorener Haut. Versuchsgruppen und –ablauf der experimentellen Studie: Gruppe Acepromazin/l-Methadon(AM): Narkoseeinleitung 0,1 mg/kg KM Acepromazin und 0,5 mg/kg KM l-Methadon i.v., keine weitere Erhaltung Gruppe Diazepam/l-Methadon(DM): 0,5 mg/kg KM Diazepam und 0,5 mg/kg KM l-Methadon i.v., keine weitere Erhaltung Gruppe Medetomidin/l-Methadon(MM): 40 mikrog/kg KM Medetomidin und 0,5 mg/kg KM l-Methadon i.v., keine weitere Erhaltung Propofol(P): Einleitung 0,1 mg/kg KM Propofol i.v., Erhaltung in dieser Gruppe 0,3 mg/kg/min Propofol i.v. In den Gruppen AM, DM und MM Antagonisierung 8 mikrog/kg KM Naloxon i.v. 30 min nach Einleitung, in der Gruppe MM zusätzlich 200 mikrog/kg KM Atipamezol i.v. 5 min später Kontinuierliche Überwachung von Herzfrequenz, EKG, Temperatur, invasiver Blutdruck,Pulsoxymetrie, Nah-infrarot-Spektroskopie. Blutgasanalyse 0, 5, 10, 15, 20, 25, 30 min nach Einleitung, 0, 2, 7 min nach Antagonisierung/Propofol-Ende Ergebnisse. Die Nah-infrarot-Spektroskopie ist prinzipiell bei Hund und Katze anwendbar, nicht jedoch bei schwarzhaarigen Tieren. Hauptprobleme sind Sensorbefestigung, Bewegungsartefakte und mangelnde Signalqualität. In der experimentellen Studie besteht im Mittel zu 80 % der ausgewerteten Zeit eine gute Messqualität. 14 % der Messungen sind ohne Störung, bei 17 % tritt in mehr als 50 % der Messzeit eine Störmeldung auf. Vor Narkoseeinleitung beträgt die regionale zerebrale Sauerstoffsättigung etwa 65 % (n=109, STD 7 %). Schon 1 Minute nach Einleitung bestehen signifikante Gruppenunterschiede. In Gruppe P steigt die zerebrale regionale Sauerstoffsättigung um etwa 8 %, sie fällt in Gruppe AM um 5 %, in Gruppe DM um bis zu 10 %, in Gruppe MM um maximal 20 % auf etwa 48 %, im weiteren Verlauf verweilt sie annähernd auf diesem Niveau. Zerebraler Oxy- und Desoxyhämoglobingehalt verhalten sich entsprechend. Der zerebrale Gesamthämoglobingehalt zeigt keine Gruppenunterschiede. Nach Antagonisierung erfolgt eine Änderung auf die Ausgangswerte vor Narkose ebenso prompt. Narkoseeinleitung und Antagonisierung haben keinen Effekt auf den Redoxzustand von Cytochrom a/a3. Korrelationen der zerebralen Oxygenierung mit arteriellem Sauerstoffstatus und Kohlendioxidpartialdruck bestehen. Eine periodische Atmung und eine Erhöhung des intraabdominellen Drucks spiegeln sich in parallelen Schwankungen der NIRS-Parameter wider. Die Auswirkungen von wechselnder Narkosetiefe, Erwachen, Hypoxie, Hyperventilation, Adrenalin, Pentobarbital, Herz-Kreislauf-Stillstand auf die NIRS-Parameter können dargestellt werden. Bewegungsartefakte stören häufig die Überwachung von Intensivpatienten. Bei Hunden mit Schädel-Hirn-Trauma ist die Signalqualität der limitierende Faktor. Diskussion. Die Nutzung eines für die Anwendung am Menschen bestimmten Gerätes bedingt aufgrund des spezifischen Weglängenfaktors einen Fehler unbekannter Bedeutung. Die zerebrale Messung konnte gesichert werden, der mögliche extrazerebrale Signalanteil bleibt unbekannt. Die nicht mögliche Nutzung bei schwarzen Tieren und die Artefaktanfälligkeit schränken den Wert der NIRS ein. Die ermittelten Störindizes sind stark methodisch beeinflusst, so dass ihre Beurteilung kritisch erfolgen sollte. Die NIRS ist geeignet, die durch Narkoseeinleitung und Antagonisierung beim Hund verursachten Veränderungen der zerebralen Oxygenierung aufzuzeigen. Eine Abnahme der regionalen zerebralen Sauerstoffsättigung um etwa 20 % (Gruppe MM) über die gesamte Messdauer scheint von klinischer Relevanz. Werte in dieser Höhe werden als Indiz einer kritischen zerebralen Sauerstoffversorgung beurteilt. Parallele Verläufe, positive Zusammenhänge mit dem arteriellen Sauerstoffstatus und negative zum Kohlendioxidpartialdruck zeigen ebenso wie die Effekte der Antagonisierung den entscheidenden Einfluss der Anästhetikabedingten Atemdepression auf den vaskulären zerebralen Sauerstoffstatus. Die mangelnde Reduktion von Cytochrom a/a3 deutet auf das Fehlen einer Störung der intrazellulären Sauerstoffversorgung hin. Die Reaktion der NIRS-Parameter auf eine Narkosekomplikation erfolgt schnell, jedoch unspezifisch, eine Interpretation ist nur in Zusammenhang mit anderen Parametern möglich. Die Beurteilung des Redoxzustandes von Cytochrom a/a3 erscheint schwierig, messtechnische Probleme sind nicht ausgeschlossen. Trotz aller messtechnischen und anwendungsbedingten Probleme wird die NIRS als Bereicherung der Überwachungsmöglichkeiten bei Hund und, sehr eingeschränkt, auch bei der Katze beurteilt. Sie eröffnet erstmals die Möglichkeit, die Auswirkungen von in der klinischen Routine eingeführten Verfahren auf die zerebrale Oxygenierung darzustellen. / ON NEAR-INFRARED-SPECTROSCOPY IN DOG AND CAT - EXPERIMENTAL AND CLINICAL STUDY ON PERIOPERATIVE MONITORING AS WELL AS EFFECTS OF ANAESTHESIA ON CEREBRAL OXYGEN STATUS Alef, Michaele Department of Small Animal Medicine, Faculty of Veterinary Medicine, University of Leipzig Habilitation thesis, 4. Dezember 2002 Near-Infrared-spectroscopy (NIRS) is a method to determine continuously and non-invasively the content of oxy- and deoxyhemoglobin as well as the redox status of cytochrome a/a3 in tissue via absorption changes of near-infrared light. Variations in cerebral content of oxy- and deoxyhemoglobin and parameters derived thereof reflect above all the venous oxygen status of the brain and may thus serve as an early and sensitive indicator of cerebral hypoxia. The redox status of cytochrome a/a3 correlates with the cerebral energy status and may thus serve as an indicator of a critical oxygen deficit. Aim of the study. The study was aimed at assessing in dogs and cats the suitability of NIRS and of an equipment used in human medicine for monitoring the cerebral oxygen status during anaesthesia and intensive therapy. The quality of the measurements, technical problems and the achievable results should be critically checked in experimental and clinical situations. Changes of cerebral oxygenation and of the redox status of cytochrome a/a3 with different established protocols of anaesthesia in dogs and after antagonising had to be investigated in the experimental study as well as well as relationships between parameters obtainable with NIRS and those of pulmonary gas exchange and cardiovascular function. Materials and methods. During the clinical study data from 33 dogs and 4 cats were recorded during anaesthesia and intensive supervision. The experimental investigations were performed with 84 foxhounds and 32 Beagles with a mean age of 12,96 months (STD 13,42; range 6,33–94,43) and a mean weight of 24.76 kg (STD 6.6, range 12.7–43), which were distributed at random into four experimental groups. Sensors were applied near the ear base on shaved skin. Experimental groups and design. Group Acepromazine/l-Methadone(AM): INduction 0.1 mg/kg BW Acepromazine and 0.5 mg/kg BW l-Methadonr i.v., no additional maintenance Group Diazepam/l-Methadone(DM): 0.5 mg/kg BW Diazepam and 0.5 mg/kg BW l-Methadone i.v., no additional maintenance Group Medetomidine/l-Methadone(MM): 40 mikrog/kg BW Medetomidine and 0.5 mg/kg BW l-Methadone i.v., no additional maintenance Group Propofol(P): Induction 0.1 mg/kg BW Propofol i.v., Maintenance 0.3 mg/kg/min Propofol i.v. In groups AM, DM und MM antagonization of the opioide with 8 mikrog/kg BW Naloxone i.v. 30 min after induction, in group MM 200 mikrog/kg BE Atipamezole i.v. 5 min later Continuos Monitoring of heart rate, ECG, temperature, invasive blood pressure,pulse oxymetry, near-infrared-spectroscopy. Blood gas analysis 0, 5, 10, 15, 20, 25, 30 min post induction and 0, 2, 7 min post Naloxone/end of infusion. Results. NIRS is in principle applicable in dogs and cats but not, however, in black-haired animals. The main problems are the application of the sensor, movement artefacts and poor quality of the measurement signals. In the experimental study good measurement quality could be obtained in on average 80% of the investigation time, 14% of the recordings are without disturbance, in 17% disturbances are recorded in more than 50% of the investigation time. Before the start of anaesthesia the regional cerebral oxygen saturation amounts to about 65% (n=109, STD 7%). Already one minute after the beginning of anaesthesia significant differences between groups are found: In group P the regional cerebral oxygen saturation increases by about 8% while it decreases in group AM by 5%, in group DM by up to 10% and in group MM by maximally 20% to a value of about 48% where it remains roughly during the following time. Cerebral oxy- and deoxyhemoglobin content display an analogous behaviour. There are no inter-group differences in total cerebral hemoglobin content. After antagonising the initial values before the start of anaesthesia are rapidly attained again. Start of anaesthesia and antagonising do not show any influences on the redox status of cytochrome a/a3 while there are correlations between the cerebral oxygenation and the arterial oxygen status and the partial pressure of carbon dioxide. Periodic breathing and an increase of the intra-abdominal pressure are mirrored by variations of the NIRS-parameters, The effects of changing depth of anaesthesia, waking up, hypoxia, hyperventilation, adrenaline, pentobarbital and circulatory arrest can be demonstrated by the NIRS-parameters. Movement artefacts frequently interfere with the monitoring of intensive patients. The signal quality is frequently not sufficient in dogs with severe head trauma. Discussion. The direct application of factors established in humans leads to poorly defined errors. For cerebral measurements the applicability of the method could be confirmed, the possible contribution of extracerebral signals, however, remains unknown. The fact that black-haired animals cannot be investigated and proneness to artefacts limit the value of NIRS. Determined disturbance indices depend strongly on the methods used and should be seen critically. NIRS is suitable to give an indication of changes of cerebral oxygenation caused by the start of anaesthesia and antagonising. A decrease of about 20% in the regional cerebral oxygen saturation during the total measurement time (group MM) appears to be of clinical relevance. Values in this range are taken to be indicative of a critical cerebral oxygen supply. Parallelisms and positive correlations with the arterial oxygen status as well as negative correlations with carbon dioxide partial pressure and the effects of antagonising demonstrate the decisive influence of anaesthesia-related depression of breathing on the vascular cerebral oxygen status. The lack of cytochrome a/a3 reduction indicates that the intracellular oxygen supply is not disturbed. The reaction of NIRS-parameters on the start of anaesthesia is fast, but unspecific, and a meaningful interpretation is only possible in conjunction with other parameters. The evaluation of cytochrome a/a3 redox status appears to be difficult, and technical problems with the measurement cannot be excluded. In spite of these limitations in terms of measurements and applicability NIRS can be judged as a valuable addition for the clinical observation of dogs, less so with cats. The method opens for the first time the possibility to monitor the influence of clinical routines on cerebral oxygenation.

Die intratracheale Applikation von Perfluorcarbonen (PFC) in ungeschädigte Lungen, z.B. als Röntgenkontrastmittel und zur PFC-induzierten cerebralen Kühlung, wird derzeit diskutiert. Ob es aufgrund der Dichte und Sauerstofflöslichkeit der PFC zu einer Beeinflussung der cerebralen Oxygenierung und Hämodynamik durch die pulmonale PFC Applikation kommt, ist bisher unbekannt. Änderungen der Konzentration von cerebralem oxygeniertem und totalem Hb koennen mittels Near-infrared Spectroscopy gemessen werden. I.) Effekt durch die PFC-Applikation in gesunde Lungen neugeborener Ferkel: Es wurden zwei verschiedene Applikationsgeschwindigkeiten (30 ml PFC pro kg Körpergewicht als Bolusgabe versus 1,5 ml/min pro kg) und zwei Füllvolumen (30 versus 10 ml/kg) verglichen. Die Bolusgabe bewirkt einen sofortigen Abfall des PaO2 und der cerebralen Oxygenierung, bei langsamer Gabe des gleichen Volumens ist dies weniger ausgeprägt. Mit 10 ml/kg PFC fand sich nahezu keine Beeinflussung der Parameter. II.) Effekte der Änderung der FiO2 in PFC-gefüllten Lungen: Hierfür wurden Änderungen der FiO2 unter konventioneller Druckbeatmung vor PFC-Applikation und unter PFC-Füllung (30 oder 10 ml/kg PFC) verglichen. Beide PFC-Volumen (mit FiO2 1,0) bedingten PaO2-Werte wie unter CMV mit FiO2 von 0,5. Mit 30 ml/kg PFC kam es unter FiO2 von 0,5 zur Abnahme des cerebralen oxygenierten Hb. Zusammenfassend ergibt sich, dass die Applikation von 10 ml PFC/kg bevorzugt werden sollte. Bei kompletter Füllung der Lungen werden durch langsame Applikation cerebrale Nebenwirkungen minimiert. In PFC-gefüllten gesunden Lungen ist zum Erhalt der systemischen und cerebralen Oxygenierung die FiO2 zu erhöhen. / Intratracheal administration of perfluorochemicals (PFC) has been suggested for reasons other than respiratory insufficiency, such as pulmonary imaging and PFC-associated brain cooling. Due to their high density and oxygen solubility, PFC application has been described to affect systemic hemodynamics and oxygenation during liquid ventilation. Whether the PFC application into healthy lungs or changes in inspired oxygen fraction (FiO2) in PFC-filled healthy lungs affects cerebral hemodynamics is not known. Changes in the concentration of cerebral oxygenated and total Hb can be measured by near-infrared spectroscopy (NIRS). I.) Initial effects of PFC application into healthy lungs of newborn piglets: Two different filling modes (rapid versus slow) and two different filling volumes (slow filling of 30 versus 10 ml PFC/kg body weight) were compared. Rapid filling caused an immediate drop of systemic and cerebrale oxygenation, which was less prominent by filling 30 ml/kg PFC slowly. Almost no changes for all parameters were found with 10 ml kg/PFC. II.) Effects of variations in FiO2 in the PFC filled lungs of healthy piglets: Changes in FiO2 during conventional mechanical ventilation (CMV) prior to PFC-application and in the PFC-filled lungs (30 ml/kg or 10 ml/kg PFC) were compared. Both PFC-volumes (at a FiO2 of 1.0) caused PaO2-values that were similar to CMV with FiO2 of 0.5. In the 30 ml/kg PFC group a reduction of cerebral oxygenated Hb was found at FiO2 of 0.5. According to the data application of 10 ml/kg PFC should be preferred. If complete filling of the lung is needed, the slow administration of PFC minimizes cerebral side effects. In PFC- filled healthy lungs an increase in FiO2 is necessary to maintain systemic and cerebral oxygenation.

The thesis Handling In Adults Physiotherapy summarizes the knowledge of respiratory handling in application on adult patients. Part of the thesis also covers the relationship between body position and respiratory motor control. Experimental part consists of a clinical study with 10 COPD patients. The patients were treated in 3 positions by respiratory handling therapy. The result demonstrates a significant change in blood saturation after the therapy in position on a side. It also proves appropriateness of the side position in comparison with sitting. Keywords respiratory handling, contact-stimulating physiotherapy, respiratory physiotherapy, oxymetry, NIRS

Made available in DSpace on 2014-12-17T15:42:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 AlineSM_DISSERT.pdf: 1997460 bytes, checksum: 0ad037938fab17947fef7a249102b4ec (MD5) Previous issue date: 2013-07-31 / Aiming to consumer s safety the presence of pathogenic contaminants in foods must be monitored because they are responsible for foodborne outbreaks that depending on the level of contamination can ultimately cause the death of those who consume them. In industry is necessary that this identification be fast and profitable. This study shows the utility and application of near-infrared (NIR) transflectance spectroscopy as an alternative method for the identification and classification of Escherichia coli and Salmonella Enteritidis in commercial fruit pulp (pineapple). Principal Component Analysis (PCA), Independent Modeling of Class Analogy (SIMCA) and Discriminant Analysis Partial Least Squares (PLS-DA) were used in the analysis. It was not possible to obtain total separation between samples using PCA and SIMCA. The PLS-DA showed good performance in prediction capacity reaching 87.5% for E. coli and 88.3% for S. Enteritides, respectively. The best models were obtained for the PLS-DA with second derivative spectra treated with a sensitivity and specificity of 0.87 and 0.83, respectively. These results suggest that the NIR spectroscopy and PLS-DA can be used to discriminate and detect bacteria in the fruit pulp / Visando ? seguran?a do consumidor, ? de extrema import?ncia identificar a presen?a de contaminantes patog?nicos nos alimentos, pois os mesmos s?o respons?veis por surtos alimentares que dependendo do n?vel de contamina??o pode chegar a causar a morte de quem os consome. Na industria h? uma necessidade de que essa identifica??o de contaminantes seja r?pida e rent?vel. Este estudo mostra a aplica??o e utilidade de medidas espectrais de transflect?ncia no infravermelho pr?ximo (NIR) como um m?todo alternativo para a identifica??o e classifica??o de Escherichia coli e Salmonella Enteritidis em polpa de fruta comercial (abacaxi). An?lise de Componentes Principais (PCA), Modelagem Independente por Analogia Classe (SIMCA) e An?lise Discriminante por M?nimos Quadrados Parciais (PLS-DA) foram utilizados na an?lise. N?o foi poss?vel obter uma separa??o total entre as amostras usando PCA e SIMCA. O PLS-DA apresentou bom desempenho na capacidade de predi??o alcan?ando 87,5% para E. coli e 88,3% para S. Enteritides, respectivamente. Os melhores modelos obtidos para o PLS-DA com os espectros tratados com segunda derivada apresentaram sensibilidade e especificidade de 0,87 e 0,83, repectivamente. Estes resultados sugerem que a espectroscopia NIR e PLS-DA podem ser usados para discriminar e detectar bact?rias na polpa da fruta

Ce travail s'intègre dans des problématiques actuelles cherchant à caractériser l'impact des activités humaines sur les écosystèmes. Le sol, et en particulier, les communautés microbiennes fonctionnelles, abordées simultanément en tant qu'actrices des bio-transformations et en tant que biodescriptrices de l'état fonctionnel du système, ont été l'objet d'étude de ce travail qui s'est articulé autour de deux questions majeures : - Il s'agissait de savoir si des communautés microbiennes du sol exerçant deux fonctions considérées comme représentatives du fonctionnement global (respiration et dénitrification) pouvaient, sur un sol minier revégétalisé, récupérer des performances similaires à celles d'un sol de forêt. Cette étude menée in situ en forêt guyanaise, sur une zone minière aurifère réhabilitée a montré une certaine réversibilité des activités microbiennes des sols observées lors d'une telle perturbation. En effet, malgré une texture extrêmement hétérogène, le sol, une fois replanté en légumineuses, retrouve un fonctionnement similaire à celui de la forêt. Les biodescripteurs utilisés (ratio respiration réelle/potentielle et dénitrification/ respiration) ont permis de caractérise les différences de fonctionnement le long de la séquence de reforestation. Ils se sont révélés pertinents pour décrire les sols en cours de reconstruction et de stabilisation. La valeur de ratio respiration réelle/potentielle dans un sol de forêt pourrait être considérée comme un indicateur de stabilité, spécifique du site et caractérisant l'état d'équilibre à atteindre. Enfin, en permettant de détecter des variations qualitatives de la matière organique des sols qui n'avaient pas été mises en évidence par le C/N, l'utilisation de l'analyse NIRS associée aux analyses d'activité enzymatiques microbiennes a permis de vérifier que la dynamique de reconstruction des sols avait été accélérée par la plantation. La seconde question majeure de ce travail était: quel est l'impact d'une première perturbation sur (i) la structure et le fonctionnement microbien du sol et sur (ii) la capacité du sol à résister à une seconde perturbation ? Pour y répondre, une expérience in vitro menée sur des microcosmes de sol subissant deux types de perturbations (mercure et chaleur) a été élaborée. Les résultats ont montré que la respiration et la dénitrification répondaient d'une manière différente avec, parallèlement, des modifications durables de la structure des communautés. La diversité génétique des communautés microbiennes du sol a été évaluée à l'aide d'une ARISA après une extraction directe de l'ADN du sol. Au préalable, une étude méthodologique avait permis d'évaluer les biais engendrés par différentes méthodes d'extraction de l'ADN et donc de choisir l'extraction directe de l'ADN. Le maintien, dans certains cas, des fonctions après perturbation (respiration inchangée après l'application du mercure; dénitrification importante malgré le choc de température) suggère une redondance fonctionnelle importante parmi les communautés microbiennes du sol. Pourtant l'application de mercure, semble induire une vulnérabilité plus importante des sols face à une autre perturbation (chaleur). Cette vulnérabilité se traduit par une modification du fonctionnement de la communauté hétérotrophe du sol (respiration potentielle) mais aussi par la quasi disparition de la dénitrification dans ces sols. Cela peut révéler une diminution de la stabilité des sols qui pourrait être due à la modification de diversité mise en évidence dès le début de l'expérience. L'ensemble des résultats posés au cours de ce travail doit être analysé au regard des concepts de maintien des cycles biogéochimiques et d'ingénierie écologique. Les expériences menées aussi bien sur la Mine Boulanger qu'en microcosmes ont permis de mettre en exergue la nécessité de définir des biodescripteurs pertinents, capables de décrire l'état du système mais aussi sa probable évolution. Les indicateurs microbiens fonctionnels utilisés semblent remplir cette fonction en étant capables de rendre compte de la "performance" du système, de sa possibilité à être réhabilité ou à résister aux perturbations

Near infrared reflectance spectroscopy (NIRS) and geostatistical techniques were used to predict diet quality of sub-Saharan African (SSA) livestock, and to create cokriged estimated diet quality maps for cattle across a landscape. Rations of native vegetation were stall-fed to cattle (Bos indicus), sheep (Ovis aries), and goats (Capra hircus) to generate diet-fecal pair data. Trials were conducted in Ethiopia, Kenya, Uganda, Tanzania, and Ghana. Historical data from Ethiopia, Nigeria, and Niger were included. Diet samples were analyzed for crude protein (CP%), and digestible organic matter (DOM%), while feces were scanned for NIR spectra. NIRS equations were developed from data using modified partial least square (MPLS) regression. Coefficients of determination (R2) of CP for cattle, sheep, and goats were 0.92, 0.95, and 0.97, with corresponding standard errors of calibration (SEC) being 0.90, 0.79, and 0.80, respectively. Standard errors of cross validation (SECV) for CP were 1.12%, 1.08%, and 1.03% for cattle, sheep, and goats, respectively. R2 and SEC values for DOM were 0.88, 0.94, 0.94 and 2.82%, 1.68%, and 2.65%, for cattle, sheep, and goats, respectively. Corresponding SECV values for DOM were 3.26%, 2.07%, and 3.30%, respectively. The statistics reported were within the acceptable limits for NIRS calibrations. The results indicate that dietary CP and DOM of free-ranging SSA livestock can be predicted with the same precision as that of conventional wet chemistry methods. The cattle equation was used to predict cattle fecal samples collected, from February to August 2000, from selected households located within the northern Ghana savanna. The predicted CP% and DOM% were used with Normalized Differential Vegetation Index (NDVI) data, and cokriging technique to create diet quality maps for March and July 2000 for the northern Ghana savanna. Cross validation results indicated a moderate capability of cokriging to estimate predicted CP% for March (r2 = 0.687, SEp = 1.736) and July (r2 = 0.513, SEp = 1.558). Cokriged-estimated DOM value for July was above average (r2 = 0.584, SEp = 3.611), while March DOM% estimation was rather poor (r2 = 0.132, SEp = 3.891). The techniques of cokriging and creation of diet quality maps were moderately successful in this study.

Near infrared reflectance spectroscopy (NIRS) and geostatistical techniques were used to predict diet quality of sub-Saharan African (SSA) livestock, and to create cokriged estimated diet quality maps for cattle across a landscape. Rations of native vegetation were stall-fed to cattle (Bos indicus), sheep (Ovis aries), and goats (Capra hircus) to generate diet-fecal pair data. Trials were conducted in Ethiopia, Kenya, Uganda, Tanzania, and Ghana. Historical data from Ethiopia, Nigeria, and Niger were included. Diet samples were analyzed for crude protein (CP%), and digestible organic matter (DOM%), while feces were scanned for NIR spectra. NIRS equations were developed from data using modified partial least square (MPLS) regression. Coefficients of determination (R2) of CP for cattle, sheep, and goats were 0.92, 0.95, and 0.97, with corresponding standard errors of calibration (SEC) being 0.90, 0.79, and 0.80, respectively. Standard errors of cross validation (SECV) for CP were 1.12%, 1.08%, and 1.03% for cattle, sheep, and goats, respectively. R2 and SEC values for DOM were 0.88, 0.94, 0.94 and 2.82%, 1.68%, and 2.65%, for cattle, sheep, and goats, respectively. Corresponding SECV values for DOM were 3.26%, 2.07%, and 3.30%, respectively. The statistics reported were within the acceptable limits for NIRS calibrations. The results indicate that dietary CP and DOM of free-ranging SSA livestock can be predicted with the same precision as that of conventional wet chemistry methods. The cattle equation was used to predict cattle fecal samples collected, from February to August 2000, from selected households located within the northern Ghana savanna. The predicted CP% and DOM% were used with Normalized Differential Vegetation Index (NDVI) data, and cokriging technique to create diet quality maps for March and July 2000 for the northern Ghana savanna. Cross validation results indicated a moderate capability of cokriging to estimate predicted CP% for March (r2 = 0.687, SEp = 1.736) and July (r2 = 0.513, SEp = 1.558). Cokriged-estimated DOM value for July was above average (r2 = 0.584, SEp = 3.611), while March DOM% estimation was rather poor (r2 = 0.132, SEp = 3.891). The techniques of cokriging and creation of diet quality maps were moderately successful in this study.

La qualité des produits commercialisés représente un enjeu essentiel dans le domaine pharmaceutique. De plus en plus, les industriels cherchent à contrôler les différentes étapes de leurs procédés, les produits générés à toutes les étapes de fabrication ainsi que leurs produits finis, le but de tout cela étant une meilleure compréhension des procédés, ainsi qu’un gain de temps et une réduction des pertes financières. La chaire de recherche sur les Technologies d’Analyse de Procédés (PAT) en partenariat avec Pfizer travaille sur le développement de connaissances sur les phénomènes physico-chimiques régissant le comportement des procédés, et sur les critères de transferts technologiques basés sur des modèles phénoménologiques ou mathématiques. C’est dans le cadre de cette chaire que s’est déroulée cette maîtrise. Les travaux présentés mettent en lumière le développement d’une méthode permettant d’analyser de manière non destructive 100% des comprimés fabriqués, à vitesse réelle de production. À l’aide de la spectroscopie Proche-Infrarouge, l’objectif est de quantifier la teneur en principe actif dans chaque produit et dans le but d’identifier tous ceux étant sur ou sous-dosés. Également, l’adaptation de cette méthode à d’autres types d’analyses qui ont un intérêt dans l’industrie, comme la quantification d’humidité des comprimés, et l’enrobage, a été étudiée. Dans chaque cas, des spectres proche-infrarouge de produits fabriqués ont été acquis à l’aide d’une sonde installée sur un système de tri fonctionnant à une vitesse supérieure à celle d’une presse (c’est à dire généralement de 60,000 à 160,000 comprimés par heure). Les données ont été utilisées pour bâtir des modèles multivariés et prédire les valeurs souhaitées. Les résultats obtenus ont montré qu’il était possible d’analyser l’intégralité des échantillons d’un lot, à une vitesse garantissant de ne pas ralentir la production. L’utilisation d’une telle méthode dans l’industrie permettra de contrôler la globalité des produits finis, et donc permettre une qualité de 100% des produits commercialisés et éviter les rappels. Elle permettra également d’être utilisée en développement, lorsque la génération de beaucoup de données est nécessaire, comme pour le développement d’un algorithme par exemple.