Les néphropaties (maladie des tissus rénaux) postradiques constituent l'un des facteurs limitants pour l'élaboration des plans de traitement lors des radiothérapies abdominales. Le processus actuel, qui consiste à évaluer la fonctionnalité relative des reins grâce à une scintigraphie gamma deux dimensions, ne permet pas d'identifier les portions fonctionnelles qui pourraient être évitées lors de l' élaboration des plans de traitement. Une méthode permettant de cartographier la fonctionnalité rénale en trois dimensions et d'extraire un contour fonctionnel utilisable lors de la planification a été développée à partir de CT double énergie injectés à l'iode. La concentration en produit de contraste est considérée reliée à la fonctionnalité rénale. La technique utilisée repose sur la décomposition à trois matériaux permettant de reconstruire des images en concentration d'iode. Un algorithme de segmentation semi-automatisé basé sur la déformation hiérarchique et anamorphique de surfaces permet ensuite d'extraire le contour fonctionnel des reins. Les premiers résultats obtenus avec des images patient démontrent qu'une utilisation en clinique est envisageable et pourra être bénéfique. / Post-radic nephroaties (illness of kidney tissues) are one of the limitating factors when realising treatment planning for abdominal radiotherapies. The present process which consists in evaluating the Differential Kidney Function with a two-dimensional gamma scintigraphy, does not allow any identification of functional parts that could be taken into account during planification. The method presented in this document gives a three dimensional functional map of the kidney and a functional contour usable in planification, using double energy CT images with iodine contrast agent.The concentration in contrast agent is assumed to be related to kidney function. The proposed method is based on a three-materials decomposition allowing to reconstruct images of iodine concentration. The functionnal contour is extracted through a semi-automatic algorithm based on hierarchic and anamorphic surface deformation. First results obtained with patient images demonstrate the possibility of several future clinical applications.

La curiethérapie à haut débit de dose utilisant un projecteur de source d’Ir-192 peut être utilisée efficacement dans le traitement d’une tumeur gynécologique maligne. Le traitement peut être interstitiel ou endocavitaire, dépendamment des caractéristiques de la tumeur et de l’anatomie de la patiente. En clinique, la dosimétrie est faite par l’application du formalisme TG-43. Le but de cette étude est d’évaluer à l’aide de simulations Monte Carlo (MC) l’impact dosimétrique lors d’un traitement interstitiel de la présence d’un applicateur et de poches d’air dans le volume cible en plus des hétérogénéités tissulaires. Les effets du blindage et du diamètre de l’applicateur dans un traitement endocavitaire ainsi que l’effet de la voxelisation ont aussi été évalués. Dans tous les cas, la dosimétrie a été réalisée à l’aide de la suite logicielle MC Geant4. Les résultats ont démontré que, dans certaines situations, les simulations MC mènent à des corrections significatives de la dose. / High dose rate brachytherapy using an Ir-192 remote afterloader can be successfully used in the management of gynecologic malignancies. Treatment can be either interstitial or endocavitary depending of the tumor caracteritics and patient’s anatomy. Clinically, the dosimetry is made through the application of the TG-43 formalism. The purpose of this study is to assess with Monte Carlo (MC) method and for an interstitial treatment dosimetric effects of the presence of the applicator and air pockets in clinical target volume and organs at risk along with tissue heterogeneities. As a related work, assessment of the effects of shielding and applicator diameters on the dose distribution of intracavitary treatment and voxelisation effects of the applicator in an interstitial treatment has been performed. In all cases, dosimetry has been achieved with the Geant4 MC toolkit. Results have shown that, in some situations, MC simulations lead to significant dose corrections.

Paradigme de la pensée juridique française, la distinction entre les domaines administratif et politique est devenue confuse en raison du renforcement de l’Etat de droit et des approfondissements de la décentralisation. Alors que l’Etat apparaît comme une entité politique avec une dimension administrative, les collectivités territoriales constituent des entités administratives dont la dimension politique n’est pas reconnue par la conception traditionnelle de la décentralisation. Pourtant, en distinguant de façon théorique les organes administratifs des organes politiques, les organes locaux tant exécutifs que délibérants présentent des caractères politiques, sans toutefois pouvoir être assimilées aux institutions politiques étatiques qui elles seules exercent la souveraineté. Succédant à cette délimitation organique, la délimitation matérielle des deux domaines, qui se concentre sur les fonctions juridiques de ces organes, leurs actes et leurs responsabilités, confirme le placement des entités étatique et locales à la frontière entre ces deux domaines. Croissante, la dimension administrative de l’Etat s’oppose à l’irréductibilité du politique. La dimension politique des entités décentralisées, qui s’exprime par un pouvoir décisionnel, ne peut s’affirmer que dans le cadre de l’Etat unitaire. Fondée sur une analyse de la doctrine et de la jurisprudence, la délimitation des frontières juridiques entre les deux domaines permet finalement de cerner les notions d’administration et de politique en droit public. / The distinction between administrative and political domains was always a paradigm of French legal thought, yet it became complicated by the strengthening of both the Rule of Law and local autonomy. While the State appears as a political entity with an administrative dimension, local authorities are administrative entities whose political dimension is not recognized by the traditional conception of local autonomy. Nevertheless, by trying to separate administrative bodies from political bodies, local authorities entail political characteristics without being equated with state political authorities (which are the only authorities that can exercise sovereignty). Subsequent to this organic demarcation, the material delimitation of both domains, which focuses on the legal functions of these bodies, their actions and responsibilities, confirms that the State and local authorities are at the boundary between these two domains. Increasingly, the administrative dimension of the State can be contrasted directly with the irreducibility of policy. The political dimension of local entities, which is expressed through decision-making power, cannot question the unitary State. Based on an analysis of the doctrine and jurisprudence, the delimitation of boundaries between the two domains allows us to define ultimately the concepts of administration and policy.

L'espace OHADA bénéficie depuis 13 ans d'un Acte Uniforme portant organisation des procédures collectives, qui détermine le régime juridique d'une nouvelle procédure collective appelée le règlement préventif. Le règlement préventif est une procédure destinée à éviter la cessation des paiements. Il permet l'apurement du passif de l'entreprise au moyen d'un concordat préventif. Il est inspiré de la procédure de suspension des poursuites instituée par la loi française du 23 septembre 1967 que certains Etats africains avaient repris dans leurs législations sans modification et le règlement amiable de la loi française du 1er mars 1984. La présence de cette procédure quoique salutaire n'a malheureusement pas résolu le problème des difficultés des entreprises. La demande est souvent effectuée lorsque l'entreprise a dépassé le "seuil clinique" d'ouverture de la procédure. Les dispositions de l'article8 de l'AUPOCPAP en permettant la suspension immédiate des poursuites, favorise l'utilisation du règlement préventif à titre dilatoire. Raison pour laquelle, il devient urgent d'analyser son déroulement et son dénouement. L'étude fait ressortir que les conditions d'ouverture de cette procédure doivent être étendues afin de permettre aux agriculteurs, artisans, professionnels indépendants et secteur informel d'en bénéficier. / For 13 years, the OHADA legal framework has taken advantage of a "Acte Uniforme" ruling their common procedures. The latter sets up and determines the legal system of a new cammon procedure called the Preventive Rule. It aims at avoiding the suspension of payments. In addition, it allows the discharge thanks to a preventive composition. The new common system is inspired by the french law of the 23rd of september 1967 on the suspension of legal proceedings that some African countries had copied and put in their legislations,without changing anything. And it is also inspired by the French law of the 1st of march 1984 on the amical settlement. However, the preventive rule, althougt beneficial,has not resolved the enterprises issues, hence the necessity to analyse its unfoldind and its outcome. At the end, the conditions to open and to use the new procedure have to lie down to farmers, craftsmen, professionnal persons and to those of the informal sectors in order to allow them to also take advantage of it.

Les services de Neurochirurgie du Groupement Hospitalier Est de Lyon ont une expérience reconnue pour l’exérèse des tumeurs des régions périventriculaires du système nerveux central notamment au niveau de la région pinéale. Dans ce contexte neurochirurgical favorable et avec l’opportunité d’utiliser des techniques de biologie moléculaire, notre objectif a été l’identification de marqueurs diagnostiques pour chaque type tumoral par une étude transcriptomique en microarray, la caractérisation d’un sous-type de tumeur du parenchyme pinéal (TPP) pléïomorphe, l’évaluation de la synthèse de mélatonine par les TPP et l’étude du transcriptome de certains organes circumventriculaires (OCV) microdisséqués chez le rat. L’analyse du transcriptome des tumeurs périventriculaires a permis de regrouper les tumeurs par leur signature moléculaire et d’identifier des marqueurs diagnostiques pour chaque type tumoral. De nouveaux marqueurs pronostiques potentiels (HoxD13, Prame, CD24 et Pou4f2 et gènes de la voie Aurora kinase B) sont proposés en vue d’améliorer la classification des TPP. Pour ces dernières, une étude multicentrique a permis de caractériser un sous-type tumoral, les tumeurs pléïomorphes, souvent surgradées. L’étude des TPP ex vivo et in vivo montre leur capacité de synthèse de mélatonine. Toutefois, nous n’avons pu obtenir une lignée de cellules tumorales stable. La microdissection des OCV du rat, parfois vestigiaux chez l’homme et qui pourraient être à l’origine de tumeurs périventriculaires, a permis d’étudier leur transcriptome et de mettre en évidence des marqueurs nouveaux ou déjà associés dans la littérature à ces structures / Neurosurgery of periventricular tumors, especially of pineal region tumors, is well developed at the Neurosurgical Hospital in Lyon. Taking opportunity of this background, our objective was identification of new diagnostic markers for each of these tumors using microarray transcriptome analysis, characterisation of a pleomorphic pineal parenchyma tumor (PPT) subtype, evaluation of melatonin synthesis in PPTs and the microarray analysis of molecular signature of some of circumventricular organs (CVO) after their laser microdissection in rat. The microarray analysis of periventricular tumors allowed molecular classification of the tumours and revealed different diagnostic markers for each type of tumors. Potentially new prognostic candidate genes (HoxD13, Prame, CD24 and Pou4f2 and Aurora kinase B pathway genes) are proposed for improvement of PPT classification. A PPT multicenter study allowed the characterisation of a pleomorphic subtype frequently managed as a higher grade tumour in the literature. The study of PPT ex vivo and in vivo showed their preserved capacity for melatonin production. However a stable PPT cell line culture could not be obtained. The laser microdissection of OCV in rat, sometimes vestigial in humans and potentially at the origin of the periventricular tumors, associated with a microarray study highlighted some potentially new or already described specific markers of these structures

Via la photosynthèse et la photomorphogenèse, la lumière contrôle fortement la ramification. Le rosier (Rosa hybrida L.) présente par exemple une inhibition complète du débourrement à l’obscurité. Mieux comprendre le mode d’action de la lumière offrira des possibilités nouvelles à l’horticulture. Peu de choses sont connues sur la signalisation de la lumière au cours du débourrement. Notamment, les rôles de chacun des photorécepteurs et des cytokinines (CK), hormones promotrices du débourrement, dans la transduction du signal lumineux n’ont pas été examinés. Dans ce travail, des apports exogènes et des dosages de CK à l’obscurité montrent que le photocontrôle du débourrement passe par la photorégulation des CK. La lumière contrôle la néosynthèse et le transport des CK depuis l’entre-nœud vers le bourgeon, et inhibe leur dégradation. Les CK néoformées initient le débourrement car elles régulent un ensemble de gènes majeurs du débourrement (signalisation des strigolactones, métabolisme et transport de l’auxine et des sucres, division et expansion cellulaires). Afin d’identifier les photorécepteurs impliqués dans ce processus, des études ont été menées chez le pois (Pisum sativum L.). Il en ressort que le profil de débourrement chez le pois est sous photocontrôle : basitone à la lumière, ce profil devient acrotone à l’obscurité ou suite aux simples et doubles mutations de phyA, phyB et cry1. Ces trois photorécepteurs jouent donc un rôle primordial sur les corrélations inhibitrices entre bourgeons. Des apports de CK permettent de restaurer le profil basitone du sauvage chez le mutant phyB, ce qui suggère que la signalisation de la lumière vers les CK passe par phyB. / Through photosynthesis and photomorphogenesis, light highly controls plant branching. Roses (Rosa hybrida L.) exhibit for example a strong inhibition of bud outgrowth under darkness. Better understanding the action of light in branching will give new opportunities to horticulturists. Yet, little is known about the light signalling pathway during bud outgrowth. In particular, the involvements of each photoreceptor and of cytokinins (CK), plant hormones acting as promoters of bud outgrowth, in the transduction of the light signal during bud outgrowth have not been assessed. In this work, exogenous applications and quantification of CK under darkness show that the photocontrol of bud outgrowth goes through the photo-regulation of CK. Light controls CK neo-synthesis and transport from the internode toward the bud, and inhibits their degradation. The neo-synthesised CK initiate bud outgrowth by regulating a set of major genes involved in bud outgrowth (strigolactones signalling, metabolisms and transports of auxin and of sugar, cell division and expansion). In order to identify the photoreceptors that are involved in this process, we studied pea (Pisum sativum L.) mutants. Our research indicate that the bud outgrowth profile along the stem is under photocontrol: being basitonic under white light, this profile becomes acrotonic under darkness or after mutations of phyA, phyB and cry1. These three photoreceptors thus play a major role in the control of the correlative inhibitions between buds. Since applications of CK allowed to restore the wild-type basitonic profile in the phyB mutant, this suggests that the light signalling pathway towards CK involves phyB.

Dans les systèmes agroforestiers simples à deux strates, la distribution de la lumière sous les couronnes des arbres est un facteur clé pour le développement de la culture associée. Cette distribution évolue en fonction des saisons et de la dynamique de croissance de la strate arborée. La lumière disponible pour la culture dépend de la quantité de lumière interceptée par les couronnes des arbres et par conséquent de l'architecture des espèces utilisées. L'objectif de cette thèse est de déterminer le rôle de l'architecture de deux espèces, Acacia mangium Willd. et Tectona grandis L., dans (i) les modalités de l'interception de la lumière par les couronnes et par les feuilles et (ii) les variations intra- et interspécifiques de la distribution du rayonnement sous les couronnes de ces arbres selon leur âge. A partir de l'analyse dynamique des processus de croissance et de ramification de ces deux espèces, un échantillonnage des organes foliaires a permis de déterminer leur répartition, leur géométrie et leurs caractéristiques morphologique, anatomique, optique et biochimique dans les couronnes. Par la simulation de la croissance, de ces deux espèces, paramétrée via des lois mathématiques de croissance et de ramification, des reconstructions 3D d'arbres ont été réalisées en vue de simuler le bilan radiatif de sous-parcelles agroforestières. Les résultats montrent de fortes variations inter- et intraspécifiques de la distribution des organes foliaires et leurs caractéristiques au sein de la couronne et de la distribution du rayonnement sous les couronnes. Les stratégies adoptées par ces deux espèces pour optimiser l'interception lumineuse sont discutées

Le suivi des volumes hydriques du patient hémodialysé permet d'accroître l'efficacité des traitements et d'aider à la détermination du poids sec. Le but de cette thèse est d'améliorer les techniques d'évaluation des volumes hydriques du corps en hémodialyse. Les volumes extra et intracellulaires sont obtenus par bioimpédance, le volume plasmatique par mesures d'hématocrite optique ou ultrasonore. La précision des mesures d'hématocrite par ultrason pu être améliorée grâce à une modélisation précise de la variation des différents composés sanguins lors de l'ultrafiltration. Nous avons proposé une nouvelle modélisation électrique des compartiments hydriques, qui permet de mesurer la variation d'eau totale avec plus de précision. Trois méthodes de détermination du poids sec par impédance ont été analysées et améliorées. Les erreurs de la méthode d'impédance dues aux changements de position ou à la variation de la résistivité de l'extracellulaire en hémodialyse ont été étudiées.

La symbiose constitue une force évolutive majeure permettant de nombreuses adaptations des partenaires, en particulier dans la réponse des hôtes aux agents pathogènes. La bactérie endosymbiotique Wolbachia ( -protéobactérie) confère ainsi à certains insectes une résistance aux agents pathogènes humains dont ils sont les vecteurs. Chez le crustacé isopode Armadillidium vulgare, la présence de Wolbachia altère l'immunocompétence de son hôte en diminuant le taux d'hémocytes circulants (THC) et en augmentant la septicémie naturelle. La présence de Wolbachia dans les hémocytes et les organes hématopoïétiques a soulevé de nombreuses questions quant aux conséquences que cela entraîne sur le fonctionnement du système immunitaire et sur l'immunocompétence d'A. vulgare. Nous avons donc étudié l'impact de cette symbiose sur les hémocytes, l'immunocompétence et l'expression de gènes de l'immunité. Ainsi Wolbachia est présente dans plus d'un tiers des hémocytes (hybridation in situ fluorescente) et sa présence diminue la proportion d'hémocytes granulaires circulants (cytométrie en flux) chez les animaux âgés d'un an, sans affecter le THC à cet âge. L'activité phénoloxydase diminue avec l'âge et le statut symbiotique. En revanche, la présence de Wolbachia semble protéger les hémocytes de l'apoptose et augmenter l'immunocompétence d'A. vulgare lors d'une infection par Listeria ivanovii. Enfin, la quantification de l'expression des gènes de l'immunité, identifié après l'établissement du premier transcriptome de référence d'isopode (projet ANR EndoSymbArt), a révélé une tendance à la sous-expression au niveau de l'animal entier et des ovaires mais à la sur-expression dans les tissus immunitaires. La présence deWolbachia modifie donc les caractéristiques du système immunitaire aux niveaux cellulaire et humoral ainsi que l'immunocompétence d'A. vulgare. L'étude de nouveaux paramètres permettra d'établir si la présence de Wolbachia constitue réellement un avantage pour son hôte ou si au contraire la bactérie présente un coût parasitaire important.

La localisation d'un organe dans une image médicale en délimitant cet organe spécifique par rapport à une entité telle qu'une boite ou sphère englobante est appelée localisation d'organes. La localisation multi-organes a lieu lorsque plusieurs organes sont localisés simultanément. La localisation d'organes est l'une des étapes les plus cruciales qui est impliquée dans toutes les phases du traitement du patient à partir de la phase de diagnostic à la phase finale de suivi. L'utilisation de la technique d'apprentissage supervisé appelée forêts aléatoires (Random Forests) a montré des résultats très encourageants dans de nombreuses sous-disciplines de l'analyse d'images médicales. De même, Random Regression Forests (RRF), une spécialisation des forêts aléatoires pour la régression, ont produit des résultats de l'état de l'art pour la localisation automatique multi-organes.Bien que l'état de l'art des RRF montrent des résultats dans la localisation automatique de plusieurs organes, la nouveauté relative de cette méthode dans ce domaine soulève encore de nombreuses questions sur la façon d'optimiser ses paramètres pour une utilisation cohérente et efficace. Basé sur une connaissance approfondie des rouages des RRF, le premier objectif de cette thèse est de proposer une paramétrisation cohérente et automatique des RRF. Dans un second temps, nous étudions empiriquement l'hypothèse d'indépendance spatiale utilisée par RRF. Enfin, nous proposons une nouvelle spécialisation des RRF appelé "Light Random Regression Forests" pour améliorant l'empreinte mémoire et l'efficacité calculatoire. / Locating an organ in a medical image by bounding that particular organ with respect to an entity such as a bounding box or sphere is termed organ localization. Multi-organ localization takes place when multiple organs are localized simultaneously. Organ localization is one of the most crucial steps that is involved in all the phases of patient treatment starting from the diagnosis phase to the final follow-up phase. The use of the supervised machine learning technique called random forests has shown very encouraging results in many sub-disciplines of medical image analysis. Similarly, Random Regression Forests (RRF), a specialization of random forests for regression, have produced the state of the art results for fully automatic multi-organ localization.Although, RRF have produced state of the art results in multi-organ segmentation, the relative novelty of the method in this field still raises numerous questions about how to optimize its parameters for consistent and efficient usage. The first objective of this thesis is to acquire a thorough knowledge of the inner workings of RRF. After achieving the above mentioned goal, we proposed a consistent and automatic parametrization of RRF. Then, we empirically proved the spatial indenpendency hypothesis used by RRF. Finally, we proposed a novel RRF specialization called Light Random Regression Forests for multi-organ localization.