• Refine Query
  • Source
  • Publication year
  • to
  • Language
  • 177
  • 7
  • 2
  • Tagged with
  • 186
  • 186
  • 186
  • 186
  • 151
  • 23
  • 20
  • 20
  • 19
  • 18
  • 16
  • 13
  • 13
  • 12
  • 10
  • About
  • The Global ETD Search service is a free service for researchers to find electronic theses and dissertations. This service is provided by the Networked Digital Library of Theses and Dissertations.
    Our metadata is collected from universities around the world. If you manage a university/consortium/country archive and want to be added, details can be found on the NDLTD website.
51

A melatonina e seu efeito citoprotetor na maturação de oócitos murinos / Melatonin and its cytoprotector effect on oocyte maturation in mice

Hugo Fernandes 02 October 2015 (has links)
Diversos são os fatores que estão envolvidos no controle da maturação oocitária e na qualidade e competência do oócito. A melatonina (MEL) é um hormônio que apresenta diversas funções, como atividade antioxidante e antiapoptótica, além de influenciar diferentes vias de sinalização celular. Ainda há poucos estudos sobre o papel da MEL na maturação de oócitos e o camundongo, por sua rápida reprodução e menor custo de manutenção, é um excelente modelo amplamente utilizado para estudos in vitro e, particularmente in vivo. O presente trabalho teve por objetivo avaliar o efeito da MEL sobre a maturação in vivo e in vitro e sua possível ação como protetor celular (antioxidante e/ou antiapoptótico) de complexos cumulus-oócitos (CCOs) murinos. No experimento 1, os animais receberam injeções de MEL nas concentrações de 0 (controle), 10 e 20 mg/kg/i.p./dia por 4 dias. Os CCOs foram maturados in vivo e recuperados 17 horas após a última injeção. No experimento 2, os animais receberam MEL nas mesmas dosagens do experimento anterior, porém por 3 dias. Os CCOs foram coletados 24 horas após a última injeção e maturados in vitro com hormônio folículo estimulante (0,5 µg/mL; FSH). No experimento 3, os CCOs foram maturados in vitro na presença de três diferentes doses de MEL (10-9, 10-6 e 10-3 M) ou em FSH (controle FSH). Por fim, no experimento 4, a melhor concentração de MEL (10-9 M) eleita no experimento 3, foi utilizada sozinha ou em associação com peróxido de hidrogênio (300µM; H2O2). Os CCOs foram maturados como no experimento anterior. Para os quatro experimentos foram avaliados a taxa de maturação mediante a extrusão do primeiro corpúsculo polar (1º CP) e a expressão de genes relacionados à apoptose (Bax e Bcl2l1) e enzimas antioxidantes (Gpx1, Sod1 e Sod2) por qPCR-RT tanto para as células do cumulus (CC), quanto para os oócitos (OO). No experimento 1, o tratamento com 20 mg/kg de MEL apresentou maior taxa de maturação in vivo de 80,3%, seguido do controle (69,4%) e 10 mg/kg de melatonina (62,4%; P>0,05). Para a expressão gênica não houve efeito de nenhum tratamento (P>0,05). No experimento 2, a taxa de maturação variou de 39 a 53,2% entre os tratamentos (P>0,05). Em CC, a expressão gênica foi diminuída de Bcl2l1 e aumentada de Gpx1 tratados com 20 mg/kg de MEL (P<0,05). Já para OO, somente houve aumento da expressão de Gpx1 para ambos os tratamentos com MEL (P<0,05). No experimento 3, a taxa de maturação foi de 48,9%, 53,7%, 56% e 57,3% para 10-3, 10-6, 10-9 M de MEL e FSH, respectivamente (P>0,05). As concentrações de 10-9 e 10-6 M de MEL aumentaram a expressão dos genes Gpx1 e Sod1 em CC (P<0,05). Em OO, somente houve aumento da expressão gênica de Bax na concentração de 10-6 M de MEL (P<0,05). No último experimento, não houve diferença significativa quanto à taxa de maturação, variando de 51,8% para o tratamento com H2O2 a 60% para o controle FSH (P>0,05). Em CC, Gpx1 e Sod1 tiveram suas expressões aumentadas em todos os tratamentos (P<0,05). De maneira contrária, o gene Bcl2l1 teve sua expressão diminuída (P<0,05). Com base nestes dados, conclui-se que a MEL aplicada in vivo não foi capaz de melhorar a taxa de maturação in vivo e in vitro, porém, em condições in vitro induziu a progressão da meiose em oócitos murinos. Além disso, em condições in vitro, genes antioxidantes como Gpx1 e Sod1 foram mais expressos em CC do que em OO em resposta ao tratamento com MEL, indicando a indução de um possível efeito protetor frente à condições de cultivo in vitro. / Many factors are involved in the control of oocyte maturation and developmental competence. Melatonin (MEL) is a hormone showing varied functions including antioxidant and antiapoptotic activities, besides influencing many cell signaling pathways. There are few studies on the role of MEL in oocyte maturation and the mouse, due to its quick reproduction and lower maintencance cost, is an interesting model widely used for in vitro and particularly in vivo studies. The aim of this work was to study the effects of MEL on in vivo and in vitro maturation and its cytoprotective action (antioxidant/antiapoptotic) in murine cumulus-oocyte complexes (CCOs). In experiment one, mice received MEL injections at concentrations of 0 (control), 10 and 20 mg/kg/i.p./day for 4 days. CCOs were in vivo matured and recovered 17 hours after the last injection. In experiment 2, the animals received MEL in the same dosages of the previous experiment, but for 3 days. CCOs were collected 24 hours after the last injection and in vitro matured with follicle stimulating hormone (FSH). In experiment 3, CCOs were in vitro matured with three MEL concentrations (10-9, 10-6 e 10-3 M) or FSH (FSH control). Finally, in the fourth experiment, the best concentration of MEL (10-9 M) selected in experiment 3 was used alone or in association with hydrogen peroxide (300 µM; H2O2). CCOs were matured as in the previous experiment. For all four experiments maturation rates were evaluated by extrusion of the first polar body and the expression of genes related to apoptosis (Bax and Bcl2l1) and antioxidant enzymes (Gpx1, Sod1 and Sod2) by qPCR-RT both cumulus cells (CC), and for the oocytes (OO) were assessed as well. In experiment 1, treatment with 20 mg/kg MEL showed a higher rate of in vivo maturation of 80.3%, followed by the control (69.4%) and 10 mg/kg MEL (62.4%; P>0.05). No effect for gene expression treatments (P>0.05) was observed. In experiment 2, maturation rate ranged from 39 to 53.2% between treatments (P>0.05). In CC, the gene expression was reduced for Bcl2l1 and enhanced for Gpx1 in animals treated with 20 mg/kg MEL (P<0.05). For OO, only Gpx1 expression was increased for both MEL treatments (P<0.05). In experiment 3, the maturation rates were 48.9, 53.7, 56 e 57.3% for MEL 10-3, 10-6, 10-9 M and FSH, respectively (P>0.05). MEL concentrations of 10-6 and 10-9 M increased expression of Gpx1 and Sod1 genes in CC (P<0.05). For OO, only Bax increased the gene expression in 10-6 M MEL concentration (P<0.05). In the last experiment, there was no significant difference in maturation rate, ranging from 51.8 for H2O2 to 60% for FSH control (P>0.05). Gpx1 and Sod1 genes had their expression increased in all the treatments in CC (P<0.05). For Bcl2l1 gene, the expression was decreased in CC as well (P<0.05). Based on these data, we conclude that MEL treatment in vivo was unable to promote maturation rate in vivo and in vitro, but under in vitro conditions it induced meiosis progression in murine oocytes. In addition, Gpx1 and Sod1 antioxidant genes were more expressed in CC than OO in response to MEL treatments in vitro indicating induction of a possible protective effect against in vitro culture conditions.
52

Utiliza??o de marcadores moleculares na an?lise da caracter?stica de qualidade da carne em caprino (Capra hircus) / Use of molecular markers in the analysis of the meat quality characteristic in goats (Capra hircus)

GARCIA, Odair Scatolin Rossafa 26 May 2017 (has links)
Submitted by Jorge Silva (jorgelmsilva@ufrrj.br) on 2018-09-04T21:36:01Z No. of bitstreams: 1 2017 - Odair Scatolin Rossafa Garcia.pdf: 1812000 bytes, checksum: 37d6d5a375daf6bc6b0ef40d4687a7f7 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-09-04T21:36:01Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2017 - Odair Scatolin Rossafa Garcia.pdf: 1812000 bytes, checksum: 37d6d5a375daf6bc6b0ef40d4687a7f7 (MD5) Previous issue date: 2017-05-26 / Goat meat has lower levels of fat than those found in other types of meat such as beef, pork, sheep and deer, but the lack of selection criteria for slaughter, storage and commercialization of meat leads to a low level because of the lack of standardization of the product presenting unpleasant sensory characteristics. A study of polymorphism, variation in gene expression and the association of these variations with the desired phenotype allows to broaden the understanding of the physiological processes, which helps in the strategies aimed at improving the characteristic of interest, resulting in the expected final phenotype. The objective of the present study was to evaluate polymorphisms and gene expression among some of the most promising genotypes of pleiotropic genes, comparing the polymorphism and expression among groups of animals with greater and lesser weight at slaughter to verify if there is any relation with the weight difference Or softness of the flesh. For this purpose, genotypes of 40 goats from the Saanen and Alpina breeds for the growth hormone (GH) gene, diacylglycerol acyltransferase 1 gene (DGAT1), myostatin gene (MSTN), growth factor gene Similar to insulin 1 (IGF1), fatty acid carrier protein (FATP1) gene, nuclear factor 1 (NF1) gene, gamma peroxisome proliferator activated receptor (PPAR?) gene. After analyzing the association of the different genotypes with the slaughter weight (AP), carcass weight (PC) and meat softness expressed in shear force (FC), some genes were selected for the analysis of expression and association with them Variables. The GH, NF1 and PPAR genes were not evaluated for expression, the first for not having presented a good result for the efficiency analysis of the other two primers due to the lack of substantial data for the preparation of the primers. For the softness test, previously performed in another study by the same team, the longissimus lumborum muscle was used. Polymerase chain reaction (PCR) technique was used for the genotyping and later, for some genes, the digestion of the fragments amplified by restriction enzymes, a technique known as PCR-RFLP. Gene expression was conducted using the Real Time PCR technique (qPCR) and the meat tenderness phenotype was analyzed in a texturometer. The data were statistically related using the SAS GLM procedure. The UNIVARIATE procedure was used to verify the normality of residues of expression of the genes under study (expressed as 2-?Ct) and softness data. The averages were compared by the Tukey test and the Pearson correlations tested by the t test. The polymorphism already described in the GH was also detected in the population studied in the present study, the genotype heterozygous AB presented a mean 2.78kg at slaughter weight more than the AA individuals, for the MSTN the individuals with heterozygous M1M2 genotype presented higher scores for weight at slaughter, while for the IGF1 gene the heterozygous AB animals present less tender meat. The group with lower weight at slaughter showed higher expression of the DGAT1 and FATP genes, which may reflect a higher deposition of fat in the carcass and greater softness, in comparison with the group of higher weight. / A carne caprina apresenta teores de gordura abaixo dos encontrados em outros tipos de carne como a de bovino, su?no, ovino e veado. Entretanto, a falta de crit?rio de sele??o para o abate, estocagem e comercializa??o da carne, acaba por gerar um baixo n?vel de consumo, devido ? falta de padroniza??o do produto apresentando caracter?sticas sensoriais desagrad?veis. Estudo de polimorfismo, varia??o na express?o g?nica e associa??o destas varia??es com o fen?tipo desejado permite ampliar a compreens?o sobre os processos fisiol?gicos, al?m de auxiliar programas de melhoramento gen?tico animal para a sele??o de animais com fen?tipos superiores para a caracter?stica de interesse. O objetivo do presente trabalho foi avaliar a associa??o de polimorfismos e express?o g?nica com a caracter?stica peso ao abate e verificar se h? rela??o entre a diferen?a de peso e a maciez da carne. Para este prop?sito foram identificados inicialmente os gen?tipos de cabritos das ra?as Saanen e Alpina para os seguintes genes: horm?nio do crescimento (GH), diacilglicerol aciltransferase 1 (DGAT1), miostatina (MSTN), fator de crescimento semelhante ? insulina 1 (IGF1), prote?na transportadora de ?cidos graxos (FATP1), fator nuclear 1 (NF1), receptor ativado por proliferadores de peroxissomas gama (PPAR?). Ap?s a an?lise de associa??o dos diferentes gen?tipos com o peso ao abate (PA), peso da carca?a (PC) e maciez da carne expressa em for?a de cisalhamento (FC), foram selecionados alguns genes para a an?lises de express?o e associa??o com as mesmas vari?veis. Os genes GH, NF1 e PPAR n?o foram avaliados quanto a express?o, o primeiro por n?o ter apresentado um bom resultado para as analise de efici?ncia dos primers os outros dois devido ? problemas no genoma refer?ncia para a confec??o dos primers. Para o teste de maciez foi utilizado o m?sculo longissimus lumborum. Para a genotipagem foi utilizada a t?cnica da rea??o em cadeia pela polimerase (PCR) e posteriormente, para alguns genes, digest?o dos fragmentos amplificados por enzimas de restri??o (PCR-RFLP). A express?o g?nica foi conduzida utilizando a t?cnica de PCR em Tempo Real (qPCR) e o fen?tipo de maciez da carne foi analisado em textur?metro. Os dados foram analisados estat?sticamente utilizando o procedimento GLM do SAS. O procedimento UNIVARIATE foi utilizado para verificar a normalidade dos res?duos da express?o dos genes em estudo (expressos com 2-?Ct) e dados de maciez. As m?dias foram comparadas pelo teste de Tukey e as correla??es de Pearson testadas pelo teste de t. O polimorfismo j? descrito no GH foi tamb?m detectado na popula??o estudada no presente trabalho, o gen?tipo heterozigoto AB apresentou m?dia 2,78kg a mais de peso ao abate do que os indiv?duos AA, para a MSTN os indiv?duos com gen?tipo heterozigoto M1M2 apresentaram maiores escores para peso ao abate, enquanto para o gene IGF1 os animais heterozigotos AB apresentam carne menos macia. O grupo com menor peso ao abate apresentou maior express?o dos genes DGAT1 e FATP, o que pode refletir maior deposi??o de gordura de gordura na carca?a e maior maciez, em compara??o com o grupo de maior peso.
53

Avaliação da influência da produção de citocinas no perfil de resposta imunitária em bezerros nos primeiros 30 dias de vida / Evaluation of the influence of cytokine production on the immune response profile of calves in the first 30 days of life

Shecaira, Carolina de Lara 21 September 2017 (has links)
Os primeiros 30 dias pós-nascimento do bezerro, chamado período neonatal, é caracterizado por grande desenvolvimento imunológico. O sistema imune começa a se desenvolver ainda no início da gestação, porém, após o nascimento, mesmo que morfologicamente desenvolvido, não se apresenta totalmente funcional pela ausência de estímulos antigênicos. Ademais as particularidades anatômicas e fisiológicas da placentação dos bovinos são um impediente à transferência de imunidade durante a gestação, assim sendo o feto se desenvolve sem a influência das imunoglobulinas maternas, ficando altamente dependente ao início da vida extrauterina da transferência de imunidade passiva via colostro. As características do sistema imune do bezerro em seu período neonatal fazem com que este seja muito susceptível a doenças. Conhecer o comportamento imunitário dos bezerros recém-nascidos pode auxiliar a diminuir a incidência de doenças e o custo desse animal, além de aumentar o seu bem-estar. Deste modo, buscou-se avaliar o padrão de resposta imunitária do neonato nos primeiros 30 dias de vida, por meio de avaliações: da atividade fagocítica e do metabolismo oxidativo de neutrófilos circulantes e imunoenotipagem de linfócitos T (CD3+) e suas subpopulações (CD4+) e CD8+)) por citometria de fluxo e a expressão gênica das citocinas IL-4, IL-10, IL-12 e IFN-ϒ por PCR em Tempo Real. O exame físico, o hemograma e avaliação de transferência de imunidade passiva foram considerados como critério de inclusão para garantir a sanidade dos animais durante o período experimental. Com base nos resultados obtidos nesta pesquisa para pode se concluir que: a atividade de fagocitose dos granulócitos foi constante nos 30 dias avaliados; a produção de espécies reativas de oxigênio por granulócitos foi observada nos ensaios basal e estimulado; e com comportamento semelhante, apresentando os dois ensaios, maiores porcentagens nos dias 1, 25 e 30 p.n.; os linfócitos CD3+) e suas subpopulações:CD4+), CD8+), estes apresentaram porcentagens semelhantes àquelas encontradas nos bovinos adultos; e a relação CD4+) /CD8+) aumentou aos 30 dias de vida, pelo aumento de CD4+). Não foi possível mensurar a expressão gênica das citocinas IL-4 e IFN-ϒ em nenhum dos momentos avaliados; no entanto, foi verificada a expressão gênica de citocinas IL-10 e IL-12, com uma inclinação para o perfil Th2 induzido pela expressão mais frequente de IL-10, observando-se influência da expressão gênica das citocinas IL-10 e IL-12 no leucograma, na atividade dos granulócitos, e nas subpopulações de linfócitos T. / The first 30 days post-birth of the calf, called the neonatal period, is characterized by large immunological development. The immune system begins to develop even at the beginning of gestation, but after birth, even if morphologically developed, it is not fully functional due to the absence of antigenic stimuli. In addition, the anatomical and physiological characteristics of bovine placentation are an impediment to the transfer of immunity during gestation, so the fetus develops without the influence of maternal immunoglobulins, being highly dependent at the beginning of the extrauterine life of the transference of passive immunity via colostrum. The characteristics of the immune system of the calf in its neonatal period make it very susceptible to diseases. Knowing the immune behavior of newborn calves can help reduce the incidence of diseases and the cost of this animal, and increase their well-being. The aim of this study was to evaluate the immune response pattern of the neonate in the first 30 days of life through evaluations of phagocytic activity and oxidative metabolism of circulating neutrophils and T lymphocyte (CD3 +) immuno-typing and its subpopulations (CD4 + and CD8 +) by flow cytometry and the gene expression of the IL-4, IL-10, IL-12 and IFN-ϒ cytokines by Real-Time PCR. Physical examination, blood count and passive immunity assessment were considered as inclusion criteria to guarantee the health of the animals during the experimental period. Based on the results obtained in this research it can be concluded that: granulocyte phagocytosis activity was constant in the 30 days evaluated; the production of reactive oxygen species by granulocytes was observed in the basal and stimulated assays; and with similar behavior, presenting the two trials, highest percentages on days 1, 25 and 30 p.n .; the CD3 + lymphocytes and their subpopulations: CD4 +, CD8 +, these presented percentages similar to those found in adult bovines; and the CD4 + / CD8 + ratio increased at 30 days of life, due to the increase in CD4 +. It was not possible to measure the gene expression of IL-4 and IFN-ϒ cytokines in any of the evaluated moments; However, IL-10 and IL-12 cytokine gene expression was observed, with an inclination to the Th2 profile induced by the more frequent expression of IL-10, with the influence of the gene expression of the cytokines IL-10 and IL- 12 on leukogram, granulocyte activity, and T lymphocyte subpopulations.
54

Detecção e quantificação de bactérias anaeróbias na microbiota fecal de crianças de zero a 12 meses de idade / Detection and quantification of anaerobic bacteria in the fecal microbiota of children aged zero to twelve months of age

Talarico, Silvia Toledo 01 March 2013 (has links)
A sequência de eventos bacterianos que ocorre durante a colonização do trato gastrointestinal pode afetar o futuro da saúde do hospedeiro, particularmente no que diz respeito à regulação do sistema imunológico. Um entendimento claro do processo de colonização do intestino humano neonatal nos países em desenvolvimento está faltando, porque os poucos estudos disponíveis foram, em sua maioria, realizados utilizando técnicas de cultura. O objetivo deste estudo foi detectar e quantificar as bactérias dos gêneros Bifidobacterium, Lactobacillus, Eubacterium e Lactococcus, importantes componentes anaeróbios da microbiota intestinal usando PCR em tempo real. O grupo de estudo foi composto por 10 crianças, acompanhadas durante o primeiro ano de vida, vivendo em baixas condições sócio-econômicas em São Paulo, Brasil. Amostras de fezes foram avaliadas em períodos de 24 horas, 7 dias, 30 dias, 3 meses, 6 meses e 1 ano. Durante o primeiro ano de vida, há um aumento da quantidade de Bifidobacterium spp., quando comparada com as outras bactérias anaeróbias estudadas, com médias variando de 8,27x1010 a 2,51x1012 número de cópias de DNA/g de fezes. Lactobacillus spp. também foi encontrado em todos os pontos de tempo estudado, com médias variando de 4,03x108 a 1,46x1010 número de cópias de DNA/g de fezes. Lactococcus spp. foi o gênero bacteriano encontrado em quantidades menores. As contagens máximas desses gêneros foram encontradas entre o terceiro e sexto mês de vida. Embora o gênero Eubacterium seja descrito como um dos principais membros da microbiota intestinal, este foi encontrado em amostras de apenas duas crianças. A inclusão de dieta sólida e a mudança do tipo de amamentação influenciam a composição da microbiota. No entanto, não se pode estabelecer um padrão para a presença destes micro-organismos ao longo dos meses, mostrando que a microbiota é única e está sujeita a interferências ambientais. / The sequence of bacterial events that occurs during the colonization of the gastrointestinal tract may affect the future health of the host, particularly with respect to the regulation of the naive immune system. A clear understanding of the colonization process of the human neonatal gut in developing countries is lacking because the few available studies were mostly performed using culture techniques. The aim of this study was to detect and quantify the bacterial genera Bifidobacterium, Eubacterium, Lactobacillus and Lactococcus, important anaerobic components of the intestinal microbiota using real-time PCR. The study group comprised 10 children followed during the first year of life, living in low socio-economic conditions in São Paulo, Brazil. Fecal samples were evaluated at times of 24 hours, 7 days, 30 days, 3 months, 6 months and 1 year. During the first year of life, there is an increased amount of Bifidobacterium spp. compared to others studied anaerobic bacteria, with averages ranging from 8,27x1010 to 2,51x1012 DNA copy number/g of feces. Lacotbacillus was also found in all studied time point, with averages ranging from 4,03x108 to 1,46x1010 DNA copy number/g of feces. Bacterial genus Lactococcus is found in smaller quantities. The maximum counts of these genera were found between the third to sixth month of life. Although the genus Eubacterium is described as one of the leading members of the intestinal microbiota, this was found in samples of only 2 children. The inclusion of solid diet and change of type of feeding influences the composition of the microbiota, however, could not set a standard for the presence of these micro-organisms over the months, showing that the microbiota is unique and is subject to environmental interference.
55

Expressão dos genes ALS3, HWP1, BCR1, TEC1, CPH1 e EFG1 de Candida albicans em biofilmes após inativação fotodinâmica. / Expression of the Candida albicans genes ALS3, HWP1, BCR1, TEC1, CPH1 and EFG1 in biofilms after photodynamic inactivation.

Freire, Fernanda [UNESP] 30 November 2017 (has links)
Submitted by Fernanda Freire null (fernanda.freire@fosjc.unesp.br) on 2017-12-13T19:59:30Z No. of bitstreams: 1 Tese - Fernanda Freire.pdf: 1272262 bytes, checksum: 11df7d222fe968088750e08ceb6fa488 (MD5) / Submitted by Fernanda Freire null (fernanda.freire@fosjc.unesp.br) on 2017-12-14T11:25:01Z No. of bitstreams: 1 Tese - Fernanda Freire.pdf: 1272262 bytes, checksum: 11df7d222fe968088750e08ceb6fa488 (MD5) / Submitted by Fernanda Freire null (fernanda.freire@fosjc.unesp.br) on 2017-12-14T13:50:30Z No. of bitstreams: 1 Tese - Fernanda Freire.pdf: 1272262 bytes, checksum: 11df7d222fe968088750e08ceb6fa488 (MD5) / Approved for entry into archive by Silvana Alvarez null (silvana@ict.unesp.br) on 2017-12-14T18:37:35Z (GMT) No. of bitstreams: 1 freire_f_dr_sjc.pdf: 1272262 bytes, checksum: 11df7d222fe968088750e08ceb6fa488 (MD5) / Made available in DSpace on 2017-12-14T18:37:35Z (GMT). No. of bitstreams: 1 freire_f_dr_sjc.pdf: 1272262 bytes, checksum: 11df7d222fe968088750e08ceb6fa488 (MD5) Previous issue date: 2017-11-30 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Os micro-organismos estão se tornando cada vez mais resistentes aos antimicrobianos e cepas de Candida albicans resistentes aos antifúngicos tem sido isoladas, assim, torna-se importante e necessário a realização de pesquisas que avaliem os efeitos de novos métodos terapêuticos, como a inativação fotodinâmica antimicrobiana (aPDI). Assim, o objetivo deste estudo foi verificar os efeitos da inativação fotodinâmica sobre biofilmes de Candida albicans, avaliando seus efeitos sobre a expressão dos genes TEC1 (fator de transcrição), HWP1 (proteína de parede celular das hifas), EFG1 (regulador transcricional relacionado com a morfogênese), BCR1 (regulador da formação de biofilme e da parede celular), CPH1 (regulador transcricional envolvido na morfogênese) e ALS3 (adesina) de C. albicans. Foram avaliadas 30 amostras isoladas de pacientes portadores de HIV e 30 amostras de pacientes com estomatite protética, quanto a produção de biofilme, peso seco e filamentação. Destas, foram selecionadas as amostras mais virulentas de cada grupo que apresentaram melhor capacidade de formação de biofilme e filamentação. Assim, foi utilizada uma amostra clínica de C. albicans isolada de paciente portador de HIV, uma amostra clínica de C. albicans isolada de paciente com estomatite protética e uma cepa padrão ATCC 18804. A quantificação da expressão dos genes foi relacionada à produção desses genes nas amostras clínicas e na cepa de referência utilizando-se ensaio de PCR em tempo real. Para a aPDI, foram utilizados os fotossensibilizadores azul de metileno a 300 μM e eritrosina a 400 μM sensibilizados com laser de Índio-Gálio-Alumínio-Fósforo de baixa potência (vermelho visível, 660 nm) e LED verde (532 ± 10 nm), respectivamente. Foram avaliados quatro grupos experimentais para a aPDI: a) F+L+: sensibilização com o corante e irradiação com luz; b) F+L-: somente tratamento com o fotossensibilizador; c) F-L+: somente irradiação com luz e d) F-L-: sem sensibilização com o corante e ausência de luz. Os resultados foram analisados por t-test, com um nível de significância de 5%. Após a análise fenotípica, as amostras Ca30 e 39S foram selecionadas para a realização da aPDI. Como esperado, apenas para o grupo F+L+, quando comparado com o grupo F-L-, todos os genes analisados foram sub expressos após a aPDI. O fold-decrease para os genes ALS3, HWP1, BCR1, TEC1, CPH1 e EFG1 foram 0,73; 0,39; 0,77; 0,71; 0,67 e 0,60; para laser, respectivamente, e 0,66; 0,61; 0,50; 0,43; 0,54 e 0,66; para LED, respectivamente. Pode-se concluir que a aPDI mostrou uma redução na expressão dos genes de C. albicans, sugerindo a diminuição de sua virulência. / Micro-organisms are becoming increasingly resistant to antimicrobial agents and Candida albicans resistant strains to antifungal has been isolated, so it is important and necessary to carry out studies that evaluates the effects of new therapeutic methods, such as antimicrobial photodynamic inactivation (aPDI). The objective of this study was verify the effects of aPDI on C. albicans biofilms, evaluating its effects on genes expression: TEC1 (transcription factor), HWP1 (cell wall protein hyphae), EFG1 (transcriptional regulator related to morphogenesis), BCR1 (regulator of biofilm formation and cell wall), CPH1 (transcriptional regulator involved in morphogenesis) and ALS3 (adhesin) of C. albicans. Were evaluated 30 samples isolated from patients with HIV and 30 samples from patients with denture stomatitis, as the production of biofilm, dry weight and filamentation. Of these, the most virulent strains of each group that presented better biofilm formation capacity and filamentation were selected. Therefore, were used a clinical sample of C. albicans isolated from HIV positive patient, a clinical sample of C. albicans isolated from patient with denture stomatitis and a standard strain ATCC 18804. The quantification of gene expression was related to the production of these genes in clinical samples and in the reference strain using PCR assay in real time. For aPDI, were used the photosensitizer methylene blue at 300 uM and erythrosine at 400 uM, sensitized with low power laser Indium-Gallium-AluminumPhosphorus (visible red, 660 nm) and green LED (532 ± 10 nm), respectively. Were evaluated four groups for aPDI: a) P+L+: sensitization with the photosensitizer and irradiation with light; b) P+L-: only treatment with the photosensitizer; c) P-L+: only irradiation with light and d) P-L-: without sensitization with the dye and absence of light. The results were analyzed by t-test, with a significance level of 5%. After the phenotypic analysis, the samples Ca30 and 39 S were selected for aPDI . As expected, only in the group P+L+ when compared with the group P-L-, all analyzed genes were downregulated after aPDI. The fold-decrease for the genes ALS3, HWP1, BCR1, TEC1, CPH1 and EFG1, were 0.73, 0.39, 0.77, 0.71, 0.67 and 0.60, for laser, respectively, and 0.66, 0.61, .050, 0.43, 0.54 and 0.66, for LED, respectively. It could be concluded that aPDI showed a reduction in the expression of C. albicans genes, suggesting its virulence decrease. / 2013/22897-2
56

Detecção de Ralstonia solanacearum em plantas infectadas de eucalipto via PCR em tempo real / Detection of Ralstonia solanacearum in infected plants of eucalyptus withreal time PCR

Pereira, Camila Santana 31 October 2011 (has links)
Made available in DSpace on 2015-03-26T13:42:30Z (GMT). No. of bitstreams: 1 texto completo.pdf: 559821 bytes, checksum: 5797c4fb6631839d7cef0e75351e4e02 (MD5) Previous issue date: 2011-10-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior / Bacterial wilt caused by Ralstonia solanacearum is currently one of the most important bacterial diseases in eucalyptus. The use of healthy eucalyptus cuttings is the most effective method to prevent the introduction and spread of the pathogen in disease free areas. Infected plants can be identified visually bybacterial cell exudation from the host tissue and confirmed by analysis of PCR. However, in asymptomatic minicuttings with latent infections, in which the xylem shows low concentrations of bacterial cellsit is not possible to visualize wilting symptoms bacterial exudation. Thus, for certification thateucalyptus cuttings are pathogen free, it is necessary to employ a sensitive method able to detect the bacteria, even when present in low concentrations in the host tissue.This study aimed to evaluate the real-time PCR for detection of bacteria in the latent period of infection. Among six primers previously tested, only the oligo224R/224F was specific to R. solanancearum, that amplifies the r16S ribosomal gene region. Subsequently,it was developed a protocol to extract bacterial DNA from infected plant tissue consisting of tissue maceration in liquid nitrogen, addition of saline solution, centrifugation, discard of the supernatant and DNA extraction. Real-time PCR of fourinfected eucalyptus cuttings with R. solanacearum(UFV32)evaluated at 20 days after inoculationshowed 105 to 106 colony forming units (cfu) of R. solanacearum / g of host tissue. The detection limit of real-time PCR was 103cfu / g, copared with 107cfu / mL for the conventional PCR. The method proved to be efficient for detection and quantification of R. solanacearum directly from infected eucalyptus plant tissue. / A murcha bacteriana causada por Ralstonia solanacearum é, atualmente uma das mais importantes doenças bacterianas na eucaliptocultura. O uso de mudas clonais sadias é ométodo mais efetivo para evitar a introdução e disseminação do patógeno em áreas livres da doença. Plantas infectadas podem ser identificadas visualmente ou pela exsudação de pus, porém, em minicepas assintomáticas, mas com infecções latentes, nas quais o xilema apresenta baixas concentrações de células bacterianas, não é possível a visualização de sintomas de murcha ou sinais da doença como a exsudação bacteriana. Assim, para certificação de que as mudas para o plantio estão livres do patógeno, é necessário empregar um método capaz de detectar a bactéria, mesmo quando presente em baixas concentrações.Assim, o presente trabalho objetivou avaliar a PCR em tempo real para detecção da bactéria no período latente de infecção. Primeiramente, dentre seis oligonucleotídeos testados, o oligo 224R/224F, que amplifica a região do gene ribossomal 16S, foi o único específico para R. solanacearum. Subsequentemente desenvolveu-se um protocolo de extração de DNA bacteriano a partir do tecido vegetal infectado que consiste da maceração com nitrogênio líquido, adição de solução salina, centrifugação, descarte do sobrenadante e extração com o kit (Promega) de extração. Para avaliar o método da PCR em tempo real, mudas de eucalipto de quatro clones foram inoculadas com o isolado UFV32 de R. solanacearume o DNA do patógeno foi quantificado aos 20 dias da inoculação. Aproximadamente 105 a 106 unidades formadoras de colônia (ufc)/g de R. solanacearum foram detectadas.. O limite de detecção da PCR em tempo real foi de 103ufc/g contra 107ufc/mL da PCR convencional, ou seja 10.000 vezes maior.. O método mostrou-se eficiente na detecção e quantificação de R. solanacearum diretamente do tecido vegetal de eucalipto.
57

Detecção Bacteriana e de Genes de Resistência a Antimicrobianos pela Técnica de PCR em Tempo Real em Infecções de Corrente Sanguínea de Pacientes Submetidos a Transplante de Órgãos Sólidos / Real-time Polymerase Chain Reaction for Detection of Bacterial and Antimicrobial Resistance Genes in Blood Cultures of Solid Organ Transplanted Patients

Rocchetti, Talita Trevizani [UNIFESP] 24 November 2010 (has links) (PDF)
Made available in DSpace on 2015-07-22T20:49:51Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2010-11-24 / Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado de São Paulo (FAPESP) / Pacientes transplantados de órgãos sólidos apresentam alto risco para infecção da corrente sanguínea. A instituição da terapia antimicrobiana apropriada guiada por um diagnóstico rápido e preciso das infecções da corrente sangüínea está relacionada a um resultado satisfatório. O objetivo deste estudo foi a detecção de bactérias Grampositivas e Gram-negativas em hemocultura automatizada (Bactec®, Becton Dickinson), com a utilização do multiplex para reação da polimerase em cadeia (PCR) em Tempo Real e detecção de genes de resistência. Métodos: Um total de 185 hemoculturas, 126 positivas e 59 negativas, foram obtidos de 117 pacientes submetidos a transplante de órgãos sólidos, dois centros de transplante na cidade de São Paulo, Brasil, Hospital São Paulo e Hospital do Rim e Hipertensão. DNA das culturas de sangue foi extraído pelo método fenol clorofórmio (Brazol®, LGC, Brasil). A detecção do DNA bacteriano foi realizada utilizando iniciadores universais do gene 16S rRNA. A diferenciação entre as bactérias Gram-positivas e Gram-negativas foi feito por hibridização com sondas específicas por multiplex TaqMan em Tempo Real. Os genes de resistência: blaSHV, blaTEM, blaCTX-M, blaKPC, blaSPM, blaVIM, blaIMP, vanA, vanB e mecA foram detectadas utilizando iniciadores específicos, em Tempo Real sitema SYBR Green. A adequação do tratamento antimicrobiano foi avaliada pela revisão do prontuário dos pacientes. Resultados: Cinqüenta e nove amostras foram positivas para bactérias Gram-positivas e sessenta e sete amostras foram positivas para bactérias Gram-negativas. Todas as amostras (100%) foram concordantes entre hemocultura e PCR. Trinta e duas amostras foram positivas para o gene mecA, cinco para o gene blaCTX-M, uma para o gene blaKPC, uma para o gene blaSHV e uma para blaTEM. Oitenta e oito foram negativas para todos os genes. A detecção de genes de resistência a antimicrobianos favoreceria a adequação da antibioticoterapia, particularmente no descalonamento no tratamento de bacteremias causadas por bactérias Gram positivas e na adequação precoce no tratamento de bacteremias por bacilos Gram negativas multiresistentes em pacienetes tranplantados de órgãos sólidos. Conclusão: A PCR multiplex “in house” para bactérias Gram-positivas e Gram-negativas e detecção de genes de resistência aos antimicrobianos por PCR em Tempo Real poderia ser útil para o diagnóstico rápido da infecção da corrente sangüínea em pacientes submetidos a transplante de órgão sólidos. / Solid organ transplanted patients are at high risk for blood stream infection. The institution of appropriate antimicrobial therapy guided by a rapid and accurate microbiological diagnosis of blood stream infections is related to a successful outcome. The aim of this study was the detection of Gram-positive and Gram-negative bacteria from automated blood cultures (Bactec®, Becton Dickinson) with the use of the multiplex real-time polymerase chain reaction (PCR) and detection of antimicrobial resistance genes. Methods: A total of 185 blood cultures, 126 positive and 59 negative, were obtained of 117 patients submitted to solid organ transplant at two transplant centers in the city of São Paulo, Brazil, Hospital São Paulo and Hospital do Rim e Hipertensão. DNA from the blood cultures was extracted by phenol chloroform method (Brazol®, LGC, Brazil). The detection of bacterial DNA was performed using universal primers of 16S rRNA gene. The differentiation between Gram-positive and Gram-negative bacteria was done by hybridization with Gram-specific probes by multiplex real-time TaqMan. The resistance genes: blaSHV, blaTEM, blaCTX-M, blaKPC, blaSPM, blaVIM, blaIMP, vanA, vanB and mecA were detected using specific primers by real-time SYBR Green. The adequacy of antimicrobial treatment was evaluated by reviewing the records of patients. Results: Fifty nine samples were positive for Grampositive and sixty seven samples were positive for Gram-negative. All samples (100%) were concordant between blood culture and PCR. Thirty two samples were positive for mecA gene, five for blaCTX-M gene, one for blaKPC gene, one for blaSHV gene and one for blaTEM. Eighty eight were negative for all genes. The detection of antimicrobial resistance genes could enhance the appropriateness of antibiotic therapy, particularly in descalation the treatment of bacteremia caused by Gram positive and early adequacy in the treatment of Gram negative bacteremia of solid organ transplanted patients. Conclusion: The in house multiplex PCR for Grampositive/ Gram-negative bacteria and detection of antimicrobial resistance genes by Real Time PCR could be useful for rapid diagnosis of bloodstream infection in patients undergoing solid organ transplant. / FAPESP: 2008/04761-8 / TEDE / BV UNIFESP: Teses e dissertações
58

Monitoramento da infecção por citomegalovírus em pacientes submetidos a transplante renal

Joventino, Kércia Monaline de Souza 20 March 2017 (has links)
Submitted by Automação e Estatística (sst@bczm.ufrn.br) on 2018-07-03T15:17:42Z No. of bitstreams: 1 KerciaMonalineDeSouzaJoventino_DISSERT.pdf: 1519788 bytes, checksum: 901d657abfb5f3e00400db99cd1e6791 (MD5) / Approved for entry into archive by Arlan Eloi Leite Silva (eloihistoriador@yahoo.com.br) on 2018-07-11T11:42:41Z (GMT) No. of bitstreams: 1 KerciaMonalineDeSouzaJoventino_DISSERT.pdf: 1519788 bytes, checksum: 901d657abfb5f3e00400db99cd1e6791 (MD5) / Made available in DSpace on 2018-07-11T11:42:41Z (GMT). No. of bitstreams: 1 KerciaMonalineDeSouzaJoventino_DISSERT.pdf: 1519788 bytes, checksum: 901d657abfb5f3e00400db99cd1e6791 (MD5) Previous issue date: 2017-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O citomegalovírus é uma importante complicação após o transplante renal. O uso de imunossupressores na prevenção de rejeição ao aloenxerto pode desencadear mudanças no comportamento do CMV, sendo importante o seguimento viral póstransplante, como medida preventiva para limitar o impacto clínico deste vírus. O objetivo do estudo foi monitorar a infecção por citomegalovírus em pacientes submetidos a transplante renal no Hospital Universitário Onofre Lopes, Natal, Rio Grande do Norte. No total foram incluídos 165 pacientes no período de fevereiro de 2013 a janeiro de 2016. Amostras de sangue periférico foram obtidas na 2ª, 4ª, 8ª, 12ª e 24ª semanas pós-transplante para detecção molecular do CMV pela nestedPCR e a quantificação da carga viral do CMV pela PCR em tempo real. Os transplantados renais apresentaram incidência de 59,4% de infecção ativa por CMV, correlacionada ao uso de everolimo (p=0,0008) e timoglobulina (p=0,0042). Quarenta e cinco pacientes apresentaram números de cópias superiores ao ponto de corte de 4600 cópias/mL, com sensibilidade de 67,2% e especificidade de 70,7%, associado a sinais e sintomas de infecção por CMV, tais como febre, distúrbio gastrointestinal, mialgia, leucopenia e trombocitopenia. Nossos resultados demonstraram uma alta incidência de infecção ativa por CMV, evidenciando a necessidade do diagnóstico precoce dessa infecção, além de que a PCR em tempo real pode ser utilizada para monitorar infecções sintomáticas por CMV em receptores de transplante renal. / Cytomegalovirus infection is an important complication after renal transplantation. The use of immunosuppressants in the prevention of rejection may trigger changes in the behavior of CMV, it is important to post-transplant viral follow-up, as preventive measure, to limit clinical impact of this vírus. The objective of this study was to monitor cytomegalovirus infection in patients who underwent renal transplant in the Onofre Lopes University Hospital (HUOL), Natal, Rio Grande do Norte. In total were included 165 patients in the period from 2013 to 2016. Samples of peripheral blood obtained on the 2nd, 4th, 8th, 12th and 24th weeks post-transplant to molecular detection of CMV by nested-PCR and quantification of CMV viral load by real-time PCR. Who renal transplants presented incidence of 59.4% of active CMV infection was, correlation with the use of everolimus (p = 0.0008) and thymoglobulin (p = 0.0042). Forty-five patients who presented copy numbers above the cut-off point (4600 copies/mL), with sensitivity of 67.2% and specificity of 70.7%, associated were clinical signs and symptoms of CMV infection, such as fever, gastrointestinal disturbance, myalgia, leukopenia and thrombocytopenia. Our results demonstrated a high incidence of active CMV infection, evidencing the necessity of the early diagnosis of this infection, in addition to real-time PCR can be using to monitor CMV symptomatic infections in renal transplant recipients.
59

Ocorrência e persistência de fragmentos de transgenia (milho Bt evento MON810) em solos agrícolas brasileiros e avaliação de sua comunidade microbiana / Occurrence and persistence of transgenic fragments of Bt maize (event MO810) in agricultural soils Brazilian and evaluation of its microbial community

Beatriz Maria Ferrari 12 February 2015 (has links)
O uso de culturas GM (geneticamente modificadas) tem sido questionado quanto ao destino dos produtos derivados da transgenia no ambiente. Com a liberação de exsudatos das raízes das plantas e a decomposição dos resíduos culturais, aumenta-se a quantidade de DNA transgênico no ambiente, que pode ser adsorvido à superfície ativa das partículas do solo e/ou degradado pela ação de enzimas microbianas. A comunidade microbiana do solo pode entrar em contato direto com estes produtos, aumentando a probabilidade de transferência horizontal de fragmentos de DNA transgênico para os microrganismos. Também, alterações na composição dos exsudatos das plantas GM e mudanças em função das práticas de manejo, podem resultar em alterações na composição funcional e estrutural da comunidade microbiana. Assim, faz-se necessário avaliar a persistência dos produtos derivados da transgenia no solo e seus possíveis efeitos sobre a comunidade microbiana. Os objetivos deste estudo foram: avaliar a persistência dos fragmentos 35S-hsp70, hsp70-cry1Ab e cry1Ab-planta da construção gênica do milho Bt (evento MON810) em diferentes tipos de solo e temperaturas, em condições de microcosmo e de campo; e determinar a abundância do número de cópias dos gene 16S rRNA de Bacteria, Firmicutes, Verrucomicrobria e Archaea, e 18S rRNA de Fungo nas mesmas condições, e avaliar a estrutura da comunidade bacteriana em áreas agrícolas de cultivo de milho Bt. No primeiro estudo, o DNA do milho Bt MON810 foi adicionado em solos arenoso e argiloso. Como controle negativo, apenas água estéril foi misturada ao solo. Amostras de solo foram incubadas a 15 e 25ºC. Em campo, os solos foram amostrados em três áreas agrícolas em Fátima do Sul, MS, em dois anos consecutivos. Após extração de DNA, os fragmentos foram quantificados por qPCR. No segundo estudo, foram determinadas a abundância dos genes 16S rRNA de Bacteria, Firmicutes, Verrucomicrobria e Archaea e 18S rRNA de Fungo e avaliada a estrutura da comunidade bacteriana por T-RLFP. Os resultados mostraram que em condições de microcosmo, os fragmentos hsp70-cry1Ab e cry1Ab-planta persistiram até 291 dias, e o fragmento 35S-hsp70 até 180 dias. A temperatura e o tipo de solo não afetaram a persistência dos fragmentos. Em campo, o número de cópias desses fragmentos foi maior na segunda coleta. No segundo estudo, o número de cópias do gene 16S rRNA de Bacteria aumentou com adição de DNA do milho Bt nos microcosmos, e uma redução do número de cópias foi verificada para Archaea, Verrucomicrobia e Fungo. Para Firmicutes, os resultados não foram consistentes. As temperaturas não resultaram em efeito na abundância dos genes, enquanto o tipo de solo teve efeito apenas para Archaea e Verrucomicrobia. Áreas agrícolas com cinco anos de cultivo de milho Bt apresentaram variações na estrutura da comunidade bacteriana em nível de filo, e maior abundância de Fungos no segundo ano de amostragem, enquanto em área com um ano de cultivo, observouse uma redução da população de Firmicutes e Verrucomicrobia. Os maiores efeitos na comunidade microbiana foram verificados entre os anos de amostragem / The use of GM (genetically modified) crops has been questioned about the fate of transgenes is derived products on the environment. With the release of exudates from roots of GM plants and the decomposition of its residues, the amount of transgenic DNA in the environment increases, which can be adsorbed to the active surface of soil particles and/or be degraded by the action of microbial enzymes. Soil microbial communities can come into direct contact with these products, raising the probability of horizontal transfer of transgenic DNA fragments to soil microorganisms. Moreover, changes in exudates composition of GM plants and changes depending on the management practices may result in structural and functional alterations in the microbial community. Thus, it is necessary to evaluate the persistence of transgenes is derivatives in the soil and effects on microbial community. The objectives of this study were to assess the persistence of fragments 35S-hsp70, hsp70-cry1Ab and cry1Abplant from the genetic construct of Bt corn (event MON810) in different soil types and temperatures, in microcosm and field conditions; and to determine the abundance of 16S rRNA copy number of Bacteria, Firmicutes, Verrucomicrobria and Archaea and 18S rRNA of Fungi under the same conditions, and to evaluate the structure of bacterial communities in agricultural areas of Bt corn cultivation. In the first study, DNA from Bt corn MON810 was added to sandy and clay soils. As negative control, only sterile water was mixed with soil. Soil samples were incubated at 15 and 25°C. At the field, soils were sampled in three agricultural areas in Fátima do Sul, MS, in two consecutive years. After DNA extraction, fragments were quantified by qPCR. In the second study, the abundance of 16S rRNA of Bacteria, Firmicutes, Verrucomicrobria and Archaea and 18S rRNA of Fungi were determined and the structure of bacterial communities was evaluated by T-RFLP. The results showed that in microcosm conditions, hsp70-cry1Ab and cry1Ab-plants fragments persisted until 291 days and the 35S-hsp70 up to 180 days. The temperature and the type of soil did not affect the persistence of fragments. In field, the copy number of these fragments was greater in the second sampling. In the second study, the copy number of 16S rRNA of Bacteria increased with the addition of DNA from Bt corn in microcosm, and a reduction in copy number was observed for Archaea, Verrucomicrobia and Fungi. The results were not consistent for Firmicutes. Temperatures resulted in no effect in gene abundance, while the soil was effective only for Archaea and Verrucomicrobia. Agricultural areas with five years of Bt corn cultivation showed variations in bacterial community structure at the phylum level, and greater abundance of fungi in the second year of sampling, while in the area with a year of cultivation, a reduction in population of Firmicutes and Verrucomicrobia was observed. The largest effects on the microbial community were observed between the sampled years
60

Desenvolvimento de um método de PCR em tempo real para o diagnóstico de rotavírus suíno do grupo A / Development of a real time PCR method for porcine rotavirus group A diagnosis

Elizabeth Cristina Mota Marconi 26 July 2013 (has links)
Os rotavírus são um dos principais agentes causadores de doenças entéricas em várias espécies animais, com ocorrência generalizada na suinocultura do Brasil. O seu diagnóstico é um componente essencial para estudos epidemiológicos e delimitação de medidas profiláticas visando o controle da doença. Apesar da relevância, não existem testes, tais como PCR em tempo real desenvolvido para detectar a diversidade genética de rotavírus suíno do grupo A (RVA). Este trabalho descreve o desenvolvimento de uma PCR em tempo real com SYBR® Green, para a detecção de rotavírus suíno e os seus resultados comparados com a PCR convencional e ELISA. Foram desenhados primers visando o segmento codificador da proteína NSP5 (137pb) e também foram utilizados primers visando o mRNA do gene mitocondrial bovino NADH5 (191pb) para o controle interno exógeno. Amostras de fezes de suínos de até 60 dias de idade de suínos do estado de São Paulo foram usadas para compor um painel de teste. Foram utilizadas como amostras de referencia o isolado 32/00 (controle positivo de rotavírus suíno do grupo A), concentrado de células MDBK (controle positivo do controle interno exógeno) e água tratada com DEPC (controle negativo). A extração do RNA total foi realizado com Trizol a partir de suspensões fecais contendo MDBK e o cDNA foi sintetizado utilizando primers aleatórios e M-MLV. Para as reações de PCR em tempo real utilizou-se o reagente MaximaTM SYBR Green qPCR Master Mix (Fermentas Life Science). Durante a padronização da PCR convencional, a temperatura de 54°C foi definida como a Tm ótima para a reação. O desempenho do ensaio foi validado em sete amostras positivas inicialmente testadas pelos métodos ELISA e PAGE. O isolado viral RV8209 foi utilizado para determinar o limiar de detecção da PCR em tempo real através de diluições seriadas sendo defino como ponto de corte Ct=33,5 (10-12,28TCID50%). O segmento codificador da NSP5 foi clonado no vetor pTZ57R/T submetido a restrição enzimática e usado como alvo para gerar uma curva padrão, onde obteve-se uma eficiência de 93,39%, slope de -3,49 e R2 de 0,993. A detecção do controle interno exógeno mostrou 82,9% de positividade para PCR convencional e 76,31% para a PCR em tempo real, com correlação significativa (0,718). O ensaio de ELISA para RVA apresentou 10,5% (8/78) de positividade, enquanto que as taxas de detecção da PCR em tempo real e PCR convencional foram de 50% (29/58) e 30,1% (24/63), respectivamente. Foi encontrada uma correlação moderada (0,546) entre PCR convencional e PCR em tempo real; baixa (0,056) entre a PCR convencional e ELISA; ausente (0,0) entre a PCR em tempo real e ELISA. Os resultados obtidos sugerem que a detecção por PCR em tempo real para a detecção do rotavírus suíno do grupo A em amostras fecais possa ser utilizada como diagnostico rápido e eficiente aumentando o repertório dos testes já estabelecidos, de modo a proporcionar uma maior sensibilidade para o diagnóstico clínico e epidemiológico. / Rotavirus is one of the main causative agents of enteric diseases in several animal species with widespread occurrence in Brazilian pig farm. Diagnosis is an essential component for epidemiological studies and delineation of prophylactic measures aiming disease control. Despite the relevance, there are no assays such as real-time PCR developed to detect the genetic diversity of porcine rotavirus from group A (RVA). This work describes the development of SYBR Green real-time PCR assay for the detection of porcine rotavirus and the results were compared with conventional PCR and ELISA. Primers were designed targeting the coding segment of the protein NSP5 (137pb) and also primers targeting the bovine mitochondrial gene mRNA NAD5 (191pb) were used for the exogenous internal control. Fecal samples from pigs up to 60 days of age from São Paulo state were used to compose a panel test. The reference sample was the isolate 32/00 (positive control for porcine rotavirus group A), concentrated MDBK cells (Exogenous Internal Positive Control) and DEPC-treated water (negative control). Total RNA extraction from supernatants of fecal samples containing MDBK cells were carried out with TRIzol reagent and cDNA was synthesized using random primers and M-MLV Reverse Transcriptase. For real-time PCR reactions were used MaximaTM SYBR Green qPCR Master Mix (Fermentas Life Science). For conventional PCR optimization, 54oC was defined as the optimum reaction temperature (Tm). The performance of the assay was validated on seven samples initially tested positive by ELISA and PAGE methods. The limit of detection of the developed real-time-PCR assay was determined using serial dilutions of the isolated RV8209 with Ct=33,5 (10-12,28TCID50%). The NSP5 gene segment was cloned into vector pTZ57R/T submitted to enzymatic restriction and used as template to generate a standard curve which Efficiency of 93.39%, slope of -3.49 and R2 □ 0.993. The Exogenous internal control showed 82.9% positivity for conventional PCR and 76.31% for real-time PCR with substantial correlation (0.718). The ELISA assay detected porcine RVA in 10,5% (8/78) of fecal samples, whereas the detection rates of both SYBR Green real-time PCR and conventional PCR assays were 50% (29 of 58) and 30.1% (24 of 63), respectively. A moderate correlation (0.546) was found between conventional PCR and real-time PCR; low (0.056) between the conventional PCR and ELISA; absent (0.0) between the real-time PCR and ELISA. Our findings suggest that detection of Group A porcine rotavirus in fecal samples by use of the real-time PCR assay may be fast and efficient increasing the repertoire of tests established to improve sensitivity for epidemiology and clinical diagnosis.

Page generated in 0.0792 seconds