Des Histoires de passage : en regroupant sous ce titre des extraits de ses diverses proses, Philippe Jaccottet, poète de Suisse romande, né en 1925, souligne lui-même l’importance essentielle que revêt dans son œuvre la notion de passage. Cette recherche se propose de montrer qu’elle porte une thématique, définit une poétique, ouvre sur une ontologie. Dépassant l’opposition entre l’attrait pour les passages libres visibles dans le paysage et l’aversion face à l’obstacle - muraille de la montagne ou de la mort, notamment, qui suscite le vœu d’une magique abolition - la sensibilité de Jaccottet met en œuvre une relation complexe entre ces contraires et révèle une profonde fascination pour le point de passage en soi : le seuil. L’expérience poétique comble ces aspirations puisque qu’en certains « instants privilégiés », elle révèle à « l’autre regard » un monde ouvert et unifié, sans barrières ni hiatus. Elle trouve son accomplissement dans un usage particulier de la métaphore, figure même du passage, qui permet entre les choses une circulation continue. Métamorphose du monde, la poésie s’avère alors liée au sacré : elle « donne sur » « autre chose », est passage ou pressentiment d’un passage vers un au-delà dont la nature ne peut être dite ni philosophique, ni religieuse, ni même à proprement parler mystique. Entraperçu dans l’ici, il reste un inaccessible, un indicible que l’écriture désigne comme tel, ouvrant vers lui une perspective à l’infini. Le passage serait donc dans le passage même, cette ontologie induisant alors une dialectique de la limite et de l’illimité. / By gathering together extracts from his prose writings under the title Des Histoires de passage [Stories of passage], the Swiss-French poet Philippe Jaccottet, born in 1925, highlights the vital importance of the notion of passage in his work. This research proposes to demonstrate that this notion expresses a set of themes, defines a poetic theory and offers an ontological analysis. Reaching beyond the contrast between an attraction to visible passageways in a landscape and an aversion to obstacles [such as a steep mountainside or death, which inspire hope for a « magical » eradication], Jaccottet’s sensibility develops a complex interplay between these conflicting concepts and reveals a profound fascination for the point of passage itself : the threshold. Poetic experience gratifies such aspirations, since at certain « privileged » moments it reveals to the poet’s « other vision » a world that is open and unified, without barriers or hiatuses. This is achieved here through a particular use of metaphor, itself an active participant in the passage, which allows for a continuous circulation between elements. As a metamorphosis of the world, poetry reveals its connection to the sacred : it « gives onto » « something else » ; it is a pathway, or envisioned pathway, towards a « beyond » which cannot be defined as philosophical, religious, or even, strictly speaking, mystical. Glimpsed in the here and now, the beyond remains inaccessible and indescribable, identified as such through writing, which opens up towards it an infinite vista. The passage is thus within the passage itself, constituting an ontology that leads to a dialectic of limits and the unlimited.

L'épistasie a longtemps été négligée, mais aujourd'hui elle connait un regain d'intérêt avec le développement du séquençage haut-débit et des études d'association pangénomique (GWAS). Elle est quasi-omniprésente, ayant été détectée sur de nombreux traits et chez de nombreuses espèces. Elle joue un rôle important d'un point de vue évolutif, puisqu'elle est à l'origine d'incompatibilités de Dobzhansky-Müller, expliquant l'isolement reproductif entre lignées apparentées. Par ailleurs, chez les polyploïdes à héritabilité disomique (essentiellement des allopolyploïdes), elle peut permettre de fixer l'hétérosis. L'objectif de cette thèse a été d'étudier l'épistasie dans ce contexte évolutif. Le matériel d'étude a été une population à base génétique large d'une espèce autogame allopolyploïde, le blé dur (Triticum turgidum), possédant deux génomes : le génome A et le génome B. Cette population a été constituée à partir de différents taxons : blé dur (T. t. durum), amidonnier domestique (T. t. dicoccum) et amidonnier sauvage (T. t. dicoccoides). Il est donc possible qu'elle présente des combinaisons de gènes coadaptées, et donc de l'épistasie générant des incompatibilités de Dobzhansky-Müller.Une première partie présente différents modèles permettant d'estimer l'épistasie. Ces modèles ont des inconvénients et des avantages, qui dépendent de l'objectif que l'on s'est fixé. Dans une deuxième partie, nous avons utilisé l'un de ces modèles sur des données de RNA-seq (données d'expression et de génotypage) de la population de blé dur, afin de détecter des effets régulateurs de l'expression, et notamment de l'épistasie entre gènes homéologues. Cette analyse est une première pour le blé dur et probablement pour les espèces polyploïdes. Nous n'avons presque pas détecté d'épistasie de premier ordre, mais des interactions avec le fond génétique ont été observées. Nous avons trouvé plus d'eQTL sur le génome B que sur le génome A, ce qui est peut-être dû au fait que les ancêtres diploïdes du blé dur n'avaient pas le même régime de reproduction. Par ailleurs, nous avons montré que les niveaux d'expression des gènes homéologues étaient très fréquemment (80%) corrélés de manière positive, ce qui indique que les gènes homéologues appartiennent fréquemment aux mêmes complexes de gènes corégulés. Enfin, les régulations trans sont plus fréquentes au sein des paires de gènes d'homéologues, ce qui corrobore également l'idée que les gènes homéologues appartiennent aux mêmes réseaux de gènes. Dans une troisième partie, le rôle évolutif de l'épistasie a été examiné. D'abord, nous avons montré comment l'épistasie influençait la covariance parents-enfants, et donc l'évolution à courts termes d'une population. Ensuite, nous avons étudié l'impact d'un type particulier d'épistasie (celui à l'origine des d'incompatibilités de Dobzhansky-Müller, présentant des combinaisons de gènes coadaptés) sur l'évolution d'une population soumise à de la sélection par troncation (comme dans les populations de pre-breeding), à l'aide d'un modèle haploïde bilocus, en fonction du taux de recombinaison et de l'intensité de la sélection. Nous avons montré que si le génotype optimal n'est pas présent dans la population initiale, un fort taux de recombinaison risque de mener à la fixation du génotype sous-optimal. Néanmoins, un peu de recombinaison est nécessaire pour créer ce génotype optimal et le fixer.En perspectives, nous proposons d'adopter une méthode basée sur les réseaux de gènes pour approfondir les mécanismes de la régulation de l'expression chez le blé dur. Nous proposons également de complexifier le modèle permettant d'étudier l'effet de la recombinaison sur l'évolution d'un trait épistatique, sélectionné par troncation, et de compléter ces travaux de modélisation par des études expérimentales. / Epistasis has long been neglected, but it is currently subject to a renewed interest with the development of high-throughput sequencing technologies and of genome-wide association studies (GWAS). It is virtually ubiquitous, having been detected on many traits and in many species. It plays an important evolutionary role, since it is one of the sources of Dobzhansky-Muller incompatibilities, explaining reproductive isolation between related lineages. Moreover, it can enable to fix heterosis in disomic polyploids (mostly allopolyploids). The objective of this thesis was to study epistasis in this evolutionary context. The study material was a broad genetic basis population of a self-pollinating allopolyploid species, durum wheat (Triticum turgidum), having two genomes: A and B genomes. This population was composed from different taxa: durum wheat (T. t. durum), domestic emmer (T. t. dicoccum) and wild emmer (T. t. dicoccoides). Therefore, there are probably combinations of coadapted genes in this population, and thus epistasis generating Dobzhansky-Muller incompatibilities.The first part presents different models to estimate epistasis. These models have advantages and drawbacks, depending on the overall objective. In a second part, we used one of these models on RNA-seq data (expression and genotyping data) of the population of durum wheat to detect regulatory effects of expression, including epistasis between homoelogous genes. This analysis is unique in durum wheat, and probably in polyploid species. We did not detect first-order epistasis, but interactions with genetic background were observed. We found more eQTL on the B genome than on the A genome, which may be due to the fact that the diploid progenitors of durum wheat did not have the same mating system. Furthermore, we showed that the expression levels of homoelogous genes were frequently (80%) positively correlated, indicating that homoelogous genes often belong to the same complex of coregulated genes. Finally, trans regulations are more common among pairs of homoelogous genes, which also supports the idea that homoelogous genes belong to the same gene networks. In the third part, the evolving role of epistasis was examined. First, we showed how epistasis influences the parent-offspring covariance, and thus the short-term evolution of a population. Then we studied the impact of a particular type of epistasis (the one which can generate Dobzhansky-Muller incompatibilities, with combinations of co-adapted genes) on the evolution of a population subjected to truncation selection (as in pre-breeding populations), using a haploid bilocus model, based on the recombination rate and selection intensity. We have shown that if the optimal genotype is not present in the initial population, a high rate of recombination may lead to the fixation of the sub-optimal genotype. However, some recombination is needed to create this optimal genotype and fix it.In perspective, we propose to adopt a network-based method to further the regulation mechanisms of expression in durum wheat. We also propose to make the model more complex, in order to study the effect of recombination on the evolution of an epistatic trait selected by truncation, and complete these modelling works by experimental studies.

L’oasis de Kharga, est située au cœur du Sahara oriental, l’occupation humaine de cette région est strictement corrélée à un facteur limitant : l’eau, dont la présence ancienne est perceptible à travers des formes géomorphologiques telles que les playas et les sources artésiennes fossiles. Les données étudiées dans le cadre de cette recherche doctorale ont été rassemblées au cours de dix années de recherches dans le cadre de la mission archéologique de Douch (IFAO). La prospection systématique a permis de dresser la carte archéologique de ce territoire et mis en évidence plus de 84 sites composés de 359 ensembles attribués à la Préhistoire récente. Fouilles stratigraphiques, sondages et collectes de surface ont livré un matériel dont l’étude est au cœur de notre recherche. L’analyse est ici guidée par plusieurs axes de réflexion. Établir les jalons d’une périodisation des installations humaines par la caractérisation et l’étude comparative des assemblages archéologiques axée sur les industries lithiques taillées s’avère un préalable nécessaire. Un programme de datation radiocarbone permet d’esquisser les contours d’une chronologie absolue pour cette séquence culturelle. Sur cette base, il devient possible de saisir l’articulation diachronique qui s’opère entre les installations humaines et les différentes formes de paysage reflétant des stratégies d’occupation du territoire adaptatives. Cette approche permet de questionner la singularité de l’oasis dans les scénarios de mobilité et de dynamiques de peuplement à l’échelle macro-régionale dans une période marquée par des phénomènes de transition majeurs tant climatiques que techno-économiques. / Kharga oasis is located in the heart of the eastern Sahara. In this region, human occupation is linked to a limiting factor: water, whom former presence is attested by geomorphological forms as playas and artesian fossil springs. The data studied here were gathered in the course of 10 years of fieldwork during the Douch archaeological mission (IFAO). A systematic survey permitted to draw the archaeological map of this area and revealed 84 sites including 359 clusters attributed to Holocene Prehistory. The archaeological material coming from stratigraphic excavations, tests and collections serve as a basis for our work. The analyse is guided by several lines of thought. Establishing the archaeological sequence thanks to lithic industries and radiocarbon dating is the first step. It is then possible to understand the relationship between landscape, environment and human occupation’s strategies. This approach allows us to question the place of Kharga at a regional scale during times of technologic, economic and climatic change.

« Paysage » : un même mot recouvre aujourd’hui deux concepts distincts. Un paysage est une image (picturale, graphique, photographique, cinématographique, etc.) représentant une portion de territoire ; mais c’est aussi une portion de territoire réel dans le monde qui nous entoure, celle-là même qui peut faire l’objet d’une représentation imagée. Pour autant, le paysage n’est pas un simple environnement, mais un environnement d’un certain type, susceptible de donner lieu à une expérience esthétique distincte de celle d’un jardin, d’une forêt ou d’un bâtiment par exemple. Pour s’en tenir à un contexte culturel occidental, on constate que, bien que les paysages occupent une place importante dans l’expérience esthétique en général, ils ne sont guère mis en valeur dans la philosophie esthétique, qui tend souvent à les ignorer pour se consacrer exclusivement à l’art et aux œuvres d’art, ou bien à les méconnaître en les réduisant à autre chose – représentations artistiques ou simples environnements naturels. Dans cette thèse, on propose une réflexion de philosophie esthétique sur les paysages réels, en s’appuyant sur l’analyse approfondie de paysages particuliers, traités tantôt comme exemples illustratifs, tantôt comme véritables cas d’étude. Après avoir défini un concept autonome de paysage réel, distinct à la fois des paysages représentés et des simples environnements physiques, on s’interroge sur les conditions de l’identification de paysages particuliers. On s’appuie pour cela sur une série de paysages situés dans le pays qu’il est d’usage, outremonts, d'appeler « il Bel Paese », « le Beau Pays ». / “Landscape”: one same word, but two distinct concepts. A landscape is a (graphic, pictorial, photographic, cinematographic, etc.) picture, that represents an expanse of land; but it also is an expanse of real land in the world around us – precisely that one that can be represented in a picture. Nonetheless, landscape is not just a mere environment, but a certain type of environment, likely to produce an aesthetic experience distinct from that of a garden, a forest or a building for example. From the point of view of occidental cultures, one can observe that, although real landscapes play an important part in the general aesthetic experience, they are not much valued by aesthetic philosophy, that tends either to ignore them in the exclusive favor of art and works of art, or to misunderstand them by reducing them to something else – artistic representations or mere natural environments. This thesis intends to offer an aesthetic reflection on real landscapes, based on a deepened analysis of a series of particular landscapes taken either as mere illustrations or as specific case studies. Once an autonomous concept of real landscape has been defined, we question the conditions of identification of particular landscapes, using a series of landscapes situated in that country commonly referred, beyond the Alps, as “il Bel Paese”, “the Beautiful Land”.

Cette étude se propose d’analyser les relations entre le paysage, l’écriture et l’image dans les romans de Jane Urquhart afin de rendre compte des enjeux politiques et esthétiques des interrogations qui sous-tendent l’écriture paysagère dans son œuvre. En mettant en scène différentes manières de voir, de regarder et d’appréhender l’environnement, la romancière fait perdre son caractère d’évidence au paysage, défini comme une vue que le regard du spectateur embrasse. En effet, chez Urquhart, il n’y a pas du paysage, mais des paysages, le texte travaillant les cadres intertextuels et interpicturaux pour faire jouer les écarts entre les différentes formes que peut prendre le paysage. Il ne convoque pas l’image pour dire le paysage, mais pour mettre en lumière les limites de sa définition visuelle et esthétique. Ceci nous invite donc à repenser le lien entre visibilité et paysage. Refuser de dire le paysage par le biais de l’effet-tableau et de l’ekphrasis paysagère pour mieux le dissocier de sa définition picturale permet à Urquhart de réfléchir au rapport analogique entre le faire de l’image et l’épreuve paysagère. L’effacement du visible, par lequel le texte cherche à détacher le paysage et l’image de leur définition aspectuelle, est ainsi une problématique d’écriture. Si, dans tous les romans d’Urquhart, la langue s’affronte à un espace, ce qu’elle cherche à en dire et à mettre en œuvre varie. On peut rendre compte de cet infléchissement en faisant jouer l’ambivalence de l’expression « l’épreuve de l’écriture », expression dans laquelle l’écriture est à la fois matière et sujet. / This dissertation proposes to analyze the relations between landscape, images and text in the novels by Jane Urquhart in order to shed light on the political and aesthetic interrogations underlying her landscape writing. As Urquhart dramatizes different ways of seeing, representing and experiencing landscape, the very term no longer appears self-evident, which may prompt the reader to prefer the plural form: landscapes. Indeed, the interplay between the intertextual and interpictorial frames the novelist draws upon and displaces becomes a field of investigation. She does not conjure up the pictorial image to better describe landscape, but rather to probe the limits of its visual and aesthetic definition as “a view or prospect of natural scenery.” By doing so, she reconsiders the relation between visibility and landscape. Refusing to write about the latter through “painting-effects” or ekphrasis, she reflects upon the analogy between the efficacy of images and landscape as an event in the course of which the beholder is affected by his/her surroundings. The erasure of the visible provides her with a device to dissociate both the pictorial images and landscape from aspectual apprehension. While in each of her novels language is confronted with the challenge of representing space, one may read them as a series of reconfigurations which can be accounted for by considering what the text does in relation to landscape.

Cette recherche aborde la question du rôle de médiateurs que nous attribuons aux choses dans notre dialogue avec le passé. Elle vise à retracer, en fonction des idéologies propres à chaque époque, l’évolution du statut des objets “repris” à la mer par les habitants des côtes. Si les images sous-Marines font partie de notre quotidien, il n’y a pas si longtemps, l’océan était un domaine insondable, auquel on ne se mesurait pas sans crainte. De ce fait, la récupération de la “laisse de mer”, qui paraît pourtant être une composante essentielle des échanges entre les hommes et le milieu océanique, génère un certain malaise car elle relève d’une “économie de la prise” étrangère à l’idéal qui structure l’univers domestique. Le trouble est encore renforcé par une « culture macabre » prégnante dans la région (que les naufrages contribuent à alimenter). Mais le rapport tend pourtant maintenant à s'inverser et ce serait l’homme qui représenterait une menace pour l’océan. La création d’une Aire marine protégée participe d’un système global d’organisation des rapports à l’espace et au temps, dans lequel la patrimonialisation des épaves s’insère parfaitement. L’enquête révèle que l’inscription de la mémoire dans l’espace public se répercute dans la sphère privée, via la mise en scène de leur mémoire personnelle par les individus. À mi chemin entre “trophées” et “reliques”, les souvenirs collectés en plongée reflètent l’influence de mécanismes d’identification au groupe, aux lieux, à leur histoire, plus ou moins conscients. Sans nier l’ambiguïté de ces formes multiples d’intervention sur le passé, la recherche entend insister sur les ressorts affectifs des comportements observés. / This research investigates the tendency we have to use things as mediators in our dealing with the past. It aims at drawing the evolution of the status of the things taken back from the sea by inhabitants of coastal areas. Underwater pictures may have become part of our daily life, but not long ago the ocean was still considered as the realm of the unknown, a reality that people didn’t challenge fearlessly. To pick up what stand as foreshore, which seemed nevertheless to play a fundamental part in the interactions between human societies and the ocean, induces a certain unease, for this practise depends on an “economy of salvage” which is at odds with domestic life. This trouble is strenghten by a “culture macabre” which pervades the atmosphere in traditional Brittany (partly fostered by castaways). Still, nowadays the balance seems to be likely to reverse, and it is man who appears as being a threat hanging over the Ocean. The creation of a rotected Marine Area in western Finistere is part of a global system aimed at managing time and space, including patrimonialization of shipwrecks. The inquiry shows that the engraving of memory in public areas echoes with the exhibition of individual memory in privacy. Between “trophies” and “relics”, the souvenirs salvaged by divers reveal the strenght of mechanisms of identification to the group, to places and to their history. These mechanisms are not always conscious. We shall not deny the ambiguity of such process of reinventing the past but this study intends to highlight the emotional affects observed on the ground.

La ville de Đà Lạt se préparait aux grandes périodes de transformation pour devenir une magnifique ville de système de parcs à l’époque coloniale française. Mais actuellement, l’urbanisation et la mutation de l’agriculture amènent de forts changements dans le paysage de la ville. Il est nécessaire d’analyser l’évolution de la transformation du paysage de la ville sous l’interaction de l’agriculture et de la mutation urbaine entre trois époques, celle de l’époque coloniale française, celles des époques d’avant et d’après le Đổi Mới de 1986. Sous l’impact des différents acteurs et des stratégies du gouvernement actuel, Đà Lạt se développe comme une ville socialiste vietnamienne et multifonctionnelle. On n’est plus dans l’idée première d’une ville de villégiature et de système de parcs. Dalat suit les influences d’urbanisation comme les autres villes du Vietnam et a tendance à perdre la caractéristique de sanatorium d’altitude. Elle ne retrouvera sa qualité que grâce à une orientation dans le développement durable, tout en connectant les espaces d’agricultures, les espaces urbains et les espaces paysagers. Ainsi, Dalat peut à nouveau se mettre en valeur comme une véritable ville de système de parcs. / The city of Đà Lạt was being transformed to be a magnificent city with a system of parks since the French colonial period. But in fact, the urbanization and the mutation of agriculture cause a great change of the city’s landscape. It is necessary to analyze the evolution of the transformation of the landscape regarding to the interaction of agriculture and the urban mutation in three periods, those are the period of French colonial, the period of Vietnam Republic and the period of Renovation ( Đổi Mới) since 1986. Through many activities of different strategies by the present authority, Đà Lạt is developing as a socialist and multifunctional city. People no longer think of Đà Lạt as a resort with a system of parks as before. The city is being influenced by the urbanization as other cities in Vietnam and losing her characteristic of an altitude resort. The city has not found her own orientation from quality grace in durable development, all together is connected with the space of agriculture, the space of urban and the space of landscape. Therefore Đà Lạt would be able to be regarded as a valuable city with a system of parks.

Cette étude porte sur la poétique du paysage dans les œuvres de J.-M.G. Le Clézio. Elle s’inspire essentiellement de la critique phénoménologique et de la critique thématique, en considérant la relation au paysage comme une expérience perceptive et comme une expérience imaginaire. Le paysage comme expérience terrestre est lié à la perception, à la sensation et à l’émotion des personnages. Il se dévoile par le mouvement dans l’espace et constitue des topoï. Le paysage urbain contraste avec le paysage naturel pour présenter une pensée de la modernité. Le paysage comme construction imaginaire renvoie à la conscience, à la mémoire, à la contemplation et à la rêverie. Il s’associe à la pensée primitive, à la pensée mythique et à la pensée animiste. La description du paysage possède des fonctions diégétiques et sémiotiques et elle participe de manières différentes à la narration. La géographie et l’art pictural influencent la présentation du paysage leclézien. Les signes différents collaborent pour créer une tension entre la fiction et la réalité, entre le lisible et le visible. L’écrivain est toujours à la recherche d’un art total et accompli. Rendant le récit « poétique » et « géopoétique », la figuration du paysage sert à mettre en évidence une harmonie cosmique et un équilibre artistique dans les œuvres lecléziennes. / This study focuses on the poetic of landscape in the works of J.-M.G. Le Clézio. Its theoretical foundation lays on phenomenological critique and thematic criticism, which views the landscape as a perceptual experience and an imaginary experience. Landscape, as an “experience on earth”, demonstrates the perception, sensation and emotion of the characters in his literature. It is revealed by spacial movements and certain topoi. The writer compares the urban landscape with the natural landscape to present a thought of modernity. As an imaginary experience, the landscape is associated with consciousness, memory, contemplation and reverie, which reflect the primitive thought, mythical thought and animistic thought of the writer. The description of landscape bears both diegetic and semiotic functions. It participates the narration in various ways. Futhermore, geographical ideas and pictorial arts also influence the presentation of Le Clézio’s landscape. From subtle signals in his works, we can find a tension between fiction and reality. The writer seeks for an accomplished art, creating a cosmic harmony and an artistic balance through the presentation of landscape.

Cette étude est focalisé sur le Sud de la Chaîne Centrale de Taïwan, située à la transition entre la subduction et la collision arc-continent. La déformation du Sud de l'île est caractérisée par deux domaines distincts structuralement: une unité à vergence Ouest définie autour des plus hauts sommets, et une unité à vergence Est observée dans les vallées de l'Est. Les unités sont bordées par de grandes zones de cisaillement inclinées vers l'Ouest qui indiquent une phase d'extension tardive réactivant des décrochements senestres plus anciens. Le résultat des datations par traces de fission (TF) sur zircon le long d'un profil vertical révèlent un début de refroidissement à 7.2 Ma un taux minimum de 21°C/Ma, suivi d'une accélération de l'exhumation d'un ordre de grandeur après 3.2 Ma et d'une augmentation du gradient géothermique de ~41°C/km à 65°C/km. Les TF sur zircon et apatite détritiques des sédiments syn-orogéniques Plio-Pléistocène de l'avant-pays occidental suggèrent l'exhumation de la couverture à l'Ouest de la chaîne caractérisée par des âges similaires à ceux trouvés dans l'intérieur de la chaîne. L'analyse géomorphologique au Sud de la Chaîne Centrale révèle l'existence de zones à faible relief à hautes altitudes, à l'aplomb de la ligne de partage des eaux actuelle et cœur métamorphique. Des considérations morphologiques et climatiques indiquent une origine probablement glaciaire pour ces surfaces. La coïncidence spatiale entre les surfaces de faibles reliefs et la position du cœur métamorphique suggère le rôle potentiel des glaciations lors de l'exhumation récente du cœur de la chaîne à Taïwan, et probablement dans d'autres chaines à basses latitudes. / The present study focuses on the southern Taiwan Central Range, located at the transition between subduction and arc-continent collision. Field-work and structural analysis shows that deformation in the southern Central Range presents two major and distinct structural domains: a west-verging structural unit roughly limited to the western divide, and an east-verging unit, covering most of the eastern divide. The structural units are limited by a steeply west-dipping shear zones displaying a dominant late stage normal faulting and an early strike-slip faulting stage. Zircon fission track dating (FT) along a vertically sampled profile reveal onset of cooling at 7.2 Ma at a minimum rate of 21°C/m.y., followed by an order of magnitude acceleration of exhumation after ca. 3.2 Ma and increase of geothermal gradients from ~41°C/km to 65°C/km. Detrital zircon and apatite FT derived from Plio-Pleistocene sediments from the southwestern foreland basin display the erosion of the western divide cover rocks with ages similar to the early phase seen in the hinterland. Geomorphic analysis of the southern Central Range reveals the existence of low relief at high altitudes, located along the drainage divide and locally on top of the metamorphic core. Morphological and climatic considerations indicate the likely glacial origin of these surfaces. The spatial coincidence of the southernmost low-relief surfaces with the southernmost exposure of the metamorphic core at the main divide suggest a potential role of glaciations in the recent exhumation of the metamorphic core in Taiwan, and probably in other low-latitude orogens.

L'intensification de l'agriculture a amélioré de façon considérable la production alimentaire ces dernières cinquante années mais elle s'est accompagnée d'un impact croissant sur l'environnement. En particulier, la modernisation de l'agriculture a impliqué une simplification de la structure des paysages agricoles rendant nos agro-ecosystèmes plus sensibles au risque épidémique. L'utilisation de la diversité génétique des cultures est une solution prometteuse pour réduire le risque d'occurrence et de propagation des maladies des cultures. Elle nécessite cependant une gestion collective des espaces agricoles. En conséquences, l'échelle d'étude ne doit plus se focaliser sur la parcelle mais sur le paysage. Dans cette thèse, nous nous interessons aux processus se déroulant à l'échelle du paysage et au rôle de la diversité des plantes cultivées pour le contrôle des épidémies. Nous avons identifié trois questions: comment les populations pathogènes se propagent-elles dans un paysage d'hôtes hétérogène ? Comment les différents génotypes composant la population pathogène entrent-ils en compétition au sein d'une population hôte diversifiée ? et, à plus long terme, comment les populations pathogènes évoluent-elles en réponse à la structure des populations hôtes ? Chacune de ces questions a été approfondie grâce à l'analyse de données obtenues en condition de production mais aussi par des approches théoriques. Nous avons montré que la composition et la structure spatiale des populations hôtes influence fortement la population pathogène. Cependant, les recommandations que peut fournir ce travail pour gérer la diversité génétique dépendent de l'objectif visé. / Agriculture intensification has improved food production impressively in the past 50 years but this came with an increasing impact on the environment. In particular, modern agriculture has led to the simplification of the environmental structure over vast areas. As a consequence, agro-ecosystems are particularly susceptible to epidemics. The increase of crop genetic diversity is a promising way for reducing the risk of occurrence and development of diseases in crops but the technical and organisational conditions required to manage the genetic resources at this scale have not been established yet. This will require shifting the scale of crop protection investigations from the field to the agricultural landscape. In this PhD thesis we focus on landscape-scale processes and on the potential role of functional diversity in cultivated landscapes to better control plant diseases. We identified three questions: how does a pathogen population spread over a heterogeneous host landscape? How do pathogen genotypes compete in a diversified host population? And, in a longer term, how do pathogen populations evolve in response to host landscape structure? Each of these questions is investigated through the analysis of real data and the development of theoretical approaches. We demonstrate that the composition and the spatial structure of the host landscape greatly influence the pathogen population dynamics and evolution. The recommendations that this work could provide in order to practically manage the genetic resources will depend on the desired aim and will request further collaborative work withthe professional operators.