En dépit du nombre croissant d’études cliniques sur le canal artériel (CA), des failles méthodologiques entretiennent plusieurs incertitudes concernant l’efficacité et la sécurité des traitements chez les bébés nés prématurés. L’objectif de cette recherche était de comparer les concentrations de prostaglandine E2 (PGE2) et les mesures du flux mésentérique par échographie Doppler chez les enfants nés prématurément et ayant un canal artériel traité à l’ibuprofène par voie intraveineuse ou entérale, en utilisant la méthodologie randomisée contrôlée et à double insu. Dans notre étude pilote, 20 nouveau-nés prématurés de moins de 34 semaines ayant un CA symptomatique confirmé par échocardiographie, furent randomisés au traitement à l’ibuprofène par voie intraveineuse ou entérale. La voie d’administration fut maintenue à l’insu de l’équipe traitante, des cardiologues et des investigateurs. Des dosages des prostaglandines plasmatiques ont été mesurés avant le début du traitement ainsi que 3, 24 et 48 h après le début du traitement. Les mesures du flux mésentérique ont été effectuées avant le traitement à l’ibuprofène ainsi que 1 h et 3 h après le traitement. Nous avons démontré à partir de nos observations que les niveaux plasmatiques de prostaglandines E2 diminuent chez les patients ayant répondu au traitement à l’ibuprofène, indépendamment de la voie d’administration. Nous n’avons pas observé de changement dans l’évolution des dosages de PGE2 chez les patients qui n’ont pas répondu au traitement. Les paramètres mesurés par échographie Doppler au niveau de l’artère mésentérique supérieure n’étaient pas affectés par la voie d’administration du traitement à l’ibuprofène, intraveineuse ou entérale. La présente étude suggère ainsi que le traitement du CA par ibuprofène intraveineux ou entéral n’influe pas sur le flux sanguin mesuré par échographie Doppler. La baisse de la prostaglandine E2 coïncide avec la fermeture du CA, et son dosage pourrait jouer un rôle dans la gestion du traitement. Nous avons démontré la faisabilité d’une étude clinique randomisée à double insu dans le traitement du canal artériel; une méthodologie qui devrait désormait être employé dans la recherche clinique sur les traitements de la persistance du CA. / Despite the growing body of research on the patent ductus arteriosus (PDA), issues with clinical research methodology impairs much of our understanding regarding treatment efficacy and safety in the preterm population. The purpose of this study was to determine plasma prostaglandin E2 (PGE2) concentrations in preterm infants with symptomatic persistence of the ductus arteriosus treated with IV and oral ibuprofen, and measure Doppler flow parameters in the superior mesenteric artery, utilizing randomized controlled and double-blind methodology. Twenty patients age < 34 wks with a symptomatic PDA confirmed by echocardiography randomized to oral vs intravenous ibuprofen regimen. Treating physician, cardiologists and study investigators were blinded to treatment allocation. Plasma PGE2 levels were measured prior to ibuprofen treatment and at 3, 24 and 48 h after treatment. Mesenteric Doppler measurements were taken prior to ibuprofen treatment, and 1 h and 3 h after treatment. Our results showed that plasma PGE2 levels decreased over time in patients that exhibited ductal closure after IV or oral ibuprofen treatment; no time-dependent changes in PGE2 were seen in subjects that failed to respond to ibuprofen. Superior mesenteric artery Doppler flow measurements were not affected by ibuprofen treatment (IV or oral), regardless of efficacy on ductal closure and of PGE2 changes. We conclude that treatment with oral or intravenous ibuprofen does not impact on superior mesenteric artery blood flow measured by Doppler ultrasound. Decreases in plasma PGE2 concentrations coincide with ibuprofen efficacy, and may be more cost-effective to monitor than ultrasound. This study also demonstrated the successful use of double blinded randomized controlled research methodology, which should be more strictly applied in future clinical research on PDA treatment.

On s’intéresse aux impacts des pesticides sur la microflore des plantes surtout dans le contexte des légumes contaminés par des agents pathogènes. Le but de cette étude est d'évaluer l'impact de certains pesticides sur la persistance de micro-organismes indicateurs et pathogènes. En laboratoire, la persistance d’E. coli et de Salmonella en présence de quatre pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF, Serenade MAX) a été étudiée. Les plaques de Pétrifilm et le milieu sélectif XLD sont utilisés pour énumérer les populations d’E. coli et de Salmonella. Il a été démontré que le Serenade MAX favorisait la croissance microbienne, le Bioprotec CAF et le Ripcord 400EC soutenaient la survie microbienne et le Copper 53W inhibait la croissance, à la fois d’E. coli et de Salmonella. En conditions terrain, Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF ont été étudiés sur une culture de brocoli irriguée avec de l'eau expérimentalement contaminée par E. coli. Dans tous les traitements, un impact de l’irrigation a été observé sur les populations de levures et de moisissures (diminution) et les bactéries aérobies totales (augmentation). Une prévalence supérieure d’E. coli a été observée dans les parcelles traitées avec le Bioprotec CAF comparativement aux traitements au Copper 53W, ce qui est en accord avec les résultats observés lors de l'essai en laboratoire. Cependant, l'analyse statistique n'a montré aucune différence significative entre les traitements appliqués. Les effets directs des pesticides sur les micro-organismes sont confirmés dans des conditions de laboratoire mais demeurent méconnus dans les conditions expérimentales au champ. / There is a concern about the impact of pesticide on plant microflora, especially in the context of vegetables contaminated with pathogens. The aim of this study was to evaluate the impact of various pesticides on indicator and pathogenic microorganisms’ persistence. In laboratory, survival of E. coli and Salmonella in four pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF, Serenade MAX) was evaluated. Petrifilm count plates and XLD agar were used to enumerate E. coli and Salmonella counts. Results showed a direct effect of various pesticides on microorganisms: Serenade MAX promoted microbial growth; Bioprotec CAF and Ripcord 400EC supported microbial survival; and Copper 53W inhibited both E. coli and Salmonella growth. In field conditions, three pesticides (Ripcord 400EC, Copper 53W, Bioprotec CAF) were studied on broccoli irrigated with E. coli - contaminated water. Broccoli samples were analyzed to determine E. coli, mold and yeast, and total aerobic counts. Irrigation resulted in mold and yeast counts decline but aerobic bacteria populations increased slightly in all treatments. Higher E. coli prevalence in Bioprotec CAF treatments compared to Copper 53W treatments was consistent with results observed during the laboratory assay. However, statistical analysis showed no significant difference between treatments. The direct effect of pesticides on microorganisms under laboratory conditions was demonstrated but it is still unclear under experimental field conditions.

Aujourd'hui la sauvegarde des données est une solution indispensable pour éviter de les perdre. Plusieurs méthodes et stratégies de sauvegarde existent et utilisent différents types de support. Les méthodes de sauvegarde les plus efficaces exigent souvent des frais d'abonnement au service liés aux coûts du matériel et de l'administration investis par les fournisseurs. Le grand succès des réseaux P2P et des applications de partage de fichiers a rendu ces réseaux exploitables par un grand nombre d'applications surtout avec la possibilité de partager les ressources des utilisateurs entre eux. Les limites des solutions de sauvegarde classiques qui ne permettent pas le passage à l'échelle ont rendu les réseaux P2P intéressants pour les applications de sauvegarde. L'instabilité dans les réseaux P2P due au taux élevé de mouvement des pairs, rend la communication entre les pairs très difficile. Dans le contexte de la sauvegarde, la communication entre les nœuds est indispensable, ce qui exige une grande organisation dans le réseau. D'autre part, la persistance des données sauvegardées dans le réseau reste un grand défi car la sauvegarde n'a aucun intérêt si les données sauvegardées sont perdues et que la restauration devient impossible. L'objectif de notre thèse est d'améliorer l'organisation des sauvegardes dans les réseaux P2P et de garantir la persistance des données sauvegardées. Nous avons donc élaboré une approche de planification qui permet aux nœuds de s'organiser dans le but de mieux communiquer entre eux. D'autre part, pour garantir la persistance des données sauvegardées, nous avons proposé une approche de calcul probabiliste qui permet de déterminer, selon les variations dans le système, le nombre de répliques nécessaire pour qu'au moins une copie persiste dans le système après un certain temps défini. Nos approches ont été implémentées dans une application de sauvegarde P2P.

Au cours du développement du cancer, la migration des cellules cancéreuse en 3D joue un rôle essentiel dans le processus de dissémination des métastases. L’étude de la migration cellulaire dans des matrices 3D ainsi que les conséquences induites sur cette matrice sont actuellement étudiées par plusieurs équipes de recherche. Notamment, la réorganisation de la matrice extracellulaire et plus précisément les déplacements des fibres de la matrice induits par les forces que la cellule exerce sont des études en plein essor. Nous avons étudié comment les cellules cancéreuses migrent dans des gels 3D en utilisant du collagène et de la fibronectine pour mimer la matrice extracellulaire des tissus. Nous avons utilisé un microscope confocal afin de visualiser le cytosquelette d’actine des cellules en fluorescence et les fibres de collagène en réflexion. Dans ce travail,nous avons utilisé différentes concentrations de collagène et des lignées cellulaires d’invasivités différentes. A partir des films 3D obtenus en microscopie, nous avons déterminé la vitesse et la persistance des cellules cancéreuses en fonction de leur invasivité et de la concentration de collagène. La vitesse augmente avec l’invasivité cellulaire et diminue avec l’augmentation de la concentration en collagène. La persistance ne dépend que de la concentration en collagène et décroit avec celle-ci. Nous avons également calculé les champs de déplacement des fibres de collagène à l’aide d’un programme de corrélation de volume. Nous avons pu étudier ces champs de déplacement en fonction du type de migration de la cellule, de l’invasivité cellulaire et de la concentration en collagène des gels. Nous avons montré que les normes de vecteurs de déplacement augmentent avec l’invasivité cellulaire et diminuent avec l’augmentation de concentration en collagène. Enfin, ces champs de déplacement nous ont permis de déterminer les étapes des migrations mésenchymateuse et amiboïde en 3D. Nous avons découvert 5 étapes pour la migration mésenchymateuse correspondant au repos de la cellule, à la création d’une extension membranaire, à l’adhésion de la cellule aux fibres, au détachement de l’arrière du corps cellulaire afin de permettre à la cellule de migrer et à la dissolution de l’adhésion cellule/fibre. 4 étapes ont été déterminées pour la migration amiboïde et correspondent au repos de la cellule, à la création d’une extension membranaire, au déplacement de la cellule en poussant sur son environnement et à la rotation de la cellule. Ces étapes associées à des champs de déplacement sont en accord avec la littérature et nous avons pu mettre en évidence de nouvelles étapes comme la rotation de la cellule dans la migration amiboïde.Ces résultats permettent de mieux comprendre comment se déroule la migration des cellules cancéreuses dans une matrice extracellulaire. / 3D migration of cancer cells plays an essential role in the dissemination of cells during metastasisin cancer. The behavior of cancer cells migrating in a 3D extracellular matrix and its consequences on themicroenvironment are still currently under investigation. The study of the reorganization of the extracellular matrixfibers and more precisely how the fibers move due to the forces that the cell exerts just start to be investigating.We studied how cancer cells migrate in 3D gels using collagen and fibronectin to mimic the extracellularmatrix. We used confocal microscopy to image the actin cytoskeleton of cells in fluorescence and fibers in reflectionover time. In our studies, we used different collagen concentrations and cell lines with different invasivities. Fromthese 3D movies, we determined cancer cell velocities and persistence as a function of collagen gel concentration aswell as cell invasiveness. The cells velocities increase with invasiveness and decrease with collagen concentration.As for persistence, it decreases with collagen concentration but it do not change with cells invasiveness. We alsocalculated the displacement field of the collagen using a volume correlation program. Using this information, westudied the fibers displacement induced by the cell depending on its migration type, its invasivity and the collagenconcentration. We showed norms of fibers deplacement vectors increase with cell invasiveness and decrease withcollagen concentration. Finally, the displacement fields enabled us to determine the migration steps of mesenchymaland amiboid migrations. We discovered 5 steps in mesenchymal migration : cell rest, creation of extension, adhesionof the cell to the fibers, detachment of the cell rear and dissolution of cell/fibers adhesions. 4 steps have beencharacterized in amiboid migration : cell rest, creation of extension, displacement of the cell by pushing on fibersand rotation of the cell. These steps associated with displacement fields are in agreement with litterature and wehighlighted new steps as the rotation of the cell in amiboid migration.Taken together these results enable us to better understand how the migration of cancer cells takes place in a3D matrix.

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Le virus de l’Artérite Virale Équine (EAV) est un virus à ARN simple brin positif, appartenant à la famille des Arteriviridae, dans l’ordre des Nidovirales. C’est un virus spécifique des équidés qui peut être transmis par voies respiratoire et vénérienne. Lors de la primo-infection, l’EAV peut entraîner des signes cliniques grippaux, mais de façon plus grave, il peut aussi provoquer l’avortement des juments gestantes ainsi que la mort des nouveau-nés. L’EAV représente donc un enjeu économique majeur pour la filière équine. Suite à la primo-infection, ce virus peut persister dans de l’appareil reproducteur de certains étalons. Les mécanismes de cette persistance ne sont pas connus.Au cours de cette thèse, le premier modèle in vitro d’infection non lytique d’une lignée issue de l’appareil reproducteur mâle par l’EAV a été développé. L’infection de ces cellules de Leydig a montré une induction de l’expression de nombreux gènes de l’immunité innée dont ceux codant pour des cytokines pro-inflammatoires et des chimiokines qui permettraient le recrutement de cellules de l’immunité innée au niveau des testicules, et qui pourraient expliquer l’orchite observée chez certains étalons lors de la phase aiguë de l’infection. Pour les étalons infectés de façon persistante, la castration et les traitements anti-GnRH peuvent permettre la suppression de la persistance du virus, suggérant ainsi une implication de la testostérone dans la persistance du virus. Les cellules TM3 exprimant le récepteur aux androgènes, des essais de traitements ont été réalisés. Les premiers résultats préliminaires semblent indiquer que les cellules TM3 ne répondent pas ou peu au stimulus hormonal. Cependant, des tests de prétraitement par la testostérone seraient à envisager afin d’en étudier les conséquences sur le cycle viral. Ce modèle d’infection non lytique reste cependant un modèle intéressant pouvant être utilisé afin d’étudier les relations hôte-pathogène et pouvant aider à comprendre les mécanismes impliqués dans la persistance de l’EAV. / Equine Arteritis Virus (EAV) is a positive-strand RNA virus, which belongs to the Arteriviridae familly, in the Nidovirales order. It is an equid specific virus that can be transmitted by respiratory and venereal routes. During primary infection, EAV can induce flu-like clinical signs, but worse, it may also cause the abortion of pregnant mares and newborn foal death. EAV is therefore a main economic challenge for the horse industry. Following primary infection, this virus is able to persist in the reproductive tract of some stallions. The mechanisms of this persistence remain unknown.During this thesis, the first in vitro model of an EAV non-lytic infection of a male reproductive tract cell line has been developed. EAV infection of these Leydig cells induced the expression of numerous innate immune genes including those coding for pro-inflammatory cytokines and chemokines, which could recruit innate immune cells to testicles and which could explain the orchitis observed in some stallions during primary infection.For persistently infected stallions, castration and anti-GnRH treatments can suppress EAV persistence, suggesting an involvement of testosterone in the virus persistence. Since TM3 cells express the androgen receptor, treatment trials have been performed. The first preliminary results suggest TM3 cells do not respond to the hormonal stimulus, or only a little. However, pretreatment trials should be realized to study the consequences on the viral cycle.Nevertheless, this non-lytic infection model is still an interesting model that can be used to study the host-pathogen relationship and that could help understanding the mechanisms involved in EAV persistence.

Grâce à sa promesse de réduire les efforts de développement et maintenance du logiciel, l’Ingénierie Dirigée par les Modèles (IDM) attire de plus en plus les acteurs industriels. En effet, elle a été adoptée avec succès dans plusieurs domaines tels que le génie civil, l’industrie automobile et la modernisation de logiciels.Toutefois, la taille croissante des modèles utilisés nécessite de concevoir des solutions passant à l’échelle afin de les traiter (transformer), et stocker (persister) de manière efficace. Une façon de pallier cette problématique est d’utiliser les systèmes et les bases de données répartis. D’une part, les paradigmes de programmation distribuée tels que MapReduce et Pregel peuvent simplifier la distribution de transformations des modèles (TM). Et d’autre part, l’avènement des base de données NoSQL permet le stockage efficace des modèles d’une manière distribuée. Dans le cadre de cette thèse, nous proposons une approche pour la transformation ainsi que pour la persistance de grands modèles.Nous nous basons d’un côté, sur le haut niveau d’abstraction fourni par les langages déclaratifs (relationnels) de transformation et d’un autre côté, sur la sémantique bien définie des paradigmes existants de programmation distribués, afin de livrer un moteur distribué de TM. La distribution est implicite et la syntaxe du langage n’est pas modifiée (aucune primitive de parallélisation n’est ajoutée). Nous étendons cette solution avec un algorithme efficace de distribution de modèles qui se base sur l’analyse statique des transformations et sur résultats récents sur le partitionnement équilibré des graphes. Nous avons appliqué notre approche à ATL, un langage relationnel de TM et MapReduce, un paradigme de programmation distribué. Finalement, nous proposons une solution pour stocker des modèles à l’aide de bases de données NoSQL, en particulier au travers d’un cadre d’applications de persistance répartie. / Model-Driven Engineering (MDE) is gaining ground in industrial environments, thanks to its promise of lowering software development and maintenance effort. It has been adopted with success in producing software for several domains like civil engineering, car manufacturing and modernization of legacy software systems. As the models that need to be handled in model-driven engineering grow in scale, it became necessary to design scalable algorithms for model transformation (MT) as well as well-suitable persistence frameworks. One way to cope with these issues is to exploit the wide availability of distributed clusters in the Cloud for the distributed execution of model transformations and their persistence. On one hand, programming models such as MapReduce and Pregel may simplify the development of distributed model transformations. On the other hand, the availability of different categories of NoSQL databases may help to store efficiently the models. However, because of the dense interconnectivity of models and the complexity of transformation logics, scalability in distributed model processing is challenging. In this thesis, we propose our approach for scalable model transformation and persistence. We exploit the high-level of abstraction of relational MT languages and the well-defined semantics of existing distributed programming models to provide a relational model transformation engine with implicit distributed execution. The syntax of the MT language is not modified and no primitive for distribution is added. Hence developers are not required to have any acquaintance with distributed programming.We extend this approach with an efficient model distribution algorithm, based on the analysis of relational model transformation and recent results on balanced partitioning of streaming graphs. We applied our approach to a popular MT language, ATL, on top of a well-known distributed programming model, MapReduce. Finally, we propose a multi-persistence backend for manipulating and storing models in NoSQL databases according to the modeling scenario. Especially, we focus on decentralized model persistence for distributed model transformations.

Aujourd’hui la sauvegarde des données est une solution indispensable pour éviter de les perdre. Plusieurs méthodes et stratégies de sauvegarde existent et utilisent différents types de support. Les méthodes de sauvegarde les plus efficaces exigent souvent des frais d’abonnement au service liés aux coûts du matériel et de l’administration investis par les fournisseurs. Le grand succès des réseaux P2P et des applications de partage de fichiers a rendu ces réseaux exploitables par un grand nombre d’applications surtout avec la possibilité de partager les ressources des utilisateurs entre eux. Les limites des solutions de sauvegarde classiques qui ne permettent pas le passage à l’échelle ont rendu les réseaux P2P intéressants pour les applications de sauvegarde. L’instabilité dans les réseaux P2P due au taux élevé de mouvement des pairs, rend la communication entre les pairs très difficile. Dans le contexte de la sauvegarde, la communication entre les nœuds est indispensable, ce qui exige une grande organisation dans le réseau. D’autre part, la persistance des données sauvegardées dans le réseau reste un grand défi car la sauvegarde n’a aucun intérêt si les données sauvegardées sont perdues et que la restauration devient impossible. L’objectif de notre thèse est d’améliorer l’organisation des sauvegardes dans les réseaux P2P et de garantir la persistance des données sauvegardées. Nous avons donc élaboré une approche de planification qui permet aux nœuds de s’organiser dans le but de mieux communiquer entre eux. D’autre part, pour garantir la persistance des données sauvegardées, nous avons proposé une approche de calcul probabiliste qui permet de déterminer, selon les variations dans le système, le nombre de répliques nécessaire pour qu’au moins une copie persiste dans le système après un certain temps défini. Nos approches ont été implémentées dans une application de sauvegarde P2P. / Nowadays, data backup is an essential solution to avoid losing data. Several backup methods and strategies exist. They use different media types. Most efficient backup methods are not free due to the cost of hardware and administration invested by suppliers. The great success of P2P networks and file sharing applications has encouraged the use of these networks in multiple applications especially with the possibility of sharing resources between network users. The limitations of traditional backup solutions in large scale networks have made P2P networks an interesting solution for backup applications. Instability in P2P networks due to peers’ high movement rate makes communication between these peers very difficult. To achieve data backup, communications between peers is essential and requires a network organization. On the other hand, the persistence of backed up data in the network remains a major challenge. Data backup is useless if backed up copies are lost. The objective of this thesis is to improve the backup organization and ensure backed up data persistence in P2P networks. We have therefore developed a planning approach that allows nodes to organize themselves in order to better communicate with each other. On the other hand, to ensure data persistency, we proposed a probabilistic approach to compute the minimum replicas number needed for a given data so that at least one copy remains in the system after a given time. Our two approaches have been implemented in a P2P backup application.

Les systèmes bactériens sont complexes et adaptatifs. Soumis à des perturbations, telles qu’un traitement antibiotique, ils survivent, se régénèrent et évoluent. Ceci est d’autant plus vrai pour les biofilms, capables de surmonter des traitements létaux à des bactéries planctoniques. La capacité des systèmes à retrouver leur équilibre initial, certaines fonctions ou compositions après un choc est appelée résilience. La résilience est souvent considérée comme complémentaire à la résistance en écologie. Pourtant, la résilience aux antibiotiques reçoit peu de considération en comparaison de la résistance aux antibiotiques en bactériologie. L’une des raisons de ce désintérêt est que ce concept est souvent mal défini et ambigu. Dans cette thèse, nous proposons tout d’abord une base conceptuelle de la résilience aux antibiotiques. A partir de l’analyse de différentes définitions existantes de la résilience, nous fournissons une démarche pour formaliser le concept de résilience dans le contexte d’une population bactérienne soumise à des traitements antibiotiques. De cette première analyse, le mécanisme biologique de persistance bactérienne est ressorti comme important dans la résilience aux antibiotiques. Ce phénomène repose sur la formation de cellules tolérantes aux antibiotiques, les persisters, dont la formation est influencée par les conditions environnementales. Afin de relier la formation des persisters aux conditions environnementales, nous avons développé des modèles mathématiques de transition phénotypique entre cellules sensibles et persisters que nous avons calibrés et testés à l’aide de données expérimentales. Enfin, nous avons étudié l’effet de la persistance bactérienne sur la résilience aux antibiotiques des biofilms. Pour cela, nous avons développé un modèle individu-centré de biofilm intégrant des transitions entre cellules sensibles et persisters. Différentes stratégies de transition ont été reliées à la capacité des biofilms à croître, survivre et se régénérer après un choc antibiotique. La mise en place d’expériences capables de fournir des données à comparer aux simulations est proposée dans la discussion de cette thèse. Cette thèse contribue à la clarification du concept de résilience aux antibiotiques et à la compréhension du phénomène de persistance bactérienne dans les biofilms. Elle ouvre des perspectives sur l’utilisation du concept de résilience en bactériologie clinique et souligne l’importance de l’hétérogénéité des populations bactériennes dans leur capacité à confronter les perturbations et évoluer. / Bacterial systems are complex and adaptive. When faced with disturbances, such as antibiotic treatments, they survive, recover and evolve. This is particularly true for biofilms, which survive treatments that planktonic cells cannot overcome. The capacity of systems to recover their initial state, some of their functions or composition after a disturbance is called resilience. The resilience concept is often considered complementary to resistance in ecology. However, antibiotic resilience has received little attention compared to antibiotic resistance. One reason of this lack of interest comes from the fact that the resilience concept is often poorly defined and ambiguous. In this thesis, we firstly developed a conceptual framework of antibiotic resilience and applied this framework to the case of a bacterial population faced with antibiotics. This analysis highlighted the importance of the biological mechanism of bacterial persistence. This phenomenon is based on the formation of sub-populations of antibiotic tolerant cells, the persisters, which is influenced by environmental conditions. To relate persister formation to environmental conditions, we developed mathematical models of phenotypic switches between susceptible and persister cells and calibrated and tested them with experimental data. Lastly, we studied the influence of bacterial persistence on biofilm antibiotic resilience. For this purpose, we developed an individual-based model of biofilm with phenotypic switches between susceptible and persister cells. Different strategies of phenotypic switches were related to the dynamics of growth, survival and recovery of bacterial biofilms faced with antibiotic shocks. The setting up of experimentations to obtain data to compare to simulations is presented in the discussion of this thesis. Globally, this thesis contributes to the clarification of the concept of antibiotic resilience and to the understanding of bacterial persistence in biofilms. It gives new perspectives on the use of the resilience concept in clinical bacteriology and emphasizes the importance of the heterogeneity of bacterial populations in their capacity to face disturbances and evolve.

Listeria monocytogenes est une bactérie ubiquiste responsable d’une infection d’origine alimentaire, la listériose. Ce pathogène a été isolé de divers environnements dont l’environnement tellurique. La présence de L. monocytogenes dans le sol pose des problèmes sanitaires du fait de son possible transfert vers les plantes cultivées, les animaux et productions animales et l’eau. Dans ce contexte, il est essentiel de déterminer les facteurs extrinsèque et intrinsèque qui impactent l’écologie de L. monocytogenes dans le sol.Les études d’association génomique et les analyses transcriptomiques ont permis d’identifier qu’une part importante du génome de L. monocytogenes (7,3%) est dédiée à la régulation incluant 209 régulateurs transcriptionnels. Parmi eux, AgrA appartient à un système à deux composants du système de communication Agr. Nous avons étudié le rôle du régulateur transcriptionnel AgrA dans l’adaptation de L. monocytogenes au sol. La survie du mutant ∆agrA est significativement réduite dans les microcosmes de sol. De plus, une analyse transcriptomique a permis d’identifier que les taux de transcrits de 386 gènes et d’un large répertoire d’ARN non codant diffèrent significativement entre le mutant et la souche parentale. Les résultats suggèrent que la régulation de gènes et d’ARN non codant sous la dépendance d’AgrA pourrait être nécessaire pour l’adaptation optimale de L. monocytogenes au sol.De plus, la co-inoculation de mutants au système Agr défectueux avec la souche parentale a montré que le mutant ∆agrA est moins compétitif, confirmant l’importance d’AgrA dans l’adaptation de L. monocytogenes. En revanche, au cours de co-cultures, la compétitivité du mutant ∆agrD est similaire à celle de la souche parentale, ce qui laisse présumer que le mutant ∆agrD tire avantage de la présence de la souche parentale.L’un des facteurs extrinsèque essentiels susceptibles d’affecter la survie tellurique de L. monocytogenes est la composante biotique du sol. En effet, l’inactivation de la microflore du sol par ionisation lève l’inhibition de la croissance de L. monocytogenes. Au-delà de la seule abondance des communautés microbiennes, leur diversité influence le devenir des populations de L. monocytogenes. Par une approche de dilution jusqu’à extinction, nous avons démontré expérimentalement que l’érosion de la diversité microbienne se traduit par une meilleure survie de L. monocytogenes dans le sol. Nous avons démontré que les communautés microbiennes hautement diversifiées agissent comme une barrière biologique contre l’invasion de L. monocytogenes et que la composition phylogénétique de ces communautés doit être aussi considérée. Ces résultats suggèrent que l’érosion de la diversité pourrait accroître la circulation des microorganismes pathogènes dans l’environnement. / Listeria monocytogenes is a ubiquitous bacterium responsible for listeriosis, a food-borne disease. This pathogen has been isolated from various environments of which the telluric environment. The presence of L. monocytogenes in soil can increase health hazards due to the risk of transfer to vegetables, animals and animal products and water. Considering the role of soil in the circulation of pathogens from farm environment to plant and animal products and eventually to foodstuff, it is critical to identify intrinsic and extrinsic factors that drive the fate of L. monocytogenes in soil. Genome-wide and transcriptomic analyses found that an important part of the genome of L. monocytogenes (7.3%) is dedicated to regulation including 209 transcriptional regulators. Among these, AgrA is the response regulator of the two component system AgrC/AgrA which is part of the Agr communication system. We investigated the role of AgrA for L. monocytogenes adaptation to soil. A ∆agrA mutant displayed significantly reduced survival in soil microcosms. Additionally, microarray analyses identified 386 genes and a large repertoire of ncRNA as differentially transcribed between the mutant and the parental strain. The results presented here suggest that AgrA may be critical for the adaptation of L. monocytogenes by regulating an important network of genes and ncRNAs.Moreover, co-inoculation of mutants of the Agr system with the parental strain showed that inactivation of the regulator AgrA resulted in a decrease of the fitness of the strain, confirming that AgrA is necessary for optimal L. monocytogenes adaptation. On the other hand, when co-cultured with the parental strain, the fitness of the ∆agrD mutant was not affected, indicating that the mutant ∆agrD took advantage of the parental strain.Soil biology is a major extrinsic factor that conditions the fate of L. monocytogenes populations in soil. Inactivation of microbial communities lifted growth inhibition. Experimental erosion of soil microbial diversity showed that highly diverse soil microbial communities act as a biological barrier against L. monocytogenes invasion and that phylogenetic composition of the community also has to be considered. These results suggest that erosion of diversity may have damaging effects regarding circulation of pathogenic microorganisms in the environment.