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Efeito das variações alélicas no gene do receptor tipo 4 de melanocortina sobre o comportamento alimentar em crianças e adolescentes obesos / Effect of allelic variations in the melanocortin type 4 receptor gene on feeding behavior in obese children and adolescents

Ariana Ester Fernandes 03 October 2014 (has links)
INTRODUÇÃO: O aumento mundial da prevalência de obesidade atribui-se principalmente a mudanças nos hábitos alimentares e na prática de atividade física, que afetam indivíduos predispostos geneticamente. Alterações genéticas podem provocar desequilíbrio na regulação homeostática afetando sinalizadores periféricos e centrais. Um componente do controle central fica no núcleo arqueado hipotalâmico, sendo o receptor tipo 4 de melanocortina (MC4R) de suma importância. Mutações no MC4R têm sido relatadas como causa mais frequente de obesidade monogênica. Há evidência de que polimorfismos de nucleotídeo único (SNP) localizados próximos ao MC4R possam estar relacionados ao aumento do risco para obesidade, porém estudos de variantes nesse gene avaliando o consumo alimentar são escassos e controversos. OBJETIVO: Avaliar a influência de variantes alélicas no MC4R sobre consumo alimentar, presença de compulsão alimentar periódica (CAP), composição corporal e perfil clínico e metabólico em crianças e adolescentes obesos. MÉTODOS: Trata-se de um estudo transversal realizado com crianças e adolescentes obesos. Foram avaliados parâmetros antropométricos, metabólicos e fatores de risco cardiometabólicos, incluindo hipertensão arterial sistêmica, glicemia de jejum alterada, hipertrigliceridemia e HDL-colesterol baixo. A CAP foi avaliada utilizando a Escala de Compulsão Alimentar Periódica e o consumo alimentar por meio do Recordatório de 24 horas, analisando consumo calórico total, percentual de macronutrientes e fibras, além da frequência na omissão do café da manhã, adequação de macronutrientes, frações lipídicas e colesterol. Para verificar o efeito dos SNPs no risco para a obesidade foi incluído um grupo controle composto por 137 crianças e adolescentes eutróficos. Foi realizado o sequenciamento do gene MC4R e a genotipagem por PCR em tempo real das variantes rs17782313 e rs12970134, adotando-se o modelo recessivo para a análise. A análise estatística para comparação dos grupos foi conduzida por meio dos Testes T de Student ou Mann-Whitney U. Para avaliar a magnitude do risco, foi realizada regressão logística ajustada para Z-IMC, idade e gênero, com o nível de significância fixado em 0,05. RESULTADOS: Foram incluídos no estudo 536 obesos (52,1% meninas; 12,7 ± 2,7 anos; Z-IMC 3,24 ± 0,57). A frequência dos SNPs foi semelhante entre os grupos de obesos e controle. Os portadores do polimorfismo rs17782313 apresentaram maior nível de triglicérides (108 ± 48 vs.119 ± 54, p=0,034)e maior risco para hipertrigliceridemia (OR=1,985; IC95% 1,288-3,057; p=0,002). Não houve associação do rs12970134 com os parâmetros clínicos, metabólicos ou alimentares. No gene MC4R foram identificados 10 polimorfismos já descritos e uma variante nova, Asn72Ser (A/G), sendo 8 mutações do tipo missense e 3 sinônimas. CONCLUSÕES: Os SNPs rs17782313 e rs12970134 não influenciam o consumo alimentar nem a presença da CAP. O SNP rs17782313 está associado a maior risco de hipertrigliceridemia e maior nível sérico de triglicérides em crianças e adolescentes obesos. A presença de mutações que resultem na perda de função no gene MC4R é rara nessa coorte / INTRODUCTION: The global increase in the prevalence of obesity is attributed mainly to changes in dietary habits and physical activity, which affects genetically predisposed individuals. Genetic alterations can cause imbalance in the homeostatic regulation affecting peripheral and central signals. One component of the central control is the arcuate nucleus of the hypothalamus, and the melanocortin type 4 receptor (MC4R) is of outstanding importance. Mutations in MC4R have been reported as the most frequent cause of monogenic obesity. Studies indicate that polymorphisms located near the MC4R may be related to increased risk for obesity, but the studies of variations in this gene and its relation to food intake are scarce and controversial. OBJECTIVE: To evaluate the influence of allelic variants of MC4R in food intake, binge eating behavior (BE), body composition, clinical and metabolic profile in obese children and adolescents. METHODS: This is a cross-sectional study with obese children and adolescents. Anthropometric, metabolic parameters and cardiometabolic risk factors including hypertension, impaired fasting glucose, hypertriglyceridemia and low HDL-cholesterol were evaluated. The BE was evaluated through the Binge Eating Scale, and to analyze the dietary intake 24 hour recall was used, evaluating total caloric intake, percentage of macronutrients, fiber, omission of breakfast, adequacy of macronutrients, lipid fractions and cholesterol. To investigate the effect of SNPs on obesity risk, a control group of 137 eutrophic children and adolescents was enrolled. The MC4R gene was sequenced and genotyping was performed by real-time PCR of the variants rs17782313 and rs12970134, adopting the recessive model for the analysis. Statistical analysis for group comparison was conducted using the Student T test or Mann-Whitney U test. To assess the magnitude of risk, logistic regression adjusted for Z-BMI, age and gender was performed, with the significance level of 0.05. RESULTS: The study included 536 subjects (52.1% girls, 12.7 ± 2.7 years-old, Z-BMI = 3.24± 0,57). The frequency of SNPs was similar between the obese and control groups. The C allele carriers for the rs17782313 polymorphism had increased triglyceride levels (108 ± 48 vs.119 ± 54, p = 0.034) and increased risk of hypertriglyceridemia (OR = 1.985, 95% CI 1.288-3.057, p = 0.002). There was no association of the SNP rs12970134 with clinical, metabolic or nutritional parameters. Ten polymorphisms already described and a new variant, Arn72Ser (A/G), were identified in the MC4R gene, with 8 missense mutations and 3 synonymous. CONCLUSIONS: The SNPs rs17782313 and rs12970134 did not influence food intake or the presence of BE. The SNP rs17782313 is associated with increased risk of elevated triglycerides and higher serum triglyceride levels in obese children and adolescents. The presence of mutations resulting in loss of function in the MC4R gene is rare in this cohort
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Análise de polimorfismos das enzimas ciclooxigenase-2 e metilenotetrahidrofolato redutase em pacientes com câncer de esôfago / Analysis of the cyclooxygenase-2 and methylenetetrahydrofolate reductase genes polymorphisms in esophageal cancer

Evelise Pelegrinelli Zaidan 28 January 2016 (has links)
Introdução: O estudo de polimorfismos genéticos pode permitir maior conhecimento sobre os fatores de risco, progressão e susceptibilidade ao câncer do esôfago. A enzima ciclooxigenase-2 (COX-2) é induzida em resposta ao fator de crescimento e citocinas, sendo expressa nas doenças inflamatórias, lesões pré-malignas e tumores de esôfago. O produto do metabolismo do folato, pela enzima metilenotetrahidrofolato redutase (MTHFR), atua na síntese do DNA. A alteração ou a inibição da atividade desta enzima aumenta a suscetibilidade a mutações, danos e metilação aberrante do DNA, o que altera a expressão gênica de supressores de tumor e proto-oncogenes, potenciais fatores de risco para o câncer de esôfago. Objetivo: Investigar a frequência dos polimorfismos COX-2 (-1195A > G e 8473T > C) e MTHFR (677C > T e 1298C > A) em pacientes com câncer de esôfago, verificar as associações entre a frequência desses polimorfismos com a susceptibilidade à esta doença e aos fatores clínicos, epidemiológicos e patológicos. Metodologia: Inclui-se cento e nove pacientes com o diagnóstico de câncer de esôfago, submetidos à esofagectomia. Cento e dois indivíduos, pareados quanto ao sexo e idade, sem histórico individual ou familial de câncer, constituem o grupo controle. O DNA genômico foi isolado do creme leucocitário de sangue periférico e a genotipagem foi realizada através dos kits TaqMan ® SNP Genotyping Assays, seguida da amplificação pela reação em cadeia da polimerase e análise em tempo real (RT-PCR). Os resultados dos polimorfismos encontrados foram associados aos dados epidemiológicos e clinicopatológicos destes pacientes. Utilizou-se a regressão logística para avaliar as associações entre os polimorfismos e o risco de desenvolver o câncer de esôfago, com intervalos de confiança de 95%. Resultados: A presença do alelo COX-2+8437C (p=0,016) e dos haplótipos COX-21195A/COX2843C (p=0,002) e COX-21195G/COX28437T (p=0,01) indicaram associação com a doença. Os indivíduos com câncer do esôfago portadores do polimorfismo MTHFR 677TT apresentaram maior risco de óbito pela doença (p = 0,045). Conclusão: A presença do alelo COX-2+8437C e dos haplótipos COX21195A/COX2843C e COX-21195G/COX28437T associaram-se ao câncer de esôfago. O genótipo homozigoto polimórfico MTHFR677TT está relacionado ao pior prognóstico em pacientes com câncer de esôfago / Introduction: The study of genetic polymorphisms may allow better understanding of the risk factors, progression and susceptibility to cancer of the esophagus. The cyclooxygenase-2 enzyme (COX-2) is induced in response to growth factors and cytokines and is expressed in inflammatory diseases, premalignant and esophageal tumors. The product of folate metabolism, the enzyme methylenetetrahydrofolate reductase (MTHFR), engaged in DNA synthesis. Changing or inhibiting the activity of this enzyme increases the susceptibility to mutations, damage and aberrant DNA methylation, which alters gene expression of tumor suppressors and proto-oncogenes, potential risk factors for esophageal cancer. Objective: To investigate the frequency of COX-2 (-1195A > G and 8473T > C) and MTHFR (677C > T and 1298C > A) polymorphisms in patients with esophageal cancer, verify the associations between the frequency of these polymorphisms with susceptibility to this disease and clinical, epidemiological and pathological factors. Methodology: This study includes up one hundred nine patients diagnosed with esophageal cancer who underwent esophagectomy. One hundred and two individuals, matched for sex and age, no individual or familial history of cancer, constitute the control group. Genomic DNA was isolated from the peripheral blood buffy coat and genotyping was performed using the TaqMan ® SNP Genotyping Assays kits, followed by amplification by polymerase chain reaction and real-time analysis (RT-PCR). The results of found polymorphisms were associated with epidemiological and clinicopathological these patients. Logistic regression was used to assess associations between polymorphisms and the risk of developing esophageal cancer, with 95% confidence intervals. Results: The presence of COX-2 + 8437C allele (p = 0.016) and haplotypes COX-21195A / COX2843C (p = 0.002) and COX-21195G / COX28437T (p = 0.01) indicated association with the disease. Individuals with esophageal cancer carrying the MTHFR 677TT polymorphism had higher risk of death from the disease (p = 0.045). Conclusion: The presence of COX-2+8437C allele and haplotype COX21195A/ COX2843C and COX-21195G/COX28437T was associated with esophageal cancer. The polymorphic homozygous genotype MTHFR677TT is related to worse prognosis in patients with esophageal cancer
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Análise de polimorfismos, expressão gênica e níveis séricos de IL-18, IL18BP e IFN-y na infecção crônica pelo HCV e resolução espontânea / Analysis of polymorphisms, gene expression and serum levels of IL-18, IFN-y and IL18BP in chronic HCV infection and spontaneous clearance

Paola Lara Faria 02 February 2015 (has links)
O curso da infecção pelo HCV é determinado pela competência da resposta imune inata e adaptativa do hospedeiro. A IL-18 é uma citocina pró-inflamatória importante em ambas as respostas imunes e atua sinergicamente com IL-12 induzindo a expressão de IFN-y pelas células T e natural killer. O IFN-? por sua vez possui um papel chave no combate de infecções intracelulares, induzindo um estado antiviral nas células infectadas. O balanço de IL-18 é controlado pela IL18BP, uma citocina importante que atua como um antagonista natural. Estudos mostram que indivíduos cronicamente infectados pelo HCV possuem elevados níveis séricos de IL-18 e IL18BP. Sendo assim, o presente estudo teve como objetivos: 1) determinar o genótipo de polimorfismos de base única (SNPs) localizados nos genes da IL-18 (-607 C > A e -137 G > C), IL18BP (rs2298455 e rs1541304) e IFN-y +874 T > A; 2) quantificar a expressão de seus respectivos mRNAs; e por fim, 3) dosagem dos níveis séricos das respectivas citocinas. Para isto, foram selecionados 51 indivíduos com resolução espontânea e 50 com infecção crônica pelo HCV genótipo 1 que submetidos a técnica de PCR em tempo real para a genotipagem dos polimorfismosIL-18 (-607 C > A e -137 G > C), IL18BP (rs2298455 e rs1541304) e IFN-? +874 T > A; posteriormente foi feita a análise da expressão gênica destes mRNA utilizando como controle endógeno o GAPDH e a dosagem das citocinas foi determinada peta técnica de ELISA. A distribuição dos genótipos nos polimorfismos nos genes IL-18 e IL18BP foram semelhantes nos dois grupos de estudo. No entanto, para o polimorfismo no gene do IFN-?, observamos frequência maior do genótipo TA no grupo de infecção crônica, enquanto que no grupo de resolução espontânea foi mais frequente o genótipo AA (p=0.006). Em contrapartida a expressão gênica nos permitiu observar que nos indivíduos com infecção crônica o mRNA de IL-18 (p < 0.001) e IL18BP (p < 0.001) estavam com uma maior expressão quando comparados com os indivíduos com resolução espontânea, e que isto refletia nas dosagens séricas, onde os indivíduos cronicamente infectados pelo HCV apresentavam altos níveis séricos de IL-18 (p < 0.001) e IL18BP (p=0.012) do que os indivíduos com resolução espontânea. O alelo G foi associado com uma maior produção de IL-18(p=0.02) nos indivíduos com resolução espontânea. Em relação à expressão gênica do mRNA do IFN-y não foi possível observar nenhuma diferença entre os grupos estudados (p=0.322) e a dosagem sérica não foi detectada em ambos os grupos. Os resultados sugerem que apesar do sistema imune ser estimulado durante a infecção pelo HCV, a persistência viral leva a um estado de anergia onde a produção de IFN- y parece ser escassa para uma resposta imune eficaz, sendo que os meios nos quais modulam a expressão gênica do IFN- y ainda parecem obscuros, no entanto já foram descritos mecanismos pós-transcricionais que tem como alvo a região 3\'UTR do mRNA do IFN- y podendo interferir na sua expressão / The course of HCV infection is determined by the competence of the innate and adaptive immune response of the host. IL-18 is an important proinflammatory cytokine in both immune responses and acts synergistically with IL-12 induces the expression of IFN-y by T and natural killer cells. The IFN-yturn plays a key role in fighting intracellular infections, inducing an antiviral state in infected cells. The balance of IL-18 is controlled by IL18BP, an important cytokine that acts as a natural antagonist. Studies show that individuals chronically infected with HCV have elevated serum levels of IL-18 and IL18BP. Therefore, this study aimed to: 1) determine the genotype of single nucleotide polymorphisms (SNPs) located in genes of IL-18 (-607 C > A and -137 G > C), IL18BP (rs2298455 and rs1541304) and IFN-y +874 T > A; 2) to quantify the expression of their respective mRNAs; and finally 3) the determination of serum levels of the respective cytokines. Fifty-one individuals with spontaneous clearance and 50 were selected with chronic HCV genotype 1 infection who underwent the technique of real-time PCR for genotyping polymorphisms of IL-18 (-607 C > A and -137 G > C), IL18BP (rs2298455 and rs1541304) and IFN-y +874 T > A; later analysis of gene expression of these mRNA was performed using GAPDH as endogenous control and used the ELISA method for the serum of these cytokines. The distribution of genotypes in the IL-18 polymorphisms and IL18BP genes were similar in both study groups. However, for the polymorphism in the IFN-y gene, the genotype most frequently observed in the group of TA chronic infection, whereas in the group of spontaneous clearance AA was more frequent (p = 0.006) genotype. In contrast to gene expression allowed us to observe that in individuals with chronic infection the mRNA of IL-18 (p < 0.001) and IL18BP (p < 0.001) had a higher expression when compared with individuals with spontaneous resolution, and that this reflected in serum using the ELISA technique, where individuals chronically infected with HCV had higher serum levels of IL-18 (p < 0.001) and IL18BP (p = 0.012) than subjects with spontaneous clearance. The G allele was associated with increased production of IL-18 (P = 0.02)in spontaneous clearance group. Regarding the gene expression of IFN-y mRNA was not observed any difference between the groups (p = 0.322) and the serum was not detected in both groups. The results suggest that although the immune system is stimulated during HCV infection leads to viral persistence of anergy a state where the production of IFN-? appears to be scarce for an effective immune response, and the means in which modulate the expression the IFN-y gene still seem unclear, however have been described post-transcriptional mechanisms which target the 3\'UTR of the mRNA of IFN-y may interfere with its expression
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Estudo de polimorfismos dos genes EGF e EGFR em astrocitomas difusamente infiltrativos / Polymorphisms of EGF e EGFR genes in diffusely infiltrative astrocytomas

Keila Cardoso Barbosa 11 April 2008 (has links)
INTRODUÇÃO: Os astrocitomas difusamente infiltrativos são os tumores mais freqüentes de Sistema Nervoso Central (SNC) com uma taxa de 5-7 novos casos por 100.000 pessoas ano. São tumores altamente invasivos e estão associados com alterações de alguns genes como EGF (fator de crescimento epidérmico) e o EGFR (receptor do fator de crescimento epidérmico), que podem criar um aumento da atividade mitogênica, acarretando aumento de proliferação e maturação celular, apoptose, angiogênese e metástase. O nível de expressão destes genes pode ser influenciado por alterações genéticas, como a presença de polimorfismos. Uma mudança única de base (SNP) pode alterar a expressão gênica e, sendo assim, estar associada ao aumento do risco de desenvolver astrocitomas. Nesse trabalho, foram analisados 2 SNPs na região não traduzida (c.-191C>A e c.-216G>T) e um SNP no exon 16 (c.2073A>T) do gene EGFR, e um outro SNP na região não traduzida no gene EGF (c.61A>G). Os SNPs foram associados a expressão gênica do EGFR e a sobrevida dos pacientes. MÈTODOS: Foi realizado um estudo caso-controle com 193 casos de astrocitomas difusamente infiltrativos e 200 controles por amplificação por PCR seguido de digestão enzimática. Os produtos digeridos das amostras foram analisados por eletroforese em gel de agarose e poliacrilamida e corados com brometo de etídeo. A expressão gênica foi realizada após extração de RNA do tecido tumoral seguida de transcrição reversa e PCR em tempo real. Testes de qui-quadrado, odds ratio (OR), intervalo de confiança 95% (IC95%), t de Student e curvas de Kaplan-Meier foram realizados para análises estatística. RESULTADOS: A análise das freqüências dos genótipos dos polimorfismos mostrou uma diferença na distribuição entre casos e controles para o polimorfismo c.2073A>T. Pacientes com o genótipo TT apresentou um menor risco para astrocitoma quando comparados com o genótipo AA (OR=0,51, IC95%=0,29-0,99). Nenhuma correlação foi encontrada para os outros polimorfismos analisados. Também não foi encontrada correlação entre os genótipos dos polimorfismos e os níveis de expressão de EGFR e a sobrevida dos pacientes. CONCLUSÃO: Nosso trabalho mostrou haver um possível fator de proteção quando o paciente é portador do genótipo TT, o que pode levar a uma diminuição do risco de desenvolver o tumor. Pacientes com genótipo TT do polimorfismo c.2073A>T do gene EGFR apresentam um menor risco para astrocitomas difusamente infiltrativos do que os com o genótipo AA. / INTRODUCTION: Diffusely infiltrative astrocytomas are the most frequent tumors of the Central Nervous System (CNS) with a rate of 5-7 new cases in 100,000 individuals per year. They are highly invasive, and they are associated to alterations in some genes as EGF (epidermal growth factor) and EGFR (epidermal growth factor receptor), which may increase mitogenic activity, leading to increase of proliferation, cellular maturation, apoptosis, angiogenesis, and metastasis. Genetic alterations, as presence of polymorphisms of single nucleotide change (SNP) could influence their expression level, and thus could be associated to increased risk in developing astrocytomas. In the present study, two SNP of non-coding region (c.-191C>A and c.-216G>T) and one SNP in exon 16 (c.2073A>T) of EGFR, and another SNP of non-coding region of EGF (c.61A>G) were analyzed. The SNPs were associated to EGFR expression level and to survival time. METHOD: a case-control study of 193 of diffusely infiltrative astrocytomas and 200 controls was carried out, with PCR amplification and enzymatic digestion, which products were analyzed in agarose gel or polyacrylamide gel electrophoresis stained by ethidium bromide. EGFR expression level was studied by real time PCR after RNA extraction followed by reverse transcription of tumor tissues compared to epileptic non-neoplastic brain tissues. Stastistical analysis were performed by chi-square, odds ratio (OR), 95% confidence interval (95% CI), Student-t test and Kaplan Meier. RESULTS: The polymorphic genotype frequency was different between case and controls for the polymorphism c.2073A>T. Patients with TT genotype presented lower risk to develop astrocytoma when compared to genotype AA (OR=0.51, CI95%=0.29- 0.99). No other correlation was observed for the remaining studied polymorphisms. There was neither correlation between the polymorphic genotypes and the EGFR expression levels nor with survival time. CONCLUSION: The present study showed a possible protection factor in developing astrocytomas for the patients harboring the genotype TT of c.2073A>T polymorphism of EFGR, thus the patients presenting TT genotype have lower risk to develop diffusely infiltrative astrocytoma than patients presenting the genotype AA.
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Os polimorfismos de um único nucleotídeo rs713041 no GPX4 e rs17883901 no GCLC modulam a susceptibilidade à retinopatia diabética em pacientes com diabetes mellitus tipo 1 / The single nucleotide polymorphisms rs713041 in GPX4 and rs17883901 in GCLC modulate the susceptibility to diabetic retinopathy in patients with type 1 diabetes mellitus

Ricardo Vessoni Perez 05 October 2017 (has links)
INTRODUÇÃO: A retinopatia diabética (RD) é uma das complicações mais frequentes dos diabetes mellitus tipo 1 (DM1). Durante a hiperglicemia, as células endoteliais da retina são expostas a altas concentrações de glicose e são incapazes de conter seu influxo. Isso resulta na ativação de vias deletérias intracelulares que culminam com o aumento de espécies reativas de oxigênio (ROS) e lesão neuronal e vascular. O estado pró inflamatório e pró trombótico ativa vias pró-oxidantes como a da NADPH oxidase. O excesso de ROS não é devidamente tamponado pelas vias antioxidantes (tais como as vias da glutationa e da tiorredoxina) em situações de hiperglicemia crônica, o que contribui para perpetuar o dano. OBJETIVO: Caracterizar uma população de pacientes DM1 quanto ao grau de RD e analisar a associação desta complicação microvascular com cinco polimorfismo de um único nucleotídeo (SNP) em genes pertencentes a vias pró- e antioxidantes. MÉTODOS: Pacientes acompanhados no ambulatório de diabetes de dois hospitais terciários do estado de São Paulo foram submetidos a fotos digitais do fundo de olho que incluíam os sete campos padronizados no estudo Early Treatment Diabetic Retinopathy Study (ETDRS) ou a uma oftalmoscopia binocular indireta; ambos foram avaliados por um único oftalmologista em cada um dos hospitais. A genotipagem dos SNPs foi feita por reação em cadeia de polimerase após transcrição reversa com duas sondas marcadas para cada reação. Os seguintes SNPs foram estudados: rs713041 (gene GPX4), rs17883901 (gene GCLC), rs6610650 (gene CYBB), -675 T/A (gene CYBA) e rs7211 (gene TXNIP). Os dados clínicos foram coletados por consulta ao prontuário médico ou questionário. Foi utilizado o modelo de regressão logística nominal politômica, tendo como categoria de referência a ausência de RD (ARD) ou dicotômica, tendo como categorias de referência a ausência de RD proliferativa (RDP) ou ARD. Após correção de Bonferroni, um valor de p <= 0,02 foi considerado significante. RESULTADOS: Um total de 341 pacientes (62% mulheres; idade média de 35 [±11] anos; com 22 [±9] anos de duração do DM1 e HbA1c de 8,6% [±1,6]) foi incluído. A prevalência de RDP foi de 30%, enquanto 42% dos pacientes apresentavam RD não proliferativa (RDNP). Somente os SNPs cuja distribuição dos genótipos respeitou o equilíbrio de Hardy-Weinberg foram analisados. Após ajuste para potenciais fatores de confusão, a presença do alelo T no SNP rs713041 (+718 C/T) no GPX4 foi inversamente associada à prevalência de RDP em pacientes do sexo feminino, com um odds ratio (OR) de 0,36 (intervalo de confiança [IC] de 95% de 0,17 a 0,75; p = 0,007) na análise dicotômica de RDP versus ausência de RDP. A presença do alelo T no SNP rs17883901 (-129 C/T) no GCLC conferiu risco para RDP na análise politômica (OR de 4,23; IC 95% de 1,38 a 12,93; p=0,01) e conferiu risco para a presença de qualquer grau de RD na análise dicotômica (ARD versus RDNP + RDP; OR de 3,07; IC 95% de 1,22 a 8,95; p=0,02). Não houve associação entre o SNP rs6610650 (gene CYBB) e RD nessa população. CONCLUSÃO: Os SNPs funcionais rs713041 no GPX4 e rs17883901 no GCLC modularam a susceptibilidade a RD na população de pacientes com DM1 estudada / INTRODUCTION: Diabetic retinopathy (DR) is one of the most frequent complications of type 1 diabetes mellitus (T1D). During hyperglycemia, retinal endothelial cells are exposed to high glucose concentrations and are unable to contain their influx. This results in the activation of deleterious intracellular pathways that culminate with the increase of reactive oxygen species (ROS) and neuronal and vascular injury. The pro-inflammatory and prothrombotic state activates pro-oxidant pathways such as NADPH oxidase. The excess of ROS is not adequately buffered by the antioxidant pathways (such as glutathione and thioredoxin pathways) in situations of chronic hyperglycemia, which contributes to perpetuate the damage. OBJECTIVE: To characterize a population of T1D patients regarding DR degree and to analyze the association of this microvascular complication with five single nucleotide polymorphisms (SNP) in genes belonging to pro- and antioxidant pathways. METHODS: Patients followed at the diabetes outpatient clinic of two tertiary hospitals in the state of São Paulo were submitted to digital photos of the eye fundus that included the seven fields standardized in the Early Treatment Diabetic Retinopathy Study (ETDRS) or to binocular indirect ophthalmoscopy; both were evaluated by a single ophthalmologist in each one of the hospitals. SNP genotyping was performed by polymerase chain reaction after reverse transcription with two labeled probes for each reaction. The following SNPs were studied: rs713041 (GPX4 gene), rs17883901 (GCLC gene), rs6610650 (CYBB gene), -675 T/A (CYBA gene) and rs7211 (TXNIP gene). The clinical data were collected by consulting the medical chart or by questionnaire. The polytomous nominal logistic regression model was used, having as reference category the absence of DR (ADR) or the dichotomous nominal logistic regression model was used, having as reference categories the absence of proliferative DR (PDR) or ADR. After Bonferroni correction, a p value <= 0.02 was considered significant. RESULTS: A total of 341 patients (62% female; mean age of 35 [± 11] years-old; diabetes duration of 22 [± 9] years and HbA1c of 8.6% [± 1.6]) was included. The prevalence of PDR was 30%, while 42% of the patients had non-proliferative DR (NPDR). Only SNPs whose distribution of genotypes respected the Hardy-Weinberg equilibrium were analyzed. After adjusting for potential confounding factors, the presence of the T allele at rs713041 (+718 C/T) in GPX4 was inversely associated with the prevalence of PDR in female patients, with an odds ratio (OR) of 0.36 (95% confidence interval [CI] 0.17-0.75; p = 0.007) in the dichotomous analysis of PDR versus absence of PDR. The presence of the T allele at rs17883901 (-129 C/T) in GCLC conferred risk for PDR in the polytomous analysis (OR of 4.23; 95% CI 1.38 to 12.93; p = 0.01) and for any degree of DR in the dichotomous analysis (ADR versus NPDR + PDR; OR of 3.07; 95% CI 1.22-8.95; p = 0.02). There was no association between the SNP rs6610650 (CYBB gene) and DR in this population. CONCLUSION: The functional SNPs rs713041 in GPX4 and rs17883901 in GCLC modulated the susceptibility to DR in the studied population of patients with T1D
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Influência dos polimorfismos do gene IL-28B na resposta à terapia com interferon peguilado e ribavirina em pacientes tratados por hepatite C crônica / Influence of IL-28B gene polymorphisms in the response to pegylated interferon and ribavirin therapy in patients with chronic hepatitis C

Luciane Lilian Cristina Patricio Martins 19 August 2014 (has links)
Introdução: Estima-se que a infecção pelo vírus da hepatite C (VHC) acometa 3% da população global constituindo a maior causa de cirrose hepática e hepatocarcinoma. Nos pacientes infectados pelo genótipo 1 do VHC, a terapia em vida real com interferon peguilado (PEG-IFN) e ribavirina (RBV) resulta em 30% a 50% de resposta virológica sustentada (RVS). Este desfecho é determinado por fatores de associados ao VHC (carga viral, genótipo, quasispécies), características do hospedeiro (etnia, gênero, fatores genéticos, comorbidades, adesão) e fatores ligados aos medicamentos. Estudos de associação genética ampla (GWAS) têm demonstrado que a presença dos polimorfismos (SNP) no gene da interleucina 28B (IL-28B) associam-se a resposta à terapia baseada em interferon. Os SNPs rs12979860, rs8099917 e rs12980275 têm sido amplamente estudados e pacientes com o perfil favorável têm maiores chances de alcançar a RVS ou a eliminação espontânea do VHC. Objetivos: Avaliar a frequência relativa e a influência dos polimorfismos rs12979860 (C > T), rs8099917 (T > G) e rs12980275 (A > G) no gene IL-28B em brasileiros portadores de infecção crônica pelo VHC tratados com PEGIFN/ RBV em uma casuística de pacientes atendidos pelos médicos do Ambulatório de Hepatites DMIP/LIM-47 e avaliar retrospectivamente a possibilidade de predição de resposta à partir do perfil IL-28B na população estudada. Materiais e Métodos: Após aprovação ética, foram selecionados 171 pacientes com coleta retrospectiva e sistematizada das informações de interesse. O DNA destes pacientes foi purificado e foram desenhados primers e sondas específicas para a genotipagem dos SNPs através da técnica de reação em cadeia de polimerase em tempo real. Resultados: entre os SNPs selecionados na análise univariada rs12979860 e rs12980275 associaram-se com RVS (p < 0,05). rs8099917 não teve associação com RVS. Na análise multivariada apenas rs12980275 manteve associação com RVS (p < 0,05). Conclusão: Ao contrário do descrito na Literatura Internacional nos pacientes brasileiros apenas o pouco estudado SNP rs12980275 associou-se à RVS / Introduction: Currently, infection with hepatitis C virus (HCV) affects 3% of people worldwide, and is the major cause of chronic hepatitis C, liver cirrhosis and hepatocellular carcinoma. In patients infected by genotype 1 of HCV, 30%- 50% of patients achieve sustained virological response, when they are treated with pegylated interferon (PEG-IFN) and ribavirin (RBV). This outcome is determined by VHC factors (mutations, genotype, quasispecies), host factors (gender, ethnic, genetic factors, comorbidities, adherence to treatment) and factors related to drugs. Genome wide association studies (GWAS) demonstrated that the presence of polymorphisms in interleukin 28B gene (IL- 28B) are associated with response to interferon based therapy. SNPs rs12979860, rs8099917 and rs12980275 have been widely studied and patients with the favorable profile are more likely to achieve SVR. Objectives: To evaluate the relative frequency and influence of the polymorphisms rs12979860 (C > T), rs8099917 (T > G) and rs12980275 (A > G) in Brazilian patients treated for chronic hepatitis C with PEG-IFN/RBV, and to evaluate, retrospectively, the prediction of the response possibility from IL-28B profile in the selected patients. Material and Methods: It was selected 171 patients. Medical history was evaluated retrospectively. A real time polymerase chain reaction assay was realized in order to analyze the polymorphisms. Results: In univariate analysis the polymorphisms rs12979860 and rs12980275 were associated with SVR (p < 0,05). The SNP rs8099917 was not associated with SVR. Multivariate analysis revealed that only rs12980275 maintained an association with SVR (p < 0,05). Conclusion: It is described on international literature that rs12979860 is strongly associated with SVR, however in Brazilian patients only the less studied SNP rs12980275 was associated with SVR
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Genetic Associations with Survival Outcomes after Matched Unrelated Donor Allogeneic Hematopoietic Stem Cell Transplantation

Karaesmen, Ezgi 21 September 2020 (has links)
No description available.
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Genetic polymorphisms in the stearoyl-CoA desaturase1 (SCD1) gene and their influence on the conjugated linoleic acid (CLA) and monounsaturated fatty acids (MUFA) content of milk fat of Canadian Holstein and Jersey cows

Kgwatalala, Patrick M., 1973- January 2008 (has links)
No description available.
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Association Analysis of Class II Division 2 Malocclusion and Two Genes Linked to Hypodontia (MSX1 and PAX9)

Wall, Matthew D. January 2009 (has links)
Indiana University-Purdue University Indianapolis (IUPUI) / Purpose of the Study: Determine if there is an association of the CII/D2 malocclusion and genes linked to hypodontia, namely PAX9 and MSX1. Methods and Materials: One hundred probands with CII/D2 and one hundred non-CII/D2 with no hypodontia were enrolled in this study. Clinical exam, photographs, models, radiographs, and saliva were gathered. DNA was isolated from the saliva and sent for genetic analysis. Single Nucleotide Polymorphisms (SNPs) from the PAX9 and MSX1 genes were analyzed using the LightCycler® 480 to verify the presence of each with the CII/D2 malocclusion. A Hardy-Weinberg test was used to screen for genotyping errors, then a chi-square test was used to evaluate the association of the SNP genotypes. A p-value of 0.05 was considered significant. Results: The Hardy-Weinberg test showed no significant differences between observed and expected counts thus we used them for association analysis. Chi-square analysis indicated no significant association between CII/D2 and the MSX1 rs3821949 and the PAX9 1955734 genotypes. Although a p-value of 0.06 for the PAX9 rs8004560 suggested association, it was considered a grey area and insufficient to conclude that there was significant association. Since the SNP PAX9 rs8004560 was insufficient, additional statistical analysis was also performed on the PAX9 rs8004560 genotype of the CII/D2 affected subjects reported to have hypodontia of any tooth including third molars and excluding third molars. A chi-square test yielded a p-value of 0.08 on the analysis of CII/D2 with hypodontia for any permanent tooth except third molars, which suggested association, but insufficient to conclude a significant association. All other analyses indicated a lack of association of the PAX9 rs8004560 SNP. Conclusions: There is no significant association of CII/D2 and the SNPs MSX1 rs3821949 and PAX9 rs1955734. There is a suggestion that there is an association of the SNP PAX9 rs8004560 and CII/D2. There is a suggestion that there is an association of SNP PAX9 rs8004560 and CII/D2 subjects with hypodontia of any tooth except third molars.
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Rastreamento de variantes de significado desconhecido (VUS) no gene RET em indivíduos-controle e em pacientes com carcinoma medular de tireoide / Screening of variants unknown significance (VUS) in the RET gene in control individuals and patients with medullary thyroid carcinoma

Hatanaka, Roxanne 03 December 2015 (has links)
Introdução: A Neoplasia endócrina múltipla do tipo 2 (NEM-2) é uma síndrome tumoral de herança autossômica dominante, na qual os tumores associados são carcinoma medular de tireoide (CMT), feocromocitoma (FEO) e hiperparatireoidismo primário (HPT). Esta síndrome ocorre devido a mutações ativadoras no proto-oncogene RET que alteram a via do receptor tirosina quinase RET. Essas mutações levam à ativação constitutiva de vias de sinalização desregulando o ciclo celular. Segundo os Consensos Internacionais de 2001 e 2009 sobre CMT/NEM-2, portadores de mutações no gene RET, inclusive indivíduos assintomáticos, devem ser submetidos a tireoidectomia total (TT) preventiva, aumentando a chance de cura da doença. Não é recomendado rastreamento clínico em portadores que apresentem somente polimorfismos isolados (variante não patogênica). No entanto, existem indivíduos que carregam variantes genéticas de significado clínico desconhecido (VUS), gerando dúvida quanto à conduta clínica. Atualmente, não se tem conhecimento se essas variantes podem ou não estar envolvidas no aumento do risco ao desenvolvimento de CMT. Dessa forma, o presente projeto analisou diversos aspectos como frequência alélica, estudo in silico, dados na literatura e nos bancos genéticos com o intuito de abranger o entendimento dessas variantes e auxiliar na indicação de conduta clínica adequada aos portadores de RET VUS. Objetivo: Expandir o conhecimento do potencial patogênico das VUS do gene RET, focando na classificação controversa da variante p.Y791F. Métodos: Foi realizado o rastreamento dos exons hotspots do gene RET em indivíduos adultos/idosos-controle e em pacientes com CMT através da técnica de Sequenciamento de Nova Geração (NGS) e Sequenciamento de Sanger. Foi também analisada a predição computacional da patogenicidade dessas variantes em seis diferentes programas preditivos. Foi feito o levantamento de dados em diversos bancos genéticos. Resultados: As variantes p.Y791N, p.Y791F e p.E511K foram encontradas no rastreamento genético das amostras-controle sequenciadas. Além dessas variantes, foram identificadas e estudadas famílias de pacientes com CMT portadoras das variantes p.V648I e p.K666N. A variante p.Y791F foi identificada em um novo caso somente com FEO. A análise in silico demonstrou que 4/6 programas foram mais informativos, e que 25/48 VUS demonstram alterar a estrutura físico-química da proteína RET. A frequência alélica encontrada nos bancos de dados de indivíduos-controle e indivíduos com tumores foram bastante baixas. Apenas 15/48 VUS possuem dados sobre estudos in vitro. Conclusão: Nossos dados sugerem que a variante RET p.Y791F, quando isolada e sem coocorrência com mutações conhecidas RET, se comporta como um polimorfismo benigno raro, sem associação do aumento do risco ao CMT. Já a associação de p.Y791F com mutações conhecidas RET, como a C634Y, pode levar ao desenvolvimento de fenótipos atípicos, como maior risco ao feocromocitoma. A variante p.V648I é provavelmente um polimorfismo benigno raro, evidenciado pelo seguimento clínico de aproximadamente 15 anos de uma família portadora dessa variante, sem evidências de CMT, FEO ou HPT. Há necessidade de mais dados para classificar apropriadamente as demais VUS; no entanto, devido a possibilidade das variantes p.E511K, K666N e Y791N poderem ser patogênicas, portadores devem ser monitorados clinicamente / Introduction: Multiple endocrine neoplasia type 2 (MEN-2) is a tumor syndrome with autosomal dominant inheritance, in which tumors are associated with medullary thyroid carcinoma (MTC), pheochromocytoma (FEO) and primary hyperparathyroidism (HPT). This syndrome occurs due to activating mutations in the RET proto-oncogene, which lead to constitutive activation of tyrosine kinase signaling pathways that deregulate the cell cycle. According to the International Consensus on MTC/MEN-2 of 2001 and 2009 one should recommend that RET mutation carriers, including asymptomatic individuals, should undergo prophylactic total thyroidectomy (TT), increasing the chance of cure of the disease. It is not recommended clinical screening in patients that show only isolated polymorphisms (non-pathogenic variant). However, there are individuals who carry genetic variants of unknown clinical significance (VUS), generating doubt about the best clinical management. Currently, there is no consistent knowledge whether these variants may or may not be involved with the increased risk to MTC. The present project has approached the several aspects of these VUS, such as the allele frequency, in silico pathogenic prediction, published data and public databases, in order to increase our knowledge about VUS, in an attempt to contribute by offering appropriate clinical management to VUS carriers. Objective: To expand the knowledge of the pathogenic potential of some of the VUS of the RET gene, focusing especially on the controversial genetic variant p.Y791F. Methods: We performed the mutation screening of hotspots exons of the RET gene of DNA samples of 2061 adult/elderly healthy individuals and of patients with CMT by Sanger sequencing and Next Generation Sequencing (NGS) techniques. Pathogenic predictions of the studied variants were generated using six genetic softwares. Allelic frequency of RET VUS was assessed in different public databanks. Results: Genetic screening of control samples identified the presence of p.Y791N, p.Y791F and p.E511K germline variants. Patients with MTC carrying p.V648I and p.K666N germline variants were localized and family members were screened and clinically investigated. In addition, a new case with pheochromocytoma was found to carry the p.Y791F germline variant. The in silico analyses showed that 4 out of 6 packages were more informative, suggesting physico-chemical structure alteration caused by 25 out of 48 RET VUS. Very low allele frequencies were found in the public databases including healthy individuals and tumor samples. In vitro studies have been performed only for 15 out of 48 RET VUS. Conclusion: Our data strongly suggest that the p.Y791F variant, when occurring in an isolated form, is a benign polymorphism not associated with increased risk of MTC. Conversely, its co-occurrence with bona fide RET mutations as C634Y may lead to modulation of the phenotype, as increasing the frequencies of large and bilateral pheochromocytomas in MEN2A families. Family members carrying the p.V648I variant isolate have been followed clinically for approximately 15 years. As no indication of MCT, pheochromocytoma or hyperparathyroidism development has been documented, we conclude that this variant is a rare RET benign polymorphism. More information is needed to a better characterization of other VUS as E511K, K666N and Y791N. Thus, carriers with these variants should be necessarily examined through a periodic clinical follow up

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