A Síndrome de Guillain-Barré é caracterizada por uma polirradiculoneuropatia de instalação aguda, usualmente imuno-mediada, com características clínicas associado a um envolvimento sensitivo e motor progressivo, muitas vezes determinando grande incapacidade e morbimortalidade nos indivíduos acometidos pela doença. Este projeto de pesquisa teve como objetivo o seguimento de uma coorte de indivíduos portadores da Síndrome de Guillain-Barré admitidos no Hospital de Clínicas de Porto Alegre durante o período de Janeiro de 2008 à Dezembro de 2009 para a correlação dos achados clínicos com os níveis plasmáticos e liquóricos da proteína S100B. A proteína S100B é basicamente encontrada nos astrócitos e tem tido grande importância para o melhor entendimento dos processos fisiopatológicos na injúria do Sistema nervoso central. Alguns autores relataram a correlação entre a Síndrome de Guillain-Barré e os níveis liquóricos da proteína S100B, baseado nestas descrições acreditamos que o melhor entendimento fisiopatológico da Síndrome de Guillain-Barré associado a determinação dos níveis plasmáticos e liquóricos da proteína S100B possam auxiliar e estabelecer uma importante ferramenta prognóstica precoce na determinação da gravidade dos portadores da Síndrome de Guillain-Barré. / The Guillain-Barre syndrome is characterized by a polyradiculoneuropathy of acute onset, usually immune-mediated, with clinical features associated with a progressive motor and sensory involvement, often determining major disability and morbidity in individuals affected by this disease. This research Project was aimed at following a cohort of patients with Guillain-Barre syndrome admitted to the Hospital de Clinicas de Porto Alegre during the period of January 2008 to December 2009. We measured the sera and cerebrospinal fluid (CSF) concentrations of S100B protein, neuron-specific enolase, neurotrophins and interleukin 6 using enzyme immunoassay methods in 22 patients with Guillain- Barre syndrome and 32 controls. The clinical and laboratory findings observed in the cases were important for better understanding of the pathophysiology of this disease coupled with the outcome of disabilities among the cases.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Instituto de Ciências Biológicas, Departamento de Biologia Celular, Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2010. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-06-13T18:45:48Z No. of bitstreams: 1 2010_LarissaCostaSouza.pdf: 1921437 bytes, checksum: 95665a015ade6f8fd6913fc4218169c1 (MD5) / Approved for entry into archive by Patrícia Nunes da Silva(patricia@bce.unb.br) on 2016-06-20T13:38:34Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2010_LarissaCostaSouza.pdf: 1921437 bytes, checksum: 95665a015ade6f8fd6913fc4218169c1 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-06-20T13:38:34Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2010_LarissaCostaSouza.pdf: 1921437 bytes, checksum: 95665a015ade6f8fd6913fc4218169c1 (MD5) / Dietas ricas em leguminosas têm sido associadas à baixa incidência de câncer em populações humanas, sendo essas plantas, ricas em inibidores de proteases. O BTCI (black-eyed pea trypsin/chymotrypsin inhibitor) é um inibidor de protease da família Bowman-Birk, isolado de sementes da leguminosa Vigna unguiculata (feijão-de-corda), que inibe a tripsina e a quimotripsina simultaneamente. Diversos estudos mostraram o efeito de um Inibidor Bowman-Birk (BBI) no controle de vários tipos de câncer. Recentemente, o BTCI foi caracterizado como um agente anticarcinogênico em estudos in vitro utilizando células de câncer de mama. Os resultados encontrados nesse estudo apontam para efeitos citotóxicos e citostáticos, no entanto, o mecanismo molecular envolvido nesses eventos ainda não foi elucidado. Considerando que o câncer está, de forma geral, relacionado a disfunções no ciclo celular, a via ubiquitina-proteassoma torna-se alvo promissor para o controle de células cancerosas. A investigação dos efeitos do BTCI no proteassoma é uma das principais metas que nortearam o presente trabalho. A caracterização físico-química e molecular da associação BTCI-proteassoma é fundamental para a compreensão da atividade do BTCI, relacionada ao controle do ciclo celular de células de câncer de mama, visando à possível aplicação desse inibidor como agente anticarcinogênico. O BTCI apresentou inibição contra as três atividades proteolíticas do proteassoma 20S: quimotripsina, tripsina e caspase-like. Adicionalmente, peptídeos derivados do BTCI, com apenas um sítio de inibição, apresentaram inibição do proteassoma com menor afinidade, ou ativação de algumas atividades proteolíticas desse complexo macromolecular. O BTCI e o proteassoma 20S formaram complexos estáveis em temperaturas até 55ºC e em pHs neutros e básicos, sendo esse complexo sensível ao NaCl. Estudos in vitro mostraram que o BTCI é colocalizado com o proteassoma em células de câncer de mama MCF-7 no citoplasma e no núcleo e não altera a ubiquitinação de proteínas nessas células. O peptídeo derivado de BTCI, Pep1, que inibe o sítio da quimotripsina, não afeta o conteúdo de proteínas ubiquitinadas nas células MCF-7, o que pode estar relacionado com a inibição de proteínas E3 ligase, envolvidas na ubiquitinação de proteínas celulares. Esses dados indicam que a via ubiquitina-proteassoma está relacionada aos efeitos anticarcinogênicos do inibidor BTCI em células de câncer de mama, MCF-7, o que justifica a ampliação dos estudos nessa linha de pesquisa, visando à aplicação biotecnológica desse inibidor na terapia contra o câncer de mama. _______________________________________________________________________________________________ ABSTRACT / Diets rich in leguminous, a rich source of protease inhibitors, have been associated with low incidence of cancer in humans. The BTCI (black-eyed pea trypsin/chymotrypsin inhibitor) is a Bowman-Birk protease inhibitor isolated from Vigna unguiculata (black-eyed pea) seeds, which inhibits trypsin and chymotrypsin simultaneously. Several studies have shown the effect of a Bowman-Birk inhibitor (BBI) in various types of cancer. Recently, BTCI was characterized as an anticancer agent in studies in vitro using breast cancer cells. The results from this study show cytotoxic and cytostatic effects of BTCI, however, the molecular mechanism involved in these events has not yet been elucidated. Considering that cancer is, in general, related to dysfunction in the cell cycle, the ubiquitin-proteasome pathway becomes a promising target for cancer cells control. The investigation of the BTCI effects on proteasome is one of the main purposes of the present study. The physical-chemical and molecular characterization of the BTCI-proteasome association is essential for understanding the activity of BTCI, related to cell cycle control in breast cancer cells, in order to consider its pharmacological application as anticarcinogenic agent. BTCI showed inhibition against all three proteolytic activities of 20S proteasome: chymotrypsin, trypsin and caspase-like. Additionally, peptides derived from BTCI, with only one inhibition site, showed proteasome inhibition with lower affinity or activation of some proteolytic activities of this macromolecular complex. The BTCI and the 20S proteasome formed stable complexes at temperatures up to 55°C and neutral and alkaline pHs, however, this complex is sensitive to NaCl. In vitro studies showed that BTCI colocalizes with the proteasome in breast cancer cells, MCF-7, at cytoplasm and nucleus, and does not alter the ubiquitination of proteins in these cells. The peptide derived from BTCI, Pep1, which inhibits the chymotrypsin site, does not affect the ubiquitinated proteins content in MCF-7 cells, which may be related to inhibition of E3 ligase protein, involved in the ubiquitination of cellular proteins. These data indicate that the ubiquitin-proteasome pathway is related to the anticarcinogenic effects of BTCI in breast cancer cells MCF-7, which justifies the further studies in the same research line, aimed the biotechnological application of this inhibitor in therapy against breast cancer.

Dissertação (mestrado)—Universidade de Brasília, Programa de Pós-Graduação em Biologia Molecular, 2015. / Submitted by Fernanda Percia França (fernandafranca@bce.unb.br) on 2016-03-02T13:00:39Z No. of bitstreams: 1 2015_DiogoMartinsdeSá.pdf: 8864026 bytes, checksum: 31e06adc819c9c1f38cd303d53cd3d41 (MD5) / Approved for entry into archive by Raquel Viana(raquelviana@bce.unb.br) on 2016-03-02T20:41:14Z (GMT) No. of bitstreams: 1 2015_DiogoMartinsdeSá.pdf: 8864026 bytes, checksum: 31e06adc819c9c1f38cd303d53cd3d41 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-03-02T20:41:14Z (GMT). No. of bitstreams: 1 2015_DiogoMartinsdeSá.pdf: 8864026 bytes, checksum: 31e06adc819c9c1f38cd303d53cd3d41 (MD5) / O Bacillus thuringiensis é uma bactéria gram positiva pertencente ao grupo Bacillus cereus, mas se distingue de outras espécies deste grupo por produzir, durante a esporulação, inclusões cristalinas contendo predominantemente uma ou mais proteínas de ação inseticida (toxinas Cry e Cyt), também chamadas de δ-endotoxinas. Por definição, toxinas Cry exibem toxicidade experimentalmente verificável a um organismo alvo, ou possuem similaridade significativa de sequencia à uma toxina Cry já descrita. A toxicidade de Cry1Ab é amplamente relatada para larvas da mariposa Manduca sexta e estudos indicam que o domínio II é responsável pelo reconhecimento específico dessa toxina ao receptor no intestino do inseto. Cry1Aa, Cry1Ab e Cry1Ac possuem 82 a 90% de identidade de resíduos de aminoácidos e a interação dessas proteínas com receptores primários do tipo caderina é descrita como um importante passo para a correta remoção da α-hélice 1 no domínio I e subsequente desencadeamento de eventos que levam à morte do inseto. Usando-se de modelagem por homologia e docking molecular, foram selecionados dois modelos descrevendo as interações entre o receptor de M. sexta, BT-R1, e a toxina Cry1Ab. Estes modelos foram submetidos à simulações por dinâmica molecular clássica e avaliados quanto a diversos aspectos de sua estrutura. Um total de 12 blocos de interação foram identificados para cada proteína e estudados quanto às suas propriedade biofísicas, cada qual constituído por uma região da sequência de aminoácidos de suas respectivas proteínas. As medidas de RMSD ao fim da dinâmica mostraram que os sítios de ligação ao receptor apresentam deformações menores que próprio receptor, indicando que a ligação à Cry1Ab estabiliza estas regiões. Mais que isso, os termos intermoleculares de energia de curta distância mostraram um declínio contínuo e uma tendência de atração entre as duas proteínas. Todas as ligações de hidrogênio e pontes salinas foram mapeadas e caracterizadas de acordo com sua persistência e distância média durante a dinâmica. Por último, foi avaliado o potencial eletrostático de cada bloco de interação, o que permitiu inferir as regiões que direcionam a ligação específica da toxina ao receptor. Para validar os modelos, foram sintetizados peptídeos correspondendo a cada bloco de interação para uma análise qualitativa utilizando ressonância plasmônica de superfície (SPR). Resultados preliminares de um dos modelos mostram que o loop 3, notório por sua função no reconhecimento ao receptor, é capaz de ligar-se a uma região nunca antes relatada dos receptores tipo caderina. Essa nova região possui um perfil de hidropaticidade similar ao do epitopo de um anticorpo específico ao loop 3 e, quando comparamos medidas entre pH 7,4 e pH 9,0 em experimentos de SPR, é possível observar uma ligação de mesma intensidade entre essas duas regiões usando-se 266 vezes menos concentração de analito em pH básico. O pH fisiológico do intestino de M. sexta é aproximadamente 9,0, o que indica que um dos modelos é capaz de reproduzir aspectos da interação in vivo. O prosseguimento deste trabalho, através de técnicas in silico e experimentos in vitro, deve indicar se ambos modelos são plausíveis de ocorrer, ou se um dos modelos é preterido. No geral, esses modelos permitiram observar o comportamento da toxina enquanto ligada ao receptor e contribuem para o entendimento de muitos dos experimentos in vitro realizados envolvendo as toxinas da família Cry1A e os receptores tipo caderina. / Cry1Ab is widely described as toxic to Manduca sexta larvae and extensive substitution of loop residues in domain II suggests that this region is responsible for specific binding to receptor. Cry1Aa, Cry1Ab, and Cry1Ac share 82 to 90% amino acid residue identity to one another and their interaction with cadherin-like receptors has been described as an important step for the correct removal of alpha-helix1 in domain I and subsequent events leading to the insect's death. After homology modeling and a selective protein docking, two models describing the interactions of Cry1Ab to the M. sexta cadherin-like receptor, BT-R1, were assessed using molecular dynamics simulations. A total of 12 binding regions were identified for each protein and their biophysical properties were further evaluated. Binding sites in the receptor were shown to have lower RMSD measures than the entire receptor, indicating that the binding of Cry1Ab stabilizes these regions. Also, Van der Waals and Coulomb short-range energy terms were measured for the receptor-toxin complex and showed an attraction tendency, with decreasing energy throughout the entire simulation. All intermolecular hydrogen bonds and salt bridges were identified and characterized according to persistence of existence and mean distances, respectively, as well as their participating residues. Lastly, electrostatic potential for each binding site was assessed, permitting to infer regions that guide specific binding of toxin to receptor. To further investigate the importance of each binding region and validate our model, we synthesized peptides corresponding to each of these regions. Result for one model show that loop 3, notorious for receptor recognition, binds a region previously unidentified in Manduca sexta cadherin-like receptor. This new toxin binding region shows the same hydropathicity profile of an antibody epitope previously described to bind specifically to loop 3. Most interestingly, binding occurs with over 266-fold less peptide concentration in pH 9.0 than in pH 7.4. The physiological pH in the insect midgut is approximately 9.0, which corroborates that at least one of the models reproduces in-vivo interaction. Ongoing work will show if both models are plausible to occur, or if one of them is preferable to the other. Overall, these models allowed the observation of the toxin's behavior when binding to BT-R1 and have helped explain many in vitro experiments concerning Cry1A and cadherin-like receptors.

Orientador : Prof. Dr. Bruno Dallagiovanna / Tese (doutorado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Biologia Celular e Molecular. Defesa: Curitiba, 30/07/2014 / Inclui referências : f. 105-111 / Resumo: Os organismos estão constantemente em modificação. Seja em resposta a pressões do ambiente, seja por eventos estocásticos, as modificações podem ser momentâneas ou hereditárias. Modificações momentâneas são desempenhadas pela regulação da expressão gênica, enquanto as hereditárias são os eventos evolutivos. A junção destas duas respostas biológicas, a evolução das redes regulatórias da expressão gênica, ainda é uma questão em aberto na biologia. O parasita unicelular Trypanosoma cruzi, além de sua importância médica, constitui um organismo modelo para o estudo da regulação pós-transcricional da expressão gênica. Devido à sua ramificação precoce na árvore filogenética dos seres vivos, é também um modelo no estudo da biologia evolutiva. Uma de suas RBPs (proteína de união ao RNA), a proteína regulatória TcRBP40, foi caracterizada em um estudo anterior. No atual trabalho foi determinada a sua localização celular: os reservossomos do parasita, estrutura anteriormente conhecida como de armazenamento nutricional. A presença desta proteína regulatória nesta organela, juntamente com outras proposições recentes, indica funções adicionais dos reservossomos para a biologia do parasita. Uma análise filogenética mostrou que o gene codificante da TcRBP40 originou-se junto com o gene da TcRBP7 a partir da duplicação de um gene ancestral, assim como seus homólogos em T. brucei (TbRBP7A e B). De acordo com a filogenia, os eventos de duplicação destes genes nestes organismos ocorreram de modo independente, após a divergência das duas espécies, e que estão acumulando mutações de modo assimétrico. As estruturas das proteínas foram preditas por modelagem por homologia e comparadas, sendo identificados os sítios divergentes. As proteínas TcRBP7 e TbRBP7A conservam maior semelhança, enquanto TcRBP40 é a mais divergente do grupo. Os alvos das proteínas TcRBP7 e TcRBP40 foram determinados por ribonômica in vivo e sequenciamento de nova geração, mostrando que menos de 10% são alvos em comum entre elas. Isso indica que estas RBPs de T. cruzi, apesar de conservarem 72% de identidade, regulam redes distintas de genes e portanto desempenham funções biológicas diferentes. Futuras análises poderão responder como as novas redes regulatórias surgem nos organismos, e como evoluem para desempenhar papéis distintos na biologia dos organismos. / Abstract: Organisms are constantly changing. In response to environmental pressures, or for stochastic reasons, those changes might be transient or inheritable. Transient changes are played by gene expression regulation, while inheritable ones consists on evolutionary events. The joining of both biological responses, which accounts for the gene expression regulatory networks evolution, is still an open question in biology. The unicellular parasite Trypanosoma cruzi, beyond its medical importance, is a model organism for posttranscriptional gene expression regulation studies. Due to its early-branching in the tree of life phylogeny, it is also a model for the study of evolution biology. One of its RBPs (RNA binding proteins), the regulatory protein TcRBP40, was characterized on a previous study. In this current work, its cellular location was determined: the parasite's reservosomes, previously known as a nutritional storage compartment. The presence of this regulatory protein inside this organelle, altogether with other recent propositions, indicates additional regulatory functions performed by reservosomes in the parasite's biology. A phylogenetic analysis revealed that TcRBP40 coding gene arose with TcRBP7 from the duplication of an ancestral gene, just as its T. brucei homologs (TbRBP7A and B). According to this phylogeny, the duplication events of these genes on those organisms occurred independently, after species divergency, and they are asymmetrically accumulating mutations. Protein structures were predicted by homology modeling and compared, identifying the divergent sites. The proteins TcRBP7 and TbRBP7A share the higher similarity, and TcRBP40 is the most divergent in this group. TcRBP7 and TcRBP40 targets were determined by in vivo ribonomics and next generation sequencing, showing less than 10% of overlap. This indicates that these T. cruzi RBPs, even though they conserve 72% identity, they regulate distinct gene networks and so play different biological roles. Other analysis may answer how the new regulatory gene networks arise in organisms, and how they evolve to play distinct roles in organisms' biology.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:24Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2012-04-13Bitstream added on 2014-06-13T19:35:28Z : No. of bitstreams: 1 morales_em_me_rcla.pdf: 1048441 bytes, checksum: f70fcea5e921f8f337a4a140d3661105 (MD5) / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior (CAPES) / O presente trabalho avaliou o potencial de misturas, pasteurizadas ou não, contendo farinha de mesocarpo de babaçu (FMB) e farinha de folhas de mandioca (FFM) como substrato de fermentação para o Rhizopus oligosporus. As amostras foram umedecidas a 57%, inoculadas com o fungo e incubadas a 30±2°C até a colonização completa manifestada pela visualização evidente dos micélios. Foram quantificados proteínas, lipídios, carboidratos totais, cinzas e umidade das amostras com variadas concentrações de FMB e FFM (FMB, FMB+2%FFM, FMB+4%FFM, FMB+8%FFM, FMB+16%FFM, FMB+32%FFM e FFM), sendo que as amostras FMB+8%FFM, FMB+32%FFM e FFM apresentaram aumento significativo quanto a quantidade de proteínas. A digestibilidade das amostras foi calculada mediante a digestão com tripsina para a conversão real do valor nutricional relativo da proteína. O valor nutricional relativo (VNR) das proteínas foi avaliado mediante o crescimento do Enterococcus zymogenes, antes e após a fermentação. Os resultados obtidos demonstram que a mistura contendo FMB+32%FFM, após pasteurização e fermentação, apresenta-se como um substrato eficiente para a fermentação em estado sólido pelo R. oligosporus, proporcionando melhorias significativas quanto ao valor de proteínas (11,45 ± 0,105%), minerais (2,85 ± 0,015%) e lipídios (1,48 ± 0,05%). A concentração de aminoácidos essenciais quantificada na amostra apresentou maior quantidade e qualidade ao final do processo, suprindo grande parte da necessidade diária recomendada pela FAO (histidina (185,8 mg/100g), treonina (487,6 mg/100g), valina (526,3 mg/100g), metionina (123,8 mg/100g), isoleucina (417,9 mg/100g), leucina (719,8 mg/100g), fenilalanina (565,0 mg/100g), lisina (425,7 mg/100g), sendo deficiente apenas em triptofano. Os dados desta pesquisa... / This study evaluated the potential of mixtures, pasteurized or not, containing babassu mesocarp flour (BMF) and cassava leaf meal (CLM) as substrate for fermentation by Rhizopus oligosporus. The samples were moisturized to 55%, inoculated with the fungus and incubated at 30±2°C until complete colonization expressed by the clear view of mycelia. Protein, lipids, total carbohydrates, ashes and humidity were quantified of the samples with varying concentrations of BMF and CLM (BMF, BMF+2%CLM, BMF+4%CLM, BMF+8%CLM, BMF+16%CLM, BMF+32%CLM and CLM), whereas the samples containing BMF+8%CLM, BMF+32%CLM and CLM showed a significant increase in the amount of protein. The digestibility of the samples was calculated by trypsin digestion to real converting of relative nutritional value (RNV). The real relative nutritional value of proteins was checked by the growth of Enterococcus zymogenes before and after fermentation. The results obtained show that the mixture containing BMF + 32% CLM, after pasteurization and fermentation presented as an efficient substrate for solid-state fermentation by R. oligosporus, providing significant improvements in value of proteins (11.45 ± 0.105%), minerals (2.85 ± 0.015%) and lipids (1.48 ± 0.05%). The concentration of essential amino acids quantified on sample showed higher quantity and quality on final product, supplying most of diary necessity by FAO’s recommendation (histidine (185.8 mg/100g), threonine (487.6 mg/100g), valine (526.3 mg/100g), methionine (123.8 mg/100g), isoleucine (417.9 mg/100g), leucine (719.8 mg/100g), phenylalanine (565.0 mg/100g), lysine (425.7 mg/100g), being deficient only in tryptophan. The results of this work indicate that babassu... (Complete abstract click electronic access below)

Orientador : Prof. Dr. Silvio Marques Zanata / Dissertação (mestrado) - Universidade Federal do Paraná, Setor de Ciências Biológicas, Programa de Pós-Graduação em Ciencias Biológicas (Microbiologia, Parasitologia e Patologia Básica). Defesa: Curitiba, 2017 / Inclui referências : f. 55-60 / Resumo: A proteína STI1 foi descrita como uma molécula relacionada ao estresse térmico de leveduras, e por isso é denominada Stress-Inducible Protein 1. Sua homóloga humana é a Hop (Heat-shock organizing protein). Ela tem expressão praticamente ubíqua e é encontrada em vesículas intracelulares, complexo de Golgi ou dispersa no citoplasma. Estudos indicam que esta proteína participa de vários eventos celulares como desenvolvimento de astrócitos, diferenciação de neurônios, neuroproteção, neuritogênese, formação da memória em ratos e proliferação celular em tumor de ovário. Além disso, a STI1 foi também recentemente caracterizada como ligante da GTPase Rnd1. As GTPases de baixa massa molecular são um grupo de moléculas que ciclam entre as formas ativa e inativa. Aquelas pertencentes à subfamília Rnd possuem pouca atividade GTPásica intrínseca, encontrando-se constitutivamente ativas, sendo desse modo diferentes das outras Rho GTPases. A proteína Rnd1 é encontrada principalmente no cérebro, e está envolvida em vários mecanismos celulares, como a inibição de fibras de estresse e a indução da desorganização do citoesqueleto de actina e adesão focal. Além disso, Rnd1 está presente na extensão inicial de neuritos em células PC-12, e no desenvolvimento de dendritos em neurônios hipocampais de ratos. Foi demonstrada que a interação da STI1 com a Rnd1 pode interferir na fenomenologia (colapso do cone de crescimento) desencadeada pelo eixo Sema3A/Plexina-A1. Por outro lado ainda não foi determinado quais são as vias de sinalização que estão a jusante da interação STI1- Rnd1, responsáveis por esta interferência. Desse modo, as proteínas recombinantes GST, GST-RhoA G14V e GST-RBD foram expressas para a realização de ensaios de pulldown visando elucidar o papel de STI1 na atividade de p190RhoGAP e seu substrato RhoA. Primeiramente foi possível detectar que a presença de STI1 ao inativar Rnd1, leva também a inativação de sua ligante p190RhoGAP. Porém, não foi possível esclarecer o papel desta proteína na atividade de RhoA bem como sua atuação na atividade de cofilina. A produção de anticorpo monoclonal anti-Rnd1 também foi um objetivo do presente trabalho, porém apesar da indicação da presença de anticorpos anti-Rnd1 em soro policlonal, não foi possível detectar a clone positivo para este anticorpo na produção de hibridomas. Palavras-chave: GTPases, Rnd1, STI1, atividade. / Abstract: STI1 protein has been described as a yeast thermal stress-related molecule, and is therefore called Stress-Inducible Protein 1. Its human counterpart is Hop (Heat-shock organizing protein). It has virtually ubiquitous expression and is found in intracellular vesicles, Golgi complex or dispersed in the cytoplasm. Studies indicate that this protein participates in several cellular events such as astrocyte development, differentiation of neurons, neuroprotection, neuritogenesis, memory formation in rats and cell proliferation in ovarian tumor. In addition, STI1 has also recently been characterized as GTPase Rnd1 linker. Low molecular weight GTPases are a group of molecules that cycle between active and inactive forms. Those belonging to the subfamily Rnd have little intrinsic GTPase activity, being constitutively active, thus being different from the other Rho GTPases. Rnd1 protein is found primarily in the brain, and it is involved in several cellular mechanisms, such as inhibition of stress fibers and induction of actin cytoskeleton disorganization and focal adhesion. In addition, Rnd1 is present in the initial extension of neurites in PC-12 cells, and in the development of dendrites in hippocampal neurons of rats. It has been shown that the interaction of STI1 with Rnd1 can interfere in the phenomenology (growth cone collapse) triggered by the Sema3A / Plexin-A1 axis. On the other hand, it has not yet been determined which are the signaling pathways that are downstream of the STI1-Rnd1 interaction, responsible for this interference. Thus, the recombinant GST, GST-RhoA G14V and GST-RBD proteins were expressed for pulldown assays to elucidate the role of STI1 in p190RhoGAP activity and its RhoA substrate. First, it was possible to detect that the presence of STI1 when inactivating Rnd1 also leads to the inactivation of its p190RhoGAP ligand. However, it was not possible to clarify the role of this protein in RhoA activity as well in cofilin activity. The production of anti-Rnd1 monoclonal antibody was also an objective of the present work, but despite the presence of anti-Rnd1 antibodies in polyclonal serum, it was not possible to detect the positive clone for this antibody in the production of hybridomas. Key words: GTPases, Rnd1, STI1, activity.

Resumo: O presente trabalho avaliou o potencial de misturas, pasteurizadas ou não, contendo farinha de mesocarpo de babaçu (FMB) e farinha de folhas de mandioca (FFM) como substrato de fermentação para o Rhizopus oligosporus. As amostras foram umedecidas a 57%, inoculadas com o fungo e incubadas a 30±2°C até a colonização completa manifestada pela visualização evidente dos micélios. Foram quantificados proteínas, lipídios, carboidratos totais, cinzas e umidade das amostras com variadas concentrações de FMB e FFM (FMB, FMB+2%FFM, FMB+4%FFM, FMB+8%FFM, FMB+16%FFM, FMB+32%FFM e FFM), sendo que as amostras FMB+8%FFM, FMB+32%FFM e FFM apresentaram aumento significativo quanto a quantidade de proteínas. A digestibilidade das amostras foi calculada mediante a digestão com tripsina para a conversão real do valor nutricional relativo da proteína. O valor nutricional relativo (VNR) das proteínas foi avaliado mediante o crescimento do Enterococcus zymogenes, antes e após a fermentação. Os resultados obtidos demonstram que a mistura contendo FMB+32%FFM, após pasteurização e fermentação, apresenta-se como um substrato eficiente para a fermentação em estado sólido pelo R. oligosporus, proporcionando melhorias significativas quanto ao valor de proteínas (11,45 ± 0,105%), minerais (2,85 ± 0,015%) e lipídios (1,48 ± 0,05%). A concentração de aminoácidos essenciais quantificada na amostra apresentou maior quantidade e qualidade ao final do processo, suprindo grande parte da necessidade diária recomendada pela FAO (histidina (185,8 mg/100g), treonina (487,6 mg/100g), valina (526,3 mg/100g), metionina (123,8 mg/100g), isoleucina (417,9 mg/100g), leucina (719,8 mg/100g), fenilalanina (565,0 mg/100g), lisina (425,7 mg/100g), sendo deficiente apenas em triptofano. Os dados desta pesquisa... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: This study evaluated the potential of mixtures, pasteurized or not, containing babassu mesocarp flour (BMF) and cassava leaf meal (CLM) as substrate for fermentation by Rhizopus oligosporus. The samples were moisturized to 55%, inoculated with the fungus and incubated at 30±2°C until complete colonization expressed by the clear view of mycelia. Protein, lipids, total carbohydrates, ashes and humidity were quantified of the samples with varying concentrations of BMF and CLM (BMF, BMF+2%CLM, BMF+4%CLM, BMF+8%CLM, BMF+16%CLM, BMF+32%CLM and CLM), whereas the samples containing BMF+8%CLM, BMF+32%CLM and CLM showed a significant increase in the amount of protein. The digestibility of the samples was calculated by trypsin digestion to real converting of relative nutritional value (RNV). The real relative nutritional value of proteins was checked by the growth of Enterococcus zymogenes before and after fermentation. The results obtained show that the mixture containing BMF + 32% CLM, after pasteurization and fermentation presented as an efficient substrate for solid-state fermentation by R. oligosporus, providing significant improvements in value of proteins (11.45 ± 0.105%), minerals (2.85 ± 0.015%) and lipids (1.48 ± 0.05%). The concentration of essential amino acids quantified on sample showed higher quantity and quality on final product, supplying most of diary necessity by FAO's recommendation (histidine (185.8 mg/100g), threonine (487.6 mg/100g), valine (526.3 mg/100g), methionine (123.8 mg/100g), isoleucine (417.9 mg/100g), leucine (719.8 mg/100g), phenylalanine (565.0 mg/100g), lysine (425.7 mg/100g), being deficient only in tryptophan. The results of this work indicate that babassu... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Dejanira de Franceschi de Angelis / Coorientador: Rosilene Naves Domingos / Banca: Cassiana Maria Reganhan Coneglian / Banca: Hércules Menezes / Mestre

Orientador: Marinômio Lopes Cornélio / Banca: Marcelo Andrés Fossey / Banca: Luiz Alberto Colnago / Resumo: Neste trabalho a tripsina pancreática bovina é utilizada como proteína alvo na aplicação da espectroscopia de correlação bidimensional investigando os processos de desenovelamento e re-enovelamento. A espectroscopia de correlação bidimensional generalizada proposta por Noda (Noda, 1993) tem crescido em aplicações e novas técnicas de correlação 2D têm sido desenvolvidas. Assim como em RMN 2D, picos espectrais são espalhados em uma segunda dimensão, simplificando a visualização de espectros complexos, por serem constituídos de bandas sobrepostas ajudando na resolução espectral, de similar modo foi desenvolvido técnicas de analises para o infravermelho. O desenvolvimento de um software para obtenção da correlação generalizada e correlação sample-sample (Sasic, et al., 2000) foi uma etapa importante neste estudo, entretanto a associação entre estes resultados torna a abordagem do problema de desenovelamento e re-enovelamento mais rica em detalhes. A análise de correlação bidimensional sample-sample (2D-SS) indica uma temperatura de desenovelamento em 48°C que é corroborado por DSC (49C). Além dessa, temperaturas de pré-transição em 31°, 37° e 43°C e pós-transição em 54°, 59° e 69°C foram reveladas por 2D sample-sample. O perfil do termograma obtido por DSC indica que o processo de desenovelamento é do tipo múltiplo estado o que valida a descoberta de temperaturas de pré e pós-transição. A análise generalizada revela as estruturas secundárias e os eventos seqüenciais envolvidos em cada uma destas transições. A partir da equação de van't Hoff é obtido o valor da entalpia de desenovelamento 28,1 kcal/mol, já a análise calorimétrica por sua vez fornece um valor para a entalpia aparente de 59,3 kcal/mol. / Abstract: In this work the bovine pancreatic trypsin is used as the target protein in the application of two-dimensional correlation spectroscopy investigating the processes of unfolding and refolding. The two-dimensional generalized correlation spectroscopy proposed by Noda (Noda, 1993) has grown into applications and new 2D correlation techniques have been developed. As well as in 2D NMR spectral peaks are spread across a second dimension, simplifying the complex spectra view because they are made up of overlapping bands increasing the spectral resolution of similar way was developed techniques of analysis to the infrared technique. The development of software for obtaining generalized correlation and correlation sample-sample (Sasic, et al., 2000) was an important step in this study, however the association between these results makes the approach to the problem of unfolding and refolding richer in detail. The two-dimensional sample-sample correlation analysis (2D-SS) indicates a temperature of unfolding at 48 °C which is corroborated by DSC (49 °C). In addition to this, pre transitions temperatures in 31 ° 37° and 43 °C and post transition in 54°, 59° and 69°C were revealed by 2D-SS. The profile of the thermogram obtained by DSC indicates that the process of unfolding is of the type of multiple state that validates the discovery of temperatures of pre and post transition. The generalized analysis reveals the secondary structures and sequential events involved in each of these transitions. From the van't Hoff equation is retrieved a value of the unfolding enthalpy of 28.1 kcal/mol, from the calorimetric analysis the value for the apparent enthalpy was 59.3 kcal/mol. / Mestre

Orientador: Sandro Roberto Valentini / Coorientador: Cleslei Fernando Zanelli / Banca: Alexandra Ivo de Medeiros / Banca: Nilson Ivo Tonin Zanchin / Banca: Érico Tosoni Costa / Banca: Dirce Maria Carraro / Resumo: Ácido retinóico (AR) regula a transcrição de uma série de genes envolvidos em proliferação celular, diferenciação celular e apoptose através de sua ligação com o receptor de ácido retinóico (RAR) ligado com o receptor de retinóide X (RXR) na forma de heterodímero. A proteína ligante de ácido retinóico celular (CRABP2) é envolvida no transporte do AR do citoplasma para o núcleo, atuando assim como uma proteína coativadora dos receptores retinóides nucleares. Com o objetivo de melhor entender o mecanismo de sinalização celular por ácido retinóico envolvendo CRABP2, foi utilizado o sistema de duplo-híbrido em levedura como uma ferramenta para identificação de interações físicas proteína-proteína. Um total de 20 proteínas candidatas ligantes de CRABP2 foram identificadas no rastreamento de duplo-híbrido, das quais cinco são relacionadas com regulação da transcrição, mais especificamente com o processo de remodelagem da cromatina: polipeptídeo do complexo T (TCP1), histona H3/família 3A (H3F3A), histona H3/família 3B (H3F3B), tubulina beta (TUBB) e fator associado ao CTD relacionado com SR (SCAF1). Esses resultados sugerem um papel mais direto de CRABP2 na remodelagem de cromatina e poderá revelar novos aspectos da regulação da transcrição mediada por receptores de ácido retinóico. Além disso, também foi abordado neste trabalho um estudo dos níveis de expressão dos receptores de ácido retinóico em resposta a agentes desmetilantes / Abstract: Retinoic acid (RA) regulates the transcription of a series of genes involved in cell proliferation, differentiation and apoptosis by binding to RA Receptor (RAR) and Retinoid X Receptor (RXR) heterodimers. The cellular retinoic acid-binding protein 2 (CRABP2) is involved in the transport of RA from the cytosol to specific RA receptors in the nucleus, acting as a coactivator of nuclear retinoid receptors. In order to have a better understanding of the mechanism of cellular signaling by retinoic acid involving CRABP2, we used the yeast two-hybrid system as a tool for the identification of physical protein-protein interactions. A total of twenty putative CRABP2-interacting proteins were identified in the two-hybrid screen, out of which five are related to transcription regulation, more specifically to the process of chromatin remodeling: t-complex 1 (TCP1); H3 histone, family 3A (H3F3A); H3 histone, family 3B (H3F3B); tubulin beta (TUBB) and SR-related CTD-associated factor 1 (SCAF1). These results suggest a more direct role for CRABP2 in chromatin remodeling and may reveal new aspects of the control of transcription by RA receptors. Furthermore, we have also investigated the expression levels of the retinoic acid receptors, in mammalian cells in response to demethylating agents / Doutor

Orientador: Makoto Yoshida / Banca: Valter Luiz Líbero / Banca: João Ruggiero Neto / Resumo: Estudamos o enovelamento de proteínas através da termodinâmica de uma cadeia heteropolimérica. Para isso, adaptamos um método de Monte Carlo introduzido por Wang e Landau para o estudo de transições de fase em sistemas magnéticos para estudarmos a mecânica estatística dessa cadeia. Trata-se de um método que se vale do passeio randômico no espaço de energias para determinação da densidade de estados acessíveis à cadeia e com ela determinar grandezas termodinâmicas do sistema em estudo. Para obtermos essa densidade de estados, adotamos modelos de rede para gerarmos todas as conformações geométricas possíveis de uma cadeia de 27 monômeros em uma rede cúbica. Estudamos várias seqüências de monômeros adotando os modelos de rede mais relevantes utilizados para a investigação do enovelamento de proteínas tais como o modelo HP e modelos mais elaborados que utilizam as interações de Miyazawa-Jernigan entre monômeros. Calculamos diversas grandezas termodinâmicas essenciais para a compreensão do enovelamento de proteínas e com isso mostramos a eficiência do método Wang-Landau. / Abstract: We studied the protein folding through investigating the thermodynamics of a hetero-polymeric chain. For this purpose, a Monte Carlo method introduced by Wang and Landau to study the phase transitions in magnetic systems, was adapted to investigate the statistical mechanics of this chain. The method is based on the random walk in the energy space to determine the density of states of the chain and important thermodynamics quantities. For this purpose, we adopted the lattice model and generate all geometric conformations of a 27-monomer chain in a cubic lattice. We studied several sequences of monomers adopting the most relevant lattice models, such as the HP model and more elaborated models considering the Miyazawa-Jernigan interactions. We computed several thermodynamics quantities to help us to understand the protein folding and show the efficiency of the Wang-Landau method. / Mestre