Conselho Nacional de Desenvolvimento CientÃfico e TecnolÃgico / O objetivo do presente trabalho foi realizar um estudo sobre as proteÃnas do plasma seminal e dos espermatozoides e suas associaÃÃes com morfologia espermÃtica e com mÃtodos de coleta e criopreservaÃÃo de sÃmen de touros Bos indicus das raÃas Brahman e GuzerÃ, utilizando uma abordagem proteÃmica. Foram coletadas amostras de sÃmen e as proteÃnas do plasma seminal foram separadas atravÃs de eletroforese bidimensional ou eletroforese bidimensional em gel diferencial e identificadas por espectrometria de massa. O proteoma do plasma seminal dos touros Bos indicus foi descrito identificando as Binder of sperm proteins como as proteÃnas mais abundantes no fluido seminal, enquanto que as spermadhesins formaram o segundo grupo com maior expressÃo. Foram encontradas associaÃÃes positivas e negativas entre as proteÃnas do plasma seminal e a porcentagem de espermatozoides morfologicamente normais constituindo possÃveis marcadores moleculares desta caracterÃstica. Em outro aspecto, foram identificadas diferenÃas no volume do ejaculado e no perfil proteico do plasma seminal touros Bos indicus submetidos a diferentes mÃtodos de coleta de sÃmen (vagina artificial interna e eletroejaculaÃÃo). Baseado nas anÃlises dos gÃis bidimensionais, 22 spots tiveram volumes maiores nas amostras coletadas por vagina artificial interna, correspondendo a 21 proteÃnas. Em contrapartida, 33 spots correspondendo a 26 proteÃnas tiveram maiores volumes nos gÃis de amostras coletadas por eletroejaculaÃÃo. As principais proteÃnas com maior expressÃo em amostras obtidas por vagina artificial interna e eletroejaculaÃÃo eram de origem epididimÃria e das glÃndulas sexuais acessÃrias, respectivamente. No presente trabalho, ainda foram feitas associaÃÃes entre a expressÃo de proteÃnas no plasma seminal e nas cÃlulas espermÃticas com os parÃmetros do sÃmen pÃs-criopreservaÃÃo em touros Bos indicus da raÃa GuzerÃ. Os animais apresentaram, em mÃdia, peso corporal, circunferÃncia escrotal e parÃmetros seminias prÃ-criopreservaÃÃo do sÃmen sem diferenÃa estatÃstica. De acordo com os parÃmetros espermÃticos pÃs-criopreservaÃÃo obtidos pelo sistema computadorizado de anÃlise de sÃmen os animais foram divididos em grupos de alta e baixa congelabilidade. TrÃs proteÃnas do plasma seminal e cinco dos espermatozoides foram mais expressas no grupo de alta congelabilidade. Outras seis proteÃnas do plasma seminal foram mais expressas no grupo de baixa congelabilidade. Os modelos de regressÃo adotados para as intensidades dos spots do plasma seminal e das cÃlulas espermÃticas, bem como as anÃlises de interaÃÃes proteÃna-proteÃna indicam que a maioria das proteÃnas inversamente associadas com a viabilidade espermÃtica pÃs-descongelaÃÃo pode ser expressa como uma resposta a um estresse oxidativo e/ou ataque microbiano antes da criopreservaÃÃo de sÃmen de animais do grupo de baixa congelabilidade nÃo detectado pelas anÃlises convencionais do sÃmen. AtravÃs da utilizaÃÃo de uma abordagem proteÃmica, os resultados encontrados no presente trabalho podem servir de orientaÃÃo para futuras pesquisas que visem identificar marcadores moleculares de processos reprodutivos baseado na expressÃo de proteÃnas no plasma seminal e nas cÃlulas espermÃticas de touros Bos indicus. / The aim of this work was to study seminal plasma and whole sperm proteins and their association with sperm morphology and methods of semen collection and cryopreservation in Bos indicus bulls using a proteomics approach . Seminal plasma proteins were separated by two-dimensional electrophoresis or diferential gel electrophoresis and identified by mass spectrometry gel. Firstly, we described the seminal plasma proteome of Bos indicus bulls, identified the Binder of Sperm Proteins as the more abundant proteins in seminal fluid, while the spermadhesins formed the second group with higher expression. Positive and negative associations were found between seminal plasma proteins and the percentage of morphologically normal spermatozoa constituing possible molecular markers of this characteristic. In other hand, differences were identified in ejaculate volume and seminal plasma protein profile of Bos indicus bulls subjected to different methods of semen collection (internal artificial vagina and electroejaculation). Based on the analysis of two-dimensional gels, 22 spots had larger volumes in samples collected by internal artificial vagina, corresponding to 21 proteins. In contrast, 33 spots had larger volumes of samples collected by electroejaculation corresponding to 26 differents proteins. The proteins with great volume in samples obtained by internal artificial vagina and electroejaculation had epididymal and accessory sex glands origin, respectively. In the present study, others associations have been made among protein expression in seminal plasma and sperm cells and semen parameters after cryopreservation in Bos indicus bulls. The animals had not differences between body weight, scrotal circumference and seminal parameters pre-freezing. After cryopreservation, the semen parameters were analyzed by computer system (CASA) and the animals were divided into groups of low and high freezability. In the high freezability group were more expressed three proteins of seminal plasma and five proteins of sperm. For the group of low freezability were more expressed six different seminal plasma proteins. Regression models adopted for the intensities of the spots in the seminal plasma and sperm cells, as well as analysis of protein-protein interactions, indicate that most of the proteins inversely associated with post -thaw sperm viability may be expressed as a response to an oxidative stress and/or microbial attack before the semen cryopreservation of animals with low freezability. These parameters could not be detected by conventional sperm analysis. This results obtened by applying of the proteomics approach, could serve as guideline for future researchs aimed to identifed molecular markers of reproductive processes based on the expression of proteins in seminal plasma and sperm cells of Bos indicus bulls.

O chumbo (Pb) é um metal pesado que pode ocasionar alterações em todos os sistemas. Porém os maiores danos à saúde ocorrem quando este acomete o sistema nervoso central (SNC). Muitos estudos demonstram as alterações clinicas/comportamentais causadas pela ação do Pb no SNC. Entretanto, ainda são necessários estudos que demonstrem as alterações bioquímicas causadas pelo Pb neste sistema. Por outro lado, tem sido relatado que o ferro (Fe) parece ter um efeito protetor na toxicidade cerebral causada pelo Pb. Assim, o objetivo deste estudo foi analisar a concentração de Pb no tecido cerebral, bem como realizar análise proteômica em cérebro de ratos intoxicados por Pb, submetidos à suplementação com Fe ou não. O experimento foi realizado com 30 ratos recém-desmamados (Rattus norvegicus, variedade Wistar) divididos em 6 grupos (n=5/grupo), de acordo com o tratamento recebido por 6 semanas, a saber: Controle (não exposto ao Pb ou Fe), Controle Fe (exposto à administração de 20 mg/Kg p.c. de FeSO4 a cada 2 dias, por gavagem gástrica), Pb 100 (exposto à água contendo 100 mg/L de Pb), Pb 400 (exposto à água contendo 400 mg/L de Pb) Pb100 + Fe (exposto à água contendo 100 mg/L de Pb e à gavagem com FeSO4) e Pb400 + Fe (exposto à água contendo 400 mg/L de Pb e à gavagem com FeSO4). Decorrido o período experimental, os animais foram eutanasiados e o cérebro dos animais foi removido, sendo descartados o cerebelo e o tronco encefálico. O restante foi submetido à concentração de Pb e à análise proteômica. Foi observada uma dose-resposta em relação à concentração de Pb no cérebro. A administração de FeSO4 reduziu os níveis de Pb no cérebro, embora sem significância estatística. A análise dos géis com os spots proteicos demonstrou uma redução na quantidade destes de acordo com o tratamento recebido pelos grupos. O grupo controle mostrou a maior quantidade de spots, ao passo que os grupos que receberam a maior concentração de Pb (400 mg/L) apresentaram as menores quantidade de spots. Também houve uma diminuição na quantidade de spots detectados quando administrado FeSO4. Dos spots que apresentaram diferença de expressão nas comparações entre o grupo controle e os grupos experimentais e os grupos experimentais comparados aos seus pares suplementados ou não com FeSO4, 75 proteínas foram identificadas por espectrometria de massas, sendo 20 proteínas (26,0%) relacionadas à função de metabolismo, 21 proteínas (28,0%) relacionadas a estrutura e organização das estruturas, 22 proteínas (30,0%) relacionadas à função de processos celulares, nove proteínas (12,0%) relacionadas às vias de informação e três proteínas (4,0%) pertencentes à categoria miscelânea. A expressão das proteínas dimunuiu na maioria das vezes, para todas as classificações funcionais. O presente estudo, associado a achados anteriores, aponta para um papel deletério do Pb no córtex cerebral dos animais expostos a este metal, independente da concentração utilizada, não sendo possível observar um efeito protetor do FeSO4. Este processo parece ser mediado por proteínas como Gamma-enolase, Alpha-internexin, várias isoformas de 14-3-3 e Homer protein homolog 1. / Lead (Pb) is a heavy metal that may yield changes in all body systems, yet the greatest health damages occur when it affects the central nervous system (CNS). Many studies demonstrate the clinical/behavioral changes caused by the action of Pb on the CNS. However, studies are necessary to demonstrate the biochemical changes caused by Pb in this system. Conversely, it has been reported that iron (Fe) seems to play a protective role on the brain toxicity caused by Pb. Therefore, this study analyzed the concentration of Pb in the brain tissue, and conducted proteomic analysis in the brain of rats intoxicated by Pb, submitted or not to Fe supplementation. The study was conducted on 30 weaning rats (Rattus norvegicus, Wistar type) divided in 6 groups (n=5/group), according to the treatment established for 6 weeks, as follows: Control (not exposed to Pb or Fe), Control Fe (exposed to administration of 20 mg/Kg p.c. of FeSO4 at every 2 days, by gastric gavage), Pb 100 exposed to water containing 100 mg/L of Pb), Pb 400 (exposed to water containing 400 mg/L of Pb) Pb100 + Fe (exposed to water containing 100 mg/L of Pb and gavage with FeSO4) and Pb400 + Fe (exposed to water containing 400 mg/L of Pb and gavage with FeSO4). After the experimental period, the animals were killed and the brains of animals were removed, discarding the cerebellum and brainstem. The remaining structure was submitted to analysis of Pb concentration and proteomic analysis. A dose-response relationship was observed in Pb concentration in the brain. The administration of FeSO4 reduced the levels of Pb in the brain, though without statistical significance. The analysis of gels with proteic spots demonstrated reduction in their quantity according to the treatment performed in the groups. The control group exhibited greater concentration of spots, while groups receiving higher Pb concentration (400 mg/L) presented the lowest quantity of spots. There was also reduction in the quantity of spots detected when FeSO4 was administered. Among the spots presented different expression in the comparisons between the control group and experimental groups and between the experimental groups and their counterparts supplemented or not with FeSO4, 75 proteins were identified by mass spectrometry, being 20 proteins (26.0%) related to metabolic functions, 21 proteins (28.0%) related to structure and organization of structures, 22 proteins (30.0%) related to cell functions and processes, nine proteins (12.0%) related to information pathways and three proteins (4.0%) from the miscellaneous category. The expression of proteins was reduced in most cases, for all functional classifications. The present study, combined to previous findings, indicates a harmful effect of Pb in the cerebral cortex of animals exposed to this metal, regardless of the concentration employed, without observation of a protective effect of FeSO4. This process seems to be mediated by proteins as Gamma-enolase, Alpha-internexin, several isoforms of 14-3-3 and Homer protein homolog 1.

Orientador: Jose Camillo Novello / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-13T10:05:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Horiuchi_RicardoShinitiOka_M.pdf: 1202422 bytes, checksum: 1a5e31f31a1ac8f070f82356fa364475 (MD5) Previous issue date: 2009 / Resumo: Conhecer os mecanismos que regem a embriogenese e a maturacao do sistema nervoso e de grande interesse para todos os diferentes ramos da neurociencia. Durante o desenvolvimento dos mamiferos sabe-se que ocorrem fenomenos que levam a definicao do numero de neuronios e refinamento das conexoes sinapticas, que tem caracteristicas proprias nas diferentes regioes do sistema nervoso e podem diferir tambem quanto a sua duracao. Apos o nascimento, diversos sinais neurais e bioquimicos podem modificar significativamente a organizacao morfologica e funcional dos circuitos da medula espinhal, periodo que podemos considerar como critico. Tendo em vista esses fatores, o trabalho visou analisar o proteoma, complemento proteico completo do genoma, da regiao lombar da medula espinhal de rato em busca de proteinas envolvidas com o processo de neurodesenvolvimento. Amostras de medula de rato foram coletadas em diferentes tempos de vida, abrangendo o dia do nascimento (P0), com dois (P2), quatro (P4), sete (P7) e vinte e um (P21) dias de vida e comparadas utilizando-se a eletroforese de duas dimensoes em gel de poliacrilamida e identificacao por espectrometrias de massas. Os perfis proteomicos obtidos permitiram identificar proteinas diferencialmente expressas entre as amostras de P4 e P21. Destas, cinco foram mais expressas em amostras de P4: XLas, fragmento da cadeia beta da ATP sintase trasnportadora de H+, a cadeia 2B da tubulina beta e a neuromodulina; e tres foram mais expressas nas amostras de P21: GFAP, neurofilamento de cadeias polipeptidicas leve e reguladora da proteina G. Estes resultados indicam que ha uma expressao proteica diferencial e que sao as provaveis proteinas envolvidas no processo de desenvolvimento pos-natal da medula espinhal. / Abstract: To know the mechanisms that govern the embryogenesis and the maturing of the nervous system is of great interest for all the different branches of the neuroscience. During the development of the mammals one is known to take place phenomena that lead to the definition of the number of neurons and refinement of the synaptic connections, which has characteristics own in the different regions of the nervous system and which duration can also differ as for his duration. After the birth, several neurons signs and biochemical can modify significantly the morphological and functional organization of the circuits of the spinal cord, period that we can consider like critic. In mind these factors, the work aimed to analyses the proteome, the genome complete protein complement, of the lumbar region of the spinal cord of rat in search of proteins wrapped with the process of neurodevelopment. Samples of rat's spinal cord were collected in different times of life, including the day of the birth (P0), with two (P2), four (P4), seven (P7) and twenty one (P21) days of life and compared by two dimensional gel electrophoresis and identification by mass spectrometry. The proteomics profiles obtained allowed to identify proteins differently expressed between the samples of P4 and P21. Of this, five were more expressed in samples of P4: XLas, H+ transporting ATP synthase beta chain (fragment), Tubulin beta-2B chain and the neuromodulin; and three were more expressed in the samples of P21: GFAP, Neurofilament light polypeptide and Regulator of G-protein signaling 14. These results indicate that there is a differential protein expression and which are the probable proteins wrapped in the process of native-powders development of the spinal cord. / Mestrado / Bioquimica / Mestre em Biologia Funcional e Molecular

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-05-18T17:10:51Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alessandro Fernandes Vaz - 2014.pdf: 2674595 bytes, checksum: 4be2a3df9927e868ec83389dd6ab3365 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2015-05-18T17:13:28Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alessandro Fernandes Vaz - 2014.pdf: 2674595 bytes, checksum: 4be2a3df9927e868ec83389dd6ab3365 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-05-18T17:13:28Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Alessandro Fernandes Vaz - 2014.pdf: 2674595 bytes, checksum: 4be2a3df9927e868ec83389dd6ab3365 (MD5) license_rdf: 23148 bytes, checksum: 9da0b6dfac957114c6a7714714b86306 (MD5) Previous issue date: 2014-07-31 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Paracoccidioides spp. is the etiological agent of paracoccidioidomycosis, the most important endemic systemic mycosis in Latin America. Paracoccidioides spp. is a dimorphic fungus; mycelia is found in soil at temperatures below 25ºC, while in host tissues, and temperature around 36-37ºC the fungus takes the yeast form. Infection begins with the inhalation of conidia or mycelia propagules that upon reaching the host lungs differentiate into yeast, establishing disease. The morphological transition from mycelia-to-yeast is involved in the virulence of this pathogen and this aspect of morphogenesis deserves special attention due to its relevance to the fungal virulence. In the present study, we employed proteomic strategies using liquid chromatography coupled to mass spectrometry to evaluate the differential proteomic profile of cells ongoing transition from mycelia-to-yeast after 22 h of temperature shift from 22ºC to 36ºC (P. brasiliensis Pb-18 phylogenetic lineage S1). Nine hundred and ninety-one proteins were identified (350 in the mycelia, 288 in the transition and 353 in the yeast), and 251 were differentially regulated. The analysis of the functional categories to which those proteins belong provided us a comprehension on the metabolic reprogramming that occurs during the cell differentiation process, providing putative virulence factors. / Paracoccidioides spp. é o agente etiológico da paracoccidioidomicose, a mais importante micose sistêmica endêmica da América Latina. Paracoccidioides spp. é um fungo dimórfico, que apresenta alteração morfológica de acordo com a temperatura do ambiente. A forma miceliana é encontrada no solo a temperaturas inferiores a 25 ºC, enquanto que em tecidos do hospedeiro e sob temperaturas de 36-37 ºC o fungo assume forma leveduriforme. A infecção se inicia com a inalação de conídios presentes na forma filamentosa do fungo, os quais ao atingirem os pulmões se diferenciam na forma leveduriforme, estabelecendo a paracoccidioidomicose. A transição de micélio para levedura está envolvida na virulência desse patógeno e esse aspecto da morfogênese do fungo não está totalmente compreendido. No presente estudo, foi utilizada a cromatografia líquida acoplada à espectrometria de massas (nanoUPLC-MSE) para avaliar o perfil proteômico durante a transição de micélio para levedura após 22 h da mudança da temperatura de 22ºC para 36ºC (P. brasiliensis – isolado Pb18). Um total de 991 proteínas foram identificadas (350 em micélio, 288 na transição e 353 em levedrua) e 251 foram diferencialmente expressas durante o processo de diferenciação celular. Entre as proteínas que foram abundantes em micélio estão as subunidades da ATPase que participa na cadeia transportadora de elétrons e enzimas envolvidas na fermentação alcoólica. Proteínas relacionadas à via glicolítica e alguns potenciais fatores de virulência começam sua acumulação após 22 h do início da transição morfológica. Em levedura enzimas relacionadas com a glicólise e a beta-oxidação tiveram alta expressão. As análises das categorias funcionais a que essas proteínas pertencem, forneceram uma melhor compreensão da reorganização metabólica que ocorre durante a transição morfológica de micélio para levedura, incluindo possíveis fatores de virulência.

Submitted by Alisson Mota (alisson.davidbeckam@gmail.com) on 2015-07-10T18:42:14Z No. of bitstreams: 1 Tese - Luanda de Paula Figueira.pdf: 3791426 bytes, checksum: 6f2542b45b7f04f417269be63181b507 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-10T19:16:12Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Luanda de Paula Figueira.pdf: 3791426 bytes, checksum: 6f2542b45b7f04f417269be63181b507 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2015-07-10T19:56:29Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Tese - Luanda de Paula Figueira.pdf: 3791426 bytes, checksum: 6f2542b45b7f04f417269be63181b507 (MD5) / Made available in DSpace on 2015-07-10T19:56:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Tese - Luanda de Paula Figueira.pdf: 3791426 bytes, checksum: 6f2542b45b7f04f417269be63181b507 (MD5) Previous issue date: 2013-08-22 / FAPEAM - Fundação de Amparo à Pesquisa do Estado do Amazonas / The American Cutaneous Leishmaniasis is a group of diseases with clinical, immunological and pathological distinct, whose expression depends on factors related to the host and the parasite, including the nature of the infecting Leishmania species and host genetic factors. The state of Amazonas is an endemic region for cutaneous leishmaniasis (CL). In this study, we analyzed the clinical and epidemiological aspects of 90 patients with CL in Rio Preto da Eva, third in number of cases in the state, which were identified three species circulating by isoenzyme electrophoresis: Leishmania (Viannia) guyanensis (89 %), L. (V.) naiffi (3.33%) and L. (Leishmania) amazonensis (7.77%). 12 new cases were also described as L. (V.) naiffi, especially the cases occurred in experimental stations of the National Institute for Amazon Research. By combining the technique of two-dimensional electrophoresis with ESI-QTof mass spectrometry, we analyzed the differentially expressed proteins in plasma of patients infected by L. (V.) guyanensis before and after treatment with pentavalent antimony, volunteer donors not infected by this pathogen that is prevalent in the region. It was found that patients infected by this species showed higher expression in the disease of acute phase proteins of infection, such as Factor B and H of the alternative Complement pathway, Haptoglobin protein related (HPR), Fibrinogen alpha chain and a lower expression of Serotrasferrina. These proteins are involved in the inflammatory process of the disease, being necessary to the body's homeostasis. The involvement of these proteins in infection by L. (V.) guyanensis needs to be further investigated. / A Leishmaniose Tegumentar Americana representa um conjunto de doenças com características clínicas, imunológicas e patológicas distintas, cuja expressão depende de fatores relacionados ao hospedeiro e ao parasito, incluindo a natureza da espécie de Leishmania infectante e fatores genéticos do hospedeiro. O estado do Amazonas é uma região endêmica para a Leishmaniose cutânea (LC). Neste estudo, foram analisados os aspectos clínicos e epidemiológicos de 90 pacientes com LC no município de Rio Preto da Eva, terceiro em número de casos no estado, onde foram identificadas por eletroforese de isoenzimas três espécies circulantes: Leishmania (Viannia) guyanensis (89%), L. (V.) naiffi (3,33%) e L. (Leishmania) amazonensis (7,77%). Também foram descritos 12 novos casos de L. (V.) naiffi, com destaque para os casos ocorridos em Estações Experimentais do Instituto Nacional de Pesquisas da Amazônia. Através da combinação da técnica de eletroforese bidimensional com espectrometria de massas ESI-QTof, foram analisadas as proteínas expressas diferencialmente em plasmas de pacientes infectados por L. (V.) guyanensis antes e pós tratamento com antimonial pentavalente e de doadores voluntários não infectados por esta espécie de patógeno, que é predominante na região. Verificou-se que pacientes infectados por esta espécie, apresentaram durante a doença maior expressão de proteínas da fase aguda de infecção, tais como fator B e H da via alternativa do Complemento, Proteína relacionada à Haptoglobina (HPR), Cadeia alfa do Fibrinogênio e uma menor expressão de Serotrasferrina. Essas proteínas estão envolvidas no processo inflamatório da doença, sendo necessárias para a homeostase do organismo. O envolvimento destas proteínas na infecção por L. (V.) guyanensis necessita ser mais bem investigado.

Submitted by Gábia Leite (gabya.leite@gmail.com) on 2016-06-24T13:30:58Z No. of bitstreams: 1 Dissertação -Júlio Nino de Souza Neto.pdf: 35170831 bytes, checksum: d166c9fe0bd603a43f8d552548c23421 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-07-05T15:20:44Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação -Júlio Nino de Souza Neto.pdf: 35170831 bytes, checksum: d166c9fe0bd603a43f8d552548c23421 (MD5) / Approved for entry into archive by Divisão de Documentação/BC Biblioteca Central (ddbc@ufam.edu.br) on 2016-07-05T15:26:19Z (GMT) No. of bitstreams: 1 Dissertação -Júlio Nino de Souza Neto.pdf: 35170831 bytes, checksum: d166c9fe0bd603a43f8d552548c23421 (MD5) / Made available in DSpace on 2016-07-05T15:26:20Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Dissertação -Júlio Nino de Souza Neto.pdf: 35170831 bytes, checksum: d166c9fe0bd603a43f8d552548c23421 (MD5) Previous issue date: 2015-02-25 / CNPq - Conselho Nacional de Desenvolvimento Científico e Tecnológico / Natural environment has suffered high accumulations of pollutants which not only affect the soil, groundwater, rivers, lakes, water courses and air, but also human health due to forming of unhealthy conditions. Among the many effects when crude oil and derivates spill, the released xenobiotics to environment make worrisome because of its enviromental persistence and harmful effects to life. One solution to this problem is bioremediation, a tool that uses microorganisms for biochemical degradation of these compounds, transforming them into less or non-toxic substances. In this context, a previous study isolated the bacteria A. junii SB132 from macrophytes of the Negro River bank located by the port of Manaus and confirmed its identity by morphology and 16S gene sequencing. Biodegradation tests performed in laboratory have confirmed the ability of this bacteria to degrade oil and diesel fuel. Therefore, the aim of this research was to identify proteins of A. junii SB132 related in degradation pathways of the crude oil and diesel fuel. Ribosomal proteins, phenotypic, bacterial morphology, sensitivity profile to antibiotics and plasmid profile analysis were obtained. Proteins extracted from bacterial grown in crude oil, diesel fuel and yeast extract, 1.3% respectively, were used for 2-DE gels and similar and differential proteins were identified by using mass spectrometry and database at NCBI. The identity bacterial was confirmed and the plasmid profile was taken. These data revealed that the bacteria studied in this research is the really A. junii specie and that this had plasmids with size ranging 94.000pb to 5.000pb. Identified putative proteins were related to cellular processes, such as degradation of xenobiotic compounds, biosynthesis of molecules, DNA repair and protection, membrane transport proteins, cell signaling and transcription factors. / O ambiente natural vem sofrendo elevados acúmulos de poluentes os quais não somente prejudicam o solo, as águas subterrâneas, rios, lagos, vias pluviais e o ar, mas também a saúde humana em virtude da formação de condições insalubres. Dentre os muitos efeitos, os derramamentos de petróleo e derivados acumulam no ambiente compostos xenobióticos que se tornam preocupantes pela sua persistência e seus efeitos nocivos à vida. Uma das soluções para esse problema é a biorremediação, uma ferramenta que utiliza microrganismos para degradação bioquímica desses compostos, transformando-os em substâncias menos, ou não tóxicas. Neste contexto, um estudo prévio isolou a bactéria A. junii SB132 de macrófitas do Rio Negro no porto de Manaus e confirmou sua identificação por morfologia e sequenciamento do gene 16S. Testes de biodegradação realizados em laboratório confirmaram a capacidade de esta bactéria degradar petróleo e diesel. O objetivo desta pesquisa foi identificar proteínas de A. junii SB132 envolvidas com vias de degradação de petróleo e diesel. Foram feitas análises de identificação usando proteínas ribossomais e análises fenotípicas como morfologia da bacteriana, perfil de sensibilidade a antibióticos e perfil plasmidial. A partir das proteínas extraídas de bactérias cultivadas em petróleo bruto 1,3%, diesel 1,3% e extrato de levedura 1,3%, foram feitos géis 2-DE e proteínas de spots similares e diferenciais foram identificadas por análise em espectrometria de massa e banco de dados no NCBI. A confirmação da identidade bacteriana foi obtida, bem como o perfil plasmidial. Estes dados revelaram que de fato a bactéria estudada nesta pesquisa é a A. junii e que esta possui plasmídeos com tamanhos de variam de 94.000pb a 5.000pb. As proteínas putativas identificadas estavam relacionadas a processos celulares como degradação de compostos xenobióticos, biossíntese de moléculas, reparo e proteção do DNA, proteínas transportadoras de membrana, sinalização celular e fatores de transcrição.

Submitted by JÚLIO HEBER SILVA (julioheber@yahoo.com.br) on 2017-02-09T19:11:09Z No. of bitstreams: 2 Tese - Renata Silva do Prado - 2014.pdf: 3442501 bytes, checksum: b2afce5d2fc3ecb9aad886103a6345fa (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Luciana Ferreira (lucgeral@gmail.com) on 2017-02-13T09:53:54Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Tese - Renata Silva do Prado - 2014.pdf: 3442501 bytes, checksum: b2afce5d2fc3ecb9aad886103a6345fa (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-13T09:53:54Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Tese - Renata Silva do Prado - 2014.pdf: 3442501 bytes, checksum: b2afce5d2fc3ecb9aad886103a6345fa (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2014-03-14 / Conselho Nacional de Pesquisa e Desenvolvimento Científico e Tecnológico - CNPq / Dimorphic fungi of the genus Paracoccidioides spp. are etiologic agent of paracoccidioidomycosis (PCM), a human systemic mycosis with high incidence in Brazil. Due to the toxicity of existing drugs, the long treatment and resistant isolates, the search for new therapies has become relevant. In this study, we verified the activity argentilactone, extracted the essential oil of Hyptis ovalifolia and its derivatives against Paracoccidioides. The results showed a dose- dependent inhibition of argentilactone fungus in yeast cells, as well as during dimorphism. Inhibition of cell growth was higher than in the presence of acetate than glucose. Argentilactone also been shown to inhibit the native enzyme isocitrate lyase Paracoccidioides (PbICL) and recombinant (PbICLr). The greatest inhibition was observed in the presence of acetate, a condition in which the enzyme is demonstrably more active than glucose. In silico analysis showed that argentilactone binds to the catalytic site of PbICL. The micro-assays for PbICLr and malate synthase (PbMLSr) were standardized, allowing the search for inhibiting compounds on a large scale. A global analysis of Paracoccidioides proteomic profile in response to argentilactone allowed visualization of metabolic adaptation of the fungus to the compound. Important metabolic pathways were suppressed explaining the strong action of the compound on fungal growth and viability. In this study, alternative metabolic pathways adopted by the fungus were elucidated resulting in a better understanding of the mode of action of the compound. It was also evaluated the cytotoxicity and DNA damage caused by argentilactone in human cells, MRC5 and A549, concluding that it occurs in a dose-dependent manner. Thus, it is concluded that argentilactone is a candidate prototype antifungal for the treatment of PCM. / Os fungos dimórficos do gênero Paracoccidioides spp. são agentes etiológicos da paracoccidioidomicose (PCM), uma micose humana, sistêmica de alta incidência no Brasil. Devido à toxicidade das drogas existentes, o longo tempo de tratamento e o aparecimento de isolados resistentes, a busca por novas terapias tem adquirido relevância. Neste estudo, verificou-se a atividade de argentilactona, extraída do óleo essencial de Hyptis. ovalifolia, bem como seus derivados, contra Paracoccidioides. Os resultados mostraram uma inibição dose-dependente de argentilactona em células leveduriformes do fungo, bem como durante o dimorfismo. A inibição de crescimento celular foi maior em presença de acetato do que glicose. Também foi demonstrado que argentilactona inibe a enzima isocitrato liase de Paracoccidioides nativa (PbICL) e recombinante (PbICLr). A maior inibição de PbICL foi observada na presença de acetato, condição em que a enzima é comprovadamente mais ativa, do que em glicose. Análises in silico, que compreenderam dinâmica e docking molecular a partir da construção de modelo de homologia e análise das interações intermoleculares e de energia de solvatação, mostraram que argentilactona se liga ao sítio catalítico de PbICL. Os micro-ensaios para PbICLr e malato sintase (PbMLSr) foram padronizados, o que permitirá a busca por compostos inibidores em larga escala. A caracterização global do perfil proteômico de Paracoccidioides em resposta à argentilactona permitiu a visualização da adaptação metabólica do fungo ao composto. Vias metabólicas importantes foram reprimidas explicando a forte ação do composto sobre o crescimento do fungo e viabilidade. Neste estudo, as vias metabólicas alternativas adotadas pelo fungo foram elucidadas resultando em uma melhor compreensão do modo de ação do composto em estudo. Foi avaliada, também, a citotoxicidade e o dano ao DNA causado por argentilactona em células humanas, MRC5 e A549, concluindo-se que o mesmo ocorre de maneira dose-dependente. Assim, conclui-se que argentilactona é um candidato a antifúngico para tratamento da PCM.

Submitted by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-02-16T17:00:17Z No. of bitstreams: 2 Dissertação - Edilânia Gomes Araújo Chaves - 2013.pdf: 3289607 bytes, checksum: 174bfb3cce0a9109022321f4adf3368d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Approved for entry into archive by Erika Demachki (erikademachki@gmail.com) on 2017-02-17T16:53:18Z (GMT) No. of bitstreams: 2 Dissertação - Edilânia Gomes Araújo Chaves - 2013.pdf: 3289607 bytes, checksum: 174bfb3cce0a9109022321f4adf3368d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) / Made available in DSpace on 2017-02-17T16:53:18Z (GMT). No. of bitstreams: 2 Dissertação - Edilânia Gomes Araújo Chaves - 2013.pdf: 3289607 bytes, checksum: 174bfb3cce0a9109022321f4adf3368d (MD5) license_rdf: 0 bytes, checksum: d41d8cd98f00b204e9800998ecf8427e (MD5) Previous issue date: 2013-03-20 / Coordenação de Aperfeiçoamento de Pessoal de Nível Superior - CAPES / Paracoccicoidioides is the etiological agent of paracoccidioidomycosis (PCM), a disease considered one of the main causes of mortality among systemic mycoses in Brazil. The success in establishing of the infection is related with the ability of fungus to adhere and degrade components of the extracellular matrix (ECM). Human plasminogen (hPlg) is a protein of blood plasma of the host that presents fibrinolytic activity when activated into plasmin. Many pathogens are able to subvert the plasminogen/plasmin system using linker molecules and promote the degradation of tissue barriers. In this work, we identified through Far Western and proteomic analysis, a total of 15 proteins secreted of Paracoccidioides that are plasminogen binding proteins. Those proteins are probable targets of the interaction of the fungus with the host and could contribute to the invasiveness of the fungus. The fructose 1,6-biphosphate aldolase was described in other organisms such as plasminogen binder and presentes participation in the adherence of Paracoccidioides to host cells. This protein selected for validation tests and their presence was observed on the surface and secretory vesicles of the fungus. FBA confirm the ability to convert plasminogen to plasmin in the presence of tissue plasminogen activator (tPA) and this interaction promoted the degradation of fibrin. In infection assays, the addition of antibodies blocking the FBA binding site reduced the interaction of the fungus with macrophages and the interaction of FBA with Plg increased the rate of cell invasion. These data suggest that the FBA can contribute to adhesion, invasion and spread process of the fungus. / Paracoccicoidioides é o agente etiológico da paracoccidioidomicose (PCM), uma doença considerada como primeira causa de mortalidade entre as micoses sistêmicas no Brasil. O sucesso no estabelecimento da infeção está relacionado com a capacidade do fungo de aderir e degradar componentes da matriz extracelular (MEC). O plasminogênio humano (hPlg) é uma proteína presente no plasma, a qual possui atividade fibrinolítica quando é ativado em plasmina. Muitos micro-organismos patogênicos são capazes de subverter o sistema plasminogênio/plasmina através de moléculas ligantes e promovem a degradação de barreiras teciduais. Neste trabalho foram identificadas, através de Far-Western e análise proteômica, um total de 15 proteínas secretadas por Paracoccidioides com habilidade de ligação ao plasminogênio. Essas proteínas são prováveis alvos da interação do patógeno com o hospedeiro, que contribui para o potencial invasivo do fungo. A frutose 1,6-bifosfato aldolase (FBA) foi descrita em outros organismos como ligante de plasminogênio e possui participação na adesão de Paracoccidioides às células do hospedeiro. Selecionamos esta proteína para ensaios de validação e foi observada sua presença na superfície e em vesículas secretoras do fungo. Confirmamos a capacidade da FBA de converter plasminogênio em plasmina na presença do ativador tecidual de plasminogênio (tPA) e essa interação promoveu a degradação de fibrina. Em ensaios de infecção, a adição de anticorpos que bloqueiam o sítio de ligação da FBA reduziu a interação do fungo com macrófagos e a interação de FBA com Plg aumentou o índice de invasão celular. Esses dados sugerem que a FBA pode contribuir no processo de adesão, invasão e disseminação do fungo.

O valor nutricional do milho é limitado devido ao seu alto conteúdo de proteínas de reserva (zeínas), que são deficientes em aminoácidos essenciais como lisina e triptofano. Por esse motivo, a Embrapa (Empresa Brasileira de Pesquisa Agropecuária) desenvolveu a variedade de milho BR473, que tem um excelente valor energético e um maior conteúdo protéico quando comparado ao milho comum. Tal variedade possui 0,9 e 4,0 g/kg de grão de triptofano e lisina, respectivamente, contra 0,6 e 2,6 do milho comum. O alto conteúdo de lisina em algumas variedades de milho como a opaco-2 (o2), por exemplo, é relacionado à presença de proteínas não-zeínas. Para identificar essas proteínas, o que poderia explicar o alto conteúdo protéico da variedade BR473, foi analisado o proteoma dos corpos protéicos dos grãos desse milho. Para tal, foram usadas e avaliadas as cromatografias uni e bidimensional, acopladas a espectrometria de massas (LC-MS/MS e LC/LC-MS/MS), uma vez que tais técnicas se tornaram ferramentas poderosas para seqüenciamento e identificação de proteínas. Neste trabalho, foram identificadas seis proteínas por LC-MS/MS e dezesseis proteínas por LC/LC-MS/MS. / The nutritional value of maize seed is limited due to its high content of zeins (storage proteins), which are deficient in essential amino acids as lysine and tryptophan. Because of this, Embrapa (Brazilian Agricultural Research Corporation) developed the BR 473 maize variety, which has excellent energetic value and higher proteic content than the normal maize. BR 473 maize variety has 0.9 and 4.0 g/kg of grain of tryptophan and lysine, respectively, against the 0.6 and 2.6 from normal maize. The high lysine content in some maize varieties as opaque-2 (o2), for example, has been related to the presence of non-zein proteins. In order to identify them, which could explain the high proteic content of BR 473 maize variety, the protein bodies proteome of these grains were analyzed. For this purpose, one and two-dimensional liquid chromatography coupled to tandem mass spectrometry (LC-MS/MS and LC/LC-MS/MS) were used and evaluated, since these techniques have become a powerful tool for protein sequencing and identification. We have identified six proteins by LC-MS/MS and sixteen proteins by LC/LC-MS/MS.

Orientador: Ricardo Antunes de Azevedo / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-24T16:19:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Souza_LucasAnjos_D.pdf: 2069083 bytes, checksum: 2b128cf16852d48afca928d3b9b12200 (MD5) Previous issue date: 2014 / Resumo: Um dos grandes problemas de poluição ambiental é a contaminação do solo e corpos d¿água com metais pesados. Alguns desses elementos não possuem funções metabólicas e são extremamente tóxicos podendo levar o organismo à morte. Com o aumento de atividades industriais e o manejo inapropriado de resíduos que contenham esses elementos, a quantidade e disponibilidade de metais pesados no solo aumentam consideravelmente assim, se tornando um problema sério. O cádmio (Cd) é um metal pesado que não possui função metabólica e é altamente tóxico. Técnicas de engenharia para remediação de solos contaminados por metal pesado são utilizadas, mas geralmente trazem outros impactos ao meio ambiente. Assim, a fitorremediação é uma técnica que utiliza plantas para remediar solos contaminados com metais pesados, utilizando a capacidade de absorção e acumulação do elemento em tecidos vegetais, dessa forma sendo caracterizada como uma opção ambientalmente adequada. No entanto, poucas plantas que produzem altas quantidades de biomassa têm sido estudadas para utilização nessa fitotecnologia. Dessa maneira, esse estudo buscou caracterizar a resposta de Dolichos lablab L. ao Cd, uma leguminosa forrageira tolerante aos estresses por salinidade e seca. Realizamos a avaliação do potencial fitorremediador para solos contaminados com Cd, a caracterização da resposta da via antioxidativa enzimática e perfil proteico. Observamos que Dolichos lablab L. pode ser utilizada como fitoestabilizadora de Cd em solos cujo grau de contaminação seja moderado, até 5 mg kg-1; observamos, também, que a resposta do sistema antioxidante é tecido específica, sendo a resposta radicular mais eficiente que a resposta foliar; por meio da análise do proteoma de Dolichos lablab L. expostas ao Cd, observamos que enzimas envolvidas no metabolismo de carboidratos e metabolismo energético são, frequentemente moduladas positivamente e proteínas relacionadas à resposta a estresses abióticos diversos são induzidas tanto em raízes quanto em folhas / Abstract: One of the major problems of environmental pollution is the contamination of soil and water bodies with heavy metals. Some of these elements do not have metabolic functions and are extremely toxic and can lead organisms to death. With the increase of industrial activities and inappropriate management of waste containing these elements, the amount and availability of heavy metals in the soil greatly increased, thus becoming a serious problem. Cadmium (Cd) is a heavy metal that has no metabolic function and is highly toxic. Engineering techniques for remediate heavy metals contaminated soils are used, but usually bring other environmental impacts. Thus, phytoremediation is a technique that uses plants for remediating heavy metals contaminated soil, using the plant ability to uptake and accumulate the toxic element in plant tissues, thus being characterized as an environmentally friendly option. However, few plants that produce high amounts of biomass have been studied to be used in this phytotechnology. Thus, this study aimed to characterize the response of Dolichos lablab L. to Cd, a leguminous plant used as forage that is tolerant salt and drought stresses. We performed the evaluation of the potential use for phytoremediation of Cd-contaminated soil, the characterization of the antioxidant pathway response and protein profile. We observed that Dolichos lablab L. can be used for Cd phytoestabilization in soils with a moderate degree of contamination, up to 5 mg kg-1; we also observed that the enzymatic antioxidant response is tissue specific, being root response more efficient than that of foliar; by the proteome analysis of Dolichos lablab L. under Cd stress, we observed that enzymes related to carbohydrate and energetic metabolisms are, frequently, up regulated and that proteins related to abiotic stress response are up regulated in both roots and leaves / Doutorado / Biologia Vegetal / Doutor em Biologia Vegetal