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Nombreuses sont les villes françaises à abriter des éléments d’architecture militaire (citadelles, casernes, bastions,murailles, etc.). Bien que les fonctions défensives à l’origine de ces ouvrages soient peu à peu tombées en désuétude,ceux-ci sont ancrés dans les tissus urbains des cités qui les abritent aujourd’hui encore. Ils participent des morphologiesurbaines, des schémas fonctionnels et, plus globalement, de la manière dont la notion de ville est appréhendée.Les villes font dorénavant face à de nouveaux enjeux qui poussent à renouveler les cadres au travers desquelles ellessont traditionnellement approchées. L’étalement urbain, ses conséquences, la nécessité de tendre vers un urbanismerenouvelé et plus durable amènent à porter un nouveau regard sur les fortifications urbaines. Au-delà de son aspectsymbolique, ce type d’architecture est marqué par des caractéristiques spatiales hors-normes (localisation, volumétrie,géométrie) qui engagent à l’analyser au travers des prismes méthodologiques et conceptuels que fournit la géographie.Comment l’héritage des fortifications urbaines peut-il aujourd’hui être mobilisé afin de créer un espace urbain cohérent,tant sur le plan spatial que social ou symbolique et ainsi répondre aux aspiration des villes actuelles ?La première partie de la thèse porte sur les enjeux auxquels les “villes fortes” sont aujourd’hui confrontées (modernisation,croissance étalement urbain, etc.) et la manière dont leurs “ouvrages lourds” sont affectés. La deuxième partiedu travail s’attache à caractériser le phénomène des “villes fortes” en France aujourd’hui par le biais d’approchesdescriptives, empiriques et statistiques qui permettent de formaliser et d’analyser les logiques et les règles qui régissentle devenir des anciens ouvrages défensifs. La dernière partie de la thèse étudie le potentiel d’urbanisation des zones etouvrages militaires et propose de mesurer l’impact de leur transformation en logements dans le cadre d’un scénariode renouvellement urbain compact pour la ville de Besançon. Il s’agit d’évaluer les conséquences de telles mesuressur le schéma fonctionnel des villes et les formes urbaines. L’ensemble de ces travaux montre l’intérêt du recours auxouvrages défensifs dans le cadre d’un urbanisme à la fois renouvelé, mais aussi plus “durable”, en conformité avec lesformes urbaines, les demandes contemporaines et les projets des villes. / A large number of french cities host military historical edifices (citadels, barracks, bastions, defensive walls, etc.). Although their initial defensive functions have been lost over time, these edifices remain deeply rooted in the urban fabric of their host cities. They continue exerting an impact on these cities’ urban morphology and modern-time functions as well as the way in which the concept of city is understood. Cities nowadays face some new challenges,the increasing awareness of urban sprawl and its consequences, coupled with an urge to promote a renewed and sustainable urbanism, invites us to adopt new approaches to study urban fortifications. In addition to their symbolic aspect, fortifications are characterized by their out-of-the-common spatial measure (location, volume and geometry),requiring researchers to use methodologies and geographical concepts for their academic endeavour. Against this background : how can urban fortifications be used to create urban space that is spatially, socially and symbolically coherent with their historical heritage and that also satisfies the functional need of modern cities ?The first part of this doctoral dissertation present modern-day challenges that fortified cities face (modernisation,urban expansion and sprawl, etc.), and the ways in which their “heavy buildings” are affected. The second part sheds light on the relationships between cities and their fortifications, thanks to descriptive, empirical and statistical analyses. The statistical study noticeably builds on a database to examine the rationale and rules underpinning there habilitation of ancient military edifices. The last part of the dissertation proposes an evaluation of the potential of rehabilitating ancient military edifices and spaces for modern urban usage. For this purpose the impact of transforming these fortifications into residential blocks is assessed in a fortified French city (Besançon). This assessment aims at evaluating the consequences of such urban planning measures on urban morphology and functions. Overall, the analysis provided in that doctoral dissertation demonstrates that ancient military buildings have their place in contemporary urban planning. They help to achieve a renewed and sustainable urban design in line with the urban morphology,modern social and functional requirements and the development perspectives in their host cities.

L'analyse statistique de données de séquençage à haut débit (NGS) pose des questions computationnelles concernant la modélisation et l'inférence, en particulier à cause de la grande dimension des données. Le travail de recherche dans ce manuscrit porte sur des méthodes de réductions de dimension hybrides, basées sur des approches de compression (représentation dans un espace de faible dimension) et de sélection de variables. Des développements sont menés concernant la régression "Partial Least Squares" parcimonieuse (supervisée) et les méthodes de factorisation parcimonieuse de matrices (non supervisée). Dans les deux cas, notre objectif sera la reconstruction et la visualisation des données. Nous présenterons une nouvelle approche de type PLS parcimonieuse, basée sur une pénalité adaptative, pour la régression logistique. Cette approche sera utilisée pour des problèmes de prédiction (devenir de patients ou type cellulaire) à partir de l'expression des gènes. La principale problématique sera de prendre en compte la réponse pour écarter les variables non pertinentes. Nous mettrons en avant le lien entre la construction des algorithmes et la fiabilité des résultats.Dans une seconde partie, motivés par des questions relatives à l'analyse de données "single-cell", nous proposons une approche probabiliste pour la factorisation de matrices de comptage, laquelle prend en compte la sur-dispersion et l'amplification des zéros (caractéristiques des données single-cell). Nous développerons une procédure d'estimation basée sur l'inférence variationnelle. Nous introduirons également une procédure de sélection de variables probabiliste basée sur un modèle "spike-and-slab". L'intérêt de notre méthode pour la reconstruction, la visualisation et le clustering de données sera illustré par des simulations et par des résultats préliminaires concernant une analyse de données "single-cell". Toutes les méthodes proposées sont implémentées dans deux packages R: plsgenomics et CMF / The statistical analysis of Next-Generation Sequencing data raises many computational challenges regarding modeling and inference, especially because of the high dimensionality of genomic data. The research work in this manuscript concerns hybrid dimension reduction methods that rely on both compression (representation of the data into a lower dimensional space) and variable selection. Developments are made concerning: the sparse Partial Least Squares (PLS) regression framework for supervised classification, and the sparse matrix factorization framework for unsupervised exploration. In both situations, our main purpose will be to focus on the reconstruction and visualization of the data. First, we will present a new sparse PLS approach, based on an adaptive sparsity-inducing penalty, that is suitable for logistic regression to predict the label of a discrete outcome. For instance, such a method will be used for prediction (fate of patients or specific type of unidentified single cells) based on gene expression profiles. The main issue in such framework is to account for the response to discard irrelevant variables. We will highlight the direct link between the derivation of the algorithms and the reliability of the results. Then, motivated by questions regarding single-cell data analysis, we propose a flexible model-based approach for the factorization of count matrices, that accounts for over-dispersion as well as zero-inflation (both characteristic of single-cell data), for which we derive an estimation procedure based on variational inference. In this scheme, we consider probabilistic variable selection based on a spike-and-slab model suitable for count data. The interest of our procedure for data reconstruction, visualization and clustering will be illustrated by simulation experiments and by preliminary results on single-cell data analysis. All proposed methods were implemented into two R-packages "plsgenomics" and "CMF" based on high performance computing

Les lésions résultantes d’un Accident Ischémique Cérébral (AIC) restent invisibles pendant plusieurs heures voire dizaines d’heures sur les techniques conventionnelles d’imagerie médicale (scanner X ou IRM). De nouvelles séquences d’IRM (pondérées en diffusion et en perfusion) permettent de visualiser les atteintes immédiatement. Les images de diffusion et de perfusion sont le reflet de mécanismes physiopathologiques complexes et contiennent aussi des informations sur le devenir tissulaire. Un modèle probabiliste d’évolution des lésions visibles au stade précoce a été développé de manière à prédire les extensions et rétrécissements des dommages. Le résultat se présente sous la forme d’une cartographie probabiliste de nécrose où la valeur de chaque voxel de l’image représente le risque de mort cellulaire au stade chronique. Cette cartographie pourra être, ensuite, prise en compte dans la décision thérapeutique. Deux types d’approche ont été mises en place : une méthode de segmentation, permettant d’extraire les régions à risque, et une méthode de prédiction des voxels à risque de nécrose, de type régression logistique. Ces modèles fournissent des performances similaires par rapport aux quelques modèles décrits dans la littérature, mais sont plus performants sur les petites lésions et présentent une grande amélioration en raison de leur caractère entièrement automatique / The lesions resulting from an ischemic stroke remain invisible for several hours or even tens of hours on conventional techniques of medical imaging (CT scan or MRI). New MRI sequences (diffusion-weighted and perfusion-weighted images) reveal the damages immediately. The diffusion and perfusion images reflect complex pathophysiological mechanisms and also contain some information on the fate of the tissue. A probabilistic model of evolution of the lesions visible at an early stage was set up so as to predict expansions and contractions of the damages. The result is presented as a probabilistic mapping of necrosis where the value of each voxel of the image represents the risk of cellular death in the chronic phase. This mapping can then be taken into account in the therapeutic decision. We implemented two types of approach: a segmentation method, allowing extracting regions atrisk, and a prediction method, type of logistic regression, to predict voxels at risk of necrosis. These models provide similar performances with regard to the few models described in the literature, but are more efficient for small lesions and show a big improvement because they are fully automatic

Le contrôle des parlements nationaux envers les affaires européennes a récemment reçu beaucoup d’attention autant des institutions de l’Union européenne (UE) que des auteurs participant à la littérature sur le déficit démocratique. Pour autant, si plusieurs travaux ont démontré comment ce contrôle pouvait contribuer à améliorer la médiatisation des enjeux européens ou encore la transposition des directives, son rôle sur les attitudes des citoyens tient souvent du postulat et n’a jusqu’à présent fait l’objet d’aucune recherche. En mobilisant les données issues du projet Observatory of National Parliaments after Lisbon (OPAL) récoltées entre 2010 et 2012, cette étude adopte une méthodologie quantitative avec pour ambition de mesurer l’influence que le contrôle parlementaire des affaires européennes pourrait avoir dans la formation des attitudes envers l’UE. Étant donné que les attitudes envers le niveau national et européen sont étroitement reliées, nous avons en premier lieu démontré que le contrôle parlementaire participait à renforcer la confiance envers le parlement national. En ce qui concerne le niveau européen, nos résultats indiquent que le contrôle parlementaire semble avoir un effet antagoniste sur la confiance envers l’UE avec d’une part la capacité institutionnelle des parlements ayant un effet positif, et d’autre part l’activité parlementaire ayant un effet négatif. Cette recherche, bien qu’exploratoire et donc perfectible, pose ainsi les bases d’une meilleure compréhension du rôle que pourraient jouer les parlements nationaux dans la formation des attitudes envers l’UE. / The oversight of national parliaments over European affairs has recently received a great deal of attention, both from institutions of the European Union (EU) and from authors contributing to the literature on the democratic deficit. However, while several studies have shown how this control could contribute positively to the media coverage of European issues or to the transposition of directives, its role on citizens' attitudes is often postulated and has so far not been demonstrated. By mobilizing data from the Observatory of National Parliaments after Lisbon (OPAL) project collected between 2010 and 2012, this study adopts a quantitative methodology with the ambition of measuring the influence that parliamentary oversight over European affairs could have in shaping attitudes towards the EU. Since attitudes towards the national and European level are closely linked, I first demonstrated that parliamentary oversight helps to build confidence in the national parliament. Regarding the European level, the results indicate that parliamentary control seems to have an antagonistic effect on trust in the EU; on the one hand, the institutional capacity of parliaments have a positive effect, and on the other hand, the parliamentary activity has a negative effect. This research, although exploratory and therefore preliminary, thus lays the foundations for a better understanding of the role that national parliaments could potentially play in shaping attitudes towards the EU.

Les Personnes à Mobilité Réduite (PMR) souffrent souvent de limitation au cours de la locomotion. Plusieurs outils sont à leurs dispositions pour les aider et les assister dans leur déplacement, plus particulièrement le Fauteuil Roulant Manuel (FRM) ou électrique. Ces travaux de thèse se focalisent sur les interactions entre le sujet et le FRM afin de déterminer des éléments prédictifs du déplacement à venir dans l’optique d’une aide à la locomotion. Comprendre l'Interaction Homme-FRM (IHF) est un enjeu actuel afin d'améliorer le déplacement et d’optimiser la performance ainsi que le confort, en minimisant la fatigue et les risques des blessures. Pour contribuer à mieux comprendre voire améliorer cette IHF, un ensemble d'études centrées sur une analyse biomécanique et électromyographique des éléments d'anticipation de l'Initiation du Déplacement en FRM (ID-FRM) a été réalisé au cours de ces travaux de thèse. Cet ensemble d’études porte sur i) les Activités Musculaires Anticipatoires (AMA) en position assise pour interroger la prédictibilité des mouvements au regard de ses paramètres préalables ; ii) l’évolution des patterns musculaires et des pressions sur l'assise lors de l'ID-FRM, pour interroger l’adaptabilité ou la spécificité des paramètres initiaux lors de différents déplacements en FRM chez des sujets valides. ; iii) l’évolutions des patterns musculaires et des pressions sur l'assise lors de l'ID-FRM chez des sujets blessés médullaires et ; iv) l’analyse multi-variée des paramètres de l'ID-FRM. Le SNC présente des capacités d'adaptabilité importantes au mouvement à venir en ajustant les commandes motrices aux conditions physiologiques globales du sujet. Cette adaptabilité a conduit à des pourcentages importants de prédiction et elle peut être enregistrée au travers d'éléments macroscopiques permettant d'envisager des systèmes d'aide au déplacement, notamment pour les PMR. / People with Disabled Mobility (PDM) often suffer from limitation during locomotion. Several tools are at their disposal to help and assist them in their displacement, specifically the electric or the Manual Wheelchair (MW). This thesis works focuses on the Human-MW-Interaction (H-MW-I) subject to determine elements predictors of forthcoming displacement with a view of aid to locomotion. Understanding (H-MW-I) is a current challenge to improve the displacement and optimize the performance as well as comfort, by minimizing fatigue and injury risk. In order to enhance understanding and even improving the (H-MW-I), a set of studies focusing on Biomechanics and electromyographic analysis of anticipation elements of the Manual Wheelchair Initiation Displacement (MW-ID) was performed during the thesis works. This set of studies focuses on i) Anticipatory Muscular Activities (AMA) in the sitting position to question the predictability of the movements in relation to its prior parameters; ii) evolution of muscular patterns and pressures on the seat when MW-ID to question the adaptability or specificity of the initial parameters during various displacements using MW in healthy subjects ; iii) evolution of muscular patterns and pressures on the seat when MW-ID in spinal cord injury subjects and; iv) multivariate analysis of the MW-ID parameters. The CNS presents an important capacity of adaptability to the forthcoming movement by adjusting motor commands to the global physiological condition of the subject. This adaptability has led to significant percentages prediction and it can be saved through macroscopic elements to envisage help systems to displacement for PDM.

La poursuite du rythme d’augmentation de l’espérance de vie des générations issue du baby-boom dans les pays développés serait souvent accompagnée de limitations fonctionnelles, d’incapacité, de plus en plus observées dans la population gériatrique. L'objectif général de cette thèse était de contribuer à la connaissance de l’évolution de l’autonomie fonctionnelle des personnes âgées dans une population hétérogène. Il s’agissait dans un premier temps d'identifier des groupes homogènes dans une population hétérogène de personnes âgées suivant la même trajectoire d'autonomie fonctionnelle sur une période de deux ans, ainsi que des facteurs prédictifs potentiels. Dans un second temps, d’analyser les conséquences cliniques des trajectoires et la survie des patients sur la même période d’observation. Le SMAF (Système de Mesure de l’Autonomie Fonctionnelle) et les échelles ADL (Activities of Daily Living) ont été employés comme indicateurs d’évaluation de l’autonomie. Dans ce contexte, des données de 221 patients issues de la cohorte UPSAV (Unité de Prévention, de Suivi et d’Analyse du Vieillissement) ont été exploitées. Nous avons employé trois méthodes d’analyse de trajectoires dont le GBTM (Group-Based Trajectory Modeling), k-means et classification ascendante hiérarchique. Les résultats ont révélé trois trajectoires distinctes d’autonomie fonctionnelle : stable, stable pendant un temps puis détériorée, continuellement altérée. Les facteurs prédictifs des trajectoires obtenus à l’aide de la régression logistique sont des critères socio-démographiques, médicaux et biologiques. Les personnes âgées affectées à la trajectoire de perte d’autonomie (trajectoire continuellement altérée) ont montré de fortes proportions de chutes dommageables. A partir d’un modèle de Cox, les troubles neurocognitifs, l’insuffisance cardiaque, la perte de poids involontaire et l’alcool ont été révélés comme facteurs prédictifs de la survenue du décès. On conclut de ces travaux que l’analyse longitudinale sur deux ans de suivi a permis de trouver des sous-groupes homogènes de personnes âgées en termes d’évolution de l’indépendance fonctionnelle. Quel que soit le niveau d’autonomie, la prévention de l’UPSAV devient utile même si le niveau d’utilité n’est pas le même. La prévention et le dépistage de la perte d’autonomie de la personne âgée suivie sur son lieu de vie doivent être anticipés afin de retarder la dégradation et maintenir l’autonomie à domicile. Des analyses ultérieures devraient s’intéresser à l’exploration de plus larges cohortes de personnes âgées pour confirmer et généraliser notre travail. / The increase in life expectancy of baby boom generations in developed countries would often be accompanied by functional limitations, disability, increasingly observed in the geriatric population. The general objective of this thesis was to contribute to the knowledge of the evolution of the functional independence of older people in a heterogeneous population. First, it was to identify homogeneous groups in a heterogeneous population of elderly people following the same functional independence trajectory over a two-year period, and potential predictive factors. Second, it was to analyze the clinical consequences of trajectories and patient survival over the same observation period. The SMAF (Système de Mesure de l'Autonomie Fonctionnelle) and ADL (Activities of Daily Living) scales were used as indicators for measuring independence. Analysis were performed from a sample of 221 patients of UPSAV (Unit for Prevention, Monitoring and Analysis of Aging) cohort. We used three methods including trajectory analysis including GBTM (Group-Based Trajectory Modeling), k-means and ascending hierarchical classification. The results suggest three distinct trajectories of functional independence: stable, stable then decline, continuously decline. The predictors of trajectories obtained using logistic regression are socio-demographic, medical and biological criteria. Patients assigned to the loss of independence trajectory (continuously altered trajectory) reported high proportions of injurious falls. Based on a Cox model, neurocognitive disorders, heart failure, involuntary weight loss and alcohol were revealed as predictors of death. We conclude from this work that the two-year longitudinal analysis identified homogeneous subgroups of elderly people in terms of changes in functional independence. The prevention of UPSAV becomes a useful even if the utility level is not the same. Prevention and screening of the loss of independence of the elderly person followed at home must be anticipated in order to delay the deterioration and to maintaining the autonomy. Future analyses should focus on exploring large cohorts of older people to confirm and generalize our research.

Les modèles linéaires généralisés sont une généralisation des modèles de régression linéaire, et sont très utilisés dans le domaine du vivant. Le modèle de régression logistique, l'un des modèles de cette classe, très souvent utilisé dans les études biomédicales demeure le modèle de régression le plus approprié quand il s'agit de modéliser une variable discrète de nature binaire. Dans cette thèse, nous nous intéressons au problème de l'inférence statistique dans le modèle de régression logistique, en présence d'individus immunes dans la population d'étude.Dans un premier temps, nous considérons le problème de l'estimation dans le modèle de régression logistique en présence d'individus immunes, qui entre dans le cadre des modèles de régression à excès de zéros (ou zéro-inflatés). Un individu est dit immune s'il n'est pas exposé à l'événement d'intérêt. Le statut d'immunité est inconnu sauf si l'événement d'intérêt a été observé. Nous développons une méthode d'estimation par maximum de vraisemblance en proposant une modélisation conjointe de l'immunité et des risques d'infection. Nous établissons d'abord l'identifiabilité du modèle proposé. Puis, nous montrons l'existence de l'estimateur du maximum de vraisemblance des paramètres de ce modèle. Nous montrons ensuite,la consistance de cet estimateur, et nous établissons sa normalité asymptotique. Enfin, nous étudions, au moyen de simulations, leur comportement sur des échantillons de taille finie.Dans un deuxième temps, nous nous intéressons à la construction de bandes de confiance simultanées pour la probabilité d'infection, dans le modèle de régression logistique avec fraction immune. Nous proposons trois méthodes de constructions de bandes de confiance pour la fonction de régression. La première méthode (méthodede Scheffé) utilise la propriété de normalité asymptotique de l'estimateur du maximum de vraisemblance, et une approximation par une loi du khi deux pour approcher le quantile nécessaire à la construction des bandes. La deuxième méthode utilise également la propriété de normalité asymptotique de l'estimateur du maximum de vraisemblance et est basée sur une égalité classique de (Landau & Sheep 1970). La troisième méthode (méthode bootstrap) repose sur des simulations, pour estimer le quantile approprié de la loi du supremum d'un processus gaussien. Enfin, nous évaluons, au moyen de simulations, leurs propriétés sur des échantillons de taille finie.Enfin, nous appliquons les résultats de modélisation à des données réelles surla dengue. Il s'agit d'une maladie vectorielle tropicale à transmission strictement inter-humaine. Les résultats montrent que les probabilités d'infection estimées à partir de notre approche de modélisation sont plus élevées que celles obtenues à partir d'un modèle de régression logistique standard qui ne tient pas compte d'une possible immunité. En particulier, les estimations fournies par notre approche suggèrent que le sous-poids constitue un facteur de risque majeur de l'infection par la dengue, indépendamment de l'âge. / Generalized linear models are a generalization of linear regression models, and are widely used in the field of life. The logistic regression model, one of this class of models, widely used in biomedical studies remains the most appropriate regression model when it comes to model discrete variable, binary in nature. In this thesis, we investigate the problem of statistical inference in the logistic regression model, in the presence of immune individuals in the study population.At first, we consider the problem of estimation in the logistic regression model in the presence of immune individuals that enters in the case of zero-inflated regression models. A subject is said to be immune if he cannot experience the outcome of interest. The immune status is unknown unless the event of interest has been observed. We develop a maximum like lihood estimation procedure for this problem, based on the joint modeling of the binary response of interest and the cure status. We investigate the identifiability of the resulting model. Then, we establish the existence, consistency and asymptotic normality of the proposed estimator, and we conduct a simulation study to investigate its finite-sample behavior. In a second time, we focus on the construction of simultaneous confidence bands for the probability of infection in the logistic regression model with immune fraction.We propose three methods of construction of confidence bands for the regression function. The first method (Scheffe's method) uses the asymptotic normality of the maximum like lihood estimator, and an approximation by the chi-squared distribution to approximate the necessary quantile for the construction of bands. The second method uses also the asymptotic normality of the maximum like lihood estimator and is based on a classical equality by (Landau & Sheep 1970). The third method (bootstrap method) is based on simulations, to estimate the appropriate quantile of the law of a supremum of a Gaussian process. Finally, we conduct a simulation study to investigate its finite-sample properties.Finally, we consider a study of dengue fever, which is a tropical mosquito-borneviral human disease, strictly inter-human. The results show that, the estimated probabilities of infection obtained from our approach are larger than the ones derived from a standard analysis that does not take account of the possible immunity. Inparticular, the estimates provided by our approach suggest that underweight constitutes a major risk factor for dengue infection, irrespectively of age.

Le cancer de la prostate est le cancer le plus fréquemment diagnostiqué chez les hommes canadiens. Aucun facteur de risque modifiable n’a été identifié, mais l’alimentation pourrait être impliquée. Les profils alimentaires, décrivant l’ensemble de l’apport alimentaire, constituent une approche de recherche prometteuse. L’objectif général de cette thèse était d’évaluer le rôle des profils alimentaires et du niveau de transformation des aliments sur le risque de cancer de la prostate. Les données colligées dans une vaste étude cas-témoins populationnelle menée chez les résidents montréalais ont été utilisées. Les 1919 cas incidents histologiquement confirmés étaient âgés de 75 ans ou moins et avaient été diagnostiqués entre 2005 et 2009. Les 1991 témoins ont été sélectionnés aléatoirement à partir de la liste électorale, puis appariés aux cas selon l’âge (± 5 ans). Les informations concernant l’alimentation ont été recueillies avec un questionnaire de fréquence alimentaire documentant la consommation deux ans avant le diagnostic ou l’entrevue. Le premier objectif visait à identifier des profils alimentaires parmi les témoins francophones ainsi que les caractéristiques associées à ces profils. Une analyse en composantes principales a permis d’identifier les profils alimentaires Santé, Occidental modifié - Salé et Occidental modifié - Sucré. Le profil Santé a été associé à des niveaux plus élevés de revenu et d’éducation, à un niveau modéré d’activité physique et à un faible niveau de tabagisme. Le profil Occidental modifié - Salé a été associé avec des ethnicités française, européenne (autre que française) ou latine, avec le fait d’être marié ou en union libre, et était inversement associé avec l’âge. Le profil Occidental modifié - Sucré était plus commun chez les hommes d’origine française et chez les consommateurs de suppléments de vitamines et minéraux. Le deuxième objectif visait à évaluer les associations entre les profils alimentaires et le cancer de la prostate. Les rapports de cotes (RC) et intervalles de confiance (IC) à 95% ont été obtenus par régression logistique non conditionnelle ajustée pour les facteurs de confusion. Le profil Santé était inversement associé au risque de cancer de la prostate (RC= 0,76 [IC 95% = 0,61-0,93], en comparant le quartile supérieur au quartile inférieur). Le profil Occidental - Sucré et Boissons était associé à une augmentation du risque de cancer de la prostate (RC= 1,35 [IC 95% =1,10-1,66], quartile supérieur vs inférieur). Ces résultats sont novateurs. Aucune association n’a été observée avec le profil Occidental - Salé et Alcool. Le troisième objectif visait à évaluer l’association entre le niveau de transformation des aliments et le cancer de la prostate. Les aliments transformés étaient associés à une augmentation du risque (RC= 1,32 [IC 95% =1,07-1,62], quartile supérieur vs inférieur) et l’association était légèrement plus prononcée pour les cancers agressifs. En conclusion, ces résultats suggèrent que les profils alimentaires et le niveau de transformation des aliments jouent un rôle dans le développement du cancer de la prostate. Il s’agit d’informations importantes pour soutenir la promotion de saines habitudes de vie et la prévention du cancer de la prostate. / Prostate cancer is the most commonly diagnosed cancer among men in Canada. No modifiable risk factor has been identified, but diet is suspected to play a role. Dietary patterns, which describe the overall dietary intake rather than the consumption of specific foods or nutrients, represent a promising research approach. The general objective of this thesis was to assess the role of dietary patterns and the level of food processing on the risk of prostate cancer. Data collected in a large population-based case-control study conducted among Montreal residents were used. The 1919 histologically confirmed incident cases were 75 years of age or younger and had been diagnosed between 2005 and 2009. Concurrently, the 1991 controls were randomly selected from the electoral list and frequency-matched to cases by age (± 5 years). Food consumption was assessed using a food frequency questionnaire focusing on the period two years before diagnosis or interview. The first objective was to identify dietary patterns among the French-speaking controlsas well as the characteristics associated with these patterns. Principal component analysis led to the identification of three dietary patterns: Healthy, Western modified - Salty and Western modified - Sweet. The Healthy pattern was associated with higher income, education, moderate levels of recreational physical activity and lower levels of smoking. The Western modified – Salty pattern was positively associated with French, other European (other than French), and Latino ancestries, and with married and common-law relationships, whereas it was inversely associated with age. Finally, the Modified Western – Sweet pattern was more common among men of French ancestry and users of vitamin/mineral supplements. The second objective was to assess associations between the different dietary patterns and prostate cancer. Odds ratios (OR) and 95% confidence interval (95% CI) were obtained by unconditional logistic regression adjusting for confounders. The Healthy dietary pattern was inversely associated with prostate cancer (OR = 0,76 [95% CI = 0,61-0,93], highest vs lowest quartile), whereas the Western - Sweet and beverages pattern increased the risk of this cancer (OR = 1,35 [95% CI = 1,10-1,66], highest vs lowest quartile). Both results are novel. The Western - Salty and alcohol pattern was not associated with prostate cancer risk. The third objective was to assess the association between the level of food processing and prostate cancer. The level of food processing in the diet was assigned using the NOVA food classification. Processed foods were associated with an increased risk (OR = 1,32 [95% CI] = 1,07-1,62], highest vs lowest quartile) of prostate cancer, and the association was slightly more pronounced for high-grade prostate cancers. In conclusion, these results suggest that dietary patterns and the level of food processing play a role on the risk of developing prostate cancer. This information is important for promoting a healthy lifestyle and for prostate cancer prevention.

Contexte. Les études cas-témoins sont très fréquemment utilisées par les épidémiologistes pour évaluer l’impact de certaines expositions sur une maladie particulière. Ces expositions peuvent être représentées par plusieurs variables dépendant du temps, et de nouvelles méthodes sont nécessaires pour estimer de manière précise leurs effets. En effet, la régression logistique qui est la méthode conventionnelle pour analyser les données cas-témoins ne tient pas directement compte des changements de valeurs des covariables au cours du temps. Par opposition, les méthodes d’analyse des données de survie telles que le modèle de Cox à risques instantanés proportionnels peuvent directement incorporer des covariables dépendant du temps représentant les histoires individuelles d’exposition. Cependant, cela nécessite de manipuler les ensembles de sujets à risque avec précaution à cause du sur-échantillonnage des cas, en comparaison avec les témoins, dans les études cas-témoins. Comme montré dans une étude de simulation précédente, la définition optimale des ensembles de sujets à risque pour l’analyse des données cas-témoins reste encore à être élucidée, et à être étudiée dans le cas des variables dépendant du temps. Objectif: L’objectif général est de proposer et d’étudier de nouvelles versions du modèle de Cox pour estimer l’impact d’expositions variant dans le temps dans les études cas-témoins, et de les appliquer à des données réelles cas-témoins sur le cancer du poumon et le tabac. Méthodes. J’ai identifié de nouvelles définitions d’ensemble de sujets à risque, potentiellement optimales (le Weighted Cox model and le Simple weighted Cox model), dans lesquelles différentes pondérations ont été affectées aux cas et aux témoins, afin de refléter les proportions de cas et de non cas dans la population source. Les propriétés des estimateurs des effets d’exposition ont été étudiées par simulation. Différents aspects d’exposition ont été générés (intensité, durée, valeur cumulée d’exposition). Les données cas-témoins générées ont été ensuite analysées avec différentes versions du modèle de Cox, incluant les définitions anciennes et nouvelles des ensembles de sujets à risque, ainsi qu’avec la régression logistique conventionnelle, à des fins de comparaison. Les différents modèles de régression ont ensuite été appliqués sur des données réelles cas-témoins sur le cancer du poumon. Les estimations des effets de différentes variables de tabac, obtenues avec les différentes méthodes, ont été comparées entre elles, et comparées aux résultats des simulations. Résultats. Les résultats des simulations montrent que les estimations des nouveaux modèles de Cox pondérés proposés, surtout celles du Weighted Cox model, sont bien moins biaisées que les estimations des modèles de Cox existants qui incluent ou excluent simplement les futurs cas de chaque ensemble de sujets à risque. De plus, les estimations du Weighted Cox model étaient légèrement, mais systématiquement, moins biaisées que celles de la régression logistique. L’application aux données réelles montre de plus grandes différences entre les estimations de la régression logistique et des modèles de Cox pondérés, pour quelques variables de tabac dépendant du temps. Conclusions. Les résultats suggèrent que le nouveau modèle de Cox pondéré propose pourrait être une alternative intéressante au modèle de régression logistique, pour estimer les effets d’expositions dépendant du temps dans les études cas-témoins / Background: Case-control studies are very often used by epidemiologists to assess the impact of specific exposure(s) on a particular disease. These exposures may be represented by several time-dependent covariates and new methods are needed to accurately estimate their effects. Indeed, conventional logistic regression, which is the standard method to analyze case-control data, does not directly account for changes in covariate values over time. By contrast, survival analytic methods such as the Cox proportional hazards model can directly incorporate time-dependent covariates representing the individual entire exposure histories. However, it requires some careful manipulation of risk sets because of the over-sampling of cases, compared to controls, in case-control studies. As shown in a preliminary simulation study, the optimal definition of risk sets for the analysis of case-control data remains unclear and has to be investigated in the case of time-dependent variables. Objective: The overall objective is to propose and to investigate new versions of the Cox model for assessing the impact of time-dependent exposures in case-control studies, and to apply them to a real case-control dataset on lung cancer and smoking. Methods: I identified some potential new risk sets definitions (the weighted Cox model and the simple weighted Cox model), in which different weights were given to cases and controls, in order to reflect the proportions of cases and non cases in the source population. The properties of the estimates of the exposure effects that result from these new risk sets definitions were investigated through a simulation study. Various aspects of exposure were generated (intensity, duration, cumulative exposure value). The simulated case-control data were then analysed using different versions of Cox’s models corresponding to existing and new definitions of risk sets, as well as with standard logistic regression, for comparison purpose. The different regression models were then applied to real case-control data on lung cancer. The estimates of the effects of different smoking variables, obtained with the different methods, were compared to each other, as well as to simulation results. Results: The simulation results show that the estimates from the new proposed weighted Cox models, especially those from the weighted Cox model, are much less biased than the estimates from the existing Cox models that simply include or exclude future cases. In addition, the weighted Cox model was slightly, but systematically, less biased than logistic regression. The real life application shows some greater discrepancies between the estimates of the proposed Cox models and logistic regression, for some smoking time-dependent covariates. Conclusions: The results suggest that the new proposed weighted Cox models could be an interesting alternative to logistic regression for estimating the effects of time-dependent exposures in case-control studies.