De nombreuses espèces de rongeurs montrent des variations cycliques de leurs densités. Ces cycles ont un rôle important dans l'émergence de zoonoses en augmentant les contacts entre l'Homme et l'animal. Cette thèse s'inscrit dans le domaine de l'écologie de la santé qui étudie les interactions entre santé humaine, santé animale et dynamique des écosystèmes. Dans ce cadre, j'ai étudié la communauté de parasites d'une communauté de rongeurs à dynamique cyclique afin d'identifier les réservoirs d'agents de zoonoses et les parasites potentiellement impliqués dans les cycles de cette communauté. Je me suis intéressée à trois espèces de campagnols et à deux espèces de mulots en Franche-Comté. Les résultats et les suivis épizootiologiques réalisés permettent d'inférer les facteurs de risques biotiques et abiotiques associés à l'émergence de ces zoonoses.<br />Trois agents de zoonoses sont présents : deux hantavirus (virus Puumala et Tula) et le virus Cowpox. La dispersion et le comportement social des rongeurs sont importants pour la transmission de ces virus spécifiques (hantavirus) et non spécifique (virus Cowpox). Ces virus sont majoritairement trouvés en milieu forestier. Les communautés de parasites détectées en forêt et en prairie sont différentes. Les infestations par des helminthes sont plus nombreuses en prairie qu'en forêt. Une étude immunogénétique montre l'existence d'allèles de susceptibilité et de résistance aux agents de zoonoses étudiés. Des helminthes ou des acariens pourraient aussi intervenir dans l'infection par ces virus. Un de ces helminthes pourrait être impliqué dans la dynamique de ses hôtes. Mes travaux expérimentaux et de modélisation montrent l'impact du nématode non spécifique Trichuris arvicolae sur la reproduction du campagnol des champs et son rôle régulateur pour les populations d'arvicolinés. <br />Cette thèse contribue à montrer l'importance de la biodiversité et de l'écologie des communautés pour évaluer et gérer les risques pour l'Homme vis-à-vis de zoonoses.

Les calpaïnes sont des protéases à cystéine de type papaïne identifiées depuis plusieurs décennies. Parce que leur expression est cytosolique et parce que leur activité est contrôlée par la concentration de Ca2+, il est maintenant admis qu'elles jouent un rôle essentiel dans la signalisation intracellulaire. Elles participent ainsi au contrôle de l'apoptose, de la prolifération, de l'adhérence à la matrice extracellulaire et de la mobilité cellulaire. Il n'est donc pas étonnant qu'elles soient impliquées dans les pathologies lourdes (dystrophies musculaires, ischémies, dégénérescences neuronales, mobilité cellulaire invasive). L'objectif de nos recherches est d'élucider les mécanismes d'activation de différentes calpaïnes (Capn1,Capn2, Capn3) et les voies de signalisation qu'elles mettent en jeu. En effet, l'association de la calpaïne 3 avec la titine est un élément essentiel dans la régulation et l'activation de la protéase. Dans ce cadre, ce travail visait à caractériser les interactions moléculaires des calpaïnes 1 et 3 avec la région N1 de la titine humaine. Nous avons pu montré que cette région pouvait fixer très fortement du calcium permettant la polymérisation des molécules de titine. Cette structuration calcium dépendante conditionne la fixation de la µ-calpaïne sur le domaine I4 de la titine. La seconde partie du travail a permis de caractériser la colocalisation de la calpaïne 3 avec la calpaïne 1 au niveau du domaine I5. A l'inverse de la µ-calpaïne , l'association de la calpaïne 3 ne semble pas dépendre de la structure de la titine mais plutôt des changements structuraux pouvant intervenir sur la protéase elle-même quand elle fixe du calcium. A la lumière de ces résultats, la titine apparaît comme un régulateur de l'action calpainolytique

Bacillus cereus est une bactérie très largement disséminée dans l'environnement. Certaines souches sont à l'origine de toxi-infections alimentaires de type émétique ou diarrhéique. Afin de coloniser l'intestin et induire un syndrome diarrhéique, B. cereus doit s'adapter aux variations d'oxygénation et de potentiel d'oxydoréduction rencontrées, se multiplier et sécréter des toxines. En comparant les capacités métaboliques et les capacités de sécrétion de l'entérotoxine Nhe de quatre souches de B. cereus, nous avons mis en évidence que la L-lactate déshydrogénase A (LdhA) était quelles que soient les conditions de croissance impliquée à la fois dans le métabolisme fermentaire et dans la toxinogénèse de B. cereus. LdhA contribue au maintien du ratio NAD+/NADH intracellulaire et son absence affecte les capacités d'expression de plusieurs gènes d'entérotoxines en anaérobiose et en aérobiose chez la souche F4430/73. Afin de déterminer si l'effet observé sur les toxines était indirect et dépendant du régulateur rédox Rex, un mutant ne synthétisant plus Rex a été construit. La caractérisation de ce mutant a mis en évidence le rôle de Rex dans le métabolisme de B. cereus, dans la réponse au stress oxydant et dans la toxinogénèse. De part sa structure et sa capacité a lié l'ADN, Rex pourrait être un facteur de transcription contrôlant l'expression des gènes codant les entérotoxines. Sa capacité de fixation sur l'ADN est dépendante du ratio NAD+/NADH. Afin de déterminer si LdhA pouvait réguler directement l'expression des gènes des toxines, ldhA a été exprimé chez E. coli et purifiée sous la forme d'une protéine fusion. Les premières expériences de retard sur gel n'ont pas permis de mettre en évidence de fixation sur les régions promotrices de toxines

Les dynamiques cycliques sont observées chez de nombreux rongeurs. Longtemps une cause unique a été recherchée pour expliquer tous les cycles. Cependant, différentes analyses locales ont permis de montrer que les causes des cycles sont bien souvent différentes en fonction de l'espèce ou du milieu concerné. Il est donc important de travailler à une échelle locale pour comprendre ces dynamiques particulières. Durant cette thèse, j'ai cherché à comprendre la dynamique cyclique du campagnol des champs dans les plaines agricoles de l'Ouest de la France. Trois axes ont été principalement abordés : 1) la structure de la densité dépendance au sein du système cyclique ; 2) la variation des traits d'histoire de vie (survie et reproduction) responsables des différentes phases du cycle ; 3) la relation entre les traits d'histoire de vie et l'agriculture. Pour ce faire, des approches de modélisation, d'analyse de données empiriques et de données expérimentales ont été utilisées. Les principaux résultats obtenus sont que les cycles du campagnol des champs montrent deux phases densité-dépendantes. La première est la phase de déclin des effectifs, se déroulant en hiver et étant due à une modification de la reproduction par des mécanismes de densité dépendance directe. La seconde est une phase de stagnation des effectifs à basse densité. Elle est probablement plurifactorielle et due à des mécanismes de densité dépendance retardée. Enfin, nous avons montré que les pratiques agricoles et le type de culture avait un impact fort sur les traits démographiques et que ceux-ci dépendent de la saison. Cette thèse a principalement servi à proposer un schéma cohérent expliquant le fonctionnement de notre système cyclique. Néanmoins, les mécanismes sous-jacents restent à élucider. Dans cette optique, des pistes ont été initiées concernant la recherche d'effets maternels ou la déplétion de la ressource par les individus.

Le récepteur de l'acide rétinoïque RAR est une protéine de la superfamille des récepteurs nucléaires liant le ligand acide rétinoïque (AR). En présence de son ligand, RAR induit la transcription de ses gènes cibles alors qu'en son absence la transcription est inhibée. Le mécanisme de régulation de RAR est altéré dans les lignées cellulaires humaines de carcinome mammaire dû à une baisse de capacité de synthèse de l'AR. Aussi, l'expression des microARN (miR) est perturbée dans le cancer du sein et un grand nombre de gènes ont été identifiés, après une analyse in-silico, comme des cibles prédites des miRs. Ces derniers peuvent être régulés pas des facteurs de transcription et ils sont capables d'inhiber la prolifération cellulaire et d'induire l'apoptose via la régulation de leurs cibles. Ainsi, les miRs peuvent jouer un rôle dans le mécanisme de régulation de RAR et être impliqués dans des boucles de régulation avec ce récepteur. Dans le cadre de ce travail, nous décrivons une approche développée pour prédire et caractériser des circuits de régulation au niveau transcriptionnel et post-transcriptionnel dans le cancer du sein. Nous nous sommes intéressés aux boucles de régulation de type feed-forward où RAR régule un miR et en commun ils régulent un ensemble de gènes codants pour des protéines dans les cellules tumorales mammaires MCF7 et SKBR3. Ces circuits ont été construits en combinant des données de ChIP-chip de RAR et des données de micro-puces d'ADN tout en utilisant des outils in-silico de prédiction des gènes cibles de miRs. Afin de proposer le modèle approprié de régulation, une analyse in-silico des éléments de réponse de l'AR (RARE) dans les promoteurs des miRs est réalisée. Cette étape permet de prédire si la régulation par RAR est directe ou indirecte. Les boucles ainsi prédites sont filtrées en se basant sur des données d'expression de miR existantes dans des bases de données et dans différentes lignées cellulaires, en vue d'éliminer les faux positifs. De plus, seuls les circuits pertinents sur le plan biologique et trouvés enrichis dans Gene Ontology sont retenus. Nous proposons également d'inférer l'activité des miRs afin d'orienter leur régulation par RAR. L'approche a réussi à identifier des boucles validées expérimentalement. Plusieurs circuits de régulation prédits semblent être impliqués dans divers aspects du développement de l'organisme, de la prolifération et de la différenciation cellulaire. De plus, nous avons pu valider que let-7a peut être induit par l'AR dans les MCF7. / The retinoic acid receptor (RAR) is a type of nuclear receptor that is activated by the ligand retinoic acid (RA). In the presence of ligand, RAR induces the transcription of its targets whereas in the absence of ligand the transcription is blocked. The mechanism of regulation of RAR is altered in breast cancer cell lines due to a reduced capacity to synthesize RA. Also aberrant patterns of microRNA (miR) expression have been reported in human breast cancer and a number of genes involved in breast cancer progression have been identified by in-silico analysis to be targets of miRs. The miRs could be controlled by transcription factors and via the regulation of their mRNA targets, the miRs could promote apoptosis and even inhibit cell proliferation. Hence, the miRs may play a role in the mechanism of regulation of RAR and could be involved in regulatory loops with this receptor. In this work, we describe an approach developed for the prediction and characterization of mixed transcriptional and post-transcriptional regulatory circuits in breast cancer. We concentrated in particular on feed-forward loops, in which RAR regulates a miR, and together with it, a set of joint target protein coding genes in human breast cancer cell lines MCF7 and SKBR3. These loops are constructed by combining ChIP-chip datasets of RAR with datasets of DNA microarrays and by using miR target prediction tools. In order to predict the appropriate model of regulation, in-silico analysis was performed to look for retinoic acid response element (RARE) in miR promoter. This step could identify if the regulation by RAR is direct or indirect. The regulatory loops will be then filtered, in order to reduce the number of false positive, based on databases designed to represent human miR expression profiles in different tissues or cell types. Moreover, only biologically relevant circuits enriched in Gene Ontology were retained. Also, we propose to infer miR activity in order to detect their regulation by RAR. This approach was able to find some existing experimental data. Several regulatory circuits seem to be involved in various aspects of organism development, proliferation and cell differentiation. Furthermore, we were able to validate the induction of let-7a by RA in MCF7 cells.

La méthode ChIP-seq est une technologie combinant la technique de chromatine immunoprecipitation avec le séquençage haut-débit et permettant l’analyse in vivo des facteurs de transcription à grande échelle. Le traitement des grandes quantités de données ainsi générées nécessite des moyens informatiques performants et de nombreux outils ont vu le jour récemment. Reste cependant que cette multiplication des logiciels réalisant chacun une étape de l’analyse engendre des problèmes de compatibilité et complique les analyses. Il existe ainsi un besoin important pour une suite de logiciels performante et flexible permettant l’identification des motifs. Nous proposons ici un ensemble complet d’analyse de données ChIP-seq disponible librement dans R et composé de trois modules PICS, rGADEM et MotIV. A travers l’analyse de quatre jeux de données des facteurs de transcription CTCF, STAT1, FOXA1 et ER nous avons démontré l’efficacité de notre ensemble d’analyse et mis en avant les fonctionnalités novatrices de celui-ci, notamment concernant le traitement des résultats par MotIV conduisant à la découverte de motifs non détectés par les autres algorithmes. / ChIP-seq is a technology combining the chromatin immunoprecipitation method with high-throughput sequencing and allowing the analysis of transcription factors in vivo on a genome wide scale. The treatment of such amount of data generated by this method requires strong computer resources and new tools have been recently developed. Though this proliferation of software performing only one step of the analyze leads to compatibility problems and complicates the analysis. Thus, there is a real need for an integrated, powerful and flexible pipeline for motifs identification. Here we proposed a complete pipeline for the analysis of ChIP-seq data freely available in R and composed of three R packages PICS, rGADEM and MotIV. Analyzing four data sets for the human transcription factors CTCF, STAT1, FOXA1 and ER we demonstrated the efficiency of or pipeline and highlighted its new features, especially concerning the processing of the results by MotIV that led to the identification of motif not detected by other methods.

Thèse numérisée par la Direction des bibliothèques de l'Université de Montréal.

Le contrôle du cycle cellulaire, processus fondamental pour la prolifération cellulaire, est souvent altéré au cours de la tumorigenèse. Les facteurs de transcription E2Fs sont des régulateurs majeurs de l'expression de gènes impliqués dans le cycle cellulaire, la réplication de l'ADN, la mort cellulaire programmée ou encore la différenciation cellulaire. La famille des facteurs E2Fs contient des membres qui agissent comme activateurs ou répresseurs de la transcription et dont l'activité est régulée par un grand nombre de corégulateurs transcriptionnels, incluant notamment les protéines à poche pRb, p107, p130. RIP140 (Receptor Interacting Protein of 140kDa) a été identifié comme un corépresseur de nombreux récepteurs nucléaires, une autre grande famille de facteurs de transcription qui, pour certains, régulent positivement l'expression du gène RIP140.Ce travail de thèse a permis d'identifier RIP140 comme un nouveau répresseur de l'activité transcriptionnelle du facteur E2F1, dans des expériences de transfection transitoire ainsi que sur l'expression de gènes endogènes. Nous avons également montré que l'expression ectopique de RIP140 bloque la progression des cellules dans le cycle cellulaire. Dans les cancers du sein, le niveau d'expression de RIP140 présente une corrélation inverse avec celui de différents gènes cibles des facteurs E2Fs et semble discriminer les tumeurs luminales des tumeurs basales. Nous avons également démontré que le niveau d'ARNm RIP140 est régulé au cours du cycle cellulaire et que le promoteur du gène RIP140 est une cible directe des facteurs E2Fs. Cette régulation implique des sites de liaison des facteurs E2Fs et Sp1 de la région proximale du promoteur. La régulation de ce gène par E2F1 a également été observée au cours du processus de différenciation adipocytaire en utilisant un modèle murin E2F1-/-.En conclusion, ce travail a permis d'identifier RIP140 comme un nouvel acteur de la voie de signalisation par les facteurs E2Fs. / Cell cycle control, a fundamental process which controls cell proliferation, is frequently altered during tumorigenesis. The E2F transcription factors are central regulators of target gene expression involved in cell cycle regulation, DNA replication, apoptosis and differentiation. The E2F transcription factors family encompasses members which act as activators or repressors. Their activities are regulated by a large number of transcriptional coregulators, including in particular the pocket proteins pRb, p107, p130.The transcription coregulator RIP140 (Receptor Interacting Protein of 140kDa) has been identified as a partner of numerous nuclear receptors, another important transcription factor family. Some of these nuclear receptors positively regulate RIP140 gene expression.This work identified RIP140 as a new repressor of E2F1 transcriptional activity, both in transient transfection experiments and on the expression of endogenous target genes. We also showed that ectopic expression of RIP140 blocks cell cycle progression. In breast cancers, the level of RIP140 expression is inversely correlated with various target genes of E2Fs factors and seems to discriminate luminal from basal tumors. We also demonstrated that the RIP140 mRNA expression is regulated during cell cycle and that the RIP140 promoter is a direct target of E2F transcription factors. This regulation involves both E2F and Sp1 binding sites in the proximal region of the RIP140 promoter. The regulation of the RIP140 gene by E2F1 was also observed during adipocyte differentiation using an E2F1-/- mouse model.In conclusion, this study identified RIP140 as a new regulator of the E2F signalling pathway and as a novel E2F1 target gene. These results open new perspectives concerning the roles that this transcriptional coregulator might play in the control of cell proliferation and tumorigenesis.

La recherche a pour objectif de décrire et de comprendre les pratiques de régulation didactique de cinq enseignants en EPS. Les régulations didactiques sont, dans le cadre de notre recherche, les communications langagières adressées à un ou plusieurs élèves engagé(s) dans une tâche donnée. Nous nous intéressons notamment à la façon dont sont gérés et mis en scène les savoirs à caractère technique. En effet, les régulations sont des temps privilégiés de guidage technique et plus généralement de co-construction de significations partagées à propos du savoir. Cinq études de cas sont réalisées. Les enseignants sont volontaires et ont au moins une dizaine d’années d’expérience. Ils sont filmés et enregistrés lors de six séances. Un entretien fait suite aux six observations. Il a pour but de mieux comprendre les déterminants des pratiques en recueillant le point de vue des enseignants. Les résultats montrent que les régulations sont des gestes typiques de l’enseignement de l’EPS. Néanmoins, des conduites de moindre et de non régulation sont mise à jours et analysées. En outre, des phénomènes en lien avec le savoir sont décrits (éviction, masquage, disparition). Si les pratiques observées sont en partie inhérentes à l’enseignement de l’EPS, elles ne sont pas que le fruit d’assujettissements. En fonction de leurs expériences et de leurs particularismes, les enseignants ont rejeté, mis à l’écart les gestes de régulations, ou, au contraire, les ont intégré à leur professionnalité. Tous ont ressenti et ressentent encore les difficultés inhérentes à la régulation. Tous n’ont pas les mêmes ressources pour y faire face, ni la même volonté de s’y sentir efficaces. / Research has as objective to represent and to understand the practices of didactic regulation of five teachers in Physical education. Didactic regulations are, as pal1 of our research, communications and gestures were addressed in one or several pupils enlisted man (en) in a given task. We are notably interested in the manner are managed and staged know ledges with technical character. In effect, regulations are privileged time of technical guidance and more in general co-building of signification shared regarding knowledge. Five studies of case are accomplished. The teachers are volunteers and have at least a dozen years of experience. They are filmed and recorded during six sessions. A maintenance follows the six observations. It is aimed at understanding the determiners of practices better by gathering the point of view of the teachers. Results show that regulations are gestures typical of the education of Physical Education. However, behaviors of lesser and not regulation are bet in days and analyzed. Besides, phenomena in link with knowledge are represented (ousting, masking, disappearing). If noticed practices are partly inherent in Physical Education teaching, they are not that the fruit of subjugation. According to their experiments and according their distinctive identities, the teachers rejected, put distance it the gestures of regulations, or, contrariwise, inserted them into their scholarship of teaching. All felt and still feel inherent difficulties in regulation. All have no same means to make face, nor the same will there to feel there efficient.

Cette recherche à caractère exploratoire vise à mieux cerner les liens entre la relation d’activation père-enfant et la régulation émotionnelle chez un échantillon clinique d’enfants âgés de 12 à 61 mois pour une moyenne d’âge de 42 mois. Pour ce faire, un échantillon composé de 42 familles biparentales et leur enfant ont participé aux protocoles de la Situation frustrante (Stansbury & Sigman, 2000) et de la Situation risquée (Paquette & Bigras, 2010). En premier lieu, la Situation frustrante a été utilisée comme outil d’observation de la régulation émotionnelle des enfants. En accord avec la méthode-Q (Brown, 1980), pour chaque participant, des items décrivant la régulation émotionnelle ont été regroupés par le biais d’un tri de cartes. Les analyses ont pu dégager cinq profils d’enfants (désengagé-neutre, engagé-positif, demandeur-contenu, désengagé-troublé et demandeur-agressif). Dans l’ensemble, bien que quelques similarités soient observées, les résultats indiquent que les profils de régulation émotionnelle se distinguent entre eux quant aux stratégies de régulation émotionnelle déployées et aux états affectifs affichés par les enfants. Des associations entre le sexe des enfants, le type de relation d’activation et le profil de régulation émotionnelle appuient les liens théoriques entre la régulation émotionnelle et la relation d’activation. En second lieu, la Situation risquée a été utilisée afin de déterminer le type de relation d’activation qualifiant la dyade père-enfant, soit activé, sous-activé ou suractivé. Les regroupements d’enfants en fonction du type de relation d’activation ont été analysés selon la fréquence des items composant les tris de cartes. Globalement, les enfants activés, sous-activés et suractivés se différencient, chaque type utilisant des stratégies de régulation émotionnelle et affichant des états affectifs qui lui sont propres. De plus, dans la plupart des cas, ces résultats viennent appuyer la théorie de la relation d’activation (Paquette & Bigras, 2010). En dernier lieu, les profils de régulation émotionnelle ont été comparés aux regroupements d’enfants basés sur le type de relation d’activation. Ainsi, l’enfant activé partage des caractéristiques communes avec le profil de l’enfant engagé-positif alors que l’enfant suractivé se lie davantage avec le profil de l’enfant désengagé-troublé. Toutefois, aucun profil de régulation émotionnelle ne s’associe de façon significative avec l’enfant sous-activé. En conclusion, l’ensemble de ces résultats appuie la proposition voulant que le père puisse jouer un rôle déterminant dans le développement de la régulation émotionnelle de son enfant, et ce, dans le contexte où ce dernier souffre d’une psychopathologie.