Orientadores: Brenda Paula Figueiredo de Almeida Gomes, Rogerio de Castilho Jacinto / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-15T18:25:56Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Montagner_Francisco_D.pdf: 4116912 bytes, checksum: 44ab64d774aeca67726f61c5f7590f94 (MD5) Previous issue date: 2010 / Resumo: Os objetivos do presente estudo foram caracterizar as comunidades microbianas presentes em canais radiculares (CR) com necrose pulpar e abscessos periapicais agudos (APA) de amostras pareadas, e determinar in vitro a suscetibilidade antimicrobiana de bactérias anaeróbias estritas isoladas através do método de E-test. Coletas microbiológicas de 20 CR e 20 amostras de exsudatos de APA dos mesmos pacientes foram processadas e caracterizadas empregando-se métodos de análise do polimorfismo do fragmento terminal de restrição (APFTR), cultura microbiana e testes bioquímicos, PCR e Nested-PCR. Os dados foram analisados estatisticamente, de acordo com suas características. Amostras de CR e APA não diferiram no número de microrganismos ou diversidade de suas comunidades quando avaliadas através da técnica de APFTR. Poucas espécies foram detectadas simultaneamente nos ecossistemas correlacionados. Nenhuma espécie foi detectada em todas as amostras, e a maioria foi detectada em apenas uma amostra. A técnica da cultura microbiana demonstrou predomínio de anaeróbios estritos pertencentes ao gênero Prevotella spp. e às espécies Parvimonas micra, Gemella morbillorum e Bacteroides ureolyticus em ambos ecossistemas. As espécies Porphyromonas endodontalis, Prevotella nigrescens, Filifactor alocis, T. socranskii e T. denticola foram freqüentemente detectados nos CR e APA, através do PCR ou Nested-PCR. E. faecalis foi detectado em CR em uma única amostra. Em 45% dos casos, observou-se a presença de ao menos uma cepa resistente a um ou mais agentes antimicrobianos testados. Amoxicilina, amoxicilina + ácido clavulânico e penicilina G foram os antibióticos mais efetivos, enquanto que maiores níveis de resistência foram observados para eritromicina e azitromicina. As cepas isoladas dos APA demonstraram valores inferiores de CIM quando comparadas àquelas isoladas em CR, exceto para a penicilina G. Comunidades microbianas com perfis heterogêneos foram observadas em amostras de canais radiculares e abscessos periapicais, de um mesmo paciente. Os microrganismos isolados em ambos os ecossistemas revelaram padrões não similares de suscetibilidade aos agentes antimicrobianos mais prescritos em Endodontia. / Abstract: The aim of this study was to examine the profile of microbial communities in necrotic root canals (RC) and acute periradicular abscesses (AP) in paired samples. The antimicrobial susceptibility was determined with E-test for strict anaerobes. Paired samples of RC and PA exudates were collected from 20 subjects and analyzed by terminal restriction fragment length polymorphism (t-RFLP), microbial culture, PCR, and Nested-PCR. Statistical analysis was performed. RC and PA were not different in the number of species or in the community diversity, however very few species were shared between the two communities. No single t-RF fragment was detected in all samples, and the majority was detected in only one sample. Strict anaerobes were frequently isolated in RC and PA samples, comprising the genus Prevotella spp., and the species Parvimonas micra, Gemella morbillorum e Bacteroides ureolyticus species. Porphyromonas endodontalis, Prevotella nigrescens, Filifactor alocis, T. socranskii e T. denticola were frequently detected in the RC and PA. Only one RC sample harbored E. faecalis which was detected with molecular methods. The E-test showed that at least one resistant strain was isolated from 45% of the subjects. Amoxicilin, amoxicilin + clavulanic acid and penicilin-G were the most effective antimicrobial agents, and high resistance levels were observed for erythromicin and azithromicin. PA isolates had lower MIC than RC strains, except for pennicilin-G. In conclusion, the microbial profiles of the RC and PA communities are distinct and diverged between all subjects. The heterogeneous profiles RC and PA produced microbial interactions that affected the susceptibility to the most frequently prescribed antimicrobial agents in Endodontics. / Doutorado / Endodontia / Doutor em Clínica Odontológica

Orientador : Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-08-01T03:10:40Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Menoni_SilviaMendoncaFerreira_M.pdf: 21358610 bytes, checksum: 91199fa109a7df3793cf28393427c6a8 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: O Helicobacter pylori (H. pylori) causa infecção muito comum no mundo inteiro e atualmente é considerada a segunda infecção de maior prevalência no homem acometendo pessoas de todas as idades. Estudos epidemiológicos indicam que o H. pylori está relacionado com o nível sócio-econômico e com os hábitos alimentares e constitui um fator ambiental adquirido, importante na patogenia de várias afecções do aparelho digestivo. Em algumas destas patologias, a relação etiológica foi suficientemente comprovada, em outras, é duvidosa ou se baseia em estudos preliminares. Os fatores de patogenicidade do H. pylori estão relacionados: com suas características, e com o meio em que ele se encontra. A capacidade do H. pylori de "não se deixar envolver" com a resposta imunológica do hospedeiro, de resistir à fagocitose, de produzir enzimas (urease, catalase, superóxido dismutase entre outras), favorece a cronicidade da infecção (no estômago) durante longos períodos, eventualmente durante toda a vida. O diagnóstico da infecção pelo Helicobacter pylori pode ser estabelecido utilizando-se vários testes, que diferem entre si em relação à sua especificidade, sensibilidade,caráter invasivo e custo. A detecção do DNA do H. pylori pela PCR (Reação em Cadeia da polimerase) é específica e sensível e pode servir como uma poderosa ferramenta para o diagnóstico da infecção causada por essa bactéria. O diagnóstico de variações em regiões funcionalmente relevantes no genoma do H. pylori tem sido usado como marcador genético em numerosos estudos clínicos para diferenciar as linhagens e associá-Ias à patogênese bacteriana. O presente trabalho teve como objetivo a padronização da técnica "PCR", com a utilização de "primers" que flanqueiam a região conservada do Helicobacter pylori (ureaseC), para a detecção do H.pylori a partir de biópsias endoscópicas, e aplicação do método em 141 pacientes, em seguimento no Gastrocentro-FCM-Unicamp, com suspeita da infecção. Também padronizamos a genotipagem do H. pylori com o auxilio de duas enzimas de restrição aplicadas ao produto da "PCR" em 60 pacientes que apresentaram PCR + para o H. pylori. Os resultados obtidos pela "PCR" foram comparados com os resultados obtidos pela Histologia nas biópsias fixadas e pelo teste rápido da uréase, nas biópsias a fresco. Para a genotipagem 60 pacientes foram avaliados. Entre os 141 pacientes estudados, obtivemos os seguintes resultados: das 59 amostras de biópsias endoscópicas gástricas fixadas em parafina, 12 amplificaram pela PCR (20,3%). Das 82 amostras de biópsias gástricas a fresco todas amplificaram, sendo que 64 amostras foram positivas e 18 amostras foram negativas. Em relação a genotipagem, os padrões encontrados foram comparados com a utilização do programa computacional BioCap 1 D: foram encontrados 11 padrões com a enzima HhaI e 12 padrões com a enzima MboI. Pelo número pequeno de amostras estudadas, não foi possível uma correlação estatisticamente significante entre genótipos específicos e padrões de patologias digestivas / Abstract: The Helicobacter pylori (H. pylori) causes a very common infection all over the world and is currently considered the second infection of larger prevalence in man, attacking people of alI ages. Epidemic studies indicate that the fi. py/ori is related with the socioeconomic leveI and dietary habits, constituting an nnportant acquired environmental factor in the pathogenesis of several diseases of the digestive system. In some of these patients the etiologic relationship was sufficiently proven; in others, it is doubtful or based on prelllninarystudies. The pathogenicity factors of the H. pylori are related to its characteristics and to the environment where it is found. The capacity of the fi. py/ori of not becoming involved with the immunologic answer of the host, of resisting phagocytosis and of producing enzymes (urease, catalase and superoxide dismutase, among others) favors chronic infections (in the stomach) during long periods, eventually during a lifetnne. The diagnosis of infection by the Helicobacter pylori can be established by means of several tests that differ from each other in relation to specificity, sensitivity, invasive character and cost. Detection of the H. pylori DNA by PCR (Polymerase Chain Reaction) is specific and sensitive and can be a powerful tool for diagnosis of the infection caused by this bacterium. The diagnosis of variations in functionalIy important areas of the H. pylori genome has been used as a genetic marker in numerous clinical studies to differentiate lineages and to associate them to bacterial pathogenesis. The present work had as objective the standardization of the PCR technique, with primers flanking the conserved area of the Helicobacter pylori (urease C) for detection of H. pylori, beginning with endoscopic biopsies and application of the method to 141 patients who were being followed at Gastrocentro-FCM-Unicamp as potential infection hosts. We also standardized H. pylori genotyping, aided by two restriction enzymes applied to the product of PCR in 60 patients that presented PCR + for H. pylori. The results obtained by PCR were compared with the results obtained by histology from the fastened biopsies and for the fast urease test, in fresh biopsies. Sixty patients were appraised for genotyping purposes. Among the 141 studied patients we obtained the following results: of the 59 samples of gastric endoscopic biopsies fastened in paraffin, 12 were amplified by PCR (20.3%). Of the 82 samples of fresh gastric biopsies all were positive for PCR (100%). In relation to genotyping, patterns were compared by means of BioCap lD computer program: 11 patterns with the enzyme HhaI and 12 patterns with the enzyme MboI were found. On account of the small number of studied samples, it was not possible to find a significant statistic correlation among specific and standard genotypes of digestive pathologies / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientador: Silvana Pereira Barros / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Odontologia de Piracicaba / Made available in DSpace on 2018-08-03T17:59:43Z (GMT). No. of bitstreams: 1 BritoJunior_RuiBarbosade_D.pdf: 2338944 bytes, checksum: 1b6d13469e92f97498385faa9a200d6e (MD5) Previous issue date: 2003 / Doutorado

Orientadores: Clarice Weis Arns, Liana M. Cardoso Verinaud / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Instituto de Biologia / Made available in DSpace on 2018-08-04T00:24:29Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Almeida_RenataServande_D.pdf: 8139323 bytes, checksum: 5f1811651bc45b3676a6e65c545345ff (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: O Vírus Respiratório Sincicial Bovino (BRSV) é o agente etiológico de infecções respiratórias amplamente distribuídas e que produzem perdas importantes na criação comercial de bovinos. A infecção pelo BRSV produz alterações patológicas como bronquiolite e pneumonia intersticial e acomete, sobretudo, animais jovens. A limitada multiplicação do vírus em cultivos celulares e a sua instabilidade, representam dificuldades durante os procedimentos de isolamento do BRSV a partir de amostras clínicas. O presente trabalho teve como objetivo padronizar técnicas rápidas, sensíveis e específicas para a detecção do BRSV, utilizando um isolado brasileiro. Para tanto, foram utilizados camundongos Balb/c como modelo de infecção experimental pelo BRSV, a partir dos quais o vírus foi detectado pelas técnicas de RT-nested-PCR e imuno-histoquímica (IHQ) e os resultados foram comparados com aqueles obtidos em bovinos infectados experimentalmente. A técnica de RT-nested-PCR mostrou-se mais sensível para detecção do BRSV do que a técnica de IHQ, tanto para tecidos murinos quanto bovinos. As técnicas foram utilizadas em tecidos de bovinos suspeitos de infecção por BRSV. Uma destas amostras apresentou resultado positivo no RT-nested-PCR e na IHQ. O seqüenciamento dos produtos de PCR deste vírus detectado foi realizado. Esta nova estirpe, juntamente com a descrita previamente BRSV-25-BR (único isolado presente até então no Brasil), é representante do subgrupo B do BRSV e constitui importante ferramenta para a avaliação do perfil dos isolados brasileiros de BRSV, estimar a origem destes isolados e redefinir as necessidades locais com relação ao conteúdo das vacinas. As técnicas de RTnested- PCR e IHQ padronizadas serão úteis em estudos epidemiológicos bem como, no diagnóstico laboratorial do BRSV no Brasil / Abstract: Bovine respiratory syncytial virus (BRSV) is the etiologic agent of widely distributed respiratory infections and is responsible for significant economic losses in commercial cattle production. Infection by BRSV produces pathological changes such as bronchiolitis and interstitial pneumonia and affects mainly young animals. The poor growth of the virus in cell cultures and its instability represent difficulties in virus isolation from clinical samples. The aim of the present work was to standardise fast, sensitive and specific methods to detect BRSV, using a Brazilian strain. For this purpose, Balb/c mice were used as experimental model to the BRSV infection, from which the virus was detected by the RT-nested-PCR and immunohistochemistry (IHC) standardised, and the results were compared with experimentally infected calves. RT-nested-PCR was more sensitive in detecting BRSV than IHC, from both mouse and calf tissues. These techniques were also used to screen calves suspected of being infected with BRSV. One of the suspected samples was positive by RTnested- PCR and IHC. Sequencing of the PCR products of this sample was carried out. This new isolate and the previously described BRSV-25-BR strain (the only well-known isolate in Brazil) are belong to subgrupo B and provide an important tool to evaluate the profile and to esteem the origin of Brazilian BRSV isolates and to determine the local necessities about the vaccines content. The standardised RT-nested-PCR and IHC techniques could be useful in the epidemiological studies and laboratory diagnosis of BRSV in Brazil / Doutorado / Microbiologia / Doutor em Genetica e Biologia Molecular

Made available in DSpace on 2014-06-12T18:28:13Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo1043_1.pdf: 2652996 bytes, checksum: 8f03262619a8d81108d233e705fa9c47 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2011 / Neutropenia febril é uma complicação infecciosa frequente em oncologia clínica, no entanto, só consegue-se isolar o agente etiológico, causador da infecção, em 20 a 30% dos casos, desses, apenas 5 % deve-se a infecção fúngica invasiva. Essa infecção é a principal causa de letalidade em neutropênicos febris. O isolamento de fungos por hemocultura é um processo demorado e nem sempre viável. Dessa forma, na prática clínica, utiliza-se critérios clínicos, radiológicos e a presença de fatores de risco para definir-se doença fúngica invasiva (DFI) e iniciar antifúngicos. Objetivo: Avaliar a frequência de fungemia e sua etiologia em pacientes onco-hematológicos com episódios de neutropenia febril utilizando-se de hemocultura e multiplex PCR (MT-PCR) panfúngica no Hemocentro de Pernambuco (HEMOPE) e descrever as características oncológicas e os fatores de risco dos pacientes. Método: Estudo descritivo, do tipo série de casos, avaliando os resultados de hemocultura e MT-PCR após coleta de sangue durante episódios de neutropenia febril em pacientes onco-hematológicos, no período entre fevereiro e novembro de 2010. Neutropenia febril foi definida conforme critérios da IDSA 2010, considerando-se neutropenia um número de neutrófilos < 500/mm3 ou entre 500 a 1000/mm3 com tendência a declínio. Febre foi definida por uma mensuração maior ou igual a 37,8°C ou maior ou igual a 37,5°C por mais de uma hora. Novo episódio de neutropenia febril foi determinado por reinício da febre após um período de 72 horas afebril. DFI foi definida como comprovada, provável ou possível de acordo com o EORTC-MSG, no dia da coleta da amostra de sangue para realização da MT-PCR. Para avaliação estatística utilizou-se o programa SPSS versão 13, com a qual obteve-se a análise descritiva dos dados. Resultados: Foram constatados 74 episódios de neutropenia febril em 44 pacientes portadores de doença onco-hematológica, com e sem critérios para doença fúngica invasiva. A hemocultura foi positiva em dois episódios de doença fúngica comprovada, decorrentes de Candida parapsilosis e tropicalis, enquanto a MT-PCR foi positiva em um dos episódios. Ocorreram ainda mais 16 casos com critérios clínicos para infecção fúngica, (3 prováveis e 13 possíveis) com a MT-PCR identificando fungemia em 12. Entre os 50 episódios negativos para critérios de DFI, a MT-PCR foi positiva em 20 (40%). A PCR conseguiu registrar quarenta e duas infecções fúngicas através da presença de ITS positivo na reação, com a determinação por MT-PCR de vinte e três espécies em 21 análises (duas PCRs identificaram duas espécies de fungo no mesmo episódio), assim distribuídos: C. parapsilosis 10 (43,5%), Cryptococcus neoformans 6 (26,1%), C. glabrata 4 (17,4%), C. tropicalis 2 (8,7%) e C. albicans 1(4,3%). Em 11 (61,2%) episódios de DFI os pacientes apresentavam leucemia mielóide aguda (LMA) como doença oncológica. A mediana de dias de neutropenia foi de 9, 20 e 20, para DFI comprovada, provável e possível, respectivamente. Conclusão: A utilização da MT-PCR associada a hemocultura aumentou o número de documentação microbiológica, em episódios de neutropenia febril, quando infecção fúngica invasiva é suspeita, demonstrando uma frequência de fungemia de 21%, o equivalente a 14 infecções fúngicas, das quais 2 (3,0%) correspondiam a DFI comprovada, 2 (3,0%) DFI provável e 10 (14%) a infecção fúngica possível. LMA como neoplasia de base e o tempo de neutropenia acima de dez dias foram os fatores de risco que ocorreram com maior frequência em pacientes onco-hematológicos com episódios de neutropenia febril (NF) e infecção fúngica

Orientador: Fernando Lopes Gonçales Junior, Neiva Sellan Lopes Gonçales / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T11:37:13Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Pereira_JosianeSilveiraFelix_D.pdf: 10131136 bytes, checksum: ab351928cb803d0e20ef10f92513bc45 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: A elevada porcentagem de positividade para o anti-HBc pode resultar em excessiva perda de doadores em uma determinada região geográfica, podendo afetar o suprimento de sangue. Como a realização do anti-HBc foi introduzida nos bancos de sangue como marcador indireto da hepatite C, que hoje possui um teste específico, passou-se a questionar a necessidade dessa obrigatoriedade. Alguns estudos mostram a correlação entre a presença de anti-HBc no doador e infecção pelo VHB no receptor. Recentemente, com o desenvolvimento de técnicas de biologia molecular, tomou-se possível a determinação do DNA do VHB, que de certa maneira auxilia a investigação dos pacientes anti-HBc isoladamente reagentes. Como os pacientes anti-HBc reagentes podem apresentar infecção oculta pelo VHB, procuramos avaliar a ocorrência da mesma nos nossos doadores e por existir um potencial de transmissão do VHB procuramos avaliar se a vacinação seria capaz de levar os pacientes com DNA-VHB positivo a eliminar esse VHB residual, pois podem soroconverter quando recebem a vacina contra a hepatite B. Essa conduta poderia ser usada para diminuir a transmissão do VHB em áreas altamente endêmicas. Sabe-se também que a infecção oculta pelo VHB ocorre em altas freqüências entre pacientes com HVC crônica. Por isso avaliamos também uma amostra com esses pacientes. Ao final, comparamos os resultados das prevalências de infecção oculta pelo VHB, de soroconversão para o anti-HBs e de negativação do DNA-VHB, em grupos com diferentes graus de risco para aquisição da HVB. Neste trabalho foram avaliados 587 doadores de sangue provenientes do Hemocentro Campinas bloqueados na triagem de sangue do serviço de hemoterapia por apresentarem positividade para o anti-HBc quando da primeira doação de sangue. Todos eram negativos para o anti-HCV e anti-HIV. Foram identificados, responderam a um questionário específico e tiveram amostras de sangue coletadas para a realização de testes bioquímicos, uma nova pesquisa dos marcadores da hepatite B e uma pesquisa do DNA do VHB pela PCR. Convocamos os pacientes com o resultado anti-HBc reagente/anti-HBs não reagente a retomarem ao Ambulatório para serem vacinados Ao final, obtivemos três grupamentos: um de doadores de sangue anti-HBc não reagente, provavelmente falso-positivos (grupo A); um constituído por doadores de sangue anti-HBc reagentes/anti-HBs reagentes (grupo B); e outro por doadores de sangue anti-HBc reagente/anti-HBs não reagente (grupo C). Nestes foi realizada a pesquisa do DNA do VHB utilizando o soro da primeira coleta pela técnica da PCR "in house". As amostras positivas foram submetidas a nova pesquisa quantitativa do DNA-VHB com o teste Amplicor HBV Monitor (Roche Diagnostic Systems, Branchburg, NJ). Em 50 pacientes do grupo B, também foi realizada a pesquisa do DNA do VHB pela PCR "in house". Quando do retomo dos pacientes do grupo C, fazíamos a primeira dose (DI) da vacina Engerix B 'MARCA REGISTRADA¿. Na época da segunda dose (D2) da vacina, cerca de 30 dias após DI, e da terceira dose (D3), cerca de 5 meses após D2 coletávamos nova amostra de sangue para a realização de novas pesquisas do anti-HBs e do DNA-VHB. Foi selecionado também um grupo HBsAg negativo, anti-HBc reagente/anti-HBs não reagente/HCV reagente, constituído por 50 pacientes. 22 deles (10 DNA-VHB + e 12 DNA-VHB -) receberam as três doses da vacina e pesquisou-se a soroconversão e a negativação do DNA-VHB (grupo D). Para efeito de comparação com o grupo D, selecionamos um grupo de 26 pacientes HBsAg negativo/anti-HBc não reagentes/HCV reagentes (grupo E)... Observação: O resumo, na íntegra, poderá ser visualizado no texto completo da tese digital / Abstract: A high percentage of positivity for anti-HBc can result in excessive loss of donors in some geographic regions, and consequently could affect blood supplies. As anti-HBc testing was originally implemented in blood banks as an indirect marker of hepatitis C, which now has a specific test, there are now questions about the necessity for including this test. Some studies have shown a correlation between anti-HBc in the donor and infection with HBV in the receptor. Recently, with the advent of molecular biology techniques, it has become possible to detect HBV DNA, which can help in the investigation of patients that are anti-HBc reactive alone. Since anti-HBc reactive patients can present occult infection with HBV, we decided to evaluate the occurrence of this condition in our blood donors. As there individuaIs with anti-HBc alone can potentially transmit HBV, we evaluated via PCR if vaccination is capable of eliminating this residual HBV in patients who are HBV-DNA positive, as they can seroconvert when they are vaccinated against hepatitis B. This could be a strategy to reduce the transmission of HBV in highly endemic areas. It is also known that occult infection with HBV occurs at high frequencies among patients with chronic HCV. Consequently, we also evaluated a cohort of these patients. Finally, we compared the results on prevalence of occult infection with HBV, seroconversion to anti-HBs, and negativation of HBV-DNA, in groups with different degrees of risk for acquiring HBV. We made an ambulatory study of 587 blood donors attended at the Campinas Blood Center, who were rejected by blood screening as they were positive for anti-HBc at the time of the first donation. All of them were negative for anti-HCV and anti-HlV. In this first stage of the study, the blood donors were identified and they responded to a specific questionnaire. Also, on the day of the first visit, blood samples were collected to make biochemical tests, to retest for hepatitis B markers and investigation of HBV DNA with PCR. We had three groups; there was a group ofblood donors who were anti-HBc non-reactive, based on the new tests done at our service. These were probably false positives (group A). Group B was constituted of individuaIs who were anti-HBc reactive /anti-HBs reactive. Group C was constituted of blood donors who were anti-HBc reactive /anti HBs non-reactive. An investigation for HBV DNA was done on these individuaIs, using serum from the first blood collection, via "in house" PCR. The samples that were positive were then evaluated quantitatively for HBV DNA, using a commercial test (Amplicor HBV Monitor, Roche Diagnostic Systems, Branchburg, NJ). HBV DNA was also tested for in 50 randomly selected group B patients, via "in house" PCR. When the group C patients returned, we gave them the first dose (D1) of the vaccine Engerix B 'MARCA REGISTRADA¿. At the time of the second dose (D2) of vaccine, about 30 days after DI, we took another blood sample to test again for anti-HBs and for HBV DNA. The patients who seroconverted after DI did receive additional doses of vaccine. The second dose was administered approximateIy one month after DI and a third dose (D3), five months after D2. Another group of 50 HBsAg negative, anti-HBc reactive /anti-HBs non reactive /HCV reactive patients was also included in the study, to investigate if there was occult infection with hepatitis B vírus. Among these 50, 22 patients (10 HBV DNA + e 12 HBV DNA - ) were vaccinated for hepatitis B, and seroconversion and negativation of HBV-DNA were then investigated. These patients were given the three doses of vaccine (group D). For comparison with group D, we selected a group of 26 patients HbsAg negative/anti-HBc non-reactive /HCV reactive, who were also being studied in our ambulatory clinic (group E)... Note: The complete abstract is available with the full electronic digital thesis or dissertations / Doutorado / Ciencias Basicas / Doutor em Clínica Médica

Orientador: Sandra Cecilia Botelho Costa / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T15:26:26Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Costa_FernandaAparecida_M.pdf: 6743475 bytes, checksum: 6c946746c5c51bdd0a99f34286e2079d (MD5) Previous issue date: 2005 / Resumo: Os herpesvírus humanos linfotrópicos, incluindo citomegalovírus (HCMV) e herpesvírus 6 (IlliV -6 A e B) são muito comuns e infectam a maioria dos humanos. Ambos pertencem à família Herpesviridae e, desta família, o HHV-6 é o que possui maior potencial neuroinvasivo. O HHV-6 é um vírus imunomodulador, predispondo o hospedeiro a efeitos patogênicos de outros vírus, como o HCMV. Esses vírus são responsáveis por uma grande variedade de doenças causadas pela infecção primária ou por reativação de infecção latente em condições de imunossupressão, especialmente após o transplante de órgãos. O transplante de figado representa a única forma efetiva de tratamento para uma série de doenças hepáticas terminais. Foram estudados prospectivamente 30 pacientes transplantados de figado do Hospital de Clínicas da Universidade Estadual de Campinas (Unicamp), durante o período de janeiro de 2002 a abril de 2004. Detectamos o DNA do HHV-6 e do HCMV em transplantados hepáticos através da "Nested-PCR" em sangue periférico; avaliamos a co-infecção e o impacto clínico causado por esses vírus nos transplantados hepáticos. A técnica de "Nested PCR" foi escolhida para aumentar a sensibilidade e especificidade da PCR e para obter resultados mais rápidos. Vinte e dois (73,3%) pacientes transplantados do sexo masculino e 8 (26,7%) do sexo feminino, com uma média de idade de 48 anos, foram estudados. Desses pacientes 22 (73,3%) e 23 (76,6%) tiveram pelo menos um resultado positivo para HCMV e HHV-6 respectivamente, durante o seguimento. Detectamos alta taxa de infecção ativa (2 ou mais reações de PCR positivas, consecutivas) para os herpesvírus estudados, 12/30 (400,10) para HHV-6; 13/30 (43,3%) para HCMV; a co-infecção ocorreu em 4/30 (13,3%) dos transplantados hepáticos. Os resultados obtidos e os inúmeros estudos sobre o impacto clínico na detecção e tratamento desses dois betaherpesvírus em pacientes transplantados hepáticos mostram a importância de estudarmos sua prevalência, métodos diagnósticos e seu impacto clínico em nosso meio. Ficar atento às manifestações neurológicas de origem desconhecida porque podem estar relacionadas à infecção ativa por HHV-6 isolado. Nossos dados demonstraram a importância da infecção por esses herpesvírus nos transplantados hepáticos / Abstract: The human lymphotropic herpesvíros that included cytomegalovírus (HCMV), and the herpesvirus 6 (HHV-6 A and B) are very common and infect the vast majority of the human population. Both viruses belong to the Herpesviridae family. In this family, the HHV-6, subfamily Betaherpesvirinae, is wath possessing the bigger neurologic potential pathogenic. The HHV-6 is an immunomodulator virus with a significant risk factor for the subsequent pathogenic effects of others virus like HCMV. Those viroses are responsible for a range of illnesses caused by the primary viral infection or for reactivation of latent infection in patients with immunosuppression, specially after transplant of organs. The transplant of tiver represents the only form effective of cure for a many terminal illnesses. The study included prospective analysis of 30 patients with transplant of the liver from Hospital of Clinics of the State University of Campinas (Unicamp), during January of 2002 to April of 2004. We dected the HHV-6 and the HCMV in tiver transplant patients by means of "Nested-PCR" in peripheral blood We also evaluate the co-infection and the clinical impact between those virus in liver transplant patients. The "Nested PCR" analysis was choosing because this method increases the sensibility and specificity of the PCR and the results are more quick. Twenty-two (73,3%) male and 8 (26,7%) female were enroled with a mean age of 48 years old. We detected in 22 (73,3%) and 23 (76,6%) patients at least a positive result to HCMV and HHV-6. We detect high rate of active infection of HHV6 12/30, (40%) and the same rate 13/30 (43,3%) for HCMV, in the study patients studied. The rate of active co-infection for HCMV and HHV-6, was 4/30 (13,3%). In two patients infected only with HHV-6, was observed neurologic alterations. Five patients was some kind of transplant rejection. Opportunist infections of fungal or bacterial etiology were observed in 14/30 (46,5%). The results show the importance of study the prevalence of these herpesvirus in liverrecipients transplanted, there approaches diagnoses and clinical impact in our environment. They stayed aware to the neurological manifestations of unknown origin because they can be related to the active infection by HHV-6 isolated. / Mestrado / Mestre em Farmacologia

Orientadores: Liliana Aparecida Lucci De Angelo Andrade, Christine Hackel / Tese (doutorado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciencias Medicas / Made available in DSpace on 2018-08-04T01:23:45Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Salvia_PauloNewtonDanzi_D.pdf: 2485584 bytes, checksum: 14eec560c812582d32e3c7ca746ccad4 (MD5) Previous issue date: 2004 / Resumo: O Papilomavírus Humano (HPV) está associado à neoplasia intraepitelial cervical uterina (NIC) e desempenha importante papel na carcinogênese. Diferenças subjetivas freqüentemente levam a discordâncias entre os examinadores quanto ao diagnóstico citológico e histológico de infecção pelo HPV, o que pode resultar em mudança na conduta terapêutica. O objetivo foi testar os critérios histológicos e citológicos utilizados para diagnóstico do HPV na cérvice uterina, comparando-os à presença do DNA viral detectado por PCR. Pela triagem citológica, 107 mulheres que apresentaram atipia foram submetidas à colposcopia, quando novas amostras foram coletadas para citologia e PCR e imagens suspeitas biopsiadas. Foi realizada PCR com ¿primers¿ MY09/11 e GP05/06+ e beta-globina amplificada como controle. Foram selecionadas 101 amostras para análise citológica (excluídas seis por artefatos de fixação) e realizadas 61 biópsias. A extração do DNA não foi possível em oito casos. Os critérios estudados na histologia foram paraceratose, acantose, atipia coilocitótica, binucleação, disceratose, mitose e número de mitoses; e na citologia, halo claro perinuclear, cromatina irregularmente distribuída, hipercromatismo nuclear, perda da relação núcleo-citoplasmática, contorno nuclear irregular, bi-multinucleação (em células superficiais e imaturas), fila indiana e formação sincicial com atipia (somente em células imaturas) e disceratose. Os diagnósticos histológicos foram: 11 cervicites crônicas (CC); 36 NIC (13 NIC I ; 10 NIC II; 13 NIC III) e 14 sugestivos para HPV (SHPV). O HPV foi encontrado em 37,5% das CC, 77,4% das NIC (91,7% das NIC I, 66,7% das NIC II e 70% das NIC III) e em 64,3% dos SHPV. Dentre os critérios histológicos, os que mais se correlacionaram ao HPV foram atipia coilocitótica (VPP = 72,7%) e binucleação (VPP = 77,1%), porém, com baixa especificidade, 29,4% e 52,9% respectivamente. Em conjunto, atipia coilocitótica, disceratose e binucleação apresentaram VPP de 72,4%, podendo ser utilizadas como marcadores de infecção pelo HPV, devendo, porém, ser considerado que há uma chance aproximada de 27,6%. de um resultado falso positivo. Dentre os critérios citológicos associados a células imaturas para detectar NIC III histológica, formação sincicial com atipia obteve o maior VPP (69,2%), seguida de cromatina irregularmente distribuída (62,5%). Os VPNs para HPV-DNA dos critérios estudados das células superficiais ou imaturas foram baixos, ao redor de 40% e os VPPs, relativamente elevados, variando entre 50% e 93,9% (superficiais) e entre 76,9% e 100% (imaturas), sendo os maiores, fila indiana (VPP = 100%) e halo claro perinuclear em células superficiais (VPP = 93,9%). Portanto, diante do aparecimento de um destes critérios, pode ser inferida, razoavelmente, a infecção pelo HPV. Houve concordância intermediária na detecção do HPV-DNA entre os dois pares de ¿primers¿ (Kappa = 0,4972). O par de ¿primers¿ GP5+/GP6+ detectou DNA de HPV em 63% das amostras que permitiram amplificação. Com o par MY09/11, foram detectadas 36% de amostras positivas. Destas, destacaram-se os tipos de HPV por RFLP em 71,9% dos casos, sendo o HPV 16 o mais freqüente (40,6%) / Abstract: Human papillomavirus (HPV) is associated to uterine cervical intraepithelial neoplasia (CIN) and has an important role in cevical cancer. Subjective differences in evaluation lead to disagreement among examiners in relation to the cytological and histological diagnosis of HPV infection, which can lead to changes in clinic manegement. The aim of the present study was to test the histological and cytological criteria used for detection of HPV in uterine cervix, by comparing to the presence of viral DNA as detected by PCR. By cytological screening, 107 women with atypia were submitted to colposcopy, when new samples were collected for cytology and PCR and suspicious images were biopsied. The PCR assay was performed with primers MY09/11 and GP05/06+ and, as control, beta-globin was amplified. For cytological analysis, 101 samples were selected (6 excluded due to fixation artifacts) and 61 biopsies taken. DNA extraction was not possible in 8 cases. Parakeratosis, acanthosis, koilocytotic atypia, binucleation, dyskeratosis and number of mitoses were assessed histologically; and clear perinuclear halos, irregularly distributed chromatin, hyperchromatic nuclei, increased nuclear-cytoplasmic ratio, irregular nuclear outline, binucleation (in superficial and immature cells), indian files, formation of syncytia with atypia (in immature cells only) and dyskeratosis were examined in cytological preparations. The histological diagnoses were: 11 chronic cervicitis (CC); 36 CIN (13 CIN I; 10 CIN II; 13 CIN III) and 14 suggestive of HPV (SHPV). HPV was found in 37.5% of CC, 77.4 % of CIN (91.7% of CIN I, 66.7% of CIN II and 70% of CIN III) and 64.3% of SHPV. Among the histological criteria, the most highly correlated to HPV were koilocytotic atypia (positive predictive value or PPV = 72.7%) and binucleation (PPV = 77.1%). However, specificity was low: 29.4% and 52.9% respectively. Taken together, koilocytotic atypia, dyskeratosis and binucleation showed PPV of 72.4%. They could be used as markers of HPV infection, but false positive results were found in 27.6%. Among cytological criteria associated to immature cells for detection of CIN III, formation of syncytia with atypia had the highest PPV (69.2%), followed by irregularly distributed chromatin (62.5%). The negative predictive values (NPV) for HPV-DNA involving superficial or immature cells were low (about 40%). PPV were relatively high, ranging from 50% to 93.9% (superficial cells) and from 76.9% to 100% (immature cells). The highest were indian files (PPV=100%) and clear perinuclear halos in superficial cells (PPV=93.9%). HPV infection can be considered positive when one of these criteria is found. There was partial concordance in the detection of HPV-DNA among pair of primers (Kappa=0.4972). The pair of primers GP5+/GP6+ detected HPV-DNA in 63% of samples, in which amplification was permitted, while primers MY 09/11 detected 36%. In the latter, it was possible to identify HPV type in 71.9% of the cases using restriction fragment length polymorphisms , HPV 16 being the most frequent (40.6%) / Doutorado / Anatomia Patologica / Doutor em Ciências Médicas

Orientador : Marcelo de Carvalho Ramos / Dissertação (mestrado) - Universidade Estadual de Campinas, Faculdade de Ciências Médicas / Made available in DSpace on 2018-07-31T19:08:31Z (GMT). No. of bitstreams: 1 Oliveira_AlexandreMacedode_M.pdf: 1837263 bytes, checksum: 7f98952a1bb0aac6c5058995386f2241 (MD5) Previous issue date: 2001 / Resumo: A caracterização das bactérias em níveis subespecíficos, relacionando isolados em cepas, tem grande aplicação no estudo das infecções dentro do ambiente hospitalar. Permite fazer inferências sobre a extensão de surtos, rotas de transmissão e avaliação de medidas empregadas para controle. Os métodos de tipagem podem ser divididos em fenotípicos, quando se baseiam em características expressas pelo organismo, ou genotípicos, quando a comparação se dá pelo seu material genético. Estes últimos apresentam vantagens sobre os primeiros pois são baseados em características mais estáveis e menos sujeitas a pressões ambientais. O Staphylococcus aureus é um germe bastante comum tanto no ambiente hospitalar, quanto na comunidade, sendo responsável por quadros clínicos de gravidade variável. A técnica considerada de escolha para a genotipagem desse microorganismo é a Eletroforese em Gel com Campo Pulsátil, PFGE. Esse método exige aparato caro, é trabalhoso e fornece resultados somente após 4-5 dias de trabalho. E, portanto, importante a padronização de métodos mais simples e que forneçam resultados em prazos menores de tempo. Com o objetivo de avaliar a tipabilidade, reprodutibilidade e poder discriminatório para a tipagem de Staphylococcus aureus pela amplificação da região 16S - 23S do RNA ribossomal, ribotipagem por PCR, desenvolveu- se o presente estudo. O primeiro passo foi a escolha do par de iniciadores. Escolheu-se o par que produzia menores fragmentos e facilitava a interpretação dos resultados. A reprodutibilidade e tipabilidade foram também avaliadas e mostraram ser bastante satisfatórias. A etapa seguinte foi tipar 88 isolados de S. aureus obtidos do Hospital Municipal Dr. Mário Gatti, um hospital terciário em Campinas, SP. Dentre os 27 isolados oxacilina sensíveis, foi possível identificar 22 genótipos distintos. O coeficiente de similaridade por "Simple Matching" variou de 45 a 100%. Obteve-se apenas um único perfil genotípico dentre os 61 isolados oxacilina resistentes. Estes resultados demonstram que, por possuir boa tipabilidade, reprodutibilidade, ser de fácil execução e interpretação, a técnica de ribotipagem por PCR deve ser considerada para a tipagem de Staphylococcus aureus oxacilina sensíveis. No grupo de bactérias oxacilina resistentes, houve monotonia no padrão genotípico, fato que ocorre também com outras técnicas. Existe necessidade do desenvolvimento de técnicas, talvez como seqüenciamento de regiões conservadas do genoma, para que possam ser feitas inferências sobre a ancestralidade de isolados / Abstract: Strain typing represents an important tool for understanding the epidemiology of nosocomial infections. It is useful to determine the extension of outbreaks and routes of transmission, for example. The available techniques nowadays can be based on characteristics expressed by the organisms, fenotyping methods, or on genomic material, genotyping methods. The former ones are based on more stable characteristics and provide better results in terms of reproducibility, typeability, and discriminatory power. Staphylococcus aureus is a major pathogen both in community and in hospital setting. Pulsed Field Gel Electrophoresis, PFGE, is the current method of choice for this bacteria but it is laborious, requires expensive apparatus, and the results are available only after 4 to 5 work-days. It is necessary to develop simpler methodologies, that can give results in shorter periods of time. We evaluate in this study the polymorphism in the spacer regions between the 16S and 23S units of the rRNA genes, PCR based ribotyping, as a strain typing technique for S. aureus. The first step was to choose the most suitable primer pair and the technique was then checked for reproducibility, stability and typeability. These preliminary results were satisfactory. We had chosen the primer pair that produced the smallest amplicons, which allowed better analysis. The discriminatory power was assessed using a collection of 88 isolates from Hospital Municipal Dr. Mário Gatti, a general tertiary-care hospital in Campinas, São Paulo State, Brazil. The results obtained from the 61 methicillin resistant isolates produced one single pattern, but it was possible to identify 22 different patterns among the 27 methicillin sensitive isolates. The bands could be visualized in the agarose gels with simple Ethidium Bromide staining, which permits the use of computer based software to compare band patterns. Given the results and the technical simplicity, PCR based ribotyping appears to be useful in strain typing S. aureus methicillin sensitive isolates, but the discriminatory power among the methicillin resistant isolates seems to be poor. There is a crescent need to develop and standardize new techniques to genotype bacteria, such as DNA sequencing, in order to evaluate the relatedness among isolates / Mestrado / Clinica Medica / Mestre em Clinica Medica

Made available in DSpace on 2014-06-12T23:02:10Z (GMT). No. of bitstreams: 2 arquivo967_1.pdf: 5089215 bytes, checksum: e6ee7003879dd48f890db14779497896 (MD5) license.txt: 1748 bytes, checksum: 8a4605be74aa9ea9d79846c1fba20a33 (MD5) Previous issue date: 2010 / Faculdade de Amparo à Ciência e Tecnologia do Estado de Pernambuco / Introdução: O Papilomavírus Humano (HPV) e o Herpesvírus Humano-8 (HHV- 8) podem influenciar na carcinogênese de lesões anogenitais e orofaríngeas na mulher e no homem. Métodos: A amostra foi de trinta e um casais heterossexuais. Foram avaliados condições sócio-econômicas, hábitos gerais e sexuais e história prévia de doenças sexualmente transmissíveis, seguido da coleta de esfregaço peniano de lesões malignas e/ou potencialmente malignas possivelmente associadas ao HPV. As respectivas parceiras foram submetidas a coleta de esfregaço de vagina/colo uterino, exame de colposcopia e citologia cervical, exame clínico e coleta de esfregaço de mucosa oral. A pesquisa do HPV e HHV-8 foi realizada através da reação da cadeia de polimerase (PCR) com a utilização dos primers MY09 e MY11 e primers KS1 e KS2. Resultados: Foi amplificado HPV-DNA a partir de esfregaço de pênis (P) de 22/31 (71%); 18/31 (58,1%) das amostras de vagina/colo (V) e 17/31 (54,8%) mucosa oral (B). Com relação ao HHV-8, foi amplificado DNA em 1/31 (3,2%) indivíduos avaliados (P), 0/31 (0%) (V) e 3/31 (9,7%) (B). Observamos que entre o mesmo casal não houve amplificação do HHV-8-DNA em mais de um sítio estudado. De todos os casos positivos para HPV (P, V e B) e HHV-8 (P e B) foi observada associação significante (p=0,030). Conclusão: Pode haver uma co-infecção entre o HPV e HHV-8 em diferentes sítios. Não foi observado a transmissão sexual em casais heterossexuais não-infectados pelo HIV, devendo existir outras rotas de transmissão neste grupo estudado