Submitted by Anderson Silva (avargas@icict.fiocruz.br) on 2012-10-23T13:30:15Z No. of bitstreams: 1 carlos_a_p_nascimento_ioc_bcm_0045_2011.pdf: 1006058 bytes, checksum: e670c764b773d1d5bd9fa107d877a76b (MD5) / Made available in DSpace on 2012-10-23T13:30:15Z (GMT). No. of bitstreams: 1 carlos_a_p_nascimento_ioc_bcm_0045_2011.pdf: 1006058 bytes, checksum: e670c764b773d1d5bd9fa107d877a76b (MD5) Previous issue date: 2011 / CNPq FAPERJ / Fundação Oswaldo Cruz. Instituto Oswaldo Cruz. Rio de Janeiro, RJ, Brasil. / O Torque teno virus (TTV) é um vírus de DNA do gênero Alphatorquevirus da família Anelloviridae. O TTV é altamente prevalente em populações de todo o mundo. Isolados foram classificados em cinco grupos filogenéticos (1-5) com grande distância genética entre eles. A presença do TTV já foi detectada nas fezes, porém, não se sabe se todos os cinco genogrupos do TTV são excretados nas fezes, e qual a distribuição do TTV entre os genogrupos. A fim de avaliar a presença, a diversidade genômica e a carga viral do TTV em fezes, 135 amostras de pacientes com gastroenterite foram analisadas. O DNA do TTV foi extraído de suspensão fecal e três diferentes métodos de reação em cadeia da polimerase (PCR), dois qualitativos e um quantitativo, foram avaliados. Nas amostras de fezes estudadas, 123 (91,1%) foram positivas em pelo menos um dos três métodos. O DNA do TTV pertencente aos genogrupos de 1 a 5 foi detectado em 37 (27,4%), 27 (20,0%), 57 (42,2%), 29 (21,5%) e 33 (24,4%) amostras, respectivamente. Co-infecções com dois, três, quatro e cinco genogrupos do TTV foram encontradas em 23 (17,0%), 15 (11,1%), 7 (5,2%) e 7 (5,2%) amostras fecais, respectivamente. Assim, 52 (38,5%) amostras continham mais de um genogrupo de TTV. A carga viral variou de 2,6 a 6,5 log de genoma equivalentes por grama de fezes. No entanto, variações de carga viral foram observadas em função do genogrupo detectado e do número de genogrupos presentes simultaneamente. Os resultados encontrados são os primeiros a mostrar a alta prevalência e a diversidade de TTV nas fezes humanas. / Torque teno virus (TTV) is a DNA virus of the genus Alphatorquevirus of Anelloviridae family. The TTV is highly prevalent in populations from around the world. Isolates have been classified into at least five main phylogenetic groups (1-5) showing a large genetic distance between them. The presence of TTV has been detected in feces. However, are presently unknown whether all five TTV genogroups are excreted in feces and the genogroup distribution. To evaluate the presence and the genomic distribution of TTV DNA in feces, 135 samples of patients with gastroenteritis were analyzed. The DNA was extracted of fecal suspension and three different PCR methods, two qualitative and one quantitative, were used. One hundred and twenty three (91.1%) samples were positive with at least one method. The TTV DNA belonging to the genogroups 1 to 5 was detected in 37 (27.4%), 27 (20.0%), 57 (42.2%), 29 (21.5%) and 33 (24.4%) fecal samples, respectively. Coinfections with two, three, four and five TTV genogroups were found in 23 (17.0%), 15 (11.1%), 7 (5.2%) and 7 (5.2%) fecal samples, respectively. Thus, 52 (38.5%) samples contained more than one TTV genogroup. Viral loads ranged from 2.6 to 6.5 log genome equivalents per gram of feces. However, variations of viral load were noted depending on genogroup and number of coinfecting TTV genogroups. These results are the first to show high prevalence and the diversity of TTV isolates in human feces.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2009-12-21Bitstream added on 2014-06-13T18:55:54Z : No. of bitstreams: 1 frade_cs_me_araca.pdf: 946830 bytes, checksum: 2ebd66c2e30b659729f39b6245809148 (MD5) / A produção in vitro (PIV) de embriões e a transferência de embriões (TE) tratam-se de biotecnologias da reprodução, as quais são rotineiramente aplicadas no melhoramento genético da espécie bovina. No entanto, resta determinar até que ponto sua utilização implica na disseminação de patógenos no rebanho. A fim de elucidar a possibilidade de transmissão do BoHV-5 através de células germinativas e/ou embriões, após exposição experimental in vitro, uma série de 3 experimentos foram realizados. Estes consistiram na exposição de oócitos, espermatozóides e embriões bovinos ao BoHV-5, tendo como critério de avaliação o desenvolvimento embrionário, bem como a detecção do vírus através de emprego da técnica de hibridização in situ (ISH) e PCR, além da apoptose, determinada pelo teste de TUNEL e pela imunomarcação dos fatores pro-apoptóticos (anexina-V, caspase-2 e -3) e antiapoptóticos (BCl-2). O experimento I foi realizado durante o período de maturação oocitária, sendo dividido em I (controle + 10% SFB), II (vírus + 10% SFB; BoHV-SFB) e III (vírus + 1 mg/mL PVA; BoHV-PVA); o experimento II foi realizado na etapa de fertilização, sendo dividido em I (controle) e II (exposto; BoHV-SPTZ); e o experimento III foi feito no período de cultura embrionária, sendo dividido em I (controle) e II (exposto; BoHV-PZ). A análise estatística para os resultados de desenvolvimento embrionário será feita pela ANOVA e teste-t de Bonferroni para os dados dos oócitos infectados e pelo teste t não pareado para os resultados de espermatozóides e embriões infectados, já para a análise da apoptose e marcadores apoptóticos será empregado o teste de Kruskal-Wallis e Dunn, diferenças serão consideradas significativas quando p<0,05. / The in vitro production (IVP) of embryos and embryo transfer (ET) are reproduction biotechnologies, which are routinely applied in breeding bovine. However, it remains to determine if these techniques can promote spread of pathogens in the herd. In order to elucidate the possibility of transmission of BoHV-5 by germ cells and/or embryos after in vitro experimental exposure, a total of 3 experiments were performed. These consisted of exposure of oocytes, sperm and embryos to BoHV-5, with the evaluation embryonic development, and detection of the virus through use of the technique of in situ hybridization (ISH) and PCR, in addition to apoptosis, determined by TUNEL test and by immunostaining of the factors pro-apoptotic (annexin-V, caspase-2 and -3) and anti-apoptotic (Bcl-2). The first experiment was conducted during the period of oocyte maturation and was divided into I (control + 10% FBS), II (virus + 10% fetal calf serum; BoHV-SFB) and III (virus + 1 mg / ml PVA, BoHV-PVA ), the second trial was conducted at the stage of fertilization, was divided into I (control) and II (exposure, BoHV-SPTZ), and experiment III was done during the growing stage, and divided into I (control) and II (exposure; BoHV-PZ). Statistical analysis for the results of embryo development will be made by ANOVA and Bonferroni-t test to the data from exposed oocytes and the unpaired t test for the results of sperm and embryos exposed, as for the analysis of apoptosis will be used the Kruskal-Wallis and Dunn, differences are considered significant when p <0.05.

Made available in DSpace on 2014-06-11T19:27:18Z (GMT). No. of bitstreams: 0 Previous issue date: 2008-12-12Bitstream added on 2014-06-13T20:35:37Z : No. of bitstreams: 1 lopes_mc_me_araca.pdf: 187442 bytes, checksum: e5c382aecfe4bb38f157a656bfad5f2a (MD5) / As análises antigênica e genética são ferramentas importantes para o estudo da epidemiologia da raiva em uma região. A recuperação e reisolamento viral a partir de amostras conservadas por longos períodos em temperatura de congelamento é essencial para estudos retrospectivos. Porém, o tempo de conservação, associado a repetidos ciclos de congelamento e descongelamento, promove uma perda significativa na viabilidade do vírus, condição esta que pode ser contornada com a utilização de técnicas de biologia molecular, como a RT-PCR. Com o objetivo de verificar a viabilidade e detectar o RNA do vírus rábico, 95 amostras com diagnóstico positivo e armazenadas por 4 a 13 anos a –20 e –80ºC foram avaliadas por inoculação intracerebral em camundongos e RT-PCR. Apenas 33,6% (32/95) das amostras inoculadas em camundongos foram positivas, enquanto que a RTPCR detectou o genoma viral em 65,3% (62/95). Houve diferença estatisticamente significativa (p<0,0001) na viabilidade das amostras e na detecção do genoma viral na amostras armazenadas por mais de 10 anos, sendo a porcentagem de positividade de 22,1% e 59,7%, respectivamente. O presente estudo confirma a importância da RT-PCR na detecção do genoma viral em amostras conservadas por longo período de tempo, incluindo aquelas em estado visível de decomposição. / The antigenic and genetic analyses are important tools for retrospective study of rabies epidemiology in a region. The recovery and viral re-isolation from samples conserved for long periods in freezing temperature are essential for these studies. However, time conservation, associated with temperature variations, causes a significative virus viability loss. On the other hand, molecular tools, such as RT-PCR, can overcome this condition. For this purpose, 95 positive samples stored for 4 to 13 years at -20 and -80ºC were evaluated by intracerebral inoculation in mice and RT-PCR. Of this total, only 33,6% (32/95) had been positive in the intracerebral inoculation, while RT-PCR detected the viral genoma in 65.3% (62/95). It had a significant difference (p>0,0001) in the viability of the samples and the detention of the viral genoma from those samples store for more than 10 years and the percentage of positivity reached 22,1% and 59,7%, respectively. The present study confirms the importance of the RT-PCR technique for detection of viral genoma in old samples, including those in apparent state of decomposition.

Orientador: Lucia Helena O'Dwyer / Coorientador: Karina dos Santos Paduan / Banca: Reinaldo José da Silva / Banca: Paulo Eduardo Martins Ribolla / Banca: Rui Seabra Ferreira Junior / Banca: Lúcio André Viana Dias / Resumo: Hepatozoon spp. são os protozoários intracelulares mais frequentemente encontrados em serpentes. Tendo em vista a variedade de formas parasitando tais animais e as divergências dos dados encontrados em literatura, o objetivo deste estudo foi tentar separar espécies de Hepatozoon de serpentes, testando oligonucleotídeos que amplifiquem regiões genômicas menos conservadas, detectando diferenças entre as espécies, bem como realizar as caracterizações morfológicas, morfométricas e moleculares de Hepatozoon spp. de serpentes naturalmente infectadas. Para tal, foram utilizadas serpentes doadas ao Centro de Estudos de Venenos e Animais Peçonhentos (CEVAP) da Universidade Estadual Paulista de Botucatu que, em exames de rotina, mostraram-se positivos para tais parasitas. O sangue foi coletado por punção da veia caudal, foram confeccionados esfregaços sanguíneos e uma alíquota foi congelada a -20°C, para posterior extração do DNA. As caracterizações morfológicas e morfométricas foram realizadas utilizando um software especializado para análise de imagens. Dos 215 espécimes investigados, foram eleitos cinco exemplares de Crotalus durissus terrificus, nos quais foi visualizado um tipo de gamonte em cada espécime. Pela análise morfológica e morfométrica, estes gamontes foram agrupados em três populações. As alterações provocadas por tais parasitas, nas hemácias, também foram analisadas. Para a caracterização molecular das espécies de Hepatozoon através de sequenciamento genético, foram testados sete pares de oligonucleotídeos que amplificam regiões distintas do gene rDNA utilizando-se a técnica da PCR. Os testes realizados apontaram os pares de oligonucleotídeos HepF300/Hep900 e HEMO1/HEMO2 como eficientes em amplificar e caracterizar regiões genômicas Hepatozoon spp. de serpentes... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Hepatozoon spp. are the most frequent intracellular protozoa found in snakes. Given the variety of forms parasitizing these animals and differences of the data found in literature, the aim of this study was to attempt to separate Hepatozoon species of snakes, testing oligonucleotides that amplify less reliable genomic regions, detecting differences among species, as well as perform the morphological, morphometric and molecular characterization of Hepatozoon spp. of naturally infected snakes. For this purpose, were used snakes donated to Center for the Study of Venoms and Venomous Animals of the São Paulo State University/Botucatu (CEVAP) that, in routine were detected positive for such parasites. Blood was collected by the tail vein puncturing, blood smears were prepared and an aliquot was frozen at -20° C for subsequent DNA extraction. The morphological and morphometric characterization were performed by using a specialized image analysis software. Of the 215 investigated animals, five specimens of Crotalus durissus terrificus were elected, in which were found five parasitic forms that, by morphometric analysis, were grouped into three populations. The changes caused by these parasites in red blood cells were also analyzed. For the molecular characterization of Hepatozoon species through genetic sequencing, were tested seven pairs of primers that amplify different regions of the rDNA gene using the PCR technique. Only the primers HepF300/Hep900 and HEMO1/HEMO2 were efficient in amplifying and characterizing genomic regions of snakes Hepatozoon spp.. The best results were achieved when the sequences amplified from the both primers were analyzed together and the results were associated with the morphology and... (Complete abstract click electronic access below) / Doutor

Orientador: Telma Teresinha Berchielli / Coorientador: Roberta Carrilho Canesin / Banca: Juliana Duarte Messana / Banca: Carla Maris Machado Bittar / Resumo: Este experimento teve como objetivo caracterizar o efeito de quatro relações V:C sobre a microbiologia do rúmen, os parâmetros de fermentação ruminal, consumo e digestibilidade aparente dos nutrientes em novilhos Nelore. Foram utilizados oito novilhos Nelore (280±8 kg PV), canulados no rúmen, distribuídos em um duplo quadrado latino 4x4 balanceados para o controle do efeito residual. O experimento foi dividido em 4 períodos de 21 dias cada. A diminuição da relação V:C 70:30 para 20:80 reduziu (P<0,05) a proporção relativa de Ruminococcus albus e Ruminococcus flavefaciens no ambiente ruminal, mas não comprometeu a população de Fibrobacter succinogenes (P<0,05) e aumentou a proporção de Selenomonas ruminantium (P<0,05), e de Streptococcus bovis (P<0,10). A população total de protozoários foi semelhante (206.33 x104/mL) em todas as relações V:C (P>0,05), em que o gênero Entodinium foi mais representativo (99,28%). Relações com até 60% de inclusão de concentrado não influenciaram o pH médio do rúmen (6,28) (P>0,05). A concentração ruminal total de AGCC, assim como a relação acetato: propionato não foram influenciados pelas relações V:C (P>0,05), mas na relação V20:C80 observou-se maior concentração de ácido propiônico (P>0,05). O consumo de FDNcp diminuiu com o aumento de concentrado e diminuição de volumoso nas dietas (P<0,05) e a relação 20:80 permitiu maior consumo de NDT (P<0,05). A digestibilidade da MS, MO e PB foi menor na relação 70:30 (P<0,05). Dietas com maior proporção de concentrado, geram um pH ruminal baixo, e inibem o crescimento das bactérias celulolíticas R. Albus e R. Flavefaciens, aumentam a concentração de ácido propiônico e a proporção de S. Ruminantium no rúmen / Abstract: This experiment aimed to characterize the effect of four forage:concentrate (F:C) ratios on the microbiology of the rumen, ruminal fermentation parameters, consumption and nutrient digestibility in Nellore steers. Eight Nellore steers (280 ± 8 kg BW), cannulated in the rumen, were distributed in a double 4x4 Latin Square balanced for control of residual effect. The experiment was divided into 4 periods of 21 days each. The decrease of the ratio F:C 70:30 to 20:80 decreased (P <0.05) the relative proportion of Ruminococcus albus, Ruminococcus flavefaciens in the rumen, but did not affect population of Fibrobacter succinogenes (P <0.05) and increased the proportion of Selenomonas ruminantium (P <0.05), and Streptococcus bovis (P <0.10). The total protozoa population were similar (206.33 x104/mL) in all ratios F:C (P> 0.05), whith the most representative genus being Entodinium (99.28%). With up to 60% of concentrate did not influence the average rumen pH (6.28) (P> 0.05). The total rumen SCFA concentration, and the acetate: propionate ratio were not influenced by the ratio F:C (P> 0.05), however the F20: C80 ratio resulted in higher concentration of propionic acid (P> 0.05 ). NDFap consumption decreased with decreasing F:C ratio (P <0.05) and the ratio 20:80 allowed dietary TDN intake (P <0.05). The digestibility of DM, OM and CP was lower in the 70:30 (P <0.05). Diets with more concentrate, generate a low ruminal pH and inhibit the growth of cellulolytic bacteria R. Albus and R. Flavefaciens, increases the propionic acid concentration and the proportion of S. Ruminantium in the rumen / Mestre

Orientador: Lúcia Galvão de Albuquerque / Coorientador: Fábio Ricardo Pablos de Souza / Coorientador: Maria Eugênia Zerlotti Mercadante / Banca: Maria Inês Tiraboschi Ferro / Banca: Poliana Fernanda Giachetto / Resumo: A pecuária de corte é uma atividade de grande importância social e econômica no Brasil e criar animais mais produtivos e eficientes é fundamental para aumentar a rentabilidade do sistema. Um dos componentes de maior custo envolvido na produção animal é a alimentação. Por isso, muitos índices já foram propostos com o intuito de melhorar a eficiência alimentar. Uma das características que têm sido estudadas, com objetivo de selecionar animais, é o consumo alimentar residual (CAR), que é estimado considerandose a diferença entre o consumo real e a quantidade de alimento que o animal deveria ingerir baseado no seu peso vivo médio, o que permite identificar e selecionar animais mais eficientes, sem que haja seleção para maior peso a idade adulta. A função mitocondrial tem sido apontada como sendo um fator de grande influência no CAR. Com isso, analisar genes envolvidos na função mitocondrial torna-se uma alternativa para identificar marcadores moleculares associados à maior eficiência alimentar. O co-ativador PGC1, pode induzir a biogênese mitocondrial, termogênese e respiração. A proteína TFAM (fator de transcrição mitocondrial A) está envolvida no processo de transcrição do DNA mitocondrial e é um fator-chave para a replicação do DNA mitocondrial. As proteínas desacopladoras (UCPs) localizam-se na membrana interna da mitocôndria, e dentre elas, estão a UCP2 e a UCP3, que atuam no controle da termogênese adaptativa e da produção de espécies reativas de oxigênio na mitocôndria. Nesse trabalho foram analisadas a expressão dos genes PGC1 , TFAM, UCP2 e UCP3 por meio da técnica de PCR quantitativa em tempo real, em tecidos hepático e muscular de dois grupos de bovinos Nelore com valores contrastantes de CAR, visando avaliar as relações destes genes com consumo alimentar residual... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The beef cattle industry is an activity of significative social and economic importance in Brazil and to raise more efficient animals is fundamental to increase the system profitability . One of the most expensive components involved in animal production is the cost of food. Therefore, many indexes have been proposed to improve feed efficiency. One of the traits that have been studied in order to select animals is the residual feed intake (RFI), which is estimated considering the difference between the real consumption and the amount of food the animal should eat based on its live weight, which allows to identify and select more efficient animals, without selecting for higher adult weight. Mitochondrial function has been identified as an influential factor on RFI. Thus, to analyze genes involved in mitochondrial function becomes an alternative to identify molecular markers associated with higher feed efficiency. The co-activator PGC1 can induce mitochondrial biogenesis, thermogenesis and breathing. The protein TFAM (mitochondrial transcription factor A) is involved in mitochondrial DNA transcription and is a key factor for the replication of mitochondrial DNA. The uncoupling proteins (UCPs) are located in the inner mitochondrial membrane, and among them, are UCP2 and UCP3, which act in the control of adaptive thermogenesis and of the production of reactive oxygen species in the mitochondria. In this study the expression of genes PGC1 , TFAM, UCP2 and UCP3 by real-time quantitative PCR in liver and muscle tissues in two groups of Nellore cattle with contrasting values of RFI were analyzed, to evaluate the relationships of these genes with residual feed intake. In liver tissue, the TFAM and UCP2 genes were more expressed in negative RFI animals compared to positive RFI animals. The PGC1 gene expression had no significant difference... (Complete abstract click electronic access below) / Mestre

Leishmanioses são doenças classificadas pela Organização Mundial da Saúde (OMS) como negligenciadas, o que as caracterizam como aquelas que prevalecem em condições de pobreza e representam significativo entrave ao desenvolvimento por contribuírem para desigualdade. Cerca de 350 milhões de pessoas vivem sob o risco de infecção em 98 países da África, Eurásia e Américas. Acometem o homem e outros animais sob um espectro clínico amplo, que varia de discretas lesões, de cura espontânea, a quadros de comprometimento sistêmico, potencialmente fatais. A manutenção do ciclo de transmissão está inserida em um sistema biológico complexo, com a participação de mais de 20 espécies de Leishmania e uma grande variedade de reservatórios e vetores, e o diagnóstico está entre as estratégias empregadas para o controle dessas doenças. A precisa identificação das espécies envolvidas no ciclo de transmissão permite a geração de dados importantes para mapeamentos ecoepidemiológicos e para o delineamento de estratégias terapêuticas e de controle. O material genético do parasita como alvo de detecção e identificação desses organismos é descrito na literatura científica em trabalhos que abordam diversas estratégias metodológicas. Entre as técnicas mais recentes estão as análises de dissociação em alta resolução (HRM- High Resolution Melting), descrita como uma estratégia eficiente para a discriminação de polimorfismos em fragmentos específicos de DNA gerados por PCR (Polymerase Chain Reaction). O presente trabalho teve como principal objetivo padronizar um protocolo de detecção e identificação de Leishmania capaz de discriminar o maior número possível de espécies com base em polimorfismos do gene hsp70, utilizando HRM como ferramenta metodológica. Sequências nucleotídicas de hsp70 disponíveis em banco de dados e obtidas no laboratório foram analisadas in silico e regiões polimórficas foram delimitadas. Das regiões delimitadas, três foram escolhidas por conterem polimorfismos que geraram fragmentos cujas temperaturas de dissociação simuladas são distintas entre espécies ou grupo de espécies. A exploração de perfis de dissociação dos três amplicons de hsp70 obtidos por PCR em tempo real revelou diferenças que permitiram a discriminação das espécies de Leishmania responsáveis por doenças nas Américas, África e Eurásia. Os testes foram padronizados com a utilização de DNA de cepas-referência de Leishmania e então aplicados a amostras de DNA obtidas de amostras clínicas, de campo ou experimentais, como isolados, biópsias humanas frescas ou fixadas, flebotomíneos e cães naturalmente infectados e camundongos experimentalmente infectados. Os resultados obtidos por HRM foram comparados aos obtidos previamente por outras metodologias como PCR convencional, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) ou sequenciamento, com confirmação da identidade do parasita nas amostras testadas. O protocolo descrito é relativamente barato, tecnicamente simples, passível de automatização, podendo ser uma alternativa para a detecção e identificação de Leishmania em amostras, em estudos diagnósticos e ecoepidemiológicos. / According to the World Health Organization (WHO), the leishmaniases are classified as neglected diseases, since they are related to poverty and contribute to inequality. Approximately 350 million people are at risk of infection in 98 countries in Africa, Eurasia and Americas. They affect humans and other animals that, depending on the species, causes a wide spectrum of clinical manifestations, that range from discrete lesions of spontaneous healing to potentially fatal systemic disease. The maintenance of the transmission cycle is part of a complex biological system, in which there is the participation of more than 20 species of Leishmania and a large variety of reservoirs and vectors. Diagnosis is important for early control of the disease. A precise identification of the species involved in the transmission cycle allows the generation of important data for eco-epidemiological mapping and for therapeutic measures and control strategies. Several genes have been used as diagnostic targets and several molecular strategies have been used in diagnosis. High resolution melting (HRM) analysis is among the most recent techniques and it is described as an efficient strategy for discriminating polymorphisms in specific DNA fragments generated by PCR (Polymerase Chain Reaction). The main objective of this work was to standardize a protocol for detection and identification of Leishmania spp, capable of discriminating the largest possible number of species based on hsp70 gene polymorphisms through HRM methodological tool. Available nucleotide sequences of hsp70 in databases as well as the ones obtained in the laboratory were analyzed in silico and polymorphic regions were delimited. Three regions were chosen since they contained polymorphisms that generated distinct simulated dissociation temperatures among species or group of species. The analysis of dissociation profiles of the three amplicons of hsp70 obtained by real-time PCR revealed differences that allowed the discrimination of Leishmania species responsible for diseases in the Americas, Africa and Eurasia. The tests were standardized using DNA from Leishmania reference strains and then applied to DNA samples obtained from clinical or from field samples, such as isolates, fresh or fixed human biopsies, phlebotomines and dogs naturally infected, and experimentally infected mice. The results obtained by HRM were compared to those obtained previously by other methodologies such as conventional PCR, RFLP (Restriction Fragment Length Polymorphism) or sequencing, confirming the parasite identity in the samples tested. The described protocol is relatively inexpensive, technically simple, potentially automated, and may be an alternative for the detection and identification of Leishmania in biological samples, in diagnostic and eco-epidemiological studies.

Orientador: Sílvia Helena Venturoli Perri / Coorientadora: Katia Denise Saraiva Bresciani / Banca:Sandra Valéria Inácio / Banca:Milena Arauz Viol / Resumo: O objetivo do presente estudo foi investigar, por métodos estatísticos, a ocorrência de reações cruzadas entre Leishmania spp. e Ehrlichia spp. com o uso de técnicas sorológicas e moleculares. Um total de 100 amostras sanguíneas de cães foram colhidas e processadas por meio do ELISA (Ensaio Imunoenzimático Indireto) e PCR (Reação em Cadeia da Polimerase). A análise estatística consistiu nos testes de McNemar e Coeficiente de concordância Kappa. As estatísticas foram consideradas significativas quando p<0,05. A sensibilidade e especificidade dos testes foram determinadas pela curva ROC (Receiver Operator Characteristic), considerando o PCR como teste padrão ouro. A partir das análises pode-se verificar que 48,0% dos animais foram reativos na ELISA e 58,0% foram positivos na PCR, no caso da Leishmania spp. Para Ehrlichia spp., a ocorrência de anticorpos pelo ELISA foi de 54,0% e, pela PCR, 48,0% dos cães foram positivos. Nota-se, também, que 37,0% dos animais foram positivos para os dois patógenos por meio do teste molecular, e quatro cães foram reativos no teste ELISA para ambas as doenças e tiveram resultado negativo apenas no teste molecular de Ehrlichia spp. Estes resultados, na sorologia, podem sugerir possíveis casos de reatividade cruzada entre a Leishmania spp. e Ehrlichia spp.. Entretanto, é mais provável que estes resultados estejam relacionados com a coinfecção desses agentes. Por meio dos resultados obtidos, há mais evidências de coinfecção por estes dois agentes pa... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: The aim of this study is to investigate, by statistical methods, the occurrence of cross - reactivity between Leishmania spp. and Ehrlichia spp. using serological and molecular techniques. A total of 100 blood samples from dogs were collected and processed b y ELISA (indirect Enzyme - Linked Immunosorbent Assay) and PCR (polymerase chain reaction). Statistical analysis consists of McNemar tests and agreement coefficient Kappa. The statistics were considered significant when p <0.05. The sensitivity and specifici ty of the tests were determined by ROC curve (Receiver Operator Characteristic), considering the PCR as gold standard. From the analysis it can be seen that 48,0% of the animals were reactive in ELISA and 58,0% were positive in PCR in the case of Leishmani a spp. For Ehrlichia spp., the occurrence of antibodies by ELISA was 54,0% and, by PCR, 48,0% of the dogs were positive. It can be noted also that 37,0% of the animals were positive for both parasites through molecular test and four dogs were reactive in t he ELISA test for both diseases and were negative only in molecular test for Ehrlichia spp. These results in serology can suggest possible cases of cross - reactivity between Leishmania spp. and Ehrlichia spp.. However, it is more likely that these results are related to coinfection of these agents. Through the results obtained, there are more evidences of coinfection by these two...(Compleyte abstract eletronic access below) / Mestre

Resumo: Estratégias para reduzir o aquecimento da Terra e aumentar a produção animal requerem novos sistemas, onde devem ser consideradas as emissões de metano e de outros gases que possam provocar danos ao meio ambiente. O objetivo deste trabalho foi a mensuração da produção de metano por arquéias e aplicação da metagenômica para detecção destas na fração sólida do conteúdo ruminal. Para a análise da produção de metano foi colhido o conteúdo ruminal seguido do preparo da solução a ser fermentada e armazenamento dos gases. A amplificação da região 168 rDNA foi obtida por PCR e a seguir foram feitas clonagem, seqüenciamento e análise das seqüências pelos programas "Sequencing Analysis 3.4" e Phred/Phrap/Consed, submetendo-as ao programa BLA8T. Maiores produções de metano e relações acetato:propionato foram observadas nos tratamentos contendo 70% de volumoso. As análises do BLA8T permitiram identificar nos tratamentos com 70% e 30% de feno, 96 seqüências relacionadas à família Methanobacteriaceae, 47 seqüências a arquéias não cultiváveis e 60 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T1), 125 seqüências relacionadas à família Methanobacteriaceae, 42 seqüências a arquéias não cultiváveis e 32 seqüências foram de arquéias não conhecidas (T2). Para os tratamentos feitos com 70% e 30% de silagem de milho, foram observadas 30 seqüências referentes à família Methanobacteriacea, 18 seqüências à família Methanomicrobiacea, 43 seqüências a arquéias não cultiváveis e 118 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T3) e 173 seqüências referentes à família Methanobacteriacea, 31 seqüências a arquéias não cultiváveis e 25 seqüências foram de arquéias desconhecidas (T4). As análises deste experimento mostraram variação na produção de metano quanto às diferentes proporções V:C e a metagenômic... (Resumo completo, clicar acesso eletrônico abaixo) / Abstract: Strategies to reduce the Earth worming and raise animal production require new systems, where it must be considered methane and other gases emission that might cause environmental damages. The aim of this work was to evaluate the archaea methane production and the metagenomic evaluation of these bacteria present on the solid phase of the bovine ruminal content. For methane production analysis the ruminar content was collected followed by the proper manipulation for the fermentation process to take place and produced gas storage. The ribosomal 16S rRNA region was obtained by PCR amplification which was followed by cloning and DNA sequencing. The data was later analyzed by the software Sequencing Analysis 3.4, Phred/Phrap/Consed and BLAST. The highest methane production and acetate:propionate ratios were observed for the treatments containing 70% of roughage. The BLAST analysis allowed to identify 96 DNA sequences related to the Methanobacteriaceae family, 47 DNA sequences related to unculturable archaea and 60 DNA sequences were related to unknown archaea (T1), 125 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 42 DNA sequences do unculturable archaea and 32 DNA sequences were considered related to unknown archaea (T2) for the treatments containing 70% and 30% of hay. For those containing 70% and 30% of com silage it was possible to detect 30 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 18 DNA sequences related to Methanomicrobiaceae, 43 sequences related to unculturable archaea, 118 DNA sequences related to unknown archaea (T3) and 173 DNA sequences related to Methanobacteriaceae, 31 sequences related to unculturable archaea, and 25 to unknown archaea (T4). The analysis carried out in this experiment have shown a variation of the methane production as different R:C ratio were used and metagenomic with the rDNA conserved region together with archaea taken from the ruminal content DNA... (Complete abstract click electronic access below) / Orientador: Manoel Victor Franco Lemos / Coorientadora: Jane Maria Bertocco Ezequiel / Banca: Maria Isabel da Silva / Banca: Raul Franzolin Neto / Banca: Janete Apparecida Desidério Sena / Banca: Mauro Dal Secco de Oliveira / Doutor

Orientador: Carlos Ducatti / Coorientador: Juliana Célia Denadai / Banca: Antonio Celso Pezzato / Banca: Dirlei Antonio Berto / Banca: Maria Márcia Pereira Sartori / Banca: Luiz Carlos Demattê Filho / Resumo: Objetivou-se rastrear a presença de subprodutos de origem animal na alimentação de frangos de corte de granjas comerciais por meio da metodologia dos isótopos estáveis de carbono e nitrogênio (δ13C e δ15N), no músculo peitoral e mucosa intestinal, assim como iniciar um banco de dados de valores bromatológicos e isotópicos dos ingredientes da ração de maior interesse na avicultura de corte. Foram amostradas aleatoriamente oito aves (machos) semanalmente de sete granjas de diferentes empresas avícolas dentro do Estado de São Paulo para obtenção das amostras de músculo peitoral e mucosa intestinal. Nos mesmos dias de coletas foram retiradas três amostras aleatórias de ração, adquiridas dos comedouros de cada granja. Para o banco de dados foram amostrados os ingredientes milho, soja, farelo de soja e farinhas de origem animal dos departamentos de recepção e controle de qualidade dos ingredientes das fabricas de ração visitadas. Todas as amostras foram submetidas à análise de espectrometria de massa de razão isotópica, sendo que a ração também foi avaliada quanto à presença de DNA de origem animal por PCR. Os dados isotópicos das amostras foram submetidos à análise de variância em cada idade de coleta, sendo complementados pelo teste de Tukey, e o conjunto de todos os dados foram avaliados pelas análises multivariadas de componentes principais e discriminante linear. Foi possível verificar pela análise de PCR na ração que somente as empresas D e F utilizaram ração estritamente vegetal ao longo do período de criação das aves. Houve diferença entre os valores isotópicos da ração, músculo peitoral e mucosa intestinal das aves das empresas D e F em relação às demais, sendo esta mais definida para o δ15N dos sete aos 42 dias de idade. Esse mesmo resultado foi obtido pelas análises multivariadas. Portanto, foi possível diferenciar as empresas que ... / Abstract: The aim of this study was to trace the presence of animal by-products in commercial broiler farms feed using the methodology of stable isotope ratios of carbon and nitrogen (δ13C and δ15N) in the pectoral muscle and intestinal mucosa, and start a database of bromatological and isotopic values of feed ingredients with greatest interest in poultry production. Eight male birds were sampled randomly week-by-week in seven broiler farms of different poultry companies in the São Paulo State to obtain samples of pectoral muscle and intestinal mucosa. Were taken on the same day of sampling three random samples of feed, acquired from feeders of each commercial broiler unit. For the database were sampled corn, soybean, soybean meal and animal by-products obtained from reception and quality control departments of visited feed factories. All samples were analyzed using isotope ratio mass spectrometry, and feed was also evaluated for the presence of animal DNA by PCR analysis. The isotopic data of the samples were submitted to analysis of variance in each age collection, complemented by Tukey test, and the set of all data were analyzed by multivariate analysis of major and linear discriminant components. It was verified by PCR analysis in feed that only D and F companies used strictly vegetable diet throughout the period of raising birds. There was difference between isotopic values of feed, pectoral muscle, and intestinal mucosa of birds from D and F companies compared with others, which is most definitely for the δ15N from seven to 42 days old. The same result was obtained by multivariate analysis. Therefore, it was possible to differentiate the companies that used strictly vegetable diet from the others, demonstrating the ability to trace the presence of animal by-products in commercial broiler farms feed using the methodology of stable isotopes / Doutor